Search

Now considered to be one of the greatest threats to biodiversity at a global level, the spread of invasive species is, just like pandemic diseases, a direct consequence of human activity.

Dans le monde, le nombre de barrages va être démultiplié dans les prochaines décennies, particulièrement dans les pays du Sud. Ces infrastructures permettront de produire une électricité faiblement émettrice en gaz à effet de serre, mais poseront des problèmes sociaux ou environnementaux multiples.

Depuis quinze ans, l’aquaculture ne vise plus seulement à produire une grande quantité de poissons, elle cherche aussi à être plus respectueuse de l’environnement.

Depuis déjà plusieurs décennies, l’agriculture intensive a montré ses effets pervers : pollutions, déforestation, paupérisation des sociétés paysannes… Dans ce contexte, les techniques traditionnelles des agriculteurs du monde tropical, qui associent arbres et cultures, forêt et agriculture, ont beaucoup à nous apprendre.

Climate change is already upon us. It is a global phenomenon whose multifaceted impact is particularly hard to assess, especially when it comes to estimating the decline in biodiversity.

Creating marine nature reserves to protect coral is all well and good. But what if we were to go one step further and help the coral to adapt to future changes in the climate? The idea is making headway.

In the 1960s, the advent of intensive farming triggered an unprecedented rescue operation. The objective was to prevent the genetic resources of cultivated species and their wild relatives from being lost.

Pour observer l’évolution des écosystèmes sous l’effet des changements globaux et apprendre à les gérer au mieux, il faut disposer d’informations actualisées sur la répartition des espèces, et notamment des espèces végétales.

La quantité des images satellitaires et des données qui en sont issues sur la biodiversité est telle qu’elle ouvre de nouvelles voies de recherche, pour lesquelles les spécialistes de la biodiversité, de la télédétection et inédit de connaissances constitue un enjeu majeur pour les pays du Sud, où la biodiversité est moins bien répertoriée

Les forêts de Guyane représentent en superficies un tiers de la forêt française. Un territoire immenses et largement inhabité, dont la gestion revient pour les deux tiers à l'Office national des forêts (ONF), le Parc amazonien de Guyane (PAG) couvrant le tiers sud du territoire. d'où la nécessité de disposer d'une vue d'ensemble de la diversité et de la fragilité du couvert forestier.

Huit populations de #Clarias gariepinus$ et six populations de #C. anguillaris$, provenant de l'ensemble de leurs aires de répartition, ont été examinées morphométriquement. Les résultats obtenus confirment que le nombre de branchiospines sur le premier arc branchial est le seul véritable caractère qui permet d'identifier les deux espèces. Chez #C. anguillaris$, une variation intraspécifique limitée a été observée. Chez #C. gariepinus$ cependant, les populations d'Afrique de l'Ouest et du Nil sont morphologiquement plus proches entre elles que de celles du lac Victoria et d'Afrique du Sud. Différents modèles de colonisation en relation avec les anciennes connexions hydrographiques sont utilisés pour expliquer cette variation intraspécifique. (Résumé d'auteur)

Cette étude est une revue synthétique de l'aquaculture et de la biodiversité des tilapias à travers le monde mais surtout en Afrique, leur continent d'origine. Une présentation sommaire des #Cichlidae$ est donnée. Il en a été de même pour les trois genres de tilapia concernés par la pisciculture : #Tilapia$ s.s., #Sarotherodon$ et #Oreochromis$. Une espèce du dernier genre cité, #O. niloticus$, apparaît de toute évidence comme l'espèce la plus polymorphe et la plus utilisée actuellement en pisciculture. Il se dégage également que les espèces à large distribution naturelle sont les plus impliquées dans les diverses activités de pisciculture. (Résumé d'auteur)

