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101. Aide à la décision en surveillance syndromique par le calcul de la probabilité de circulation d’un pathogène

Author: Faverjon, Céline, Gunnar Andersson, Mats, Vial, Flavie, Legrand, Loïc, Leblond, Agnès, Unité de Recherche d'Épidémiologie Animale (UR EpiA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), UPE, European Union Reference Laboratory for equine diseases (EURL), Uppsala University, Veterinary Public Health Institute, Universität Bern [Bern], Laboratoire Frank Duncombe, Réseau d'Epidémio-Surveillance en Pathologie Équine (RESPE), and ProdInra, Migration
Subjects: [SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio]
Abstract: Dans ce travail nous proposons d’appliquer le cadre statistique utilisé lors de l’évaluation des pièces à conviction au cas de la surveillance syndromique. Nous avons utilisé cet outil pour évaluer les résultats de la surveillance syndromique en tant que « preuves » circonstancielles d’une épizootie. L’idée de base est d’exploiter les distributions de cas attendues afin de calculer le ratio entre la probabilité d’observer n cas lorsqu’une épizootie est en cours et la probabilité d’observer ce même nombre de cas lorsqu’il n’y a pas d’épizootie. Le rapport de vraisemblance ainsi obtenu correspond à la valeur de la preuve. D’après la règle de Bayes, en multipliant ce rapport avec les probabilités a priori que la maladie circule, on obtient une connaissance a posteriori sur le statut de la maladie. Cette approche a été appliquée à des séries temporelles représentant le nombre de chevaux présentant des symptômes nerveux. La séparation claire entre connaissance a priori et évaluation de la valeur de la preuve permet un raisonnement transparent apte à s’intégrer dans un processus de décision. Par ailleurs, l’approche bayésienne permet d’intégrer facilement les données de surveillance syndromique avec d’autres sources d’information telles que des évaluations de risque d’introduction et/ou de transmission d’agents pathogènes.
Published: 2015

102. Assessment of Several Algorithms for Outbreak Detection using Bovine Meat Inspection Data for Syndromic Surveillance: A Pilot Study on Whole Carcass Condemnation Rate

Author: Céline Dupuy, Eric Morignat, Fernanda C. Dórea, Christian Ducrot, Didier Calavas, Emilie Gay, Unité de Recherche d'Épidémiologie Animale (UR EpiA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité Epidémiologie, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Swedish Zoonosis Centre, and Partenaires INRAE
Subjects: Time series, Syndromic surveillance, ISDS 2014 Conference Abstracts, [SDV]Life Sciences [q-bio], 0402 animal and dairy science, Negative binomial distribution, Outbreak, CUSUM, 04 agricultural and veterinary sciences, Biology, 040401 food science, 040201 dairy & animal science, Confidence interval, 0404 agricultural biotechnology, General Earth and Planetary Sciences, Potential source, Animal health surveillance, Early outbreak detection, EWMA chart, p-chart, Algorithm, General Environmental Science
Abstract: Slaughterhouses are a potential source of data which is under-used for cattle health monitoring. The objective of this work was to assess the performance of several algorithms for outbreak detection based on weekly proportions of whole carcass condemnation. Data from 177,098 cattle slaughtered in one French slaughterhouse from 2005 to 2009 were used. The Shewart p chart, one-sided confidence interval of a negative binomial regression model, and EWMA and CUSUM on residuals of a negative binomial model were investigated. The highest sensitivity was obtained using negative binomial regression and the highest specificity using CUSUM or EWMA.
Published: 2015

103. Metacommunity and phylogenetic structure determine wildlife and zoonotic infectious disease patterns in time and space

Author: James N. Mills, Kris A. Murray, Oscar Rico, Gerardo Suzán, Carlos Zambrana-Torrelio, María J. Tolsá, Anne-Hélène Prieur-Richard, André V. Rubio, Marion Vittecoq, Xavier Bailly, Gabriel E. García-Peña, Peter Daszak, Ivan Castro-Arellano, Parviez R. Hosseini, A. Alonso Aguirre, Jean-François Guégan, Annapaola Rizzoli, Benjamin Roche, Universidad Nacional Autónoma de México (UNAM), Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM), Centre de Synthèse et d’Analyse sur la Biodiversité (CESAB), Fondation pour la recherche sur la Biodiversité (FRB), Texas State University, EcoHealth Alliance NYC, Fondazione Edmund Mach - Edmund Mach Foundation [Italie] (FEM), Unité de recherche d'Épidémiologie Animale (UEA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), George Mason University [Fairfax], Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN), Emory University [Atlanta, GA], Universidad Nacional Autónoma de México = National Autonomous University of Mexico (UNAM), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Centre de Recherches Ecologiques et Evolutives sur le Cancer (MIVEGEC-CREEC), Processus Écologiques et Évolutifs au sein des Communautés (PEEC), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), EcoHealth Alliance [New York], and Unité de Recherche d'Épidémiologie Animale (UR EpiA)
Subjects: 0106 biological sciences, Metacommunity, metacommunity, Wildlife, EcoHealth, Biology, 010603 evolutionary biology, 01 natural sciences, 03 medical and health sciences, [SDV.MHEP.MI]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Infectious diseases, evolution, Disease ecology, One Health, stochastic event, dispersal, phylogenetic structure, Ecology, Evolution, Behavior and Systematics, 030304 developmental biology, Nature and Landscape Conservation, 2. Zero hunger, [SDV.EE.SANT]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment/Health, 0303 health sciences, Ecology, Hypotheses, Outbreak, Settore VET/05 - MALATTIE INFETTIVE DEGLI ANIMALI DOMESTICI, 3. Good health, Phylogenetic diversity, 13. Climate action, Infectious disease (medical specialty), Biological dispersal
Abstract: International audience; The potential for disease transmission at the interface of wildlife, domestic animals and humans has become a major concern for public health and conservation biology. Research in this subject is commonly conducted at local scales while the regional context is neglected. We argue that prevalence of infection at local and regional levels is influenced by three mechanisms occurring at the landscape level in a metacommunity context. First, (1) dispersal, colonization, and extinction of pathogens, reservoir or vector hosts, and nonreservoir hosts, may be due to stochastic and niche‐based processes, thus determining distribution of all species, and then their potential interactions, across local communities (metacommunity structure). Second, (2) anthropogenic processes may drive environmental filtering of hosts, nonhosts, and pathogens. Finally, (3) phylogenetic diversity relative to reservoir or vector host(s), within and between local communities may facilitate pathogen persistence and circulation. Using a metacommunity approach, public heath scientists may better evaluate the factors that predispose certain times and places for the origin and emergence of infectious diseases. The multidisciplinary approach we describe fits within a comprehensive One Health and Ecohealth framework addressing zoonotic infectious disease outbreaks and their relationship to their hosts, other animals, humans, and the environment.
Published: 2015

104. [Monitoring of vector-borne diseases: methods, strengths and weak points]

Author: Dufour, Barbara, Hendrikx , Pascal, Leblond, Agnès, École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Unité de Recherche d'Épidémiologie Animale (UR EpiA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), and Université de Lyon
Subjects: [SDV.BA.MVSA]Life Sciences [q-bio]/Animal biology/Veterinary medicine and animal Health, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: National audience
Published: 2015

105. Diversité génétique d’Anaplama phagocytophilum, agent de l’anaplasmose granulocytaire, - Conséquences épidémiologiques et implications pour le contrôle en France

Author: Chastagner, Amélie, DUGAT, Thibaud, Bailly, Xavier, Vourc'h, Gwenael, Maillard, Renaud, Chabanne, Luc, Boulouis, Henri-Jean, Haddad, Nadia, Leblond, Agnès, Unité de Recherche d'Épidémiologie Animale (UR EpiA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Biologie moléculaire et immunologie parasitaires et fongiques (BIPAR), École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), UPE, European Union Reference Laboratory for equine diseases (EURL), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon, Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, and Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12)
Subjects: [SDV.BA.MVSA]Life Sciences [q-bio]/Animal biology/Veterinary medicine and animal Health, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: National audience
Published: 2015

106. Diagnosis and incidence risk of clinical canine monocytic ehrlichiosis under field conditions in Southern Europe

Author: Ana Leal, Raphaël Massot, Karine Chalvet-Monfray, Jeanne Chêne, David Abrial, Christian Ducrot, Marta León, Luc Chabanne, Isabelle Lebert, Lénaïg Halos, Magalie René-Martellet, Stefania Badavelli, Unité de Recherche d'Épidémiologie Animale (UR EpiA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Université de Lyon (COMUE), Merial S.A.S., VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), and Halos, Lénaïg
Subjects: Anaplasma platys, Anaplasmosis, medicine.medical_specialty, Veterinary medicine, Anaplasma, Ehrlichia canis, [SDV]Life Sciences [q-bio], Rhipicephalus sanguineus, education, Population, Babesia, Biology, Dogs, Risk Factors, Babesiosis, Internal medicine, parasitic diseases, Vector-borne diseases, Dog, medicine, Animals, Dog Diseases, 2. Zero hunger, education.field_of_study, Portugal, Research, Incidence, Incidence (epidemiology), Ehrlichiosis, biology.organism_classification, Anaplasma phagocytophilum, 3. Good health, Infectious Diseases, Canis, Italy, Spain, Clinical canine monocytic ehrlichiosis, Ehrlichiosis (canine), Parasitology, Incidence risk, Apicomplexa
Abstract: International audience; BackgroundCanine Monocytic Ehrlichiosis (CME), due to the bacterium Ehrlichia canis and transmitted by the brown dog tick Rhipicephalus sanguineus, is a major tick-borne disease in southern Europe. In this area, infections with other vector-borne pathogens (VBP) are also described and result in similar clinical expression. The aim of the present study was to evaluate the incidence risk of clinical CME in those endemic areas and to assess the potential involvement of other VBP in the occurrence of clinical and/or biological signs evocative of the disease.MethodsThe study was conducted from April to November 2011 in veterinary clinics across Italy, Spain and Portugal. Sick animals were included when fitting at least three clinical and/or biological criteria compatible with ehrlichiosis. Serological tests (SNAP®4Dx, SNAP®Leish tests, Idexx, USA) and diagnostic PCR for E. canis, Anaplasma platys, Anaplasma phagocytophilum, Babesia spp, Hepatozoon canis and Leishmania infantum detection were performed to identify the etiological agents. Ehrlichiosis was considered when three clinical and/or biological suggestive signs were associated with at least one positive paraclinical test (serology or PCR). The annual incidence risk was calculated and data were geo-referenced for map construction. The probabilities of CME and other vector-borne diseases when facing clinical and/or biological signs suggestive of CME were then evaluated.ResultsA total of 366 dogs from 78 veterinary clinics were enrolled in the survey. Among them, 99 (27%) were confirmed CME cases, which allowed an estimation of the average annual incidence risk of CME amongst the investigated dog population to be 0.08%. Maps showed an increasing gradient of CME incidence risk from northern towards southern areas, in particular in Italy. It also suggested the existence of hot-spots of infections by VBP in Portugal. In addition, the detection of other VBP in the samples was common and the study demonstrated that a dog with clinical signs evocative of CME is as likely to be positive to Ehrlichia canis as to another VBP.ConclusionsThe study confirms the endemicity of CME in southern Europe and highlights the difficulties encountered by veterinarians to differentiate CME from other vector-borne diseases under field conditions.
Published: 2015

