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Genomic reorganization, such as rearrangements and inversions, influences how genetic information is organized within the bacterial genomes. Inversions, in particular, facilitate genome evolution through gene gain and loss, and can alter gene expression. Previous studies have investigated the impact inversions have on gene expression induced inversions targeting specific genes or examine inversions between distantly related species. This fails to encompass a genome-wide perspective of naturally occurring inversions and their post-adaptation impact on gene expression. Here, we used bioinformatic techniques and multiple RNA-seq datasets to investigate the short- and long-range impact inversions have on genomic gene expression within Escherichia coli. We observed differences in gene expression between homologous inverted and non-inverted genes even after long-term exposure to adaptive selection. In 4% of inversions representing 33 genes, differential gene expression between inverted and non-inverted homologs was detected, with greater than two-thirds (71%) of differentially expressed inverted genes having 9.4-85.6-fold higher gene expression. The identified inversions had more overlap than expected with nucleoid-associated protein binding sites, which assist in the regulation of genomic gene expression. Some inversions can drastically impact gene expression, even between different strains of E. coli, and could provide a mechanism for the diversification of genetic content through controlled expression changes. Key words: inversions, gene expression, nucleoid binding proteins, Escherichia coli, genomics. La reorganisation du genome, au moyen de rearrangements ou d'inversions, influence comment l'information genetique est organisee au sein des genomes bacteriens. Les inversions, en particulier, facilitent l'evolution du genome via le gain et la perte de genes, ce qui peut alterer l'expression genique. Les etudes anterieures sur l'impact des inversions sur l'expression genique ont principalement porte sur des inversions induites chez des genes specifiques ou encore se sont interessees aux inversions entre especes peu apparentees. Celles-ci n'ont donc pas apporte une perspective pangenomique sur les inversions d'origine naturelle et leur impact post-adaptatif sur l'expression genique. Dans ce travail, les auteurs emploient des approches bioinformatiques et de nombreux jeu de donnees RNA-seq pour etudier l'impact proximal et distal qu'ont les inversions sur l'expression genique a l'echelle genomique chez l'Escherichia coli. Les auteurs ont observe des differences dans l'expression genique entre genes homologues inverses et non-inverses, meme apres une longue periode de selection adaptative. Chez 4 % des inversions impliquant 33 genes, une expression differentielle entre les homologues inverses et non-inverses a ete decelee; chez plus de deux tiers (71 %) des genes a expression differentielle, l'amplitude de l'expression differentielle variait entre 9,4 et 85,6 fois. Les inversions identifiees presentaient un plus grand chevauchement qu'attendu entre les sites de liaison des proteines associees au nucleoide, lesquelles participent a la regulation de l'expression genique. Certaines inversions peuvent avoir un impact considerable sur l'expression genique, meme entre differentes souches d'E. coli. Celles-ci pourraient fournir un mecanisme pour expliquer la diversification du contenu genetique via des changements d'expression genique controles. Mots-cles : inversions, expression genique, proteines de liaison du nucleoide, Escherichia coli, genomique., Introduction Genomic reorganization in bacteria, such as rearrangements and inversions, provides a way to create new genetic diversity (Hughes et al. 2000; Belda et al. 2005) that can assist in [...]

Several pathogens, including nematodes, have severe effects on plant development and growth, and immense populations of parasitic nematodes may cause plant death and crop loss. Obligate plant-parasitic nematodes and root-knot nematodes belonging to the genus Meloidogyne are significant parasites in crops. During nematode infection, damage-associated molecular patterns play a role in the activation of plant defence responses to pathogens. Several genes are involved in Meloidogyne parasitism. However, the expression of nematode-responsive genes CRF1, WRKY45, and PR7 during infection with different parasitic nematode species is not well understood. Therefore, this study aimed to reveal plant responses to differential gene expression of nematode-responsive genes in tomato plants, and their relationship to nematode reproduction and comparative phylogeny. Molecular methods for gene expression, greenhouse work for nematode reproduction, and phylogenetic analysis were used to determine nematode--plant interactions. The results revealed that differential gene expression of CRF1, WRKY45, and PR7 depended on the nematode species. The relative CRF1 gene expression reached its highest level at 3 dpi, following nematode infection. In conclusion, plant defense responses disturbed the expression of nematode-responsive genes, and the differential expression of nematode-responsive genes