Search

Uvod: Cilj ovog istraživanja je bilo utvrđivanje granice detekcije odnosno Ct vrijednosti i broja kopija virusne RNA pomoću komercijalnog kontrolnog uzorka EURM-019 s poznatim brojem kopija kako bi se jasno mogli razlikovati pozitivni od negativnih rezultata SARS-CoV-2 metodom RT-qPCR te pouzdano izdavati rezultati testiranja. Materijali i metode: Komercijalni uzorak EURM- 019 s poznatim brojem kopija RNA od 107 kopija/ μL do 100 kopija/μL je korišten za potvrdu granice detekcije. Ukupno 54 uzorka brisa nazofarinksa pacijenata ; 29 očekivano pozitivnih i 25 očekivano negativnih uzoraka je analizirano prema određenoj granici detekcije. Izolacija virusne RNA napravljena je MagMAX Viral/Pathogen II Nucleic Acid Isolation Kit-om (Applied Biosystems) na uređaju za automatsku izolaciju nukleinskih kiselina KingFisher Flex (Applied Biosystems). Umnažanje SARS-CoV-2 je napravljeno na tri različite RT-PCR platforme: ABI7500 i QS5 (Applied Biosystems) i AriaMx (Agilent) Berlinskim protokolom detekcijom E i RdRp gena i komercijalnim kitom LiliF COVID-19 Real-time RT- PCR Kit detekcijom E, RdRp i N gena. Rezultati: Za određivanje granice detekcije, uz stopu detekcije veću od 95%, kao kriterij za pozitivan rezultat, postavljeno je da svi geni koji se mogu detektirati u PCR kitovima budu iznad praga osnovne fluorescencije s prisutnom krivuljom umnažanja. Utvrđena granice detekcije je bila 15 kopija/reakciji odnosno 3 kopije/μL i po Berlinskom protokolu i Lilifom, što je odgovaralo vrijednosti Ct 32 tj. Ct 31. Od 54 uzorka očekivano pozitivnih je bilo 29. Po postavljanju Ct < 32 tj. Ct < 31 po Berlinskom protokolu tj. Lilifu, 21 uzorak (21/29) je označen kao pozitivan rezultat za oba PCR kita, dok je 8 (8/29) uzoraka za oba kita bilo iznad Ct > 32 i rezultat je očitan kao negativan. Svi očekivano negativni uzorci bili su negativni. Zaključak: Postavljanje granice detekcije važno je za kvalitativne metode kao što je korištena RT-qPCR za razlikovanje SARS-CoV-2 pozitivnih od negativnih pacijenata te pouzdano izdavanje rezultata koji mogu smanjiti potrebu za re-testiranjem pacijenata.

Uvod: Za izolaciju DNA preporuča se svježi uzorak pune krvi. Hipoteza istraživanja je da se prinos, čistoća i/ili integritet DNA mijenjaju u različitim uvjetima pohrane. Cilj je ispitati utjecaj različitih uvjeta pohrane (temperatura i duljina pohrane) krvi na količinu i kvalitetu DNA. Materijali i metode: U pilot istraživanje su uključena 2 ispitanika kojima je krv uzorkovana u 6 Vacuette® K 3 EDTA spremnika (Greiner Bio-One), a DNA izolira- na kako slijedi: (i) odmah, (ii) nakon 1, 3, 7 i 15 dana pohrane na sobnoj temperaturi (ST), (iii) nakon 1, 3, 7, 15, 30 i 60 dana na 2-8 °C, (iv) nakon 15, 30 i 60 dana na - 20 °C. DNA je izolirana na kolonicama uz High Pure PCR Template Preparation Kit reagens (Roche). Prinos i čistoća su određeni mjerenjem apsorbancije na 260, 280 i 230 nm na DS-11 FX+ spektrofotometru (DeNovix Inc). Brojčana vrijednost integriteta (DIN) i veličina vrpce određeni su elektroforetski Genomic DNA ScreenTape reagensom na 4200 TapeStation System (Agilent Technologies). Genotipizacija MTHFR C677T mutacije je određena analizom krivulje taljenja na LightCycler v1.5 (Roche) uz TibMolbiol® reagens. Kriteriji prihvatljivosti uključuju sve navedeno: (i) prinos 3, 00-6, 00 μg, (ii) čistoću A260/A230 = 1, 8-2, 4 i (iii) A260/A260 = 1, 7-2, 0, (iv) integritet DIN ≥ 7, 0 i (v) veličinu vrpce > 48500 bp, (vi) uspješnost PCR umnažanja. Rezultati: Prinos je bio prihvatljiv za sve uvjete, osim kod pohrane na – 20 °C (< 3, 00 μg). Čistoća na A260/A280 je zadovoljavajuća za sve, dok su na A260/A230 neprihvatljivi uzorci izolirani nakon 30 i 60 dana na –20 °C (> 2, 4). Integritet i veličina vrpce nisu postignuti za uzorke izolirane nakon 7 i 15 dana na ST te 30 i 60 dana na 2-8 °C (DIN < 7, 0 ; vrpca < 48500 bp). U svim izolatima dobiveni su očekivani genotipovi (TT i CC). Zaključak: Dulja pohrana na ST i 2-8 °C dovodi do fragmentiranosti, a zamrzavanje rezultira manjim prinosom i smanjenom čistoćom DNA. Odabir uvjeta pohrane ovisit će o vrsti i specifičnosti primijenjenih metoda.