107. Reliability of molecular host-identification methods for ticks: an experimental in vitro study with Ixodes ricinus

Author: Karen D. McCoy, Xiangye Liu, Valérie Noël, Sarah Bonnet, Elsa Léger, Sébastien Masséglia, Gwenaël Vourc’h, Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Biologie moléculaire et immunologie parasitaires et fongiques (BIPAR), École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Unité de Recherche d'Épidémiologie Animale (UR EpiA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Evolution Théorique et Expérimentale (MIVEGEC-ETE), Perturbations, Evolution, Virulence (PEV), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Evolution of host-microbe communities (MIVEGEC-EVCO), Processus Écologiques et Évolutifs au sein des Communautés (PEEC), partial financial support was provided by the Agence Nationale de la Recherche (programs OSCAR: ANR-11-AGRO- 0001-04, ESPEVEC: ANR-13-BSV7-0018-01), Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM), Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM), École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Unité de recherche d'Épidémiologie Animale (UEA), and École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Normandie
Subjects: Erythrocytes, Ixodes ricinus, Host identification, Ixodidae, 030231 tropical medicine, Zoology, Tick, [SDV.BID.SPT]Life Sciences [q-bio]/Biodiversity/Systematics, Phylogenetics and taxonomy, Host-Parasite Interactions, 03 medical and health sciences, 0302 clinical medicine, Vector-borne diseases, Animals, 030304 developmental biology, Hematophagous arthropods, Mammals, 0303 health sciences, Ixodes, biology, Transmission (medicine), Host (biology), Detection biases, Research, Feeding Behavior, biology.organism_classification, Virology, 3. Good health, Molecular methods, [SDV.BA.ZI]Life Sciences [q-bio]/Animal biology/Invertebrate Zoology, Infectious Diseases, Parasitology, Vector (epidemiology), [SDV.SPEE]Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie, Chickens
Abstract: Background Reliable information on host use by arthropod vectors is required to study pathogen transmission ecology and to predict disease risk. Direct observation of host use is often difficult or impossible and indirect methods are therefore necessary. However, the reliability of currently available methods to identify the last host of blood-feeding arthropods has not been evaluated, and may be particularly problematic for ticks because host blood has been digested at capture. Biases in host detection may lead to erroneous conclusions on both vector ecology and pathogen circulation. Methods Here, we experimentally tested for biases in host detection using the generalist three-host tick Ixodes ricinus as a model system. We fed ticks using an artificial feeding system and amplified blood meal traces post-moult (i.e., in the succeeding unfed life stage) via both a quantitative real-time polymerase chain reaction assay and a reverse line blotting method. We then experimentally tested for three types of biases in host detection: 1) time post-moult, 2) tick life stage and 3) host type (non-nucleated mammal blood versus nucleated avian blood), and compared these biases between the two molecular methods. Results Our results show that all three factors can influence host detection in ticks but not necessarily in the expected way. Although host detection rates decreased with time post-moult, mammal blood tended to be more readily detected than bird blood. Tick life stage was also an important factor; detection was higher in nymphs than in adults and, in some cases, remnants from both larval and nymphal blood meals could be detected in the adult stage. These biases were similar for the two detection techniques. Conclusions We show that different factors associated with questing ticks may influence our ability to correctly infer previous host use and that these factors may bias inferences from field-based studies. As these biases may be common to other vector-borne disease systems, their implications for our understanding of vector ecology and disease transmission require more explicit consideration. Electronic supplementary material The online version of this article (doi:10.1186/s13071-015-1043-7) contains supplementary material, which is available to authorized users.
Published: 2015

108. Circulation of Coxiella burnetii in a naturally infected flock of dairy sheep: shedding dynamics, environmental contamination, and genotype diversity

Author: Karim Sidi-Boumedine, Aurélien Joulié, Xavier Bailly, E. Lepetitcolin, Karine Laroucau, Myriam Prigent, Elsa Jourdain, B. Blanchard, Patrick Gasqui, Elodie Rousset, Unité de Recherche d'Épidémiologie Animale (UR EpiA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Groupe UNICOR, and Adiagene
Subjects: Veterinary medicine, bacterial shedding, Genotype, [SDV]Life Sciences [q-bio], Sheep Diseases, Q fever, Real-Time Polymerase Chain Reaction, Applied Microbiology and Biotechnology, Vaginal mucus, 03 medical and health sciences, small ruminant, medicine, Environmental Microbiology, Animals, MLVA 25 genotyping, Feces, 030304 developmental biology, 2. Zero hunger, 0303 health sciences, Sheep, Ecology, biology, 030306 microbiology, Zoonosis, Outbreak, Coxiella burnetii, biology.organism_classification, medicine.disease, Virology, quantitative PCR, environmental sample, Flock, Food Science, Biotechnology
Abstract: Q fever is a worldwide zoonosis caused by Coxiella burnetii . Domestic ruminants are considered to be the main reservoir. Sheep, in particular, may frequently cause outbreaks in humans. Because within-flock circulation data are essential to implementing optimal management strategies, we performed a follow-up study of a naturally infected flock of dairy sheep. We aimed to (i) describe C. burnetii shedding dynamics by sampling vaginal mucus, feces, and milk, (ii) assess circulating strain diversity, and (iii) quantify barn environmental contamination. For 8 months, we sampled vaginal mucus and feces every 3 weeks from aborting and nonaborting ewes ( n = 11 and n = 26, respectively); for lactating females, milk was obtained as well. We also sampled vaginal mucus from nine ewe lambs. Dust and air samples were collected every 3 and 6 weeks, respectively. All samples were screened using real-time PCR, and strongly positive samples were further analyzed using quantitative PCR. Vaginal and fecal samples with sufficient bacterial burdens were then genotyped by multiple-locus variable-number tandem-repeat analysis (MLVA) using 17 markers. C. burnetii burdens were higher in vaginal mucus and feces than in milk, and they peaked in the first 3 weeks postabortion or postpartum. Primiparous females and aborting females tended to shed C. burnetii longer and have higher bacterial burdens than nonaborting and multiparous females. Six genotype clusters were identified; they were independent of abortion status, and within-individual genotype diversity was observed. C. burnetii was also detected in air and dust samples. Further studies should determine whether the within-flock circulation dynamics observed here are generalizable.
Published: 2015

109. Détection de Coxiella burnetii dans l’environnement d’élevages de ruminants atteints ou non de fièvre Q clinique. Etat d'avancement au 10/09/2015 [confidentiel]

Author: Jourdain, Elsa, Carrié, Pauline, Unité de Recherche d'Épidémiologie Animale (UR EpiA), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)
Subjects: [SDV]Life Sciences [q-bio]
Published: 2015

110. Babesia vogeli, un piroplasme à ne pas négliger

Author: René-Martellet, Magalie, Unité de Recherche d'Épidémiologie Animale (UR EpiA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), UPE, and European Union Reference Laboratory for equine diseases (EURL)
Subjects: [SDV]Life Sciences [q-bio], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: National audience
Published: 2015

111. The joint risk score for vector-borne diseases used for early detection

Author: Fischer, Egil A.J., Andersson, Mats Gunnar, Faverjon, Céline, Leblond, Agnès, Gussmann, Maya, Gethmann, Jörn, Bødker, Rene, ProdInra, Migration, Part of Wageningen UR, Central Veterinary Institute, Department of Chemistry, Environment and Feed Hygiene, National Veterinary Institute [Uppsala] (SVA), Unité de Recherche d'Épidémiologie Animale (UR EpiA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Friedrich-Loeffler-Institut (FLI), and National Veterinary Institute
Subjects: [SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: International audience
Published: 2015

112. Risk of entry and transmission for two Culicoides-borne diseases in horses: comparison of African horse sickness and Equine encephalosis for France

Author: Faverjon, Céline, Leblond, Agnès, Lecollinet, Sylvie, De Koeijer, Aline, Bodker, Rene, Fischer, Egil A. J., ProdInra, Migration, Unité de Recherche d'Épidémiologie Animale (UR EpiA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Central Veterinary Institute, Delft University of Technology (TU Delft), Utrecht University [Utrecht], and International Symposia on Veterinary Epidemiology and Economics proceedings.
Subjects: [SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: International audience
Published: 2015

113. The importance of ticks in Q fever transmission: what has (and has not) been demonstrated?

Author: Elsa Jourdain, Karim Sidi-Boumedine, Sara Moutailler, Olivier Duron, Elodie Rousset, Semaine Vétérinaire, Partenaires INRAE, VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Rongeurs Sauvages, Risques Sanitaires et Gestion des Populations - UR 1233 (RS2GP), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité de Recherche d'Épidémiologie Animale (UR EpiA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Laboratoire de Sophia Antipolis, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Unité Fièvre Animale Q (Fièvre Q), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Biologie moléculaire et immunologie parasitaires et fongiques (BIPAR), École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Evolution of host-microbe communities (MIVEGEC-EVCO), Processus Écologiques et Évolutifs au sein des Communautés (PEEC), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Institut de Recherche pour le Développement (IRD [Réunion]), Université Montpellier 1 (UM1), Université Montpellier 2 - Sciences et Techniques (UM2), Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Kalmar University, Centre de recherche de la Tour du Valat, Environnement et Prédiction de la Santé des Populations (TIMC-IMAG-EPSP), Techniques de l'Ingénierie Médicale et de la Complexité - Informatique, Mathématiques et Applications, Grenoble - UMR 5525 (TIMC-IMAG), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF), Centre National d'Études Spatiales [Toulouse] (CNES), École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Normandie, and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)
Subjects: RICKETTSIA, COXIELLA-LIKE ENDOSYMBIONT, [SDV]Life Sciences [q-bio], Virulence, Q fever, Biology, Zoonotic disease, Microbiology, RHIPICEPHALUS-SANGUINEUS, Coxiella, Ticks, AMERICAN Q-FEVER, CONCOMITANT, SYMBIONT, INFECTION, medicine, Intracellular bacterium, Animals, Humans, WOLBACHIA, Pathogen, Tick-borne disease, Transmission (medicine), ARTHROPODS, medicine.disease, Coxiella burnetii, biology.organism_classification, bacterial infections and mycoses, Virology, BURNETII, 3. Good health, Infectious Diseases, Tick-Borne Diseases, bacteria, Parasitology, Q Fever
Abstract: pas de clef wos; International audience; Q fever is a widespread zoonotic disease caused by Coxiella burnetii, a ubiqui- tous intracellular bacterium infecting humans and a variety of animals. Transmission is primarily but not exclusively airborne, and ticks are usually thought to act as vectors. We argue that, although ticks may readily transmit C. burnetii in experimental systems, they only occasionally transmit the pathogen in the field. Furthermore, we underscore that many Coxiella-like bacteria are widespread in ticks and may have been misidentified as C. burnetii. Our recommendation is to improve the methods currently used to detect and characterize C. burnetii, and we propose that further knowledge of Coxiella-like bacteria will yield new insights into Q fever evolutionary ecology and C. burnetii virulence factors
Published: 2015

