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Le calcul de l’indicateur angiospermes dans la masse d’eau FRFC09 – Lac d’Hossegor est basé sur le suivi de trois métriques (composition, extension, abondance) des deux espèces de zostères présentes dans le Lac : Zostera noltei et Zostera marina. Les résultats obtenus jusqu’en 2019 permettent d’affecter une « bonne qualité »à cette masse d’eau vis-à-vis de cet indicateur.

Le calcul de l’indicateur angiospermes dans la masse d’eau FRFC06 – Arcachon amont est basé sur le suivi de trois métriques (composition, extension, abondance) des deux espèces de zostères présentes dans la Baie : Zostera noltei et Zostera marina. Les résultats obtenus jusqu’en 2018 permettent d’affecter une qualité « moyenne » à cette masse d’eau vis-à-vis de cet indicateur, qui est, pour l’instant la seule à ne pas s’avérer en bon ou très bon état sur le littoral Manche-Atlantique français. Ce mauvais classement s’explique principalement par le fait que les emprises des deux espèces sont actuellement beaucoup plus faibles que celles, historiques, utilisées comme référence.

La conchyliculture, et principalement l’élevage de l’huître creuse, Crassostrea gigas, constitue la principale activité aquacole française. Cette activité repose, en grande partie, sur le recrutement naturel de l’espèce qui assure 70% des besoins en jeunes huîtres (naissain) : cette activité de collecte s’appelle le captage. Les deux principaux centres de captage en France sont les bassins d’Arcachon et de Marennes-Oléron. Or, depuis une dizaine d'années, sur le Bassin d'Arcachon, le captage devient très variable: à des années de captage nul (par exemple les années 2002, 2005, 2007) ou faible (2009, 2010, 2011) succèdent des années excellentes voire pléthoriques (les années 2003, 2006, 2008, 2012). A Marennes-Oléron, cette variabilité existe, mais s’avère beaucoup moins marquée. En outre, à la faveur du lent réchauffement des eaux, le captage peut désormais se pratiquer de plus en plus vers le nord. Ainsi, la Baie de Bourgneuf, mais aussi la Rade de Brest sont devenues, depuis quelques années, des secteurs où un nombre croissant d’ostréiculteurs pratiquent avec succès le captage, mais avec, là aussi, des irrégularités dans le recrutement qu’il convient de comprendre. Enfin, depuis la crise des mortalités de 2008, il se développe aussi sur l’Etang de Thau une volonté de pratiquer le captage. Afin de mieux comprendre les facteurs de variations du captage, l’Ifremer a mis en place, à la demande du Comité National de la Conchyliculture, un réseau national de suivi de la reproduction : le Réseau Velyger. Créé en 2008 sur fonds européens et financé désormais par la Direction des Pêches Maritimes et de l’Aquaculture, ce réseau apporte, chaque année, sur les écosystèmes cités précédemment, une série d’indicateurs biologiques (maturation, fécondité, date de ponte, abondance et survie larvaire, intensité du recrutement, survie du naissain) dont l’analyse croisée avec des indicateurs hydrologiques et climatiques permet progressivement de mieux appréhender les causes de variabilité du recrutement de l’huître creuse en France, modèle biologique et espèce clé de la conchyliculture française. Ce rapport présente donc les résultats 2012 de ce réseau d’observation et fait appel, pour la partie hydro-climatique, à des observations acquises par d’autres réseaux. Il détaille toutes les caractéristiques par secteur du cycle de reproduction de l’huitre creuse : maturation des adultes, période de ponte, abondance et survie des larves, intensité du captage et mortalités précoces. Il fournit ensuite une interprétation et une synthèse des résultats 2012 par secteur et à la lueur des résultats des années antérieures. Ainsi, pour l’année 2012, on retiendra les faits majeurs suivants : • Après une année 2011 particulièrement sèche, l’année 2012 s’avère plutôt humide à partir du printemps avec un gradient Nord-Sud marqué. Ce gradient se retrouve dans les concentrations phytoplanctoniques : elles sont élevées en Rade de Brest et Baie de Bourgneuf, normales à faibles du Bassin de Marennes Oléron à l’Etang de Thau. En outre, jusqu’au mois de juillet, les températures de l’air et de l’eau sont tout justes dans les normes voire déficitaires pour les sites les plus au nord. • Ces conditions hydro-climatiques ont imprimé un gradient dans la maturation et la fécondité des huitres adultes avec un indice de condition très élevé en Rade de Brest, élevé en Baie de Bourgneuf, normal à faible du Bassin de Marennes Oléron à l’Etang de Thau. En outre, le manque de chaleur jusqu’en juillet s’est traduit par une ponte plutôt tardive sur l’ensemble des écosystèmes de la côte atlantique, à l’exception de la ponte en Baie de Bourgneuf qui a été très précoce compte tenu des conditions. A contrario, le Bassin d’Arcachon enregistre la ponte la plus tardive jamais observée sur ce secteur (au-delà du 15 août). A ce titre, le mécanisme du déclenchement de la ponte mériterait une attention particulière dans les années à venir. • Cela dit, grâce à un mois d’août favorable sur le plan thermique, les cohortes larvaires présentes à cette période ont eu une survie normale à bonne (e.g. 0.3 à 0.8 %), ce qui s’est traduit par un captage modéré à bon sur l’ensemble des secteurs de la façade atlantique. Il convient cependant de noter que la ponte trop précoce en Baie de Bourgneuf, qui s’est déroulée dans des eaux fraîches, n’a pas permis une bonne évolution de la cohorte larvaire (survie de 0.03 %) et le captage reste, sur ce secteur, faible à modéré en 2012. • En conséquence, l’année 2012, très différente de l’année 2011, se caractérise par un captage qualifié de « bon » dans le Bassin d’Arcachon (~230 naissains/coupelle), modéré dans le Bassin de Marennes-Oléron (~ 180 naissains/coupelle) et en Rade de Brest (~ 100 naissains/coupelle), modéré à faible en Baie de Bourgneuf (15 naissains/coupelle) et faible à nul dans l’étang de Thau (~ 5 naissains/coupelle). Ce rapport montre aussi que l’étang de Thau joue un rôle d’exception. Malgré une ponte d’intensité normale, des abondances de larves élevées et une bonne survie des cohortes, le captage 2012 y est très faible ce qui positionne l’étang de Thau en dehors du modèle de fonctionnement admis pour le cycle de reproduction de l’huître creuse sur la façade atlantique. Il semble que, sur ce site, la métamorphose constitue un verrou biologique qu’il convient d’étudier.