Uvod: U pandemiji COVID-19 pokazalo se da je jedan od mehanizama ulaska SARS-CoV-2 u stanice posredovan angiotenzin-konvertirajućim enzimima ACE i ACE2, čije varijante gena mogu utjecati na vezanje i ulazak virusa u stanice ili pojačati oštećenje zahvaćenih tkiva. Materijali i metode: U svrhu testiranja hipoteze o utjecaju varijanti ACE i ACE2 gena na težinu i tijek COVID-19 bolesti, ovim istraživanjem ispitali smo najčešće polimorfizme ACE i ACE2 gena (rs1799752, rs2285666, rs1978124 i rs3827466) u 231 nehospitalizirana bolesnika s blažim simptomima (djelatnici bolnice, medijan dobi 46 godina, 83% žena) i u 52 hospitalizirana bolesnika (sa teškim simptomima, medijan dobi 74 godine, 44% žena, od kojih je 22 preminulo). Pacijenti su podijeljeni u 2 skupine prema težini tijeka bolesti: A (asimptomatski, blagi i srednje teški tijek bolesti) nasuprot skupine B (teški i kritični simptomi). Između listopada i prosinca 2021., tijekom primitka na bolničko liječenje pacijentima je uzet bris nazofarinksa u svrhu testiranja na COVID-19. Alikvoti briseva čuvani su na + 4°C, i iz njih je izolirana stanična DNA (iz prisutnog epitela) te je učinjena genotipizacija (metodom real time PCR, LightCycler 1.5, Roche, Basel, Švicarska). Rezultati: Genotipizacijom ACE rs1799752, ACE2 rs1978124 i rs2285666 polimorfizma između ispitiva- nih skupina nisu utvrđene razlike, dok je za polimor- fizam ACE2 rs3827466 utvrđena značajna razlika iz- među kliničke slike bolesti za skupinu A (genotip AA: N = 40, AG: N = 84 i GG: N = 107) i skupinu B (genotip AA: N = 13, AG: N = 4 i GG: N = 35) ; chi-kvadrat, P < 0, 001. Razlika kliničke slike bolesti osobito je izražena u bolesnika mlađih od 60 godina A skupine (genotip AA: N = 35, AG: N = 76 i GG: N = 94) i B skupine (ge- notip AA: N = 0, AG: N = 0 i GG: N = 7) ; chi-kvadrat, P = 0, 019. Zaključak: Kako utjecaj ACE2 rs3827466 polimorfiz- ma na teži klinički tijek bolesti do sada nije eviden- tiran u sličnim istraživanjima, a u našem istraživanju veličina ispitivanih skupina nije ujednačena, ispitiva- nje je potrebno proširiti na veću skupinu bolesnika s težim kliničkim tijekom bolesti.

