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101. Le « C-type Natriuretic Peptide » (CNP) comme arme dans la lutte contre les biofilms de Pseudomonas aeruginosa : Présentation du mécanisme d’action

Author: Clamens, Thomas, Kentache, Takfarinas, Hardouin, Julie, Cosette, Pascal, Bazire, Alexis, Crépin, Alexandre, Dufour, Alain, Bouffartigues, Emeline, Chevalier, Sylvie, Feuilloley, Marc, Lesouhaitier, Olivier, Lesouhaitier, Olivier, Laboratoire de Microbiologie Signaux et Microenvironnement (LMSM), Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU), Polymères Biopolymères Surfaces (PBS), Institut national des sciences appliquées Rouen Normandie (INSA Rouen Normandie), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Normandie Université (NU)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Normandie Université (NU)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Institut Normand de Chimie Moléculaire Médicinale et Macromoléculaire (INC3M), Institut de Chimie du CNRS (INC)-École Nationale Supérieure d'Ingénieurs de Caen (ENSICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Institut national des sciences appliquées Rouen Normandie (INSA Rouen Normandie), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Normandie Université (NU)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Le Havre Normandie (ULH), Normandie Université (NU)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-École Nationale Supérieure d'Ingénieurs de Caen (ENSICAEN), Normandie Université (NU)-Université Le Havre Normandie (ULH), Normandie Université (NU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Plate-forme de Protéomique PISSARO, Institute for Research and Innovation in Biomedicine (IRIB), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marine (LBCM), Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marines (LBCM), Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), and Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: [SDV.BC.IC]Life Sciences [q-bio]/Cellular Biology/Cell Behavior [q-bio.CB], [SDV.BC.IC] Life Sciences [q-bio]/Cellular Biology/Cell Behavior [q-bio.CB], [SDV.MP.BAC] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology, [SDV.MP.BAC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: International audience
Published: 2016

102. Les frontières de l'environnement marin sénégalais

Author: Marie Bonnin, Betty Queffelec, Laboratoire des Sciences de l'Environnement Marin (LEMAR) (LEMAR), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Aménagement des Usages des Ressources et des Espaces marins et littoraux - Centre de droit et d'économie de la mer (AMURE), Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Bonnin Marie, Ly I., Queffelec B., Ngaido M., Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Bonnin, Marie (ed.), Ly, I. (ed.), Queffelec, B. (ed.), and Ngaido, M. (ed.)
Subjects: Sénégal, [SHS.DROIT]Humanities and Social Sciences/Law, Etat côtier, Convention de Montego Bay, Droit, OS, Frontières maritimes, Ressources biologiques, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, Environnement marin
Abstract: International audience; La Convention de Montego Bay (CMB) marque une forte extension de l’emprise de l’Etat côtier sur les espaces maritimes1. Elle va de paire avec une extension de ses obligations en matière d’environnement marin avec notamment sa partie XII qui y est consacrée2 mais aussi ses obligations en matière de gestion des ressources biologiques qui s’y trouvent3. Les limites administratives nationales (chap.1) et les frontières maritimes (chap.2) constituent le socle sur lequel vient se construire le droit sénégalais relatif à l’environne-ment marin et côtier (voir carte couleur n°1 en fin d’ouvrage).
Published: 2016

103. Droit de l'environnement marin et côtier au Sénégal

Author: Marie Bonnin, Gueye, P. M. S., Bonnin, Marie (ed.), Ly, I. (ed.), Queffelec, B. (ed.), Ngaido, M. (ed.), Laboratoire des Sciences de l'Environnement Marin (LEMAR) (LEMAR), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Aménagement des Usages des Ressources et des Espaces marins et littoraux - Centre de droit et d'économie de la mer (AMURE), Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD), Bonnin Marie, Ly I., Queffelec B., Ngaido M., Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), and Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: Sénégal, [SHS.DROIT]Humanities and Social Sciences/Law, Constitution, Cadre institutionnel, Loi, Droit, OS, Collectivités territoriales, Protection de l’environnement, Zone marine, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, Zone côtière
Abstract: International audience; La libre administration des collectivités territoriales est reconnue par la constitution sénégalaise. L’article 102 de la constitution rappelle qu’elles constituent le cadre institutionnel de la participation des citoyens à la gestion des affaires publiques. Le lien entre l’environnement et les collectivités locales est consacré par l’article 3 du nouveau code général des collectivités locales du Sénégal de 2013 qui dispose que « les collectivités locales ont pour mission la conception, la programmation et la mise en œuvre des actions de développement économique, social et environnemental d’intérêt local ». Elles seraient ainsi invitées à participer activement au développement des activités humaines et la protection de l’environnement y compris dans la zone marine et côtière. Cette loi étant récente, elle dispose pour l’instant d’une application pratique faible et il sera important de suivre, dans les années à venir, la réelle application de ces dispositions et l’impact que celles-ci peuvent avoir sur la protection de l’environnement marin et côtier.
Published: 2016

104. L'intégration de l'environnement marin dans le droit applicable aux ports

Author: Ndiaye, F., Kane, K. A., Marie Bonnin, Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD), Université Assane SECK de Ziguinchor (UASZ), Laboratoire des Sciences de l'Environnement Marin (LEMAR) (LEMAR), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Aménagement des Usages des Ressources et des Espaces marins et littoraux - Centre de droit et d'économie de la mer (AMURE), Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Bonnin Marie, Ly I., Queffelec B., Ngaido M., Bonnin, Marie (ed.), Ly, I. (ed.), Queffelec, B. (ed.), Ngaido, M. (ed.), Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: Encadrement juridique, [SHS.DROIT]Humanities and Social Sciences/Law, Droit, OS, Ports, Activités portuaires, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, Sénégal
Abstract: International audience; L’importance d’un port au sein de l’économie d’un pays n’est plus à démontrer. En effet, pour les pays disposant d’une façade maritime, le port est un atout majeur pour le développement de leur commerce et de leur économie. Avec 700 km de côtes, le Sénégal dispose d’un port autonome et de 3 ports se-condaires. Le rôle du port Autonome de Dakar a largement évolué depuis les indépendances lui permettant même d’être un port de substitution face aux crises qui ont frappé les ports de Tema, Lomé et Cotonou. L’historique des différents ports sénégalais permettra ainsi de montrer leur importance avant de déterminer leur cadre juridique et institutionnel et de présenter l’encadre-ment juridique des risques liés au développement des activités portuaires.
Published: 2016

105. Droit de l'environnement marin et côtier au Sénégal

Author: Ndiaye, F., Marie Bonnin, Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD), Laboratoire des Sciences de l'Environnement Marin (LEMAR) (LEMAR), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Aménagement des Usages des Ressources et des Espaces marins et littoraux - Centre de droit et d'économie de la mer (AMURE), Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Bonnin Marie, Ly I., Queffelec B., Ngaido M., Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Bonnin, Marie (ed.), Ly, I. (ed.), Queffelec, B. (ed.), Ngaido, M. (ed.), Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), and Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: Droit, Sénégal, [SHS.DROIT]Humanities and Social Sciences/Law, OS, Minier, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: International audience
Published: 2016

106. La mise en place d'aires protégées comme mode de protection

Author: Marie Bonnin, Ly, I., Laboratoire des Sciences de l'Environnement Marin (LEMAR) (LEMAR), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Aménagement des Usages des Ressources et des Espaces marins et littoraux - Centre de droit et d'économie de la mer (AMURE), Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD), Bonnin Marie, Ly I., Queffelec B., Ngaido M., Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: Espaces naturels, Droit, Sénégal, [SHS.DROIT]Humanities and Social Sciences/Law, Engagements internationaux, OS, Conservation, Biodiversité, Zone marine, Zone côtière, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology
Abstract: International audience; Face à la dégradation de sa frange marine et côtière, le Sénégal a initié une dynamique de conservation de ses espaces naturels. La protection de ces espaces découle des engagements internationaux pris par le Sénégal (voir carte couleur n°4 en fin d’ouvrage) en faveur de la conservation de la biodiversité marine et côtière (1) et de la mise en place à l’échelle nationale d’un réseau d’aires protégées le long du littoral (2).
Published: 2016

107. Droit de l'environnement marin et côtier au Sénégal

Author: Ndao, S., Marie Bonnin, Bonnin, Marie (ed.), Ly, I. (ed.), Queffelec, B. (ed.), Ngaido, M. (ed.), Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD), Laboratoire des Sciences de l'Environnement Marin (LEMAR) (LEMAR), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Aménagement des Usages des Ressources et des Espaces marins et littoraux - Centre de droit et d'économie de la mer (AMURE), Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Bonnin Marie, Ly I., Queffelec B., Ngaido M., Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), and Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: Ressources halieutiques, [SHS.DROIT]Humanities and Social Sciences/Law, Cadre juridique, Droit, OS, Gestion, Conservation, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, Pêches, Stocks, Sénégal
Abstract: International audience; Le Sénégal a une longue tradition de pêche et l’importance socio-économique de la pêche au Sénégal n’a cessé de croître au cours des dernières décennies. Dans le même temps, les caractéristiques de la pêche au Sénégal ont énormément évoluées. D’abord activité traditionnelle, l’activité a rapidement évolué sous l’effet des nouvelles technologies et du développement de la pêche piroguière. Le Sénégal au cœur d’un up-welling bénéficie de conditions naturelles particulièrement favorables à l’exploitation des ressources halieutiques. Ce phénomène d’upwelling contribue à la richesse halieutique du littoral sénégalais. Cette dernière se traduit par la présence d’une importante biodiversité marine et côtière. Cependant, face au développement du secteur de la pêche et aux inquiétudes sur l’état des stocks développés à la fois par les pêcheurs artisans et par la communauté scientifique, l’État sénégalais a progressivement régulé cette activité. En effet, les ressources halieutiques sénégalaises (1) pâtissent des évolutions du secteur de la pêche maritime (2). L’adoption d’un cadre juridique national (3) vise à établir des mesures de gestion et de conservation (4) mais également à organiser la coopération en matière de pêche maritime(5).
Published: 2016

108. Evaluating ecosystem-level anthropogenic impacts in a stressed transitional environment: The case of the Seine estuary

Author: Marie Cachera, Nathalie Niquil, Justine Lequesne, Valérie Girardin, Jean-Claude Dauvin, Armonie Tous Rius, Aurore Raoux, Géraldine Lassalle, Samuele Tecchio, Philippe Riou, Jérémy Lobry, Aurélie Chaalali, Biologie des Organismes et Ecosystèmes Aquatiques (BOREA), Sorbonne Université (SU)-Université des Antilles (UA)-Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Morphodynamique Continentale et Côtière (M2C), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU), Laboratoire de Mathématiques Nicolas Oresme (LMNO), Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA), Laboratoire des Sciences de l'Environnement Marin (LEMAR) (LEMAR), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire Environnement et Ressources de Normandie, Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université des Antilles (UA)-Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Sorbonne Université (SU)-Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU), Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer - 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Subjects: 0106 biological sciences, 010504 meteorology & atmospheric sciences, Seine estuary, General Decision Sciences, Estuarine ecosystem, Ecological succession, Linear inverse model, 01 natural sciences, E3, media_common.cataloged_instance, Ecosystem, 14. Life underwater, European union, Ecology, Evolution, Behavior and Systematics, 0105 earth and related environmental sciences, media_common, Trophic level, geography, Biomass (ecology), Ecosystem health, [ SDE.BE ] Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, English Channel, geography.geographical_feature_category, Ecology, 010604 marine biology & hydrobiology, ACL, Estuary, 15. Life on land, Food web, 13. Climate action, Environmental science, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology
Abstract: 00000; International audience; During 2002–2005, a new container terminal in the commercial harbour of Le Havre, named “Port2000”, was built on the northern flank of the Seine estuary, northern France. This extension is already known to have modified the estuary current and sediment dynamics, as well as reducing biomass of the suprabenthos assemblage, for the whole downstream part of the system. However, studies on other biotic communities were largely inconclusive, and an ecosystem-wide analysis was still lacking. Here, we performed a before/after study of ecosystem dynamics of the different habitats of the Seine estuary, using a Linear Inverse Modelling technique (LIM-MCMC) to estimate all flows occurring in the food web. Ecological Network Analysis indices were calculated, summarising ecosystem functioning traits and giving indications about the habitat health status. Results showed that the southern flank (FS, Fosse Sud) exhibits all characteristics to be considered as the least stressed habitat of the estuary: system activity and functional specialisation of flows were stable between periods, ecosystem recycling processes and detrital dynamics were also stable; an increase in trophic specialisation (decrease in system omnivory) was the only change confirming a general ecological succession. The northern flank (FN, Fosse Nord), where the actual terminal was built, showed a food web with increased importance of lower trophic levels (increased detritivory and carbon recycling), increased stability and flow efficiency, but possibly regressed to a previous step in ecological succession. In the central navigation channel (CH), patterns of network indices were overall inconclusive and the general image is one of a constantly shifting food web, a condition possibly caused by the year-round dredging activities. The functioning of the Seine estuary – especially of FN and FS – seems to have been modified by the combination of harbour construction and the related mitigation measures. Network indices partially captured this combination of changes and, although not fully operational yet, they are promising tools to comply with the European Union mandate of defining ecosystem health status.
Published: 2016
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109. Carbohydrates From Seaweeds

Author: Nathalie Bourgougnon, Valérie Stiger-Pouvreau, Eric Deslandes, Laboratoire des Sciences de l'Environnement Marin (LEMAR) (LEMAR), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marines (LBCM), Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Joël Fleurence, and Ira Levine
Subjects: 0106 biological sciences, 0303 health sciences, 010604 marine biology & hydrobiology, OS, Biogas, Seaweeds, Biology, 01 natural sciences, 03 medical and health sciences, Seaweed farming, Osmoregulation, Algoculture, Polysaccharides, [SDE]Environmental Sciences, Botany, Adhesion, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, 030304 developmental biology
Abstract: International audience; This chapter presents a description of carbohydrates produced by macroalgae. A general description of seaweeds is provided together with a brief overview of the cell wall of these organisms and their harvesting worldwide. Definitions of mono-/di-, and polysaccharides are given to assist the reader in understanding the chapter. Because of the great diversity of seaweeds, the carbohydrates produced by macroalgae are presented by treating each class separately (green, red, and brown). Particular attention is paid to the chemical structure of carbohydrates, their variability, and the mechanisms of hydrogel formation specific to each phycocolloid. The second part of this contribution is focused on the particularities of carbohydrates involved in certain physiological functions (eg, osmoregulation and adhesive properties). We also discuss the advantages of using phycocolloids to form hydrogels for medical and pharmaceutical applications, which have led to the harvesting of macroalgae for industrial applications. We point out the importance of studying these carbohydrates, not only in terms of evolution within living organisms (lignin) but also in terms of benefit for our society (seaweed farming and bioethanol production).
Published: 2016
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110. Neuropeptidome of the Cephalopod Sepia officinalis : Identification, Tissue Mapping, and Expression Pattern of Neuropeptides and Neurohormones during Egg Laying

Author: Joël Henry, Céline Zatylny-Gaudin, Benoit Bernay, Bruno Zanuttini, Alexandra Kraut, Erwan Corre, Alexandre Leduc, Yohan Couté, Johan Gardères, Gildas Le Corguillé, Valérie Cornet, Biologie des Organismes et Ecosystèmes Aquatiques (BOREA), Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université des Antilles (UA), Biologie des mollusques marins et des écosystèmes associés (BioMEA), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), SAPHYN (SAnté et PHYsique Nucléaire), Equipe MAD - Laboratoire GREYC - UMR6072, Groupe de Recherche en Informatique, Image, Automatique et Instrumentation de Caen (GREYC), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-École Nationale Supérieure d'Ingénieurs de Caen (ENSICAEN), Normandie Université (NU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Station biologique de Roscoff [Roscoff] (SBR), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), ABiMS - Informatique et bioinformatique = Analysis and Bioinformatics for Marine Science (FR2424), Station biologique de Roscoff (SBR), Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Interactions Cellules Organismes Environnement (ICORE), CHU Caen, Normandie Université (NU)-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN)-Normandie Université (NU)-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN)-Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU), Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marines (LBCM), Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bretagne Sud (UBS), Etude de la dynamique des protéomes (EDyP), Laboratoire de Biologie à Grande Échelle (BGE - UMR S1038), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Centre de recherche en gestion (CRG), École polytechnique (X)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université des Antilles (UA)-Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Sorbonne Université (SU)-Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU), Groupe de Recherche en Informatique, Image et Instrumentation de Caen (GREYC), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Nationale Supérieure d'Ingénieurs de Caen (ENSICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Nationale Supérieure d'Ingénieurs de Caen (ENSICAEN), Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Etude de la dynamique des protéomes (EDyP ), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Sorbonne Université (SU)-Université des Antilles (UA)-Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-CHU Caen, Normandie Université (NU)-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN)-Tumorothèque de Caen Basse-Normandie (TCBN), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Laboratoire d'étude de la dynamique des protéomes (LEDyP), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), ABiMS - Informatique et bioinformatique = Analysis and Bioinformatics for Marine Science (ABIMS), Fédération de recherche de Roscoff (FR2424), and Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Station biologique de Roscoff (SBR)
Subjects: 0301 basic medicine, medicine.medical_specialty, Sepia, Proteome, Oviposition, In silico, [SDV]Life Sciences [q-bio], Molecular Sequence Data, Neuropeptide, Biology, Biochemistry, Transcriptome, 03 medical and health sciences, Internal medicine, Hemolymph, medicine, Animals, [SDV.BBM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, Amino Acid Sequence, RNA, Messenger, cuttlefish, brain, egg-laying neuropeptidome, transcriptome, neurohormones, Illumina dye sequencing, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Neurotransmitter Agents, Neuropeptides, Molecular Sequence Annotation, [SDV.BDLR]Life Sciences [q-bio]/Reproductive Biology, General Chemistry, Cell biology, 030104 developmental biology, Endocrinology, Organ Specificity, Female, Neurohormones
Abstract: International audience; Cephalopods exhibit a wide variety of behaviors such as prey capture, communication, camouflage, and reproduction thanks to a complex central nervous system (CNS) divided into several functional lobes that express a wide range of neuropeptides involved in the modulation of behaviors and physiological mechanisms associated with the main stages of their life cycle. This work focuses on the neuropeptidome expressed during egg-laying through de novo construction of the CNS transcriptome using an RNAseq approach (Illumina sequencing). Then, we completed the in silico analysis of the transcriptome by characterizing and tissue-mapping neuropeptides by mass spectrometry. To identify neuropeptides involved in the egg-laying process, we determined (1) the neuropeptide contents of the neurohemal area, hemolymph (blood), and nerve endings in mature females and (2) the expression levels of these peptides. Among the 38 neuropeptide families identified from 55 transcripts, 30 were described for the first time in Sepia officinalis, 5 were described for the first time in the animal kingdom, and 14 were strongly overexpressed in egg-laying females as compared with mature males. Mass spectrometry screening of hemolymph and nerve ending contents allowed us to clarify the status of many neuropeptides, that is, to determine whether they were neuromodulators or neurohormones.
Published: 2015
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111. Vibrio tapetis, the causative agent of Brown Ring Disease, forms biofilms with spherical components