Ce rapport rend compte des résultats acquis entre 2007 et 2012 sur les paramètres hydrologiques et le phytoplancton, dans le cadre des réseaux REPHY et ARCHYD (pour les points du Bassin d’Arcachon), et celui du contrôle de surveillance des masses d'eau du district Adour-Garonne qui ne faisaient pas l’objet de suivi avant la mise en œuvre de la DCE. Ce document contient des résultats concernant les éléments de qualité physico-chimique (oxygène dissous et nutriments pour les deux types de masses d’eau, température et transparence pour les masses d’eau côtières exclusivement) selon des méthodes présentées dans quatre documents (Daniel, 2009 a et b ; Daniel et Soudant, 2010, 2011), qui sont rapportées dans une annexe de ce rapport. Sont également inclues dans ce document les données d'évaluation de la qualité des masses d'eau vis-à-vis de l'indicateur « phytoplancton » récemment calculées par Soudant et Belin (2012), sur la base des données contenues dans la base Quadrige pour la période comprise entre le 01/01/2007 et le 31/12/2012 . L'explication des modes de calcul de cet indicateur et des différents indices qui président à son élaboration est rapportée en annexe.

Le réseau biovigilance a réalisé en 2010 la caractérisation du niveau de ploïdie des naissains captés en 2009 dans les deux principaux bassins de captage que sont Marennes Oléron et Arcachon. Les échantillons des naissains sauvages issus du captage naturel ont été prélevés sur 4 sites dans chaque bassin et pour un total analysé de 1379 animaux. En tenant compte de notre échantillonnage, nos résultats de suivi de ploïdie concluent à l'absence d 'animaux polyploïdes, triploïdes ou tétraploïdes, captés dans les deux bassins prospectés. Cependant, les deux bassins de captage prospectés sont caractérisés par la présence de naissains affectés de diverses anomalies génomiques: cassures d 'ADN et Aneuploïdie (hypodiploïdie) ADN c à d une diminution de la taille du génome suite à la perte de matériel génétique par rapport au niveau diploïde. Comme en 2009, ces anomalies génomiques affectant les naissains de C. gigas ont été montrées en 2010 comme étant négativement corrélée avec le niveau de survie des naissains face à la mortalité pendant cette même année. Dans le contexte des mortalités qui impactent lourdement les naissains de C. gigas, et compte tenu du fait que les deux bassins naisseurs étudiés sont à la base de la fourniture de pratiquement les trois quarts des naissains annuellement utilisés en France, l'occurrence de ces anomalies génomiques mises en évidence dans le cadre du réseau biovigilance devrait susciter un intérêt particulier sur leur causes ainsi que les moyens concertés à mettre en oeuvre pour diminuer leur prévalence et cela notamment en relation avec la qualité du milieu marin au niveau de ces deux bassins