Des études ont été entreprises pour estimer la diversité génétique des populations de #Oreochromis shiranus$ dans les bassins de retenue du Malawi. Ces bassins comportent plusieurs espèces de poissons dont #O. shiranus sp.$, #Tilapia rendalli$, #Clarias gariepinus$, #Serranochromis robustus$, #Barbus sp.$ et des haplochromines. #O. shiranus$ a été trouvé dans tous les bassins où l'espèce a été introduite entre 1955 et 1968. Les espèces carnivores comme #C. gariepinus$ et #S. robustus$ ont été trouvées dans certains bassins, la première étant apparu spontanément à partir des cours d'eau afférents et la seconde ayant été volontairement introduite pour contrôler les populations de tilapia. La longueur standard moyenne de #O. shiranus sp$ dans ces réservoirs va de 13,6 à 20,5 cm, ce qui est plus important que la taille moyenne observée dans les populations sauvages. La tendance observée montre que dans les réservoirs où le ratio prédateur/proie est grand, la taille moyenne des tilapias est également grande. Des sondes microsatellites ont été utilisées pour étudier la diversité allélique de deux sous espèces de #O. shiranus$ : #O. shiranus shiranus$ et #O. shiranus chilwae$. Le nombre moyen d'allèles varie 3,2 + ou - 0,37 à 10,2 + ou - 2,15. La diversité allélique est faible dans les réservoirs avec un ratio prédateur/proie élevé. La distance de Cavalli-Sforza et Edwards (1967) entre les populations des bassins varie entre 0,024 et 0,204. Le coefficient de corrélation normalisé de Mantel entre les distances génétiques et les distances géographiques est faible (0,265) et non significatif (p = 0,8516). Les microsatellites montrent que des croisements entre #O. sh. shiranus$ et #O. sh. chilwae$ ont eu lieu dans la plupart des bassins. (Résumé d'auteur)

Nous avons construit une carte génétique pour le tilapia #Oreochromis niloticus$ en utilisant des marqueurs ADN. La ségrégation de 62 locus microsatellites et de 112 AFLP (total = 174) a été étudiée dans 41 embryons haploïdes provenant d'une seule femelle. Nous avons identifié des liaisons entre 162 (93,1%) de ces marqueurs. Au total, 95% des microsatellites et 92% des AFLP sont liés sur la carte finale. La carte s'étend sur 704 cM en 30 groupes de liaison couvrant les 22 chromosomes de l'espèce. Vingt-quatre de ces groupes de liaison contiennent au moins un locus microsatellite. A partir de ces marqueurs qui sont à 15 cM, ou moins, les uns des autres, la longueur totale de la carte est approximativement de 100 à 1200 cM. Les données suggèrent que les marqueurs microsatellites sont légèrement regroupés dans le génome. Cette carte est le point de départ pour la cartographie de gènes liés à des caractères quantitatifs chez les #Cichlidae$. (Résumé d'auteur)

Environ 430 introductions ou transferts d'espèces aquatiques ont été faits dans 42 pays d'Afrique depuis les 150 dernières années. Les introductions ont été réalisées en majorité entre les années 1920 et les années 1970. Ostensiblement, elles ont été considérées comme un moyen efficace d'accroître la production de protéine, de générer des revenus et de produire des emplois, aussi bien que de contrôler des vecteurs de maladie et les mauvaises herbes. Plusieurs introductions ont également été réalisées pour des motifs plus triviaux tels que la nostalgie des personnes déplacées d'avoir autour d'elles une faune familière, spécialement pour la pêche récréative. Certaines introductions d'espèces ont été couronnées de succès et ont permis de créer des pêcheries. Dans beaucoup de cas, les objectifs n'ont pas pu être atteints ou alors aucune évaluation précise n'a été effectuée. Il y a eu aussi des effets négatifs. Les introductions ont eu des impacts significatifs et sérieux sur les prises de pêche et l'écosystème aussi bien que sur les communautés humaines qui pêchent, élèvent ou vendent les ressources aquatiques. Certains de ces changements étaient inattendus. L'évaluation des introductions d'espèces aquatiques en Afrique devrait être analysée suivant un large spectre qui incluerait des paramètres écologiques aussi bien que socio-économiques, comme le montre l'introduction du #Clupeidae$ pélagique #Limnothrissa miodon$ dans les lacs Kivu et Kariba et sa diffusion accidentelle en aval dans le lac Cahora Bassa, ou l'introduction de la perche du Nil #Lates niloticus$ dans le lac Victoria. Dans l'un et l'autre cas, le résultat est une pêcherie florissante mais avec d'importants effets socio-économiques... (D'après résumé d'auteur)

