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National audience; La répartition du maerl, algues rouges marines Corallinacées à thalles calcifiés arbusculaires et non fixés, est évaluée dans les Pertuis charentais grâce à la compilation d’observations ponctuelles réalisées de 2006 à 2012 à la fois sur les fonds sédimentaires infralittoraux et en zone intertidale. Repéré initialement par des prélèvements à la benne en octobre 2009 lors de la validation de prospections sonar, un banc de maerl vif est cartographié en juillet 2011 en rade de Saint-Martin (Pertuis Breton). Sa superficie est estimée à plus de 2 km². Est confirmé l’unique relevé algologique de Phymatolithon calcareum fait au début du XXème siècle à Saint-Martin de Ré par Dollfus. De très nombreux thalles en voie de diagénèse ont aussi été observés dans l’Est et Sud-Est des Pertuis Breton et d’Antioche suggérant des apports par transports passifs issus de bancs vivants situés plus à l’Ouest. La présence de maerl vif sur le bas des estrans est en effet connue très ponctuellement dans l’Ouest des îles d’Oléron et de Ré. Sur le plan biogéographique, le banc de maerl du Pertuis Breton est le plus oriental et le plus méridional de ceux connus dans le Golfe de Gascogne, les plus proches étant situés à Noirmoutier (baie de Bourgneuf) et en Galice (Espagne). Nos observations complètent l’atlas cartographique de la convention OSPAR des populations de maerl en Europe et apportent une base de connaissances aux actions de conservation à définir localement dans le contexte Natura 2000 en mer.

The Manila clam Ruditapes philippinarum was introduced into Arcachon Bay at the beginning of the 1980s for aquaculture purposes. It rapidly naturalized in all intertidal flats of the lagoon. Nowadays, Arcachon Bay ranks at the first French place in terms of exploitable stock. However, recent stock assessments have shown an unbalance size structure with a deficit in juvenile and adult clams (> 38 mm shell length). These alarming patterns asked many questions on the sustainability of Manila clam populations within Arcachon Bay and have motivated the present thesis. This study aimed to better understand the population dynamics of this species and also some factors controlling this dynamic. The final objective was to improve the Manila clam fishing management with a model raised with results of the study. Von Bertalanffy growth parameters (K and L∞) were both determined by a field survey of populations and by a tagged-recapture experiment during two years. Growth appeared slow with a homogeneous K within the bay and different L∞ according to the sites. This study also evidenced a normal natural mortality and an inefficient reproduction (low condition index, low recruitment). Among the factors that could explain these dynamics, different pathogens were monitored during two years: digenean trematodes, brown ring disease and perkinsosis. Moreover, an emergent pathology (brown muscle disease, BMD) has been discovered. Only perkinsosis and BMD revealed high prevalences and intensities. Perkinsosis induced mitigated effects on growth whereas BMD-infected clams rise to the surface of the sediment and died. Trophic sources were also important to explain growth and were studied with carbon and nitrogen stable isotopes. This study displayed a heterogeneous repartition of Manila clam trophic sources within the bay and a phytoplankton dominated diet. The proportion of ingested phytoplankton was correlated with L∞. Growth and mortality parameters were integrated in a management model. If no new management measures were taken, the clam stock will continue to decrease. Different management situations have been simulated and new measures have been adopted by administrator organisms., La palourde japonaise Ruditapes philippinarum a été introduite au début des années 1980 dans le bassin d'Arcachon à des fins aquacoles. Elle s'est rapidement répandue dans toute la zone intertidale de la lagune, créant actuellement le premier gisement français en terme de stock exploitable. Cependant, de récentes évaluations du stock ont démontré une structure en taille déséquilibrée avec un déficit en juvéniles et en adultes de taille supérieure à 38 mm. Ce constat alarmant a posé des questions sur le devenir des populations de palourdes japonaises dans le bassin d'Arcachon et a motivé la présente thèse. Cette étude vise à mieux comprendre la dynamique de population de cette espèce et certains facteurs contrôlant cette dynamique. Le but in fine était d'améliorer la gestion du stock exploitable de cette espèce dans la lagune grâce à un modèle, incrémenté des différents résultats obtenus lors de cette étude. Les paramètres de croissance K et L∞ du modèle de Von Bertalanffy ont été déterminés d'une part par un suivi régulier des populations naturelles, et d'autre part par une expérience de marquage-recapture d'une durée de deux ans. Les résultats montrent une croissance lente avec un K homogène dans tout le bassin et un L∞ variable suivant le site. Cette étude met aussi en évidence une mortalité naturelle normale mais une reproduction déficiente (indices de condition bas, mauvais recrutement). Parmi les facteurs pouvant expliquer cette dynamique, différents pathogènes ont été suivis durant deux ans : les trématodes digènes, la maladie de l'anneau brun, la perkinsose. De plus, une pathologie émergente (maladie du muscle marron, BMD) a été découverte. Seules la perkinsose et la BMD ont révélé de fortes prévalences et intensités. La perkinsose entraîne des effets mitigés sur la croissance tandis que la BMD entraîne une remontée des palourdes en surface puis leur mort. Les ressources trophiques sont également importantes pour expliquer la croissance et ont été étudiées ici grâce aux isotopes stables de l'azote et du carbone. Cette étude a révélé une hétérogénéité des sources trophiques au sein de la lagune et une alimentation dominée par du phytoplancton. La proportion de phytoplancton ingérée a été corrélée à L∞. Les paramètres de croissance et de mortalité ont été ensuite intégrés dans un modèle de gestion qui nous a permis de voir que si rien n'était fait en terme de gestion, le stock de palourdes continuerait de se dégrader. Ce modèle nous a permis de simuler différentes situations de gestion et suite aux résultats obtenus, un certain nombre de mesures a ensuite été adopté par les organismes gestionnaires.