Search

Nükleik asit amplifikasyonu, enfeksiyonların, tümörlerin, genetik anormalliklerin tanısında ve adli tıpta en fazla kullanılan yöntemlerdendir. İzotermal amplifikasyon yöntemleri, Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PZR) metoduna göre sabit sıcaklıkta yapılmasıyla karmaşıklığı azaltır. Bu yöntemler, kullanılan enzim çeşitliliği, primerler, duyarlılıkları ile özgüllükleri bakımından farklılıklar göstermektedir. Bu derlemede izotermal amplifikasyon yöntemlerinden en sık kullanılanları, prensipleri, kullanım alanları ve getirdikleri yenilikler ele alınmıştır. Isothermal amplification of nucleic acid is one of the most commonly used methods to identify the infections, tumors, genetic abnormalities, and in forensic medicine. As isothermal amplification methods can be performed at one reaction temperature under simple conditions they are less complex in comparison to Polymerase Chain Reaction (PCR). These methods differ from each other with the diversity of enzymes, primers used, sensitivity and specificity. In this review, the most commonly used isothermal amplification methods, their principles, areas of use and innovations brought about are discussed.

Isothermal amplification of nucleic acid is one of the most commonly used methods to identify the infections, tumors, genetic abnormalities, and in forensic medicine. As isothermal amplification methods can be performed at one reaction temperature under simple conditions they are less complex in comparison to Polymerase Chain Reaction (PCR). These methods differ from each other with the diversity of enzymes, primers used, sensitivity and specificity. In this review, the most commonly used isothermal amplification methods, their principles, areas of use and innovations brought about are discussed., Nükleik asit amplifikasyonu, enfeksiyonların, tümörlerin, genetik anormalliklerin tanısında ve adli tıpta en fazla kullanılan yöntemlerdendir. İzotermal amplifikasyon yöntemleri, Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PZR) metoduna göre sabit sıcaklıkta yapılmasıyla karmaşıklığı azaltır. Bu yöntemler, kullanılan enzim çeşitliliği, primerler, duyarlılıkları ile özgüllükleri bakımından farklılıklar göstermektedir. Bu derlemede izotermal amplifikasyon yöntemlerinden en sık kullanılanları, prensipleri, kullanım alanları ve getirdikleri yenilikler ele alınmıştır.

Amaç: Bu çalışmada Çukurova Üniversitesi Tıp Fakültesi Çocuk Gastroenteroloji Polikliniği'ne dispeptik yakınmalarla başvuran hastalarda H. pylori enfeksiyonunun sıklığını bulmak ve genotip düzeyinde epidemiyolojik özelliklerini tespit edip, virulans faktörlerinin dağılımını, aile içi geçişinin önemini, ayrıca makrolid ve kinolon grubu antibiyotiklere direnç dağılımını göstermek amaçlanmıştır.Materyal Metod: Bu çalışmaya 13 Şubat 2015-1 Aralık 2016 tarihleri arasında dispeptik yakınmalarla başvuran 110 olgu alınmıştır. H. pylori pozitifliği tespit edilen olgulardan dispeptik yakınması olan ve üst gastrointestinal sistem endoskopisi erişkin gastroenteroloji tarafından yapılan 7 ebebeynde çalışmaya dahil edilmiştir. Gastrik biyopsi materyalinden H. pylori, histopatoloji, kültür ve glmM-PCR yöntemleri ile araştırılmıştır. PCR pozitif örneklerde vacA, cagA ve cagE genleri yine PCR ile araştırılmış, ayrıca kültürde izole edilen H. pylori suşlarının klaritromisin ve levofloksasin dirençlerini belirlemek için E-testi yapılmıştır. PCR-RFLP yöntemi ile de klaritromisin direncinden sorumlu tutulan A2142G ve A2143G nokta mutasyonları araştırılmıştır. H. pylori suşlarının olguların kliniklerine etkisi araştırılmış ve aile içi H. pylori geçişinin etkisi değerlendirilmiştir.Bulgular: Çalışmada, 110 çocuk hastanın 30'unda (% 27,3) H. pylori pozitif olarak saptandı. Olguların yaş ortalaması 12,2±4,39 (3-18 yaş) idi. % 65,5'i kız, % 34,5'i erkek idi. H. pylori pozitif hasta örneklerinin % 40'ında vacAs1, % 56,6'sında vacAs2, % 36,7'sinde cagA, % 23,3' ünde ise cagE pozitif idi. Olguların % 6,6'sında vacAs1+cagE birlikteliği, % 16,6'sında vacAs1+cagA+cagE birlikteliği ve yine %16,6'sında vacAs2+cagA birlikteliği saptandı. Çalışmamızda klinik bulgular ile H. pylori suşları arasında anlamlı ilişki saptanmadı.Kültürde H. pylori üretilebilen hastalardan sadece bir hastada (% 4,3) levoflaksasin direnci tespit edildi. Bu hastada genetik A2142G ve A2143G genetik mutasyonlarının her ikiside pozitif olarak bulundu. Hastaların 8'inde (% 34,7) klaritromisin direnci saptandı. A2142G mutasyonu pozitif saptananların tamamında, A2143G mutasyonu pozitif saptananların ise % 55'inde klaritromisin direnci gözlendi.Çalışmaya katılan çocukların ebeveynlerinde saptanan H. pylori ile suşları ile çocuklardaki H. pylori suşları birbilerinden farklı saptandı.Sonuç: H. pylori enfeksiyonu dispeptik yakınmaları olan çocukların yaklaşık üçte birinde pozitif saptanmıştır. Dispeptik yakınmalar ile başvuran çocuklarda ağırlıklı genotipin vacAs2 olduğu gözlenmiştir. Genetik mutasyonlardan A2142G ve A2143G genetik mutasyonlardan en az birine sahip olmak bile antibiyotiklere direnç potansiyeli taşımaktadır. Çocuklarda H. pylori standart üçlü tedavisinde kullanılan klaritromisine karşı yüksek oranda direnç saptanmıştır Aim: In this study, it was aimed to determine the frequency of H. pylori infections of patients applied to Çukurova University Medicine Faculty Children Gastroenterology Polyclinic with dyspeptic complaints and indicate the distribution of virulence factors, the importance of intrafamilial transmission, and also resistance to macrolide and quinolon group antibiotics by identifying epidemiological characteristics of them at the genotype level.Material Method: A total of 110 patients with dyspeptic complaints referred to hospital between 13 January 2015-1 December 2016 were included in the study. Of the cases, those with H. pylori positivity and dyspeptic complaint and 7 parents whose upper gastrointestinal system endoscopy was conducted by adult gastroenterology department were also involved in the study. H. pylori was searched by means of histopathological, culture and glmM-PCR methods. In the patients whose PCR was identified as positive, the determination of vacA, cagA and cagE genes was performed; in addition, E-test was performed to establish the resistance of clarithromycin and levofloxacin of H. pylori strains isolated in culture. A2142G and A2143G point mutations held responsible for clarithromycin resistance were identified with PCR-RFLP method. The effect of H. pylori strains on the clinics of cases was investigated and the impact of intrafamilial H. pylori trasmission was evaluated. Findings: In he study, H. pylori was established as positive in 30 (27,3%) out of 110 pediatric patients. The average age of the cases was 12,2±4,39 (ranging from 3-18). 65,5% were female, 34,5% were male. In 40% of H. pylori positive patient samples vacAs1, in 56,6% vacAs2, in 36,7% cagA, in 23,3% cagE were positive. In 6,6% of the cases vacAs1+cagE association, in 16,6% vacAs1+cagA+cagE association and in 16,6% vacAs2+cagA association were determined. No significant relationship was identified between clinical findings and H. pylori strains in the study. Levofloxacin resistance was only observed in one (4,3%) of the patients that could produce H. pylori in the culture. In the patient involved, both genetic mutations of A2142G ve A2143G were found as positive. In 8 patients (34,7%), clarithromycin resistance was established. In all patients whose A2142G mutation was determined as positive and in 55% those whose A2143G mutation was identified as positive, clarithromycin resistance was observed.H. pylori strains determined in the parents of pediatric patients involved in the study were established as different from H. pylori strains in the children.Result: H. pylori infection was determined as positive in approximately one third of children with dyspeptic complaints. In children applying to hospital with dyspeptic complaints, it was observed that vacAs2 is the mostly seen genotype. Of the genetic mutations A2142G ve A2143G, even having at least one of them carries a potential for resistance to antibiotics. High resistance was identified for clarithromycin used in the standard triple treatment of H. pylori in children 122