114. Utilisation de la métagénomique 16S pour la surveillance de l’émergence de zoonoses bactériennes dans les populations animales

Author: Maxime Galan, Maria Razzauti Sanfeliu, Khalilou Bâ, Emilie Bard, Maria Bernard, Carine Brouat, Nathalie Charbonnel, Jonathan D'Ambrosio, Ambroise Dalecky, Alexandre Dehne Garcia, Christophe Amidi Diagne, Anne Loiseau, Lucie Tamisier, Caroline Tatard, Hélène Vignes, Muriel Taussat, Jean-Francois Cosson, ProdInra, Migration, Centre de Biologie pour la Gestion des Populations (UMR CBGP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Université de Montpellier (UM)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Chercheur indépendant, Unité de Recherche d'Épidémiologie Animale (UR EpiA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Amélioration génétique et adaptation des plantes méditerranéennes et tropicales (UMR AGAP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Biologie moléculaire et immunologie parasitaires et fongiques (BIPAR), École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), and Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)
Subjects: [SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: International audience
Published: 2015

115. Le développement des Nouveaux Animaux de Compagnie en France : enjeux et interrogations

Author: René-Martellet, Magalie, ProdInra, Migration, Unité de Recherche d'Épidémiologie Animale (UR EpiA), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)
Subjects: [SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: National audience
Published: 2015

116. La gourme

Author: Léon, Albertine, Pradier, Sophie, LABÉO, Pôle d’analyses et de recherche de Normandie (LABÉO), Unité de Recherche d'Épidémiologie Animale (UR EpiA), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)
Subjects: [SDV.BA.MVSA]Life Sciences [q-bio]/Animal biology/Veterinary medicine and animal Health, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: National audience
Published: 2015

117. Les babésioses canines, équines et bovines : Maladies historiques ou émergentes…?

Author: René-Martellet, Magalie, Chabanne, Luc, Chêne, Jeanne, Bourgouin, Gilles, Bourdoiseau, Gilles, Unité de Recherche d'Épidémiologie Animale (UR EpiA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Laboratory of Parasitology and Parasitic Diseases, Aristotle University of Thessaloniki, Jeune Equipe Hémopathogènes Vectorisés, VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), UPE, European Union Reference Laboratory for equine diseases (EURL), Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), and Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: [SDV]Life Sciences [q-bio], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: Document pédagogique mais ce n'est pas un cours; National audience
Published: 2015

118. Update on epidemiology of canine babesiosis in Southern France

Author: Jeanne Chêne, Gilles Bourdoiseau, Magalie René-Martellet, Claire Valiente Moro, Patrick Mavingui, Luc Chabanne, Jeune Equipe Hémopathogènes Vectorisés, VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Épidémiologie des Maladies Animales et Zoonotiques - UMR 346 (EPIA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Laboratoire d'Ecologie Microbienne - UMR 5557 (LEM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (ENVL)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Processus Infectieux en Milieu Insulaire Tropical (PIMIT), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-IRD-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de La Réunion (UR), Merial (Lyon, France), CNRS, Jeune équipe Hémopathogènes vectorisés, Université de Lyon-VetAgro Sup ( VAS ), Ecologie microbienne ( EM ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon ( ENVL ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -VetAgro Sup ( VAS ), Processus Infectieux en Milieu Insulaire Tropical ( PIMIT ), Université de la Réunion ( UR ) -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale ( INSERM ) -IRD-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), ProdInra, Archive Ouverte, Unité de Recherche d'Épidémiologie Animale (UR EpiA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (ENVL)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de La Réunion (UR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-IRD-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (ENVL)
Subjects: tique, Veterinary medicine, Time Factors, [SDV.BA] Life Sciences [q-bio]/Animal biology, Rhipicephalus sanguineus, Tick, [ SDV.BA ] Life Sciences [q-bio]/Animal biology, caractérisation moléculaire, molecular characterization, dermacentor reticulatus, Dogs, Dermacentor reticulatus, Babesiosis, Biologie animale, Theileria, parasitic diseases, medicine, Animals, rhipicephalus sanguineus, Dog Diseases, sud de la france, Animal biology, General Veterinary, biology, [SDV.BA]Life Sciences [q-bio]/Animal biology, canine babesiosis, General Medicine, biology.organism_classification, medicine.disease, veterinary(all), détection pcr rflp, 3. Good health, Canis, babesia canis, chien, Babesia, Babesia canis, epidemiology, France, babesiose, Research Article, babesia vogeli
Abstract: Background: Canine babesiosis is an emerging or re-emerging disease caused by Babesia and Theileria protozoans, also called piroplasms, transmitted by Ixodid ticks. In Europe, four etiological agents have been identified to date, namely Babesia canis, B. vogeli, B. gibsoni and Theileria annae. France has a high prevalence of canine babesiosis and two tick species, Dermacentor reticulatus and Rhipicephalus sanguineus, are supposed to transmit B. canis and B. vogeli respectively. In southern France, where dog infections with B. vogeli were recently confirmed, no comprehensive study was performed to date on piroplasm species infecting dogs. Thus, a large scale survey involving veterinary clinics, kennels and tick collection from the environment was conducted from 2010 to 2012 in this area. Results: From 2010 to 2012, 140 dog blood samples and 667 ticks were collected. All blood and a subset of ticks were screened for the presence of piroplasms by PCR amplification of 18S rDNA. B. vogeli, B. canis and T. annae were detected in 13.6, 12.9 and 0.7 % dogs respectively. B. vogeli and B. canis were detected in 10.5 % and in 1.6 % R. sanguineus ticks including 1.3 % co-infections. B. canis was the only species detected in D. reticulatus ticks (9.7 %). B. canis infections were only recorded in the southwest of France whereas B. vogeli was mainly found in the southeast. Finally, a significantly higher prevalence of B. vogeli infection was found in Gard compared to Corsica and Drme regions, both in dogs (p < 0.002) and R. sanguineus ticks (p < 0.02) although R. sanguineus was the main ticks species removed from dogs in those three areas. Conclusions: The survey confirmed the circulation of both B. canis and B. vogeli in dogs in southern France with differences in distribution probably linked to the distribution of their respective vectors. It also showed differences in prevalence of B. vogeli infection in areas similar in terms of risk of dogs infestation with R. sanguineus. Further studies focusing on genetic and microbiota of R. sanguineus ticks should be conducted to explore other biological interactions that may explain the differences observed.
Published: 2015

119. Quantitative modeling of the weather-dependent seasonal activity and abundance of the ticks Ixodes ricinus and Dermacentor reticulatus

Author: Julie Cat, Frédéric Beugnet, Karine Chalvet-Monfray, ProdInra, Migration, Unité de Recherche d'Épidémiologie Animale (UR EpiA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), UPE, European Union Reference Laboratory for equine diseases (EURL), Merial France, Université de Lyon (COMUE), and Merial S.A.S.
Subjects: [SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: International audience
Published: 2015

120. Circulation de Coxiella burnetii dans un troupeau ovin lait naturellement infecté dynamiques d'excrétion, contamination environnementale et diversité génotypique

Author: Joulié, Aurélien, Laroucau, K., Bailly, Xavier, Prigent, M., Rousset, E., Gasqui, Patrick, Lepetitcolin, E., Blanchard, B., Sidi-Boumedine, K., Jourdain, Elsa, ProdInra, Migration, Unité de Recherche d'Épidémiologie Animale (UR EpiA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Groupe UNICOR, and Adiagene
Subjects: [SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio]
Abstract: National audience; La fièvre Q est une zoonose causée par Coxiella burnetii. Les ruminants domestiques sont le principal réservoir. Les ovins en particulier, sont fréquemment associés à des épidémies humaines. Nous avons donc réalisé une étude en troupeau ovin afin d'évaluer la dynamique d'excrétion individuelle, la diversité génotypique et les contaminations environnementales. Pendant 8 mois, nous avons prélevé du mucus vaginal, des fèces, du lait, des poussières toutes les 3 semaines et de l'air toutes les 6 semaines. Les échantillons ont été analysés par PCR non-quantitative, puis pour les positifs par PCR quantitative. Les échantillons vaginaux et fécaux fortement positifs ont été génotypés par MLVA. Les niveaux d'excrétion étaient plus élevés dans le mucus et les fèces que dans le lait. Différents profils d'excrétion ont été observés selon la parité et le statut abortif. Six groupes génotypiques ont été identifiés. C. burnetii a été détectée dans l'air et les poussières.
Published: 2015

121. Création d’une base de données et développement d’une interface web. Application aux données de surveillance de la piroplasmose chez le cheval

Author: Daudiès, Fanny, Unité de Recherche d'Épidémiologie Animale (UR EpiA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), and France. Institut Universitaire de Technologie de Clermont Ferrand (IUT de Clermont Ferrand), FRA.
Subjects: [SDV]Life Sciences [q-bio]
Abstract: DEUG
Published: 2015

122. Le virus USUTU fait son apparition en France en 2015

Author: cécile Beck, Anouk Decors, Cyril Eraud, Jean-Yves Chollet, Hélène Quenault, Pierrick Lucas, Yannick Blanchard, Christine Manson, Elsa Jourdain, Sylvie Lecollinet, ProdInra, Migration, Office National de la Chasse et de la Faune Sauvage (ONCFS), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Laboratoire vétérinaire départemental (LVD06), Unité de Recherche d'Épidémiologie Animale (UR EpiA), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)
Subjects: [SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: National audience
Published: 2015

123. Bacterial genospecies that are not ecologically coherent: population genomics of Rhizobium leguminosarum

Author: Xavier Bailly, Nitin Kumar, Ganesh Lad, Elisa Giuntini, J. Peter W. Young, Piyachat Udomwong, Maria E. Kaye, N. Jannah Shamsani, Young, J Peter W, University of York, Unité de Recherche d'Épidémiologie Animale (UR EpiA), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)
Subjects: Genetic Speciation, phenotype, [SDV]Life Sciences [q-bio], Immunology, Population, ecotype, Genomics, Biology, medicine.disease_cause, accessory genome, bacterial species, core genome, General Biochemistry, Genetics and Molecular Biology, Rhizobium leguminosarum, Population genomics, 03 medical and health sciences, Phylogenetics, medicine, education, lcsh:QH301-705.5, Ecosystem, Phylogeny, 030304 developmental biology, 0303 health sciences, education.field_of_study, Phylogenetic tree, 030306 microbiology, Ecology, Research, General Neuroscience, lcsh:Biology (General), Evolutionary biology, Horizontal gene transfer, Genetic isolate, Genome, Bacterial, Research Article
Abstract: Biological species may remain distinct because of genetic isolation or ecological adaptation, but these two aspects do not always coincide. To establish the nature of the species boundary within a local bacterial population, we characterized a sympatric population of the bacteriumRhizobium leguminosarumby genomic sequencing of 72 isolates. Although all strains have 16S rRNA typical ofR. leguminosarum, they fall into five genospecies by the criterion of average nucleotide identity (ANI). Many genes, on plasmids as well as the chromosome, support this division: recombination of core genes has been largely within genospecies. Nevertheless, variation in ecological properties, including symbiotic host range and carbon-source utilization, cuts across these genospecies, so that none of these phenotypes is diagnostic of genospecies. This phenotypic variation is conferred by mobile genes. The genospecies meet the Mayr criteria for biological species in respect of their core genes, but do not correspond to coherent ecological groups, so periodic selection may not be effective in purging variation within them. The population structure is incompatible with traditional ‘polyphasic taxonomy′ that requires bacterial species to have both phylogenetic coherence and distinctive phenotypes. More generally, genomics has revealed that many bacterial species share adaptive modules by horizontal gene transfer, and we envisage a more consistent taxonomic framework that explicitly recognizes this. Significant phenotypes should be recognized as ‘biovars' within species that are defined by core gene phylogeny.
Published: 2015

