Search

Thermal hot water samples were collected in 2017 from six different hot springs from eastern and southeastern Turkey's (Agri, Van, Sirnak, Mardin, Siirt and Erzurum). During the study period, the analysis of various physicochemical properties of the water samples and the diversity of microorganisms in the hot springs were investigated. During the study period, eleven physico-chemical parameters such as water temperature, pH, conductivity, nitrogen dioxide, ammonium, nitrate, iron, aluminum, copper, lead and sulfur were studied. Five different bacterial strains have been detected in one or more of different hot springs. The electrical conductivity (EC) was ranged from 942,8 mS/cm to 5,158 mS/cm in the water of the hot spring. The conductivity and pH value of only Hista thermal source were determined as 942.9 (mS/cm) and 9.1. In all other sources the conductivity varied above 1000 (mS/cm) and the pH between 6.9 and 8.5. The NO2 value ranges of the hot springs are determined as 0.254 to 0.613 mg/L. The source temperatures of the hot spring water were determine minimum and maximum temperature values for Agri (Davut and Kopru), Erzurum (Pasinler), Van (Hasanabdal), Siirt (Hista), Mardin (Dargecit) and Sirnak (Guclukonak), (62-78°C), (40-46°C), (60-66°C), (62-67°C), (59-62°C) and (59-67°C) respectively. In terms of physical and chemical properties, it was observed that there are generally differences in the hot spring waters., Türkiye'nin doğu ve güneydoğusundaki altı farklı kaplıcadan 2017 yılında (Ağrı, Van, Şırnak, Mardin, Siirt ve Erzurum) termal sıcak su örnekleri toplanmıştır. Çalışma süresince su örneklerinin çeşitli fizikokimyasal özelliklerinin analizi ve kaplıcalarda bulunan mikroorganizma çeşitliliği araştırılmıştır. Çalışma süresince su sıcaklığı, pH, iletkenlik, nitrojen dioksit, amonyum, nitrat, demir, alüminyum, bakır, kurşun ve kükürt gibi on bir fiziko-kimyasal parametre incelenmiştir. Beş farklı bakteri türü bir veya daha fazla farklı kaplıcada tespit edilmiştir. Kaplıca suyunun kaynak sıcaklıkları sırasıyla Ağrı (Davut ve Köprü), Erzurum (Pasinler), Van (Hasanabdal), Siirt (Hista), Mardin (Dargeçit) ve Şırnak (Güçlükonak) için minimum ve maksimum sıcaklık değerleri (62-78°C), (40-46°C), (60-66°C), (62-67°C), (59-62°C) ve (59-67°C) olarak belirlendi. Kaplıca sularında fiziksel ve kimyasal özellikler bakımından da genel olarak farklılıklar gözlenildi.

Aim: Antibiotic resistance studies about the Streptococcus have a great importance for the treatment of especially child throat infections in terms of public health and rational antibiotic use. For this purpose, we aimed to identify the macrolide resistance genes mef(E) and erm(B).Material and Method: The throat culture samples taken from 51 children presenting to the hospital with the complaint of sore throat were evaluated in the laboratory, and S. pyogenes was diagnosed using tests; gram staining, catalase, bacitracin and PYR. Susceptibility profile was determined with the Kirby-Bauer disk-diffusion method and minimum inhibitor concentration(MICs) of erythromycin and clindamycin was determined by VITEK 2 System. Results: S. pyogenes was possible macrolide resistance genes of mef(E) and erm(B) was determined by PCR. Macrolide resistance in S. pyogenes are determined in 51 pateients as follows; benzylpenicillin 0%, erytromycin 74.5%, clindamycin 31.4%. In patients with S. pyogenes, the genetic determinants of macrolide resistance mef(E) and erm(B) genes was investigated with the PCR method using primers specific to each gene. Total of 48% of the isolates (n=24) were positive for erm (B), 10% (n=5) for mef(E), in 42% (n=21) of the isolates both genes were detected. Conclusion: The results of our study show that macrolid resistance genes were found in five of the patients evaluated. When the anamnesis of these patients was examined, it was determined that there were patients that frequently presented to the hospital with throat infections and experienced re-infection within a few weeks after receiving treatment., Amaç: Streptococcus ile ilgili yapılan antibiyotik direnç çalışmaları, özellikle çocuk boğaz enfeksiyonlarının tedavisinde halk sağlığı ve akılcı antibiyotik kullanımı açısından büyük önem taşımaktadır. Biz de çalışmamızda bu amaçla makrolid direnç genleri mef (E) ve erm (B) 'yi tanımlamayı amaçladık. Yöntem ve Bulgular: Boğaz ağrısı şikayeti ile hastaneye başvuran 51 çocuktan alınan boğaz kültürü örnekleri laboratuvarda değerlendirildi ve gram boyama, katalaz, basitrasin ve PYR testleri ile S. pyogenes