Search

Forty-five thermophilic streptomycetes were isolated from different habitats and examined for 163 unit characters with 8 representative thermophilic type strains, 29 reference strains and 16 randomly selected duplicated organisms for many phenotypic properties. The data were evaluated using the simple matching coefficients (SSM), and clustering achieved using the complete algorithm. It was clearly seen that the high cophenetic correlation, low test error values and high similarity level agreed with the defined numerical taxonomic criteria. The test strains were assigned to four aggregate groups consisting seven major (5-8 strains), nine minor (2-4 strains) and ten single membered clusters. It can be concluded that the numerical taxonomic studies yielded valuable information on the biodiversity of biotechnologically significant thermophilic streptomycetes from natural habitats.

Batch grown cultures of Rhodococcus ruber from different growth phases and continuous grown cultures from carbon, phosphate and magnesium limitation were analysed by pyrolyis mass spectrometry (PyMS). Batch grown cells showed significantly different pyrograms and the stationary phase cells could be clearly distinguished from exponential phase cells. Mass pyrograms of carbon, phosphate and magnesium limited cells were clearly different and, for carbon and phosphate limitation, clear trends were seen with different dilution rates. Changes in pH and temperature had no systematic effect on mass pyrograms.

OmpC ve OmpF porin proteinlerinin farklı çevresel şartlarda Escherichia coli’nin yaşamında önemli bir rol oynamasına rağmen sentezi üzerine farklı çevresel şartların etkisi ve mekanizması henüz tam olarak bilinmemektedir. Bu çalışmada zengin besiyeri olarak nutrient brot besiyerinde üretilen E. coli’nin OmpC ve OmpF porin sentez düzeyi ve bu sentezin kontrolünde EnvZ, OmpR, H-NS, AcP ve RpoS’nin rolü araştırılmıştır. E. coli’nin envZ, ompR, hns, pta ve rpoS gen bölgelerinin mutasyona uğratılmasının besiyerinde üreme açısından yabani tipe göre bir değişim göstermediği belirlenmiştir. Protein sentezinde ise üreme süresince OmpC sentezi artarken, OmpF sentezi oldukça azalmıştır. Yabani tip E. coli’ye göre özellikle rpoS mutantında OmpF, pta mutantında ise OmpC nin oldukça yüksek olduğu tespit edilmiştir. EnvZ’nin porin sentezi için oldukça önemli olduğu, OmpR’nin olmadığı durumda sentezin gerçekleşmediği belirlenmiştir. hns mutasyonunda ise OmpC ve OmpF sentezinin hafifçe arttığı belirlenmiştir.OmpC ve OmpF porin proteinlerinin farklı çevresel şartlarda Escherichia coli’nin yaşamında önemlibir rol oynamasına rağmen sentezi üzerine farklı çevresel şartların etkisi vemekanizması henüz tam olarak bilinmemektedir. Bu çalışmada zengin besiyeriolarak nutrient brot besiyerinde üretilen E.coli’nin OmpC ve OmpF porin sentez düzeyi ve bu sentezin kontrolünde EnvZ, OmpR, H-NS, AcP ve RpoS’nin rolü araştırılmıştır. E. coli’nin envZ, ompR, hns, pta ve rpoS gen bölgelerinin mutasyona uğratılmasının besiyerinde üreme açısındanyabani tipe göre bir değişim göstermediği belirlenmiştir. Protein sentezindeise üreme süresince OmpC sentezi artarken, OmpF sentezi oldukça azalmıştır.Yabani tip E. coli’ye göre özellikle rpoS mutantında OmpF, pta mutantında ise OmpC nin oldukçayüksek olduğu tespit edilmiştir. EnvZ’nin porin sentezi için oldukça önemliolduğu, OmpR’nin olmadığı durumda sentezin gerçekleşmediği belirlenmiştir. hns mutasyonunda ise OmpC ve OmpFsentezinin hafifçe arttığı belirlenmiştir., Although OmpC and OmpF porin proteins have important role to play in the survival of Escherichia coli under different environmental conditions, mechanisms and the influence of different environmental conditions on porin expression is not as well known. In this study, we tried to investigate the role of EnvZ, OmpR, H-NS, AcP and RpoS molecules on control of E. coli OmpC and OmpF porin expression to grown in nutrient broth as a rich medium. It were determined that E. coli strains carrying mutations in the envZ, ompR, rpoS, pta and hns genes showed not significant difference according to wild type point of view grown at nutrient broth. During grown in nutrient broth, While wild type E. coli OmpC expression was increased, OmpF expression was greatly reduced. It were determined that especially increased OmpF porin expression in rpoS mutant E. coli and OmpC porin expression in pta mutant E. coli according to wild type E. coli. There was no expression of ompC and ompF in the ompR mutant. The expression of ompC and ompF in the hns mutant was inconsiderably increased compared to the wild type E. coli.AlthoughOmpC and OmpF porin proteins have important role to play in the survival of Escherichia coli under differentenvironmental conditions, mechanisms and the influence of differentenvironmental conditions on porin expression is not as well known. Inthis study, we tried to investigate therole of EnvZ, OmpR, H-NS, AcP and RpoS molecules oncontrol of E. coli OmpC and OmpFporin expression to grown in nutrient broth as a rich medium. It weredetermined that E. colistrains carrying mutations in the envZ,ompR, rpoS,pta and hns genes showed not significant difference according towild type point of view grown at nutrient broth. During grown in nutrientbroth, While wild type E. coli OmpCexpression was increased, OmpF expression was greatly reduced. It were determined that especially increasedOmpF porin expression in rpoS mutant E. coli and OmpC porin expression in pta mutant E. coli according to wild type E.coli. There was no expression of ompC and ompF in the ompR mutant.The expression of ompC and ompF inthe hns mutant was inconsiderablyincreased compared to the wild type E.coli.

Tez (yüksek lisans) -- Ondokuz Mayıs Üniversitesi, 1989 Libra Kayıt No: 35752 Bu çalışmada , Orta KaradenizBölgesi (Ünye-Alaçam) kıyı kumullarının vejetasyonu araştırılmış ve BRAUN - BLANQUET (1932) metoduna göre vejetasyon , bitki birlikleri halinde aşağıdaki gibi sınıflandırılmıştır. -Elymus elongatus subsp. elongatus birliği, - Eryngium maritimum - Euphorbia paralias birliği, - Ammophila arenaria subsp. arundinacea birliği , - Pancratium maritimum birliği, - Euphorbia terracina birliği, - Sophora alopecuroides var. alopecuroides - Glycyrrhiza glabra var. glabra birliği , -Cionura erecta birliği , - Hippophae rhamnoides subsp. caucasica birliği, - Juncus littoralis birliği.

