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201. A 180 My-old female-specific genome region in sturgeon reveals the oldest known vertebrate sex determining system with undifferentiated sex chromosomes

Author: Emmanuel Bonpunt, Romain Morvezen, Christophe Klopp, Kang Du, Christin Höhne, Pierre Patrice, Elena Santidrian Yebra-Pimentel, Mitica Ciorpac, Radu Suciu, Jörn Gessner, Matthias Stöck, Dunja K. Lamatsch, Dmitry Yu Prokopov, Wibke Kleiner, Pierrick Haffray, Anastasia Bestin, Bastien Debeuf, Heiner Kuhl, Manfred Schartl, Yann Guiguen, Eva Kreuz, Klaus Kohlmann, Sven Wuertz, Daniela Holostenco, Ron P. Dirks, Céline Lopez-Roques, Werner Kloas, Leibniz Institute of Freshwater Ecology and Inland Fisheries (IGB), Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons (LPGP), Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), University of Würzburg = Universität Würzburg, The Xiphophorus Genetic Stock Center, Department of Chemistry and Biochemistry, Texas State University, Plateforme Bio-Informatique - Génotoul, Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Future Genomics Technologies, « Danube Delta » National Institute for Research and Development [Tulcea], Academy of Agricultural and Forestry Sciences 'Gheorghe Ionescu-Sisesti' (A.A.F.S.), University of Innsbruck, Siberian Branch of the Russian Academy of Sciences (SB RAS), Syndicat des Sélectionneurs Avicoles et Aquacoles Français (SYSAAF), L’Esturgeonnière, SCEA Sturgeon, This work was funded through COFASP/ERANET (STURGEoNOMICS) by the German Federal Ministry of Food andAgriculture through the Federal Office for Agriculture and Food (grant nos. 2816ERA04G, 2816ERA05G) to M. Stöck,S.W., J.G. and M. Schartl, by the French National Research Agency (grant nos. ANR-16-COFA-0002) to YG, CK and CR,and by the Romanian Executive Agency for Higher Education, Research Development and Innovation Funding(UEFISCDI, contract 3/2017) to RS, MC and DH. This research was also in part supported by the Russian ScienceFoundation (RSF) to DP (grant number 18-44-04-007), by the Deutsche Forschungsgemeinschaft to MSch (DFG SCHA408/14-1), and by a European Maritime and Fisheries Fund to YG (EMFF/FEAMP project SIBERSEX). Research onA.gueldenstaedtii was supported by a European Maritime and Fisheries Fund to YG (EMFF/FEAMP project S’STURGEON)., ANR-16-COFA-0002,STURGEoNOMICS,Genome-based approaches for improvement of aquaculture in two marine sturgeon species: Atlantic sturgeon (Acipenser oxyrinchus) and Beluga (Huso huso)(2016), University of Würzburg, Système d'Information des GENomes des Animaux d'Elevage (SIGENAE), Génome et Transcriptome - Plateforme Génomique ( GeT-PlaGe), Plateforme Génome & Transcriptome (GET), Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), This work was funded through COFASP/ERANET (STURGEoNOMICS) by the German Federal Ministry of Food and Agriculture through the Federal Office for Agriculture and Food (grant nos. 2816ERA04G and 2816ERA05G) to M.Stöck, S.W., J.G. and M.Schartl, by the French National Research Agency (grant nos. ANR-16-COFA-0002) to Y.G., C.K. and C.L.R., and by the Romanian Executive Agency for Higher Education, Research Development and Innovation Funding (UEFISCDI, contract 3/2017) to RS, MC and DH. H.K. was funded by the German Research Foundation (DFG) (Eigene Stelle grant no. KU 3596/1-1, Project No. 324050651). This research was also in part supported by the Russian Science Foundation (RSF) to D.P. (grant no. 18-44-04-007), by the Deutsche Forschungsgemeinschaft to MSch (DFG SCHA 408/14-1), and by a European Maritime and Fisheries Fund to Y.G. (EMFF/FEAMP project SIBERSEX). Research on A. gueldenstaedtii was supported by a European Maritime and Fisheries Fund to Y.G. (EMFF/FEAMP project S'STURGEON)., Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), and Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3)
Subjects: 0301 basic medicine, 0106 biological sciences, Evolution, [SDV]Life Sciences [q-bio], Acipenseridae, Sturgeon, Huso, Biology, 010603 evolutionary biology, 01 natural sciences, Genome, General Biochemistry, Genetics and Molecular Biology, [SDV.BDLR.RS]Life Sciences [q-bio]/Reproductive Biology/Sexual reproduction, Evolution, Molecular, Polyploidy, 03 medical and health sciences, Phylogenetics, [SDV.BBM.GTP]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], biology.animal, Sex-determination system, Animals, 14. Life underwater, Acipenser ruthenus, Evolution - stars, Clade, Phylogeny, Research Articles, 030304 developmental biology, 0303 health sciences, Fishes, Chromosome, Vertebrate, Sex chromosomes, Articles, Sex Determination Processes, biology.organism_classification, Female-specific, 030104 developmental biology, Evolutionary biology, Female, General Agricultural and Biological Sciences
Abstract: Several hypotheses explain the prevalence of undifferentiated sex chromosomes in poikilothermic vertebrates. Turnovers change the master sex determination gene, the sex chromosome or the sex determination system (e.g. XY to WZ). Jumping master genes stay main triggers but translocate to other chromosomes. Occasional recombination (e.g. in sex-reversed females) prevents sex chromosome degeneration. Recent research has uncovered conserved heteromorphic or even homomorphic sex chromosomes in several clades of non-avian and non-mammalian vertebrates. Sex determination in sturgeons (Acipenseridae) has been a long-standing basic biological question, linked to economical demands by the caviar-producing aquaculture. Here, we report the discovery of a sex-specific sequence from sterlet ( Acipenser ruthenus ). Using chromosome-scale assemblies and pool-sequencing, we first identified an approximately 16 kb female-specific region. We developed a PCR-genotyping test, yielding female-specific products in six species, spanning the entire phylogeny with the most divergent extant lineages ( A. sturio, A. oxyrinchus versus A. ruthenus, Huso huso ), stemming from an ancient tetraploidization. Similar results were obtained in two octoploid species ( A. gueldenstaedtii, A. baerii ). Conservation of a female-specific sequence for a long period, representing 180 Myr of sturgeon evolution, and across at least one polyploidization event, raises many interesting biological questions. We discuss a conserved undifferentiated sex chromosome system with a ZZ/ZW-mode of sex determination and potential alternatives. This article is part of the theme issue ‘Challenging the paradigm in sex chromosome evolution: empirical and theoretical insights with a focus on vertebrates (Part I)’.
Published: 2020

202. Proton NMR enables the absolute quantification of aqueous metabolites and lipid classes in unique mouse liver samples

Author: Aurélien Amiel, Hervé Guillou, Marie Tremblay-Franco, Simon Ducheix, Roselyne Gautier, Alexandra Montagner, Laurent Debrauwer, Arnaud Polizzi, Justine Bertrand-Michel, Cécile Canlet, ProdInra, Migration, ToxAlim (ToxAlim), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), National Infrastructure for Metabolomics and Fluxomics, Metatoul AXIOM (E20 ), MetaboHUB-MetaToul, Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-ToxAlim (ToxAlim), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Toxicologie Intégrative & Métabolisme (ToxAlim-TIM), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Plateau MetaToul-LIPIDOMIQUE = MetaToul-Lipidomics, Institut des Maladies Métaboliques et Cardiovasculaires (I2MC), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-MetaboHUB-MetaToul, Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Région Occitanie (H.G., A.P., A.M., S.D.), ANR Hepadialogue ANR-17-CE14-0015 (H.G., A.P., A.M., S.D.), and the French National Infrastructure for Metabolomics and Fluxomics MetaboHUB ANR-11-INBS-010 (C.C., A.A., L.D., M.T.-F., R.G., J.B.-M.), Analyse de Xénobiotiques, Identification, Métabolisme (E20 Metatoul-AXIOM), MetaToul-MetaboHUB, Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-MetaToul-MetaboHUB, Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), and Canlet, Cécile
Subjects: 0301 basic medicine, Endocrinology, Diabetes and Metabolism, Metabolite, 1H-NMR spectroscopy, Toxicology, liver, 01 natural sciences, Biochemistry, Article, 03 medical and health sciences, chemistry.chemical_compound, Lipidomics, medicine, steatosis, Food and Nutrition, Molecular Biology, Toxicologie, Alanine, Aqueous solution, Chromatography, Cholesterol, 010401 analytical chemistry, Extraction (chemistry), metabolomics quantitative profiling, medicine.disease, 0104 chemical sciences, [SDV.TOX] Life Sciences [q-bio]/Toxicology, [SDV.AEN] Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, 030104 developmental biology, chemistry, [SDV.TOX]Life Sciences [q-bio]/Toxicology, Alimentation et Nutrition, Proton NMR, lipidomics, Steatosis, [SDV.AEN]Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition
Abstract: International audience; Hepatic metabolites provide valuable information on the physiological state of an organism, and thus, they are monitored in many clinical situations. Typically, monitoring requires several analyses for each class of targeted metabolite, which is time consuming. The present study aimed to evaluate a proton nuclear magnetic resonance (1H-NMR) method for obtaining quantitative measurements of aqueous and lipidic metabolites. We optimized the extraction protocol, the standard samples, and the organic solvents for the absolute quantification of lipid species. To validate the method, we analyzed metabolic profiles in livers of mice fed three different diets. We compared our results with values obtained with conventional methods and found strong correlations. The 1H-NMR protocol enabled the absolute quantification of 29 aqueous metabolites and eight lipid classes. Results showed that mice fed a diet enriched in saturated fatty acids had higher levels of triglycerides, cholesterol ester, monounsaturated fatty acids, lactate, 3-hydroxy-butyrate, and alanine and lower levels of glucose, compared to mice fed a control diet. In conclusion, proton NMR provided a rapid overview of the main lipid classes (triglycerides, cholesterol, phospholipids, fatty acids) and the most abundant aqueous metabolites in liver.
Published: 2020

203. Targeting Colon Luminal Lipid Peroxidation Limits Colon Carcinogenesis Associated with Red Meat Consumption

Author: Pascal Schlich, Véronique Santé-Lhoutellier, Fabrice Pierre, Valérie Scislowski, Nathalie Naud, Thierry Sayd, Didier Viala, Didier Attaix, Laurent Debrauwer, Gunter G. C. Kuhnle, Adeline Blot, Denis E. Corpet, Françoise Guéraud, Estelle Pujos-Guillot, Nathalie Meunier, Florence Blas-Y-Estrada, Christine Urbano, Sylviane Taché, Sylvie Chevolleau, Océane C B Martin, Céline Chantelauze, Denis Durand, J. Dupuy, ToxAlim (ToxAlim), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité Mixte de Recherches sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité de Nutrition Humaine - Clermont Auvergne (UNH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne (UCA), SensoStat, Food and Nutritional Sciences, University of Reading (UOR), Qualité des Produits Animaux (QuaPA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), CRNH, Centre Hospitalier Lyon Sud [CHU - HCL] (CHLS), Hospices Civils de Lyon (HCL)-Hospices Civils de Lyon (HCL), Centre des Sciences du Goût et de l'Alimentation [Dijon] (CSGA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Meat Quality and Processes, Association pour le Développement de l'Industrie de la Viande, ANR [ANR-10-ALIA-14], INRA, ADIV, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INP - PURPAN), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT), Prévention et promotion de la cancérogénèse par les aliments (ToxAlim-PPCA), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), MetaToul AXIOM (E20), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-MetaboHUB-MetaToul, MetaboHUB-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-MetaboHUB-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Unité Mixte de Recherche sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Unité de Nutrition Humaine (UNH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020]), Plateforme Ezop (Ezop), Association pour le Développement de l'Industrie de la Viande (ADIV), French National Institute for Agricultural Research (INRA) French Technical Center of Meat (ADIV), ANR-10-ALIA-0014,SECURIVIANDE,Stratégies préventives de la cancérogenèse colorectale en production et transformation des viandes(2010), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Analyse de Xénobiotiques, Identification, Métabolisme (E20 Metatoul-AXIOM), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-MetaToul-MetaboHUB, Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-MetaToul-MetaboHUB, Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), and Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)
Subjects: Male, intermediate consumption, 0301 basic medicine, Cancer Research, Antioxidant, Colorectal cancer, medicine.medical_treatment, Lipid peroxidation, Feces, Mice, chemistry.chemical_compound, Cooking, 2. Zero hunger, Human feces, Cross-Over Studies, peroxydation lipidique, food and beverages, lipid peroxidation, Middle Aged, Healthy Volunteers, 3. Good health, Oncology, Red Meat Consumption, Colonic Neoplasms, Red meat, biomarker, Female, carcinogenesis, biomarqueur, cancerogénèse, Adult, medicine.medical_specialty, Azoxymethane, [SDV.CAN]Life Sciences [q-bio]/Cancer, Heme, 03 medical and health sciences, Internal medicine, medicine, Animals, Humans, viande rouge, Carcinogen, 030109 nutrition & dietetics, colon, business.industry, Neoplasms, Experimental, medicine.disease, Rats, Inbred F344, Rats, Red Meat, consommation, Endocrinology, chemistry, Carcinogens, business, Biomarkers
Abstract: Red meat is probably carcinogenic to humans (WHO/IARC class 2A), in part through heme iron-induced lipoperoxidation. Here, we investigated whether red meat promotes carcinogenesis in rodents and modulates associated biomarkers in volunteers, speculating that an antioxidant marinade could suppress these effects via limitation of the heme induced lipid peroxidation. We gave marinated or non-marinated beef with various degrees of cooking to azoxymethane-initiated rats, Min mice, and human volunteers (crossover study). Mucin-depleted foci were scored in rats, adenoma in Min mice. Biomarkers of lipoperoxidation were measured in the feces and urine of rats, mice, and volunteers. The organoleptic properties of marinated meat were tested. Fresh beef increased colon carcinogenesis and lipoperoxidation in rats and mice and lipoperoxidation in humans. Without an adverse organoleptic effect on meat, marinade normalized peroxidation biomarkers in rat and mouse feces, reduced peroxidation in human feces and reduced the number of Mucin-depleted foci in rats and adenoma in female Min mice. This could lead to protective strategies to decrease the colorectal cancer burden associated with red meat consumption. Cancer Prev Res; 11(9); 569–80. ©2018 AACR.
Published: 2018

204. Dimorphic metabolic and endocrine disorders in mice lacking the constitutive androstane receptor

Author: Lukowicz, Céline, Ellero-Simatos, Sandrine, Régnier, Marion, Oliviero, Fabiana, Lasserre, Frédéric, Polizzi, Arnaud, Montagner, Alexandra, Smati, Sarra, Boudou, Frédéric, Lenfant, Françoise, Guzylack-Pirou, Laurence, Menard, Sandrine, Barretto, Sharon, Fougerat, Anne, Lippi, Yannick, Naylies, Claire, Bertrand-Michel, Justine, Belgnaoui, Afifa Ait, Theodorou, Vassilia, Marchi, Nicola, Gourdy, Pierre, Gamet-Payrastre, Laurence, Loiseau, Nicolas, Guillou, Hervé, Mselli-Lakhal, Laïla, ToxAlim (ToxAlim), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Toxicologie Intégrative & Métabolisme (ToxAlim-TIM), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Exposition, Perturbation Endocrino-métabolique et Reproduction (ToxAlim-EXPER), Laboratoire de Pharmacologie et Toxicologie, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut des Maladies Métaboliques et Cardiovasculaires (I2MC), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Dynamique moléculaire des interactions membranaires (DMIM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2), Neuro-Gastroentérologie & Nutrition (ToxAlim-NGN), Toxicologie Alimentaire (UTA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Transcriptomic impact of Xenobiotics (E23 TRiX), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Plateforme Génome & Transcriptome (GET), Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Institut de Génomique Fonctionnelle (IGF), Université de Montpellier (UM)-Université Montpellier 1 (UM1)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Ecosystèmes Insulaires Océaniens (UMR 241) (EIO), Université de la Polynésie Française (UPF)-Institut Louis Malardé [Papeete] (ILM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bourgogne (UB), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Plateforme Génome & Transcriptome (GET), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Plateforme Génome & Transcriptome (GET), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université de Toulouse (UT), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de la Polynésie Française (UPF)-Institut Louis Malardé [Papeete] (ILM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Interactions de l'épithelium intestinal avec le système immunitaire, Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Institut Louis Malardé [Papeete] (ILM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de la Polynésie Française (UPF), Laboratoire des Sciences du Climat et de l'Environnement [Gif-sur-Yvette] (LSCE), Université Paris-Saclay-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Guerineau, Nathalie C.
Subjects: [SDV]Life Sciences [q-bio], lcsh:R, Metabolic disorders, lcsh:Medicine, Toxicology, Article, [SDV] Life Sciences [q-bio], Metabolism, Alimentation et Nutrition, Food and Nutrition, lcsh:Q, lcsh:Science, human activities, Toxicologie
Abstract: International audience; Metabolic diseases such as obesity, type II diabetes and hepatic steatosis are a public health concern in developed countries. The metabolic risk is gender-dependent. The constitutive androstane receptor (CAR), which is at the crossroads between energy metabolism and endocrinology, has recently emerged as a promising therapeutic agent for the treatment of obesity and type 2 diabetes. In this study we sought to determine its role in the dimorphic regulation of energy homeostasis. We tracked male and female WT and CAR deficient (CAR-/-) mice for over a year. During aging, CAR-/- male mice developed hypercortisism, obesity, glucose intolerance, insulin insensitivity, dyslipidemia and hepatic steatosis. Remarkably, the latter modifications were absent, or minor, in female CAR-/- mice. When ovariectomized, CAR-/- female mice developed identical patterns of metabolic disorders as observed in male mice. These results highlight the importance of steroid hormones in the regulation of energy metabolism by CAR. They unveil a sexually dimorphic role of CAR in the maintenance of endocrine and metabolic homeostasis underscoring the importance of considering sex in treatment of metabolic diseases.
Published: 2019

205. Transcriptomes de novo transcriptomes de 14 gammaridae pour analyse proteogenomique de 7 groupes taxonomiques

Author: Adeline François, Jean Armengaud, Christine Almunia, Alex T. Ford, Camille Eché, Olivier Pible, Olivier Bouchez, Arnaud Chaumot, Davide Degli-Esposti, Duarte Gouveia, Olivier Geffard, Yannick Cogne, Laboratoire Innovations technologiques pour la Détection et le Diagnostic (LI2D), Service de Pharmacologie et Immunoanalyse (SPI), Médicaments et Technologies pour la Santé (MTS), Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Médicaments et Technologies pour la Santé (MTS), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Milieux aquatiques, écologie et pollutions (UR MALY), Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA), Génome et Transcriptome - Plateforme Génomique (GeT-PlaGe), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), University of Portsmouth, Centre national du machinisme agricole, du génie rural, des eaux et forêts (CEMAGREF), Institut National de Recherche en Sciences et Technologies pour l'Environnement et l'Agriculture (France) Commissariat a l'Energie Atomique et aux Energies Alternatives (France), ANR-14-CE21-0006,ProteoGam,Protéomique pour de nouveaux biomarqueurs en écotoxicologie chez les gammares: challenge de la biodiversité et immunoanalyse multiplexée comme outil de diagnostic(2014), LABORATOIRE INNOVATIONS TECHNOLOGIQUES POUR LA DETECTION ET LE DIAGNOSTIC CEA INRA BAGNOLS SUR CEZE FRA, IRSTEA LYON UR RIVERLY FRA, GET PLAGE GENOTOUL INRA AUZEVILLE CASTANET TOLOSAN FRA, SCHOOL OF BIOLOGICAL SCIENCES INSTITUTE OF MARINE SCIENCES LABORATORIES PORTSMOUTH GBR, RiverLy (UR Riverly), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Plateforme Génome & Transcriptome (GET), Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Partenaires IRSTEA, Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), and Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse)
Subjects: Male, Data Descriptor, [SDV]Life Sciences [q-bio], DIVERSITY, GAMMARUS, Fresh Water, 010501 environmental sciences, 01 natural sciences, Gammarus, TOOL, RNA-Seq, Taxonomic rank, Databases, Protein, lcsh:Science, Proteogenomics, 0303 health sciences, [SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], CAGED GAMMARUS, Computer Science Applications, data, [SDE]Environmental Sciences, PROTEOMICS, Female, France, Molecular ecology, Statistics, Probability and Uncertainty, Information Systems, Statistics and Probability, Sentinel species, BIOMARKERS, Zoology, Library and Information Sciences, Biology, Education, FOSSARUM CRUSTACEA, 03 medical and health sciences, [SDV.BBM.GTP]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], Animals, Ecotoxicology, QUALITY, [SDV.BBM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, 14. Life underwater, Transcriptomics, pure lines, 030304 developmental biology, 0105 earth and related environmental sciences, PULEX CRUSTACEA, DONNEE, GENETIQUE, biology.organism_classification, Gammarus pulex, Taxon, lcsh:Q, Arthropod, Transcriptome, AMPHIPODA, RESPONSES
Abstract: Gammarids are amphipods found worldwide distributed in fresh and marine waters. They play an important role in aquatic ecosystems and are well established sentinel species in ecotoxicology. In this study, we sequenced the transcriptomes of a male individual and a female individual for seven different taxonomic groups belonging to the two genera Gammarus and Echinogammarus: Gammarus fossarum A, G. fossarum B, G. fossarum C, Gammarus wautieri, Gammarus pulex, Echinogammarus berilloni, and Echinogammarus marinus. These taxa were chosen to explore the molecular diversity of transcribed genes of genotyped individuals from these groups. Transcriptomes were de novo assembled and annotated. High-quality assembly was confirmed by BUSCO comparison against the Arthropod dataset. The 14 RNA-Seq-derived protein sequence databases proposed here will be a significant resource for proteogenomics studies of these ecotoxicologically relevant non-model organisms. These transcriptomes represent reliable reference sequences for whole-transcriptome and proteome studies on other gammarids, for primer design to clone specific genes or monitor their specific expression, and for analyses of molecular differences between gammarid species., Measurement(s)transcription profiling assayTechnology Type(s)RNA sequencingFactor Type(s)sex • speciesSample Characteristic - OrganismGammarus • EchinogammarusSample Characteristic - Environmenthabitat Machine-accessible metadata file describing the reported data: 10.6084/m9.figshare.9777905
Published: 2019