The aim of this study was to determine the prevalence and clonal typing of extended-spectrum beta-lactamase (ESBL)- producing Escherichia coli in healthy broilers in Turkey. Three hundred broiler cloacal samples were collected from various broiler slaughterhouses and inoculated on Levine agar plates supplemented with 2 μg/mL cefotaxime. Suspected strains were identified using a BBL Crystal Enteric/Nonfermenter ID Kit (Becton Dickinson, USA) and ESBL production was confirmed using an ESBL phenotypic confirmatory test. ESBL types were analyzed using PCR and sequencing. Pulsed field gel electrophoresis (PFGE) was performed with XbaI for the clonal typing of ESBL-producing E. coli isolates. While 33 phenotypic ESBL-producing E. coli isolates were identified, eight of them had only the blaTEM-1. Twenty-five ESBL-producing isolates were detected. This research is the first on the investigation and detection of ESBL-producing E. coli isolates from broilers in Turkey. In this study, 8.3% ESBL-producing E. coli were isolated from the cloacal samples of broilers collected from slaughterhouses in Turkey. CTX-M-15 (80%) was the most frequently isolated ESBL type. Using PFGE analysis, it was determined that these isolates had clonal similarity.

In this study, it was aimed to investigate the existence of ESBL and determine the resistance against various antibiotics of E. coli strains isolated from feces examples obtained from racing and jumping horses. One hundred E. coli isolates (racing: 37, jumping: 63) were analysed with 16 antibiotics by using the disc diffusion method and ESBL existence by fenotypic confirmatory test. The antibiotic resistance prevalences were compared between racing and jumping groups of horses. The highest resistance was obtained against tetracycline in both groups with 81.1% (30) in racing horses and 20.6% (13) in jumping horses. ESBL production has been determined in only 6 isolates among 100 E. coli isolates and all 6 ESBL positive isolates were isolated from the racing horses. In conclusion, the resistance prevalences to various antibiotics in racing horses were higher than jumping horses and ESBL production in the isolates from jumping horses was determined. The contamination of these agents in ecosystem could cause a potential risk factor for public health, Bu çalışma, düz yarış ve konkur atlarından alınan fekal örneklerden izole edilen Escherichia coli izolatlarının çeşitli antibiyotiklere direnç durumlarını belirlemek ve genişlemiş spektrumlu beta laktamaz (GSBL) varlığını araştırmak amacıyla yapıldı. Çalışmada izole edilen 100 E. coli (düz yarış: 37, konkur: 63) izolatının 16 antibiyotiğe karşı duyarlılıkları disk difüzyon yöntemiyle, GSBL varlığı ise fenotipik doğrulama testi ile belirlendi. Düz yarış ve konkur grupları arasında antibiyotik direnç oranları karşılaştırıldı. En yüksek antibiyotik direnci, düz yarış atlarında %81.1 (30/37) ve konkur atlarında %20.6 (13/63) oranlarında olmak üzere tetrasikline karşı belirlendi. Atlardan izole edilen 100 E. coli izolatının ise 6 (%6) tanesinde GSBL üretimi fenotipik olarak doğrulandı. GSBL pozitif izolatların tümü düz yarış atlarından izole edildi. Sonuç olarak, düz yarış atlarının fekal florasından elde edilen E. coli izolatlarında çeşitli antibiyotiklere direnç daha yüksek oldu ve bu izolatlarda GSBL üretimi belirlendi. Bu etkenlerin ekosisteme bulaşması halk sağlığı açısından potansiyel bir risk oluşturabilir

