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Marie-Louise Frémond, Marie Hully, Benjamin Fournier, Rémi Barrois, Romain Lévy, Mélodie Aubart, Martin Castelle, Delphine Chabalier, Clarisse Gins, Eugénie Sarda, Buthaina Al Adba, Sophie Couderc, Céline D’ Almeida, Claire-Marine Berat, Chloé Durrleman, Caroline Espil, Laetitia Lambert, Cécile Méni, Maximilien Périvier, Pascal Pillet, Laura Polivka, Manuel Schiff, Calina Todosi, Florence Uettwiller, Alice Lepelley, Gillian I. Rice, Luis Seabra, Sylvia Sanquer, Anne Hulin, Claire Pressiat, Lauriane Goldwirt, Vincent Bondet, Darragh Duffy, Despina Moshous, Brigitte Bader-Meunier, Christine Bodemer, Florence Robin-Renaldo, Nathalie Boddaert, Stéphane Blanche, Isabelle Desguerre, Yanick J. Crow, Bénédicte Neven, CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Université Paris Cité (UPCité), Neurogénétique et neuroinflammation = Neurogenetics and neuroinflammation (Equipe Inserm U1163), Imagine - Institut des maladies génétiques (IHU) (Imagine - U1163), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Sidra Medicine [Doha, Qatar], Centre hospitalier intercommunal de Poissy/Saint-Germain-en-Laye - CHIPS [Poissy], Centre Hospitalier Intercommunal Castres-Mazamet (CHIC-CM), CHU Bordeaux [Bordeaux], Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy (CHRU Nancy), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours (CHRU Tours), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), University of Manchester [Manchester], Hôpital Henri Mondor, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Henri Mondor-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Hopital Saint-Louis [AP-HP] (AP-HP), Immunologie Translationnelle - Translational Immunology lab, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Université Paris Cité (UPCité), CHU Trousseau [APHP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), University of Edinburgh, Immunogenetics of pediatric autoimmune diseases (Equipe Inserm U1163), M.-L. F. received a grant from the Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (reference: 000427993). Y. J. C. acknowledges the European Research Council (GA309449 and 786142-E-T1IFNs) and a state subsidy managed by the National Research Agency (France) under the 'Investments for the Future' program bearing the reference ANR-10-IAHU-01. Y. J. C. is supported by a UK Medical Research Council Human Genetics Unit core grant (MRC, U127580972). Y. J. C. and D. D. acknowledge the ANR (grant CE17001002). D. D. thanks ImmunoQure AG for the provision of antibodies for the Simoa assay. The project was supported by MSDAVENIR (Devo-Decode Project)., ANR-10-IAHU-0001,Imagine,Institut Hospitalo-Universitaire Imagine(2010), and European Project: 786142,ERC-2017-ADG,E-T1IFNs(2018)

Paul Bastard, Qian Zhang, Shen-Ying Zhang, Emmanuelle Jouanguy, Jean-Laurent Casanova, Human genetics of infectious diseases : Mendelian predisposition (Equipe Inserm U1163), Imagine - Institut des maladies génétiques (IHU) (Imagine - U1163), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), St. Giles Laboratory of Human Genetics of Infectious Diseases, Rockefeller University [New York], Département de Pédiatrie et maladies infectieuses [CHU Necker], CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Howard Hughes Medical Institute [New York] (HHMI), Howard Hughes Medical Institute (HHMI)-New York University School of Medicine, NYU System (NYU)-NYU System (NYU)-Rockefeller University [New York]-Columbia University Irving Medical Center (CUIMC), The Laboratory of Human Genetics of Infectious Diseases is supported by the Howard Hughes Medical Institute, the Rockefeller University, the St. Giles Foundation, the National Institutes of Health (NIH) (R01AI088364 and R01AI163029), the National Center for Advancing Translational Sciences (NCATS), NIH Clinical and Translational Science Award (CTSA) program (UL1 TR001866), a Fast Grant from Emergent Ventures, Mercatus Center at George Mason University, the Yale Center for Mendelian Genomics and the GSP Coordinating Center funded by the National Human Genome Research Institute (NHGRI) (UM1HG006504 and U24HG008956), the Yale High Performance Computing Center (S10OD018521), the Fisher Center for Alzheimer’s Research Foundation, the Meyer Foundation, the JPB Foundation, the French National Research Agency (ANR) under the ‘Investments for the Future’ program (ANR-10-IAHU-01), the Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases Laboratory of Excellence (ANR-10-LABX-62-IBEID), the French Foundation for Medical Research (FRM) (EQU201903007798), the ANRS-COV05, ANR GENVIR (ANR-20-CE93-003), ANR GenMISC (ANR-21-COVR-0039) and ANR AABIFNCOV (ANR-20-CO11-0001) projects, the European Union’s Horizon 2020 research and innovation programme under grant agreement No 824110 (EASI-genomics), the Square Foundation, Grandir - Fonds de solidarite ́pour l’enfance, the Fondation du Souffle, the SCOR Corporate Foundation for Science, Institut National de la Sante ́ et de la Recherche Me ́ dicale (INSERM), the French Ministry of Higher Education, Research, and Innovation (MESRI-COVID-19), REACTing-INSERM and the University of Paris. PB was supported by the French Foundation for Medical Research (FRM, EA20170638020). PB was supported by the MD-PhD program of the Imagine Institute (with the support of the Fondation Bettencourt-Schueller)., ANR-10-IAHU-0001,Imagine,Institut Hospitalo-Universitaire Imagine(2010), ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010), ANR-20-CE93-0003,GENVIR,Analyse multi-omique de l'immunité anti-virale: de l'identification des circuits biologiques pertinents à la découverte de défauts monogéniques héréditaires de l'immunité chez les patients avec infections virales sévères(2020), ANR-21-COVR-0039,GenMIS-C,Recherche des Déficits immunitaires innées monogéniques prédisposant au syndrome inflammatoire multisystémique chez l'enfant.(2021), ANR-20-CO11-0001,AABIFNCOV,Bases génétiques et immunologiques des auto-anticorps contre les interférons de type I prédisposant aux formes sévères de COVID-19.(2020), Université Paris Cité, Equipe HAL, Instituts Hospitalo-Universitaires - Institut Hospitalo-Universitaire Imagine - - Imagine2010 - ANR-10-IAHU-0001 - IAHU - VALID, Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases - - IBEID2010 - ANR-10-LABX-0062 - LABX - VALID, Analyse multi-omique de l'immunité anti-virale: de l'identification des circuits biologiques pertinents à la découverte de défauts monogéniques héréditaires de l'immunité chez les patients avec infections virales sévères - - GENVIR2020 - ANR-20-CE93-0003 - AAPG2020 - VALID, Recherche des Déficits immunitaires innées monogéniques prédisposant au syndrome inflammatoire multisystémique chez l'enfant. - - GenMIS-C2021 - ANR-21-COVR-0039 - COVID-19 - VALID, and Bases génétiques et immunologiques des auto-anticorps contre les interférons de type I prédisposant aux formes sévères de COVID-19. - - AABIFNCOV2020 - ANR-20-CO11-0001 - COVID-19 - VALID

Jérémie Rosain, Anna-Lena Neehus, Jérémy Manry, Rui Yang, Jérémie Le Pen, Wassim Daher, Zhiyong Liu, Yi-Hao Chan, Natalia Tahuil, Özden Türel, Mathieu Bourgey, Masato Ogishi, Jean-Marc Doisne, Helena M. Izquierdo, Takayoshi Shirasaki, Tom Le Voyer, Antoine Guérin, Paul Bastard, Marcela Moncada-Vélez, Ji Eun Han, Taushif Khan, Franck Rapaport, Seon-Hui Hong, Andrew Cheung, Kathrin Haake, Barbara C. Mindt, Laura Pérez, Quentin Philippot, Danyel Lee, Peng Zhang, Darawan Rinchai, Fatima Al Ali, Manar Mahmoud Ahmad Ata, Mahbuba Rahman, Jessica N. Peel, Søren Heissel, Henrik Molina, Yasemin Kendir-Demirkol, Rasheed Bailey, Shuxiang Zhao, Jonathan Bohlen, Mathieu Mancini, Yoann Seeleuthner, Marie Roelens, Lazaro Lorenzo, Camille Soudée, María Elvira Josefina Paz, María Laura González, Mohamed Jeljeli, Jean Soulier, Serge Romana, Anne-Sophie L’Honneur, Marie Materna, Rubén Martínez-Barricarte, Mathieu Pochon, Carmen Oleaga-Quintas, Alexandre Michev, Mélanie Migaud, Romain Lévy, Marie-Alexandra Alyanakian, Flore Rozenberg, Carys A. Croft, Guillaume Vogt, Jean-François Emile, Laurent Kremer, Cindy S. Ma, Jörg H. Fritz, Stanley M. Lemon, András N. Spaan, Nicolas Manel, Laurent Abel, Margaret R. MacDonald, Stéphanie Boisson-Dupuis, Nico Marr, Stuart G. Tangye, James P. Di Santo, Qian Zhang, Shen-Ying Zhang, Charles M. Rice, Vivien Béziat, Nico Lachmann, David Langlais, Jean-Laurent Casanova, Philippe Gros, Jacinta Bustamante, Imagine - Institut des maladies génétiques (IHU) (Imagine - U1163), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Hannover Medical School [Hannover] (MHH), St. Giles Laboratory of Human Genetics of Infectious Diseases, Rockefeller University [New York], Institut de Recherche en Infectiologie de Montpellier (IRIM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM), Yong Loo Lin School of Medicine [Singapore], Hospital del Niño Jesus, San Miguel de Tucumán, Bezmiâlem Vakıf Üniversitesi, McGill University = Université McGill [Montréal, Canada], Immunité Innée - Innate Immunity, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Institut Curie [Paris], University of North Carolina System (UNC), Garvan Institute of medical research, The University of Sydney, CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Universidad de Antioquia = University of Antioquia [Medellín, Colombia], East China Normal University [Shangaï] (ECNU), Sidra Medicine [Doha, Qatar], 'Juan Pedro Garrahan' National Hospital of Pediatrics, Buenos Aires, Institut Necker Enfants-Malades (INEM - UM 111 (UMR 8253 / U1151)), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Hôpital Cochin [AP-HP], Hopital Saint-Louis [AP-HP] (AP-HP), Vanderbilt University Medical Center [Nashville], Vanderbilt University [Nashville], Institut Pasteur de Lille, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Hôpital Ambroise Paré [AP-HP], Université de Montpellier (UM), Howard Hughes Medical Institute (HHMI), The Laboratory of Human Genetics of Infectious Diseases is supported in part by grants from Inserm, Paris Cité University, the St. Giles Foundation, The Rockefeller University, the Center for Clinical and Translational Science (UL1TR001866), the National Center for Research Resources and the National Center for Advancing Sciences, the National Institutes of Health (NIH), (R01AI095983, R01AI088364, R01AI163029, and U19AI162568), the National Institute of Allergy and Infectious Diseases, the French National Research Agency (ANR) under the 'Investments for the future' program (ANR-10-IAHU-01), the Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases Laboratory of Excellence (ANR-10-LABX-62-IBEID), the French Foundation for Medical Research (FRM) (EQU201903007798), the ANRS Nord-Sud (ANRS-COV05), ANRS (ECTZ170784-ANRS0073), GENVIR (ANR-20-CE93-003), GENMSMD (ANR-16-CE17-0005-01), AABIFNCOV (ANR-20-CO11-0001), GenMIS-C (ANR-21-COVR-0039), SUNLIVE (ANR-19-CE15-0012-01), MAFMACRO (ANR-22-CE92-0008) grants, Ecos-NORD (ECOS N°C19S01), the Fisher Center for Alzheimer's Research Foundation, the Meyer Foundation, the JPB Foundation, the European Union’s Horizon 2020 research and innovation program (824110, EASI-Genomics), the Square Foundation, Grandir–Fonds de solidarité pour l’Enfance, the Fondation du Souffle, the SCOR Corporate Foundation for Science, the French Ministry of Higher Education, Research, and Innovation (MESRI-COVID-19), and REACTing-INSERM. The Laboratory of Virology and Infectious Disease was supported in part by the NIH (R01AI091707-10 to C.M.R.). J.L.P. was supported by the Francois Wallace Monahan Postdoctoral Fellowship at The Rockefeller University and the European Molecular Biology Organization Long-Term Fellowship (ALTF 380-2018). N. Marr was supported by Sidra Medicine and the Qatar National Research Fund (NPRP9-251-3-045). The Yale Center for Mendelian Genomics (UM1HG006504) was funded by the National Human Genome Research Institute, the Yale GSP Coordinating Center (U24 HG008956), and the Yale High-Performance Computing Center (S10OD018521). This research was partly supported by Calcul Québec, Compute Canada Canadian Institutes of Health Research (CIHR) Project Grant to D. Langlais. (#168959) and a CIHR Foundation Grant (to P.G.). D. Langlais was also supported by an FRQS Chercheur-Boursier Junior 1 Award and the Calgary Foundation for Innovation John R. Evans Leaders Fund. P.G. is supported by a Distinguished James McGill Professorship award from McGill University. S.M.L is supported by the NIH: R01-AI103083 and R01-AI150095. J.R. was supported by poste d’accueil Inserm'. J.R., P.B., and T.L.V were supported by the MD-PhD program of the Imagine Institute by the Bettencourt Schueller Foundation. N.L received funding from the European Research Council (ERC) under the European Union’s Horizon 2020 research and innovation program (852178 grant), German Research Foundation,(DFG) under Germany’s Excellence Strategy—EXC 2155—project number 390874280 and REBIRTH 'Förderung aus Mitteln des Niedersächsischen Vorab'. A.-L.N. was supported by the international PhD program of the Imagine Institute, by the Bettencourt Schueller Foundation and the fin de thèse FRM program (FDT202204015102). R.Y. was supported by the Sackler Center for Biomedicine and Nutrition, the Shapiro-Silverberg Fund for the Advancement of Translational Research at the Center for Clinical and Translational Science of the Rockefeller University, and the Research Grant Program from the Immune Deficiency Foundation. D. Lee. was supported by FRMfellowship (FDM202006011282). C.S.M was supported by an Early-Mid Career Research Fellowship from the Department of Health of the New South Wales Government of Australia. S.G.T was supported by an NHMRC Leadership 3 Investigator Grant (1176665) and NHMRC grant (1113904). M.O. was supported by the David Rockefeller Graduate Program, the Funai Foundation for Information Technology, the Honjo International Scholarship Foundation, and the New York Hideyo Noguchi Memorial Society. This work was supported by grants from ANRS (ECTZ118797), Sidaction (20-2-AEQ-12822-2), and FRM (EQU202103012774) to N. Manel, and H.I. was supported by fellowships from Institut Curie, Seneca Foundation (20941/PD/18), and ANRS (ECTZ171453). A.N.S. was supported in part by the European Union’s Horizon 2020 research and innovation program (789645 Marie Sklodowska-Curie grant). Y.-H.C. is supported by an A∗STAR International Fellowship. J. Bohlen is an EMBO postdoctoral fellow. We thank the NIH Tetramer Core Facility (NTCF) for providing the 5-OP-RU-loaded MR1 tetramer, which was developed jointly with Dr. James McCluskey, Dr. Jamie Rossjohn, and Dr. David Fairlie., ANR-10-IAHU-0001,Imagine,Institut Hospitalo-Universitaire Imagine(2010), ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010), ANR-16-CE17-0005,GENMSMD,Dissection génétique de la Susceptibilité Mendélienne aux infections mycobactériennes chez l'homme(2016), ANR-20-CO11-0001,AABIFNCOV,Bases génétiques et immunologiques des auto-anticorps contre les interférons de type I prédisposant aux formes sévères de COVID-19.(2020), ANR-21-COVR-0039,GenMIS-C,Recherche des Déficits immunitaires innées monogéniques prédisposant au syndrome inflammatoire multisystémique chez l'enfant.(2021), ANR-19-CE15-0012,SUNLIVE,Variabilité structurale et fonctionnelle des lipides complexes chez les mycobactéries : de l'assemblage de la paroi à la physiopathologie et virulence(2019), ANR-22-CE92-0008,MAFMACRO,Genetic predisposition and the role of myeloid cells in the susceptibility to mycobacterial infection(2022), European Project: 824110,H2020-INFRAIA-2018-1,EASI-Genomics(2019), and TÜREL, ÖZDEN

Aurélien Sokal, Paul Bastard, Pascal Chappert, Giovanna Barba-Spaeth, Slim Fourati, Alexis Vanderberghe, Pauline Lagouge-Roussey, Isabelle Meyts, Adrian Gervais, Magali Bouvier-Alias, Imane Azzaoui, Ignacio Fernández, Andréa de la Selle, Qian Zhang, Lucy Bizien, Isabelle Pellier, Agnès Linglart, Anya Rothenbuhler, Estelle Marcoux, Raphael Anxionnat, Nathalie Cheikh, Juliane Léger, Blanca Amador-Borrero, Fanny Fouyssac, Vanessa Menut, Jean-Christophe Goffard, Caroline Storey, Caroline Demily, Coralie Mallebranche, Jesus Troya, Aurora Pujol, Marie Zins, Pierre Tiberghien, Paul E. Gray, Peter McNaughton, Anna Sullivan, Jane Peake, Romain Levy, Laetitia Languille, Carlos Rodiguez-Gallego, Bertrand Boisson, Sébastien Gallien, Bénédicte Neven, Marc Michel, Bertrand Godeau, Laurent Abel, Felix A. Rey, Jean-Claude Weill, Claude-Agnès Reynaud, Stuart G. Tangye, Jean-Laurent Casanova, Matthieu Mahévas, Institut Necker Enfants-Malades (INEM - UM 111 (UMR 8253 / U1151)), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Imagine - Institut des maladies génétiques (IHU) (Imagine - U1163), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Rockefeller University [New York], Institut Mondor de Recherche Biomédicale (IMRB), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-IFR10-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Virologie Structurale - Structural Virology, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), CHU Henri Mondor [Créteil], Catholic University of Leuven - Katholieke Universiteit Leuven (KU Leuven), Centre Hospitalier Universitaire d'Angers (CHU Angers), PRES Université Nantes Angers Le Mans (UNAM), Université d'Angers (UA), AP-HP Hôpital Bicêtre (Le Kremlin-Bicêtre), Université Paris-Saclay, Hôpital Nord Franche-Comté [Hôpital de Trévenans] (HNFC), Service de pédiatrie [CHRU Besançon], Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon (CHRU Besançon), AP-HP. Nord - Université Paris Cité, Université Paris Cité (UPCité), Hôpital Lariboisière-Fernand-Widal [APHP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Centre Hospitalier Universitaire de Nancy (CHU Nancy), Hôpital Mère-Enfant [Hôpital Hôtel Dieu, Nantes], Centre hospitalier universitaire de Nantes (CHU Nantes), Université libre de Bruxelles (ULB), Hôpital Robert Debré, Centre Hospitalier le Vinatier [Bron], Hospital Universitario Infanta Leonor [Madrid], Institut d'Investigació Biomèdica de Bellvitge [Barcelone] (IDIBELL), Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ), Etablissement Français du Sang [La Plaine Saint-Denis] (EFS), Sydney Children's hospital, University of New South Wales [Sydney] (UNSW), Children’s Health Queensland [Brisbane] (CHQ), CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Universidad Fernando Pessoa Canarias [Las Palmas de Gran Canaria, Spain], Garvan Institute of medical research, Howard Hughes Medical Institute [New York] (HHMI), Howard Hughes Medical Institute (HHMI)-New York University School of Medicine, NYU System (NYU)-NYU System (NYU)-Rockefeller University [New York]-Columbia University Irving Medical Center (CUIMC), Funder(s): Agence Nationale de la Recherche Award Id(s): ANR-21-RHUS-0008, ANR-10-IAHU-01, ANR-10-LABX-62-IBEID , ANR-20-CE93-003Funder(s): Fondation pour la Recherche MédicaleAward Id(s): MEMO-COV-2-FRMFunder(s): Institut PasteurFunder(s): Agence Nationale de Recherches sur le Sida et les Hépatites ViralesFunder(s): Howard Hughes Medical InstituteFunder(s): Rockefeller UniversityFunder(s): St. Giles FoundationFunder(s): National Institutes of Health Award Id(s): R01AI088364, R01AI163029, UL1TR001866Funder(s): National Center for Advancing Translational SciencesFunder(s): Fisher Center for Alzheimer’s Research FoundationFunder(s): Meyer FoundationFunder(s): JPB FoundationFunder(s): French Foundation for Medical Research Award Id(s): EQU201903007798, EA20170638020Funder(s): European Union’s Horizon 2020 Award Id(s): 824110Funder(s): Square FoundationFunder(s): Fondation du SouffleFunder(s): French Ministry of Higher Education, Research, and Innovation Award Id(s): MESRI-COVID-19Funder(s): Institut National de la Santé et de la Recherche MédicaleFunder(s): Fondation Bettencourt SchuellerFunder(s): CSL BehringFunder(s): KU Leuven Award Id(s): C16/18/007Funder(s): http://dx.doi.org/10.13039/501100003130 Award Id(s): G0C8517N, G0B5120N, G0E8420NFunder(s): Jeffrey Modell FoundationFunder(s): National Health and Medical Research Council Award Id(s): 1176665Funder(s): Allergy and Immunology Foundation of AustraliaFunder(s): John Brown Cook FoundationFunder(s): Fondation Princesse GraceFunder(s): Comité ad-hoc de pilotage national des essais thérapeutiques et autres recherchesFunder(s): Assistance Publique—Hôpitaux de Paris Award Id(s): MEMO-COV-2Funder(s): Société Nationale de Médecine InterneFunder(s): ANRS Nord-Sud Award Id(s): ANRS-COV05Funder(s): ANR-RHU Award Id(s): ANR-21-RHUS-08 (COVIFERON)Funder(s): HORIZON-HLTH-2021-DISEASE-04 Award Id(s): 01057100Funder(s): Grandir - Fonds de solidarité pour l’enfanceFunder(s): SCOR Corporate Foundation for ScienceFunder(s): REACTing-INSERMFunder(s): University of Paris CitéFunder(s): Imagine InstituteFunder(s): VIB GC PIDFunder(s): European Research Council Award Id(s): ERC-StG MORE2ADA2, ANR-21-RHUS-0008,COVIFERON,Covid-19 and interferons: from discovery to therapy(2021), ANR-10-IAHU-0001,Imagine,Institut Hospitalo-Universitaire Imagine(2010), ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010), ANR-20-CE93-0003,GENVIR,Analyse multi-omique de l'immunité anti-virale: de l'identification des circuits biologiques pertinents à la découverte de défauts monogéniques héréditaires de l'immunité chez les patients avec infections virales sévères(2020), European Project: 824110,H2020-INFRAIA-2018-1,EASI-Genomics(2019), European Project: 948959,ERC-2020-STG,MORE2ADA2(2021), Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), and CHU Henri Mondor

