Search

COVID-19 salgını nedeniyle, 2020 yılının Mart ayından itibaren alınan önlemler, dünya çapında çevreyi doğrudan veya dolaylı olarak etkileyen çıktıların görülmesine neden olmuştur. Bu bakış açısından yola çıkarak; Samsun’da, COVID-19 salgını döneminde ısınma amaçlı doğalgaz tüketiminden ve karayolu ulaşımından kaynaklı sera gazı emisyon değişimleri analiz edilmiştir. Sera gazları olan CO_2, CH_4 ve N_2O emisyon miktarları COVID-19 salgını öncesi (Mart 2019 - Şubat 2020) ve COVID-19 salgını dönemini (Mart 2020 - Şubat 2021) kapsayacak şekilde, Hükümetler arası İklim Değişikliği Paneli (IPCC) tarafından kabul edilen bir metodoloji olan Tier yaklaşımı kullanılarak hesaplanmıştır. Yapılan değerlendirmeye göre, salgın döneminde ısınma ve karayolu ulaşımı sonucu açığa çıkan toplam sera gazı emisyon miktarı bir önceki yıla göre 17.3 Gg azalmıştır. Bulgular, karbon ayak izi yükü açısından incelendiğinde, salgın döneminde doğalgaz kaynaklı tüketim sonucu 8.1552 Gg eşdeğer CO_2, karayolu ulaşımı kaynaklı ise 9.1412 Gg eşdeğer CO_2 emisyonunun atmosfere salınmadığını göstermektedir. Sonuç olarak, 2020 yılında COVID-19 salgınını kontrol altına almak için uygulanan önlemlerin, ısınmada ve karayolu ulaşımında kullanılan yakıt tüketimini etkilediği ve toplam yakıt miktarının azalmasına katkı sağlayarak sera gazı emisyon miktarını düşürdüğü görülmüştür., Due to the COVID-19 epidemic, the measures taken in since March 2020 have led to outcomes that directly or indirectly affect the environment worldwide. Based on this point of view, greenhouse gas emission changes due to natural gas consumption and road transportation during the COVID-19 pandemic were analyzed in Samsun province. Emissions of greenhouse gases for CO_2, CH_4 and N_2O were calculated using the Tier approach, a methodology adopted by the Intergovernmental Panel on Climate Change (IPCC) before and during the COVID-19 pandemic. According to results, the total amount of greenhouse gas emissions released due to natural gas and road transportation during the pandemic decreased by 17.3 Gg compared to the previous year. When the findings are examined in terms of carbon footprint, 8.1552 Gg equivalent CO_2 emissions from natural gas consumption and 9.1412 Gg equivalent CO_2 emissions from road transportation were not released into the atmosphere during the pandemic period. In conclusion, the restrictions on mobility due to the COVID-19 epidemic have reduced the amount of greenhouse gas emissions by causing a decrease in the total amount of fuel resulting from heating and road transport.

