Species feeding on plants or animals raised or caught by humans, a behaviour termed “depredation”, often leads to severe Human-Wildlife Conflicts (HWC). Depredation has been reported worldwide, and in marine ecosystems, has been developed by many large predators feeding on fisheries catches, impacting both fishing activities and ecological interactions. However, although ecosystem-based approaches are increasingly used in fisheries management, the ecosystem-wide effects of depredation are still rarely considered holistically. Therefore, this thesis (i) identified limitations, gaps, and priorities for the development of modelling approaches that incorporate depredation and (ii) evaluated the ability of two existing modelling approaches to characterize the consequences of marine depredation and, more specifically, to understand the issues and conditions required for fishing activities and marine depredating species to co-exist. This thesis is composed of five chapters. Chapter 1 introduces the context this work.Chapter 2 identifies key knowledge gaps and highlights key future directions for providing effective inclusion of depredation in modelling studies through a systematic review. Chapter 3 uses the Ecopath framework to assess the ecosystem effects of depredation in a well-documented case study involving marine mammals and a commercial fishery. Chapter 4 relies on qualitative modelling of system feedback to assess the conditions for an exploited resource, a fishery and a depredating species to persist in depredation-impacted marine systems, and how marine depredation affects long-term responses to alternative scenarios. Finally, the general discussion presented in Chapter 5, provides recommendations to better understand and predict the effects of depredation at the socio-ecosystem level., Les espèces qui se nourrissent de plantes ou d’animaux élevés ou capturés par l’homme, un comportement appelé « déprédation », entraînent souvent de graves Conflits Homme-Faune sauvage (CHF). La déprédation a été signalée dans le monde entier et, dans les écosystèmes marins, elle a été développée par de nombreux grands prédateurs se nourrissant des prises de pêche, ce qui a un impact à la fois sur les activités de pêche et les interactions écologiques. Cependant, bien que les approches écosystémiques soient de plus en plus utilisées dans la gestion des pêches, les effets de la déprédation sur l’ensemble de l’écosystème sont encore rarement considérés de manière holistique. Par conséquent, cette thèse a (i) identifié les limites, manques et priorités pour le développement d’approches de modélisation intégrant la déprédation et (ii) évalué la capacité de deux approches de modélisation existantes pour caractériser les conséquences de la déprédation marine et, plus spécifiquement, comprendre les enjeux et conditions requises pour que les activités d’exploitation halieutique et les déprédateurs marins puissent co-exister. Cette thèse est composée de cinq chapitres. Le chapitre 1 présente le contexte dans lequel s’inscrit ces travaux. Le chapitre 2 identifie les principales lacunes dans les connaissances et met en évidence les principales orientations futures pour parvenir à une inclusion efficace de la déprédation dans les études de modélisation en réalisant une revue systématique. Le chapitre 3 utilise le cadre Ecopath pour évaluer les effets de la déprédation sur l'écosystème dans une étude de cas bien documentée impliquant des mammifères marins et une pêcherie commerciale. Le chapitre 4 s'appuie sur une modélisation qualitative pour évaluer les conditions de persistance d'une ressource exploitée, d'une pêcherie et d'une espèce déprédatrice dans les systèmes marins touchés par la déprédation, et la façon dont la déprédation marine affecte les réponses à long terme à des scénarios alternatifs. Enfin, la discussion générale présentée dans le chapitre 5, fournit des recommandations qui vise à mieux comprendre et prévoir les effets de la déprédation au niveau du socio-écosystème.