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1. A new method for quantifying treeline-ecotone change based on multiple spatial pattern dimensions

Author: Birre, Déborah, Feuillet, Thierry, Lagalis, Roman, Milian, Johan, Alexandre, Frédéric, Sheeren, David, Serrano-Notivoli, Roberto, Vignal, Matthieu, Bader, Maaike, Centre de recherche pluridisciplinaire en Lettres, Langues, Sciences Humaines et des Sociétés (Pléiade), Université Sorbonne Paris Nord, Identité et Différenciation de l’Espace, de l’Environnement et des Sociétés (IDEES), Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université Le Havre Normandie (ULH), Normandie Université (NU)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche Interdisciplinaire Homme et Société (IRIHS), Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU), Université Paris Cité (UPCité), Laboratoire Dynamiques Sociales et Recomposition des Espaces (LADYSS), Université Paris 1 Panthéon-Sorbonne (UP1)-Université Paris 8 Vincennes-Saint-Denis (UP8)-Université Paris Nanterre (UPN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Mnemonic Synergy (Mnemosyne), Laboratoire Bordelais de Recherche en Informatique (LaBRI), Université de Bordeaux (UB)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bordeaux (UB)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Bordeaux - Sud-Ouest, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut des Maladies Neurodégénératives [Bordeaux] (IMN), Université de Bordeaux (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Dynamiques et écologie des paysages agriforestiers (DYNAFOR), École nationale supérieure agronomique de Toulouse (ENSAT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Universidad de Zaragossa, Études des Structures, des Processus d’Adaptation et des Changements de l’Espace (ESPACE), Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Avignon Université (AU)-Aix Marseille Université (AMU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Côte d'Azur (UCA), Philipps Universität Marburg = Philipps University of Marburg, ANR-21-CE03-0002,SpatialTreeP,Mobilité de la limite supérieure de la forêt subalpine dans les Pyrénées : pour une meilleure compréhension des interactions entre changement climatique, mutations anthropiques et effets de site(2021), École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), and Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)
Subjects: Ecology, Alpine treeline ecotone Landscape metrics Structural shift Spatio-temporal PCA French Pyrenees, [SDV]Life Sciences [q-bio], Geography, Planning and Development, French Pyrenees, Landscape metrics, Spatio-temporal PCA, Structural shift, Alpine treeline ecotone, Nature and Landscape Conservation
Abstract: Context Treeline-ecotone spatial patterns and their dynamics reflect underlying processes. Changes in ecotone pattern may reflect changes in climatic drivers or land-use practices. However, characterizing these dynamics presents a major challenge, limiting our ability to map, understand and predict changes in the upper limits of mountain forests. Objective This paper proposes a new method using multiple pattern dimensions to describe treeline-ecotone spatial pattern shifts. This standardized protocol should be able to (i) distinguish different types of treeline-ecotone patterns within a large study area, (ii) characterize temporal pattern shifts in spatial pattern between two or more dates. Method We mapped alpine treeline ecotones (ATE) at 648 sites in the eastern French Pyrenees using aerial images from ~ 1955 and ~ 2015, identifying forest and non-forest areas at the hillslope scale. Extracted patch metrics were summarized using a Principle Component Analysis (PCA) and spatial pattern change was quantified from the shift in the PCA space and compared to elevational shifts. Results Three clusters of patterns were distinguished: diffuse, discrete and island-forming ATEs. Between 1955 and 2015, about half of the sites changed from one pattern cluster to another. Shifts into discrete ATEs were associated with smaller and negative elevational shifts, while shifts into diffuse ATEs coincided with the highest positive elevational shifts. Conclusion The proposed method allows a standardized and repeatable quantification of vegetation pattern change in alpine treeline ecotones based on historical aerial imagery. Seeing the importance of treeline-ecotone shifts for alpine biodiversity, we encourage the use of this protocol to better understand treeline dynamics at treelines globally.
Published: 2023

2. Obesogenic diet leads to luminal overproduction of the complex IV inhibitor H 2 S and mitochondrial dysfunction in mouse colonocytes

Author: Thomas Guerbette, Martin Beaumont, Mireille Andriamihaja, Vincent Ciesielski, Jean‐Baptiste Perrin, Régis Janvier, Gwénaëlle Randuineau, Patricia Leroyer, Olivier Loréal, Vincent Rioux, Gaëlle Boudry, Annaïg Lan, Nutrition, Métabolismes et Cancer (NuMeCan), Université de Rennes (UR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-École nationale supérieure agronomique de Toulouse (ENSAT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Physiologie de la Nutrition et du Comportement Alimentaire (PNCA (UMR 0914)), AgroParisTech-Université Paris-Saclay-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), TG was partly funded by Region Bretagne (grant no. 300000592)., Département Alimentation Humaine - INRAE (ALIM-H), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut Agro Rennes Angers, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), and Region Bretagne (grant no. 300000592)
Subjects: obesity, [SDV.BA.MVSA]Life Sciences [q-bio]/Animal biology/Veterinary medicine and animal Health, high fat diet, [SDV.BC]Life Sciences [q-bio]/Cellular Biology, [SDV.TOX.TCA]Life Sciences [q-bio]/Toxicology/Toxicology and food chain, Biochemistry, mitochondria, Genetics, microbiota, Molecular Biology, intestine, [SDV.AEN]Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, [SDV.MHEP]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology, Biotechnology
Abstract: International audience; Obesity is characterized by systemic low-grade inflammation associated with disturbances of intestinal homeostasis and microbiota dysbiosis. Mitochondrial metabolism sustains epithelial homeostasis by providing energy to colonic epithelial cells (CEC) but can be altered by dietary modulations of the luminal environment. Our study aimed at evaluating whether the consumption of an obesogenic diet alters the mitochondrial function of CEC in mice. Mice were fed for 22 weeks with a 58% kcal fat diet (diet-induced obesity [DIO] group) or a 10% kcal fat diet (control diet, CTRL). Colonic crypts were isolated to assess mitochondrial function while colonic content was collected to characterize microbiota and metabolites. DIO mice developed obesity, intestinal hyperpermeability, and increased endotoxemia. Analysis of isolated colonic crypt bioenergetics revealed a mitochondrial dysfunction marked by decreased basal and maximal respirations and lower respiration linked to ATP production in DIO mice. Yet, CEC gene expression of mitochondrial respiration chain complexes and mitochondrial dynamics were not altered in DIO mice. In parallel, DIO mice displayed increased colonic bile acid concentrations, associated with higher abundance of Desulfovibrionaceae. Sulfide concentration was markedly increased in the colon content of DIO mice. Hence, chronic treatment of CTRL mouse colon organoids with sodium sulfide provoked mitochondrial dysfunction similar to that observed in vivo in DIO mice while acute exposure of isolated mitochondria from CEC of CTRL mice to sodium sulfide diminished complex IV activity. Our study provides new insights into colon mitochondrial dysfunction in obesity by revealing that increased sulfide production by DIO-induced dysbiosis impairs complex IV activity in mouse CEC.
Published: 2023

3. Trait‐habitat associations explain novel bird assemblages mixing native and alien species across New Zealand landscapes

Author: Paul Dufour, Marc Deconchat, Jean-Yves Barnagaud, Luc Barbaro, Raphael Mossion Mossion, Sandrine Pavoine, Eckehard G. Brockerhoff, Centre d’Ecologie Fonctionnelle et Evolutive (CEFE), Université Paul-Valéry - Montpellier 3 (UPVM)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), University of Canterbury [Christchurch], Swiss Federal Research Institute, Laboratoire d'Ecologie Alpine (LECA ), Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA), Centre d'Ecologie et des Sciences de la COnservation (CESCO), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Dynamiques et écologie des paysages agriforestiers (DYNAFOR), École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université Paul-Valéry - Montpellier 3 (UPVM)-École Pratique des Hautes Études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro - Montpellier SupAgro, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), École nationale supérieure agronomique de Toulouse (ENSAT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Centre Mediterraneen de l'Environnement et de la Biodiversite: project BIOTA, and New Zealand Foundation for Research, Science and Technology C04X0214 GDR 3645 ECOSTAT
Subjects: 0106 biological sciences, bird communities, Ecology, phylogenetic analysis, [SDV]Life Sciences [q-bio], biological invasions, landscape composition, RLQ, 15. Life on land, Biology, ecological traits, 010603 evolutionary biology, 01 natural sciences, 010601 ecology, native habitats, Habitat, endemism, island, Trait, Endemism, Alien species, Ecology, Evolution, Behavior and Systematics, Mixing (physics)
Abstract: International audience; Aim: Species introductions have reshaped island faunas for the last 200 years, often threatening native biodiversity. Approximately equal numbers of native and alien species currently co-occur in the New Zealand avifauna, but they show distinct habitat use. Antagonistic interactions, habitat affinities and legacies of introduction history may concur to explain their segregation along habitat gradients. To investigate these processes, we explored how habitat, ecological traits and introduction history relate with the current composition of bird assemblages.Location New Zealand, Taxon BirdsMethods: We analysed 917 bird point counts spread along habitat and elevation gradients in the Canterbury region, South Island and related 10 ecological traits to landscape composition using a three-table ordination method known as “RLQ analysis”, accounting for spatial autocorrelation and phylogeny. We tested whether alien species’ positions in the RLQ were related to proxies of introduction history.Results: Eighteen endemic, 11 native and 19 alien species were distributed along a gradient from forest to open-habitat assemblages, in relation to foraging mode, nesting site and body size. A second gradient segregated species between native and exotic forests according to territoriality, sedentarity and diet. Traits accounted for the separation of native and alien bird species in forests, but not in open habitats. Phylogenetic signals emerged from the separation of native and alien species by forest type, and spatial structures suggested a landscape-level, rather than regional or local determinism. These correlations were independent of introduction history, although open-habitat assemblages tended to host alien species introduced later in time.Main conclusions: Habitat type and resource availability explain the spatial partitioning of New Zealand bird assemblages between native and alien species more consistently than competitive exclusion. We conclude that trait-mediated ecological differences among species have likely played a predominant role in species’ segregation among landscapes, while maintaining endemic bird assemblages in native forests.
Published: 2021

4. Interaction of two MADS-box genes leads to growth phenotype divergence of all-flesh type of tomatoes

Author: Huang, Baowen, Hu, Guojian, Wang, Keke, Frasse, Pierre, Maza, Elie, Djari, Anis, Deng, Wei, Pirrello, Julien, Burlat, Vincent, Pons, Clara, Granell, Antonio, Li, Zhengguo, van der Rest, Benoît, Bouzayen, Mondher, Génomique et Biotechnologie des Fruits (GBF), École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Laboratoire de Recherche en Sciences Végétales (LRSV), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Génomique et Biotechnologie des Fruits, Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Chongqing University [Chongqing], Dynamique et Evolution des Parois cellulaires végétales, Universitat Politècnica de València (UPV), European Project: 679796,H2020,H2020-SFS-2015-2,TomGEM(2016), European Project: 101000716,HARNESSTOM, École nationale supérieure agronomique de Toulouse (ENSAT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT), and Université de Toulouse (UT)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3)
Subjects: Agricultural genetics, Gene Expression Profiling, Science, fungi, Genetic Variation, food and beverages, MADS Domain Proteins, Molecular engineering in plants, Article, Plant breeding, Phenotype, Solanum lycopersicum, Cell Wall, Gene Expression Regulation, Plant, Fruit, Mutation, Plant development, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, Cell Proliferation, Plant Proteins
Abstract: [EN] All-flesh tomato cultivars are devoid of locular gel and exhibit enhanced firmness and improved postharvest storage. Here, we show that SlMBP3 is a master regulator of locular tissue in tomato fruit and that a deletion at the gene locus underpins the All-flesh trait. Intriguingly, All-flesh varieties lack the deleterious phenotypes reported previously for SlMBP3 under-expressing lines and which preclude any potential commercial use. We resolve the causal factor for this phenotypic divergence through the discovery of a natural mutation at the SlAGL11 locus, a close homolog of SlMBP3. Misexpressing SlMBP3 impairs locular gel formation through massive transcriptomic reprogramming at initial phases of fruit development. SlMBP3 influences locule gel formation by controlling cell cycle and cell expansion genes, indicating that important components of fruit softening are determined at early pre-ripening stages. Our findings define potential breeding targets for improved texture in tomato and possibly other fleshy fruits. The all-flesh type of tomato fruits is caused by mutation of the MBP3 gene, however, knocking down MBP3 in certain genotypes also affect plant and fruit development. Here, the authors show that a natural mutation of AGL11, a close homolog of MBP3, is responsible for the phenotypic divergence., The authors are grateful to L. Lemonnier and D. Saint-Martin for transformation and cultivation of tomato plants and GeT-PlaGe core facility (INRAe Toulouse) for ChIP deep sequencing. The authors also want to thank Dr. Christian Chevalier (INRAE et Univsersite de Bordeaux) for helping in analyzing genes related to cell cycle, cell division, and endoreduplication in tomato. This research was supported by the EU H2020 TomGEM 679796 and HARNESSTOM 101000716 projects.
Published: 2021

5. New residual feed intake criterion for longitudinal data

Author: Ingrid David, Hélène Gilbert, Van-Hung Huynh Tran, Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-École nationale supérieure agronomique de Toulouse (ENSAT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), European Project: 633531,H2020,H2020-SFS-2014-2,Feed-a-Gene(2015), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), and Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)
Subjects: Livestock, Time Factors, Biology, QH426-470, Weight Gain, Polymorphism, Single Nucleotide, Feed conversion ratio, SF1-1100, Poultry, 03 medical and health sciences, Quantitative Trait, Heritable, Statistics, Linear regression, Genetics, Animals, Ecology, Evolution, Behavior and Systematics, Selection (genetic algorithm), 030304 developmental biology, 0303 health sciences, Models, Genetic, 0402 animal and dairy science, Regression analysis, 04 agricultural and veterinary sciences, General Medicine, Heritability, 040201 dairy & animal science, Regression, Animal culture, [SDV.GEN.GA]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Animal genetics, Trait, Animal Nutritional Physiological Phenomena, Gene-Environment Interaction, Animal Science and Zoology, Residual feed intake, Research Article, Genome-Wide Association Study
Abstract: Background Residual feed intake (RFI) is one measure of feed efficiency, which is usually obtained by multiple regression of feed intake (FI) on measures of production, body weight gain and tissue composition. If phenotypic regression is used, the resulting RFI is generally not genetically independent of production traits, whereas if RFI is computed using genetic regression coefficients, RFI and production traits are independent at the genetic level. The corresponding regression coefficients can be easily derived from the result of a multiple trait model that includes FI and production traits. However, this approach is difficult to apply in the case of multiple repeated measurements of FI and production traits. To overcome this difficulty, we used a structured antedependence approach to account for the longitudinality of the data with a phenotypic regression model or with different genetic and environmental regression coefficients [multi- structured antedependence model (SAD) regression model]. Results After demonstrating the properties of RFI obtained by the multi-SAD regression model, we applied the two models to FI and production traits that were recorded for 2435 French Large White pigs over a 10-week period. Heritability estimates were moderate with both models. With the multi-SAD regression model, heritability estimates were quite stable over time, ranging from 0.14 ± 0.04 to 0.16 ± 0.05, while heritability estimates showed a U-shaped profile with the phenotypic regression model (ranging from 0.19 ± 0.06 to 0.28 ± 0.06). Estimates of genetic correlations between RFI at different time points followed the same pattern for the two models but higher estimates were obtained with the phenotypic regression model. Estimates of breeding values that can be used for selection were obtained by eigen-decomposition of the genetic covariance matrix. Correlations between these estimated breeding values obtained with the two models ranged from 0.66 to 0.83. Conclusions The multi-SAD model is preferred for the genetic analysis of longitudinal RFI because, compared to the phenotypic regression model, it provides RFI that are genetically independent of production traits at all time points. Furthermore, it can be applied even when production records are missing at certain time points.
Published: 2021

6. Weaning-associated feed deprivation stress causes microbiota disruptions in a novel mucin-containing in vitro model of the piglet colon (MPigut-IVM)

Author: Gresse, Raphaële, Chaucheyras-Durand, Frédérique, Denis, Sylvain, Beaumont, Martin, Van de Wiele, Tom, Forano, Evelyne, Blanquet-Diot, Stéphanie, Microbiologie Environnement Digestif Santé (MEDIS), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA), Lallemand SAS, Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Universiteit Gent = Ghent University [Belgium] (UGENT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-École nationale supérieure agronomique de Toulouse (ENSAT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), and Universiteit Gent = Ghent University (UGENT)
Subjects: Agriculture and Food Sciences, Colon, [SDV]Life Sciences [q-bio], animal diseases, Veterinary medicine, DIVERSITY, Weaning, SF1-1100, CONTINUOUS-CULTURE, fluids and secretions, SF600-1100, SMALL-INTESTINE, Research, Microbiota, Piglet, GUT MICROBIOTA, TIME, Animal culture, SP NOV, CHAIN FATTY-ACIDS, In vitro gut model, Mucin, GASTROINTESTINAL-TRACT, Dysbiosis, GEN. NOV, HEALTH
Abstract: Background Risk factors for the etiology of post-weaning diarrhea, a major problem in swine industry associated with enormous economic losses, remain to be fully elucidated. In concordance with the ethical concerns raised by animal experiments, we developed a new in vitro model of the weaning piglet colon (MPigut-IVM) including a mucin bead compartment to reproduce the mucus surface from the gut to which gut microbes can adhere. Results Our results indicated that the MPigut-IVM is able to establish a representative piglet archaeal and bacterial colon microbiota in terms of taxonomic composition and function. The MPigut-IVM was consequently used to investigate the potential effects of feed deprivation, a common consequence of weaning in piglets, on the microbiota. The lack of nutrients in the MPigut-IVM led to an increased abundance of Prevotellaceae and Escherichia-Shigella and a decrease in Bacteroidiaceae and confirms previous in vivo findings. On top of a strong increase in redox potential, the feed deprivation stress induced modifications of microbial metabolite production such as a decrease in acetate and an increase in proportional valerate, isovalerate and isobutyrate production. Conclusions The MPigut-IVM is able to simulate luminal and mucosal piglet microbiota and represent an innovative tool for comparative studies to investigate the impact of weaning stressors on piglet microbiota. Besides, weaning-associated feed deprivation in piglets provokes disruptions of MPigut-IVM microbiota composition and functionality and could be implicated in the onset of post-weaning dysbiosis in piglets. Supplementary Information The online version contains supplementary material available at 10.1186/s40104-021-00584-0.
Published: 2021

7. A genome-wide epistatic network underlies the molecular architecture of continuous color variation of body extremities

Author: Julie Demars, Yann Labrune, Nathalie Iannuccelli, Alice Deshayes, Sophie Leroux, Hélène Gilbert, Patrick Aymard, Florence Benitez, Juliette Riquet, Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-École nationale supérieure agronomique de Toulouse (ENSAT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Stabilité génétique, cellules souches et radiations (SGCSR (U_1274 / UMR_E_008)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris-Saclay-Université Paris Cité (UPCité), Département Génétique Animale, INRAE, Laboratoire GenPhySE - Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage, Centro Nacional de Genotipado (CeGen), GenoToul bioinformatics, European Project: 633531,H2020,H2020-SFS-2014-2,Feed-a-Gene(2015), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Demars, Julie, and Adapting the feed, the animal and the feeding techniques to improve the efficiency and sustainability of monogastric livestock production systems - Feed-a-Gene - - H20202015-03-01 - 2020-02-29 - 633531 - VALID
Subjects: epistasis, Melanogenesis, [SDV.BIO]Life Sciences [q-bio]/Biotechnology, LD, epistasis Melanogenesis Recessivity BAF, CNV, LRR, SNP, local false sign rate, Oryctolagus cuniculus, Coat coloration Copy number variation, credible set, single nucleotide polymorphism, [SDV.BBM.GTP]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], Genetics, LFSR, GWAS, B allele frequency, genome wide association study, [SDV.BA.MVSA]Life Sciences [q-bio]/Animal biology/Veterinary medicine and animal Health, Copy number variation, Recessivity, [SDV.BA.MVSA] Life Sciences [q-bio]/Animal biology/Veterinary medicine and animal Health, PIP, posterior inclusion probability, [SDV.BIO] Life Sciences [q-bio]/Biotechnology, Coat coloration, [SDV.BBM.GTP] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], CS, Ocu, linkage disequilibrium, log R ratio
Abstract: International audience; Deciphering the molecular architecture of coat coloration for a better understanding of the biological mechanisms underlying pigmentation still remains a challenge. We took advantage of a rabbit French experimental population in which both a pattern and a gradient of coloration from white to brown segregated within the himalayan phenotype. The whole experimental design was genotyped using the high density Affymetrix® AxiomOrcun™ SNP Array and phenotyped into 6 different groups ordered from the lighter to the darker. Genome-wide association analyses pinpointed an oligogenic determinism, under recessive and additive inheritance, involving genes already known in melanogenesis (ASIP, KIT, MC1R, TYR), and likely processed pseudogenes linked to ribosomal function, RPS20 and RPS14. We also identified (i) gene-gene interactions through ASIP:MC1R affecting light cream/beige phenotypes while KIT:RPS responsible of dark chocolate/brown colors and (ii) a genome-wide epistatic network involving several others coloration genes such as POT1 or HPS5. Finally, we determined the recessive inheritance of the English spotting phenotype likely involving a copy number variation affecting at least the end of the coding sequence of the KIT gene. Our analyses of coloration as a continuous trait allowed us to go beyond much of the established knowledge through the detection of additional genes and gene-gene interactions that may contribute to the molecular architecture of the coloration phenotype.
Published: 2022