Melanocytic nevus (MN) may on occasion be difficult to distinguish from malignant melanoma (MM) histopathologically. Fluorescent in situ hybridization (FISH) has been demonstrated to be of use for the diagnosis of melanocytic neoplasms of the skin. In this study, the effectiveness of the standart melanoma FISH test (4-way probe targeting RREB1, CCND1, MYB genes and centromere 6) and additionally probes, targetting EGFR, TP53, MDM2 and TP53 genes, in differentiating melanomas from melanocytic nevi were investigated. Standard FISH test was performed on 24 MM and 24 MN samples, but EGFR, TP53, MDM2 and TP53 gene copy numbers were investigated in 16 of 24 MM and 24 MN using FISH method. The incidence of FISH-detected positive genomic copy aberrations (4-way probe, and others) was determined as 83,3% in 24 MM cases, and 5,2% in 24 MN. Statistically significant differences were found between the MM and MN groups in terms of CCND1, RREB1, EGFR amplifications (p0,05). In additionally, all 5 acral lentiginous melanomas, could be analysed, had EGFR amplifications. In conclusion, CCND1, RREB1, and EGFR amplifications have diagnostic significance for MM. The FISH test is very effective in terms of its use as an adjunct to histopathological methods. But centromere controlled probes should be used to avoid false positive results., Melanositik nevüs (MN) örneklerini histopatolojik olarak malign melanomdan (MM) ayırmak bazen zor olabillmektedir. Floresan in situ hibridizasyon (FISH)’in ciltteki melanositik neoplazmların teşhisinde kullanıldığı kanıtlanmıştır. Bu çalışmada standart melanom FISH testinin (RREB1, CCND1, MYB genlerini ve sentromer 6'yı hedefleyen 4 yollu prob) ve ayrıca EGFR, TP53, MDM2 ve TP53 genlerini hedefleyen probların melanomları melanositik nevüslerden ayırmadaki etkinliği araştırılmıştır. 24 MM ve 24 MN örneklerine standart FISH testi uygulandı. Ancak EGFR, TP53, MDM2 ve TP53 gen kopya sayıları FISH yöntemi kullanılarak 24 MN ve 16/24 MM örneklerinde incelendi. Floresan in situ hibridizasyon ile saptanan pozitif genomik kopya aberasyonlarının (4 yollu prob ve diğerleri) görülme sıklığı 24 MM vakasında %83,3 ve 24 MN'de %5,2 olarak belirlendi. Malign melanom ve MN grupları arasında CCND1, RREB1, EGFR amplifikasyonları açısından istatistiksel olarak anlamlı farklılıklar bulundu (p0,05). Ek olarak, 5 akral lentijinöz melanomun tümü analiz edilebildi ve hepsi EGFR amplifikasyonu açısından pozitifti. Sonuç olarak, CCND1, RREB1 ve EGFR amplifikasyonları MM için tanısal öneme sahip olduğu ve FISH testinin, histopatolojik yöntemlere ek olarak kullanılmasının etkili olabileceği sonucuna varılmıştır. Ancak, yanlış pozitif sonuçlardan kaçınmak için sentromer kontrollü problar kullanılması gerekliliği gözlenmiştir.

Giriş: Periferik arter hastalığı (PAH); serebrovasküler vekardiyovasküler hastalıklarda mortalite ve morbiditenin önemli birprediktörüdür. Diyabetik ve diyabetik olmayan hastalar karşılaştırıldığındadiyabetik hastalarda PAH insidansının 2 ila 4 kat daha fazla olduğu bildirilmiştir.ayak bileği-kol indeksi (ABI), PAH tanısında kullanılan kolay uygulanabilir biryöntemdir. Çalışmamızda merkezimizde takip edilen 40 yaş üzeri tip 2 diabetes mellitus(DM) hastalarında ABI ile PAH prevalansını saptamak, alt ekstremite arteryeldoppler ultrasonografi(USG) bulgularıyla kıyaslamak ve tip 2 DM’nin kronikkomplikasyonları ile PAH arasındaki ilişkileri ortaya koymak amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Çalışmaya 40 yaş üzeri 111 tip 2 DM hastasıalındı. ABI; her iki ayak bileği seviyesinden alınan sistolik kanbasınçlarından (SKB) daha BÜYÜK olanının, her 2 koldan ölçülen SKB’larındandaha büyük olanına bölünmesiyle hesaplandı ve "ABI-1" olaraktanımlandı. Her iki ayak bileği seviyesinden alınan SKB’larından daha DÜŞÜKolanının, her iki koldan ölçülen SKB’larından daha büyük olanına bölünmesi ilede ABI-2 hesaplandı. Daha sonra her iki yöntemle de hesaplanan ABI değerleri,aralık değerlerine göre üç gruba ayrıldı. Grup 1’de 0,9 ve altı ABI değerleri,Grup 2’de 0,9 ve 1,30 arası dışındaki, Grup 3’te 0,9 ve 1,40 arası dışındaki değerler PAH lehine yorumlandı (Tablo).Arada boşlukBulgular: Kırk yaş üzeri diyabetik hastalarda PAH prevalansı %19,8olarak bulundu. PAH’ı saptamada en spesifik ABI-2G1 grubu, en sensitif iseABI-1G2 ve ABI-2G2 grupları oldu. PAH ile klopidogrel kullanımı, azalmışvibrasyon hissi, yaş, DM süresi, insülin direnci, glomerüler filtrasyon hızı,albuminüri, homosistein ve ürik asit düzeyleri arasında anlamlı bir ilişkibulundu.Sonuç: ABI, DM hastalarında PAH tanısı için sensitif bir yöntemdir.Çalışmamızın diğer çalışmalara göre üstün tarafı ABI’nın her iki yöntemle dehesaplanması ve ABI değerlerinin kesim noktalarına göre üçer gruba ( ≤0,9 ;≤0,9 - >1,30 ; ≤0,9 - >1,40) ayrılmasıdır. Diyabetik hastalarda PAH tanısınıkoymak için ABI’nın özellikle ikinci hesaplama yöntemiyle (ABI-2) değerlendirilmesi, gelecekte oluşmasıbeklenen komplikasyonların önüne geçilmesi açısından önem taşır., Introduction: Peripheral artery disease(PAD) acts as an important predictor of mortality and morbidity incerebrovascular and cardiovascular diseases. The incidence of PAD was reportedto be 2 to 4 times higher in diabetic patients compared with non-diabeticpatients. Ankle brachial index (ABI) isan easily applicable method for the diagnosis of PAD. The aim of this study isto determine the prevalence of PAD by using ABI in patients with Type 2Diabetes Mellitus (DM) over 40 years of age, compare the results with lowerextremity arterial Doppler ultrasonography (USG) and to reveal the relationshipbetween chronic complications of DM and PAD. Material and Method: The study included111 DM patients over 40 years of age. ABI; was calculated by dividing thehigher systolic blood pressures (SBP) taken from both ankle levels to thehigher SBPs measured in both arms and defined as "ABI-1". ABI-2 wascalculated by dividing the lower SBPs taken from both ankle levels to thehigher SBPs measured from both arms. ABI values ​​calculated by both methodswere divided into 3 groups according to cut off values. ABI values ​​of 0.9 andless in Group 1, ​​between 0.9 and 1.30 in Group 2, ​​between 0.9 and 1.40 inGroup 3 were interpreted in favor of PAD. Results: The prevalence of PAD was19.8%. The most specific group for detecting PAD was ABI-2G1, and the mostsensitive groups were ABI-1G2 and ABI-2G2. A significant relationship was foundbetween PAD and clopidogrel use, decreased vibration sensation, age, durationof DM, insulin resistance, glomerular filtration rate, albuminuria,homocysteine ​​and uric acid levels. Conclusion: ABI is a sensitive methodfor detecting PAD. Thesuperior side of our study compared to the other studies is that the ABI iscalculated by 2 methods and ABI values are divided into 3 groups according tocut off values (≤0,9 ; ≤0,9 - >1,30 ; ≤0,9 - >1,40).