L'hémoglobine de 5 espèces de tilapia des genres #Oreochromis$ et #Sarotherodon$ (#O. niloticus$, #O. aureus$, #O. andersonii$, #S. galileus$, #S. melanotheron$) a été étudiée. Par filtration sur gel chromatographique, un poids moléculaire de 67-69 kDa a été déterminé pour les molécules tétramériques qui restent stables entre pH 5,0 et 9,1. Quand elles sont soumises à une électrophorèse en gel de polyacrylamide Urée-SDS, les hémoglobines de toutes les espèces se séparent en monomères de 3 différents poids moléculaires allant de 16,3 à 17,6 kDa. Par la suite, les hémolysats de chaque espèce sont séparés par isoélectrophorèse en 23 hémoglobines tétramériques chargées différemment qui ont donné des modèles caractéristiques de chaque espèce. Il a été montré que ces différences résultaient de la présence de différents types de chaînes de globines. Par électrophorèse sur gel de polyacrylamide en présence d'acide urique, un total de 7 alpha-globines et 5 bêta-globines a été détecté et les variants caractéristiques des espèces ont été identifiés. De plus, des types d'hémoglobine caractéristiques de sous-espèces ont été trouvés chez #O. niloticus$ (#O. n. niloticus$, #O. n. sugutae$). Pour déterminer la composition en chaînes de globines d'un tétramère, après extraction de chacune des 26 bandes obtenues par isoélectrophorèse, chacune d'entre elle a été analysée par électrophorèse en présence d'urée. Il a été trouvé que les tétramères étaient formés de doublets de chaînes identiques alpha et bêta (tétramères symétriques), ou des combinaisons de trois ou quatre chaînes distinctes (tétramères asymétriques). Enfin, les chaînes de globines de #O. niloticus$ ont été partiellement séquencées à partir de leur partie N terminale. Des différences dans la composition des trois chaînes majeures ont été observées (position 9, 12, 21, 29), alors que les chaînes sont bloquées de manière N terminale... (D'après résumé d'auteur)

Cette communication montre une évaluation comparative des différentes techniques largement utilisées en génétique des populations. Dans un premier temps, nous dressons la liste des différents types de marqueurs en même temps que nous considérons leurs avantages et désavantages respectifs. Ensuite, nous présentons des exemples de leur utlisation à partir de nos travaux : polymorphisme de réaction antigène anticorps, allozymes, marqueurs nucléaires anonymes, polymorphisme d'amplification aléatoire, minisatellites, microsatellites, variation de l'ADN mitochondrial, RFLP, SSCP, séquençage. Le choix du marqueur dépendra de la question particulière à laquelle on veut répondre : hétérozygotie et sélection versus dérive génétique dans les populations naturelles, marqueurs génétiques pour les recherches en aquaculture. Des exemples de nos propres travaux qui illustrent ces points sont présentés. (Résumé d'auteur)

L'aptitude des ovules à être fécondés, le taux de survie et la croissance larvaire ainsi que la variabilité génétique à 23 locus, ont été analysés dans deux populations représentant les générations F1 et F4 du siluriforme africain #Heterobranchus longifilis$ Valenciennes, 1840. Une perte de variabilité génétique a été observée dans la génération F4 par rapport à la génération F1 et dans la génération F1 par rapport à la population sauvage. Ainsi, pour 23 loci étudiés, on observe un seul locus polymorphe avec deux allèles pour la génération F4, deux locus polymorphes avec deux allèles pour la génération F1, alors que la population sauvage est caractérisée par deux locus polymorphes dont l'un est représenté par trois allèles. La souche F1 est caractérisée par un plus faible taux de larves déformées et une plus forte survie au quatorzième jour que la souche F4. Cette différence dans les taux de survie n'a pas permis d'interpréter les différences observées pour les vitesses de croissance. Ces résultats montrent que #H. longifilis$ est une espèce pour laquelle la perte de variabilité génétique entraîne rapidement des baisses de performances sensibles. L'intérêt de la cryoconservation des gamètes domme solution palliative à cette perte de variabilité génétique ou comme moyen de la restaurer à travers une banque de gènes est discuté. Une technique originale de cryoconservation du sperme de #H. longifilis$ est présentée. (Résumé d'auteur)