Le suivi de la ploïdie du naissain capté dans les deux principaux bassins de captage que sont Marennes Oléron et d'Arcachon a été réalisé par cytométrie en flux . Les échantillons de naissain naturel ont été prélevés sur 3 sites dans chaque bassin et pour un total de 1002 animaux analysés. En tenant compte de notre échantillonnage, nos résultats de suivi de ploïdie concluent à l 'absence d'animaux polyploïdes. triploïdes ou tétraploïdes, captés dans les deux bassins prospectés. Ces résultats sont conformes aux prévisions en la matière et n'apportent donc aucune raison de modification des pratiques en cours dans la filière ostréicole triploïde. Cependant, pour la deuxième année consécutive, les deux bassins de captage que sont Marennes Oléron et Arcachon sont caractérisés par la présence simultanée de naissains aneuploïdes du type hypodiploïdes. Sachant que l 'aneuploïdie des naissains de C. gigas est négativement corrélée avec leurs performances biologiques, l'occurrence simultanée de la même tendance à l 'hypodiploïdie dans les deux bassins prospectés devrait susciter un intérêt particulier concernant la qualité des naissains captés et notamment leur aptitude à survivre face aux divers stress biotique et abiotiques qu 'ils subissent durant leur élevage.

Après une quinzaine d'années pendant lesquelles le captage de l'huître creuse a été normal ou pléthorique dans le Bassin d'Arcachon, la saison 1998 a conduit à un faible recrutement. Ce déficit de captage a suscité la mise en place, en 1999, d'un programme pluriannuel destiné à mieux comprendre les raisons de la variabilité du recrutement de naissains d'huîtres creuses. Le programme a ainsi été poursuivi au cours des étés 2000 à 2002.

Depuis 1988, le Bassin d'Arcachon fait l'objet d'un suivi hydrologique concernant 8 stations réparties sur l'ensemble de la baie. L'échantillonnage est réalisé une fois par semaine, aux alentours de la mi journée, alternativement à l'étale de basse mer (par fort coefficient) et à l'étale de haute-mer (par faible coefficient). Différents paramètres physiques, chimiques et biologiques sont mesurés : température, salinité, matière en suspension, silicate, nitrate, ammonium, phosphate, chlorophylle a et phéopigments. Pour l'ensemble de ces paramètres, quatre niveaux de variabilité sont analysés : spatiale, tidale, saisonnière et inter-annuelle, en utilisant des modèles linéaires mêlant facteurs fixes à modalités qualitatives et covariables quantitatives continues. L'explication de ces variations s'appuie sur l'analyse de différents facteurs (données météorologiques, localisation des stations dans le gradient continent-océan, cycles biogéochimiques). Les niveaux atteints, dans le Bassin d'Arcachon, par les différents paramètres sont comparés avec ceux obtenus dans d'autres zones côtières françaises.

Ce rapport rend compte des résultats acquis en 2007 sur les paramètres hydrologiques et le phytoplancton, dans le cadre des réseaux REPHY et ARCHYD (pour les points du Bassin d’Arcachon), et celui du contrôle de surveillance des masses d'eau du district Adour-Garonne qui ne faisaient pas l’objet de suivi avant la mise en œuvre de la DCE. Ce document contient des résultats concernant les éléments de qualité physico-chimique (oxygène dissous et nutriments pour les deux types de masses d’eau, température et turbidité pour les masses d’eau côtières exclusivement). Sont également inclues dans ce document les données d'évaluation de la qualité des masses d'eau vis-à-vis de l'indicateur « phytoplancton » calculées par Soudant et Belin (2009), sur la base des données contenues dans la base Quadrige pour la période comprise entre le 01/01/2002 et le 31/12/2007 . L'explication des modes de calcul de cet indicateur et des différents indices qui président à son élaboration est rapportée en annexe.

L’Ifremer coordonne, sur l’ensemble du littoral métropolitain, la mise en oeuvre des réseaux d’observation et de surveillance de la mer côtière. Ce bulletin contient une synthèse et une analyse des données collectées par l’ensemble des réseaux pour les départements de la Gironde, des Landes et des Pyrénées atlantiques. Des représentations graphiques homogènes, assorties de commentaires, donnent des indications sur les niveaux et les tendances des paramètres mesurés.