tanısı konuldu. Duyarlılık profili Kirby-Bauer disk difüzyon yöntemi ile ve Eritromisin ile klindamisinin minimum inhibitör konsantrasyonu (MİK), VITEK 2 Sistemi ile saptandı. S. pyogenes'te ki makrolid direnci 51 hastada aşağıdaki gibi saptandı; benzilpenisilin %0, eritromisin %74,5, klindamisin %31,4. S. pyogenes hastalarında makrolid direnci mef (E) ve erm (B) genlerinin genetik belirteçleri her gene özel primerler kullanılarak PCR yöntemi ile araştırıldı. İzolatların toplam% 48'i (n = 24) erm (B) için pozitif, % 10'u (n = 5) mef (E) için pozitif, %42'sinde (n = 21) her iki gen birlikte tespit edildi.Sonuç: Çalışmamızın sonuçlarına göre makrolid direnç genleri pozitif hastaların anamnezleri incelendiğinde, hastaneye sık sık boğaz enfeksiyonu ile başvuran ve tedavi aldıktan sonraki birkaç hafta içinde tekrar enfeksiyon yaşayan hastaların olduğu belirlendi. S. pyogenes'te özellikle çocuklarda antimikrobiyal direnç tehdidi nedeniyle, direnci saptamak için ulusal ve şehir sürveyans çalışmalarına ihtiyaç vardır. Bu nedenle araştırmamız, geliştirmeye açık yeni hipotezler ve çalışmalarla desteklenmelidir.Anahtar Kelimeler: Direnç genleri, PCR, Streptococcus pyogenes, Moleküler epidemiyoloji

Buçalışma Dünyada ki arı ırkları üzerinde yapılan çalışmalar sonucunda Türkiye’deki doğal lokasyonlarının Kuzey Doğu Anadolu ve Doğu Karadeniz bölgeleri olduğubildirilen Kafkas bal arısı (A. melliferacaucasica) ‘nın hibritleşme düzeyinin PCR tekniği ve filogenetikağaçlandırma metodu kullanılarak tespit edilmesi amaçlanmıştır. Popülasyonlar içerisindeki seleksiyonların türler üzerinde yarattığı genotipik etkinin düzeyini ölçmekiçin mitokondriyel DNA (mtDNA) molekülünün Sitokrom C Oksidaz I geni bazalınmıştır. Kuzey Doğu Anadolu ve Doğu Karadeniz bölgelerinde bulunan Kars,Ardahan, Erzurum Artvin ve Rize illerinin popülasyonları hedef olarakseçilmiştir. Çalışma materyali olarak bu illerin sınırları içerisinde bulunan57 arılıktan yaklaşık 450 ergin işçi arı örneği (her istasyondan yaklaşıkolarak 7-8 adet arı örneği alınmıştır) toplanmıştır. Arılıklardan toplananergin işçi arı örneklerinin kalıtsal materyalleri fenolklorofrom: izoamilalkoltekniği kullanılarak izole edilmiştir. İzolasyonları yapılan DNA örneklerininPCR sonrası elde edilen ürünleri jel elektroforezinde yürütüldükten sonraagaroz jel görüntüleri alınarak dizi analizleri yapılmıştır. Dizi analiziverileri sonucu materyallerin akrabalık düzeyleri filogenetik ağaçlandırmamodellinde değerlendirilmiştir., As a result of this study on bee breeds which have already been spreading in the world and our country, are intended to be determined based upon data obtained from Turkey has been reported that the natural locations of the North Eastern and Eastern Black Sea Caucasian honey’s (A.mellifera caucasica) level of hybridization using the PCR technique and phylogenetic planting method. The genotypic effect of the selection on populations on the species was determined by studying the cytochrome C oxidase I gene of the mitochondrial DNA molecule.The populations of Kars, Ardahan, Erzurum, Artvin and Rize which are located in North Eastern Anatolia and Eastern Black Sea regions are chosen as a goal. As study material approximately 450 adult worker bee samples were collected from 57 bees in the boundaries of these cities (approximately 7-8 bee samples were taken from each station). Hereditary materials of adult bee workers’ samples collected from bees were isolated using fenolklorofrom: isoamylalcohol technique. Isolation of the DNA samples obtained after PCR products, after running on gel electrophoresis, agarose gel images were taken and sequence analyzes were performed. As a result of sequence analysis, the kinship levels of the materials were evaluated in a phylogenetic afforestation model.

Bu araştırma, Kars ve Ardahan yöresinde yaygınolan Kafkas ırkı arı (Apis melliferacaucasica L.) ile gezer arıcı kolonilerinden alınan örneklere bakılarak,bölgede bakteriyel etmenli hastalıkların tespit edilmesi amacıyla yapılmıştır.Yapılan çalışmada 21 farklı istasyondan alınan ölü ergin arılardan 5 örnektebakteriyel enfeksiyona rastlanmıştır. 2 örnekte Pseudomonas aeruginosa, 2 örnekte Paenibacillus larvae ve 1 örnekte ise Melisococcus pluton bakterileri tespit edilmiştir. 26 farklıistasyondan alınan petek örneklerinden 6 tanesinde bakterilerin bulunduğutespit edilmiştir. 3 örnekte P. larvaeve 3 örnekte ise P. aeruginosa bakterisine rastlanmıştır.Sonuç olarak örneklerin toplandığı bölgelerde bakteriyel etmenli arıhastalıklarının bulunduğu tespit edilmiştir.

