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The expansion of the genetic base of cultivated materials is an ongoing activity of the cupuassu (Theobroma grandiflorum) breeding program. However, the parents involved need to be genotypically and phenotypically characterized to ensure compatibility of crossings, as well as to assist in the selection of more promising individuals for hybridization. This study aimed to identify and select T. grandiflorum clones that are compatible and genetically divergent using tools such as the estimates of genotypic, phenotypic, and combined distances, as well as the compatibility rates among clones. The genetic distance analysis of the clones was performed with 14 heterologous microsatellite primers of cocoa (Theobroma cacao) that amplify the DNA of cupuassu. Phenotypic characterization was based on 14 variables related to fruit production. The joint dissimilarity matrix was obtained by means of the sum of the phenotypic and molecular dissimilarity matrices. The intra- and inter-clonal compatibility was estimated through controlled crossings. A low correlation was noted between the dissimilarity matrices based on the molecular and agronomic data. As for compatibility, all clones were self-incompatible, with different compatibility rates when crossed. The compatibility index was strongly influenced by the degree of relationship of the clones. It was possible to identify and select the most promising sets of cupuassu clones to be used in breeding programs, despite their genetic relationship. RESUMO A ampliação da base genética dos materiais de cultivo é trabalho contínuo do programa de melhoramento genético do cupuaçuzeiro (Theobroma grandiflorum). Há necessidade, entretanto, que os parentais envolvidos estejam caracterizados fenotípica e genotipicamente, para auxiliar na escolha dos indivíduos que serão hibridizados, bem como para garantir os mecanismos de rastreabilidade e proteção das cultivares. Este estudo teve como objetivo identificar e selecionar clones de cupuaçuzeiro inter-compatíveis e geneticamente divergentes, utilizando como ferramentas as distâncias genotípica, fenotípica e combinada mistas, assim como as taxas de compatibilidade entre os clones. Estimativas das distâncias genéticas entre os clones foram realizadas com base em 14 iniciadores microssatélites heterólogos de cacaueiro (Theobroma cacao) que amplificam o DNA do cupuaçuzeiro. Para a caracterização fenotípica foram empregadas 14 variáveis relacionadas à produção de frutos. A matriz de dissimilaridade conjunta foi obtida por meio da soma das matrizes de dissimilaridade fenotípica e molecular. A compatibilidade intra e inter-clonal foi estimada através de cruzamentos controlados. Houve uma baixa correlação entre as matrizes de dissimilaridade com base nos dados moleculares e agronômicos. Quanto à compatibilidade, todos os clones foram auto-incompatíveis, contudo, compatíveis entre si, com diferentes taxas. O índice de compatibilidade foi fortemente influenciado pelo grau de relacionamento dos clones. Foi possível identificar e selecionar os conjuntos de clones de cupuaçuzeiro mais promissores para ser usados em melhoramento genético, apesar da ocorrência de relação genética entre eles.