Lee, Danyel, Le Pen, Jérémie, Yatim, Ahmad, Dong, Beihua, Aquino, Yann, Ogishi, Masato, Pescarmona, Rémi, Talouarn, Estelle, Rinchai, Darawan, Zhang, Peng, Perret, Magali, Liu, Zhiyong, Jordan, Iolanda, Elmas Bozdemir, Sefika, Bayhan, Gulsum Iclal, Beaufils, Camille, Bizien, Lucy, Bisiaux, Aurelie, Lei, Weite, Hasan, Milena, Chen, Jie, Gaughan, Christina, Asthana, Abhishek, Libri, Valentina, Luna, Joseph, Jaffré, Fabrice, Hoffmann, H.-Heinrich, Michailidis, Eleftherios, Moreews, Marion, Seeleuthner, Yoann, Bilguvar, Kaya, Mane, Shrikant, Flores, Carlos, Zhang, Yu, Arias, Andrés, Bailey, Rasheed, Schlüter, Agatha, Milisavljevic, Baptiste, Bigio, Benedetta, Le Voyer, Tom, Materna, Marie, Gervais, Adrian, Moncada-Velez, Marcela, Pala, Francesca, Lazarov, Tomi, Levy, Romain, Neehus, Anna-Lena, Rosain, Jérémie, Peel, Jessica, Chan, Yi-Hao, Morin, Marie-Paule, Pino-Ramirez, Rosa Maria, Belkaya, Serkan, Lorenzo, Lazaro, Anton, Jordi, Delafontaine, Selket, Toubiana, Julie, Bajolle, Fanny, Fumadó, Victoria, Dediego, Marta, Fidouh, Nadhira, Rozenberg, Flore, Pérez-Tur, Jordi, Chen, Shuibing, Evans, Todd, Geissmann, Frédéric, Lebon, Pierre, Weiss, Susan, Bonnet, Damien, Duval, Xavier, Pan-Hammarström, Qiang, Planas, Anna, Meyts, Isabelle, Haerynck, Filomeen, Pujol, Aurora, Sancho-Shimizu, Vanessa, Dalgard, Clifford, Bustamante, Jacinta, Puel, Anne, Boisson-Dupuis, Stéphanie, Boisson, Bertrand, Maniatis, Tom, Zhang, Qian, Bastard, Paul, Notarangelo, Luigi, Béziat, Vivien, Perez de Diego, Rebeca, Rodriguez-Gallego, Carlos, Su, Helen, Lifton, Richard, Jouanguy, Emmanuelle, Cobat, Aurélie, Alsina, Laia, Keles, Sevgi, Haddad, Elie, Abel, Laurent, Belot, Alexandre, Quintana-Murci, Lluis, Rice, Charles, Silverman, Robert, Zhang, Shen-Ying, Casanova, Jean-Laurent, Alavoine, Loubna, Behillil, Sylvie, Burdet, Charles, Charpentier, Charlotte, Dechanet, Aline, Descamps, Diane, Ecobichon, Jean-Luc, Enouf, Vincent, Frezouls, Wahiba, Houhou, Nadhira, Kafif, Ouifiya, Lehacaut, Jonathan, Letrou, Sophie, Lina, Bruno, Lucet, Jean-Christophe, Manchon, Pauline, Nouroudine, Mariama, Piquard, Valentine, Quintin, Caroline, Thy, Michael, Tubiana, Sarah, van der Werf, Sylvie, Vignali, Valérie, Visseaux, Benoit, Yazdanpanah, Yazdan, Chahine, Abir, Waucquier, Nawal, Migaud, Maria-Claire, Deplanque, Dominique, Djossou, Félix, Mergeay-Fabre, Mayka, Lucarelli, Aude, Demar, Magalie, Bruneau, Léa, Gérardin, Patrick, Maillot, Adrien, Payet, Christine, Laviolle, Bruno, Laine, Fabrice, Paris, Christophe, Desille-Dugast, Mireille, Fouchard, Julie, Malvy, Denis, Nguyen, Duc, Pistone, Thierry, Perreau, Pauline, Gissot, Valérie, Le Goas, Carole, Montagne, Samatha, Richard, Lucie, Chirouze, Catherine, Bouiller, Kévin, Desmarets, Maxime, Meunier, Alexandre, Lefèvre, Benjamin, Jeulin, Hélène, Legrand, Karine, Lomazzi, Sandra, Tardy, Bernard, Gagneux-Brunon, Amandine, Bertholon, Frédérique, Botelho-Nevers, Elisabeth, Christelle, Kouakam, Nicolas, Leturque, Roufai, Layidé, Amat, Karine, Couffin-Cadiergues, Sandrine, Espérou, Hélène, Hendou, Samia, Abolhassani, Hassan, Aguilera-Albesa, Sergio, Aiuti, Alessandro, Akcan, Ozge Metin, Akcay, Nihal, Alkan, Gulsum, Alkhater, Suzan, Allende, Luis Miguel, Alper, Yosunkaya, Amenzoui, Naima, Anderson, Mark, Arkin, Lisa, Aubart, Melodie, Avramenko, Iryna, Aydemir, Şehnaz, Gayretli Aydin, Zeynep Gökçe, Aytekin, Caner, Aytekin, Gökhan, Erol Aytekin, Selma, Bando, Silvia Yumi, Beland, Kathie, Biggs, Catherine, Bilbao Aburto, Agurtzane, Blanchard-Rohner, Geraldine, Blázquez-Gamero, Daniel, Bloomfield, Marketa, Bogunovic, Dusan, Bondarenko, Anastasia, Borghesi, Alessandro, Bousfiha, Amed Aziz, Boyarchuk, Oksana, Brodin, Petter, Bryceson, Yenan, Bucciol, Giorgia, Calcaterra, Valeria, Casari, Giorgio, Cavalcanti, Andre, Celik, Jale Bengi, Chrousos, George, Colobran, Roger, Condino-Neto, Antonio, Conti, Francesca, Cooper, Megan, Coskuner, Taner, Cyrus, Cyril, D’auria, Enza, Drolet, Beth, Bursal Duramaz, Burcu, El Zein, Loubna, Elnagdy, Marwa, Emiroglu, Melike, Erdeniz, Emine Hafize, Fabi, Marianna, Baris Feldman, Hagit, Fellay, Jacques, Fencl, Filip, Filippatos, Filippos, Freiss, Julie, Fremuth, Jiri, Gagro, Alenka, Garcia-Solis, Blanca, Vergine, Gianluca, González-Montelongo, Rafaela, Gul, Yahya, Gülhan, Belgin, Gultekin, Sara Sebnem Kilic, Gut, Marta, Halwani, Rabih, Hammarström, Lennart, Hatipoğlu, Nevin, Heath, James, Henrickson, Sarah, Hernandez-Brito, Elisa, Hoffman, Ilse, Hoste, Levi, Hsieh, Elena, Íñigo-Campos, Antonio, Itan, Yuval, Jabandziev, Petr, Kandemir, Bahar, Kanık-Yüksek, Saliha, Kapakli, Hasan, Karbuz, Adem, Kasapcopur, Ozgur, Kechiche, Robin, Kendir Demirkol, Yasemin, Kilic, Omer, Hansen, Stella Kim, Klocperk, Adam, Lau, Yu-Lung, Lebl, Jan, Lorenzo-Salazar, José, Lucas, Carrie, Maglorius, Majistor, Marque, Laura, Novoa Medina, Yeray, Montesdeoca Melián, Abián, Mentis, Alexios-Fotios, Pato, Michele, Michos, Athanasios, Milner, Joshua, Mogensen, Trine, Muñoz-Barrera, Adrián, Nepesov, Serdar, Farela Neves, João, Ng, Ashley, Ng, Lisa, Novelli, Antonio, Novelli, Giuseppe, Oz, Fatma Nur, Ocejo-Viñals, J. Gonzalo, Okada, Satoshi, Orbak, Zerrin, Kilic, Ahmet Osman, Ouair, Hind, Öz, Şadiye Kübra Tüter, Özçelik, Tayfun, Özkan, Esra Akyüz, Parlakay, Aslınur Özkaya, Pato, Carlos, Paz-Artal, Estela, Pelham, Simon, Pellier, Isabelle, Philippot, Quentin, Planas-Serra, Laura, Plassart, Samira, Pokorna, Petra, Polat, Meltem, Poli, Cecilia, Prando, Carolina, Renia, Laurent, Rivière, Jacques, Rodríguez-Palmero, Agustí, Roussel, Lucie, Rubio-Rodriguez, Luis, Salifu, Moro, Sasek, Lumir, Sasia, Laura, Scherbina, Anna, Schmitt, Erica, Sediva, Anna, Sevketoglu, Esra, Slaba, Katerina, Slaby, Ondrej, Sobh, Ali, Solé-Violán, Jordi, Soler-Palacin, Pere, de Somer, Lien, Sözeri, Betül, Spaan, András, Stepanovskiy, Yuriy, Tangye, Stuart, Tanir, Gonul, Tatsi, Elizabeth Barbara, Thorball, Christian, Hancerli Torun, Selda, Turvey, Stuart, Uddin, Mohammed, Uyar, Emel, Valencia-Ramos, Juan, van den Rym, Ana Maria, Vatansev, Hulya, Castillo de Vera, Martín, Vermeulen, François, Vinh, Donald, Volokha, Alla, von Bernuth, Horst, Wouters, Carine, Yahşi, Aysun, Yarar, Volkan, Yesilbas, Osman, Yıldız, Mehmet, Zatz, Mayana, Zawadzki, Pawel, Zuccotti, Gianvincenzo, Rockefeller University [New York], Imagine - Institut des maladies génétiques (IHU) (Imagine - U1163), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Institut de génétique humaine (IGH), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Génomique évolutive, modélisation et santé (GEMS), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Centre International de Recherche en Infectiologie (CIRI), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de référence des rhumatismes inflammatoires et maladies auto-immunes systémiques rares de l’enfant / National Referee Centre for Rheumatic and AutoImmune and Systemic Diseases in Children [Lyon] (RAISE), Hospices Civils de Lyon (HCL), Centre Hospitalier Lyon Sud [CHU - HCL] (CHLS), Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-École nationale supérieure agronomique de Toulouse (ENSAT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Sidra Medicine [Doha, Qatar], BIOASTER Technology Research Institute, Lyon, France, St. Giles Laboratory of Human Genetics of Infectious Diseases, Department of Paediatrics and Intensive Care, Hospital Universitari Sant Joan de Deu, Human genetics of infectious diseases : Mendelian predisposition (Equipe Inserm U1163), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Département de Pédiatrie et maladies infectieuses [CHU Necker], CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Génétique Evolutive Humaine - Human Evolutionary Genetics, Centre de Recherche Translationnelle - Center for Translational Science (CRT), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Université Paris Cité (UPCité), Shanghai Jiaotong University, Sheffield Hallam University, Institut Jean Lamour (IJL), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université de Lorraine (UL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Pasteur [Paris] (IP), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Infection, Anti-microbiens, Modélisation, Evolution (IAME (UMR_S_1137 / U1137)), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité)-Université Sorbonne Paris Nord, Centre d'investigation Clinique [CHU Bichat] - Épidémiologie clinique (CIC 1425), AP-HP - Hôpital Bichat - Claude Bernard [Paris], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Biodiversité et Epidémiologie des Bactéries pathogènes - Biodiversity and Epidemiology of Bacterial Pathogens, Centre d'Investigation Clinique - Innovation Technologique de Lille - CIC 1403 - CIC 9301 (CIC Lille), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Lille-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille), Centre d'Investigation Clinique Antilles-Guyane (CIC - Antilles Guyane), Université des Antilles et de la Guyane (UAG)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-CHU Pointe-à-Pitre/Abymes [Guadeloupe] -CHU de Fort de France-Centre Hospitalier Andrée Rosemon [Cayenne, Guyane Française], Centre d'Investigation Clinique de La Réunion - INSERM (CIC 1410), Université de La Réunion (UR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre Hospitalier Universitaire de La Réunion (CHU La Réunion), Centre d'Investigation Clinique [Rennes] (CIC), Université de Rennes (UR)-Hôpital Pontchaillou-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), CHU Pontchaillou [Rennes], The Laboratory of Human Genetics of Infectious Diseases is supported by the Howard Hughes Medical Institute, the Rockefeller University, the St. Giles Foundation, the National Institutes of Health (NIH) (R01AI088364 and R21AI160576), the National Center for Advancing Translational Sciences (NCATS), NIH Clinical and Translational Science Award (CTSA) program (UL1TR001866), the Yale Center for Mendelian Genomics and the GSP Coordinating Center funded by the National Human Genome Research Institute (NHGRI) (UM1HG006504 and U24HG008956), the Yale High-Performance Computing Center (S10OD018521), the Fisher Center for Alzheimer’s Research Foundation, the Meyer Foundation, the JBP Foundation, the French National Research Agency (ANR) under the 'Investments for the Future' program (ANR-10-IAHU-01), the Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases Laboratory of Excellence (ANR-10-LABX-62-IBEID), the French Foundation for Medical Research (FRM) (EQU201903007798), the ANR GenMISC (ANR-21-COVR-039), the ANRS-COV05, ANR GENVIR (ANR-20-CE93-003) and ANR AABIFNCOV (ANR-20-CO11-0001) projects, the ANR-RHU program (ANR-21-RHUS-08), the European Union’s Horizon 2020 research and innovation program under grant agreement 824110 (EASI-genomics), the HORIZON-HLTH-2021-DISEASE-04 program under grant agreement 01057100 (UNDINE), the ANR-RHU Program ANR-21-RHUS-08 (COVIFERON), the Square Foundation, Grandir – Fonds de solidarité pour l’enfance, the Fondation du Souffle, the SCOR Corporate Foundation for Science, the French Ministry of Higher Education, Research, and Innovation (MESRI-COVID-19), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), and Paris Cité University. We acknowledge support from the National Institute of Allergy and Infectious Diseases (NIAID) of the NIH under award R01AI104887 to R.H.S. and S.R.W. The Laboratory of Human Evolutionary Genetics (Institut Pasteur) is supported by the Institut Pasteur, the Collège de France, the French Government’s Investissement d’Avenir program, Laboratoires d’Excellence 'Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases' (ANR-10-LABX-62-IBEID) and 'Milieu Intérieur' (ANR-10-LABX-69-01), the Fondation de France (no. 00106080), the FRM (Equipe FRM DEQ20180339214 team), and the ANR COVID-19-POPCELL (ANR-21-CO14-0003-01). A.Puj. is supported by ACCI20-759 CIBERER, EasiGenomics H2020 Marató TV3 COVID 2021-31-33, the HORIZON-HLTH-2021-ID: 101057100 (UNDINE), the Horizon 2020 program under grant no. 824110 (EasiGenomics grant no. COVID-19/PID12342), and the CERCA Program/Generalitat de Catalunya. The Canarian Health System sequencing hub was funded by the Instituto de Salud Carlos III (COV20_01333 and COV20_01334), the Spanish Ministry of Science and Innovation (RTC-2017-6471-1, AEI/FEDER, UE), Fundación MAPFRE Guanarteme (OA21/131), and Cabildo Insular de Tenerife (CGIEU0000219140 and 'Apuestas científicas del ITER para colaborar en la lucha contra la COVID-19'). The CoV-Contact Cohort was funded by the French Ministry of Health and the European Commission (RECOVER project). Our studies are also funded by the Ministry of Health of the Czech Republic Conceptual Development of Research Organization (FNBr, 65269705) and ANID COVID0999 funding in Chile. G. Novelli and A. Novelli are supported by Regione Lazio (Research Group Projects 2020) No. A0375-2020-36663, GecoBiomark. A.M.P., M.L.D., and J.P.-T. are supported by the Inmungen-CoV2 project of CSIC. This work was supported in part by the Intramural Research Program of the NIAID, NIH. The research work of A.M.P, M.L.D., and J.P.-T. was funded by the European Commission –NextGenerationEU (Regulation EU 2020/2094), through CSIC’s Global Health Platform (PTI Salud Global). I.M. is a senior clinical investigator at FWO Vlaanderen supported by a VIB GC PID grant, by FWO grants G0B5120N (DADA2) and G0E8420N, and by the Jeffrey Modell Foundation. I.M. holds an ERC-StG MORE2ADA2 grant and is also supported by ERN-RITA.​ A.Y. is supported by fellowships from the European Academy of Dermatology and Venereology and the Swiss National Science Foundation and by an Early Career Award from the Thrasher Research Fund. Y.-H.C. is supported by an A*STAR International Fellowship (AIF). M.O. was supported by the David Rockefeller Graduate Program, the New York Hideyo Noguchi Memorial Society (HNMS), the Funai Foundation for Information Technology (FFIT), the Honjo International Scholarship Foundation (HISF), and the National Cancer Institute (NCI) F99 Award (F99CA274708). A.A.A. was supported by Ministerio de Ciencia Tecnología e Innovación MINCIENCIAS, Colombia (111584467551/CT 415-2020). D.L. is supported by a fellowship from the FRM for medical residents and fellows. E.H. received funding from the Bank of Montreal Chair of Pediatric Immunology, Foundation of CHU Sainte-Justine, CIHR grants PCC-466901 and MM1-181123, and a Canadian Pediatric Society IMPACT study. Q.P.-H. received funding from the European Union’s Horizon 2020 research and innovation program (ATAC, 101003650), the Swedish Research Council, and the Knut and Alice Wallenberg Foundation. Work in the Laboratory of Virology and Infectious Disease was supported by NIH grants P01AI138398-S1, 2U19AI111825, R01AI091707-10S1, and R01AI161444, a George Mason University Fast Grant, the G. Harold and Leila Y. Mathers Charitable Foundation, the Meyer Foundation, and the Bawd Foundation. R.P.L. is on the board of directors of both Roche and the Roche subsidiary Genentech. J.L.P. was supported by a Francois Wallace Monahan Postdoctoral Fellowship at the Rockefeller University and by a European Molecular Biology Organization Long-Term Fellowship (ALTF 380-2018)., ANR-10-IAHU-0001,Imagine,Institut Hospitalo-Universitaire Imagine(2010), ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010), ANR-21-COVR-0039,GenMIS-C,Recherche des Déficits immunitaires innées monogéniques prédisposant au syndrome inflammatoire multisystémique chez l'enfant.(2021), ANR-20-CE93-0003,GENVIR,Analyse multi-omique de l'immunité anti-virale: de l'identification des circuits biologiques pertinents à la découverte de défauts monogéniques héréditaires de l'immunité chez les patients avec infections virales sévères(2020), ANR-20-CO11-0001,AABIFNCOV,Bases génétiques et immunologiques des auto-anticorps contre les interférons de type I prédisposant aux formes sévères de COVID-19.(2020), ANR-21-RHUS-0008,COVIFERON,Covid-19 and interferons: from discovery to therapy(2021), ANR-10-LABX-0069,MILIEU INTERIEUR,GENETIC & ENVIRONMENTAL CONTROL OF IMMUNE PHENOTYPE VARIANCE: ESTABLISHING A PATH TOWARDS PERSONALIZED MEDICINE(2010), ANR-21-CO14-0003,COVID-19-POPCELL,Facteurs génétiques et infectieux à l'origine de la variabilité populationnelle de la réponse immunitaire à l'infection par le SARS-CoV-2(2021), European Project: 824110,H2020-INFRAIA-2018-1,EASI-Genomics(2019), European Project: 101057100,UNDINE, Howard Hughes Medical Institute, Rockefeller University, St. Giles Foundation, National Institutes of Health (US), Instituto de Salud Carlos III, Ministerio de Ciencia e Innovación (España), Fundación Mapfre, Cabildo de Tenerife, Fundació La Marató de TV3, Centro de Investigación Biomédica en Red Enfermedades Raras (España), Consejo Superior de Investigaciones Científicas (España), European Commission, and Pérez-Tur, Jordi

Nikaïa Smith, Céline Possémé, Vincent Bondet, Jamie Sugrue, Liam Townsend, Bruno Charbit, Vincent Rouilly, Violaine Saint-André, Tom Dott, Andre Rodriguez Pozo, Nader Yatim, Olivier Schwartz, Minerva Cervantes-Gonzalez, Jade Ghosn, Paul Bastard, Jean Laurent Casanova, Tali-Anne Szwebel, Benjamin Terrier, Niall Conlon, Cliona O’Farrelly, Clíona Ní Cheallaigh, Nollaig M. Bourke, Darragh Duffy, Immunologie Translationnelle - Translational Immunology lab, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Université Paris Cité (UPCité), Trinity College Dublin, Saint James Hospital (SJH), Centre de Recherche Translationnelle - Center for Translational Science (CRT), Datactix, Hub Bioinformatique et Biostatistique - Bioinformatics and Biostatistics HUB, Virus et Immunité - Virus and immunity (CNRS-UMR3569), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), AP-HP - Hôpital Bichat - Claude Bernard [Paris], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Infection, Anti-microbiens, Modélisation, Evolution (IAME (UMR_S_1137 / U1137)), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité)-Université Sorbonne Paris Nord, CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Human genetics of infectious diseases : Mendelian predisposition (Equipe Inserm U1163), Imagine - Institut des maladies génétiques (IHU) (Imagine - U1163), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Rockefeller University [New York], Howard Hughes Medical Institute (HHMI), Institut Cochin (IC UM3 (UMR 8104 / U1016)), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), This study was supported by the 'URGENCE COVID-19' fundraising campaign of the Institut Pasteur (CoVarImm and Steroid Response), from the Agence Nationale de la Recherche (ANR-flash COVID-19), by the Laboratoire d’Excellence ‘Milieu Intérieur’ (grant no. ANR-10-LABX-69-01) (D.D.), the Fonds IMMUNOV for Innovation in Immunopathology (B.T.), and Science Foundation Ireland (C.O.F., C.N.C., and N.B.). We thank the STTAR-Bioresource of TCD-SJH-TUH COVID-19 bioresource which supported the collection of patient samples. N.S. is a recipient of the Pasteur–Roux–Cantarini Fellowship. C.O.F., N.C., and C.N.C. are part-funded by a Science Foundation Ireland (SFI) grant, Grant Code 20/SPP/3685. L.T. is supported by the Irish Clinical Academic Training (ICAT) Program, supported by the Wellcome Trust and the Health Research Board (Grant Number 203930/B/16/Z), the Health Service Executive, National Doctors Training and Planning and the Health and Social Care, Research and Development Division, Northern Ireland. N.B. is funded under the Science Foundation Ireland Phase 2 COVID-19 Rapid Response Call (20/COV/8487) and the Health Research Board COVID-19 Rapid Response Call (COV19e2020e053). The Laboratory of Human Genetics of Infectious Diseases is supported by the Howard Hughes Medical Institute, the Rockefeller University, the St. Giles Foundation, the National Institutes of Health (NIH) (R01AI088364 and R01AI163029), the National Center for Advancing Translational Sciences (NCATS), NIH Clinical and Translational Science Award (CTSA) program (UL1 TR001866), a Fast Grant from Emergent Ventures, Mercatus Center at George Mason University, the Fisher Center for Alzheimer’s Research Foundation, the Meyer Foundation, the JPB Foundation, the French National Research Agency (ANR) under the 'Investments for the Future' program (ANR-10-IAHU-01), the Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases Laboratory of Excellence (ANR-10-LABX-62-IBEID), the French Foundation for Medical Research (FRM) (EQU201903007798), the ANRS-COV05, ANR GENVIR (ANR-20-CE93-003), ANR AABIFNCOV (ANR-20-CO11-0001) and ANR GenMISC (ANR-21-COVR-0039) projects, the European Union’s Horizon 2020 research and innovation program under grant agreement No. 824110 (EASI-genomics), the Square Foundation, Grandir—Fonds de solidarité pour l’enfance, the Fondation du Souffle, the SCOR Corporate Foundation for Science, The French Ministry of Higher Education, Research, and Innovation (MESRI-COVID-19), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), REACTing-INSERM and the University of Paris (J.L.C.). P.B. was supported by the MD–Ph.D. program of the Imagine Institute (with the support of the Fondation Bettencourt-Schueller)., We thank the UTechS CB of the Center for Translational Research, Institut Pasteur for supporting Luminex and Nanostring analysis. We thank Quanterix for the provision of IFNα multi-subtype prototype assays. We acknowledge all healthcare workers involved in the diagnosis and treatment of patients in Hopital Cochin, Hopital Bichat, and St James’s Hospital Dublin., ANR-20-COVI-0053,CoVarImm,Variation de la réponse immune systémique et muqueuse pendant l'infection par le SRAS-CoV-2 et la convalescence(2020), ANR-10-LABX-0069,MILIEU INTERIEUR,GENETIC & ENVIRONMENTAL CONTROL OF IMMUNE PHENOTYPE VARIANCE: ESTABLISHING A PATH TOWARDS PERSONALIZED MEDICINE(2010), ANR-10-IAHU-0001,Imagine,Institut Hospitalo-Universitaire Imagine(2010), ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010), ANR-20-CE93-0003,GENVIR,Analyse multi-omique de l'immunité anti-virale: de l'identification des circuits biologiques pertinents à la découverte de défauts monogéniques héréditaires de l'immunité chez les patients avec infections virales sévères(2020), ANR-20-CO11-0001,AABIFNCOV,Bases génétiques et immunologiques des auto-anticorps contre les interférons de type I prédisposant aux formes sévères de COVID-19.(2020), ANR-21-COVR-0039,GenMIS-C,Recherche des Déficits immunitaires innées monogéniques prédisposant au syndrome inflammatoire multisystémique chez l'enfant.(2021), and European Project: 824110,H2020-INFRAIA-2018-1,EASI-Genomics(2019)

Jérôme Hadjadj, Bruno Charbit, Djaouida Bengoufa, A. Philippe, Laura Barnabei, Olivier Schwartz, Coralie L. Guerin, Léa Jaume, Hervé Bachelez, Darragh Duffy, David M. Smadja, Jean-David Bouaziz, Nicolas Gendron, A. Calugareanu, B. Joly, Sonia Meynier, Martine Bagot, Saint-Louis Core, Frédéric Rieux-Laucat, Jérôme LeGoff, H. Le Buanec, Marisa Battistella, S. Maylin, Nader Yatim, C. Delaugerre, V. Siguret, Richard Chocron, Charles Cassius, L. Frumholtz, Ludivine Grzelak, Nikaïa Smith, Université de Paris, Immunologie humaine, physiopathologie & immunothérapie (HIPI (UMR_S_976 / U976)), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Paris (UP), Hopital Saint-Louis [AP-HP] (AP-HP), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Immunogenetics of pediatric autoimmune diseases (Equipe Inserm U1163), Imagine - Institut des maladies génétiques (IHU) (Imagine - U1163), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Hôpital Cochin [AP-HP], Paris-Centre de Recherche Cardiovasculaire (PARCC (UMR_S 970/ U970)), Hôpital Européen Georges Pompidou [APHP] (HEGP), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpitaux Universitaires Paris Ouest - Hôpitaux Universitaires Île de France Ouest (HUPO)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpitaux Universitaires Paris Ouest - Hôpitaux Universitaires Île de France Ouest (HUPO)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpitaux Universitaires Paris Ouest - Hôpitaux Universitaires Île de France Ouest (HUPO), Virus et Immunité - Virus and immunity (CNRS-UMR3569), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Immunologie Translationnelle - Translational Immunology lab, Institut Pasteur [Paris] (IP), Cytometrie et Biomarqueurs – Cytometry and Biomarkers (UTechS CB), Innovations thérapeutiques en hémostase = Innovative Therapies in Haemostasis (IThEM - U1140), Institut Curie [Paris], Hôpital Lariboisière-Fernand-Widal [APHP], Recherche clinique appliquée à l'hématologie (URP_3518), Université Paris Cité (UPCité), Genetic skin diseases : from disease mechanism to therapies (Equipe Inserm U1163), Fondation Alain Carpentier - (Centre Médical International) [Paris] (FAC - CMI), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpitaux Universitaires Paris Ouest - Hôpitaux Universitaires Île de France Ouest (HUPO)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpitaux Universitaires Paris Ouest - Hôpitaux Universitaires Île de France Ouest (HUPO), The study was supported by the Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM) and by a government grant managed by the Agence National de la Recherche as part of the ‘Investment for the Future’ programme (Institut Hospitalo-Universitaire Imagine, grant ANR-10-IAHU-01, Recherche Hospitalo-Universitaire, grant ANR-18-RHUS-0010), grants from the Agence National de la Recherche (ANR-flash Covid19 ‘AIROCovid’ to F.R.L.) and by the FAST Foundation (French Friends of Sheba Tel Hashomer Hospital). J.H. was a recipient of an INSERM ‘poste d’acceuil’ programme, and an Institut Imagine MD-PhD fellowship programme supported by the Fondation Bettencourt Schueller. L.B. was a recipient of an Imagine Institute PhD international programme supported by the Fondation Bettencourt Schueller. S. Meynier was a recipient of an INSERM and Institut Imagine postdoctoral programme supported by the Fondation pour la Recherche Médicale (FRM no. SPF20170938825)., ANR-10-IAHU-0001,Imagine,Institut Hospitalo-Universitaire Imagine(2010), and ANR-18-RHUS-0010,ATRACTION,Autoimmunity/inflammation Through Rnaseq Analysis at the single Cell level for Therapeutic Innovation(2018)