İki yaşam fonksiyonunun eşitliğinin araştırılması yaşam analizi çalışmalarında sıklıkla kullanılmaktadır. Literatürde en çok tercih edilen yöntem log-rank testidir, ancak orantılı hazardlar varsayımının ihlal edildiği kesişen yaşam fonksiyonlarını değerlendirmede yanıltıcı sonuçlar sunmaktadır. Kesişen yaşam fonksiyonları birçok farklı yapıda oluşabilmektedir. Tek başına tüm koşulları uygun bir şekilde değerlendirilecek bir test ise bulunmamaktadır. Bu nedenle kesişen yaşam fonksiyonlarını değerlendirmek için farklı karşılaştırma testleri önerilmiştir. Bu tez çalışmasında literatüre önerilen güncel yöntemlerden parçalanmış log-rank testleri ve ağırlıklandırılmış Lin ve Wang testleri, log-rank ve ağırlıklandırılmış log-rank testleri ile karşılaştırılmıştır. Monte Carlo simülasyon tekniği kullanılarak farklı örneklem büyüklüğü ve sansür oranlarında karşılaştırma testlerinin tip 1 hata oranları ve güçleri kıyaslanmıştır. Orantılı hazardlar varsayımının sağlandığı ve kesişen yaşam fonksiyonları ile bu varsayımın ihlal edildiği senaryolarda karşılaştırma testlerinin zayıf ve güçlü yönleri incelenmiştir. Simülasyon çalışmasına ek olarak sağlık alanında gerçek bir yaşam veri setinde de karşılaştırma testleri değerlendirilmiştir. Simülasyon çalışmaları sonucunda tüm testler makul tip 1 hata oranları sunmuştur. Orantılı hazardlar varsayımı altında, log-rank en başarılı karşılaştırma testidir. Kesişen yaşam fonksiyonlarına ait senaryolarda ise en başarılı sonuçlar parçalanmış log-rank testlerine aittir. Lin ve Wang testleri ve ağırlıklandırılmış log-rank testleri, keşişen yaşam fonksiyonlarına ait senaryolarda parçalanmış log-rank testlerinden oldukça düşük güç oranları sunmuştur. Örneklem büyüklüğündeki artış testlerin performansını arttırmış, ancak sansür oranındaki artış olumsuz bir etki yaratmıştır. Yaşam fonksiyonlarının kesişim noktasının çalışmanın başlangıcından sonuna doğru ilerlemesi, testlerin performansını olumsuz yönde etkilemiştir. En büyük etki log-rank, en küçük etki ise parçalanmış log-rank testlerinde görülmüştür. Gerçek yaşam veri setinden elde edilen sonuçlar, simülasyon çalışması sonuçları ile uyumlu bulunmuştur. Sonuç olarak orantılı hazardlar varsayımı sağlandığında log-rank testinin, kesişen yaşam fonksiyonlarının karşılaştırılmasında ise parçalanmış log-rank testlerinin kullanılması önerilmektedir. The investigation of the equality of two survival functions is frequently used in survival analysis studies. The most preferred method in the literature is the log-rank test, but it provides misleading results in evaluating the crossing survival functions in which the proportional hazards assumption is violated. Crossing survival functions can occur in many different ways. There is not a single test to properly assess all conditions. Therefore, different comparison tests have been proposed to evaluate crossing survival functions. In this thesis study, partitioned log-rank tests and weighted Lin and Wang tests, which are the current methods proposed in the literature, were compared with log-rank and weighted log-rank tests. Using the Monte Carlo simulation technique, type 1 error rates and powers of comparison tests were compared in different sample sizes and censorship rates. The weaknesses and strengths of the comparison tests were examined in scenarios where the proportional hazards assumption was provided and violated with two crossing survival functions. In addition to the simulation study, comparison tests were evaluated in a real life data set in the field of health. As a result of the simulation studies, all tests provided reasonable type 1 error rates. Under the assumption of proportional hazards, log-rank is the most successful comparison test. The most successful results in the scenarios of crossing survival functions were belong to partitioned log-rank tests. Lin and Wang tests and weighted log-rank tests showed lower power rates than the partitioned log-rank tests in scenarios of crossing survival functions. The increase in the sample size increased the performance of the tests, while the increase in the censorship rate had a negative effect. From the beginning to the end of the study, the progress of the crossing point of survival functions affected the performance of the tests adversely. The largest effect was seen in log-rank, and the smallest effect was in partitioned log-rank tests. The results obtained from the real life data set were consistent with the results of the simulation study. In conclusion, it is recommended to use the log-rank test when the proportional hazards assumption is provided and the use of partitioned log-rank tests in the comparison of crossing survival functions.