Ill OKTA KARADMİZ BÖLGESİ KIYI KUMULLARIÎOT VEJETASYONU ÜZERİME FİTOSOSYOLOTİK BİR ARAŞTIRMA ÖZET Bu çalışmada, Orta Karadeniz Bölgesi (Ünye-Alaçam) kıya kumullarının vejetasyonu araştırılmış ve BRAUH - BLANQUET (1932) metoduna göre vejetasyon, bitki birlikleri halinde aşa ğıdaki gibi sınıflandırılmıştır; - Elymus elongatus subsp. elongatus birliği,. Eryngium maritimum-Euphorbia paralias birliği, - Ammophila arenaria subsp, arundinacea birliği, - Pancratium mari timum birliği, - Euphorbia terracina birliği, - Sophora alopecuroides var. alopecuroides-Glycyrrhiza glabra var. glabra birliği, - Ci onura ere c ta birliği, - Hippophae rhamnoides subsp; caucasica birliği, - juncus littoralis birliği; 17 A PHYTOSOCIOLOGICAL RESEARCH Off THE COASTAL DUKE OP THE CENTRAL BLACK SEA REGİOH ABSTRACT In this study, the vegetation of coastal dune of Central Black Sea Region (from Ünye to Alaçam) was studied and accor ding to BRAOTT-BLAUQuET (1932) method, the vegetation has been classified in respect of plant associations as following; - Elymus elongatus subsp. elongatus association, - Eryngium mari timum-Euphorbia paralias association, - Amaophila arenaria subsp. arundinacea association, - Pancratium maritimum association, - Euphorbia terra cina association, - Sophora alopecuroides var. alopecuroides-Glycyrrhiza glabra var. glabra association, - Cionura erecta association, - Hippophae rhamnoides subsp. caucasica association, - Juncus littoralis association. 55

Tez (doktora) -- Ondokuz Mayıs Üniversitesi, 2011 Libra Kayıt No: 74593 Tez çalışmasında fekal kirliliğin en önemli göstergesi sayılan ve insan sağlığı açısından oldukça önemli olan Escherichia coli' nin, akuatik ortamdan belirlenmesinde mevcut geeneksel yöntemlere alternatif olarak hızlı, ekonomik ve duyarlı bir E. coli biyosensör geliştirilmesi amaçlanmıştır. Bu amaç doğrultusunda geliştirilen E. coli biyosensörler, polinoklonal E. coli antikoru, farklı nanopartiküller ve modifiye grafitler kullanılarak hazırlanan immünoaktif tabakanın, polimerik/kompozit bir membran yüzeyine immobilizasyonu sağlanarak hazırlanmıştır. Geliştirilen her bir E. coli biyosensörün seçiciliği, tekrarlanabilirliği, tayin limiti, kullanılabilirlik ömrü, cevap zamanı gibi potansiyometrik performanslarını niteleyen özellikler belirlenerek E. coli’nin tayini araştırılmıştır. Özellikle, gıda ve suyoluyla bulaşan, hemorajik kolit ve hemolitik üremik sendromla ilişkili olduğu bilinen ve 2-2000 arasındaki düşük dozlarda bile enfeksiyona neden olabilme özelliğine sahip E. coli O157:H7 suşunun tespiti için çalışmalar yapılmıştır.Geliştirilen E. coli biyosensörler arasından daha duyarlı ve dikkat çekici potansiyel farklar sergileyen E. coli biyosensörlerle Samsun ilinde bulunan Kürtün ve Mert ırmaklarının denize bağlandıkları noktalardan, Samsun Limanından ve Atakum ilçesinde bulunan yapay bir göletten alınan su örneklerinde E. coli tayini için kullanılmıştır. Elde edilen sonuçlar, klasik koloni sayım yöntemi ile elde edilen sonuçlarla desteklenmiştir.

Tez çalışmasında fekal kirliliğin en önemli göstergesi sayılan ve insan sağlığı açısından oldukça önemli olan Escherichia coli'nin, akuatik ortamdan belirlenmesinde mevcut geeneksel yöntemlere alternatif olarak hızlı, ekonomik ve duyarlı bir E. coli biyosensör geliştirilmesi amaçlanmıştır. Bu amaç doğrultusunda geliştirilen E. coli biyosensörler, polinoklonal E. coli antikoru, farklı nanopartiküller ve modifiye grafitler kullanılarak hazırlanan immünoaktif tabakanın, polimerik/kompozit bir membran yüzeyine immobilizasyonu sağlanarak hazırlanmıştır. Geliştirilen her bir E. coli biyosensörün seçiciliği, tekrarlanabilirliği, tayin limiti, kullanılabilirlik ömrü, cevap zamanı gibi potansiyometrik performanslarını niteleyen özellikler belirlenerek E. coli'nin tayini araştırılmıştır. Özellikle, gıda ve suyoluyla bulaşan, hemorajik kolit ve hemolitik üremik sendromla ilişkili olduğu bilinen ve 2-2000 arasındaki düşük dozlarda bile enfeksiyona neden olabilme özelliğine sahip E. coli O157:H7 suşunun tespiti için çalışmalar yapılmıştır.Geliştirilen E. coli biyosensörler arasından daha duyarlı ve dikkat çekici potansiyel farklar sergileyen E. coli biyosensörlerle Samsun ilinde bulunan Kürtün ve Mert ırmaklarının denize bağlandıkları noktalardan, Samsun Limanından ve Atakum ilçesinde bulunan yapay bir göletten alınan su örneklerinde E. coli tayini için kullanılmıştır. Elde edilen sonuçlar, klasik koloni sayım yöntemi ile elde edilen sonuçlarla desteklenmiştir. In this study, it was aimed to develop a fast, economical and sensitive Escherichia coli biosensor alternative to the conventional methods in aquatic media. E. coli which is considered the most important indicator of fecal pollution and very important in terms of human health. Through this aim, the E. coli biosensors were developed by immobilization of an immunoactive layer composed of polyclonal E. coli antibody, different nanoparticles and modified graphite, to a polymeric/composite membrane surface. E. coli determination was examined for every E. coli biosensor developed by identification of the potentiometric performances such as selectivity, repeatability, determination limit, utilization time and response time. In particular, food and waterborne transmitted hemorrhagic colitis and hemolytic uremic syndrome, known to be associated with and capable of causing infection, even at low doses between 2-2000 Escherichia coli O157:H7 strains have been studied for the determination.E. coli biosensors that the more sensitive and exhibit striking potantional differences were used to the E. coli determination in water samples taken from Mert and Kurtun rivers point connected to sea in Samsun, Samsun harbor and an artificial pond in Atakum district. The results obtained with conventional colony count method supported by the results obtained. 160