The aim of this study was to determine the prevalence and clonal typing of extended-spectrum beta-lactamase (ESBL)-producing Escherichia coli in healthy broilers in Turkey. Three hundred broiler cloacal samples were collected from various broiler slaughterhouses and inoculated on Levine agar plates supplemented with 2 μg/mL cefotaxime. Suspected strains were identified using a BBL Crystal Enteric/Nonfermenter ID Kit (Becton Dickinson, USA) and ESBL production was confirmed using an ESBL phenotypic confirmatory test. ESBL types were analyzed using PCR and sequencing. Pulsed field gel electrophoresis (PFGE) was performed with XbaI for the clonal typing of ESBL-producing E. coli isolates. While 33 phenotypic ESBL-producing E. coli isolates were identified, eight of them had only the blaTEM-1. Twenty-five ESBL-producing isolates were detected. This research is the first on the investigation and detection of ESBL-producing E. coli isolates from broilers in Turkey. In this study, 8.3% ESBL-producing E. coli were isolated from the cloacal samples of broilers collected from slaughterhouses in Turkey. CTX-M-15 (80%) was the most frequently isolated ESBL type. Using PFGE analysis, it was determined that these isolates had clonal similarity.

Eozinofilik özofajit, özofagus mukozasının eozinofil lökositler ile infiltrasyonudur. Çocuklarda nadir görülür ve bulguları gastroözofageal reflü ile benzerdir. Yutma güçlüğü nedeni ile çocuk cerrahisinde özofagus balon dilatasyonu uygulanan ve eozinofilik özofajit olduğu saptanan bu olgu disfajili çocuğa yaklaşıma dikkat çekmek amacı ile sunulmuştur. Toplam IgE=834 IU/mL ve spesifik IgE (-), Fx5 (-) negatif saptandı. Üst gastrointestinal sistem endoskopisinde özofagusun mukozasının soluk, yapısının sert, motilitesinin bozuk olduğu gözlendi ve birkaç adet milimetrik beyaz lezyonlar görüldü. Özofagus biyopsi materyallerinde mukozada eozinofil infiltrasyonun %60 oranında olduğu gözlendi. Olguya eozinofilik özofajit tanısı ile oral prednizolon 1 mg/kg/gün başlandı. Olgunun bir hafta sonraki poliklinik kontrolünde disfaji yakınmalarında belirgin düzelme olduğu ve birinci ay kontrolünde hiçbir yakınmasının olmadığı gözlendi. Disfaji ve reflü benzeri semptomlarda özellikle gastroözofageal reflü tedavisine yanıt alınamıyorsa eozinofilik özofajit tanısı mutlaka dikkate alınmalıdır. Eosinophilic Esophagitis is infiltration of esophagus mucosa by eosinophil leucocyte. It is rarely observed in children and the symptoms are similar to gastroesophageal reflux. This case, which was applied esophagus balloon dilatation in the pediatric surgery due to dysphagia and diagnosed eosinophilic esophagitis, was presented in order to attract attention to the approach to the child with dysphagia. Total IgE=834 IU/mL and specific IgE (-), Fx5 (-) was found negative. In the upper GIS endoscopy, it was observed that esophagus mucosa was pale, its structure was hard and its motility was disordered and a couple milimetric white lesions were observed as well. In the esophagus biopsy materials, it was observed that the eosinophil infiltration in the mucosa was 60%. With the diagnosis of Eosinophilic Esophagitis, the case was started on oral prednisolone 1 mg/kg/day. In the polyclinic control of the case after a week, it was observed that there was a significant decrease in the complaints about dysphagia and in the one-month control the complaints were all gone. In the symptoms similar to dysphagia and reflux, especially if the case is not responding to gastroesophageal reflux treatment, the diagnosis of Eosinophilic Esophagitis should absolutely be considered.

The objective of this study is to investigate of Brucella antibodies in dairy cattle, sheep and their breeders in Kırıkkale province. The study is performed in eight sheep and five dairy cattle farms between February and June 2010. Blood samples were taken from 20 animal breeders, 214 sheep and 100 dairy cattle from these farms. Rose Bengal Plate and Serum Agglutination tests were applied to blood samples for the determination of Brucella antibody. According to the test results, Brucella antibodies were determined in 13.5% of 214 sheep, and 5.1% of them sheep had antibody titer above 1/20.. Brucella antibodies were determined in 43% of 100 dairy cattle and 19% of them dairy cattle had antibody titer above 1/40. Also 45% of 20 animal breeders were found to be Brucella antibodies positive, and these breeders’ antibody titers were determined below from 1/160. As a result of this study, Brucella antibodies were determined in dairy cattle, sheep and their breeders in Kırıkkale province. The determination of Brucella antibodies is the indication of Brucella agent’s existence in the region. And animals that have high antibody titers, creates huge risk for human and unvaccinated animals., Bu araştırma Kırıkkale ve çevresinde bulunan süt sığırı, koyun ve yetiştiricilerde Brucella antikor varlığının araştırılması amacıyla yapıldı. Araştırma Şubat - Haziran 2010 tarihleri arasında Kırıkkale ili ve çevresinde bulunan sekiz koyun işletmesi ve beş süt sığır işletmesinde herhangi bir klinik belirti göstermeyen ve aşılama bilgisi bulunmayan 214 koyun, 100 süt sığırı ve bu işletmelerde çalışan toplam 20 yetiştiriciden alınan kan örneklerinde gerçekleştirildi. Araştırmada Rose Bengal Plate Test ve Serum Aglütinasyon testleri kullanıldı. Test sonuçlarına göre 214 koyunun %13.5’inde Brucella antikorları belirlenirken, %5.1’inde antikor titresi 1/20 ve üzeri bulundu. 100 süt sığırının %43’ünde Brucella antikorları belirlenirken, bunların %19’unda antikor titresi 1/40 ve üzeri bulundu. Araştırmada 20 hayvan yetiştiricisinin %45’inde Brucella antikorları belirlenirken bu yetiştiricilerin tamamında antikor titresi 1/160’ın altında bulundu. Sonuç olarak, Kırıkkale ili ve çevresinde yetiştirilen koyun ve sığırlar ile bu hayvanların yetiştiricilerinde Brucella antikorları tespit edilmiştir. Brucella antikorlarının belirlenmesi, bölgede bruselloz etkenlerinin bulunduğunun göstergesidir ve antikor titresi yüksek hayvanların insanlar ve aşısız hayvanlar için bruselloz riski oluşturduğu kanısına varılmıştır.