Darragh Duffy, Nikaïa SMITH, Céline Possémé, Vincent Bondet, Jamie Sugrue, Liam Townsend, Bruno Charbit, Vincent Rouilly, Violaine Saint-André, Tom Dott, Andre Rodriguez Pozo, Nader Yatim, Olivier Schwartz, Minerva Cervantes-Gonzales, Jade Ghosn, Paul Bastard, Jean-Laurent Casanova, Tali-Anne Szwebel, Benjamin Terrier, Niall Conlon, Cliona O'Farrelly, Cliona Ni Cheallaigh, Nollaig Bourke, Immunologie Translationnelle - Translational Immunology lab, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Université Paris Cité (UPCité), Institut Pasteur [Paris] (IP), Trinity College Dublin, Datactix, AP-HP - Hôpital Bichat - Claude Bernard [Paris], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Imagine - Institut des maladies génétiques (IHU) (Imagine - U1163), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Institut Cochin (IC UM3 (UMR 8104 / U1016)), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Hôpital Cochin [AP-HP], St James' Hospital, This study was supported by the 'URGENCE COVID-19' fundraising campaign the Institut Pasteur (CoVarImm and Steroid Response), from the Agence Nationale de la Recherche (ANR-flash COVID-19), by the Laboratoire d’Excellence ‘Milieu Intérieur’ (grant no. ANR-10-LABX-69-01), the Fonds IMMUNOV for Innovation in Immunopathology, and Science Foundation Ireland. We thank the STTAR-Bioresource of TCD-SJH-TUH COVID-19 bioresource which supported collection of patient samples. NS is a recipient of the Pasteur-Roux-Cantarini Fellowship. COF, NC and CNC are part-funded by a Science Foundation Ireland (SFI) grant, Grant Code 20/SPP/3685. LT is supported by the Irish Clinical Academic Training (ICAT) Programme, supported by the Wellcome Trust and the Health Research Board (Grant Number 203930/B/16/Z), the Health Service Executive, National Doctors Training and Planning and the Health and Social Care, Research and Development Division, Northern Ireland. N.B. is funded under the Science Foundation Ireland Phase 2 COVID-19 Rapid Response Call (20/COV/8487) and the Health Research Board COVID-19 Rapid Response Call (COV19e2020e053). The Laboratory of Human Genetics of Infectious Diseases is supported by the Howard Hughes Medical Institute, the Rockefeller University, the St. Giles Foundation, the National Institutes of Health (NIH) (R01AI088364 and R01AI163029), the National Center for Advancing Translational Sciences (NCATS), NIH Clinical and Translational Science Award (CTSA) program (UL1 TR001866), a Fast Grant from Emergent Ventures, Mercatus Center at George Mason University, the Fisher Center for Alzheimer’s Research Foundation, the Meyer Foundation, the JPB Foundation, the French National Research Agency (ANR) under the 'Investments for the Future' program (ANR-10-IAHU-01), the Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases Laboratory of Excellence (ANR-10-LABX-62-IBEID), the French Foundation for Medical Research (FRM) (EQU201903007798), the ANRS-COV05, ANR GENVIR (ANR-20-CE93-003), ANR AABIFNCOV (ANR-20-CO11-0001) and ANR GenMISC (ANR-21-COVR-0039) projects, the European Union’s Horizon 2020 research and innovation programme under grant agreement No 824110 (EASI-genomics), the Square Foundation, Grandir - Fonds de solidarité pour l’enfance, the Fondation du Souffle, the SCOR Corporate Foundation for Science, The French Ministry of Higher Education, Research, and Innovation (MESRI-COVID-19), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), REACTing-INSERM and the University of Paris. PB was supported by the MD-PhD program of the Imagine Institute (with the support of the Fondation Bettencourt-Schueller)., We thank the UTechS CB of the Center for Translational Research, Institut Pasteur for supporting Luminex and Nanostring analysis. We acknowledge all health-care workers involved in the diagnosis and treatment of patients in Hopital Cochin, Hopital Bichat, and St James’s Hospital Dublin., ANR-10-LABX-0069,MILIEU INTERIEUR,GENETIC & ENVIRONMENTAL CONTROL OF IMMUNE PHENOTYPE VARIANCE: ESTABLISHING A PATH TOWARDS PERSONALIZED MEDICINE(2010), ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010), ANR-10-IAHU-0001,Imagine,Institut Hospitalo-Universitaire Imagine(2010), ANR-20-CE93-0003,GENVIR,Analyse multi-omique de l'immunité anti-virale: de l'identification des circuits biologiques pertinents à la découverte de défauts monogéniques héréditaires de l'immunité chez les patients avec infections virales sévères(2020), ANR-20-CO11-0001,AABIFNCOV,Bases génétiques et immunologiques des auto-anticorps contre les interférons de type I prédisposant aux formes sévères de COVID-19.(2020), ANR-21-COVR-0039,GenMIS-C,Recherche des Déficits immunitaires innées monogéniques prédisposant au syndrome inflammatoire multisystémique chez l'enfant.(2021), European Project: 824110,H2020-INFRAIA-2018-1,EASI-Genomics(2019), Institut Pasteur [Paris]-Université Paris Cité (UPC), Institut Pasteur [Paris], Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPC), and Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPC)

Mathilde Labouret, Stefania Costi, Vincent Bondet, Vincent Trebossen, Enora Le Roux, Alexandra Ntorkou, Sophie Bartoli, Stéphane Auvin, Brigitte Bader-Meunier, Véronique Baudouin, Olivier Corseri, Glory Dingulu, Camille Ducrocq, Cécile Dumaine, Monique Elmaleh, Nicole Fabien, Albert Faye, Isabelle Hau, Véronique Hentgen, Théresa Kwon, Ulrich Meinzer, Naim Ouldali, Cyrielle Parmentier, Marie Pouletty, Florence Renaldo, Isabelle Savioz, Flore Rozenberg, Marie-Louise Frémond, Alice Lepelley, Gillian I. Rice, Luis Seabra, Jean-François Benoist, Darragh Duffy, Yanick J. Crow, Pierre Ellul, Isabelle Melki, Vougny, Marie-Christine, Instituts Hospitalo-Universitaires - Institut Hospitalo-Universitaire Imagine - - Imagine2010 - ANR-10-IAHU-0001 - IAHU - VALID, Definition and characterization of type I interferonopathies - T1-IFN - - EC:FP7:ERC2013-03-01 - 2018-02-28 - 309449 - VALID, Elaboration of the type I interferonopathies - E-T1IFNs - - ERC-2017-ADG2018-11-01 - 2023-10-31 - 786142 - VALID, AP-HP Hôpital universitaire Robert-Debré [Paris], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Centre de référence des rhumatismes inflammatoires et maladies autoimmunes systémiques rares de l'enfant [Paris] (RAISE), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Sorbonne Université (SU), Università degli Studi di Milano = University of Milan (UNIMI), Immunologie Translationnelle - Translational Immunology lab, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Université Paris Cité (UPCité), Université Paris Cité - UFR Médecine [Santé] (UPCité UFR Médecine), Université Paris Cité (UPCité), Centre d'Investigation Clinique 1426 (CIC 1426), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-AP-HP Hôpital universitaire Robert-Debré [Paris], Epidémiologie Clinique et Evaluation Economique Appliquées aux Populations Vulnérables (ECEVE (U1123 / UMR_S_1123)), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Université Paris Cité (UPCité), Maladies neurodéveloppementales et neurovasculaires (NeuroDiderot (UMR_S_1141 / U1141)), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Institut Universitaire de France (IUF), Ministère de l'Education nationale, de l’Enseignement supérieur et de la Recherche (M.E.N.E.S.R.), CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Immunogenetics of pediatric autoimmune diseases (Equipe Inserm U1163), Imagine - Institut des maladies génétiques (IHU) (Imagine - U1163), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Centre Hospitalier Sud Francilien, Centre Hospitalier Lyon Sud [CHU - HCL] (CHLS), Hospices Civils de Lyon (HCL), CHI Créteil, Centre Hospitalier de Versailles André Mignot (CHV), Centre de recherche sur l'Inflammation (CRI (UMR_S_1149 / ERL_8252 / U1149)), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Biologie et Génétique de la Paroi bactérienne - Biology and Genetics of Bacterial Cell Wall, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Université Paris Cité (UPCité)-Microbiologie Intégrative et Moléculaire (UMR6047), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), CHU Trousseau [APHP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), GHU AP-HP Centre Université de Paris, Laboratory of neurogenetics and neuroinflammation (Equipe Inserm U1163), University of Manchester [Manchester], Université Paris-Saclay, University of Edinburgh, Immunologie - Immunopathologie - Immunothérapie [CHU Pitié Salpêtrière] (I3), CHU Charles Foix [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Sorbonne Université (SU), CHU Bordeaux [Bordeaux], YJC acknowledges the European Research Council (GA309449 and 786142-E-T1IFNs) and a state subsidy managed by the National Research Agency (France) under the ‘Investments for the Future’ program bearing the reference ANR-10-IAHU-01. The project was supported by MSDAVENIR (Devo-Decode Project). YJC and DD acknowledge the Agence Nationale de la Recherche (grant CE17001002)., ANR-10-IAHU-0001,Imagine,Institut Hospitalo-Universitaire Imagine(2010), European Project: 309449,EC:FP7:ERC,ERC-2012-StG_20111109,T1-IFN(2013), European Project: 786142,ERC-2017-ADG,E-T1IFNs(2018), UFR Médecine [Santé] - Université Paris Cité (UFR Médecine UPCité), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité)-Microbiologie Intégrative et Moléculaire (UMR6047), and Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Paul Bastard, Kuang-Chih Hsiao, Qian Zhang, Jeremy Choin, Emma Best, Jie Chen, Adrian Gervais, Lucy Bizien, Marie Materna, Christine Harmant, Maguelonne Roux, Nicola L. Hawley, Daniel E. Weeks, Stephen T. McGarvey, Karla Sandoval, Carmina Barberena-Jonas, Consuelo D. Quinto-Cortés, Erika Hagelberg, Alexander J. Mentzer, Kathryn Robson, Boubacar Coulibaly, Yoann Seeleuthner, Benedetta Bigio, Zhi Li, Gilles Uzé, Sandra Pellegrini, Lazaro Lorenzo, Zineb Sbihi, Sylvain Latour, Marianne Besnard, Tiphaine Adam de Beaumais, Evelyne Jacqz Aigrain, Vivien Béziat, Ranjan Deka, Litara Esera Tulifau, Satupa‘itea Viali, Muagututi‘a Sefuiva Reupena, Take Naseri, Peter McNaughton, Vanessa Sarkozy, Jane Peake, Annaliesse Blincoe, Sarah Primhak, Simon Stables, Kate Gibson, See-Tarn Woon, Kylie Marie Drake, Adrian V.S. Hill, Cheng-Yee Chan, Richard King, Rohan Ameratunga, Iotefa Teiti, Maite Aubry, Van-Mai Cao-Lormeau, Stuart G. Tangye, Shen-Ying Zhang, Emmanuelle Jouanguy, Paul Gray, Laurent Abel, Andrés Moreno-Estrada, Ryan L. Minster, Lluis Quintana-Murci, Andrew C. Wood, Jean-Laurent Casanova, Imagine - Institut des maladies génétiques (IHU) (Imagine - U1163), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Rockefeller University [New York], Human genetics of infectious diseases: Complex predisposition (Equipe Inserm U1163), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Département de Pédiatrie et maladies infectieuses [CHU Necker], CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Howard Hughes Medical Institute (HHMI), University of Auckland [Auckland], Génétique Evolutive Humaine - Human Evolutionary Genetics, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Collège de France - Chaire Génomique humaine et évolution, Collège de France (CdF (institution)), University of Pittsburgh (PITT), Pennsylvania Commonwealth System of Higher Education (PCSHE), Langebio (CINVESTAV), University of New South Wales [Sydney] (UNSW), Sydney Children's hospital, Garvan Institute of medical research, UNSW Faculty of Medicine [Sydney], Institut Louis Malardé [Papeete] (ILM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Auckland City Hospital, Canterbury Health Laboratories, University of Oxford, University of Queensland [Brisbane], Brown University, Ministry of Health [Samoa], Tupua Tamasese Meaole Hospital (TTM), University of Cincinnati (UC), Hopital Saint-Louis [AP-HP] (AP-HP), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Université Paris Cité (UPCité), Institut Gustave Roussy (IGR), Centre Hospitalier de Polynésie Française, Signalisation des Cytokines - Cytokine Signaling, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Cellules Souches, Plasticité Cellulaire, Médecine Régénératrice et Immunothérapies (IRMB), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM), University of Oslo (UiO), National Laboratory of Genomics for Biodiversity (LANGEBIO), Centro de Investigacion y de Estudios Avanzados del Instituto Politécnico Nacional (CINVESTAV), Yale University [New Haven], Hub Bioinformatique et Biostatistique - Bioinformatics and Biostatistics HUB, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Université Paris Cité (UPCité), Human genetics of infectious diseases : Mendelian predisposition (Equipe Inserm U1163), Shanghai Jiaotong University, Murdoch Children's Research Institute (MCRI), The laboratory of V.-M. Cao-Lormeau is supported by MATAEA grant no. 03557/MED/REC_29/05/2019 (Délégation à la recherche de la Polynésie française). The Laboratory of Human Evolutionary Genetics is supported by Institut Pasteur, Collège de France, the Centre national de la recherche scientifique, Fondation Allianz-Institut de France, the French Government’s Investissement d’Avenir program, Laboratoires d’Excellence 'Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases' (ANR-10-LABX-62-IBEID) and 'Milieu Intérieur' (ANR-10-LABX-69-01), Fondation de France (grant no. 00106080), and Fondation pour la Recherche Médicale (Equipe FRM DEQ20180339214). The Laboratory of Human Genetics of Infectious Diseases is supported by the Howard Hughes Medical Institute, the Rockefeller University, the St. Giles Foundation, the National Institutes of Health (NIH, R01AI088364 and R01AI163029), the National Center for Advancing Translational Sciences, the NIH Clinical and Translational Science Award program (UL1 TR001866), a Fast Grant from Emergent Ventures, Mercatus Center at George Mason University, the Yale Center for Mendelian Genomics, and the Genome Sequencing Program Coordinating Center funded by the National Human Genome Research Institute (UM1HG006504 and U24HG008956), the Yale High-Performance Computing Center (S10OD018521), the Fisher Center for Alzheimer’s Research Foundation, the Meyer Foundation, the French National Research Agency (ANR) under the 'Investments for the Future' program (ANR-10-IAHU-01), the Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases Laboratory of Excellence (ANR-10-LABX-62-IBEID), the French Foundation for Medical Research (FRM, EQU201903007798), the FRM and ANR GENCOVID project, the ANRS-COV05, ANR GENVIR (ANR-20-CE93-003), and ANR AABIFNCOV (ANR-20-CO11-0001) projects, the European Union’s Horizon 2020 research and innovation program under grant agreement 824110 (EASI-genomics), the Square Foundation, Grandir - Fonds de solidarité pour l’enfance, the Fondation du Souffle, the SCOR Corporate Foundation for Science, INSERM, the French Ministry of Higher Education, Research, and Innovation (MESRI-COVID-19), and the University of Paris. P. Bastard was supported by the FRM (EA20170638020) and by the MD-PhD program of the Imagine Institute (with the support of Fondation Bettencourt-Schueller). The National Laboratory of Genomics for Biodiversity (LANGEBIO-CINVESTAV) in Mexico is supported by Consejo Nacional de Ciencia y Technologia (grant number FONCICYT/50/2016), The Newton Fund through the Medical Research Council (grant number MR/N028937/1), and the International Center for Genetic Engineering and Biotechnology grant number CRP/MEX20-01, awarded to A. Moreno-Estrada. S.G. Tangye is supported by a Leadership 3 Investigator Grant awarded by the National Health and Medical Research Council of Australia (1176665) and the Jeffrey Modell Foundation. Clinical Immunogenomics Research Consortium Australasia investigators (K.-C. Hsiao, P. McNaughton, A. Blincoe, J. Peake, S.G. Tangye, and P. Gray) are supported by the John Brown Cook Foundation. This work was supported by the National Institutes of Health grants R01-HL093093 (S.T. McGarvey) and R01-HL133040 (R.L. Minster). Molecular data for the Trans-Omics in Precision Medicine (TOPMed) program were provided by the National Heart, Lung, and Blood Institute (NHLBI). Genome sequencing for the Soifua Manuia study, labeled 'NHLBI TOPMed: Genome-wide Association Study of Adiposity in Samoans' (phs000972.v4.p1) in the dbGaP, was performed at the Northwest Genomics Center (HHSN268201100037C) and the New York Genome Center (HHSN268201500016C). Core support, including centralized genomic read mapping and genotype calling, along with variant quality metrics and filtering, was provided by the TOPMed Informatics Research Center (3R01-HL117626-02S1, contract HHSN268201800002I). Core support, including phenotype harmonization, data management, sample-identity QC, and general program coordination, was also provided by the TOPMed Data Coordinating Center (R01-HL120393, U01-HL120393, contract HHSN268201800001I). We gratefully acknowledge the studies and participants who provided biological samples and data for TOPMed. This research was funded in whole or in part by the French National Research Agency (ANR)., ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010), ANR-10-LABX-0069,MILIEU INTERIEUR,GENETIC & ENVIRONMENTAL CONTROL OF IMMUNE PHENOTYPE VARIANCE: ESTABLISHING A PATH TOWARDS PERSONALIZED MEDICINE(2010), ANR-10-IAHU-0001,Imagine,Institut Hospitalo-Universitaire Imagine(2010), ANR-20-COVI-0003,GENCOVID,Identification des défauts monogéniques de l'immunité responsables des formes sévères de COVID-19 chez les patients précédemment en bonne santé(2020), ANR-20-CE93-0003,GENVIR,Analyse multi-omique de l'immunité anti-virale: de l'identification des circuits biologiques pertinents à la découverte de défauts monogéniques héréditaires de l'immunité chez les patients avec infections virales sévères(2020), ANR-20-CO11-0001,AABIFNCOV,Bases génétiques et immunologiques des auto-anticorps contre les interférons de type I prédisposant aux formes sévères de COVID-19.(2020), European Project: 824110,H2020-INFRAIA-2018-1,EASI-Genomics(2019), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPC), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPC), Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPC), Institut Pasteur [Paris]-Université Paris Cité (UPC), University of Oxford [Oxford], Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPC), Institute for Regenerative Medicine and Biotherapy [Montpellier], Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre Hospitalier Universitaire de Montpellier (CHU Montpellier ), Université Paris Cité (UPC), Garvan Institute of Medical Research [Sydney, Australia], and Chaire Génomique humaine et évolution

Paul Sauleau, Rima Nabbout, Julien Modolo, Pascal Benquet, Maxime Yochum, Mathieu Kuchenbuch, Fabrice Wendling, Laboratoire Traitement du Signal et de l'Image (LTSI), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Imagine - Institut des maladies génétiques (IHU) (Imagine - U1163), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Paris (UP), CHU Pontchaillou [Rennes], Comportement et noyaux gris centraux = Behavior and Basal Ganglia [Rennes], Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université européenne de Bretagne - European University of Brittany (UEB)-CHU Pontchaillou [Rennes]-Institut des Neurosciences Cliniques de Rennes (INCR), Fondation Bettencourt Schueller, ANR‐10‐IAHU‐01), Agence Nationale de la Recherche, Université de Rennes (UR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Université de Rennes (UR)-Université européenne de Bretagne - European University of Brittany (UEB)-CHU Pontchaillou [Rennes]-Institut des Neurosciences Cliniques de Rennes = Institute of Clinical Neurosciences of Rennes (INCR), and ANR-10-IAHU-0001,Imagine,Institut Hospitalo-Universitaire Imagine(2010)