Depuis 2009, l'Observatoire Conchylicole assure le suivi, sur des sites ateliers disposés sur l'ensemble du littoral français, de lots sentinelles d'huîtres creuses Crassostrea gigas représentatifs de la production française. Leur suivi permet d'acquérir des données nationales de croissance et de mortalité, de traduire la dynamique spatio-temporelle des performances d’élevage et ainsi de participer à la compréhension des phénomènes observés. Pour ce faire, des lots sentinelles d’huîtres correspondant à différentes origines (captage ou écloserie, diploïdes ou triploïdes) et à différents stades d’élevage (naissain ou adultes 18 mois) sont déployés simultanément sur 13 sites ateliers représentant les grandes régions conchylicoles du littoral français. En parallèle des suivis de croissance et de mortalité, des données associées à la présence d’agents infectieux dans ces huîtres, ainsi que des variables environnementales (température, salinité, flores sur certains sites) sont acquises. L’ensemble des données acquises par l’Observatoire Conchylicole est diffusé en temps quasiréel, par l’intermédiaire d’un site internet dédié affichant les courbes de mortalité, de croissance et de température sur chaque site (actualisé tous les 15 jours). Des bulletins résumant les évolutions des divers paramètres sont également téléchargeables sur le site. Enfin, les mesures haute fréquence de température, pression et salinité des différents sites sont accessibles en temps réel sur un serveur spécifique. Les résultats des suivis réalisés en 2011 mettent en évidence des différences significatives entre les taux de mortalité cumulée sur les lots de naissains diploïdes (moyenne nationale 73 % ± 11%), de naissain triploïde (moyenne nationale 44.4 % ± 20%) et d’huîtres de 18 mois (moyenne nationale 3.1 % ± 4%). Certains sites apparaissent fortement touchés quel que soit le lot de naissain (tels que l’étang de Thau ou Loix en Ré), en opposition à certains autres pour lesquels les taux de mortalité cumulée sont plus faibles (Morlaix, Géfosse). La cinétique d’apparition des mortalités diffère selon les sites, et semble suivre un gradient sud-nord, fortement corrélé à la date du passage d’une température seuil (16° C). Ainsi, la première vague de mortalité est observée sur l’étang de Thau dès la mi-avril, alors qu’elle n’apparaît qu’à partir du mois de juin sur les sites de Normandie, Blainville ou Géfosse. Les analyses pathologiques réalisées lors des premiers constats de mortalité sur chaque type de lots de naissain, et pour chaque site, montrent une présence quasi-permanente de l'herpes virus OsHV-1 μvar (détecté dans 81 % des échantillons analysés), associée à la présence de Vibrio splendidus (détecté dans 92 % des échantillons analysés) : une corrélation est observée entre le nombre d’individus porteurs du virus OsHV-1 μvar et les taux de mortalité. Parallèlement à cela, la bactérie Vibrio aesturianus n’a été détectée que dans 4 % des échantillons analysés, sa présence restant donc anecdotique. Les données de croissance des lots étudiés mettent en évidence des performances globalement bonnes pour l’année 2011, aussi bien sur le naissain que sur le 18 mois. En effet, après des taux de croissance comparables aux moyennes décennales 2001-2010 jusqu’au mois de juin, on observe des gains de poids nettement plus élevés de septembre à décembre (environ 50% supérieur pour les sites situés plus au Nord tels que Blainville, Géfosse, Cancale et Brest).