Bu çalışmada, inek sütü, inek uterus sıvabı, köpek kulak sıvabı, köpek deri sıvabı ve tavuk sinoviyal sıvı örneklerindenizole edilen toplam 50 Staphylococcus aureus suşu slaym faktör üretimi ve antibiyotik direnci yönünden incelendi.Suşların slaym üretimi Congo red agar ve standart tüp yöntemleri kullanılarak belirlendi. Elli S. aureus suşunun 21’i(%42) Congo red agarda, 18’i (%36) standart tüp yöntemi ile slaym pozitif olarak belirlendi. İki farklı yöntem arasındaistatistiksel olarak önemli bir farklılık bulunmadı (p>0.05). İzolatların antibiyotik dirençlerinin belirlenmesinde standart Etestyöntemi kullanıldı. İzolatlar arasında en yüksek direnç oranı penisilin G’ye (%20) karşı iken, bunu sefalotin (%16),oksasilin (%16) ve tetrasikline (%14) karşı direnç oranları izledi. Test edilen izolatlardan sadece biri (%2) enrofloksasinekarşı dirençliydi. Eritromisin, trimetoprim/sulfametoksazol, rifampin ve gentamisine karşı ise direnç tespit edilemedi.Slaym pozitif ve negatif suşların antibiyotik dirençleri karşılaştırıldığında, slaym pozitif suşlarda penisilin G, sefalotin veoksasiline karşı direnç önemli oranda yüksekti (p, In this study, a total of 50 Staphylococcus aureus strains isolated from bovine milk, bovine uterus swabs,dog ear swab, dog skin swab and chicken synovial fluid samples were examined in terms of slime factor productionand antibiotic resistance. The slime production of strains was determined by using Congo red agar and standard tubemethods. Of 50 S. aureus strains, 21 (42%) and 18 (36%) were determined as slime positive in the Congo red agarand standard tube methods, respectively. A significant difference was not found between two different methods(p>0.05). Standard E-test method was used to detect the antibiotic resistance of isolates. Among the isolates, thehighest resistance rate was against penicillin G (20%), followed by cephalothin (16%), oxacillin (16%) and tetracycline(14%). Only one (2%) of the tested strains was resistant to enrofloxacin. However, resistance to erythromycin,trimethoprim/sulfamethoxazole, rifampin and gentamicin were not determined in any strains. When the antibioticresistance of slime positive and negative strains was compared, resistance to penicillin G, cephalothin and oxacillinwas significantly high in slime positive strains (p

Bu derleme, son yıllarda yapılan çalışmalar ışığında Türkiye’de mastitisli ineklerden ve koyunlardan izole edilen stafilokoklarda antimikrobiyal direnç ile çiftlik ve pet hayvanlarında Metisiline Dirençli Staphylococcus aureus (MRSA)’ların değerlendirilmesi amacıyla hazırlanmıştır. Çiftlik hayvanlarında çeşitli antibiyotiklerin yaygın kullanımı, bu hayvanlardan izole edilen bakterilerde antimikrobiyal direncin ortaya çıkmasını, prevalansını ve yayılmasını artırmaktadır. Bu bakteriler, doğrudan temas veya bu hayvanlardan elde edilen ürünlerle dolaylı olarak insanlara geçebilmekte ve insanlarda antibiyotiklerin etkisini azaltabilmektedir. Türkiye’de sütçü ineklerdeki mastitis etkenlerinin antibiyotik direnciyle ilgili çok sayıda çalışma yapılmıştır. En yaygın mastitis etkeni Staphylococcus aureus ve koagülaz negatif stafilokoklar (KNS)’dır. Türkiye’de çeşitli bölgelerde kısıtlı sayıda bakterilerle yapılan çalışmalardan elde edilen sonuçlara göre mastitislerden izole edilen S. aureus’larda penisilin grubu antibiyotiklere direncin (penisilin %19-90.7) diğer ülkelere göre (penisilin %12.5-61) daha yüksek olduğu görülmektedir. Nozokomiyal ve toplum ilişkili enfeksiyonlar ile pet ve çiftlik hayvanlarında MRSA’ların önemi giderek artmaktadır. Türkiye’de bakterilerde artan antibiyotik direncinin önlenmesi için hayvan kaynaklı bakterilerdeki direnç durumunun gözlenmesini sağlayacak ulusal izleme programlarının oluşturulmasına ve bu bakterilerdeki direncin moleküler düzeyde araştırıldığı daha çok çalışmaya ihtiyaç bulunmaktadır. The aim of this review is to evaluate antimicrobial resistance of staphylococci isolated from cows and sheep mastitis and Methicillin Resistant Staphylococcus aureus (MRSA) in livestock and companion animals in the light of recent studies in Turkey. The widespread use of antimicrobial agents on livestock can cause the emergence, prevalence and spread of antimicrobial resistance in bacteria isolated from these animals. The antibiotic resistant of bacteria is transmitted to direct or through livestock products and reduced the efficacy of antimicrobial drugs in humans. A lot of studies on antibiotic resistance in bacteria isolated from dairy cows mastitis in Turkey have been published. Staphylococcus aureus and coagulase negative staphylococci (CNS) are the most common aetiological agents causing mastitis. In various regions of Turkey, according to the results obtained from studies carried on limited number of bacteria, resistance to penicillin group antibiotics (penicillin 19-90.7%) by S. aureus was higher than other countries (penicillin 12.5-61%). Methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) has become a pathogen of increasing importance in nosocomial infections, community-associated infections and pet and farm animals. Prevention of increasing antimicrobial resistance in bacteria needs national surveillance systems for antimicrobial resistance and molecular typing in bacteria isolated from food-producing animals.