Hassan Abolhassani, Nils Landegren, Paul Bastard, Marie Materna, Mohammadreza Modaresi, Likun Du, Maribel Aranda-Guillén, Fabian Sardh, Fanglei Zuo, Peng Zhang, Harold Marcotte, Nico Marr, Taushif Khan, Manar Ata, Fatima Al-Ali, Remi Pescarmona, Alexandre Belot, Vivien Béziat, Qian Zhang, Jean-Laurent Casanova, Olle Kämpe, Shen-Ying Zhang, Lennart Hammarström, Qiang Pan-Hammarström, Department of Biosciences and Nutrition [Karolinska Insitutet, Sueden] (BioNut), Karolinska Institutet [Stockholm], Iran University of Medical Sciences [Tehran, Iran] (IUMS), Uppsala University, Department of medicine [Stockholm], Karolinska Institutet [Stockholm]-Karolinska University Hospital [Stockholm], St. Giles Laboratory of Human Genetics of Infectious Diseases, Rockefeller University [New York], Human genetics of infectious diseases : Mendelian predisposition (Equipe Inserm U1163), Imagine - Institut des maladies génétiques (IHU) (Imagine - U1163), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Children’s Medical Center [Tehran, Liban], Tehran University of Medical Sciences (TUMS), Karolinska Institute, Sidra Medicine [Doha, Qatar], Hamad Bin Khalifa University (HBKU), Centre International de Recherche en Infectiologie (CIRI), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Service d'immunologie [Centre Hospitalier Lyon Sud - HCL], Centre Hospitalier Lyon Sud [CHU - HCL] (CHLS), Hospices Civils de Lyon (HCL)-Hospices Civils de Lyon (HCL), Hôpital Femme Mère Enfant [CHU - HCL] (HFME), Hospices Civils de Lyon (HCL), Howard Hughes Medical Institute [New York] (HHMI), Howard Hughes Medical Institute (HHMI)-New York University School of Medicine, NYU System (NYU)-NYU System (NYU)-Rockefeller University [New York]-Columbia University Irving Medical Center (CUIMC), Karolinska University Hospital [Stockholm], Open access funding provided by Karolinska Institute. This work was supported by The European Union’s Horizon 2020 research and innovation program (ATAC, 101003650), the Center for Innovative Medicine at Karolinska Institutet, the Swedish Research Council, the Knut and Alice Wallenberg Foundation (KAW). The Laboratory of Human Genetics of Infectious Diseases is supported by the Howard Hughes Medical Institute, the Rockefeller University, the St. Giles Foundation, the National Institutes of Health (NIH) (R01AI088364 and R01AI163029), the National Center for Advancing Translational Sciences (NCATS), NIH Clinical and Translational Science Award (CTSA) program (UL1TR001866), a Fast Grant from Emergent Ventures, Mercatus Center at George Mason University, the Fisher Center for Alzheimer’s Research Foundation, the Meyer Foundation, the JPB Foundation, the French National Research Agency (ANR) under the 'Investments for the Future' program (ANR-10-IAHU-01), ANR grants (ANR-14-CE14-0008–01, ANR-18-CE15-0020–02, ANR-20-CE93-003, ANR-20-CO11-000,1 and ANR-21-COVR-0039), the Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases Laboratory of Excellence (ANR-10-LABX-62-IBEID), the French Foundation for Medical Research (FRM) (EQU201903007798), the FRM and ANR GENCOVID project (ANR-20-COVI-0003), ANRS Nord-Sud (ANRS-COV05), the European Union’s Horizon 2020 research and innovation program under grant agreement no. 824110 (EASI-Genomics), the Square Foundation, Grandir-Fonds de solidarité pour l’enfance, the SCOR Corporate Foundation for Science, Fondation du Souffle, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), REACTing-INSERM, and the University of Paris. PB was supported by the French Foundation for Medical Research (FRM, EA20170638020). PB was supported by the MD-PhD program of the Imagine Institute (with the support of the Fondation Bettencourt-Schueller). NM received funding from Sidra Medicine (SDR400048) and the Qatar National Research Fund (NPRP9-251–3-045)., ANR-10-IAHU-0001,Imagine,Institut Hospitalo-Universitaire Imagine(2010), ANR-14-CE14-0008,IEIHSEER,L'encéphalite Herpétique de l'enfant résulte de déficits héréditaires d'immunité contre l'HSV-1: une exception ou une règle?(2014), ANR-18-CE15-0020,SEAe-HostFactors,Facteurs de susceptibilité de l'hôte à l'encéphalite pédiatrique en Asie du Sud Est(2018), ANR-20-CE93-0003,GENVIR,Analyse multi-omique de l'immunité anti-virale: de l'identification des circuits biologiques pertinents à la découverte de défauts monogéniques héréditaires de l'immunité chez les patients avec infections virales sévères(2020), ANR-20-CO11-0001,AABIFNCOV,Bases génétiques et immunologiques des auto-anticorps contre les interférons de type I prédisposant aux formes sévères de COVID-19.(2020), ANR-21-COVR-0039,GenMIS-C,Recherche des Déficits immunitaires innées monogéniques prédisposant au syndrome inflammatoire multisystémique chez l'enfant.(2021), ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010), ANR-20-COVI-0003,GENCOVID,Identification des défauts monogéniques de l'immunité responsables des formes sévères de COVID-19 chez les patients précédemment en bonne santé(2020), European Project: 824110,H2020-INFRAIA-2018-1,EASI-Genomics(2019), Université Paris Cité, Equipe HAL, Instituts Hospitalo-Universitaires - Institut Hospitalo-Universitaire Imagine - - Imagine2010 - ANR-10-IAHU-0001 - IAHU - VALID, Appel à projets générique - L'encéphalite Herpétique de l'enfant résulte de déficits héréditaires d'immunité contre l'HSV-1: une exception ou une règle? - - IEIHSEER2014 - ANR-14-CE14-0008 - Appel à projets générique - VALID, APPEL À PROJETS GÉNÉRIQUE 2018 - Facteurs de susceptibilité de l'hôte à l'encéphalite pédiatrique en Asie du Sud Est - - SEAe-HostFactors2018 - ANR-18-CE15-0020 - AAPG2018 - VALID, Analyse multi-omique de l'immunité anti-virale: de l'identification des circuits biologiques pertinents à la découverte de défauts monogéniques héréditaires de l'immunité chez les patients avec infections virales sévères - - GENVIR2020 - ANR-20-CE93-0003 - AAPG2020 - VALID, Bases génétiques et immunologiques des auto-anticorps contre les interférons de type I prédisposant aux formes sévères de COVID-19. - - AABIFNCOV2020 - ANR-20-CO11-0001 - COVID-19 - VALID, Recherche des Déficits immunitaires innées monogéniques prédisposant au syndrome inflammatoire multisystémique chez l'enfant. - - GenMIS-C2021 - ANR-21-COVR-0039 - COVID-19 - VALID, Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases - - IBEID2010 - ANR-10-LABX-0062 - LABX - VALID, Identification des défauts monogéniques de l'immunité responsables des formes sévères de COVID-19 chez les patients précédemment en bonne santé - - GENCOVID2020 - ANR-20-COVI-0003 - COVID-19 - VALID, European Advanced infraStructure for Innovative Genomics - EASI-Genomics - - H2020-INFRAIA-2018-12019-02-01 - 2023-07-31 - 824110 - VALID, Centre International de Recherche en Infectiologie - UMR (CIRI), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), and Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Kyle Thompson, Lucas Bianchi, Francesca Rastelli, Florence Piron-Prunier, Sophie Ayciriex, Claude Besmond, Laurence Hubert, Magalie Barth, Inês A. Barbosa, Charu Deshpande, Manali Chitre, Sarju G. Mehta, Eric J.M. Wever, Pascale Marcorelles, Sandra Donkervoort, Dimah Saade, Carsten G. Bönnemann, Katherine R. Chao, Chunyu Cai, Susan T. Iannaccone, Andrew F. Dean, Robert McFarland, Frédéric M. Vaz, Agnès Delahodde, Robert W. Taylor, Agnès Rötig, Newcastle University [Newcastle], Imagine - Institut des maladies génétiques (IHU) (Imagine - U1163), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut des Sciences Analytiques (ISA), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre Hospitalier Universitaire d'Angers (CHU Angers), PRES Université Nantes Angers Le Mans (UNAM), King‘s College London, Guy's and St Thomas NHS Foundation Trust [London], Cambridge University Hospitals - NHS (CUH), University of Cambridge [UK] (CAM), University of Amsterdam [Amsterdam] (UvA), Amsterdam Public Health Research Institute [The Netherlands], Amsterdam UMC - Amsterdam University Medical Center, Laboratoire sur les interactions Epithéliums Neurones (LIEN), Université de Brest (UBO), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Brest (CHRU Brest), National Institute of Neurological Disorders and Stroke [Bethesda] (NINDS), National Institutes of Health [Bethesda] (NIH), Broad Institute of MIT and Harvard (BROAD INSTITUTE), Harvard Medical School [Boston] (HMS)-Massachusetts Institute of Technology (MIT)-Massachusetts General Hospital [Boston], University of Texas Southwestern Medical Center [Dallas], Newcastle Upon Tyne Hospitals NHS Foundation Trust, This study was financially supported by the Agence Nationale de la Recherche through the Investissements d'Avenir program ANR-10-IAHU-01 (A.R., L.B., C.B., and L.H.), the E-Rare project GENOMIT (01GM1207, A.R. and L.B.), the French National Agency for Research (ANR-16-CE16-0025-04, A.D. and F.P.-P.), and the 'Association Francaise contre les Myopathies' (AFM -MITOSCREEN, project no. 17122, A.D. and F.P.-P.). We acknowledge the use of bioresources of the Necker Imagine DNA biobank (BB-033-00065). R.M. and R.W.T. are supported by the Wellcome Trust Centre for Mitochondrial Research (203105/Z/16/Z), the Medical Research Council (MRC) International Center for Genomic Medicine in Neuromuscular Disease (MR/S005021/1), the Mitochondrial Disease Patient Cohort (UK) (G0800674), the UK NIHR Biomedical Research Center for Aging and Age-Related Disease Award to the Newcastle upon Tyne Foundation Hospitals NHS Trust, the Lily Foundation, and the UK NHS Specialist Commissioners, which funds the 'Rare Mitochondrial Disorders of Adults and Children' Diagnostic Service in Newcastle upon Tyne. R.W.T. also receives financial support from the Pathology Society. K.T. and I.A.B. were supported by the Lily Foundation. C.G.B. is supported by intramural funds from the NIH National Institute of Neurological Disorders and Stroke. Sequencing and analysis were provided by the Broad Institute of MIT and Harvard Center for Mendelian Genomics (Broad CMG) and was funded by the National Human Genome Research Institute, the National Eye Institute, and the National Heart, Lung, and Blood Institute grant UM1 HG008900 to Daniel MacArthur and Heidi Rehm., ANR-10-IAHU-0001,Imagine,Institut Hospitalo-Universitaire Imagine(2010), Bussy, Agnès, Instituts Hospitalo-Universitaires - Institut Hospitalo-Universitaire Imagine - - Imagine2010 - ANR-10-IAHU-0001 - IAHU - VALID, Laboratory Genetic Metabolic Diseases, Amsterdam Gastroenterology Endocrinology Metabolism, APH - Personalized Medicine, and APH - Methodology

Sophie Thomas, Nathalie Lefort, Nadia Bahi-Buisson, Tania Attié-Bitach, Sophie Saunier, Corinne Lebreton, Sébastien Dupichaud, Cécile Deleschaux, Clémantine Dimartino, Camille Maillard, Nicolas Goudin, Julie Pernelle, Sarah Farcy, Damelys Calderon, Céline Banal, Marie Michael, Lucile Boutaud, Imagine - Institut des maladies génétiques (IHU) (Imagine - U1163), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Structure Fédérative de Recherche Necker (SFR Necker - UMS 3633 / US24), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Service de neurologie pédiatrique [CHU Necker], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], ANR-17-CE16-0003,CentrosomeCiliaMicroceph,Mécanismes physiopathologiques des microcéphalies Rôle du centrosome et du cil primaire dans le développement du cortex cérébral(2017), ANR-16-CE16-0011,DYNEINOPATHY,Mecanismes moléculaires et cellulaires des dyneinopathies(2016), ANR-19-CE16-0002,ATOMy,Axonal Transport in SMALED, a Motor Neuron Disease(2019), ANR-10-IAHU-0001,Imagine,Institut Hospitalo-Universitaire Imagine(2010), Université Paris Cité, Equipe HAL, Mécanismes physiopathologiques des microcéphalies Rôle du centrosome et du cil primaire dans le développement du cortex cérébral - - CentrosomeCiliaMicroceph2017 - ANR-17-CE16-0003 - AAPG2017 - VALID, Mecanismes moléculaires et cellulaires des dyneinopathies - - DYNEINOPATHY2016 - ANR-16-CE16-0011 - AAPG2016 - VALID, Axonal Transport in SMALED, a Motor Neuron Disease - - ATOMy2019 - ANR-19-CE16-0002 - AAPG2019 - VALID, and Instituts Hospitalo-Universitaires - Institut Hospitalo-Universitaire Imagine - - Imagine2010 - ANR-10-IAHU-0001 - IAHU - VALID

Marta Martin-Fernandez, Sofija Buta, Tom Le Voyer, Zhi Li, Lasse Toftdal Dynesen, Françoise Vuillier, Lina Franklin, Fatima Ailal, Alice Muglia Amancio, Louise Malle, Conor Gruber, Ibtihal Benhsaien, Jennie Altman, Justin Taft, Caroline Deswarte, Manon Roynard, Alejandro Nieto-Patlan, Kunihiko Moriya, Jérémie Rosain, Nathalie Boddaert, Aziz Bousfiha, Yanick J. Crow, Dragana Jankovic, Alan Sher, Jean-Laurent Casanova, Sandra Pellegrini, Jacinta Bustamante, Dusan Bogunovic, Icahn School of Medicine at Mount Sinai [New York] (MSSM), Imagine - Institut des maladies génétiques (IHU) (Imagine - U1163), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Human genetics of infectious diseases : Mendelian predisposition (Equipe Inserm U1163), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Signalisation des Cytokines - Cytokine Signaling, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Centre Hospitalo-universitaire Averroes [Casablanca], Université Hassan II [Casablanca] (UH2MC), National Institutes of Health [Bethesda] (NIH), Fundação Cristiano Varella [Muriaé/MG, Brasil] (FCV), CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Service de Radiologie et imagerie médicale [CHU Necker], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], School of Mathematics - University of Edinburgh, University of Edinburgh, Rockefeller University [New York], Howard Hughes Medical Institute [New York] (HHMI), Howard Hughes Medical Institute (HHMI)-New York University School of Medicine, NYU System (NYU)-NYU System (NYU)-Rockefeller University [New York]-Columbia University Irving Medical Center (CUIMC), This research was in part supported by the Division of Intramural Research of the National Institute of Allergy and Infectious Diseases of the National Institutes of Health, the National Institute of Allergy and Infectious Diseases (grant numbers R01AI127372, R01AI148963, R01AI151029, 5R01AI089970, and 5R37AI095983), the National Center for Research Resources and the National Center for Advancing Sciences of the National Institutes of Health (grant number 8UL1TR000043), The Rockefeller University, the St. Giles Foundation, The Yale Center for Mendelian Genomics funded by the National Human Genome Research Institute (UM1HG006504), INSERM, University of Paris, the Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases Laboratory of Excellence (ANR-10-LABX-62-IBEID) and the French National Research Agency (ANR) under the 'Investments for the future' program (grant number ANR-10-IAHU-01), and GENMSMD (ANR-16-CE17-0005-01 for J. Bustamante). T. LeVoyer is supported by the MD-PhD program of the Imagine Institute with the support of the Bettancourt-Schueller Foundation. Work in Institut Pasteur was supported by grants from Association de la Recherche sur le Cancer (ARC no. 20141201864) and Fondation pour la Recherche Médicale (grant DEQ. 2017033741) and by institutional funding from Institut Pasteur and INSERM. Z. Li was supported by Centre national de la recherche scientifique. L.T. Dynesen was supported by the EU Erasmus+ program. L. Franklin was supported by la Fondation de France (Prix Thérèse Lebrasseur to S. Pellegrini). L. Malle and C. Gruber were supported by National Institute of Child Health and Human Development-Interdisciplinary Training in Systems and Developmental Biology and Birth Defects T32HD075735., ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010), ANR-10-IAHU-0001,Imagine,Institut Hospitalo-Universitaire Imagine(2010), ANR-16-CE17-0005,GENMSMD,Dissection génétique de la Susceptibilité Mendélienne aux infections mycobactériennes chez l'homme(2016), Vuillier, Françoise, Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases - - IBEID2010 - ANR-10-LABX-0062 - LABX - VALID, Instituts Hospitalo-Universitaires - Institut Hospitalo-Universitaire Imagine - - Imagine2010 - ANR-10-IAHU-0001 - IAHU - VALID, and Dissection génétique de la Susceptibilité Mendélienne aux infections mycobactériennes chez l'homme - - GENMSMD2016 - ANR-16-CE17-0005 - AAPG2016 - VALID

Anne Sophie Rebillat, Marie Goulet, Darawan Rinchai, Tanwir Habib, Vincent Bondet, Martine Conte, Anne Puel, Clotilde Mircher, Xiao-Fei Kong, Luyan Liu, Puthen V. Jithesh, Arnold Munnich, Laurent Abel, Damien Chaussabel, Stanislas Lyonnet, Jean-Laurent Casanova, Mohammed Elanbari, Emilie Nonnotte, Jacinta Bustamante, Mélanie Migaud, Nicolas Gürtler, Lisa Worley, Stuart G. Tangye, Aimé Ravel, Cindy S. Ma, Darragh Duffy, Stéphanie Boisson-Dupuis, St. Giles Laboratory of Human Genetics of Infectious Diseases, Rockefeller University [New York], Columbia University Irving Medical Center (CUIMC), Garvan Institute of Medical Research [Darlinghurst, Australia], St. Vincent’s Clinical School [Sydney, Australia], UNSW Faculty of Medicine [Sydney], University of New South Wales [Sydney] (UNSW)-University of New South Wales [Sydney] (UNSW), Sidra Medical and Research Center [Doha, Qatar], Immunobiologie des Cellules dendritiques, Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut Jérôme Lejeune, University Hospital Basel [Basel], Human genetics of infectious diseases: Complex predisposition (Equipe Inserm U1163), Imagine - Institut des maladies génétiques (IHU) (Imagine - U1163), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Paris (UP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Paris (UP), Human genetics of infectious diseases : Mendelian predisposition (Equipe Inserm U1163), Centre de Référence Déficits Immunitaires Héréditaires (CEREDIH), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Embryology and genetics of human malformation (Equipe Inserm U1163), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Paris (UP), Fédération de Génétique, Howard Hughes Medical Institute [New York] (HHMI), Howard Hughes Medical Institute (HHMI)-New York University School of Medicine, NYU System (NYU)-NYU System (NYU)-Rockefeller University [New York]-Columbia University Irving Medical Center (CUIMC), Service d'immuno-hématologie pédiatrique [CHU Necker], X-F.K was supported by the Jerome Lejeune Foundation and Alexander’s Angels Inc. X-F.K is currently a gastroenterology fellow in CUIMC supported by NIH grant T32 DK083256. The Laboratory of Human Genetics of Infectious Diseases is supported by grants from the St. Giles Foundation, the Jeffrey Modell Foundation, The Rockefeller University Center for Clinical and Translational Science grant number UL1TR001866 from the National Center for Research Resources and the National Center for Advancing Sciences (NCATS), the National Institutes of Health, the National Institute of Allergy and Infectious Diseases (grants 5R01AI127564 and 5R37AI095983), grants from the Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases Laboratory of Excellence (ANR-10-LABX-62-IBEID) and the French National Research Agency (ANR) under the 'Investments for the future' program (ANR-10-IAHU-01), ANR-IFNGPHOX (ANR-13-ISV3-0001-01) and ANR-GENMSMD (ANR-16-CE17-0005-01), LTh-MSMD-CMCD (ANR-18-CE93-0008-01), HGDIFD (ANR-14-CE15-0006-01), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), University of Paris, and The Rockefeller University and the Helmut Horten Foundation., We thank Yanick Crow, Barry Coller, Charlie Rice, James Krueger, and Timothy Wang for helpful discussions and critical reading. We thank Y. Nemirovskaya, T. Kochetkov, M. Romanick, L. Amar, C. Patissier, C. Desvallées, M. Woollett, A. Gall, and J. Gonzalez for technical and secretarial assistance and all members of the Laboratory of Human Genetics of Infectious Diseases for helpful discussions., ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010), ANR-10-IAHU-0001,Imagine,Institut Hospitalo-Universitaire Imagine(2010), ANR-13-ISV3-0001,IFNGPHOX,L'immunité anti-tuberculeuse dépendante de l'IFN-gamma chez l'homme opère via la NADPH oxydase phagocytaire(2013), ANR-16-CE17-0005,GENMSMD,Dissection génétique de la Susceptibilité Mendélienne aux infections mycobactériennes chez l'homme(2016), ANR-18-CE93-0008,LTh-MSMD-CMCD,Différenciation des lymphocytes T-helper (Th) dans les défauts génétiques de l'immunité contre Mycobacterium et/ou Candida species.(2018), ANR-14-CE15-0006,HGDIFD,Déterminisme génétique des infections fongiques invasives chez l'homme(2014), Garvan Institute of medical research, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Embryology and genetics of human malformation, and Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité)

David M. Smadja, Jeremy Boussier, Benjamin Terrier, Carine El Sissy, Anne Bergeron, Pierre-Louis Tharaux, Solen Kernéis, Frédéric Pène, Véronique Frémeaux-Bacchi, Luc Mouthon, Jérôme Hadjadj, Frédéric Rieux-Laucat, Nader Yatim, Darragh Duffy, Bruno Charbit, Armance Marchal, Nicolas Carlier, CHU Saint-Antoine [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Immunologie Translationnelle - Translational Immunology lab, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Université Paris Cité (UPCité), Hôpital Cochin [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Hôpital Européen Georges Pompidou [APHP] (HEGP), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpitaux Universitaires Paris Ouest - Hôpitaux Universitaires Île de France Ouest (HUPO), Immunogenetics of pediatric autoimmune diseases (Equipe Inserm U1163), Imagine - Institut des maladies génétiques (IHU) (Imagine - U1163), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Cytometrie et Biomarqueurs – Cytometry and Biomarkers (UTechS CB), Paris-Centre de Recherche Cardiovasculaire (PARCC (UMR_S 970/ U970)), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpitaux Universitaires Paris Ouest - Hôpitaux Universitaires Île de France Ouest (HUPO)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpitaux Universitaires Paris Ouest - Hôpitaux Universitaires Île de France Ouest (HUPO)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Centre de Recherche Épidémiologie et Statistique Sorbonne Paris Cité (CRESS (U1153 / UMR_A_1125 / UMR_S_1153)), Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM), HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), AP-HP - Hôpital Bichat - Claude Bernard [Paris], Supported by the Fonds IMMUNOV, for Innovation in Immunopathology, the Institut national de la santé et de la recherche médicale (Inserm), a government grant managed by the Agence national de la recherche as part of the Investment for the Future program (ANR-10-IAHU-01), and by grants from the Agence national de la recherche (ANR-flash COVID-19 'AIROCovid' and 'CoVarImm'). We also acknowledge funding from the Institut Pasteur for COVID-19 Research and an Institut Imagine MD-PhD Fellowship Program award supported by the Fondation Bettencourt Schueller (to J.H.)., ANR-20-COVI-0022,AIROCovid19,Analyse Omics de la réponse immune aigue au cours de l'infection à Covid19: rationnel moléculaire pour un traitement ciblé(2020), ANR-10-IAHU-0001,Imagine,Institut Hospitalo-Universitaire Imagine(2010), ANR-20-COVI-0053,CoVarImm,Variation de la réponse immune systémique et muqueuse pendant l'infection par le SRAS-CoV-2 et la convalescence(2020), Institut Pasteur [Paris], Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Paris (UP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Paris (UP), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpitaux Universitaires Paris Ouest - Hôpitaux Universitaires Île de France Ouest (HUPO)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpitaux Universitaires Paris Ouest - Hôpitaux Universitaires Île de France Ouest (HUPO)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Paris (UP), Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Paris (UP)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Vougny, Marie-Christine, Analyse Omics de la réponse immune aigue au cours de l'infection à Covid19: rationnel moléculaire pour un traitement ciblé - - AIROCovid192020 - ANR-20-COVI-0022 - COVID-19 - VALID, Instituts Hospitalo-Universitaires - Institut Hospitalo-Universitaire Imagine - - Imagine2010 - ANR-10-IAHU-0001 - IAHU - VALID, and Variation de la réponse immune systémique et muqueuse pendant l'infection par le SRAS-CoV-2 et la convalescence - - CoVarImm2020 - ANR-20-COVI-0053 - COVID-19 - VALID

Andreakos, Evangelos, Abel, Laurent, Vinh, Donald C., Kaja, Elżbieta, Drolet, Beth A., Zhang, Qian, O’Farrelly, Cliona, Novelli, Giuseppe, Rodríguez-Gallego, Carlos, Haerynck, Filomeen, Prando, Carolina, Pujol, Aurora, Bastard, Paul, Biggs, Catherine M., Bigio, Benedetta, Boisson, Bertrand, Bolze, Alexandre, Bondarenko, Anastasiia, Brodin, Petter, Chakravorty, Samya, Christodoulou, John, Cobat, Aurelié, Condino-Neto, Antonio, Constantinescu, Stefan N., Feldman, Hagit Baris, Fellay, Jacques, Flores, Carlos, Halwani, Rabih, Jouanguy, Emmanuelle, Lau, Yu-Lung, Meyts, Isabelle, Mogensen, Trine H., Okada, Satoshi, Okamoto, Keisuke, Ozcelik, Tayfun, Pan-Hammarström, Qiang, Diego, Rebeca Pérez de, Planas, Anna M., Puel, Anne, Quintana-Murci, Lluis, Renia, Laurent, Resnick, Igor, Sediva, Anna, Shcherbina, Anna, Slaby, Ondrej, Tancevski, Ivan, Turvey, Stuart E., Uddin, K. M. Furkan, van de Beek, Diederik, Zatz, Mayana, Zawadzki, Pawel, Zhang, Shen-Ying, Su, Helen C., Casanova, Jean-Laurent, Spaan, András N., Biomedical Research Foundation of the Academy of Athens (BRFAA), St. Giles Laboratory of Human Genetics of Infectious Diseases, Rockefeller University [New York], Human genetics of infectious diseases: Complex predisposition (Equipe Inserm U1163), Imagine - Institut des maladies génétiques (IHU) (Imagine - U1163), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Department of Medecine [Montréal], McGill University = Université McGill [Montréal, Canada], University of Wisconsin-Madison, Human genetics of infectious diseases : Mendelian predisposition (Equipe Inserm U1163), Trinity College Dublin, University of Rome Tor Vergata, Hospital Universitario de Gran Canaria Dr Negrin, Universidad de las Palmas de Gran Canaria (ULPGC), Ghent University Hospital, Institut d'Investigació Biomèdica de Bellvitge [Barcelone] (IDIBELL), Institució Catalana de Recerca i Estudis Avançats (ICREA), CIBER de Enfermedades Raras (CIBERER), University of British Columbia (UBC), Karolinska Institutet [Stockholm], Emory University [Atlanta, GA], University of Melbourne, Universidade de São Paulo = University of São Paulo (USP), Université Catholique de Louvain = Catholic University of Louvain (UCL), Tel Aviv University (TAU), School of Life Sciences [Lausanne], Ecole Polytechnique Fédérale de Lausanne (EPFL), Université de Lausanne = University of Lausanne (UNIL), University of Sharjah (UoS), Department of Paediatrics and Adolescent Medicine [HKU], The University of Hong Kong (HKU), University Hospitals Leuven [Leuven], Department of Microbiology, Immunology and Transplantation [Leuven], Catholic University of Leuven - Katholieke Universiteit Leuven (KU Leuven), Aarhus University Hospital, Hiroshima University, Tokyo Medical and Dental University [Japan] (TMDU), Bilkent University [Ankara], Department of Biosciences and Nutrition [Karolinska Insitutet, Sueden] (BioNut), Institut d'Investigacions Biomèdiques August Pi i Sunyer (IDIBAPS), Universitat de Barcelona (UB), Génétique Evolutive Humaine - Human Evolutionary Genetics, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Collège de France - Chaire Génomique humaine et évolution, Collège de France (CdF (institution)), Agency for science, technology and research [Singapore] (A*STAR), Nanyang Technological University [Singapour], Faculty of Medicine [Brno] (MED / MUNI), Masaryk University [Brno] (MUNI), Leopold Franzens Universität Innsbruck - University of Innsbruck, University of Amsterdam [Amsterdam] (UvA), Adam Mickiewicz University in Poznań (UAM), National Institute of Allergy and Infectious Diseases [Bethesda] (NIAID-NIH), National Institutes of Health [Bethesda] (NIH), Howard Hughes Medical Institute [New York] (HHMI), Howard Hughes Medical Institute (HHMI)-New York University School of Medicine, NYU System (NYU)-NYU System (NYU)-Rockefeller University [New York]-Columbia University Irving Medical Center (CUIMC), University Medical Center [Utrecht], The Laboratory of Human Genetics of Infectious Diseases is supported by the National Institutes of Health (NIH) (R01AI088364), the National Center for Advancing Translational Sciences (NCATS), NIH Clinical and Translational Science Award (CTSA) program (UL1TR001866), a Fast Grant from Emergent Ventures, Mercatus Center at George Mason University, the Yale Center for Mendelian Genomics and the GSP Coordinating Center funded by the National Human Genome Research Institute (NHGRI) (UM1HG006504 and U24HG008956), the Fisher Center for Alzheimer’s Research Foundation, the Meyer Foundation, the French National Research Agency (ANR) under the Investments for the Future program (ANR-10-IAHU-01), the Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases Laboratory of Excellence (ANR-10-LABX-62-IBEID), the French Foundation for Medical Research (FRM) (EQU201903007798), the FRM and ANR GENCOVID project (ANR-20-COVI-0003), ANRS-COV05, the Fondation du Souffle, the Square Foundation, Grandir - Fonds de solidarité pour l’enfance, the SCOR Corporate Foundation for Science, the Howard Hughes Medical Institute, the Rockefeller University, the St. Giles Foundation, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), and the University of Paris. E.A. is supported by research grants from the European Commission’s Horizon 2020 research and innovation program (IMMUNAID, grant no. 779295, CURE, grant no. 767015 and TO_AITION grant no. 848146) and the Hellenic Foundation for Research and Innovation (INTERFLU, no. 1574). C.O.F. is supported in part by the Science Foundation Ireland COVID-19 Program. G.N. is supported by a grant awarded to Regione Lazio (Research Group Projects 2020) no. A0375-2020-36663, GecoBiomark. A.P. is supported in part by the Horizon 2020 program under grant no. 824110 (EasiGenomics grant no. COVID-19/PID12342) and the CERCA Program/Generalitat de Catalunya. H.S. is supported in part by the Intramural Research Program of the National Institute of Allergy and Infectious Diseases, National Institutes of Health. A.S. is supported in part by the European Union’s Horizon 2020 research and innovation program (Marie Sklodowska-Curie grant no. 789645)., ANR-10-IAHU-0001,Imagine,Institut Hospitalo-Universitaire Imagine(2010), ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010), ANR-20-COVI-0003,GENCOVID,Identification des défauts monogéniques de l'immunité responsables des formes sévères de COVID-19 chez les patients précédemment en bonne santé(2020), Özçelik, Tayfun, Department of Public Health and Cell Biology, University of Rome Tor Vergata, Via Montpellier 1, 00133 Rome, Italy, Université Paris Cité, Equipe HAL, Instituts Hospitalo-Universitaires - Institut Hospitalo-Universitaire Imagine - - Imagine2010 - ANR-10-IAHU-0001 - IAHU - VALID, Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases - - IBEID2010 - ANR-10-LABX-0062 - LABX - VALID, Identification des défauts monogéniques de l'immunité responsables des formes sévères de COVID-19 chez les patients précédemment en bonne santé - - GENCOVID2020 - ANR-20-COVI-0003 - COVID-19 - VALID, National Institutes of Health (US), National Center for Advancing Translational Sciences (US), National Human Genome Research Institute (US), Fisher Center for Alzheimer's Research Foundation, Meyer Foundation, Agence Nationale de la Recherche (France), Fondation pour la Recherche Médicale, Pershing Square Foundation, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (France), Howard Hughes Medical Institute, Rockefeller University, St. Giles Foundation, Université de Paris, European Commission, Hellenic Foundation for Research and Innovation, Science Foundation Ireland, Regione Lazio, Generalitat de Catalunya, and National Institute of Allergy and Infectious Diseases (US)