Drug-specific therapeutic approaches for colorectal cancer (CRC) have contributed to a significant improvement in the health status of patients. However, a great need to improve personalization of treatments based on genetic and epigenetic tumor profiles to maximize quality and efficacy while limiting cytotoxicity remains. Currently, CEA and CA 19- 9 are the only validated blood biomarkers in clinical practice. For this reason, laboratories are trying to identify new specific prognostic and, more importantly, predictive biomarkers for CRC patient profiles. Thus, the unique landscape of personalized biomarker data should have a clinical impact on CRC treatment strategies and molecular genetic screening tests should become the standard method for CRC diagnosis, as well as detection of disease progression.

Background: Diabetic ketoacidosis (DKA) represents a life-threatening acute diabetic complication attributed to type 1 diabetes. In the past decades, the presence of DK or even DKA has been increasingly recognized among patients with type 2 diabetes mellitus (T2DM). Aim of the Study: We aimed to analyze characteristics and mortality rate prognostic factors in patients with T2DM presenting with non- ketotic hyperglycemia (NKH), DK, and DKA. Methods: Population-based retrospective study at the Emergency Department of Clinical Hospital Center Sestre Milosrdnice, Zagreb, Croatia, was conducted. DKA was defined as plasma glucose >13.9 mmol/L, ketonuria >2+, and capillary blood bicarbonate levels

Kontinuirano uvođenje novih dijagnostičkih metoda i novih biomarkera uglavnom podrazumijevaju nove i složene laboratorijske procese. Otvoreni analitički sustavi poput elektroforetskih i kromatografskih sustava omogućavaju razvoj novih postupaka te uvođenje novih, klinički relevantnih biomarkera u različita klinička područja. Poznavanje takvih tehnika i fizikalno-kemijskih načela na kojima se te tehnike temelje osigurava svrhovitost, tj. stvarnu potrtrebu za odgovarajućim stručnjacima.

Introduction: Venous thromboembolic disease is one of the leading causes of morbidity and mortality in the developed world. Identification of hereditary factors of thrombophilia is contributing to a better understanding of the etiology and prevention of the disease. The aim of this study was to assess the prevalence of factor II G20210A, factor V Leiden, MTHFR C677T and PAI-1 5G/4G polymorphisms in healthy Croatian subjects and in patients with thromboembolism. Materials and methods: This prospective study included 106 healthy subjects and 100 thromboembolic patients who were consecutively admitted to the Intensive Care Unit, University Hospital "Sestre milosrdnice". Results: Heterozygotes for Factor V Leiden polymorphism were more frequent in the group of patients with the thromboembolic disease (16%) than in the control healthy subjects (2.9%), with OR 6.413 (1.807 - 22.758 ; P = 0.004). Allele and genotype frequencies of other studied polymorphisms did not differ between cases and controls. Conclusion: This study confirmed the association of factor V Leiden polymorphism with the development of the thromboembolic disease in Croatian population.