8. Sentinel-HR Phase 0 Report

Author: Julien Michel, Olivier Hagolle, Jean-Marc Delvit, Martin Thierry, Lebegue Laurent, David Laubier, Jean Philippe Mallet, Legenne Jérome, Joël Michaud, Vinasco-Salinas Juan, Christelle Iliopoulos, Sébastien Le Corre, Pauline Dusseux, Andreas Max Kääb, Hervé Yesou, Jeremie Mouginot, Stephanie Battiston, Stephen Clandillon, Bergsma, Erwin W. J., Etienne Berthier, Antoine Lucas, Jean-François Dejoux, Gérard Dedieu, Anne Puissant, Sylvain Ferrant, David Sheeren, Antoine Lefevre, Jean-Philippe Cantou, Jean-François Crétaux, Rafael Almar, Camille Lelong, Pierre Maurel, Jean-François Faure, Jean Nabucet, Thomas Corpetti, Pierre-Alexis Herrault, Centre d'études spatiales de la biosphère (CESBIO), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Observatoire Midi-Pyrénées (OMP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Météo-France -Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Météo-France -Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES), Centre National d'Etudes Spatiales - Direction Des Lanceurs. (CNES), Ecole et Observatoire des Sciences de la Terre (EOST), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Toulouse Capitole (UT Capitole), Université de Toulouse (UT), Pacte, Laboratoire de sciences sociales (PACTE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Sciences Po Grenoble - Institut d'études politiques de Grenoble (IEPG), Université Grenoble Alpes (UGA), University of Oslo (UiO), Laboratoire des sciences de l'ingénieur, de l'informatique et de l'imagerie (ICube), École Nationale du Génie de l'Eau et de l'Environnement de Strasbourg (ENGEES)-Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National des Sciences Appliquées - Strasbourg (INSA Strasbourg), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Les Hôpitaux Universitaires de Strasbourg (HUS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Matériaux et Nanosciences Grand-Est (MNGE), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Université de Haute-Alsace (UHA) Mulhouse - Colmar (Université de Haute-Alsace (UHA))-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Strasbourg (UNISTRA)-Université de Haute-Alsace (UHA) Mulhouse - Colmar (Université de Haute-Alsace (UHA))-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Réseau nanophotonique et optique, Université de Strasbourg (UNISTRA)-Université de Haute-Alsace (UHA) Mulhouse - Colmar (Université de Haute-Alsace (UHA))-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Strasbourg (UNISTRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut des Géosciences de l’Environnement (IGE), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP ), Laboratoire d'études en Géophysique et océanographie spatiales (LEGOS), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Météo-France -Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Météo-France -Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Physique du Globe de Paris (IPGP (UMR_7154)), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de La Réunion (UR)-Institut de Physique du Globe de Paris (IPG Paris)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Laboratoire Image, Ville, Environnement (LIVE), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Dynamiques et écologie des paysages agriforestiers (DYNAFOR), École nationale supérieure agronomique de Toulouse (ENSAT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Kermap [Rennes], Institut National de l'Information Géographique et Forestière [IGN] (IGN), Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Territoires, Environnement, Télédétection et Information Spatiale (UMR TETIS), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-AgroParisTech-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Département Environnements et Sociétés (Cirad-ES), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), UMR 228 Espace-Dev, Espace pour le développement, Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Perpignan Via Domitia (UPVD)-Avignon Université (AU)-Université de La Réunion (UR)-Université de Guyane (UG)-Université des Antilles (UA)-Université de Montpellier (UM), Littoral, Environnement, Télédétection, Géomatique UMR 6554 (LETG), Université de Brest (UBO)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Géographie et d'Aménagement Régional de l'Université de Nantes (Nantes Univ - IGARUN), Nantes Université - pôle Humanités, Nantes Université (Nantes Univ)-Nantes Université (Nantes Univ)-Nantes Université - pôle Humanités, Nantes Université (Nantes Univ)-Nantes Université (Nantes Univ), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), CNES - Centre national d'études spatiales, CESBIO, Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Observatoire Midi-Pyrénées (OMP), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Météo-France -Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Météo-France -Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université Toulouse 1 Capitole (UT1), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Sciences Po Grenoble - Institut d'études politiques de Grenoble (IEPG ), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Matériaux et nanosciences d'Alsace (FMNGE), Institut de Physique du Globe de Paris (IPGP), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-IPG PARIS-Université de La Réunion (UR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Météo-France -Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Météo-France -Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Empenn, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Inria Rennes – Bretagne Atlantique, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-SIGNAL, IMAGE ET LANGAGE (IRISA-D6), Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-IMT Atlantique (IMT Atlantique), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Université de Rennes 1 (UR1), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-IMT Atlantique (IMT Atlantique), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT), Université de Brest (UBO)-Université de Rennes 2 (UR2), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Géographie et d'Aménagement Régional de l'Université de Nantes (NantesUniv – IGARUN), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Météo-France -Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Météo-France -Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Météo-France -Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Météo-France -Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université de Brest (UBO)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Géographie et d'Aménagement Régional de l'Université de Nantes (NantesUniv – IGARUN), and Michel, Julien
Subjects: Télédétection, Time archive, [SDU.STU] Sciences of the Universe [physics]/Earth Sciences, [SDU.STU]Sciences of the Universe [physics]/Earth Sciences, Radiometry
Published: 2022

9. Runs of homozygosity provide a genome landscape picture of inbreeding and genetic history of European autochthonous and commercial pig breeds

Author: Christoph Zimmer, Marie-José Mercat, Rui Charneca, Cristina Óvilo, Goran Kušec, Anisa Ribani, Estefania Alves, J.M. Martins, Juliette Riquet, Raquel Quintanilla, G. Usai, Samuele Bovo, Valerio Joe Utzeri, Maurizio Gallo, Ana Isabel Fernández, Yolanda Núñez, Danijel Karolyi, Violeta Razmaite, María Muñoz, Giuseppina Schiavo, Fabián García, Riccardo Bozzi, Luca Fontanesi, Čedomir Radović, Radomir Savić, Marjeta Čandek-Potokar, José Pedro Araújo, University of Bologna, Instituto Nacional de Investigación y Tecnología Agraria y Alimentaria = National Institute for Agricultural and Food Research and Technology (INIA), Polytechnic Institute of Porto, Université de Florence, Università degli Studi di Firenze = University of Florence [Firenze] (UNIFI), Mediterranean Institute for Agriculture, Environment and Development (MED), University of Évora [Portugal], Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), University of Bologna RFO 2016-2019 programs, European Project: 634476,H2020,H2020-SFS-2014-2,TREASURE(2015), Schiavo G., Bovo S., Munoz M., Ribani A., Alves E., Araujo J.P., Bozzi R., Candek-Potokar M., Charneca R., Fernandez A.I., Gallo M., Garcia F., Karolyi D., Kusec G., Martins J.M., Mercat M.-J., Nunez Y., Quintanilla R., Radovic C., Razmaite V., Riquet J., Savic R., Usai G., Utzeri V.J., Zimmer C., Ovilo C., Fontanesi L., University of Bologna/Università di Bologna, Università degli Studi di Firenze = University of Florence (UniFI), Agricultural Institute of Slovenia, University of Zagreb, J.J. Strossmayer University of Osijek, Institut du Porc (IFIP), Institut de Recerca i Tecnologia Agroalimentàries = Institute of Agrifood Research and Technology (IRTA), Inst Anim Husb, Lithuanian Univ Hlth Sci, Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-École nationale supérieure agronomique de Toulouse (ENSAT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), University of Belgrade [Belgrade], AGRIS sardegna, Bäuerliche Erzeugergemeinschaft Schwäbisch Hall (BESH), Università di Bologna, European Commission, Schiavo, G., Bovo, S., Ribani, A., Araújo, J.P., Bozzi, R., Čandek-Potokar, M., Charneca, R., Fernandez, A.I., Kušec, G., Campos Martín, José Miguel, Mercat, M.J., Núñez, Y., Quintanilla, R., Radović, Č., Razmaite, V., Riquet, J., Savić, R., Usai, G., Utzeri, V.J., Fontanesi, L., Géosciences Montpellier, Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Université des Antilles (UA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Alma Mater Studiorum Università di Bologna [Bologna] (UNIBO), Centro de Ciências e Tecnologias Nucleares (C2TN), Instituto Politécnico de Viana do Castelo, UNIVERSITY OF FIRENZE (UNIVERSITY OF FIRENZE), and Spanish National Research Council [Madrid] (CSIC)
Subjects: 0301 basic medicine, [SDV]Life Sciences [q-bio], Sus scrofa, [SDV.SA.AGRO]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences/Agronomy, Runs of Homozygosity, population genomic, Population genomics, single nucleotide polymorphism, Genotype, Inbreeding, autozygosity, population genomics, selection signature, 2. Zero hunger, education.field_of_study, Genome, [SDV.BA]Life Sciences [q-bio]/Animal biology, Homozygote, Single Nucleotide, 04 agricultural and veterinary sciences, General Medicine, Europe, Genetic structure, Population, Autozygosity, Single-nucleotide polymorphism, [SDV.SA.ZOO]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences/Zootechny, [SDV.BC]Life Sciences [q-bio]/Cellular Biology, Biology, Polymorphism, Single Nucleotide, 03 medical and health sciences, Genetics, Animals, Population Density, Polymorphism, education, 0402 animal and dairy science, Selection signature, biology.organism_classification, 040201 dairy & animal science, Single nucleotide polymorphism, 030104 developmental biology, Evolutionary biology, Animal Science and Zoology, Sarda
Abstract: 16 Pág. Departamento de Mejora Genética Animal, ROHs are long stretches of DNA homozygous at each polymorphic position. The proportion of genome covered by ROHs and their length are indicators of the level and origin of inbreeding. Frequent common ROHs within the same population define ROH islands and indicate hotspots of selection. In this work, we investigated ROHs in a total of 1131 pigs from 20 European local pig breeds and in three cosmopolitan breeds, genotyped with the GGP Porcine HD Genomic Profiler. plink software was used to identify ROHs. Size classes and genomic inbreeding parameters were evaluated. ROH islands were defined by evaluating different thresholds of homozygous SNP frequency. A functional overview of breed-specific ROH islands was obtained via over-representation analyses of GO biological processes. Mora Romagnola and Turopolje breeds had the largest proportions of genome covered with ROH (~1003 and ~955 Mb respectively), whereas Nero Siciliano and Sarda breeds had the lowest proportions (~207 and 247 Mb respectively). The highest proportion of long ROH (>16 Mb) was in Apulo-Calabrese, Mora Romagnola and Casertana. The largest number of ROH islands was identified in the Italian Landrace (n = 32), Cinta Senese (n = 26) and Lithuanian White Old Type (n = 22) breeds. Several ROH islands were in regions encompassing genes known to affect morphological traits. Comparative ROH structure analysis among breeds indicated the similar genetic structure of local breeds across Europe. This study contributed to understanding of the genetic history of the investigated pig breeds and provided information to manage these pig genetic resources., This work has been funded by University of Bologna RFO 2016-2019 programs and by the European Union’s Horizon 2020 research and innovation programme (TREASURE project – grant agreement no. 634476). The content of this work reflects only the authors’ view and the European Union Agency is not responsible for any use that may be made of the information it contains.
Published: 2022

10. Digestive efficiency traits in growing pigs are genetically correlated with sow litter traits in the Large White breed

Author: A. Bouquet, V. Déru, B. Blanchet, P. Ganier, L. Flatrès-Grall, B. Ligonesche, C. Carillier-Jacquin, E. Labussière, H. Gilbert, Gilbert, Hélène, Adapting the feed, the animal and the feeding techniques to improve the efficiency and sustainability of monogastric livestock production systems - Feed-a-Gene - - H20202015-03-01 - 2020-02-29 - 633531 - VALID, Institut du Porc (IFIP), Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), France Génétique Porc, Physiologie et Phénotypage des Porcs (UE 3P ), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] (PEGASE), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro Rennes Angers, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Metatoul AXIOM (E20 ), MetaboHUB-MetaToul, Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-ToxAlim (ToxAlim), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Nucléus, European Project: 633531,H2020,H2020-SFS-2014-2,Feed-a-Gene(2015), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-INSTITUT AGRO Agrocampus Ouest, Analyse de Xénobiotiques, Identification, Métabolisme (E20 Metatoul-AXIOM), MetaToul-MetaboHUB, Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-École nationale supérieure agronomique de Toulouse (ENSAT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), MetaboHUB-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-MetaboHUB-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-ToxAlim (ToxAlim), Université de Toulouse (UT)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INP - PURPAN), and Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INP - PURPAN)
Subjects: Male, [SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, Swine, Feed efficiency, Weaning, [SDV.GEN.GA] Life Sciences [q-bio]/Genetics/Animal genetics, SF1-1100, 03 medical and health sciences, Eating, Pregnancy, [SDV.BA.ZV]Life Sciences [q-bio]/Animal biology/Vertebrate Zoology, Animals, Lactation, coefficients, 030304 developmental biology, 2. Zero hunger, 0303 health sciences, [SDV.SA] Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences, Pig, [SDV.BA.MVSA]Life Sciences [q-bio]/Animal biology/Veterinary medicine and animal Health, Piglet survival, Reproduction, 0402 animal and dairy science, [SDV.BA.MVSA] Life Sciences [q-bio]/Animal biology/Veterinary medicine and animal Health, 04 agricultural and veterinary sciences, 040201 dairy & animal science, Digestibility coefficients, Animal culture, [SDV.GEN.GA]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Animal genetics, Litter size, Digestibility, Animal Science and Zoology, Female, [SDV.BA.ZV] Life Sciences [q-bio]/Animal biology/Vertebrate Zoology
Abstract: International audience; Digestive efficiency traits are promising selection criteria to improve feed efficiency in pigs. However, the genetic relationships between digestive efficiency and sow reproductive traits are mostly unknown and need to be estimated. In this study, reproductive traits were available for 61 601 litters recorded on 21 719 Large White purebred sows. The traits were comprised of the number of born alive (NBA) and the number of weaned piglets (NWP), the number of stillbirths (NSB) and piglet mortality during suckling (PM). For a subset of 32 518 litters, the mean (MBW) and CV of piglet birth weights (CVBW) were deduced from individual piglet weights as well as the proportion of piglets weighing less than 1 kg (PPL1K). Growth and feed efficiency traits were available for 4 643 Large White male pigs related to sows with reproductive performances. They comprised average daily gain (ADG), daily feed intake (DFI) and feed conversion ratio (FCR). A subset of 1 391 pigs had predictions for digestibility coefficients (DC) of energy, organic matter and nitrogen obtained by analysing faecal samples with near-infrared spectrometry. Estimated heritabilities were low for NBA, NSB, NWP and PM (0.08 ± 0.01 to 0.11 ± 0.01) and low to moderate for litter weight characteristics (0.14 ± 0.02 to 0.38 ± 0.01). Heritability estimates were moderate to high for ADG, DFI and FCR (0.37 ± 0.04 to 0.54 ± 0.05) and moderate for DC traits (0.26 ± 0.06 to 0.38 ± 0.07). Genetic correlations were low between ADG, or alternatively FCR, and reproductive traits. They were significantly different from zero with MBW (0.19 ± 0.06 with ADG and 0.15 ± 0.06 with FCR) and PPL1K (0.19 ± 0.07 with ADG and 0.18 ± 0.07 with FCR). All genetic correlations between DFI and reproductive traits were low and not significantly different from zero. Genetic correlations between DC traits and NBA were significantly different from zero for DC of organic matter and energy (0.30 ± 0.11), CVBW (
Published: 2022

11. Genetics of digestive efficiency in growing pigs fed a conventional or a high‐fibre diet

Author: Alban Bouquet, Philippe Ganier, Benoît Blanchet, Etienne Labussière, Hélène Gilbert, Céline Carillier-Jacquin, Vanille Déru, Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), France Génétique Porc, Institut du Porc (IFIP), Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] (PEGASE), AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Physiologie et Phénotypage des Porcs (UE 3P ), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), European Project: 633531,H2020,H2020-SFS-2014-2,Feed-a-Gene(2015), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-École nationale supérieure agronomique de Toulouse (ENSAT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-INSTITUT AGRO Agrocampus Ouest, and Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)
Subjects: 0301 basic medicine, Dietary Fiber, Swine, Near-Infrared Spectrometry, Biology, Feed conversion ratio, digestive efficiency, high‐fibre diet, 03 medical and health sciences, Animal science, Food Animals, feed efficiency, Animals, genetics, High fibre diet, Carcass composition, 2. Zero hunger, 0402 animal and dairy science, Dietary fibre, pigs, Large white, 04 agricultural and veterinary sciences, General Medicine, Original Articles, 040201 dairy & animal science, Animal Feed, Diet, [SDV.GEN.GA]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Animal genetics, 030104 developmental biology, Body Composition, Pork Meat, Animal Science and Zoology, Original Article, Digestion, Residual feed intake, high-fibre diet
Abstract: International audience; The use of diets with increased dietary fibre content (HF) from alternative feedstuffs is a solution to limit the impact of increased feed costs on pig production. This study aimed at determining the impact of an alternative HF diet on pig digestibility and at estimating genetic parameters of this trait. Digestibility coefficients (DC) of energy, organic matter and nitrogen were predicted from faecal samples analysed with near infrared spectrometry for 1,242 samples, and it represented 654 Large White pigs fed a conventional (CO) diet and 588 fed a HF diet. Growth and feed efficiency traits, carcass composition and meat quality traits were recorded. Pigs fed the HF diet had significantly lower DC than pigs fed the CO diet (−4.5 to 6.0 points). The DC were moderately to highly heritable (about 0.26 ± 0.12 and 0.54 ± 0.15 in the CO and the HF diet, respectively). Genetic correlations were favourable with feed conversion ratio, daily feed intake and residual feed intake, but unfavourable with average daily gain (ADG) and carcass yield (CY). To conclude, DC could be an interesting trait to include in future breeding objectives if pigs were fed diet with HF diets, but adverse genetic trends with ADG and CY would have to be taken into account.
Published: 2020

12. Exploring the inclusion of genomic information and metafounders in Latxa dairy sheep genetic evaluations

Author: Granado-Tajada, I., Legarra, A., Ugarte, E., Instituto Vasco de Investigación y Desarrollo Agrario [Derio] (NEIKER), Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-École nationale supérieure agronomique de Toulouse (ENSAT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), project ARDI (Ardi Research Development and Investigation) - INTERREG POCTEFA (Programa INTERREG V-A Espana-Francia-Andorra) / EFA208/16SMARTER (Small Ruminants Breeding for Efficiency And Resilience) project - European Union Horizon 2020 Research and Innovation program / 772787, European Project: 772787,H2020-EU.3.2.1.1., H2020-EU.3.2.,SMARTER(2018), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), and Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)
Subjects: Male, [SDV.OT]Life Sciences [q-bio]/Other [q-bio.OT], Genotype, inbreeding, Computational biology, Biology, Best linear unbiased prediction, Cross-validation, 03 medical and health sciences, Cross-Validation, Genetics, Animals, Sheep, Domestic, 030304 developmental biology, 2. Zero hunger, 0303 health sciences, Genome, Genomic selection, Latxa breed, Small number, 0402 animal and dairy science, Genomics, 04 agricultural and veterinary sciences, 040201 dairy & animal science, coancestry, Founder Effect, Breed, Pedigree, Dairy Sheep, Female, Animal Science and Zoology, Genomic information, Sheep breed, effective population size, Selective Breeding, Food Science
Abstract: Traditionally, breeding programs have estimated and managed inbreeding based on pedigree information. The availability of genomic marker panels has made possible new alternatives to achieve more precise estimates, for example in case of missing pedigree. The objective of the present study was to assess and compare, different estimation methods (pedigree-based methodologies, single SNP-based approach (homozygosity) and runs of homozygosity-based method) to analyze the evolution of genetic diversity measured as inbreeding or as coancestry of 3 selected populations of Latxa dairy sheep (Latxa Cara Rubia and Latxa Cara Negra from Euskadi and Navarre). Genomic data came from 972 artificial insemination rams genotyped with the Illu-mina OvineSNP50 BeadChip (Illumina Inc., San Diego, CA) whose genealogy consisted of 4,484 animals. Inbreeding estimates based on molecular data were more similar between them than compared with those based on pedigree information. However, the SNP-based approach estimations of effective population size differed more, reflecting the sensitivity of effective population size to small changes in the evolution of inbreeding. The 2 Latxa Cara Negra populations showed increases of inbreeding rates with time and effective population sizes between 64 and 103 animals, depending on breed and methodology used. The Latxa Cara Rubia population did not show an increase in inbreeding rate, mainly due to semen importation from the related French population of Manech Tête Rousse. The effective size estimates based on coancestry increase show a higher variability and they are more sensitive to the source of information and the data structure considered. Realized effective population size based on individual increase in inbreeding were in agreement with the previous estimates. Coancestry evolution analysis based on DNA information showed an increase on coancestry during the last 10 yr in all breeds, as a consequence of the selection process. Moreover, the increase on coancestry between Latxa Cara Rubia and Manech Tête Rousse was more noticeable between than within each of those breeds.
Published: 2020

13. Promoting crop pest control by plant diversification in agricultural landscapes: A conceptual framework for analysing feedback loops between agro-ecological and socio-economic effects

Author: Aude Vialatte, Anaïs Tibi, Audrey Alignier, Valérie Angeon, Laurent Bedoussac, David A. Bohan, Douadia Bougherara, Alain Carpentier, Bastien Castagneyrol, Stéphane Cordeau, Pierre Courtois, Jean-Philippe Deguine, Jérôme Enjalbert, Frédéric Fabre, Fabienne Féménia, Hélène Fréville, Frédéric Goulet, Régis Grateau, Benoît Grimonprez, Nicolas Gross, Mourad Hannachi, Philippe Jeanneret, Laure Kuhfuss, Pierre Labarthe, Marie Launay, Marianne Lefebvre, Virginie Lelièvre, Stéphane Lemarié, Gilles Martel, Abel Masson, Mireille Navarrete, Manuel Plantegenest, Virginie Ravigné, Adrien Rusch, Frédéric Suffert, Abdoulaye Tapsoba, Olivier Therond, Sophie Thoyer, Vincent Martinet, Dynamiques et écologie des paysages agriforestiers (DYNAFOR), École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Direction de l'Expertise scientifique collective, de la Prospective et des Etudes, Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Unité de recherche d'Écodéveloppement (ECODEVELOPPEMENT), AGroécologie, Innovations, teRritoires (AGIR), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), École Nationale Supérieure de Formation de l'Enseignement Agricole de Toulouse-Auzeville (ENSFEA), Agroécologie [Dijon], Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Centre d'Economie de l'Environnement - Montpellier - UMR 5211 (CEE-M), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Structures et Marché Agricoles, Ressources et Territoires (SMART-LERECO), AGROCAMPUS OUEST-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Université de Bordeaux (UB)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Peuplements végétaux et bioagresseurs en milieu tropical (UMR PVBMT), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de La Réunion (UR)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Département Systèmes Biologiques (Cirad-BIOS), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Génétique Quantitative et Evolution - Le Moulon (Génétique Végétale) (GQE-Le Moulon), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-AgroParisTech-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Santé et agroécologie du vignoble (UMR SAVE), Université de Bordeaux (UB)-Institut des Sciences de la Vigne et du Vin (ISVV)-Ecole Nationale Supérieure des Sciences Agronomiques de Bordeaux-Aquitaine (Bordeaux Sciences Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Amélioration génétique et adaptation des plantes méditerranéennes et tropicales (UMR AGAP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Innovation et Développement dans l'Agriculture et l'Alimentation (UMR Innovation), Département Environnements et Sociétés (Cirad-ES), Economie Publique (ECO-PUB), AgroParisTech-Université Paris-Saclay-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Centre d’Etudes et de Coopération Juridique Interdisciplinaire (CECOJI), Université de Poitiers, Unité Mixte de Recherche sur l'Ecosystème Prairial - UMR (UREP), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Sciences pour l'Action et le Développement : Activités, Produits, Territoires (SADAPT), Agroscope, University of St Andrews [Scotland], Agroclim (AGROCLIM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Groupe de Recherche Angevin en Economie et Management (GRANEM), Institut National de l'Horticulture et du Paysage-AGROCAMPUS OUEST-Université d'Angers (UA), Département agronomie et sciences de l'environnement pour les agroécosystèmes (AgroEcoSystem), Laboratoire d'Economie Appliquée de Grenoble (GAEL), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP ), Université Grenoble Alpes (UGA), Biodiversité agroécologie et aménagement du paysage (UMR BAGAP), AGROCAMPUS OUEST-Ecole supérieure d'Agricultures d'Angers (ESA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), AgroParisTech, Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes (IGEPP), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Plant Health Institute of Montpellier (UMR PHIM), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Montpellier (UM)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), BIOlogie et GEstion des Risques en agriculture (BIOGER), Université Paris-Saclay-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Laboratoire Agronomie et Environnement - Antenne Colmar (LAE-Colmar ), Laboratoire Agronomie et Environnement (LAE), Université de Lorraine (UL)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université de Lorraine (UL)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), École nationale supérieure agronomique de Toulouse (ENSAT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Centre d'Economie de l'Environnement - Montpellier (CEE-M), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro - Montpellier SupAgro, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-INSTITUT AGRO Agrocampus Ouest, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-AgroParisTech-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro - Montpellier SupAgro, Centre d’études et de coopération juridique interdisciplinaire - Université de Poitiers (CECOJI-UP), Université d'Angers (UA)-AGROCAMPUS OUEST-Institut National de l'Horticulture et du Paysage, Ecole supérieure d'Agricultures d'Angers (ESA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-INSTITUT AGRO Agrocampus Ouest, Université de Rennes (UR)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-INSTITUT AGRO Agrocampus Ouest, Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Montpellier (UM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro - Montpellier SupAgro, French Office for Biodiversity (OFB) through the national ECOPHYTO plan, David A. Bohan, Alex J. Dumbrell, Adam J. Vanbergen, Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), AGROCAMPUS OUEST, Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut National de l'Horticulture et du Paysage-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Université d'Angers (UA), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Ecole supérieure d'Agricultures d'Angers (ESA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-AGROCAMPUS OUEST, Gestion des ressources renouvelables et environnement (UPR GREEN), Université de Lorraine (UL)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université d'Angers (UA)-AGROCAMPUS OUEST, and Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de l'Horticulture et du Paysage
Subjects: 2. Zero hunger, 0106 biological sciences, 13. Climate action, 11. Sustainability, 040103 agronomy & agriculture, 0401 agriculture, forestry, and fisheries, 04 agricultural and veterinary sciences, 15. Life on land, [SHS.ECO]Humanities and Social Sciences/Economics and Finance, 01 natural sciences, 010606 plant biology & botany, [SHS]Humanities and Social Sciences
Abstract: International audience; Given the negative environmental effects of conventional agricultural techniques, the need for biodiversity-friendly agriculture systems that rely more on ecosystem services and less on chemical inputs is becoming increasingly urgent. In this paper, we focus on crop protection strategies that are alternatives to the use of pesticides. Diversification of the plant component of agricultural areas at different space and time scales has been presented as a powerful socio-economic and agro-ecological mechanism for the sustainable control of pests. Our interdisciplinary group of scientific experts examined the literature on the ecological effects of plant diversification on pests and their natural enemies, as well as the social science literature on the conditions for farmers to adopt the corresponding practices, to assess the potential offered by plant diversification.We developed a conceptual framework that connects the agro-ecological and socio-economic components of an agricultural landscape in a dynamic loop accounting for interactions among elements at different spatial and temporal scales and their feedback effects. This article presents this framework and illustrates its application to the case of wheat production and protection. By explicitly connecting each level of agro-ecological organization with the potential socio-economic drivers and limitations underpinning the adoption and implementation of plant diversification in landscapes, this framework makes it possible to ana yse the synergies and antagonisms between different modes of diversification and the conditions of their deployment. Exploring this framework is a prerequisite to the identification of opportunities and key feed-back loops for designing diversification strategies that unlock the agro-ecological potential of f uture production systems. We conclude that there is a need for interdisciplinary research in experimental landscapes involving farmers and other local stakeholders to design sustainable future agricultural landscapes that deliver high levels of biological control services..
Published: 2022