Magnani, A., Semeraro, M., Adam, F., Booth, C., Dupré, L., Morris, E. C., Gabrion, A., Roudaut, C., Borgel, D., Toubert, A., Clave, E., Abdo, C., Gorochov, G., Petermann, R., Guiot, M., Miyara, M., Moshous, D., Magrin, E., Denis, A., Suarez, F., Lagresle, C., Roche, A. M., Everett, J., Trinquand, A., Guisset, M., Bayford, J. Xu, Hacein-Bey-Abina, S., Kauskot, A., Elfeky, R., Rivat, C., Abbas, S., Gaspar, H. B., Macintyre, E., Picard, C., Bushman, F. D., Galy, A., Fischer, A., Six, E., Thrasher, A. J., Cavazzana, M., Département de Biothérapie [CHU Necker], CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Centre d'investigation clinique Biothérapie [CHU Pitié-Salpêtrière] (CIC-BTi), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), CIC - Mère Enfant Necker Cochin Paris Centre (CIC 1419), Hôpital Cochin [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Hémostase, Inflammation, Thrombose (HITH - U1176 Inserm - CHU Bicêtre), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-AP-HP Hôpital Bicêtre (Le Kremlin-Bicêtre)-Université Paris-Saclay, Great Ormond Street Hospital for Children [London] (GOSH), Great Ormond Street Institute of Child Health (UCL), University College of London [London] (UCL), Institut Toulousain des Maladies Infectieuses et Inflammatoires (Infinity), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Ludwig Boltzmann Institute for Rare and Undiagnosed Diseases (LBI-RUD), Medizinische Universität Wien = Medical University of Vienna, NHS Foundation Trust [London], The Royal Marsden, Généthon, Service d'immuno-hématologie pédiatrique [CHU Necker], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Hopital Saint-Louis [AP-HP] (AP-HP), Ecotaxie, microenvironnement et développement lymphocytaire (EMily (UMR_S_1160 / U1160)), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Institut Necker Enfants-Malades (INEM - UM 111 (UMR 8253 / U1151)), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Centre d'Immunologie et des Maladies Infectieuses (CIMI), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Transfusion Sanguine [Paris] (INTS), Imagine - Institut des maladies génétiques (IHU) (Imagine - U1163), University of Pennsylvania School of Veterinary Medicine, Unité de Technologies Chimiques et Biologiques pour la Santé (UTCBS - UM 4 (UMR 8258 / U1022)), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), AP-HP Hôpital Bicêtre (Le Kremlin-Bicêtre), Collège de France (CdF (institution)), ANR-10-IAHU-0001,Imagine,Institut Hospitalo-Universitaire Imagine(2010), European Project: 693762,GENEFORCURE, Centre d'investigation clinique pluridisciplinaire [CHU Pitié Salpêtrière] (CIC-P 1421), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Service d'Immunologie [CHU Pitié-Salpétrière], Benson-Rumiz, Alicia, Instituts Hospitalo-Universitaires - Institut Hospitalo-Universitaire Imagine - - Imagine2010 - ANR-10-IAHU-0001 - IAHU - VALID, and GENEFORCURE - GENEFORCURE - 693762 - INCOMING

Rituparna Sarkar, Daniel Darby, Sigolène Meilhac, Jean-Christophe Olivo-Marin, Analyse d'images biologiques - Biological Image Analysis (BIA), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Morphogenèse du cœur - Heart morphogenesis (Imagine - Institut Pasteur U1163), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), This work was supported in part by the France-BioImaging (FBI) infrastructure under Grant ANR-10-INBS-04, and the Program PIA INCEPTION under Grant ANR-16-CONV-0005. The Meilhac Lab is supported by core funding from the Institut Pasteur and state funding from the Agence Nationale de la Recherche under the 'Investissements d’avenir' program (ANR-10-IAHU-01) and an FRM grant (DPC20171239475). D.D. was a recipient of fellowships from the Region Ile-de-France and FRM. S.M. is an INSERM research scientist., ANR-10-INBS-0004,France-BioImaging,Développment d'une infrastructure française distribuée coordonnée(2010), ANR-16-CONV-0005,INCEPTION,Institut Convergences pour l'étude de l'Emergence des Pathologies au Travers des Individus et des populatiONs(2016), ANR-10-IAHU-0001,Imagine,Institut Hospitalo-Universitaire Imagine(2010), Meilhac, Sigolène, Développment d'une infrastructure française distribuée coordonnée - - France-BioImaging2010 - ANR-10-INBS-0004 - INBS - VALID, Institut Convergences pour l'étude de l'Emergence des Pathologies au Travers des Individus et des populatiONs - - INCEPTION2016 - ANR-16-CONV-0005 - CONV - VALID, and Instituts Hospitalo-Universitaires - Institut Hospitalo-Universitaire Imagine - - Imagine2010 - ANR-10-IAHU-0001 - IAHU - VALID

Christine Binquet, Catherine Lejeune, Laurence Faivre, Marion Bouctot, Marie-Laure Asensio, Alban Simon, Jean-François Deleuze, Anne Boland, Francis Guillemin, Valérie Seror, Christelle Delmas, Hélène Espérou, Yannis Duffourd, Stanislas Lyonnet, Sylvie Odent, Delphine Heron, Damien Sanlaville, Thierry Frebourg, Bénédicte Gerard, Hélène Dollfus, Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon), Centre d'Investigation Clinique 1432 (Dijon) - Epidemiologie Clinique/Essais Cliniques (CIC-EC), Université de Bourgogne (UB)-Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Lipides - Nutrition - Cancer [Dijon - U1231] (LNC), Université de Bourgogne (UB)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Agro Dijon, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Laboratoire de Génétique Médicale (LGM), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre National de Recherche en Génomique Humaine (CNRGH), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy (CHRU Nancy), Vecteurs - Infections tropicales et méditerranéennes (VITROME), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche Biomédicale des Armées [Brétigny-sur-Orge] (IRBA), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Imagine - Institut des maladies génétiques (IHU) (Imagine - U1163), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Institut de Génétique et Développement de Rennes (IGDR), Université de Rennes (UR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Centre de référence Maladies Rares CLAD-Ouest [Rennes], CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Service de génétique [Hôpial Louis Pradel - HCL], Hôpital Louis Pradel [CHU - HCL], Hospices Civils de Lyon (HCL)-Hospices Civils de Lyon (HCL), CHU Rouen, Normandie Université (NU), Génomique et Médecine Personnalisée du Cancer et des Maladies Neuropsychiatriques (GPMCND), Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Plan France Médecine Génomique 2025, Ministère Des Affaires Sociales et de La Santé, ANR-10-IAHU-0001,Imagine,Institut Hospitalo-Universitaire Imagine(2010), ANR-18-INBS-0001,France Génomique CREFIX,Utilisation des fonds du centre de référence d'innovation et d'expertise (CREFIX) du plan de médecine génomique (PFMG 2025)(2018), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche Biomédicale des Armées (IRBA), Centre de référence Déficiences Intellectuelles de Causes Rares [CHU Pitié-Salpétrière], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), HAL UR1, Admin, Instituts Hospitalo-Universitaires - Institut Hospitalo-Universitaire Imagine - - Imagine2010 - ANR-10-IAHU-0001 - IAHU - VALID, and Utilisation des fonds du centre de référence d'innovation et d'expertise (CREFIX) du plan de médecine génomique (PFMG 2025) - - France Génomique CREFIX2018 - ANR-18-INBS-0001 - INBS - VALID

Ivan Lerner, Arnaud Serret-Larmande, Bastien Rance, Nicolas Garcelon, Anita Burgun, Laurent Chouchana, Antoine Neuraz, Health data- and model- driven Knowledge Acquisition (HeKA), Inria de Paris, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre de Recherche des Cordeliers (CRC (UMR_S_1138 / U1138)), École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Université Paris Cité (UPCité)-École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Université Paris Cité (UPCité), CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Centre de Recherche des Cordeliers (CRC (UMR_S_1138 / U1138)), Imagine - Institut des maladies génétiques (IHU) (Imagine - U1163), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Hôpital Cochin [AP-HP], ANR-10-IAHU-0001,Imagine,Institut Hospitalo-Universitaire Imagine(2010), École Pratique des Hautes Études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Université Paris Cité (UPCité)-École Pratique des Hautes Études (EPHE), Service d'informatique médicale et biostatistiques [CHU Necker], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Lerner, Ivan, and Instituts Hospitalo-Universitaires - Institut Hospitalo-Universitaire Imagine - - Imagine2010 - ANR-10-IAHU-0001 - IAHU - VALID

Eleonora Aricò, Laura Bracci, Luciano Castiello, Francesca Urbani, Jean-Laurent Casanova, Filippo Belardelli, Istituto Superiore di Sanita [Rome], Università degli Studi di Roma Tor Vergata [Roma], St. Giles Laboratory of Human Genetics of Infectious Diseases, Rockefeller University [New York], Human genetics of infectious diseases : Mendelian predisposition (Equipe Inserm U1163), Imagine - Institut des maladies génétiques (IHU) (Imagine - U1163), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Howard Hughes Medical Institute [New York] (HHMI), Howard Hughes Medical Institute (HHMI)-New York University School of Medicine, NYU System (NYU)-NYU System (NYU)-Rockefeller University [New York]-Columbia University Irving Medical Center (CUIMC), Institute of Translational Pharmacology - Istituto di Farmacologia Traslazionale [Roma] (IFT), Consiglio Nazionale delle Ricerche [Roma] (CNR), ANR-10-IAHU-0001,Imagine,Institut Hospitalo-Universitaire Imagine(2010), ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010), ANR-20-CE93-0003,GENVIR,Analyse multi-omique de l'immunité anti-virale: de l'identification des circuits biologiques pertinents à la découverte de défauts monogéniques héréditaires de l'immunité chez les patients avec infections virales sévères(2020), ANR-20-CO11-0001,AABIFNCOV,Bases génétiques et immunologiques des auto-anticorps contre les interférons de type I prédisposant aux formes sévères de COVID-19.(2020), ANR-21-COVR-0039,GenMIS-C,Recherche des Déficits immunitaires innées monogéniques prédisposant au syndrome inflammatoire multisystémique chez l'enfant.(2021), Université Paris Cité, Equipe HAL, Instituts Hospitalo-Universitaires - Institut Hospitalo-Universitaire Imagine - - Imagine2010 - ANR-10-IAHU-0001 - IAHU - VALID, Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases - - IBEID2010 - ANR-10-LABX-0062 - LABX - VALID, Analyse multi-omique de l'immunité anti-virale: de l'identification des circuits biologiques pertinents à la découverte de défauts monogéniques héréditaires de l'immunité chez les patients avec infections virales sévères - - GENVIR2020 - ANR-20-CE93-0003 - AAPG2020 - VALID, Bases génétiques et immunologiques des auto-anticorps contre les interférons de type I prédisposant aux formes sévères de COVID-19. - - AABIFNCOV2020 - ANR-20-CO11-0001 - COVID-19 - VALID, and Recherche des Déficits immunitaires innées monogéniques prédisposant au syndrome inflammatoire multisystémique chez l'enfant. - - GenMIS-C2021 - ANR-21-COVR-0039 - COVID-19 - VALID

Isaac Esteban, Patrick Schmidt, Audrey Desgrange, Morena Raiola, Susana Temiño, Sigolène M. Meilhac, Leif Kobbelt, Miguel Torres, Meilhac, Sigolène, Instituts Hospitalo-Universitaires - Institut Hospitalo-Universitaire Imagine - - Imagine2010 - ANR-10-IAHU-0001 - IAHU - VALID, Centro Nacional de Investigaciones Cardiovasculares Carlos III [Madrid, Spain] (CNIC), Instituto de Salud Carlos III [Madrid] (ISC), Universidad Politécnica de Madrid (UPM), Rheinisch-Westfälische Technische Hochschule Aachen University (RWTH), Morphogenèse du cœur - Heart morphogenesis (Imagine - Institut Pasteur U1163), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), The following provided funding for this study: grant PGC2018-096486-B-I00 from the Spanish Ministerio de Ciencia e Innovación to M.T., grant H2020-MSCA-ITN-2016-722427 from the EU Horizon 2020 program to M.T., S2017/BMD-3875 from the Comunidad de Madrid to M.T., predoctoral fellowship BFU2015-71519-P from the Spanish Ministry of Economy, Industry and Competitiveness (MEIC) to I.E., partial funding from the German Research Foundation within the Gottfried Wilhelm Leibniz program the Excellence Strategy of the Federal Government and the Länder to L.K., support from the core funding from the Institut Pasteur to S.M.M. and state fundings from the Agence Nationale de la Recherche under the ‘Investissements d’avenir’ program (ANR-10-IAHU-01) to S.M.M. S.M.M. is an INSERM research director. The CNIC is supported by the Ministerio de Ciencia e Innovación and the Pro CNIC Foundation and is a Severo Ochoa Center of Excellence (CEX2020-001041-S)., ANR-10-IAHU-0001,Imagine,Institut Hospitalo-Universitaire Imagine(2010), Ministerio de Ciencia e Innovación (España), Agencia Estatal de Investigación (España), Unión Europea. Fondo Europeo de Desarrollo Regional (FEDER/ERDF), Unión Europea. Comisión Europea. H2020, Comunidad de Madrid (España), Ministerio de Economía y Competitividad (España), German Research Foundation, Institut Pasteur, Fundación ProCNIC, and Ministerio de Ciencia e Innovación. Centro de Excelencia Severo Ochoa (España)

Jérôme Hadjadj, David M. Smadja, Darragh Duffy, Celia Azoulay, Frédéric Rieux-Laucat, Tristan Mirault, Jean-Luc Diehl, Benjamin Terrier, Bruno Charbit, Nader Yatim, Laura Barnabei, Aurélien Philippe, Coralie L. Guerin, Nicolas Gendron, T.-A. Szwebel, Lina Khider, Frédéric Pène, Nicolas Carlier, Richard Chocron, Jeremy Boussier, Solen Kernéis, Immunologie Translationnelle - Translational Immunology lab, Institut Pasteur [Paris], Centre National de Référence Maladies Systémiques et Autoimmunes Rares, Hôpital Cochin [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Paris-Centre de Recherche Cardiovasculaire (PARCC (UMR_S 970/ U970)), Hôpital Européen Georges Pompidou [APHP] (HEGP), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpitaux Universitaires Paris Ouest - Hôpitaux Universitaires Île de France Ouest (HUPO)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpitaux Universitaires Paris Ouest - Hôpitaux Universitaires Île de France Ouest (HUPO)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Paris (UP), Imagine - Institut des maladies génétiques (IHU) (Imagine - U1163), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Paris (UP), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpitaux Universitaires Paris Ouest - Hôpitaux Universitaires Île de France Ouest (HUPO), Cytometrie et Biomarqueurs – Cytometry and Biomarkers (UTechS CB), Epidémiologie et modélisation de la résistance aux antimicrobiens - Epidemiology and modelling of bacterial escape to antimicrobials (EMAE), Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Infection, Anti-microbiens, Modélisation, Evolution (IAME (UMR_S_1137 / U1137)), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Paris (UP)-Université Sorbonne Paris Nord, This study was supported by the Fonds IMMUNOV, for Innovation in Immunopathology. The study was also supported by the Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), by a government grant managed by the Agence National de la Recherche as part of the 'Investment for the Future' program (ANR-10-IAHU-01), and by grants from the Agence National de la Recherche: ANR-flash Covid19 'AIROCovid' and 'CoVarImm'. We also acknowledge funding from the Institut Pasteur for Covid19 research. J.H. is a recipient of an Institut Imagine MD-PhD fellowship program supported by the Fondation Bettencourt Schueller. L.B. is supported by the EUR G.E.N.E. (reference #ANR-17-EURE-0013) program of the Université de Paris IdEx #ANR-18-IDEX-0001 funded by the French Government through its 'Investments for the Future' program. We thank AP-HP for promotion of the SARCODO Project. We thank the unit of clinical research URC HEGP CIC-EC1418 (Natacha Nohile, Pauline Jouany and Dr Juliette Djadi-Prat) and Helene Cart-Grandjean from AP-HP for their involvement in SARCODO project. SARCODO project was supported by grants of ANR (Fondation de France) and Appel d'offre AP-HP mécénat crise COVID-19 from GHU APHP.CUP., We would like to acknowledge all nurses, technicians and physicians involved in all department involved in COVID-19 patients management in APHP.CUP hospitals, for their help in taking care of patients and including them in the study, ANR-10-IAHU-0001,Imagine,Institut Hospitalo-Universitaire Imagine(2010), ANR-20-COVI-0022,AIROCovid19,Analyse Omics de la réponse immune aigue au cours de l'infection à Covid19: rationnel moléculaire pour un traitement ciblé(2020), ANR-20-COVI-0053,CoVarImm,Variation de la réponse immune systémique et muqueuse pendant l'infection par le SRAS-CoV-2 et la convalescence(2020), ANR-17-EURE-0013,GENE,Génétique et Epigénétique Nouvelle Ecole(2017), ANR-18-IDEX-0001,Université de Paris,Université de Paris(2018), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Université Paris Cité (UPCité), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpitaux Universitaires Paris Ouest - Hôpitaux Universitaires Île de France Ouest (HUPO)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpitaux Universitaires Paris Ouest - Hôpitaux Universitaires Île de France Ouest (HUPO)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité)-Université Sorbonne Paris Nord, Vougny, Marie-Christine, Instituts Hospitalo-Universitaires - Institut Hospitalo-Universitaire Imagine - - Imagine2010 - ANR-10-IAHU-0001 - IAHU - VALID, Analyse Omics de la réponse immune aigue au cours de l'infection à Covid19: rationnel moléculaire pour un traitement ciblé - - AIROCovid192020 - ANR-20-COVI-0022 - COVID-19 - VALID, Variation de la réponse immune systémique et muqueuse pendant l'infection par le SRAS-CoV-2 et la convalescence - - CoVarImm2020 - ANR-20-COVI-0053 - COVID-19 - VALID, Génétique et Epigénétique Nouvelle Ecole - - GENE2017 - ANR-17-EURE-0013 - EURE - VALID, and Université de Paris - - Université de Paris2018 - ANR-18-IDEX-0001 - IDEX - VALID

Shen-Ying Zhang, Mélodie Aubart, Lazaro Lorenzo, Helen C. Su, Soraya Boucherit, Zhiyong Liu, Danyel Lee, Paul Bastard, Andrea Martín-Nalda, Jie Chen, Laurent Abel, Jeremy Manry, Pere Soler Palacín, Jean-Laurent Casanova, Jacques G. Rivière, Huie Jing, Mary Hasek, Flore Rozenberg, Roger Colobran, Wesley Tung, Université Paris Cité, Equipe HAL, APPEL À PROJETS GÉNÉRIQUE 2018 - Facteurs de susceptibilité de l'hôte à l'encéphalite pédiatrique en Asie du Sud Est - - SEAe-HostFactors2018 - ANR-18-CE15-0020 - AAPG2018 - VALID, Instituts Hospitalo-Universitaires - Institut Hospitalo-Universitaire Imagine - - Imagine2010 - ANR-10-IAHU-0001 - IAHU - VALID, St. Giles Laboratory of Human Genetics of Infectious Diseases, Rockefeller University [New York], Laboratory of Clinical Immunology and Microbiology [Bethesda, MA, USA] (LCIM), National Institute of Allergy and Infectious Diseases [Bethesda] (NIAID-NIH), National Institutes of Health [Bethesda] (NIH)-National Institutes of Health [Bethesda] (NIH), Vall d’Hebron Research Institute (VHIR), Vall d'Hebron University Hospital [Barcelona], Imagine - Institut des maladies génétiques (IHU) (Imagine - U1163), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), AP-HP - Hôpital Cochin Broca Hôtel Dieu [Paris], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Service de neurochirurgie pédiatrique [CHU Necker], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Howard Hughes Medical Institute [New York] (HHMI), Howard Hughes Medical Institute (HHMI)-New York University School of Medicine, NYU System (NYU)-NYU System (NYU)-Rockefeller University [New York]-Columbia University Irving Medical Center (CUIMC), ANR-18-CE15-0020,SEAe-HostFactors,Facteurs de susceptibilité de l'hôte à l'encéphalite pédiatrique en Asie du Sud Est(2018), and ANR-10-IAHU-0001,Imagine,Institut Hospitalo-Universitaire Imagine(2010)

Marianne Burgard, George C. Hartoularos, Martin Castelle, Alice Hadchouel, Laureline Berteloot, Romain Lévy, Bénédicte Neven, Jean-Laurent Casanova, Qian Zhang, Karim Dorgham, Lucy Bizien, Chun Jimmie Ye, Hanène Abid, Tom Toin, Isabelle Melki, Peng Zhang, Nadhira Houhou-Fidouh, Paul Bastard, Emmanuelle Jouanguy, Charlotte Roy, Flore Rozenberg, Guy Gorochov, Service d'immuno-hématologie pédiatrique [CHU Necker], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Rockefeller University [New York], Imagine - Institut des maladies génétiques (IHU) (Imagine - U1163), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Centre d'Immunologie et des Maladies Infectieuses (CIMI), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Hôpital Robert Debré Paris, Hôpital Robert Debré, Service de Pneumologie Allergologie [CHU Necker], University of California (UC), CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], MitoVasc - Physiopathologie Cardiovasculaire et Mitochondriale (MITOVASC), Université d'Angers (UA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Virologie [CHU Necker], Service de Virologie [CHU Bichat], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-AP-HP - Hôpital Bichat - Claude Bernard [Paris], Service de Virologie [CHU Cochin], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Cochin [AP-HP], Service de Génétique Médicale [CHU Necker], Service d'Immunologie [CHU Pitié-Salpétrière], CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), ANR-10-IAHU-0001,Imagine,Institut Hospitalo-Universitaire Imagine(2010), ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010), ANR-20-CE93-0003,GENVIR,Analyse multi-omique de l'immunité anti-virale: de l'identification des circuits biologiques pertinents à la découverte de défauts monogéniques héréditaires de l'immunité chez les patients avec infections virales sévères(2020), ANR-20-CO11-0001,AABIFNCOV,Bases génétiques et immunologiques des auto-anticorps contre les interférons de type I prédisposant aux formes sévères de COVID-19.(2020), ANR-21-COVR-0039,GenMIS-C,Recherche des Déficits immunitaires innées monogéniques prédisposant au syndrome inflammatoire multisystémique chez l'enfant.(2021), Gestionnaire, HAL Sorbonne Université 5, Instituts Hospitalo-Universitaires - Institut Hospitalo-Universitaire Imagine - - Imagine2010 - ANR-10-IAHU-0001 - IAHU - VALID, Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases - - IBEID2010 - ANR-10-LABX-0062 - LABX - VALID, Analyse multi-omique de l'immunité anti-virale: de l'identification des circuits biologiques pertinents à la découverte de défauts monogéniques héréditaires de l'immunité chez les patients avec infections virales sévères - - GENVIR2020 - ANR-20-CE93-0003 - AAPG2020 - VALID, Bases génétiques et immunologiques des auto-anticorps contre les interférons de type I prédisposant aux formes sévères de COVID-19. - - AABIFNCOV2020 - ANR-20-CO11-0001 - COVID-19 - VALID, Recherche des Déficits immunitaires innées monogéniques prédisposant au syndrome inflammatoire multisystémique chez l'enfant. - - GenMIS-C2021 - ANR-21-COVR-0039 - COVID-19 - VALID, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Paris (UP), Centre d'Immunologie et de Maladies Infectieuses (CIMI), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), University of California, Physiopathologie Cardiovasculaire et Mitochondriale (MITOVASC), and Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université d'Angers (UA)