Bu çalışmada, Kırıkkale merkez ve ilçelerinde bulunan ineklerde, subklinik mastitis olgularının prevalansının belirlenmesi, mastitise neden olan etkenlerin izolasyonu, identifikasyonu ve bunların antibiyotik direnç durumlarının saptanması amaçlandı. Çalışma kapsamında, 629 sağmal inekten alınan sütler California Mastitis Testi (CMT) ile muayene edildi. CMT pozitif bulunan 342 (%54.37) inekten alınan 836 adet süt örneğinin mikrobiyolojik olarak incelenmesi sonucunda 213’ünde (%25.47) etken izole edildi. İzole edilen etkenler Staphylococcus aureus (%28.17), Staphylococcus haemolyticus (%12.21), Staphylococcus simulans (%8.92), Streptococcus uberis (%8.45), Staphylococcus hominis (%4.22), Staphylococcus capitis (%3.75), Bacillus subtilis (%2.82) ve Mycoplasma spp. (%2.82) şeklinde sıralandı. İzole edilen tüm mikroorganizmalarda, en fazla direnç gözlenen antibiyotik kloksasilin oldu. Staphylococcus aureus ve koagulaz negatif stafilokoklarda (KNS) penisiline, streptokoklarda ise eritromisine karşı direnç ikinci sırada yer aldı. Vankomisine karşı herhangi bir direnç tespit edilmedi. Sonuç olarak; Kırıkkale’de Staphylococcus aureus’a bağlı subklinik mastitis oranının yüksek olduğu ve ekonomik kayıpların önüne geçilmesi için bu konuda daha fazla çalışmaya ihtiyaç olduğu ve yetiştiricilerin bilgilendirilmesi gerektiği tespit edildi. The aim of this study was to determine the prevalence of subclinical mastitis, to isolate and identify the agent causing mastitis, and to determine their antibiotic resistance in centrum and townships of the Kırıkkale. California Mastitis Test (CMT) was performed on 629 cows. A total of 836 milk samples from 342 CMT-positive cows (54.37%) were examined microbiologically. Pathogens isolated in 213 (25.47%) dairy cows samples. The isolated agents were Staphylococcus aureus (28.17%), Staphylococcus haemolyticus (12.21%), Staphylococcus simulans (8.92%), Streptococcus uberis (8.45%), Staphylococcus hominis (4.22%), Staphylococcus capitis (3.75%), Bacillus subtilis (2.82%) and Mycoplasma spp. (2.82%). Amongst all microorganisms that caused mastitis, the higest resistance was observed to be against cloxacilline. Resistance, at the second level, was observed against penicillin in Staphlococcus aureus and coagulase negative staphylococci (CNS), and against erythromycin in streptococci. There was no resistance against vancomycin. Consequently, it was concluded that the prevalance of the subclinical mastitis with Staphlococcus aureus is high in Kırıkkale and in order to avoid economic losses, more studies are needed on subclinical mastitis and more information should be given to farmers.