Blind mole rats (BMRs) are solitary rodents which are tolerant to severe hypoxia. The aim of this study is to reveal the changes in nitric oxide (NO) and nitric oxide enzymes (NOS), which are involved in many physiological and pathological processes related with hypoxia, in BMRs under severe hypoxia. For this purpose, 12 subadult (11-15 moths) male Nannospalax nehringi were captured in Kars location. Captured BMRs were divided into two groups as Normoxic (NG) and Hypoxic (HG) randomly (n=6). NG were kept in completely dark, normoxic conditions for 52 h. HG were kept inside completely dark glovebox chamber with 7% oxygen flow for 52 h. After experimental protocol, NG were sacrificed under normoxic conditions and HG were sacrificed inside glovebox chamber with 7% oxygen. NO, iNOS, eNOS, nNOS and MDA levels of plasm and homogenized tissue samples were detected spectrophotometrically. All parameters of each sample were found to be high in HG compared to NG. But especially, NO was high in the lung tissues of HG. Additionally eNOS level of the kidney, liver and lung, iNOS levels of the liver and eNOS, and nNOS levels of the brain were found to be markedly high. Consequently, our data on NO and NOS enzyme production in Nannospalax nehringi tissues under hypoxia are compatible with the data obtained from other animals, but it contains differences in some points. We believe that these differences are different evolutionary adaptations of BMRs to hypoxia.. Kör fareler (BMR) ölümcül hipoksiye oldukça toleranslı soliter rodentlerdir. Bu çalışmanın amacı, hipoksi ile ilişkili birçok fizyolojik ve patolojik süreçte rol alan nitrik oksit (NO) ve nitrik oksit enzimlerinin (NOS), şiddetli hipoksi altındaki BMR’lerdeki değişimlerini ortaya çıkartmaktır. Buna yönelik olarak Kars arazisinden 12 subadult (11-15 ay) erkek Nannospalax nehringi yakalandı. Yakalanan BMR’ler Normoksi (NG) ve Hipoksi grubu (HG) olmak üzere rastgele iki gruba ayrıldı (n=6). NG, 52 saat boyunca tamamen karanlık, normoksik koşullarda tutuldu. HG, 52 saat boyunca tamamen karanlık, içerisine %7’lik oksijen akıtılan glovebox kabin içerisinde tutuldu. Deney sonunda NG, normoksi altında ve HG %7 oksijen içeren glovebox kabin içerisinde öldürüldü. Plazma ve homojenize edilen doku örneklerinden NO, iNOS, eNOS, nNOS ve MDA seviyeleri spektrofotometrik olarak belirlendi. Tüm örneklere ait her parametrenin, NG’ye kıyasla HG’de yüksek olduğu belirlendi. Fakat özellikle, NO’nun, HG akciğer dokularında oldukça yüksek olduğu tespit edildi. Ayrıca böbrek, karaciğer ve akciğer eNOS seviyesinin, karaciğer iNOS seviyesinin ve de beyin eNOS ve nNOS seviyelerinin oldukça yüksek olduğu görüldü. Sonuç olarak, hipoksi altındaki Nannospalax nehringi’de NO ve NOS enzim üretimi hakkında elde ettiğimiz veriler, diğer hayvanlardan elde edilen verilerle uyumlu olsa da bazı noktalarda farklılıklar içermektedir. Bu farklılıkların, BMR’lerin hipoksiye karşı sahip olduğu farklı evrimsel adaptasyonlar olduğunu düşünmekteyiz.

Aim: To evaluate and compare the mRNA expression of antioxidant genes between the cervical and lumbar degenerated disc tissues. Material and Methods: Obtained degenerated Nucleus Pulposus (DNP) materials were divided into two groups, which were cervical DNP (Group I) (n=20) and lumbar DNP (Group II) (n=20). There are 6 men and 14 women in group I with a mean age of 43.8 years and 13 men and 7 women in group II with the mean age of 40.3 years (28 to 54). All cervical DNP materials were obtained between C5 and C6 and all lumbar DNP materials were obtained between L4 and L5 levels. The TGF?1, bFGF, IGF-1, NGF and Matrix metalloprotease III (MMP III) gene expressions of DNP materials were determined by polymerase chain reaction, Real-time polymerase chain reaction and western blotting techniques.Results: When the results of the two groups were compared by polymerase chain reaction, the expressions of TGF?1, bFGF, IGF-1, NGF and MMP III was found lower in lumbar DNP group. Also the TGF?1, bFGF, IGF-1, NGF, and Matrix metalloprotease III genes showed a decrease in gene expression levels when they were analyzed by Real-time polymerase chain reaction. Conclusion: These data showed that; decrease of the TGF?1, bFGF, IGF-1, NGF and MMP III genes in the degenerated lumbar disc tissues, may related with the possibility of molecular background of the disease pathogenesis.