IFARKLI DALGA BOYLU IŞINLARIN ETKİSİNDE FOTOSENSİTİZASYONUNKARA DENİZ SUYUNDA E.coli ve S.typhimurium'UN YAŞAMINA VEOKSİDATİF ENZİM AKTİVİTESİ ÜZERİNE ETKİLERİNİN ARAŞTIRILMASIÖZETBu çalışmada, farklı dalga boyunda ışık kaynaklarının etkisi altında birfotosensitizerin varlığında veya yokluğunda Escherichia coli ve Salmonellatyphimurium bakterilerinin yaşamında, oksidatif stres enzimlerinde ve lipitperoksidasyonunda meydana gelen değişim araştırılmıştır. Beyaz, mavi, yeşil,kırmızı ve UV-A'nın ışık kaynakları altında yapılan çalışmada, bakterilerin enfazla UV-A'dan etkilendiği görüldü. Bunun yanında görünür dalga boyu ışıkkaynakları arasında, metilen mavisinin bulunduğu veya bulunmadığı ortamdaise bakteri yaşamında en fazla kırmızı ışığın etkili olduğu bulunmuştur.Deniz suyuna metilen mavisi ilavesinin, doğal deniz suyu ilekarşılaştırıldığında bakterilerin sayısında daha fazla azalmaya sebep olduğugörülmüştür. Aynı şartlar altında, bakterilerin koloni sayılarında oldukça önemliazalmalar görülürken, solonum yapan bakteri sayısının koloni sayısından dahayüksek olduğu belirlendi. Sonuç olarak bakterilerin bütün ışık kaynaklarınınetkisi altında dormanta girdiği yapılan sayımlarla belirlenmiştir. Üstelik buçalışma, aynı çevresel şartlar altında S.typhimurium'un E.coli'den daha uzunsüre yaşamına devam ettiğini göstermiştir. Bu ilginç bir bulgudur, çünküEscherichia coli Salmonella typhimurium gibi patojen bakteriler içinde indikatörolarak kabul edilmektedir. Fakat burada bulunan sonuçlar bu yaklaşımıdesteklememektedir.Bu çalışmalara ilave olarak, katalaz, süperoksit dismutaz, glutationperoksidaz ve glukoz-6-P-dehidrogenaz gibi oksidatif stres enzimlerindemeydana gelen değişimlerde araştırılmıştır. Bütün sonuçlar, enzimaktivitelerinin ilk 1-2 saat içinde artış gösterdiğini fakat daha uzun zamanperiyodu esnasında önemli azalmalar olduğu tespit edilmiştir. Metilen mavisininbulunduğu ortamda beyaz, mavi ve yeşil ışık kaynaklarının etkisi altında 32saatte, kırmızı ışığın etkisi altında 16 saatte ve UV-A'nın etkisi altında ise 10saatte enzim aktivitelerinde önemli azalmalar olduğu görülmüştür. Diğer taraftanIImetilen mavisinin bulunmadığı ortamda ise bakterilerin beyaz, mavi ve yeşil ışıkkaynaklarının etkisi altında 72 saatte, kırmızı ışık kaynağının etkisi altında 24 veUV-A'nın etkisi altında ise 15 saatte enzim aktivitelerinde birbirine yakınazalmalar olduğu belirlenmiştir. Burada enzim aktivitesinde meydana gelenazalmanın, metilen mavisinin bulunduğu ortamda ışığın etkisiyle daha fazlamiktarda toksik serbest radikalin ortaya çıkmasına bağlı olduğu görülmektedir.Oksidasyon esnasında bakterilerde meydana gelen en önemli etkilerdenbiri de lipit peroksidasyonudur. Metilen mavisinin bulunduğu ortamda beyaz,mavi ve yeşil ışık kaynaklarının etkisi altında bakterilerin her ikisinde de 24saatte lipit peroksidasyonunda önemli artışlar olduğu, bunun yanında kırmızıışığın etkisi altına 12 ve 16 saatte ve UV-A'nın etkisi altında 6 saatte lipitperoksidasyon miktarında önemli artışlar olduğu görülmüştür. Diğer taraftanmetilen mavisinin bulunmadığı ortamda lipit peroksidasyon seviyesinin metilenmavisi ilave edilenden daha az olduğu bulunmuştur.Bakteriler 5, 10, 20 ve 30 gün açlıkla ön muameleye bırakılmıştır. Dahasonra ise oksidatif stres üzerine ön muamelenin etkisi araştırılmıştır. Farklı ışıkkaynaklarının etkisi altında her iki bakteri örneğinin 10, 20 ve 30 gün açlıkla önmuamele edildikten sonra oksidatif strese daha dayanıklı olduğu belirlenmiştir.Anahtar Kelimeler: Deniz suyu, Oksidatif stres, Açlık stresi, Katalaz, Süperoksitdismutaz, Glutation peroksidaz, Glukoz-6-P-dehidrogenaz,Metilen mavisi, Dormansi IIITHE EFFECT OF PHOTOSENSITIZATION ON SURVIVAL AND OXIDATIVEENZYME ACTIVITY OF Escherichia coli AND Salmonella typhimurium UNDERDIFFERENT WAVELENGHT LIGHT SOURCES IN SEAWATERABSTRACTIn this study, an alteration of survival, oxidative enzymes activity and lipidperoxidation in Escherichia coli and Salmonella typhimurium under the effect ofdifferent wavelength were investigated with the presence and absence ofphotosensitizer. Among the light sources such as white, blue, green, red andUV-A, UV-A was the most efficient light. Moreover, among the visible lights, redlight was found as the most effective on bacterial survival with the presence andabsence of methylene blue. The addition of methylene blue to the sea water ledto more reduction in number of bacteria compare to natural sea water. Underthe same conditions, although number of colony forming unit was declined, thenumber of respiring cell was found higher than colony count. These resultsmean that, all tested light sources resulted in some bacteria entering dormantstate.Moreover, this study showed that Salmonella typhimurium survived longerthan Escherichia coli under the same environmental conditions. This is aninteresting finding, because Escherichia coli is accepted as indicator forpathogene bacteria such as Salmonalla typhimurium. However, the presentresults did not support this approach.In adition, activities of oxidative stress enzymes such as catalase,superoxide dismutase, glutathione peroxide and glukoze-6-P-dehydrogenasewere explored. It was detected that the activities of tested enzymes wereincreased in first 2 hours but reduced in a longer period of time. This reductionin enzyme activities with the presence of methylene blue occured in 32 hoursfor white, blue and gren light, 16 hours for red light and 10 hours for UV-A. Onthe other hand, with the absence of methylene blue, the enzyme activities weredetected as 72 hours for white, blue and gren, 24 hours for red light, 15 hoursfor UV-A. It could be the main reason that the reduction in enzyme activitiesIVdepended on higher oxidative reactions in methylene blue samples becausemore toxic free radicals occur under the light effect.The other important oxidation seen in bacteria is lipid peroxidation with thepresence and absence of methylene blue. The lipid peroxidation for eachbacteria was found to increase in higher level under the white, green and bluelight in 24 hours, 12-16 hours for red light and 6 hours for UV-A. On the contrarywith the absence of methylene blue, this lipid peroxidation level was foundlower than in samples added methylene blue.Bacteria were pretreated by starvation for a certain period of time such as5, 10, 20 and 30 days, in order to detect the effect of pretreated on oxidativestress. It was detected that 10, 20 and 30 days of starvation pretreatmentresulted in more resistance to oxidative stress for each bacteria, ie. longersurvival under the effect of different artificial light sources.Key words: Sea water, Starvation stress, Catalase, Superoxide dismutase,Glutathione peroxide, Glukose-6-P-dehydrogenase, Methyleneblue, Dormancy 181

Tez (doktora) -- Ondokuz Mayıs Üniversitesi, 2006 Libra Kayıt No: 17057 Bu çalışmada, farklı dalga boyunda ışık kaynaklarının etkisi altında bir fotosensitizerin varlığında veya yokluğunda Escherichia coli ve Salmonella typhimurium bakterilerinin yaşamında, oksidatif stres enzimlerinde ve lipit peroksidasyonunda meydana gelen değişim araştırılmıştır. Beyaz, mavi, yeşil, kırmızı ve UV-A'nın ışık kaynakları altında yapılan çalışmada, bakterilerin en fazla UV-A'dan etkilendiği görüldü. Bunun yanında görünür dalga boyu ışık kaynakları arasında, metilen mavisinin bulunduğu veya bulunmadığı ortamda ise bakteri yaşamında en fazla kırmızı ışığın etkili olduğu bulunmuştur. Deniz suyuna metilen mavisi ilavesinin, doğal deniz suyu ile karşılaştırıldığında bakterilerin sayısında daha fazla azalmaya sebep olduğu görülmüştür. Aynı şartlar altında, bakterilerin koloni sayılarında oldukça önemli azalmalar görülürken, solonum yapan bakteri sayısının koloni sayısından daha yüksek olduğu belirlendi. Sonuç olarak bakterilerin bütün ışık kaynaklarının etkisi altında dormanta girdiği yapılan sayımlarla belirlenmiştir. Üstelik bu çalışma, aynı çevresel şartlar altında S.typhimurium'un E.coli'den daha uzun süre yaşamına devam ettiğini göstermiştir. Bu ilginç bir bulgudur, çünkü Escherichia coli Salmonella typhimurium gibi patojen bakteriler içinde indikatör olarak kabul edilmektedir. Fakat burada bulunan sonuçlar bu yaklaşımı desteklememektedir. Bu çalışmalara ilave olarak, katalaz, süperoksit dismutaz, glutation peroksidaz ve glukoz-6-P-dehidrogenaz gibi oksidatif stres enzimlerinde meydana gelen değişimlerde araştırılmıştır. Bütün sonuçlar, enzim aktivitelerinin ilk 1-2 saat içinde artış gösterdiğini fakat daha uzun zaman periyodu esnasında önemli azalmalar olduğu tespit edilmiştir. Metilen mavisinin bulunduğu ortamda beyaz, mavi ve yeşil ışık kaynaklarının etkisi altında 32 saatte, kırmızı ışığın etkisi altında 16 saatte ve UV-A'nın etkisi altında ise 10 saatte enzim aktivitelerinde önemli azalmalar olduğu görülmüştür. Diğer taraftan metilen mavisinin bulunmadığı ortamda ise bakterilerin beyaz, mavi ve yeşil ışık kaynaklarının etkisi altında 72 saatte, kırmızı ışık kaynağının etkisi altında 24 ve UV-A'nın etkisi altında ise 15 saatte enzim aktivitelerinde birbirine yakın azalmalar olduğu belirlenmiştir. Burada enzim aktivitesinde meydana gelen azalmanın, metilen mavisinin bulunduğu ortamda ışığın etkisiyle daha fazla miktarda toksik serbest radikalin ortaya çıkmasına bağlı olduğu görülmektedir.Oksidasyon esnasında bakterilerde meydana gelen en önemli etkilerden biri de lipit peroksidasyonudur. Metilen mavisinin bulunduğu ortamda beyaz, mavi ve yeşil ışık kaynaklarının etkisi altında bakterilerin her ikisinde de 24 saatte lipit peroksidasyonunda önemli artışlar olduğu, bunun yanında kırmızı ışığın etkisi altına 12 ve 16 saatte ve UV-A'nın etkisi altında 6 saatte lipit peroksidasyon miktarında önemli artışlar olduğu görülmüştür.