Gene flow is important for the conservation of genetic resources to allow connectivity of geographically isolated populations and which genetic variability is reduced. Gene movement is a function of flow rate and model. Understanding how gene flow occurs can contribute to the conservation and selection of priority populations that could benefit from an eventual intervention. Simulation softwares allow making inferences about past events based on current datasets or predict future phenomena under real genetic scenarios. Adverse phenomena can be predicted and actions can be taken to avoid them. The aim of this study was to identify a model and the gene flow rates that could explain genetic structure of eight forest fragments of Cabralea canjerana in development in the Brazilian Atlantic Rainforest. To do this, simulations were performed with the EASYPOP software using a microsatellite marker dataset obtained for the species by Melo and collaborators, in 2012, 2014 and 2016. We tested five models and nine migration rates and we selected the model that produced values closer to those previously obtained for them. Criteria used for selection were the observed and expected heterozygosity and the Wright’s F Statistics obtained in the simulations. The gene flow model selected was the isolation by distance model that used a rate of 0.1. We observed high levels of genetic differentiation among the fragments as result of their reproductive isolation. To allow homogenization of the allelic frequencies through gene flow, the solution would be to create ecological corridors with the aim of connecting distant fragments. RESUMO: O fluxo gênico, cuja efetividade é função do modelo e da taxa, assume especial importância na conservação de recursos genéticos por permitir a conectividade de populações isoladas geograficamente, sujeitas à redução da variabilidade genética. O entendimento de como o fluxo gênico ocorre pode contribuir no planejamento de ações para a conservação e na seleção de populações prioritárias para uma eventual intervenção. Programas de simulação permitem inferir sobre eventos passados, a partir de dados atuais ou prever fenômenos futuros sob cenários genéticos reais. Fenômenos adversos podem ser previstos e medidas podem ser tomadas para contorná-los. O objetivo deste estudo foi identificar o modelo e a taxa de fluxo gênico que melhor explicam a estrutura genética de oito fragmentos da espécie arbórea florestal Cabralea canjerana, em desenvolvimento na região brasileira do bioma Mata Atlântica. Foram realizadas simulações com o programa EASYPOP usando dados de marcadores microssatélites obtidos por Melo e colaboradores, em 2012, 2014 e 2016, sendo testados cinco modelos e nove taxas de migração, selecionando-se o modelo que apresentou os valores mais próximos daqueles que foram publicados. Os critérios usados para a seleção do modelo foram a heterozigosidade observada e esperada e as estatísticas F de Wright obtidas nas simulações. O modelo de fluxo gênico entre os fragmentos foi o de isolamento por distância a uma taxa de 0.1. Foram observados elevados índices de diferenciação genética entre os fragmentos em decorrência do seu isolamento reprodutivo. Desse modo, sugere-se a construção de corredores ecológicos com vistas a conectar fragmentos distantes e, desta forma, permitir a homogeneização das frequências alélicas por meio do fluxo gênico.

In Brazil, cultivars are registered by National Register of Cultivars (RNC), which besides enabling commercialization of cultivar propagative material, also guarantees the producers genetic purity and identity of propagules. However, it is possible that the information about registration and commercialization of some cultivars is inaccurate. This study aims to analyze the use of microsatellite markers to detect inconsistencies in data of Capsicum spp. cultivars obtained from the official database (CultivarWeb). Seven cultivars were evaluated, three of them were through genetic identity analysis (Amarela Comprida, De Cayenne and Cayenne Long Slin) and the others were used as standard for the species C. annuum, C. frutescens and C. chinense. Thirty-three microsatellite loci were polymorphic and presented 76 alleles (an average of 2.3 alleles/locus). Fixation Index (F) showed high homozygosis and estimators of genetic diversity (Ho and I) presented low genetic diversity among cultivars. The molecular analysis, represented in a dendrogram and in Principal Coordinate Analysis Chart (PCOA), showed that the investigated cultivars belong to C. annuum, contrary to what is registered in CultivarWeb, which indicates that such cultivars belong to the species C. frutescens. Thus, the authors recommend that the data in the CultivarWeb should be checked and enhanced. RESUMO No Brasil, o registro de cultivares é feito com cadastramento no Registro Nacional de Cultivares (RNC), o qual, além de habilitar a comercialização do material propagativo da cultivar, garante ao produtor pureza e identidade genética dos propágulos. Mas, é possível que as informações fornecidas para o registro e comercialização das cultivares estejam imprecisas. Este trabalho relata o uso de marcadores microssatélites na detecção de inconsistências nos dados de cultivares de Capsicum spp. no banco de dados oficial (CultivarWeb). Sete cultivares foram avaliadas, sendo três em análise de identidade genética (Amarela Comprida, De Cayenne e Cayenne Long Slin) e as demais foram referência para as espécies C. annuum, C. frutescens e C. chinense. Trinta e três locos microssatélites foram polimórficos e apresentaram 76 alelos (média de 2,3 alelos/loco). O Índice de Fixação (F) apontou alta homozigose e os estimadores de diversidade genética (Ho e I) revelaram baixa diversidade genética entre as cultivares. A análise molecular, representada no dendrograma e no gráfico da Análise de Coordenadas Principais (PCOA), mostrou que as cultivares investigadas são da espécie C. annuum, ao contrário do que consta registrado no CultivarWeb, que informa a espécie das referidas cultivares como C. frutescens. Recomenda-se, portanto, que a checagem dos dados inseridos no CultivarWeb seja aprimorada.