Author: Sophie eRodrigues, Christine ePaillard, Gael eLe Pennec, Alain eDufour, Alexis eBazire, Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marines (LBCM), Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire des Sciences de l'Environnement Marin (LEMAR) (LEMAR), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), ANR-10-LABX-0019,LabexMER,LabexMER Marine Excellence Research: a changing ocean(2010), and Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: Microbiology (medical), lcsh:QR1-502, temperature effect, Polysaccharide, Microbiology, biofilm, lcsh:Microbiology, 03 medical and health sciences, chemistry.chemical_compound, Ruditapes philippinarum, Confocal laser scanning microscopy, 14. Life underwater, Pathogen, 030304 developmental biology, Original Research, spherical components, chemistry.chemical_classification, Vibrio tapetis, 0303 health sciences, biology, 030306 microbiology, ACL, Biofilm, biochemical phenomena, metabolism, and nutrition, biology.organism_classification, salinity effect, [SDV.MP.BAC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology, In vitro, Brown Ring Disease, chemistry, Brown ring disease, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, Bacteria, DNA, Salinity effect
Abstract: International audience; Vibrio tapetis is a marine bacterium causing Brown Ring Disease (BRD) in the Manila clam Ruditapes philippinarum. V. tapetis biofilm formation remains unexplored depite the fact that it might be linked to pathogenicity. Our objectives were to characterize the in vitro biofilm formation of V. tapetis and evaluate the effects of culture conditions. Biofilm structure and its matrix composition were examined by confocal laser scanning microscopy and scanning electron microscopy. V. tapetis was able to form biofilms on a glass substratum within 24 h. Polysaccharides and extracellular DNA of the biofilm matrixes were differently distributed depending on the V. tapetis strains. Spherical components of about 1-2 μm diameter were found at the biofilm surface. They contain DNA, proteins, and seemed to be physically linked to bacteria and of cellular nature. Transmission electron microscopy showed that the spherical components were devoid of internal compartments. Temperatures >21°C inhibit BRD whereas low salinity (2%) favor it, none of the both conditions altered V. tapetis' ability to form biofilms in vitro. We suggest therefore that biofilm formation could play a role in the persistence of the pathogen in clam than in BRD symptoms.
Published: 2015
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112. Un premier pas vers la représentation de la nature devant le juge sénégalais : la reconnaissance des dommages à l’environnement marin

Author: I. Ly, Marie Bonnin, Mohamed Diedhiou, Laboratoire des Sciences de l'Environnement Marin (LEMAR) (LEMAR), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Aménagement des Usages des Ressources et des Espaces marins et littoraux - Centre de droit et d'économie de la mer (AMURE), Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD), Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: sea, droit, 0211 other engineering and technologies, 02 engineering and technology, 010501 environmental sciences, 01 natural sciences, Afrique, Sénégal, [SHS.DROIT]Humanities and Social Sciences/Law, mer, environmental law, pollution, GE1-350, 14. Life underwater, law, ACLN, lcsh:Environmental sciences, 0105 earth and related environmental sciences, lcsh:GE1-350, océan, 021107 urban & regional planning, ocean, environnement, Senegal, Environmental sciences, droit de l’environnement, Africa, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology
Abstract: Les côtes sénégalaises doivent faire face à plusieurs enjeux économiques, environnementaux, sociaux et humains. Les atteintes à l’environnement marin et côtier s’inscrivent dans un cadre juridique et institutionnel jusque-là insuffisant du fait tant de l’imprécision de certains textes juridiques que de leur très relative effectivité. Toutefois, le juge sénégalais par un premier jugement percutant vient contrecarrer cette affirmation et s’instaure comme un nouvel acteur du droit de l’environnement pour faire face à la vulnérabilité du milieu marin. En effet, en condamnant les auteurs d’atteintes à l’environnement, le Tribunal de Dakar s’est distingué en reconnaissant l’importance des atteintes à l’environnement mais également en sanctionnant les préjudices causés à l’environnement marin. The coasts of Senegal must face several economic, environmental, social and human issues. It’s often difficult to punish those responsible for the damage to the coastal and marine environment because of an insufficient legal and institutional framework and its relative application. However, in a first major judgement, a Senegalese judge has challenged this assertion. By doing so, the judge tries to play a new role as an actor in the protection of the marine environment. By sentencing those who damage marine environments, the court of Dakar recognises the importance of the attacks to the environment and has punished the perpetrators of the environmental damage.
Published: 2015
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113. The absence of the Pseudomonas aeruginosa OprF protein leads to increased biofilm formation through variation in c-di-GMP level

Author: Alain Dufour, Olivier Lesouhaitier, Joerg Overhage, Gwendoline Gicquel, Gerald Brenner-Weiss, Alexis Bazire, Joana A. Moscoso, Olivier Maillot, Rachel Duchesne, Alain Filloux, Sylvie Chevalier, Nicole Orange, Thibaut Rosay, Magalie Bénard, Patrice Lerouge, Marc G. J. Feuilloley, Emeline Bouffartigues, Laurène Fito-Boncompte, Laboratoire de Microbiologie Signaux et Microenvironnement (LMSM), Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU), Imperial College London, Institute for Research and Innovation in Biomedicine (IRIB), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Plate-Forme de Recherche en Imagerie Cellulaire de Haute-Normandie (PRIMACEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Institute for Research and Innovation in Biomedicine (IRIB), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marines (LBCM), Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Karlsruhe Institute of Technology (KIT), Laboratoire de Glycobiologie et Matrice Extracellulaire Végétale (Glyco-MEV), Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marine (LBCM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-High-tech Research Infrastructures for Life Sciences (HeRacLeS), Normandie Université (NU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Bazire, Alexis, Laboratoire de Microbiologie du Froid – Signaux et Micro-Environnement ( LMDF-SME ), Université de Rouen Normandie ( UNIROUEN ), Normandie Université ( NU ) -Normandie Université ( NU ), Reproduction et développement des plantes ( RDP ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -École normale supérieure - Lyon ( ENS Lyon ), Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marines ( LBCM ), Université de Bretagne Sud ( UBS ) -Université de Brest ( UBO ), Institute for Research and Innovation in Biomedicine ( IRIB ), Normandie Université ( NU ) -Normandie Université ( NU ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Karlsruhe Institute of Technology ( KIT ), Laboratoire de Glycobiologie et Matrice Extracellulaire Végétale ( Glyco-MEV ), UR DER Développement et économie rurale, Institut Supérieur d'Agriculture Rhône-Alpes, Laboratoire Interdisciplinaire Carnot de Bourgogne ( LICB ), Université de Bourgogne ( UB ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), and Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)
Subjects: SIGMA-FACTOR SIGX, EXPRESSION, Microbiology (medical), OUTER-MEMBRANE PROTEIN, Mutant, lcsh:QR1-502, Biology, [ SDV.MP.BAC ] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology, medicine.disease_cause, Microbiology, lcsh:Microbiology, biofilm, Sigma factor, medicine, ECF, NATURAL sciences & mathematics, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Original Research, Science & Technology, CYSTIC-FIBROSIS, ROLES, RECEPTOR, Pseudomonas aeruginosa, exopolysaccharides, Biofilm, OprF, SigX, c-di-GMP, biochemical phenomena, metabolism, and nutrition, EXOPOLYSACCHARIDE PRODUCTION, GENE, [SDV.MP.BAC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology, Cell aggregation, POLYSACCHARIDE, Regulon, Porin, ddc:500, [SDV.MP.BAC] Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology, Bacterial outer membrane, Life Sciences & Biomedicine, MATRIX
Abstract: OprF is the major outer membrane porin in bacteria belonging to the Pseudomonas genus. In previous studies, we have shown that OprF is required for full virulence expression of the opportunistic pathogen Pseudomonas aeruginosa. Here, we describe molecular insights on the nature of this relationship and report that the absence of OprF leads to increased biofilm formation and production of the Pel exopolysaccharide. Accordingly, the level of c-di-GMP, a key second messenger in biofilm control, is elevated in an oprF mutant. By decreasing c-di-GMP levels in this mutant, both biofilm formation and pel gene expression phenotypes were restored to wild-type levels. We further investigated the impact on two small RNAs, which are associated with the biofilm lifestyle, and found that expression of rsmZ but not of rsmY was increased in the oprF mutant and this occurs in a c-di-GMP-dependent manner. Finally, the extracytoplasmic function (ECF) sigma factors AlgU and SigX displayed higher activity levels in the oprF mutant. Two genes of the SigX regulon involved in c-di-GMP metabolism, PA1181 and adcA (PA4843), were up-regulated in the oprF mutant, partly explaining the increased c-di-GMP level. We hypothesized that the absence of OprF leads to a cell envelope stress that activates SigX and results in a c-di-GMP elevated level due to higher expression of adcA and PA1181. The c-di-GMP level can in turn stimulate Pel synthesis via increased rsmZ sRNA levels and pel mRNA, thus affecting Pel-dependent phenotypes such as cell aggregation and biofilm formation. This work highlights the connection between OprF and c-di-GMP regulatory networks, likely via SigX (ECF), on the regulation of biofilm phenotypes.
Published: 2015
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114. The Atlantic surfclam fishery and offshore wind energy development: 1. Model development and verification

Author: Daphne M Munroe, Eric N Powell, John M Klinck, Andrew M Scheld, Sarah Borsetti, Jennifer Beckensteiner, Eileen E Hofmann, Rutgers, The State University of New Jersey [New Brunswick] (RU), Rutgers University System (Rutgers), University of Southern Mississippi (USM), Center for Coastal Physical Oceanography (CCPO), Old Dominion University [Norfolk] (ODU), Virginia Institute of Marine Science (VIMS), Aménagement des Usages des Ressources et des Espaces marins et littoraux - Centre de droit et d'économie de la mer (AMURE), Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), and Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: spatial model, ocean multi-use, Ecology, Middle Atlantic Bight, [SDE]Environmental Sciences, Aquatic Science, Oceanography, agent-based model, Ecology, Evolution, Behavior and Systematics, Atlantic surfclam
Abstract: Competing pressures imposed by climate-related warming and offshore development have created a need for quantitative approaches that anticipate fisheries responses to these challenges. This study used a spatially explicit, ecological-economic agent-based model integrating dynamics associated with Atlantic surfclam stock biology, decision-making behavior of fishing vessel captains, and fishing fleet behavior to simulate stock biomass, and fishing vessel catch, effort and landings. Simulations were implemented using contemporary Atlantic surfclam stock distributions and characteristics of the surfclam fishing fleet. Simulated distribution of fishable surfclam biomass was determined by a spatially varying mortality rate, fishing by the fleet was controlled by captain decisions based on previous knowledge, information sharing, and the ability to search and find fishing grounds. Quantitative and qualitative evaluation of simulation results showed that this modeling approach sufficiently represents Atlantic surfclam fishery dynamics. A fishing simulation showed that the captain's decision-making and stock knowledge, and the distribution of fishing grounds relative to home ports controlled the landed catch. The approach used herein serves as the basis for future studies examining response of the Atlantic surfclam fishery to a nexus of simultaneous, complex natural and anthropogenic pressures, and provides a framework for similar models for other resources facing similar pressures.
Published: 2022
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115. Failure of bivalve foundation species recruitment related to trophic changes during an extreme heatwave event

Author: Correia-Martins, Alana, Tremblay, Réjean, Bec, Béatrice, Roques, Cécile, Atteia, Ariane, Gobet, Angélique, Richard, Marion, Hamaguchi, Masami, Miyajima, Toshihiro, Hori, Masakazu, Miron, Gilles, Pouvreau, Stéphane, Lagarde, Franck, Institut des Sciences de la MER de Rimouski (ISMER), Université du Québec à Rimouski (UQAR), MARine Biodiversity Exploitation and Conservation (UMR MARBEC), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM), Saga University [Japon], Laboratoire des Sciences de l'Environnement Marin (LEMAR) (LEMAR), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), and Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: Extreme heatwave, Bivalves, Ecology, [SDE.MCG]Environmental Sciences/Global Changes, Reproduction, Aquatic Science, Cascade of environmental effects, Larval ecology, Phenology, Crassostrea gigas, Trophic changes, Climate change, Pacific oyster, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, Ecology, Evolution, Behavior and Systematics
Abstract: Bivalves are regulators of coastal lagoons and provide a wide range of ecosystem services. However, coastal lagoons are sensitive to climate change. Our objective was to describe the drivers of the cascade of ecological events that occurred during a summer heatwave and which resulted in recruitment failure of the Pacific oyster Crassostrea gigas. Results show that elevated temperatures and salinity caused a shift in planktonic food availability toward smaller taxa. These trophic changes did not affect food accumulation by oyster larvae or their fatty acid composition but did affect post-metamorphosis success, with up to 24% fewer young metamorphosed postlarvae at some sites and no development of juveniles at all sites. This resulted in the failure of oyster recruitment and in the development of tubeworms, a trophic and spatial competitor that can better ingest small particles. This knowledge suggests that, in the context of marine heatwaves, the ecological limits of oyster larvae are narrower than their physiological limits.
Published: 2022
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116. Benthic response to ammonium pulses in a tropical lagoon: implications for coastal environmental processes

Author: Jacques Clavier, Sandrine Chifflet, Laurent Chauvaud, Renaud Fichez, Guy Boucher, Laboratoire des Sciences de l'Environnement Marin (LEMAR) ( LEMAR ), Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer ( IFREMER ) -Université de Brest ( UBO ) -Institut Universitaire Européen de la Mer ( IUEM ), Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Université de Brest ( UBO ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Université de Brest ( UBO ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Biologie des organismes marins et écosystèmes ( BOME ), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), PNEC, Laboratoire des Sciences de l'Environnement Marin (LEMAR) (LEMAR), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Biologie des organismes marins et écosystèmes (BOME), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: 0106 biological sciences, microphytobenthos, tropic, Heterotroph, Aquatic Science, Biology, 010603 evolutionary biology, 01 natural sciences, chemistry.chemical_compound, Nutrient, Benthos, Nitrate, Ammonium, 14. Life underwater, Autotroph, Ecology, Evolution, Behavior and Systematics, Ecology, nutrient, [SDV.BID.EVO]Life Sciences [q-bio]/Biodiversity/Populations and Evolution [q-bio.PE], 010604 marine biology & hydrobiology, benthos, tropical lagoon, 6. Clean water, flux, eutrophication, [ SDV.BID.EVO ] Life Sciences [q-bio]/Biodiversity/Populations and Evolution [q-bio.PE], chemistry, 13. Climate action, Benthic zone, Environmental chemistry, Eutrophication, metabolism
Abstract: In New Caledonia, the benthic communities living in the coral reef lagoon around Noumea city are subjected to regular shifts from oligotrophic conditions typical of lagoon waters to nutrient enrichment due to waste water inputs. The influence of ammonium pulses on microphytobenthos production was experimentally tested under varying light intensities in the vicinity of Noumea. Benthic oxygen, ammonium and silicon fluxes at the sediment-water interface were measured in situ using benthic enclosures. Three ammonium concentrations were tested. Gross primary production was doubled with a 13.8 mu mol 1(-1) ammonium concentration increase. Fitted PI curves showed that maximum production (F-max) was linearly related to ammonium concentration, but not the optimal irradiance (I-k). Silicon fluxes were characterized by dissolution in the absence of light, a process that declined with increasing illumination. These results were attributed to microphytobenthos activity, mainly diatoms that are nutrient-limited and strongly reactive to ammonium inputs. Production may result from a multiplication of cells, but migration up to the water sediment interface may also be involved. Oxygen consumption was also significantly influenced by ammonium concentration as a positive linear relationship with added ammonium concentration was established. Even during short-term experiments, ammonium enrichment stimulated photoautotrophic production, increasing the energy available to heterotrophs. Furthermore, microbenthic activities as well as nitrate production were increased by ammoniaoxidizing bacteria able to grow chemolithotrophically at the expense of oxygen. Therefore, in the study area, pulses of urban waste waters resulted in a decrease of plant-related autotrophy in benthic communities. (c) 2004 Elsevier B.V. All rights reserved.
Published: 2005
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117. SUMMER MORTALITY OF CRASSOSTREA GIGAS (THUNBERG) IN RELATION TO ENVIRONMENTAL REARING CONDITIONS

Author: Patrick Soletchnik, Katherine Costil, Christophe Lambert, Laboratoire Environnement Ressources des Pertuis Charentais (LERPC), LITTORAL (LITTORAL), Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER), Laboratoire des Sciences de l'Environnement Marin (LEMAR) (LEMAR), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université européenne de Bretagne - European University of Brittany (UEB), Physiologie et Ecophysiologie des Mollusques Marins (PE2M), Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire Environnement Ressources des Pertuis Charentais (LER/PC), Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Lambert, Christophe, Laboratoire Environnement Ressources des Pertuis Charentais ( LERPC ), Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer ( IFREMER ), Laboratoire des Sciences de l'Environnement Marin (LEMAR) ( LEMAR ), Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer ( IFREMER ) -Université de Brest ( UBO ) -Institut Universitaire Européen de la Mer ( IUEM ), Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Université de Brest ( UBO ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Université de Brest ( UBO ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Université européenne de Bretagne ( UEB ), Physiologie et Ecophysiologie des Mollusques Marins ( PE2M ), Université de Caen Normandie ( UNICAEN ), and Normandie Université ( NU ) -Normandie Université ( NU ) -Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer ( IFREMER ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS )
Subjects: Oyster, animal structures, [SDV.BA] Life Sciences [q-bio]/Animal biology, Marennes-Oléron Bay, Zoology, hydrology, Marennes Oleron Bay, Aquatic Science, [ SDV.BA ] Life Sciences [q-bio]/Animal biology, Water column, biology.animal, Marine ecosystem, summer mortality, 14. Life underwater, biology, [SDV.BA]Life Sciences [q-bio]/Animal biology, fungi, food and beverages, biology.organism_classification, Fishery, Summer mortality, marine ecosystem, sediment, Crassostrea gigas, Crassostrea, Sediment, Hydrology, Bay, Organic content
Abstract: International audience; The purpose of this study is to investigate summer mortality of the cupped oyster, Crassostrea gigas, in relation to culture practices in the traditional oyster production region of Marennes-Oléron (France). Four oyster rearing conditions, varying culture location ("on-" or "off-bottom"), and site depth (65% to 80% daily immersion termed "deep" or 45% to 65%, termed "shallow") were studied to compare biologic performance and maturation status of oysters, in relation to sediment and water column parameters. The most severe mortality occurred in June to July in "on-bottom" reared oysters (25%), as compared with 10% mortality in "off-bottom" cultured oysters. Oysters (shell and meat) grew significantly better when reared "off-bottom" than "on-bottom." Reproductive effort was almost double in "off-bottom" reared oysters, compared with those "on-bottom"; thus, reproduction cannot be directly related to mortality in this summer mortality event. Low glycogen content recorded for both "on" and "off-bottom" reared oysters in summer, confirmed the probable lack of food and/or the overstocking in the Marennes-Oléron Bay, but did not discriminated among culture conditions. Whatever the immersion depth ("deep" or "shallow" conditions), "on-bottom" cultured oysters were adversely affected in growth, reproductive effort, and survival suggesting a direct effect of the mud (the so called "mud effect") on the biologic performance of oysters cultured on the bottom. Data from monitoring of sediment redox potential, organic content, and ammonium release did not support hypotheses that these parameters were alone responsible for the observed differences in mortality events.
Published: 2005
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118. A multidisciplinary approach to the spatial dimension in ecosystem-based fisheries management

