16 results on '"Alves Carvalho, Susete"'
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2. Full-length de novo assembly of RNA-seq data in pea (Pisum sativum L.) provides a gene expression atlas and gives insights into root nodulation in this species
- Author
-
Alves-Carvalho, Susete, Aubert, Grégoire, Carrère, Sébastien, Cruaud, Corinne, Brochot, Anne-Lise, Jacquin, Françoise, Klein, Anthony, Martin, Chantal, Boucherot, Karen, Kreplak, Jonathan, da Silva, Corinne, Moreau, Sandra, Gamas, Pascal, Wincker, Patrick, Gouzy, Jérôme, and Burstin, Judith
- Published
- 2015
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3. Comparative transcriptome analysis at the onset of speciation in a mimetic butterfly—The Ithomiini Melinaea marsaeus
- Author
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Piron‐Prunier, Florence, primary, Persyn, Emma, additional, Legeai, Fabrice, additional, McClure, Melanie, additional, Meslin, Camille, additional, Robin, Stéphanie, additional, Alves‐Carvalho, Susete, additional, Mohammad, Ammara, additional, Blugeon, Corinne, additional, Jacquin‐Joly, Emmanuelle, additional, Montagné, Nicolas, additional, Elias, Marianne, additional, and Gauthier, Jérémy, additional
- Published
- 2021
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4. AskoR, A R Package for Easy RNASeq Data Analysis
- Author
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Legeai, Fabrice, primary, Alves-Carvalho, Susete, additional, Gazengel, Kévin, additional, Bretaudeau, Anthony, additional, Robin, Stéphanie, additional, and Daval, Stéphanie, additional
- Published
- 2021
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5. Comparative transcriptome analysis at the onset of speciation in a mimetic butterfly, the Ithomiini Melinaea marsaeus
- Author
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Piron‐prunier, Florence, Persyn, Emma, Legeai, Fabrice, Mcclure, Melanie, Meslin, Camille, Robin, Stéphanie, Alves‐carvalho, Susete, Mohammad, Ammara, Blugeon, Corinne, Jacquin‐joly, Emmanuelle, Montagné, Nicolas, Elias, Marianne, Gauthier, Jeremy, Piron‐prunier, Florence, Persyn, Emma, Legeai, Fabrice, Mcclure, Melanie, Meslin, Camille, Robin, Stéphanie, Alves‐carvalho, Susete, Mohammad, Ammara, Blugeon, Corinne, Jacquin‐joly, Emmanuelle, Montagné, Nicolas, Elias, Marianne, and Gauthier, Jeremy
- Abstract
Ecological speciation entails divergent selection on specific traits, and ultimately on the developmental pathways responsible for these traits. Selection can act on gene sequences, but also on regulatory regions responsible for gene expression. Mimetic butterflies are a relevant system for speciation studies because wing color pattern (WCP) often diverges between closely related taxa, and is thought to drive speciation through assortative mating and increased predation on hybrids. Here we generate the first transcriptomic resources for a mimetic butterfly of the tribe Ithomiini, Melinaea marsaeus, to examine patterns of differential expression between two subspecies and between tissues that express traits that likely drive reproductive isolation; WCP and chemosensory genes. We sequenced whole transcriptomes of three life stages to cover a large catalogue of transcripts and we investigated differential expression between subspecies in pupal wing discs and antennae. Eighteen known WCP genes were expressed in wing discs and 115 chemosensory genes were expressed in antennae, with a remarkable diversity of chemosensory protein genes. Many transcripts were differentially expressed between subspecies, including two WCP genes and one odorant receptor. Our results suggest that in M. marsaeus the same genes as in other mimetic butterflies are involved in traits causing reproductive isolation, and point at possible candidates for the differences in those traits between subspecies. Differential expression analyses of other developmental stages and body organs and functional studies are needed to confirm and expand these results. Our work provides key resources for comparative genomics in mimetic butterflies, and more generally in Lepidoptera.