Tez (yüksek lisans) -- Ondokuz Mayıs Üniversitesi, 2005 Libra Kayıt No: 17155 Bu çalışmada yeni sentezlenmiş 4 adet sulfonamit türevi olan maddenin klinik izolat 50 adet S. auerus suşuna karşı antimikrobiyal aktiviteleri belirlenmiştir. Bu suşların 20 tanesi Metisilin'e duyarlı (MSSA), 30 tanesi ise dirençli (MRSA) suşlardır. Çalışmada antimikrobiyal aktiviteyi belirlemek amacı ile disk difüzyon ve MIK yöntemleri kullanılmıştır. Dimetilsulfoksitte çözündürülmüş maddelerin 500 µg'lık diskleri hazırlanarak disk difüzyon çalışması sonucunda oluşturdukları inhibisyon zon çapları, MIK değerleri ve MIK değerlerine göre hazırlanan diskler etrafında meydana getirdikleri zon çapları karşılaştırılmıştır. Elde edilen verilerle sulfonamit türevli maddelere bağlı substituentlerin (substituent sabiti) değerleri kullanılarak Hammett grafikleri çizilmiştir.En fazla etkili bulunan IV numaralı sulfonamit türevi maddenin, kontrol amaçlı kullanılan Oksasilin diskinin içeriği olan 1 µg'lık konsantrasyonlarda hazırlanan diskleri ile yapılan disk difüzyon çalışması sonucunda MRSA'larda dikkate değer inhibisyon zon çapları ölçülmüştür.Sulfonamid türevli maddelerden 3 tanesinin suşların genelinde dikkate değer inhibisyon zonları meydana getirdiği görülmüştür. Bu 4 sulfonamit türevi madde arasındaki farklar bağlı grupların elektron çekici veya elektron verici olmalarının yanı sıra başlangıç maddesi olan 4-Metil-N-fenil-benzensulfonamit maddesine bağlanma pozisyonlarıdır.Hammett grafikleri incelendiğinde elektron çekici substituentlerin elektron verici olanlara oranla antimikrobiyal aktiviteyi arttırdığı görülmüştür. Ayrıca elektron çekici grupların başlangıç maddesine olan pozisyonlarının da aktiviteyi etkilediği görülmüştür.

YEN SENTEZLENEN SÜLFONAM T TÜREV MADDELER NKL N K ZOLAT Staphylococcus aureus SUŞLARI ÜZER NE OLANANT M KROB YAL AKT V TELER N N ARAŞTIRILMASIÖZETBu çalışmada yeni sentezlenmiş 4 adet sulfonamit türevi olan maddenin klinikizolat 50 adet S. auerus suşuna karşı antimikrobiyal aktiviteleri belirlenmiştir. Busuşların 20 tanesi Metisilin'e duyarlı (MSSA), 30 tanesi ise dirençli (MRSA) suşlardır.Çalışmada antimikrobiyal aktiviteyi belirlemek amacı ile disk difüzyon ve MIKyöntemleri kullanılmıştır. Dimetilsulfoksitte çözündürülmüş maddelerin 500 µg'lıkdiskleri hazırlanarak disk difüzyon çalışması sonucunda oluşturdukları inhibisyon zonçapları, MIK değerleri ve MIK değerlerine göre hazırlanan diskler etrafında meydanagetirdikleri zon çapları karşılaştırılmıştır. Elde edilen verilerle sulfonamit türevlimaddelere bağlı substituentlerin Ï (substituent sabiti) değerleri kullanılarak Hammettgrafikleri çizilmiştir.En fazla etkili bulunan IV numaralı sulfonamit türevi maddenin, kontrol amaçlıkullanılan Oksasilin diskinin içeriği olan 1 µg'lık konsantrasyonlarda hazırlanan diskleriile yapılan disk difüzyon çalışması sonucunda MRSA'larda dikkate değer inhibisyonzon çapları ölçülmüştür.Sulfonamid türevli maddelerden 3 tanesinin suşların genelinde dikkate değerinhibisyon zonları meydana getirdiği görülmüştür. Bu 4 sulfonamit türevi maddearasındaki farklar bağlı grupların elektron çekici veya elektron verici olmalarının yanısıra başlangıç maddesi olan 4-Metil-N-fenil-benzensulfonamit maddesine bağlanmapozisyonlarıdır.Hammett grafikleri incelendiğinde elektron çekici substituentlerin elektron vericiolanlara oranla antimikrobiyal aktiviteyi arttırdığı görülmüştür. Ayrıca elektron çekicigrupların başlangıç maddesine olan pozisyonlarının da aktiviteyi etkilediği görülmüştür.Anahtar Kelimeler: Sulfonamit, S. aureus, Antimikrobiyal Aktivite A RESARCH ON ANTIMICROB AL ACTIVIY OF SOME NEWSYNTHESIZED SULFONAMIDE DERIVATIVES COMPOUND ONCLINICAL Staphylococcus aureus STRAINSABSTRACTIn this study, 4 newly synthesized sulfonamide derivative against to 50 S. aureusclinical isolates were tested in terms of antimicrobial activity. Total 20 of 50 isolateswere Methicillin susceptible (MSSA), rest of the other were resistant (MRSA).Antimicrobial studies were performed according to agar disc diffusion and dilution(MIC) methods. All the compounds were dissolved in dimethyl Sulphoxide (DMSO).500 µg discs were prepared for to comparison of MIC values and disc diffusion results.Evaluated results were applied to draw Hammett plots by using substituents coefficientvalues.IV. substitue the most effective was detecdet which showed remarkable effect at theconcentration of 1 µg against MRSA isolates the same as positive control Oxacillinantibiotic.All tested 3 sulfonamides derivatives led to an important inhibition zones on S.aureus isolates. The difference between 4 sulfonamide depends on subsituents which iselectron withdrawing or electron donor properties and also their position on parentcompound of 4- Methyl-N-phenyl-benzensulfonamide.As can be seen from Hammett plots electron receiving substituent led to increase inantimicrobial activty higer then electron donor substituents.Key Words: Sulphonamide, S. aureus,Antimicrobial Activity 80