Submitted by Renato Maldigamm Scorsolini Marchini (renato.scorsolini@hotmail.com) on 2019-08-11T20:07:47Z No. of bitstreams: 1 Dissertaçao ultima versao (2).pdf: 3084142 bytes, checksum: 36e3337ec463d4d387fc620d496ed6c8 (MD5) Approved for entry into archive by Tatiana Camila Gricio (tatiana.gricio@unesp.br) on 2019-08-12T13:13:35Z (GMT) No. of bitstreams: 1 marchini_rms_me_jabo.pdf: 3084142 bytes, checksum: 36e3337ec463d4d387fc620d496ed6c8 (MD5) Made available in DSpace on 2019-08-12T13:13:35Z (GMT). No. of bitstreams: 1 marchini_rms_me_jabo.pdf: 3084142 bytes, checksum: 36e3337ec463d4d387fc620d496ed6c8 (MD5) Previous issue date: 2019-06-14 Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) No cenário atual, é crescente a busca por novas fontes de energia renovável, sendo a cana-de-açúcar uma das culturas de destaque, não apenas pela produção de açúcar e etanol como também pela co-geração de energia elétrica. Esforços no sentido de utilizar a cana integralmente vêm sendo realizados nos últimos anos pelos Programas de Melhoramento Genético de Cana-de-Açúcar no Brasil, que têm focado no desenvolvimento das chamadas “cana-energia”, as quais apresentam maior quantidade de fibra que as cultivares convencionais. Tanto para a geração de novas cultivares convencionais, como de cana-energia, é necessário que haja conhecimento da variabilidade genética e fenotípica em um banco de germoplasma para uma maior eficiência no uso dos recursos genéticos disponíveis. O Programa de Melhoramento Genético de Cana-de-Açúcar do Instituto Agronômico (IAC) importou diversos acessos do Complexo Saccharum, principalmente acessos de S. spontaneum para compor a sua coleção de germoplasma básico. No presente trabalho, pretendeu-se avaliar a diversidade genética, através de 12 pares de primers microssatélites (SSR - Single Sequence Repeats) de um grupo de genótipos compostos por acessos de S. spontaneum, S. officinarum, cultivares de cana-energia e cultivares comerciais. Os resultados mostraram a separação de todos os genótipos em dois grupos principais: Grupo 1 formado por acessos de S. spontaneum e Grupo 2 formado pelo restante dos acessos, com 7,31% (P

Background: Piracanjuba (Brycon orbignyanus) is a fish species highly affected by anthropogenic actions such as overfishing, water pollution, and hydroelectric developments. This species is currently considered in danger of extinction. Objective: To analyze the genetic diversity of a natural population (NP) and two captive broodstocks (SA and SB) of B. orbignyanus. Methods: Samples of caudal fins (NP: 24, SA: 30, and SB: 30) were collected. DNA was extracted and amplified for six RAPD primers and four microsatellite loci. Results: Sixty polymorphic fragments and 17 microsatellite alleles were detected. High intrapopulation heterozygosity (NP: 0.692, SA: 0.724, and SB: 0.686) was observed. Thirty-eight fragments and six alleles were shared among NP, SA, and SB. The FIS and Shannon’s Index of diversity revealed a lack of inbreeding within groups. AMOVA analyses and FST indicated very high (NP vs SA and SB) and small (SA vs SB) genetic differentiation, confirmed by genetic distance and identity, number of