Bu çalışmada, sağmal ineklerden alınan süt, meme başı derisi ve burun mukozası sürüntü örneklerinden izole ve identifiye edilen stafilokok türlerinin küçük ve orta ölçekli işletmelerdeki dağılımı ve çeşitli antibiyotiklere direnç profillerinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Kırıkkale ve çevresinde bulunan ve rastgele seçilen 14 adet küçük ölçekli ve 5 adet orta ölçekli süt sığırcılığı işletmesinde bulunan 109 baş sağmal inekten örnekler alınmıştır. Alınan örneklerden stafilokokların izolasyon ve identifikasyonu için biyokimyasal testler ve ticari kit (Kristal Gram-Pozitif İdentifikasyon Kiti, Becton Dickinson, USA) kullanılmıştır. Stafilokokların çeşitli antibiyotiklere direnç özellikleri disk difüzyon metodu ile belirlenmiştir. Tüm izolatların metisilin direncini belirlemek için sefoksitin diski ve oksasilinli agar tarama plakları kullanılmıştır. Penisilin dirençli izolatların beta-laktamaz enzimlerinin varlığı ?-laktamaz (nitrocefin) identifikasyon çubukları (Oxoid) ile belirlenmiştir. Süt örneklerinden her iki işletme tipinde de %48 oranında Staphylococcus aureus izole edilmiştir. Elle sağımın yapıldığı küçük ölçekli işletmelerde ineklerin meme başı derisinden ve burun mukozalarından S. aureus izole edilirken makineli sağımın yapıldığı orta ölçekli işletmelerde meme başı derisinden ve burun mukozalarından S. aureus izole edilememiştir. Farklı antibiyotik gruplarına ait 11 adet antibiyotik kullanılarak yapılan direnç analizlerinde kaynağa bağlı olarak oransal farklılık (burun-süt, %19.5-49.5) göstermesine rağmen en yüksek oranda direncin penisiline olduğu tespit edilmiştir. Metisilin dirençli S. aureus izole edilememiştir. Penisilin dirençli izolatların %92.7’sinde (12) ?-laktamaz enziminin varlığı ortaya konulmuştur The purposes of this study were to determine antibiotic resistance patterns of Staphylococcus spp. from isolated from milks, swabs from teat skins and noses mucosas of bovine in small and middle scale dairy farms. The samples were obtained from 109 head cows, randomly selected, reared in 14 small scale and 5 medium scale dairy farms in Kırıkkale province. Isolation and identification of Staphylococci was made using biochemical tests and commercial micromethods (Crystal Gram-Positive İdentification Kit, Becton Dickinson,USA). Resistance of Staphylococci spp. to various antibiotics were tested using disc diffusion test. Methicillin resistance of Staphylococci were determined using cefoxitin disc and oxacillin agar. Creature of β-lactamase enzyme was detected using β-lactamase (nitrocefin) identification stics (Oxoid). Forty-eight percent Staphylococcus aureus were isolated from bovine’s milk samples in both small and medium scale dairy farms . S. aureus were isolated from in bovine’s teat skin and noses mucosa swabs samples in small scale dairy farms, while S. aureus were not isolated from those of in middle scale dairy farms. It was applied to determine resistance by using 11 antibiotics which were blank to different antibiotic groups. Although the levels of resistance differed in origin of bovine’ samples (noses mocosa- milk, between 19.5-49.5%), the highest percentage for resistance was obtained for penicillin. Methicillin resistant S. aureus was not isolated in this study. Of penicillin resistant Staphylococci, 92.7% (12) were found to be β-lactamase positive.

Bu çalışmada, ticari broyler işletmelerinden alınan svap/sürüntü örneklerinden (400 adet) Vankomisin Rezistans/Dirençli enterokokların (VRE) varlığı ve direnci gösteren vanA geni araştırıldı. İncelenen örneklerden sadece 1 tanesinden VRE izole edildi ve biyokimyasal testlerle Enterococcus faecium olarak tanımlandı. E-test (AB Biodisk, Solna, İsveç) ile vankomisin antibiyotiğinin minimum inhibisyon konsantrasyon (MİK) değeri 256 ?g/ml’den büyük olarak saptandı. Ayrıca, Polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) ile de vanA geni tespit edildi. In this study, the vanA gene indicating Vancomisin Resistance Enterococcus (VRE) was ascertained from swab samples (n400) collected from commercial broiler farms. VRE was isolated only from a single sample and identified as Enterococcus faecium by the biochemical tests. Minimum inhibitory concentration (MIC) of vancomycin was determined as >256 µg/ml by E-test. Furthermore, the vanA gene was detected by PCR.

The aim of this study was to determine susceptibility patterns of S. aureus strains (46 were isolated from bovine milk samples with mastitis, 35 from bovine teat skins, 3 from bovine noses, 3 from caretaker hands and 3 from caretaker noses) to various antibiotics by E-tets and was to define genotypic characteristics of these isolates by plasmid and Pulsed Field Gel Electrophoresis (PFGE) analyses. According to E-test results, the percentages of S. aureus isolates resistant to penicilin G, tetracycline, erythromycin, oxacilline and enrofloxacin were found to be 85.4% (82), 39.6% (38), 5.2% (5), 3.1% (3) and 1.0% (1), respectively. Nine different types were determined in the plasmid analyses of the isolates. In 87 (90.6%) of the isolates, 10 different types of plasmids with the sizes between 1.8 -19 kb were determined while no plasmid was detected from the 9 (9.4%) of the isolates. Genetic relationships among S. aureus isolates were performed using PFGE method and 42 distinct PFGE patterns were identified. Strains were assigned as 13 major lineage groups (A, B, C, D, E, F, G, H, I, J, K, L, M) with respect to the genetic relationships. 58.3% (56 samples) of strains were clustered as pulsotype A. In conclusion, according to plasmid analysis and PFGE data, a clone of S. aureus was broadly detected in dairy farms in Kırıkkale province, Bu çalışma, Staphylococcus aureus izolatlarının (46 mastitisli inek sütü, 35 inek meme başı derisi, 3 inek burun, 3 bakıcı el ve 9 bakıcı burun sürüntü örneğinden) E-test metoduyla çeşitli antibiyotiklere karşı duyarlılık profilleri ile plazmid ve Pulsed Field Gel Elektroforez (PFGE) analizleriyle genotipik özelliklerini belirlemek amacıyla yapıldı. E-test sonuçlarına göre, S. aureus izolatlarının penisilin G, tetrasiklin, eritromisin, oksasilin ve enrofloksasin dirençleri sırasıyla %85.4 (82), %39.6 (38), %5.2 (5), %3.1 (3) ve %1.0 (1) olarak belirlendi. Plazmid analizleri ile 9 farklı tipte plazmid profili belirlendi. Analizleri yapılan izolatların 87 (%90.6) tanesinde 1.8-19 kb arasında değişen büyüklükte on farklı plazmid belirlendi ve izolatların 9 tanesinde (%9.4) plazmid saptanamadı. PFGE tiplendirme verilerine göre S. aureus izolatları genetik yakınlık bakımından 42 farklı paterne ve 13 ana gruba (A, B, C, D, E, F, G, H, I, J, K, L, M) ayrıldı. İzolatların % 58.3’ü (56 adet) A pulsotipinde gruplandırıldı. Sonuç olarak plazmid analizleri ve PFGE verilerine göre, Kırıkkale ve çevresindeki süt sığırcığı işletmelerinde mastitislerden sorumlu yaygın bir S. aureus klonunun var olduğu görüldü