206. Multi-species annotation of transcriptome and chromatin structure in domesticated animals

Author: Foissac, Sylvain, Djebali, Sarah, Munyard, Kylie, Vialaneix, Nathalie, Rau, Andrea, Muret, Kevin, Esquerré, Diane, Zytnicki, Matthias, Derrien, Thomas, Bardou, Philippe, Blanc, Fany, Cabau, Cédric, Crisci, Elisa, Dhorne-Pollet, Sophie, Drouet, Françoise, Faraut, Thomas, Gonzalez, Ignacio, Goubil, Adeline, Lacroix-Lamandé, Sonia, Laurent, Fabrice, Marthey, Sylvain, Marti-Marimon, Maria, Momal-Leisenring, Raphaelle, Mompart, Florence, Quéré, Pascale, Robelin, David, Cristobal, Magali San, Tosser-Klopp, Gwenola, Vincent-Naulleau, Silvia, Fabre, Stéphane, der Laan, Marie-Hélène Pinard-Van, Klopp, Christophe, Tixier-Boichard, Michèle, Acloque, Hervé, Lagarrigue, Sandrine, Giuffra, Elisabetta, Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-École nationale supérieure agronomique de Toulouse (ENSAT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT), Curtin University [Perth], Planning and Transport Research Centre (PATREC), Unité de Mathématiques et Informatique Appliquées de Toulouse (MIAT INRA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] (PEGASE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Génome et Transcriptome - Plateforme Génomique (GeT-PlaGe), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Plateforme Génome & Transcriptome (GET), Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut de Génétique et Développement de Rennes (IGDR), Université de Rennes (UR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Université de Rennes (UR), Infectiologie et Santé Publique (UMR ISP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Tours (UT), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Université Paris Saclay (COMUE), INRA 'SelGen metaprogramme', grant 'FR-AgENCODE: A French pilot project to enrich the annotation of livestock genomes' (2015-2017), Animal Health and Welfare ERA-Net (anihwa) -project KILLeuPRRSV, ANR-11-INBS-0003,CRB-Anim,Réseau de Centres de Ressources Biologiques pour les animaux domestiques(2011), European Project: FP7-609398, Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT], Curtin University, GeT PlaGe, Genotoul, Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Université de Rennes (UNIV-RENNES), Infectiologie Animale et Santé Publique - IASP (Nouzilly, France), CEA Paris Saclay, AGROCAMPUS OUEST-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Tours
Subjects: Livestock, Goats, [SDV]Life Sciences [q-bio], Sus scrofa, Molecular Sequence Annotation, Functional annotation, ATAC-seq, Chromatin, lcsh:Biology (General), Hi-C, Animals, Domestic, [SDV.SA.SPA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences/Animal production studies, Animals, Cattle, RNA-seq, Transcriptome, Chickens, lcsh:QH301-705.5, Phylogeny, Research Article
Abstract: Background Comparative genomics studies are central in identifying the coding and non-coding elements associated with complex traits, and the functional annotation of genomes is a critical step to decipher the genotype-to-phenotype relationships in livestock animals. As part of the Functional Annotation of Animal Genomes (FAANG) action, the FR-AgENCODE project aimed to create reference functional maps of domesticated animals by profiling the landscape of transcription (RNA-seq), chromatin accessibility (ATAC-seq) and conformation (Hi-C) in species representing ruminants (cattle, goat), monogastrics (pig) and birds (chicken), using three target samples related to metabolism (liver) and immunity (CD4+ and CD8+ T cells). Results RNA-seq assays considerably extended the available catalog of annotated transcripts and identified differentially expressed genes with unknown function, including new syntenic lncRNAs. ATAC-seq highlighted an enrichment for transcription factor binding sites in differentially accessible regions of the chromatin. Comparative analyses revealed a core set of conserved regulatory regions across species. Topologically associating domains (TADs) and epigenetic A/B compartments annotated from Hi-C data were consistent with RNA-seq and ATAC-seq data. Multi-species comparisons showed that conserved TAD boundaries had stronger insulation properties than species-specific ones and that the genomic distribution of orthologous genes in A/B compartments was significantly conserved across species. Conclusions We report the first multi-species and multi-assay genome annotation results obtained by a FAANG project. Beyond the generation of reference annotations and the confirmation of previous findings on model animals, the integrative analysis of data from multiple assays and species sheds a new light on the multi-scale selective pressure shaping genome organization from birds to mammals. Overall, these results emphasize the value of FAANG for research on domesticated animals and reinforces the importance of future meta-analyses of the reference datasets being generated by this community on different species.
Published: 2019

207. Stratégies omiques pour l’étude de la relation cancer colorectal – viande rouge

Author: Mervant, Loïc, Chevolleau, Sylvie, Jamin, Emilien L., Costantino, Robin, Beslay, Marie, Fouché, Edwin, Martin, Jean-Francois, Jouanin, Isabelle, Debrauwer, Laurent, Guéraud, Françoise, Analyse de Xénobiotiques, Identification, Métabolisme (E20 Metatoul-AXIOM), ToxAlim (ToxAlim), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-MetaToul-MetaboHUB, Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Prévention et promotion de la cancérogénèse par les aliments (ToxAlim-PPCA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-MetaToul-MetaboHUB, Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), and Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées
Subjects: [SDV]Life Sciences [q-bio], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: International audience
Published: 2019

208. Un mélange équilibré de protéines végétales permet une homéostasie protéique tissulaire normale grâce à l’activation de remaniements métaboliques des acides aminés

Author: Fouillet, Hélène, Rémond, Didier, Mariotti, François, Lépine, Gaïa, Mathé, Véronique, David, Jérémie, Hermier, Dominique, Poupin, Nathalie, Tremblay-Franco, Marie, Guérin-Deremaux, Laetitia, Lefranc-Millot, Catherine, Huneau, Jean-François, Polakof, Sergio, Physiologie de la Nutrition et du Comportement Alimentaire (PNCA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Unité de Nutrition Humaine (UNH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020]), Métabolisme et Xénobiotiques (ToxAlim-MeX), ToxAlim (ToxAlim), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Analyse de Xénobiotiques, Identification, Métabolisme (E20 Metatoul-AXIOM), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-MetaToul-MetaboHUB, Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Roquette Frères, Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-MetaToul-MetaboHUB, Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INP - PURPAN), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT), MetaToul AXIOM (E20), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-MetaboHUB-MetaToul, MetaboHUB-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-MetaboHUB-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), and Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)
Subjects: [SDV.AEN]Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition
Abstract: International audience; Introduction et but de l’étude : Dans le contexte de la transition nutritionnelle en cours vers davantage de protéines végétales (PV) et moins de protéines animales (PA) pour des raisons de durabilité, les PV sont réputées de moindre qualité que les PA du fait de leurs moindres teneurs en acides aminés indispensables. Ici, nous avons analysé comment la composition corporelle et le métabolisme protéique tissulaire varient selon la source protéique et les nutriments énergétiques.Matériel et méthodes : 44 rats Wistar mâles ont été nourris avec 4 régimes iso-protéiques (15% de l’énergie du régime, couvrant les besoins des rats en croissance) constitués de PA (lait) ou PV (50-50 blé-pois) avec des teneurs en lipides et sucres simples normales (N, 27% et 6% de l’énergie du régime, respectivement) ou hautes (H, 55% et 20%, respectivement). Consommation alimentaire, poids et composition corporelle (IRM) ont été suivis pendant 4 mois avant euthanasie et prélèvement de tissus (intestin, foie, muscles tibialis anterior et gastrocnemius). Les masses des protéines tissulaires ont été mesurées par analyse élémentaire de leur contenu en N. Les flux de protéosynthèses tissulaires ont été mesurés par traçage isotopique au ²H (surchargei.p. initiale de ²H2O à 99,9% 2j avant l’euthanasie, puis ²H2O à 5% comme eau de boisson), et calculés à partir des enrichissements en ²H dans l’alanine libre et liée aux protéines tissulaires mesurés en GC-MS. En outre, nous avons estimé l’ampleur des remaniements métaboliques des acides aminés dans les tissus par les écarts d’abondance naturelle en 15N entre protéines alimentaires et tissulaires (Δ15N, ‰), mesurés en EA-IRMS.Résultats et Analyse statistique : Les 4 régimes étaient associés à des consommations de protéines et d’énergie totale similaires, mais avec de plus fortes consommations de lipides (x 2,2) et saccharose (x 2,6) pour les régimes H vs N. Cette consommation plus grasse et sucrée (H vs N) induisait un poids corporel ~10% supérieur du fait d’une masse grasse ~35% supérieure, avec une masse maigre similaire et des masses et flux de synthèses protéiques similaires dans tous les tissus sauf le foie où ils étaient ~20% supérieurs. La source protéique (PV vs PA) n’affectait ni le poids, ni la masse maigre, ni les masses et flux de synthèses protéiquestissulaires. Mais par rapport aux PA, les PV induisaient une plus grande orientation des acides aminés vers les processus isotopiquement discriminants de transaminations dans tous les tissus étudiés (Δ15N supérieurs de ~0,25 à 0,45 ‰).Conclusion : Un mélange équilibré de protéines de céréales et légumineuses assure tout aussi bien que les protéines de lait la synthèse et le renouvellement des protéines des différents tissus, grâce à l’activation de remaniements métaboliques permettant d’adapter le profil d’apport en acides aminés à la demande métabolique tissulaire. Ces remaniements métaboliques ont vraisemblablement un coût et un impact sur le métabolisme énergétique qu’il serait intéressant d’explorer, notamment dans le contexte du risque cardiométabolique.
Published: 2019

209. Par rapport aux protéines de lait, un mélange de protéines de blé et de pois limite l’insulino-résistance et la lipogenèse de novo induites par un régime riche en lipides et saccharose

Author: Polakof, Sergio, Huneau, Jean-François, Hermier, Dominique, Rémond, Didier, Lépine, Gaîa, David, Jérémie, Mathé, Veronique, Poupin, Nathalie, Tremblay-Franco, Marie, Guérin-Deremaux, Laetitia, Lefranc-Millot, Catherine, Mariotti, François, Fouillet, Helene, Unité de Nutrition Humaine (UNH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020]), Physiologie de la Nutrition et du Comportement Alimentaire (PNCA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Métabolisme et Xénobiotiques (ToxAlim-MeX), ToxAlim (ToxAlim), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Analyse de Xénobiotiques, Identification, Métabolisme (E20 Metatoul-AXIOM), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-MetaToul-MetaboHUB, Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Roquette Frères, Unité de Nutrition Humaine - Clermont Auvergne (UNH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne (UCA), AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Roquette, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-MetaToul-MetaboHUB, Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INP - PURPAN), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT), MetaToul AXIOM (E20), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-MetaboHUB-MetaToul, MetaboHUB-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-MetaboHUB-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), and Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)
Subjects: [SDV.AEN]Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition
Abstract: Introduction et but de l’étude : Dans le contexte de la transition nutritionnelle en cours vers davantage de protéines végétales (PV) et moins de protéines animales (PA) au sein des régimes occidentaux pléthoriques associés à un fort risque cardiométabolique, nous avons étudié l’impact de la source protéique alimentaire sur la composition corporelle, la résistance à l’insuline et la lipogenèse de novo (LDN) selon les nutriments énergétiques.Matériel et méthodes : 44 rats Wistar mâles ont été nourris avec 4 régimes iso-protéiques (15% de l’énergie du régime, couvrant les besoins des rats en croissance) constitués de PA (lait) ou PV (mélange 50-50 blé-pois) avec des teneurs en lipides et saccharose normales (N, 27% et 6% de l’énergie du régime, respectivement) ou hautes (H, 55% et 20%, respectivement). Consommation alimentaire, poids, composition corporelle (IRM) et insulino-résistance (indice HOMA-IR) ont été suivis pendant 4 mois avant euthanasie et prélèvement du foie et du tissu adipeux épididymaire (TAE). Dans ces tissus, les contenus en lipides et triglycérides ont été quantifiés après extraction par solvants et séparation en couche mince, et les flux de LDN ont été estimés par traçageisotopique au ²H (surcharge initiale de ²H2O à 99,9% par perfusion intrapéritonéale 2j avant l’euthanasie, puis ²H2O à 5% comme eau de boisson), en mesurant les enrichissements en ²H dans le plasma et les triglycérides tissulaires en EA-IRMS. La LDN totale a été calculée comme la somme de la LDN du foie et de celle de l’ensemble des tissus adipeux, elle-même calculée par extrapolation de celle du TAE.Résultats et Analyse statistique : Les 4 régimes étaient associés à des consommations protéique et énergétique similaires, avec de plus fortes consommations de lipides (x 2,2) et saccharose (x 2,6) dans les régimes H vs N. Au terme des 4 mois, le régime gras et sucré (H vs N) induisait un HOMA-IR ~30% supérieur en moyenne sur les 2 sources protéiques, mais cet effet était moins marqué pour les PV que les PA, avec un HOMA-IR ~30% inférieur pour PV vs PA en régime H. Le régime gras et sucré (H vs N) induisait aussi une masse grasse corporelle ~35% supérieure (pour une même masse maigre) et une LDN totale ~65% supérieure. Plusspécifiquement au niveau du foie, la proportion et la masse de lipides et la LDN étaient ~50% supérieures. Concernant la source protéique (PV vs PA), elle n’affectait ni les masses grasse et maigre corporelles ni la LDN totale mais par contre au niveau du foie, la proportion et la masse de lipides étaient ~15% inférieures et la LDN ~25% inférieure avec PV vs PA.Conclusion : Par rapport aux PA, un mélange équilibré de PV assure une même masse protéique tout en limitant la LDN hépatique et l’insulino-résistance induite par un régime gras et sucré, ce qui fait que les PV pourraient réduire le risque cardiométabolique comme le suggèrent les études épidémiologiques. Des analyses en cours pourraient permettre de préciser les modifications métaboliques permettant d’expliquer ces effets.
Published: 2019

210. RH mapping by sequencing: chromosome-scale assembly of the duck genome

Author: Dianer Esquerre, Mireille Morisson, Thomas Faraut, Alain Vignal, Sophie Leroux, Man Rao, Emeline Lhuillier, Valerie Fillon, Ning Li, Olivier Bouchez, Fuwai Hospital, Chinese Academy of Medical Science, Beijing, Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, GeT-Sante, Plateforme Génome & Transcriptome (GET), Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), China Agricultural University (CAU), Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Vignal, Alain, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), and Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]
Subjects: 0106 biological sciences, 0303 health sciences, Chromosome, Sequence assembly, [SDV.GEN.GA] Life Sciences [q-bio]/Genetics/Animal genetics, Computational biology, Biology, 01 natural sciences, Genome, DNA sequencing, SNP genotyping, [SDV.GEN.GA]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Animal genetics, 03 medical and health sciences, Genetic linkage, [SDV.BBM.GTP]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], genomics, [SDV.BBM.GTP] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], Zebra finch, Genotyping, 030304 developmental biology, 010606 plant biology & botany
Abstract: Like many other species, the duck genome has been sequenced thanks to the technological breakthrough provided by the emergence of Next Generation Sequencing (NGS). The resulting de novo assemblies are however made of thousands of scattered scaffolds. To achieve chromosome-scale contiguity, long-range intermediate genome maps remain indispensable. Radiation Hybrid (RH) maps have been used to assist the generation of chromosome-scale genome assemblies by taking advantage of the high density SNP chips that provide a large number of markers that can be efficiently genotyped on the panel.In the absence of such a resource in duck, we sequenced 100 hybrid clones of a duck RH panel enabling direct genotyping of the assembly scaffolds on the panel. The rationale is to use scaffolds as markers and to genotype the scaffolds by sequencing the clones: the presence/absence of a scaffold in a particular sequenced hybrid is attested by the presence/absence of reads mapping specifically to this scaffold. The detection of scaffolds exhibiting a chromosomal breakage resulting from the irradiation process revealed itself to be a critical issue of this genotyping by sequencing process. This process resulted in the construction of RH vectors for 2,027 scaffolds, representing a total of about 1 Gb of sequences (95% of the current Duck genome assembly). The subsequent linkage analysis enabled the construction of RH maps and therefore to organize, i.e. order and orient, the scaffolds into pseudomolecules associated to the corresponding duck chromosomes. We describe here the whole mapping process, from sequence-based genotyping to the construction of comparative maps, as well as few examples of intra-chromosomal rearrangements that have been identified by the comparison with the chicken, turkey and zebra finch genomes and subsequently confirmed by FISH.We describe a method to order and orient sequence scaffolds into super-scaffolds spanning entire chromosomes. The method, which requires a pre-existing RH panel and sequence scaffolds from an NGS assembly, relies on a shallow sequencing of the RH clones. This approach was applied to the duck genome and produced chromosome-scale scaffolds for 29 out of the 41 duck chromosomes.
Published: 2019