migrants and a dendrogram, which revealed the formation of two genetic groups. Conclusions: The two marker types showed similar variability. The groups have adequate genetic variability, with high differentiation between NP and SA–SB, and similarity between broodstocks.Key words: aquaculture, Brycon orbignyanus, genetic conservation, microsatellites, RAPD. ResumenAntecedentes: Piracanjuba (Brycon orbignyanus) es una especie de pez fuertemente impactada por acciones antrópicas como sobrepesca, contaminación del agua y proyectos hidroeléctricos. Esta especie está considerada en peligro de extinción. Objetivo: Analizar la diversidad genética de una población natural (NP) y de dos lotes de reproductores (SA y SB) de B. orbignyanus en cautiverio. Métodos: Se colectaron 84 muestras de aleta caudal (NP: 24, SA: 30 y SB: 30). El ADN fue extraído y amplificado para seis cebadores RAPD y cuatro loci microsatélites. Resultados: Se obtuvieron 60 fragmentos polimórficos y 17 alelos microsatélites. Se observó alta heterocigosidad intra-poblacional (NP: 0,692; SA: 0,724 y SB: 0,686). Treinta y ocho fragmentos y seis alelos fueron compartidos entre NP, SA y SB. Los valores de FIS e índice de Shannon mostraron ausencia de endogamia entre los grupos. Los análisis de ANOVA y FST indicaron alta (NP vs SA y SB) y pequeña (SA vs SB) diferenciación genética; resultados confirmados por la distancia e identidad genética, número de migrantes y dendograma, evidenciando la formación de dos grupos genéticos. Conclusiones: Los grupos poseen adecuada variabilidad genética, con alta diferenciación entre NP vs SA-SB y similitud entre los lotes de reproductores.Palabras clave: acuicultura, Brycon orbignyanus, conservación genética, microsatélites, RAPD. Resumo Antecedentes: Piracanjuba (Brycon orbignyanus) é uma espécie peixe fortemente impactada por ações antrópicas como sobrepesca, poluição e construção de hidrelétricas. Atualmente, essa espécie engloba a lista de peixes que correm perigo de extinção. Objetivo: Analisar a diversidade genética de uma população natural (NP) e de dois estoques de reprodutores em cativeiro (SA e SB) de B. orbignyanus. Métodos: Foram coletadas amostras de nadadeira caudal de 84 indivíduos (NP: 24, SA: 30 e SB: 30). O DNA foi extraido e amplificado para seis primers RAPD e quatro loci microssatélites. Resultados: Foram obtidos 60 fragmentos polimórficos e 17 alelos microssatélites. Foi observada uma alta heterozigosidade intra-populacional (NP: 0,692; SA: 0,724 e SB: 0,686). Trinta e oito fragmentos e seis alelos foram compartilhados entre NP, SA e SB. Os valores de FIS e índice de Shannon demonstraram ausência de endogamia entre os grupos. As análises de AMOVA e FST indicaram alta (NP vs SA e SB) e pequena (SA vs SB) diferenciação genética, resultados confirmados pela distância e identidade genética, número de migrantes e dendrograma, que evidenciaram a formação de dois grupamentos genéticos. Conclusões: Os grupos possuem adequada variabilidade genética, com alta diferenciação entre NP e SA-SB e similaridade entre os estoques de reprodutores.Palabras-chaves: aquicultura, Brycon orbignyanus, conservação genética, microssatélites, RAPD.