Author: Pascal Le Floc'H, Michel Bertignac, Emilie Mariat-Roy, Yves-Marie Paulet, Claire Macher, Olivier Curtil, Aménagement des Usages des Ressources et des Espaces marins et littoraux - Centre de droit et d'économie de la mer (AMURE), Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer - Brest (IFREMER Centre de Bretagne), Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER), Centre d'ethno-technologie en milieux aquatiques (CETMA ), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN), Laboratoire des Sciences de l'Environnement Marin (LEMAR) (LEMAR), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), ANR-10-LABX-0019,LabexMER,LabexMER Marine Excellence Research: a changing ocean(2010), and Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: 0106 biological sciences, marine protected area, Marine protected area, Fishing, Aquatic Science, 010603 evolutionary biology, 01 natural sciences, Ecosystem-based fisheries management, Multidisciplinary approach, Territorial waters, ecosystem-based fisheries management, 14. Life underwater, socio-system, business.industry, ACL, 010604 marine biology & hydrobiology, Spatial scale, Environmental resource management, Exclusive economic zone, Geography, 13. Climate action, [SDE]Environmental Sciences, Spatial ecology, Fisheries management, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, Socio-system, business, Bay
Abstract: International audience; This study considers how to reconcile different spatial scales to find the best common denominator to be used as an ecosystem-based management unit. For this, two fishery production zones differing ecologically, economically, legally and institutionally were investigated. The first case study is located within French territorial waters, in a MPA created in 2007- the Parc Naturel Marin d'Iroise (PNMI). The second case study, the Bay of Biscay, covers both territorial waters and the French exclusive economic zone. The paper adopts a multidisciplinary approach. Relevant questions concern how marine space is shared between exploited species and fishing fleets, especially the spatial mobility strategies they employ. An assessment of the institutional system established for the PNMI contributes to the discussion of changes in coastal space use. It is obvious that the area in need of protection, defined on the basis of essential fish habitats, does not solely concern the fisheries located within the coastal zone. Experiments conducted by scientists and professionals in the Bay of Biscay provide other key points for the discussion in terms of what institutional frameworks to promote.
Published: 2018
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119. Ecosystem modelling to assess the impact of rearing density, environment variability and mortality on oyster production

Author: Cugier, Philippe, Thomas, Yoann, Bacher, Cedric, Dynamiques des Écosystèmes Côtiers (DYNECO), Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER), Laboratoire des Sciences de l'Environnement Marin (LEMAR) (LEMAR), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), and Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: Oyster, Scenarios, [SDE]Environmental Sciences, Environment variability, Management tool, Mortality, Management, Monitoring, Policy and Law, Aquatic Science, Individual growth model, 3D ecosystem modelling, Water Science and Technology
Abstract: International audience; The natural productivity of ecosystems, farming practices and mortality events drive the rearing density and growth of oysters in shellfish farming areas. The variability of these drivers, which can be of natural or anthropic origin, is therefore an important source of variation in the growth performance and production of shellfish. Knowledge of these variabilities and their relative importance help producers to anticipate their effects and adapt aquaculture practices in order to limit negative impacts and guarantee a constant, or at least acceptable, level of production. In this paper, we implement a 3D model coupling hydrodynamics, primary production and individual growth to predict oyster growth and production in Bourgneuf Bay (French Atlantic coast). We set up numerous scenarios to compare and hierarchize the impacts of aquaculture practices, environmental variability and mortality events on shellfish production. Our results allowed us to propose a simplified management tool, in the form of response functions, to optimize shellfish farming practices interannually. This tool will help shellfish farmers quickly recover production levels in response to variations in mortality and/or environmental conditions.
Published: 2022
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120. Shifts in growth light optima among diatom species support their succession during the spring bloom in the Arctic

Author: Dany Croteau, Thomas Lacour, Nicolas Schiffrine, Philippe‐Israël Morin, Marie‐Hélène Forget, Flavienne Bruyant, Joannie Ferland, Augustin Lafond, Douglas A. Campbell, Jean‐Éric Tremblay, Marcel Babin, Johann Lavaud, Institut de biologie physico-chimique (IBPC (FR_550)), Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Takuvik Joint International Laboratory ULAVAL-CNRS, Université Laval [Québec] (ULaval)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire Physiologie des Microalgues (PHYSALG), Physiologie et Toxines des Microalgues Toxiques et Nuisibles (PHYTOX), Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER), Institut des Sciences de la MER de Rimouski (ISMER), Université du Québec à Rimouski (UQAR), Institut méditerranéen d'océanologie (MIO), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Mount Allison University, Laboratoire des Sciences de l'Environnement Marin (LEMAR) (LEMAR), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), and Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: [SDU.OCEAN]Sciences of the Universe [physics]/Ocean, Atmosphere, Ecology, ecophysiology, photoacclimation, photoadaptation, seasonal species succession, Plant Science, diatoms, spring bloom, Arctic Ocean, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Ecology, Evolution, Behavior and Systematics, primary production
Abstract: 1. Diatoms of the Arctic Ocean annually experience extreme changes of light environment linked to photoperiodic cycles and seasonal variations of the snow and sea-ice cover extent and thickness which attenuate light penetration in the water column. Arctic diatom communities exploit this complex seasonal dynamic through a well-documented species succession during spring, beginning in sea-ice and culminating in massive phytoplankton blooms underneath sea-ice and in the marginal ice zone. The pattern of diatom taxa sequentially dominating this succession is relatively well conserved interannually, and taxonomic shifts seem to align with habitat transitions. 2. To understand whether differential photoadaptation strategies among diatom taxa explain these recurring succession sequences, we coupled lab experiments with field work in Baffin Bay at 67.5°N. Based on field data, we selected five diatom species typical of different ecological niches and measured their growth rates under light intensity ranges representative of their natural habitats. To characterize their photoacclimative responses, we sampled pigments and total particulate carbon, and conducted 14C-uptake photosynthesis response curves and variable fluorescence measurements. 3. We documented a gradient in species respective light intensity for maximal growth suggesting divergent light response plasticity, which for the most part align with species sequential dominance. Other photophysiological parameters supported this ecophysiological framing, although contrasts were always clear only between succession endmembers, Nitzschia frigida and Chaetoceros neogracilis. To validate that these photoacclimative responses are representative of in situ dynamics, we compared them to the chlorophyll a-specific light-limited slope (α*) and saturated rate of photosynthesis (P*M), monitored in Baffin Bay on sea-ice and planktonic communities. This complementary approach confirmed that unusual responses in α* and P*M as a function of light history intensity are similar between sentinel sympagic species N. frigida and natural ice-core communities. While no light-history-dependent trends were observed in planktonic communities, their α* and P*M values were in the range of measurements from our monospecific cultures. 4. Synthesis. Our results suggest that Arctic diatoms species photoadaptation strategy is tuned to the light environment of the habitats in which they dominate and indeed drives the seasonal taxonomic succession.
Published: 2022
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121. Data quality control considerations in multivariate environmental monitoring: experience of the French coastal network SOMLIT

Author: Breton, Elsa, Savoye, Nicolas, Rimmelin-maury, Peggy, Sautour, Benoit, Goberville, Eric, Lheureux, Arnaud, Cariou, Thierry, Ferreira, Sophie, Agogué, Hélène, Alliouane, Samir, Aubert, Fabien, Aubin, Sébastien, Berthebaud, Eric, Blayac, Hadrien, Blondel, Lucie, Boulart, Cedric, Bozec, Yann, Bureau, Sarah, Caillo, Arnaud, Cauvin, Arnaud, Cazes, Jean-baptiste, Chasselin, Leo, Claquin, Pascal, Conan, Pascal, Cordier, Marie-ange, Costes, Laurence, Crec’hriou, Romain, Crispi, Olivier, Crouvoisier, Muriel, David, Valérie, Del Amo, Yolanda, De Lary, Hortense, Delebecq, Gaspard, Devesa, Jeremy, Domeau, Aurélien, Durozier, Maria, Emery, Claire, Feunteun, Eric, Fauchot, Juliette, Gentilhomme, Valérie, Geslin, Sandrine, Giraud, Mélanie, Grangeré, Karine, Grégori, Gerald, Grossteffan, Emilie, Gueux, Aurore, Guillaudeau, Julien, Guillou, Gael, Harrewyn, Manon, Jolly, Orianne, Jude-lemeilleur, Florence, Labatut, Paul, Labourdette, Nathalie, Lachaussée, Nicolas, Lafont, Michel, Lagadec, Veronique, Lambert, Christophe, Lamoureux, Jezebel, Lanceleur, Laurent, Lebreton, Benoit, Lecuyer, Eric, Lemeille, David, Leredde, Yann, Leroux, Cédric, Leynaert, Aude, L’helguen, Stéphane, Liénart, Camilla, Macé, Eric, Maria, Eric, Marie, Barbara, Marie, Dominique, Mas, Sébastien, Mendes, Fabrice, Mornet, Line, Mostajir, Behzad, Mousseau, Laure, Nowaczyk, Antoine, Nunige, Sandra, Parra, René, Paulin, Thomas, Pecqueur, David, Petit, Franck, Pineau, Philippe, Raimbault, Patrick, Rigaut-jalabert, Fabienne, Salmeron, Christophe, Salter, Ian, Sauriau, Pierre-guy, Seuront, Laurent, Sultan, Emmanuelle, Valdès, Rémi, Vantrepotte, Vincent, Vidussi, Francesca, Voron, Florian, Vuillemin, Renaud, Zudaire, Laurent., Garcia, Nicole, Laboratoire d’Océanologie et de Géosciences (LOG) - UMR 8187 (LOG), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université du Littoral Côte d'Opale (ULCO)-Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Nord]), Université du Littoral Côte d'Opale (ULCO), Environnements et Paléoenvironnements OCéaniques (EPOC), Observatoire aquitain des sciences de l'univers (OASU), Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1 (UB)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1 (UB)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Pratique des Hautes Études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire des Sciences de l'Environnement Marin (LEMAR) (LEMAR), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Biologie des Organismes et Ecosystèmes Aquatiques (BOREA), Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université des Antilles (UA), Adaptation et diversité en milieu marin (ADMM), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Station biologique de Roscoff (SBR), Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), LIttoral ENvironnement et Sociétés (LIENSs), La Rochelle Université (ULR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire d'océanographie de Villefranche (LOV), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de la Mer de Villefranche (IMEV), ESEO-GSII (GSII), ESEO-Tech, Université Bretagne Loire (UBL)-École supérieure d'électronique de l'ouest [Angers] (ESEO)-Université Bretagne Loire (UBL)-École supérieure d'électronique de l'ouest [Angers] (ESEO), Géosciences Montpellier, Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université des Antilles (UA)-Université de Montpellier (UM), Centre d'Ecologie marine expérimentale (MEDIMEER), Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Station biologique de Roscoff (SBR), Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut des Sciences de la Terre (ISTerre), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UR219-Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Gustave Eiffel-Université Grenoble Alpes (UGA), De la Préhistoire à l'Actuel : Culture, Environnement et Anthropologie (PACEA), Université de Bordeaux (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre pour l'Aquaculture, la Pêche et l'Environnement (CAPENA), Centre de recherches en environnement côtier (CREC), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU), Laboratoire d'Océanographie Microbienne (LOMIC), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire océanologique de Banyuls (OOB), Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de Physique des Particules de Marseille (CPPM), Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de Physique Nucléaire et de Physique des Particules du CNRS (IN2P3)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de la Mer de Villefranche (IMEV), Groupement d'intérêt public pour la réhabilitation de l'étang de Berre (GIPREB), GIPREB, Centre De Recherche et d'Enseignement sur les Systèmes Côtiers (CRESCO), Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER), Normandie Université (NU), Institut méditerranéen d'océanologie (MIO), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), UMS 3113, Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut des sciences analytiques et de physico-chimie pour l'environnement et les materiaux (IPREM), Université de Pau et des Pays de l'Adour (UPPA)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Observatoire océanologique de Banyuls (OOB), Adaptation et diversité en milieu marin (AD2M), Station biologique de Roscoff [Roscoff] (SBR), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Pluridisciplinarité au service de l’observation et de la recherche en environnement et astronomie (UMS POREA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), MARine Biodiversity Exploitation and Conservation (UMR MARBEC), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM), Department of Marine Resources and Energy, Tokyo University of Marine Science and Technology (TUMSAT), Rhodes University, Grahamstown, Observatoire de REcherche Méditerranéen de l'Environnement (OSU OREME), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université de Montpellier (UM), OSU Stations marines (STAMAR), and CNRS-INSU, SNO SOMLIT, French National Fleet (Flotte Océanographique Française, FOF)
Subjects: data quality control, inter-laboratory comparison exercises, Global and Planetary Change, [STAT.AP]Statistics [stat]/Applications [stat.AP], [SDE.IE]Environmental Sciences/Environmental Engineering, measurement uncertainty, environmental monitoring network, Ocean Engineering, analyst performance, Aquatic Science, Oceanography, multivariate dataset, Water Science and Technology
Abstract: IntroductionWhile crucial to ensuring the production of accurate and high-quality data—and to avoid erroneous conclusions—data quality control (QC) in environmental monitoring datasets is still poorly documented.MethodsWith a focus on annual inter-laboratory comparison (ILC) exercises performed in the context of the French coastal monitoring SOMLIT network, we share here a pragmatic approach to QC, which allows the calculation of systematic and random errors, measurement uncertainty, and individual performance. After an overview of the different QC actions applied to fulfill requirements for quality and competence, we report equipment, accommodation, design of the ILC exercises, and statistical methodology specially adapted to small environmental networks (Results, Discussion, ConclusionThe examination of the temporal variations (2001–2021) in the repeatability, reproducibility, and trueness of the SOMLIT network over time confirms the essential role of ILC exercises as a tool for the continuous improvement of data quality in environmental monitoring datasets.
Published: 2023
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122. Fungal Diversity and Dynamics during Long-Term Immersion of Conventional and Biodegradable Plastics in the Marine Environment

Author: Aurélie Philippe, Cyril Noël, Boris Eyheraguibel, Jean-François Briand, Ika Paul-Pont, Jean-François Ghiglione, Emmanuel Coton, Gaëtan Burgaud, Laboratoire Universitaire de Biodiversité et Ecologie Microbienne (LUBEM), Université de Brest (UBO), Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER), Institut de Chimie de Clermont-Ferrand (ICCF), Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Clermont Auvergne (UCA)-Institut national polytechnique Clermont Auvergne (INP Clermont Auvergne), Université Clermont Auvergne (UCA)-Université Clermont Auvergne (UCA), Laboratoire Matériaux Polymères Interfaces Environnement Marin - EA 4323 (MAPIEM), Université de Toulon (UTLN), Laboratoire des Sciences de l'Environnement Marin (LEMAR) (LEMAR), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire d'Océanographie Microbienne (LOMIC), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire océanologique de Banyuls (OOB), Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Direction Générale de l’Armement, French Government Defense procurement and technology agency (Program DRACONS), the Unique Inter-ministerial Fund (FUI), and the local communities (CR Bretagne, CR PACA, CD29, CATPM and Brest Metropole) as part of the MICROPLASTIC2 project (Region Bretagne 0214/15008381/00001897, Bpifrance D0S0028206/00), ANR-19-CE04-0001,MycoPLAST,Communautés fongiques associées aux déchets plastiques marins et évaluation de leur potentiel en bioremédiation(2019), ANR-15-CE34-0006,Nanoplastics,Microplastiques, nanoplastiques dans l'environnement marin: caractérisation, impacts et évaluation des risques sanitaires.(2015), and ANR-12-CDII-0008,BIOPAINTROP,Revêtements antifouling écologiques d'origine tropicale(2012)
Subjects: conventional plastics, Ecology, Ecological Modeling, marine fungi, biodegradable vs. conventional plastics, colonization dynamics, Agricultural and Biological Sciences (miscellaneous), diversity, plastisphere, plastisphere marine fungi diversity colonization dynamics biodegradable vs. conventional plastics, biodegradable vs, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, Nature and Landscape Conservation
Abstract: International audience; Plastics are associated with a worldwide pollution crisis, with strong negative impacts on both terrestrial and aquatic ecosystems. In marine environments, various organisms are colonizing plastic debris, but few studies have focused on fungal communities despite their non-trivial ecological roles in the marine environment. In this study, different types of plastics (biodegradable and conventional) immersed in marine natural environments and under laboratory controlled settings were collected after long-term colonization. Using a metabarcoding approach targeting two genetic markers, namely, the ITS2 region and the V4 hypervariable region of the 18S rRNA gene, we highlighted that fungal communities associated with plastic polymers were distinct from those found in the surrounding seawater. They also differed significantly between sampling locations and the nature of immersed polymers, indicating that fungal colonization was impacted by the sites and types of plastics, with clear dissimilarities between conventional and biodegradable polymers. Specifically for the conventional PVC polymer (Polyvinyl chloride), we also observed the successive stages of biofilm development and maturation after long-term immersion in seawater. A noticeable change in the fungal communities was observed around 30-40 days in natural settings, suggesting a colonization dynamic likely associated with a transition from biofilm formation to distinct communities likely associated with biofouling. Overall, this study strengthens the idea that the fungal kingdom is an integrated part of the "plastisphere".
Published: 2023
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123. Main conclusions and perspectives from the collective scientific assessment of the effects of plant protection products on biodiversity and ecosystem services along the land–sea continuum in France and French overseas territories