Tez (doktora) -- Ondokuz Mayıs Üniversitesi, 2004 Libra Kayıt No: 17040 Bu çalışmada deniz suyunda pH,osmolarite ve açlık stresinin E.coli'nin porin protein sentez düzeyine etkisi ve bu şartlarda mekanizmasının nasıl çalıştığı araştırıldı.Bunun yanında E.coli'nin deniz suyundaki yaşamına bu stres faktörlerinin etkisi ve dormansi ile ilişkisi incelendi.Elde edilen sonuçlara göre OmpC ve OmpF sentezi pH'nın asitlikten alkaliye doğru değişimine bağlı olarak artmaktadır.OmpC ve OmpF porin protein sentezi açlık stresine bağlı olarak artış gösterdi.Bununla birlikte OmpR mutant E.coli'de OmpC ve OmpF sentezinin ölçülebilecek düzeyde olmadığı belirlendi.Şimdiye kadarki bilgilerimize göre EnvZ,OmpC ve OmpF sentezinde önemli bir role sahiptir.Fakat bu çalışmadaki sonuçlara göre bu porinler EnvZ sensörü olmadan da sentezlenebilmektedir.Bunun yanında çalışılan üç stres faktörü altında RpoS' nin varlığı ve yokluğunun E.coli'nin porin protein sentezinde önemli bir rolü olduğu anlaşıldı.Diğer taraftan RpoS mutant hücrelerde OmpF sentezinin yabani tipe göre daha yüksek olduğu tespit edildi.Şu ana kadar OmpC promotoru ile RpoS arasında herhangi bir ilişki bilinmemesine rağmen,RpoS'nin E.coli OmpC sentezini pH,açlık ve osmolarite nedeniyle pozitif olarak etkilediği belirlendi.Yine AcP'ın açlık ve osmotik stres altında OmpF sentezinde rolü olmadığı halde farklı pH'larda OmpF sentezini pozitif yönde etkilediği tespit edildi.Diğer taraftan pta mutasyonunda OmpC sentezinin çalışılan tüm şartlarda yabani tiple karşılaştırıldığında yüksek olduğu bulundu.AcP'ın OmpC porin sentezinde bilinmeyen bir yol ile sentezi negatif etkilediği görülmektedir.HNS mutant E.coli hücreleride test edildi ve pH,açlık ve osmotik stres altında OmpC sentezini çok düşük oranda etkilediği görüldü.Fakat OmpF sentezini açlık ve osmotik stres altında pozitif olarak etkilediği tespit edildi.Diğer tarfatan OmpF sentezini asidik ve nötral pH'da negatif yönde etkiledi.Bu çalışmaların yanında deniz suyuna karbon ve amonyum kaynağı ilave edildi ve glukoz ilave edildiği zaman hem OmpF hem de OmpC miktarının düştüğü görüldü.HNS mutasyonuna bağlı olarak OmpC ve OmpF miktarında herhangi bir düşüş olmadığı görüldü.Buna karşın amonyum sülfat ilavesinin porin sentezine herhangi bir etkisinin olmadığı bulundu.Minimal besiyerinde OmpF porin sentezi asiditeden alkaliye doğru artış göstermektedir.Buna karşın OmpC sentezi pH 5.3'de daha yüksektir ve pH 7.1 ve Ph 8.3'de çok düşük düzeyde sentezlendi.Asidik pH'da tespit edilen OmpC sentezi EnvZ sensöründen bağımsız gerçekleşmektedir.Diğer taraftan RpoS'nin bu şartlar altında OmpC sentezinde önemli bir rolü vardır.Fakat tamamen RpoS bağımlı değildir.Bu mekanizma yani asidik pH'da OmpC sentezinin nasıl gerçekleştiği bu çalışmada tespit edilememiştir.Minimal besiyerinde EnvZ, HNS, AcP yokluğu OmpC sentezinin artmasına sebep olmaktadır.Fakat RpoS'nin eksikliğinde herhangi bir değişiklik yoktur.Diğer taraftan EnvZ, AcP, ve HNS yokluğunda OmpF sentezi düşmektedir, fakat RpoS yokluğunda artmaktadır.Nutrient brotta inkübasyon süresince E.coli'nin OmpF sentezi bazı değişiklikler gösterdi.EnvZ, AcP ve HNS'nin OmPpF sentezinde rolü vardır.Aynı şartlarda PmpC sentezi inkübasyon sonuna doğru artış göstermiştir ve bu sentez EnvZ ve RpoS aktivasyonu ile ilişkilidir.Buna karşın AcP ve HNS negatif yönde etkilemiştir.Yapılan çalışmada E.coli'nin doğal deniz suyundaki yaşamının filtre otoklav deniz suyundan daha kısa olduğu ve bunun nedeninin muhtemelen rekabet olduğu tespit edildi.E.coli'nin doğal ve filtre otoklav deniz suyundaki yaşamı üzerine etkili olan en önemli faktörlerden birisinin OmpF ve OmpC porin proteinleri olduğu tespit edildi.Sonuçlara göre E.coli'nin asidik pH'da bazik pH'ya göre daha iyi yaşadığı belirlendi.Buna ilave olarak E.coli yaşamı üzerine osmotik stresten daha çok pH'nın etkili olduğu tespit edildi.Ayrıca tüm çalışılan stres şartlarının E.coli'nin belirli oranda dormanta girmesine sebep olduğu görüldü.Aynı zamanda E.coli porin mutantlarının yaşamı da çalışıldı.

Tez (yüksek lisans) -- Ondokuz Mayıs Üniversitesi, 2003 Libra Kayıt No: 42627 Bu çalışmada, yeni sentezlenmiş olan 7 adet sulfonamit ve 9 adet sulfamat türevi maddenin 5 gram (-), 4 gram (+) bakteri, bir maya ve bir küf' e karşı antimikrobiyal aktiviteleri belirlenmiştir. Antimikrobiyal aktivitenin belirlenmesinde disk difüzyon metodu kullanılmıştır. Kullanılan kimyasal bileşiklerin hepsi DMSO'da çözündürülmüş ve farklı konsantrasyonlarda antimikrobiyal aktiviteleri araştırılmıştır. Sonuç olarak elde edilen inhibisyon zon değerleri ve maddelere bağlanmış olan substituentlerin s sabitleri kullanılarak Hammett grafikleri çizilmiş ve değerlendirilmiştir. Sulfonamit türevi maddelerin genel itibariyle gram pozitif bakterilere, bu grup bakteriler içinden ise daha çok Nocardia farcinica ve Nocardia asteroides'e etkili olduğu görülmüştür. Sulfonamit türevi maddelerde gram negatif bakterilere, Candida albicans'a ve Aspergillus niger'e karşı dikkate değer inhibisyon zonu oluşmamıştır.Bazı sulfamat türevi maddelerde de, gram pozitiflere karşı sulfonamitlerde olduğu gibi dikkate değer inhibisyon zonları oluşmuştur. Gram negatif bakterilere olan etkisi sulfonamit türevi maddelerden fazladır. Sulfamat türevi maddelerden iki tanesinde Candida albicans ve Aspergillus niger'e karşı dikkate değer inhibisyon zonları oluşmuştur. Hammett grafiklerinin değerlendirilmesine göre elektron çekici substituentler varlığında, sulfonamitlerin etkinliğinin arttığı gözlenmiştir. Konsantrasyon arttıkça zon çapında bir artışın olduğu fakat bu artışın dikkate değer bir artış olmadığı gözlenmiştir.