14. Linking acoustic diversity to compositional and configurational heterogeneity in mosaic landscapes

Author: Luc Barbaro, Anne Sourdril, Jeremy S. P. Froidevaux, Maxime Cauchoix, François Calatayud, Marc Deconchat, Amandine Gasc, Dynamiques et écologie des paysages agriforestiers (DYNAFOR), École nationale supérieure agronomique de Toulouse (ENSAT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Centre d'Ecologie et des Sciences de la COnservation (CESCO), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Interdisciplinary and Global Environmental Studies (iGLOBES), University of Arizona-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire Dynamiques Sociales et Recomposition des Espaces (LADYSS), Université Paris 1 Panthéon-Sorbonne (UP1)-Université Paris 8 Vincennes-Saint-Denis (UP8)-Université Paris Nanterre (UPN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), University of Stirling, University of Bristol [Bristol], Station d'Ecologie Théorique et Expérimentale (SETE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Fédération de Recherche Agrobiosciences, Interactions et Biodiversité (FR AIB), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut méditerranéen de biodiversité et d'écologie marine et continentale (IMBE), Avignon Université (AU)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UMR237-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), SOULCIE 2019, Sonatas (2018-2021), Sonates (2019–2021), ANR-11-LABX-0046,Dynamite,Dynamiques Territoriales et spatiales(2011), Université Paris 1 Panthéon-Sorbonne (UP1)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris 8 Vincennes-Saint-Denis (UP8)-Université Paris Nanterre (UPN)-Université de Paris (UP), University of Ottawa [Ottawa], Dynamiques Forestières dans l'Espace Rural (DYNAFOR), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Purdue University [West Lafayette], PARUS 2020, SONATES, ANR-11-LABX-0010,DRIIHM / IRDHEI,Dispositif de recherche interdisciplinaire sur les Interactions Hommes-Milieux(2011), École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut de Recherche pour le Développement (IRD), and École nationale supérieure agronomique de Toulouse (ENSAT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP)
Subjects: 0106 biological sciences, [SDV.EE]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment, Acoustic diversity, [SPI.ACOU]Engineering Sciences [physics]/Acoustics [physics.class-ph], Ecology, [SDE.IE]Environmental Sciences/Environmental Engineering, 010604 marine biology & hydrobiology, Geography, Planning and Development, Edge density, Landscape heterogeneity, 15. Life on land, 010603 evolutionary biology, 01 natural sciences, Multiacoustic index, 13. Climate action, [SDE]Environmental Sciences, Soundscapes, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Nature and Landscape Conservation
Abstract: International audience; Context: There is a long-standing quest in landscape ecology for holistic biodiversity metrics accounting for multi-taxa diversity in heterogeneous habitat mosaics. Passive acoustic monitoring of biodiversity may provide integrative indices allowing to investigate how soundscapes are shaped by compositional and configurational heterogeneity of mosaic landscapes.Objectives: We tested the effects of dominant habitat and landscape heterogeneity on acoustic diversity indices across a large range of mosaic landscapes from two long-term socio-ecological research areas in Occitanie, France and Arizona, USA.Methods: We assessed acoustic diversity by automated recording for 44 landscapes distributed along gradients of compositional and configurational heterogeneity. We analyzed the responses of six acoustic indices and a composite multiacoustic index to habitat type and multi-scale landscape metrics for three time periods: 24 h-diel cycles, dawns and nights.Results: Landscape mosaics dominated by permanent grasslands in Occitanie and woodlands in Arizona produced the highest values of acoustic diversity. Moreover, several indices including H, ADI, NDSI, NP and the multiacoustic index consistently responded to edge density in both study regions, but with contrasting patterns, increasing in Occitanie and decreasing in Arizona. Landscape configuration was a key driver of acoustic diversity for diel and nocturnal soundscapes, while dawn soundscapes depended more on landscape composition.Conclusions: Acoustic diversity was correlated more with configurational than compositional heterogeneity in both regions, with contrasting effects explained by the interplay between biogeography and land use history. We suggest that multiple acoustic indices are needed to properly account for complex responses of soundscapes to large-scale habitat heterogeneity in mosaic landscapes.
Published: 2022

15. A live yeast supplementation to gestating ewes improves bioactive molecule composition in colostrum with no impact on its bacterial composition and beneficially affects immune status of the offspring

Author: Justin B. Renaud, Lysiane Dunière, Evelyne Forano, Michael A. Steele, Frédérique Chaucheyras-Durand, Caroline S. Achard, Lallemand SAS, Microbiologie Environnement Digestif Santé (MEDIS), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA), London Research and Development Centre (LRDC), University of Guelph, Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-École nationale supérieure agronomique de Toulouse (ENSAT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), INRAE, Rowett Institute UK, Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), and Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)
Subjects: Offspring, [SDV]Life Sciences [q-bio], animal diseases, Endocrinology, Diabetes and Metabolism, Oligosaccharides, Saccharomyces cerevisiae, 03 medical and health sciences, Immune system, Animal science, Ruminant, Pregnancy, Animals, 030304 developmental biology, 2. Zero hunger, 0303 health sciences, Sheep, Nutrition and Dietetics, biology, Lactoferrin, Colostrum, Domestic sheep reproduction, 0402 animal and dairy science, Immunity, 04 agricultural and veterinary sciences, biology.organism_classification, 040201 dairy & animal science, Gestating ewes, Dietary Supplements, biology.protein, Gestation, Composition (visual arts), Female, [SDV.AEN]Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, Live yeast probiotic, Food Science
Abstract: Colostrum quality is of paramount importance in the management of optimal ruminant growth and infectious disease prevention in early life. Live yeast supplementation effect during the last month of gestation was evaluated on ewes’ colostrum composition. Two groups of ewes (n=14) carrying twin lambs were constituted and twins were separated into groups (mothered or artificially-fed) 12h after birth. Nutrient, oligosaccharides (OS), IgG and lactoferrin concentrations were measured over 72h after lambing, and bacterial community was described in colostrum collected at parturition (T0). Immune passive transfer was evaluated through IgG measurement in lamb serum. In both groups, colostral nutrient, OS concentrations and IgG concentrations in colostrum and lamb serum decreased over time, (p < 0.01) except for lactose, which slightly increased (p < 0.001) and lactoferrin which remained stable. Bacterial population was stable over time with high relative abundances of Aerococcaceae, Corynebacteriaceae, Moraxellaceae and Staphylococcaceae in T0-colostrum. No effect of supplementation was observed in nutrient and lactoferrin concentrations. In supplemented ewes, colostral IgG level was higher at T0 and a higher level of serum IgG was observed in lambs born from supplemented mothers and artificially-fed, while no effect of supplementation was observed in the mothered lambs groups. Using a metabolomic approach, we showed that supplementation affected OS composition with significantly higher levels of colostral Neu-5Gc compounds up to 5h after birth. No effect of supplementation was observed on bacterial composition. Our data suggest that live yeast supplementation offsets the negative impact of early separation and incomplete colostrum feeding in neonate lambs.Graphical abstract
Published: 2022

16. Physiological response to the weaning in two pig lines divergently selected for residual feed intake: Divergent selection for RFI and weaning

Author: Lucile Montagne, Hélène Gilbert, Nathalie Le Floc'H, Nelly Muller, Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] (PEGASE), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro Rennes Angers, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), European Project: 613574,EC:FP7:KBBE,FP7-KBBE-2013-7-single-stage,PROHEALTH(2013), AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-École nationale supérieure agronomique de Toulouse (ENSAT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), and Wiley
Subjects: 040301 veterinary sciences, Swine, [SDV]Life Sciences [q-bio], Feed efficiency, Weaning, Biology, Feed conversion ratio, 0403 veterinary science, Eating, Residual feed intake, NEFA, Animal science, Food Animals, Animals, Selection, 2. Zero hunger, Pig, [SDV.BA]Life Sciences [q-bio]/Animal biology, Haptoglobin, 0402 animal and dairy science, 04 agricultural and veterinary sciences, 040201 dairy & animal science, Performance results, Animal Feed, Physiological responses, Diet, [SDV.SA.SPA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences/Animal production studies, biology.protein, Animal Science and Zoology
Abstract: International audience; Breeding efficient pigs is a way to reduce dietary costs and environmental waste. However, optimization of feed efficiency must not be linked to a decrease of the ability of animals to cope with stress, such as the weaning. This study characterizes the response after weaning of pigs from two lines divergently selected for residual feed intake (RFI) during growth. Animals of the low (L) RFI line are more efficient than animals from the high (H) RFI line. Thirty-six piglets from each line weaned at 28 days of age were individually housed and fed a conventional dietary sequence. Their performance, behaviour, health and oxidative status, immune and nutritional parameters were followed during three weeks. Daily feed intake and growth rate of pigs from the LRFI line were 35% and 40% lower compared with HRFI (p < 0.001). Pigs from the LRFI-line had lower total tract apparent digestibility (-6% for OM) and suffered more from undernutrition with a 167 and 55% higher plasmatic concentration of NEFA and urea compared with HRFI (p < 0.01). In the first week after the weaning, they had more diarrhoea and had a higher inflammatory status with concentration of haptoglobin 52% higher (p < 0.001). These piglets then seemed to adapt to the weaning conditions and to recover during the second and third weeks. Both lines had similar zootechnical performance and physiological characteristics at the end of the post-weaning period. To conclude, the physiological responses to the weaning differed between lines. Pigs from the LRFI line, selected for greater feed efficiency, were more sensitive to the weaning stress. They were also more resilient as they finally adapted to the new condition and recovered to show similar performance results as pigs of the HRFI line.
Published: 2022

17. ASTERICS: A Tool for the ExploRation and Integration of omiCS data

Author: Maigné, Élise, Noirot, Céline, Mariette, Jérôme, Kesewaah, Yaa, Dejean, Sébastien, Guilmineau, Camille, Henry, Julien, Krebs, Arielle, Liaubet, Laurence, Mathevet, Fanny, Hyphen-Stat, Entreprise, Gaspin, Christine, Vialaneix, Nathalie, Vialaneix, Nathalie, Unité de Mathématiques et Informatique Appliquées de Toulouse (MIAT INRAE), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Plateforme Bio-Informatique - Génotoul, Plateforme de Biostatistique (Genotoul Biostat), Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut de Mathématiques de Toulouse UMR5219 (IMT), Université Toulouse Capitole (UT Capitole), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Inria, INRAE, Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Unité de Mathématiques et Informatique Appliquées de Toulouse (MIAT INRAE), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-BioInfOmics, Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J), Université de Toulouse (UT)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-École nationale supérieure agronomique de Toulouse (ENSAT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), and Région Occitanie (Grant 20008788 – ASTERICS)
Subjects: [STAT.AP]Statistics [stat]/Applications [stat.AP], [SDV.BA.MVSA]Life Sciences [q-bio]/Animal biology/Veterinary medicine and animal Health, [STAT.AP] Statistics [stat]/Applications [stat.AP], [SDV.BA.MVSA] Life Sciences [q-bio]/Animal biology/Veterinary medicine and animal Health, [INFO.INFO-BI]Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, [INFO.INFO-BI] Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM]
Abstract: International audience
Published: 2022

18. Efficacité alimentaire en cuniculture : voies d'améliorations, impacts technico-économiques et environnementaux

Author: Thierry Gidenne, Luc Maertens, L. Drouilhet, Hervé Garreau, Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT], Flanders Research Institute for Agriculture, Fisheries and Food (ILVO), École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, and Research Institute for Agricultural, Fisheries and Food (ILVO)
Subjects: [SDV.OT]Life Sciences [q-bio]/Other [q-bio.OT], animal diseases, growing rabbit, growth-performance, correlated response, digestive health, enzyme supplementation, conversion ratio, genetic-parameter, Autre (Sciences du Vivant)
Abstract: Comme l'alimentation est le premier poste composant le coût de production (± 60 % du coût total) en élevage, la mesure de l'efficacité alimentaire est un indicateur majeur pour juger la performance et la rentabilité d'un élevage. L'amélioration de l'efficacité alimentaire est aussi un enjeu pour réduire l'impact environnemental de l'élevage, par la réduction des rejets animaux et une moindre production de matières premières alimentaires. Cette efficacité se mesure couramment par l'indice de consommation, et en cuniculture conventionnelle, l'indice de consommation économique (ICe = maternité+engraissement) a été réduit de 10 % (3,8 vs 3,4) ces 15 dernières années, de même que les rejets azotés et phosphorés. Cette amélioration provient des progrès conjoints sur la maîtrise sanitaire, l'alimentation (notamment les stratégies de restriction), la maîtrise du logement et le potentiel génétique des animaux. Cette article de synthèse résume l'impact de ces facteurs pour améliorer l'efficacité alimentaire en cuniculture conventionnelle. Après la gestion sanitaire, les performances reproductives du troupeau sont un levier majeur d'amélioration de l'ICe. L'usage d'aliments préservant la santé digestive du lapin en croissance, associé à une stratégie appropriée de restriction post-sevrage sont aussi de bons leviers. Les recherches en génétique peuvent contribuer à réduire l'ICe par 2 voies, l'amélioration de la vitesse de croissance et/ou la réduction de la consommation d'aliment à croissance fixée. L'impact environnemental de la cuniculture varie entre 7,6 et 10,5 kg d'équivalent CO2/kg de carcasse produite (légèrement supérieure au poulet) et ne diffère pas de celui du porc. À l'avenir, il semble possible d'améliorer encore l'efficacité alimentaire, et donc de réduire à la fois les intrants et les rejets, pour atteindre un ICe proche de 3,0 similaire aux systèmes porcins.
Published: 2019

19. Describing variability in pig genes involved in coronavirus infections for a One Health perspective in conservation of animal genetic resources

Author: Giuseppina Schiavo, Valeria Taurisano, Raquel Quintanilla, Anisa Ribani, Juan García-Casco, Rui Charneca, Valerio Joe Utzeri, Marie-José Mercat, Estefania Alves, Fabián García, Graham J Etherington, Samuele Bovo, Juliette Riquet, Danijel Karolyi, Christoph Zimmer, Ivona Djurkin Kušec, Federica Di Palma, Ana Isabel Fernández, G. Usai, Violeta Razmaite, María Muñoz, Yolanda Núñez, José Pedro Araújo, Martin Škrlep, Radomir Savić, J.M. Martins, Maurizio Gallo, Luca Fontanesi, Čedomir Radović, Mohamad Ballan, Cristina Óvilo, Riccardo Bozzi, University of Bologna, Instituto Nacional de Investigación Agropecuaria (INIA), Centro de Investigação de Montanha [Bragança, Portugal] (CIMO), Instituto Politécnico de Bragança, Department of Agriculture, Food, Environment and Forestry (DAGRI), Università degli Studi di Firenze = University of Florence [Firenze] (UNIFI), Universidade de Évora, University of East Anglia [Norwich] (UEA), Josip Juraj Strossmayer University of Osijek, Earlham Institute [Norwich], University of Zagreb, Associazione Nazionale Allevatori Suini, Institut du Porc (IFIP), Institute of Agrifood Research and Technology (IRTA), Institute for Animal Husbandry, Lithuanian University of Health Sciences [Kaunas, Lithuania], Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), University of Belgrade [Belgrade], Kmetijski Inštitut Slovenije (KIS), AGRIS sardegna, Bäuerliche Erzeugergemeinschaft Schwäbisch Hall (BESH), European Cooperation in Science and Technology (COST)Ministry of Foreign Affairs of ItalyUniversity of Bologna RFO 2016-2019 programmesItalian MIUR 2017 PigPhenomics projectEuropean Commission634476European Open Science Cloud (EOSC) Secretariat, project 'Application of animal genomics and data mining to predict and monitor novel coronavirus potential infections (VirAnimalOne)'EGI call for COVID-19 research projects (AnGen1H project)Por Fesr Emilia-Romagna 2014-2020 (actions 1.1.4 and 1.2.2-Bando per sostenere progetti di ricerca ed innovazione per lo sviluppo di soluzioni finalizzate al contrasto dell'epidemia da COVID-19-Project LIVESTOCK-STOP-COVI), European Project: 634476,H2020,H2020-SFS-2014-2,TREASURE(2015), Producció Animal, Genètica i Millora Animal, University of Bologna/Università di Bologna, Università degli Studi di Firenze = University of Florence (UniFI), Institut de Recerca i Tecnologia Agroalimentàries = Institute of Agrifood Research and Technology (IRTA), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-École nationale supérieure agronomique de Toulouse (ENSAT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Università di Bologna, European Commission, Bovo, Samuele, Schiavo, Giuseppina, Ribani, Anisa, Utzeri, Valerio J, Taurisano, Valeria, Araujo, Jose P, Bozzi, Riccardo, Charneca, Rui, Di Palma, Federica, Djurkin Kušec, Ivona, Etherington, Graham, Fernandez, Ana I, Suárez García, Fabián, García-Casco, Juan, Karolyi, D 0000-003-0409-9071], Martins, José Manuel, Mercat, Marie-José, Núñez, Yolanda, Radović, Čedomir, Razmaite, Violeta, Riquet, Juliette, Savić, Radomir, Škrlep, Martin, Usai, Graziano, Ovilo, Cristina, Bovo S., Schiavo G., Ribani A., Utzeri V.J., Taurisano V., Ballan M., Munoz M., Alves E., Araujo J.P., Bozzi R., Charneca R., Di Palma F., Djurkin Kusec I., Etherington G., Fernandez A.I., Garcia F., Garcia-Casco J., Karolyi D., Gallo M., Martins J.M., Mercat M.-J., Nunez Y., Quintanilla R., Radovic C., Razmaite V., Riquet J., Savic R., Skrlep M., Usai G., Zimmer C., Ovilo C., and Fontanesi L.
Subjects: 0301 basic medicine, Candidate gene, Population genetics, Swine, MESH: Coronavirus Infections, Sus scrofa, MESH: Angiotensin-Converting Enzyme 2, MESH: One Health, Breeding, MESH: INDEL Mutation, 0302 clinical medicine, Gene Frequency, INDEL Mutation, Receptors, Receptors, Viru, MESH: Animals, MESH: Serine Endopeptidases, MESH: Genetic Variation, MESH: High-Throughput Nucleotide Sequencing, MESH: Swine, 2. Zero hunger, Genetics, education.field_of_study, Multidisciplinary, MESH: Polymorphism, Single Nucleotide, Serine Endopeptidases, High-Throughput Nucleotide Sequencing, Single Nucleotide, Genomics, Virus, Serine Endopeptidase, One Health, 030220 oncology & carcinogenesis, Microsomal aminopeptidase, Medicine, Infectious diseases, Receptors, Virus, Angiotensin-Converting Enzyme 2, Coronavirus Infections, MESH: Whole Genome Sequencing, Human, Agricultural genetics, pig, local breed, whole genome sequencing, coronavirus, Science, Dipeptidyl Peptidase 4, Population, MESH: Genetics, Population, Context (language use), MESH: Breeding, CD13 Antigens, Biology, Polymorphism, Single Nucleotide, Article, 03 medical and health sciences, Animals, Genetics, Population, Humans, Whole Genome Sequencing, Genetic Variation, Genetic variation, MESH: Gene Frequency, Polymorphism, education, Data mining, Gene, CD13 Antigen, Animal breeding, Whole genome sequencing, MESH: Humans, Animal, Coronavirus Infection, Host (biology), Virus receptor, MESH: CD13 Antigens, MESH: Dipeptidyl Peptidase 4, MESH: Receptors, Virus, MESH: Sus scrofa, [SDV.GEN.GA]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Animal genetics, 030104 developmental biology, Dipeptidyl peptidase IV, Next-generation sequencing, Genetic markers, Serine proteinase
Abstract: 14 Pág. Departamento de Mejora Genética Animal, Coronaviruses silently circulate in human and animal populations, causing mild to severe diseases. Therefore, livestock are important components of a "One Health" perspective aimed to control these viral infections. However, at present there is no example that considers pig genetic resources in this context. In this study, we investigated the variability of four genes (ACE2, ANPEP and DPP4 encoding for host receptors of the viral spike proteins and TMPRSS2 encoding for a host proteinase) in 23 European (19 autochthonous and three commercial breeds and one wild boar population) and two Asian Sus scrofa populations. A total of 2229 variants were identified in the four candidate genes: 26% of them were not previously described; 29 variants affected the protein sequence and might potentially interact with the infection mechanisms. The results coming from this work are a first step towards a "One Health" perspective that should consider conservation programs of pig genetic resources with twofold objectives: (i) genetic resources could be reservoirs of host gene variability useful to design selection programs to increase resistance to coronaviruses; (ii) the described variability in genes involved in coronavirus infections across many different pig populations might be part of a risk assessment including pig genetic resources., This work has received funding from the University of Bologna RFO 2016-2019 programmes, the Italian MIUR 2017 PigPhenomics project, from the European Union’s Horizon 2020 research and innovation programme under grant agreement No. 634476 for the project with acronym TREASURE, from the European Open Science Cloud (EOSC) Secretariat, project “Application of animal genomics and data mining to predict and monitor novel coronavirus potential infections (VirAnimalOne)”, the EGI call for COVID-19 research projects (AnGen1H project) and from the Por Fesr Emilia-Romagna 2014-2020 (actions 1.1.4 and 1.2.2—Bando per sostenere progetti di ricerca ed innovazione per lo sviluppo di soluzioni finalizzate al contrasto dell’epidemia da COVID-19—Project LIVESTOCK-STOP-COVI). The content of this article reflects only the authors' view and the European Union Agency is not responsible for any use that may be made of the information it contains.
Published: 2021