Author: Stéphane Pesce, Laure Mamy, Wilfried Sanchez, Marcel Amichot, Joan Artigas, Stéphanie Aviron, Carole Barthélémy, Rémy Beaudouin, Carole Bedos, Annette Bérard, Philippe Berny, Cédric Bertrand, Colette Bertrand, Stéphane Betoulle, Eve Bureau-Point, Sandrine Charles, Arnaud Chaumot, Bruno Chauvel, Michael Coeurdassier, Marie-France Corio-Costet, Marie-Agnès Coutellec, Olivier Crouzet, Isabelle Doussan, Juliette Faburé, Clémentine Fritsch, Nicola Gallai, Patrice Gonzalez, Véronique Gouy, Mickael Hedde, Alexandra Langlais, Fabrice Le Bellec, Christophe Leboulanger, Christelle Margoum, Fabrice Martin-Laurent, Rémi Mongruel, Soizic Morin, Christian Mougin, Dominique Munaron, Sylvie Nélieu, Céline Pelosi, Magali Rault, Sergi Sabater, Sabine Stachowski-Haberkorn, Elliott Sucré, Marielle Thomas, Julien Tournebize, Sophie Leenhardt, Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut National de l'Environnement Industriel et des Risques (INERIS), Aix Marseille Université (AMU), Ecologie fonctionnelle et écotoxicologie des agroécosystèmes (ECOSYS), AgroParisTech-Université Paris-Saclay-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA), Centre Norbert Elias (CNELIAS), École des hautes études en sciences sociales (EHESS)-Avignon Université (AU)-Aix Marseille Université (AMU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Modélisation et écotoxicologie prédictives, Département biostatistiques et modélisation pour la santé et l'environnement [LBBE], Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire Chrono-environnement (UMR 6249) (LCE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC), Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC), MARine Biodiversity Exploitation and Conservation (UMR MARBEC), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM), RiverLy - Fonctionnement des hydrosystèmes (RiverLy), Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER), Institut Sophia Agrobiotech (ISA), Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Côte d'Azur (UCA), Laboratoire Microorganismes : Génome et Environnement (LMGE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Clermont Auvergne (UCA), Biodiversité agroécologie et aménagement du paysage (UMR BAGAP), Ecole supérieure d'Agricultures d'Angers (ESA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro Rennes Angers, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Laboratoire Population-Environnement-Développement (LPED), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU), Environnement Méditerranéen et Modélisation des Agro-Hydrosystèmes (EMMAH), Avignon Université (AU)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Interactions Cellules Environnement - UR (ICE), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Centre de recherches insulaires et observatoire de l'environnement (CRIOBE), Université de Perpignan Via Domitia (UPVD)-École Pratique des Hautes Études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Stress Environnementaux et BIOsurveillance des milieux aquatiques (SEBIO), Institut National de l'Environnement Industriel et des Risques (INERIS)-Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université Le Havre Normandie (ULH), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-SFR Condorcet, Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Agroécologie [Dijon], Université de Bourgogne (UB)-Université Bourgogne Franche-Comté [COMUE] (UBFC)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro Dijon, Santé et agroécologie du vignoble (UMR SAVE), Université de Bordeaux (UB)-Institut des Sciences de la Vigne et du Vin (ISVV)-Ecole Nationale Supérieure des Sciences Agronomiques de Bordeaux-Aquitaine (Bordeaux Sciences Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Dynamique et durabilité des écosystèmes : de la source à l’océan (DECOD), Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Office français de la biodiversité (OFB), Groupe de Recherche en Droit, Economie et Gestion (GREDEG), COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Côte d'Azur (UCA), Laboratoire d'Etude et de Recherche sur l'Economie, les Politiques et les Systèmes Sociaux (LEREPS), Université Toulouse Capitole (UT Capitole), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Université Toulouse - Jean Jaurès (UT2J), Université de Toulouse (UT)-Institut d'Études Politiques [IEP] - Toulouse-École Nationale Supérieure de Formation de l'Enseignement Agricole de Toulouse-Auzeville (ENSFEA), Environnements et Paléoenvironnements OCéaniques (EPOC), Observatoire aquitain des sciences de l'univers (OASU), Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1 (UB)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1 (UB)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Pratique des Hautes Études (EPHE), Ecologie fonctionnelle et biogéochimie des sols et des agro-écosystèmes (UMR Eco&Sols), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro Montpellier, Institut de l'Ouest : Droit et Europe (IODE), Université de Rennes (UR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Fonctionnement agroécologique et performances des systèmes de cultures horticoles (UPR HORTSYS), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Aménagement des Usages des Ressources et des Espaces marins et littoraux - Centre de droit et d'économie de la mer (AMURE), Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Ecosystèmes aquatiques et changements globaux (UR EABX), Institut méditerranéen de biodiversité et d'écologie marine et continentale (IMBE), Avignon Université (AU)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut de recherche pour le développement [IRD] : UMR237-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Universitat de Girona (UdG), Physiologie et Toxines des Microalgues Toxiques et Nuisibles (PHYTOX), Centre Universitaire de Formation et de Recherche de Mayotte (CUFR), Unité de Recherches Animal et Fonctionnalités des Produits Animaux (URAFPA), Université de Lorraine (UL)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Hydrosystèmes continentaux anthropisés : ressources, risques, restauration (UR HYCAR), Direction de l'Expertise scientifique collective, de la Prospective et des Etudes, and French Office for Biodiversity (OFB) through the national ECOPHYTO plan
Subjects: Health, Toxicology and Mutagenesis, [SDE.MCG]Environmental Sciences/Global Changes, Biocontrol, General Medicine, Expertise, Environment, Ecotoxicology, Pollution, Modelling, [SDE]Environmental Sciences, Environmental Chemistry, Pesticides, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, Ecological risk assessment
Abstract: International audience; Preservation of biodiversity and ecosystem services is critical for sustainable development and human well-being. However, an unprecedented erosion of biodiversity is observed and the use of plant protection products (PPP) has been identified as one of its main causes. In this context, at the request of the French Ministries responsible for the Environment, for Agriculture and for Research, a panel of 46 scientific experts ran a nearly 2-year-long (2020-2022) collective scientific assessment (CSA) of international scientific knowledge relating to the impacts of PPP on biodiversity and ecosystem services. The scope of this CSA covered the terrestrial, atmospheric, freshwater, and marine environments (with the exception of groundwater) in their continuity from the site of PPP application to the ocean, in France and French overseas territories, based on international knowledge produced on or transposable to this type of context (climate, PPP used, biodiversity present, etc.). Here, we provide a brief summary of the CSA's main conclusions, which were drawn from about 4500 international publications. Our analysis finds that PPP contaminate all environmental matrices, including biota, and cause direct and indirect ecotoxicological effects that unequivocally contribute to the decline of certain biological groups and alter certain ecosystem functions and services. Levers for action to limit PPP-driven pollution and effects on environmental compartments include local measures from plot to landscape scales and regulatory improvements. However, there are still significant gaps in knowledge regarding environmental contamination by PPPs and its effect on biodiversity and ecosystem functions and services. Perspectives and research needs are proposed to address these gaps.
Published: 2023
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124. The framings or agriculture at French Conservatoire du littoral

Author: Landré, Alban, Aménagement des Usages des Ressources et des Espaces marins et littoraux - Centre de droit et d'économie de la mer (AMURE), Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire des EcoSystèmes et des Sociétés en Montagne (UR LESSEM), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), and EHESSANRTConservatoire du littoral
Subjects: expertise naturaliste, framing, [SHS.SOCIO]Humanities and Social Sciences/Sociology, prairie, nature, landscape, naturalist assessment, littoral, meadow, coastline, paysage, [SHS.HIST]Humanities and Social Sciences/History, cadrage, agriculture
Abstract: International audience; The French Conservatoire du littoral was created in 1975 to bring a balance between the building and the protection of the shores. The mission of this national public administrative agency is to buy coastal plots to protect and manage landscapes and natural habitats. Among the purchased plots, around 15% are agricultural land. But can the landscape and conservation missions of the Conservatoire du littoral cope with productive farming activities ? To manage certain habitats, the Conservatoire du littoral considers certain agricultural activities as necessary. It is the case of grasslands that require management by mowing and/or grazing. Other farming activities are sometimes tolerated or encouraged on Conservatoire du littoral lands. Contract specifications with ecological conditions are negociated with farmers to frame the practices. The article goes through the history of the preference for grasslands at the Conservatoire du littoral, while also presenting the other types of agricultural activities encountered on the agency’s land. The aim is to present the series of questions and knowledge that led to the formulation and current development of the principles of action in agriculture at the Conservatoire du littoral.; Le Conservatoire du littoral a été créé en 1975 pour équilibrer construction et protection des côtes françaises. La mission de cet établissement public administratif d’État est d’acheter des parcelles côtières pour protéger et gérer des paysages et des milieux. Parmi les parcelles achetées, environ 15% sont des terres agricoles. Mais les missions paysagères et naturalistes du Conservatoire du littoral peuvent-elles s’accommoder d’activités agricoles productives ? Pour la gestion de certains milieux, le Conservatoire du littoral considère certaines activités agricoles comme nécessaires. C’est le cas des prairies qui nécessitent une gestion par fauche et/ou pâturage. D’autres activités agricoles sont parfois tolérées ou encouragées sur les terrains du Conservatoire du littoral. Des cahiers des charges avec conditions écologiques sont négociés avec des agriculteurs pour encadrer les pratiques. L’article retrace l’histoire de la préférence pour la prairie au Conservatoire du littoral, tout en présentant les autres types d’activités agricoles rencontrées sur les terrains de l’établissement. L’ambition est de présenter les circulations de questionnements et de connaissances qui ont abouti à l’élaboration et aux évolutions actuelles des principes d’action agricole du Conservatoire du littoral.
Published: 2023

125. Scaling of Activity Space in Marine Organisms across Latitudinal Gradients

Author: Vinay Udyawer, Charlie Huveneers, Fabrice Jaine, Russell C. Babcock, Stephanie Brodie, Marie-Jeanne Buscot, Hamish A. Campbell, Robert G. Harcourt, Xavier Hoenner, Elodie J. I. Lédée, Colin A. Simpfendorfer, Matthew D. Taylor, Asia Armstrong, Adam Barnett, Culum Brown, Barry Bruce, Paul A. Butcher, Gwenael Cadiou, Lydie I. E. Couturier, Leanne Currey-Randall, Michael Drew, Christine L. Dudgeon, Ross G. Dwyer, Mario Espinoza, Luciana C. Ferreira, Anthony Fowler, David Harasti, Alastair R. Harborne, Nathan A. Knott, Kate Lee, Matt Lloyd, Michael Lowry, Teagan Marzullo, Jordan Matley, Jaime D. McAllister, Rory McAuley, Frazer McGregor, Mark Meekan, Kade Mills, Bradley M. Norman, Beverly Oh, Nicholas L. Payne, Vic Peddemors, Toby Piddocke, Richard D. Pillans, Richard D. Reina, Paul Rogers, Jayson M. Semmens, Amy Smoothey, Conrad W. Speed, Dylan van der Meulen, Michelle R. Heupel, Australian Institute of Marine Science (AIMS), Flinders Univ S Australia, Coll Sci & Engn, Natl Ctr Groundwater Res & Training, GPO Box 2100, Adelaide, SA, Australia, Partenaires INRAE, Sydney Institute of Marine Science, Macquarie University [Sydney], Queensland Bioscience Precinct, Environmental Research Division [USA], Southwest Fisheries Science Center (SWFSC), NOAA National Marine Fisheries Service (NMFS), National Oceanic and Atmospheric Administration (NOAA)-National Oceanic and Atmospheric Administration (NOAA)-NOAA National Marine Fisheries Service (NMFS), National Oceanic and Atmospheric Administration (NOAA)-National Oceanic and Atmospheric Administration (NOAA), University of California [Santa Cruz] (UC Santa Cruz), University of California (UC), University of Tasmania [Launceston] (UTAS), Charles Darwin University [Australia], Department of Biological Sciences, Macquarie University, Macquarie University, Department of Biological Sciences, CISRO Oceans and Atmosphere, Carleton University, James Cook University (JCU), Industry and Investment NSW, Port Stephens Fisheries Institute, University of Queensland [Brisbane], National Oceanic and Atmospheric Administration (NOAA), Department of Biological Sciences [North Ryde], Macquarie University, The University of Tennessee [Knoxville], NSW DPI NEW SOUTH WALES GOVERNMENT DEPARTMENT OF PRIMARY INDUSTRIES FISHERIES NSW WOLLONGONG AUS, Partenaires IRSTEA, Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA), University of Technology Sidney (UTS), Laboratoire des Sciences de l'Environnement Marin (LEMAR) (LEMAR), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Brest (UBO), University of the Sunshine Coast (USC), Universidad de Costa Rica (UCR), Indian Ocean Marine Res Ctr, Florida International University [Miami] (FIU), New South Wales Dept Primary Ind, University of New South Wales [Sydney] (UNSW), University of Windsor [Ca], University of Tasmania [Hobart, Australia] (UTAS), The University of Western Australia (UWA), Murdoch University, Victorian Natl Pk Assoc, Southern Cross University (SCU), Monash university, and South Australian Research and Development Institute [Australia]
Subjects: Brownian bridge kernel utilization distribution (KUD), continental network, Integrated Marine Observing System (IMOS), spatial ecology, Integrated Marine Ob-serving System (IMOS), Brownian bridge kernel utilizationdistribution (KUD), [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, metabolic theory, acoustic telemetry, Ecology, Evolution, Behavior and Systematics
Abstract: Unifying models have shown that the amount of space used by animals (e.g., activity space, home range) scales allometrically with body mass for terrestrial taxa; however, such relationships are far less clear for marine species. We compiled movement data from 1,596 individuals across 79 taxa collected using a continental passive acoustic telemetry network of acoustic receivers to assess allometric scaling of activity space. We found that ectothermic marine taxa do exhibit allometric scaling for activity space, with an overall scaling exponent of 0.64. However, body mass alone explained only 35% of the variation, with the remaining variation best explained by trophic position for teleosts and latitude for sharks, rays, and marine reptiles. Taxon-specific allometric relationships highlighted weaker scaling exponents among teleost fish species (0.07) than sharks (0.96), rays (0.55), and marine reptiles (0.57). The allometric scaling relationship and scaling exponents for the marine taxonomic groups examined were lower than those reported from studies that had collated both marine and terrestrial species data derived using various tracking methods. We propose that these disparities arise because previous work integrated summarized data across many studies that used differing methods for collecting and quantifying activity space, introducing considerable uncertainty into slope estimates. Our findings highlight the benefit of using large-scale, coordinated animal biotelemetry networks to address cross-taxa evolutionary and ecological questions.
Published: 2023
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126. Effect of Early Peptide Diets on Zebrafish Skeletal Development

Author: Alice Printzi, George Koumoundouros, Vincent Fournier, Lauriane Madec, Jose-Luis Zambonino-Infante, David Mazurais, Laboratoire des Sciences de l'Environnement Marin (LEMAR) (LEMAR), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), University of Crete [Heraklion] (UOC), and DIANA AQUA
Subjects: nutrition, peptides, skeletal development, haemal lordosis, zebrafish, gene markers, [SDV.SA.ZOO]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences/Zootechny, Molecular Biology, Biochemistry, [SDV.AEN]Life Sciences [q-bio]/Food and Nutrition, [SDV.BDD]Life Sciences [q-bio]/Development Biology
Abstract: International audience; Incorporation of dietary peptides has been correlated with decreased presence of skeletal abnormalities in marine larvae. In an attempt to clarify the effect of smaller protein fractions on fish larval and post-larval skeleton, we designed three isoenergetic diets with partial substitution of their protein content with 0% (C), 6% (P6) and 12% (P12) shrimp di-and tripeptides. Experimental diets were tested in zebrafish under two regimes, with inclusion (ADF-Artemia and dry feed) or lack (DF-dry feed only) of live food. Results at the end of metamorphosis highlight the beneficial effect of P12 on growth, survival and early skeletal quality when dry diets are provided from first feeding (DF). Exclusive feeding with P12 also increased the musculoskeletal resistance of the postlarval skeleton against the swimming challenge test (SCT). On the contrary, Artemia inclusion (ADF) overruled any peptide effect in total fish performance. Given the unknown species' larval nutrient requirements, a 12% dietary peptide incorporation is proposed for successful rearing without live food. A potential nutritional control of the larval and post-larval skeletal development even in aquaculture species is suggested. Limitations of the current molecular analysis are discussed to enable the future identification of the peptide-driven regulatory pathways.
Published: 2023
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127. Le droit au procès équitable dans la jurisprudence de la Cour africaine des droits de l'homme et des peuples

Author: Lemey, Marie, Université de Bretagne Occidentale - UFR Droit et sciences économiques (UBO UFR DSE), Université de Brest (UBO), Aménagement des Usages des Ressources et des Espaces marins et littoraux - Centre de droit et d'économie de la mer (AMURE), Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut du droit public et de la science politique (IDPSP), and Université de Rennes (UR)
Subjects: [SHS]Humanities and Social Sciences
Abstract: International audience
Published: 2023

128. Sclerochronological and geochemical study of the carpet shell Ruditapes decussatus in archaeological contexts: A potential tool for season of collection and coastal paleo-temperature

Author: Marc Gosselin, Catherine Dupont, Céline Poulain, Xavier Le Coz, Grégor Marchand, Christine Paillard, Yves-Marie Paulet, François Pustoc'h, Yves Gruet, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de Recherche en Archéologie, Archéosciences, Histoire (CReAAH), Le Mans Université (UM)-Université de Rennes (UR)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ministère de la Culture (MC)-Nantes Université - UFR Histoire, Histoire de l'Art et Archéologie (Nantes Univ - UFR HHAA), Nantes Université - pôle Humanités, Nantes Université (Nantes Univ)-Nantes Université (Nantes Univ)-Nantes Université - pôle Humanités, Nantes Université (Nantes Univ)-Nantes Université (Nantes Univ), SMS Shell-Middens Seasonality (2017 / Leader C. Dupont), European Project: PROXARCHEOBIO, Laboratoire des Sciences de l'Environnement Marin (LEMAR) (LEMAR), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Géosciences Rennes (GR), Université de Rennes (UR)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR), Université de Rennes (UR)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), EPT of the European University of Brittany PROXARCHEOBIO - France (2010-2012, scientific challenges of the University of Rennes 1 « SMS Shell-Middens Seasonality, private donations, and CReAAH
Subjects: Shell Midden, Archeology, Paleo-temperature, European Atlantic coasts, [SHS.ARCHEO]Humanities and Social Sciences/Archaeology and Prehistory, Sclerochronology, Ruditapes decussatus, [SDE]Environmental Sciences, Seasonality, Bivalve Mollusk, Sclerochemistry, Mesolithic, [SHS]Humanities and Social Sciences
Abstract: International audience; Specimens of the carpet shell Ruditapes decussatus from the Mesolithic shell midden (6th millennium BC) of Beg-an-Dorchenn (Brittany, France) were studied in order to assess their period of collection as well as provide some insight on Paleo-temperature reconstructions. Cross sectioned shells display very clear growth structures allowing an assessment of a growth rhythm of 2 increments per lunar day. From this temporal framework, daily growth increments and winter annual growth breaks were characterized. Our results show the R. decussatus shells were typically collected in the early spring period. Chemical analyses of shell carbonates were also performed to assess a preliminary range of potential sea temperature data from oxygen isotopes values (δ18Oshell). δ18Oshell shows seasonal variations but do not record the whole seasonal temperature range as R. decussatus have a growth break during winter. However, results show predicted SSTs within the range of expected values. Thus, R. decussatus is particularly suited for paleo-environmental reconstructions at high temporal resolution such as seasonal timescales. Additional sclerochronological and chemical research on additional carpet shells and also other mollusk species from Beg-an-Dorchenn or other Mesolithic shell middens along the European Atlantic coast should be considered. Such studies will contribute to the understanding of the seasonal occupation patterns of the last hunter-gatherers of the European Atlantic coast as well as the climate variability at the Mesolithic-Neolithic transition.
Published: 2023
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129. Integration of environmental signatures and omics-based approaches on the European flounder to assist with health assessment of estuarine ecosystems in Brittany, France