Tez (yüksek lisans) -- Ondokuz Mayıs Üniversitesi, 1999 Libra Kayıt No: 36044 Fotosensitizer maddeler ışık altında üretmiş oldukları serbest radikaller yoluyla yaşayan organizmalara zarar verir. Bu çalışmada bir fotosesitizer olan metilen mavisinin Escherichia coli ML30,Salmonella typhmurium LT2,Klensiella pneumoniae ve Pseudomonas aeroginosa bakterileri üzerine olan etkileri deniz suyu ortamında ve suni ışık kaynağı (floresans) altında incelenmiştir. Buna ilave olarak serbest radikallerin etkilerini önleyici örneğin askorbik asit,ürik asit ,glutation ve gliserol maddeleri kullanılarak bakterilerin yaşamına olan etkileri incelenmiştir. Çalışma 4 temel deney grubu hazırlanarak yapılmıştır. Bunlar ışık ve karanlıkortamda metilen mavisi veya antioksidant maddeleri bulunduğu filtre-steril deniz suyu ortamında yapılmıştır. Escherichia coli ML30 VE Salmonella typhymurium LT2 fotooksidasyonda Pseudomonas aeroginosa ve Klebsiella pneumoniae'ya göre daha fazla etkilenmiştir. Direk ışık etkisi de Escherichia coli ML30 ve Salmonella typhymurium'u diğer iki bakteriden fazla etkilenmiştir. Klebsiella pneumoniae ve Pseudomonas aeroginosa bakteri sayısı direk ışık etkisi altında azalma göstermemiştir. Diğer taraftan antioksidant kimyasal maddeler deneyde kullanılan bakterileri serbest oksijen radikallerine karşı korumuşlardır.

DENİZ SUYUNDA DEZENFEKTAN KİMYASAL MADDELERİN Escherichia coli ML30 ve Salmonella typhimurium LT2 BAKTERİLERİNİN PROTEİN SENTEZİNE OLAN ETKİLERİ. ÖZET Bu çalışmada, Karadeniz suyunda çeşitli dezenfektan özellikteki kimyasal maddelerin Escherichia coli ML30 ve Salmonella typhimurium LT2 bakterilerinin protein sentezine olan etkileri incelendi. Dezenfektan kimyasal maddelerden klor, sodyumhipoklorit, sodyum dodesil sülfat (SDS), fenol, formaldehit, etanol, hidrojen peroksit, HCI gibi maddelerin minimum inhibitör konsantrasyon (MIC) değerleri belirlendikten sonra filtre otoklav deniz suyu ortamındaki Escherichia co//ML30 ve Salmonella typhimurium LT2'nin yaşamı ve protein sentezi üzerine olan etkileri analiz edildi. Bakteri yaşam deneyleri plak yayma metoduna göre, protein analizleri ise %11 lik SDS-PAGE (sodium dodesil sülphat-poliacrylamid gel elektrophorez) metodu kullanılarak yapıldı. Deneysel çalışmalarda, MIC değerinde kimyasal maddeler deniz suyuna direkt ilave edildi. Bu çalışmada kullanılan kimyasal maddelere karşı, bazı proteinlerin yeni sentezlendiği, bazı proteinlerin kontrole oranla miktar olarak azaldığı, bazılarının ise miktarında artma meydana geldiği gözlenmiştir. Ayrıca kontrol örneklerinde mevcut olan bazı proteinlerin ise kimyasal muamele sonucunda kaybolduğu tespit edilmiştir. Bu durum deniz suyu çalışmalarında ve zengin besiyerinde gerçekleştirilmiş olup, besin maddesi açısından iki farklı ortamdaki, kimyasal maddelerin protein sentezine etkisi de değerlendirilmiştir. Buna göre mikroorganizmalar zengin besiyerinde, deniz suyuna göre kimyasal maddelere karşı daha fazla direnç göstermiştir Anahtar kelimeler: Escherichia coli, Salmonella typhimurium, Stres proteinleri, Kimyasal madde, Deniz suyu THE EFFECTS OF DIZINFECTANT CHEMICALS ON PROTEİN SYNTHESIS OF Escherichia coli ML30 AND Salmonella typhimurium LT2 IN SEA WATER. ABSTRACT In this study, the effect of disinfectant chemicals on the outer and cytoplasmic proteins of Escherichia coli ML30 and Salmonella typhimurium LT2 in sea water environment. Used disinfectant chemicals were chlorine, sodium hypochlorit sodium dodecil sulphat (SDS), ethanol, phenol, formaldehyd, hydrogen peroxid and HCI, MIC values of chemicals were determined and then transferred to the sea water environment for analyzing survival and outer and cytoplasmic protein pattern changes of Escherichia coli ML30 and Salmonella typhimurium LT2. The number of bacteria were determined by using spreading plate technique. Protein analysis was carried out by using %11 SDS-PAGE (sodium dodecyl sulphat-poliacrylamid gel electrophoresis). The experiments here were done by the addition of chemicals to sea water with chemicals according to MIC values. At present study, used some disinfectant chemicals resulted in increasing or declining in some protein synthesis in Escherichia coli ML30 and Salmonella typhimurium LT2. Apart from some proteins disappeared in the cells compared to control samples. Experiments were both carried out in rich medium and sea water in order to compairing in to cases. According to results Escherichia coli ML30 and Salmonella typhimurium LT2 showed more resistance to used chemicals in rich medium than nutritionally poor sea water. Keys words; Escherichia coli, Salmonella typhimurium, Stress proteins, Chemical substances, Sea water. 71

Tez (yüksek lisans) -- Ondokuz Mayıs Üniversitesi, 1999 Libra Kayıt No: 36453 Bu çalışmada Karadeniz suyunda çeşitli dezenfektan özellikteki kimyasal madelerin Escherichia coli ML30ve Salmonella typhimurium LT2 bakterilerinin protein sentezine olan etkileri incelendi. Dezenfektan kimyasal maddelerden klor, sodyumhipoklorit, sodyum dodesil sülfat (SDS), fenol, formaldehit, etanol, hidrojen peroksit, HCI gibi maddelerin minimum inhibitör konsantrasyon (MIC) değerleri belirlendikten sonra filtre otoklav deniz suyu ortamındaki Escherichia coli ML30 ve Salmonella typhimurium LT2'nin yaşamı ve protein sentezi üzerine olan etkileri analiz edildi. Bakteri yaşam deneyleri plak yayma metoduna göre protein anlizleri ise %11 lik SDS-PAGE (sodium dodesil sülphat-poliacrylamid gel elektrophorez) metodu kullanılarak yapıldı. Deneysel çalışmalarda MIC değerinde kimyasal maddeler deniz suyuna direkt ilave edildi.Bu çalışmada kullanılan kimyasal maddelere karşı bazı proteinlerin yeni sentezlendiği bazı proteinlerin kontrole oranla miktar olarak azaldığı bazılarının ise miktarında artma meydana geldiği gözlenmiştir. Ayrıca kontrol örneklerinde mevcut olan bazı proteinlerin ise kimyasal muamele sonucunda kaybolduğu tesbit edilmiştir. Bu durum deniz suyu çalışmalarında ve zengin besiyerinde gerçekleştirilmiş olup besin maddesi açısından iki farklı ortamdaki kimyasal maddelerin protein sentezine etkisi de değerlendirilmiştir. Buna göre mikroorganizmalar zengin besiyerinde deniz suyuna göre kimyasal maddelere karşı daha fazla direnç göstermiştir.

