Search

RT-PCR mRNA'nın miktar tayini ve saptanmasında kullanılan güçlü bir tekniktir. Bu yöntem diğer RNA tekniklerinden daha duyarlı, hızlı ve kolaydır. Kompetetif ve Real-time PCR kan, serum, hücre hattı ve bakteriyal kültürlerden izole edilen mRNA'nın ekspresyon miktarını belirler. İnsan Genom Projesindeki araştırmalarda RACE ile RT-PCR yönteminin kullanılması önemli katkılar sağlayacaktır., RT-PCR is the most powerful tool to detect and quantity of mRNA. This assay is more sensitive, rapid and easier than other RNA related techniques. Competitive and Real-time PCR can quantities mRNA which is isolated from blood, serum, cell lines and bacterial culture. The studies that takes place at Human Genome Project, RACE will assist in important information.

The objective of this study is to research polymorphisms in MIF ' gene -173 site in variable haemotological malignities and evaluate its effects on febrile neutropenic attacks after chemotherapy in acute leukemia. Single nucleotide polymorphisms (SNPs) at -173 site of the MIF gene was analysed with the PCR-RFLP method (restriction endonudease Alu I) with isolated DNA samples from 48 patients who were treated for ALL and AML and 53 healthy controls, and G and C allel frequencies were compared statistically between patients and healthy controls groups. As a result of the analyzis, it was observed that the rate of patients with GG genotypes was 70.9%, with GC genotypes 29.1%, and with CC genotypes 0%.,Association is evaluated between MIF pozitivities in acute leukemias and distribution of infections, its factors, duration of feveraldays and neutropenia. Within the GC allel group; no significant differences were observed (p>0.05) in infection factors, duration of neutropenia (, Bu çalışmanın amacı; Akut Lösemiler (AL)'de Makrofaj Migrasyon inhibitor Faktörü (MIF) geninin -173 bölgesine ait polimorfizmleri araştırmak ve kemoterapi sonrası gelişen febril nötropenik (FN) ataklara etkisini değerlendirmektir. Akut Myeloblastik Lösemi (AML) ve Akut Lenfoid Lösemi (ALL) tanısıyla tedavi gören 48 hasta ile 53 sağlıklı kontrolden izole edilen DNA örneklerinde MIF geni -173 bölgesine ait tek nükleotid polimorfizmleri, PCR-RFLP yöntemi ile araştırılarak, G ye C allel ve genotip dağılımları hasta ile kontrol grupları arasında karşılaştırmıştır. Analizler sonucunda GG genotipini taşıyan hastaların oranı %70.9, GC'yi taşıyanların oranı %29.1 ye CC'yi taşıyanların oranı %0 olarak saptanmıştır. Hasta ve kontrol grubunda genotip ye allel frekansları açısından anlamlı bir farklılık ile Hardy-Weinberg dengesinden bir sapma gözlenmemiştir. AL'lerde elde edilen MIF pozitifliği ile infeksiyonların dağılımı,'etkenleri, ateşli gün süresi ve nötropeni süresi arasındaki ilişki değerlendirildiğinde; GC allel grubunda, infeksiyonların etkenleri, nötropeni (0.05). Sonuç olarak; Fungal - pnömoni, GC aleli taşıyan grupta, GG aleli taşıyan gruba göre (%22/ll,5) daha sık izlenmiş olup çalışma grubunun' genişletilerek tekrarlanması durumunda anlamlı bir ilişki saptanabileceği düşünülmüştür.

