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Le polymorphisme génétique de séquences spécifiques, comportant des microsatellites (ou SSR = Simple Sequence Repeat) peut être mis en évidence de façon efficace par la technique de la PCR. Chez l'hévéa, 64 mono-, di-, triou tétranucléotides SSR ont été identifiées sur des séquences anonymes ou codantes. La cartographie des microsatellites par électrophorèse non dénaturante sur gel d'agarose, s'avère être une méthode sûre, puissante et simple. Elle a permis de révéler le polymorphisme de l'hévéa au niveau des SSR

Chez l'hévéa, la multiplication à grande échelle de matériel végétal non conforme peut gravement compromettre la rentabilité économique des plantations. Afin de réaliser, à un stade précoce de leur croissance, la caractérisation génotypique des clones, l'électrophorèse d'isoenzymes a été développée. Avec 98 % de pouvoir de séparation pour les principaux clones cultivés, cette technique s'est révélée particulièrement performante. L'équipement nécessaire simple et le coût de fonctionnement relativement faible de cette technique permettent une application en routine del'identification clonale de l'hévéa. Une unité mobile d'électrophorèse ou "laboratoire portable" a été créée pour effectuer des contrôles de conformité en jardins à bois de greffe. Elle a été utilisée avec succès en Côte d'Ivoire, en Indonésie, en Guyane et en Guadeloupe sur un grand nombre d'individus. Elle est proposée sous forme de missions d'expertise ou de transferts de technologie

L'étude de la diversité génétique des écotypes (= variétés de population) du cocotier revêt un intérêt important pour la sélection, notamment lors de la création de variétés hybrides. Au delà de la dualité Grand-Nain, il existe une très forte variabilité morphologiques entre écotypes pour les caractéristiques du fruit et de l'appareil végétatif. Cette communication donne les premiers résultats d'étude de la diversité du cocotier à l'aide de la technique RFLP (= Restriction Fragment Length Polymorphism). L'étude a porté sur 114 individus de la collection de la station Marc Delorme en Côte d'Ivoire. Avec seulement 9 sondes les apparentements entre écotypes ont pu être identifiés et une structuration très forte en deux groupes génétiques principaux a pu être mis en évidence. Cette structuration était déjà perceptible avec les marqueurs polyphénoliques dont l'emploi reste délicat

En complément des études réalisées chez l'hévéa à l'aide des isoenzymes et des marqueurs RFLP, les auteurs ont mis au point une nouvelle méthode d'analyse, dérivée de la technique utilisant les PCR. Les premiers résultats mettent évidence une relative abondance de microsatellites nucléaires Pst1 ainsi que leur utilité pour l'étude du polymorphisme de l'arbre

Les travaux menés en 1995 ont principalement porté sur la poursuite de la cartographie génétique de l'hévéa. La carte partielle établie antérieurement (voir rapport CCE/STD 2ème annèe) sur la descendance F2, issue de l'autofécondation du clone PB260, a été augmentée de 71 locus supplémentaires. Mais les efforts ont porté également sur la cartographie à partir de la descendance F1 (PD260xRO38) afin de valider et préciser les résultats obtenus en F2. Les marqueurs moléculaires utilisés ont été les RFLP en premier lieu, complétés par des isozymes et les RAPD. L'intérêt des marqueurs de type PCR, nous on conduit à développer les marqueurs par PCR ciblée sur les séquences microsatellites. Par ailleurs, en 1995, nous avons le génotype par isozymes des arbres présents dans les 3 JIPL de Divo en Côte d'Ivoire

Présentation succinte d'une première carte génétique de l'hévéa obtenue à l'aide de divers marqueurs moléculaires pour deux populations différente d'hybrides : F1 (PB 260 x PB 260) et F2 (PB 260 x RO 38)

Dans le cadre d'un programme de sélection réalisé en collaboration avec l'IDEFOR (Côte d'Ivoire), le CIRAD-CP a mis au point, dans le laboratoire Agetrop/Biotrop à Montpellier (France), des recherches sur la génétique moléculaire de l'hévéa. Les principaux objectifs consistent à améliorer les connaissances de la structuration génétique du genre Hevea et de fournir de nouveaux outils et méthodes aux planteurs et aux sélectionneurs. Des marqueurs biochimiques (isozymes) et moléculaires (RFLP, RAPD, microsatellites) ont été mis au point et appliqués, avec succès, à l'hévéa dans trois domaines principaux : l'identification clonale, la caractérisation des ressources génétiques et la cartographie du génome. Cet article fait le point sur les études de diversité et d'analyse du génome de l'hévéa.

