Search

Purpose: To evaluate the ameliorative effect of mesenchymal stem cells (MSCs) on acetic acid colitis model via Nrf2/HO-1 pathway in rats. Methods: In this study, 30 rats were divided into three groups. Acute colitis was induced by rectal administration of 4% solution of acetic acid. MSCs were injected intraperitoneally in the treatment group. Results: Increased levels of tumor necrosis factor-α (TNF-α), pentraxin-3, and malondialdehyde (MDA) in colitis group were revealed biochemically. Increased level of TNF-α and decreased levels of Nrf2 and interleukin-10 (IL-10) were observed in rectum tissues. Increased fibrous tissue proliferation, vascularization and inflammatory cell infiltration were described in the colitis group. Significant improvement was observed in MSCs treated group histopathologically. Increased immunopositivity of TNF-α, vascular endothelial growth factor (VEGF) and CD68 markers was observed in the colitis group cells, and decreased level of this positivity was observed in MSCs treated group. Conclusions: Biochemical, histopathological and immunohistochemical results strongly support the ameliorative effect of MSCs against acetic induced colitis model via Nrf2/HO-1 pathway in rats.

Bronkopulmoner displazi (BPD), preterm infantlarda en sık görülen kronik akciğer hastalıklarından biridir. Merkezlerin kronik akciğer hastalığı ve BPD tanımlarının farklılıklarından dolayı BPD insidansı da merkezlere göre değişkenlik gösterse de çoğu Avrupa ülkesine göre, hamileliğin 30. haftasından önce doğan preterm infantların %30'undan fazlasına BPD teşhisi konmaktadır. BPD geliştirme eğilimi olan preterm infantlar, akciğer gelişiminin geç kanaliküler veya erken sakküler evresinde doğarlar ve sonuçta alveol sayıları matür bebeklere göre daha az olur. Günümüzde enflamasyon ve özellikle prematürite ile birlikte alveol gelişimindeki duraklama, sürfaktan eksikliği ve göğüs duvarının olgunlaşmaması BPD'nin en önemli etiyolojik faktörleri olarak görülmektedirler. BPD, genetik ve çevresel faktörlerin (hiperoksi, invazif mekanik ventilasyon ve sepsis) karşılıklı etkileşimi sonucunda meydana gelmektedir. Literatürde BPD riskine etki eden genetik faktörler ikiz çalışmaları, ailesel birikim, genom çapında ilişkilendirme çalışmaları (genome wide association studies, GWAS) ve hedef genlerde tek nükleotid polimorfizmleri (single nucleotide polymorphism, SNP) gibi farklı yaklaşımlar ile araştırılmaktadır. Bu tez çalışmasında, dünyada farklı populasyonlar üzerinde yapılmış çalışmalarda bronkopulmoner displazi (BPD) ile ilişkilendirilmiş bazı SNP'ler seçilerek, Türk populasyonunda da bu SNP allel ve genotip frekanslarının görülüp görülmediğinin multipleks reaksiyonlar ve MALDI-TOF kütle spektrometrisi yöntemi ile belirlenmiştir. Elde edilen veriler ayrıca hastaların klinik ve demografik bilgileri ile de karşılaştırılarak anlamlı bir ilişki kurulmaya çalışılmış ve BPD'nin Türk toplumuna özgü genetik tabanının anlaşılabilmesine katkıda bulunulması amaçlanmıştır. 96'sı BPD hastası, toplam 192 prematüre infanttan toplanan kan örneklerinden genotiplenen 45 SNP bölgesi arasından rs11003125, rs2233406, rs3138053, rs55716084 ve rs62468577 polimorfizmlerinin allel düzeyinde; rs4883955, rs833061 ve rs9953270 polimorfizmlerinin ise hem allel hem de genotip düzeyinde Türk populasyonunda BPD insidansı ile istatistiksel olarak anlamlı bir ilişki içerisinde olduğu saptanmıştır. Bununla birlikte hastalardan toplanan klinik ve demografik verilerin araştırılan SNP'ler ile olan ilişkileri incelendiğinde ise pek çok polimorfizmin ailede görülen kronik akciğer, zatürre, BPD, RDS ve sigara kullanımı öyküsü ile anlamlı bir ilişki içerisinde olduğu bulunmuştur. Sonuç olarak bu tez çalışması ile toplumumuz için ilk kez BPD hastalığının genetik altyapısının araştırılması amacıyla çoklu polimorfizm bölgeleri yüksek doğruluk ile genotiplenerek BPD insidansı ile ilişkileri ortaya konmuştur. Bronchopulmonary dysplasia (BPD) is one of the most common chronic