Papillon-Lefevre syndrome is a rare autosomal recessive disorder characterized by the association of palmoplantar hyperkeratosis and premature loss of both deciduous and permanent teeth. Although there were a number of studies with respect to classical PLS patients the number of studies on the late-onset PLS was limited. This paper reports the treatment planning of the mildly affected perıodontal component of a patient with late-onset Papillon-Lefevre syndrome and in DNA by investigating cytokine and MIF genotyping. Cytokine (IL-6, IL-10, IFN-g, TGF-Bl, TNFa) genotyping was performed by the PCR-SSP method. The TNFa (-238,-857) and MIF (-173) genotyping were determined by PCR-RFLP method. These results are the first detailed genetic study data concerning the Late-Onset Papillon-Lefevre Syndrome in literature. The IL-6, IL-10, TNFa and IFN-g polymorphisms were detected as high expression while TGF-Bl was detected as intermediate expression and GC genotype in the MIF (-173) gene., Papıllon- Lefevre Sendromu (PLS), otozomal resesıf olarak aktarılan el ve ayak tabanında hıperkeratotık kalınlaşmalara ve perıodontal hastalığa bağlı daimi ve sut dişi kayıplarının görüldüğü kalıtsal bir hastalıktır. Klasik PLS hastaları ile ilgili çok sayıda araştırma olmasına ragmen PLS nın gecikmiş tipiyle ilgili sınırlı sayıda araştırma mevcuttur. Bu vaka raporunda, gecikmiş tip PLS'ye bağlı olarak orta derecede etkilenmiş periodontal dokuların değerlendirilmesi, sitokın ve MIF genotipının araştırılması amaçlanmıştır. Sitokın (IL-6, İL-10, IFN-g TGF-61, TNF-a) genotıpleme için diziye spesifik PCR yöntemi ile yapıldı. TNFa (-238,-857) ve MIF genine ait -173 polımorfızmine PCR-RFLP yöntemi ile bakıldı. Bu sonuçlar, literatürde Late Onset Papillon-Lefevre Sendromu ile ilgili ilk ayrıntılı çalışma verileridir. IL-6, IL-10, IFN-g TNF-a'nın yüksek ekspresyonu, TGF-Bl orta ekspresyonu olduğu ve MIFgenınde ise GC genotipının bulunduğu belirlendi.

Clinical Manifestations of Pachyonychia Congenita in a 16 Year Old Boy Pachyonychia congenita is an autosomal dominant syndrome with the hallmark findings of dystrophic fingernails and toenails, palmoplantar keratosis and hyperhidrosis, oral leukokeratosis and follicular keratosis. Dystrophic finger and toe nails are present at birth. However, clinical findings such as oral leukokeratosis, palmoplantar keratosis and folicular keratosis appear at later stages. The disease, which is transmitted as an autosomal dominant trait, has medical consequences such as hoarsening of voice and dysfagia due to eusophagial and posterior comissural involvement of larynx other than the obvious cosmetic consequences. In this case study, a 16 year old boy with the typical findings of the syndrome such as dystrophic hand and finger nails, oral leukokeratosis and folicular keratosis will be discussed., Türkçe Özet: Pakionişi konjenita; ana bulguları distrofik el ve ayak tırnakları, palmoplantar keratoz, hiperhidroz, oral lökokeratoz ve foliküler keratoz olan otozomal dominant kalıtılan bir sendromdur. Distrofik el ve ayak tırnakları doğumda var olup; oral lökokeratoz, palmoplantar keratoz ve foliküler keratoz gibi diğer bulgular ilerleyen seneler içinde ortaya çıkar. Otozomal dominant kalıtım modeli ile seyreden bu hastalıkta kozmetik sorunlar dışında dikkat edilmesi gereken tıbbi hususlar, ilerleyen dönemlerde larinksin posteriyor komissür tutulumu ve özefagiyal tutulum nedeniyle seste kısılma ve disfaji görülmesidir. Bu olgu sunumunda, sendromun tipik bulguları olan distrofik el ve ayak tırnakları, oral lökokeratoz ve foliküler keratozu bulunan 16 yaşında bir erkek olgu sunulacaktır.

Myeloperoxidase (MPO) is a lysosomal enzyme found in the azurophilic granules of polymorphonuclear leukocytes. It is involved in the defense against periodontal bacteria, and is also able to mediate inflammatory tissue destruction in aggressive and chronic periodontitis. The aim of this study was to explore the association between MPO-463G/A gene polymorphism and aggressive periodontitis (AgP) and chronic periodontitis (CP). The study included 147 subjects. Probing depth (PD), clinical attachment loss (CAL), plaque index (PI), and gingival index (GI) were recorded as the clinical parameters. Genomic DNA was obtained from the peripheral blood of 32 subjects with AgP, 25 with CP, and 90 reference controls. We genotyped the MPO-463G/A polymorphism using the PCR-RFLP method. All data were analyzed using SPSS version 13.0 for windows. There were no significant differences between the CP patients and controls regarding MPO-463A/G gene polymorphism either in terms of allele frequency or genotype frequency of MPO-463A/G. However, either in terms of allele frequency or genotype frequency of MPO-463A/G, there were significant differences between the AgP patients and the controls. In conclusion, our data suggest that MPO-463G/A may be associated with increased risk of aggressive periodontitis in Turkish patients.