Andrés Pizzorno, Thomas Julien, Alexandre Belot, Jean-Baptiste Fassier, Stéphane Paul, Jean-Laurent Casanova, Manuel Rosa-Calatrava, Blandine Padey, Thierry Walzer, Antonin Bal, Karen Brengel-Pesce, Marine Villard, Sophie Trouillet-Assant, Florence Morfin, Bruno Lina, Valérie Cheynet, Victoria Duliere, Mehdi Mezidi, Marine Mommert, Jean-Christophe Richard, Paul Bastard, William Mouton, Jonathan Lopez, Centre Hospitalier Lyon Sud [CHU - HCL] (CHLS), Hospices Civils de Lyon (HCL), Bio-Mérieux [Marcy l'Etoile], BIOMERIEUX, Centre International de Recherche en Infectiologie (CIRI), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Service d'Anesthésie et de Soins Intensifs [Hôpital de la Croix-Rousse - HCL], Hôpital de la Croix-Rousse [CHU - HCL], Hospices Civils de Lyon (HCL)-Hospices Civils de Lyon (HCL), Institut des Agents Infectieux [Lyon] (IAI), Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image pour la Santé (CREATIS), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Modeling & analysis for medical imaging and Diagnosis (MYRIAD), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Unité Mixte de Recherche Epidémiologique et de Surveillance Transport Travail Environnement (UMRESTTE UMR_T9405), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Gustave Eiffel, Université de Lyon, Human genetics of infectious diseases : Mendelian predisposition (Equipe Inserm U1163), Imagine - Institut des maladies génétiques (IHU) (Imagine - U1163), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), St. Giles Laboratory of Human Genetics of Infectious Diseases, Rockefeller University [New York], Howard Hughes Medical Institute (HHMI), ANR-20-COVI-0003,GENCOVID,Identification des défauts monogéniques de l'immunité responsables des formes sévères de COVID-19 chez les patients précédemment en bonne santé(2020), ANR-10-IAHU-0001,Imagine,Institut Hospitalo-Universitaire Imagine(2010), Centre International de Recherche en Infectiologie - UMR (CIRI), École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université Paris Cité, Equipe HAL, Identification des défauts monogéniques de l'immunité responsables des formes sévères de COVID-19 chez les patients précédemment en bonne santé - - GENCOVID2020 - ANR-20-COVI-0003 - COVID-19 - VALID, and Instituts Hospitalo-Universitaires - Institut Hospitalo-Universitaire Imagine - - Imagine2010 - ANR-10-IAHU-0001 - IAHU - VALID

David Gilot, Célia Sourd, Mathieu Carrara, Marine Laurent, Alejandra Gutierrez-Guerrero, Annarita Miccio, Ana Buj-Bello, Els Verhoeyen, Aurélie Bedel, Giacomo Frati, Jean-Paul Concordet, François Moreau-Gaudry, Carine Giovannangeli, Julien Valton, Mario Amendola, Approches génétiques intégrées et nouvelles thérapies pour les maladies rares (INTEGRARE), Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris-Saclay-Généthon, Biothérapies des maladies génétiques et cancers, Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Structure et Instabilité des Génomes (STRING), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Biodiversité et Biotechnologie Fongiques (BBF), Aix Marseille Université (AMU)-École Centrale de Marseille (ECM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Chemistry, Oncogenesis, Stress and Signaling (COSS), Université de Rennes (UR)-CRLCC Eugène Marquis (CRLCC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), CRLCC Eugène Marquis (CRLCC), Centre International de Recherche en Infectiologie (CIRI), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), CELLECTIS, ANR-10-IAHU-0001,Imagine,Institut Hospitalo-Universitaire Imagine(2010), ANR-16-CE18-0012,STaHR,Stimulation de la Recombinaison Homologue pour la Thérapie Génique(2016), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-CRLCC Eugène Marquis (CRLCC)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES), Centre International de Recherche en Infectiologie - UMR (CIRI), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), and Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Paul Bastard, Adrian Gervais, Emmanuelle Jouanguy, Antoine Servajean, Angelique Chauvineau-Grenier, Aurélie Cobat, Benjamin Rossi, Jean-Laurent Casanova, Jérémie Rosain, Hôpital Robert Ballanger [Aulnay-sous-Bois], Human genetics of infectious diseases : Mendelian predisposition (Equipe Inserm U1163), Imagine - Institut des maladies génétiques (IHU) (Imagine - U1163), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), St. Giles Laboratory of Human Genetics of Infectious Diseases, Rockefeller University [New York], UFR Médecine [Santé] - Université Paris Cité (UFR Médecine UPCité), Université Paris Cité (UPCité), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Howard Hughes Medical Institute [New York] (HHMI), Howard Hughes Medical Institute (HHMI)-New York University School of Medicine, NYU System (NYU)-NYU System (NYU)-Rockefeller University [New York]-Columbia University Irving Medical Center (CUIMC), The Laboratory of Human Genetics of Infectious Diseases is supported by the Howard Hughes Medical Institute, the Rockefeller University, the St. Giles Foundation, the National Institutes of Health (NIH) (R01AI088364), the National Center for Advancing Translational Sciences (NCATS), NIH Clinical and Translational Science Award (CTSA) program (UL1 TR001866), a Fast Grant from Emergent Ventures, Mercatus Center at George Mason University, the Yale Center for Mendelian Genomics and the GSP Coordinating Center funded by the National Human Genome Research Institute (NHGRI) (UM1HG006504 and U24HG008956), the Yale High Performance Computing Center (S10OD018521), the Fisher Center for Alzheimer’s Research Foundation, the Meyer Foundation, the JPB Foundation, the French National Research Agency (ANR) under the 'Investments for the Future' program (ANR-10-IAHU-01), the Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases Laboratory of Excellence (ANR-10-LABX-62-IBEID), the French Foundation for Medical Research (FRM) (EQU201903007798), the FRM and ANR GENCOVID project (ANR-20-COVI-0003), ANRS Nord-Sud (ANRS-COV05), ANR GENVIR (ANR-20-CE93-003) and ANR AABIFNCOV (ANR-20-CO11-0001) projects, the European Union’s Horizon 2020 research and innovation program under grant agreement no. 824110 (EASI-genomics), the Square Foundation, Grandir—Fonds de solidarité pour l’enfance, the Fondation du Souffle, the SCOR Corporate Foundation for Science, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), and the University of Paris. PB was supported by the French Foundation for Medical Research (FRM, EA20170638020). PB and JR were supported by the MD-PhD program of the Imagine Institute (with the support of the Fondation Bettencourt-Schueller)., ANR-10-IAHU-0001,Imagine,Institut Hospitalo-Universitaire Imagine(2010), ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010), ANR-20-COVI-0003,GENCOVID,Identification des défauts monogéniques de l'immunité responsables des formes sévères de COVID-19 chez les patients précédemment en bonne santé(2020), ANR-20-CE93-0003,GENVIR,Analyse multi-omique de l'immunité anti-virale: de l'identification des circuits biologiques pertinents à la découverte de défauts monogéniques héréditaires de l'immunité chez les patients avec infections virales sévères(2020), ANR-20-CO11-0001,AABIFNCOV,Bases génétiques et immunologiques des auto-anticorps contre les interférons de type I prédisposant aux formes sévères de COVID-19.(2020), European Project: 824110,H2020-INFRAIA-2018-1,EASI-Genomics(2019), Université Paris Cité - UFR Médecine [Santé] (UPCité UFR Médecine), Université Paris Cité, Equipe HAL, Instituts Hospitalo-Universitaires - Institut Hospitalo-Universitaire Imagine - - Imagine2010 - ANR-10-IAHU-0001 - IAHU - VALID, Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases - - IBEID2010 - ANR-10-LABX-0062 - LABX - VALID, Identification des défauts monogéniques de l'immunité responsables des formes sévères de COVID-19 chez les patients précédemment en bonne santé - - GENCOVID2020 - ANR-20-COVI-0003 - COVID-19 - VALID, Analyse multi-omique de l'immunité anti-virale: de l'identification des circuits biologiques pertinents à la découverte de défauts monogéniques héréditaires de l'immunité chez les patients avec infections virales sévères - - GENVIR2020 - ANR-20-CE93-0003 - AAPG2020 - VALID, Bases génétiques et immunologiques des auto-anticorps contre les interférons de type I prédisposant aux formes sévères de COVID-19. - - AABIFNCOV2020 - ANR-20-CO11-0001 - COVID-19 - VALID, and European Advanced infraStructure for Innovative Genomics - EASI-Genomics - - H2020-INFRAIA-2018-12019-02-01 - 2023-07-31 - 824110 - VALID

Lucile Houyel, Sigolène M. Meilhac, Centre de Référence des cardiopathies congénitales (M3C), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-PRES Sorbonne Paris Cité-CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Morphogenèse du cœur - Heart morphogenesis (Imagine - Institut Pasteur U1163), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Work in the Meilhac laboratory is supported by core funding from the Institut Pasteur and by state funding from the Agence Nationale de la Recherche under the 'Investissements d'avenir' program (ANR-10-IAHU-01 and Inception program ANR-16-CONV-0005)., ANR-10-IAHU-0001,Imagine,Institut Hospitalo-Universitaire Imagine(2010), ANR-16-CONV-0005,INCEPTION,Institut Convergences pour l'étude de l'Emergence des Pathologies au Travers des Individus et des populatiONs(2016), Meilhac, Sigolène, Instituts Hospitalo-Universitaires - Institut Hospitalo-Universitaire Imagine - - Imagine2010 - ANR-10-IAHU-0001 - IAHU - VALID, and Institut Convergences pour l'étude de l'Emergence des Pathologies au Travers des Individus et des populatiONs - - INCEPTION2016 - ANR-16-CONV-0005 - CONV - VALID

Yanick J. Crow, Alice Lepelley, Timothy Wai, Imagine - Institut des maladies génétiques (IHU) (Imagine - U1163), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Biologie mitochondriale – Mitochondrial biology, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), University of Edinburgh, AL is supported by funding from the European Union’s Horizon 2020 research and innovation program under the Marie Skłodowska-Curie grant agreement No. 892311. YC acknowledges that work relating to this manuscript has received funding from the European Research Council (ERC) under the European Union’s Horizon 2020 research and innovation programme (grant agreement No 786142) and State funding from the Agence Nationale de la Recherche under 'Investissements d’avenir' program (ANR-10-IAHU-01). TW acknowledges funding from the ERC (grant agreement No. 714472)., ANR-10-IAHU-0001,Imagine,Institut Hospitalo-Universitaire Imagine(2010), European Project: 786142,ERC-2017-ADG,E-T1IFNs(2018), European Project: 714472,ERC-2016-STG,Mitomorphosis(2017), European Project: 892311,H2020-MSCA-IF-2019,MitoFeron(2020), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Paris (UP), Institut Pasteur [Paris]-Université de Paris (UP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Lemesle, Marie, Instituts Hospitalo-Universitaires - Institut Hospitalo-Universitaire Imagine - - Imagine2010 - ANR-10-IAHU-0001 - IAHU - VALID, Elaboration of the type I interferonopathies - E-T1IFNs - - ERC-2017-ADG2018-11-01 - 2023-10-31 - 786142 - VALID, Metabolic regulation of mitochondrial morphology - Mitomorphosis - - ERC-2016-STG2017-04-01 - 2022-03-31 - 714472 - VALID, and Mitochondrial integrity and autoinflammation - MitoFeron - - H2020-MSCA-IF-20192020-07-01 - 2022-06-30 - 892311 - VALID

Jeremy Boussier, Olivier Peyrony, Majdi Jebali, Bruno Charbit, Benjamin Terrier, Nora Kramkimel, Céleste Lebbé, Aurélien Corneau, Magnus Fontes, Jérôme LeGoff, Selim Aractingi, Laetitia Da Meda, Frédéric Rieux-Laucat, Vincent Calmettes, P. Tetu, Olivier Schwartz, Laura Barnabei, Darragh Duffy, Nikaïa Smith, Clara Allayous, Jérôme Hadjadj, Timothée Bruel, Charles Cassius, Nader Yatim, Isabelle Staropoli, F. Herms, Catherine Blanc, Ludivine Grzelak, Barouyr Baroudjian, Immunologie Translationnelle - Translational Immunology lab, Institut Pasteur [Paris]-Université Paris Cité (UPCité), Immunologie humaine, physiopathologie & immunothérapie (HIPI (UMR_S_976 / U976)), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Hopital Saint-Louis [AP-HP] (AP-HP), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Sorbonne Université (SU), Virus et Immunité - Virus and immunity, Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Cytometrie et Biomarqueurs – Cytometry and Biomarkers (UTechS CB), Immunogenetics of pediatric autoimmune diseases (Equipe Inserm U1163), Imagine - Institut des maladies génétiques (IHU) (Imagine - U1163), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Cytométrie Pitié-Salpêtrière (PASS-CYPS), Unité Mixte de Service Production et Analyse de données en Sciences de la vie et en Santé (PASS), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU), Université Paris Cité (UPCité), Hôpital Cochin [AP-HP], Laboratoire Roche [Boulogne-Billancourt], Vaccine Research Institute (VRI), Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), N.Y. and C.L. acknowledge grant from the ARC Flash Covid-19 and Cancer call (ONCOVID). N.Y. and D.D. acknowledge grants from the Institut Pasteur for Covid-19 research and the ANR Flash Covid-19 call (CoVarImm). N.S. was supported by an Institut Pasteur Roux Cantarini fellowship. B.T. was supported by the Fonds IMMUNOV, for Innovation in Immunopathology. F.R.-L. acknowledges grants from the ANR Flash Covid-19 (AIROCOVID) and the FAST foundation. The study was also supported by the Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (Inserm) and by government grants managed by the Agence Nationale de la Recherche as part of the 'Investment for the future' program (ANR-10 IAHU-01 and ANR-18-RHUS-0010). L.B. was also supported by the EUR G.E.N.E. (reference #ANR-17-EURE-0013) and is part of the Université de Paris IdEx #ANR-18-IDEX-0001 funded by the French Government through its 'Investments for the future' program., ANR-20-COVI-0053,CoVarImm,Variation de la réponse immune systémique et muqueuse pendant l'infection par le SRAS-CoV-2 et la convalescence(2020), ANR-10-IAHU-0001,Imagine,Institut Hospitalo-Universitaire Imagine(2010), ANR-18-RHUS-0010,ATRACTION,Autoimmunity/inflammation Through Rnaseq Analysis at the single Cell level for Therapeutic Innovation(2018), ANR-17-EURE-0013,GENE,Génétique et Epigénétique Nouvelle Ecole(2017), ANR-18-IDEX-0001,Université de Paris,Université de Paris(2018), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Université Paris Cité (UPCité), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Vougny, Marie-Christine, Variation de la réponse immune systémique et muqueuse pendant l'infection par le SRAS-CoV-2 et la convalescence - - CoVarImm2020 - ANR-20-COVI-0053 - COVID-19 - VALID, Instituts Hospitalo-Universitaires - Institut Hospitalo-Universitaire Imagine - - Imagine2010 - ANR-10-IAHU-0001 - IAHU - VALID, Autoimmunity/inflammation Through Rnaseq Analysis at the single Cell level for Therapeutic Innovation - - ATRACTION2018 - ANR-18-RHUS-0010 - RHUS - VALID, Génétique et Epigénétique Nouvelle Ecole - - GENE2017 - ANR-17-EURE-0013 - EURE - VALID, Université de Paris - - Université de Paris2018 - ANR-18-IDEX-0001 - IDEX - VALID, Virus et Immunité - Virus and immunity (CNRS-UMR3569), Vaccine Research Institute [Créteil, France] (VRI), Institut Pasteur [Paris], Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Paris (UP), Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Paris (UP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Paris (UP), Sorbonne Université (SU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), and Université de Paris (UP)

Stéphanie Chhun, Yanick J. Crow, Henna Tyynismaa, Bert Callewaert, Gillian I. Rice, Manju A Kurian, Christine Bodemer, Edwin Carter, Lien De Somer, Luis Seabra, Simon Holden, Hugh J. McMillan, Brigitte Bader-Meunier, Kristin Suetens, Timothy Wai, Lucy Grove, Sylvie Fraitag, Erika Della Mina, Ashish Dhir, Fran Faes, Marie Hully, Mathieu P Rodero, Pascale de Lonlay, Marie-Louise Frémond, Alice Lepelley, Daniela Buhas, David A. Dyment, Carine Wouters, Erika Van Nieuwenhove, Lise Waumans, STEMM - Stem Cells and Metabolism Research Program, Centre of Excellence in Stem Cell Metabolism, Staff Services, Henna Tyynismaa / Principal Investigator, Neuroscience Center, Helsinki Institute of Life Science HiLIFE, Imagine - Institut des maladies génétiques (IHU) (Imagine - U1163), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPC), University Hospitals Leuven [Leuven], Catholic University of Leuven - Katholieke Universiteit Leuven (KU Leuven), Centre national de Référence (CNR) des Hantavirus [UZ Leuven, Belgium], CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), University of Manchester [Manchester], University of Edinburgh, McGill University Health Center [Montreal] (MUHC), McGill University = Université McGill [Montréal, Canada], Ghent University Hospital, Institut Necker Enfants-Malades (INEM - UM 111 (UMR 8253 / U1151)), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPC), Children's Hospital of Eastern Ontario [Ottawa, Canada], West Suffolk Hospital Foundation Trust [Bury St Edmunds, UK] (WSHFT), Addenbrooke's Hospital, Cambridge University NHS Trust, University College of London [London] (UCL), University of Ottawa [Ottawa], University of Helsinki, Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5), Biologie mitochondriale – Mitochondrial biology, Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPC), Y.J. Crow acknowledges that this project has received funding from the European Research Council under the European Union’s Horizon 2020 research and innovation program (grant agreement 786142), a state subsidy managed by the National Research Agency (France) under the 'Investments for the Future' program bearing the reference ANR-10-IAHU-01, and the National Institute for Health Research UK Rare Genetic Disease Research Consortium. The project was supported by MSDAVENIR (Devo-Decode Project). E. Van Nieuwenhove acknowledges the Research Foundation Flanders (Fonds voor Wetenschappelijk Onderzoek Vlaanderen, grant 1S22716N). B. Callewaert is a Senior Clinical Investigator of the Research Foundation Flanders. Ghent University Hospital, University Hospital Leuven, and Hôpital Universitaire, ANR-10-IAHU-0001,Imagine,Institut Hospitalo-Universitaire Imagine(2010), European Project: 786142,ERC-2017-ADG,E-T1IFNs(2018), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Helsingin yliopisto = Helsingfors universitet = University of Helsinki, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Paris (UP), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Paris (UP), Institut Pasteur [Paris]-Université de Paris (UP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Lepelley, alice, Instituts Hospitalo-Universitaires - Institut Hospitalo-Universitaire Imagine - - Imagine2010 - ANR-10-IAHU-0001 - IAHU - VALID, and Elaboration of the type I interferonopathies - E-T1IFNs - - ERC-2017-ADG2018-11-01 - 2023-10-31 - 786142 - VALID

Lluis Quintana-Murci, Bruno Charbit, Antonio Rausell, Darragh Duffy, Caron B, Matthew L. Albert, Etienne Patin, Maxime Rotival, The Clinical Bioinformatics laboratory (Equipe Inserm U1163), Imagine - Institut des maladies génétiques (IHU) (Imagine - U1163), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Paris (UP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Paris (UP), Génétique Evolutive Humaine - Human Evolutionary Genetics, Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Cytometrie et Biomarqueurs – Cytometry and Biomarkers (UTechS CB), Institut Pasteur [Paris], Insitro [San Francisco], Chaire Génomique humaine et évolution, Collège de France (CdF (institution)), Immunologie Translationnelle - Translational Immunology lab, Service de génétique moléculaire [CHU Necker], CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), This work benefited from support of the French government's Invest in the Future programme. This programme is managed by the Agence Nationale de la Recherche, reference ANR-10-LABX-69-01. The Clinical Bioinformatics Laboratory of the Imagine Institute was partly supported by the French National Research Agency (ANR) 'Investissements d’Avenir' Program (Grant ANR-10-IAHU-01)., ANR-10-LABX-0069,MILIEU INTERIEUR,GENETIC & ENVIRONMENTAL CONTROL OF IMMUNE PHENOTYPE VARIANCE: ESTABLISHING A PATH TOWARDS PERSONALIZED MEDICINE(2010), ANR-10-IAHU-0001,Imagine,Institut Hospitalo-Universitaire Imagine(2010), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Université Paris Cité (UPCité), HIBIO [South San Francisco], Collège de France - Chaire Génomique humaine et évolution, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), The study is sponsored by Institut Pasteur (Pasteur ID-RCB Number: 2012-A00238-35) and was conducted as a single-center interventional study without an investigational product. This work benefited from support of the French government’s Invest in the Future program. This program is managed by the Agence Nationale de la Recherche, reference ANR-10-LABX-69-01. The Clinical Bioinformatics Laboratory of the Imagine Institute was partly supported by the French National Research Agency (ANR) 'Investissements d’Avenir' Program (Grant ANR-10-IAHU-01)., The Milieu Intérieur Consortium is composed of the following team leaders: Laurent Abel (Hôpital Necker), Andres Alcover (Institut Pasteur), Hugues Aschard (Institut Pasteur), Philippe Bousso (Institut Pasteur), Nollaig Bourke (Trinity College Dublin), Petter Brodin (Karolinska Institutet), Pierre Bruhns (Institut Pasteur), Nadine Cerf-Bensussan (INSERM UMR 1163 – Institut Imagine), Ana Cumano (Institut Pasteur), Caroline Demangel (Institut Pasteur), Christophe d’Enfert (Institut Pasteur), Ludovic Deriano (Institut Pasteur), Marie-Agnès Dillies (Institut Pasteur), James Di Santo (Institut Pasteur), Françoise Dromer (Institut Pasteur), Gérard Eberl (Institut Pasteur), Jost Enninga (Institut Pasteur), Jacques Fellay (EPFL, Lausanne), Ivo Gomperts-Boneca (Institut Pasteur), Milena Hasan (Institut Pasteur), Magnus Fontes (Institut Roche), Gunilla Karlsson Hedestam (Karolinska Institutet), Serge Hercberg (Université Paris 13), Molly A Ingersoll (Institut Pasteur), Rose Anne Kenny (Trinity College Dublin), Olivier Lantz (Institut Curie), Frédérique Michel (Institut Pasteur), Hugo Mouquet (Institut Pasteur), Cliona O'Farrelly (Trinity College Dublin), Etienne Patin (Institut Pasteur), Sandra Pellegrini (Institut Pasteur), Stanislas Pol (Hôpital Côchin), Antonio Rausell (INSERM UMR 1163 – Institut Imagine), Frédéric Rieux-Laucat (INSERM UMR 1163 – Institut Imagine), Lars Rogge (Institut Pasteur), Anavaj Sakuntabhai (Institut Pasteur), Olivier Schwartz (Institut Pasteur), Benno Schwikowski (Institut Pasteur), Spencer Shorte (Institut Pasteur), Frédéric Tangy (Institut Pasteur), Antoine Toubert (Hôpital Saint-Louis), Mathilde Touvier (Université Paris 13), Marie-Noëlle Ungeheuer (Institut Pasteur), Christophe Zimmer (Institut Pasteur), Matthew L. Albert (Insitro)§, Darragh Duffy (Institut Pasteur)§, Lluis Quintana-Murci (Institut Pasteur)§. § co-coordinators of the Milieu Intérieur Consortium., PATIN, Etienne, Laboratoires d'excellence - GENETIC & ENVIRONMENTAL CONTROL OF IMMUNE PHENOTYPE VARIANCE: ESTABLISHING A PATH TOWARDS PERSONALIZED MEDICINE - - MILIEU INTERIEUR2010 - ANR-10-LABX-0069 - LABX - VALID, Instituts Hospitalo-Universitaires - Institut Hospitalo-Universitaire Imagine - - Imagine2010 - ANR-10-IAHU-0001 - IAHU - VALID, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Institut Pasteur [Paris] (IP)