Author: Jennifer Laurent, Iwan Le Berre, Jean Armengaud, Senthilkumar Kailasam, Jérôme Couteau, Matthieu Waeles, Stéphane Le Floch, Jean Laroche, Vianney Pichereau, Laboratoire des Sciences de l'Environnement Marin (LEMAR) (LEMAR), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Littoral, Environnement, Télédétection, Géomatique UMR 6554 (LETG), Université de Brest (UBO)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Géographie et d'Aménagement Régional de l'Université de Nantes (Nantes Univ - IGARUN), Nantes Université - pôle Humanités, Nantes Université (Nantes Univ)-Nantes Université (Nantes Univ)-Nantes Université - pôle Humanités, Nantes Université (Nantes Univ)-Nantes Université (Nantes Univ), Canadian Centre for Computational Genomics, Montreal, Canada, Université de Brest (UBO), Laboratoire Innovations technologiques pour la Détection et le Diagnostic (LI2D), Service de Pharmacologie et Immunoanalyse (SPI), Médicaments et Technologies pour la Santé (MTS), Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Médicaments et Technologies pour la Santé (MTS), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), TOXEM, Centre De Recherches Européennes (CEDRE), Institut de l'Ouest : Droit et Europe (IODE), Université de Rennes (UR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes (UR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), This work was funded by the 'Office Français de la Biodiversité' (OFB, project POPEST) and the 'LTSER Zone Atelier Brest-Iroise', CNRS and AllEnvi (Project STRESS), and ANR-17-EURE-0015,ISBlue,Interdisciplinary Graduate School for the Blue planet(2017)
Subjects: Pollutants, Environmental Engineering, Estuarine water quality, Land use, Platichthys flesus, Environmental Chemistry, Transcriptomics and shotgun proteomics, [SDV.TOX.ECO]Life Sciences [q-bio]/Toxicology/Ecotoxicology, Hypoxia, Pollution, Waste Management and Disposal
Abstract: International audience; This study aimed to develop a multidisciplinary approach to assess the ecological status of six moderate-sized French estuaries. For each estuary, we gathered geographical information, hydrobiological data, chemistry of pollutants and fish biology, including integration of proteomics and transcriptomics data. This integrative study covered the entire hydrological system studied, from the watershed to the estuary, and considered all the anthropogenic factors that can impact this environment.To reach this goal, European flounder (Platichthys flesus) were collected from six estuaries in September, which ensures a minimum residence time of five months within an estuary. Geographical metrics are used to characterize land use in each watershed. The concentrations of nitrite, nitrate, organic pollutants, and trace elements were measured in water, sediments and biota. All of these environmental parameters allowed to set up a typology of estuaries.Classical fish biomarkers, coupled with molecular data from transcriptomics and shotgun proteomics, highlighted the flounder's responses to stressors in its environment. We analysed the protein abundances and gene expression levels in the liver of fish from the different estuaries. We showed clear positive deregulation of proteins associated with xenobiotic detoxification in a system characterized by a large population density and industrial activity, as well as in a predominantly agricultural catchment area (mostly cultures of vegetables and pig breeding) mainly impacted by pesticides. Fish from the latter estuary also displayed strong deregulation of the urea cycle, most probably related to high nitrogen load. Proteomic and transcriptomic data also revealed a deregulation of proteins and genes related to the response to hypoxia, and a probable endocrine disruption in some estuaries. Coupling these data allowed the precise identification of the main stressors interacting within each hydrosystem.
Published: 2023
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130. Adaptive fisheries responses may lead to climate maladaptation in the absence of access regulations

Author: Jennifer Beckensteiner, Fabio Boschetti, Olivier Thébaud, Aménagement des Usages des Ressources et des Espaces marins et littoraux - Centre de droit et d'économie de la mer (AMURE), Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Brest (UBO), CSIRO Marine and Atmosphere Research [Hobart], Commonwealth Scientific and Industrial Research Organisation [Canberra] (CSIRO), Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER), and EUR ISblue
Subjects: Fisheries responses, Bio-economic modeling, Climate-change adaptation, Environmental economics, [SDV.SA.STP]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences/Sciences and technics of fishery, [SDE]Environmental Sciences, Climate change, [SDV.EE.BIO]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Bioclimatology, Climate-change impacts, [SDU.STU.OC]Sciences of the Universe [physics]/Earth Sciences/Oceanography, Ecological modelling
Abstract: Adaptive fishery responses to climate-induced changes in marine fish populations may lead to fishery maladaptation. Using a stylised bio-economic model of the global fishery, we demonstrate the importance of adaptive management regimes. We show how the losses resulting from poor access regulation increase in a fishery system negatively impacted by environmental change, and demonstrate the proportional benefits provided by management strategies that control the levels and allocation of fishing effort. Indeed, under poor to nonexistent access regulation, highly adaptive actors can generate significant bio-economic losses. This might lead to foregone benefits and cascading economic and ecological losses, whereas well-designed adaptive management regimes may enable making the most of the best, and the least of the worst, climate-induced outcomes for fisheries. These findings emphasize the need for integrated assessment approaches to the impacts of climate change on fisheries, that should incorporate not only ecological responses but also the industry and management responses.
Published: 2023
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131. From the light blue sky to the dark deep sea: Trophic and resource partitioning between epipelagic and mesopelagic layers in a tropical oceanic ecosystem

Author: Leandro Nolé Eduardo, Flávia Lucena-Frédou, Sophie Lanco Bertrand, Alex Souza Lira, Michael Maia Mincarone, Guilherme Tavares Nunes, Thierry Frédou, Andrey Soares, François Le Loc'h, Latifa Pelage, Ralf Schwamborn, Paulo Travassos, Karla Martins, Simone M.A. Lira, Gabriela A.A. Figueiredo, Teodoro Vaske Júnior, Frédéric Ménard, Arnaud Bertrand, Universidade Federal Rural de Pernambuco (UFRPE), MARine Biodiversity Exploitation and Conservation (UMR MARBEC), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM), Federal University of Sergipe (UFS), Universidade Federal do Rio de Janeiro (UFRJ), Universidade Federal do Rio Grande do Sul [Porto Alegre] (UFRGS), Laboratoire des Sciences de l'Environnement Marin (LEMAR) (LEMAR), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho = São Paulo State University (UNESP), Institut méditerranéen d'océanologie (MIO), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and European Project: 817578,TRIATLAS(2019)
Subjects: Environmental Engineering, Environmental Chemistry, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, Pollution, Waste Management and Disposal
Abstract: International audience; The connection between epipelagic and deep-sea mesopelagic realms controls a variety of ecosystem processes includ-ing oceanic carbon storage and the provision of harvestable fish stocks. So far, these two layers have been mostly ad-dressed in isolation and the ways they connect remain poorly understood. Furthermore, both systems are affected by climate change, exploitation of resources, and increasing pervasion of pollutants. Here we use bulk isotopes of delta 13C and delta 15N of 60 ecosystem components to evaluate the trophic linkage between epipelagic and mesopelagic ecosystems in warm oligotrophic waters. Additionally, we we conducted a comparison of isotopic niche sizes and overlaps across multiple species to evaluate how environmental gradients between epipelagic and mesopelagic ecosystems shape eco-logical patterns of resource use and competition between species. Our database comprises siphonophores, crustaceans, particulate organic matter collected at different depths. Through this wide taxonomic and trophic variety of epipelagic and mesopelagic species, we show that pelagic species access resources originating from different food sources, mostly autotrophic-based (epipelagics) and microbial heterotrophic-based (mesopelagics). This leads to a sharp trophic dis-similarity between vertical layers. Additionally, we show that trophic specialization increases in deep-sea species and argue that food availability and environmental stability are among the main drivers of this pattern. Finally, we dis-cuss how the ecological traits of pelagic species highlighted in this study can respond to human impacts and increase their vulnerability in the Anthropocene.
Published: 2023
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132. How ocean warming and acidification affect the life cycle of six worldwide commercialised sea urchin species: A review

Author: Thomas Uboldi, Frédéric Olivier, Laurent Chauvaud, Réjean Tremblay, Laboratoire des Sciences de l'Environnement Marin (LEMAR) (LEMAR), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Biologie des Organismes et Ecosystèmes Aquatiques (BOREA), Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université des Antilles (UA), Institut des Sciences de la MER de Rimouski (ISMER), and Université du Québec à Rimouski (UQAR)
Subjects: ocean warming, aquaculture, ecophysiology, fishery, [SDE.MCG]Environmental Sciences/Global Changes, ocean acidification, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, sea urchin
Abstract: International audience; Introduction Noise pollution is a major stressor in the marine environment; however, responses of economically and ecologically important invertebrates, such as oysters, are largely unknown. Methods Under laboratory conditions, we measured acute behavioral and physiological responses of eastern oysters ( Crassostrea virginica) to sound treatments mimicking human activity in the environment. Results Oysters immediately reduced their valve gape under simulated pile driving sound, but not drilling or boating sound. Pile-driving sound also reduced adductor muscle glycogen, but not triglyceride. None of the sound treatments affected longer-term (12 hours) valve activity levels after the administration of sounds. Interestingly, neither acute nor longer-term valve gaping responses were correlated with glycogen content on the individual level, suggesting that the observed behavioral responses to sound were not mechanistically driven by energetic physiology. Discussion Our results suggest that C. virginica responds to some, but not all, anthropogenic sounds. Future studies assessing downstream effects on growth, reproduction, and survival in the wild are needed to better understand the effects of anthropogenic sounds on oyster populations and the biological communities they support.
Published: 2023
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133. Marine invertebrates and noise

Author: Solé Carbonell, Marta, Kaifu, Kenzo, Mooney, T. Aran, Nedelec, Sophie L., Olivier, Fréderic, Radford, Andrew N., Vazzana, Mirella, Wale, Matthew A., Semmens, Jayson M., Simpson, Stephen D., Buscaino, Giuseppa, Hawkins, Anthony D., Aguilar de Soto, Natacha, Akamatsu, Tom, Chauvaud, Laurent, Day, Ryan D., Fitzgibbon, Quinn, McCauley, Robert D., André, Michel, Technical University of Catalonia [Barcelona] (UPC), Faculty of Law, Chuo University, Woods Hole Oceanographic Institution (WHOI), School of Biological Sciences [Bristol], University of Bristol [Bristol], Biologie des Organismes et Ecosystèmes Aquatiques (BOREA), Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université des Antilles (UA), Università degli studi di Palermo - University of Palermo, Edinburgh Napier University, University of Tasmania [Hobart, Australia] (UTAS), Institute for the Study of the Anthropic Impacts and the Sustainability in the Marine Environment (IAS), National Research Council of Italy | Consiglio Nazionale delle Ricerche (CNR), Bioacoustics, Kincraig, University of La Laguna, Department of geography, The Sasakawa Peace Foundation (SPF), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire des Sciences de l'Environnement Marin (LEMAR) (LEMAR), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), CMST Curtin University, TECHNICAL UNIVERSITY OF CATALONIA ESP, Partenaires IRSTEA, Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA), Centre Tecnològic de Vilanova i la Geltrú, and Universitat Politècnica de Catalunya. LAB - Laboratori d'Aplicacions Bioacústiques
Subjects: Desenvolupament humà i sostenible::Medi ambient [Àrees temàtiques de la UPC], Acústica submarina, noise effects, [SDV.EE]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment, Global and Planetary Change, marine invertebrates, Física::Acústica [Àrees temàtiques de la UPC], sound detection, marine noise pollution, Ocean Engineering, Marine pollution, Aquatic Science, Oceanography, sound detectionnoise effects, Contaminació acústica, sound production, Noise pollution, particle motion, statocyst, sound pressure, Water Science and Technology
Abstract: Within the set of risk factors that compromise the conservation of marine biodiversity, one of the least understood concerns is the noise produced by human operations at sea and from land. Many aspects of how noise and other forms of energy may impact the natural balance of the oceans are still unstudied. Substantial attention has been devoted in the last decades to determine the sensitivity to noise of marine mammals—especially cetaceans and pinnipeds—and fish because they are known to possess hearing organs. Recent studies have revealed that a wide diversity of invertebrates are also sensitive to sounds, especially via sensory organs whose original function is to allow maintaining equilibrium in the water column and to sense gravity. Marine invertebrates not only represent the largest proportion of marine biomass and are indicators of ocean health but many species also have important socio-economic values. This review presents the current scientific knowledge on invertebrate bioacoustics (sound production, reception, sensitivity), as well as on how marine invertebrates are affected by anthropogenic noises. It also critically revisits the literature to identify gaps that will frame future research investigating the tolerance to noise of marine ecosystems.
Published: 2023
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134. The unaccounted dissolved iron (II) sink: Insights from dFe(II) concentrations in the deep Atlantic Ocean

Author: David González-Santana, Alastair J.M. Lough, Hélène Planquette, Géraldine Sarthou, Alessandro Tagliabue, Maeve C. Lohan, Laboratoire des Sciences de l'Environnement Marin (LEMAR) (LEMAR), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Instituto de Oceanografía y Cambio Global (IOCAG), Université de Las Palmas de Gran Canaria [Espagne] (ULPGC), University of Southampton, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and University of Liverpool
Subjects: [SDU.OCEAN]Sciences of the Universe [physics]/Ocean, Atmosphere, Environmental Engineering, GEOTRACES, (Min, Environmental Chemistry, Biogeochemistry, Pollution, Waste Management and Disposal, Hydrothermal, Atlantic Ocean, 5-Max, Iron oxidation, 8)
Abstract: Hydrothermal vent sites found along mid-ocean ridges are sources of numerous reduced chemical species and trace elements. To establish dissolved iron (II) (dFe(II)) variability along the Mid Atlantic Ridge (between 39.5 degrees N and 26 degrees N), dFe(II) concentrations were measured above six hydrothermal vent sites, as well as at stations with no active hydrothermal activity. The dFe(II) concentrations ranged from 0.00 to 0.12 nmol L-1 (detection limit = 0.02 +/- 0.02 nmol L-1) in non-hydrothermally affected regions to values as high as 12.8 nmol L-1 within hydrothermal plumes. Iron (II) in seawater is oxidised over a period of minutes to hours, which is on average two times faster than the time required to collect the sample from the deep ocean and its analysis in the onboard laboratory. A multiparametric equation was used to estimate the original dFe(II) concentration in the deep ocean. The in-situ temperature, pH, salinity and delay between sample collection and its analysis were considered. The results showed that dFe(II) plays a more significant role in the iron pool than previously accounted for, constituting a fraction >20 % of the dissolved iron pool, in contrast to
Published: 2023
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135. The first use of LC-MS/MS proteomic approach in the brown mussel Perna perna after bacterial challenge: Searching for key proteins on immune response

Author: Fernanda Silva dos Santos, Raquel A.F. Neves, Benoît Bernay, Natascha Krepsky, Valéria Laneuville Teixeira, Sébastien Artigaud, Universidade Federal Fluminense [Rio de Janeiro] (UFF), Universidade Federal do Estado do Rio de Janeiro (UNIRIO), SFR ICORE 4206, Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU), Normandie Université (NU), Laboratoire des Sciences de l'Environnement Marin (LEMAR) (LEMAR), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Brest (UBO), and ANR-17-EURE-0015,ISBlue,Interdisciplinary Graduate School for the Blue planet(2017)
Subjects: Perna perna, Escherichia coli, Environmental Chemistry, Hepatopancreas, Salmonella enterica, [SDV.IMM]Life Sciences [q-bio]/Immunology, General Medicine, Immune-related proteins, Protein profile, Vibrio parahaemolyticus, Aquatic Science, LC-MS/MS, Shellfish
Abstract: International audience; The brown mussel Perna perna is a valuable fishing resource, primarily in tropical and subtropical coastal regions. Because of their filter-feeding habits, mussels are directly exposed to bacteria in the water column. Escherichia coli (EC) and Salmonella enterica (SE) inhabit human guts and reach the marine environment through anthropogenic sources, such as sewage. Vibrio parahaemolyticus (VP) is indigenous to coastal ecosystems but can be harmful to shellfish. In this study, we aimed to assess the protein profile of the hepatopancreas of P. perna mussel challenged by introduced-E. coli and S. enterica-and indigenous marine bacteria-V. parahaemolyticus. Bacterialchallenge groups were compared with non-injected (NC) and injected control (IC)-that consisted in mussels not challenged and mussels injected with sterile PBS-NaCl, respectively. Through LC-MS/MS proteomic analysis, 3805 proteins were found in the hepatopancreas of P. perna. From the total, 597 were significantly different among conditions. Mussels injected with VP presented 343 proteins downregulated compared with all the other conditions, suggesting that VP suppresses their immune response. Particularly, 31 altered proteins-upregulated or downregulated-for one or more challenge groups (EC, SE, and VP) compared with controls (NC and IC) are discussed in detail in the paper. For the three tested bacteria, significantly different proteins were found to perform critical roles in immune response at all levels, namely: recognition and signal transduction; transcription; RNA processing; translation and protein processing; secretion; and humoral effectors. This is the first shotgun proteomic study in P. perna mussel, therefore providing an overview of the protein profile of the mussel hepatopancreas, focused on the immune response against bacteria. Hence, it is possible to understand the immune-bacteria relationship at molecular levels better. This knowledge can support the development of strategies and tools to be applied to coastal marine resource management and contribute to the sustainability of coastal systems.
Published: 2023
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136. Présentation et analyse des résultats d'une enquête quantitative menée auprès des pêcheurs récréatifs de la Manche

Author: GRANER, Eider, Frangoudes, Katia, Quillérou, Emmanuelle, Raux, Pascal, Bailly, Denis, Aménagement des Usages des Ressources et des Espaces marins et littoraux - Centre de droit et d'économie de la mer (AMURE), Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Interreg EU Channel-Manche, UMR 6308 AMURE - AMénagement des Usages des Ressources et des Espaces marins et littoraux - Centre de droit et d'économie de la mer, and European Project
Subjects: Pêche récréative, Enquête, Analyse en composantes multiples, [SDE]Environmental Sciences, Gestion écosystémique des pêches, Manche, [SDE.ES]Environmental Sciences/Environmental and Society
Abstract: Le présent document présente les résultats obtenus suite à la réalisation d'une enquête quantitative en ligne à destination des pêcheurs récréatifs de la Manche dans le cadre du projet Interreg FISH INTEL. Cette enquête a été diffusée auprès d'associations de pêche de plaisance, de clubs de pêche et chasse sous-marine, de comités des pêches (Partenaires du projet), de magasins d'équipement de pêche et de contacts individuels. Une phase d'entretiens exploratoire auprès de pêcheurs récréatifs a précédé la réalisation du questionnaire (développé par Marie Petit, étudiante de Master 1 stagiaire dans le cadre du projet FISH INTEL). Au total, 119 réponses ont été comptabilisées pour la période du 13 juillet au 05 septembre 2022. Les résultats de cette enquête ont été analysés sous différentes formes : tris à plat, tris croisés, analyse en composantes multiples.L'objectif de cette enquête a été de collecter les connaissances des pêcheurs récréatifs, leurs visions et opinions sur leur activité de pêche et sur les mesures de gestion actuelles (notamment par rapport aux principales espèces d'intérêt halieutique suivies par le projet FISH INTEL : langouste rouge (Palinurus elephas), thon rouge (Thunnus thynnus), lieu jaune (Pollachius pollachius) et bar européen (Dicentrarchus labrax)) et leur bien-être dans la pratique de cette activité.Le projet FISH INTEL (Interreg EU Channel-Manche) est piloté par l’Université de Plymouth et regroupe 12 partenaires de France, Angleterre et Belgique. Le projet FISH INTEL vise, grâce à l’utilisation d’un système innovant de télémétrie acoustique, à suivre les mouvements et identifier les préférences en termes d’habitat de plusieurs espèces halieutiques d’intérêt commercial dans la Manche, dont le bar européen (Dicentrarchus labrax), le lieu jaune (Pollachius pollachius), la langouste rouge (Palinurus elephas), la dorade grise (Spondyliosoma cantharus) et le thon rouge (Thunnus thynnus). Le déploiement d’un réseau de récepteurs acoustiques et le marquage des espèces permettra, d’ici quelques années, de dresser un état complet des déplacements des poissons et des habitats essentiels leur permettant d’accomplir leurs fonctions écologiques. Ce réseau de récepteurs acoustiques est déployé au sein de sept sites d’études du projet en Manche, fruit d’une étroite collaboration entre scientifiques et professionnels de la mer, via leurs instances représentatives et organismes de gestion des pêches. (Voir Figure 1). Le projet FISH INTEL a comme objectif de fournir des nouvelles informations permettant d’évaluer l’impact de la pêche et autres activités humaines – telles que le développement de sites d’énergies marines renouvelables (EMR) et de mariculture – sur les espèces et les habitats. Les connaissances produites par FISH INTEL permettront d’informer et d’accompagner les autorités compétentes en cas de mise en place de plans de gestion écosystémique des pêches visant à assurer la durabilité des écosystèmes marins et des activités maritimes – telles que la pêche. L’UMR 6308 – AMURE (IUEM) de l’Université de Bretagne occidentale (UBO) est responsable de la réalisation de l’action 3 (WP3) du projet FISH INTEL, intitulée « Gouvernance, services écosystémiques et société ».
Published: 2023