124. Outils et leviers pour favoriser le développement d'une génétique animale adaptée aux enjeux de l'agroécologie

Author: Florence Phocas, Belloc, Catherine C., Luc Delaby, Jean-Yves Dourmad, Christian Ducrot, Bertrand Dumont, Pauline Ezanno, Gilles Foucras, Eliel González García, Dominique Hazard, Laurence Lamothe, Catherine Larzul, Sandrine Mignon-Grasteau, Carole Moreno-Romieux Moreno, Michèle Tixier-Boichard, Mickael Brochard, Joël Bidanel, Brigitte Frappat, Sophie Lubac, Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Biologie, Epidémiologie et analyse de risque en Santé Animale (BIOEPAR), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] (PEGASE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Unité de Recherche d'Épidémiologie Animale (UR EpiA), Unité Mixte de Recherche sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Interactions hôtes-agents pathogènes [Toulouse] (IHAP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Systèmes d'élevage méditerranéens et tropicaux (UMR SELMET), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Unité de Recherches Avicoles (URA), ABCIS, Partenaires INRAE, MAAF (SSP-2014-061), Superviseur : Florence Phocas, Commanditaire : Ministère de l'Agriculture, de l'Agroalimentaire et de la Forêt (France), Type de commanditaire ou d'auteur de la saisine : Ministères, parlements et les structures qui leur sont directement rattachées, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, AGROCAMPUS OUEST-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)
Subjects: [SDV]Life Sciences [q-bio], [INFO]Computer Science [cs], [SHS]Humanities and Social Sciences
Abstract: Le néologisme « agro-écologie » est apparu dans la littérature dans les années 30, d’abord pour désigner une discipline scientifique au carrefour de l’écologie et de l’agronomie, puis à partir des années 70 un ensemble de pratiques et un mouvement social en réaction à l’intensification de l’agriculture (Wezel et al., 2009). Francis et al. (2003) ont encore élargi cette définition en considérant l’ensemble des dimensions environnementales et socio-économiques à l’échelle des filières. Dans son acception scientifique, qui est l’angle choisi dans cette étude, l’agro-écologie se définit comme l’application des concepts et principes de l’écologie à la conception et à la gestion d’agroécosystèmes durables. La question du bouclage des cycles pour limiter les intrants et les pollutions par une meilleure réutilisation des sorties des différents ateliers est au coeur de ces problématiques. On vise également un recours accru à des régulations biologiques et écologiques que l’on cherche à piloter au mieux des attendus de l’élevage. Ceci implique de prendre en compte la diversité biologique à tous ses niveaux d'organisation, de comprendre et d’utiliser les capacités adaptatives des animaux et les interactions biotiques dans les agroécosystèmes, en considérant les systèmes de culture ou les systèmes d'élevage comme des écosystèmes particuliers (Dumont et al. 2013). Ainsi, l’agro-écologie s’inscrit-elle dans un mouvement de fond autour du « Comment produire autrement ? » dans des systèmes de production dont on cherche à concilier les performances techniques, environnementales, économiques et sociales. Lancé le 18 décembre 2012, le Projet Agro-Ecologique pour la France (PAEF) vise à conjuguer l’ensemble de ces performances tant au niveau de l'exploitation qu’au niveau collectif (territoires, filières, etc.). Il s’agit d’engager une évolution des systèmes de production, qui remette l’agronomie au coeur des pratiques, pour combiner ces différentes performances. La Loi n° 2014-1170 du 13 octobre 2014 dite Loi d'avenir pour l'agriculture, l'alimentation et la forêt en donne la définition suivante : « Les politiques publiques visent à promouvoir et à pérenniser les systèmes de production agro-écologiques, dont le mode de production biologique, qui combinent performance économique, sociale, notamment au travers d’un haut niveau de protection sociale, environnementale et sanitaire. Ces systèmes privilégient l'autonomie des exploitations agricoles et l'amélioration de leur compétitivité, en maintenant ou en augmentant la rentabilité économique, en améliorant la valeur ajoutée des productions et en réduisant la consommation d'énergie, d'eau, d'engrais, de produits phytopharmaceutiques et de médicaments vétérinaires, en particulier les antibiotiques. Ils sont fondés sur les interactions biologiques et l'utilisation des services écosystémiques et des potentiels offerts par les ressources naturelles, en particulier les ressources en eau, la biodiversité, la photosynthèse, les sols et l'air, en maintenant leur capacité de renouvellement du point de vue qualitatif et quantitatif. Ils contribuent à l'atténuation et à l'adaptation aux effets du changement climatique.
Published: 2015

125. Evaluation of a hierarchical ascendant clustering process implemented in a veterinary syndromic surveillance system

Author: Estelle Méroc, Marc Dispas, Isabelle Behaeghel, Pierre Kerkhofs, Frank Koenen, Yves Van der Stede, Jacques Barnouin, Anouk Veldhuis, Libo Ren, Sciensano [Bruxelles], Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), GD - Animal Health Service, Unité de Recherche d'Épidémiologie Animale (UR EpiA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), and Universiteit Gent = Ghent University [Belgium] (UGENT)
Subjects: Veterinary medicine, Computer science, [SDV]Life Sciences [q-bio], Epidemiological tools, Stability (learning theory), Monitoring & Surveillance, Cattle Diseases, computer.software_genre, Bluetongue, Sensitivity and Specificity, Set (abstract data type), Cluster analysis, Food Animals, Similarity (network science), Belgium, Robustness (computer science), Animals, Linkage (software), Goat Diseases, Sheep, Goats, Dendrogram, Validation study, Models, Theoretical, Complete linkage, Epidemiological Monitoring, Animal Science and Zoology, Cattle, Data mining, computer, Algorithms, Software
Abstract: International audience; Syndromic surveillance is considered as one of the surveillance components for early warning of health-related events, as it allows detection of aberrations in health indicators before laboratory confirmation. "MoSS-Emergences 2" (MoSS-E2), a tool for veterinary syndromic surveillance, aggregates groups of similar clinical observations by hierarchical ascendant classification (HAC). In the present study, this HAC clustering process was evaluated using a reference set of data that, for the purpose of this evaluation, was a priori divided and defined as Bluetongue (BTV) positive cases (PC) on the one hand and BTV negative cases (NC) on the other hand. By comparing the clustering result of MoSS-E2 with the expected outcome, the sensitivity (the ability to cluster PC together) and specificity (the ability to exclude NC from PC) of the clustering process were determined for this set of data. The stability of the classes obtained with the clustering algorithm was evaluated by comparing the MoSS-E2 generated dendrogram (applying complete linkage) with dendrograms of STATA(®) software applying average and single linkage methods. To assess the systems' robustness, the parameters of the distance measure were adjusted according to different scenarios and obtained outcomes were compared to the expected outcome based on the a priori known labels. Rand indexes were calculated to measure similarity between clustering outcomes. The clustering algorithm in its default settings successfully segregated the reference BTV cases from the non-BTV cases, resulting in a sensitivity of 100.0% (95% CI: 89.0-100.0) and a specificity of 100.0% (95% CI: 80.0-100.0) for this set of data. The different linkage methods showed similar clustering results indicating stability of the classes (Rand indexes of respectively 0.77 for average and 0.75 for single linkage). The system proved to be robust when changing the parameters as the BTV cases remained together in meaningful clusters (Rand indexes between 0.72 and 1). The configurable MoSS-E2 system demonstrated its suitability to identify meaningful clusters of clinical syndromes.
Published: 2015

126. Outils et leviers pour favoriser le développement d'une génétique animale adaptée aux enjeux de l'agroécologie

Author: Phocas, Florence, Belloc, Catherine, Delaby, Luc, Dourmad, Jean-Yves, Ducrot, Christian, Dumont, Bertrand, Ezanno, Pauline, Foucras, Gilles, González García, Eliel, Hazard, Dominique, Lamothe, Laurence, Larzul, Catherine, Mignon-Grasteau, Sandrine, Moreno, Carole, Tixier-Boichard, Michèle, Brochard, Mickael, Bidanel, Joël, Frappat, Brigitte, Lubac, Sophie, Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Biologie, Epidémiologie et analyse de risque en Santé Animale (BIOEPAR), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] (PEGASE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Unité de Recherche d'Épidémiologie Animale (UR EpiA), Unité Mixte de Recherche sur les Herbivores - UMR 1213 (UMRH), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Interactions hôtes-agents pathogènes [Toulouse] (IHAP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Systèmes d'élevage méditerranéens et tropicaux (UMR SELMET), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Unité de Recherches Avicoles (URA), ABCIS, Partenaires INRAE, MAAF (SSP-2014-061), Superviseur : Florence Phocas, Commanditaire : Ministère de l'Agriculture, de l'Agroalimentaire et de la Forêt (France), and Type de commanditaire ou d'auteur de la saisine : Ministères, parlements et les structures qui leur sont directement rattachées
Subjects: [SDV]Life Sciences [q-bio], [INFO]Computer Science [cs], [SHS]Humanities and Social Sciences
Abstract: Le néologisme « agro-écologie » est apparu dans la littérature dans les années 30, d’abord pour désigner une discipline scientifique au carrefour de l’écologie et de l’agronomie, puis à partir des années 70 un ensemble de pratiques et un mouvement social en réaction à l’intensification de l’agriculture (Wezel et al., 2009). Francis et al. (2003) ont encore élargi cette définition en considérant l’ensemble des dimensions environnementales et socio-économiques à l’échelle des filières. Dans son acception scientifique, qui est l’angle choisi dans cette étude, l’agro-écologie se définit comme l’application des concepts et principes de l’écologie à la conception et à la gestion d’agroécosystèmes durables. La question du bouclage des cycles pour limiter les intrants et les pollutions par une meilleure réutilisation des sorties des différents ateliers est au coeur de ces problématiques. On vise également un recours accru à des régulations biologiques et écologiques que l’on cherche à piloter au mieux des attendus de l’élevage. Ceci implique de prendre en compte la diversité biologique à tous ses niveaux d'organisation, de comprendre et d’utiliser les capacités adaptatives des animaux et les interactions biotiques dans les agroécosystèmes, en considérant les systèmes de culture ou les systèmes d'élevage comme des écosystèmes particuliers (Dumont et al. 2013). Ainsi, l’agro-écologie s’inscrit-elle dans un mouvement de fond autour du « Comment produire autrement ? » dans des systèmes de production dont on cherche à concilier les performances techniques, environnementales, économiques et sociales. Lancé le 18 décembre 2012, le Projet Agro-Ecologique pour la France (PAEF) vise à conjuguer l’ensemble de ces performances tant au niveau de l'exploitation qu’au niveau collectif (territoires, filières, etc.). Il s’agit d’engager une évolution des systèmes de production, qui remette l’agronomie au coeur des pratiques, pour combiner ces différentes performances. La Loi n° 2014-1170 du 13 octobre 2014 dite Loi d'avenir pour l'agriculture, l'alimentation et la forêt en donne la définition suivante : « Les politiques publiques visent à promouvoir et à pérenniser les systèmes de production agro-écologiques, dont le mode de production biologique, qui combinent performance économique, sociale, notamment au travers d’un haut niveau de protection sociale, environnementale et sanitaire. Ces systèmes privilégient l'autonomie des exploitations agricoles et l'amélioration de leur compétitivité, en maintenant ou en augmentant la rentabilité économique, en améliorant la valeur ajoutée des productions et en réduisant la consommation d'énergie, d'eau, d'engrais, de produits phytopharmaceutiques et de médicaments vétérinaires, en particulier les antibiotiques. Ils sont fondés sur les interactions biologiques et l'utilisation des services écosystémiques et des potentiels offerts par les ressources naturelles, en particulier les ressources en eau, la biodiversité, la photosynthèse, les sols et l'air, en maintenant leur capacité de renouvellement du point de vue qualitatif et quantitatif. Ils contribuent à l'atténuation et à l'adaptation aux effets du changement climatique.
Published: 2015