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) The cattle egret, Bubulcus ibis (Linnaeus, 1758), is a species of bird with high colonization capacity and invading potential. During the last century, this species has considerably expanded its geographical distribution and the size of its populations. Currently, Bubulcus ibis occurs in much of the African continent, southern Europe and the Americas. The main objective of this work was, based on the distribution of genetic variation, to infer the current pattern of genetic structure and a possible invasion route that explained the process of colonization of Brazil by Bubulcus ibis. To reach it, a draft genome of the species was assembled and new genetic markers, 2,751 SNPs and 22 microsatellites, were prospected. To assess the distribution of genetic variation and connectivity among populations, we estimated: a) indices of genetic diversity and measures of population genetic differentiation, b) migration rates per generation, patterns of population division and historical mix and effective migration surfaces. In addition, it was evaluated whether a geographic and/or adaptive pattern explained the genetic variation distribution, searching for potential SNPs under selection and testing the adequacy of the data to an isolation by distance model. Using information from 2,751 SNPs and eight prospective microsatellite loci, it was determined that, although with similar levels of genetic diversity, there is genetic structuring between the populations of Bubulcus ibis from the native and colonized areas (a more representative genetic cluster for each area). The estimated proportions of genetic ancestry showed a connection between African populations (Guinea-Bissau and Senegal) and the Brazilian northeast (Fernando de Noronha and Pernambuco). This result is supported by the most likely migration route inferred by the patterns of division and historical population mix (from Guinea Bissau to Pernambuco). Also, effective migration modelling detected a resistance to gene flow between Brazilian populations and southern Africa. The absence of potentially selective SNPs and the positive correlation between genetic and geographic distances indicated that the geographic factor is more determinant than the adaptive factor for the genetic structuring found. The most likely route of invasion of Bubulcus ibis is the Northeast of Brazil and not the North of the country (where the first record was made in 1964), with indications that departures in the native area still occur or occurred in the center-west African. A garça-vaqueira, Bubulcus ibis (Linnaeus, 1758), é uma espécie de ave com alta capacidade de colonização e potencial invasor. Durante o último século, a espécie expandiu consideravelmente a sua distribuição geográfica e o tamanho de suas populações. Atualmente, a espécie ocorre em grande parte do continente africano, sul da Europa e nas Américas. O objetivo principal deste trabalho foi, a partir da distribuição da variação genética, inferir o padrão atual de estruturação genética e uma possível rota de invasão que explicasse o processo de colonização do Brasil por Bubulcus ibis. Para alcançá-lo, um rascunho do genoma da espécie foi montado e novos marcadores genéticos, 2.751 SNPs e 22 microssatélites, foram prospectados. Para avaliar a distribuição da variação genética e a conectividade entre as populações estimou-se: a) índices de diversidade genética e medidas de diferenciação genética populacional, b) taxas de migração por geração, padrões de divisão e mistura populacional histórica e superfícies efetivas de migração. Além disso, foi avaliado se um padrão geográfico e/ou adaptativo explicava a distribuição da variação genética, buscando SNPs potencialmente sob seleção e testando a adequação dos dados a um modelo de isolamento por distância. Utilizando a informação de 2.751 SNPs e oito dos loci microssatélites prospectados, determinou-se que, embora com níveis similares de diversidade genética, há estruturação genética entre as populações de Bubulcus ibis oriundas das áreas nativa e colonizada (um agrupamento genético mais representativo para cada área). As proporções de ancestralidade genética estimadas mostraram uma conexão entre populações africanas (Guiné-Bissau e Senegal) e o nordeste brasileiro (Fernando de Noronha e Pernambuco). Esse resultado é suportado pela rota de migração mais provável inferida pelos padrões de divisão e mistura populacional histórica (de Guiné Bissau para o Pernambuco). Ainda, a modelagem de migração efetiva detectou uma resistência ao fluxo gênico entre as populações brasileiras e o Sul da África. A ausência de SNPs potencialmente sob seleção e a correlação positiva entre as distâncias genética e geográfica indicaram que o fator geográfico é mais determinante do que o fator adaptativo para a estruturação genética encontrada. A rota mais provável de invasão de Bubulcus ibis tem como ponto de chegada o Nordeste brasileiro e não o Norte do país (onde o primeiro registro foi