137. Using two-way nesting technique AGRIF with MARS3D V11.2 to improve hydrodynamics and estimate environmental indicators

Author: Sébastien Petton, Valérie Garnier, Matthieu Caillaud, Laurent Debreu, Franck Dumas, Laboratoire des Sciences de l'Environnement Marin (LEMAR) (LEMAR), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER), Laboratoire d'Océanographie Physique et Spatiale (LOPS), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Grenoble Alpes (UGA), Service Hydrographique et Océanographique de la Marine (SHOM), Ministère de la Défense, and ECOSCOPA
Subjects: [SDU.OCEAN]Sciences of the Universe [physics]/Ocean, Atmosphere, ENGLISH-CHANNEL, SEA, CONNECTIVITY, ADAPTIVE MESH REFINEMENT, BAY, FRANCE, OCEAN MODELS, COASTAL ZONE, SEDIMENT, SYSTEM
Abstract: International audience; In the ocean, mesoscale or submesoscale structures and coastal processes are associated with fine scales. The simulation of such features thus requires the hydrodynamic equations to be solved at high-resolution (from a few hundred meters down to a few tens of meters). Therefore, local mesh refinement is a primary issue for regional and coastal modeling. The AGRIF(adaptive grid refinement in Fortran) library is committed to tackling sucha challenge for structured grids. It has been implemented in MARS3D (Model for Application at Regional Scale), a semi-implicit, free-surface numerical model developed by Ifremer (the French Research Institute for Exploitation of the Sea) for coastal environmental research and studies. As its time scheme uses an alternating-direction implicit (ADI) algorithm, the two-way nesting implementation differs from the one in explicit models. The present paper describes the specifics of the AGRIF introduction and how the nesting preserves some essential properties (mass, momentum and tracer conservations) along with the induced constraints (bathymetric coherence between grids and increase in computation cost). The use and the performance of this new tool are detailed over two configurations that illustrate the wide range of scales and resolutions typically targeted by coastal applications. The first one is based on multiple high-resolution(500 m) grids that pave the coastal ocean over thousands of kilometers,allowing a continuum between the regional and coastal scales. The secondapplication is more local and has a finer resolution (50 m). It targets arecurrent question for semi-enclosed bays, i.e., the renewal time indicator. Throughout these configurations, the paper intends to compare the two-way nesting method with the traditional one-way approach. It highlights how the MARS3D-AGRIF tool proves to be an efficient way to both improve the physical hydrodynamics and unravel ecological challenges.
Published: 2023
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138. Lizards from warm and declining populations are born with extremely short telomeres

Author: Andréaz Dupoué, Pauline Blaimont, Frédéric Angelier, Cécile Ribout, David Rozen-Rechels, Murielle Richard, Donald Miles, Pierre de Villemereuil, Alexis Rutschmann, Arnaud Badiane, Fabien Aubret, Olivier Lourdais, Sandrine Meylan, Julien Cote, Jean Clobert, Jean-François Le Galliard, Institut d'écologie et des sciences de l'environnement de Paris (iEES Paris ), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Sorbonne Université (SU)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Laboratoire des Sciences de l'Environnement Marin (LEMAR) (LEMAR), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Rider University, Centre d'Études Biologiques de Chizé - UMR 7372 (CEBC), La Rochelle Université (ULR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Station d'Ecologie Théorique et Expérimentale (SETE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Fédération de Recherche Agrobiosciences, Interactions et Biodiversité (FR AIB), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Ohio University, Institut de Systématique, Evolution, Biodiversité (ISYEB ), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université des Antilles (UA), Evolution et Diversité Biologique (EDB), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), CEREEP-Ecotron Ile de France (UMS 3194), Département de Biologie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), ANR-13-JSV7-0011,DESTRESS,Dégradation de l'habitat et stress hormonal : combiner théorie physiologique et biologie de la conservation(2013), ANR-17-CE02-0013,AQUATHERM,Rôles de la régulation hydrique et thermique dans les réponses écologiques au changement climatique(2017), European Project: 87779,ECOFEED, European Project, Le Galliard, Jean-François, Jeunes Chercheuses et Jeunes Chercheurs - Dégradation de l'habitat et stress hormonal : combiner théorie physiologique et biologie de la conservation - - DESTRESS2013 - ANR-13-JSV7-0011 - JC - VALID, Rôles de la régulation hydrique et thermique dans les réponses écologiques au changement climatique - - AQUATHERM2017 - ANR-17-CE02-0013 - AAPG2017 - VALID, ECOFEED - ECOFEED - 0000-00-00 - 0000-00-00 - 87779 - VALID, Interreg POCTEFA ECTOPYR - INCOMING, Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-École Pratique des Hautes Études (EPHE)
Subjects: Risk, Aging, Multidisciplinary, [SDE.MCG]Environmental Sciences/Global Changes, Reproduction, aging, Population Dynamics, Lizards, ectotherms, Telomere, telomeres, Extinction, Biological, Global Warming, life-history tradeoffs, [SDE.BE] Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, [SDE.MCG] Environmental Sciences/Global Changes, [SDV.BA.ZV]Life Sciences [q-bio]/Animal biology/Vertebrate Zoology, Animals, [SDV.BA.ZV] Life Sciences [q-bio]/Animal biology/Vertebrate Zoology, Female, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, Telomere Shortening, population extinction
Abstract: Aging is the price to pay for acquiring and processing energy through cellular activity and life history productivity. Climate warming can exacerbate the inherent pace of aging, as illustrated by a faster erosion of protective telomere DNA sequences. This biomarker integrates individual pace of life and parental effects through the germline, but whether intra- and intergenerational telomere dynamics underlies population trends remains an open question. Here, we investigated the covariation between life history, telomere length (TL), and extinction risk among three age classes in a cold-adapted ectotherm ( Zootoca vivipara ) facing warming-induced extirpations in its distribution limits. TL followed the same threshold relationships with population extinction risk at birth, maturity, and adulthood, suggesting intergenerational accumulation of accelerated aging rate in declining populations. In dwindling populations, most neonates inherited already short telomeres, suggesting they were born physiologically old and unlikely to reach recruitment. At adulthood, TL further explained females’ reproductive performance, switching from an index of individual quality in stable populations to a biomarker of reproductive costs in those close to extirpation. We compiled these results to propose the aging loop hypothesis and conceptualize how climate-driven telomere shortening in ectotherms may accumulate across generations and generate tipping points before local extirpation.
Published: 2023
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139. Gouvernance des pêches et conservation du milieu marin dans la Manche : un exemple de visualisation graphique du réseau d'acteurs

Author: GRANER, Eider, FRANGOUDES, Katia, Aménagement des Usages des Ressources et des Espaces marins et littoraux - Centre de droit et d'économie de la mer (AMURE), Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Programme Interreg EU Channel-MancheLe projet FISH INTEL implique divers partenaires de France, Royaume-Uni et Belgique, et est doté d’un budget de 4,1 millions d’euros dont 2,8millions financés par le Fonds européen de développement régional via le programme INTERREG Channe-Manche., AMURE - Aménagement des Usages des Ressources et des Espaces marins et littoraux - Centre de droit et d'économie de la mer, Université de bretagne occidentale, and European Project
Subjects: Gouvernance, Conservation, Pêche, Réseaux, [SDE.ES]Environmental Sciences/Environmental and Society
Abstract: Le projet FISH INTEL (Interreg EU Channel-Manche) est piloté par l’Université de Plymouth et regroupe 12 partenaires de France, Angleterre et Belgique. Le projet FISH INTEL vise, grâce à l’utilisation d’un système innovant de télémétrie acoustique, à suivre les mouvements et identifier les préférences en termes d’habitat de plusieurs espèces halieutiques d’intérêt commercial dans la Manche, dont le bar européen (Dicentrarchus labrax), le lieu jaune (Pollachius pollachius), la langouste rouge (Palinurus elephas), la dorade grise (Spondyliosoma cantharus) et le thon rouge (Thunnus thynnus). Le déploiement d’un réseau de récepteurs acoustiques et le marquage des espèces permettra, d’ici quelques années, de dresser un état complet des déplacements des poissons et des habitats essentiels leur permettant d’accomplir leurs fonctions écologiques. Ce réseau de récepteurs acoustiques est déployé au sein de sept sites d’études du projet en Manche, fruit d’une étroite collaboration entre scientifiques et professionnels de la mer, via leurs instances représentatives et organismes de gestion des pêches. (Voir Figure 1). Le projet FISH INTEL a comme objectif de fournir des nouvelles informations permettant d’évaluer l’impact de la pêche et autres activités humaines – telles que le développement de sites d’énergies marines renouvelables (EMR) et de mariculture – sur les espèces et les habitats. Les connaissances produites par FISH INTEL permettront d’informer et d’accompagner les autorités compétentes en cas de mise en place de plans de gestion écosystémique des pêches visant à assurer la durabilité des écosystèmes marins et des activités maritimes – telles que la pêche. L’UMR 6308 – AMURE (IUEM) de l’Université de Bretagne occidentale (UBO) est responsable de la réalisation de l’action 3 (WP3) du projet FISH INTEL, intitulée « Gouvernance, services écosystémiques et société ».
Published: 2023

140. Iodine footprint: Moving towards environmental responsibility

Author: Raphel Jomaah, Jean-Alix Barrat, Raphaël Tripier, Julien Ognard, Samy Ammari, Douraied Ben Salem, School of Medicine [University of Wollongong], Faculty of Science, Medicine and Health [Wollongong], University of Wollongong [Australia]-University of Wollongong [Australia], Laboratoire des Sciences de l'Environnement Marin (LEMAR) (LEMAR), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Brest (UBO), Institut Universitaire de France (IUF), Ministère de l'Education nationale, de l’Enseignement supérieur et de la Recherche (M.E.N.E.S.R.), Chimie, Electrochimie Moléculaires et Chimie Analytique (CEMCA), Université de Brest (UBO)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Brestois Santé Agro Matière (IBSAM), Laboratoire de Traitement de l'Information Medicale (LaTIM), Université de Brest (UBO)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre Hospitalier Régional Universitaire de Brest (CHRU Brest)-IMT Atlantique (IMT Atlantique), Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Mines-Télécom [Paris] (IMT)-Institut Brestois Santé Agro Matière (IBSAM), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Brest (CHRU Brest), LaBoratoire d'Imagerie biOmédicale MultimodAle Paris-Saclay (BIOMAPS), Service Hospitalier Frédéric Joliot (SHFJ), Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Gustave Roussy (IGR), Zambonino-Infante, José-Luis, and Département d'imagerie médicale [Gustave Roussy]
Subjects: Radiological and Ultrasound Technology, Radiology, Nuclear Medicine and imaging, Neurology (clinical), [SDV.IB.MN]Life Sciences [q-bio]/Bioengineering/Nuclear medicine, [SDV.IB.MN] Life Sciences [q-bio]/Bioengineering/Nuclear medicine
Abstract: International audience; No abstract available
Published: 2023
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141. Assessing the impacts of anthropogenic sounds on early stages of benthic invertebrates: The ' Larvosonic system'

Author: Frédéric Olivier, Mathilde Gigot, Delphine Mathias, Youenn Jezequel, Tarik Meziane, Christophe L'Her, Laurent Chauvaud, Julien Bonnel, Biologie des Organismes et Ecosystèmes Aquatiques (BOREA), Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université des Antilles (UA), Laboratoire des Sciences de l'Environnement Marin (LEMAR) (LEMAR), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), SOMME, Société d'Observation Multi‐Modale de l'Environnement (SOMME), Sercel underwater acoutics (Entreprise) (Sercel UAD), and Woods Hole Oceanographic Institution (WHOI)
Subjects: Ocean Engineering, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology
Abstract: Noise produced by human activities has increased in the oceans over the last decades. Whereas most studies have focused on the impact of anthropogenic noise on marine mammals and fishes, those focusing on marine invertebrates are rarer and more recent, especially when considering peri-metamorphic benthic stages, highly sensitive to anthropogenic perturbations. A careful review of the literature reveals a simplistic characterization of the acoustics within the containers used to quantify larval and juvenile responses to noise, thus weakening the conclusions of such works. To address this problem, we developed the Larvosonic system, a laboratory tank equipped with acoustic assets to assess the impacts of noise on young stages of marine invertebrates. We first provide a careful analysis of the tank sound field using different sound types, and we assess the effects of expanded polystyrene units on the sounds emitted by a professional audio system in order to dampen reverberation and resonance. Then, we apply this acoustic calibration to the effects of both pile driving and drilling noises on postlarvae of the scallop bivalve Pecten maximus. Acoustic recordings highlight that diffuser and bass trap components constitute effective underwater sound absorbents, reducing the reflection of the whole frequency bandwidth. Scallop experiments reveal that both type and level of the tested noise influenced postlarval growth, with interactive effects between trophic environment and noise level/spectra. The Larvosonic system thus constitutes an efficient tool for bioacoustics research on bentho-planktonic invertebrate species.
Published: 2023
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142. Discussion about suitable applications for biodegradable plastics regarding their sources, uses and end of life

Author: Ika Paul-Pont, Jean-François Ghiglione, Emmanuelle Gastaldi, Alexandra Ter Halle, Arnaud Huvet, Stéphane Bruzaud, Fabienne Lagarde, François Galgani, Guillaume Duflos, Matthieu George, Pascale Fabre, Laboratoire des Sciences de l'Environnement Marin (LEMAR) (LEMAR), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire d'Océanographie Microbienne (LOMIC), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire océanologique de Banyuls (OOB), Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Ingénierie des Agro-polymères et Technologies Émergentes (UMR IATE), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro Montpellier, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Université de Montpellier (UM), Interactions moléculaires et réactivité chimique et photochimique (IMRCP), Institut de Chimie de Toulouse (ICT), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Fédération de Recherche Fluides, Energie, Réacteurs, Matériaux et Transferts (FERMAT), Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), SMODD - Systèmes Moléculaires Organisés et Développement Durable (SMODD), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie de Toulouse (ICT), Institut de Recherche Dupuy de Lôme (IRDL), École Nationale d'Ingénieurs de Brest (ENIB)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-École Nationale Supérieure de Techniques Avancées Bretagne (ENSTA Bretagne)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut des Molécules et Matériaux du Mans (IMMM), Le Mans Université (UM)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER), Laboratoire de sécurité des aliments de Maisons-Alfort (LSAl), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Laboratoire Charles Coulomb (L2C), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM), GDR 2050 'Polymers and Oceans', created by the CNRS, and French Ministry of Ecological Transition
Subjects: [SDV.EE]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment, [SDE.IE]Environmental Sciences/Environmental Engineering, Biodegradable, Plastic, Ecosafety, Waste Management and Disposal, Waste management
Abstract: International audience; This opinion paper offers a scientific view on the current debate of the place of biodegradable plastics as part of the solution to deal with the growing plastic pollution in the world's soil, aquatic, and marine compartments. Based on the current scientific literature, we focus on the current limits to prove plastic biodegradability and to assess the toxicity of commercially used biobased and biodegradable plastics in natural environments. We also discuss the relevance of biodegradable plastics for selected applications with respect to their use and end of life. In particular, we underlined that there is no universal biodegradability of plastics in any ecosystem, that considering the environment as a waste treatment system is not acceptable, and that the use of compostable plastics requires adaptation of existing organic waste collection and treatment channels.
Published: 2023
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143. Dinitrogen fixation and dissolved organic nitrogen fueled primary production and particulate export during the VAHINE mesocosm experiment (New Caledonia lagoon)

