Vincent Demolombe, Anna Stavrinides, Philippe Lashermes, Jérôme Minier, Stéphane Dussert, Dany Severac, Sonia Hem, Marie-Christine Combes, Thierry Joët, Aldecinei Bastos-Siqueira, Isabelle Fock-Bastide, Diversité, adaptation, développement des plantes (UMR DIADE), Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Peuplements végétaux et bioagresseurs en milieu tropical (UMR PVBMT), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Université de La Réunion (UR)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut de Génomique Fonctionnelle - Montpellier GenomiX (IGF MGX), Institut de Génomique Fonctionnelle (IGF), Université de Montpellier (UM)-Université Montpellier 1 (UM1)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Montpellier 2 - 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In contrast to desiccation-tolerant ‘orthodox’ seeds, so-called ‘intermediate’ seeds cannot survive complete drying and are short-lived. All species of the genus Coffea produce intermediate seeds, but they show a considerable variability in seed desiccation tolerance (DT), which may help to decipher the molecular basis of seed DT in plants. We performed a comparative transcriptome analysis of developing seeds in three coffee species with contrasting desiccation tolerance. Seeds of all species shared a major transcriptional switch during late maturation that governs a general slow-down of metabolism. However, numerous key stress-related genes, including those coding for the late embryogenesis abundant protein EM6 and the osmosensitive calcium channel ERD4, were up-regulated during DT acquisition in the two species with high seed DT, C. arabica and C. eugenioides. By contrast, we detected up-regulation of numerous genes involved in the metabolism, transport, and perception of auxin in C. canephora seeds with low DT. Moreover, species with high DT showed a stronger down-regulation of the mitochondrial machinery dedicated to the tricarboxylic acid cycle and oxidative phosphorylation. Accordingly, respiration measurements during seed dehydration demonstrated that intermediate seeds with the highest DT are better prepared to cease respiration and avoid oxidative stresses., Seeds of coffee species that are more tolerant to desiccation display a specific late maturation transcriptional program that primes them to better cease respiration and avoid oxidative stress upon dehydration.