127. Etude de la diversité génétique de la bactérie Coxiella burnetii dans les élevages de ruminants domestiques en France: virulence et spécificité d’hôtes [Confidentiel]

Author: Joulie, Aurelien, Jourdain, Elsa, Leblond, Agnès, Rousset, Elodie, ProdInra, Migration, Unité de Recherche d'Épidémiologie Animale (UR EpiA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), UPE, European Union Reference Laboratory for equine diseases (EURL), and Laboratoire National de Référence de la Tuberculose
Subjects: [SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: National audience
Published: 2015

128. Pathobiome diversity and co-infection patterns in a community of rodents

Author: Abbate, Jessica, Galan, Maxime, Chaval, Yannick, Gotteland, Cécile, Gilot-Fromont, Emmanuelle, Poulle, Marie-Lazarine, Sironen, Tarja, Voutilainen, Lina, Henttonen, Heikki, Gasqui, Patrick, Cosson, J.F., Charbonnel, A., ProdInra, Migration, Centre de Biologie pour la Gestion des Populations (UMR CBGP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Université de Montpellier (UM)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Unité de recherche Comportement et Ecologie de la Faune Sauvage (CEFS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Université de Lyon (COMUE), Université de Reims Champagne-Ardenne (URCA), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon, UPE, European Union Reference Laboratory for equine diseases (EURL), Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Biologie moléculaire et immunologie parasitaires et fongiques (BIPAR), École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Helsingin yliopisto = Helsingfors universitet = University of Helsinki, Finnish Forest Research Institute, Unité de Recherche d'Épidémiologie Animale (UR EpiA), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), University of Helsinki, and École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Normandie
Subjects: [SDV] Life Sciences [q-bio], [SDE] Environmental Sciences, [SDV]Life Sciences [q-bio], [SDE]Environmental Sciences, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: International audience
Published: 2015

129. A retrospective study on equine herpesvirus type-1 associated myeloencephalopathy in France (2008-2011)

Author: Agnès Leblond, Ludovic Martinelle, P. Tritz, Claude Saegerman, Stéphane Pronost, Gaby Van Galen, Université de Liège, Unité de Recherche d'Épidémiologie Animale (UR EpiA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Réseau d'Epidémio-Surveillance en Pathologie Équine (RESPE), Clinique Vétérinaire, Association Vétérinaire Equine Française (AVEF), LABÉO, Pôle d’analyses et de recherche de Normandie (LABÉO), Unité de Recherche Risques Microbiens (U2RM), Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU), RESPE, RESPE, Mondeville, France, Partenaires INRAE, Frank Duncombe Lab LABEO, Caen, France, and Normandie Univ, Unite Risques Microbiens U2RM, F-14000 Caen, France
Subjects: Pediatrics, medicine.medical_specialty, Ataxia, Neurology, 040301 veterinary sciences, [SDV]Life Sciences [q-bio], Cauda equina syndrome, Physical examination, Microbiology, 0403 veterinary science, 03 medical and health sciences, Risk Factors, Case fatality rate, medicine, Animals, Horses, Encephalomyelitis, 030304 developmental biology, Paresis, Retrospective Studies, 0303 health sciences, General Veterinary, medicine.diagnostic_test, business.industry, Retrospective cohort study, 04 agricultural and veterinary sciences, General Medicine, Herpesviridae Infections, medicine.disease, 3. Good health, Surgery, Herd, Horse Diseases, France, medicine.symptom, business, Herpesvirus 1, Equid
Abstract: PAS DE PDF : ARTICLE NON EN LIBRE ACCES; International audience; Diagnosis of equine herpesvirus-1 associated myeloencephalopathy (EHM) can be troublesome, but early recognition and knowledge of risk factors are essential for prevention and control. The objectives for this study are to (1) describe EHM in France, (2) improve clinical recognition, (3) identify risk factors. Through epidemiosurveillance of acute neurological cases (all considered to be potentially infectious cases) in France (2008-2011), 26 EHM cases were identified and 29 EHM negative control cases. EHM cases were described and compared to controls with univariate, multivariate and classification and regression tree analysis. EHM cases had a 46% fatality rate and were frequently isolated cases. Most showed ataxia, paresis and a cauda equina syndrome, yet presence of other neurological signs was variable. Statistical analysis identified the following variables to be significantly associated to EHM compared to controls: introduction of a new horse to the herd, cauda equina syndrome, larger herd size, saddle horses and month of occurrence. The presence of many isolated cases, and less typical and variable clinical presentations emphasize the difficulty in diagnosing EHM. Nevertheless, history and clinical examination of acute neurological cases can be valuable in recognizing EHM early as well in order to select those cases that need further laboratory testing and infection control measures. Moreover, with a different study format and geographic location, risk factors were found to be similar to previous studies, therefore strengthening their significance to the spread of EHM.
Published: 2015

130. Impact of IS 1111 insertion on the MLVA genotyping of C. Burnetii

Author: Sidi-Boumedine, Karim, Duquesne, Véronique, Prigent, Myriam, Yang, Elise, Joulié, Aurélien, Thiéry, Richard, Rousset, Elodie, ProdInra, Migration, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Unité de Recherche d'Épidémiologie Animale (UR EpiA), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)
Subjects: [SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: International audience
Published: 2015

131. Spatial analysis when the location of infection is uncertain: an innovative approach using an animal- herd-level weighted analysis

Author: Céline Dupuy, Claire Morlot, Pierre Demont, Marie-Pierre Callait-Cardinal, Christian Ducrot, Didier Calavas, Emilie Gay, Unité de Recherche d'Épidémiologie Animale (UR EpiA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité Epidémiologie, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Direction Générale de l'Alimentation (DGAL), UPE, European Union Reference Laboratory for equine diseases (EURL), Université de Lyon (COMUE), Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), and Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Subjects: 2. Zero hunger, Veterinary medicine, ISDS 2014 Conference Abstracts, Bovine cysticercosis, [SDV]Life Sciences [q-bio], Intermediate host, Spatial analysis, Cysticercosis, Biology, zoonosis, medicine.disease, biology.organism_classification, medicine, Herd, General Earth and Planetary Sciences, Taenia, Animal health surveillance, Public Health, General Environmental Science
Abstract: ISDS 2014 Conference Abstracts; International audience; Bovine cysticercosis is a zoonotic foodborne disease caused by "Taenia saginata" involving cattle as the intermediate host and humans as the final host. Due to the slow development of cysticercosis cysts in cattle muscles and the complexity of cattle movements, there is a strong bias to consider the last farm location before slaughter as the location of infection for spatial analysis. This study presents an innovative approach to spatial analysis that takes into account uncertainty regarding the location where the animal was infected. An animal-herd-level weighted analysis was used and applied to bovine cysticercosis in France.
Published: 2015

132. Modification et modélisation du risque de maladies transmises par les tiques

Author: Maud Marsot, Thierry Hoch, Grégoire Perez, Elsa Léger, Hélène Verheyden, Cécile Richomme, Gwenaël Vourc'H, Unité de Recherche d'Épidémiologie Animale (UR EpiA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Biologie, Epidémiologie et analyse de risque en Santé Animale (BIOEPAR), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École nationale vétérinaire, agroalimentaire et de l'alimentation Nantes-Atlantique (ONIRIS), Ecosystèmes, biodiversité, évolution [Rennes] (ECOBIO), Université de Rennes (UR)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR), Université de Rennes (UR)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Géosciences Paris Sud (GEOPS), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Unité de recherche Comportement et Ecologie de la Faune Sauvage (CEFS), Karen D. McCoy, Nathalie Boulanger, Unité de recherche d'Épidémiologie Animale (UEA), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Comportement et d'Ecologie de la Faune Sauvage, INRA, 31326 Castanet-Tolosan cedex, France, Épidémiologie des Maladies Animales et Zoonotiques - UMR 346 (EPIA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES), and Briand, Valerie
Subjects: [SDE.BE] Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: International audience
Published: 2015

133. La surveillance syndromique peut-elle renforcer la détection précoce des maladies exotiques ou émergentes ?

Author: Bronner, Anne, Perrin, Jean-Baptiste, Dupuy, Céline, Sala, Carole, Gay, Emilie, Ducrot, Christian, Calavas, Didier, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Bureau Santé Animale, Direction Générale de l'Alimentation (DGAL), Unité de Recherche d'Épidémiologie Animale (UR EpiA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité Epidémiologie, and ProdInra, Migration
Subjects: [SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: National audience
Published: 2015

134. La gourme

Author: Léon, Albertine, Pradier, Sophie, LABÉO, Pôle d’analyses et de recherche de Normandie (LABÉO), Unité de Recherche d'Épidémiologie Animale (UR EpiA), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)
Subjects: [SDV.BA.MVSA]Life Sciences [q-bio]/Animal biology/Veterinary medicine and animal Health, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: National audience
Published: 2015

135. Evaluation of the 'UR Epidémiologie Animale' - EPIA - Application Period 01/01/2010-30/06/2015 - HCRES [confidential]

Author: Vourc'h, Gwenael, Unité de Recherche d'Épidémiologie Animale (UR EpiA), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)
Subjects: [SDV]Life Sciences [q-bio]
Published: 2015

