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Introducción: La utilización de imágenes diagnósticas en autopsias clínicas y médicolegales es una práctica que viene llevándose a cabo en países diferentes al nuestro, en especial en autopsias de particular dificultad como las de fetos y neonatos. Es importante conocer la concordancia entre la resonancia magnética post mortem y la autopsia clínica para recomendar su uso rutinario en nuestro medio. Materiales y métodos: Se realizó autopsia a 20 fetos y neonatos y se tomó resonancia magnética corporal total, comparando los hallazgos por imágenes con los hallazgos de la autopsia. Se tabuló la información obtenida y se calculó el valor kappa nominal para determinar la concordancia entre los dos métodos diagnósticos. Resultados: Se calculó la concordancia entre la resonancia magnética y la autopsia clínica en la detección de malformaciones mayores por sistema, calculando un índice de kappa para malformaciones mayores en sistema nervioso central de 0,273, para cabeza y cuello de 0,459, para sistema respiratorio de 0, para sistema cardiovascular de 0,459, para tubo digestivo y abdomen de 0 y para sistema urinario de 0,643. Conclusiones: A pesar de la mala concordancia entre la resonancia magnética post mortem y la autopsia clínica en la detección de malformaciones mayores, se considera en este caso la autopsia clínica como un patrón de referencia imperfecto y se recomienda el uso de la resonancia como modalidad de estudio que puede servir de apoyo a la autopsia clínica en la detección de malformaciones mayores en casos difíciles en fetos y neonatos.