Tez (yüksek lisans) -Ondokuz Mayıs Üniversitesi, 1997 Libra Kayıt No: 31224 Bu çalışmada, Karadeniz suyunda E.coli ve S.enteritidis'in yaşamını etkileyen biyotik ve abiyotik faktörler incelenmiştir. Biotik faktörlerden protozoa saldırganlığı (predasyon), bakteriyofaj etkisi ve diğer mikroorganizmaların etkileri ökaryotik inhibitörler ve değişik geçirgenliklere sahip filtreler kullanıldı. Sonuçlara göre biyotik faktörlerin E.coli'nin deniz suyunda gözden kaybolmasına sebep olan önemli faktörler olduğu belirlendi. E.coli ve S.enteritidis filytre-otoklav yapılmış deniz suyu örneklerinden en uzun süre yaşarken, ikinci olarak 0.2 milipor filtre edilmiş örnekte, üçüncü olarak 0.45 örnekte, dördüncü olarak whatman filtreden geçirilmiş deniz suyu örneğinde ve en kısa sürede doğal deniz suyunda yaşayabildi. Metabolik inhibitörler olan Cycloheximit ve Nystatin ise çok önemli bir etki göstermemiştir.Bunun yanında abiyotik faktörlerden olan sıcaklık,kimyasal maddeler ve açlık stresinin etkileri incelendi. Açlık stresi altında filtre otoklav deniz suyunda E.coli 4 C ve 30 C' de 300 gün, S.enteritidis ise 30 C'de 370 gün yaşamıştır. Her iki bakterinin yaşam süreleri 18 C'de daha kısa olduğu belirlendi. Toksik kimyasal maddeler ise bakterilerin yaşamını olumlu veya olumsuz yönde etkiledi. Nitrobenzeni fenol ve toluen'in doğal deniz suyuna ilavesi E.coli ve S.enteritidis'in yaşamının uzamasına neden olurken, klor, formaldehit, hidrojen peroksit ve etanol aynı etkiyi göstermemiştir. ...E.coli'nin amikacine karşı direncinde gluteraldehit ve etanol'ün direk ilave edilmesiyle 3 kat, HCI ve hidrojen peroksit ilavesiyle 4 kat SDS ve toluen'in ilavesiyle 2 kat artış olduğu bunun yanında ön muamele edilen örneklerde ise direncin hepsinde azaldığı görüldü. S.enteritidis'in de amikasinekarşı direncinde formaldehit'in ortama ilavesiyle 3 kat artış olduğu bunun yanında ön muamele edilmiş örneklerde hidrojen peroksit ve nitrobenzen örneklerinde herhangi bir değişiklik olmamış diğerlerinde azalma görülmüştür. (Not: Bu tez uzun olduğundan kısaltılmıştır.).

AMONYUM İYONLARI VE AMİNO ASİTLERİNİN ESCHERICHIA COL/NİN DENİZ SUYUNDAKİ YAŞAMINA ETKİLERİ ÖZET Amonyum iyonları ve amino asitler bakterilerin yaşamını etkileyen önemli besin maddeleridir. Bu çalışmada amonyum iyonları ve amino asitlerin E coli'nin doğal ve filtre otoklav deniz suyundaki yaşamına etkileri değişik inkübasyon sıcaklıklarında ve değişik iyon ve amino asit konsantrasyonlarında incelendi. Normal şartlarda E. coli doğal deniz suyunda 2.2 gün yaşarken, amonyum iyonları ve amino asitlerin doğal deniz suyuna ilavesi sonucu bakteri yaşamının uzadığı belirlendi. Amonyum sülfat ve amonyum nitrat'ın, özellikle inkübasyon 18 °C de olduğu durumda E. Coli'nin daha bariz bir şekilde etkilediği gözlendi. Yüksek konsantrasyonlu iyon ortamlarının bak teriye her zaman avantaj sağlamadığı bazen de toksik etki gösterdiği tesbit edildi. Diğer taraftan kullanılan amino asitler içerisinde en etkili olanların I - glutamin, I - sistein, I - asparajin ve I - prolin olduğu belirlendi. Amino asitlerin E. coli üzerine etki derecesi aşağıdaki gibi olduğu tesbit edildi. Asparajin > prolin > fenilalanin > tironin > glutamin > sistein > histidin > lizin > izolöcin > valin. Diğer taraftan glisin'in E. Coli'nin deniz suyundaki yaşam süresinin kısalmasına sebep olduğu gözlendi. Kazein'in doğal deniz suyuna ilavesi ile E. Coli'nin diğer mikroflora'ya karşı rekabet şansını artırarak yaşamını uzattığı gözlendi. Bu çalışmanın başka bir bölümünde fotosensitizer maddelerin etkileri incelendi. Fotosensitizer maddeleri güneş ışığı etkisinde meydana getirdikleri serbest oksijen radikalleri ile bakteriye toksit etki gösterdiği belirlendi. Toludine Mavisi'nin toksik etkisinin amino asitler ve amonyum iyonları tarafından azaltıldığı belirlendi. Sadece görünür ışığa maruz bırakılan E. çe tinin koloni sayısı ise başlangıçta azalma gösterirken daha sonra ortama uyum sağlayarak normal seviyeye ulaştı. Anahtar kelimeler : Escherichia coli, amonyum iyonları, deniz suyu, besin maddeleri ABSTRACT Ammonium ions and amino acids are important nutrients affecting survival of bacteria. In this study, the effect of ammonium ions and amino acids on E.coli survivar were investigated in filtered - autoclaved and untreadet sea water at different temperatures and different concentrations. While E. coli survived 2.2 days in days in untreated sea water under the normal conditions, in case thi addition of amino acids and ammonium ions led to increase in survival in sea water. Especially, ammonium sulphate and ammonium nitrate resulted in a remarkable increase in survival of E. coli at 18 1 than the other incubation temperatures. The more effective amino acids among all were I- glutamine, l-lysine, l-cysteine and l-asparagine on E.coli survival. In general, the effect of amino acids on E.coli survival can be put in a order from higher to lower as following; aspargine>proline>phenylalanine>threonine>glutamine> cysteine>hystidine>leucine>isoleucine>valine. On the other hand, glycine led to a reduction in survival of E.coli. The other used nutrient source was casein which also provided a longer survival for E.coli in untreated sea water. The other part of this study was reladet to photosynthesizers. Photosynthesizers produce toxic free oxygen radicals under a artificial or natural lights. Toludine blue was used as a photosynthesizer in this experiments. The number of E.coli cells was declined in sea water first few days of incubation under the light, including photosynthesizers. On the other hand, the addition of amino acids and ammonium ions to filtered-autoclaved sea water protected E.coli cells from toxic effects. Visible light itself caused a reduction in number of bacteria at the beginning but recovered after that. This might be an adaptation in order to protect bacteria. Key Words: Escherichia coli, ammonium ions, sea water, nutrients effect, bacterial survival. 85

Tez (yüksek lisans) –Ondokuz Mayıs Üniversitesi, 1997 Libra Kayıt No: 31356 Amonyum iyonları ve amino asitler bakterilerin yaşamını etkileyen önemli besin maddeleridir. Bu çalışmada amonyum iyonları ve amino asitlerin E. coli'nin doğal ve filtre otoklav deniz suyundakiyaşamına etkileri değişik inkübasyon sıcaklıklarında ve değişik iyon ve amino asit konsantrasyonlarında incelendi. Normal şartlarda E. coli doğal deniz suyunda 2.2 gün yaşarken, amonyum iyonları ve amino asitlerin doğal deniz suyuna ilavesi sonucu bakteri yaşamının uzadığı belirlendi Amonyum sülfat ve amonyum nitrat'ın, özellikle inkübasyon 18 derece de olduğu durumda E.coli'nin daha bariz bir şekilde etkilendiği gözlendi. Yüksek konsatrasyonlu iyon ortamlarının bakteriye her zaman avantaj sağlamadığı bazen de toksit etki gösterdiği tespit edildi. Diğer taraftan kullanılan amino asitler içerisinde en etkili olanların I- glutamin, I-sistem, I-asparajin ve I-prolin olduğu belirlendi. Amino asitlerin E. coli üzerine etki derecesi aşağıdaki gibi olduğu tespit edildi. Asparajin büyüktür prolin büyüktür fenilalanin büyüktür tironin büyüktür glutamin büyüktür sistein büyüktür histidin büyüktür lizin büyüktür izolöcin büyüktür valin. Diğer taraftan glisin'in E. coli'nin deniz suyundaki yaşam süresinin kısalmasına sebep olduğu gözlendi. Kazein'in doğal deniz suyuna ilavesi ile E. coli'nin diğer mikroflora'ya karşı rekabet şansını artırarak yaşamını uzattığı gözlendi. Bu çalışmanın başka bir bölümünde fotosensitizer maddelerin etkileri incelendi. Fotosensitizer maddeleri güneş ışığı etkisinde meydana getirdikleri serbest oksijen radikalleri ile bakteriye toksit etki gösterdiği belirlendi. Toludine Mavisi'nin toksit etkisinin amino asitler ve amonyum iyonları tarafından azaltıldığı belirlendi.Sadece görünür ışığa maruz bırakılan E. coli'nin koloni sayısı ise başlangıçta azalma gösterirken daha sonra ortama uyum sağlayarak normal seviyeye ulaştı.