lung diseases seen in preterm infants. Although BPD incidence varies among different facilities due to differences between facilities for defining chronic lung diseases and BPD, according to most of the European countries more than 30% of preterm infants born before 30th week of pregnancy are diagnosed with BPD. Preterm infants who are predisposed to develop BPD are born in the late canalicular or early saccular stage of lung development, thus the number of alveoli they have stay lower than mature babies. Today, most important etiological factors of BPD are considered as inflammation, discontinuance of alveoli development due to prematurity, lack of surfactant and immaturity of chest wall. BPD occurs by the interaction of genetic and environmental factors (hyperoxia, invasive mechanic ventilation and sepsis) together. Genetic factors causing predisposition to develop BPD are being investigated with different approaches in the literature like twin studies, GWA studies and single nucleotide polymorphism (SNP) studies on target genes. Certain SNP's which are reported in the literature to be associated with BPD incidence in different populations have been designated to be investigated in Turkish population by determining allelic and genotypic frequencies of these SNP's using multiplex reactions and MALDI-TOF mass spectrometry methods and the information obtained has also been compared with clinical and demographical data acquired from patients with the aim of contributing to understand the genetic basis of BPD incidence specifically in Turkish population. Among 45 SNP sites genotyped from blood samples obtained from 192 premature infants, including 96 BPD diagnosed infants, rs11003125, rs2233406, rs3138053, rs55716084 and rs62468577 polymorphisms showed significant relationship at allelic level and rs4883955, rs833061 and rs9953270 polymorphisms showed statistically significant relationship both at allelic and genotypic level with BPD incidence in Turkish population. Furthermore, when clinical and demographical data obtained from patients were investigated for any relationship with SNP's in prospect, chronic lung disease, pneumonia, BPD, RDS and cigarette consumption stories seen in the patient's family seemed to be in a significant relationship with these SNP's. In conclusion, with the aim of investigating the genetic basis of BPD incidence in Turkish population for the first time in the literature, this study has revealed the relationship between multiple polymorphisms and BPD incidences by using high fidelity genotyping methods. 139

Theileria annulata'nın sebep olduğu tropikal theileriosis, yabanıl ve evcil sığırları enfekte eden ve Hyalomma cinsi keneler tarafından taşınan ciddi bir hastalıktır. Hastalığın tedavisi için günümüzde kullanılan antiparazitik ilaçlar mevcuttur, ancak bu yıl ilk kez önemli bir antitheilerial ilaca karşı oluşmuş bir direnç rapor edilmiştir. Yeni antitheilerial ilaç ya da aşıların geliştirilmesi amacıyla, enolaz geni Theileria annulata Elazığ soyu genomik DNA'sından polimeraz zincir reaksiyonu ile izole edilmiş, pGEM-T easy vector sistemi kullanılarak, bilgimize göre literatürde ilk kez klonlanmış ve çeşitli web tabanlı programlar kullanılarak nükleotid ve amino asit düzeyinde analiz edilmiştir.Yapılan analizler genin, 40-41 rezidüleri arasında yer alan, 36 baz çifti uzunluğunda bir intron dizisi de dahil olmak üzere toplam 1365 nükleotidden oluştuğunu göstermiştir. İntron hariç genin %GC oranı 44.3 olarak hesaplanmıştır. Theileria annulata'nın Elazığ ve Ankara soylarının enolaz nükleotid dizisi karşılaştırıldığı zaman, aralarındaki 37 bazlık farklılığın 3 amino asit değişikliğine neden olduğu tespit edilmiştir. Ayrıca Theileria annulata enolazı ile konak Bos taurus'taki eşdeğeri olan kas enolazı amino asit düzeyinde karşılaştırıldığı zaman, Theileria annulata enolazındaki, konak Bos taurus'ta bulunmayan, biri pentapeptid diğeri dipeptid olmak üzere iki insersiyon bölgesinin tespit edilmesi bu tez