feito em 1964), com indícios de que as partidas na área nativa ainda ocorram ou ocorreram no centro-oeste africano. Processo nº 2016/01673-7, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Submitted by Gabriela Lopes (gmachadolopesufpel@gmail.com) on 2019-06-12T16:04:34Z No. of bitstreams: 1 TESE_Elis_Simon Oficial.pdf: 1877366 bytes, checksum: 869080ab18e3f1bcd398c9eaeb66ff8f (MD5) Approved for entry into archive by Aline Batista (alinehb.ufpel@gmail.com) on 2019-06-25T13:07:51Z (GMT) No. of bitstreams: 1 TESE_Elis_Simon Oficial.pdf: 1877366 bytes, checksum: 869080ab18e3f1bcd398c9eaeb66ff8f (MD5) Made available in DSpace on 2019-06-25T13:07:51Z (GMT). No. of bitstreams: 1 TESE_Elis_Simon Oficial.pdf: 1877366 bytes, checksum: 869080ab18e3f1bcd398c9eaeb66ff8f (MD5) Previous issue date: 2019-03-08 Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES Os agricultores do Rio Grande do Sul utilizam genótipos de cana-de-açúcar que foram introduzidos no início do século XVIII, do exterior e de outras regiões do Brasil nas últimas décadas e muitos destes genótipos já apresentam grande adaptação à região de clima temperado. Estes podem ser considerados recursos genéticos, em uso pelos agricultores e que podem e usados em programas de melhoramento genético da cana-de-açúcar, visando o seu desenvolvimento nesta região. Neste sentido, objetivo deste trabalho foi caracterizar a variabilidade genética de uma coleção de genótipos de cana-de-açúcar coletados no Rio Grande do Sul e Santa Catarina. No experimento I foi realizado na Embrapa Clima Temperado, Pelotas, RS no qual foram caracterizados 192 genótipos de cana-de-açúcar com uso de marcadores moleculares do tipo SSR e marcadores fenotípicos de forma separada e conjunta. No experimento II foram avaliados 50 genótipos desta coleção em dois ambientes do município de Pelotas, RS durante as safras 2015/2016 e 2016/2017. As características avaliadas foram: tonelada de colmos por ha-1; tonelada de Brix por ha-1; reação a doenças, maturação e resistência ao frio. No experimento I, os marcadores SSR amplificaram 47 bandas, sendo 96,61 % polimórficas, havendo a formação de 21 grupos distintos. Com a análise conjunta dos marcadores houve a formação de 22 grupos distintos. No experimento II foi observada a interação genótipo X ambiente X ciclo de cultivo. Os genótipos apresentaram maior produtividade no ambiente 2 e no ciclo de cana soca. Em relação ao frio, os genótipos apresentaram dano baixo. Quanto às doenças, os genótipos apresentaram boa e alta resistência à ferrugem marrom e mancha parda, embora existam poucos genótipos suscetíveis. Em relação à maturação, 17 dos genótipos comportaram-se como precoce, 9 como médio e 24 como tardios. Há variabilidade genética na coleção de genótipos de cana-de-açúcar da Embrapa Clima Temperado, a qual é muito importante para uso no melhoramento, uma vez que estes genótipos são cultivados no Rio Grande do Sul e Santa Catarina há muitos anos, apresentado adaptação a este ambiente. Rio Grande do Sul producers use sugarcane genotypes that were introduced in the early eighteenth century which come from abroad and from other regions of Brazil in the last decades. Many of these genotypes already show great adaptation to temperate climate region. These can be considered genetic resources in use by the farmers and that can be used in sugarcane breeding programs, aiming its development in this region. Therefore, the objective of this work was to characterize the genetic variability of a collection of sugarcane genotypes collected in Rio Grande do Sul and Santa Catarina. Experiment I was carried out at Embrapa Clima Temperado, Pelotas, RS, in which 192 sugarcane genotypes were characterized with the use of molecular markers SSR type and phenotypic markers separately and jointly. In experiment II 50 genotypes of this collection were evaluated in two environments localized in Pelotas, RS during the 2015/2016 and 2016/2017 crops. The evaluated characteristics were: tons of sugarcane stalks per hectare; ton of Brix per hectare; reaction to diseases, maturation and cold resistance. In the experiment I, the SSR markers amplified 47 bands, being 96.61% polymorphic, with the formation of 21 different groups. The joint analysis of the markers resulted in the formation of 22 distinct groups. In experiment II the interaction genotype X environment X crop cycle was observed. The genotypes presented higher productivity in environment 2 and in the first ratoon cycle. Concerning cold, the genotypes presented low damage. As for diseases, genotypes showed good to high resistance to brown rust and brown spot, although there are few susceptible genotypes. Regarding maturation, 17 genotypes behaved as early, 9 as medium and 24 as late maturing genotypes. There is genetic variability in the Embrapa Clima Temperado sugarcane collection, which is very important for use in breeding, since these genotypes are cultivated in Rio Grande do Sul and Santa Catarina for many years and are adapted to this environment.