- Published
- 2021
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6. Pea in the genomic era
- Author
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Burstin, Judith, Alves Carvalho, Susete, Aluome, Christelle, Tayeh, Nadim, Brochot, Anne-Lise, Carrere, Sebastien, Kreplak, Jonathan, Klein, Anthony, Lecomte, Christophe, Bourion, Virginie, Delaitre, Catherine, Falque, Matthieu, Cruaud, Corinne, Salloignon, Pauline, Truntzer, Caroline, Moreau, Sandra, Balzergue, Sandrine, Lejeune-Henaut, Isabelle, Gamas, Pascal, Gouzy, Jerome, Wincker, Patrick, Le Paslier, Marie-Christine, Brunel, Dominique, Aubert, Gregoire, Duc, Gérard, Agroécologie [Dijon], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes (IGEPP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bordeaux (UB), Laboratoire des interactions plantes micro-organismes (LIPM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Génétique Quantitative et Evolution - Le Moulon (Génétique Végétale) (GQE-Le Moulon), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-AgroParisTech-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Genoscope - Centre national de séquençage [Evry] (GENOSCOPE), Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Plate-forme Protéomique CLIPP - Clinical and Innovation Proteomic Platform [Dijon] (CLIPP), Franche-Comté Électronique Mécanique, Thermique et Optique - Sciences et Technologies (UMR 6174) (FEMTO-ST), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Technologie de Belfort-Montbeliard (UTBM)-Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques (ENSMM)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] (ICMUB), Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bourgogne (UB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Recherche en Horticulture et Semences (IRHS), Université d'Angers (UA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut Charles Viollette (ICV) - EA 7394 (ICV), Université d'Artois (UA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université du Littoral Côte d'Opale (ULCO)-Institut Supérieur d'Agriculture-Université de Lille, Etude du Polymorphisme des Génomes Végétaux (EPGV), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)
- Subjects
pois ,[SDV]Life Sciences [q-bio] ,pea - Abstract
BAPPôle Geapsi; Pea in the genomic era. Séminaire IFR AIB (Agrobiosciences, Interactions & Biodiversité)
- Published
- 2015
7. Pea in the genomic era
- Author
-
Burstin , Judith, Alves Carvalho , Susete, Aluome , Christelle, Tayeh , Nadim, Brochot , Anne-Lise, Carrere , Sebastien, Kreplak , Jonathan, Klein , Anthony, Lecomte , Christophe, Bourion , Virginie, Delaitre , Catherine, Falque , Matthieu, Cruaud , Corinne, Salloignon , Pauline, Truntzer , Caroline, Moreau , Sandra, Aubourg-Balzergue , Sandrine, Lejeune-Henaut , Isabelle, Gamas , Pascal, Gouzy , Jerome, Wincker , Patrick, Le Paslier , Marie-Christine, Brunel , Dominique, Aubert , Gregoire, Duc , Gérard, Agroécologie [Dijon], Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Bourgogne ( UB ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes ( IGEPP ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université de Rennes 1 ( UR1 ), Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -Université de Rennes ( UNIV-RENNES ) -AGROCAMPUS OUEST, Biodiversité, Gènes et Communautés, Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Interactions plantes-microorganismes et santé végétale, Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université Nice Sophia Antipolis ( UNS ), Université Côte d'Azur ( UCA ) -Université Côte d'Azur ( UCA ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Génétique Quantitative et Evolution - Le Moulon (Génétique Végétale) ( GQE-Le Moulon ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -AgroParisTech-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Genoscope - Centre national de séquençage [Evry] ( GENOSCOPE ), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives ( CEA ), Plate-forme Protéomique CLIPP - Clinical and Innovation Proteomic Platform [Dijon] ( CLIPP ), Franche-Comté Électronique Mécanique, Thermique et Optique - Sciences et Technologies ( FEMTO-ST ), Université de Technologie de Belfort-Montbeliard ( UTBM ) -Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques ( ENSMM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ) -Université de Technologie de Belfort-Montbeliard ( UTBM ) -Ecole Nationale Supérieure de Mécanique et des Microtechniques ( ENSMM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Franche-Comté ( UFC ) -Institut de Chimie Moléculaire de l'Université de Bourgogne [Dijon] ( ICMUB ), Université de Bourgogne ( UB ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Bourgogne ( UB ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Institut de Recherche en Horticulture et Semences ( IRHS ), Université d'Angers ( UA ) -Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AGROCAMPUS OUEST, Institut Charles Viollette (ICV) - EA 7394 ( ICV ), Université d'Artois ( UA ) -Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université du Littoral Côte d'Opale ( ULCO ) -Institut Supérieur d'Agriculture-Université de Lille, and Etude du Polymorphisme des Génomes Végétaux ( EPGV )