136. Constitution et analyse d’une sérothèque pour l’évaluation comparée des 3 kits ELISA utilisés pour les analyses sérologiques de la fièvre Q chez les ruminants. Convention Recherche GDS France. Rapport technique et financier [confidentiel]

Author: Rousset, Elodie, Gache, Kristel, Sala, Carole, Dufour, Philippe, Morignat, Eric, Calavas, Didier, Jourdain, Elsa, Gasqui, Patrick, Groupe de SuiviT3-3 de la plateforme ESA, ., Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Groupement de Défense Sanitaire de la Mayenne, Unité de Recherche d'Épidémiologie Animale (UR EpiA), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)
Subjects: [SDV]Life Sciences [q-bio]
Published: 2015

137. Multivariate syndromic surveillance to detect West Nile Virus outbreaks

Author: Céline Faverjon, Andersson, M. G., Tapprest, J., Sala, C., Decors, A., Triz, P., Kutasi, O., Alain Sandoz, Agnès Leblond, ProdInra, Migration, Unité de Recherche d'Épidémiologie Animale (UR EpiA), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)
Subjects: [SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio]
Published: 2015

138. Collective resistance to HPAI H5N1 surveillance in the Thai cockfighting community: insights from a social anthropology study

Author: Attawit Kovitvadhi, Suwicha Kasemsuwan, Muriel Figuié, Chaithep Poolkhet, Aurélie Binot, Sirichai Wongnarkpet, Christian Ducrot, Mathilde Paul, Sophie Valeix, François Roger, Interactions hôtes-agents pathogènes [Toulouse] (IHAP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Unité de Recherche d'Épidémiologie Animale (UR EpiA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Marchés, Organisations, Institutions et Stratégies d'Acteurs, Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre International de Hautes Etudes Agronomiques Méditerranéennes - Institut Agronomique Méditerranéen de Montpellier (CIHEAM-IAMM), Centre International de Hautes Études Agronomiques Méditerranéennes (CIHEAM)-Centre International de Hautes Études Agronomiques Méditerranéennes (CIHEAM)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Department of Agricultural Forest and Food Sciences, Università degli studi di Torino = University of Turin (UNITO), Kasetsart University (KU), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), and University of Turin
Subjects: Male, Operations research, Culture, Social anthropology, Facteurs culturels, Collective action, medicine.disease_cause, L73 - Maladies des animaux, Sense of belonging, [SHS]Humanities and Social Sciences, Grippe aviaire, Food Animals, Residence Characteristics, Système de valeurs, Medicine, Comportement culturel, Comportement humain, multidisciplinary research, Public relations, Thailand, Épidémiologie, Work (electrical), Population Surveillance, epidemiology, social sciences, collective action, Resistance (psychoanalysis), compliance, Anthropologie sociale, Qualitative analysis, Animals, Coq, E50 - Sociologie rurale, Surveillance épidémiologique, Influenzavirus aviaire, Anthropology, Cultural, Poultry Diseases, business.industry, Potential risk, Participation communautaire, Influenza A virus subtype H5N1, Influenza in Birds, Animal Science and Zoology, avian influenza, business, Chickens
Abstract: International audience; Farmers may organize themselves to collectively manage risks such as animal diseases. Our study shows some evidence of such organization among fighting cock owners in Thailand. Fighting cocks were specifically targeted by HPAI (Highly Pathogenic Avian Influenza) H5N1 surveillance and control measures in Thailand because they were thought to pose a high risk of spreading diseases. In this work, we used a social-anthropological approach to gain an inside view of the issues associated with HPAI H5N1 surveillance in the cockfighting community in Thailand. Based on a qualitative analysis of data collected through in-depth interviews and observation of cockfighters’ practices, we found that fighting cock owners share a sense of belonging to the same community based on a common culture, values, interests, practices, and internal rules, including rules to manage poultry diseases. During the HPAI H5N1 outbreaks, these rules may have contributed to mitigating the potential risk associated with the intense movements of fighting cocks inside the country. Nevertheless, this community, despite the high awareness and know-how of its members regarding poultry diseases, has shown a strong reluctance to comply with HPAI surveillance programs. We suggest that this reluctance is due to important gaps between the logic and rationales underlying surveillance and those associated with cockfighting activities. Our study highlights the need for multi and trans-disciplinary research involving the social sciences to analyze interactions between stakeholders and the collective actions implemented by communities to face risks.
Published: 2015

139. Création d’un package R, pour la modélisation de la production de lait et de cellules chez la vache laitière indemne d’infection mammaire

Author: Nomezine, Gaël, Unité de Recherche d'Épidémiologie Animale (UR EpiA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), and France. Institut Universitaire de Technologie de Clermont Ferrand (IUT de Clermont Ferrand), FRA.
Subjects: [SDV]Life Sciences [q-bio]
Abstract: DEUG
Published: 2015

140. Coxiella burnetii circulation in a naturally infected flock of dairy sheep: shedding dynamics, environmental contamination, and genotype diversity

Author: Joulié, Aurélien, Laroucau, Karine, Prigent, Myriam, Gasqui, Patrick, Lepetitcolin, Elisabeth, Blanchard, Béatrice, Rousset, Elodie, Sidi-Boumedine, Karim, Jourdain, Elsa, ProdInra, Migration, Unité de Recherche d'Épidémiologie Animale (UR EpiA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Groupe UNICOR, Adiagene, and ESCCAR (European Society for Coxiella, Chlamydia, Anaplasma, Rickettsia and other intracellular bacteria).
Subjects: [SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: International audience
Published: 2015

141. The Recent Evolution of a Maternally-Inherited Endosymbiont of Ticks Led to the Emergence of the Q Fever Pathogen, Coxiella burnetii

Author: Duron, Olivier, Noël, Valérie, Mccoy, Karen D., Bonazzi, Matteo, Sidi-Boumedine, Karim, Morel, Olivier, Vavre, Fabrice, Zenner, Lionel, Jourdain, Elsa, Durand, Patrick, Arnathau, Céline, Renaud, François, Trape, Jean-François, Biguezoton, Abel S., Cremaschi, Julie, Dietrich, Muriel, Léger, Elsa, Appelgren, Anaïs, Dupraz, Marlène, Gómez-Díaz, Elena, Diatta, Georges, Dayo, Guiguigbaza-Kossigan, Adakal, Hassane, Zoungrana, Sébastien, Vial, Laurence, Chevillon, Christine, Sagot, Marie-France, Evolution of host-microbe communities (MIVEGEC-EVCO), Processus Écologiques et Évolutifs au sein des Communautés (PEEC), Génétique et évolution des maladies infectieuses (GEMI), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Génétique et évolution des maladies infectieuses (GEMI), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Evolution Théorique et Expérimentale (MIVEGEC-ETE), Perturbations, Evolution, Virulence (PEV), Institut de Recherche en Infectiologie de Montpellier (IRIM), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), National Reference Laboratory on Q Fever, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Génétique et évolution des interactions hôtes-parasites, Département génétique, interactions et évolution des génomes [LBBE] (GINSENG), Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Equipe de recherche européenne en algorithmique et biologie formelle et expérimentale (ERABLE), Inria Grenoble - Rhône-Alpes, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), Unité de Recherche d'Épidémiologie Animale (UR EpiA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Health, Emergence, Adaptation and Transmission (MIVEGEC-HEAT), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Géosciences Paris Sud (GEOPS), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Science et Ingénierie des Matériaux et Procédés (SIMaP), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Institut National Polytechnique de Grenoble (INPG)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Unité de Recherche sur les Maladies Infectieuses et Tropicales Emergentes (URMITE), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-IFR48, Institut des sciences biologiques (INSB-CNRS)-Institut des sciences biologiques (INSB-CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Veterinary Services Department of the Ministry of Food and Agriculture (PATTEC), Centre international de recherche-développement sur l'élevage en zone sub-humide (CIRDES), Unité de Recherche sur les Bases Biologiques de la lutte intégrée (URBIO), Département des Sciences et Techniques de l’Elevage (DSTE/FASE), Université Dan Dicko Dan Koulodo, Contrôle des maladies animales exotiques et émergentes (UMR CMAEE), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP )-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Institut National Polytechnique de Grenoble (INPG), INSB-INSB-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre International de Recherche Développement sur l'Elevage en Zone Subhumide (CIRDES), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM), Unité de recherche d'Épidémiologie Animale (UEA), Modélisation mathématique et numérique (M2N), Conservatoire National des Arts et Métiers [CNAM] (CNAM), and Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP)-Institut National Polytechnique de Grenoble (INPG)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)
Subjects: Male, [SDV]Life Sciences [q-bio], Évolution, L73 - Maladies des animaux, Global Health, Communicable Diseases, Emerging, Ticks, Pregnancy, Prevalence, Biology (General), Maternal-Fetal Exchange, Phylogeny, Symbiote, Virulence, Behavior, Animal, Coxiellaceae, Femelle, Biological Evolution, [SDV] Life Sciences [q-bio], Fièvre q, Coxiella burnetii, Female, Q Fever, L72 - Organismes nuisibles des animaux, Research Article, QH301-705.5, Vertèbre, Molecular Sequence Data, Relation hôte pathogène, Cell Line, Variation génétique, Rhipicephalus, Animals, Humans, Symbiosis, Microbial Viability, Base Sequence, Héritabilité, RC581-607, bacterial infections and mycoses, bacteria, Immunologic diseases. Allergy, Genome, Bacterial
Abstract: Q fever is a highly infectious disease with a worldwide distribution. Its causative agent, the intracellular bacterium Coxiella burnetii, infects a variety of vertebrate species, including humans. Its evolutionary origin remains almost entirely unknown and uncertainty persists regarding the identity and lifestyle of its ancestors. A few tick species were recently found to harbor maternally-inherited Coxiella-like organisms engaged in symbiotic interactions, but their relationships to the Q fever pathogen remain unclear. Here, we extensively sampled ticks, identifying new and atypical Coxiella strains from 40 of 58 examined species, and used this data to infer the evolutionary processes leading to the emergence of C. burnetii. Phylogenetic analyses of multi-locus typing and whole-genome sequencing data revealed that Coxiella-like organisms represent an ancient and monophyletic group allied to ticks. Remarkably, all known C. burnetii strains originate within this group and are the descendants of a Coxiella-like progenitor hosted by ticks. Using both colony-reared and field-collected gravid females, we further establish the presence of highly efficient maternal transmission of these Coxiella-like organisms in four examined tick species, a pattern coherent with an endosymbiotic lifestyle. Our laboratory culture assays also showed that these Coxiella-like organisms were not amenable to culture in the vertebrate cell environment, suggesting different metabolic requirements compared to C. burnetii. Altogether, this corpus of data demonstrates that C. burnetii recently evolved from an inherited symbiont of ticks which succeeded in infecting vertebrate cells, likely by the acquisition of novel virulence factors., Author Summary How virulent infectious diseases emerge from non-pathogenic organisms is a challenging question. Here, we address this evolutionary issue in the case of Q fever. Its causative agent, the intracellular bacterium Coxiella burnetii, is extremely infectious to humans and a variety of animals. However, uncertainty persists regarding its evolutionary origin, including the identity and lifestyle of its ancestors. In this article, we show that C. burnetii arose from a rare evolutionary transformation of a maternally-inherited endosymbiont of ticks into a specialized and virulent pathogen of vertebrates. While arthropod symbionts are typically transmitted maternally and thought not to be infectious to vertebrates, we establish here that one Coxiella symbiont has evolved the necessary adaptations to exploit the vertebrate cell, leading to the emergence of Q fever.
Published: 2015