211. Dietary pesticide exposure profiles in the NutriNet-Santé cohort

Author: Emmanuelle Kesse-Guyot, Denis Lairon, Julia Baudry, Mathilde Touvier, Jean-Pierre Cravedi, Laurence Gamet-Payrastre, Pauline Rebouillat, Serge Hercberg, Bruno Taupier-Letage, Laurent Debrauwer, Rodolphe Vidal, Equipe 3: EREN- Equipe de Recherche en Epidémiologie Nutritionnelle (CRESS - U1153), Université Paris 13 (UP13)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM), HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-Centre de Recherche Épidémiologie et Statistique Sorbonne Paris Cité (CRESS (U1153 / UMR_A_1125 / UMR_S_1153)), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institut Technique de l'Agriculture Biologique (ITAB), ToxAlim (ToxAlim), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INP - PURPAN), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Metatoul AXIOM (E20 ), MetaboHUB-MetaToul, MetaboHUB-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-MetaboHUB-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-ToxAlim (ToxAlim), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INP - PURPAN), Toxicologie Intégrative & Métabolisme (ToxAlim-TIM), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Centre recherche en CardioVasculaire et Nutrition = Center for CardioVascular and Nutrition research (C2VN), Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université Paris 13 (UP13)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM)-Centre de Recherche Épidémiologie et Statistique Sorbonne Paris Cité (CRESS (U1153 / UMR_A_1125 / UMR_S_1153)), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Analyse de Xénobiotiques, Identification, Métabolisme (E20 Metatoul-AXIOM), MetaToul-MetaboHUB, Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-ToxAlim (ToxAlim), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), HESAM Université (HESAM)-HESAM Université (HESAM)-Centre de Recherche Épidémiologie et Statistique Sorbonne Paris Cité (CRESS (U1153 / UMR_A_1125 / UMR_S_1153)), Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), FENS, REBOUILLAT, Pauline, AUDOUX, Michèle, Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Université Sorbonne Paris Cité (USPC), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Centre recherche en CardioVasculaire et Nutrition (C2VN), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)
Subjects: 030309 nutrition & dietetics, [SDV]Life Sciences [q-bio], Population, Medicine (miscellaneous), Spinosad, 030209 endocrinology & metabolism, Biology, Food group, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Intermediate energy, Environmental health, Medicine, 030212 general & internal medicine, education, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, 2. Zero hunger, 0303 health sciences, education.field_of_study, Nutrition and Dietetics, business.industry, Dietary exposure, 030503 health policy & services, Public Health, Environmental and Occupational Health, Vegan Diet, Pesticide, 16. Peace & justice, [SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV.AEN] Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, Agriculture, [SDV.SPEE] Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie, Cohort, Food systems, [SDV.SPEE]Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie, 0305 other medical science, business, [SDV.AEN]Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, medicine.drug
Abstract: Pesticides are used in large quantities in current agriculture all over Europe. Some pesticides are suspected of having negative effects on human health. While the risk associated with occupational exposure is getting well-documented, evidence of dietary exposure to these molecules in the general population is lacking. The aim of this study is to describe dietary exposure to pesticides among NutriNet-Santé cohort participants’.NutriNet-Santé is a web-based cohort of French middle-aged adults launched in 2009. BioNutriNet is an ancillary study launched in 2014, aiming to measure organic and conventional food consumption and evaluate different dimensions of diet sustainability. Dietary intake of organic and conventional foods was assessed using a 264 items self-administered semi-quantitative food frequency questionnaire. Exposure to 25 commonly used pesticides was evaluated using contamination data from CVUA Stuttgart accounting for farming system. Dietary pesticide exposure profiles were identified using Non-Negative Matrix factorization (NMF), specially adapted for non-negative data with excess zeros. The NMF scores were then introduced in a hierarchical clustering process. Identified clusters were described in terms of sociodemographics, dietary patterns and exposure to pesticides.A total of 34,442 participants were selected. Four clusters were identified. All clusters seemed to be exposed to the same molecules, with gradual intensity. The first cluster was characterized by the lowest energy-intake, highest organic food consumption (26.9%) and lowest dietary pesticide exposure; participants had highest consumption levels of organic food groups, including fruits and vegetables. Proportion of male participants and of rural residents was higher than in other groups. Clusters 2 and 3 were characterized by intermediate energy intake, and low organic food consumption. High conventional fruits and vegetables intake and moderate pesticide exposure were observed in cluster 2, composed of a lower smokers’ proportion. Cluster 3 individuals were less exposed to pesticides than clusters 2 and 4, except for Spinosad and Pyrethrins. Cluster 4 was characterized by the highest energy intake, lowest organic food consumption (12.2%), and highest pesticide exposure ; high consumption levels of conventional fruits, vegetables and a higher proportion of vegetarians were observed. This cluster was composed of 85.6% female participants, mainly retired (47.5%), mostly living in cities of 200 000 inhabitants and more (48.2%), and physically active.Dietary pesticide exposures seem to vary across the clusters and depending on the proportion of organic food in the diet. High consumers of conventional fruits and vegetables consumers seem to be more exposed to our selection of pesticides.
Published: 2019

212. The cerebral cortex is a substrate of multiple interactions between GABAergic interneurons and oligodendrocyte lineage cells

Author: Najate Benamer, Marie Vidal, María Cecilia Angulo, Institut de psychiatrie et neurosciences de Paris (IPNP - U1266 Inserm - Paris Descartes), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), GeT PlaGe, Genotoul, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Génome et Transcriptome - Plateforme Génomique ( GeT-PlaGe), Plateforme Génome & Transcriptome (GET), Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut de psychiatrie et neurosciences de Paris (IPNP - U1266 Inserm), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Paris (UP), Université de Paris (UP), This work was supported by grants from Fondation pour la Recherche Médicale (FRM), «Equipe FRM DEQ20150331681»), Fondation pour l'Aide à la Recherche sur la Sclérose en Plaques (ARSEP), ANR under the frame of Neuron Cofund (Era-Net Neuron, project N° R19068KK) and a subaward agreement from the University of Connecticut with funds provided by Grant No. RG-1612-26501 from National Multiple Sclerosis Society (NMSS). Its contents are solely the responsibility of the authors and do not necessarily represent the official views of U.Conn or NMSS. M.V. was supported by a PhD fellowship from Region Île-de France (ED Frontières du Vivant). M.C.A is a CNRS (Centre National de la Recherche Scientifique) investigator and a team of the ENP-Ile-de-France network., Martinez Rico, Clara, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), and Université Paris Cité (UPCité)
Subjects: 0301 basic medicine, Cell type, Lineage (genetic), Interneuron, [SDV]Life Sciences [q-bio], [SDV.BC]Life Sciences [q-bio]/Cellular Biology, Biology, GABA, Myelination, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Interneurons, [SDV.BBM] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, medicine, Animals, Humans, Cell Lineage, [SDV.BBM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, [SDV.NEU] Life Sciences [q-bio]/Neurons and Cognition [q-bio.NC], GABAergic Neurons, [SDV.BC] Life Sciences [q-bio]/Cellular Biology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Parvalbumin, Cerebral Cortex, Oligodendrocytes, Cortical development, Medial Ganglionic Eminence (MGE), musculoskeletal, neural, and ocular physiology, General Neuroscience, fungi, Embryonic stem cell, Oligodendrocyte, [SDV] Life Sciences [q-bio], Oligodendrocyte precursor cells, Oligodendroglia, 030104 developmental biology, medicine.anatomical_structure, nervous system, Cerebral cortex, Synapses, Schizophrenia, biology.protein, GABAergic, [SDV.NEU]Life Sciences [q-bio]/Neurons and Cognition [q-bio.NC], Neuroscience, 030217 neurology & neurosurgery
Abstract: International audience; In the cerebral cortex, GABAergic interneurons and oligodendrocyte lineage cells share different characteristics and interact despite being neurons and glial cells, respectively. These two distinct cell types share common embryonic origins and are born from precursors expressing similar transcription factors. Moreover, they highly interact with each other through different communication mechanisms during development. Notably, cortical oligodendrocyte precursor cells (OPCs) receive a major and transient GABAergic synaptic input, preferentially from parvalbumin-expressing interneurons, a specific interneuron subtype recently recognized as highly mye-linated. In this review, we highlight the similarities and interactions between GABAergic interneurons and oligodendrocyte lineage cells in the cerebral cortex and suggest potential roles of this intimate interneuron-oligodendroglia relationship in cortical construction. We also propose new lines of research to understand the role of the close link between interneurons and oligodendroglia during cortical development and in pathological conditions such as schizophrenia.
Published: 2019

213. Structure of the intergenic spacers in chicken ribosomal DNA

Author: Svetlana Galkina, Anastasia Sokolovskaya, Elena Gaginskaya, Nathalie Rodde, Stéphane Cauet, Céline Lopez-Roques, Alsu Saifitdinova, Christophe Klopp, Alexander Dyomin, Valerie Fillon, Alain Vignal, Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Centre National de Ressources Génomiques Végétales (CNRGV), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Génome et Transcriptome - Plateforme Génomique (GeT-PlaGe), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Plateforme Génome & Transcriptome (GET), Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Système d'Information des GENomes des Animaux d'Elevage (SIGENAE), Russian Foundation for Basic Research (RFBR) 18-04-01276A / Saint Petersburg State University's Programme 4 1.40.1625.2017, Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), and INRA (GeT-PlaGE)
Subjects: lcsh:QH426-470, chicken, [SDV]Life Sciences [q-bio], dna, Biology, DNA, Ribosomal, Genome, genomic, 03 medical and health sciences, Intergenic region, Tandem repeat, Sequence Homology, Nucleic Acid, DNA, Ribosomal Spacer, Gene cluster, Genetics, Animals, Ribosomal DNA, Gene, Conserved Sequence, Ecology, Evolution, Behavior and Systematics, lcsh:SF1-1100, 030304 developmental biology, 2. Zero hunger, 0303 health sciences, Contig, 030302 biochemistry & molecular biology, General Medicine, Ribosomal RNA, lcsh:Genetics, Animal Science and Zoology, lcsh:Animal culture, genetic, Chickens, Research Article, Autre (Sciences du Vivant)
Abstract: Background Ribosomal DNA (rDNA) repeats are situated in the nucleolus organizer regions (NOR) of chromosomes and transcribed into rRNA for ribosome biogenesis. Thus, they are an essential component of eukaryotic genomes. rDNA repeat units consist of rRNA gene clusters that are transcribed into single pre-rRNA molecules, each separated by intergenic spacers (IGS) that contain regulatory elements for rRNA gene cluster transcription. Because of their high repeat content, rDNA sequences are usually absent from genome assemblies. In this work, we used the long-read sequencing technology to describe the chicken IGS and fill the knowledge gap on rDNA sequences of one of the key domesticated animals. Methods We used the long-read PacBio RSII technique to sequence the BAC clone WAG137G04 (Wageningen BAC library) known to contain chicken NOR elements and the HGAP workflow software suit to assemble the PacBio RSII reads. Whole-genome sequence contigs homologous to the chicken rDNA repetitive unit were identified based on the Gallus_gallus-5.0 assembly with BLAST. We used the Geneious 9.0.5 and Mega software, maximum likelihood method and Chickspress project for sequence evolution analysis, phylogenetic tree construction and analysis of the raw transcriptome data. Results Three complete IGS sequences in the White Leghorn chicken genome and one IGS sequence in the red junglefowl contig AADN04001305.1 (Gallus_gallus-5.0) were detected. They had various lengths and contained three groups of tandem repeats (some of them being very GC rich) that form highly organized arrays. Initiation and termination sites of rDNA transcription were located within small and large unique regions (SUR and LUR), respectively. No functionally significant sites were detected within the tandem repeat sequences. Conclusions Due to the highly organized GC-rich repeats, the structure of the chicken IGS differs from that of IGS in human, apes, Xenopus or fish rDNA. However, the chicken IGS shares some molecular organization features with that of the turtles, which are other representatives of the Sauropsida clade that includes birds and reptiles. Our current results on the structure of chicken IGS together with the previously reported ribosomal gene cluster sequence provide sufficient data to consider that the complete chicken rDNA sequence is assembled with confidence in terms of molecular DNA organization.
Published: 2019

214. Interest of Genotyping-by-Sequencing technologies as an alternative to low density SNP chips for genomic selection in layer chicken

Author: Herry, Florian, Herault, Frédéric, Picard Druet, David, Bardou, Philippe, Eché, Camille, Varenne, Amandine, Burlot, Thierry, Le Roy, Pascale, Allais, Sophie, Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] (PEGASE), AGROCAMPUS OUEST-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Novogen, Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, GeT PlaGe, Genotoul, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Génome et Transcriptome - Plateforme Génomique (GeT-PlaGe), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Plateforme Génome & Transcriptome (GET), Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT], Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), and Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3)
Subjects: Imputation accuracy, génotypage, [SDV]Life Sciences [q-bio], Genotyping-by-Sequencing, Genomic selection, Low density panel, Genomic evaluation accuracy, laying hen, évaluation génomique, sélection génomique, poule pondeuse, précision de sélection, genomic selection
Abstract: To reduce the cost of genomic selection, low density SNP chip can be used in combination with imputation for genotyping the selection candidates instead of using high density (HD) SNP chip. Concurrently, next-generation sequencing (NGS) techniques has been increasingly used in livestock species but remain expensive to be routinely used in selection. An alternative and costefficient solution is the Genotyping by Genome Reducing and Sequencing (GGRS) techniques to sequence only a fraction of the genome by using restriction enzymes. This approach was simulated from sequences of 1027 individuals in a pure layer line, using four enzymes (EcoRI, TaqI, AvaII and PstI). Imputation accuracy on HD genotypes was assessed as the mean correlation between true and imputed genotypes. Egg weight, egg shell color, egg shell strength and albumen height were evaluated with single-step GBLUP methodology. The impact of imputation errors on the genomic estimated breeding values (GEBV) was also investigated.AvaII or PstI led to the detection of more than 10K SNPs in common with the HD SNP chip resulting in imputation accuracy higher than 0.97. The impact of imputation errors on the ranking of the selection candidates was reduced with Spearman correlation (between GEBV calculated on true and imputed genotypes) higher than 0.97 for AvaII and PstI. Finally, the GGRS approach can be an interesting alternative to low density SNP chip for genomic selection. However, with real data, heterogeneity between individuals with missing data has to be taken into account.
Published: 2019

215. How to predict that some animals respond better to vaccination than others: application to vaccination against Eimeria maxima in chickens

Author: Blanc, Fany, Bed’Hom, Bertrand, Estellé, Jordi, Bouchez, Olivier, Rossignol, Marie-Noelle, Kim, Sungwon, Pastor-Fernandez, Ivan, Vervelde, Lonneke, Blake, Damer P., Rogel Gaillard, Claire, Pinard-Van Der Laan, Marie-Hélène, Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Université Paris Saclay (COmUE), Institut de Systématique, Evolution, Biodiversité (ISYEB ), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université des Antilles (UA), Génome et Transcriptome - Plateforme Génomique (GeT-PlaGe), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Plateforme Génome & Transcriptome (GET), Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), The Roslin Institute, Royal Veterinary College [London], University of London [London], AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), and Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3)
Subjects: [SDV.GEN.GA]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Animal genetics, [SDV.BA.MVSA]Life Sciences [q-bio]/Animal biology/Veterinary medicine and animal Health, [SDV.IMM.IA]Life Sciences [q-bio]/Immunology/Adaptive immunology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: International audience
Published: 2019

216. Accuracy of whole-genome sequence genotype imputation in a layer line

Author: Allais, Sophie, Herry, Florian, Herault, Frédéric, Picard Druet, David, Bardou, Philippe, Eche, Camille, Varenne, Amandine, Burlot, Thierry, Le Roy, Pascale, Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] (PEGASE), AGROCAMPUS OUEST-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Novogen, Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, US 1426 Génome et Transcriptome - Plateforme Génomique, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT], AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Génome et Transcriptome - Plateforme Génomique (GeT-PlaGe), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Plateforme Génome & Transcriptome (GET), Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), and Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3)
Subjects: Layer line, NGS, [SDV]Life Sciences [q-bio], GWAS, SNP beadchip, Imputation
Abstract: Over the past several years, high-density genotyping has led to major advances in genomic selection and understanding of genomes. This is also the case in laying hens with the availability of the Affymetrix HD 600K chip since 2013. Nowadays, NGS costs are becoming more and more affordable. Based on the HD SNP chip, the use of imputation to go back to the sequence level then makes it possible to obtain information on millions of polymorphisms for a large number of individuals. In this study, we analyzed the quality of the imputation of the HD chip genotypes on sequence genotypes for 90 individuals of a layer line presenting the 2 types of information. After quality control, these individuals presented genotypes for 290K and more than 6 million SNPs respectively with 600K genotyping and 20X sequencing. We carried out a cross-validation with 8 draws of 5 individuals. The correlation between true and imputed genotypes was between 0.96 and 0.99 depending on the individual.Correlations were greater than 0.90 for all chromosomes except chromosomes 16 and 25. After this validation work, we imputed an additional set of 95 individuals to perform GWAS. These analyses confirmed some QTLs of interest as a QTL of egg shell color on chromosome 7 and a QTL of egg shell strength on chromosome 1.
Published: 2019

217. Analysis of whole genome sequence data on a tropical admixed cattle breed: the creole cattle of Guadeloupe

Author: Gabrièle Adam, Diane Esquerre, Olivier Bouchez, Philippe Bardou, Christophe Klopp, mekki boussaha, Michel Naves, Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, GeT PlaGe, Genotoul, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité de Biométrie et Intelligence Artificielle de Toulouse [Castanet-Tolosan] (UBIA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Plateforme bioinformatique du GIS GENOTOUL - Génopole Toulouse Midi-Pyrénées, Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Unité de Recherches Zootechniques (URZ), Génome et Transcriptome - Plateforme Génomique (GeT-PlaGe), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Plateforme Génome & Transcriptome (GET), Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), and Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse)
Subjects: [SDV.BA]Life Sciences [q-bio]/Animal biology, [SDV.BBM.GTP]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], [SDV.BBM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: International audience
Published: 2019

218. Early introduction of solid foods: ingestion level matters more than prebiotics supplementation for shaping the gut microbiota

Author: Paes, Charlotte, Gidenne, Thierry, Bebin, K., Duperray, J., Gohier, C., Guenet, Emeline, Rebours, G., Bouchez, Olivier, Aymard, Patrick, Combes, Sylvie, Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Groupe CCPA, Evialis, MIXscience, INZO, TECHNA, Génome et Transcriptome - Plateforme Génomique (GeT-PlaGe), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Plateforme Génome & Transcriptome (GET), Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), and Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)
Subjects: [SDV.OT]Life Sciences [q-bio]/Other [q-bio.OT], microbiota, genetic, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Autre (Sciences du Vivant)
Abstract: International audience
Published: 2019

219. From genomics to metabolomics, moving toward an integrated strategy for the discovery of fungal secondary metabolites

Author: Isabelle P. Oswald, Emilien L. Jamin, Thaïs Hautbergue, Olivier Puel, Laurent Debrauwer, ToxAlim (ToxAlim), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, MetaboHUB, Analyse de Xénobiotiques, Identification, Métabolisme (E20 Metatoul-AXIOM), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-MetaToul-MetaboHUB, Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Biosynthèse & Toxicité des Mycotoxines (ToxAlim-BioToMyc), This study was co-funded by INRA and French Minister of Higher Education and Research in the context of a project supported by French National Agency of Research (ANR-15-CE21-0010-21Newmyco), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-MetaToul-MetaboHUB, Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), ANR-15-CE21-0010,Newmyco,Metabolome de deux contaminants fongiques du blé d'importance majeure: identification de nouveaux métabolites toxiques(2015), ANR-11-INBS-0010,METABOHUB,Développement d'une infrastructure française distribuée pour la métabolomique dédiée à l'innovation(2011), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-MetaboHUB-MetaToul, Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), OSWALD, Isabelle, Metabolome de deux contaminants fongiques du blé d'importance majeure: identification de nouveaux métabolites toxiques - - Newmyco2015 - ANR-15-CE21-0010 - AAPG2015 - VALID, and Développement d'une infrastructure française distribuée pour la métabolomique dédiée à l'innovation - - METABOHUB2011 - ANR-11-INBS-0010 - INBS - VALID
Subjects: Proteomics, 0301 basic medicine, MESH: Isotope Labeling, MESH: Genomics / methods, [SDV]Life Sciences [q-bio], Secondary Metabolism, Biochemistry, Gene Knockout Techniques, Drug Discovery, Data Mining, MESH: Gene Knockout Techniques, Animal health, Drug discovery, Culture environment, Genomics, MESH: Proteomics / methods, [SDV.TOX] Life Sciences [q-bio]/Toxicology, MESH: Secondary Metabolism, [SDV.TOX.TVM] Life Sciences [q-bio]/Toxicology/Vegetal toxicology and mycotoxicology, [SDV.TOX]Life Sciences [q-bio]/Toxicology, Isotope Labeling, Multigene Family, MESH: Genome, Fungal, Identification (biology), Genome, Fungal, MESH: Metabolomics / methods, Emerging technologies, [SDV.TOX.TVM]Life Sciences [q-bio]/Toxicology/Vegetal toxicology and mycotoxicology, [SDV.TOX.TCA]Life Sciences [q-bio]/Toxicology/Toxicology and food chain, Computational biology, Biology, 03 medical and health sciences, Metabolomics, MESH: Computer Simulation, MESH: Drug Discovery, Computer Simulation, MESH: Biological Products / metabolism, Secondary metabolism, MESH: Biological Products / isolation & purification, Biological Products, [SDV.BA.MVSA]Life Sciences [q-bio]/Animal biology/Veterinary medicine and animal Health, MESH: Fungi / metabolism, Organic Chemistry, [SDV.BA.MVSA] Life Sciences [q-bio]/Animal biology/Veterinary medicine and animal Health, Fungi, MESH: Fungi / genetics, MESH: Data Mining / methods, 030104 developmental biology, [SDV.TOX.TCA] Life Sciences [q-bio]/Toxicology/Toxicology and food chain, MESH: Multigene Family
Abstract: International audience; Fungal secondary metabolites are defined by bioactive properties that ensure adaptation of the fungus to its environment. Although some of these natural products are promising sources of new lead compounds especially for the pharmaceutical industry, others pose risks to human and animal health. The identification of secondary metabolites is critical to assessing both the utility and risks of these compounds. Since fungi present biological specificities different from other microorganisms, this review covers the different strategies specifically used in fungal studies to perform this critical identification. Strategies focused on the direct detection of the secondary metabolites are firstly reported. Particularly, advances in high-throughput untargeted metabolomics have led to the generation of large datasets whose exploitation and interpretation generally require bioinformatics tools. Then, the genome-based methods used to study the entire fungal metabolic potential are reported. Transcriptomic and proteomic tools used in the discovery of fungal secondary metabolites are presented as links between genomic methods and metabolomic experiments. Finally, the influence of the culture environment on the synthesis of secondary metabolites by fungi is highlighted as a major factor to consider in research on fungal secondary metabolites. Through this review, we seek to emphasize that the discovery of natural products should integrate all of these valuable tools. Attention is also drawn to emerging technologies that will certainly revolutionize fungal research and to the use of computational tools that are necessary but whose results should be interpreted carefully.
Published: 2018