Taksonomi, biyolojinin genişlemesinde büyük bir payı olan ve bir bütün olarak biyoloji bilimi içinde dengenin kurulmasına yardımcı olan bir bilim koludur. Bu çalışmada Türkiye'de belirli havzalarda Orthrias cinsi türlerinin morfolojik ve moleküler veriler kullanılarak tanımlanması amaçlanmıştır. Yeni morfolojik karakterler tanımlanarak morfotipler elde edilmiş ve bu morfotipleri temsil eden örneklerin mitokondri DNA'sı cox1 ve 18S rRNA gen bölgelerinin dizisi çıkarılmıştır. Yapılan deneysel karakterizasyon sonucunda elde edilen genlerin cox1 ve 18S rRNA genleri olduğu belirlenmiştir. Ancak gen bankasında Orthrias türleri cox1 ve 18S rRNA genlerine ait dizi bilgileri mevcut olmadığından, karşılaştırılamamıştır. Gen bankası analizinde, Orthrias türlerinin içinde bulunduğu aile olan Balitoridae ailesi üyelerine benzerlik gösterdiği belirlenmiştir. Bu çalışmada cox1 geninin 650 bç'lik kısmının DNA barkodu olarak kullanılabileceği belirlenmiştir. Elde edilen tüm sonuçlar morfolojik sistematik çalışmalarının genetik temelli çalışmalarla desteklenmesi gerekliliğini ortaya koymaktadır.Glutatyon-S-transferaz (GST) ve Katalaz enzimleri canlılarda endojen ve ekzojen bileşiklerin detoksifikasyonu sağlarlar. OaGSTz ve OaCat'nın kirletici unsurlar altında mRNA miktarının zamana bağlı değişimi, yarı-kantitatif RT-PZR yöntemiyle analiz edilmiştir. Histopatolojik çalışmalar ışık ve elektron mikroskobik seviyede gerçekleştirilmiştir. Taxonomy is a field of science having a great role in the development of biology as well as contributing to the stabilization of the field as a whole. In this study, it was aimed to describe Certain basins in Turkey species of the genus Orthrias on the basis of morphological and molecular findings. Morphotypes are described from an analysis of new morphological characters and 18S rRNA and Cox1 gene of mtDNA is sequenced representing each morphotype. Gens which were obtained as a result of experimental characterization were determined as cox1 and 18S rRNA. However, as no sequence information of cox1 and 18S rRNA of Orthrias species was available at the gene bank, they weren?t compared. In the analysis of gene bank, it was determined that family showed similarity to Balitoridae, a family including Orthrias species. In this study, it was determined that 650 bp of cox1 gen can be used as a DNA barcode. All the results obtained proved that studies of systematic morphological should be supported with genetic based studies.Enzymes of Glutathione-S-transferase (GST) and Catalase help to detoxificate effects of endogen and exogenous toxic compounds in living organisms. Change in expression of OaGSTz and OaCat mRNA level under the stresses with time intervals was analyzed with semi-quantitative RT-PCR method. Histopathological examinations were conducted on light and electron microscopic levels. 95

Glutatyon-S-transferaz (GST) enzimleri canlılarda endojen ve ekzojen bileşiklerin detoksifikasyonu sağlarlar. Tetrahymena genom proje sonuçları bu enzim ailesi açısından analiz edildiğinde, 4 alt-grup (theta, omega, mu, zeta) ile temsil edilen 19 farklı GST genine sahip olduğu görülmüştür.. TtGSTz geninin mRNA dizisi (847 bç), genom projesinde bulunan genomik bilgi (77.m00138), EST (Expressed Sequence Tags) dizileri ve 3'RACE deney sonuçları dikkate alınarak ortaya çıkartılmıştır. TtGSTz geninin başla-dur kodonları arasında kalan protein kodlayıcı 663 bç'lik bölge cDNA olarak klonlanmış dizi analiziyle teyit edilmiştir. GSTz geninin genomik kopyasının klonlanan cDNA ile karşılaştırılması yapıldığında genom projesinde belirtildiği gibi toplamda 122 bç'lik intron içerdiği gösterilmiştir. Klonlanan TtGSTz cDNA'nın kodladığı olası amino asit dizisinden yola çıkılarak yapılan karşılaştırmalı dikey hizalama ile motif analiz sonuçları, zeta alt grubunun karakteristik motifine (SSCX[WH]RVIAL) uygun imza dizisini içerdiğini göstermiştir. TtGSTz'nın hidrojen peroksit ve soğuk (4ºC) stresi altında mRNA miktarının zamana bağlı değişimi, yarı-kantitatif RT-PZR yöntemiyle analiz edilmiştir. TtGSTz geninin kodladığı proteinin, E.coli'de rekombinant protein olarak üretilebilmesi için gerekli olan 7 nokta mutasyonu (TAA > CAA veya TAG > CAG) cDNA üstünde gerçekleştirildikten sonra pET16b ekspresyon plazmitine aktarılmış ve E.coli BL21-DE3'de 6X histidin işaretli olarak üretilmiştir. Ni-NTA agaroz ve glutatyon sepharose4B kullanılarak rekombinant 