Sancho-Shimizu, Vanessa, Brodin, Petter, Cobat, Aurélie, Biggs, Catherine M., Toubiana, Julie, Lucas, Carrie L., Henrickson, Sarah E., Belot, Alexandre, Haddad, Elie, Beland, Kathie, Pujol, Aurora, Schlüter, Agatha, Planas-Serra, Laura, Aguilera-Albesa, Sergio, Valencia-Ramos, Juan, Rodríguez-Palmero, Agustí, Gut, Marta, Rivière, Jacques G., Colobran, Roger, Soler-Palacin, Pere, Rodriguez-Gallego, Carlos, Perez De Diego, Rebeca, Flores, Carlos, Alsina, Laia, Blazquez-Gamero, Daniel, Jordan, Iolanda, Keles, Sevgi, Emiroglu, Melike, Akcan, Ozge Metin, Alkan, Gulsum, Aytekin, Selma Erol, Gul, Yahya, Tüter Öz, Şadiye Kübra, Bozdemir, Sefika Elmas, Bayhan, Gulsum Iclal, Yüksek, Saliha Kanık, Parlakay, Aslınur Özkaya, Gülhan, Belgin, Yahşi, Aysun, Kilic, Ahmet Osman, Karbuz, Adem, Erdeniz, Emine Hafize, Özkan, Esra Akyüz, Orbak, Zerrin, Aydemir, Şehnaz, Celik, Jale Bengi, Kandemir, Bahar, Aytekin, Gökhan, Kapakli, Hasan, Yarar, Volkan, Yosunkaya, Alper, Vatansev, Hulya, Aytekin, Caner, Torun, Selda Hancerli, Nepesov, Serdar, Coskuner, Taner, Sözeri, Betül, Demirkol, Yasemin Kendir, Kasapcopur, Ozgur, Yıldız, Mehmet, Sevketoglu, Esra, Hatipoğlu, Nevin, Özçelik, Tayfun, Yesilbas, Osman, Gayretli Aydin, Zeynep Gökçe, Sediva, Anna, Klocperk, Adam, Bloomfield, Marketa, Meyts, Isabelle, Delafontaine, Selket, Haerynck, Filomeen, Hoste, Levi, Shahrooei, Mohammad, Marque, Laura, Neves, João Farela, Novelli, Giuseppe, Novelli, Antonio, Aiuti, Alessandro, Casari, Giorgio, Bousfiha, Amed Aziz, Almuhsen, Saleh Zaid, Sobh, Ali, Gagro, Alenka, Bajolle, Fanny, Bonnet, Damien, Lebon, Pierre, Lei, Weite, Lee, Danyel, Seeleuthner, Yoann, Zhang, Peng, Maglorius, Majistor, Philippot, Quentin, Pelham, Simon, Bastard, Paul, Zhang, Qian, Jouanguy, Emmanuelle, Puel, Anne, Herberg, Jethro, Kuijpers, Taco W, Bellos, Evangelos, Kaforou, Myrsini, Menikou, Stephanie, Pan-Hammarström, Qiang, Hammarström, Lennart, Abolhassani, Hassan, Bryceson, Yenan, Condino-Neto, Antonio, Prando, Carolina, Bando, Silvia Yumi, Cavalcanti, Andre, Fellay, Jacques, Blanchard-Hohner, Giradine, Mansouri, Davood, Mahmoudi, Shima, Boyarchuk, Oksana, Volokha, Alla, Bondarenko, Anastasiia, Stepanovskiy, Yuriy, Mogensen, Trine, van de Beek, Diederik, Andreakos, Evangelos, Papadaki, Maria, Abou Tayoun, Ahmad, Halwani, Rabih, Al-Mulla, Fahd, Franco, José Luis, Lau, Yu-Lung, Kwan, Mike, Imai, Kohsuke, Okada, Satoshi, Bolze, Alexandre, Butte, Manish J., Hsieh, Elena, Drolet, Beth A, Arkin, Lisa, Itan, Yuval, Maniatis, Tom, Arditi, Moshe, Cooper, Megan, Schmitt, Erica, Chakravorty, Samya, Anderson, Mark S., Su, Helen C., Notarangelo, Luigi D., MIS-C@CHGE, [missing], Tangye, Stuart G., Milner, Joshua D., Levin, Michael, Abel, Laurent, Bogunovic, Dusan, Casanova, Jean-Laurent, Zhang, Shen-Ying, Human genetics of infectious diseases: Complex predisposition (Equipe Inserm U1163), Imagine - Institut des maladies génétiques (IHU) (Imagine - U1163), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Département de Pédiatrie et maladies infectieuses [CHU Necker], CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Biodiversité et Epidémiologie des Bactéries pathogènes - Biodiversity and Epidemiology of Bacterial Pathogens, Institut Pasteur [Paris] (IP), Centre International de Recherche en Infectiologie (CIRI), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Hôpital Femme Mère Enfant [CHU - HCL] (HFME), Hospices Civils de Lyon (HCL), Service de cardiologie pédiatrique [CHU Necker], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Université Paris Cité (UPCité), Human genetics of infectious diseases : Mendelian predisposition (Equipe Inserm U1163), Funded by the Howard Hughes Medical Institute, the Rockefeller University, the St. Giles Foundation, the National Institutes of Health (R01AI088364 to J.-L. Casanova and S.-Y. Zhang, R01AI148963, R01AI151029, and R01AI150300 to D. Bogunovic, K08AI135091 to S.E. Henrickson, R21AI144315-02S1 to C.L. Lucas), the National Center for Advancing Translational Sciences, National Institutes of Health Clinical and Translational Science Award program (UL1 TR001866), the Yale Center for Mendelian Genomics and the GSP Coordinating Center funded by the National Human Genome Research Institute (UM1HG006504 and U24HG008956), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale and Université de Paris, the French National Research Agency (ANR) Résilience-Covid-19 grant GenMIS-C, the ANR 'Investments for the Future' program (ANR-10-IAHU-01), the Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases Laboratory of Excellence (ANR-10-LABX-62-IBEID), the ANR project AABIFNCOV (ANR-20-CO11-0001), the French Foundation for Medical Research (EQU201903007798), the French Foundation for Medical Research and ANR GENCOVID project, the ANRSCOV05 project, the Square Foundation, Grandir - Fonds de solidarité pour l’enfance, the Fondation du Souffle, the SCOR Corporate Foundation for Science, UK Research and Innovation Future Leader’s Fellowship (MR/S032304/1), the NIHR Imperial Biomedical Research Centre at Imperial College Healthcare NHS Trust (70931), the Burroughs Wellcome Fund Career Awards for Medical Scientists, the Clinical Immunology Society, the American Academy of Allergy Asthma and Immunology, the Michael Smith Foundation for Health Research, the National Health and Medical Research Council of Australia, and the University of New South Wales Sydney COVID Rapid Response Initiative (to S.G. Tangye)., ANR-10-IAHU-0001,Imagine,Institut Hospitalo-Universitaire Imagine(2010), ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010), ANR-20-CO11-0001,AABIFNCOV,Bases génétiques et immunologiques des auto-anticorps contre les interférons de type I prédisposant aux formes sévères de COVID-19.(2020), Imperial College BRC, Imperial College Healthcare NHS Trust- BRC Funding, and UKRI Future Leader's Fellowship

Karine Duroure, Estelle Colin, Thomas Edouard, Ludovic Martin, Linda Grimaud, Lyndon Gallacher, George McGillivray, Guy Lenaers, Valérie Desquiret-Dumas, Clarisse Billon, Anne Breton, Mohammed Zarhrate, Emmanuel Mas, Dominique Bonneau, Lynn Pais, Daniel Henrion, Thomas Haaf, Reza Maroofian, Marianna Parlato, Frank M. Ruemmele, Anne-Laure Guihot, Anaïs Philippe, Ehsan Ghayoor Karimiani, Pauline E. Schneeberger, Stanislas Lyonnet, Bernadette Bègue, Bruno Moulin, Rémi Duclaux-Loras, Nicolas Cagnard, Michael Frank, Laurence Faivre, Ruben Attali, Yves Alembik, Filippo Del Bene, Kerstin Kutsche, Céline Revenu, Fabienne Charbit-Henrion, Katta M. Girisha, Aboulfazl Rad, Eyal Reinstein, Shalini S. Nayak, Barbara Vona, Nadine Cerf-Bensussan, Caroline Lekszas, Shay Tzur, Alban Ziegler, Susan M. White, Centre Hospitalier Universitaire d'Angers (CHU Angers), PRES Université Nantes Angers Le Mans (UNAM), MitoVasc - Physiopathologie Cardiovasculaire et Mitochondriale (MITOVASC), Université d'Angers (UA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratory of Intestinal Immunity (Equipe Inserm U1163), Imagine - Institut des maladies génétiques (IHU) (Imagine - U1163), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Institut de la Vision, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Institut de Recherche en Santé Digestive (IRSD ), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Ingénierie Radioprotection Sûreté Démantèlement (IRSD), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Geroscience and rejuvenation research center (RESTORE), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-EFS-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Hôpital Européen Georges Pompidou [APHP] (HEGP), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpitaux Universitaires Paris Ouest - Hôpitaux Universitaires Île de France Ouest (HUPO), Embryology and genetics of human malformation, CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), FHU TRANSLAD (CHU de Dijon), Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon), Hôpital de Hautepierre [Strasbourg], Nouvel Hôpital Civil de Strasbourg, Tel Aviv University (TAU), Emedgene Technologies [Tel Aviv], Murdoch Children's Research Institute (MCRI), Universitaetsklinikum Hamburg-Eppendorf = University Medical Center Hamburg-Eppendorf [Hamburg] (UKE), Kasturba Medical College, Manipal, Massachusetts Institute of Technology (MIT), University College of London [London] (UCL), Eberhard Karls Universität Tübingen = Eberhard Karls University of Tuebingen, St George's, University of London, University of Würzburg = Universität Würzburg, Fondation Princesse Grace, Fondation Maladies Rares, Harbig Family Foundation, Royal Children's Hospital Foundation, University of Tubingen (2545-1-0), Federal Ministry of Education and Research (01DQ17003 to K.K.), Indian Council of Medical Research (file no. 5/7/1508/2016 to K.M.G), National Human Genome Research Institute, the National Eye Institute, and the National Heart, Lung, and Blood Institute grant UM1 HG008900, National Human Genome Research Institute grant R01 HG009141, Victorian Government's Operational Infrastructure Support Program, ANR-10-IAHU-0001,Imagine,Institut Hospitalo-Universitaire Imagine(2010), ANR-18-IAHU-0001,FOReSIGHT,Enabling Vision Restoration(2018), European Project: 661527,H2020,H2020-MSCA-IF-2014,NMJALS(2015), European Project: 339407,EC:FP7:ERC,ERC-2013-ADG,IMMUNOBIOTA(2014), Service de génétique [Angers], Université d'Angers (UA)-Centre Hospitalier Universitaire d'Angers (CHU Angers), PRES Université Nantes Angers Le Mans (UNAM)-PRES Université Nantes Angers Le Mans (UNAM), Autophagie infection et immunité - Autophagy Infection Immunity (APY), Centre International de Recherche en Infectiologie - UMR (CIRI), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Génétique et Biologie du Développement, Institut Curie [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Paris (UP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Paris (UP), Imagine - Institut des maladies génétiques (IMAGINE - U1163), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Physiopathologie Cardiovasculaire et Mitochondriale (MITOVASC), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Paris (UP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-EFS-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Embryology and genetics of human malformation (Equipe Inserm U1163), SEGUIN, Nathalie, Instituts Hospitalo-Universitaires - Institut Hospitalo-Universitaire Imagine - - Imagine2010 - ANR-10-IAHU-0001 - IAHU - VALID, Enabling Vision Restoration - - FOReSIGHT2018 - ANR-18-IAHU-0001 - IAHU - VALID, In vivo analysis of neuromuscular junction stability in zebrafish models of amyotrophic lateral sclerosis - NMJALS - - H20202015-11-16 - 2017-11-15 - 661527 - VALID, Host-microbiota interactions across the gut immune system:lessons from early onset inflammatory bowel diseases and from gnotobiotic mice - IMMUNOBIOTA - - EC:FP7:ERC2014-03-01 - 2019-02-28 - 339407 - VALID, École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), and Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Ludivine Grzelak, Maxime Beretta, Slimane Allali, Aude Magérus, Hugo Mouquet, Maxime Batignes, Isabelle Melki, Olivier Schwartz, Quentin Riller, Mehdi Oualha, Nicolas Cagnard, Christine Bole-Feysot, Camille de Cevins, James P. Di Santo, Christele Gras Leguen, Florence Moulin, Jean-Laurent Casanova, Cécile Masson, Aurélien Corneau, Damien Bonnet, Vithura Pirabarakan, Mickaël M. Ménager, Camille Bruneau, Brieuc P. Perot, Francesco Carbone, Darragh Duffy, Mohammed Zarhrate, Marie-Claude Stolzenberg, Alexandre Boullé, Mélanie Parisot, Boris Sorin, Ghaith Abdessalem, Alain Fischer, Marianne Leruez, Julie Toubiana, Victor Garcia-Paredes, Mathie Lorrot, Loïc de Pontual, Zahra Belhadjer, Bruno Charbit, Tinhinane Fali, Marine Luka, Nikaïa Smith, Brigitte Bader Meunier, Shen-Ying Zhang, Sonia Meynier, Fredéric Rieux Laucat, Julien Haroche, Pedro Gonçalves, Laura Barnabei, Inflammatory Responses and Transcriptomic Networks in diseases (Equipe Inserm U1163), Imagine - Institut des maladies génétiques (IHU) (Imagine - U1163), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Paris (UP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Paris (UP), Sanofi Aventis R&D [Chilly-Mazarin], Immunologie Translationnelle - Translational Immunology lab, Institut Pasteur [Paris], Immunogenetics of pediatric autoimmune diseases (Equipe Inserm U1163), Cytometrie et Biomarqueurs – Cytometry and Biomarkers (UTechS CB), Immunologie humorale - Humoral Immunology, Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Virus et Immunité - Virus and immunity, Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Immunité Innée - Innate Immunity, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Paris (UP), Structure Fédérative de Recherche Necker (SFR Necker - UMS 3633 / US24), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Paris (UP), Cytométrie Pitié-Salpêtrière (PASS-CYPS), Unité Mixte de Service Production et Analyse de données en Sciences de la vie et en Santé (PASS), Sorbonne Université (SU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Human genetics of infectious diseases : Mendelian predisposition (Equipe Inserm U1163), Rockefeller University [New York], Service d'immuno-hématologie pédiatrique [CHU Necker], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Service d'Immunologie [CHU Pitié-Salpétrière], CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), AP-HP Hôpital universitaire Robert-Debré [Paris], CHU Trousseau [APHP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Département des urgences pédiatriques [CHU Necker], CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Laboratoire de Virologie [CHU Necker], Département de Pédiatrie et maladies infectieuses [CHU Necker], Centre hospitalier universitaire de Nantes (CHU Nantes), Service de Pédiatrie [Jean Verdier], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Jean Verdier [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Université Sorbonne Paris Nord, Collège de France (CdF (institution)), Biodiversité et Epidémiologie des Bactéries pathogènes - Biodiversity and Epidemiology of Bacterial Pathogens, The study was supported by the Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), by the 'URGENCE COVID-19' fundraising campaign of Institut Pasteur, by the Atip-Avenir, Emergence ville de Paris program and fond de dotation Janssen Horizon and by government grants managed by the Agence National de la Recherche as part of the 'Investment for the Future' program (Institut Hospitalo-Universitaire Imagine, grant ANR-10-IAHU-01, Recherche Hospitalo-Universitaire, grant ANR-18-RHUS-0010, Laboratoire d’Excellence ‘‘Milieu Intérieur', grant ANR-10-LABX-69-01), the Centre de Référence Déficits Immunitaires Héréditaires (CEREDIH), the Agence National de la Recherche (ANR-flash Covid19 'AIROCovid' to FRL and 'CoVarImm' to DD and JDS), and by the FAST Foundation (French Friends of Sheba Tel Hashomer Hospital). The LabTech Single Cell@Imagine is supported by the Paris Region and the 'Investissements d’avenir' program through the 2019 ATF funding – Sésame Filières PIA (Grant N°3877871). CdC is the recipient of a CIFRE-PhD (Sanofi). L.B. was a recipient of an Imagine institute PhD international program supported by the Fondation Bettencourt Schueller. L.B. was also supported by the EUR G.E.N.E. (reference #ANR-17-EURE-0013) and is part of the Université de Paris IdEx #ANR-18-IDEX-0001 funded by the French Government through its 'Investments for the Future' program. S.M. was a recipient of an INSERM and Institut Imagine post-doctorat program supported by the Fondation pour la Recherche Médicale (FRM N°SPF20170938825). NS was a recipient of the Pasteur-Roux-Cantarini Fellowship. VGP obtained an Imagine international PhD fellowship program supported by the Fondation Bettencourt Schueller. BPP is the recipient of an ANRS post-doctoral fellowship., ANR-10-IAHU-0001,Imagine,Institut Hospitalo-Universitaire Imagine(2010), ANR-18-RHUS-0010,ATRACTION,Autoimmunity/inflammation Through Rnaseq Analysis at the single Cell level for Therapeutic Innovation(2018), ANR-10-LABX-0069,MILIEU INTERIEUR,GENETIC & ENVIRONMENTAL CONTROL OF IMMUNE PHENOTYPE VARIANCE: ESTABLISHING A PATH TOWARDS PERSONALIZED MEDICINE(2010), ANR-20-COVI-0022,AIROCovid19,Analyse Omics de la réponse immune aigue au cours de l'infection à Covid19: rationnel moléculaire pour un traitement ciblé(2020), ANR-17-EURE-0013,GENE,Génétique et Epigénétique Nouvelle Ecole(2017), ANR-18-IDEX-0001,Université de Paris,Université de Paris(2018), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Institut Pasteur [Paris] (IP), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Virus et Immunité - Virus and immunity (CNRS-UMR3569), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), and Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)

Jean-Laurent Casanova, Isabelle Meyts, Department of Microbiology, Immunology and Transplantation [Leuven], Catholic University of Leuven - Katholieke Universiteit Leuven (KU Leuven), University Hospitals Leuven [Leuven], St. Giles Laboratory of Human Genetics of Infectious Diseases, Rockefeller University [New York], Human genetics of infectious diseases : Mendelian predisposition (Equipe Inserm U1163), Imagine - Institut des maladies génétiques (IHU) (Imagine - U1163), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Howard Hughes Medical Institute [New York] (HHMI), Howard Hughes Medical Institute (HHMI)-New York University School of Medicine, NYU System (NYU)-NYU System (NYU)-Rockefeller University [New York]-Columbia University Irving Medical Center (CUIMC), ANR-10-IAHU-0001,Imagine,Institut Hospitalo-Universitaire Imagine(2010), Paris Diderot, Equipe HAL, Instituts Hospitalo-Universitaires - Institut Hospitalo-Universitaire Imagine - - Imagine2010 - ANR-10-IAHU-0001 - IAHU - VALID, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Paris (UP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Paris (UP), Howard Hughes Medical Institute (HHMI)-Rockefeller University [New York]-Columbia University Irving Medical Center (CUIMC)-New York University School of Medicine, and NYU System (NYU)-NYU System (NYU)

Kerner, Gaspard, Laval, Guillaume, Patin, Etienne, Boisson-Dupuis, Stéphanie, Abel, Laurent, Casanova, Jean-Laurent, Quintana-Murci, Lluis, Génétique Evolutive Humaine - Human Evolutionary Genetics, Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Imagine - Institut des maladies génétiques (IHU) (Imagine - U1163), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Paris (UP), Human genetics of infectious diseases: Complex predisposition (Equipe Inserm U1163), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Paris (UP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Paris (UP), Rockefeller University [New York], Howard Hughes Medical Institute [New York] (HHMI), Howard Hughes Medical Institute (HHMI)-Rockefeller University [New York]-Columbia University Irving Medical Center (CUIMC)-New York University School of Medicine, NYU System (NYU)-NYU System (NYU), Chaire Génomique humaine et évolution, Collège de France (CdF (institution)), Fondation pour la Recherche Médicale (EQU201903007798), ANR-10-IAHU-0001,Imagine,Institut Hospitalo-Universitaire Imagine(2010), ANR-17-CE12-0018,LifeChange,Déchiffrer les conséquences biologiques et pathogéniques liées à un changement majeur de mode de vie(2017), ANR-19-CE15-0009,CNSVIRGEN,Déficits immunitaires innés dans les infections sévères du tronc cérébral(2019), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Howard Hughes Medical Institute (HHMI)-New York University School of Medicine, NYU System (NYU)-NYU System (NYU)-Rockefeller University [New York]-Columbia University Irving Medical Center (CUIMC), Collège de France - Chaire Génomique humaine et évolution, Quintana-Murci, lluis, Instituts Hospitalo-Universitaires - Institut Hospitalo-Universitaire Imagine - - Imagine2010 - ANR-10-IAHU-0001 - IAHU - VALID, Déchiffrer les conséquences biologiques et pathogéniques liées à un changement majeur de mode de vie - - LifeChange2017 - ANR-17-CE12-0018 - AAPG2017 - VALID, and Déficits immunitaires innés dans les infections sévères du tronc cérébral - - CNSVIRGEN2019 - ANR-19-CE15-0009 - AAPG2019 - VALID

Olivier Brocq, Pere Soler-Palacín, Jérôme Sirvente, Brigitte Bader-Meunier, Rawane Dagher, Naoki Kitabayashi, Laureline Berteloot, Sophie Willcocks, Nadia Jeremiah, Laura Barnabei, Stefano Volpi, Eline Van Aerde, Sylvain Breton, Damien Chan, Alice Hadchouel, Vincent Bondet, Eric Jeziorski, Despina Moshous, Antonella Insalaco, Jean-Christophe Dubus, Thierry Jo Molina, Isabelle Melki, Nathalie Stremler-Le Bel, Stéphane Blanche, Marie-Anne Morren, Alain Fischer, Mireia Lopez-Corbeto, Gillian I. Rice, Marie-Louise Frémond, Carine Wouters, Yanick J. Crow, Séverine Feuillet-Soummer, Jacques G. Rivière, Françoise Mazingue, Violaine Bresson, Bénédicte Neven, Alexandre Belot, Mathieu Fusaro, Guillaume Thouvenin, Darragh Duffy, Frédéric Rieux-Laucat, Caroline Thumerelle, Luis Seabra, Marco Gattorno, Imagine - Institut des maladies génétiques (IHU) (Imagine - U1163), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Paris (UP), Service d'immuno-hématologie pédiatrique [CHU Necker], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Service de Pneumologie Allergologie [CHU Necker], Institut Necker Enfants-Malades (INEM - UM 111 (UMR 8253 / U1151)), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Paris (UP), Service de radiologie pédiatrique [CHU Necker], AP-HP Hôpital universitaire Robert-Debré [Paris], Urgences pédiatriques [Hôpital de la Timone - APHM], Aix Marseille Université (AMU)-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)- Hôpital de la Timone [CHU - APHM] (TIMONE), Immunité et cancer (U932), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Curie [Paris], Hospices Civils de Lyon (HCL), Réponse immunitaire innée dans les maladies infectieuses et auto-immunes – Innate immunity in infectious and autoimmune diseases, Centre International de Recherche en Infectiologie - UMR (CIRI), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Pasteur [Paris], Immunologie Translationnelle - Translational Immunology lab, Hôpital Princesse Grace [Monaco], Women’s and Children’s Hospital [Adelaide], CHU Notre Dame des Secours [Jbeil], Service de pédiatrie spécialisée et médecine infantile (neurologie, pneumologie, maladies héréditaires du métabolisme) [Hôpital de la Timone - APHM], Hôpital de la Timone [CHU - APHM] (TIMONE), Centre chirurgical Marie Lannelongue, CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], IRCCS Istituto Giannina Gaslini [Genoa, Italy], IRCCS Ospedale Pediatrico Bambino Gesù [Roma], Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier), Pathogénèse et contrôle des infections chroniques (PCCI), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Centre Hospitalier Universitaire de Montpellier (CHU Montpellier ), Vall d'Hebron University Hospital [Barcelona], Centre Hospitalier Régional Universitaire [Lille] (CHRU Lille), University Hospitals Leuven [Leuven], Lausanne University Hospital, Manchester Academic Health Science Centre (MAHSC), University of Manchester [Manchester], Vall d’Hebron Research Institute (VHIR), Universitat Autònoma de Barcelona (UAB), Service de Pneumologie pédiatrique [CHU Trousseau], CHU Trousseau [APHP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Queensland Children's Hospital, Partenaires INRAE, Catholic University of Leuven - Katholieke Universiteit Leuven (KU Leuven), Service de pathologie [CHU Necker], Collège de France (CdF (institution)), MRC Institute of Genetics and Molecular Medicine [Edinburgh] (IGMM), University of Edinburgh-Medical Research Council, M.-L. Frémond received a grant from the Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (reference: 000427993). Y. J. Crow acknowledges the European Research Council (GA309449 and 786142-E-T1IFNs) and a state subsidy managed by the National Research Agency (France) under the 'Investments for the Future' program bearing the reference ANR-10-IAHU-01. Y. J. Crow and D. Duffy acknowledge the National Research Agency (France) (grant CE17001002)., The authors wish to thank the patients and their families for their cooperation in this study. The authors are grateful to Elvira Duchesne (NP) and Samira Plassart (PhD) for their very helpful technical assistance. They thank Thomas Blauwblomme (MD, PhD, Neurosurgery Unit, Necker Hospital, Paris, France) for providing CSF from children with idiopathic hydrocephalus., ANR-10-IAHU-0001,Imagine,Institut Hospitalo-Universitaire Imagine(2010), European Project: 309449,EC:FP7:ERC,ERC-2012-StG_20111109,T1-IFN(2013), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Institut Curie [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre International de Recherche en Infectiologie (CIRI), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Pasteur [Paris] (IP), Centre Chirurgical Marie Lannelongue (CCML), Pathogenesis and Control of Chronic and Emerging Infections (PCCEI), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Université des Antilles (UA)-Etablissement français du don du sang [Montpellier], and Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)