20. Circulating miRNA repertoire as a biomarker of metabolic and reproductive states in rainbow trout

Author: Cervin Guyomar, Emilie Cardona, Julien Bobe, Jérôme Montfort, John H. Postlethwait, Samia Guendouz, Thomas Desvignes, Sandrine Skiba-Cassy, Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons (LPGP), Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Nutrition, Métabolisme, Aquaculture (NuMéA), Université de Pau et des Pays de l'Adour (UPPA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institute of Neurosciences, Institut de Génomique Fonctionnelle - Montpellier GenomiX (IGF MGX), Institut de Génomique Fonctionnelle (IGF), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-BioCampus (BCM), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), NSF USA grant PLR-1543383, NIH USA grant R01OD011116, France Génomique National infrastructure, ANR-16-CE20-0001,EggPreserve,Iddentification de protéines du fluide ovarien impliquées dans la préservation de la qualité des oeufs de poisson(2016), European Project: PFEA470016FA1000002,NutriEgg, Avril, Pascale, Iddentification de protéines du fluide ovarien impliquées dans la préservation de la qualité des oeufs de poisson - - EggPreserve2016 - ANR-16-CE20-0001 - AAPG2016 - VALID, European Maritime and Fisheries Fund - NutriEgg - PFEA470016FA1000002 - INCOMING, Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-École nationale supérieure agronomique de Toulouse (ENSAT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), and Université de Montpellier (UM)-Université Montpellier 1 (UM1)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Université Montpellier 1 (UM1)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: Circulating mirnas, [SDV.BA] Life Sciences [q-bio]/Animal biology, Physiology, QH301-705.5, media_common.quotation_subject, Plant Science, The authors Emilie Cardona and Cervin Guyomar contributed equally to this work, Biology, General Biochemistry, Genetics and Molecular Biology, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Structural Biology, Blood plasma, microRNA, mir375, Animals, Humans, Biology (General), Ovulation, Ecology, Evolution, Behavior and Systematics, 030304 developmental biology, media_common, Genetics, 0303 health sciences, Reproductive success, Repertoire, Reproduction, [SDV.BA]Life Sciences [q-bio]/Animal biology, myomiR, Cell Biology, Biomarker, MicroRNAs, Fish, mir202, Biological fluid, 030220 oncology & carcinogenesis, Oncorhynchus mykiss, Biomarker (medicine), Rainbow trout, Female, Non-invasive phenotyping, General Agricultural and Biological Sciences, Biomarkers, Developmental Biology, Biotechnology, Research Article
Abstract: Background Circulating miRNAs (c-miRNAs) are found in most, if not all, biological fluids and are becoming well-established non-invasive biomarkers of many human pathologies. However, their features in non-pathological contexts and whether their expression profiles reflect normal life history events have received little attention, especially in non-mammalian species. The aim of the present study was to investigate the potential of c-miRNAs to serve as biomarkers of reproductive and metabolic states in fish. Results The blood plasma was sampled throughout the reproductive cycle of female rainbow trout subjected to two different feeding regimes that triggered contrasting metabolic states. In addition, ovarian fluid was sampled at ovulation, and all samples were subjected to small RNA-seq analysis, leading to the establishment of a comprehensive miRNA repertoire (i.e., miRNAome) and enabling subsequent comparative analyses to a panel of RNA-seq libraries from a wide variety of tissues and organs. We showed that biological fluid miRNAomes are complex and encompass a high proportion of the overall rainbow trout miRNAome. While sharing a high proportion of common miRNAs, the blood plasma and ovarian fluid miRNAomes exhibited strong fluid-specific signatures. We further revealed that the blood plasma miRNAome significantly changed depending on metabolic and reproductive states. We subsequently identified three evolutionarily conserved muscle-specific miRNAs or myomiRs (miR-1-1/2-3p, miR-133a-1/2-3p, and miR-206-3p) that accumulated in the blood plasma in response to high feeding rates, making these myomiRs strong candidate biomarkers of active myogenesis. We also identified miR-202-5p as a candidate biomarker for reproductive success that could be used to predict ovulation and/or egg quality. Conclusions Together, these promising results reveal the high potential of c-miRNAs, including evolutionarily conserved myomiRs, as physiologically relevant biomarker candidates and pave the way for the use of c-miRNAs for non-invasive phenotyping in various fish species.
Published: 2021

21. A Non-Invasive Millimetre-Wave Radar Sensor for Automated Behavioural Tracking in Precision Farming—Application to Sheep Husbandry

Author: Alexandre Dore, Cristian Pasquaretta, Dominique Henry, Edmond Ricard, Jean-François Bompa, Mathieu Bonneau, Alain Boissy, Dominique Hazard, Mathieu Lihoreau, Hervé Aubert, UNIVERSITE TOULOUSE LAAS-CNRS, Centre de Recherches sur la Cognition Animale (CRCA), Centre de Biologie Intégrative (CBI), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut des sciences du cerveau de Toulouse. (ISCT), Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-CHU Toulouse [Toulouse]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J)-CHU Toulouse [Toulouse]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Unité de Recherches Zootechniques (URZ), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Unité Mixte de Recherche sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Équipe MIcro et Nanosystèmes pour les Communications sans fil (LAAS-MINC), Laboratoire d'analyse et d'architecture des systèmes (LAAS), Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J)-Université Toulouse 1 Capitole (UT1), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J)-Université Toulouse 1 Capitole (UT1), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Centre de Recherches sur la Cognition Animale - UMR5169 (CRCA), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre de Biologie Intégrative (CBI), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Toulouse Mind & Brain Institut (TMBI), Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J), Université de Toulouse (UT)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT), Université Toulouse Capitole (UT Capitole), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J), Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université Toulouse Capitole (UT Capitole), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-École nationale supérieure agronomique de Toulouse (ENSAT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre de Biologie Intégrative (CBI), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Toulouse Mind & Brain Institut (TMBI), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Toulouse Capitole (UT Capitole), and ROSSI, Sabine
Subjects: Movement, [SDV]Life Sciences [q-bio], computational ethology, TP1-1185, Biochemistry, Article, Analytical Chemistry, radar sensors, 03 medical and health sciences, Animals, Electrical and Electronic Engineering, wavelet analysis, Instrumentation, Monitoring, Physiologic, 030304 developmental biology, 0303 health sciences, Radar, Sheep, signal classification, Data Collection, Chemical technology, 0402 animal and dairy science, Agriculture, animal farming, 04 agricultural and veterinary sciences, radar signal processing, 040201 dairy & animal science, Atomic and Molecular Physics, and Optics, [SDV] Life Sciences [q-bio]
Abstract: International audience; The automated quantification of the behaviour of freely moving animals is increasingly needed in applied ethology. State-of-the-art approaches often require tags to identify animals, high computational power for data collection and processing, and are sensitive to environmental conditions, which limits their large-scale utilization, for instance in genetic selection programs of animal breeding. Here we introduce a new automated tracking system based on millimetre-wave radars for real time robust and high precision monitoring of untagged animals. In contrast to conventional video tracking systems, radar tracking requires low processing power, is independent on light variations and has more accurate estimations of animal positions due to a lower misdetection rate. To validate our approach, we monitored the movements of 58 sheep in a standard indoor behavioural test used for assessing social motivation. We derived new estimators from the radar data that can be used to improve the behavioural phenotyping of the sheep. We then showed how radars can be used for movement tracking at larger spatial scales, in the field, by adjusting operating frequency and radiated electromagnetic power. Millimetre-wave radars thus hold considerable promises precision farming through high-throughput recording of the behaviour of untagged animals in different types of environments.
Published: 2021

22. Identification of homozygous haplotypes carrying putative recessive lethal mutations that compromise fertility traits in French Lacaune dairy sheep

Author: Ben Braiek, Maxime, Fabre, Stéphane, Hozé, Chris, Astruc, Jean-Michel, Moreno-Romieux, Carole, Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-École nationale supérieure agronomique de Toulouse (ENSAT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Allice, Institut de l'élevage, European Project: 772787,H2020-EU.3.2.1.1., H2020-EU.3.2.,SMARTER(2018), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), and Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)
Subjects: Sheep, Models, Genetic, Homozygote, [SDV.BBM.BM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Molecular biology, Genes, Recessive, QH426-470, SF1-1100, Polymorphism, Single Nucleotide, [SDV.BDLR.RS]Life Sciences [q-bio]/Reproductive Biology/Sexual reproduction, Animal culture, [SDV.GEN.GA]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Animal genetics, Fertility, Haplotypes, [SDV.BBM.GTP]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], Genetics, Animals, Genes, Lethal, Research Article, Selective Breeding
Abstract: Background Homozygous recessive deleterious mutations can cause embryo/fetal or neonatal lethality, or genetic defects that affect female fertility and animal welfare. In livestock populations under selection, the frequency of such lethal mutations may increase due to inbreeding, genetic drift, and/or the positive pleiotropic effects of heterozygous carriers on selected traits. Results By scanning the genome of 19,102 Lacaune sheep using 50 k single nucleotide polymorphism (SNP) phased genotypes and pedigree data, we identified 11 Lacaune deficient homozygous haplotypes (LDHH1 to LDHH11) showing a highly significant deficit of homozygous animals ranging from 79 to 100%. These haplotypes located on chromosomes 3, 4, 13, 17 and 18, spanned regions from 1.2 to 3.0 Mb long with a frequency of heterozygous carriers between 3.7 and 12.1%. When we compared at-risk matings (between carrier rams and daughters of carrier rams) and safe matings, seven of the 11 haplotypes were associated with a significant alteration of two fertility traits, a reduced success of artificial insemination (LDHH1, 2, 8 and 9), and/or an increased stillbirth rate (LDHH3, 6, 8, 9, and 10). The 11 haplotypes were also tested for a putative selective advantage of heterozygous carrier rams based on their daughter yield deviation for six dairy traits (milk, fat and protein yields, fat and protein contents and lactation somatic cell score). LDHH1, 3, 4, 5, 7, 9 and 11 were associated with positive effects on at least one selected dairy trait, in particular milk yield. For each haplotype, the most probable candidate genes were identified based on their roles in lethality of mouse knock-out models and in mammalian genetic disorders. Conclusions Based on a reverse genetic strategy, we identified at least 11 haplotypes with homozygous deficiency segregating in French Lacaune dairy sheep. This strategy represents a first tool to limit at-risk matings in the Lacaune dairy selection scheme. We assume that most of the identified LDHH are in strong linkage disequilibrium with a recessive lethal mutation that affects embryonic or juvenile survival in sheep but is yet to be identified. Supplementary Information The online version contains supplementary material available at 10.1186/s12711-021-00634-1.
Published: 2021

23. A non-invasive radar system for automated behavioural tracking: application to sheep

Author: Lihoreau Mathieu, Jean-François Bompard, Alain Boissy, Mathieu Lihoreau, Hervé Aubert, Dominique Henry, Mathieu Bonneau, D. Hazard, Edmond Ricard, Alexandre Dore, Cristian Pasquaretta, Équipe MIcro et Nanosystèmes pour les Communications sans fil (LAAS-MINC), Laboratoire d'analyse et d'architecture des systèmes (LAAS), Université Toulouse 1 Capitole (UT1), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Toulouse 1 Capitole (UT1), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Centre de Recherches sur la Cognition Animale - UMR5169 (CRCA), Institut des sciences du cerveau de Toulouse. (ISCT), Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-CHU Toulouse [Toulouse]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-CHU Toulouse [Toulouse]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre de Biologie Intégrative (CBI), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Unité Mixte de Recherche sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), ANR-20-ERC8-0004,BEE-MOVE,Pollination ecology: how do bees move across the landscape and fashion plant reproduction?(2020), ANR-19-CE37-0024,3DNaviBee,How do bees solve navigational challenges in 3D?(2019), Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J)-Université Toulouse 1 Capitole (UT1), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J)-Université Toulouse 1 Capitole (UT1), Centre de Recherches sur la Cognition Animale (CRCA), Centre de Biologie Intégrative (CBI), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut des sciences du cerveau de Toulouse. (ISCT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-CHU Toulouse [Toulouse]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J)-CHU Toulouse [Toulouse]-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université Toulouse Capitole (UT Capitole), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Toulouse Capitole (UT Capitole), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre de Biologie Intégrative (CBI), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Toulouse Mind & Brain Institut (TMBI), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Mathieu, Lihoreau, Pollination ecology: how do bees move across the landscape and fashion plant reproduction? - - BEE-MOVE2020 - ANR-20-ERC8-0004 - T-ERC - VALID, How do bees solve navigational challenges in 3D? - - 3DNaviBee2019 - ANR-19-CE37-0024 - AAPG2019 - VALID, Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J), Université de Toulouse (UT)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université Toulouse Capitole (UT Capitole), Université de Toulouse (UT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre de Biologie Intégrative (CBI), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Toulouse Mind & Brain Institut (TMBI), Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-École nationale supérieure agronomique de Toulouse (ENSAT), and Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)
Subjects: Ovis aries, Computer science, computational ethology, [SDV]Life Sciences [q-bio], Real-time computing, corridor test, behavioural phenotyping, 02 engineering and technology, Ethology, Tracking (particle physics), Radar systems, Field (computer science), law.invention, 03 medical and health sciences, [SCCO]Cognitive science, law, 0202 electrical engineering, electronic engineering, information engineering, Radar, radar tracking, 030304 developmental biology, 0303 health sciences, business.industry, Estimator, 020206 networking & telecommunications, Tracking system, [SCCO] Cognitive science, Power (physics), business
Abstract: Automated quantification of the behaviour of freely moving animals is increasingly needed in ethology, ecology, genetics and evolution. State-of-the-art approaches often require tags to identify animals, high computational power for data collection and processing, and are sensitive to environmental conditions, which limits their large-scale utilisation. Here we introduce a new automated tracking system based on millimetre-wave radars for real time robust and high precision monitoring of untagged animals. To validate our system, we tracked 64 sheep in a standard indoor behavioural test used for genetic selection. First, we show that the proposed radar application is faster and more accurate than conventional video and infrared tracking systems. Next, we illustrate how new behavioural estimators can be derived from the radar data to assess personality traits in sheep for behavioural phenotyping. Finally, we demonstrate that radars can be used for movement tracking at larger spatial scales, in the field, by adjusting operating frequency and radiated electromagnetic power. Millimetre-wave radars thus hold considerable promises for high-throughput recording of the behaviour of animals with various sizes and locomotor modes, in different types of environments.
Published: 2021

24. How ecological research on human-dominated ecosystems incorporates agricultural and forestry practices: A literature analysis

Author: Audrey Alignier, Rodolphe Sabatier, Eric Kerneis, Daphné Durant, Guillaume Ollivier, Stéphanie Aviron, Julien Blanco, Clélia Sirami, Dynamiques et écologie des paysages agriforestiers (DYNAFOR), École nationale supérieure agronomique de Toulouse (ENSAT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Savoirs, ENvironnement et Sociétés (SENS), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Université Paul-Valéry - Montpellier 3 (UPVM)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Unité de recherche d'Écodéveloppement (ECODEVELOPPEMENT), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Biodiversité agroécologie et aménagement du paysage (UMR BAGAP), Ecole supérieure d'Agricultures d'Angers (ESA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-INSTITUT AGRO Agrocampus Ouest, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Domaine expérimental de Saint-Laurent-de-la-Prée (DSLP), Action and Transitions (ACT) division of the French National Institute for Agriculture, Food and the Environment (INRAE), École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Ecole supérieure d'Agricultures d'Angers (ESA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), and Domaine expérimental de Saint-Laurent-de-la-Prée (ST LAURENT DE LA PREE)
Subjects: 0106 biological sciences, Conservation of Natural Resources, Ecology (disciplines), Geography, Planning and Development, Participatory action research, Review, 010603 evolutionary biology, 01 natural sciences, scientometrics, écologie, Humans, Environmental Chemistry, practitioners, Ecosystem, Ecology, business.industry, forestry, Social environment, Forestry, Agriculture, 04 agricultural and veterinary sciences, General Medicine, 15. Life on land, Scientometrics, pratiques agricoles, Geography, social-ecological systems, 13. Climate action, Sustainability, 040103 agronomy & agriculture, 0401 agriculture, forestry, and fisheries, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, business, Nexus (standard)
Abstract: Understanding the nexus between practices and ecosystems is a critical challenge for sustainability, but it is unclear how ecological sciences have explored the question. To bring clarification, we conducted an analysis of ecology literature dealing with agricultural and forestry practices (AF practices), scanning a total of 27 556 references. Scientometric analyses showed that AF practices were addressed by 5.5% of ecology literature, and that this proportion increased from 2.5 to 8.1% between 1956 and 2017. Content analyses showed that research has mainly focused on monospecific systems in the Global North, predominantly using plot-level experimental approaches. Temporal monitoring, real-world practices and their social context were poorly investigated. This analysis stresses the need to reinforce research in complex agroecosystems, in particular in non-Western countries. Multilevel and spatio-temporal approaches, as well as participatory research, should also be encouraged to build a social-ecological understanding and formulate more grounded, relevant policy recommendations for sustainability. SUPPLEMENTARY INFORMATION: The online version contains supplementary material available at 10.1007/s13280-021-01664-1.
Published: 2021

25. How much energetic trade‐offs limit selection? Insights from livestock and related laboratory model species

Author: Hélène Gilbert, Jean-François Lemaître, Philippe Monget, Frédéric Douhard, Jean-Michel Gaillard, Mathieu Douhard, Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Physiologie de la reproduction et des comportements [Nouzilly] (PRC), Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Université de Tours (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-École nationale supérieure agronomique de Toulouse (ENSAT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur] (IFCE)-Université de Tours (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Biodémographie évolutive, Département écologie évolutive [LBBE], Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Ecologie et évolution des populations, and Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Université de Tours-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)
Subjects: senescence, Natural resource economics, Evolution, [SDV]Life Sciences [q-bio], trade‐offs, Biology, 03 medical and health sciences, Pleiotropy, pleiotropy, Genetics, QH359-425, Limit (mathematics), Livestock breeding, Ecology, Evolution, Behavior and Systematics, Selection (genetic algorithm), ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, 030304 developmental biology, 2. Zero hunger, 0303 health sciences, metabolic rate, business.industry, livestock breeding, Trade offs, 0402 animal and dairy science, 04 agricultural and veterinary sciences, 040201 dairy & animal science, [SDV.GEN.GA]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Animal genetics, trade-offs, Perspective, Metabolic rate, Livestock, General Agricultural and Biological Sciences, business
Abstract: International audience; Trade-offs between life history traits are expected to occur due to the limited amount of resources that organisms can obtain and share among biological functions, but are of least concern for selection responses in nutrient-rich or benign environments. In domestic animals, selection limits have not yet been reached despite strong selection for higher meat, milk or egg yields. Yet, negative genetic correlations between productivity traits and health or fertility traits have often been reported, supporting the view that trade-offs do occur in the context of nonlimiting resources. The importance of allocation mechanisms in limiting genetic changes can thus be questioned when animals are mostly constrained by their time to acquire and process energy rather than by feed availability. Selection for high productivity traits early in life should promote a fast metabolism with less energy allocated to self-maintenance (contributing to soma preservation and repair). Consequently, the capacity to breed shortly after an intensive period of production or to remain healthy should be compromised. We assessed those predictions in mammalian and avian livestock and related laboratory model species. First, we surveyed studies that compared energy allocation to maintenance between breeds or lines of contrasting productivity but found little support for the occurrence of an energy allocation trade-off. Second, selection experiments for lower feed intake per unit of product (i.e. higher feed efficiency) generally resulted in reduced allocation to maintenance, but this did not entail fitness costs in terms of survival or future reproduction. These findings indicate that the consequences of a particular selection in domestic animals are much more difficult to predict than one could anticipate from the energy allocation framework alone. Future developments to predict the contribution of time constraints and trade-offs to selection limits will be insightful to breed livestock in increasingly challenging environments.
Published: 2021

26. Impact of pathogen exposure and dietary stress at weaning: application to a mucin associated in vitro model of the piglet colon (MPigut-IVM) coupled to porcine intestinal cells

Author: GRESSE, Raphaële, Chaucheyras Durand, Frédérique, Garrido, Juan Jose, Denis, Sylvain, Jiménez-Ángeles, F., Beaumont, Martin, Van De Wiele, Tom, Forano, Evelyne, BLANQUET-DIOT, Stéphanie, Microbiologie Environnement Digestif Santé (MEDIS), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA), Lallemand SAS, Universidad de Córdoba = University of Córdoba [Córdoba], Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-École nationale supérieure agronomique de Toulouse (ENSAT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Center for Microbial Ecology and Technology (CMET), Universiteit Gent = Ghent University (UGENT), INRAE, Rowett Institute UK, Universidad de Córdoba [Cordoba], Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), and Universiteit Gent = Ghent University [Belgium] (UGENT)
Subjects: [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology
Abstract: Session 2: Cross-talk between gut microbiota and the host ; Communication PO74; International audience; Enterotoxigenic Escherichia coli (ETEC) is the principal pathogen responsible for post-weaning diarrhea in newly weaned piglets. Expansion of ETEC at weaning is thought to be the consequence of various stress factors such as transient anorexia, dietary change or increase in intestinal inflammation and permeability, but the exact mechanisms remain to be elucidated. As the use of animal experiments raise more and more ethical concerns, we used a recently developed in vitro model of piglet colonic microbiome and mucobiome, the MPigut-IVM, to evaluate the effects of a simulated weaning transition and pathogen challenge at weaning. Our data suggested that the tested factors impacted the composition and functionality of the MPigut-IVM microbiota. The simulation of weaning transition led to an increase in relative abundance of the Prevotellaceae family, which was further promoted by the presence of the ETEC strain. In contrast, several beneficial families such as Bacteroidiaceae or Ruminococcaceae and gut health related short chain fatty acids like butyrate or acetate were reduced upon simulated weaning. Moreover, the incubation of MPigut-IVM filtrated effluents with porcine intestinal cell cultures showed that ETEC challenge in the in vitro model led to an increased expression of pro-inflammatory genes by the porcine cells. This study provides insights about the etiology of a dysbiotic microbiota in post-weaning piglets and showed that in vitro MPigut-IVM can be efficiently coupled to porcine epithelial cells to study host-microbiota crosstalk.P075 Periparturient Holstein cows of varying subacute ruminal acidosis phenotype differ in rumen bacterial community and
Published: 2021

27. Apart From the Diet, the Ruminal Microbiota of Lambs Is Modified in Relation to Their Genetic Potential for Feed Efficiency or Feeding Behavior

Author: Flavie Tortereau, Annabelle Meynadier, Géraldine Pascal, Quentin Le Graverand, Didier Marcon, Béatrice Gabinaud, Christel Marie-Etancelin, Guillermo Martinez Boggio, Jean-Louis Weisbecker, Marie-Lea De Almeida, Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Domaine expérimental Bourges-La Sapinière (BOURGES), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), and Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées
Subjects: Microbiology (medical), Firmicutes, [SDV]Life Sciences [q-bio], feeding behavior, selection, Forage, Feed conversion ratio, Microbiology, Actinobacteria, 03 medical and health sciences, Animal science, fluids and secretions, feed efficiency, lamb, Eubacterium, ruminal microbiota, Relative species abundance, Original Research, 030304 developmental biology, 2. Zero hunger, 0303 health sciences, biology, 030306 microbiology, Lachnospiraceae, biology.organism_classification, QR1-502, stomatognathic diseases, Residual feed intake
Abstract: Using two successive types of diets (100% concentrate and 67% forage), this study explores the relationship between the ruminal microbiota of 78 Romane lambs and their feed efficiency (residual feed intake trait) or feeding behavior (feeding rate trait). Analysis was carried out phenotypically by correlating feed efficiency or feeding behavior traits with the relative abundance of bacteria at the phylum, family, and genus levels, and then genetically by comparing the microbiota of lambs selected for extreme breeding values for residual feed intake or feeding rate. Our results confirmed the major effect of diet on the ruminal microbiota composition. The microbiota of lambs consuming a forage-based diet was distinguished by higher microbial diversity and also by higher relative abundance of Firmicutes, whereas Bacteriodetes and Actinobacteria were relatively more abundant in the microbiota of lambs consuming a concentrate-based diet. Moreover, the comparison of lambs divergent for residual feed intake breeding values revealed that regardless of diet, more efficient lambs possessed a ruminal microbiota enriched in Coprococcus, Moryella, [Eubacterium] Brachy group, and [Eubacterium] hallii group, but depleted in Lachnospiraceae FD2005 and Shuttleworthia. The connection between microbiota composition and feeding rate was more tenuous, with no link between the abundance of particular genera and lambs genetically divergent for feeding rate.
Published: 2021