Laboratorijski informatički sustav (LIS) čine: informatička mreža, računalna oprema i software koji ga opslužuje. U zdravstvenim ustanovama poput bolnica, LIS je jedan od više informatičkih sustava (npr. radiologijski - RIS, mikrobiološki MIS i drugi informatički sustavi) koji su povezani s bolničkim informatičkim sustavom (BIS), a koji kroz njega pružaju i pohranjuju dijagnostičke podatke o bolesnicima. Različite tehnologije unutar LISa (povezanost dijelova sustava i laboratorijske opreme) i razlika u tehnologijama povezanosti sa vanjskim sustavima (npr. HZZO, HZJZ itd.) zahtijevaju standardizirani protokol komunikacije u razmjeni informatički strukturiranih podataka (o bolesnicima, pretragama, ili rezultatima nalaza). U Hrvatskoj je od 2001g u upotrebi svjetski prihvaćena standardizirana komunikacijska norma (HL7, verzija 3) koja zahtjeva razmjenu podataka između različitih sustava u obliku precizno definiranih poruka XML protokola. Prilikom nabave novog sustava LIS ili njegovih dijelova, nužno je voditi računa o stvarnim potrebama laboratorija, i t ona sljedećim razinama: na razini nužne funkcionalnosti, razini dodatnih nestandardnih mogućnosti te razini kompatibilnosti s postojećim ograničenjima povezivosti sa BISom, ili postojećim harwareom. Dodatne odlike dobrog izbora LIS su: jednostavnost korištenja, mogućnosti podrške proizvođača, niski troškovi nabave i održavanja ili nadogradnje, te pouzdanost tvrtke/proizvođača. Svaki novouvedeni LIS sustav prilikom puštanja u rad zahtjeva minimalne uvjete implementacije te njegovu prethodnu validaciju odnosno verifikaciju. Akreditacijska norma HRN EN ISO 15189 i zahtjev 5.10 Upravljanje laboratorijskim informacijama, pobliže propisuje te uvjete na razinama: općih zahtjeva, odgovornosti i ovlaštenja te upravljanja informatičkim sustavom. Opći zahtjevi propisuju osiguravanje pristupa u LIS svim djelatnicima putem mrežnog okruženja 24h dnevno, svih dana u godini. Razine pristupa definirane su kroz zahtjev o odgovornosti i ovlaštenjima. Propisuje se i nužnost pristupa u LIS samo putem prijave (korisničkim imenom i lozinkom), putem definiranih ovlaštenja i odgovornosti pristupa u pojedine dijelove LISa. Pristupanje LISu mora bilježiti vrijeme i podatak o osobi koja je pristupila. Razina zahtjeva norme koja se odnosi na upravljanje laboratorijskim informacijama, definira inicijalnu validaciju i verifikaciju cijelog ili dijela LIS sustava. Sustavi koji imaju dokument o validaciji od strane certificiranog proizvođača ne trebaju ga ponovno validirati, ali ga moraju verificirati. Sustavi kojima proizvođač nije certificiran ili su razvijeni vlastitim programerskim rješenjima prije upotrebe trebaju provesti opsežnu validaciju. Opsežna validacija uključuje propuštanje barem 50 (minimalno 20) uzoraka kroz svaki segment sustava, za različite spolne i dobne skupine bolesnika, za sve laboratorijske testove i sve radne procese kroz koje uzorci bolesnika prolaze. Rezultat validacije je dokument koji jamči da su svi segmenti svih LIS radnih procesa provjereni i vjerodostojno prenose informacije (od zadavanja bolesnika i testova do konačnog izdavanja nalaza u papirnatom ili elektroničkom obliku). Nadalje, LIS mora imati riješeno i testirano (dokumentirano) kvalitetno pohranjivanje (backup) arhive svih medicinskih podataka, treba biti zaštićen od neovlaštenog pristupa, osiguran od gubitka podataka (nepogode, kvarovi, provale i slično), smješten u odgovarajućim okolišnim uvjetima, te mora biti sukladan profesionalnim propisima za informacijske sustave.

Serotonin is regarded as one of the most important factors in modern psychiatry and a significant amount of research is associated with that neurotransmitter in some way. Serotonin transporter and its various polymorphisms are implied to be connected with various psychiatric disorders, mostly depression and suicide. In light of that fact, this review article will try to address new and current data regarding serotonin transporter polymorphisms and their association with depression. As this area of research in psychiatry is constantly growing and nowadays incorporates various other factors than was the case previously it was necessary to provide a brief overview of those factors. Therefore, data regarding serotonin transporter polymorphisms and its relation with gene- environment interactions, biological stress reactivity and personality traits and their possible combined effects on depression are discussed. No matter how big is the quantum of knowledge and research regarding serotonin, the only constant finding when analyzing the possible association of serotonin transporter polymorphism and depression are inconsistent conclusions. Therefore it can be concluded that molecular and neural mechanisms that underlie the interplay of genes, environmental adversity and personality traits that constitute disease risk remain incompletely understood. Due to these inconsistent conclusions, further genotyping of SLC6A4 and other genes is necessary, as well as studies performed on bigger samples of participants. Factors like life stress and environmental factors, which may contribute to increased vulnerability in susceptible individuals, should also be more extensively addressed as they may prove be the key to timely treatment and effective preventive strategies