Alice Hadchouel, Odile Boespflug-Tanguy, Eric Jeziorski, Thomas Blauwblomme, Buthaina Al Adba, Alice Lepelley, Isabelle Desguerre, Gillian I. Rice, Edwin Carter, Véronique Hentgen, Christine Bodemer, Lorenzo Lodi, Sandrine Passemard, Yanick J. Crow, Marie Hully, Fanny Mochel, Camille Ducrocq, Magalie Barth, Jay Shetty, Brigitte Bader-Meunier, Isabelle Melki, Florence Renaldo, Vincent Bondet, Miguel Hie, Marie Pouletty, Russell C. Dale, Romain Lévy, Pierre Ellul, Simona Orcesi, Bénédicte Neven, Cécile Dumaine, Luis Seabra, Darragh Duffy, Fabienne Dulieu, Marie-Louise Frémond, Stéphane Blanche, Rainer Seidl, Maria José Martin-Niclos, Pierre Quartier, Laboratory of neurogenetics and neuroinflammation (Equipe Inserm U1163), Imagine - Institut des maladies génétiques (IHU) (Imagine - U1163), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Azienda Ospedaliero Universitaria A. Meyer [Firenze, Italy], AP-HP Hôpital universitaire Robert-Debré [Paris], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Service d'immuno-hématologie pédiatrique [CHU Necker], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Immunologie Translationnelle - Translational Immunology lab, Institut Pasteur [Paris] (IP), University of Manchester [Manchester], University of Edinburgh, Sidra Medicine [Doha, Qatar], MitoVasc - Physiopathologie Cardiovasculaire et Mitochondriale (MITOVASC), Université d'Angers (UA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Service de neurochirurgie pédiatrique [CHU Necker], Service de dermatologie [CHU Necker], The University of Sydney, Service de neurologie pédiatrique [CHU Necker], Hôpitaux Pédiatriques de Nice Lenval (CHU-Lenval), Centre Hospitalier Universitaire de Nice (CHU Nice), Child and Adolescent Psychiatry Department [AP- HP Hôpital Robert Debré], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Immunologie - Immunopathologie - Immunothérapie [CHU Pitié Salpêtrière] (I3), CHU Charles Foix [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Sorbonne Université (SU), Service de Pneumologie Allergologie [CHU Necker], Centre Hospitalier de Versailles André Mignot (CHV), CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Département Pédiatrie [CHRU Montpellier], Pôle Femme Mère Enfant [CHRU Montpellier], Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier)-Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier), Institut du Cerveau = Paris Brain Institute (ICM), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Sorbonne Université (SU)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Fondazione 'Istituto Neurologico Nazionale C. Mondino', Università degli Studi di Pavia = University of Pavia (UNIPV), CHU Trousseau [APHP], Medizinische Universität Wien = Medical University of Vienna, Royal Hospital for Sick Children [Edinburgh], Y.J.C. acknowledges the European Research Council (GA309449 and 786142-E-T1IFNs) and a state subsidy managed by the National Research Agency (France) under the ‘Investments for the Future’ programme bearing the reference ANR-10-IAHU-01. The project was supported by MSDAVENIR (Devo-Decode Project). Y.J.C. and D.D. acknowledge the Agence Nationale de la Recherche (grant CE17001002)., ANR-10-IAHU-0001,Imagine,Institut Hospitalo-Universitaire Imagine(2010), European Project: 309449,EC:FP7:ERC,ERC-2012-StG_20111109,T1-IFN(2013), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Paris (UP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Paris (UP), Institut Pasteur [Paris], Physiopathologie Cardiovasculaire et Mitochondriale (MITOVASC), Centre National de Référence du Lupus Systémique, Syndrome des Anticorps Anti-phospholipides et Maladies Auto-immunes Systémiques Rares [CHU Pitié Salpêtrière], Service de Médecine Interne 2, maladies auto-immunes et systémiques [CHU Pitié-Salpêtrière], Institut E3M [CHU Pitié-Salpêtrière], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Institut E3M [CHU Pitié-Salpêtrière], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), UF Neurométabolique Bioclinique et Génétique [CHU Pitié-Salpêtrière], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Institut du Cerveau et de la Moëlle Epinière = Brain and Spine Institute (ICM), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Università degli Studi di Pavia, Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP], Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Institut E3M [CHU Pitié-Salpêtrière], Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), and Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Lluis Quintana-Murci, Etienne Patin, Jean-Laurent Casanova, Laurent Abel, Anne Puel, Jérémie Rosain, Shen-Ying Zhang, Vivien Béziat, Joseph G. Gleeson, Anne Gregor, Emmanuelle Jouanguy, Franck Rapaport, Stéphanie Boisson-Dupuis, Qian Zhang, Bertrand Boisson, Jacinta Bustamante, St. Giles Laboratory of Human Genetics of Infectious Diseases, Rockefeller University [New York], Imagine - Institut des maladies génétiques (IHU) (Imagine - U1163), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Paris (UP), Friedrich-Alexander Universität Erlangen-Nürnberg (FAU), Center for the Study of Primary Immunodeficiencies [Paris], Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Howard Hughes Medical Institute [La Jolla, CA, USA], Rady Children’s Institute of Genomic Medicine [La Jolla, CA, USA], University of California, Laboratory for Pediatric Brain Disease, Génétique Evolutive Humaine - Human Evolutionary Genetics, Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Collège de France (CdF (institution)), Howard Hughes Medical Institute [New York] (HHMI), Howard Hughes Medical Institute (HHMI)-Rockefeller University [New York]-Columbia University Irving Medical Center (CUIMC)-New York University School of Medicine, NYU System (NYU)-NYU System (NYU), This work was supported in part by the Rockefeller University, the St. Giles Foundation, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale, Paris Descartes University, the National Center for Research Resources and the National Center for Advancing Sciences, NIH Clinical and Translational Science Award program (Grant UL1TR001866), the Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases Laboratory of Excellence (Grant ANR-10-LABX-62-IBEID), and the French National Research Agency (ANR) (Grants ANR-10-IAHU-01, ANR-15-CE17-0014). The laboratory of L.Q.-M. and E.P. is supported by the Institut Pasteur, the Collège de France, the Investissement d’Avenir program, Laboratoires d’Excellence 'Milieu Intérieur' (Grant ANR-10-LABX-69-01), Fondation pour la Recherche Médicale (Grant FRM DEQ20180339214), Fondation Allianz–Institut de France, and Fondation de France., ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010), ANR-10-IAHU-0001,Imagine,Institut Hospitalo-Universitaire Imagine(2010), ANR-15-CE17-0014,ProgLegio,Biomarqueurs bactériens et humains d'intérêt pronostic pour les légionelloses sévères(2015), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), University of California (UC), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Collège de France - Chaire Génomique humaine et évolution, Howard Hughes Medical Institute (HHMI)-New York University School of Medicine, NYU System (NYU)-NYU System (NYU)-Rockefeller University [New York]-Columbia University Irving Medical Center (CUIMC), and Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Isabelle Meyts, Xin Mu, Emmanuelle Jouanguy, Daxing Gao, Aurélie Cobat, Lazaro Lorenzo, Mary Hasek, Damien Chaussabel, Luigi D. Notarangelo, Darragh Duffy, Vanessa Sancho-Shimizu, Jean-Laurent Casanova, Lorenz Studer, Gregory A. Smith, Sun Hur, Jie Chen, Peng Zhang, Michael J. Ciancanelli, Jessica L. McAlpine, Gabriele Ciceri, Shen-Ying Zhang, Oliver Harschnitz, Yuval Itan, Michael S. Diamond, Benedetta Bigio, Vincent Bondet, Esperanza Anguiano, Laurent Abel, Rockefeller University [New York], University of Science and Technology of China [Hefei] (USTC), Turnstone Biologics [New York], Memorial Sloane Kettering Cancer Center [New York], Immunologie Translationnelle - Translational Immunology lab, Institut Pasteur [Paris], Harvard Medical School [Boston] (HMS), Icahn School of Medicine at Mount Sinai [New York] (MSSM), Human genetics of infectious diseases: Complex predisposition (Equipe Inserm U1163), Imagine - Institut des maladies génétiques (IHU) (Imagine - U1163), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Paris (UP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Paris (UP), Imperial College London, Baylor Institute for Immunology Research (BIIR), Benaroya Research Institute [Seattle] (BRI), Sidra Medicine [Doha, Qatar], Catholic University of Leuven - Katholieke Universiteit Leuven (KU Leuven), University Hospitals Leuven [Leuven], Washington University School of Medicine in St. Louis, Washington University in Saint Louis (WUSTL), Feinberg School of Medicine, Northwestern University [Evanston], National Institute of Allergy and Infectious Diseases [Bethesda] (NIAID-NIH), National Institutes of Health [Bethesda] (NIH), Service d'immuno-hématologie pédiatrique [CHU Necker], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Howard Hughes Medical Institute (HHMI), This work was funded in part by the National Center for Advancing Translational Sciences, NIH Clinical and Translational Science Award program (UL1TR001866), NIH (R01NS072381, R01AI088364, and R21AI151663), the French National Research Agency (ANR) under the 'Investments for the future' program (ANR-10-IAHU-01), Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases Laboratoire d’Excellence (ANR-10-LABX-62-IBEID), and grants ANR-14-CE14-0008-01 and ANR-18-CE15-0020-02, The Rockefeller University, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Paris Descartes University, and the St. Giles Foundation. DG is supported by the Charles H. Revson Senior Fellowship in Biomedical Sciences and the National Natural Science Foundation of China (grant 31970855). IM is supported by KU Leuven C1 grant C16/18/007 and Fonds Wetenschappelijk Onderzoek Vlaanderen grant G0C8517N., ANR-10-IAHU-0001,Imagine,Institut Hospitalo-Universitaire Imagine(2010), ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010), ANR-14-CE14-0008,IEIHSEER,L'encéphalite Herpétique de l'enfant résulte de déficits héréditaires d'immunité contre l'HSV-1: une exception ou une règle?(2014), ANR-18-CE15-0020,SEAe-HostFactors,Facteurs de susceptibilité de l'hôte à l'encéphalite pédiatrique en Asie du Sud Est(2018), Institut Pasteur [Paris] (IP), and Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité)

Jeremy Manry, Eduardo J. Garcia Reino, Taushif Khan, Romain Lévy, Mary Hasek, Jérémie Rosain, Yoann Seeleuthner, Isabelle Meyts, Lazaro Lorenzo, Laurent Abel, Zhi Li, Omar AbuZaitun, Shai Shrot, Paul Bastard, Jean-Laurent Casanova, Bertrand Boisson, Emmanuelle Jouangy, Flore Rozenberg, Nicholas Hernandez, Raz Somech, Benedetta Bigio, Shen-Ying Zhang, Mélodie Aubart, Vivien Béziat, Nico Marr, Jie Chen, Rik Gijsbers, Peng Zhang, Jacinta Bustamante, Qian Zhang, Yoon-Seung Lee, Sandra Pellegrini, Aurélie Cobat, Soraya Boucherit, Human genetics of infectious diseases : Mendelian predisposition (Equipe Inserm U1163), Imagine - Institut des maladies génétiques (IHU) (Imagine - U1163), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), St. Giles Laboratory of Human Genetics of Infectious Diseases, Rockefeller University [New York], Human genetics of infectious diseases: Complex predisposition (Equipe Inserm U1163), Sidra Medicine [Doha, Qatar], Service d'immuno-hématologie pédiatrique [CHU Necker], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Chaim Sheba Medical Center, Kfar Saba and Sackler School of Medicine, Service de neurochirurgie pédiatrique [CHU Necker], Faculté de Médecine et Médecine Dentaire [UCLouvain], Université Catholique de Louvain = Catholic University of Louvain (UCL), Signalisation des Cytokines - Cytokine Signaling, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service de Virologie [CHU Cochin], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Cochin [AP-HP], Hamad Bin Khalifa University (HBKU), Precision Immunology Institute [New-York] (PrIISM), Icahn School of Medicine at Mount Sinai [New York] (MSSM), CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Howard Hughes Medical Institute [New York] (HHMI), Howard Hughes Medical Institute (HHMI)-New York University School of Medicine, NYU System (NYU)-NYU System (NYU)-Rockefeller University [New York]-Columbia University Irving Medical Center (CUIMC), This work was conducted in the two branches of the Laboratory of Human Genetics of Infectious Diseases, and was funded in part by the National Center for Advancing Translational Sciences (NCATS), National Institutes of Health (NIH), Clinical and Translational Science Award (CTSA) program, grant UL1TR001866, NIH grants R01AI088364, R01NS072381 and R21AI151663, the National Vaccine Program Office of the US Department of Health and Human Services grant VSRNV000006, grants from the Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases Laboratory of Excellence (ANR-10-LABX-62-IBEID) and the French National Research Agency (ANR) under the 'Investments for the future' program (ANR-10-IAHU-01), the ANR grants IEIHSEER (ANR-14-CE14-0008-01), SEAeHostFactors (ANR-18-CE15-0020-02), and CNSVIRGEN (ANR-19-CE15-0009-01), the French Foundation for Medical Research (FRM) (EQU201903007798), the Rockefeller University, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Paris Descartes University, and the St. Giles Foundation. PB was supported by the French Foundation for Medical Research (FRM, EA20170638020) and the MD-PhD program of the Imagine Institute (with the support of the Fondation Bettencourt-Schueller). JR was supported by the Inserm PhD program ('poste d’accueil Inserm'). JM was supported by ANR grants BURULIGEN (ANR-12-BSV3-0013-01) and MYCOPARADOX (ANR-16-CE12-0023)., ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010), ANR-10-IAHU-0001,Imagine,Institut Hospitalo-Universitaire Imagine(2010), ANR-14-CE14-0008,IEIHSEER,L'encéphalite Herpétique de l'enfant résulte de déficits héréditaires d'immunité contre l'HSV-1: une exception ou une règle?(2014), ANR-18-CE15-0020,SEAe-HostFactors,Facteurs de susceptibilité de l'hôte à l'encéphalite pédiatrique en Asie du Sud Est(2018), and ANR-19-CE15-0009,CNSVIRGEN,Déficits immunitaires innés dans les infections sévères du tronc cérébral(2019)

Sergio Navarro, Enric Boza-Hernandez, Guillermo Suarez-Cuartin, Victor-David Gumucio, Quentin Philippot, Joan Sabater-Riera, Laura Calatayud, Xavier Solanich, Gemma Rocamora-Blanch, Francisco Morandeira, Xose-Luís Pérez-Fernández, Maria-Paz Fuset-Cabanes, Antoni Riera-Mestre, Paul Bastard, Xavier Corbella, Roger Colobran, Raül Rigo-Bonnin, Mario Framil, Alba Parra-Martínez, Miguel-Ángel Gordillo-Benitez, Jérémie Rosain, Arnau Antolí, Jean-Laurent Casanova, Université Paris Cité, Equipe HAL, Instituts Hospitalo-Universitaires - Institut Hospitalo-Universitaire Imagine - - Imagine2010 - ANR-10-IAHU-0001 - IAHU - VALID, Institut d'Investigació Biomèdica de Bellvitge [Barcelone] (IDIBELL), Human genetics of infectious diseases : Mendelian predisposition (Equipe Inserm U1163), Imagine - Institut des maladies génétiques (IHU) (Imagine - U1163), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), St. Giles Laboratory of Human Genetics of Infectious Diseases, Rockefeller University [New York], Vall d’Hebron Research Institute (VHIR), Vall d'Hebron University Hospital [Barcelona], Universitat Internacional de Catalunya [Barcelona] (UIC), Howard Hughes Medical Institute (HHMI), and ANR-10-IAHU-0001,Imagine,Institut Hospitalo-Universitaire Imagine(2010)

Laurent Abel, Laurie H. Glimcher, Lluis Quintana-Murci, Nico Marr, Fatima Al Ali, Jean Marc Doisne, David Langlais, Jacinta Bustamante, Marc Weisshaar, Jing Han, Jamila El Baghdadi, Frédéric Batteux, Manon Roynard, Yichao Shen, Mathieu Bourgey, Flore Rozenberg, Federica Sallusto, Peng Zhang, David Jarrossay, Carmen Oleaga-Quintas, Jean-Laurent Casanova, Daniela Latorre, Gaspard Kerner, Mahbuba Rahman, Houda Elarabi, Federico Mele, Yoann Seeleuthner, James P. Di Santo, Stuart G. Tangye, Michael S. Kobor, Janet Markle, Dusan Bogunovic, Stéphanie Boisson-Dupuis, Julia L. Maclsaac, Lucas T. Husquin, Lisa Worley, Conor Gruber, Cindy S. Ma, Jérémie Rosain, Taushif Khan, Thomas L. Carroll, Mohamed Jeljeli, Abderrahmane Errami, Anne Puel, Qiang Pan-Hammarström, Philippe Gros, Ibithal Benhsaien, Aziz Bousfiha, Fatima Ailal, Carys A. Croft, Rui Yang, Masato Ogishi, Rockefeller University [New York], Università della Svizzera italiana = University of Italian Switzerland (USI), Garvan Institute of medical research, McGill University = Université McGill [Montréal, Canada], Laboratory of Human Genetics of Infectious Diseases (Necker Branch - INSERM U1163), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-CHU Necker - Enfants Malades [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Imagine - Institut des maladies génétiques (IHU) (Imagine - U1163), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Université Hassan II [Casablanca] (UH2MC), Immunité Innée - Innate Immunity, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université Paris Cité (UPCité), Eidgenössische Technische Hochschule - Swiss Federal Institute of Technology [Zürich] (ETH Zürich), Icahn School of Medicine at Mount Sinai [New York] (MSSM), We thank the patients and families, members of the laboratory, Cecilia Lindestam Arlehamn and Alessandro Sette, NIH Tetramer Core Facility (NTCF), James McCluskey, Jamie Rossjohn, and David Fairlie, the Genomics and the Flow Cytometry Resource Center of Rockefeller University, National Center for Advancing Translational Sciences of the National Institutes of Health (UL1TR001866 to Rockefeller University), Steven Elledge, National Institute of Allergy and Infectious Diseases (R37AI095983 to J.L.C. and U19AI118626 to F.S.), Sackler Center for Biomedicine and Nutrition at the Center for Clinical and Translational Science (CCTS), Shapiro-Silverberg Fund for the Advancement of Translational Research at CCTS, Rockefeller University (to R.Y.), Research Grant Program of the Immune Deficiency Foundation (to R.Y.), Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases Laboratory of Excellence (ANR-10-LABX-62-IBEID), French National Research Agency under the 'Investments for the future' program (ANR-10-IAHU-01), ANR-GENMSMD (ANR-16-CE17-0005-01 to J.B.), ANR-LTh-MSMD-CMCD (ANR-18-CE93-0008-01 to A.P and F.S.), Fonds de Recherche en Santé Respiratoire (SRC2017 to J.B.), French Foundation for Medical Research (FRM) (EQU201903007798), the SCOR Corporate Foundation for Science, ECOS Nord (C19S01-63407 to J.B.), Swiss National Science Foundation (310030L_182728 to F.S.), French Foundation for Medical Research (FRM) (EQU201903007798), Helmut Horten Foundation, Canadian Center for Computational Genomics (C3G), Genomics Technology Platform (GTP), and Genome Canada. J. R. was supported by INSERM Poste d’accueil and and Imagine Institute, T.K. by Qatar National Research Fund (PPM1-1220-150017). S.G.T. by Program grant (1113904), Principal Research Fellowship (1042925), and Leadership 3 Investigator grant (1176665) from the National Health and Medical Research Council of Australia, C.S.M. by an Early/Mid-Career Development Research Fellowship, Ministry of Health, NSW Government, R.Y. by Stony Wold-Herbert Fund., ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010), ANR-10-IAHU-0001,Imagine,Institut Hospitalo-Universitaire Imagine(2010), ANR-16-CE17-0005,GENMSMD,Dissection génétique de la Susceptibilité Mendélienne aux infections mycobactériennes chez l'homme(2016), ANR-18-CE93-0008,LTh-MSMD-CMCD,Différenciation des lymphocytes T-helper (Th) dans les défauts génétiques de l'immunité contre Mycobacterium et/ou Candida species.(2018), Garvan Institute of Medical Research [Darlinghurst, Australia], Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Paris (UP), Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), and Université de Paris (UP)

Alessia David, Nicholas Parkinson, Thomas P Peacock, Erola Pairo-Castineira, Tarun Khanna, Aurelie Cobat, Albert Tenesa, Vanessa Sancho-Shimizu, Jean-Laurent Casanova, Laurent Abel, Wendy S. Barclay, J.Kenneth Baillie, Michael JE Sternberg, Department of Life Sciences, Imperial College London, The Roslin Institute, Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC), Department of Infectious Disease Epidemiology [London] (DIDE), St. Giles Laboratory of Human Genetics of Infectious Diseases, Rockefeller University [New York], Human genetics of infectious diseases: Complex predisposition (Equipe Inserm U1163), Imagine - Institut des maladies génétiques (IHU) (Imagine - U1163), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Human genetics of infectious diseases : Mendelian predisposition (Equipe Inserm U1163), Howard Hughes Medical Institute [New York] (HHMI), Howard Hughes Medical Institute (HHMI)-New York University School of Medicine, NYU System (NYU)-NYU System (NYU)-Rockefeller University [New York]-Columbia University Irving Medical Center (CUIMC), Royal Infirmary of Edinburgh, AD and NP were supported by the Wellcome Trust (grants 104,955/Z/14/Z, 218,242/Z/19/Z and 211,496/Z/18/Z) and TK by the BBSRC (grants BB/P011705/1 and BB/P023959/1), VSS is supported by UKRI Future Leader’s Fellowship (MR/S032304/1), J-LC is supported by Howard Hughes Medical Institute, Rockefeller University, St. Giles Foundation, Fisher centre for Alzheimer’s Research Foundation, Meyer Foundation, Square Foundation, Grandir - Fonds de solidarité pour l’enfance, SCOR Corporate Foundation for Science, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), University of Paris, National Institutes of Health (R01AI088364), French Foundation for Medical Research (EQU201903007798), FRM and French National Research Agency (ANR) GENCOVID project (ANR-20-COVI-0003), LA is supported by the Agence Nationale de la Recherche (ANR-10-IAHU-01, ANR-10-LABX-62-IBEID), TPP and WSB are supported by BBSRC grants BB/R013071/1 and BBSRC and the G2P-UK National Virology consortium (funded by MRC/UKRI, grant ref: MR/W005611/1), AT was supported by Roslin Institute Strategic Programme Grants from the BBSRC (BBS/E/D/10,002,070 and BBS/E/D/30,002,275) and Health Data Research UK (references HDR-9004and HDR-9003)., ANR-20-COVI-0003,GENCOVID,Identification des défauts monogéniques de l'immunité responsables des formes sévères de COVID-19 chez les patients précédemment en bonne santé(2020), ANR-10-IAHU-0001,Imagine,Institut Hospitalo-Universitaire Imagine(2010), ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010), Université Paris Cité, Equipe HAL, Identification des défauts monogéniques de l'immunité responsables des formes sévères de COVID-19 chez les patients précédemment en bonne santé - - GENCOVID2020 - ANR-20-COVI-0003 - COVID-19 - VALID, Instituts Hospitalo-Universitaires - Institut Hospitalo-Universitaire Imagine - - Imagine2010 - ANR-10-IAHU-0001 - IAHU - VALID, Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases - - IBEID2010 - ANR-10-LABX-0062 - LABX - VALID, and Wellcome Trust

Paul Palmquist-Gomes, Sigolène M Meilhac, Morphogenèse du cœur - Heart morphogenesis (Imagine - Institut Pasteur U1163), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Work in the Meilhac laboratory is supported by core funding from the Institut Pasteur and by state funding from the Agence Nationale de la Recherche under the ‘Investissements d’avenir’ program (ANR-10-IAHU-01). PPG is recipient of a Pasteur-Roux-Cantarini fellowship from the Institut Pasteur., and ANR-10-IAHU-0001,Imagine,Institut Hospitalo-Universitaire Imagine(2010)

Jean-François Le Garrec, Sigolène M. Meilhac, Ségolène Bernheim, Audrey Desgrange, Tobias Holm Bønnelykke, Imagine - Institut des maladies génétiques (IHU) (Imagine - U1163), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Morphogenèse du cœur - Heart morphogenesis (Imagine - Institut Pasteur U1163), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Collège Doctoral, Sorbonne Université (SU), This work was supported by core funding from the Institut Pasteur, state funding from the Agence Nationale de la Recherche under 'Investissementsd’avenir' program (ANR-10-IAHU-01), a grant from the ANR (16-CE17-0006-01) to S.M.M. and the MSD-Avenir fund (Devo-Decode project). A.D., S.B., and T.B. have benefited from a fellowship of the Fondation Lefoulon Delalande, the Société Française de Pédiatrie, and the Pasteur - Paris University (PPU) International PhD Program respectively, S.M.M. is an INSERM research scientist., ANR-10-IAHU-0001,Imagine,Institut Hospitalo-Universitaire Imagine(2010), ANR-16-CE17-0006,Heart_asymmetry,Asymétrie précoce requise pour l'alignement des chambres cardiaques : développement et pathologie(2016), CCSD, Accord Elsevier, Instituts Hospitalo-Universitaires - Institut Hospitalo-Universitaire Imagine - - Imagine2010 - ANR-10-IAHU-0001 - IAHU - VALID, Asymétrie précoce requise pour l'alignement des chambres cardiaques : développement et pathologie - - Heart_asymmetry2016 - ANR-16-CE17-0006 - AAPG2016 - VALID, Institut Pasteur [Paris]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Paris (UP), and Collège doctoral [Sorbonne universités]