28. Soil moisture and vegetation optical depth retrievals over heterogeneous scenes using LEWIS L-band radiometer

Author: Yann Kerr, S. Gascoin, M. Barrée, Arnaud Mialon, Romain Biron, Marie Parrens, Thierry Pellarin, F. Lemaître, Centre d'études spatiales de la biosphère (CESBIO), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Observatoire Midi-Pyrénées (OMP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Météo-France -Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Météo-France -Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut des Géosciences de l’Environnement (IGE), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP ), Université Grenoble Alpes (UGA), Dynamiques et écologie des paysages agriforestiers (DYNAFOR), École nationale supérieure agronomique de Toulouse (ENSAT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), ONERA / DOTA, Université de Toulouse [Toulouse], ONERA-PRES Université de Toulouse, The authors acknowledge support by CNES (Centre National d’Etudes Spatiales) TOSCA program, the 'Centre Aval de Traitement des Données SMOS' (CATDS), operated for the CNES (France) by IFREMER (Brest, France)., Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Observatoire Midi-Pyrénées (OMP), Météo France-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Météo France-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Grenoble Alpes (UGA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP ), École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), DOTA, ONERA [Salon], ONERA, and The authors acknowledge support by CNES (Centre National d’Etudes Spatiales) TOSCA program, the 'Centre Aval de Traitement des Donn ́ees SMOS' (CATDS), operated for the CNES (France) by IFREMER (Brest, France).
Subjects: Brightness, L band, 010504 meteorology & atmospheric sciences, 0211 other engineering and technologies, 02 engineering and technology, Management, Monitoring, Policy and Law, 01 natural sciences, Footprint, Cal/Val, Radiative transfer, 14. Life underwater, Computers in Earth Sciences, [SDU.ENVI]Sciences of the Universe [physics]/Continental interfaces, environment, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, 021101 geological & geomatics engineering, 0105 earth and related environmental sciences, Earth-Surface Processes, Remote sensing, Global and Planetary Change, Radiometer, VOD, Vegetation, 15. Life on land, Surface soil moisture, L-band, [SDU]Sciences of the Universe [physics], Environmental science, Radiometry, Satellite, SMOS
Abstract: International audience; The Soil Moisture and Ocean Salinity (SMOS) satellite has been providing global data for more than 11 years. The algorithm to retrieve surface soil moisture (SM) and vegetation optical depth (VOD) from Brightness Temperatures (TB) has constantly evolved as our understanding of the instrument and of the responses to various ecosystems increased. The evolution of the radiative transfer modelling used in the inversion process is in part based upon ground measurements done on experimental sites. We present the particular case of an L-band radiometer placed on top of a 800- meter-high cliff. This design allows us to study large and various scenes when compared to classical experiments where a radiometer is placed 10–20 m above a surface. With our set up, the footprints cover areas larger than 300 m in diameter, covering thus several land use types and the footprint can be directed towards different dominant land classes (forest, crops, urban etc…). This paper presents the whole set up consisting of in situ measurements (soil moisture and surface temperatures) and L-band radiometry acquired by the LEWIS instrument at high incidence angles. We perform SM/VOD retrievals from brightness temperatures using various configurations which are compared to the in situ observations. We test in particular a 2-VOD retrieval approach that consists in deriving one SM for the entire scene but two VOD, one for agricultural/low vegetation and a VOD for the forest parts, which improves the performance of the SM/VOD retrievals.
Published: 2021

29. MINTIA: a metagenomic INserT integrated assembly and annotation tool

Author: Bardou, Philippe, Laguerre, Sandrine, Maman Haddad, Sarah, Legoueix Rodriguez, Sabrina, Laville, Elisabeth, Dumon, Claire, Potocki-Veronese, Gabrielle, Klopp, Christophe, Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Toulouse Biotechnology Institute (TBI), Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Toulouse White Biotechnology (TWB), Unité de Mathématiques et Informatique Appliquées de Toulouse (MIAT INRA), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-École nationale supérieure agronomique de Toulouse (ENSAT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), and Unité de Mathématiques et Informatique Appliquées de Toulouse (MIAT INRAE)
Subjects: [SDV.BIO]Life Sciences [q-bio]/Biotechnology, Bioinformatics, Activity-based metagenomics, Functional annotation, [SDV.BBM.BM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Molecular biology, Biodiversity, Software package, Biochemistry, Microbiology, [SDV.BBM.GTP]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], Medicine, Functional metagenomics, Biotechnology, Metagenomic fosmid, Sequence assembly
Abstract: International audience; The earth harbors trillions of bacterial species adapted to very diverse ecosystems thanks to specific metabolic function acquisition. Most of the genes responsible for these functions belong to uncultured bacteria and are still to be discovered. Functional metagenomics based on activity screening is a classical way to retrieve these genes from microbiomes. This approach is based on the insertion of large metagenomic DNA fragments into a vector and transformation of a host to express heterologous genes. Metagenomic libraries are then screened for activities of interest, and the metagenomic DNA inserts of active clones are extracted to be sequenced and analysed to identify genes that are responsible for the detected activity. Hundreds of metagenomics sequences found using this strategy have already been published in public databases. Here we present the MINTIA software package enabling biologists to easily generate and analyze large metagenomic sequence sets, retrieved after activity-based screening. It filters reads, performs assembly, removes cloning vector, annotates open reading frames and generates user friendly reports as well as files ready for submission to international sequence repositories. The software package can be downloaded from https://github.com/Bios4Biol/MINTIA .
Published: 2021

30. Alternatives potentielles au formaldéhyde en pisciculture: Avis de l’Anses. Rapport d’expertise collective

Author: Certin, Jean-François, Baril, Marc, Bayourthe, Corine, Botineau, Céline, Brignon, Jean-Marc, Calvez, Ségolène, Dufeu, Barbara, Fillaudeau, Luc, GARRAS, Loic, Goliro, Martine, Lambert, Pierre, Lattes, Armand, Lebouquin-Leneveu, Sophie, Vincent, Raymond, Argiles, Geoffrey, Brunet, Dominique, Courty, Benoit, Verines-Jouin, Lauranne, Retraité, Université de Montréal (UdeM), École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT], Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Institut National de l'Environnement Industriel et des Risques (INERIS), Ecole Nationale Vétérinaire, Agroalimentaire et de l'alimentation Nantes-Atlantique (ONIRIS), Toulouse Biotechnology Institute (TBI), Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Santé publique France - French National Public Health Agency [Saint-Maurice, France], Caisse d'assurance retraite et de la santé au travail [Bourgogne et Franche-Comté] (CARSAT BFC), CARSAT Aquitaine, Fédération Française pour les sciences de la Chimie (FFC), Direction de l'Evaluation des Risques (DER), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Anses ANMV (Anses ANMV), École nationale supérieure agronomique de Toulouse (ENSAT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT), École nationale vétérinaire, agroalimentaire et de l'alimentation Nantes-Atlantique (ONIRIS), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Agence nationale du médicament vétérinaire (ANMV), and Anses
Subjects: Alternative, Cancérogène, Occupational health, Antiparasitic Agents, [SDV]Life Sciences [q-bio], Reprotoxic, Exposition professionnelle, Occupational exposure, Antiparasitaire, Formaldéhyde, comparaison de substituts, Substitutes, Santé travail, Fish farming, Formaldehyde, Mutagène, [SDV.SPEE]Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie, CMR, Mutagen, Pisciculture, Substitution, Carcinogen, Reprotoxique
Abstract: Auto-saisine n° 2016-SA-022Saisine liée n° 2014-SA-0236Comité d’experts spécialisé « Valeurs sanitaires de référence »Groupe de travail « Formaldéhyde et substituts »; Le formaldéhyde a été classé en 2004 par le Centre international de recherche sur le cancer (CIRC) dans le groupe 1 des cancérogènes avérés pour l’espèce humaine et cette classification a été confirmée en octobre 2009 sur la base de l’induction de tumeurs du nasopharynx et deleucémies. Au niveau européen, une évolution du classement de cancérogène de catégorie 2 à cancérogène de catégorie 1B a été adoptée par le règlement (UE) n° 605/2014 de la Commission du 5 juin 2014 modifiant aux fins de son adaptation au progrès technique le règlement CLP.En France, l’arrêté du 13 Juillet 2006 a ajouté « les travaux exposant au formaldéhyde » à la liste des substances, mélanges et procédés cancérogènes au sens de l’article R. 4412-60 du code du travail. La recherche de substitution des agents cancérogènes, mutagènes ou toxiques pour la reproduction (CMR) de catégorie 1A ou 1B est une obligation qui s’impose à l’employeur. Elle est énoncée dans les principes généraux de prévention à l’article L. 4121-2 du code du travail et est renforcée à l'article R. 4412-66. Ainsi, l’employeur doit pouvoir justifier des démarches fructueuses ou infructueuses qu’il a entreprises en vue de la substitution de tous les agents ou procédés CMR de catégories 1A et 1B inventoriés sur le lieu de travail. Le résultat de ces investigations doit, notamment, figurer dans le document unique d’évaluation des risques. Seul un argumentaire technique fondé est recevable pour justifier de la non-substitution d’un agent ou procédé CMR decatégorie 1A ou 1B par un agent ou un procédé non ou moins dangereux.Lorsque la substitution s’avère impossible, l’employeur doit mettre en œuvre tous les moyens permettant de réduire l’exposition en utilisant des mesures de prévention et de protection adaptées (système clos, autres moyens de protection collective, puis moyens de protection individuelle mais également formation et information du personnel, surveillance médicale).Compte-tenu de ces nouvelles informations sur les propriétés de danger du formaldéhyde et la priorité à la substitution en matière de gestion des risques professionnels, l’Anses a été saisie, en date du 09 octobre 2014, de manière conjointe par la direction générale du travail (DGT), ladirection générale de la santé (DGS), la direction générale de la consommation, de la concurrence et de la répression des fraudes (DGCCRF) et la direction générale de la prévention des risques (DGPR), pour une « Demande d’avis relatif à l’utilisation de substituts au formaldéhyde dansdifférents secteurs d’activité ». Il est demandé à l’Anses d’éclairer les pouvoirs publics : sur l’intérêt du formaldéhyde par rapport aux autres substituts pour le diagnostic en matière d’anatomie et cytologie pathologiques dans les situations de routine et dans des situations particulières pour lesquelles le formaldéhyde reste indispensable et qu’il conviendra de préciser ; sur l’intérêt du formaldéhyde par rapport aux autres substituts pour les actes de thanatopraxie, avec un état des lieux sur les travaux en cours au niveau européen dans le cadre du règlement biocide en matière d’évaluation de la substance active formaldéhyde (TP 2, 3, 20 et 22). Par ailleurs, les directions souhaiteraient disposer, dans le cadre des travaux menés sur les substituts au formaldéhyde en anatomie et en cytologiepathologique, d’une analyse sur les possibilités d’utilisation de ces substituts dans certains types de produits biocides, et notamment en TP 22, et sur les conséquences éventuelles en termes de toxicité et d’écotoxicité ; sur l’intérêt du formaldéhyde par rapport aux autres substituts pour l’utilisation en alimentation animale en tant qu’auxiliaire technologique pour la protection contre la dégradation ruminale, en tant qu’additif conservateur, en tant qu’additif d’ensilage et en tant qu’additif visant à limiter ou à réduire la charge microbienne des organismes pathogènes présents dans les aliments des animaux ; sur l’intérêt du formaldéhyde par rapport aux autres substituts pour l’utilisation en alimentation humaine en tant qu’auxiliaire technologique pour d’une part la fabrication de certains alginates et d’autre part l’utilisation comme bactériostatique dans la filière du secteur du sucre ;Les utilisations du formaldéhyde dans les 4 secteurs d’activité précédemment décrits s’inscrivent dans un contexte où il existe, d’une part un référentiel international ou une autorisation de mise sur le marché qui a été délivrée par les autorités européennes ou françaises légitimant ces usages du formaldéhyde et d’autre part, les obligations du code du travail qui, suite à la classification du formaldéhyde, indiquent que la première des actions à mener est la substitution.Les ministères de tutelles demandent à l’Anses de justifier l’intérêt du formaldéhyde par rapport aux autres substituts dans ces secteurs d’activités. Les experts de l’Anses estiment que la question posée revient à justifier l’utilisation d’un cancérogène de catégorie 1B par rapport à des substituts potentiellement moins dangereux. Les experts préfèrent se poser la question dans le sens inverse en identifiant des substituts moins dangereux capables de substituer la substance cancérogène dans les 4 secteurs d’activités. Le formaldéhyde est également utilisé en pisciculture. L’inspection des élevages piscicoles menée par les agents du Ministère de l’agriculture et de l’alimentation en vue de l’obtention de leur agrément sanitaire, a révélé l’utilisation de formaldéhyde dans les bassins d’élevage. Cetteutilisation est destinée au traitement des bassins en présence des poissons en usage préventif ou curatif contre les ectoparasitoses (costiase notamment). Le ministère de l’agriculture a développé un plan d’action pour le développement de la filière aquacole et des travaux sont menés pour améliorer la disponibilité des médicaments vétérinaires dans cette filière. L’absence de médicaments vétérinaires disponibles pour le traitement antiparasitaire des poissons a été soulevée dans le cadre de ces travaux. La Direction générale de l’alimentation (DGAL) aégalement sollicité l’Agence nationale du médicament vétérinaire (ANMV) au sein de l’Anses pour évaluer les possibilités de recours à l’importation d’un médicament vétérinaire à base de formaldéhyde autorisé en Espagne.Les experts de l’Anses ont développé une méthode de travail afin de pouvoir comparer et évaluer des substituts à une substance chimique dangereuse en s’appuyant sur une revue de la littérature. La description de cette méthode fait l’objet d’un rapport de l’Anses intitulé « Document méthodologique de comparaison des alternatives à une substance chimique » (Anses 2018). La méthode a été appliquée aux substituts identifiés dans les secteurs d’activité ciblés dans lasaisine et dans l’auto-saisine.Le présent avis détaille la partie de l’auto-saisine 2016-SA-022 relative à l’application de la méthode aux alternatives potentielles au formaldéhyde dans le secteur de la pisciculture.
Published: 2021

31. A supernumerary 'B-sex' chromosome drives male sex determination in the Pachón cavefish, Astyanax mexicanus

Author: Séverine Beille, Sylvie Rétaux, John H. Postlethwait, Claire Kuchly, Hugues Parrinello, Amaury Herpin, Tomáš Pavlica, Ahmed Al-Rikabi, Christophe Klopp, Cécile Donnadieu, Jorge Torres-Paz, Manfred Schartl, Lisa Gil, Thomas Liehr, Joerg Bohlen, Adrien Castinel, Romain Feron, Yann Guiguen, Céline Lopez-Roques, Margot Zahm, Cédric Cabau, Boudjema Imarazene, Frédéric Veyrunes, Thomas D. Mueller, Elodie Jouanno, Alexandr Sember, Kang Du, Sergey A. Simanovsky, Qiaowei Pan, Julie Perez, Laurent Journot, Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons (LPGP), Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut des Neurosciences Paris-Saclay (NeuroPSI), Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Texas State University, Université de Lausanne = University of Lausanne (UNIL), Swiss Institute of Bioinformatics [Lausanne] (SIB), Génome et Transcriptome - Plateforme Génomique ( GeT-PlaGe), Plateforme Génome & Transcriptome (GET), Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut de Génomique Fonctionnelle (IGF), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-École nationale supérieure agronomique de Toulouse (ENSAT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Système d'Information des GENomes des Animaux d'Elevage (SIGENAE), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Unité de Mathématiques et Informatique Appliquées de Toulouse (MIAT INRAE), Institute of Animal Physiology and Genetics of the Czech Academy of Sciences (IAPG / CAS), Czech Academy of Sciences [Prague] (CAS), Charles University [Prague] (CU), Jena University Hospital [Jena], A.N. Severtsov Institute of Ecology and Evolution, Russian Academy of Sciences [Moscow] (RAS), Institut des Sciences de l'Evolution de Montpellier (UMR ISEM), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-École Pratique des Hautes Études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Montpellier (UM)-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UR226-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), University of Würzburg = Universität Würzburg, University of Oregon [Eugene], This project was supported by funds from the 'Agence Nationale de la Recherche' (ANR/DFG, PhyloSex project, 2014-2016) to Y.G. and M.S. S.R. was supported by grants from an Equipe FRM (Fondation pour la Recherche Médicale, DEQ20150331745) and MITI CNRS (Mission pour les Initiatives Transverses et Interdisciplinaires). J.H.P. was supported by an NIH grant (R35 GM139635). Sequencing was supported by France Génomique as part of an 'Investissement d’avenir' program managed by ANR (contract ANR-10-INBS-09) and by the GET-PACBIO program (Programme opérationnel FEDER-FSE MIDI-PYRENEES ET GARONNE 2014-2020). The CytoEvol platform at ISEM was supported by the Labex CeMEB. J.B., T.P., and A.S. were supported by RVO: 67985904 of IAPG CAS, Liběchov. T.P. was supported by the projects of the Czech Ministry of Education (SVV 260571/2021). S.A.S. was supported by the Russian Foundation for Basic Research (RFBR) (18-34-00638). B.I.’s PhD fellowship was supported by the Doctoral School of Ecology, Geosciences, Agronomy, Nutrition of the University of Rennes 1 and INRAE. We are grateful to the genotoul bioinformatics platform Toulouse Occitanie (Bioinfo Genotoul, https://doi.org/10.15454/1.5572369328961167E12) for providing help, computing, and storage resources. Funders had no role in study design, data collection and analysis, decision to publish, or preparation of the manuscript., ANR-13-ISV7-0005,PhyloSex,Evolution des déterminants majeurs du sexe chez les poissons.(2013), ANR-10-INBS-0009,France-Génomique,Organisation et montée en puissance d'une Infrastructure Nationale de Génomique(2010), University of Lausanne (UNIL), Université de Lausanne (UNIL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Unité de Mathématiques et Informatique Appliquées de Toulouse (MIAT INRA), École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Montpellier (UM)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UR226, Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Université de Montpellier (UM)-Université Montpellier 1 (UM1)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-École pratique des hautes études (EPHE), Guiguen, Yann, Blanc – Accords bilatéraux 2013 - Evolution des déterminants majeurs du sexe chez les poissons. - - PhyloSex2013 - ANR-13-ISV7-0005 - Blanc – Accords bilatéraux 2013 - VALID, and Organisation et montée en puissance d'une Infrastructure Nationale de Génomique - - France-Génomique2010 - ANR-10-INBS-0009 - INBS - VALID
Subjects: Male, [SDV]Life Sciences [q-bio], Male sex determination, sex determination, Cavefish, B chromosome, Biology, Genome, Article, General Biochemistry, Genetics and Molecular Biology, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Animals, gonads, Gene, genome, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, 030304 developmental biology, Genetics, 0303 health sciences, Sexual differentiation, Characidae, [SDV.BID.EVO]Life Sciences [q-bio]/Biodiversity/Populations and Evolution [q-bio.PE], sex chromosomes, Chromosome, Sex reversal, Biological Evolution, [SDV] Life Sciences [q-bio], Caves, cavefish, gdf6, sex differentiation, Female, General Agricultural and Biological Sciences, 030217 neurology & neurosurgery
Abstract: Sex chromosomes are generally derived from a pair of classical type-A chromosomes, and relatively few alternative models have been proposed up to now.(1,2) B chromosomes (Bs) are supernumerary and dispensable chromosomes with non-Mendelian inheritance found in many plant and animal species(3,4) that have often been considered as selfish genetic elements that behave as genome parasites.(5,6) The observation that in some species Bs can be either restricted or predominant in one sex(7–14) raised the interesting hypothesis that Bs could play a role in sex determination.(15) The characterization of putative B master sex-determining (MSD) genes, however, has not yet been provided to support this hypothesis. Here, in Astyanax mexicanus cavefish originating from Pachón cave, we show that Bs are strongly male predominant. Based on a high-quality genome assembly of a B-carrying male, we characterized the Pachón cavefish B sequence and found that it contains two duplicated loci of the putative MSD gene growth differentiation factor 6b (gdf6b). Supporting its role as an MSD gene, we found that the Pachón cavefish gdf6b gene is expressed specifically in differentiating male gonads, and that its knockout induces male-to-female sex reversal in B-carrying males. This demonstrates that gdf6b is necessary for triggering male sex determination in Pachón cavefish. Altogether these results bring multiple and independent lines of evidence supporting the conclusion that the Pachón cavefish B is a “B-sex” chromosome that contains duplicated copies of the gdf6b gene, which can promote male sex determination in this species.
Published: 2021

32. Cross-analysis for the assessment of urban environmental quality: An interdisciplinary and participative approach

Author: Hidalgo Julia, Haouès-Jouve Sinda, Carrissimo Bertrand, Legain Dominique, Guillaume Gwenael, Berry-Chikhaoui Isabelle, Can Arnaud, Lemonsu Aude, Challéat Samuel, Amossé Alexandre, Masson Valéry, Richard Isabelle, De Munck Cécile, Le Bras Julien, Levy Jean-Pierre, Zhenlan Gao, Rojas-Arias Juan-Carlos, Marry Solène, Chouillou Delphine, Dorier Elisabeth, Hooneart Sophie, Adolphe Luc, Nguyen-Luong Danny, Lopez-Rieu Claudia, Gaudio Noémie, Gauvrau Benoit, Bouyer Julien, Laboratoire Interdisciplinaire Solidarités, Sociétés, Territoires (LISST), École des hautes études en sciences sociales (EHESS)-Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J)-École Nationale Supérieure de Formation de l'Enseignement Agricole de Toulouse-Auzeville (ENSFEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Météo France, Institut Français des Sciences et Technologies des Transports, de l'Aménagement et des Réseaux (IFSTTAR), Institut Français des Sciences et Technologies des Transports, de l'Aménagement et des Réseaux (IFSTTAR)-PRES Université Paris-Est, Centre d'Enseignement et de Recherche en Environnement Atmosphérique (CEREA), École des Ponts ParisTech (ENPC)-EDF R&D (EDF R&D), EDF (EDF)-EDF (EDF), AGroécologie, Innovations, teRritoires (AGIR), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J), Laboratoire Architecture, Ville, Urbanisme, Environnement (LAVUE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Nanterre (UPN)-Ministère de la Culture (MC)-Université Paris 8 Vincennes-Saint-Denis (UP8)-École nationale supérieure d'architecture de Paris Val-de-Seine (ENSA PVDS)-École nationale supérieure d'architecture de Paris-La Villette (ENSAPLV), ANR, Météo-France Direction Interrégionale Sud-Est (DIRSE), Météo-France, Université Paris 8 Vincennes-Saint-Denis (UP8)-École nationale supérieure d'architecture de Paris-La Villette (ENSAPLV), HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-Université Paris Nanterre (UPN)-École nationale supérieure d'architecture de Paris Val-de-Seine (ENSA PVDS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ministère de la Culture (MC), Institut national de recherches archéologiques préventives (Inrap), Culture et Environnements, Préhistoire, Antiquité, Moyen-Age (CEPAM), Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Côte d'Azur (UCA), Institut National des Sciences Appliquées (INSA), Acteurs, Ressources et Territoires dans le Développement (UMR ART-Dev), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Université Paul-Valéry - Montpellier 3 (UPVM)-Université de Perpignan Via Domitia (UPVD)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre d'Etudes et d'Expertise sur les Risques, l'Environnement, la Mobilité et l'Aménagement - Equipe-projet TEAM (Cerema Equipe-projet TEAM), Centre d'Etudes et d'Expertise sur les Risques, l'Environnement, la Mobilité et l'Aménagement (Cerema), Observatoire de l'environnement nocturne (OEN), Géographie de l'environnement (GEODE), Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire Population-Environnement-Développement (LPED), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire Techniques, Territoires et Sociétés (LATTS), École des Ponts ParisTech (ENPC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Gustave Eiffel, Centre national de recherches météorologiques (CNRM), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Observatoire Midi-Pyrénées (OMP), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Météo-France -Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Météo-France -Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Agence de l'Environnement et de la Maîtrise de l'Energie (ADEME), Institut d'Aménagement et d'Urbanisme de la Région d'Ile-de-France (IAU Île-de-France), École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT], École des hautes études en sciences sociales (EHESS)-Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-École Nationale Supérieure de Formation de l'Enseignement Agricole de Toulouse-Auzeville (ENSFEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université de Toulouse (UT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Aix Marseille Université (AMU), Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Météo-France -Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Météo-France -Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), École nationale supérieure agronomique de Toulouse (ENSAT), and Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)
Subjects: Decision support system, Built environment, Participative approach, decision support, 010504 meteorology & atmospheric sciences, Computer science, [SDE.MCG]Environmental Sciences/Global Changes, Geography, Planning and Development, Environmental design, 010501 environmental sciences, Management, Monitoring, Policy and Law, 01 natural sciences, urban planning, [SHS]Humanities and Social Sciences, [SPI]Engineering Sciences [physics], Neighbourhood level, statistical analysis, Urban planning, 11. Sustainability, Architecture, Statistical analysis, Environmental planning, Environmental quality, 0105 earth and related environmental sciences, Nature and Landscape Conservation, [SHS.ARCHI]Humanities and Social Sciences/Architecture, space management, [SHS.GEO]Humanities and Social Sciences/Geography, [SDE.ES]Environmental Sciences/Environmental and Society, environmental design, Urban Studies, 13. Climate action, [SDE]Environmental Sciences, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology
Abstract: International audience; The goal of this research is to assess environmental quality at the neighbourhood level through a multi-dimensional and multi-sensory approach that combines social and physical methodologies. For this purpose, an interdisciplinary protocol has been designed to simultaneously collect physical parameter measurements (related to microclimate and acoustics) and survey data on perceptions (involving residents and non-residents). The cross-referenced analysis of data collected at six contrasting places in a district in Toulouse (France) enabled us (i) to better understand and prioritise the factors that influence residents' assessment of the quality of their living environment and (ii) to understand to what extent the differentiation of the places by the inhabitants converges with the differentiation of these places based on acoustic and micrometeorological measurements. The statistical analysis based on individuals showed the importance of noise and air quality that rank just after the aesthetic dimension for all respondents. Nevertheless, the quality of maintenance and the feeling of security that the place inspires seem to be as crucial as these environmental criteria for the inhabitants. The analysis focused on the sites highlighted the consistency between the typology of places based on perceptions and that based on acoustic measurements, which confirms the high inhabitants' sensitivity to this environmental component.
Published: 2021