A ordem Gobiiformes, com mais de 2.200 espécies é um dos grupos mais diversificados dentre os teleósteos. Essa alta diversidade é acompanhada por significativa diversificação cariotípica, cujas causas biológicas não são completamente estabelecidas. Dentre seus grupos encontra-se a família Eleotridae, com 23 gêneros e 171 espécies, das quais seis habitam rios próximos à costa e regiões estuarinas em vastas áreas do litoral brasileiro. Com vistas a ampliar os dados citogenéticos para Eleotridae e revisar os padrões de diversificação cariotípica em Gobiiformes, aqui foram analisadas as espécies Dormitator maculatus, Eleotris pisonis, Erotelis smaragdus e Guavina guavina com ocorrência no Atlântico Sul e realizada uma ampla revisão citogenética e associação com os aspectos biológicos e ecológicos da Ordem Gobiiformes. As análises citogenéticas empregaram metodologias convencionais (coloração com Giemsa, impregnação por nitrato de prata, bandamento-C), coloração com fluorocromos base-específicos (MM/DAPI) e mapeamento por hibridação in situ fluorescente com sondas DNAr 18S, 5S e de sequências microssatélites (CA)15. As espécies E. smaragdus e E. pisonis apresentaram 2n=46 cromossomos (NF=46), D. maculatus exibiu um cariótipo estruturalmente diversificado, com 36sm+4st+6a (NF=86), enquanto G. guavina um cariótipo numericamente divergente com 2n=52 (NF=52). As regiões organizadoras nucleolares nas quatro espécies, estão localizadas em diferentes posições de um único par cromossômico, revelando-se em um efetivo marcador citotaxonômico entre as espécies. O mapeamento in situ do DNAr indicou uma significativa variação de arranjos estruturais dos genes 18S e 5S, confirmando a elevada dinâmica evolutiva dos cariótipos dessas espécies. O conjunto de dados citogenéticos confirma 2n=46 cromossomos acrocêntricos, como uma condição simplesiomórfica para Gobiiformes. O variado conjunto de sequências repetitivas nos cromossomos das espécies de Eleotridae, e em Gobiiformes em geral, pode atuar como fator promotor de diversificação cariotípica, associado a características biológicas, como hábitos bentônicos e ovos adesivos bentônicos. Os resultados encontrados contribuem para um melhor conhecimento da evolução cariotípica da família Eleotridae, indicando a participação de variados rearranjos (inversões, fusões e fissões) e amplia as informações citogenéticas para Gobiiformes. Os padrões estruturais heterogêneos dos cromossomos desta Ordem de peixes, aliado aos seus aspectos biológicos que favorecem estruturações populacionais elevando a dinâmica evolutiva dos cromossomos, tornando este grupo um dos modelos mais ilustrativos de megaevolução cariotípica em ambientes marinhos. The Order Gobiiformes, with more than 2200 species is one of the most diversified groups among teleosts. This high diversity of species is accompanied by significant karyotypic diversification, whose the biological causes are not completely established. Among its groups there is the family Eleotridae, with 23 genera and 171 species, of which six inhabits rivers near the coast and estuarine regions in vast areas of the Brazilian coast. In order to extend the cytogenetic data for Eletridae and to review the patterns of karyotype diversification in Gobiiformes, the species Dormitator maculatus, Eleotris pisonis, Erotelis smaragdus and Guavina guavina with occurrence in the South Atlantic were analyzed and a broad review of cytogenetic, biological and ecological aspects of the Order Gobiiformes were performed. The cytogenetic analyses employed conventional techniques (Giemsa staining, silver nitrate impregnation, C-banding), base-specific fluorochromes (MM/DAPI) staining, and fluorescence in situ hybridization with probes of 18S rDNA, 5S rDNA and repeats (CA)15. The species E. smaragdus and E. pisonis presented 2n=46 chromosomes (NF=46). D. maculatus exhibited a structurally diverse karyotype with 36sm+4st+6a (NF=86), while G. guavina had a