Depuis 1992, la surveillance de la santé des mollusques marins du littoral français est assurée par le réseau de Pathologie des Mollusques (Repamo). Ses activités s’inscrivent dans le cadre de la Directive Européenne 2006/88/CE. Depuis son évaluation par la plateforme nationale d’épidémiosurveillance en santé animale en 2012, l’objectif de surveillance est la détection précoce des infections dues à des organismes pathogènes exotiques et émergents affectant les mollusques marins sauvages et d’élevage. L’année 2015 est la première année de transition pour laquelle un début d’évolution des modalités de surveillance de la santé des mollusques marins animées par l’Ifremer a été amorcé. Un dispositif hybride de surveillance a été mis en place, s’appuyant sur l’existant et intégrant des débuts d’évolution. La surveillance événementielle a constitué l’activité principale du dispositif en 2015 et s’est appuyée sur des réseaux existants : (1) la surveillance des mortalités observées sur des animaux sentinelles déployés sur les sites ateliers des réseaux Ifremer RESCO 2 (12 sites) pour l’huître creuse Crassostrea gigas et MYTILOBS 2 (8 sites) pour la moule bleue Mytilus edulis. Pour l’huître creuse Crassostrea gigas, la mortalité cumulée moyenne était de 50,3% (écart-type 10,9%) pour le naissain standardisé Ifremer (NSI), de 11,0% (écart-type 9,1%) pour les huîtres de 18 mois et de 7,3% (écart-type 5,6%) pour les huîtres de 30 mois. Les mortalités ont été observées principalement entre le début du mois de mai et la mi-juillet. Lors de ces épisodes de mortalité, des prélèvements d’animaux ont été réalisés en vue d’analyses diagnostiques : 7 prélèvements pour le NSI, 2 pour les huîtres de 18 mois et 1 pour les huîtres de 30 mois. Aucun agent réglementé n’a été détecté dans les échantillons d’huîtres creuses prélevés et analysés. Le virus OsHV-1 a été détecté dans les 7 échantillons analysés de NSI, dans 2 échantillons analysés d’huîtres de 18 mois et dans 1 échantillon analysé d’huîtres de 30 mois. La bactérie Vibrio aestuarianus a été détectée dans 5 échantillons analysés de NSI, dans 1 échantillon d’huîtres de 18 mois et dans 1’échantillon d’huîtres de 30 mois. Pour la moule bleue Mytilus edulis, des mortalités cumulées variant de 9% sur le site du Vivier à 51% sur le site des filières du Pertuis Breton ont été estimées. Les mortalités ont été observées au printemps sur des moules âgées d’une année et en automne sur des moules plus jeunes. Lors de ces épisodes de mortalités, des prélèvements d’animaux ont été réalisés en vue d’analyses diagnostiques : 2 prélèvements pour les moules d’une année et 1 pour les jeunes moules. Ces prélèvements ont eu lieu dans le Pertuis Breton. Aucun agent réglementé n’a été détecté dans les échantillons de moules prélevés et analysés. Des bactéries du groupe Splendidus ont été détectées dans les 3 échantillons de moules analysés. (2) la surveillance s’appuyant sur les déclarations de mortalités de mollusques par les conchyliculteurs et pêcheurs à pied professionnels auprès des Directions départementales des territoires et de la mer (DDTM). Cette modalité s’applique aux huîtres creuses et aux moules bleues lorsqu’il n’existe pas de site atelier RESCO 2 ou MYTILOBS 2 dans la zone où des mortalités sont déclarées par les conchyliculteurs ou pêcheurs à pied. Le réseau REPAMO 2 a réalisé 22 interventions, dont 15 pour les moules Mytilus edulis, 4 pour les coques Cerastoderma edule, 2 pour les palourdes Ruditapes sp. et 1pour les coquilles saint Jacques Pecten maximus. La recherche d’agents infectieux dans ces espèces de mollusques prélevés lors de hausse de mortalité a permis de mettre en évidence les parasites réglementés Perkinsus olseni dans 1 lot de palourdes, et Marteilia refringens dans 4 lots de moules, ainsi que le virus OsHV-1 dans 1 lot de palourdes et 1 lot de coques, la bactérie Vibrio aestuarianus dans 3 lots de coques, et des bactéries du groupe Splendidus dans 3 lots de coques et dans 13 lots de moules. L’année 2015 a également permis la démonstration sur un site atelier d’un exercice de surveillance programmée, ciblée et fondée sur les risques d’introduction et d’installation d’un organisme pathogène exotique. Elle a concerné le parasite Mikrocytos mackini de l’huître creuse Crassostrea gigas, sur un site atelier de la Charente-Maritime, suivi par le réseau RESCO 2. Le parasite Mikrocytos mackini n’a pas été détecté. En revanche, le parasite Marteilia refringens a été détecté dans ¾ des prélèvements d’huîtres réalisés. Dans le cadre du soutien scientifique et technique de l’évolution de la surveillance événementielle, l’année 2015 a également permis de poursuivre la démarche relative aux développements méthodologiques en lien avec la surveillance événementielle des mortalités de mollusques marins. Une étude de faisabilité de la recherche prospective de regroupements spatio-temporels d’événements de mortalités d’huîtres creuses a été préparée en collaboration avec tous les acteurs de la santé des mollusques marins en Normandie. Un outil de collecte et d’analyse des données de signalements des mortalités, automatisé, simple d’utilisation et flexible, a été élaboré.