220. The Solvent Dimethyl Sulfoxide Affects Physiology, Transcriptome and Secondary Metabolism of Aspergillus flavus

Author: Laura H. Costes, Yannick Lippi, Claire Naylies, Emilien L. Jamin, Clémence Genthon, Sylviane Bailly, Isabelle P. Oswald, Jean-Denis Bailly, Olivier Puel, ToxAlim (ToxAlim), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Transcriptomic impact of Xenobiotics (E23 TRiX), Plateforme Génome & Transcriptome (GET), Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-ToxAlim (ToxAlim), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Analyse de Xénobiotiques, Identification, Métabolisme (E20 Metatoul-AXIOM), MetaToul-MetaboHUB, Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Génome et Transcriptome - Plateforme Génomique ( GeT-PlaGe), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Biosynthèse & Toxicité des Mycotoxines (ToxAlim-BioToMyc), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), This research was funded by the région Occitanie-Pyrénées-Méditérranée (Biovalgatox and Mycofree by nature projects)., LESUR, Hélène, Metatoul AXIOM (E20 ), MetaboHUB-MetaToul, Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), and Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse)
Subjects: 2. Zero hunger, Microbiology (medical), secondary metabolism, aflatoxins, 0303 health sciences, QH301-705.5, 030306 microbiology, [SDV]Life Sciences [q-bio], dimethyl sulfoxide, Plant Science, cyclopiazonic acid, Article, ustiloxin B, [SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV.TOX] Life Sciences [q-bio]/Toxicology, DMSO, Aspergillus flavus, RNA-seq, 03 medical and health sciences, [SDV.TOX]Life Sciences [q-bio]/Toxicology, Biology (General), Ecology, Evolution, Behavior and Systematics, 030304 developmental biology
Abstract: Dimethyl sulfoxide (DSMO) is a simple molecule widely used because of its great solvating ability, but this solvent also has little-known biological effects, especially on fungi. Aspergillus flavus is a notorious pathogenic fungus which may contaminate a large variety of crops worldwide by producing aflatoxins, endangering at the same time food safety and international trade. The aim of this study was to characterize the effect of DMSO on A. flavus including developmental parameters such as germination and sporulation, as well as its transcriptome profile using high-throughput RNA-sequencing assay and its impact on secondary metabolism (SM). After DMSO exposure, A. flavus displayed depigmented conidia in a dose-dependent manner. The four-day exposition of cultures to two doses of DMSO, chosen on the basis of depigmentation intensity (35 mM “low” and 282 mM “high”), led to no significant impact on fungal growth, germination or sporulation. However, transcriptomic data analysis showed that 4891 genes were differentially regulated in response to DMSO (46% of studied transcripts). A total of 4650 genes were specifically regulated in response to the highest dose of DMSO, while only 19 genes were modulated upon exposure to the lowest dose. Secondary metabolites clusters genes were widely affected by the DMSO, with 91% of clusters impacted at the highest dose. Among these, aflatoxins, cyclopiazonic acid and ustiloxin B clusters were totally under-expressed. The genes belonging to the AFB1 cluster were the most negatively modulated ones, the two doses leading to 63% and 100% inhibition of the AFB1 production, respectively. The SM analysis also showed the disappearance of ustiloxin B and a 10-fold reduction of cyclopiazonic acid level when A. flavus was treated by the higher DMSO dose. In conclusion, the present study showed that DMSO impacted widely A. flavus’ transcriptome, including secondary metabolism gene clusters with the aflatoxins at the head of down-regulated ones. The solvent also inhibits conidial pigmentation, which could illustrate common regulatory mechanisms between aflatoxins and fungal pigment pathways. Because of its effect on major metabolites synthesis, DMSO should not be used as solvent especially in studies testing anti-aflatoxinogenic compounds.
Published: 2021

221. Prospects on the evolutionary mitogenomics of plants: A case study on the olive family (Oleaceae)

Author: Olivier Bouchez, Guillaume Besnard, Céline Van de Paer, Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Génome et Transcriptome - Plateforme Génomique (GeT-PlaGe), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Plateforme Génome & Transcriptome (GET), Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), and Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)
Subjects: 0301 basic medicine, cytoplasmic male sterility, [SDV.OT]Life Sciences [q-bio]/Other [q-bio.OT], Mitochondrial DNA, [SDV]Life Sciences [q-bio], Oleaceae, Lineage (evolution), Zoology, DNA, Mitochondrial, genome skimming metagenomic, Evolution, Molecular, 03 medical and health sciences, Chionanthus, Phylogenetics, Genetics, Genome, Chloroplast, olea europaea, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Phylogeny, Ecology, Evolution, Behavior and Systematics, mitogenome, biology, Phylogenetic tree, DNA, Chloroplast, 15. Life on land, plastome, biology.organism_classification, mtpt, 030104 developmental biology, Evolutionary biology, [SDE]Environmental Sciences, Genome, Mitochondrial, Oleeae, Metagenomics, Organelle inheritance, Biotechnology
Abstract: International audience; The mitogenome is rarely used to reconstruct the evolutionary history of plants, contrary to nuclear and plastid markers. Here, we evaluate the usefulness of mitochondrial DNA for molecular evolutionary studies in Oleaceae, in which cases of cytoplasmic male sterility (CMS) and of potentially contrasted organelle inheritance are known. We compare the diversity and the evolution of mitochondrial and chloroplast genomes by focusing on the olive complex and related genera. Using high-throughput techniques, we reconstructed complete mitogenomes (ca. 0.7Mb) and plastomes (ca. 156kb) for six olive accessions and one Chionanthus. A highly variable organization of mitogenomes was observed at the species level. In olive, two specific chimeric genes were identified in the mitogenome of lineage E3 and may be involved in CMS. Plastid-derived regions (mtpt) were observed in all reconstructed mitogenomes. Through phylogenetic reconstruction, we demonstrate that multiple integrations of mtpt regions have occurred in Oleaceae, but mtpt regions shared by all members of the olive complex derive from a common ancestor. We then assembled 52 conserved mitochondrial gene regions and complete plastomes of ten additional accessions belonging to tribes Oleeae, Fontanesieae and Forsythieae. Phylogenetic congruence between topologies based on mitochondrial regions and plastomes suggests a strong disequilibrium linkage between both organellar genomes. Finally, while phylogenetic reconstruction based on plastomes fails to resolve the evolutionary history of maternal olive lineages in the Mediterranean area, their phylogenetic relationships were successfully resolved with complete mitogenomes. Overall, our study demonstrates the great potential of using mitochondrial DNA in plant phylogeographic and metagenomic studies.
Published: 2017

222. Create, run, share, publish, and reference your LC–MS, FIA–MS, GC–MS, and NMR data analysis workflows with the Workflow4Metabolomics 3.0 Galaxy online infrastructure for metabolomics

Author: Cécile Canlet, Franck Giacomoni, Sophie Goulitquer, Jean-François Martin, Patrick Tardivel, Rémi Servien, Etienne A. Thévenot, Alexis Delabrière, Marie Tremblay-Franco, Yann Guitton, Mélanie Pétéra, Gildas Le Corguillé, Christophe Duperier, Pierrick Roger-Mele, Christophe Caron, Misharl Monsoor, Laboratoire d'étude des Résidus et Contaminants dans les Aliments (LABERCA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire, Agroalimentaire et de l'alimentation Nantes-Atlantique (ONIRIS), Institut de Recherche en Génie Civil et Mécanique (GeM), Université de Nantes - Faculté des Sciences et des Techniques, Université de Nantes (UN)-Université de Nantes (UN)-École Centrale de Nantes (ECN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), ToxAlim (ToxAlim), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), ABiMS - Informatique et bioinformatique = Analysis and Bioinformatics for Marine Science (FR2424), Station biologique de Roscoff (SBR), Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Unité de Nutrition Humaine (UNH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I (UdA)-Clermont Université, Plateforme d'Exploration du Métbolisme, MetaboHUB, Laboratoire d'analyse des données et d'intelligence des systèmes (LADIS), Département Métrologie Instrumentation & Information (DM2I), Laboratoire d'Intégration des Systèmes et des Technologies (LIST), Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Technologique (CEA) (DRT (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Technologique (CEA) (DRT (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Laboratoire d'Intégration des Systèmes et des Technologies (LIST), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Génétique, génomique fonctionnelle et biotechnologies (UMR 1078) (GGB), EFS-Université de Brest (UBO)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Brestois Santé Agro Matière (IBSAM), Université de Brest (UBO), Laboratoire Universitaire de Biodiversité et Ecologie Microbienne (LUBEM), Ingenum, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), ANR-11-INBS-0013/11-INBS-0013,ReNaBi-IFB,Institut français de bioinformatique(2011), ANR-11-INBS-0010/11-INBS-0010,METABOHUB,Développement d’une infrastructure française distribuée pour la métabolomique dédiée à l’innovation(2011), ANR-10-BTBR-04-01/10-BTBR-0004,IDEALG,IDEALG(2010), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École nationale vétérinaire, agroalimentaire et de l'alimentation Nantes-Atlantique (ONIRIS), Université de Nantes - UFR des Sciences et des Techniques (UN UFR ST), MetaToul AXIOM (E20), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INP - PURPAN), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-MetaboHUB-MetaToul, MetaboHUB-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-MetaboHUB-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), ABiMS - Informatique et bioinformatique = Analysis and Bioinformatics for Marine Science (ABIMS), Fédération de recherche de Roscoff (FR2424), Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Station biologique de Roscoff (SBR), Plateforme Exploration du Métabolisme (PFEM), MetaboHUB-Clermont, MetaboHUB-MetaboHUB-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020]), Laboratoire d'Intégration des Systèmes et des Technologies (LIST (CEA)), Direction de Recherche Technologique (CEA) (DRT (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Technologique (CEA) (DRT (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Laboratoire d'Intégration des Systèmes et des Technologies (LIST (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay, Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT), Laboratoire Sciences des Données et de la Décision (LS2D), French Institute of Bioinformatics (IFB) ANR-11-INBS-0013, French Infrastructure for Metabolomics and Fluxomics (MetaboHUB) ANR-11-INBS-0010, IDEALG project ANR-10-BTBR-04, ANR-11-INBS-0013,IFB (ex Renabi-IFB),Institut français de bioinformatique(2011), ANR-11-INBS-0010,METABOHUB,Développement d'une infrastructure française distribuée pour la métabolomique dédiée à l'innovation(2011), ANR-10-BTBR-0004,IDEALG,Biotechnologies pour la valorisation des macroalgues(2010), Analyse de Xénobiotiques, Identification, Métabolisme (E20 Metatoul-AXIOM), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-MetaToul-MetaboHUB, Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Laboratoire d'Intégration des Systèmes et des Technologies (LIST), Institut Brestois Santé Agro Matière (IBSAM), and Université de Brest (UBO)-Université de Brest (UBO)-EFS-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)
Subjects: MASS SPECTROMETRY, 0301 basic medicine, Web server, Magnetic Resonance Spectroscopy, Computer science, Data analysis, CHROMATOGRAPHY, spectrum analysis, Bioinformatics, computer.software_genre, Quantitative Biology - Quantitative Methods, Biochemistry, Workflow, 03 medical and health sciences, Annotation, Resource (project management), [SDV.BBM.GTP]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], Digital Object Identifier, Animals, Humans, Metabolomics, [INFO.INFO-DL]Computer Science [cs]/Digital Libraries [cs.DL], Preprocessor, signal processing, Quantitative Methods (q-bio.QM), Electronic Data Processing, ADULT URINARY METABOLOME, IDENTIFICATION, BIOINFORMATICS, MASS-SPECTROMETRY, Cell Biology, COMPUTATIONAL METABOLOMICS, Data science, GENOME, Galaxy, Identification (information), 030104 developmental biology, FOS: Biological sciences, WEB SERVER, E-infrastructure, [INFO.INFO-BI]Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM], computer, Software, REPOSITORY, STANDARDS
Abstract: Metabolomics is a key approach in modern functional genomics and systems biology. Due to the complexity of metabolomics data, the variety of experimental designs, and the variety of existing bioinformatics tools, providing experimenters with a simple and efficient resource to conduct comprehensive and rigorous analysis of their data is of utmost importance. In 2014, we launched the Workflow4Metabolomics (W4M, http://workflow4metabolomics.org) online infrastructure for metabolomics built on the Galaxy environment, which offers user-friendly features to build and run data analysis workflows including preprocessing, statistical analysis, and annotation steps. Here we present the new W4M 3.0 release, which contains twice as many tools as the first version, and provides two features which are, to our knowledge, unique among online resources. First, data from the four major metabolomics technologies (i.e., LC-MS, FIA-MS, GC-MS, and NMR) can be analyzed on a single platform. By using three studies in human physiology, alga evolution, and animal toxicology, we demonstrate how the 40 available tools can be easily combined to address biological issues. Second, the full analysis (including the workflow, the parameter values, the input data and output results) can be referenced with a permanent digital object identifier (DOI). Publication of data analyses is of major importance for robust and reproducible science. Furthermore, the publicly shared workflows are of high-value for e-learning and training. The Workflow4Metabolomics 3.0 e-infrastructure thus not only offers a unique online environment for analysis of data from the main metabolomics technologies, but it is also the first reference repository for metabolomics workflows., The International Journal of Biochemistry \& Cell Biology, Elsevier, 2017
Published: 2017

223. Effect of PR toxin on THP1 and Caco-2 cells: an in vitro study

Author: Nolwenn Hymery, Cécile Canlet, Monika Coton, H. Le Scouarnec, Souria Tadrist, Emmanuel Coton, Olivier Puel, Laboratoire Universitaire de Biodiversité et Ecologie Microbienne (LUBEM), Université de Brest (UBO), Biosynthèse & Toxicité des Mycotoxines (ToxAlim-BioToMyc), ToxAlim (ToxAlim), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Analyse de Xénobiotiques, Identification, Métabolisme (E20 Metatoul-AXIOM), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-MetaToul-MetaboHUB, Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-MetaToul-MetaboHUB, Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), and Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)
Subjects: 0301 basic medicine, Programmed cell death, Necrosis, 030106 microbiology, Penicillium roqueforti, Biology, Toxicology, mycotoxin, Microbiology, 03 medical and health sciences, Immune system, medicine, inflammatory gene expression, Cytotoxic T cell, Cytotoxicity, [SDV.MP.MYC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Mycology, apoptosis, Public Health, Environmental and Occupational Health, PR toxin, 3. Good health, 030104 developmental biology, Caco-2, Cell culture, Apoptosis, cytotoxicity, medicine.symptom, Food Science
Abstract: International audience; Penicillium roqueforti produces mycotoxins including PR toxin, which is a food and feed contaminant. In this study, PR toxin was purified from culture material of the Penicillium roqueforti F43-1 strain. Toxic effects were evaluated in undifferentiated human Caco-2 intestinal epithelial cells and THP-1 monocytic immune cells. To understand the mechanisms involved in PR-toxin toxicity, cell death and pro-inflammatory gene expression were studied. In addition, PR toxin degradation was assessed. Cytotoxicity studies showed a dose-dependent effect of PR toxin and the calculated mean cytotoxic concentration (IC50) concentrations were for Caco-2 and THP-1 cells >12.5 and 0.83 mu M, respectively. Gene expression studies showed that tumour necrosis factor-a expression was significantly increased after 24 h exposure to 312 mu M PR toxin. PR toxin induced necrosis on THP-1 cells after 3 h exposure. In the cell culture system, the PR toxin showed a 10-fold reduction in PR toxin concentration within 48 h, indicating that PR toxin was degraded by THP-1. To conclude, PR toxin appears to be one of the most cytotoxic P. roqueforti mycotoxins on Caco-2 and/or THP-1 cells and induces in THP-1 cells both necrosis and an inflammatory response.
Published: 2017

224. Autosomal and Mitochondrial Adaptation Following Admixture: A Case Study on the Honeybees of Reunion Island

Author: Wragg, David, Técher, Maéva Angélique, Canale-Tabet, Kamila, Basso, Benjamin, Bidanel, Jean Pierre, Labarthe, Emmanuelle, Bouchez, Olivier, Le Conte, Yves, Clémencet, Johanna, Delatte, Hélène, Vignal, Alain, Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT], Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Peuplements végétaux et bioagresseurs en milieu tropical (UMR PVBMT), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de La Réunion (UR), Université de La Réunion (UR), Ecology and Evolution Unit, Okinawa Institute of Science and Technology (OIST), Roslin Institute, University of Edinburgh, UMT Prade, Institut Technique et Scientifique de l'Apiculture et de la Pollinisation (ITSAP-Institut de l'Abeille), Association de Coordination Technique Agricole (ACTA), Association pour le Développement de l'Apiculture Provençale (ADAPI), Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Université Paris-Saclay, GeT PlaGe, Genotoul, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Abeilles et Environnement (AE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Avignon Université (AU), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Okinawa Institute of Science and Technology Graduate University (OIST), UR 406 Abeilles & Environnement, France AgriMer, Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-École nationale supérieure agronomique de Toulouse (ENSAT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT), Université de Toulouse (UT), The Roslin Institute, Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC), UMT Protection des abeilles dans l’environnement (UMT PrADE), Association pour le Developpement de l'Apiculture Provencale (ADAPI)-Institut de l'abeille (ITSAP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Terres Inovia-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Les instituts techniques agricoles (Acta), Association pour le Developpement de l'Apiculture Provencale (ADAPI), Génome et Transcriptome - Plateforme Génomique (GeT-PlaGe), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Plateforme Génome & Transcriptome (GET), Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), GenPhySE - UMR 1388 ( Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-ENVT, Institut National Polytechnique de Toulouse ( INPT ), Université de Toulouse, UMR PVBMT, Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement ( CIRAD ), Université de la Réunion ( UR ), Institut Technique et Scientifique de l'Apiculture et de la Pollinisation ( ITSAP-Institut de l'Abeille ), Association de Coordination Technique Agricole, Association pour le Développement de l'Apiculture Provençale ( ADAPI ), Génétique Animale et Biologie Intégrative ( GABI ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -AgroParisTech, Université Paris Saclay, Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ), Abeilles et Environnement ( AE ), Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -Université d'Avignon et des Pays de Vaucluse ( UAPV ), and Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3)
Subjects: Male, Acclimatization, [SDV]Life Sciences [q-bio], Genome, Insect, Évolution, adaptation, Apis mellifera mellifera, Génétique des populations, Apis mellifera scutellata, Marqueur génétique, insects, Introduction d'animaux, Genomics, Bees, Mitochondrie, Adaptation, Physiological, Mitochondria, [SDE]Environmental Sciences, Female, Apis mellifera, Apis mellifera ligustica, Research Article, Zone tropicale, Apis mellifera carnica, Séquence nucléotidique, DNA, Mitochondrial, Molecular Evolution, genomics/proteomics, Genetics, Animals, [INFO]Computer Science [cs], Adaptation, insect, molecular evolution, [SDV.GEN]Life Sciences [q-bio]/Genetics, Génome, [ SDV ] Life Sciences [q-bio], L60 - Taxonomie et géographie animales, L10 - Génétique et amélioration des animaux, [SDV.GEN.GA]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Animal genetics, Genome, Mitochondrial, Reunion
Abstract: The honeybee population of the tropical Reunion Island is a genetic admixture of the Apis mellifera unicolor subspecies, originally described in Madagascar, and of European subspecies, mainly A. m. carnica and A. m. ligustica , regularly imported to the island since the late 19th century. We took advantage of this population to study genetic admixing of the tropical-adapted indigenous and temperate-adapted European genetic backgrounds. Whole genome sequencing of 30 workers and 6 males from Reunion, compared with samples from Europe, Madagascar, Mauritius, Rodrigues, and the Seychelles, revealed the Reunion honeybee population to be composed on an average of 53.2 6 5.9% A. m. unicolor nuclear genomic background, the rest being mainly composed of A. m. carnica andtoalesserextent A. m. ligustica . In striking contrast to this, only 1 out of the 36 honeybees from Reunion had a mitochondrial genome of European origin, suggesting selection has favored the A. m. unicolor mitotype, which is possibly better adapted to the island’s bioclimate. Local ancestry was determined along the chromosomes for all Reunion samples, and a test for preferential selection for the A. m. unicolor or European background revealed 15 regions significantly associated with the A. m. unicolor lineage and 9 regions with the European lineage. Our results provide insights into the long- term consequences of introducing exotic specimen on the nuclear and mitochondrial genomes of locally adapted populations
Published: 2017