6XHis-TtGSTz proteini (24 kDa) saflaştırılmış ve SDS-PAGE jeli ile üretildiği gösterilmiştir. Saflaştırılan 6xHis-TtGSTz proteinini Western protein analizinde anti-histidin antikoru ile yapılan analiz ile üretildiği teyit edilmiştir. Enzymes of the Glutathione-S-transferase (GST) help to detoxificate effects of endogen and exogenous toxic compounds in living organisms. Results of the Tetrahymena genome project showed that T. thermophila has 19 different GST genes that represent members only from four subgroups as theta, omega, mu, zeta. mRNA sequences of TtGSTz gene (847 bp) was determined by using genomic sequence (77.m00138) from genome project, EST sequences of cDNAs from EST projects and experimental result of 3?RACE. The region of TtGSTz cDNA gene between start and stop codon was cloned and sequenced to confirm the existence of the gene in T. thermophila SB210. Comparison of genomic and cDNA sequence of TtGSTz gene by PCR and agarose gel analysis showed that there are totally 122 bp long intron in the genome copy. Multiple alignment of TtGSTz amino acid sequence with other GST zeta homologs showed the existence of conserved characteristic motif (SSCX[WH]RVIAL) of zeta subgroup in TtGSTz. Change in expression of TtGSTz mRNA level under the hydrogen peroxide and cold (4ºC) stresses with time intervals was analyzed with semi-quantitative RT-PCR method. After seven necessary multiple point mutations (TAA > CAA or TAG > CAG) on mRNA protein coding region of TtGSTz gene, it was transferred to pET16b expression plasmid and recombinant 6XHis-TtGSTz protein was possible to produce in E. coli BL21-DE3. Recombinant 6XHis-TtGSTz protein (24 kDa) was purified not only by using nickel agarose but also by gluthathion-sepharose 4B. Analysis of recombinant 6XHis-TtGSTz by SDS-PAGE showed that the protein was successfully produced by both purification methods. Anallyzes of purified 6xHis-TtGSTz by using anti-His antibody in the Western blot showed that the recombinant protein was succesfully produced. 129

Bu çalışma ile Kuzey Doğu Anadolu Bölgesinde bulunan beş farklı ildeki çeşitli lokasyonlardan toplanan Kafkas arı ırkı (Apis mellifera caucasica); Karniyol arı ırkı (Apis mellifera carnica), Anadolu arısı Ege ekotipi (Apis mellifera anatoliaca), İtalyan arı ırkı (Apis mellifera ligustica), Karpat arı ırkı (Apis mellifera carpatica ve Buckfast (melez) arıları ile arıların tükürük bezlerinde var olan dört farklı gen yönünden karşılaştırıldı. Malat dehidrogenaz, Fosfoglukomutaz, Protein disülfit izomeraz ve Miyosin regülatör genlerinin çalışılan arı ırklarındaki varlığı PCR ile gösterildi. Çalışılan genlerin ekspresyon düzeyleri Light Cycler Sybeer Green metodu ile belirlendi. Arı ırklarında Malat dehidrogenaz, Fosfoglukomutaz, Protein disülfit izomeraz ve Miyosin regülatör proteinlerinin gen ekspresyonu RT-PCR ekniğiyle analiz edildi. Kontrol geni olarak kullanılan GAPDH genlerinin ekspresyon düzeyleri Kafkas ırkı, Anadolu ırkı Ege ekotipi, İtalyan ırkı, Karniyol ırkı ve diğer ırklar arasında istatiksel olarak karşılaştırıldı. Çalışma verilerinden elde ettiğimiz sonuçlara bakıldığında Malat dehidrogenaz, Fosfoglukomutaz, Protein disülfit izomeraz ve Miyosin regülatör genlerinin ekspresyon seviyelerinin kontrol geni olan GAPDH'a göre düşük olduğu belirlendi. Malat dehidrogenaz, Fosfoglukomutaz, Protein disülfit izomeraz ve Miyosin regülatör genlerinin ekspresyon seviyeleri Kafkas ırkı, Anadolu arısı Ege ekotipi, İtalyan ırkı, Karniyol ırkı ve diğer ırklar ile karşılaştırıldı. Kafkas ırkında, çalışılan dört farklı genin ekspresyon seviyeleri diğer ırklara göre istatiksel olarak düşük olduğu belirlendi. With this study, Caucasian bee race which was collected from various locations in five different cities in North East Anatolia Region was compared with Karniyol bee (Apis mellifera carnica), Anatolian bee Aegean ecotype (Apis mellifera anatoliaca), Italian bee (Apis mellifera ligustica Spinola), Carpathian bee (Apis mellifera carpatica) and Buckfast bee (hybrid) in terms of four different genes in the salivary glands of bees. The presence of Malate dehydrogenase, Phosphoglucomutase, Protein disulfide isomerase and Myosin regulatory genes were determined by PCR. Expression levels of the studied genes were determined by Light Cycler Sybeer Green method. Gene expression of MDH, PGM, PDI and Myosin regulatory genes in bee races was analyzed by RT-PCR. The