Uvod: Kritične vrijednosti laboratorijskih rezultata zahtijevaju neodgodivo obavještavanje liječnika. lzvještavanje je prepoznato u strudnim standardima Hrvatske komore medicinskih biokemičara i HRN EN ISO 15189. Cilj: lspitati udio, vremenski okvir i odgovornost osoblja Kliničkog zavoda za kemiju KBC Sestre milosrdnice Zagreb u izvještavanju kritičnih rezultata koagulacijskih pretraga. Materijali i metode: lzvještavanje se evidentira pomoću Microsoft Access-ovog programa putem: osoba koje dojavljuju i primaju rezultat, jedinstvenog laboratorijskog broja, pretrage, rezultata, vremena dojave. Evidencija javljanja za period od 1. siječnja do 23. prosinca 2013. analizirana je uspoređivanjem s podacima iz laboratorijskog informacijskog programa, KLINLAB-a. Analizirana je: stručna sprema zaposlenika, pretraga i rezultat, vrijeme dojave u odnosu na vrijeme autorizacije rezultata. Budući da su najčešći izvještavani rezultati protrombinskog vremena (PV), načinjena je analiza provedenog izvještavanja u cjelovitom i 3 odabrana sedmodnevna intervala (svibanj, kolovoz, prosinac). Rezultati: Zabilježeno je izvještavanje za 441 bolesnika: 433/441 s kritičnim ; 8/441 s rezultatima koji nisu kritičnih vrijednosti. Magistri medicinske biokemije javili su 404/433 (93%), a tehničari/prvostupnici 29/433 (7%) kritičnih rezultata bez značajne razlike u vremenu (P= 0, 3724) izvještavanja. Prije završene autorizacije s liječnikom je prokomentirano 41/433 (9%) rezultata. Magistri medicinske biokemije javili su 93%tih rezultata, a 7% tehničari/prvostupnici. Nema razlike u vremenu izvještavanja obzirom na stručnu spremu, neovisno izvještava li se prije (P=0, 7064) ili poslije autorizacije (P=0, 2589). Najviše je javljenih rezultata za PV, 307/443 (69%). Liječnici su upozoreni na 3O7/873 (35%) rezultata s PV

BACKGROUND: Alpha1-antitrypsin (A1AT) is a plasmatic glycoprotein, primary inhibitor of the serine protease leukocyte elastase. It is highly polymorphic protein, and some variations within A1AT gene are associated with decreased serum concentrations or dysfunctional protein, causing A1AT deficiency. Besides common M allele, there are two most common disease associated alleles: Pi*S and Pi*Z. Patients with homozygous or compound heterozygous combination of Pi*S (codon E288V) or/and Pi*Z (codon E366K) alleles have low or insufficient A1AT concentration. That increases the risk for uncontrolled proteolytic damage in lower respiratory tract and developing chronic obstructive respiratory disease, or in the case of Z allele, of liver damage caused by inclusions of polymerized protein. METHODS: Methods used in our laboratory are in concordance with common laboratory procedure testing for A1AT deficiency and involves quantification of protein (immunoturbidimetry), genotyping (realtime PCR - melting curve analysis, LightCycler, Roche, Switzerland) of most common Pi*S and Pi*Z alleles and confirmation by phenotyping (semi-automated method of isoelectric focusing with immunofixation, Sebia, France). Here we present male patient, 42 years old, with symptoms of chronic obstructive respiratory disease for whom laboratory testing for suspected A1AT deficiency was requested. A1AT serum concentration (0.14 g/L) corresponded to determined PiZZ phenotype, but both was in discordance with genotyping results (Pi*S: M/M and Pi*Z: M/Z). RESULTS: All results were confirmed on repeated testing. This discrepancy between A1AT concentration, genotype, and phenotype could be consistent with the presence of a Z allele and a null allele (Z/null) that would not be detected by either phenotyping or genotyping. Determined PiZZ phenotype, however, is clinically more compatible with the low A1AT concentration and observed clinical symptoms than M/Z genotype. CONCLUSIONS: We concluded this case as genotyping method inability to detect rare deficient variant (possible null allele). Consistency of A1AT concentration with clinical symptoms and determined phenotype is considered sufficient for diagnostic purpose, although scientific proof of rare variant is still to be confirmed by A1AT gene sequencing.