225. Pathway analysis in metabolomics: Recommendations for the use of over-representation analysis

Author: Pablo Rodriguez-Mier, Cecilia Wieder, Fabien Jourdan, Nathalie Poupin, Rachel P. J. Lai, Timothy M. D. Ebbels, Clément Frainay, Florence Vinson, Jacob G. Bundy, Juliette Cooke, Imperial College London, Métabolisme et Xénobiotiques (ToxAlim-MeX), ToxAlim (ToxAlim), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Métabolomique et Fluxomique (MetaToul) (TBI-MetaToul), MetaToul-MetaboHUB, Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Toulouse Biotechnology Institute (TBI), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), This research was funded in whole, or in part, by the Wellcome Trust [222837/Z/21/Z]. CW is supported by a Wellcome Trust PhD Studentship [222837/Z/21/Z]. RPJL receives support from the UK Medical Research Council (MR/R008922/1). JC is supported by a state-funded PhD contract (MESRI (Minister of Higher Education, Research and Innovation)). FJ is supported by the French Ministry of Research and National Research Agency as part of the French MetaboHUB, the national metabolomics and fluxomics infrastructure (Grant ANR-INBS-0010), and MetClassNet project (ANR-19-CE45-0021 and DFG: 431572533), ANR-19-CE45-0021,MetClassNet,Nouvelles approches pour combiner les réseaux métaboliques et la métabolomique non ciblée(2019), ANR-11-INBS-0010,METABOHUB,Développement d'une infrastructure française distribuée pour la métabolomique dédiée à l'innovation(2011), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INP - PURPAN), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), MetaToul FluxoMet (TBI-MetaToul), MetaboHUB-MetaToul, MetaboHUB-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-MetaboHUB-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Toulouse Biotechnology Institute (TBI), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), LESUR, Hélène, Nouvelles approches pour combiner les réseaux métaboliques et la métabolomique non ciblée - - MetClassNet2019 - ANR-19-CE45-0021 - AAPG2019 - VALID, Développement d'une infrastructure française distribuée pour la métabolomique dédiée à l'innovation - - METABOHUB2011 - ANR-11-INBS-0010 - INBS - VALID, Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Toulouse Biotechnology Institute (TBI), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), and Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)
Subjects: Physiology, Computer science, [SDV]Life Sciences [q-bio], Datasets as Topic, Biochemistry, 0302 clinical medicine, Metabolites, Biology (General), Protein Metabolism, 0303 health sciences, Ecology, Genomics, Pathway analysis, 3. Good health, [SDV] Life Sciences [q-bio], Chemistry, Identification (information), Physiological Parameters, Computational Theory and Mathematics, 030220 oncology & carcinogenesis, Modeling and Simulation, Physical Sciences, Metabolic Pathways, Selection method, Transcriptome Analysis, Metabolic Networks and Pathways, Network Analysis, Research Article, Chemical Elements, Computer and Information Sciences, QH301-705.5, MEDLINE, Computational biology, Over representation, Metabolic Networks, 03 medical and health sciences, Cellular and Molecular Neuroscience, Metabolomics, Genetics, KEGG, Set (psychology), Molecular Biology, Ecology, Evolution, Behavior and Systematics, 030304 developmental biology, Body Weight, Computational Biology, Reproducibility of Results, Biology and Life Sciences, Genome Analysis, Metabolism
Abstract: Over-representation analysis (ORA) is one of the commonest pathway analysis approaches used for the functional interpretation of metabolomics datasets. Despite the widespread use of ORA in metabolomics, the community lacks guidelines detailing its best-practice use. Many factors have a pronounced impact on the results, but to date their effects have received little systematic attention. Using five publicly available datasets, we demonstrated that changes in parameters such as the background set, differential metabolite selection methods, and pathway database used can result in profoundly different ORA results. The use of a non-assay-specific background set, for example, resulted in large numbers of false-positive pathways. Pathway database choice, evaluated using three of the most popular metabolic pathway databases (KEGG, Reactome, and BioCyc), led to vastly different results in both the number and function of significantly enriched pathways. Factors that are specific to metabolomics data, such as the reliability of compound identification and the chemical bias of different analytical platforms also impacted ORA results. Simulated metabolite misidentification rates as low as 4% resulted in both gain of false-positive pathways and loss of truly significant pathways across all datasets. Our results have several practical implications for ORA users, as well as those using alternative pathway analysis methods. We offer a set of recommendations for the use of ORA in metabolomics, alongside a set of minimal reporting guidelines, as a first step towards the standardisation of pathway analysis in metabolomics., Author summary Metabolomics is a rapidly growing field of study involving the profiling of small molecules within an organism. It allows researchers to understand the effects of biological status (such as health or disease) on cellular biochemistry, and has wide-ranging applications, from biomarker discovery and personalised medicine in healthcare to crop protection and food security in agriculture. Pathway analysis helps to understand which biological pathways, representing collections of molecules performing a particular function, may be involved in response to a disease phenotype, or drug treatment, for example. Over-representation analysis (ORA) is perhaps the most common pathway analysis method used in the metabolomics community. However, ORA can give drastically different results depending on the input data and parameters used. Here, we have established the effects of these factors on ORA results using computational modifications applied to five real-world datasets. Based on our results, we offer the research community a set of best-practice recommendations applicable not only to ORA but also to other pathway analysis methods to help ensure the reliability and reproducibility of results.
Published: 2021

226. Untargeted Lipidomic Profiling of Dry Blood Spots Using SFC-HRMS

Author: Pauline Le Faouder, Julia Soullier, Jean-François Martin, Marie Tremblay-Franco, Sylvie Caspar-Bauguil, Justine Bertrand-Michel, Anthony Tournadre, Caroline Carlé, Pierre-Damien Denechaud, Yann Guitton, Institut des Maladies Métaboliques et Cardiovasculaires (I2MC), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), ToxAlim (ToxAlim), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INP - PURPAN), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Metatoul AXIOM (E20 ), MetaboHUB-MetaToul, MetaboHUB-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-MetaboHUB-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-ToxAlim (ToxAlim), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INP - PURPAN), MetaToul FluxoMet (TBI-MetaToul), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Toulouse Biotechnology Institute (TBI), Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Laboratoire d'étude des Résidus et Contaminants dans les Aliments (LABERCA), École nationale vétérinaire, agroalimentaire et de l'alimentation Nantes-Atlantique (ONIRIS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse), The work in our laboratory was supported by the Institut National de la Sante et de la Research Medicale (INSERM), the Institut of Cardiovascular and Metabolic Disease (I2MC), MetaboHUB-ANR-11-INBS-0010, Contrat Plan Etat region (CPER), and Region Occitanie., Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Analyse de Xénobiotiques, Identification, Métabolisme (E20 Metatoul-AXIOM), MetaToul-MetaboHUB, Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-ToxAlim (ToxAlim), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Métabolomique et Fluxomique (MetaToul) (TBI-MetaToul), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Toulouse Biotechnology Institute (TBI), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Ecole Nationale Vétérinaire, Agroalimentaire et de l'alimentation Nantes-Atlantique (ONIRIS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Hôpital Purpan [Toulouse], CHU Toulouse [Toulouse], Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-ToxAlim (ToxAlim), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Toulouse Biotechnology Institute (TBI), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), and LESUR, Hélène
Subjects: 0301 basic medicine, Cell signaling, Plasma 3, [SDV]Life Sciences [q-bio], Endocrinology, Diabetes and Metabolism, MESH: Supercritical Fluids Chromatography 3, Mass spectrometry, Microbiology, 01 natural sciences, Biochemistry, Article, MESH: Plasma 3, 03 medical and health sciences, Molecular Biology, Lipid raft, Whole blood, Profiling (computer programming), Chromatography, Spots, MESH: Dry Blood Spot 4, Chemistry, 010401 analytical chemistry, MESH: lipidomic 1, Sphingolipid, QR1-502, 3. Good health, 0104 chemical sciences, [SDV] Life Sciences [q-bio], Supercritical Fluids Chromatography 3, 030104 developmental biology, Dry Blood Spot 4, Lipidomic 1, Supercritical fluid chromatography, lipids (amino acids, peptides, and proteins)
Abstract: International audience; Lipids are essential cellular constituents that have many critical roles in physiological functions. They are notably involved in energy storage and cell signaling as second messengers, and they are major constituents of cell membranes, including lipid rafts. As a consequence, they are implicated in a large number of heterogeneous diseases, such as cancer, diabetes, neurological disorders, and inherited metabolic diseases. Due to the high structural diversity and complexity of lipid species, the presence of isomeric and isobaric lipid species, and their occurrence at a large concentration scale, a complete lipidomic profiling of biological matrices remains challenging, especially in clinical contexts. Using supercritical fluid chromatography coupled with high-resolution mass spectrometry, we have developed and validated an untargeted lipidomic approach to the profiling of plasma and blood. Moreover, we have tested the technique using the Dry Blood Spot (DBS) method and found that it allows for the easy collection of blood for analysis. To develop the method, we performed the optimization of the separation and detection of lipid species on pure standards, reference human plasma (SRM1950), whole blood, and DBS. These analyses allowed an in-house lipid data bank to be built. Using the MS-Dial software, we developed an automatic process for the relative quantification of around 500 lipids species belonging to the 6 main classes of lipids (including phospholipids, sphingolipids, free fatty acids, sterols, and fatty acyl-carnitines). Then, we compared the method using the published data for SRM 1950 and a mouse blood sample, along with another sample of the same blood collected using the DBS method. In this study, we provided a method for blood lipidomic profiling that can be used for the easy sampling of dry blood spots.
Published: 2021

227. Exploring the Glucose Fluxotype of the E. coli y-ome Using High-Resolution Fluxomics

Author: Brice Enjalbert, Maxime Chazalviel, Tony Lionel Palama, Lara Gales, Noemie Butin, Hanna Kulyk, Jean-Charles Portais, Cécilia Bergès, Floriant Bellvert, Serguei Sokol, Matthieu Guionnet, Pierre Millard, Stéphanie Heux, Lindsay Peyriga, Maud Heuillet, Edern Cahoreau, Mickael Dinclaux, Toulouse Biotechnology Institute (TBI), Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Métabolomique et Fluxomique (MetaToul) (TBI-MetaToul), MetaToul-MetaboHUB, Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Toulouse Biotechnology Institute (TBI), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Geroscience and rejuvenation research center (RESTORE), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-EFS-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), ToxAlim (ToxAlim), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), MetaToul-MetaboHUB, National Infrastructure of Metabolomics & Fluxomics (ANR-11-INBS-0010),31077 Toulouse, France, ANR-11-INBS-0010,METABOHUB,Développement d'une infrastructure française distribuée pour la métabolomique dédiée à l'innovation(2011), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), MetaToul FluxoMet (TBI-MetaToul), MetaboHUB-MetaToul, MetaboHUB-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-MetaboHUB-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Toulouse Biotechnology Institute (TBI), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-EFS-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Toulouse (UT)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INP - PURPAN), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), LESUR, Hélène, Développement d'une infrastructure française distribuée pour la métabolomique dédiée à l'innovation - - METABOHUB2011 - ANR-11-INBS-0010 - INBS - VALID, Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Toulouse Biotechnology Institute (TBI), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), and Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)
Subjects: 0301 basic medicine, Computer science, [SDV]Life Sciences [q-bio], Endocrinology, Diabetes and Metabolism, High resolution, high throughput, Computational biology, E. coli, Central carbon metabolism, Microbiology, fluxomics, Biochemistry, y-ome phenotyping, 03 medical and health sciences, Molecular Biology, Fluxomics, Carbon flux, Metabolic function, 030102 biochemistry & molecular biology, Robustness (evolution), QR1-502, [SDV] Life Sciences [q-bio], 030104 developmental biology, Workflow, high-resolution fluxotyping, Large strain
Abstract: International audience; We have developed a robust workflow to measure high-resolution fluxotypes (metabolic flux phenotypes) for large strain libraries under fully controlled growth conditions. This was achieved by optimizing and automating the whole high-throughput fluxomics process and integrating all relevant software tools. This workflow allowed us to obtain highly detailed maps of carbon fluxes in the central carbon metabolism in a fully automated manner. It was applied to investigate the glucose fluxotypes of 180 Escherichia coli strains deleted for y-genes. Since the products of these y-genes potentially play a role in a variety of metabolic processes, the experiments were designed to be agnostic as to their potential metabolic impact. The obtained data highlight the robustness of E. coli’s central metabolism to y-gene deletion. For two y-genes, deletion resulted in significant changes in carbon and energy fluxes, demonstrating the involvement of the corresponding y-gene products in metabolic function or regulation. This work also introduces novel metrics to measure the actual scope and quality of high-throughput fluxomics investigations.
Published: 2021

228. Correction to: Common bean resistance to Xanthomonas is associated with upregulation of the salicylic acid pathway and downregulation of photosynthesis

Author: Justine Foucher, Mylène Ruh, Anne Préveaux, Sébastien Carrère, Sandra Pelletier, Martial Briand, Rémy-Félix Serre, Marie-Agnès Jacques, Nicolas W. G. Chen, Institut de Recherche en Horticulture et Semences (IRHS), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Université d'Angers (UA), Laboratoire des interactions plantes micro-organismes (LIPM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Génome et Transcriptome - Plateforme Génomique ( GeT-PlaGe), Plateforme Génome & Transcriptome (GET), Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), and Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)
Subjects: 0106 biological sciences, 0303 health sciences, lcsh:QH426-470, lcsh:Biotechnology, Correction, ComputingMilieux_LEGALASPECTSOFCOMPUTING, ComputerApplications_COMPUTERSINOTHERSYSTEMS, Hardware_PERFORMANCEANDRELIABILITY, 01 natural sciences, 03 medical and health sciences, [SDV.BV.AP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Plant breeding, lcsh:Genetics, lcsh:TP248.13-248.65, Genetics, Hardware_INTEGRATEDCIRCUITS, 030304 developmental biology, 010606 plant biology & botany, Biotechnology
Abstract: International audience; An amendment to this paper has been published and can be accessed via the original article.
Published: 2020

229. Patulin transformation products and last intermediates in its biosynthetic pathway, E- and Z-ascladiol, are not toxic to human cells

Author: Joanna Tannous, Isabelle P. Oswald, Thierry Gauthier, Rhoda El Khoury, Cécile Canlet, Philippe Pinton, Selma P. Snini, Ali Atoui, André El Khoury, Ting Zhou, Roger Lteif, Yannick Lippi, Olivier Puel, Imourana Alassane-Kpembi, ToxAlim (ToxAlim), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Faculté des Sciences, Centre d’Analyses et de Recherches, Université Saint-Joseph de Beyrouth (USJ), Analyse de Xénobiotiques, Identification, Métabolisme (E20 Metatoul-AXIOM), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-MetaToul-MetaboHUB, Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Biosynthèse & Toxicité des Mycotoxines (ToxAlim-BioToMyc), Transcriptomic impact of Xenobiotics (E23 TRiX), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Plateforme Génome & Transcriptome (GET), Contaminants & Stress Cellulaire (ToxAlim-COMICS), Lebanese Atomic Energy Commission, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Faculty of Sciences, Laboratory of Microbiology, Department of Biology, Lebanese University [Beirut] (LU), Guelph Research and Development Center, Agriculture and Agri-Food [Ottawa] (AAFC), project CASDAR AAP RT 2015 No. 1523, Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-MetaToul-MetaboHUB, Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Plateforme Génome & Transcriptome (GET), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), and Lebanese University [Beirut]
Subjects: 0301 basic medicine, penicillium expansum, Cell Survival, [SDV]Life Sciences [q-bio], Health, Toxicology and Mutagenesis, Genes, Fungal, 030106 microbiology, Mutant, toxicologie alimentaire, HL-60 Cells, Biology, Toxicology, Patulin, 03 medical and health sciences, chemistry.chemical_compound, Isomerism, Humans, Furans, Cytotoxicity, Mycotoxin, Dose-Response Relationship, Drug, ATP synthase, Microarray analysis techniques, Penicillium, patulin synthase, patuline, Hep G2 Cells, General Medicine, biology.organism_classification, patE gene, HEK293 Cells, 030104 developmental biology, chemistry, Biochemistry, Organ Specificity, Cell culture, biology.protein, cytotoxicity, microarray analysis, Caco-2 Cells, Penicillium expansum, ascladiol, Gene Deletion
Abstract: Patulin is the main mycotoxin contaminating apples. During the brewing of alcoholic beverages, this mycotoxin is degraded to ascladiol, which is also the last precursor of patulin. The present study aims (1) to characterize the last step of the patulin biosynthetic pathway and (2) to describe the toxicity of ascladiol. A patE deletion mutant was generated in Penicillium expansum. In contrast to the wild strain, this mutant does not produce patulin but accumulates high levels of E-ascladiol with few traces of Z-ascladiol. This confirms that patE encodes the patulin synthase involved in the conversion of E-ascladiol to patulin. After purification, cytotoxicities of patulin and E- and Z-ascladiol were investigated on human cell lines from liver, kidney, intestine, and immune system. Patulin was cytotoxic for these four cell lines in a dose-dependent manner. By contrast, both E- and Z-ascladiol were devoid of cytotoxicity. Microarray analyses on human intestinal cells treated with patulin and E-ascladiol showed that the latter, unlike patulin, did not alter the whole human transcription. These results demonstrate that E- and Z-ascladiol are not toxic and therefore patulin detoxification strategies leading to the accumulation of ascladiol are good approaches to limit the patulin risk.
Published: 2016

230. Experimental evolution of rhizobia may lead to either extra- or intracellular symbiotic adaptation depending on the selection regime