Increasing resistance due to extended-spectrum beta-lactamases (ESBLs) and multiple resistance mechanisms in gram-negative hospital isolates restrict the role of R-lactam antibiotics in empirical treatment of serious infections. As the prevalence of ESBL producing strains and resistance rates to antimicrobial agents can vary in each center, local surveillance studies are required to guide therapy. In this study, in vitro rates of resistance to ceftriaxone, ceftazidime, cefepime, imipenem, cefoperazone/sulbactam and piperacillin/tazobactam were evaluated in 1196 gram-negative hospital isolates in a multicenter in vitro study with the participation of six different centers in Turkey between the period of June 2004-January 2005. The isolates included Escherichia coli (n= 457), Klebsiella pneumoniae (n= 390), Pseudomonas aeruginosa (n= 194) and Acinetobacter baumannii (n= 155). In addition, frequency of ESBL production and types of enzymes were determined in blood isolates of E.coli and K.pneumoniae. MICs and ESBL production were investigated by E-test (AB Biodisk, Solna) and the results were evaluated by using CLSI breakpoints. PCR analysis was used for typing of the ESBLs. In E.coli, 26% and in K.pneumoniae 32% of the isolates were ESBL producers. Among the blood isolates of E.coli and K.pneumoniae, 31.7% and 33.3% produced ESBLs, respectively. CTX-M (71.4%) was the most prevalent enzyme, followed by TEM (49.4%) and SHV (46,7%) derived enzymes. CTX-M-15 (69.4%) was the most frequent CTX-M type in blood isolates followed by CTX-M-3 (28.6%) and CTX-M-1 (2%). Resistance to imipenem was not observed in E.coli isolates, however it was 1.3% in K.pneumoniae, 28.9% in P.aeruginosa and 52.2% in A.baumannii strains. Resistance to cefoperazone/sulbactam was found as 6%, 17.7%, 27.9% and 41.3% in E.coli, K.pneumoniae, P.aeruginosa and A.baumannii isolates, respectively, whereas resistance rates to piperacillin/tazobactam were 10.2%, 22.3%, 22.7% and 78.7%, respectively. These results indicate that ESBL production and rates of resistance to R-lactam antibiotics are high in hospital isolates of gram-negative bacteria in Turkey, however, they show variations in different hospitals and CTX-M enzymes are prevalent in these isolates.

Quinolone resistance mostly originates from chromosomal mutations. In recent years, however, plasmid-mediated quinolone resistance has been reported in several parts of the world. Plasmid-borne qnrA, qnrB, or qnrS genes are responsible for this kind of resistance. Little is known about the diversity, type, and species range of the qnr genes in Turkey. We screened qnrA, qnrB, and qnrS genes in quinolone-resistant blood culture isolates collected from six different medical centers in Turkey which produced extended-spectrum β-lactamases (ESBLs). Atotal of 78 ESBL-positive isolates were enrolled in this study. Of these, 37 (47.4%) were nalidixic-acid resistant or intermediate. qnrA was found on large plasmids isolated from five (6.4%) of the NalI/R isolates. In three of these, the same plasmid also carried blacCTX-M. Four of the qnrA-positive isolates were Klebsiella pneumoniae from Dokuz Eylul University Hospital, Izmir, and the fifth isolate was Escherichia coli from Istanbul University Hospital. Two of the isolates from Izmir were found by enterobacterial repetitive intergenic consensus sequpnce-PCR to be clonally related, This is the first report on the qnrA prevalence among ESBL-positive blood culture isolates collected from different regions in Turkey. According to our results, plasmid-mediated resistance is a potential problem for the spread of quinolone resistance, and this mechanism could be emerging strongly among the ESBL-positive Enterobacteriaceae in Turkey.

ÖZET Bu çalışmanın amacı bilgisayar destekli ortak çalışma ortamı tasarlamak ve uygulamaktır. Geliştirilen ortam sanal bir masaya benzetilebilir. İnsanlar bu masanın etrafına bilgisayarları aracılığı ile toplanırlar. Bunun için bütün makinaların internet protokolü olan TCP/IP ile bir ağa bağlı olmaları yeterlidir. Geliştirilen bu sistem yardımı ile farklı binalarda, farklı şehirlerde hatta farklı ülkelerde yaşayan çeşitli gruplardaki insanlar, fiziksel olarak bir arada bulunmadan da birlikte çalışmalar yürütebilirler. Böylece dünyanın çeşitli bölgelerindeki insanların bu masa ile interaktif olarak bilgi değişimi yapabilmesi sağlanır. Nesne yönelimli bir yaklaşımla tasarlanıp, uygulanan bu sistemin en büyük avantajı gelişmeye açık bir mimariye sahip olmasıdır. ABSTRACT The aim of this study is to design and implement a whiteboard system. The developed application can be thought as a virtual table. People gather around this table via their computers. The only requirement is that computers must connect to some network with Internet protocol which is TCP/IP. With the help of this system people from different socities in different buildings, different cities and different countries can collobarate remotely without physically meeting. Thus people around the world can exchange information by using this virtual table. Since this sytem is designed and implemented using object-oriented approach it has an expandable architecture. ÖZET Bu çalışmanın amacı bilgisayar destekli ortak çalışma ortamı tasarlamak ve uygulamaktır. Geliştirilen ortam sanal bir masaya benzetilebilir. İnsanlar bu masanın etrafına bilgisayarları aracılığı ile toplanırlar. Bunun için bütün makinaların internet protokolü olan TCP/IP ile bir ağa bağlı olmaları yeterlidir. Geliştirilen bu sistem yardımı ile farklı binalarda, farklı şehirlerde hatta farklı ülkelerde yaşayan çeşitli gruplardaki insanlar, fiziksel olarak bir arada bulunmadan da birlikte çalışmalar yürütebilirler. Böylece dünyanın çeşitli bölgelerindeki insanların bu masa ile interaktif olarak bilgi değişimi yapabilmesi sağlanır. Nesne yönelimli bir yaklaşımla tasarlanıp, uygulanan bu sistemin en büyük avantajı gelişmeye açık bir mimariye sahip olmasıdır. ABSTRACT The aim of this study is to design and implement a whiteboard system. The developed application can be thought as a virtual table. People gather around this table via their computers. The only requirement is that computers must connect to some network with Internet protocol which is TCP/IP. With the help of this system people from different socities in different buildings, different cities and different countries can collobarate remotely without physically meeting. Thus people around the world can exchange information by using this virtual table. Since this sytem is designed and implemented using object-oriented approach it has an expandable architecture. 50