WOS: 000264237100004, PubMed ID: 19129082, Vitiligo is a common skin disorder characterized by patterned depigmentation, because of a decrease of melanin pigment resulting from apparent melanocyte loss. The aim of this study was to investigate interleukin 4 (IL4), Angiotensin Converting Enzyme (ACE), C-C Chemocine Receptor 5 (CCR5), Cytotoxic T Lymphocyte-associated Antigen Receptor 4 (CTLA4) and Interleukin 1 Receptor Antagonist (IL1RN) gene polymorphisms in 48 Turkish vitiligo patients and 50 healthy controls. Polymorphisms for the genes ACE insertion(I)/deletion(D), CCR5 (Delta 32), IL1-RN (VNTR in intron 2) were detected by PCR methods. IL4 (-590) and CTLA4 (+49) gene polymorphisms were typed using PCR-RFLP methods. No significant differences in either the genotype distribution or allele frequencies of IL4, CCR5 and ACE gene polymorphisms were observed. GG genotype and G allele in CTLA4 genes were found to be significantly higher in vitiligo patients compared to the controls. (0.002, 0.000). CTLA4 ( AA) and IL1-RN (1/5) genotypes and 5 allele frequency in the IL1-RN gene were found to be significantly lower in vitiligo patients compared to healthy controls ( p: 0.014, 0.015, 0.016, respectively). As a conclusion, CTLA4 and IL1-RN genes might play roles in the genetic etiology of vitiligo.

WOS: 000245824000007, PubMed ID: 17337399, Mannose binding lectin (MBL) is a calcium dependent lectin that causes predisposition to infections and autoimmune diseases. This study aimed to examine the presence of any association between MBL2 gene variants and vitiligo. Codon 54 (allele B) and codon 57(allele C) polymorphisms in the exon 1 of the MBL2 gene were investigated in samples belonged to 50 healthy controls and 40 patients diagnosed as vitiligo. The PCRRFLP method was used to investigate the polymorphisms in the MBL2 gene. Codon 57 polymorphism was not detected in any of the subjects from either group. The frequencies of low level MBL2 genotypes for codon 54 (AB and 1313) polymorphisms were found to be significantly higher in the patient group compared to controls (37.5% vs. 6%) (p < 0.001). B allele frequency was also significantly higher in the patient group (20%) compared to the control group (3%). These results suggested that codon 54 polymorphism in the MBL2 gene may play a role in susceptibility to vitiligo.

Artan dünya nüfusunun beslenmesine katkıda bulunmak ve verimliliği arttırmak amacıyla genetik olarak mo-difiye edilmiş (transgenik) bitki ve hayvan çeşitlerinin elde edilmesine yönelik çalışmalar büyük önem kazanmaya başlamıştır. Bu çeşitleri elde etmek amacıyla farklı yöntemler kullanılmaktadır. Genetik modifikasyonlar ile ürünlere değişik özellikler kazandırmak amacıyla çok sayıda araştırma gerçekleştirilmiştir ve halen bu konu ile ilgili . araştırmalar sürdürülmektedir. Genetik modifikasyonlar sonucu elde edilen ürünlerin insan sağlığı ve çevre üzerine olumsuz etkiler yaratabileceği düşüncesiyle, bu ürünlerdeki genetik modifikasyonların tespiti ve etkilerinin incelenmesi amacıyla değişik teknikler üzerinde araştırmalar yapılmaktadır. Bu amaçla PGR (Polimeraz Zincir Reaksiyonu) yöntemleri en çok tercih edilen yöntemlerdir. Son yıllarda, genetik modifikasyonlar ile elde edilmiş gıdaların üretiminin artması nedeni ile Amerika ve Avrupa ülkelerinde bu gıdalar ve bu gıdaların etiketlenmesi ile ilgili yasalar çıkarılmıştır. Bu doğrultuda gıdalardaki genetik modifikasyonların tespitinde kantitatif yöntemlere gereksinim duyulmuş ve farklı prensiplerde PCR teknikleri geliştirilmiştir. Ülkemizde de 4 Temmuz 2001, 1.Biyoteknoloji Danışma Kurulu Toplantısı’nda genetik olarak modifiye edilmiş ürünlerin piyasaya sürülmesi ve tescil edilmesine ilişkin yasa tasarıları hakkında görüşmeler gerçekleştirilmiştir., Intending to be of help for feeding the increasing world population and to increase productivity, studies for producing genetically modified (transgenic) plants and animals transgenics are starting to get importance. Different methods are used for producing these transgenics. Many researches were performed for gaining different specialities to products obtained by genetic modifications and still many researches abçut this subject are being performed. Research on different techniques for determining these genetic modifications and their effects, as if the ideas on the unwanted effects of genetically modified products to human health and environment. For this purpose, PCR (Polymerase Chain Reaction) methods are mostly prefered techniques. Recently, legislations are published about genetically modified foods and labeling foods in USA and European countries because production of genetically modified foods have increased. Therefore, there was a need for quantitative methods for determining genetic modifications on transgenic foods and so quantitative PCR techniques with different principles were performed. In Turkey, at 4 Temmuz 2001, Consultant Committee First Biotechnology National Meeting, negotiation have taken place about draft law of marketing and registration of genetically modified foods.