Author: Nathalie Leblond, Olivier Grosso, Hugo Berthelot, S Hélias, Stéphane L'Helguen, Karine Leblanc, Thierry Moutin, Sophie Bonnet, Bruno Charrière, Institut méditerranéen d'océanologie (MIO), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire des Sciences de l'Environnement Marin (LEMAR) (LEMAR), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire d'océanographie de Villefranche (LOV), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de la Mer de Villefranche (IMEV), Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de Formation et de Recherche sur les Environnements Méditérranéens (CEFREM), Université de Perpignan Via Domitia (UPVD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Recherche pour le Développement (IRD [Nouvelle-Calédonie]), ANR-13-JS06-0002,VAHINE,VAriabilité du tranfert vertical et tropHIque de l'azote (N2) fixé dans le sud-ouEst Pacifique et impact potentiel sur la pompe biologique à carbone(2013), Centre d'océanologie de Marseille (COM), Université de la Méditerranée - Aix-Marseille 2-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Domaines Océaniques (LDO), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Observatoire des Sciences de l'Univers-Institut d'écologie et environnement-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Perpignan Via Domitia (UPVD), Institut méditerranéen d'océanologie ( MIO ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Toulon ( UTLN ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ), Laboratoire des Sciences de l'Environnement Marin (LEMAR) ( LEMAR ), Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer ( IFREMER ) -Université de Brest ( UBO ) -Institut Universitaire Européen de la Mer ( IUEM ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Université de Brest ( UBO ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Université de Brest ( UBO ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Laboratoire d'océanographie de Villefranche ( LOV ), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ) -Institut national des sciences de l'Univers ( INSU - CNRS ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Centre de Formation et de Recherche sur les Environnements Méditérranéens ( CEFREM ), Université de Perpignan Via Domitia ( UPVD ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), University IRD Noumea, Institut de Recherche pour le Développement ( IRD [Nouvelle-Calédonie] ), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Toulon (UTLN), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Université de Perpignan Via Domitia (UPVD)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: 0106 biological sciences, Cyanobacteria, 010504 meteorology & atmospheric sciences, [SDE.MCG]Environmental Sciences/Global Changes, lcsh:Life, chemistry.chemical_element, Biology, 01 natural sciences, Mesocosm, chemistry.chemical_compound, Water column, Nitrate, PACIFIC SUBTROPICAL GYRE, CARBON SEQUESTRATION, lcsh:QH540-549.5, Botany, TRICHODESMIUM IMS101, Earth Science, 14. Life underwater, HIGH-PRECISION, Ecology, Evolution, Behavior and Systematics, 0105 earth and related environmental sciences, Earth-Surface Processes, ATLANTIC-OCEAN, [SDU.OCEAN]Sciences of the Universe [physics]/Ocean, Atmosphere, [ SDE.BE ] Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, NORTH, 010604 marine biology & hydrobiology, Phosphorus, ACL, lcsh:QE1-996.5, MEDITERRANEAN SEA, Particulates, Phosphate, biology.organism_classification, Nitrogen, [SDE.ES]Environmental Sciences/Environmental and Society, lcsh:Geology, lcsh:QH501-531, [ SDE.MCG ] Environmental Sciences/Global Changes, chemistry, [SDU]Sciences of the Universe [physics], Environmental chemistry, PHOSPHATE AVAILABILITY, lcsh:Ecology, SOUTH-WEST LAGOON, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, N-2 FIXATION, [ SDE.ES ] Environmental Sciences/Environmental and Society
Abstract: In the oligotrophic ocean characterized by nitrate (NO3−) depletion in surface waters, dinitrogen (N2) fixation and dissolved organic nitrogen (DON) can represent significant nitrogen (N) sources for the ecosystem. In this study, we deployed large in situ mesocosms in New Caledonia in order to investigate (1) the contribution of N2 fixation and DON use to primary production (PP) and particle export and (2) the fate of the freshly produced particulate organic N (PON), i.e., whether it is preferentially accumulated and recycled in the water column or exported out of the system. The mesocosms were fertilized with phosphate (PO43-) in order to prevent phosphorus (P) limitation and promote N2 fixation. The diazotrophic community was dominated by diatom–diazotroph associations (DDAs) during the first part of the experiment for 10 days (P1) followed by the unicellular N2-fixing cyanobacteria UCYN-C for the last 9 days (P2) of the experiment. N2 fixation rates averaged 9.8 ± 4.0 and 27.7 ± 8.6 nmol L−1 d−1 during P1 and P2, respectively. NO3− concentrations (< 0.04 μmol L−1) in the mesocosms were a negligible source of N, indicating that N2 fixation was the main driver of new production throughout the experiment. The contribution of N2 fixation to PP was not significantly different (p > 0.05) during P1 (9.0 ± 3.3 %) and P2 (12.6 ± 6.1 %). However, the e ratio that quantifies the efficiency of a system to export particulate organic carbon (POCexport) compared to PP (e ratio = POCexport/PP) was significantly higher (p < 0.05) during P2 (39.7 ± 24.9 %) than during P1 (23.9 ± 20.2 %), indicating that the production sustained by UCYN-C was more efficient at promoting C export than the production sustained by DDAs. During P1, PON was stable and the total amount of N provided by N2 fixation (0.10 ± 0.02 μmol L−1) was not significantly different (p > 0.05) from the total amount of PON exported (0.10 ± 0.04 μmol L−1), suggesting a rapid and probably direct export of the recently fixed N2 by the DDAs. During P2, both PON concentrations and PON export increased in the mesocosms by a factor 1.5–2. Unlike in P1, this PON production was not totally explained by the new N provided by N2 fixation. The use of DON, whose concentrations decreased significantly (p < 0.05) from 5.3 ± 0.5 μmol L−1 to 4.4 ± 0.5 μmol L−1, appeared to be the missing N source. The DON consumption (~ 0.9 μmol L−1) during P2 is higher than the total amount of new N brought by N2 fixation (~ 0.25 μmol L−1) during the same period. These results suggest that while DDAs mainly rely on N2 fixation for their N requirements, both N2 fixation and DON can be significant N sources for primary production and particulate export following UCYN-C blooms in the New Caledonia lagoon and by extension in the N-limited oceans where similar events are likely to occur.
Published: 2015
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144. Chemometric perspectives on plankton community responses to natural iron fertilisation over and downstream of the Kerguelen Plateau in the Southern Ocean

Author: Francesco d'Ovidio, M. Lasbleiz, Bernard Quéguiner, Thomas W. Trull, Diana M. Davies, Stéphane Blain, Karine Leblanc, E. C. Laurenceau-Cornec, Anne-Julie Cavagna, Frank Dehairs, Frédéric Planchon, Antarctic Climate and Ecosystems Cooperative Research Centre (ACE-CRC), CSIRO Marine and Atmosphere Research [Hobart], Commonwealth Scientific and Industrial Research Organisation [Canberra] (CSIRO), Institute for Marine and Antarctic Studies [Hobart] (IMAS), University of Tasmania [Hobart, Australia] (UTAS), Analytical, Environmental and Geo- Chemistry, Vrije Universiteit Brussel (VUB), Aix Marseille Université (AMU), Université de Toulon (UTLN), Processus de couplage à Petite Echelle, Ecosystèmes et Prédateurs Supérieurs (PEPS), Laboratoire d'Océanographie et du Climat : Expérimentations et Approches Numériques (LOCEAN), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Pierre-Simon-Laplace (IPSL (FR_636)), École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-École polytechnique (X)-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-École polytechnique (X)-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Pierre-Simon-Laplace (IPSL (FR_636)), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-École polytechnique (X)-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire des Sciences de l'Environnement Marin (LEMAR) (LEMAR), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut méditerranéen d'océanologie (MIO), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire d'Océanographie Microbienne (LOMIC), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire océanologique de Banyuls (OOB), Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), ANR-10-BLAN-0614,KEOPS 2,Kerguelen : Comparaison plateau Ocean2(2010), Commonwealth Scientific and Industrial Research Organisation [Canberra] ( CSIRO ), Antarctic Climate and Ecosystems Cooperative Research Center ( ACE-CRC ), Institute for Marine and Antarctic Studies ( IMAS ), University of Tasmania, Analytical and Environmental Chemistry & Earth System Sciences, Vrije Universiteit [Brussel] ( VUB ), Processus de couplage à Petite Echelle, Ecosystèmes et Prédateurs Supérieurs ( PEPS ), Laboratoire d'Océanographie et du Climat : Expérimentations et Approches Numériques ( LOCEAN ), Muséum National d'Histoire Naturelle ( MNHN ) -Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ) -Institut national des sciences de l'Univers ( INSU - CNRS ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Muséum National d'Histoire Naturelle ( MNHN ) -Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ) -Institut national des sciences de l'Univers ( INSU - CNRS ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Laboratoire des Sciences de l'Environnement Marin (LEMAR) ( LEMAR ), Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer ( IFREMER ) -Université de Brest ( UBO ) -Institut Universitaire Européen de la Mer ( IUEM ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Université de Brest ( UBO ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Université de Brest ( UBO ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Institut méditerranéen d'océanologie ( MIO ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Toulon ( UTLN ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ), Laboratoire d'Océanographie Microbienne ( LOMIC ), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Institute for Marine and Antarctic Studies [Horbat] (IMAS), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Institut Pierre-Simon-Laplace (IPSL (FR_636)), École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-École polytechnique (X)-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-École polytechnique (X)-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Institut Pierre-Simon-Laplace (IPSL (FR_636)), Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Brest (UBO), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Observatoire océanologique de Banyuls (OOB), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Toulon (UTLN), Chemistry, Analytical and Environmental Chemistry, Earth System Sciences, and Analytical, Environmental & Geo-Chemistry
Subjects: 0106 biological sciences, 010504 meteorology & atmospheric sciences, lcsh:Life, [SDU.STU]Sciences of the Universe [physics]/Earth Sciences, [PHYS.PHYS.PHYS-GEO-PH]Physics [physics]/Physics [physics]/Geophysics [physics.geo-ph], Biogenic silica, AUSTRALIAN SECTOR, 01 natural sciences, chemistry.chemical_compound, [ PHYS.PHYS.PHYS-GEO-PH ] Physics [physics]/Physics [physics]/Geophysics [physics.geo-ph], Nitrate, lcsh:QH540-549.5, Phytoplankton, Dissolved organic carbon, Dominance (ecology), Earth Science, 14. Life underwater, PARTICULATE ORGANIC-CARBON, Ecology, Evolution, Behavior and Systematics, PHOTOSYNTHETIC C-13 FRACTIONATION, [SDU.STU.OC]Sciences of the Universe [physics]/Earth Sciences/Oceanography, 0105 earth and related environmental sciences, Earth-Surface Processes, Polar front, [SDU.OCEAN]Sciences of the Universe [physics]/Ocean, Atmosphere, INORGANIC CARBON, [ SDU.STU.OC ] Sciences of the Universe [physics]/Earth Sciences/Oceanography, 010604 marine biology & hydrobiology, ACL, lcsh:QE1-996.5, ELEMENTAL COMPOSITION, CARBON-ISOTOPE FRACTIONATION, NITRATE UPTAKE, [ SDU.STU ] Sciences of the Universe [physics]/Earth Sciences, GROWTH-RATE, 15. Life on land, Spring bloom, Plankton, lcsh:Geology, MARINE-PHYTOPLANKTON, lcsh:QH501-531, Oceanography, chemistry, 13. Climate action, [SDU]Sciences of the Universe [physics], lcsh:Ecology, BIOGENIC SILICA, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, Geology
Abstract: International audience; We examined phytoplankton community responses to natural iron fertilisation at 32 sites over and downstream from the Kerguelen Plateau in the Southern Ocean during the austral spring bloom in October-November 2011. The community structure was estimated from chemical and isotopic measurements (particulate organic carbon - POC; 13C-POC; particulate nitrogen - PN; 15N-PN; and biogenic silica - BSi) on size-fractionated samples from surface waters (300, 210, 50, 20, 5, and 1 μm fractions). Higher values of 13C-POC (vs. co-located 13C values for dissolved inorganic carbon - DIC) were taken as indicative of faster growth rates and higher values of 15N-PN (vs. co-located 15N-NO3 source values) as indicative of greater nitrate use (rather than ammonium use, i.e. higher f ratios). Community responses varied in relation to both regional circulation and the advance of the bloom. Iron-fertilised waters over the plateau developed dominance by very large diatoms (50-210 μm) with high BSi / POC ratios, high growth rates, and significant ammonium recycling (lower f ratios) as biomass built up. In contrast, downstream polar frontal waters with a similar or higher iron supply were dominated by smaller diatoms (20-50 μm) and exhibited greater ammonium recycling. Stations in a deep-water bathymetrically trapped recirculation south of the polar front with lower iron levels showed the large-cell dominance observed on the plateau but much less biomass. Comparison of these communities to surface water nitrate (and silicate) depletions as a proxy for export shows that the low-biomass recirculation feature had exported similar amounts of nitrogen to the high-biomass blooms over the plateau and north of the polar front. This suggests that early spring trophodynamic and export responses differed between regions with persistent low levels vs. intermittent high levels of iron fertilisation.
Published: 2015
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145. Antibiofilm Activity of the Marine Bacterium Pseudoalteromonas sp. 3J6 Against Vibrio tapetis, the Causative Agent of Brown Ring Disease

Author: Alexis Bazire, Christine Paillard, Sophie Rodrigues, Alain Dufour, Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marines (LBCM), Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire des Sciences de l'Environnement Marin (LEMAR) (LEMAR), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and ANR-10-LABX-0019,LabexMER,LabexMER Marine Excellence Research: a changing ocean(2010)
Subjects: Ruditapes, Microbiology, 03 medical and health sciences, Pseudoalteromonas, Marine bacteriophage, Vibrio Infections, Pseudoalteromonas sp 3J6, Antibiosis, Animals, 14. Life underwater, Molecular Biology, 030304 developmental biology, Vibrio, Vibrio tapetis, 0303 health sciences, Microscopy, Confocal, biology, 030306 microbiology, Biofilm, ACL, biology.organism_classification, [SDV.MP.BAC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology, Coculture Techniques, Bivalvia, Culture Media, Brown ring disease, Antibiofilm activity, Biofilms, Molecular Medicine, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, Bacteria
Abstract: International audience; Vibrio tapetis CECT4600 is a pathogenic Gram-negative bacterium causing the brown ring disease in the Manila clam Ruditapes philippinarum. This vibriosis is induced by bacterial attachment on the periostracal lamina, yielding a decalcification of the bivalve shell. As in many bacterial species, pathogenesis is likely related to biofilm formation. The proteinaceous exoproducts of the marine bacterium Pseudoalteromonas sp. 3J6 inhibit the formation of biofilm by most of the tested marine bacteria without affecting their planktonic growth. In the present work, we examined the sensitivity of V. tapetis to Pseudoalteromonas sp. 3J6 and its exoproducts. In V. tapetis CECT4600-GFP-Pseudoalteromonas sp. 3J6 co-cultures, the latter outcompeted V. tapetis whatever the growth mode (planktonic or biofilm), which could result from a slower growth of V. tapetis. Biofilms containing only V. tapetis were grown in vitro on a glass substratum under dynamic conditions. When the glass was coated with a culture supernatant of Pseudoalteromonas sp. 3J6 (SN3J6) prior to inoculating V. tapetis CECT4600-GFP, the bacterial attachment was about fivefold lower than in control experiment without SN3J6 and the biofilm formation was delayed by about 24 h: A full biofilm was obtained at 48 versus 24 h for the control. Moreover, a preformed V. tapetis biofilm (grown on SN3J6-free glass substratum) could be disrupted by incubating it with SN3J6. This data suggest that Pseudoalteromonas sp. 3J6 is a good candidate to set up an anti-V. tapetis strategy usable in aquaculture to grow V. tapetis-free Manila clam spats.
Published: 2014
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146. Possible planet formation in the young, low-mass, multiple stellar system GG Tau A

Author: Tracy L. Beck, E. Chapillon, Ya-Wen Tang, Anne Dutrey, Stéphane Guilloteau, Jeffrey S. Bary, Vincent Piétu, Hervé Beust, Frederic Gueth, Arnaud Pierens, J.-M. Huré, Yann Boehler, Michal Simon, Emmanuel Di Folco, AMOR 2014, Laboratoire d'astrodynamique, d'astrophysique et d'aéronomie de bordeaux (L3AB), Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire aquitain des sciences de l'univers (OASU), Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Laboratoire d'Astrophysique de Bordeaux [Pessac] (LAB), Université de Bordeaux (UB)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bordeaux (UB), Observatoire aquitain des sciences de l'univers (OASU), Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire d'Astrophysique de Bordeaux [Pessac] (LAB), Université de Bordeaux (UB)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Bordeaux (UB), Centro de Radioastronomia y Astrofisica, Universidad Nacional Autónoma de México (UNAM), Department of Physics and Astronomy [Hamilton NY], Colgate University, Space Telescope Science Institute (STSci), Institut de Planétologie et d'Astrophysique de Grenoble (IPAG), Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Grenoble (OSUG), Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de RadioAstronomie Millimétrique (IRAM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marines (LBCM), Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de Bretagne Sud (UBS), Academia Sinica Institute of Astronomy and Astrophysics (ASIAA), Academia Sinica, Centro de Radioastronomia y Astrofisica (CRyA), Institut de Planétologie et d'Astrophysique de Grenoble (IPAG ), Observatoire des Sciences de l'Univers de Grenoble (OSUG), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1 (UB)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1 (UB)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire aquitain des sciences de l'univers (OASU), Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1 (UB)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Laboratoire d'Astrophysique de Bordeaux [Pessac] (LAB), Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1 (UB)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Universidad Nacional Autónoma de México = National Autonomous University of Mexico (UNAM), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA)-Université Savoie Mont Blanc (USMB [Université de Savoie] [Université de Chambéry])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire d'astrodynamique, d'astrophysique et d'aéronomie de bordeaux ( L3AB ), Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Institut national des sciences de l'Univers ( INSU - CNRS ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Institut national des sciences de l'Univers ( INSU - CNRS ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Observatoire aquitain des sciences de l'univers ( OASU ), Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Institut national des sciences de l'Univers ( INSU - CNRS ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Laboratoire d'Astrophysique de Bordeaux [Pessac] ( LAB ), Université de Bordeaux ( UB ) -Institut national des sciences de l'Univers ( INSU - CNRS ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Bordeaux ( UB ), Observatoire aquitain des sciences de l'univers ( OASU ), Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1-Institut national des sciences de l'Univers ( INSU - CNRS ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Laboratoire d'Astrophysique de Bordeaux [Pessac] ( LAB ), Université de Bordeaux ( UB ) -Institut national des sciences de l'Univers ( INSU - CNRS ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Université de Bordeaux ( UB ), Universidad Nacional Autónoma de México ( UNAM ), Space Telescope Science Institute ( STSci ), Institut de Planétologie et d'Astrophysique de Grenoble ( IPAG ), Observatoire des Sciences de l'Univers de Grenoble ( OSUG ), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 ( UJF ) -Institut national des sciences de l'Univers ( INSU - CNRS ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Grenoble Alpes ( UGA ) -Université Joseph Fourier - Grenoble 1 ( UJF ) -Institut national des sciences de l'Univers ( INSU - CNRS ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université Grenoble Alpes ( UGA ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Institut de RadioAstronomie Millimétrique ( IRAM ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marines ( LBCM ), Université de Bretagne Sud ( UBS ) -Université de Brest ( UBO ), and Institute of Astronomy and Astrophysics [Taipei] ( ASIAA )
Subjects: Physics, Multidisciplinary, 010504 meteorology & atmospheric sciences, [SDU.ASTR.CO]Sciences of the Universe [physics]/Astrophysics [astro-ph]/Cosmology and Extra-Galactic Astrophysics [astro-ph.CO], [ PHYS.ASTR ] Physics [physics]/Astrophysics [astro-ph], Exoplanets, Astronomical unit, Astronomy, Astrophysics, 01 natural sciences, Accretion (astrophysics), Exoplanet, Stars, Planet, [ SDU.ASTR.CO ] Sciences of the Universe [physics]/Astrophysics [astro-ph]/Cosmology and Extra-Galactic Astrophysics [astro-ph.CO], 0103 physical sciences, Binary star, Astrophysics::Solar and Stellar Astrophysics, Astrophysics::Earth and Planetary Astrophysics, Circumbinary planet, Low Mass, [PHYS.ASTR]Physics [physics]/Astrophysics [astro-ph], 010303 astronomy & astrophysics, Astrophysics::Galaxy Astrophysics, 0105 earth and related environmental sciences
Abstract: Investigation of the triple stellar system GG Tau A reveals gas fragments within the central cavity between the Keplerian outer ring orbiting the entire system and the stars themselves; gas flow from this outer ring appears capable of sustaining the inner disk surrounding component star GG Tau Aa beyond the accretion lifetime, leaving time for planet formation to occur. Atacama Large Millimetre Array (ALMA) observations of G GTau A, one of the most intensively studied stellar systems, reveal a flow of fresh material that would make planet formation possible even in the unstable environment of young binary star systems. This flow had previously been predicted by numerical simulation, but not confirmed observationally. New images show gas fragments traced by carbon monoxide emission within the GG Tau A cavity. Kinematic analysis suggests that the flow is capable of sustaining the inner disk around GG Tau Aa beyond the accretion lifetime, leaving sufficient time to allow planet formation. The formation of planets around binary stars may be more difficult than around single stars1,2,3. In a close binary star (with a separation of less than a hundred astronomical units), theory predicts the presence of circumstellar disks around each star, and an outer circumbinary disk surrounding a gravitationally cleared inner cavity around the stars4,5. Given that the inner disks are depleted by accretion onto the stars on timescales of a few thousand years, any replenishing material must be transferred from the outer reservoir to fuel planet formation (which occurs on timescales of about one million years). Gas flowing through disk cavities has been detected in single star systems6. A circumbinary disk was discovered around the young low-mass binary system GG Tau A (ref. 7), which has recently been shown to be a hierarchical triple system8. It has one large inner disk9 around the single star, GG Tau Aa, and shows small amounts of shocked hydrogen gas residing within the central cavity10, but other than a single weak detection11, the distribution of cold gas in this cavity or in any other binary or multiple star system has not hitherto been determined. Here we report imaging of gas fragments emitting radiation characteristic of carbon monoxide within the GG Tau A cavity. From the kinematics we conclude that the flow appears capable of sustaining the inner disk (around GG Tau Aa) beyond the accretion lifetime, leaving time for planet formation to occur there. These results show the complexity of planet formation around multiple stars and confirm the general picture predicted by numerical simulations.
Published: 2014
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147. Transcriptomic Response of Enterococcus faecalis V583 to Low Hydrogen Peroxide Levels