Ce rapport rend compte des résultats sur les paramètres hydrologiques et le phytoplancton acquis dans le cadre de la DCE (contrôle de surveillance entre 2014 et 2019), dans les masses d’eau côtières et de transition du bassin Adour-Garonne

Comme pour les années précédentes, le réseau biovigilance a réalisé en 2011 la caractérisation du niveau de ploïdie des naissains captés en 2010. Pour la première fois, en plus des deux principaux bassins de captage que sont Marennes Oléron et Arcachon, un bassin additionnel (Vendée) a été prospecté via l'analyse de naissains sauvages captés en 2010 au niveau de la baie de Bourgneuf. Les échantillons des naissains sauvages issus du captage naturel ont été prélevés sur les sites de chaque bassin pour un total analysé de plus de 1800 animaux. En tenant compte de notre échantillonnage, nos résultats de suivi de ploïdie concluent à l'absence d'animaux polyploïdes, triploïdes ou tétraploïdes, captés dans les trois bassins prospectés. Cependant, les bassins de captage prospectés restent comme les autres années précédentes caractérisés par la présence de naissains affectés de divers taux d'anomalies génomiques: cassures d'ADN et Aneuploïdie ADN (hypodiploïdie), c.à.d. une diminution de la taille du génome suite à la perte de matériel génétique par rapport au niveau diploïde. Il est important de noter que, comme pour toutes les années précédentes, aucun naissain hypo ou hypertriploïde, marqueur d' une hypothétique reproduction des huîtres triploïdes, n'a été détecté pendant cette campagne. Dans le contexte des mortalités qui impactent lourdement les naissains de C. gigas, et compte tenu du fait que les deux bassins naisseurs étudiés sont à la base de la fourniture de pratiquement les trois quarts des naissains annuellement utilisés en France, l'occurrence de ces anomalies génomiques mises en évidence dans le cadre du réseau biovigilance devrait susciter un intérêt particulier sur leur causes ainsi que les moyens concertés à mettre en oeuvre pour diminuer leur prévalence et cela notamment en relation avec la qualité du milieu marin au niveau de ces deux bassins.

Durant chaque saison estivale, le laboratoire IFREMER d'Arcachon réalise, dans le cadre d'une convention avec la Section Régionale Conchylicole (SRC) Arcachon-Aquitaine, le suivi de la reproduction des huîtres creuses dans le Bassin d'Arcachon. Ce suivi a pour but de fournir aux ostréiculteurs les informations nécessaires à la mise en oeuvre du captage de naissains : > dates et importance des pontes, > vitesse de développement des larves, > présence dans le milieu des stades les plus évolués (proches de la fixation).

Créé en 1992, le réseau REPAMO (REseau de PAthologie des MOllusques) est un réseau de surveillance de la santé des mollusques marins du littoral français. Son activité s'inscrit dans le cadre de deux Directives Européennes, les Directives 91 /67/CEE et 95/70/CE. Les objectifs du réseau sont de prévenir l'introduction et la propagation d'organismes pathogènes, en particulier ceux à déclaration obligatoire et de surveiller l'évolution de ceux déjà présents sur le territoire national. Ces activités font parties des missions institutionnelles de l'IFREMER. La surveillance assurée par le réseau vise en premier lieu les infections à déclaration obligatoire présentes en France, la bonamiose à Bonamia ostreae et la Marteiliose à Marteilia refringens chez l'huître plate Ostrea edulis Les deux secteurs en attente d'agrément vis à vis de ces deux maladies sont la zone X et le banc de Granville situé dans la zone IX. En accord avec la DPMA, il a été décidé de suspendre cette surveillance en 2007 (difficulté d'accès à la ressource et très faible densité en huîtres plates en zone X, détection de Bonamia ostreae sur le banc de Granville en 2006). L'étude des cas de mortalités anormales a été poursuivie; le nombre d'évènements en 2007 est supérieur à celui de 2006 (38 évènements, 78 lots analysés, 12 constats rédigés), ils ont principalement eu lieu en période estivale et ont touché la majorité des bassins de production. Comme les années précédentes, OsHV -1 a été détecté par PCR dans de nombreux cas de mortalités de jeunes huîtres creuses (larves, naissain et juvéniles). De nouvelles méthodes diagnostiques reposant sur des techniques biomoléculaires spécifiques ont été développées en 2007 et sont désormais employées pour la recherche de bactéries Vibrionacées connues pour être impliquées dans des mortalités de mollusques (Vibrio splendidus, V. aestuarianus et V. coralliilyticus). Des cas de co·infections OsHV-1 et bactéries Vibrionacées ont été mis en évidence. Dans une moindre mesure, des mortalités ont également affecté des moules de différentes classes d'âge en Méditerranée et en baie de Vilaine ainsi que des ormeaux dans le Cotentin. Pour les années 2006·2007, la surveillance zoosanitaire des populations élevées et sauvages de mollusques a ciblé les deux espèces de moules, Mytilus edulis et Mytilus galloprovincialis et leur infection par le parasite Marteilia refringens. En 2007, 6 secteurs de captage et/ou de production mytilicoles ont été suivis (8 en 2006). Il en resort que Marteilia refringens est présent dans les sites mytilicoles de la Baie des Veys (14), de la Rade de Brest (29) et de l'étang de Thau (34) avec une faible prévalence (10% maximum) et affecte principalement des moules cultivées adultes, sauf dans l'étang de Thau où les moules sauvages comme les moules cultivées, naissain comme adultes sont touchées. Les trois protocoles d'épidémiosurveillance ont été complétés par une étude particulière avec l'accord de l'autorité compétente. En 2007, faisant suite à la déclaration par l'Espagne et l'Irlande de cas d'infections à Candidatus Xenohaliotis califomiensis chez des ormeaux d'élevage, il a été décidé d'effectuer une recherche de cet organisme à déclaration obligatoire (Office International des Epizooties) dans les ormeaux produits en France.

