Липиды – разнообразная и повсеместно распространённая группа соединений, которые выполняют многие ключевые биологические функции – являются структурными компонентами клеточных мембран, служат единицами хранения энергии и участвуют в путях передачи внутриклеточного сигнала. Липиды можно в широком смысле определить как гидрофобные или амфипатические небольшие молекулы, которые полностью или частично состоят из двух «строительных блоков»: кетоацильных групп и изопреновых единиц. Огромное структурное разнообразие липидов возникает в результате биосинтеза различных комбинаций этих строительных блоков. Например, глицерофосфолипиды состоят из основной цепи глицерина, связанной с одной из примерно 10 возможных полярных групп, а также с двумя жирными ацильными или, реже, алкильным цепями, которые, в свою очередь, могут иметь более 30 различных молекулярных структур. Так, в клетках млекопитающих было обнаружено несколько сотен различных молекулярных видов глицерофосфолипидов. Структурное разнообразие липидов грибов изучено значительно хуже. Определить совокупность всех молекулярных видов липидов в биологической системе помогает липидомика – крупномасштабное исследование структуры и функций полного набора липидов (липидома) в данной клетке или организме. Липидомика – относительно недавняя область исследований, которая была обусловлена быстрым развитием таких технологий как масс-спектрометрия (МС), спектроскопия ядерного магнитного резонанса (ЯМР), флуоресцентная спектроскопия. Разработан ряд методов липидомики, основанных на разных масс-спектрометрических подходах, включая направленные (целевые) подходы, например, MRM (Multiple Reaction Monitoring) – измерение нескольких заранее определённых реакций (в случае липидомики – молекулярных видов липидов), и ненаправленные (широкомасштабные) липидомные подходы, например, «shortgun» и SWATH (Sequential Window Acquisition of all Theoretical fragment-ion spectra – измерение спектров всех теоретических ионов-фрагментов при использовании последовательных окон пропускания). Особенностью SWATH-MS является разбиение всего диапазона масс на узкие интервалы (окна). После измерения общего масс-спектра всех компонент анализируемой липидной смеси не происходит отбор единичных родительских ионов для MS/MS фрагментации, вместо этого ионы-прекурсоры пропускаются в коллизионную ячейку большими окнами (в данной работе ширина окна составила 14 Da). После проведения эксперимента с помощью специальных программ проводится соотнесение между родительскими и дочерними ионами. Преимущества SWATH заключаются в получении высококачественных количественных данных, охватывающих множество соединений в широком динамическом диапазоне, воспроизводимости, высокой скорости сбора данных и простоте создания метода. Целью данной работы было оценить возможность применения метода SWATH масс-спектрометрии для изучения липидных профилей базидиальных грибов, богатых полиненасыщенными жирными кислотами. Объектом исследования был выбран штамм базидиального гриба Flammulina velutipes (Curt.:Fr.) Sing. (LE-BIN) 1483 из коллекции культур базидиомицетов Ботанического института им. В.Л. Комарова РАН. Штамм выращивали на сусло-агаре в виде поверхностной культуры при 25 °С в темноте в течение 7 суток. Колонию гриба F. velutipes разделили на 3 зоны: периферическую (около 1 см от края), для которой характерен полярный рост и неветвящиеся гифы, среднюю (около 1.5 см шириной) с переплетенными гифами и центральную (около 2 см в диаметре), где мицелий более дифференцированный и наблюдаются сферические агрегации гиф. Мицелий соскабливали для дальнейшей экстракции липидов. Экстракцию липидов проводили изопропанолом и изопропанолом-хлороформом (1:1) согласно Nickols et al. (1969), после чего выделяли из липидного экстракта отдельные классы фосфолипидов с помощью двумерной ТСХ по Bening et al. (1995). С помощью LC-MS/MS анализа методом SWATH проанализировали гетерогенное распределение молекулярных видов фосфатидилхолинов (ФХ) и фосфатидилэтаноламинов (ФЭ) в разных частях колонии F. velutipes. LC-MS/MS анализ проводили на Q-TOF масс-спектрометре LC-MS 9030 (Schimadzu, Япония). Обработку данных проводили в программе MSDIAL (RIKEN, version 4.60) (Tsugawa et al., 2020). Анализ данных SWATH позволил определить 29 молекулярных видов ФХ, содержащих жирные кислоты С14, С16, С18, С20 и С22 ряда, в меньшем количестве нечётные С15 и С17 кислотами – насыщенными или с 1–3 двойными связями. Профиль ФЭ отличался меньшим разнообразием и включал 14 молекулярных видов. Особенностью профилей ФХ являлось наличие одного доминирующего молекулярного вида – 18:2/18:2 ФХ, составляющего 50–60% от суммы всех молекулярных видов. В профилях ФЭ основные молекулярные виды были представлены 18:2/18:2 ФЭ, 18:2/18:3 ФЭ, 16:0/18:2 ФЭ, 16:1/18:2 ФЭ и 18:1/18:2 ФЭ. Обнаружено, что в краевой зоне грибной колонии накапливались 18:2/18:3 ФХ, 18:3/18:3 ФХ, 18:2/18:3 ФЭ и 18:3/18:3 ФЭ. Чтобы определить, по какому пути синтезируются ФХ и ФЭ у F. velutipes и отличается ли биосинтез молекулярных видов ФХ в разных зонах колонии, был поставлен эксперимент с меченными дейтерием предшественниками ФХ и ФЭ. Мицелий F. velutipes соскребли с поверхности агара и проикубировали в растворе с меченными дейтерием предшественниками фосфолипидов – D4-этаноламином и D9-холином в течение 12 часов, после чего проэкстрагировали липиды стандартным способом. Обработка данных SWATH-MS продемонстрировала надёжную идентификацию большинства D4- и D9-изотопов фосфолипидов при окне изоляции в 14 Da. Полученные данные свидетельствуют о включении меченого холина и отсутствии включения меченого этаноламина в ФХ, что позволяет сделать вывод о том, что биосинтез ФХ происходит преимущественно по пути Кеннеди, а не по пути метилирования. Таким образом, метод SWATH-MS достаточно надежно определяет существующее разнообразие молекулярных видов в выделенных классах фосфолипидов базидиальных грибов. Полное сканирование продуктов фрагментации в MS2 обеспечивает гибкость методов анализа полученных данных, например, выбор аддукта [M+H]+ или [M+Na]+ можно сделать после получения данных. Это снижает потребность в повторном сборе данных из-за заранее неучтённых соединений или аддуктов и повышает гибкость рабочего процесса обработки данных.