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Over 19% of the US population resides in rural areas, where studies of disease risk and disease outcomes are difficult to assess due to smaller populations and lower incidence. While some studies suggest rural disparities for different chronic diseases, the data are inconsistent across geography and definitions of rurality. We reviewed the literature to examine if local variations in population genomic diversity may plausibly explain inconsistencies in estimating disease risk. Many rural communities were founded over 150 years ago by small groups of ethnically and ancestrally similar families. These have since endured relative geographical isolation, similar to groups in other industrialized nations, perhaps resulting in founder effects impacting local disease susceptibility. Studies in Europe and Asia have found that observably different phenotypes may appear in isolated communities within 100 years, and that genomic variation can significantly vary over small geographical scales. Epidemiological studies utilizing common 'rural' definitions may miss significant disease differences due to assumptions of risk homogeneity and misinterpretation of administrative definitions of rurality. Local genomic heterogeneity should be an important aspect of chronic disease epidemiology in rural areas, and it is important to consider for designing studies and interpreting results, enabling a better understanding of the heritable components of complex diseases. Key words: population genomic diversity, rural populations, founder effects. Resume: Plus de 19 % de la population americaine reside dans des regions rurales, ou les etudes sur les risques et les effets des maladies sont difficiles a evaluer en raison des plus petits effectifs et de l'incidence reduite. Bien que certaines etudes suggerent des disparites rurales pour diverses maladies chroniques, les donnees ne sont pas coherentes partout et different selon la definition donnee a la ruralite. Les auteurs ont passe en revue la litterature pour examiner si des variations locales dans la diversite genomique des populations pourrait expliquer ces incoherences dans la mesure du risque de maladie. Plusieurs communautes rurales ont ete fondees il y a plus de 150 ans par de petits groupes de familles semblables en matiere d'ethnie et de genealogie. Celles-ci ont depuis subi un relatif isolement geographique, comme certains groupes dans d'autres pays industrialises, ce qui aurait pu mener a un effet fondateur ayant un impact sur le risque local de maladie. Des etudes en Europe et en Asie ont trouve que des phenotypes distincts peuvent survenir a l'interieur de 100 ans, et que la variation genomique peut differer de maniere significative a de petites echelles geographiques. Des etudes epidemiologiques faisant appel a une definition commune de la ruralite peuvent passer a cote de differences d'incidence de la maladie qui sont significatives en raison d'une presomption d'homogeneite du risque et d'une mauvaise interpretation des definitions administratives de la ruralite. L'heterogeneite genomique locale devrait etre prise en compte comme un aspect important de l'epidemiologie des maladies chroniques dans les regions rurales, et elle est importante a considerer lors de la conception et de l'interpretation des etudes afin de mener a une meilleure comprehension des composantes hereditaires des maladies complexes. [Traduit par la Redaction] Mots-cles : diversite genomique des populations, populations rurales, effets fondateurs., Isolated populations, founder effects, and selected observed outcomes Isolated populations may see an increase in heritable disease risk, and an increase in the frequency and attributable risk of specific alleles, [...]