Ce rapport rend compte des résultats sur les paramètres hydrologiques et le phytoplancton acquis dans le cadre de la DCE (contrôle de surveillance) entre 2016 et 2021, dans les masses d’eau côtières et de transition du bassin Adour-Garonne

Ce rapport rend compte des résultats sur les paramètres hydrologiques et le phytoplancton acquis dans le cadre de la DCE (contrôle de surveillance) entre 2015 et 2020), dans les masses d’eau côtières et de transition du bassin Adour-Garonne

Ce rapport présente la comparaison des mortalités de deux lots de naissains de Crassostrea gigas dans plusieurs bassins conchylicoles et déterminer le gain de survie obtenu par la sélection pour des huîtres diploïdes

Ce rapport rend compte des résultats acquis entre 2009 et 2014 sur les paramètres hydrologiques et le phytoplancton, dans le cadre des réseaux REPHY et ARCHYD (pour les points du Bassin d’Arcachon), et celui du contrôle de surveillance des masses d'eau du bassin Adour-Garonne qui ne faisaient pas l’objet de suivi avant la mise en oeuvre de la DCE. Ce document contient des résultats concernant les éléments de qualité physicochimique (oxygène dissous pour les deux types de masses d’eau, azote inorganique dissous pour les masses d’eau côtières et les masses d’eau de transition peu turbides, température et transparence pour les masses d’eau côtières exclusivement) selon des méthodes présentées dans trois documents (Daniel, 2009 a et b ; Daniel et Soudant, 2011), qui sont rapportées dans l’annexe 1 de ce rapport. Sont également incluses dans ce document les données d'évaluation de la qualité des masses d'eau vis-à-vis de l'indicateur « phytoplancton » récemment calculées par Soudant et Lamoureux (Ifremer) sur la base des données contenues dans la base Quadrige pour la période comprise entre le 01/01/2009 et le 31/12/20144. L'explication des modes de calcul de cet indicateur et des différents indices qui président à son élaboration est rapportée en annexe 1.

Après un rappel du contexte de l’étude, le document présente la stratégie et les outils méthodologiques mis en œuvre par le laboratoire pour évaluer la stabilité des échantillons d’eau destinés à l’analyse des nutriments (ammonium, nitrate + nitrite, nitrite, phosphate et silicate) dans les eaux estuariennes et marines. Ce document donne des éléments qui permettent de statuer sur le délai de conservation des échantillons avant leur mise en analyse.