142. Pilot simulation study using meat inspection data for syndromic surveillance: use of whole carcass condemnation of adult cattle to assess the performance of several algorithms for outbreak detection

Author: DUPUY, C., MORIGNAT, E., DOREA, F., DUCROT, C., CALAVAS, D., GAY, E., Unité Epidémiologie, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), National Veterinary Institute, Unité de Recherche d'Épidémiologie Animale (UR EpiA), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)
Subjects: condemnation, Epidemiology, [SDV]Life Sciences [q-bio], Exponentially weighted moving average, Negative binomial distribution, Pilot Projects, CUSUM, Sensitivity and Specificity, Disease Outbreaks, Sex Factors, Animals, Health Status Indicators, Computer Simulation, syndromic surveillance, EWMA chart, Retrospective Studies, Mathematics, Age Factors, Outbreak, slaughterhouse, Original Papers, Confidence interval, Infectious Diseases, Baseline time, outbreak detection, Cattle, France, p-chart, Sentinel Surveillance, Algorithm, Abattoirs, Algorithms
Abstract: SUMMARYThe objective of this study was to assess the performance of several algorithms for outbreak detection based on weekly proportions of whole carcass condemnations. Data from one French slaughterhouse over the 2005–2009 period were used (177 098 slaughtered cattle, 0.97% of whole carcass condemnations). The method involved three steps: (i) preparation of an outbreak-free historical baseline over 5 years, (ii) simulation of over 100 years of baseline time series with injection of artificial outbreak signals with several shapes, durations and magnitudes, and (iii) assessment of the performance (sensitivity, specificity, outbreak detection precocity) of several algorithms to detect these artificial outbreak signals. The algorithms tested included the Shewart p chart, confidence interval of the negative binomial model, the exponentially weighted moving average (EWMA); and cumulative sum (CUSUM). The highest sensitivity was obtained using a negative binomial algorithm and the highest specificity with CUSUM or EWMA. EWMA sensitivity was too low to select this algorithm for efficient outbreak detection. CUSUM's performance was complementary to the negative binomial algorithm. The use of both algorithms on real data for a prospective investigation of the whole carcass condemnation rate as a syndromic surveillance indicator could be relevant. Shewart could also be a good option considering its high sensitivity and simplicity of implementation.
Published: 2015

143. Dynamique des populations de tiques et liaison avec les facteurs environnementaux

Author: Albert Agoulon, Alain Butet, Thierry Hoch, Grégoire Perez, Olivier Plantard, Helene Verheyden, Gwenaël Vourc’h, Biologie, Epidémiologie et analyse de risque en Santé Animale (BIOEPAR), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Ecosystèmes, biodiversité, évolution [Rennes] (ECOBIO), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES), Unité de recherche Comportement et Ecologie de la Faune Sauvage (CEFS), Unité de Recherche d'Épidémiologie Animale (UR EpiA), Karen D. McCoy, Nathalie Boulanger, Briand, Valerie, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École nationale vétérinaire, agroalimentaire et de l'alimentation Nantes-Atlantique (ONIRIS), Université de Rennes (UR)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR), Université de Rennes (UR)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut Ecologie et Environnement (INEE), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Épidémiologie des Maladies Animales et Zoonotiques - UMR 346 (EPIA), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)
Subjects: [SDE.BE] Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: International audience
Published: 2015

144. Genetic diversity study of Anaplasma phagocytophilum circulating in domestic and wild ruminants in France by Multiple-Locus Variable-number tandem repeat Analysis

Author: DUGAT, Thibaud, Chastagner, Amelie, Haciane, Doria, lagree, Anne-Claire, Durand, B., Thierry, S., Corbière, Fabien, Verheyden, Hélène, Chabanne, Luc, Bailly, Xavier, Leblond, Agnès, Vourc'h, Gwenael, Boulouis, Henri-Jean, Maillard, R., Haddad, Nadia, ProdInra, Migration, Biologie moléculaire et immunologie parasitaires et fongiques (BIPAR), École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Unité de Recherche d'Épidémiologie Animale (UR EpiA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité Epidémiologie, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Interactions hôtes-agents pathogènes [Toulouse] (IHAP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Unité de recherche Comportement et Ecologie de la Faune Sauvage (CEFS), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), ESCCAR (European Society for Coxiella, Chlamydia, Anaplasma, Rickettsia and other intracellular bacteria)., Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, and Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12)
Subjects: [SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: International audience
Published: 2015

145. The future of research on tick-borne pathogens: shifting from the ‘one pathogen-one disease’ vision to the pathobiome paradigm

Author: Muriel Taussat, Maria Kazimirova, Zdenek Hubalek, Sándor Hornok, Róbert Farkas, Sarah Bonnet, Gwenaël Vourc'h, Mihalca, Andrei D., Olivier Plantard, Cornelia Silaghi, Annapaola Rizzoli, Biologie moléculaire et immunologie parasitaires et fongiques (BIPAR), Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Institute of Zoology, Université de Neuchâtel (UNINE), Institute of Vertebrate Biology, Czech Academy of Sciences [Prague] (CAS), Budapest University, Partenaires INRAE, University of Veterinary Medicine, Unité de Recherche d'Épidémiologie Animale (UR EpiA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Department of Parasitology and Parasitic Diseases, University of Agricultural Sciences and Veterinary Medicine, Biologie, Epidémiologie et analyse de risque en Santé Animale (BIOEPAR), Universität Zürich [Zürich] = University of Zurich (UZH), Fondazione Edmund Mach - Edmund Mach Foundation [Italie] (FEM), Renaud Lancelot, Sylvie Laurens and Andrew Lewer, École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École nationale vétérinaire, agroalimentaire et de l'alimentation Nantes-Atlantique (ONIRIS)
Subjects: [SDV]Life Sciences [q-bio], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract: International audience
Published: 2015

146. Surveillance des maladies vectorielles : méthodes, avantages et limites

Author: Agnès Leblond, Barbara Dufour, Pascal Hendrikx, École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Unité de Recherche d'Épidémiologie Animale (UR EpiA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), and École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)
Subjects: General Veterinary, [SDV]Life Sciences [q-bio], Epidemiological surveillance, vector-borne diseases, entomologival surveillance, maladies à transmission vectorielle, surveillance vectorielle, Surveillance épidémiologique, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, 3. Good health
Abstract: Monitoring of vector-borne diseases : methods, strengths / weak point. Recent outbreaks of vector-borne diseases in France over the past decade have illustrated the need for efficient surveillance methods to monitor the onset and / or spread of these diseases. Epidemiological surveillance can detect the emergence of new or exotic diseases or monitor the epidemiological situation of an already established disease in an area to adapt control measures. Epidemiological surveillance can take many forms that can be combined to monitor a disease : Eventdriven surveillance (also called passive surveillance), programmed surveillance (or active surveillance) and syndromic surveillance. The specificities of the vector-borne diseases surveillance are based on the frequent complexity of their epidemiological cycles and the surveillance of the vectors. Entomological surveillance uses specific methods that are sometimes heavy and expensive to implement. It can track the geographical distribution of vectors, periods of vector activity, but due to a frequently low vector competence, usually cannot monitor diseases transmitted by these vectors., Les récents épisodes de maladies à transmission vectorielle en France au cours des dix dernières années ont illustré la nécessité de disposer de méthodes de surveillance performantes pour suivre l’apparition et/ ou l’évolution de ces maladies. La surveillance épidémiologique permet de déceler l’apparition d’une maladie nouvelle ou exotique ou de suivre l’évolution de la situation épidémiologique d’une maladie déjà implantée sur un territoire afin d’adapter les méthodes de contrôle. Les modalités de surveillance peuvent prendre diverses formes qui peuvent être combinées pour assurer le suivi d’une maladie : surveillance évènementielle (encore appelée surveillance passive), surveillance programmée (ou surveillance active) et surveillance syndromique. Les particularités de la surveillance des maladies à transmission vectorielle reposent sur la complexité fréquente de leurs cycles et sur la surveillance des vecteurs. La surveillance entomologique utilise des méthodes spécifiques qui sont quelque fois lourdes et couteuses à mettre en oeuvre. Elle permet de suivre la répartition géographique des vecteurs, les périodes d’activité vectorielle mais, en raison fréquemment d’une faible compétence vectorielle ne permet pas de suivre les maladies transmises par ces vecteurs., Dufour Barbara, Hendrikx Pascal, Leblond Agnès. Surveillance des maladies vectorielles : méthodes, avantages et limites. In: Bulletin de l'Académie Vétérinaire de France tome 168 n°1, 2015. pp. 43-49.
Published: 2015

147. Diversité génétique d’Anaplasma phagocytophilum, agent de l’anaplasmose granulocytaire, conséquences épidemiologiques et implications pour le contrôle en France