Spinal Muscular Atrophy (SMA) is one of the most common autosomal recessive neurodegeneratıve disorders. In this study, 18 patients diagnosed to have SMA by pediatric neurologist were investigated for teiomeric-Survivai Motor Neuron (tSMN) and Neuronal Apoptosis Inhibitory Protein (NAİP) gene deletions. Among 18 patients, 8 had both exon 7 and 8 deletions of SMN gene and exon 6 deletion of NAİP gene. Six patients had exon 7 and 8 deletions of tSMN. Two patients who were sibling had only exon 7 deletions of tSMN gene. İn two patients out of 18 patients no deletion could be detected in the genes investigated., Spinal Müsküler Atrofi (SMA) dünyada sık görülen, otozomal resesif geçişli nörodejeneratif bir hastalıktır. Bu çalışmada, çocuk nörologları tarafından SMA tanısı konan 18 hastada telomerik-Survival Motor Nöron (tSMN) ve Nöral Apoptosi inhibitör Proteini (NAİP) gen delesyon analizleri yapılmıştır. Onsekiz hastanın Sinde hem tSMN geni ekzon 7 ve 8 hem de NAİP geni ekzon 6 delesyonu saptanmıştır. Altı hastada tSMN geni ekzon 7 ve 8 delesyonlan gözlenirken, kardeş olan 2 hastada yalnız tSMN geni ekzon 7 delesyonu bulunmuş fakat ekzon 8 delesyonu görülmemiştir, iki hastada her 2 gende analizi yapılan ekzonlarda delesyon saptanmamıştır.

Renal celi carcinomas (RCC) are tumors, which are very different from other human cancers in terms of their de meanor. The most important prognostic factors in the clinical evaluation are tumor stage and nuclear grade. in other tumors, the prognostic importance of cathepsin D1 (CD) expression is controversial. İn most studies. though stressed to be bad prognostic factor, CD and genetic heterogeneity (GH) as a prognostic factor in RCC have not been studied. In this study 48 cases under regular control with a diagnosis of RCC by radical nephrectomy were examined. Their median age was 56.5 (31-79); 28 were men (58%). The period of median follow-up is 51 months. When 18 different clinical and laboratory parameters were evaluated as prognostic factorin univariate analysis, CD and advanced stage were found to be significant prognostic factor affecting 5-yr survival rate negatively (p=0. 046, p=:0. 021). Furthermore, in the group in which GH was found in microsatellite D9S157, close to the area coding the enzymes responsible for RNA processing and DNA repairing, the 5- year survival rate, though statistically insignificant, was found to be shorter. In conclusion, in addition to commonly known prognostic should also consider CD in predicting prognosis., Renal hücreli kanserler (RHK) davranışları bakımından diğer insan kanserlerinden çok farklı olan tümörlerdir. Klinik gidişi belirlemede en önemli prognostik faktörler (PF) tümörün evresi ve nükleer derecesidir. Diğer tümörlerde cathepsin D1 (CD) ekspresyonunun prognostik önemi tartışmalı olup pek çok çalışmada kötü PF olduğu vurgulanmasına karşın RHK'lerde CD ekspresyonu ve genetik heterojenitenin (GH) prognostik önemi çalışılmamıştır. Bu çalışmada; radikal nefrektomi uygulanarak RHK tanısı alan ve düzenli kontrollere gelen 48 olgu değerlendirilmiştir. Olguların medyan yaşı 56.5 (31-78), 28'i erkek, 20'si kadın ve medyan takip süresi 51 aydır. PF olarak 18 farklı klinik ve laboratuar parametresi değerlendirildiğinde; univariate analizde CD ekspresyonu ve ileri evre, 5 yıllık sağkalım olasılığını belirgin şekilde olumsuz etkileyen önemli birer PF olarak saptanmıştır (p=0.046, p=0.021). Ayrıca mitokondrial RNA işlenmesinde ve DNA tamirinde görevli enzimleri kodlayan bölgeye yakın seçilen mikrosateilit D9S157'de GH saptanan grupta istatiksel olarak anlamlı olmasa da 5 yıllık sağ kalım olasılığı daha kısa bulunmuştur. Hastaların prognozu hakkında tahminde bulunurken hastalığın yaygınlığı, performans durumu gibi bilinen faktörlerin yanı sıra CD'de göz önüne alınmalıdır.