was affected by nematode species and nematode parasitism. Key words: Meloidogyne, nematode, gene, CRF1, WRKY45, PR7. Plusieurs ravageurs dont les nematodes ont des impacts importants sur le developpement et la croissance des plantes. Les immenses populations de nematodes parasitaires peuvent entrainer la mort des plantes et des pertes de rendement. Les nematodes qui sont des parasites obligatoires des plantes comme les nematodes a galles du genre Meloidogyne sont des parasites importants des plantes cultivees. Au cours de l'infection par les nematodes, les signaux moleculaires associes aux blessures activent les reactions de defense aux pathogenes. Plusieurs genes chez les especes du genre Meloidogyne sont impliques dans le parasitisme des plantes. Cependant, l'expression des genes qui s'expriment en reponse au parasitisme resultant de l'attaque par plusieurs especes de nematodes (CRF1, WRKY45, PR7) n'ont pas fait l'objet de beaucoup d'etudes. Le but de ce travail etait de reveler les reactions des plantes qui entrainent une expression differentielle des genes qui sont connus pour s'exprimer en reponse a l'attaque des nematodes chez la tomate, d'etudier la phylogenie comparee de ces genes et leur impact sur la reproduction des nematodes. Des analyses moleculaires de l'expression genique, des travaux en serre pour mesurer la reproduction et des analyses phylogenetiques ont ete realisees pour caracteriser les interactions entre les nematodes et leur hote. Les resultats ont montre que l'expression differentielle des genes CRF1, WRKY45 et PR7 survenaient en reponse a l'attaque par certaines especes de nematodes. L'expression relative du gene CRF1 a atteint son maximum a 3 dpi lors d'attaque par les nematodes. En conclusion, les reactions de defense des plantes ont modifie l'expression des genes exprimes en reponse a l'attaque par les nematodes et l'expression differentielle de ces genes variait selon l'espece de nematode et le degre de parasitisme. [Traduit par la Redaction] Mots-cles : Meloidogyne, nematode, gene, CRF1, WRKY45, PR7., Introduction Plant-parasitic nematodes are important crop pests responsible for $173 billion crop losses worldwide (Elling 2013). Among plant-parasitic nematodes, root-knot nematode (RKN) species belonging to the genus Meloidogyne are among [...]

Despite several studies on genetic markers and differentially expressed genes related to ribeye area (REA) and tenderness traits in beef cattle, there is divergence in the results regarding the genes associated with these traits. Thirteen genes associated with or exhibiting biological functions that might influence such phenotypes were included in this study. A total of five genes for REA (IGF-1, IGF-2, MSTN, NEDD4,and UBE4A) and eight genes for meat tenderness (CAPN1, CAPN2, CAST, HSPB1, DNAJA1, FABP4, SCD,and PRKAG3)were selected from previous studies on beef cattle. Genes and their respective proteins expression were validated in a commercial population of Nellore cattle using quantitative real-time PCR (RT-qPCR) and advanced mass spectrometry (LC/MS-MS) techniques, respectively. The MSTN gene was upregulated in animals with low REA. The CAAPN1, CAPN2, CAST, HSPB1,and DNAJA1 genes were upregulated in animals with tough meat. The proteins translated by these genes were not differentially expressed. Our results confirm the potential of some of the studied genes as biomarkers for carcass and meat quality traits in Nellore cattle. Key words: beef cattle, biological processes, gene expression, meat quality, zebu. Malgre plusieurs etudes pour identifier des marqueurs genetiques et des genes exprimes de maniere differentielle qui seraient associes avec la dimension du faux-filet (REA pour 'ribeye area') et la tendrete chez les bovins de boucherie, il existe des divergences en ce qui a trait aux genes associes a ces caracteres. A partir d'etudes anterieures, treize genes associes ou qui presentaient des fonctions biologiques pouvant affecter ces phenotypes sont etudies dans ce travail. Cinq genes pour le REA (IGF-1, IGF-2, MSTN, NEDD4 et UBE4A)ethuit genes pour la tendrete de la viande (CAPN1, CAPN2, CAST, HSPB1, DNAJA1, FABP4, SCD et PRKAG3) ont ete choisis apartird'etudes realisees auparavant chez les bovins de boucherie. L'expression des genes et l'abondance des proteines respectives a ete mesuree chez une population de bovins de race Nelore au moyen de la PCR quantitative en temps reel (RT-qPCR) et de techniques avancees de spectrometrie de masse (LC/MS-MS). Le gene MSTN etait plus fortement exprime chez les individus dont la viande etait moins tendre. Les proteines traduites a partir de ces genes n'etaient pas exprimees de maniere differentielle. Les resultats de ce travail pourraient confirmer le potentiel de certains de ces genes en tant que biomarqueurs pour des caracteres de la carcasse et de la qualite de la viande chez les bovins Nelore. Mots-cles : bovins de boucherie, processus biologiques, expression genique, qualite de la viande, zebu., Introduction Brazilian beef cattle expansion is directly associated with competitiveness in the production sector. Although production and reproduction traits are crucial for beef cattle operations, carcass and meat quality traits [...]