La vitesse de croissance de trois souches sauvages de #Oreochromis niloticus$, Ghana (GHA), Niger (NIG) et Sénégal (SEN), a été comparée à celle d'une souche domestique, la souche Bouaké (BKE). Cette souche provient d'un croisement entre une souche du bassin de la Volta (Burkina-Faso, arrivée en 1957) et une souche du bassin du Nil (Ouganda, arrivée en 1968). L'ensemble du matériel biologique était constitué de juvéniles, qui ont été grossis puis mis en reproduciton en bacs cimentés pour les comparaisons de croissance. Les différents tests se sont déroulés sur une période de cinq mois. La ration alimentaire, identique pour tous les étangs était basée sur le groupe ayant le poids moyen le plus élevé. Chaque mois, une pêche de contrôle a permis d'ajuster cette ration. Tous les poissons ont été pesés individuellement à la mise en charge et à la vidange. Sur le plan zootechnique, en nous basant sur l'évolution des poids moyens, la croissance journalière individuelle et l'indice de consommation, les souches présentant les meilleurs performances de croissance seraient BKE et SEN. Les conséquences sur l'utilisation de ces différentes souches sont discutées. (Résumé d'auteur)

Les arrangements concernant l'accès et la propriété des ressources génétiques aquatiques sont bien moins développés que ceux concernant les ressources génétiques pour l'agriculture, en particulier en ce qui concerne les plantes. Quoi qu'il en soit, des définitions de propriété et d'accès plus régulés aux ressources génétiques aquatiques sont prévisibles suivant la tendance observée pour les plantes et le bétail. La plupart des pays ont nationalisé leurs ressources génétiques à travers la convention sur la diversité biologique, et les tentatives pour privatiser les ressources génétiques vont croissant à travers la cession de brevets et autres mécanismes de propriété intellectuelle ainsi qu'à travers les droits des fermiers, éleveurs et populations indigènes. Ces développements sont revus avec des références aux recherches et développements en aquaculture incluant les approches prises par l'Iclarm. Les possibilités futures de propriété et d'accès aux ressources génétiques sont discutées. (Résumé d'auteur)

Les deux espèces de poissons d'eaux douces les plus importantes économiquement pour l'aquaculture en Afrique du Sud sont la truite arc-en-ciel #Oncorhynchus mykiss$ et le poisson chat #Clarias gariepinus$. La truite arc-en-ciel est une espèce introduite, importée pour la première fois d'Angleterre en 1897 pour la pêche sportive. Cette introduction peut être considérée comme un succès du point de vue de la pêche et de l'aquaculture mais elle a eu des effets négatifs sur un grand nombre d'espèces de poissons autochtones. Les truites arc-en-ciel d'Afrique du Sud sont exportées dans l'hémisphère nord en été (localement en hiver), et font preuve de performances exceptionnelles. Des élevages locaux varient en vitesse de croissance et en taux de survie en raison de mélanges de stocks importés de plusieurs pays et de variations génotypiques. Des différences allozymiques entre des populations sauvages et domestiques de #C. gariepinus$ ont été observées et reliées à des différences de stratégies dans la gestion des stocks. Cela a des répercussions pour la conservation de l'espèce dans la mesure où les éleveurs achètent leurs stocks de géniteurs à d'autres éleveurs, parfois éloignés de plusieurs centaines de kilomètres, et parce que ces poissons diffèrent génétiquement des populations locales. Des variations phénotypiques sont affectées par le polymorphisme allozymique ; une association a été trouvée entre des caractères génétiques et des performances de croissance chez le poisson chat. On a également montré une action sélective des cryodiluents et des vitesses de congélation sur les spermatozoïdes (sélection des spermatozoïdes présentant certaines combinaisons alléliques). La sélection des stocks de géniteurs pour l'aquaculture et l'utilisation de la cryopréservation pour l'aquaculture ou pour la conservation est discutée sur la base des informations précédentes. (Résumé d'auteur)