…

ÖZET Nörodejeneratif bir hastalık olan spinal müsküler atrofî (SMA) çocukluk çağı kalıtsal hastalıkları arasında kistik fibrozisten sonra 2. sıklıkta görülmektedir. Çocukluk çağı proksimal SMA'lar 3 gruba ayrılır. Tip I en şiddetli formu olup hastalar yardımsız oturamaz ve 2 yaşmdan önce kaybedilirler. Ara form olan tip H'de hastalar yürüyemez, tip III ise en hafif formudur. SMA'da etkin bir tedavi yönteminin olmaması, tanıda DNA analiz yöntemlerinin önemini arttırmıştır. Bu yöntemler kullanılarak mutasyon analizleri ile tanının kesinleştirilmesi, ailelerde mutant allel geçişinin gösterilmesi, ve doğum öncesi tam verilmesi mümkün olmaktadır. Çalışmamızda 70 tip I, 24 tip II ve 12 tip III grubunda olan 106 hastada, SMA aday genleri olan Survival Motor Nöron geni (SMN), Nöral Apoptozis Inhibitor Protein geni (NAİP) ve p44 genleri analiz edilmiştir. SMN geni ekzon 7 ve 8 delesyon oram %93.4, NAİP geni ekzon 5 ve 6 delesyon oram %49.1 ve p44 geni C-151. kodon delesyon oranı %11.3 olarak saptanmıştır. Hasta populasyonumuzda 6 farklı delesyon haplotipi bulunmuş ve delesyon boyutu ile hastalık şiddeti arasında bir ilişkinin olduğu gösterilmiştir. Ailelerimizden ilk 15'i D5S679, D5S125, D5S435, D5S610, MAP1B5' CA-tekrar markerlan ile incelenmiştir. CA-tekrar çalışmaları ile allel tiplerinin kromozomal dağılımları gösterilmiş, mutant ve normal kromozomlar arasında anlamlı bir fark bulunmamıştır. Ayrıca hasta grubumuzdaki mutant ailelerin belirgin bir risk haplotipi taşımadıkları da gösterilmiştir. SMA'ya neden olan SMN, NAİP ve p44 aday genlerinde delesyon analizi ve gen bölgesinde yer alan CA-tekrar markerlannm incelenmesi ile 13 aileye doğum öncesi tanı verilmiştir. Anahtar kelimeler: Spinal müsküler atrofî, moleküler genetik, dinükleotit tekrar, survival motor nöron geni, nöral apoptozis inhibitor protein geni, p44 geni. ABSTRACT Spinal muscular atrophy which is a neurodegenerative disorder is the second frequent disease after cystic fibrosis among the hereditary childhood diseases. Childhood proximal SMAs can be divided into three groups. Type I is the most severe form and the patients can not sit without any help and they die before the age of 2. Type II is the intermediate form and the patients can not walk, type III is the mildest form of the disease. Since there is still no effective treatment of the disease, the importance of DNA analysis methods has increased. With the help of these methods it is possible to diagnose the disease accurately by mutation analysis, to show the transmission of the mutant alleles in the families and to give the prenatal diagnosis. In our study, totally 106 SMA patients of whom 70 are type I, 24 are type II, 12 are type III were analyzed for the Survival Motor Neuron (SMN), the Neuronal Apoptosis Inhibitory Protein (NAIP) and p44 genes which are all candidates for SMA phenotype. The rate of deletions for exons 7 and 8 of SMN gene, exons 5 and 6 of NAIP gene and C- 15 1st codon of p44 gene was found to be 93.4%, 49.1% and 11.3% respectively. We have observed 6 different deletion haplotypes in our patients. In this study, it has been shown that there is a correlation between the extent of deletions and the severity of the disease. Only 15 families were also analyzed by using D5S679, D5S125, D5S435, D5S610 and MAP1B5' CA- repeat markers. With these studies the chromosomal distribution of the allele types was determined and any significant associaton between mutant and normal chromosomes could not be found. Furthermore, we demonstrate that the mutant alleles in our families did not carry any distinctive risk haplotype. With the analysis of the deletions in SMN, NAIP, p44 genes and CA-repeat markers, prenatal diagnosis was provided to 13 families. Keywords: Spinal muscular atrophy, molecular genetics, dinucleotide repeats, survival motor neuron gene, neuronal apoptosis inhibitory protein gene, p44 gene. VI 61