33. PIGWEB: an infrastructure for experimental research for sustainable pig production

Author: van Milgen, Jaap, Millet, S., Westin, R., Larzul, Catherine, Kaya, C., Nørgaard, J.V., Metges, C.C., Bee, G., Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] (PEGASE), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-INSTITUT AGRO Agrocampus Ouest, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Research Institute for Agricultural, Fisheries and Food (ILVO), Sveriges lantbruksuniversitet, Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-École nationale supérieure agronomique de Toulouse (ENSAT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), European Forum of Farm Animal Breeders, Partenaires INRAE, Aarhus University [Aarhus], Leibniz Institute for Farm Animal Biology (FBN), Agroscope, EAAP, European Project: 101004770,PIGWEB, Strandberg, E., Pinotti, L., Messori, S., Kenny, D., Lee, M., Hocquette, J.F., Cadavez, V.A.P., Millet, S., Evans, R., Veldkamp, T., Pastell, M., Pollott, G., AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Bernard, Emilie, and An infrastructure for experimental research for sustainable pig production - PIGWEB - 101004770 - INCOMING
Subjects: [SDV.SA.SPA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences/Animal production studies, [SDV.SA.SPA] Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences/Animal production studies
Abstract: International audience; The European Commission considers research infrastructures as key elements for the advancement of knowledge, structure the scientific community, facilitate open, interconnected, and data-driven science, and attract young people to science. PIGWEB is a Horizon 2020 project that started on March 1st, 2021. The aim of the project is to strengthen the pig research community by providing and facilitating access to research infrastructures, reinforce a culture of cooperation between the research community and industrial and societal stakeholders, and improve and integrate the services provided by the research infrastructures. The project gathers 16 partners from nine countries. Twentyeight installations provide transnational access, allowing external parties to carry out experiments in the PIGWEB installations, funded by the project for a total budget of 1.5 million euro. Transnational access is given to various housing facilities and production systems, slaughterhouses and associated equipment, experimental feed mills, and laboratories to carry out studies on pig nutrition, metabolism, physiology, behaviour, and emissions. The project also focusses on best practices for protocols, standards, and ethics in experimental pig research and on ontologies and Open Data. Joint research activities are carried out to identify and test non- and minimally invasive proxies of efficiency, health, stress, and environmental impact. Also, new methods, tools, and technologies will be developed to measure traits that are currently difficult to measure, related to welfare, behaviour, and body composition. Newly developed and available research methods and tools will be tested to carry out integrated phenotyping of pigs.
Published: 2021

34. Resilience and efficiency in monogastrics: results from Feed-a-Gene

Author: van Milgen, Jaap, Bach Knudsen, K.E., Jansman, A., Halas, V., Pomar, J., Gilbert, Hélène, Garrod, G., Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] (PEGASE), AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Aarhus University [Aarhus], Wageningen University and Research [Wageningen] (WUR), Kaposvár University, Universitat de Lleida, Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Newcastle University [Newcastle], European Project: 633531,H2020,H2020-SFS-2014-2,Feed-a-Gene(2015), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-INSTITUT AGRO Agrocampus Ouest, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-École nationale supérieure agronomique de Toulouse (ENSAT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Strandberg, E., Pinotti, L., Messori, S., Kenny, D., Lee, M., Hocquette, J.F., Cadavez, V.A.P., Millet, S., Evans, R., Veldkamp, T., Pastell, M., Pollott, G., Bernard, Emilie, and Adapting the feed, the animal and the feeding techniques to improve the efficiency and sustainability of monogastric livestock production systems - Feed-a-Gene - - H20202015-03-01 - 2020-02-29 - 633531 - VALID
Subjects: [SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio], food and beverages
Abstract: International audience; The objective of the Feed-a-Gene project (2015-2020; H2020 grant agreement 633531) was to adapt the feed, the animal, and the feeding techniques to improve the efficiency and sustainability of monogastric livestock production systems. For ‘feed’, we concluded that non-GMO European soybeans can be processed in small-scale processing plants to obtain soybean meals with similar or even better nutritional quality as imported soybean meals. Also, there is a potential for the use of green biomass to extract protein for monogastric animals to replace imported soybean meal in organic farming. Concerning the ‘animal’, monogastric animals have to rely more on alternative feed resources that are less or not in competition with other uses. These resources are typically more variable and of poorer nutritional quality. With new molecular and automated records, animals can be selected that do best with feed that is worse and transform these alternative feeds into meat, respecting their welfare and robustness and limiting environmental impacts. Precision livestock feeding is a novel technology that can be using to provide tailored diets to animals according to their (individual) requirements, thereby reducing nutrient excretion and the environmental impact of livestock production. The potential of precision livestock farming is much larger than what we explored in Feed-a-Gene (e.g. precision medication, design of housing systems). It is not a question of ‘if’ but of ‘when’ these systems will be implemented, and ‘how’ society will perceive trade-offs of improved resource use, reduced environmental impact, improved welfare versus a perceived further industrialization of livestock production.
Published: 2021

35. Transcriptome Profiling of the Pacific Oyster Crassostrea gigas Visceral Ganglia over a Reproduction Cycle Identifies Novel Regulatory Peptides

Author: Emilie Réalis-Doyelle, Julie Schwartz, Cédric Cabau, Lorane Le Franc, Benoit Bernay, Guillaume Rivière, Christophe Klopp, Pascal Favrel, Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Système d'Information des GENomes des Animaux d'Elevage (SIGENAE), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Unité de Mathématiques et Informatique Appliquées de Toulouse (MIAT INRA), Biologie des Organismes et Ecosystèmes Aquatiques (BOREA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université des Antilles (UA)-Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Sorbonne Université (SU)-Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU), Interactions Cellules Organismes Environnement (ICORE), Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-CHU Caen, Normandie Université (NU)-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN)-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN), Council of the Normandy Region (RIN ECUME: 18E01643-18P02383), ANR-14-CE02-0020,NEMO,Neuropeptides d'organismes marins(2014), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université des Antilles (UA), CHU Caen, Normandie Université (NU)-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN)-Normandie Université (NU)-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN)-Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-École nationale supérieure agronomique de Toulouse (ENSAT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), and Unité de Mathématiques et Informatique Appliquées de Toulouse (MIAT INRAE)
Subjects: reproduction, [SDV.BA.ZI]Life Sciences [q-bio]/Animal biology/Invertebrate Zoology, animal structures, QH301-705.5, [SDV.BBM.GTP]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], [SDV]Life Sciences [q-bio], fungi, nervous system, neuropeptides, Biology (General), transcriptome, [SDV.BDLR.RS]Life Sciences [q-bio]/Reproductive Biology/Sexual reproduction
Abstract: The neuropeptides involved in the regulation of reproduction in the Pacific oyster (Crassostrea gigas) are quite diverse. To investigate this diversity, a transcriptomic survey of the visceral ganglia (VG) was carried out over an annual reproductive cycle. RNA-seq data from 26 samples corresponding to VG at different stages of reproduction were de novo assembled to generate a specific reference transcriptome of the oyster nervous system and used to identify differentially expressed transcripts. Transcriptome mining led to the identification of novel neuropeptide precursors (NPPs) related to the bilaterian Eclosion Hormone (EH), crustacean female sex hormone/Interleukin 17, Nesfatin, neuroparsin/IGFBP, prokineticins, and urotensin I, to the protostome GNQQN, pleurin, prohormones 3 and 4, prothoracotropic hormones (PTTH), and QSamide/PXXXamide, to the lophotrochozoan CCWamide, CLCCY, HFAamide, and LXRX, and to the mollusk-specific NPPs CCCGS, clionin, FYFY, GNamide, GRWRN, GSWN, GWE, IWMPxxGYxx, LXRYamide, RTLFamide, SLRFamide, and WGAGamide. Among the complete repertoire of NPPs, no sex-biased expression was observed. However, 25 NPPs displayed reproduction stage-specific expression, supporting their involvement in the control of gametogenesis or associated metabolisms.
Published: 2021

36. Multi-ome analysis to predict feed efficiency in pigs

Author: Verschuren, L.M.G., Jansman, A., van Milgen, Jaap, Zemb, Olivier, Hedemann, M.S., Bergsma, R., Calus, M. P. L., Strandberg, E., Pinotti, L., Messori, S., Kenny, D., Lee, M., Hocquette, J.F., Cadavez, V.A.P., Millet, S., Evans, R., Veldkamp, T., Pastell, M., Pollott, G., Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] (PEGASE), AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Wageningen University and Research [Wageningen] (WUR), Topigs Norsvin Research Center B.V., Schoenaker, Partenaires INRAE, Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Aarhus University [Aarhus], European Project: 633531,H2020,H2020-SFS-2014-2,Feed-a-Gene(2015), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-INSTITUT AGRO Agrocampus Ouest, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-École nationale supérieure agronomique de Toulouse (ENSAT), and Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)
Subjects: [SDV.SA.SPA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences/Animal production studies
Abstract: International audience; This study aimed to use relationships between the faecal microbiome, the systemic metabolome, and animal genome to predict feed efficiency related traits in pigs (i.e. feed intake, body weight gain, and feed conversion ratio). Data were collected from 530 three-way crossbred male grower-finisher pigs, all genotyped at 50k SNPs. Pigs were offered feed ad libitum in a three-phase feeding program with a commercial diet based on wheat, barley and by-products. On the day before slaughter (mean body weight 125 kg), individual faecal and blood samples were collected. Faecal samples were sequenced for the 16S hypervariable region of bacteria (V3/V4) to profile the faecal microbiome. Blood serum samples were analysed with untargeted LC-MS for metabolites. Using these data, we calculated the proportion of variance in feed efficiency related traits that was explained by variation in the faecal microbiome (m2), blood metabolites (b2), and genetic background (h2). The m2 values ranged from 34 to 52%, b2 values ranged from 50 to 63%, and h2 values from 23 to 28%. Using cross-validation, we estimated the accuracy of prediction based on the microbiome, metabolome, and genome profile of the pigs. Prediction accuracies were highest based on the metabolic profile (r=0.56-0.63), followed by the faecal microbiome profile (r=0.30-0.48), and the genome profile (r=0.21-0.29). Modelling all three profiles simultaneously resulted in the highest prediction accuracy (r=0.59-0.66). In conclusion, combining information on the genotype of the pig and its faecal microbiota and blood metabolite profiles improves the accuracy of prediction of phenotypes for feed efficiency related traits, but almost the same prediction accuracy could be achieved using blood metabolite profiles only. This study was part of the Feed-a-Gene Project, funded from the European Union’s H2020 Programme under grant agreement no 633531.
Published: 2021

37. Evolution of recombination landscapes in diverging populations of bread wheat

Author: Bertrand Servin, Pierre Sourdille, Sophie Bouchet, Alice Danguy des Deserts, Génétique Diversité et Ecophysiologie des Céréales (GDEC), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA), Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), INRAE metaprogram SELGEN and Florimond Desprez (Cappelle-en-Pévèle, France), ANR-10-BTBR-0003,BREEDWHEAT,Développer de nouvelles variétés de blé pour une agriculture durable(2010), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-École nationale supérieure agronomique de Toulouse (ENSAT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), and INRAE metaprogram SELGEN and Florimond Desprez
Subjects: AcademicSubjects/SCI01140, 0106 biological sciences, Linkage disequilibrium, [SDV]Life Sciences [q-bio], Population, bread wheat, Single-nucleotide polymorphism, Biology, 01 natural sciences, Genome, Linkage Disequilibrium, 03 medical and health sciences, Meiosis, Genetic variation, evolution, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, Allele, education, Triticum, 030304 developmental biology, Recombination, Genetic, 2. Zero hunger, 0303 health sciences, education.field_of_study, [SDV.GEN]Life Sciences [q-bio]/Genetics, AcademicSubjects/SCI01130, Chromosome Mapping, Bread, recombination, Evolutionary biology, Recombination, Research Article, 010606 plant biology & botany
Abstract: Reciprocal exchanges of DNA (crossovers) that occur during meiosis are mandatory to ensure the production of fertile gametes in sexually reproducing species. They also contribute to shuffle parental alleles into new combinations thereby fuelling genetic variation and evolution. However, due to biological constraints, the recombination landscape is highly heterogenous along the genome which limits the range of allelic combinations and the adaptability of populations. An approach to better understand the constraints on the recombination process is to study how it evolved in the past. In this work we tackled this question by constructing recombination profiles in four diverging bread wheat (Triticum aestivum L.) populations established from 371 landraces genotyped at 200,062 SNPs. We used linkage disequilibrium (LD) patterns to estimate in each population the past distribution of recombination along the genome and characterize its fine-scale heterogeneity. At the megabase scale, recombination rates derived from LD patterns were consistent with family-based estimates obtained from a population of 406 recombinant inbred lines. Among the four populations, recombination landscapes were significantly positively correlated between each other and shared a statistically significant proportion of highly recombinant intervals. However, this comparison also highlighted that the similarity in recombination landscapes between populations was significantly decreasing with their genetic differentiation in most regions of the genome. This observation was found to be robust to SNP ascertainment and demography and suggests a relatively rapid evolution of factors determining the fine-scale localization of recombination in bread wheat.
Published: 2021

38. Proceedings of International Research Congress T2021: Ecological Transitions in Transactions and Actions

Author: Dumat, Camille, Busca, Didier, Sobanska, Sophie, Loudiyi, Salma, Aubry, Christine, Feidt, Cyril, Bessière, Jacinthe, Annes, Alexis, Rault, Magali, Bories, Olivier, Boukharaeva, Louiza, Léna, J.-Y., Schreck, Eva, Tortosa, Axelle, Shahid, Muhammad, Mombo, Stéphane, Savy, Anne-Claire, Kessari, Myriam, Xiong, Tiantian, Giacchè, Giulia, Consalès, Jean-Noël, Granchamp, Laurence, Fournier, Agnès, Crivellari, Paolo, Christiansen, Gwen, Andriamasinoro, Fenintsoa, Jules, Wilkens, Souvestre, Marie, Dynamiques et écologie des paysages agriforestiers (DYNAFOR), École nationale supérieure agronomique de Toulouse (ENSAT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Centre d'Etude et de Recherche Travail Organisation Pouvoir (CERTOP), Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut des Sciences Moléculaires (ISM), Université Montesquieu - Bordeaux 4-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1 (UB)-École Nationale Supérieure de Chimie et de Physique de Bordeaux (ENSCPB)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Territoires (Territoires), AgroParisTech-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA), Sciences pour l'Action et le Développement : Activités, Produits, Territoires (SADAPT), AgroParisTech-Université Paris-Saclay-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Unité de Recherches Animal et Fonctionnalités des Produits Animaux (URAFPA), Université de Lorraine (UL)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Laboratoire Interdisciplinaire Solidarités, Sociétés, Territoires (LISST), École des hautes études en sciences sociales (EHESS)-Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-École Nationale Supérieure de Formation de l'Enseignement Agricole de Toulouse-Auzeville (ENSFEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut méditerranéen de biodiversité et d'écologie marine et continentale (IMBE), Avignon Université (AU)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UMR237-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire Dynamiques Sociales et Recomposition des Espaces (LADYSS), Université Paris 1 Panthéon-Sorbonne (UP1)-Université Paris 8 Vincennes-Saint-Denis (UP8)-Université Paris Nanterre (UPN)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Géographie de l'environnement (GEODE), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Géosciences Environnement Toulouse (GET), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Observatoire Midi-Pyrénées (OMP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Météo-France -Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Météo-France -Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), COMSATS University Islamabad (CUI), Université des Sciences et Techniques de Masuku (USTM), Montpellier Research in Management (MRM), Université Paul-Valéry - Montpellier 3 (UPVM)-Université de Perpignan Via Domitia (UPVD)-Groupe Sup de Co Montpellier (GSCM) - Montpellier Business School-Université de Montpellier (UM), Montpellier Interdisciplinary center on Sustainable Agri-food systems (Social and nutritional sciences) (UMR MoISA), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Centre International de Hautes Etudes Agronomiques Méditerranéennes - Institut Agronomique Méditerranéen de Montpellier (CIHEAM-IAMM), Centre International de Hautes Études Agronomiques Méditerranéennes (CIHEAM)-Centre International de Hautes Études Agronomiques Méditerranéennes (CIHEAM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro - Montpellier SupAgro, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), South China University of Technology [Guangzhou] (SCUT), Bureau de recherche Exp’AU EXPertise en Agricultures Urbaines, Partenaires INRAE, AgroParisTech, Temps, espaces, langages Europe méridionale-Méditerranée (TELEMME), Aix Marseille Université (AMU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Dynamiques européennes (DynamE), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), AGroécologie, Innovations, teRritoires (AGIR), Bureau de Recherches Géologiques et Minières (BRGM) (BRGM), École des hautes études en sciences sociales (EHESS), Interactions hôtes-agents pathogènes [Toulouse] (IHAP), Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), École des hautes études en sciences sociales (EHESS)-Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J)-École Nationale Supérieure de Formation de l'Enseignement Agricole de Toulouse-Auzeville (ENSFEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Observatoire Midi-Pyrénées (OMP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Météo-France -Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Météo-France -Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université des Sciences et Techniques de Masuku [Franceville, Gabon] (USTM), South China Normal University - Guangzhou, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, EHSS, and Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP)
Subjects: Ecological Transitions, Agroecology of landscapes, Collective intelligence, Agroécologie des paysages, Critères de Durabilité, Intelligence Collective, Sustainability Criteria, Urban agriculture, Health-Environment, Inter/Trans-disciplinarity, Ecologisation des Pratiques, Transitions Ecologiques, SantéEnvironnement, Agricultures urbaines, Alimentation Durable, [SDE]Environmental Sciences, Sustainable Food, Inter/Transdisciplinarité, Ecologization of Practices
Abstract: Collection of selected papers from the international interdisciplinary research confer-ence: Ecological Transitions in Transactions and Actions, T2021. Scheduled in Toulouse University J. Jaurès, from June 21-25, 2021. Finally produced as webinar to face with agility and resilience to the persistent Covid-19 context, which pushes us to our entrenchments to safeguard the human links essential for a research in collective intelligence!Keywords: Ecologization of Practices; Sustainable Food; Agroecology of landscapes; Health-Environment; Collective intelligence; Ecological Transitions; Urban agriculture; Inter/Trans-disciplinarity; Sustainability Criteria.Program and additional information (some pdf presentations, posters and films of the conference) available on the T2021 site : https://transitions2021.sciencesconf.org/; Recueil des communications sélectionnées du colloque international de recherche interdisciplinaire « Transitions Ecologiques en transactions et actions, T2021 ». Programmé à Toulouse, Université J. Jaurès, du 21-25 juin 2021. Réalisé in fine en webinaire pour faire face avec agilité et résilience au contexte covid persistant qui nous pousse dans nos retranchements pour sauvegarder les liens humains indispensables pour une recherche en intelligence collective !Mots clefs : Ecologisation des Pratiques ; Alimentation Durable ; Agroécologie des paysages ; Santé-Environnement ; Intelligence Collective ; Transitions Ecologiques ; Agricultures urbaines ; In-ter/Transdisciplinarité ; Critères de Durabilité.Programme et informations complémentaires (certains exposés pdf, posters et films du col-loque) disponible sur le site T2021 : https://transitions2021.sciencesconf.org/
Published: 2021

39. Tissue resources for the functional annotation of animal genomes

Author: Tixier-Boichard, Michèle, Fabre, Stéphane, Dhorne-Pollet, Sophie, Goubil, Adeline, Acloque, Hervé, Vincent-Naulleau, Silvia, Ross, Pablo, Wang, Ying, Chanthavixay, Ganrea, Cheng, Hans, Ernst, Catherine, Leesburg, Vicki, Giuffra, Elisabetta, Zhou, Huaijun, Collaborative Working Group, ., Dalbies-Tran, Rozenn, Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), AgroParisTech-Université Paris-Saclay-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-École nationale supérieure agronomique de Toulouse (ENSAT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), CEA- Saclay (CEA), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), University of California [Davis] (UC Davis), University of California (UC), USDA-ARS : Agricultural Research Service, Michigan State University [East Lansing], Michigan State University System, Physiologie de la reproduction et des comportements [Nouzilly] (PRC), Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur] (IFCE)-Université de Tours (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), SELGEN program (INRAE), United States Department of Agriculture, National Institute of Food and Agriculture (Competitive Grant Project No. 2015–67015-22940 to HZ), ANR-11-INBS-0003,CRB-Anim,Réseau de Centres de Ressources Biologiques pour les animaux domestiques(2011), Université Paris-Saclay-AgroParisTech-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), and University of California
Subjects: Collaborative Working Group, bird, Clinical Sciences, [SDV.BBM.BM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Molecular biology, cryopreservation, repository, [SDV.GEN.GA]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Animal genetics, tissue sampling, [SDV.BBM.GTP]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], Methods, Genetics, mammals, Law, genome
Abstract: Un collaborative working group a également participé à cet article, Composé de : Catherine Taragnat, Cecile Berri, Déborah Jardet, Estelle Godet, Fabrice Laurent, Gilles Gomot, Hugues Dardente, Isabelle Grasseau, Jean-Philippe Dubois, Joel Gautron, Nadine Gérard, Pascale Quéré, Roger-Paul Lavocat, Rozenn Dalbies-Tran, Sonia Métayer, Sylvain Marthey, Vincent Coustham, and Xavier Druart; International audience; In order to generate an atlas of the functional elements driving genome expression in domestic animals, the Functional Annotation of Animal Genome (FAANG) strategy was to sample many tissues from a few animals of different species, sexes, ages, and production stages. This article presents the collection of tissue samples for four species produced by two pilot projects, at INRAE (National Research Institute for Agriculture, Food and Environment) and the University of California, Davis. There were three mammals (cattle, goat, and pig) and one bird (chicken). It describes the metadata characterizing these reference sets (1) for animals with origin and selection history, physiological status, and environmental conditions; (2) for samples with collection site and tissue/cell processing; (3) for quality control; and (4) for storage and further distribution. Three sets are identified: set 1 comprises tissues for which collection can be standardized and for which representative aliquots can be easily distributed (liver, spleen, lung, heart, fat depot, skin, muscle, and peripheral blood mononuclear cells); set 2 comprises tissues requiring special protocols because of their cellular heterogeneity (brain, digestive tract, secretory organs, gonads and gametes, reproductive tract, immune tissues, cartilage); set 3 comprises specific cell preparations (immune cells, tracheal epithelial cells). Dedicated sampling protocols were established and uploaded in https://data.faang.org/protocol/samples. Specificities between mammals and chicken are described when relevant. A total of 73 different tissues or tissue sections were collected, and 21 are common to the four species. Having a common set of tissues will facilitate the transfer of knowledge within and between species and will contribute to decrease animal experimentation. Combining data on the same samples will facilitate data integration. Quality control was performed on some tissues with RNA extraction and RNA quality control. More than 5,000 samples have been stored with unique identifiers, and more than 4,000 were uploaded onto the Biosamples database, provided that standard ontologies were available to describe the sample. Many tissues have already been used to implement FAANG assays, with published results. All samples are available without restriction for further assays. The requesting procedure is described. Members of FAANG are encouraged to apply a range of molecular assays to characterize the functional status of collected samples and share their results, in line with the FAIR (Findable, Accessible, Interoperable, and Reusable) data principles.
Published: 2021