expression levels of GAPDH genes used as the control gene were statistically compared between Caucasian race and other races. While the results obtained from the study data were analyzed, it was determined that the expression levels of MDH, PGM, PDI and Myosin regulatory genes were lower than the control gene GAPDH. The expression levels of MDH, PGM, PDI and Myosin regulatory genes were compared with the Caucasian race and other races. The expression levels of four different genes studied in the Caucasian race were statistically lower than the other races. According to these results, it is thought that the expression levels of MDH, PGM, PDI and Myosin regulatory genes in Caucasian race bees are lower than the expression level of different breeds and the honey efficiency of Caucasian race is better than other breeds. 103

Bu çalışmada; Bölgemizde bulunan sıcak su kaynaklarından toplanan Bacillus Licheniformis bakterisinden, β - Galaktozidazın termal kaynaklı olmasının ticari olarak daha geniĢ uygulama alanları sağlayabileceğinden, özellikle termofilik olarak üretilmesi hedeflenmiĢtir. Çalışma yapılırken bölgede bulunan su kaynaklarından alınan termofilikbakteriler izole edilerek karakteristik özellikleri belirlenmiştir Su kaynaklarından termofilik bakteriler izole edilmiştir. İzole edilen örneklerin çeşitli karakteristik özellikleri belirlenmiştir. Saflaştırılan DNA‟lardan 16s rDNA bölgeleri PCR ile saflaştırılmış ve sekans analizleri yapılmıştır. Bacillus Licheniformis bakterisine ait β –Galaktozidaz enzimini ifade eden gen bölgeleri biyoinformatik analiz yöntemleri ile saptanmıştır. Nikel affinitesi ile 6X-His takısına sahip rekombinant proteinlerin saflaĢtırılması gerçekleştirilmiĢtir. Bu sebeple, termal kaynaklardan elde edilen Termofilik Bacillus Licheniformis bakterisinden β-Galaktozidaz enzimin, E.coli‟ye klonlanarak rekombinant olarak üretilmesi ve saflaştırılması sağlanmıştır. In this study; Since the thermal source of β - galactosidase from Bacillus licheniformis bacteria collected from the hot water springs in our region can provide commercially wider application areas, it is aimed to be produced as thermophilic. Thermophilic bacteria were isolated from water sources. Various characteristics of isolated sampleswere determined. The 16s rDNA regions from the purified DNA were purified by PCR and sequenced. Purification of recombinant proteins having the 6X-His tag with nickel affinity was performed. For this reason, β-Galactosidase enzyme from Thermophilic Bacillus Licheniformis bacterium obtained from thermal sources has been cloned into E.coli to produce recombinant production and purification. 93

Yeraltı yaşamının yüksek derecede hipoksik olan koşullarına uyum sağlamış rodentler olan kör fareler, hipoksinin apoptotik süreçler üzerindeki etkilerinin anlaşılabilmesi için kullanılabilecek benzersiz organizmalardır. Kör farelerin birçok anti-kanser özelliklerinin ortaya çıkarılmış olmasına karşı, p53 denetiminden ayrı olarak seçici bir şekilde kanser hücrelerini hedef alabilen TRAIL aracılı hücre ölümü doğaları ise henüz ortaya çıkartılmamıştır. Buna yönelik olarak, sunulan çalışmada, Nannospalax nehringi'de TRAIL aracılı hücre ölümünde rol alan ligand (TRAIL), reseptör (DR4, DR5, DcR1, DcR2 ve OPG) ve bazı anti-apoptotik proteinlerin (FLIP, cIAP-1, cIAP-2 ve XIAP) hipoksi altında mRNA seviyelerinde meydana gelen değişimlerin belirlenmesi ve biyoinformatik yöntemler yardımıyla bu proteinlere ait aminoasit dizilerinin ortaya çıkartılması amaçlanmıştır. Bu amaçla, Kars'ın farklı popülasyonlarıdan toplanan erkek kör fareler Hipoksi Grubu (n=5) ve Normoksi Grubu (n=4) olmak üzere iki gruba ayrılmıştır. Hipoksi Grubu'ndaki kör fareler, 52 saat boyunca tam karanlık koşullarda (24K:0A) %7 oksijen + %93 azot gaz karışımına maruz bırakılmıştır. Normoksi Grubu'ndaki kör fareler, tam karanlık koşullarda (24K:0A) normokside tutulmuştur. Deney sonunda kör farelerin beyin ve akciğer dokularından TRIzol yöntemiyle RNA izolasyonu yapılarak RT-PCR yöntemi ile TRAIL, DR4, DR5, DcR1, DcR2, OPG, FLIP, cIAP-1, cIAP-2 ve XIAP mRNA ekspresyonlarına bakıldı ve elde edilen PCR ürünlerinden sekans analizleri yapılmıştır. Agaroz jel elektroforez görüntülerinden elde edilen bant yoğunluklarının istatistiksel analizi sonucunda, gruplar arası anlamlı bir farka rastlanmamıştır. Fakat bant görüntüleri gözlemsel olarak karşılaştırıldığında hipoksinin beyin dokusu