Dans le cadre d'un programme de sélection réalisé en collaboration avec l'IDEFOR (Côte d'Ivoire), le CIRAD-CP a développé, dans le laboratoire Agetrop/Biotrop à Montpellier (France), des recherches sur la génétique moléculaire de l'hévéa. Les principaux objectifs étant d'améliorer les connaissances de la structuration génétique du genre Hevea et de fournir de nouveaux outils et méthodes aux planteurs et aux sélectionneurs. Des marqueurs biochimiques (isozymes) et moléculaires (RFLP, RAPD, microsatellites) ont été mis au point et appliqués avec succès à l'hévéa dans trois domaines principaux : l'identification clonale, la caractérisation des ressources génétiques et la cartographie du génome. Cet article fait le point sur les études de diversité et d'analyse du génome de l'hévéa

Trois projets de recherche du programme Hevea relèvent de l'amélioration génétique et de la sélection. A l'occasion du Comité de Programme du CIRAD-CP, 7 aspects principaux ont été présentés. Ils concernent la recommandation clonale, les programmes de sélection en Afrique et en Amérique du Sud, les collections et les échanges de matériel végétal, la méthode de vérification de la conformité clonale par électrophorèse des isozymes, les possibilités offertes par le marquage génétique moléculaire et l'état d'avancement du projet de culture in vitro par embryogenèse somatique.

Afin d'identifier des marqueurs fiables, des loci hétérozygotes et des configurations en phase/en opposition (coupling/repulsion) chez Hevea brasileinsis, des marqueurs RFLP et RAPD ont été testés sur 3 génotypes parentaux ainsi que sur un échantillon d'une population F2 obtenue après autopollinisation d'un clone cultivé de pédigré connu. 70 % des loci RFLP ségrègent comme du loci co-dominants. L'analyse de liaison génétique à l'aide du logiciel Mapmaker, révèle 91 loci groupés en 23 groupes de liaison indépendants alors que l'on en attendait seulement 18

Communication qui présente une comparaison des résultats obtenus à l'aide de différents marqueurs moléculaires (isoenzymes et RFLP) lors de l'analyse de la collection botanique d'hévéas entretenue en Côte d'Ivoire. Cette collection regroupe trois populations: - le groupe des hévéas cultivés (Wickham), - du matériel génétique (germplasm) de Colombie qui avait été prospecté par E. Schultes de 1945-1947, - du matériel génétique récolté au cours d'une prospection internationnale (IRRDB 81) menée en Amazonie brésilienne (Acre, Mato Grosso et Rondonia)

La collection de cocotiers de la station Marc Delorme en Côte d'Ivoire comporte des écotypes subdivisés en fonction de leur région de collecte. Cependant, la structuration en écotypes ne tient compte que de l'aspect morphologique de l'arbre et de son milieu de prospection. L'utilisation de marqueurs moléculaires, stables dans dans le temps et quelles que soient les conditions environnementales (à l'inverse des caractères morphologiques, des isoenzymes et des polyphenols) permettra de choisir les combinaisons les plus intéressantes à réaliser dans le cadre des futurs shémas d'amélioration et rendra possible la définition d'une "core collection". Les premiers résultats obtenus, à partir d'ADN extrait de folioles de la feuille n. 1, à l'aide de marqueurs RFLP (restriction fragment length polymorphism) permettent de confirmer les relations génétiques entre les populations de cocotiers probablement apparentés mais collectés dans des sites distants. Elle illustre également l'importance de la variabilité observée dans la région Extrême-Orient-Pacifique

Le caoutchouc naturel n'a pas encore été remplacé par des polymères synthétiques dans certains domaines d'utilité majeure : pneumatiques de gros porteurs ou à carcasse radiale, produits médicaux ou paramédicaux (gants, préservatifs,...). Chez l'hévéa, les techniques de biotechnologie végétale, caractérisation des ressources génétiques, cartographie génétique). De très nombreux travaux ont permis d'élaborer un modèle biologique du système laticifère, tissu producteur de latex chez l'hévéa. L'examen de ce modèle conduit à envisager la transformation génétique des laticifères dans deux directions : l'allongement de l'écoulement et le renforcement des mécanismes de détoxification intracellulaire. Il apparaît que l'amélioration de la production de latex nécessite une approche pluridisciplinaire