çalışmasının önemli bir bulgusu olarak kaydedilmiştir.Theileria annulata enolazında bulunan beş ve iki amino asitlik iki insersiyonun, yapılan modelleme çalışması sonucunda konak Bos taurus enolazında bulunmayan birer halka oluşturduğu, oluşan bu halkaların da Plasmodium LDH'ında ve enolazında olduğu gibi spesifik enzim inhibitörleri için birer bağlanma bölgesi olabileceği önerilmiştir. Tespit edilen insersiyon bölgelerinin, enolazın tam aktivitesi için gerekli olduğu göz önüne alındığı zaman bölgelerin aynı zamanda Theileria annulata enolazı için de bir antijenik epitop olabileceği bu çalışma ile önerilmektedir.Restriksiyon harita analizi, iki soy arasındaki nükleotid düzeyindeki farklılıkların, enolaz genini kesen restriksiyon endonükleazlarında da farklılıklar yarattığı ve bazılarının Ankara yada Elazığ soyuna spesifik yeni kesim bölgeleri oluşturduğunu veya bazı enzim kesim bölgelerinin yok olmasına neden olduğunu göstermiştir. Elde edilen bu sonuçların Theileria annulata soylarının soy tanısının yapılması ve coğrafik dağılım haritalarının çıkarılması için kullanılabileceği önerilmektedir.Sonuç olarak bu tez çalışmasında Theileria annulata'nın enolaz enzimini kodlayan genin yeni bir ilaç ve aşı tasarımında kullanım potansiyelinin açıklanması, türün soy tanısının yapılması ve coğrafik dağılımının belirlenmesi yönünde önemli bulgular sunulmuştur. Tropical theileriosis is a serious disease, caused by Theileria annulata, which infects wild and domestic ruminants and is transmitted by ticks from Hyalomma genus. Currently available antiparasitic drugs are still in use to treat this disease but a resistance against one of the important antitheilerial drugs has been reported for the first time this year. For the aim of developing new antitheilerial drugs or vaccines, enolase gene was isolated from the genomic DNA of Theileria annulata, Elazig strain, by polymerase chain reaction, cloned for the first time in the literature via pGEM-T easy vector system and analyzed at both nucleotide and amino acid levels by using different web based tools.These analyses showed that the gene was consisted of 1365 nucleotides including an intron sequence placed between residues 40-41. GC% content of the gene was calculated as 44.3, excluding the intron sequence. As the comparison of enolase gene sequences from Elazig and Ankara strains of Theileria annulata was made, 37 nucleotide differences causing 3 amino acid changes were determined. Also when the same comparison was made between, Theileria annulata enolase and the muscle enolase isoform of the host Bos taurus, detection of one pentapeptide and one dipeptide insertions in Theileria annulata enolase that do not exist in Bos taurus enolase was reported as an important discovery of this study.The modelling studies on Theileria annulata enolase gene showed that the pentapeptide and dipeptide insertions constituted loops that do not exist in Bos taurus enolase, suggesting that these loops could be specific binding sites for enzyme inhibitors as the lactate dehydrogenase and enolase of Plasmodium. Considering that these detected insertion sites are essential for the activity of enolase, it is also suggested that these sites could also be antigenic epitopes for Theileria annulata enolase.Restriction mapping analysis showed that the differences at nucleotide level between the two strains caused differences on recognition sequences of restriction endonucleases that cut the enolase gene, creating some new strain specific cutting sites or removing some enzyme cutting sites. It is suggested that these results could be used for identifying Theileria annulata strains and mapping geographical distribution of the parasite.In conclusion, important informations were presented in this study about the potential use of the gene, encoding enolase of Theileria annulata for design of new drugs or vaccines and, determination of strains identification and geographical distribution of Theileria annulata strains. 85