DR4, DR5, DcR1, DcR2, OPG, FLIP, XIAP, cIAP-1 ve cIAP-2 mRNA ekspresyonlarında belirgin bir artışa neden olduğu görülmüştür. Yapılan biyoinformatik analizlerde ise Nannospalax nehringi'ye ait TRAIL, DR4, DR5, DcR1, DcR2, OPG, FLIP, cIAP-1, cIAP-2 ve XIAP proteinlerini kodlayan aminoasit bilgilerinde insan ve diğer türlerden farklı aminoasit dizilerinin yer aldığı belirlenmiştir. Sonuç olarak, ortaya çıkardığımız bu proteinlere özgü farklılıkların, kör farelerin hipoksik koşullarda yaşamak için evrimleşmiş bir takım adaptasyonlar olduğunu düşünmekteyiz. Ayrıca, Nannospalax nehringi'de bu proteinlerin aminoasit dizilerindeki farklılıkların biyolojik önemine yönelik olarak yapılacak çalışmaların, tümör kitleleri üzerindeki hipoksi stresi sonucunda TRAIL aracılı hücre ölümüne karşı oluşan direncin aşılabilmesi açısından yeni bir adım olabileceğini düşünmekteyiz. Blind mole rats, the rodents that adapt to the highly hypoxic conditions of underground life, are unique organisms that can be used to understand the effects of hypoxia on apoptotic processes. Although many anti-cancer properties of blind mole rats are discovered, TRAIL-mediated cell death, which is able to selectively target cancer cells separately from p53 control, is inherently unexplored. In the present study, it was aimed to determine the changes in the mRNA levels of ligand (TRAIL), receptor (DR4, DR5, DcR1, DcR2 and OPG) and some anti-apoptotic proteins (FLIP, cIAP-1, cIAP-2 and XIAP) involved in TRAIL-mediated cell death in Nannospalax nehringi under hypoxia and to identify amino acid sequences of these proteins employing bioinformatics methods. For this purpose, the male blind mole rats collected from different populations of Kars were divided into two groups; Hypoxic Group (n=5) and Normoxic Group (n=4). The blind mole rats in the Hypoxic Group were exposed to a mixture of 7% oxygen + 93% nitrogen gas under full dark conditions (24K:0A) for 52 hours. The blind mole rats in the Normoxic Group were kept under normoxia in full darkness (24K:0A). Later on, RNA of the brain and lung tissues of blind mole rats were isolated by TRIzol method and expressions of TRAIL, DR4, DR5, DcR1, DcR2, OPG, FLIP, cIAP-1, cIAP-2 and XIAP mRNA were investigated through RT-PCR and sequence analyzes of the obtained PCR products were performed. No significant difference was found between the groups after statistical analysis of the band densities on the agarose gel electrophoresis images. However, when the band images are compared visually, it was found that hypoxia caused a significant increase in DR4, DR5, DcR1, DcR2, OPG, FLIP, XIAP, cIAP-1 ve cIAP2 mRNA expression levels in brain tissue. In the bioinformatics analysis it was determined that amino acid sequences encoding TRAIL, DR4, DR5, DcR1, DcR2, OPG, FLIP, cIAP-1, cIAP-2 and XIAP proteins of Nannospalax nehringi have different amino acid sequences from human and other species. In conclusion, we think that the differences between these proteins are a number of adaptations that blind mole rats have evolved to live in hypoxic conditions. In addition, we also think that further studies on biological importance of the differences in the amino acid sequences of these proteins in Nannospalax nehringi may be a new step in terms of overcoming resistance to TRAIL mediated cell death as a consequence of hypoxia stress on tumor cell masses. 136

Cyprinidae familyası, dünyanın çok büyük kısmında dağılım gösteren, birey ve tür sayısı bakımından oldukça zengin bir familyadır. Bu çeşitlilikten dolayı familyanın filogenetik ilişkileri iyi anlaşılamamıştır. Bu çalışma ile Kura-Aras Havzasında endemik olarak yayılış gösteren ve Cyprinidae familyasına ait olan Acanthalburnus microlepis türünün, kendi içindeki filogenetik ilişkisi mtDNA sitokrom c oksidaz alt ünite I (COI) ve sitokrom b (cytb) dizileri kullanılarak araştırılmıştır. Kura-Aras Havzasının Türkiye sınırları içerisinde kalan bölümünde çeşitli lokasyonlardan alınan türlerin yüzgeç ve kas dokularından total DNA elde edilmiştir. Total DNA, mtDNA için kaynak olarak kullanılmıştır. Hedef gen bölgeleri PCR ile çoğaltılmıştır. Taksonların birbirleriyle ve diğer taksonlarla olan ilişkileri filogenetik ağaç oluşturularak belirlenmiştir. Sonuç olarak, farklı lokalitelerden alınan türlerin filogenetik olarak benzer olduğu ve aralarında anlamlı bir fark olmadığı sonucuna ulaşılmıştır. Acanthalburnus