Author: Stéphane Cruveiller, Carine Gris, Delphine Capela, Alain Jauneau, Catherine Masson-Boivin, Camille Clerissi, Marta Marchetti, Yasmine Yousfi, Olivier Bouchez, Eduardo P. C. Rocha, Laboratoire des interactions plantes micro-organismes (LIPM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Génomique évolutive des Microbes / Microbial Evolutionary Genomics, Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Génome et Transcriptome - Plateforme Génomique (GeT-PlaGe), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Plateforme Génome & Transcriptome (GET), Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Génomique métabolique (UMR 8030), Genoscope - Centre national de séquençage [Evry] (GENOSCOPE), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), UPS - Fédération de Recherches Agrobiosciences, Interaction, Biodiversity Plateforme d'Imagerie, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), French National Research Agency : ANR-12-ADAP-0014-01, French Laboratory of Excellence project 'TULIP' : ANR-10-LABX-41, ANR-11-IDEX-0002-02, France Genomique National Infrastructure : ANR-10-INBS-09, ANR-12-ADAP-0014,SHAPE,Design de nouveaux rhizobia par évolution expérimentale: vers une compréhension de l'adaptation des bactéries à l'environnement plante(2012), ANR-11-IDEX-0002,UNITI,Université Fédérale de Toulouse(2011), ANR-10-INBS-0009,France-Génomique,Organisation et montée en puissance d'une Infrastructure Nationale de Génomique(2010), European Project: 281605,EC:FP7:ERC,ERC-2011-StG_20101109,EVOMOBILOME(2012), Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-École nationale supérieure agronomique de Toulouse (ENSAT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Pasteur [Paris], Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT], GeT PlaGe, Genotoul, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), ANR-11-IDEX-0002-02/10-LABX-0041,TULIP,Towards a Unified theory of biotic Interactions: the roLe of environmental(2011), ANR-10-INBS-09-01/10-INBS-0009,France-Génomique,Organisation et montée en puissance d'une Infrastructure Nationale de Génomique(2010), and Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)
Subjects: 0301 basic medicine, Mimosa, Root nodule, [SDV]Life Sciences [q-bio], 030106 microbiology, extracellular, adaptation, rhizobia, Plant Root Nodulation, Plant Roots, Rhizobia, rhizobium, 03 medical and health sciences, Symbiosis, [SDV.BBM.GTP]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], Botany, Genetics, experimental evolution, Ecology, Evolution, Behavior and Systematics, Selection (genetic algorithm), Experimental evolution, biology, Cupriavidus taiwanensis, Cupriavidus, infection cellulaire, fungi, 15. Life on land, évolution expérimentale, biology.organism_classification, Adaptation, Physiological, Biological Evolution, intracellular, Phenotype, symbiosis, Eukariota, 030104 developmental biology, Evolutionary biology, Ralstonia solanacearum, Adaptation, Plasmids
Abstract: Special Issue: Microbial Local Adaptation; Experimental evolution is a powerful approach to study the process of adaptation to new environments, including the colonization of eukaryotic hosts. Facultative endosymbionts, including pathogens and mutualists, face changing and spatially structured environments during the symbiotic process, which impose diverse selection pressures. Here, we provide evidence that different selection regimes, involving different times spent in the plant environment, can result in either intra- or extracellular symbiotic adaptations. In previous work, we introduced the symbiotic plasmid of Cupriavidus taiwanensis, the rhizobial symbiont of Mimosa pudica, into the phytopathogen Ralstonia solanacearum and selected three variants able to form root nodules on M. pudica, two (CBM212 and CBM349) being able to rudimentarily infect nodule cells and the third one (CBM356) only capable of extracellular infection of nodules. Each nodulating ancestor was further challenged to evolve using serial ex planta-in planta cycles of either 21 (three short-cycle lineages) or 42 days (three long-cycle lineages). In this study, we compared the phenotype of the 18 final evolved clones. Evolution through short and long cycles resulted in similar adaptive paths on lineages deriving from the two intracellularly infectious ancestors, CBM212 and CBM349. In contrast, only short cycles allowed a stable acquisition of intracellular infection in lineages deriving from the extracellularly infecting ancestor, CBM356. Long cycles, instead, favoured improvement of extracellular infection. Our work highlights the importance of the selection regime in shaping desired traits during host-mediated selection experiments.
Published: 2016

231. Sex chromosome evolution in Poeciliid fish

Author: Schartl, Manfred, Feron, Romain, Santacruz Roco, Alvaro, Kneitz, Susanne, Kottler, Verena A., Kang, Du, Adolfi, Mateus C., Roques, Céline, Klopp, Christophe, Guiguen, Yann, Physiological Chemistry, Biocenter, Julius-Maximilians-Universität Würzburg [Wurtzbourg, Allemagne] (JMU), Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons (LPGP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Génome et Transcriptome - Plateforme Génomique (GeT-PlaGe), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Plateforme Génome & Transcriptome (GET), Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Unité de Mathématiques et Informatique Appliquées de Toulouse (MIAT INRA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Leibniz Institute of Freshwater Ecology and Inland Fisheries (IGB). DEU., Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), and Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse)
Subjects: poecilidae, reproduction, détermination du sexe, [SDV.GEN]Life Sciences [q-bio]/Genetics, [SDV.GEN.GA]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Animal genetics, poisson, [SDV]Life Sciences [q-bio], séquençage du génome complet, chromosome sexuel, [INFO]Computer Science [cs], [MATH]Mathematics [math], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, expression des gènes
Abstract: International audience
Published: 2019

232. Profilage lipidomique des oxylipines pour mieux caractériser le syndrome cardiométabolique et ses liens avec l’alimentation

Author: Dalle, Céline, Mainka, Malwina, Dalloux-Chioccioli, Jessica, Ostermann, Annika I, Rothe, Michael, Newman, John.W., Bertrand-Michel, Justine, Schebb, C, Gladine, Cécile, Unité de Nutrition Humaine (UNH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020]), Faculty of Mathematics and Natural Sciences, University of Wuppertal, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, MetaToul-MetaboHUB, Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Lipidomix GMBH, USDA Western Human Nutrition Research Center, UCDavis (UCD), Unité de Nutrition Humaine - Clermont Auvergne (UNH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne (UCA), Plateforme MetaToul, Université de Toulouse (UT), MetaboHUB-MetaToul, MetaboHUB-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), and ProdInra, Archive Ouverte
Subjects: comparaison interlaboratoires, oxylipines, [SDV.AEN] Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, alimentation, lipidomique ciblée, syndrome cardiométabolique, [SDV.AEN]Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition
Abstract: Session IV: Obésité (Modérateurs : K. Couturier et J.A. Nazare) Session IV: Obésité (Modérateurs : K. Couturier et J.A. Nazare)Session IV: Obésité (Modérateurs : K. Couturier et J.A. Nazare); Le syndrome cardiométabolique est un désordre complexe et progressif qui constitue un facteur de risque significatif de maladies cardiovasculaires et de diabète de type II. Il se caractérise par l’association d’au moins trois anomalies incluant un tour de taille élevé, une pression sanguine haute, une hyperglycémie, une hypertriglycéridémie et un taux faible de HDL-cholestérol. Le diagnostic et la prise en charge du syndrome cardiométabolique reste insatisfaisant car il est souvent trop tardif et pas assez intégratif. Les oxylipines, métabolites issus de l’oxygénation des acides gras polyinsaturés, sont des médiateurs lipidiques impliqués dans la régulation de nombreux processus biologiques en lien avec le développement du syndrome cardiométabolique. Par ailleurs, la synthèse des oxylipines est modulable par l’alimentation. Dans le cadre du projet JPI-HDHL OXYGENATE, nous avons émis l’hypothèse que la signature d’oxylipines pourrait permettre d’identifier des perturbations précoces du statut cardiométabolique et pourrait aider à suivre l’effet d’une intervention nutritionnelle sur la prise en charge du syndrome cardiométabolique. Le projet OXYGENATE a pour but d’identifier et valider les signatures d’oxylipines caractéristiques du statut cardiométabolique et de son évolution.
Published: 2019

233. Characterisation of the genotype of honey bee colonies from pool sequences

Author: Sonia Eynard, Christina Sann, Fanny Mondet, Benjamin Basso, Kamila Canale-Tabet, Rachid Mahla, Olivier Bouchez, Yves Le Conte, Yannick Poquet, Florence Phocas, François Guillaume, Axel Decourtye, Lucie Genestout, Alain Vignal, Bertrand Servin, Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Laboratoire d'Analyse Génétique pour les Espèces Animales (LABOGENA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Abeilles & Environnement (UR 406 ), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut Technique et Scientifique de l'Apiculture et de la Pollinisation (ITSAP-Institut de l'Abeille), Génome et Transcriptome - Plateforme Génomique (GeT-PlaGe), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Plateforme Génome & Transcriptome (GET), Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, EVOLUTION, BeeStrong, Abeilles et environnement (AE), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), and Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3)
Subjects: [SDV.OT]Life Sciences [q-bio]/Other [q-bio.OT], genotype, fungi, behavior and behavior mechanisms, pool sequence, honeybee
Abstract: International audience; Characterising the genetic diversity of populations allows to better understand their demographic history and their adaptation to selective pressures. In honey bees, this characterisation is facilitated by a relatively small genome size, but is hindered by the fact that often the unit of observation and sampling is the colony rather than a single individual. Moreover, performing large scale genetic analyses of honey bees is a real challenge, due to the specific reproduction mechanism including multi-male insemination, making the genotype of a bee colony a mixture of contribution from the queen and the mating drones. In this work we propose an approach to characterise the genotype of a colony based on pool sequencing of worker bees. We introduce statistical models for the analysis of pool sequence data allowing to reconstruct jointly individual queen genotypes of colonies and allele frequencies in bee populations. We demonstrate the performance of our approach using data on 1500 colonies collected throughout three years within the FranceAgriMer funded, BeeStrong project. Population admixture, in terms of queen sub-species composition, validation was accomplished using information on geographical and sociological organisation of the beekeepers. In addition to a better understanding of the population dynamics of honey bees, our approach to genotyping bee colonies promises to facilitate the genetic analysis of complex traits, and can be used for genome wide association studies on phenotypes of interests, for instance to assess Varroa resistance in honey bee populations.
Published: 2019

234. Functional analysis of isoprenoid precursors biosynthesis by quantitative metabolomics and isotopologue profiling

Author: Pierre Millard, Jean-Charles Portais, Hanna Kulyk-Barbier, Stéphanie Heux, Floriant Bellvert, Gilles Truan, Sara Castaño-Cerezo, Toulouse Biotechnology Institute (TBI), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Métabolomique et Fluxomique (MetaToul) (TBI-MetaToul), Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Laboratoire d'Ingénierie des Systèmes Biologiques et des Procédés (LISBP), Axiom Platform - MetaToul-MetaboHUB, National Infrastructure for Metabolomics and Fluxomics, Analyse de Xénobiotiques, Identification, Métabolisme (E20 Metatoul-AXIOM), ToxAlim (ToxAlim), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-MetaToul-MetaboHUB, Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), ANR-16-CE11-0022,ENZINVIVO,Détermination in vivo des paramètres enzymatiques dans une voie métabolique synthétique(2016), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), MetaToul AXIOM (E20), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INP - PURPAN), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-MetaboHUB-MetaToul, MetaboHUB-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-MetaboHUB-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), and Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)
Subjects: Neoprene, Isotope labeling experiments, [SDV.BIO]Life Sciences [q-bio]/Biotechnology, Endocrinology, Diabetes and Metabolism, Systems biology, [SDV]Life Sciences [q-bio], Clinical Biochemistry, Saccharomyces cerevisiae, Mevalonic Acid, Computational biology, 01 natural sciences, Biochemistry, Gas Chromatography-Mass Spectrometry, 03 medical and health sciences, chemistry.chemical_compound, Phytoene, Metabolomics, Prenylation, [CHIM.ANAL]Chemical Sciences/Analytical chemistry, Isotopologue, 030304 developmental biology, 0303 health sciences, biology, Mass spectrometry, Terpenes, 010401 analytical chemistry, biology.organism_classification, Isoprenoids, Yeast, 3. Good health, 0104 chemical sciences, Diphosphates, chemistry, Metabolome, Original Article, Sample collection
Abstract: Introduction Isoprenoids are amongst the most abundant and diverse biological molecules and are involved in a broad range of biological functions. Functional understanding of their biosynthesis is thus key in many fundamental and applicative fields, including systems biology, medicine and biotechnology. However, available methods do not yet allow accurate quantification and tracing of stable isotopes incorporation for all the isoprenoids precursors. Objectives We developed and validated a complete methodology for quantitative metabolomics and isotopologue profiling of isoprenoid precursors in the yeast Saccharomyces cerevisiae. Methods This workflow covers all the experimental and computational steps from sample collection and preparation to data acquisition and processing. It also includes a novel quantification method based on liquid chromatography coupled to high-resolution mass spectrometry. Method validation followed the Metabolomics Standards Initiative guidelines. Results This workflow ensures accurate absolute quantification (RSD
Published: 2019

235. Molecular characterization of transgenerational epigenetic phenomena after genistein exposure in quail

Author: Sophie Leroux, Marie Jérémie, David Gourichon, Vincent Coustham, Tatiana Zerjal, Mireille Morisson, Olivier Bouchez, Sylvain Foissac, Frédérique Pitel, Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Pôle d'Expérimentation Avicole de Tours (UE PEAT), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Biologie des Oiseaux et Aviculture (BOA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Tours (UT), Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Génome et Transcriptome - Plateforme Génomique (GeT-PlaGe), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Plateforme Génome & Transcriptome (GET), Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Tours, Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), and Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)
Subjects: [SDV.OT]Life Sciences [q-bio]/Other [q-bio.OT], genetic, genome, epigenetic
Abstract: International audience; Knowledge about transgenerational inheritance in birds is still poor. In a pilot study, we demonstrated that some effects induced by environmental stressors were transmitted over three generations, in Japanese quail (Coturnix japonica) [1]. Two "epilines" of quail (Epi + and Epi-) were produced using fertilized eggs from the same founder population, a quail line from a divergent selection on a behavioral trait, social motivation. A methylation modifier (Genistein) was injected (Epi +) or not (Epi-) before incubation. After 3 parallel generations of intra-line reproduction, without any other injection, several traits were affected by the ancestors treatment, including both reproduction (e.g. age at first egg delayed for 8 days) and behavioral traits. The mating strategy and the number of founders used allowed us to minimize the genetic variation between lines, which could have explained the phenotypic differences observed, and to test the existence of a transgenerational transmission of the effects of the environment. This study aims to complement the previous phenotypic analysis with molecular analyzes. The objective is to test the hypothesis of an epigenetic cause of the observed phenotypic variations, by characterizing the genomic regions with significant methylation differences between the animals derived from injected ancestors and the animals from control ancestors. A complementary analysis of the polymorphisms observed between the two epilines should make it possible to discern the epigenetic variability due to the treatment of the ancestors from that due to the possible genetic differences between the two epilines, these genetic variants being possibly linked to the initial treatment [2] or derived from genetic drift. The DNA was extracted from the blood of 24 G3 animals (6 males and 6 females per epiline) and analyzed by Whole Genome Bisulfite Sequencing (WGBS). An average of about 77 million reads per individual were obtained, corresponding to an average depth of 12X per position, per individual. Analyzes are underway with a pipeline based on standard tools (Bismark, methylKit, DSS). In parallel, the DNA of the same individuals was extracted from the gonads, in order to perform global methylation studies using the LUMA technique (LUminometric Methylation Assay). These analyzes did not show any difference in methylation levels between the two epilines but it showed a difference of the methylation rate between males and females.
Published: 2019

236. Identification of the master sex determining gene in Northern pike (Esox lucius) reveals restricted sex chromosome differentiation

Author: Amaury Herpin, Ming Wen, Jean-Paul Concordet, Julien Bobe, Jean-Mickael Busnel, René Guyomard, Estelle Vigouroux, Ayaka Yano, Jérôme Lluch, Laurent Journot, Elodie Jouanno, Romain Feron, Manfred Schartl, Yann Guiguen, Christophe Klopp, Qiaowei Pan, Hugues Parrinello, John H. Postlethwait, Céline Roques, Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons (LPGP), Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Department of Ecology and Evolution [Lausanne], Université de Lausanne (UNIL), Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Fédération d'Ille-et-Vilaine pour la pêche et la protection du milieu aquatique [Rennes] (FDPPMA 35), Structure et Instabilité des Génomes (STRING), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Génomique Fonctionnelle (IGF), Université de Montpellier (UM)-Université Montpellier 1 (UM1)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Plateforme Bio-Informatique - Génotoul, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Système d'Information des GENomes des Animaux d'Elevage (SIGENAE), Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Génome et Transcriptome - Plateforme Génomique (GeT-PlaGe), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Plateforme Génome & Transcriptome (GET), Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institute of Neuroscience [Eugene, OR, États-Unis], University of Oregon [Eugene], Department of Physiological Chemistry [Würzburg, Allemagne], University of Würzburg-Biocenter [Würzburg, Allemagne], Comprehensive Cancer Center Mainfranken [Würzburg, Allemagne], University Hospital of Würzburg, Department of Biology [College Station, TX, États-Unis], Hagler Institute for Advanced Study [College Station, TX, États-Unis], Texas A&M University [College Station]-Texas A&M University [College Station], This project was supported by funds from the 'Agence Nationale de la Recherche' and the 'Deutsche Forschungsgemeinschaft' (ANR/DFG, PhyloSex project, 2014-2016) to YG and MS. The GeT core facility (JL, CR), Toulouse, France and the MGX facility, Montpellier, France (LJ, HP) were supported by France Génomique National infrastructure, funded as part of 'Investissement d’avenir' program managed by Agence Nationale pour la Recherche (contract ANR-10-INBS-09)., ANR-13-ISV7-0005,PhyloSex,Evolution des déterminants majeurs du sexe chez les poissons.(2013), ANR-10-INBS-0009,France-Génomique,Organisation et montée en puissance d'une Infrastructure Nationale de Génomique(2010), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Department of Ecology and Evolution, Sorbonne Université (SU), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Unité de Mathématiques et Informatique Appliquées de Toulouse (MIAT INRA), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Institute of Neuroscience, Physiological Chemistry, Biocenter, Julius-Maximilians-Universität Würzburg [Wurtzbourg, Allemagne] (JMU), Comprehensive Cancer Center Mainfranken, University Clinic Würzburg, Hagler Institute for Advanced Study and Department of Biology, Texas A&M University System, This project was supported by funds from the 'Agence Nationale de la Recherche' and the 'Deutsche Forschungsgemeinschaft' (ANR/ DFG, PhyloSex project, 2014-2016) to YG and MS. The GeT core facility (JL, CR), Toulouse, France and the MGX facility, Montpellier, France (LJ, HP) were supported by France Génomique National infrastructure, funded as part of 'Investissement d’avenir' program managed by Agence Nationale pour la Recherche (contract ANR-10-INBS-09), Bodescot, Myriam, Blanc – Accords bilatéraux 2013 - Evolution des déterminants majeurs du sexe chez les poissons. - - PhyloSex2013 - ANR-13-ISV7-0005 - Blanc – Accords bilatéraux 2013 - VALID, Organisation et montée en puissance d'une Infrastructure Nationale de Génomique - - France-Génomique2010 - ANR-10-INBS-0009 - INBS - VALID, Université de Lausanne = University of Lausanne (UNIL), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT], Dpt of Ecology and Evolution [Lausanne], Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), BioCampus Montpellier (BCM), Université Montpellier 1 (UM1)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Plateforme Bioinformatique Genotoul [Castanet-Tolosan], Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), GeT PlaGe, Genotoul, ANR-10-INBS-09-01/10-INBS-0009,France-Génomique,Organisation et montée en puissance d'une Infrastructure Nationale de Génomique(2010), Julius-Maximilians-Universität Würzburg (JMU), and ProdInra, Migration
Subjects: Anti-Mullerian Hormone, Male, Evolution of sexual reproduction, [SDV]Life Sciences [q-bio], gène déterminant majeur du sexe, [MATH] Mathematics [math], [SDV.GEN] Life Sciences [q-bio]/Genetics, QH426-470, Animals, Genetically Modified, mâle, Database and Informatics Methods, 0302 clinical medicine, duplication de gènes, poisson, Gene Duplication, Gene duplication, Morphogenesis, Medicine and Health Sciences, chromosome sexuel, [MATH]Mathematics [math], Phylogeny, Genetics, détermination du sexe, 0303 health sciences, education.field_of_study, Sex Chromosomes, Sexual Differentiation, Chromosome Biology, Chromosome Mapping, Animals, Anti-Mullerian Hormone/genetics, Esocidae/physiology, Female, Gene Knockdown Techniques, Sex Chromosomes/genetics, Sex Determination Processes/genetics, Synteny, Genomics, [SDV] Life Sciences [q-bio], séquençage du génome, hormone antimullérienne, [SDV.BBM.GTP] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], Anatomy, Sequence Analysis, Genital Anatomy, différenciation sexuelle, expression des gènes, Research Article, Bioinformatics, Population, Locus (genetics), [SDV.GEN.GA] Life Sciences [q-bio]/Genetics/Animal genetics, [INFO] Computer Science [cs], Biology, Research and Analysis Methods, DNA sequencing, Chromosomes, reproduction, 03 medical and health sciences, esox lucius, [SDV.BBM.GTP]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], [INFO]Computer Science [cs], education, Molecular Biology Techniques, Gonads, Gene, Molecular Biology, 030304 developmental biology, Whole genome sequencing, [SDV.GEN]Life Sciences [q-bio]/Genetics, Sequence Assembly Tools, génome, Gene Mapping, Reproductive System, Chromosome, Biology and Life Sciences, Computational Biology, Cell Biology, Sex Determination, Sex Determination Processes, Genome Analysis, [SDV.GEN.GA]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Animal genetics, Genetic Loci, Esocidae, Sequence Alignment, 030217 neurology & neurosurgery, Developmental Biology
Abstract: Teleost fishes, thanks to their rapid evolution of sex determination mechanisms, provide remarkable opportunities to study the formation of sex chromosomes and the mechanisms driving the birth of new master sex determining (MSD) genes. However, the evolutionary interplay between the sex chromosomes and the MSD genes they harbor is rather unexplored. We characterized a male-specific duplicate of the anti-Müllerian hormone (amh) as the MSD gene in Northern Pike (Esox lucius), using genomic and expression evidence as well as by loss-of-function and gain-of-function experiments. Using RAD-Sequencing from a family panel, we identified Linkage Group (LG) 24 as the sex chromosome and positioned the sex locus in its sub-telomeric region. Furthermore, we demonstrated that this MSD originated from an ancient duplication of the autosomal amh gene, which was subsequently translocated to LG24. Using sex-specific pooled genome sequencing and a new male genome sequence assembled using Nanopore long reads, we also characterized the differentiation of the X and Y chromosomes, revealing a small male-specific insertion containing the MSD gene and a limited region with reduced recombination. Our study reveals an unexpectedly low level of differentiation between a pair of sex chromosomes harboring an old MSD gene in a wild teleost fish population, and highlights both the pivotal role of genes from the amh pathway in sex determination, as well as the importance of gene duplication as a mechanism driving the turnover of sex chromosomes in this clade., Author summary In stark contrast to mammals and birds, a high proportion of teleosts have homomorphic sex chromosomes and display a high diversity of sex determining genes. Yet, population level knowledge of both the sex chromosome and the master sex determining gene is only available for the Japanese medaka, a model species. Here we identified and provided functional proofs of an old duplicate of anti-Müllerian hormone (Amh), a member of the Tgf- β family, as the male master sex determining gene in the Northern pike, Esox lucius. We found that this duplicate, named amhby (Y-chromosome-specific anti-Müllerian hormone paralog b), was translocated to the sub-telomeric region of the new sex chromosome, and now amhby shows strong sequence divergence as well as substantial expression pattern differences from its autosomal paralog, amha. We assembled a male genome sequence using Nanopore long reads and identified a restricted region of differentiation within the sex chromosome pair in a wild population. Our results provide insight on the conserved players in sex determination pathways, the mechanisms of sex chromosome turnover, and the diversity of levels of differentiation between homomorphic sex chromosomes in teleosts.
Published: 2019