Kanatlı Klamidiyozis'i; evcil ve yabani kuşlarda görülebilen, oldukça bulaşıcı, sistemik karakterde, zoonoz bir hastalıktır. Hastalık etkeni Chlamydia psittaci'dir. Etken; zoonoz bir karakter taşıdığı için, halk sağlığı yönüyle de önem arz eder. Gerçekleştirilen bu tez çalışması ile Ankara ve ilçelerinde aile yetiştiriciliği tarzında yetiştirilen kuşhanelerden toplanan 100 adet evcil güvercin dışkı örneğinde PCR ile C. psittaci etkeni varlığının (ompA geni) 2 farklı mevsimde araştırılması ve ompA geninin dizi analizi ile genotiplerinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Çalışma sonucunda bu 100 örnekten 6 örnekte (%6) C. psittaci ompA geni pozitif olarak bulunmuştur. Bu pozitif örneklerin 2'si Bala (1'i Aralık-Mart/kış, 1'i Haziran-Ağustos/yaz dönemi numunesi), 2'si Haymana (1'i Aralık-Mart/kış, 1'i Haziran-Ağustos/yaz dönemi numunesi), 2'si Gölbaşı (1'i Aralık-Mart/kış, 1'i Haziran-Ağustos/yaz dönemi numunesi) ilçelerinden olmak üzere aynı kuşhanelerden farklı mevsimlerde izole edilmiştir. Ayrıca izole edilen örneklerin Dünya veri bankası ile yapılan sekans analizleri karşılaştırıldığında; bütün izolatların % 100 genotip B, % 99 oranında da genotip E ile uyumlu olduğu görülmüştür. Avian Chlamydiosis, is a highly contagious, systemic zoonotic disease occuring in domestic animals and wild birds; where Chlamydia psittaci is the main agent. As this agent has a zoonotic character, it is also important for public health perspective. With this thesis study, it was aimed to investigate the presence of C. psittaci, from 100 domestic pigeon fecal samples collected from family breeding structured aviaries in Ankara and around regionds in 2 different seasons, were determined using PCR (ompA gene) and determine genotypes by sequence analysis of ompA gene. In the result of study, C. psittaci ompA was found to be positive in 6 samples (6%) of these 100 samples. Among these positive samples, 2 were from Bala (1 sample from December- March/winter, 1 sample from June-August/summer), 2 from Haymana (1 sample from December- March/winter, 1 sample from June-August/summer) and 2 were from Gölbaşı (1 sample from December- March/winter, 1 sample from June-August/summer); where the same agent was isolated in the same aviaries in different seasons. In addition when the sequence analysis of the isolated samples with the World database is compared; all isolates were found to be 100% genotype B and 99% genotype E. 60

Tez (Yüksek Lisans) -- Kırıkkale Üniversitesi ref. no : 10204708 119851 …

YÖK Tez ID: 615061 daha sonra doldurulacaktır daha sonra doldurulacaktır

YÖK Tez ID: 331454 Bu çalışmada Ankara?daki Hipodrom ve Konkur atlarından alınan dışkı örneklerinden izole edilen E. coli suşlarının çeşitli antibiyotiklere direnç durumlarını belirlemek ve GSBL varlığını araştırmak amaçlanmıştır. Bu amaçla elde edilen 100 E. coli (konkur: 63, hipodrom: 37) izolatının 16 antibiyotiğe karşı duyarlılıkları Disk Difüzyon yönteminden yararlanarak, GSBL varlığı fenotipik olarak analiz edildi. Hipodrom grubu ve Konkur grubu arasında antibiyotik direnç prevalansı karşılaştırıldı.Çalışmada konkur tesisindeki atlardan izole edilen 63 adet E. coli izolatında en yüksek direnç tetrasikline %20.6 (13), Hipodromdaki atlardan izole edilen 37 adet E. coli izolatında da en yüksek direnç tetrasikline %81.1 (30) karşı tespit edildi. Toplam 100 attaki GSBL prevalansı %6 (6) olarak tespit edildi. In this study, it is aimed to research the existance of ESBL and determine the resistance of E. coli strains isolated from feces examples obtained from horses located in Ankara Race Track and from show jumping horses in Ankara, against various antibiotics. In this aim, the sensitivity of 100 E. coli isolates are analysed against 16 antibiotics by using the Disc Diffusion method and also the ESBL existance has been analysed phenotypicly. The antibiotic resistance prevalence has been compared between race track group horses and show jumping group of horses. In this study, in 63 of E. coli isolates isolated from show jumping horses, the highest resistance against tetracycline is determined as 20.6% (13), whereas in 37 E. coli isolates isolated from race track horses, the highest resistance against tetracycline is determined as 81.1% (30). The total prevalance of ESBL in 100 horses has been determined as 6% (6).

Tez (Yüksek Lisans) -- Kırıkkale Üniversitesi 89944 …