KARADENİZ SUYUNDA Escherichia coli VE Salmonella enteritidisTm YAŞAMINI ETKİLEYEN BİYOTİK VE ABİYOTİK FAKTÖRLERİN BELİRLENMESİ. ÖZET Bu çalışmada, Karadeniz suyunda E.coli ve S.enteritidis'm yaşamını etkileyen biyotik ve abiyotik faktörler incelenmiştir. Biotik faktörlerden protozoa saldırganlığı (predasyon), bakteriyofaj etkisi ve diğer mikroorganizmaların etkileri ökaryotik inhibitörler ve değişik geçirgenliklere sahip filtreler kullanıldı. Sonuçlara göre biyotik faktörlerin E.colinin deniz suyunda gözden kaybolmasına sebep olan önemli faktörler olduğu belirlendi. E.coli ve S.enteritidis filytre-otoklav yapılmış deniz suyu örneklerinde en uzun süre yaşarken, ikinci olarak 0,2 um milipor filtre edilmiş örnekte, üçüncü olarak 0,45um örnekte, dördüncü olarak Whatman filtreden geçirilmiş deniz suyu örneğinde ve en kısa sürede doğal deniz suyunda yaşayabildi. Metabolik inhibitörler olan Cycloheximit ve Nystatin ise çok önemli bir etki göstermemiştir. Bunun yanında abiyotik faktörlerden olan sıcaklık, kimyasal maddeler ve açlık stresinin etkileri incelendi. Açlık stresi altında filtre otoklav deniz suyunda E.coli 4°C ve 30°C'de 300 gün, S.enteritidis ise 30°C'de 370 gün yaşamıştır. Her iki bakterinin yaşam süreleri 18°C'de daha kısa olduğu belirlendi. Toksik kimyasal maddeler ise bakterilerin yaşamını olumlu veya olumsuz yönde etkiledi. Nitrobenzen, fenol ve toluen'in doğal deniz suyuna ilavesi E.coli ve S.enteritidis'in yaşamının uzamasına neden olurken, klor, formaldehit, hidrojen peroksit ve etanol aynı etkiyi göstermemiştir. Yaşam deneylerinde kullanılan kimyasal maddelerin aynı MIC değerinde antibiyotik direncine etkileri incelendi. Gluteraldehit, klor, toluen, hidrojenperoksit ve etanol'ün ortama direk ilave edilmesiyle E.colinin rifampisine karşı direncinin 2 kat arttığı HCI'nin ise 4 kat arttırdığı bunun yanında gluteraldehit, formaldehit, klor, hidrojen peroksit, HCI ve etanol'le ön muamele edilmiş olan E.colinin rifampisine karşı direncinde 2 kat artış olduğu görüldü. Gluteraldehit ve fenol ile ön muamele edilen S.enteritidis'/n rifampisine karşı direncinde 4 kat, SDS ile 16 kat, formaldehit ve toluen ile 6 kat, nitrobenzen, hidrojen peroksit, HCI ve etanolle ön muamele edilmiş örneklerde ise 8 kat artış olduğu görüldü. Formaldehit, toluen, HCI ve etanol'ün ortama direk ilave edilmesiyle bu direncin 4 kat, hidrojen peroksit ile ise 6 kat arttığı görüldü. E.colinin amikacine karşı direncinde gluteraldehit ve etanol'ün direk ilave edilmesiyle 3 kat, HCI ve hidrojen peroksit ilavesiyle 4 kat SDS ve toluen'in ilavesiyle 2 kat artış olduğu bunun yanında ön muamele edilen örneklerde ise direncin hepsinde azaldığı görüldü. S.enteritidis'ın de amikasine karşı direncinde formaldehit'in ortama ilavesiyle 4 kat, SDS ve etanol ilavesiyle 2 kat, toluen'in ilavesiyle 3 kat artış olduğu bunun yanında ön muamele edilmiş örneklerde hidrojen peroksit ve nitrobenzen örneklerinde herhangi bir değişiklik olmamış diğerlerinde azalma görülmüştür. Anahtar kelimeler: Escherichia coli ve Salmonella enteritidis, Bakteri yaşamı, Antibiyotik duyarlılığı, Deniz suyu, Kimyasal madde. Ill THE EFFECT OF BIOTIC AND ABIOTIC FACTORS ON SURVIVAL OF Salmonella enteritidis and Escherichia coli IN BLACK SEA WATER. ABSTRACT In this study, the effect of biotic and abiotic factors on E.coli and S. enteritidis in Karadeniz sea water were explored. Among biotic factors, protozoa predation, bacteriophage effect, bacterial interaction, eucaryotic inhibitors and different pore size filtration effect were investigated. As regard to results biotic factors had an important impact on bacterial disappearence from sea water. While E.coli and S. enteritidis survived longest in filter-autoclaved, sea water, the shortest survival was observed in untreated sea water. General survival pattern was seen in sea water from higher to lower as fallowing; filtered autocloved > 0.2 urn filtered > 0,45pm filtered > whatman filtered > untreated seawater.Cycloheximit and Nystatin did not result in an important effect on survival. In addition the effect of temperature, starvation stress and chemical substances were investigated. E.coli survived 300 days at 30°C, and S. enteritidis survived 370 days at 30°C in filtered-autoclaved sea water. Reduction in the survival was seen at 18°C inkubation for both E. coli and Salmonella enteritidis. Toxic chemical substances in untreated sea water led to increase or decline in survival. For example, while nitrobenzene, phenol, toluene led to increase in survival of E.coli and S.enteritidis, dor, formaldehide, hydrojen peroxide and ethanol resulted in decline in survival for these bacteria.IV Chemical substances, which was used in the survival axperiments, was also used to understand antibiotic resistance changes of E.coli and S.enteritidis in sea water. As regard to results, the addition of chlore, toluene, hidrojen peroxide and ethanol to sea water led to increase two folds in resistance of E.coli to rifampisin, HCI addition led to 4 folds increase in resistance. Pretreatment with gluteraldehide and phenol caused an increase in resistance of S.enteritidis to rifampicine for 4 folds, 16 folds in case of SDS, 6 folds in case of formaldehid and toluene, 8 folds in case of hidrojen peroxide, HCI, and ethanole pretreatment. On the other hand, the direct addition rised resistance 6 folds in case of hydrogen peroxide and 4 folds in case of formaldehide, toluene, HCI, and ethanol additions E.coli gained 3 folds higher resistance to amicacin due to direct addition of gluteraldehide, and ethanol to sea water. This occured 3 folds increase in case of HCI and hidrojen peroxide additions. S.enteritidis resistance to amicacin was also increased in 4 folds with formaldehide, 2 folds with SDS and ethanol and 3 folds with toluene additions to sea water. On the contrary, pretreatment with hidrojen peroxide and nitrobenzene did not cause any changes in resistance. Key word: Escherichia coli and Salmonella enteritidis, Bacterial survival, Antibiotic susceptibility, Sea water, Chemical substances 105