- Subjects
[ SDV ] Life Sciences [q-bio] ,pois ,pea - Abstract
BAPPôle Geapsi; Pea in the genomic era. Séminaire IFR AIB (Agrobiosciences, Interactions & Biodiversité)
- Published
- 2015
8. Pea in the genomic era
- Author
-
Alves Carvalho, Susete, Aluome, Christelle, Aubert, Gregoire, Cruaud, Corinne, Klein, Anthony, Jacquin, Françoise, Carrere, Sebastien, Brochot, Anne-Lise, Kreplak, Jonathan, Martin, Chantal, Boucherot, Karen, Da Silva, Corinne, Gamas, Pascal, Wincker, Patrick, Brunel, Dominique, Le Paslier, Marie-Christine, Gouzy, Jerome, Burstin, Judith, Agroécologie [Dijon], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Etude du Polymorphisme des Génomes Végétaux (EPGV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Genoscope - Centre national de séquençage [Evry] (GENOSCOPE), Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Unité mixte de recherche interactions plantes-microorganismes, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), and Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées
- Subjects
[SDV]Life Sciences [q-bio] ,[SDE]Environmental Sciences ,[SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology ,ComputingMilieux_MISCELLANEOUS - Abstract
National audience
- Published
- 2014
9. Reference-free high-throughput SNP detection in pea: an example of discoSnp usage for a non-model complex genome
- Author
-
Alves Carvalho, Susete, Uricaru, Raluca, Duarte, Jorge, Lemaitre, Claire, Rivière, Nathalie, Boutet, Gilles, Baranger, Alain, Peterlongo, Pierre, Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes (IGEPP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Laboratoire Bordelais de Recherche en Informatique (LaBRI), Université de Bordeaux (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB), Scalable, Optimized and Parallel Algorithms for Genomics (GenScale), Inria Rennes – Bretagne Atlantique, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-GESTION DES DONNÉES ET DE LA CONNAISSANCE (IRISA-D7), Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Télécom Bretagne-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Télécom Bretagne-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Télécom Bretagne-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Biogemma, Chappes, France, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2, GESTION DES DONNÉES ET DE LA CONNAISSANCE (IRISA-D7), Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Télécom Bretagne-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-CentraleSupélec-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-CentraleSupélec-Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-CentraleSupélec-Inria Rennes – Bretagne Atlantique, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), Peterlongo, Pierre, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes (UR)-AGROCAMPUS OUEST, Université de Bordeaux (UB)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Télécom Bretagne-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Télécom Bretagne-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), and Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Télécom Bretagne-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
- Subjects
polymorphisme nucléotidique simple (SNP) ,pisum ,analyse de génome ,[SDV.BV.AP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Plant breeding ,Vegetal Biology ,[SDV.BIBS] Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM] ,[SDV.BV.AP] Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Plant breeding ,[INFO.INFO-BI]Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM] ,[SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM] ,Biologie végétale ,[INFO.INFO-BI] Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM] - Abstract
International audience; Background / Purpose:Detecting Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs) between genomes is a routine task with Next Generation Sequencers (NGS) data. SNP detection methods generally need a reference genome. As non-model organisms are increasingly investigated, reference-free methods are needed. The discoSnp method detects SNPs directly from raw NGS data set(s) without using any third-party information. The pea non-model organism has a 4.5 GB complex genome without reference. We compared, on the same set of low depth pea sequences, the SNPs generated by discoSnp with those published with a previous SNP discovery pipeline, and those generated using classical mapping approach with the association of Bowtie2 and GATK tools.Main conclusion:The quality of discoSnp results in association with its very low memory needs and low time footprints led us to choose this software for a SNP discovery and direct Genotypin. By Sequencing project on a set of 48 pea genomic DNA libraries from a recombinant inbred lines subpopulation sequenced with Illumina HiSeq2000 technology. The analysis enabled to identify 88,851 SNP polymorphs on this population, from which around 60k SNPs will be genetically mapped.