Author: Nadia Haddad, Thibaud Dugat, Amélie Chastagner, Gwenaëlle Vourc’h, Henri-Jean Boulouis, Agnès Leblond, Renaud Maillard, Luc Chabanne, Unité de Recherche d'Épidémiologie Animale (UR EpiA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Biologie moléculaire et immunologie parasitaires et fongiques (BIPAR), Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Interactions hôtes-agents pathogènes [Toulouse] (IHAP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, École nationale vétérinaire - Alfort (ENVA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Laboratoire de santé animale, sites de Maisons-Alfort et de Dozulé, and Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12)
Subjects: Veterinary medicine, animal diseases, [SDV]Life Sciences [q-bio], Multiple Loci VNTR Analysis, Intergenic region, biology.animal, parasitic diseases, medicine, hôte réservoir, bovins, chevreuils, cerf, A. phagocytophilum, MLVA, MLSA, épidémiologie moléculaire, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, 2. Zero hunger, Genetics, Genetic diversity, General Veterinary, Molecular epidemiology, biology, cattle, red deer, roe deer, reservoir host, molecular epidemiology, medicine.disease, biology.organism_classification, bacterial infections and mycoses, Anaplasma phagocytophilum, 3. Good health, Roe deer, Variable number tandem repeat, bacteria, Anaplasmosis
Abstract: Genetic diversity of anaplasma phagocytophilum, the causative agent of granulocytic anaplasmosis, implications for epidemiology and control in France. Anaplasma phagocytophilum is a tick-borne bacterium and the etiologic agent of granulocytic anaplasmosis, an emerging disease that affects a wide range of mammals. In this paper, we present the recent knowledge gained from studies on the genetic diversity of this pathogen in France. Multilocus sequence analysis (MLSA) was used to characterize the genetic diversity of A. phagocytophilum in populations of French cattle, horses, dogs, and roe deer. MLSA was based on nine loci (ankA, msp4, groESL, typA, pled, gyrA, recG, polA, and an intergenic region). Phylogenic analysis revealed three genetic clusters of bacterial variants in domesticated animals. The two principal clusters included 98% of the bacterial genotypes found in cattle, which were only distantly related to those in roe deer. One cluster comprised only cattle genotypes, while the second contained genotypes from cattle, horses, and dogs. The third contained all roe deer genotypes and three cattle genotypes. These results suggest that roe deer do not contribute to the spread of A. phagocytophilum in cattle in France. A Multiple-Locus Variable number tandem repeat (VNTR) Analysis typing technique was developed for A. phagocytophilum. Five VNTRs were selected based on the HZ human-derived strain genome, and were tested on the Webster human-derived strain and on 123 DNA samples. This study confirmed that A. phagocytophilum from roe deer or domestic ruminants belong to two different clusters, while A. phagocytophilum from red deer and domestic ruminants locate within the same cluster, questioning the respective roles of roe vs red deer as reservoir hosts for domestic ruminant strains in Europe. The molecular techniques recently developed have great potential to provide detailed information on A. phagocytophilum isolates, improving both epidemiological and phylogenic investigations, thereby helping in the development of relevant prevention and control measures., A. phagocytophilum, bactérie transmise par les tiques, est responsable de l’anaplasmose granulocytaire, une maladie émergente qui infecte une large gamme de mammifères dont l’homme. L’objectif de cet article est de présenter les nouvelles connaissances acquises sur la diversité génétique d’A. phagocytophilum chez différentes espèces d’hôtes en France, afin de déterminer quelles espèces participent au même cycle épidémiologique. Une analyse par séquençage multi-locus (MLSA) a été effectuée dans des populations de bovins, chevaux, chiens et chevreuils. Trois groupes de génotypes infectant les bovins ont été identifiés. Les deux groupes principaux incluent 98% des génotypes bactériens trouvés chez les bovins et sont éloignés de ceux des chevreuils. Un cluster ne comprenait que les génotypes de bovins, tandis que le second génotype contenant des bovins comprenait également des chevaux et des chiens. Le troisième cluster contenait tous les génotypes de chevreuils et trois génotypes de bovins. Ces résultats suggèrent que les chevreuils ne contribuent pas à la propagation d’A. phagocytophilum chez les bovins en France. Puis, une technique MLVA (Multiple Loci VNTR Analysis) a été développée pour A. phagocytophilum. Cinq VNTR ont été sélectionnés sur la base du génome de la souche d’origine humaine HZ, et ont été testés sur 123 échantillons d’ADN provenant d’animaux domestiques ou sauvages. Cette étude a confirmé que les souches d’A. phagocytophilum retrouvées chez les chevreuils et les ruminants domestiques appartiennent à deux groupes différents, alors que les souches identifiées chez les cerfs et les ruminants domestiques sont localisées dans le même cluster. Ces résultats remettent en question les rôles respectifs des chevreuils et des cerfs comme hôtes réservoirs pour les souches d’A. phagocytophilum de ruminants domestiques en Europe. Ces techniques moléculaires ont un grand potentiel pour améliorer nos connaissances sur les cycles épidémiologiques d’A. phagocytophilum, contribuant ainsi à l’élaboration de mesures de prévention et de contrôle pertinents., Chastagner Amélie Pierrette, Dugat Thibaud, Vourc’h Gwenaëlle, Chabanne Luc, Maillard Renaud, Boulouis Henri-Jean, Haddad Nadia, Leblond Agnès. Diversité génétique d’Anaplasma Phagocytophilum, agent de l’anaplasmose granulocytaire, conséquences épidemiologiques et implications pour le contrôle en France. In: Bulletin de l'Académie Vétérinaire de France tome 168 n°1, 2015. pp. 25-37.
Published: 2015

148. Mise au point d’un protocole d’extraction de l’ADN de Coxiella burnetii

Author: Brizon, Charlotte, Unité de Recherche d'Épidémiologie Animale (UR EpiA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), and France. Institut Universitaire de Technologie de Clermont Ferrand (IUT de Clermont Ferrand), FRA.
Subjects: [SDV]Life Sciences [q-bio]
Abstract: DEUG
Published: 2015

149. Interdisciplinarity and infectious diseases : an Ebola case study

Author: Benjamin Roche, Felicia Keesing, Pierre Becquart, Gabriel E. García-Peña, Annapaola Rizzoli, Anne-Hélène Prieur-Richard, Marion Vittecoq, Marco Vignuzzi, Jean-François Guégan, Vanessa O. Ezenwa, James N. Mills, Xavier Bailly, Parviez R. Hosseini, Gerardo Suzán, University of Georgia [USA], DIVERSITAS, United Nations Educational, Scientific and Cultural Organization (UNESCO), Unité de modélisation mathématique et informatique des systèmes complexes [Bondy] (UMMISCO), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Université de Yaoundé I-Institut de la francophonie pour l'informatique-Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Université Gaston Bergé (Saint-Louis, Sénégal)-Université Cadi Ayyad [Marrakech] (UCA), Unité de Recherche d'Épidémiologie Animale (UR EpiA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Centre de Synthèse et d’Analyse sur la Biodiversité (CESAB), Fondation pour la recherche sur la Biodiversité (FRB), EcoHealth Alliance [New York], Bard College Annandale, Bard College, Centro Ricerca e Innovazione, Fondazione Edmund Mach, Instituto Agrario S. Michele all' Adige, Universidad Nacional Autónoma de México = National Autonomous University of Mexico (UNAM), Populations virales et Pathogenèse, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de recherche de la Tour du Valat, Emory University [Atlanta, GA], Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN), Université Cadi Ayyad [Marrakech] (UCA)-Universtié Yaoundé 1 [Cameroun]-Université Gaston Bergé (Saint-Louis, Sénégal)-Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Institut de la francophonie pour l'informatique-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Unité de recherche d'Épidémiologie Animale (UEA), Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM), EcoHealth Alliance NYC, Universidad Nacional Autónoma de México (UNAM), Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Ezenwa, Vanessa O., and Université Cadi Ayyad [Marrakech] (UCA)-Université de Yaoundé I-Université Gaston Bergé (Saint-Louis, Sénégal)-Université Cheikh Anta Diop [Dakar, Sénégal] (UCAD)-Institut de la francophonie pour l'informatique-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)
Subjects: lcsh:Immunologic diseases. Allergy, Opinion, Immunology, Biology, medicine.disease_cause, Communicable Diseases, Microbiology, Practical reason, Ebola Hemorrhagic Fever, Ebola virus, Emerging infections, Virology, Zoonoses, Genetics, medicine, Animals, Humans, Interdisciplinary communication, lcsh:QH301-705.5, Molecular Biology, Complex problems, Biomedicine, Ecology, business.industry, Hemorrhagic Fever, Ebola, Settore VET/05 - MALATTIE INFETTIVE DEGLI ANIMALI DOMESTICI, Ebolavirus, Influenza A virus subtype H5N1, 3. Good health, lcsh:Biology (General), [SDV.MP.VIR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology, Interdisciplinary Communication, Parasitology, Engineering ethics, lcsh:RC581-607, business
Abstract: International audience; High-profile epidemics such as Ebola, avian influenza, and severe acute respiratory syndrome (SARS) repeatedly thrust infectious diseases into the limelight. Because the emergence of dis-eases involves so many factors, the need for interdisciplinary approaches to studying emerging infections, particularly those originating from animals (i.e., zoonoses), is frequently discussed. However, effective integration across disciplines is challenging in practice. Ecological ideas, for example, are rarely considered in biomedical research, while insights from biomedicine are often neglected in ecological studies of infectious diseases. One practical reason for this is that researchers in these fields focus on vastly different scales of biological organization, which are difficult to bridge both intellectually and methodologically. Nevertheless, integration across biological scales is increasingly needed for solving the complex problems zoonotic diseases pose to human and animal well-being. Motivated by current events, we use Ebola virusas a case study to highlight fundamental questions about zoonoses that can be addressed by integrating insights and approaches across scales.
Published: 2015

150. Utilisation des données d’insémination artificielle afin d’identifier l’impact d’un évènement abortif dans les élevages de bovins laitiers

Author: Bronner, A., Morignat, E., Madouasse, Aurélien, Gasqui, Patrick, Gay, E., Calavas, D., Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES), Biologie, Epidémiologie et analyse de risque en Santé Animale (BIOEPAR), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), and Unité de Recherche d'Épidémiologie Animale (UR EpiA)
Subjects: [SDV]Life Sciences [q-bio]
Abstract: National audience; This article is aimed at discussing the feasibility and advantages of using artificial insemination data, through a new indicator of mid-term abortions, the mid-term abortion incidence rate, in order to identify the impact of an abortive event retrospectively or prospectively. Two studies are used to illustrate the purpose, based on the analysis of mid-term abortion incidence rate to estimate the impact of the Bluetongue serotype 8 (BT8) epizootic that emerged in France in 2006 and then spread across the country in 2007 and 2008. The first study was a retrospective analysis of the temporal variations of the mid-term abortion incidence rate in each French department enabled to identify a posteriori the impact of BT8 on abortion occurrence. The second study was based on a weekly analysis of the temporal variations of the mid-term abortion incidence rate, and showed that the impact of BT8 would have been identified 12 weeks after the occurrence of the disease in 50% of the departments. These results suggest that there is a need to study the feasibility to implement an integrated surveillance of bovine abortions, based on the mandatory notification of bovine abortions (i.e. the current surveillance system with some improvements) and a syndromic surveillance system (that should be implemented at a lower level than the department, to improve timeliness).; Le présent article a pour objectif de discuter de la faisabilité et de l’intérêt que représenterait le suivi d’un indicateur indirect de survenue des avortements élaboré à partir des données d’insémination artificielle, le taux d’avortements précoces, afin d’identifier l’impact d’un évènement abortif, de manière rétrospective ou prospective. Deux études sont présentées pour illustrer le propos, ayant eu pour objet d’estimer, par l’analyse des variations du taux d’avortements précoces, l’impact de l’épizootie de fièvre catarrhale ovine due au sérotype 8 (FCO-8), qui a émergé en France en 2006, puis s’est diffusée dans une large partie du territoire métropolitain en 2007 et 2008. La première étude souligne qu’une analyse des variations temporelles du taux d’avortements précoces à l’échelle du département a permis d’identifier a posteriori l’impact de la FCO-8 sur la survenue d’avortements en élevages de bovins. La seconde étude indique qu’une analyse prospective hebdomadaire des variations temporelles du taux d’avortements précoces aurait permis d’identifier l’impact de la FCO-8 dans un département dans un délai médian de 12 semaines suivant son introduction. Considérant ces résultats, il apparaît pertinent de réfléchir à la mise en place d’une surveillance intégrée des avortements en élevage de bovins, qui reposerait sur deux volets : la déclaration obligatoire des avortements (sous la forme du dispositif actuel en version révisée) et un outil de surveillance syndromique (qui devrait être mis en place à une échelle infra-départementale, en particulier pour améliorer les délais de détection).
Published: 2015

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