40. Fast Unsupervised Multi-Scale Characterization of Urban Landscapes Based on Earth Observation Data

Author: Claire Teillet, Benjamin Pillot, Thibault Catry, Laurent Demagistri, Dominique Lyszczarz, Marc Lang, Pierre Couteron, Nicolas Barbier, Arsène Adou Kouassi, Quentin Gunther, Nadine Dessay, UMR 228 Espace-Dev, Espace pour le développement, Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Perpignan Via Domitia (UPVD)-Avignon Université (AU)-Université de La Réunion (UR)-Université de Montpellier (UM)-Université de Guyane (UG)-Université des Antilles (UA), Entente Interdept Causses & Cevennes, Dynamiques et écologie des paysages agriforestiers (DYNAFOR), École nationale supérieure agronomique de Toulouse (ENSAT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Botanique et Modélisation de l'Architecture des Plantes et des Végétations (UMR AMAP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université Félix Houphouët-Boigny (UFHB), Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), École nationale des sciences géographiques (ENSG), Institut National de l'Information Géographique et Forestière [IGN] (IGN)-Université Gustave Eiffel, Centre National D’études Spatiales, ANR-10-EQPX-0020,GEOSUD,GEOSUD : Infrastructure nationale d'imagerie satellitaire pour la recherche sur l'environnement et les territoires et ses applications à la gestion et aux politiques publiques(2010), Université de Guyane (UG)-Université des Antilles (UA)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Perpignan Via Domitia (UPVD)-Avignon Université (AU)-Université de La Réunion (UR)-Université de Montpellier (UM), École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), and Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)
Subjects: remote sensing, multi-scale, Science, [SDV]Life Sciences [q-bio], unsupervised, urban landscapes, texture
Abstract: International audience; Most remote sensing studies of urban areas focus on a single scale, using supervised methodologies and very few analyses focus on the “neighborhood” scale. The lack of multi-scale analysis, together with the scarcity of training and validation datasets in many countries lead us to propose a single fast unsupervised method for the characterization of urban areas. With the FOTOTEX algorithm, this paper introduces a texture-based method to characterize urban areas at three nested scales: macro-scale (urban footprint), meso-scale (“neighbourhoods”) and micro-scale (objects). FOTOTEX combines a Fast Fourier Transform and a Principal Component Analysis to convert texture into frequency signal. Several parameters were tested over Sentinel-2 and Pleiades imagery on Bouake and Brasilia. Results showed that a single Sentinel-2 image better assesses the urban footprint than the global products. Pleiades images allowed discriminating neighbourhoods and urban objects using texture, which is correlated with metrics such as building density, built-up and vegetation proportions. The best configurations for each scale of analysis were determined and recommendations provided to users. The open FOTOTEX algorithm demonstrated a strong potential to characterize the three nested scales of urban areas, especially when training and validation data are scarce, and computing resources limited.
Published: 2021

41. Comparative analysis of the circular transcriptome in muscle, liver, and testis in three livestock species

Author: Annie Robic, Chloé Cerutti, Christa Kühn, Thomas Faraut, Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Leibniz Institute for Farm Animal Biology (FBN), University of Rostock, Institute of Genome Biology of FBNEuropean Commission815668INRAE (GenPhySE)INRAE (Animal Genetics division), European Project: 815668,H2020,H2020-EU.3.2.1.1., H2020-EU.3.2.3.1.,BovReg(2019), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-École nationale supérieure agronomique de Toulouse (ENSAT), and Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)
Subjects: Mitochondrial DNA, intronic circRNAs, Pseudogene, [SDV]Life Sciences [q-bio], circular transcriptome, Computational biology, Biology, QH426-470, exonic circRNA, Genome, Transcriptome, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Circular RNA, Transcription (biology), Genetics, Gene, Genetics (clinical), Original Research, 030304 developmental biology, parent genes, 0303 health sciences, circular RNA, Genome project, annotation, 030220 oncology & carcinogenesis, Molecular Medicine, sub-exonic circRNA
Abstract: International audience; Circular RNAs have been observed in a large number of species and tissues and are now recognized as a clear component of the transcriptome. Our study takes advantage of functional datasets produced within the FAANG consortium to investigate the pervasiveness of circular RNA transcription in farm animals. We describe here the circular transcriptional landscape in pig, sheep and bovine testicular, muscular and liver tissues using total 66 RNA-seq datasets. After an exhaustive detection of circular RNAs, we propose an annotation of exonic, intronic and sub-exonic circRNAs and comparative analyses of circRNA content to evaluate the variability between individuals, tissues and species. Despite technical bias due to the various origins of the datasets, we were able to characterize some features (i) (ruminant) liver contains more exonic circRNAs than muscle (ii) in testis, the number of exonic circRNAs seems associated with the sexual maturity of the animal. (iii) a particular class of circRNAs, sub-exonic circRNAs, are produced by a large variety of multi-exonic genes (protein-coding genes, long non-coding RNAs and pseudogenes) and mono-exonic genes (protein-coding genes from mitochondrial genome and small non-coding genes). Moreover, for multi-exonic genes there seems to be a relationship between the sub-exonic circRNAs transcription level and the linear transcription level. Finally, sub-exonic circRNAs produced by mono-exonic genes (mitochondrial protein-coding genes, ribozyme, and sno) exhibit a particular behavior. Caution has to be taken regarding the interpretation of the unannotated circRNA proportion in a given tissue/species: clusters of circRNAs without annotation were characterized in genomic regions with annotation and/or assembly problems of the respective animal genomes. This study highlights the importance of improving genome annotation to better consider candidate circRNAs and to better understand the circular transcriptome. Furthermore, it emphasizes the need for considering the relative “weight” of circRNAs/parent genes for comparative analyses of several circular transcriptomes. Although there are points of agreement in the circular transcriptome of the same tissue in two species, it will be not possible to do without the characterization of it in both species.
Published: 2021

42. Microbiota and nonalcoholic fatty liver disease

Author: Nicolas Lanthier, Christelle Knudsen, Nathalie M. Delzenne, Audrey M. Neyrinck, Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Université Catholique de Louvain = Catholic University of Louvain (UCL), Clin Univ St Luc, Partenaires INRAE, European Project: 609398,EC:FP7:PEOPLE,FP7-PEOPLE-2013-COFUND,AGREENSKILLSPLUS(2014), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-École nationale supérieure agronomique de Toulouse (ENSAT), and Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)
Subjects: nonalcoholic fatty liver disease, 0301 basic medicine, [SDV.OT]Life Sciences [q-bio]/Other [q-bio.OT], Biomedical Research, Pharmacological therapy, Psychological intervention, Medicine (miscellaneous), Disease, Bioinformatics, Chronic liver disease, digestive system, Mice, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Non-alcoholic Fatty Liver Disease, Nonalcoholic fatty liver disease, steatosis, medicine, Animals, Humans, Metabolomics, nonalcoholic steatohepatitis, 030109 nutrition & dietetics, Nutrition and Dietetics, gut microbiota, business.industry, Disease progression, Fatty liver, 030208 emergency & critical care medicine, medicine.disease, Gastrointestinal Microbiome, Rats, 3. Good health, inflammation, Disease Progression, Metagenomics, business
Abstract: International audience; Purpose of review Nonalcoholic fatty liver disease (NAFLD) is becoming the most important cause of chronic liver disease in Western countries but no pharmacological therapy is currently available. Growing evidence suggests that the microbiota plays a role in the occurrence and evolution of this disease, namely through the production of bioactive metabolites. Recent findings Omics technologies (metagenomic, metabolomic, and phenomic data) allow providing a robust prediction of steatosis. More than just correlations, causative effects of certain bacterial metabolites have been evidenced in vitro and in rodent models. Butyrate has been shown to be a potent metabolic and inflammatory modulator in the liver. Several aromatic amino-acids such as phenylacetic acid, imidazole propionate, and 3-(4-hydroxyphenyl)lactate have been identified as potential inducers of steatosis and hepatic inflammation, whereas indolic compounds (indole and indole-3-acetate) seem to preserve liver integrity. Current clinical trials aim at evaluating the efficacy of novel approaches (functional foods, prebiotic and probiotics, and fecal microbial transplants). The microbiota brings new hopes in the management of nonalcoholic fatty liver diseases, including nonalcoholic steatohepatitis. Adequate intervention studies in targeted patients are needed to unravel the relevance of such approaches in the management of those liver diseases.
Published: 2019

43. Landscape context matters for attractiveness and effective use of road underpasses by bats

Author: Nicolas Gouix, Alexis Laforge, Thomas Latge, Yves Bas, Luc Barbaro, Frédéric Archaux, François Calatayud, Dynamiques Forestières dans l'Espace Rural (DYNAFOR), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Supérieure Agronomique de Toulouse-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Conservatoire d'Espaces Naturels Midi Pyrénées (CEN MP), UR EFNO, Institut National de Recherche en Sciences et Technologies pour l'Environnement et l'Agriculture (IRSTEA), Centre d’Ecologie Fonctionnelle et Evolutive (CEFE), Université Paul-Valéry - Montpellier 3 (UM3)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-École pratique des hautes études (EPHE)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), CNRS, Museum Natl Hist Nat, Ctr Ecol & Sci Conservat, Sorbonne Université, Conservatoire Espaces Nat Midi Pyrenees, Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École pratique des hautes études (EPHE)-Université de Montpellier (UM)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Université Paul-Valéry - Montpellier 3 (UM3), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École nationale supérieure agronomique de Toulouse (ENSAT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT), Ecosystèmes forestiers (UR EFNO), Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA), Université Paul-Valéry - Montpellier 3 (UPVM)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-École Pratique des Hautes Études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Centre d'Ecologie et des Sciences de la COnservation (CESCO), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), 'Direction regionale de l'environnement, de l'amenagement et du logement'' of Occitanie region, French National Research Agency, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Paul-Valéry - Montpellier 3 (UPVM)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), and Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])
Subjects: 0106 biological sciences, Attractiveness, chiroptera, conservation measure improvement, [SDV]Life Sciences [q-bio], Wildlife crossing, Context (language use), landscape connectivity, 010603 evolutionary biology, 01 natural sciences, Forest cover, landscape permeability, Ecology, Evolution, Behavior and Systematics, Nature and Landscape Conservation, biology, business.industry, 010604 marine biology & hydrobiology, Environmental resource management, 15. Life on land, biology.organism_classification, Barbastella barbastellus, Geography, Habitat, wildlife crossing structures, BAT activity, business, Landscape connectivity
Abstract: [Departement_IRSTEA]Territoires [ADD1_IRSTEA]Dynamique et fonctionnement des écosystèmes; The worldwide expansion of road networks is a major concern in biological conservation because of its predominantly negative effects on terrestrial fauna. Roads also affect bats, acting as barriers to movements and causing direct mortality by collisions with vehicles. Among wildlife crossing structures existing to maintain landscape connectivity, road underpasses are considered as one of the most effective conservation measure for bats. While a few studies assessed the effects of underpass attributes on bat use, none to date has assessed the impact of landscape context on underpass use and attractiveness. To address this knowledge gap, we monitored bat activity during three consecutive nights around 24 underpasses selected along a gradient of forest cover. We compared bat activity below and above underpasses (Le., underpass use), at road sections with and without underpasses and at habitats adjacent to roads (i.e., underpass attractiveness). We found a significant positive effect of forest cover on both underpass use and attractiveness for Myotis spp. and Barbastella barbastellus, and significant negative effects of distance to the nearest forest patch for Rhinolophus spp. and hedgerow length for Myotis spp. Our study highlights the key influence of landscape context on road underpass efficiency to maintain landscape connectivity for bats. We advocate for incorporating a landscape-scale approach in the decision-making process of underpass location during road project planning to enhance efficiency of such costly crossing structures.
Published: 2019

44. Functional trait variation of forest understorey plant communities across Europe

Author: Guillaume Decocq, Martin Diekmann, Emilie Andrieu, Michael P. Perring, Marc Deconchat, Monika Wulf, Tobias Naaf, Annette Kolb, Jaan Liira, Thomas Vanneste, Pallieter De Smedt, Steffen Ehrmann, Pieter De Frenne, Sara A. O. Cousins, Taavi Paal, Jörg Brunet, Alicia Valdés, Jonathan Lenoir, Thilo Heinken, Markus Bernhardt-Römermann, Martin Hermy, Kris Verheyen, Institut d’Électronique, de Microélectronique et de Nanotechnologie - UMR 8520 (IEMN), Centrale Lille-Institut supérieur de l'électronique et du numérique (ISEN)-Université de Valenciennes et du Hainaut-Cambrésis (UVHC)-Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Polytechnique Hauts-de-France (UPHF), Ecologie et Dynamique des Systèmes Anthropisés - UMR CNRS 7058 (EDYSAN), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Picardie Jules Verne (UPJV), Ghent University, The University of Western Australia (UWA), Dynamiques Forestières dans l'Espace Rural (DYNAFOR), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Swedish University of Agricultural Sciences (SLU), Dept Environm, Forest & Nat Lab, Institute of Ecology [University of Bremen], Universität Bremen, Geobotany, Faculty of Biology, University of Freiburg, Div Forest Nat & Landscape, Université Catholique de Louvain = Catholic University of Louvain (UCL), Faculty of Biology/Chemistry, University of Bremen, Inst Ecol & Earth Sci, University of Tartu, Institute of Land Use Systems, Forest & Nature Lab - Department of Plant Production, Universiteit Gent = Ghent University [Belgium] (UGENT), 614839, PASTFORWARD Development trajectories of temperate forest plant communities under global change: combining hindsight and forecasting (PASTFORWARD), Institut d’Électronique, de Microélectronique et de Nanotechnologie (IEMN) - UMR 8520 (IEMN), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Lille-Université Polytechnique Hauts-de-France (UPHF)-Ecole Centrale de Lille-Université Polytechnique Hauts-de-France (UPHF)-Institut supérieur de l'électronique et du numérique (ISEN), UR Ecol & Dynam Syst Anthropises EDYSAN, UMR CNRS 7058, Université de Picardie Jules Verne (UPJV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Supérieure Agronomique de Toulouse-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Catholique de Louvain (UCL), Ghent University [Belgium] (UGENT), Université de Picardie Jules Verne (UPJV)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Universiteit Gent = Ghent University (UGENT), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École nationale supérieure agronomique de Toulouse (ENSAT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), and Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)
Subjects: 0106 biological sciences, functional trait diversity, DIVERSITY, landscape connectivity, 01 natural sciences, Multi-scale analysis, COLONIZATION, INTRASPECIFIC VARIABILITY, DISPERSAL, fragmentation, Global environmental change, [SDV.EE]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment, CLIMATE-CHANGE, macroclimatic gradient, Ecology, Temperate forest, Understory, Explained variation, Geography, Biogeography, Macroclimatic gradient, HABITAT FRAGMENTATION, Trait, Agricultural landscapes, Landscape connectivity, PATCHES, [SDE.MCG]Environmental Sciences/Global Changes, Forest management, [SDV.BID]Life Sciences [q-bio]/Biodiversity, ECOLOGY, 010603 evolutionary biology, agricultural landscapes, multi-scale analysis, Fragmentation, ddc:570, Forest ecology, Community ecology, Institut für Biochemie und Biologie, Functional trait diversity, biogeography, Ecology, Evolution, Behavior and Systematics, global environmental change, Biology and Life Sciences, Plant community, forest understorey, 15. Life on land, ENVIRONMENTAL HETEROGENEITY, Earth and Environmental Sciences, Forest understorey, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, community ecology, RESPONSES, 010606 plant biology & botany
Abstract: Global environmental changes are expected to alter the functional characteristics of understorey herb-layer communities, potentially affecting forest ecosystem functioning. However, little is known about what drives the variability of functional traits in forest understories. Here, we assessed the role of different environmental drivers in shaping the functional trait distribution of understorey herbs in fragmented forests across three spatial scales. We focused on 708 small, deciduous forest patches located in 16 agricultural landscape windows, spanning a 2500-km macroclimatic gradient across the temperate forest biome in Europe. We estimated the relative effect of patch-scale, landscape-scale and macroclimatic variables on the community mean and variation of plant height, specific leaf area and seed mass. Macroclimatic variables (monthly temperature and precipitation extremes) explained the largest proportion of variation in community trait means (on average 77% of the explained variation). In contrast, patch-scale factors dominated in explaining community trait variation (on average 68% of the explained variation). Notably, patch age, size and internal heterogeneity had a positive effect on the community-level variability. Landscape-scale variables explained only a minor part of the variation in both trait distribution properties. The variation explained by shared combinations of the variable groups was generally negligible. These findings highlight the importance of considering multiple spatial scales in predictions of environmental-change effects on the functionality of forest understories. We propose that forest management sustainability could benefit from conserving larger, historically continuous and internally heterogeneous forest patches to maximise ecosystem service diversity in rural landscapes. (C) 2018 Gesellschaft fur Okologie. Published by Elsevier GmbH. All rights reserved.
Published: 2019

45. Avis de l’Anses. Rapport d’expertise collective

Author: Certin, Jean-François, Baril, Marc, Bayourthe, Corinne, Botineau, Céline, Brignon, Jean-Marc, Calvez, Segolène, Dufeu, Barbara, Fillaudeau, Luc, Garras, Loic, Goliro, Martine, Lambert, Pierre, Lattes, Armand, Le Bouquin-Leneveu, Sophie, Vincent, Raymond, Kerkhof, Odile, Retraité, Université de Montréal (UdeM), École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT], CEA- Saclay (CEA), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Institut National de l'Environnement Industriel et des Risques (INERIS), École nationale vétérinaire, agroalimentaire et de l'alimentation Nantes-Atlantique (ONIRIS), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Santé publique France - French National Public Health Agency [Saint-Maurice, France], Caisse d'assurance retraite et de la santé au travail [Bourgogne et Franche-Comté] (CARSAT BFC), CARSAT Aquitaine, Fédération Française pour les sciences de la Chimie (FFC), Laboratoire de Ploufragan-Plouzané-Niort [ANSES], Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Institut National de la Recherche Scientifique [Québec] (INRS), Direction de l'Evaluation des Risques (DER), École nationale supérieure agronomique de Toulouse (ENSAT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT), and Anses
Subjects: mutagen, santé au travail, [SDV]Life Sciences [q-bio], occupational exposure, biostatic/biocide, reprotoxique, Formaldéhyde, comparaison de substituts, processing aid, carcinogen, exposition professionnelle, produit de substitution, auxiliaire technologique, substitute, mutagène, Formaldehyde, occupational health, substitution, bactériostatique/biocide, cancérogène, sugar refinery, CMR, reprotoxic, comparison of substitutes, raffinerie de sucre
Abstract: Citation suggérée : Anses. (2020). Études des alternatives potentielles au formaldéhyde en alimentation humaine dans le secteur sucrier. (saisine 2014-SA-0236). Maisons-Alfort : Anses, 264 p.; Le formaldéhyde a été classé en 2004 par le Centre international de recherche sur le cancer (CIRC) dans le groupe 1 des cancérogènes avérés pour l’espèce humaine et cette classification a été confirmée en octobre 2009 sur la base de l’induction de tumeurs du nasopharynx et de leucémies. Au niveau européen, une évolution du classement de cancérogène de catégorie 2 à cancérogène de catégorie 1B a été adoptée par le règlement (UE) n° 605/2014 de la Commission du 5 juin 2014 modifiant aux fins de son adaptation au progrès technique le Règlement CLP.En France, l’arrêté du 13 juillet 2006 a ajouté « les travaux exposant au formaldéhyde » à la liste des substances, mélanges et procédés cancérogènes au sens de l’article R. 4412-60 du code du travail. La recherche de substitution des agents cancérogènes, mutagènes ou toxiques pour la reproduction (CMR) de catégorie 1A ou 1B est une obligation qui s’impose à l’employeur. Elle est énoncée dans les principes généraux de prévention à l’article L. 4121-2 du code du travail et est renforcée à l'article R. 4412-66. Ainsi, l’employeur doit pouvoir justifier des démarches fructueuses ou infructueuses qu’il a entreprises en vue de la substitution de tous les agents ou procédés CMR de catégories 1A et 1B inventoriés sur le lieu de travail. Le résultat de ces investigations doit, notamment, figurer dans le document unique d’évaluation des risques. Seul un argumentaire technique fondé est recevable pour justifier de la nonsubstitution d’un agent ou procédé CMR de catégorie 1A ou 1B par un agent ou un procédé non ou moins dangereux.Lorsque la substitution s’avère impossible, l’employeur doit mettre en œuvre tous les moyens permettant de réduire l’exposition en utilisant des mesures de prévention et de protection adaptées (système clos, autres moyens de protection collective, puis moyens de protection individuelle mais également formation et information du personnel, surveillance médicale).Compte-tenu de ces nouvelles informations sur les propriétés de danger du formaldéhyde et la priorité à la substitution en matière de gestion des risques professionnels, l’Anses a été saisie, en date du 09 octobre 2014, de manière conjointe par la direction générale du travail (DGT), la direction générale de la santé (DGS), la direction générale de la consommation, de la concurrence et de la répression des fraudes (DGCCRF) et la direction générale de la prévention des risques (DGPR), pour une « Demande d’avis relatif à l’utilisation de substituts au formaldéhyde dans différents secteurs d’activité ».Il est demandé à l’Anses d’éclairer les pouvoirs publics : - sur l’intérêt du formaldéhyde par rapport aux autres substituts pour le diagnostic en matière d’anatomie et cytologie pathologiques dans les situations de routine et dans des situations particulières pour lesquelles le formaldéhyde reste indispensable et qu’il conviendra de préciser ; - sur l’intérêt du formaldéhyde par rapport aux autres substituts pour les actes de thanatopraxie, avec un état des lieux sur les travaux en cours au niveau européen dans le cadre du Règlement biocide en matière d’évaluation de la substance active formaldéhyde (TP 2, 3, 20 et 22). Par ailleurs, les directions souhaiteraient disposer, dans le cadre des travaux menés sur les substituts au formaldéhyde en anatomie et en cytologie pathologique, d’une analyse sur les possibilités d’utilisation de ces substituts dans certains types de produits biocides, et notamment en TP 22, et sur lesconséquences éventuelles en termes de toxicité et d’écotoxicité ; - sur l’intérêt du formaldéhyde par rapport aux autres substituts pour l’utilisation en alimentation animale en tant qu’auxiliaire technologique pour la protection contre la dégradation ruminale, en tant qu’additif conservateur, en tant qu’additif d’ensilage et en tant qu’additif visant à limiter ou à réduire la charge microbienne des organismes pathogènes présents dans les aliments des animaux ; - sur l’intérêt du formaldéhyde par rapport aux autres substituts pour l’utilisation en alimentation humaine en tant qu’auxiliaire technologique pour d’une part la fabrication de certains alginates et d’autre part l’utilisation comme bactériostatique dans la filière du secteur du sucre. Les utilisations du formaldéhyde dans les 4 secteurs d’activité précédemment décrits s’inscrivent dans un contexte où il existe, d’une part un référentiel international ou une autorisation de mise sur le marché qui a été délivrée par les autorités européennes ou françaises légitimant ces usages du formaldéhyde et d’autre part, des obligations du code du travail qui, suite à la classification du formaldéhyde, indiquent que la première des actions à mener est la substitution.Les ministères de tutelles demandent à l’Anses de justifier l’intérêt du formaldéhyde par rapport aux autres substituts dans ces secteurs d’activités. Les experts de l’Anses estiment que laquestion posée revient à justifier l’utilisation d’un cancérogène de catégorie 1B par rapport à des substituts potentiellement moins dangereux. Les experts préfèrent se poser la question dans le sens inverse en identifiant des substituts moins dangereux capables de substituer le formaldéhyde dans les 4 secteurs d’activités.Les experts de l’Anses ont développé une méthode de travail afin de pouvoir comparer et évaluer des substituts à une substance chimique dangereuse en s’appuyant sur une revue de la littérature. La description de cette méthode fait l’objet d’un rapport de l’Anses intitulé « Document méthodologique de comparaison des alternatives à une substance chimique » (Anses 2017).La méthode a été appliquée aux substituts identifiés dans les secteurs d’activité ciblés dans la saisine.Le présent avis détaille la partie de la saisine 2014-SA-0236 relative à l’application de la méthode aux alternatives potentielles au formaldéhyde en alimentation humaine dans le secteur sucrier.
Published: 2021