- Published
- 2014
10. SNP discovery in pea: a powerful tool for academic research and breeding
- Author
-
Boutet, Gilles, Duarte, J., Alves Carvalho, Susete, Lavaud, Clément, Uricaru, Raluca, Peterlongo, Pierre, Pilet-Nayel, Marie-Laure, Baranger, Alain, Riviere, Nathalie, Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes (IGEPP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), BIOGEMMA, Laboratoire Bordelais de Recherche en Informatique (LaBRI), Université de Bordeaux (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB), Scalable, Optimized and Parallel Algorithms for Genomics (GenScale), Inria Rennes – Bretagne Atlantique, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-GESTION DES DONNÉES ET DE LA CONNAISSANCE (IRISA-D7), Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Télécom Bretagne-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Télécom Bretagne-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Télécom Bretagne-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Rennes (UR)-AGROCAMPUS OUEST, Université de Bordeaux (UB)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Télécom Bretagne-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Télécom Bretagne-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Télécom Bretagne-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2, Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Télécom Bretagne-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-CentraleSupélec-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-CentraleSupélec-Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Télécom Bretagne-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-CentraleSupélec, GESTION DES DONNÉES ET DE LA CONNAISSANCE (IRISA-D7), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-CentraleSupélec-Inria Rennes – Bretagne Atlantique, and Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)
- Subjects
[SDV]Life Sciences [q-bio] - Abstract
Événement(s) lié(s) : - 7. International Conference on Legume Genetics and Genomics (ICLGG VII); Saskatook (CAN) - (2014-07-07 - 2014-07-11); absent
- Published
- 2014
11. Recent pea genomic resources will enhance complementary improvement strategies in this crop
- Author
-
Burstin, Judith, Alves Carvalho, Susete, Tayeh, Nadim, Aluome, Christelle, Bourion, Virginie, Klein, Anthony, Carrere, Sebastien, Brochot, Anne-Lise, Salloignon, P., Siol, Mathieu, Delaitre, Catherine, Cruaud, C, Kreplak, Jonathan, Truntzer, C., Balzergue, Sandrine, Wincker, P., Le Paslier, Marie-Christine, Brunel, Dominique, Gouzy, Jerome, Lejeune-Henaut, Isabelle, Duc, Gérard, Aubert, Gregoire, Agroécologie [Dijon], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Etude du Polymorphisme des Génomes Végétaux (EPGV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité mixte de recherche interactions plantes-microorganismes, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Bourgogne (UB), Genoscope - Centre national de séquençage [Evry] (GENOSCOPE), Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Institut des Sciences des Plantes de Paris-Saclay (IPS2 (UMR_9213 / UMR_1403)), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Stress Abiotiques et Différenciation des Végétaux Cultivés (SADV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Lille, Sciences et Technologies, University of Saskatchewan. CAN., Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), and Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay
- Subjects
[SDV]Life Sciences [q-bio] ,[SDE]Environmental Sciences ,pea genomic ressources ,improvement ,high density marker genotypes ,food and beverages ,[SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology - Abstract
BAP GEAPSI BAP CT2 Événement(s) lié(s) : - 7. International Conference on Legume Genetics and Genomics (ICLGG VII); Saskatoon (CAN) - (2014-07-07 - 2014-07-11); International audience; The recent development of high-throughput sequencing and genotyping technologies has permitted pea genomics to catch up and enter into the genomic era. We will present the development of functional and structural genomic resources in pea and their application in pea breeding. We developed a pea Unigene expression atlas that allows visualization of expression profiles for any gene of interest in various tissues subjected to different conditions. This was the basis for generating a high density microarray for functional genomics and a high-throughput genotyping BeadChip array for genotyping. These tools will be extremely useful in three breeding strategies followed by the team: (i) ideotype breeding, which pursue an ideal plant model that is expected to meet the desired yield and quality requirements of producers and users; (ii) targeted breeding, which chase the good combinations of genetic factors controlling traits of interest; and (iii) genome-wide breeding, which models phenotypes from high density marker genotypes.
- Published
- 2014
12. Localisation / Globalisation: Diversity of processes in eight Dairy Basins
- Author
-
Napoleone, Martine, Corniaux, CHRISTIAN, Alavoine-Mornas, Françoise, Boutonnet, Jean-Pierre, ALVES CARVALHO, Susete, Cournut, Sylvie, Havet, Alain, Houdart, Marie, Ickowicz, A., Madelrieux, Sophie, Tourrand, J.F., Systèmes d'élevage méditerranéens et tropicaux (UMR SELMET), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Mutations des activités des espaces et des formes d'organisation dans les territoires ruraux (METAFORT), Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroParisTech, Sciences pour l'Action et le Développement : Activités, Produits, Territoires (SADAPT), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Centre national du machinisme agricole, du génie rural, des eaux et forêts (CEMAGREF), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA), Elevage des ruminants en régions chaudes (UMR ERRC), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), (ANR) (project n° ANR-2010-STRA-005-01) / research project MOUVE, Elevage des ruminants en régions chaudes ( ERRC ), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement ( CIRAD ) -Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Mutations des activités des espaces et des formes d'organisation dans les territoires ruraux ( METAFORT ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AgroParisTech-VetAgro Sup ( VAS ) -Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture ( IRSTEA ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Sciences pour l'Action et le Développement : Activités, Produits, Territoires ( SADAPT ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AgroParisTech, Systèmes d'élevage méditerranéens et tropicaux ( UMR SELMET ), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement ( CIRAD ) -Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques ( Montpellier SupAgro ) -Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier ( Montpellier SupAgro ), AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Centre National du Machinisme Agricole du Genie Rural des Eaux et Forêts ( CEMAGREF ), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement, Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture ( IRSTEA ), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Département Environnements et Sociétés (Cirad-ES), Mutations des activités des espaces et des formes d'organisation dans les territoires ruraux (UMR METAFORT), AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA), Direction Générale Déléguée à la Recherche et à la Stratégie (Cirad-Dgdrs), AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)
- Subjects
[SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences ,[ SDV.AEN ] Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition ,[SDV.BA]Life Sciences [q-bio]/Animal biology ,[ SDV.IDA ] Life Sciences [q-bio]/Food engineering ,système laitier ,fromage ,[ SDV.BA ] Life Sciences [q-bio]/Animal biology ,élevage ,adaptation au changement ,intégration territoriale ,[SDV.IDA]Life Sciences [q-bio]/Food engineering ,stratégie commerciale ,milk production ,[ SDV.SA ] Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences ,[SDV.AEN]Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition ,production laitière - Abstract
LFS innovations for local/rural development; The Changes affecting farming, operating between local and global, are important concerning milk processing. How these changes express themselves locally? What consequences concerning strategies of processing firms and concerning livestock farming systems? Developing diachronic studies we analyze interactions between marketing strategies of milk processing factories, livestock farming systems and consequences of these changes at local scales. Comparing contrasted situations (France, South America, Vietnam and Senegal), we found mostly two contrated dynamics : - a process of globalisation ( concentration of operators, increasing importance of long food chains, location of farm in high productivity areas, intensification of farming practices) - a process of strengthening relationship between product and local specificity (emphasizing local image and the link between product and the « terroir », handicraft processes of transformation), increasing of local marketing channels, farming practices valorizing a diversity of local resources. Intermediating between production and distribution, dairy factories are at the core of these two dynamics. We will present the methodologies employed to characterize the studied situations. From examples we will illustrate how are emerging and operate these two dynamics. We will discuss then how in a same place it may appear complementarity, tensions or exclusions between these two dynamics.
- Published
- 2013
13. Localisation / Globalisation: Diversity of processes in eight Dairy Basins
- Author
-
Corniaux, CHRISTIAN, Alavoine-Mornas, Françoise, Boutonnet, Jean-Pierre, ALVES CARVALHO, Susete, Cournut, Sylvie, Havet, Alain, Houdart, Marie, Ickowicz, A., Madelrieux, Sophie, Tourrand, J.F., and Napoleone, Martine
- Subjects
Animal biology ,Ingénierie des aliments ,système laitier ,fromage ,élevage ,Agricultural sciences ,adaptation au changement ,Biologie animale ,Alimentation et Nutrition ,intégration territoriale ,stratégie commerciale ,Food and Nutrition ,Food engineering ,Sciences agricoles ,production laitière - Abstract
The dairy sector is changing in South as well as in North. These changes relate to the business strategies of dairies, the characteristics of farming systems, the territorial integration of livestock activities. What is the future of dairy farming activities (and cheese processing) in the territories? Our goal is to understand the changes and forms of development of dairy farming activities implemented across small scale areas
- Published
- 2013
14. SNP discovery and genetic mapping using genotyping by sequencing of whole genome genomic DNA from a pea RIL population
- Author
-
Boutet, Gilles, primary, Alves Carvalho, Susete, additional, Falque, Matthieu, additional, Peterlongo, Pierre, additional, Lhuillier, Emeline, additional, Bouchez, Olivier, additional, Lavaud, Clément, additional, Pilet-Nayel, Marie-Laure, additional, Rivière, Nathalie, additional, and Baranger, Alain, additional
- Published
- 2016
- Full Text
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15. De novo construction of a “Gene-space” for diploid plant genome rich in repetitive sequences by an iterative Process of Extraction and Assembly of NGS reads (iPEA protocol) with limited computing resources
- Author
-
Aluome, Christelle, primary, Aubert, Grégoire, additional, Alves Carvalho, Susete, additional, Le Paslier, Marie-Christine, additional, Burstin, Judith, additional, and Brunel, Dominique, additional
- Published
- 2016
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16. Colib’read on galaxy: a tools suite dedicated to biological information extraction from raw NGS reads
- Author
-
Le Bras, Yvan, primary, Collin, Olivier, additional, Monjeaud, Cyril, additional, Lacroix, Vincent, additional, Rivals, Éric, additional, Lemaitre, Claire, additional, Miele, Vincent, additional, Sacomoto, Gustavo, additional, Marchet, Camille, additional, Cazaux, Bastien, additional, Zine El Aabidine, Amal, additional, Salmela, Leena, additional, Alves-Carvalho, Susete, additional, Andrieux, Alexan, additional, Uricaru, Raluca, additional, and Peterlongo, Pierre, additional
- Published
- 2016
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