237. The sterlet sturgeon genome sequence and the mechanisms of segmental rediploidization

Author: Romain Feron, Mateus Contar Adolfi, Matthias Stöck, Chad Tomlinson, Ingo Braasch, Wesley C. Warren, Kang Du, John H. Postlethwait, Dmitry Yu Prokopov, Hugues Parrinello, Heiner Kuhl, Susanne Kneitz, Petra Fischer, Manfred Schartl, Yann Guiguen, Cédric Cabau, Axel Meyer, I. G. Kichigin, Vladimir A. Trifonov, Jörn Gessner, Alexey I. Makunin, Laurent Journot, Sven Wuertz, Carole Iampietro, Christophe Klopp, Werner Kloas, Joost M. Woltering, Cornelia Schmidt, University of Würzburg = Universität Würzburg, Leibniz Institute of Freshwater Ecology and Inland Fisheries (IGB), Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Universität Konstanz, Université de Lausanne (UNIL), Swiss Institute of Bioinformatics [Lausanne] (SIB), Novosibirsk State University (NSU), Génome et Transcriptome - Plateforme Génomique ( GeT-PlaGe), Plateforme Génome & Transcriptome (GET), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut de Génomique Fonctionnelle - Montpellier GenomiX (IGF MGX), Institut de Génomique Fonctionnelle (IGF), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Montpellier 1 (UM1)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Montpellier 1 (UM1), Washington University School of Medecine [Saint Louis, MO], University of Oregon [Eugene], Michigan State University [East Lansing], Michigan State University System, Novosibirsk State Technical University, University of Missouri [Columbia] (Mizzou), University of Missouri System, Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons (LPGP), Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Texas State University, German Research Foundation (DFG) /DFG SCHA 408/14-1 /SCHA 408/10-1 / Scha408/16-1 /DFG WO-2165/2-1 /DFG Me1725/24-1Russian Science Foundation (RSF) /RSF 18-44-04007German Federal Ministry of Food and Agriculture through the Federal Office for Agriculture and Food / 2816ERA04G, ANR-13-ISV7-0005,PhyloSex,Evolution des déterminants majeurs du sexe chez les poissons.(2013), ANR-10-INBS-0009,France-Génomique,Organisation et montée en puissance d'une Infrastructure Nationale de Génomique(2010), Université de Lausanne = University of Lausanne (UNIL), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-BioCampus (BCM), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Washington University School of Medicine [Saint Louis, MO], Naudinat, Carine, Blanc – Accords bilatéraux 2013 - Evolution des déterminants majeurs du sexe chez les poissons. - - PhyloSex2013 - ANR-13-ISV7-0005 - Blanc – Accords bilatéraux 2013 - VALID, Organisation et montée en puissance d'une Infrastructure Nationale de Génomique - - France-Génomique2010 - ANR-10-INBS-0009 - INBS - VALID, Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), and Université de Montpellier (UM)-Université Montpellier 1 (UM1)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Université Montpellier 1 (UM1)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: Genome evolution, [SDV.OT]Life Sciences [q-bio]/Other [q-bio.OT], Low protein, Lineage (evolution), Genome, Chromosomes, Article, Evolutionary genetics, Polyploidy, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Sturgeon, ddc:570, Animals, 14. Life underwater, Acipenser ruthenus, Coelacanth, Ecology, Evolution, Behavior and Systematics, Phylogeny, 030304 developmental biology, 0303 health sciences, Ecology, biology, Fishes/genetics, [SDV.OT] Life Sciences [q-bio]/Other [q-bio.OT], Comparative genomics, Fishes, biology.organism_classification, Evolutionary biology, Molecular evolution, 030217 neurology & neurosurgery, Ichthyology, Reference genome
Abstract: Sturgeons seem to be frozen in time. The archaic characteristics of this ancient fish lineage place it in a key phylogenetic position at the base of the ~30,000 modern teleost fish species. Moreover, sturgeons are notoriously polyploid, providing unique opportunities to investigate the evolution of polyploid genomes. We assembled a high-quality chromosome-level reference genome for the sterlet, Acipenser ruthenus. Our analysis revealed a very low protein evolution rate that is at least as slow as in other deep branches of the vertebrate tree, such as that of the coelacanth. We uncovered a whole-genome duplication that occurred in the Jurassic, early in the evolution of the entire sturgeon lineage. Following this polyploidization, the rediploidization of the genome included the loss of whole chromosomes in a segmental deduplication process. While known adaptive processes helped conserve a high degree of structural and functional tetraploidy over more than 180 million years, the reduction of redundancy of the polyploid genome seems to have been remarkably random., A genome assembly of the sterlet, Acipenser ruthenus, reveals a whole-genome duplication early in the evolution of the entire sturgeon lineage and provides details about the rediploidization of the genome.
Published: 2019

238. Searching for markers of immunocompetence in blood: application to vaccination against Influenza A virus in pigs

Author: Blanc, Fany, Estellé, Jordi, Lemonnier, Gaëtan, Leplat, Jean Jacques, Bouguyon, Edwige, Billon, Yvon, Bouchez, Olivier, Pinard - Van Der Laan, Marie-Hélène, Rogel Gaillard, Claire, Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Université Paris Saclay (COMUE), Unité de recherche Virologie et Immunologie Moléculaires (VIM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), UE 1372 Génétique, Expérimentation et Système Innovants, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Génétique animale (G.A.)-Physiologie Animale et Systèmes d'Elevage (PHASE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Génétique, Expérimentation et Système Innovants (GenESI), GeT PlaGe, Genotoul, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Unité de recherche Virologie et Immunologie Moléculaires (VIM (UR 0892)), Génétique, Expérimentation et Système Innovants (GenESI), Génome et Transcriptome - Plateforme Génomique (GeT-PlaGe), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Plateforme Génome & Transcriptome (GET), Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), European Project: 633184,H2020,H2020-SFS-2014-2,SAPHIR(2015), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), and Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3)
Subjects: [SDV]Life Sciences [q-bio], education, reproductive and urinary physiology, humanities, health care economics and organizations
Abstract: Searching for markers of immunocompetence in blood: application to vaccination against Influenza A virus in pigs . International Veterinary Immunology Symposium (IVIS)
Published: 2019

239. Gene Expression Profiling Reveals that PXR Activation Inhibits Hepatic PPARα Activity and Decreases FGF21 Secretion in Male C57Bl6/J Mice

Author: Tiffany Fougeray, Marion Régnier, Nicolas Loiseau, Colette Bétoulières, Yannick Lippi, Arnaud Polizzi, Hervé Guillou, Laila Mselli-Lakhal, Céline Lukowicz, Frédéric Lasserre, Claire Naylies, Anne Fougerat, Sharon Barretto, Laurence Gamet-Payrastre, Sarra Smati, Sandrine Ellero-Simatos, Lorraine Smith, ToxAlim (ToxAlim), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Toxicologie Intégrative & Métabolisme (ToxAlim-TIM), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Transcriptomic impact of Xenobiotics (E23 TRiX), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Plateforme Génome & Transcriptome (GET), Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Plateforme Ezop (Ezop), Exposition, Perturbation Endocrino-métabolique et Reproduction (ToxAlim-EXPER), Region Occitanie, INRA AlimH department, Agence Nationale de la Recherche (ANR), Fond Europeen de Developpement Regional (FEDER), Joint Programming Initiative (JPI), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Plateforme Génome & Transcriptome (GET), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), and ElleroSsimatos, Sandrine
Subjects: Male, FGF21, nuclear receptors, Energy homeostasis, Transcriptome, lcsh:Chemistry, transcriptomics, 0302 clinical medicine, Receptor, lcsh:QH301-705.5, Spectroscopy, 0303 health sciences, Pregnane X receptor, hepatokines, Chemistry, Pregnane X Receptor, General Medicine, 3. Good health, Computer Science Applications, Cell biology, Liver, Pregnenolone, medicine.drug, Transcriptional Activation, digestive system, Catalysis, Article, Inorganic Chemistry, 03 medical and health sciences, Autre (Chimie), medicine, Animals, PPAR alpha, Physical and Theoretical Chemistry, Molecular Biology, 030304 developmental biology, Gene Expression Profiling, Organic Chemistry, digestive system diseases, Gene expression profiling, Fibroblast Growth Factors, Mice, Inbred C57BL, Nuclear receptor, lcsh:Biology (General), lcsh:QD1-999, Other, [CHIM.OTHE]Chemical Sciences/Other, 030217 neurology & neurosurgery, Gene Deletion
Abstract: The pregnane X receptor (PXR) is the main nuclear receptor regulating the expression of xenobiotic-metabolizing enzymes and is highly expressed in the liver and intestine. Recent studies have highlighted its additional role in lipid homeostasis, however, the mechanisms of these regulations are not fully elucidated. We investigated the transcriptomic signature of PXR activation in the liver of adult wild-type vs. Pxr-/- C57Bl6/J male mice treated with the rodent specific ligand pregnenolone 16&alpha, carbonitrile (PCN). PXR activation increased liver triglyceride accumulation and significantly regulated the expression of 1215 genes, mostly xenobiotic-metabolizing enzymes. Among the down-regulated genes, we identified a strong peroxisome proliferator-activated receptor &alpha, (PPAR&alpha, ) signature. Comparison of this signature with a list of fasting-induced PPAR&alpha, target genes confirmed that PXR activation decreased the expression of more than 25 PPAR&alpha, target genes, among which was the hepatokine fibroblast growth factor 21 (Fgf21). PXR activation abolished plasmatic levels of FGF21. We provide a comprehensive signature of PXR activation in the liver and identify new PXR target genes that might be involved in the steatogenic effect of PXR. Moreover, we show that PXR activation down-regulates hepatic PPAR&alpha, activity and FGF21 circulation, which could participate in the pleiotropic role of PXR in energy homeostasis.
Published: 2019

240. The Medicago truncatula LysM receptor‐like kinase LYK9 plays a dual role in immunity and the arbuscular mycorrhizal symbiosis

Author: Christine Le Signor, Emilie Amblard, Chrystel Gibelin-Viala, Christophe Jacquet, Adeline Bascaules-Bedin, Maxime Bonhomme, Kirankumar S. Mysore, Magali Garcia, Virginie Puech-Pagès, Clare Gough, Judith Fliegmann, Jiangqi Wen, Laboratoire des interactions plantes micro-organismes (LIPM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Evolution des Interactions Plantes-Microorganismes, Laboratoire de Recherche en Sciences Végétales (LRSV), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Metatoul - Agromix, Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-MetaToul-MetaboHUB, Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Noble Research Institute, Agroécologie [Dijon], Université de Bourgogne (UB)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Universite Paul Sabatier, National Science Foundation : DBI-0703285 and IOS-1127155, INRA, CNRS, ANR-14-CE18-0008,NICE CROPS,Bio-stimulateurs chitiniques naturels pour une agriculture durable(2014), ANR-10-LABX-0041,TULIP,Towards a Unified theory of biotic Interactions: the roLe of environmental(2010), ANR-11-INBS-0010,METABOHUB,Développement d'une infrastructure française distribuée pour la métabolomique dédiée à l'innovation(2011), Laboratoire d'Excellence' LABEX entitled TULIP : ANR-10-LABX-41, French Agence Nationale de la Recherche 'NICE CROPS' project : ANR-14-CE18-0008-02, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, and Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)
Subjects: 0106 biological sciences, 0301 basic medicine, Rhizophagus irregularis, Physiology, plant defence, Plant Immunity, Oligosaccharides, Chitin, Plant Science, Fungus, Aphanomyces, 01 natural sciences, Microbiology, [SDV.GEN.GPL]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Plants genetics, 03 medical and health sciences, Symbiosis, Aphanomyces euteiches, Gene Expression Regulation, Plant, Mycorrhizae, Medicago truncatula, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, Amino Acid Sequence, Glomeromycota, Pathogen, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Plant Proteins, Oomycete, Chitosan, [SDV.GEN]Life Sciences [q-bio]/Genetics, biology, chitooligosaccharide, fungi, LysM receptor-like kinase, food and beverages, biology.organism_classification, symbiosis, 030104 developmental biology, Mutation, 010606 plant biology & botany
Abstract: International audience; Plant -specific lysin-motif receptor-like kinases (LysM-RLKs) are implicated in the perception of N-acetyl glucosamine-containing compounds, some of which are important signal molecules in plant-microbe interactions. Among these, both lipo-chitooligosaccharides (LCOs) and chitooligosaccharides (COs) are proposed as arbuscular mycorrhizal (AM) fungal symbiotic signals. COs can also activate plant defence, although there are scarce data about CO production by pathogens, especially nonfungal pathogens. We tested Medicago truncatula mutants in the LysM-RLK MtLYK9 for their abilities to interact with the AM fungus Rhizophagus irregularis and the oomycete pathogen Aphanomyces euteiches. This prompted us to analyse whether A. euteiches can produce COs. Compared with wild-type plants, Mtlyk9 mutants had fewer infection events and were less colonised by the AM fungus. By contrast, Mtlyk9 mutants were more heavily infected by A. euteiches and showed more disease symptoms. Aphanomyces euteiches was also shown to produce short COs, mainly CO II, but also CO III and CO IV, and traces of CO V, both ex planta and in planta. MtLYK9 thus has a dual role in plant immunity and the AM symbiosis, which raises questions about the functioning and the ancestral origins of such a receptor protein.
Published: 2019

241. De novo transcriptome assembly for Tracheliastes polycolpus, an invasive ectoparasite of freshwater fish in western Europe

Author: Géraldine Loot, Olivier Rey, Eve Toulza, Eglantine Mathieu-Bégné, Clémence Genthon, Simon Blanchet, Evolution et Diversité Biologique (EDB), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Station d'écologie théorique et expérimentale (SETE), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Observatoire Midi-Pyrénées (OMP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Interactions Hôtes-Pathogènes-Environnements (IHPE), Université de Perpignan Via Domitia (UPVD)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), GeT PlaGe, Genotoul, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Observatoire Midi-Pyrénées (OMP), Météo-France -Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Météo-France -Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Perpignan Via Domitia (UPVD), Génome et Transcriptome - Plateforme Génomique (GeT-PlaGe), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Plateforme Génome & Transcriptome (GET), Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Observatoire Midi-Pyrénées (OMP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Météo-France -Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Météo-France -Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Perpignan Via Domitia (UPVD)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire Midi-Pyrénées (OMP), Météo France-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Météo France-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), and Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse)
Subjects: 0106 biological sciences, De novo transcriptome assembly, Aquatic Science, Generalist and specialist species, 010603 evolutionary biology, 01 natural sciences, Parasite specificity, Copepods, Transcriptome, 03 medical and health sciences, [SDV.BBM.GTP]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], Genetics, [SDV.MP.PAR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Parasitology, 14. Life underwater, Monoxenous parasite, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, 030304 developmental biology, 0303 health sciences, biology, Host (biology), [SDV.BID.EVO]Life Sciences [q-bio]/Biodiversity/Populations and Evolution [q-bio.PE], biology.organism_classification, Tracheliastes polycolpus, Curation, Lepeophtheirus, Evolutionary biology, Freshwater fish, Copepod
Abstract: International audience; Tracheliastes polycolpus is an ectoparasitic copepod that recently emerged in western Europe and that infects several freshwater fish species. Its recent successful spread might be due to its fascinating ability to shift to new host populations and/or species. Here, we present the first non-redundant and protein-coding de novo transcriptome assembly for T. polycolpus along with a quality assessment and reliable transcript annotations. This assembly was built from fifteen adult female parasites sampled from three different host species from a single river in southwestern France. Overall, 17,157 non-redundant contigs likely corresponding to protein-coding transcripts were identified, of which 13,093 (i.e., 76%) were successfully annotated. This assembly displayed good representativeness since 65.8% of the raw reads properly aligned back to the assembly. Similarly, 90.5% of the single copies of orthologues conserved across arthropods were retrieved in this assembly, which reflects a very good completeness. Finally, this transcriptome assembly gathered 7979 T. polycolpus specific transcripts when compared with the two closest referenced species (Lepeophtheirus salmonis and Caligus rogercresseyi), thus constituting an original genomic resource. This high-quality transcriptome is an important genomic resource for deciphering the molecular bases underlying host shifts in generalist parasites, and for studying the evolutionary biology of copepods that are major biological components of both freshwater and marine ecosystems.
Published: 2019

242. Detection of plasmid-mediated colistin resistance, mcr-1 gene, in Escherichia coli isolated from high-risk patients with acute leukemia in Spain