Ce rapport rend compte des résultats acquis entre 2006 et 2011 sur les paramètres hydrologiques et le phytoplancton, dans le cadre des réseaux REPHY et ARCHYD (pour les points du Bassin d’Arcachon), et celui du contrôle de surveillance des masses d'eau du district Adour-Garonne qui ne faisaient pas l’objet de suivi avant la mise en œuvre de la DCE. Ce document contient des résultats concernant les éléments de qualité physico-chimique (oxygène dissous pour les deux types de masses d’eau, température et transparence pour les masses d’eau côtières exclusivement) selon des méthodes présentées dans trois documents (Daniel, 2009 a et b ; Daniel et Soudant, 2011), qui sont rapportées dans une annexe de ce rapport. Sont également inclues dans ce document les données d'évaluation de la qualité des masses d'eau vis-à-vis de l'indicateur « phytoplancton » récemment calculées par Soudant et Belin (2012), sur la base des données contenues dans la base Quadrige pour la période comprise entre le 01/01/2006 et le 31/12/2011 . L'explication des modes de calcul de cet indicateur et des différents indices qui président à son élaboration est rapportée en annexe.

Après une quinzaine d'années pendant lesquelles le captage de l'huître creuse a été normal ou pléthorique dans le Bassin d'Arcachon, la saison 1998 a donné de très faibles résultats. Plusieurs hypothèses ont été émises pour expliquer ce déficit : conditions climatiques et hydrologiques exceptionnelles, manque de nourriture pour les larves, maladie, contamination du milieu ayant eu un impact sur les larves ou sur leur nourriture. Chacune de ces hypothèses a été étudiée, en reprenant les données de 1998 lorsqu'elles étaient disponibles, et en acquérant l'ensemble des données nécessaires à l'explication du phénomène au cours de la saison de reproduction 1999.

Comme pour les années précédentes, le réseau biovigilance a réalisé en 2012 la caractérisation du niveau de ploïdie de naissains captés en 2011. En plus des deux principaux bassins de captage que sont Marennes Oléron et Arcachon, un bassin additionnel (baie de Bourgneuf) a été prospecté grâce à l’analyse de naissains sauvages captés en 2011 au niveau du site de la bernerie en Retz. Les échantillons des naissains sauvages issus du captage naturel ont été prélevés sur plusieurs sites de chaque bassin pour un total analysé de 1340 animaux. En tenant compte de l’échantillonnage, les résultats de suivi de ploïdie sont interprétés comme une absence d’animaux polyploïdes, triploïdes ou tétraploïdes, captés dans les trois bassins prospectés. Cependant, comme les années précédentes la présence de naissains affectés de divers taux d’anomalies génomiques a été rapporté en 2012 : cassures d’ADN et aneuploïdie ADN (hypodiploïdie : une diminution de la taille du génome suite à la perte de matériel génétique par rapport au niveau diploïde). Il est important de noter que, comme pour toutes les années précédentes, aucun naissain hypo ou hypertriploïde, marqueur d’une hypothétique reproduction des huîtres triploïdes, n’a été détecté dans les échantillons collectés. Dans le contexte des mortalités qui impactent lourdement les naissains de C. gigas, et compte tenu du fait que les deux bassins naisseurs étudiés sont à la base de la fourniture de pratiquement les trois quarts des naissains annuellement utilisés en France, l’occurrence de ces anomalies génomiques mises en évidence dans le cadre du réseau biovigilance pose la question de leur causes et cela notamment en relation avec la qualité du milieu marin au niveau de ces différents bassins.

Ce rapport rend compte des résultats sur les paramètres hydrologiques et le phytoplancton acquis dans le cadre de la DCE (contrôle de surveillance entre 2013 et 2018), dans les masses d’eau côtières et de transition du bassin Adour-Garonne

Ce rapport rend compte des résultats acquis entre 2012 et 2017 sur les paramètres hydrologiques et le phytoplancton, dans le cadre des réseaux REPHY et ARCHYD (pour les points du Bassin d’Arcachon), et celui du contrôle de surveillance des masses d'eau du bassin Adour-Garonne qui ne faisaient pas l’objet de suivi avant la mise en oeuvre de la DCE. Ce document contient des résultats concernant les éléments de qualité physicochimique (oxygène dissous pour les deux types de masses d’eau, azote inorganique dissous pour les masses d’eau côtières et les masses d’eau de transition peu turbides, température et transparence pour les masses d’eau côtières exclusivement) selon des méthodes présentées dans l’annexe 1 de ce rapport. Sont également incluses dans ce document les données d'évaluation de la qualité des masses d'eau vis-à-vis de l'indicateur « phytoplancton » récemment calculées par Soudant et Lamoureux (Ifremer) à partir des données contenues dans la base Quadrige² pour la période comprise entre le 01/01/2012 et le 31/12/2017. L'explication des modes de calcul de cet indicateur et des différents indices qui président à son élaboration est rapportée en annexe 1.