Bolesnice s tumorom lijeve dojke, D/D genotipom za ACE i pozitivnom obiteljskom anamnezom za kardiovaskularne bolesti imaju veći rizik razvoja kardiotoksičnosti na terapiju trastuzumabom i stoga je kod takvih bolesnica potreban poseban obzir kod praćenja i liječenja.

Alzheimerova bolest (AD, engl. Alzheimer's disease) je neurodegenerativna bolest nepoznatog uzroka. Središnji živčani sustav izrazito je osjetljiv na oštećenja izazvana različitim kemijskim tvarima (neurotoksinima) pri čemu razina oštećenja uvelike ovisi o genetskoj osnovi učinkovitosti enzimskog sustava detoksifikacije. Glutation transferaze (GSTe) su višestruka (velika) genetska obitelj II. faze enzimske detoksifikacije i štite stanične makromolekule od citotoksina i karcinogena. Pi klasa GST (GSTP1) je najrasprostranjeniji nehepatički enzim. Cilj istraživanja bio je odrediti genetsku raspodjelu polimorfizma A313G petog eksona gena GSTP1 u zdravih ispitanika iz Hrvatske i ispitivanje moguće povezanosti polimorfizma s Alzheimerovom bolesti. Genotip A313G gena GSTP1 određen je metodom PCR-RFLP u kontrolnoj skupini zdravih ispitanika (n=180) i skupini ispitanika s Alzheimerovom bolesti (n=40). Klinička dijagnoza Alzheimerove bolesti potvrđena je nalazima neuropsiholoških, laboratorijskih i radioloških (kompjutorizirana tomografija) pretraga. Učestalost polimorfizma gena GSTP1 u zdravih hrvatskih ispitanika slična je literaturnim podacima za druge populacije. Analiza je pokazala prisustvo homozigotnog, mutiranog (GG) genotipa u 20% ispitanika s AD i 8% zdravih ispitanika. Heterozigotni (AG) genotip zabilježen je u 25% AD i 46% zdravih ispitanika. Zdravi (AA) genotip bio je utvrđen kod 55% AD i 46% zdravih ispitanika. Razlika u raspodjeli polimorfizma petog eksona gena GSTP1 između skupine ispitanika s AD i kontrolne skupine bila je statistički značajna (p=0.019). Također je nađeno statistički značajno povećanje rizika od Alzheimerove bolesti u ispitanika s homozigotnim, mutiranim (GG) genotipom (OD=2, 964, CI=1, 149-7, 646). Naši preliminarni rezultati upućuju na moguću povezanost polimorfizma A313G petog eksona gena GSTP1 s Alzheimerovom bolesti.

Background: Serotonin transporter is responsible for serotonin reuptake in the brain as well as other tissues . The most studied polymorphism is consisted of 44 base pairs deletion/insertion in the promoter region (5-HTTLPR) that classifies alleles into „short“ (S) or „long“ (L) variant . Short allele is associated with reduced transcriptional activity . Some previous family based studies support thesis of genetic basis of psychiatric disorders . According to previous research, this polymorphism is related to depression and other psychiatric disorders, as well as with response to selective serotonin reuptake inhibitors treatment . Genetic heterogeneity of population might cause misleading association between cases and controls in case- control studies . The aim of this study was to assess frequency of S and L alleles in Croatian population . Materials and methods: 307 healthy individuals of both sexes, (age 18 to 50) were included in this study . Their physical and psychical condition was assessed by physical examination, and MINI psychiatric interview for mental disorders exclusion . Genotyping was performed by simple PCR reaction followed by the gel electrophoresis which is used for separation of 375 bp (allele S) from 419bp (allele L) . Results: Genotype frequencies were in accordance with Hardy-Weinberg equilibrium (P = 0 .114) . L allele frequency is 59% and for S allele 41% . Frequency distribution for studied genotype is: LL – 37% ; LS – 44% ; SS – 19% . Conclusion: Based on Hardy – Weinberg equilibrium, investigated population is homogenous and reported genotype frequencies are in accordance to some other studies performed on European population