Random Forest is an ensemble methodthat combines many trees constructed from bootstrap samples of the originaldata. Random Forest is used for both classification and regression and providesmany advantages such as having a high accuracy, calculating a generalizationerror, determining the important variables and outliers, performing supervisedand unsupervised learning and imputing missing values with an algorithm basedon proximity matrix. In this study, we aimed to compare the proximity basedimputation method of Random Forest with k nearest neighbor imputation prior tofitting. Therefore, simulation studies were performed for a classificationproblem under various scenarios including different percentage of missingvalues, number of neighbors and correlation structures between predictorvariables. The results showed that for highly correlated structures proximitymatrix based imputation method should be used meanwhile k nearest neighborimputation method should be preferred for low and medium correlated structures., Rasgele Orman, orijinalverilerin bootstrap örneklerinden oluşturulmuş pek çok karar ağacını bir arayagetiren bir topluluk yöntemidir. Rasgele Orman, hem sınıflandırma hem deregresyon için kullanılır ve yüksek doğruluk oranı elde etme, genelleme hatasıhesaplama, önemli değişkenleri ve aykırı değerleri belirleme, danışmanlı vedanışmansız öğrenmeyi gerçekleştirme ve yakınlık matrisine dayalı bir algoritmaile eksik gözlemlere değer atama gibi birçok avantaj sağlar. Bu çalışmada,Rasgele Orman’ın yakınlık matrisi temelli atama yöntemini, model kurulumundanönce kullanılan en yakın komşu ile değer atama yöntemiyle karşılaştırmayıamaçladık. Bu nedenle, farklı eksik değer yüzdeleri, komşuluk sayısı vetahminci değişkenler arasındaki korelasyon yapıları dahil olmak üzere çeşitlisenaryolar altında bir sınıflandırma problemi için simülasyon çalışmasıyapılmıştır. Sonuçlar, yüksek korelasyonlu yapılar için yakınlık matrisitabanlı atama yönteminin kullanılması gerektiğini, orta ve düşük korelasyonluyapılar için ise en yakın komşu ile değer atama yönteminin tercih edilmesigerektiğini göstermektedir.

Hidrojen, yüksek enerji yoğunluğu ve çevreyezarar vermeyen özellikleri ile geleceğin enerji taşıyıcısı olarakgörülmektedir. Doğada saf halde bulunmayan hidrojen, gaz karışımından çeşitlitekniklerle ayrılabilmektedir. Bu ayırmaprosesleri içerisinde yer alan membran teknolojisi, enerji verimliliği vemekanik dayanıklılığı sayesinde son yıllarda dikkati üzerine çekmiştir. Membranteknolojileri içinde yer alan ve membran içerisine dolgu maddesi ilavesiyleoluşturulan karışık matriksli membranlar (MMM) ile gaz ayırma özelliklerininiyileştirildiği görülmüştür. Karışık matriksli membranlarda dolgu maddesiolarak kullanılan MOF yapıları da yüksek yüzey alanları ve gözenekhacimlerinden dolayı tercih edilmekte ve gaz geçirgenliğine olumlu etkiyapmaktadır. Bu çalışmada, iki farklı metal kullanarak NiCoMOF-5 yapısısentezlenmiştir. Karışık matriksli membran hazırlamak üzere poliimit membranaNiCoMOF-5 ilave edilmiştir. Oluşturulan yapılar çeşitli karakterizasyonişlemlerine tabi tutulmuştur. Sonuçlar, karışık matriksli membranın başarılıbir şekilde sentezlendiğini ve MOF ilave edilen poliimit membranın safpoliimide göre gaz geçirgenlik performansını arttırdığını göstermiştir, Hydrogen is seen as the energy carrier of thefuture with its high energy density and envrironmental friendly properties. Since hydrogen is not pure in nature, it can beseparated from the gas mixture by various techniques. Membrane technologyinvolved in hydrogen separation processes has attracted attention in recentyears thanks to its energy efficiency and mechanical strength. It has beenfound that the mixed matrix membranes formed by the addition of the fillermaterial inside the membrane technology improve the gas separation properties.MOF structures used as a filler material are also preferred due to their highsurface area and pore volume and have a positive effect on gas permeability. Inthis work, NiCoMOF-5 structure was synthesized using two different metals.Then, NiCoMOF-5 was added into polyimide membrane to prepare a mixed matrixmembrane. The obtained MOF and MMM structures were evaluated variouscharacterization procedures. The results show that the mixed matrix membrane issuccessfully synthesized and that the MOF added polyimide membrane improves thegas permeability performance relative to the pure polyimide.