microlepis VIII. soy içerisinde yer almaktadır. Bu cinsin Acanthobrama'nın sinonimi olduğu da bu çalışma ile doğrulanmıştır. Ayrıca, bu türe ait COI gen sekansının bir DNA barkodu olabileceği belirlenmiştir. Cyprinidae is a very rich family in terms of members and species widely distributed in the world. Due to this diversity the phylogenetic relations of the family are not well understood. In this study, located as endemic in the Kura-Aras Basin, Acanthalburnus microlepis was investigated to determine the phylogenetic relationship of the species by using mitochondrial DNA COI and cyt b sequences. Total DNA was obtained from the fin and muscle tissues of species taken from various locations of the Kura-Aras Basin within the borders of Turkey. Total DNA was used as a source for mtDNA. The target gene regions were replicated by PCR. The relationship of taxa with each other and with other taxa was shown on a phylogenetic tree. As a result, it was evaluated that the species taken from different localities were found to be phylogenetically similar but there was no significant difference between them. According to the study, it was found that Acanthalburnus microlepis was belonged to Lineage VIII. It was also confirmed that this genus is synonymous with Acanthobrama. Furthermore, it was determined that the COI gene sequence of this species would be a DNA barcode. 85

Amylases are one of the most important enzymes and have a great significance in the present industry of biotechnology. Enzymes obtained from microorganisms are widely used in the industrial field. In the present work, Bacillus circulans ATCC 61 for -amylase production has been used. Because well known as a producer of -amylase and its genome structures has been known very well, it was used for cloning for this purpose, the genomic DNA of Bacillus circulans ATCC 61 was isolated and the gene encoding α-amylase enzyme was amplified with specific primer by PCR consist of 1400 bp long. The specific primer was designed while detecting the gene belonging to Bacillus α-amylase from gene library. The gel-purified PCR product was inserted into the pGEM®-T Easy vector3015 bp long, which linearized vectors with a single 3´-terminal thymidine at both ends. The T-overhangs at the insertion site greatly improve the efficiency of ligation of A-tailing on the PCR products. Taq DNA polymerase independently generates single deoxyadenosine at both ends of PCR product. Bioinformatics analysis of the cloned gene showed that there is 100% similarity between this gene and amylase gene of Bacillus sp. These results display that the target gene was cloned successfully. Finally for the gene expression, the vector was transferred to JM109 high efficiency E. coli competent cells. This study is the first record in term of the cloning α- amylase enzyme from Bacillus circulans ATCC 61 in the literature. Keywords: Cloning, Characterization, Bacillus circulans ATCC 61. En önemli enzim grubunu oluşturan amilazlar, biyoteknolojide de büyük önem kazanmaktadır. Mikroorganizmalardan elde edilen enzimler endüstriyel alanlarda yaygın bir şekilde kullanılır. Mevcut çalışmada Bacillus circulans ATCC 61 -amilaz üretimi için kullanılmıştır. Bakterinin-amilaz üretmesi ve genom yapısı iyi bilindiğinden klonlama işlemi için kullanıldı. Bacillus circulans ATCC 61'in genomik DNA'sı izole edildi ve α-amilaz enzimini kodlayan amyE geni 1400 bç uzunluğundaki spesifik primerler kullanılarak PCR yöntemi ile çoğlatıldı. Bacillus α-amilaz'ına ait genler gen kütüphanesinde tarandıktan sonra uygun primer tasarlandı. PCR protokolünden sonra jelden saflaştırılan gen ürünleri 3015 bç uzunluğunda ve her iki 3' ucunda terminal timidin bulunan lineer pGEM®-T Easy vektörüne aktarıldı. İnsertisyon bölgesinde bulunan tek zincirli T kuyruklar, A-kuyruğuna sahip PCR ürünlerinin etkin bir şekilde ligasyonunu sağlar. Taq DNA polimeraz, PCR ürünlerinin sonuna bağımsız bir şekilde tek zincirli deoksiadenozinler sentezler. Klonlanan gene ait bioinformatik analizler, bu genin Bacillus sp.-amilaz geni ile %100 oranında bir benzerliğe sahip olduğunu göstermiştir. Son olarak gen eksperesyonu için vektör, yüksek etkiye sahip JM109 E. coli competent hücrelerine transfer edildi. Bu çalışma Bacillus circulans ATCC 61'den α- amilaz enziminin klonlanması bakımından literatürdeki ilk kayıttır. Anahtar Kelimeler: Klonlama, Karakterizasyon, Bacillus circulans ATCC 61.