Author: Miguel A. Sanz, Laurent Debrauwer, Ana Djukovic, Rym Lalaoui, Jaime Sanz, Eva María González-Barberá, Carles Ubeda, Sofiane Bakour, Karina B. Xavier, Jose Luis López-Hontangas, Jean-Marc Rolain, Bernhard Kuster, Miguel Salavert, Microbes évolution phylogénie et infections (MEPHI), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Hospitalier Universitaire Méditerranée Infection (IHU Marseille), Fundación para el Fomento de la Investigación Sanitaria y Biomédica de la Comunitat Valenciana [Espagne] (FISABIO), Hospital Universitari i Politècnic La Fe, Universidad Carlos III de Madrid [Madrid] (UC3M), Instituto Gulbenkian de Ciência [Oeiras] (IGC), Fundação Calouste Gulbenkian, Technical University of Munich (TUM), Technische Universität München [München] (TUM), Analyse de Xénobiotiques, Identification, Métabolisme (E20 Metatoul-AXIOM), ToxAlim (ToxAlim), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-MetaToul-MetaboHUB, Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), CIBER de Epidemiología y Salud Pública (CIBERESP), ANR FloraStopInfectMRE project, InfecERA-ERANET-Acciones complementarias [PCIN-2015-094], IHU Mediterranee Infection, Marseille, France, French Government [10-IAHU-03], Technische Universität Munchen - Université Technique de Munich [Munich, Allemagne] (TUM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-MetaToul-MetaboHUB, Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Hospital Universitari i Politècnic La Fe = University and Polytechnic Hospital La Fe, MetaToul AXIOM (E20), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INP - PURPAN), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-MetaboHUB-MetaToul, MetaboHUB-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-MetaboHUB-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), and Université de Toulouse (UT)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan)
Subjects: 0301 basic medicine, Microbiology (medical), medicine.drug_class, 030106 microbiology, Antibiotics, Colistin resistance, Microbial Sensitivity Tests, Biology, medicine.disease_cause, beta-Lactamases, Microbiology, Leukemic patients, 03 medical and health sciences, Minimum inhibitory concentration, 0302 clinical medicine, Plasmid, [SDV.MHEP.CSC]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Cardiology and cardiovascular system, [SDV.MHEP.MI]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Infectious diseases, Drug Resistance, Bacterial, medicine, Escherichia coli, Humans, Pharmacology (medical), [SDV.MP.PAR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Parasitology, 030212 general & internal medicine, Escherichia coli Infections, [SDV.MHEP.ME]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Emerging diseases, Leukemia, Colistin, Escherichia coli Proteins, Middle Aged, biology.organism_classification, Enterobacteriaceae, [SDV.MP.BAC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology, 3. Good health, Anti-Bacterial Agents, Infectious Diseases, Spain, Colistin resistance, Escherichia coli, Leukemic patients, Spain, mcr-1 gene, [SDV.MP.VIR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology, Multilocus sequence typing, mcr-1 gene, MCR-1, hormones, hormone substitutes, and hormone antagonists, medicine.drug, Plasmids
Abstract: Background: Bacterial infections in immunocompromised patients are associated with a high mortality and morbidity rate. In this high-risk group, the presence of multidrug-resistant (MDR) bacteria, particularly bacteria that harbor a transferable antibiotic resistance gene, complicates the management of bacterial infections. In this study, we investigated the presence of the transferable colistin resistance mcr genes in patients with leukemia in Spain. Methods: 217 fecal samples collected in 2013-2015 from 56 patients with acute leukemia and colonized with MDR Enterobacteriaceae strains, were screened on September 2017 for the presence of the colistin resistance mcr genes (mcr-1 to -5) by multiplex PCR. mcr positive strains selected on LBJMR and Mac-Conkey supplemented with colistin (2 mu g/ml) media were phenotypically and molecularly characterized by antimicrobial susceptibility testing, minimum inhibitory concentration, multilocus sequence typing and plasmid characterization. Results: Among 217 fecal samples, 5 samples collected from 3 patients were positive for the presence of the mcr-1 colistin-resistance gene. Four Escherichia coli strains were isolated and exhibited resistance to colistin with MIC = 4 mu g/ml. Other genes conferring the resistance to beta-lactam antibiotics have also been identified in mcr-1 positive strains, including bla(TEM-206) and bla(TEM-98). Three different sequence types were identified, including ST1196, ST140 and ST10. Plasmid characterization allowed us to detect the mcr-1 colistin resistance gene on conjugative IncP plasmid type. Conclusion: To the best of our knowledge, we have identified the mcr-1 gene for the first time in leukemia patients in Spain. In light of these results, strictmeasures have been implemented to prevent its dissemination. (c) 2019 Japanese Society of Chemotherapy and The Japanese Association for Infectious Diseases. Published by Elsevier Ltd. All rights reserved.
Published: 2019

243. A TnSeq approach to study the genetic bases of Xanthomonas campestris pv. campestris adaptation to in vitro and in planta conditions

Author: Luneau, Julien, Baudin, Mael, Carrere, Sébastien, Bouchez, Olivier, JARDINAUD, Marie-Françoise, Ray, J, Deutschbauer, Adam M., Lewis, Jennifer D., Noël, Laurent, Lauber, Emmanuelle, Boulanger, Alice, Laboratoire des interactions plantes micro-organismes (LIPM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), ProdInra, Migration, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), University of California [Berkeley], University of California, Génome et Transcriptome - Plateforme Génomique (GeT-PlaGe), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Plateforme Génome & Transcriptome (GET), Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Lawrence Berkeley National Laboratory [Berkeley] (LBNL), International Society for Molecular Plant-Microbe Interactions (IS-MPMI). INT., Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), and Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse)
Subjects: [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, [SDV.BV] Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, [SDV.MP.BAC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: International audience
Published: 2019

244. ASICS: a new R package for identification and quantification of metabolites in complex 1H NMR spectra

Author: Lefort, Gaëlle, Liaubet, Laurence, Canlet, Cécile, Quesnel, Hélène, Vialaneix, Nathalie, Servien, Rémi, Unité de Mathématiques et Informatique Appliquées de Toulouse (MIAT INRA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Analyse de Xénobiotiques, Identification, Métabolisme (E20 Metatoul-AXIOM), ToxAlim (ToxAlim), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-MetaToul-MetaboHUB, Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] (PEGASE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Innovations Thérapeutiques et Résistances (InTheRes), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), ANR-16-CONV-0004, ANR-09-GENM005, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-MetaToul-MetaboHUB, Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), and AGROCAMPUS OUEST-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)
Subjects: [SDV.GEN]Life Sciences [q-bio]/Genetics, [SDV.GEN.GA]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Animal genetics, [SDV]Life Sciences [q-bio], [INFO]Computer Science [cs], [MATH]Mathematics [math]
Abstract: National audience; 1H Nuclear Magnetic Resonance (NMR) is a high-throughput technology that allows to obtain metabolomic profile from easy-to-obtain fluids at moderate cost. It is a promising tool to detect practically usable biomarkers. However, its interpretation can be hard to make, because metabolites present from the spectrum of a complex mixture are often identified and quantified only from expert knowledge. To facilitate the use of such data, we developed a new R package, ASICS, that implements a method for the automatic identification and quantification of metabolites in 1H NMR spectra. The package combines all the steps of the analysis (management of a reference library, preprocessing, quantification, diagnosis tools to assess the quality of the quantification, post-quantification statistical analyses). To assess the performance of ASICS, both the quantification and its impact on a post-quantification differential analysis were evaluated. Correlations between ASICS relative quantifications and biochemical dosages were computed and a similar analysis was performed with other quantification methods. These comparisons showed that ASICS allows for a faster and simpler direct biological interpretation than the classical bucket approach and obtains more precisely identified and quantified metabolites than other quantification methods. ASICS is released as an R/Bioconductor package.
Published: 2019

245. Pig transcriptome analysis suggests a global regulation mechanism enabling temporary bursts of circular RNAs

Author: Robic, Annie, Feve, Katia, Faraut, Thomas, Djebali, Sarah, Weikard, R., Kuehn, C., Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Génome et Transcriptome - Plateforme Génomique (GeT-PlaGe), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Plateforme Génome & Transcriptome (GET), Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Leibniz Institute for Farm Animal Biology, Leibniz Institute for Farm Animal Biology (FBN), University of Rostock, Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), and ProdInra, Migration
Subjects: pig, [SDV.OT]Life Sciences [q-bio]/Other [q-bio.OT], physiological genomic, [SDV.OT] Life Sciences [q-bio]/Other [q-bio.OT], non-coding RNA, RNAseq, circular RNAs
Abstract: International audience; Although the functions of most of circular RNAs (circRNAs) are not characterized, they likely impact many biological processes. Indeed, in addition to generating a linear transcript many protein-coding genes produce circRNAs that are tightly regulated.By analyzing Total-RNaseq from 7 pubertal testis samples we detected 126 introns in 114 genes able to produce intronic circRNAs and 5,236 exonic circRNAs produced by 2,516 genes. Comparison of Total-RNaseq data sets from porcine testis, embryonic cortex and postnatal muscle stages revealed a high abundance of intronic and exonic circRNAs for 2 samples from pubertal testis and embryonic cortex, respectively. In pubertal testis with circRNAs in abundance, 24% of protein-coding genes produced linear and circular transcripts. This abundance was due to higher production of circRNA by the same genes than in other testis samples rather than to the recruitment of new genes. No global relationship between exonic circRNA and mRNA productions was found in pubertal testis. We showed that exonic circRNAs are typically produced by large genes that are also able to produce mRNAs. We suggest ExoCirc-9244 (origin: SMARCA5) to be a marker of circRNA abundance in testis. Among 76 pubertal testes analyzed by RT-PCR, we identified 12 transcriptomes containing a large quantity of ExoCirc-9244 and which are therefore suspected to have an overall high circRNAs abundance. By qRT-PCR, we confirmed results concerning ExoCirc-9244 and showed that samples expressing ExoCirc-9244 had low steroid synthesis potential (confirmed by plasma estradiol level).Even though our data indicate that this massive production of circRNAs is much more related to the structure of genes generating circRNAs than to their function, we highlighted with ExoCirc-9244, a particular stage of pubertal testis development characterized by a low steroid production and an abundance of circRNA. We suggest that bursts of circRNAs might be linked to an abrupt switch of the cellular metabolism: a distinct stage in developmental processes of embryonic cortex or pubertal testis may require circRNAs. In these circumstances the number of circRNAs would be more important than their individual characteristics, which would be a unique feature in the transcripts world.
Published: 2019

246. Multi-level conservation of chromosome conformation across livestock species reveals evolutionary links between genome structure and function

Author: Sylvain Foissac, Sarah Djebali Quelen, Nathalie Vialaneix, Matthias Zytnicki, Andrea Rau, Sandrine Lagarrigue, Hervé Acloque, Elisabetta Giuffra, Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Génome et Transcriptome - Plateforme Génomique (GeT-PlaGe), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Plateforme Génome & Transcriptome (GET), Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Unité de Mathématiques et Informatique Appliquées de Toulouse (MIAT INRA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] (PEGASE), AGROCAMPUS OUEST-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Projet GA FrAgencode, Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), and ProdInra, Migration
Subjects: [SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV.GEN]Life Sciences [q-bio]/Genetics, [SDV.GEN.GA]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Animal genetics, [SDV]Life Sciences [q-bio], [INFO]Computer Science [cs], [SDV.GEN] Life Sciences [q-bio]/Genetics, [SDV.GEN.GA] Life Sciences [q-bio]/Genetics/Animal genetics, [MATH] Mathematics [math], [INFO] Computer Science [cs], [MATH]Mathematics [math]
Abstract: International audience; The spatial conformation of the chromatin in the nucleus of animal cells is highly organized at several levels. Little is known, however, about its evolution, mainly because of the limited number of species in which chromosome conformation experiments have been performed.In the context of the FAANG pilot project FR-AgENCODE, we realized Hi-C experiments on tissue samples from three livestock species (pig, goat and chicken livers) and integrated the resulting data with those from other assays on the same samples (RNA-seq and ATAC-seq). Within each species, general features of the genome organization -like Topologycally Associating Domains (TADs) and genome A/B compartments- could be identified. They display functional properties in line with previous reports on other model organisms like human and mouse. By comparing these structural features across species we further investigated the connections between genome conformation and function. In particular, we found a significant conservation of the gene distribution among active and inactive compartments of the chromatin throughout evolution. In addition, comparing 3D interaction profiles of orthologous regions showed that conserved TAD boundaries have stronger insulation properties than recent ones, supporting a specific selective pressure on structural components of the genome. Accordingly, various blocks of synteny contain conserved elements from several levels of organization that contribute to the gene regulatory network: sites of chromatin accessibility, orthologous genes, TADs and A/B compartments. Altogether, these results shed new light on the conservation of genome conformation from birds to mammals and illustrate the various degrees of connection between genome structure and function.
Published: 2019

247. Identification of genomic regions for high-resolution taxonomic profiling using long-read sequencing technology

Author: Mainguy, Jean, Bouchez, Olivier, Castinel, Adrien, Combes, Sylvie, Gaspin, Christine, Milan, Denis, Donnadieu, Cecile, Iampietro, Carole, Hoede, Claire, Pascal, Géraldine, Unité de Mathématiques et Informatique Appliquées de Toulouse (MIAT INRA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Génome et Transcriptome - Plateforme Génomique (GeT-PlaGe), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Plateforme Génome & Transcriptome (GET), Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), and Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3)
Subjects: genomic, identification, bioinformatic, taxonomic, [SDV.OT]Life Sciences [q-bio]/Other [q-bio.OT], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Autre (Sciences du Vivant)
Abstract: National audience
Published: 2019

248. Whole metagenome analysis with metagWGS

Author: Fourquet, Joanna, Chaubet, Adeline, Chiapello, Hélène, Gaspin, Christine, Haenni, Marisa, Klopp, Christophe, Lupo, Agnese, Mainguy, Jean, Noirot, Celine, Rochegue, Tony, Zytnicki, Matthias, Ferry, Tristan, Hoede, Claire, Unité de Mathématiques et Informatique Appliquées de Toulouse (MIAT INRA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Génome et Transcriptome - Plateforme Génomique (GeT-PlaGe), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Plateforme Génome & Transcriptome (GET), Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Mathématiques et Informatique Appliquées du Génome à l'Environnement [Jouy-En-Josas] (MaIAGE), Unité Antibiorésistance et Virulence Bactériennes, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), International Center for Infectiology Research, Labex ECOFECT, Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), and Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3)
Subjects: metagenomics, [SDV.GEN]Life Sciences [q-bio]/Genetics, [SDV.GEN.GA]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Animal genetics, gut microbiota, workflow, [SDV]Life Sciences [q-bio], [INFO]Computer Science [cs], [MATH]Mathematics [math], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: National audience
Published: 2019

249. Hydrostatic Pressure Helps to Cultivate an Original Anaerobic Bacterium From the Atlantis Massif Subseafloor (IODP Expedition 357): Petrocella atlantisensis gen. nov. sp. nov

Author: Bénédicte Ménez, Marianne Quéméneur, Céline Vandecasteele, Emna Zeghal, Anne Postec, Eléonore Frouin, Marc Garel, Gaël Erauso, Bernard Ollivier, Christian Tamburini, Institut méditerranéen d'océanologie (MIO), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), MEB, Laboratoire de microbiologie des environnements extrêmophiles (LM2E), Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut méditerranéen d'océanologie (MIO), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Génome et Transcriptome - Plateforme Génomique (GeT-PlaGe), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Plateforme Génome & Transcriptome (GET), Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut de Physique du Globe de Paris (IPGP), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université de La Réunion (UR)-Institut de Physique du Globe de Paris (IPG Paris)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Brest (UBO)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Brest (UBO)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Institut méditerranéen d'océanologie (MIO), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD), GeT PlaGe, Genotoul, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-IPG PARIS-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Université de La Réunion (UR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de La Réunion (UR)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-IPG PARIS-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Toulon (UTLN), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Toulon (UTLN), Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), and Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3)
Subjects: Microbiology (medical), Firmicutes, Microorganism, Hydrostatic pressure, lcsh:QR1-502, oceanic crust, serpentinization, Atlantis Massif, 7. Clean energy, Microbiology, anaerobic culture, lcsh:Microbiology, 03 medical and health sciences, Botany, Primary nutritional groups, 14. Life underwater, [SDU.STU.OC]Sciences of the Universe [physics]/Earth Sciences/Oceanography, 030304 developmental biology, 0303 health sciences, biology, 030306 microbiology, Chemistry, 16S ribosomal RNA, biology.organism_classification, [SDV.MP.BAC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology, 13. Climate action, Halotolerance, hydrostatic pressure, Fermentation, Proteobacteria, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, subseafloor
Abstract: International audience; Rock-hosted subseafloor habitats are very challenging for life, and current knowledge about microorganisms inhabiting such lithic environments is still limited. This study explored the cultivable microbial diversity in anaerobic enrichment cultures from cores recovered during the International Ocean Discovery Program (IODP) Expedition 357 from the Atlantis Massif (Mid-Atlantic Ridge, 30°N). 16S rRNA gene survey of enrichment cultures grown at 10–25°C and pH 8.5 showed that Firmicutes and Proteobacteria were generally dominant. However, cultivable microbial diversity significantly differed depending on incubation at atmospheric pressure (0.1 MPa), or hydrostatic pressures (HP) mimicking the in situ pressure conditions (8.2 or 14.0 MPa). An original, strictly anaerobic bacterium designated 70B-AT was isolated from core M0070C-3R1 (1150 meter below sea level; 3.5 m below seafloor) only from cultures performed at 14.0 MPa. This strain named Petrocella atlantisensis is a novel species of a new genus within the newly described family Vallitaleaceae (order Clostridiales, phylum Firmicutes). It is a mesophilic, moderately halotolerant and piezophilic chemoorganotroph, able to grow by fermentation of carbohydrates and proteinaceous compounds. Its 3.5 Mb genome contains numerous genes for ABC transporters of sugars and amino acids, and pathways for fermentation of mono- and di-saccharides and amino acids were identified. Genes encoding multimeric [FeFe] hydrogenases and a Rnf complex form the basis to explain hydrogen and energy production in strain 70B-AT. This study outlines the importance of using hydrostatic pressure in culture experiments for isolation and characterization of autochthonous piezophilic microorganisms from subseafloor rocks.
Published: 2019

250. Workflow4Metabolomics: an international computing infrastructure for Metabolomics

Author: Mélanie Pétéra, Romain Dallet, Christophe Dupérier, Franck Giacomoni, Yann GUITTON, Jean-François Martin, Pierrick Roger-Mele, Julien Saint-Vanne, Etienne Thévenot, Marie Tremblay Franco, Gildas Le Corguillé, Unité de Nutrition Humaine - Clermont Auvergne (UNH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne (UCA), UMS 3601, Institut Français de Bioinformatique (IFB), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire d'étude des Résidus et Contaminants dans les Aliments (LABERCA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire, Agroalimentaire et de l'alimentation Nantes-Atlantique (ONIRIS), Université Nantes Angers Le Mans (LUNAM), Ecole Nationale Vétérinaire Agroalimentaire et de l'Alimentation Nantes Atlantique (ONIRIS), ToxAlim (ToxAlim), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), LIST/LADIS, Laboratoire d'Intégration de Systèmes et des technologies, Commissariat à l'Energie Atomique et aux Energies Alternatives (CEA), MetaboHUB, FR2424, ABiMS Station Biologique, Université Pierre et Marie Curie (Paris 6), Unité de Nutrition Humaine (UNH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne [2017-2020] (UCA [2017-2020]), Institut Français de Bioinformatique - UMS CNRS 3601 (IFB-CORE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), LUNAM Université [Nantes Angers Le Mans], Analyse de Xénobiotiques, Identification, Métabolisme (E20 Metatoul-AXIOM), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-MetaToul-MetaboHUB, Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Laboratoire Sciences des Données et de la Décision (LS2D), Département Métrologie Instrumentation & Information (DM2I), Laboratoire d'Intégration des Systèmes et des Technologies (LIST), Direction de Recherche Technologique (CEA) (DRT (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Technologique (CEA) (DRT (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Laboratoire d'Intégration des Systèmes et des Technologies (LIST), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay, ABiMS - Informatique et bioinformatique = Analysis and Bioinformatics for Marine Science (FR2424), Station biologique de Roscoff (SBR), Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Laboratoire d'Intégration des Systèmes et des Technologies (LIST (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Laboratoire d'Intégration des Systèmes et des Technologies (LIST (CEA)), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-MetaToul-MetaboHUB, Fédération de recherche de Roscoff (FR2424), Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École nationale vétérinaire, agroalimentaire et de l'alimentation Nantes-Atlantique (ONIRIS), MetaToul AXIOM (E20), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INP - PURPAN), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-MetaboHUB-MetaToul, MetaboHUB-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-MetaboHUB-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées [Auzeville] (GENOTOUL), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), ABiMS - Informatique et bioinformatique = Analysis and Bioinformatics for Marine Science (ABIMS), Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Station biologique de Roscoff (SBR), and Université de Toulouse (UT)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan)
Subjects: [SDV.OT]Life Sciences [q-bio]/Other [q-bio.OT], bioinformatics, spectrum analysis, artificial intelligence, metabolomics, spectrum, machine learning, classification, annotations, [INFO.INFO-OS]Computer Science [cs]/Operating Systems [cs.OS], [INFO.INFO-BI]Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM], signal processing, data processing, mass spectrometry
Abstract: Thursday 4th July - Talks I & Trainings Proteomics & Metabolomics. Moderator: P. Jagtap Thursday 4th July - Talks I & Trainings Proteomics & Metabolomics. Moderator: P. JagtapThursday 4th July - Talks I & TrainingsProteomics & Metabolomics. Moderator: P. Jagtap; The Workflow4Metabolomics (W4M) project aims to develop full LC/MS, GC/MS, FIA/MS and NMR pipelines using Galaxy framework for dataanalysis including preprocessing, normalization, quality control, statistical analysis and annotation steps. Our current developments aim to provide a set of interactive visualization tools in order to make ease the results interpretations. The development of Shiny applications will allows interactions from graphical features and dataset filters with graphical outputs like chromatograms, RMN spectra, heatmaps or PCA. In parallel, one of the major issue of the metabolomic approach is the compounds identification. To facilitate this annotation step, tandem mass spectrometry (MS/MS) is able to provide informations about the compounds structure. For that reason, an MS/MS data processing workflow based on msPurity, and two identification tools, metFrag and Sirius-CSI: FingerID, will be available in W4M.
Published: 2019

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