Chez l'hévéa, la multiplication à grande échelle de matériel végétal non conforme peut gravement compromettre la rentabilité économique des plantations. Afin de réaliser, à un stade précoce de leur croissance, la caractérisation génotypique des clones, l'électrophorèse d'isoenzymes a été développée. Avec 98 % de pouvoir de séparation pour les principaux clones cultivés, cette technique s'est révélée particulièrement performante. L'équipement nécessaire simple et le coût de fonctionnement relativement faible de cette technique permettent son application en routine à l'identification clonale de l'hévéa. Une unité mobile d'électrophorèse ou "laboratoire portable" a été créée en vue d'intervenir directement sur plantation pour effectuer des contrôles de conformité en jardins à bois de greffe. Elle a été utilisée avec succès en Côte d'Ivoire, en Indonésie, en Guyane et en Guadeloupe sur un grand nombre d'individus. Elle est proposée sous forme de missions d'expertise ou de transferts de technologie [résumé d'auteur]

Le principal objectif de cette mission était d'initier une collaboration entre le CIRAD-CP et l'EMBRAPA/CENARGEN, sur le thème des ressources génétiques de l'hévéa. Il s'agit de développer des recherches pour la caractérisation génétique, agronomique et la conservation du germplasm hévéa. Ce document comporte en annexe les textes de pré-projets et projets de collaboration ainsi qu'une liste de clones d'hévéas en collection à Brasilia et Manaus

Document qui rapporte dans le détail les résultats obtenus, en 1994, en matière de cartographie du génome de l'hévéa. Dans un premier temps les marqueurs polymorphes ont été identifiés : tri des sondes RFLP et des amorces PCR qui révèlent des locus hétérozygotes chez PB 260 et RO 38 et qui ségrègent dans les descendances sélectionnées. Le tri de marqueurs RFLP et RAPD a porté sur 6 clones parentaux : PB 5/51, PB 49, PB 260, RO 38, IRCA 1159 et F 4542. La légitimité des descendants a été établie par isoenzymes et par RFLP du gène ADNr. Les analyses de liaisons génétiques ont été réalisées à l'aide du logiciel Mapmaker V2.0

Afin de compléter les études déjà menées sur la variabilité génétique chez Hevea brasiliensis à l'aide des isoenzymes les auteurs ont testées plusieurs populations à l'aide de la technique d'analyse par RFLP. L'étude des ADN ribosonaux permet d'avancer que les espèces d'Hevea brasiliensis peuvent être divisées en 2 races. Celle de l'analyse de l'ADN nucléaire affine les résultats obtenus à l'aide des isoenzymes : 3 groupes génétiques distincs peuvent être définis

Les marqueurs moléculaires, surtout les RFLP, ont connu un développement spectaculaire ces 5 dernières années et ont permis, en particulier, la construction de cartes de marqueurs génétiques très denses chez des espèces comme le maïs, le riz, la tomate ... A l'exception du riz, les espèces cultivées tropicales n'ont que très peu bénéficié de progrès sur les marqueurs moléculaires : pourtant, pour de nombreuses espèces, leur utilisation devrait permettre des progrès rapides en génétique et amélioration des plantes. C'est pourquoi le CIRAD a entrepris depuis 13 ans des recherches sur les marqueurs moléculaires chez 17 espèces tropicales, et a développé les RFLP, depuis 3 ans, principalement sur 4 espèces : bananier, canne à sucre, cacaoyer et hévéa. Les exemples d'utilisation sur ces 4 espèces illustrent les possibilités d'applications réelles des marqueurs aux problèmes spécifiques de l'amélioration génétique de plantes très différentes [résumé d'auteur]

L'identification variétale est particulièrement importante chez l'hévéa. Afin de réaliser à un stade précoce du développement la caractérisation génotypique des clones, l'électophorèse d'isoenzymes a été développée. Comme cette technique s'est avérée performante pour l'hévéa, que l'équipement nécessaire est simple et que le coût de fonctionnement est relativement faible, l'application à l'identification clonale a pu se faire en routine pour cette technique. C'est ainsi qu'a été créée une unité mobile d'électrophorèse au laboratoire portable. Cependant cette technique présente 2 inconvénients : nécessité de travailler à partir d'échantillons de feuilles fraîches ou lyophilisées, et le nombre restreint de gènes auxquels on a accès. C'est pourquoi l'IRCA travaille aussi sur la technique des RFLP (Polymorphisme de longueur de fragments de restriction) qui permet l'emploi de feuilles simplement séchées dans une étuve