Author: Aurélie Budin-Verneuil, Nicolas Verneuil, Yanick Auffray, Xue Yan, Sébastien Artigaud, Vianney Pichereau, Michael S. Gilmore, Unité de Recherche Risques Microbiens ( U2RM ), Université de Caen Normandie ( UNICAEN ), Normandie Université ( NU ) -Normandie Université ( NU ), Departments of Ophthalmology and Microbiology and Molecular Genetics, Harvard Medical School [Boston] ( HMS ), Laboratoire des Sciences de l'Environnement Marin (LEMAR) ( LEMAR ), Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer ( IFREMER ) -Université de Brest ( UBO ) -Institut Universitaire Européen de la Mer ( IUEM ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Université de Brest ( UBO ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Université de Brest ( UBO ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Unité de Recherche Risques Microbiens (U2RM), Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU), Harvard Medical School [Boston] (HMS), Laboratoire des Sciences de l'Environnement Marin (LEMAR) (LEMAR), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), INRA (MICA Department), Conseil Regional de Basse-Normandie, and NIH AI083214
Subjects: Operon, [SDV]Life Sciences [q-bio], Adaptation, Biological, Human pathogen, medicine.disease_cause, Applied Microbiology and Biotechnology, Transcriptome, chemistry.chemical_compound, OXIDATIVE-STRESS-RESPONSE, Enterococcus faecalis, Ethanolamine, Gene Regulatory Networks, Hydrogen peroxide, LISTERIA-MONOCYTOGENES, 0303 health sciences, biology, General Medicine, Pyruvaldehyde, Biochemistry, METHYLGLYOXAL, GROWTH, REGULATOR, EXPRESSION, CADMIUM RESISTANCE, Microbiology, MECHANISMS, 03 medical and health sciences, medicine, Humans, 030304 developmental biology, Dose-Response Relationship, Drug, IDENTIFICATION, [ SDV ] Life Sciences [q-bio], 030306 microbiology, Gene Expression Profiling, ACL, Biological Transport, Molecular Sequence Annotation, Gene Expression Regulation, Bacterial, Hydrogen Peroxide, biology.organism_classification, Oxidative Stress, Metabolic pathway, chemistry, VIRULENCE, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, Bacteria, Oxidative stress
Abstract: International audience; Enterococcus faecalis is a Gram-positive commensal bacterium inhabiting the gastrointestinal tracts of human and other mammals, but is also increasingly recognized as an opportunistic human pathogen. Oxidative stress is one of the major challenges encountered by enterococci, both in their natural environment and during infection. In this paper, we evaluated the transcriptomic response of E. faecalis to oxidative stress, and showed that transcript abundance was reduced for 93 genes and increased for 39 genes during growth in medium containing 1.75 mM H2O2. The presence of hydrogen peroxide affected several metabolic pathways, including a large decrease in ethanolamine utilization and methylglyoxal metabolism, and an increase in transcript abundance for several transport systems. In particular, four operons encoding iron transporters appeared highly induced. By contrast, in our experimental conditions, the expression of most of the genes known to be involved in the enterococcal response to oxidative stress, did not appear significantly altered.
Published: 2014
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148. Contrasted Saharan dust events in LNLC environments: impact on nutrient dynamics and primary production

Author: Julien Dekaezemacker, F. Malien, Cécile Guieu, Stéphane L'Helguen, Sophie Bonnet, Céline Ridame, Biogéochimie-Traceurs-Paléoclimat (BTP), Laboratoire d'Océanographie et du Climat : Expérimentations et Approches Numériques (LOCEAN), Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Pierre-Simon-Laplace (IPSL (FR_636)), École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-École polytechnique (X)-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-École polytechnique (X)-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Pierre-Simon-Laplace (IPSL (FR_636)), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-École polytechnique (X)-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut méditerranéen d'océanologie (MIO), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Max Planck Institute for Marine Microbiology, Max-Planck-Gesellschaft, Laboratoire d'océanographie de Villefranche (LOV), Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de la Mer de Villefranche (IMEV), Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire des Sciences de l'Environnement Marin (LEMAR) (LEMAR), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Leibniz-Institut für Meereswissenschaften (IFM-GEOMAR), ANR-07-BLAN-0126,DUNE,a DUst experiment in a low Nutrient, low chlorophyll Ecosystem(2007), Sorbonne Université (SU), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Institut Pierre-Simon-Laplace (IPSL (FR_636)), École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-École polytechnique (X)-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-École polytechnique (X)-Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-Institut Pierre-Simon-Laplace (IPSL (FR_636)), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Sorbonne Universités, Biogéochimie-Traceurs-Paléoclimat ( BTP ), Laboratoire d'Océanographie et du Climat : Expérimentations et Approches Numériques ( LOCEAN ), Muséum National d'Histoire Naturelle ( MNHN ) -Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ) -Institut national des sciences de l'Univers ( INSU - CNRS ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Muséum National d'Histoire Naturelle ( MNHN ) -Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ) -Institut national des sciences de l'Univers ( INSU - CNRS ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Institut méditerranéen d'océanologie ( MIO ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Université de Toulon ( UTLN ) -Aix Marseille Université ( AMU ) -Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ), Max Plank Institut, Laboratoire d'océanographie de Villefranche ( LOV ), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 ( UPMC ) -Institut national des sciences de l'Univers ( INSU - CNRS ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Laboratoire des Sciences de l'Environnement Marin (LEMAR) ( LEMAR ), Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer ( IFREMER ) -Université de Brest ( UBO ) -Institut Universitaire Européen de la Mer ( IUEM ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Université de Brest ( UBO ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Université de Brest ( UBO ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Leibniz-Institut für Meereswissenschaften ( IFM-GEOMAR ), ANR-07-BLAN-0126,BLANC,a DUst experiment in a low Nutrient, low chlorophyll Ecosystem ( 2007 ), Centre d'océanologie de Marseille (COM), Université de la Méditerranée - Aix-Marseille 2-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Domaines Océaniques (LDO), and Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Observatoire des Sciences de l'Univers-Institut d'écologie et environnement-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: Chlorophyll a, MESOCOSM EXPERIMENT, [SDV]Life Sciences [q-bio], Iron fertilization, lcsh:Life, TIME-SERIES STATION, [PHYS.PHYS.PHYS-GEO-PH]Physics [physics]/Physics [physics]/Geophysics [physics.geo-ph], Mineral dust, CHEMICAL-COMPOSITION, Mesocosm, chemistry.chemical_compound, Nitrate, [ PHYS.PHYS.PHYS-GEO-PH ] Physics [physics]/Physics [physics]/Geophysics [physics.geo-ph], lcsh:QH540-549.5, Earth Science, 14. Life underwater, SURFACE WATERS, SOUTHERN-OCEAN, Ecology, Evolution, Behavior and Systematics, Earth-Surface Processes, Biomass (ecology), CLIMATE-CHANGE, [ SDV ] Life Sciences [q-bio], ACL, lcsh:QE1-996.5, ATMOSPHERIC DEPOSITION, IRON FERTILIZATION, 15. Life on land, New production, lcsh:Geology, lcsh:QH501-531, Oceanography, Deposition (aerosol physics), chemistry, 13. Climate action, [SDU]Sciences of the Universe [physics], Environmental chemistry, LOW-CHLOROPHYLL ECOSYSTEM, Environmental science, lcsh:Ecology, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, EASTERN MEDITERRANEAN SEA
Abstract: The response of the phytoplanktonic community (primary production and algal biomass) to contrasted Saharan dust events (wet and dry deposition) was studied in the framework of the DUNE ("a DUst experiment in a low-Nutrient, low-chlorophyll Ecosystem") project. We simulated realistic dust deposition events (10 g m−2) into large mesocosms (52 m3). Three distinct dust addition experiments were conducted in June 2008 (DUNE-1-P: simulation of a wet deposition; DUNE-1-Q: simulation of a dry deposition) and 2010 (DUNE-2-R1 and DUNE-2-R2: simulation of two successive wet depositions) in the northwestern oligotrophic Mediterranean Sea. No changes in primary production (PP) and chlorophyll a concentrations (Chl a) were observed after a dry deposition event, while a wet deposition event resulted in a rapid (24 h after dust addition), strong (up to 2.4-fold) and long (at least a week in duration) increase in PP and Chl a. We show that, in addition to being a source of dissolved inorganic phosphorus (DIP), simulated wet deposition events were also a significant source of nitrate (NO3−) (net increases up to +9.8 μM NO3− at 0.1 m in depth) to the nutrient-depleted surface waters, due to cloud processes and mixing with anthropogenic species such as HNO3. The dry deposition event was shown to be a negligible source of NO3−. By transiently increasing DIP and NO3- concentrations in N–P starved surface waters, wet deposition of Saharan dust was able to relieve the potential N or NP co-limitation of the phytoplanktonic activity. Due to the higher input of NO3− relative to DIP, and taking into account the stimulation of the biological activity, a wet deposition event resulted in a strong increase in the NO3−/DIP ratio, from initially less than 6, to over 150 at the end of the DUNE-2-R1 experiment, suggesting a switch from an initial N or NP co-limitation towards a severe P limitation. We also show that the contribution of new production to PP strongly increased after wet dust deposition events, from initially 15% to 60–70% 24 h after seeding, indicating a switch from a regenerated-production based system to a new-production based system. DUNE experiments show that wet and dry dust deposition events induce contrasting responses of the phytoplanktonic community due to differences in the atmospheric supply of bioavailable new nutrients. Our results from original mesocosm experiments demonstrate that atmospheric dust wet deposition greatly influences primary productivity and algal biomass in LNLC environments through changes in the nutrient stocks, and alters the NO3−/DIP ratio, leading to a switch in the nutrient limitation of the phytoplanktonic activity.
Published: 2014
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149. A role for peroxisome proliferator-activated receptor gamma in resveratrol-induced colon cancer cell apoptosis

Author: Dominique Delmas, Emeric Limagne, Alessandra Scagliarini, Virginie Aires, Annie Carlier, Bertrand Brassart, Eric Solary, Laurent Martiny, Stéphane Mandard, Michel Tarpin, Chimiothérapie et réponse immunitaire anti-tumorale (U866, Cancer, équipe 1), Lipides - Nutrition - Cancer (U866) (LNC), Université de Bourgogne (UB)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Ecole Nationale Supérieure de Biologie Appliquée à la Nutrition et à l'Alimentation de Dijon (ENSBANA)-Université de Bourgogne (UB)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Ecole Nationale Supérieure de Biologie Appliquée à la Nutrition et à l'Alimentation de Dijon (ENSBANA), Matrice extracellulaire et dynamique cellulaire - UMR 7369 (MEDyC), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-SFR CAP Santé (Champagne-Ardenne Picardie Santé), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire des Sciences de l'Environnement Marin (LEMAR) (LEMAR), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Istituto Nazionale di Fisica Nucleare, Sezione di Roma Tor Vergata (INFN, Sezione di Roma Tor Vergata), Istituto Nazionale di Fisica Nucleare (INFN), Université de Bourgogne (UB)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Ecole Nationale Supérieure de Biologie Appliquée à la Nutrition et à l'Alimentation de Dijon (ENSBANA), Hématopoïèse normale et pathologique, Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Institut Gustave Roussy (IGR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Laboratoire de Signalisation et Récepteurs Matriciels (SiRMa), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-SFR CAP Santé (Champagne-Ardenne Picardie Santé), URCA - UFR Sciences exactes et naturelles (URCA UFR SEN), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA), Ligue Inter-régionale Grand-Est Contre le Cancer, Conseil Régional de Bourgogne, FEDER, Lipides - Nutrition - Cancer (U866) ( LNC ), Université de Bourgogne ( UB ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Ecole Nationale Supérieure de Biologie Appliquée à la Nutrition et à l'Alimentation de Dijon ( ENSBANA ) -Université de Bourgogne ( UB ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Ecole Nationale Supérieure de Biologie Appliquée à la Nutrition et à l'Alimentation de Dijon ( ENSBANA ), Matrice extracellulaire et dynamique cellulaire - UMR 7369 ( MEDyC ), Université de Reims Champagne-Ardenne ( URCA ) -SFR CAP Santé (Champagne-Ardenne Picardie Santé), Université de Reims Champagne-Ardenne ( URCA ) -Université de Picardie Jules Verne ( UPJV ) -Université de Reims Champagne-Ardenne ( URCA ) -Université de Picardie Jules Verne ( UPJV ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Laboratoire des Sciences de l'Environnement Marin (LEMAR) ( LEMAR ), Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer ( IFREMER ) -Université de Brest ( UBO ) -Institut Universitaire Européen de la Mer ( IUEM ), Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Université de Brest ( UBO ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut de Recherche pour le Développement ( IRD ) -Université de Brest ( UBO ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Istituto Nazionale di Fisica Nucleare, Sezione di Roma Tor Vergata ( INFN, Sezione di Roma Tor Vergata ), National Institute for Nuclear Physics ( INFN ), Université de Bourgogne ( UB ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Ecole Nationale Supérieure de Biologie Appliquée à la Nutrition et à l'Alimentation de Dijon ( ENSBANA ), Université Paris-Sud - Paris 11 ( UP11 ) -Institut Gustave Roussy ( IGR ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ), Laboratoire SiRMa, Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), URCA - UFR Sciences exactes et naturelles ( URCA UFR SEN ), Université de Reims Champagne-Ardenne ( URCA ), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Bourgogne (UB)-Ecole Nationale Supérieure de Biologie Appliquée à la Nutrition et à l'Alimentation de Dijon (ENSBANA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Bourgogne (UB)-Ecole Nationale Supérieure de Biologie Appliquée à la Nutrition et à l'Alimentation de Dijon (ENSBANA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, SFR CAP Santé (Champagne-Ardenne Picardie Santé), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Picardie Jules Verne (UPJV)-Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Picardie Jules Verne (UPJV)-Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Bourgogne (UB)-Ecole Nationale Supérieure de Biologie Appliquée à la Nutrition et à l'Alimentation de Dijon (ENSBANA)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Gustave Roussy (IGR)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Picardie Jules Verne (UPJV)-Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Picardie Jules Verne (UPJV)-Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-SFR CAP Santé (Champagne-Ardenne Picardie Santé), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Picardie Jules Verne (UPJV)-Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Picardie Jules Verne (UPJV)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Picardie Jules Verne (UPJV)-Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-Université de Picardie Jules Verne (UPJV)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA)-SFR CAP Santé (Champagne-Ardenne Picardie Santé), and Mandard, Stéphane
Subjects: endocrine system diseases, Colorectal cancer, Peroxisome proliferator-activated receptor, Apoptosis, Pharmacology, Resveratrol, resveratrol, MESH: Thiazolidinediones, PPAR, [ SDV.CAN ] Life Sciences [q-bio]/Cancer, chemistry.chemical_compound, 0302 clinical medicine, MESH: Stilbenes, Stilbenes, MESH : Cell Proliferation, [ SHS.INFO ] Humanities and Social Sciences/Library and information sciences, Anilides, skin and connective tissue diseases, chemistry.chemical_classification, 0303 health sciences, food and beverages, Cell cycle, 3. Good health, MESH : Thiazolidinediones, MESH : Colonic Neoplasms, colon cancer, 030220 oncology & carcinogenesis, Colonic Neoplasms, S Phase Cell Cycle Checkpoints, Rosiglitazone, hormones, hormone substitutes, and hormone antagonists, Biotechnology, medicine.drug, MESH : PPAR gamma, MESH: Cell Line, Tumor, [SHS.INFO]Humanities and Social Sciences/Library and information sciences, [SDV.CAN]Life Sciences [q-bio]/Cancer, [SDV.BC]Life Sciences [q-bio]/Cellular Biology, Biology, MESH: Anilides, [SHS.INFO] Humanities and Social Sciences/Library and information sciences, MESH : Anilides, MESH : Stilbenes, 03 medical and health sciences, [SDV.CAN] Life Sciences [q-bio]/Cancer, Cell Line, Tumor, MESH: Cell Proliferation, medicine, [SDV.BBM] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, Humans, [SDV.BBM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, [SDV.BC] Life Sciences [q-bio]/Cellular Biology, MESH : S Phase Cell Cycle Checkpoints, [ SDV.BBM ] Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, polyphenols, 030304 developmental biology, Cell Proliferation, MESH: Colonic Neoplasms, MESH: Humans, Cell growth, MESH : Cell Line, Tumor, [ SDV.BC ] Life Sciences [q-bio]/Cellular Biology, organic chemicals, MESH: Apoptosis, MESH : Humans, medicine.disease, PPAR gamma, MESH: S Phase Cell Cycle Checkpoints, chemistry, MESH: PPAR gamma, Cancer cell, Thiazolidinediones, MESH : Apoptosis, Food Science
Abstract: Scope Resveratrol may function as a chemopreventive agent. A recent clinical study demonstrates a reduction in tumor cell proliferation in colorectal patients receiving repeated oral ingestion of resveratrol. However, gaps remain in our knowledge of the molecular mechanisms by which resveratrol exerts its chemopreventive effect. We have previously demonstrated that resveratrol induces apoptosis in colon cancer cells and that resveratrol can sensitize chemoresistant colon cancer cells to various drugs. Based on its ability to activate peroxisome proliferator-activated receptor gamma (PPARγ) in colon cancer cells, we sought to determine the implication of this nuclear transcription factor in resveratrol-induced apoptosis. Methods and results Transient transfection of cancer cells with a dominant-negative PPARγ mutant or treatment with a PPARγ antagonist (GW9662) reversed the inhibitory effect of resveratrol. Moreover, GW9662 prevented disruption of the cell cycle induced by resveratrol and consequently abrogated resveratrol-induced apoptosis. Tumor cell death was potentiated by combining resveratrol with rosiglitazone, a PPARγ agonist. Conclusion The results show that PPARγ plays a role in resveratrol-induced apoptosis of colon carcinoma cells. The combination of resveratrol with a PPARγ agonist could be a promising pharmacological approach for treatment of colorectal cancer.
Published: 2014
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150. Enzymatic recovery of metabolites from seaweeds: potential applications

Author: Hardouin, Kevin, Bedoux, Gilles, Burlot, Anne-Sophie, Nyvall-Collén, Pi, Bourgougnon, Nathalie, Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marine (LBCM), Laboratoire de Biotechnologie et Chimie Marines (LBCM), Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Université de Brest (UBO)-Institut Universitaire Européen de la Mer (IUEM), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and N. Bourgougnon
Subjects: ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: International audience
Published: 2014
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