46. VizFaDa: Visualisations of FAANG data

Author: Morel, Laura, Harrison, Peter, Devailly, Guillaume, Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), European Bioinformatics Institute [Hinxton] (EMBL-EBI), EMBL Heidelberg, EMBL, ANR-19-DATA-0007,VizFaDa,Visualisation des données du consortium FAANG(2019), European Project: 817923,H2020,H2020-EU.3.2.1.1., H2020-EU.3.2.3.1.,AQUA-FAANG(2019), European Project: 817998,H2020,H2020-EU.3.2.1.1., H2020-EU.3.2.3.1.,GENE-SWitCH(2019), European Project: 815668,H2020,H2020-EU.3.2.1.1., H2020-EU.3.2.3.1.,BovReg(2019), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-École nationale supérieure agronomique de Toulouse (ENSAT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Devailly, Guillaume, Advancing European Aquaculture by Genome Functional Annotation - AQUA-FAANG - - H20202019-05-01 - 2023-04-30 - 817923 - VALID, The regulatory GENomE of SWine and CHicken: functional annotation during development - GENE-SWitCH - - H20202019-07-01 - 2023-06-30 - 817998 - VALID, BovReg - Identification of functionally active genomic features relevant to phenotypic diversity and plasticity in cattle - BovReg - - H20202019-09-01 - 2023-08-31 - 815668 - VALID, and Visualisation des données du consortium FAANG - - VizFaDa2019 - ANR-19-DATA-0007 - DONNEES - VALID
Subjects: Data visualization, [SDV.BBM.GTP]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], FAANG consortium, [SDV.BBM.GTP] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: The FAANG (Functional Annotation of Animal Genomes) international consortium aims to produce high-quality functional annotation of the genomes of domesticated animals [1]. Members of the community cansubmit their epigenomics, transcriptomics or genomics data to the FAANG Data Portal(https://data.faang.org) coordinated by a Data Coordination Centre at the EMBL-EBI [2]. The Data Portalallows users to find, select and download datasets relevant to their research using extensive sample andexperimental metadata standards. VizFaDa aims to produce interactive data visualization through webapplications intended to be integrated to the FAANG Data Portal, focusing on RNA-seq, ChIP-seq, ATAC-seq, and DNA methylation data. The raw data from the portal has to be processed. Quality control reports arecreated, providing valuable and previously unavailable insight into the quality of the data. Interactiveclustered correlation heatmap are generated, allowing the user to compare experiments from each assay typewithin a species. Experiments with similar results are clustered together. The user can use FAANG metadatato annotate the heatmap or to filter experiments from the database. Stacked epigenetic profiles are createdfrom gene expression and epigenetic data obtained either from the same sample or from two comparablesamples, notatbly at transcription start sites. This allow the investigation of relationship between epigeneticmarks and transcription levels. The web application will be open to all later this year. In future versions,additional functions will be added. Data submitted to the portal will be automatically processed and added toVizFaDa, ensuring the long-term relevance and accuracy of the project
Published: 2021

47. Short chain fatty acids and bile acids in human faeces are associated with the intestinal cholesterol conversion status

Author: Uberto Pagotto, Martin Beaumont, Gerhard Liebisch, Hans-Frieder Schött, Max Nieuwdorp, Silke Matysik, Sabrina Krautbauer, Louise Kjølbæk, Arne Astrup, Patricia Iozzo, Simone Rampelli, Annick V. Hartstra, François Blachier, University Hospital Regensburg, National University of Singapore (NUS), University of Copenhagen = Københavns Universitet (UCPH), Physiologie de la Nutrition et du Comportement Alimentaire (PNCA (UMR 0914)), AgroParisTech-Université Paris-Saclay-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-École nationale supérieure agronomique de Toulouse (ENSAT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Amsterdam UMC - Amsterdam University Medical Center, University of Bologna/Università di Bologna, National Research Council of Italy | Consiglio Nazionale delle Ricerche (CNR), Ziel ETZ programme (Bayerisch-Böhmischer-Stoffwechsel-Verbund, European Regional Development Fund, Project 118), European Project: 613979,EC:FP7:KBBE,FP7-KBBE-2013-7-single-stage,MYNEWGUT(2013), University of Copenhagen = Københavns Universitet (KU), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Amsterdam UMC, University of Bologna, Consiglio Nazionale delle Ricerche (CNR), Matysik S., Krautbauer S., Liebisch G., Schott H.-F., Kjolbaek L., Astrup A., Blachier F., Beaumont M., Nieuwdorp M., Hartstra A., Rampelli S., Pagotto U., Iozzo P., Experimental Vascular Medicine, Vascular Medicine, ACS - Diabetes & metabolism, AGEM - Amsterdam Gastroenterology Endocrinology Metabolism, Adult Psychiatry, and ACS - Atherosclerosis & ischemic syndromes
Subjects: 0301 basic medicine, [SDV]Life Sciences [q-bio], 610 Medizin, Context (language use), sterols, Biology, Gut flora, Bile Acids and Salts, 03 medical and health sciences, chemistry.chemical_compound, Feces, sterol, 0302 clinical medicine, Tandem Mass Spectrometry, Faecal short chain fatty acids, Faculty of Science, bile acid, Humans, Microbiome, Food science, faecal short chain fatty acids, bile acids, Pharmacology, chemistry.chemical_classification, ddc:610, Cholesterol, Fatty acid, biology.organism_classification, Fatty Acids, Volatile, Bile acids, Bile Acids and Salt, Sterol, 3. Good health, Coprostanol, Sterols, 030104 developmental biology, chemistry, Fece, 030217 neurology & neurosurgery, faecal short chain fatty acid, Human, Chromatography, Liquid
Abstract: Background and purpose The analysis of human faecal metabolites can provide an insight into metabolic interactions between gut microbiota and the host organism. The creation of metabolic profiles in faeces has received little attention until now, and reference values, especially in the context of dietary and therapeutic interventions, are missing. Exposure to xenobiotics significantly affects the physiology of the microbiome, and microbiota manipulation and short-chain fatty acid administration have been proposed as treatment targets for several diseases. The aim of the present study is to give concomitant concentration ranges of faecal sterol species, bile acids and short-chain fatty acids, based on a large cohort. Experimental approach Sterol species, bile acids and short-chain fatty acids in human faeces from 165 study participants were quantified by LC-MS/MS. For standardization, we refer all values to dry weight of faeces. Based on the individual intestinal sterol conversion, we classified participants into low and high converters according to their coprostanol/cholesterol ratio. Key results Low converters excrete more straight-chain fatty acids and bile acids than high converters; 5th and 95th percentile and median of bile acids and short-chain fatty acids were calculated for both groups. Conclusion and implications We give concentration ranges for 16 faecal metabolites that can serve as reference values. Patient stratification into high or low sterol converter groups is associated with significant differences in faecal metabolites with biological activities. Such stratification should then allow better assessment of faecal metabolites before therapeutic interventions. Linked articles This article is part of a themed issue on Oxysterols, Lifelong Health and Therapeutics. To view the other articles in this section visit http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/bph.v178.16/issuetoc.
Published: 2021

48. A real‐world implementation of a nationwide, long‐term monitoring program to assess the impact of agrochemicals and agricultural practices on biodiversity

Author: Andrade, Camila, Villers, Alexandre, Balent, Gerard, Bar-Hen, Avner, Chadoeuf, Joël, Cylly, Daniel, Cluzeau, Daniel, Fried, Guillaume, Guillocheau, Sarah, Pillon, Olivier, Porcher, Emmanuelle, Tressou, Jessica, Yamada, Ohri, Lenne, Nicolas, Jullien, Jérôme, Monestiez, Pascal, Centre d'Ecologie et des Sciences de la COnservation (CESCO), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre d'Études Biologiques de Chizé - UMR 7372 (CEBC), Université de La Rochelle (ULR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Dynamiques et écologie des paysages agriforestiers (DYNAFOR), École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Centre d'études et de recherche en informatique et communications (CEDRIC), Ecole Nationale Supérieure d'Informatique pour l'Industrie et l'Entreprise (ENSIIE)-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM), Biostatistique et Processus Spatiaux (BioSP), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Ecosystèmes, biodiversité, évolution [Rennes] (ECOBIO), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES), Station Biologique de Paimpont CNRS UMR 6653 (OSUR), Université de Rennes 1 (UR1), Laboratoire de la Santé des Végétaux, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Direction Générale de l'Alimentation (DGAL), Ministère de l'agriculture, de l'agroalimentaire et de la forêt, Mathématiques et Informatique Appliquées (MIA-Paris), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-AgroParisTech-Université Paris-Saclay, Unité Phytopharmacovigilance et Observatoire des résidus de pesticides (UPO), Direction de l'Evaluation des Risques (DER), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), La Rochelle Université (ULR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), École nationale supérieure agronomique de Toulouse (ENSAT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM), Université de Rennes (UR)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR), Université de Rennes (UR)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Rennes (UR), Laboratoire de la santé des végétaux (LSV), Mathématiques et Informatique Appliquées (MIA Paris-Saclay), AgroParisTech-Université Paris-Saclay-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), and Agence française pour la biodiversité
Subjects: Ecology, nontarget species, farmland biodiversity, [SDV]Life Sciences [q-bio], [SDE]Environmental Sciences, agricultural practices, monitoring program, QH540-549.5, Original Research
Abstract: Biodiversity has undergone a major decline throughout recent decades, particularly in farmland. Agricultural practices are recognized to be an important pressure on farmland biodiversity, and pesticides are suspected to be one of the main causes of this decline in biodiversity. As part of the national plan for reduction of pesticides use (Ecophyto), the French ministry of agriculture launched the 500 ENI (nonintended effects) monitoring program in 2012 in order to assess the unintended effects of agricultural practices, including pesticide use, on biodiversity represented by several taxonomic groups of interest for farmers. This long‐term program monitors the biodiversity of nontargeted species (earthworms, plants, coleoptera, and birds), together with a wide range of annual data on agricultural practices (crop rotation, soil tillage, weed control, fertilizers, chemical treatments, etc.). Other parameters (e.g., landscape and climatic characteristics) are also integrated as covariates during the analyses. This monitoring program is expected to improve our understanding of the relative contribution of the different drivers of population and community trends. Here, we present the experience of setting up the 500 ENI network for this ambitious and highly complex monitoring program, as well as the type of data it collects. The issue of data quality control and some first results are discussed. With the aim of being useful to readers who would like to set up similar monitoring schemes, we also address some questions that have arisen following the first five years of the implementation phase of the program., We present a national monitoring program on biodiversity and agricultural practices, the 500 ENI monitoring program. Its objectives are to detect changes in biodiversity indicators and simultaneous changes in agricultural practices, including pesticide use. Such multi‐taxa long‐term monitoring at national scale, focused on both biodiversity and agricultural practices, has no equivalent in Europe.
Published: 2021

49. Search for top‐down and bottom‐up drivers of latitudinal trends in insect herbivory in oak trees in Europe

Author: Ágnes Fürjes-Mikó, Yasmine Kadiri, Thomas Damestoy, Marco Ferrante, Andreas Schuldt, Csaba Béla Eötvös, Arndt Hampe, Marketa Tahadlova, Mihai-Leonard Duduman, Luc Barbaro, Anna Mrazova, Ayco J. M. Tack, Tomas Roslin, Slobodan Milanović, Maria Faticov, Michèle Kaennel-Dobbertin, Andreas Prinzing, György Csóka, Aurélien Sallé, Deborah J. Harvey, Gábor L. Lövei, Katerina Sam, Olivier Bouriaud, Xoaquín Moreira, Michael Scherer-Lorenzen, Lars Opgennoorth, Martin M. Gossner, Juha-Matti Pitkänen, Andrea Galmán, Laurent Augusto, Giada Centenaro, Julia Koricheva, Anne-Maïmiti Dulaurent, Jovan Dobrosavljević, Andrey V. Selikhovkin, Marija Popović, Elena Valdés-Correcher, Manuela Branco, D. Lupaştean, Valentin Queloz, Lassi Suominen, Christophe Bouget, Mikhail V. Kozlov, Rebecca L. Thomas, Anna Yu. Popova, Bastien Castagneyrol, Andy G. Howe, Alexander Kozel, Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo), Université de Bordeaux (UB)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Misión Biológica de Galicia, Spanish National Research Council (CSIC), Interactions Sol Plante Atmosphère (UMR ISPA), Ecole Nationale Supérieure des Sciences Agronomiques de Bordeaux-Aquitaine (Bordeaux Sciences Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Dynamiques et écologie des paysages agriforestiers (DYNAFOR), École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Ecosystèmes forestiers (UR EFNO), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), University Stefan cel Mare of Suceava (USU), Universidade de Lisboa (ULISBOA), Universita degli Studi di Padova, National Agricultural Research and Innovation Center (NARIC), Agro-écologie, Hydrogéochimie, Milieux et Ressources (AGHYLE), UniLaSalle, Ecosystèmes, biodiversité, évolution [Rennes] (ECOBIO), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES), ANR-10-LABX-0045,COTE,COntinental To coastal Ecosystems: evolution, adaptability and governance(2010), Mision Biologica de Galicia (MBG), Consejo Superior de Investigaciones Científicas [Madrid] (CSIC), École nationale supérieure agronomique de Toulouse (ENSAT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Centre d'Ecologie et des Sciences de la COnservation (CESCO), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Universidade de Lisboa = University of Lisbon (ULISBOA), Università degli Studi di Padova = University of Padua (Unipd), University of Belgrade [Belgrade], Universitatea Stefan cel Mare Suceava (USU), Stockholm University, Aarhus University [Aarhus], University of the Azores, Swiss Federal Research Institute, Royal Holloway [University of London] (RHUL), University of Copenhagen = Københavns Universitet (UCPH), Université de Rennes (UR)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR), Université de Rennes (UR)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Georg-August-University = Georg-August-Universität Göttingen, Saint Petersburg State University (SPBU), Biology Centre of the Czech Academy of Sciences (BIOLOGY CENTRE CAS), Czech Academy of Sciences [Prague] (CAS), University of South Bohemia, and This study was carried out with financial support from the French National Research Agency (ANR) in the frame of the Investments for the Future Programme, within the Cluster of Excellence COTE (Continental To coastal Ecosystems: evolution, adaptability and governance) (ANR-10-LABX-45). E.V.C. was funded by the BiodivERsA (BiodivERsA is a network of national and regional funding organisations promoting pan-European research on biodiversity and ecosystem services, and offering innovative opportunities for the conservation and sustainable management of biodiversity) project SPONFOREST (Unraveling the potential of spontaneous forest establishment for improving ecosystem functions and services in dynamic landscapes) (BiodivERsA3-2015-58). The authors warmly thank all the young European citizens and their teachers who made this study possible. They also thank the professional scientists who kindly agreed to participate in this study: Stefan K. Müller (Freie evangelische Schule Lörrach), Olga Mijón Pedreira (teacher IES Rosais 2, Vigo-Spain) and Mickael Pihain (Research Unit 'Ecosystèmes, Biodiversité, Evolution', University of Rennes 1/CNRS, 35042 Rennes, France), and Chloe Mendiondo and Claire Colliaux (Department of Agroecology, Aarhus University, Flakkebjerg Research Centre, DK-4200 Slagelse, Denmark).
Subjects: 0106 biological sciences, защита растений, Range (biology), Leaf Chemistry, media_common.quotation_subject, Climate, Plant Defences, Nutritional quality, Insect, Plant defences, 010603 evolutionary biology, 01 natural sciences, Latitude, Quercus robur, biotic interactions, биотические факторы, Avian Insectivory, Artificial Prey, Avian insectivory, Natural enemies, climatic gradients, pedunculate oak, Ecology, Evolution, Behavior and Systematics, media_common, 2. Zero hunger, [SDV.EE]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment, Global and Planetary Change, Herbivore, насекомые-вредители, Ecology, biology, 010604 marine biology & hydrobiology, Artificial prey, климатические градиенты, 15. Life on land, Latitudinal gradients, biology.organism_classification, климатические факторы, climatic factors, Taxon, 13. Climate action, широтные градиенты, Leaf chemistry, herbivorous insects, травоядные насекомые, дуб черешчатый, 010606 plant biology & botany
Abstract: AIM: The strength of species interactions is traditionally expected to increase toward the Equator. However, recent studies have reported opposite or inconsistent latitudinal trends in the bottom-up (plant quality) and top-down (natural enemies) forces driving herbivory. In addition, these forces have rarely been studied together thus limiting previous attempts to understand the effect of large-scale climatic gradients on herbivory. LOCATION: Europe. TIME PERIOD: 2018–2019. MAJOR TAXA STUDIED: Quercus robur. METHODS: We simultaneously tested for latitudinal variation in plant–herbivore–natural enemy interactions. We further investigated the underlying climatic factors associated with variation in herbivory, leaf chemistry and attack rates in Quercus robur across its complete latitudinal range in Europe. We quantified insect leaf damage and the incidence of specialist herbivores as well as leaf chemistry and bird attack rates on dummy caterpillars on 261 oak trees. RESULTS: Climatic factors rather than latitude per se were the best predictors of the large-scale (geographical) variation in the incidence of gall-inducers and leaf-miners as well as in leaf nutritional content. However, leaf damage, plant chemical defences (leaf phenolics) and bird attack rates were not influenced by climatic factors or latitude. The incidence of leaf-miners increased with increasing concentrations of hydrolysable tannins, whereas the incidence of gall-inducers increased with increasing leaf soluble sugar concentration and decreased with increasing leaf C : N ratios and lignins. However, leaf traits and bird attack rates did not vary with leaf damage. MAIN CONCLUSIONS: These findings help to refine our understanding of the bottom-up and top-down mechanisms driving geographical variation in plant–herbivore interactions, and indicate the need for further examination of the drivers of herbivory on trees. This study was carried out with financial support from the French National Research Agency (ANR) in the frame of the Investments for the Future Programme, within the Cluster of Excellence COTE (Continental To coastal Ecosystems: evolution, adaptability and governance) (ANR-10-LABX-45). E.V.C. was funded by the BiodivERsA (BiodivERsA is a network of national and regional funding organisations promoting pan-European research on biodiversity and ecosystem services, and offering innovative opportunities for the conservation and sustainable management of biodiversity) project SPONFOREST (Unraveling the potential of spontaneous forest establishment for improving ecosystem functions and services in dynamic landscapes) (BiodivERsA3-2015-58). info:eu-repo/semantics/publishedVersion
Published: 2021

50. The starry sky, a territorial commons?

Author: Samuel Challéat, Johan Milian, Dany Lapostolle, Magalie Franchomme, Kévin Barré, Alexis Laforge, Clélia Sirami, Isabelle Le Viol, Christian Kerbiriou, Géographie de l'environnement (GEODE), Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Observatoire de l'environnement nocturne (OEN), Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire Dynamiques Sociales et Recomposition des Espaces (LADYSS), Université Paris 1 Panthéon-Sorbonne (UP1)-Université Paris 8 Vincennes-Saint-Denis (UP8)-Université Paris Nanterre (UPN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Théoriser et modéliser pour aménager (UMR 6049) (ThéMA), Université de Bourgogne (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), Territoires, Villes, Environnement & Société - ULR 4477 (TVES), Université du Littoral Côte d'Opale (ULCO)-Université de Lille, Centre d'Ecologie et des Sciences de la COnservation (CESCO), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Dynamiques et écologie des paysages agriforestiers (DYNAFOR), École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), International Association for the Study of the Commons (IASC), Arizona State University, University of Arizona, Observatoire de l'environnement nocturne, Challéat, Samuel, Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J), École nationale supérieure agronomique de Toulouse (ENSAT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), and Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)
Subjects: [SHS.ARCHI]Humanities and Social Sciences/Architecture, space management, [SHS.GEO] Humanities and Social Sciences/Geography, [SDE.MCG]Environmental Sciences/Global Changes, light pollution, [SHS.GEO]Humanities and Social Sciences/Geography, [SDE.ES]Environmental Sciences/Environmental and Society, [SDE.BE] Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, dark ecological network, [SDE.MCG] Environmental Sciences/Global Changes, ALAN, [SHS.ENVIR] Humanities and Social Sciences/Environmental studies, darkness, [SHS.ENVIR]Humanities and Social Sciences/Environmental studies, starry sky, [SDE.ES] Environmental Sciences/Environmental and Society, [SHS.ARCHI] Humanities and Social Sciences/Architecture, space management, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, darkness preservation, territorialization process
Abstract: International audience; Flagstaff, Arizona, United States, April 15, 1958: the city council adopts the ordinance n°440 which aims at “preventing a rapid deterioration of the visibility of the starry sky”. This regulation results from the mobilization of the Lowell Observatory astronomers against certain public lighting devices. Through this political act, the elected officials place their city at the epicenter of an emergent international movement: the ‘Dark-sky movement’. The first replica of this movement is felt in 1972 in Tucson, Arizona. From a discomfort perceived by astronomers from the Lowell and Kitt Peak observatories, the idea of ‘light pollution’ emerges and begins to spread through different networks and authorities in astronomy and lighting. The negative effects of artificial nocturnal light (ALAN) spread with the urban sprawl, and leads in the 90's, under the aegis of professional astronomers, to attempts at the patrimonialization of the starry sky in international organizations such as UNESCO. However, these attempts remain at the level of a declaration of principle: the starry sky, an intangible asset, does not fall within the criteria of UNESCO's heritage protection. The associations of the Dark-sky movement pursue their objective of preserving the starry sky by relying on ‘International dark sky places’, built on the center-periphery spatial model of protected areas. The recent rise in ecological issues and human and non-human well-being are redefining the methods of combating light pollution and its governance. Our communication will return to this paradigm shift. It will discuss the concept of the ‘dark ecological network’ as a social-ecological framework capable of extending the fight against light pollution to exceptional as well as ordinary skies. We will thus show that for us, making the starry sky a common good involves the territorialization of the darkness preservation in remarkable and ordinary territories.
Published: 2021

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