Les poissons transgéniques ouvrent des perspectives intéressantes pour les études sur la biologie du développement et l'expression in vivo des gènes ; ils sont utiles comme modèles dans les recherches biomédicales et ils rendent possible l'augmentation de la production aquacole par sélection en manipulant des caractères commercialement importants. Cette revue s'attache aux buts, aux procédures et aux conséquences environnementales de la fabrication de poissons transgéniques. En général, le matériel génétique provient d'une autre espèce de poisson. Il est constitué d'une séquence promoteur qui contrôle l'expression, d'un transgène qui code pour le caractère désiré, d'un élément régulateur distant, et d'un vecteur plasmidien ou viral. Les transgènes peuvent être subdivisés selon la nature du caratère pour lequel ils codent : gain d'une nouvelle fonction, protéine de régulation, perte de fonction. La méthode de transfert pour une intégration stable dans le génome est concentrée sur le zygote ou le jeune embryon ; l'utilisation de massifs cellulaires est également envisagée. Habituellement, on procède par approximation successive pour insérer correctement le gène dans le génome parce que les méthodes de recombinaison homologue ne sont pas encore utilisables. La micro-injection est la principale méthode pour administrer le nouvel ADN. Les implications pour l'aquaculture sont principalement l'augmentation de la croissance, de la résistance au froid et aux maladies. La biosécurité et les problèmes environnementaux en relation avec les poissons transgéniques devraient être convenablement abordés avant chaque dissémination dans l'environnement naturel... (D'après résumé d'auteur)

La croissance des souches Niger et Bouaké de #Clarias anguillaris$ (Linné, 1758) a été comparée. Des populations mixtes (1:1) de chaque souche ont été élevées pendant huit mois avec nourrissage à l'aliment M2GE titrant à 45% de protéine, suivant une ration journalière équivalente à 3% de leur biomasse. Une série de 6 bacs bétonnés de 15 m3 chacun, à raison de 3 bacs par souche, pour un volume d'eau utile de 11,2 m3 a été utilisée. Chaque structure contenait 30 fingerlings avec un poids moyen variant entre 51,08 et 54,37 g pour la souche Niger et entre 55,12 et 55,48 g pour la souche Bouaké. La température de l'eau a varié entre 24 et 28,8°C. Les souches Niger et Bouaké de #C. anguillaris$ se caractérisent par des performances zootechniques presque analogues. Le taux de survie en fin de cycle varie entre 76 et 96%. #C. anguillaris$ Niger a un meilleur indice de conversion de l'aliment. Celui-ci varie entre 4,2 et 4,7 contre 5,5 et 6,6 pour #C. anguillaris$ Bouaké. La souche Niger a une meilleure croissance (1,23 g/j) qui diffère significativement de celle de la souche Bouaké (1,0 g/j) (p0,01). Cette différence de croissance est relativement faible et pourrait s'expliquer par l'hétérogénéité en taille et poids des populations de fingerlings en début d'élevage. (Résumé d'auteur)

Des outils graphiques illustrant les relations entre les variables génétiques ont été appliqués aux données de FishBase, une encyclopédie électronique qui contient des informations biologiques sur les poissons. Un graphique montrant les valeurs de polymorphime enzymatique en fonction de l'hétérozygotie attendue pour plus de 800 populations met en évidence une relation de type linéaire. Ce graphique a été utilisé pour identifier les déviations observées à ce modèle linéaire dans certaines études et constitue donc un moyen pour identifier les populations aux caractéristiques particulières. D'autres figures ont été faites en utilisant la quantité d'ADN par noyau (sur plus de 350 espèces) ou le nombre de chromosomes (sur plus de 1300 espèces) en fonction de l'ordre phylogénétique basée sur la classification taxinomique publiée par J. Nelson (1994). On observe des tendances à la baisse de la quantité d'ADN par noyau ainsi que du nombre de chromosomes, malgré une grande variation, au sein de l'ordre. Les raisons possibles pour de telles tendances sont discutées. (Résumé d'auteur)

Trois populations de #Sarotherodon melanotheron$ en provenance de Sénégal, de Côte d'Ivoire et du Congo, ont été testé pour leur vitesse de croissance. La population originaire du Sénégal a présenté un coefficient de croissance stable tout au long de l'expérimentation et voisin de 2 (1,5 g/jour à 70 g). Les populations originaires de la Côte d'Ivoire et du Congo ont vu leurs coefficients de croissance décroître régulièrement de 2 à 0,5 (maximum (0,5 g/j). La population du Sénégal offre donc des potentialités très intéressante pour l'aquaculture lagunaire. (Résumé d'auteur)