numerically divergent karyotype with 2n=52, NF=52). The nucleoli organizing regions in the four species are located in different positions of a chromosome, showing its potential to be an efficient cytotaxonomic marker among the species. In situ rDNA mapping indicated a greater variation in the structural arrangements of the 18S and 5S genes, confirming the high evolutionary dynamics of the karyotypes of these species. The cytogenetic data set for the Order Gobiiformes confirms 2n=46 acrocentric chromosomes, as a symplesiomorphic condition for the Order. The varied set of repetitive sequences in the Eleotrid chromosomes, and in Gobiiformes in general, associated to biological biology, such as benthic habits, benthic adhesive eggs can act as trigger for karyotype diversification. The results contributed to a better knowledge on the karyotype evolution in Eleotridae, indicating a variety of rearrangements (inversions, fusions and fissions) and extending the cytogenetic data for Gobiiformes. The heterogeneous structural patterns of the chromosomes of this Order, together with their biological aspects that favor population structure promoting an elevate evolutionary dynamics in their chromosomes, making this group one of the most illustrative models of karyotype megaevolution in marine environments.

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES Considering the state of degradation of native forests, there is a growing concern about protecting the environment and sustainable production, so as not to interfere with the natural occurrence of forest resources and contribute to the recomposition of biodiversity. As a result, studies are needed to better understand the characteristics of native tree species, to obtain good quality seedlings, with conditions to resist adverse conditions, survive and grow at a level compatible with the economically expected. Handroanthus chrysotrichus (Mart. Ex DC.) J. Mattos, popularly known as ipê-amarelo, is a native species belonging to the Bignoniaceae family, which has economic, ecological and ornamental importance due to its characteristics. However, their seeds may lose viability during the storage period. The present work aimed to contribute with information related to vegetative propagation and molecular diversity in H. chrysotrichus. For adventitious rooting by minicutting, minicuttings of 8 cm were used, isolated from buds of ministrains of seminal origin. The root formation was evaluated after minicuttings were immersed in a solution containing 0, 1,000, 2,000 or 4,000 mg L-1 of IBA, after testing different types of substrates, apical and caulinares minicuttings and different seasons of the year in two consecutive years. The productivity of the clonal minijardim was evaluated in two consecutive years. The acclimatization of the seedlings occurred in a greenhouse for 30 days, and later the plants were taken to the field, and an initial evaluation was performed after 30 days. The rhizogenesis in minicuttings was satisfactory with the use of up to 2,000 mg L-1 of IBA, with a period of 60 days sufficient for the formation of roots. Better results were obtained in the presence of vermiculite substrate and with apical minicuttings. Spring and summer were the seasons with the highest percentage of rooting. In the first year of evaluation, the higher productivity of ministrains occurred in the summer while for year 2 was in the spring. After 30 days of acclimatization, 100% of minicuttings survived and after 30 days in field conditions, a 65% survival of the plants was observed. In the analysis of the genetic diversity of the H. chrysotrichus experimental stand, the transferability of four microsatellite loci developed for Tabebuia roseo-alba, in 13 individuals selected as seed door trees was analysed. The results of the present study revealed the existence of genetic variability in the studied population, demonstrating success in the transferability of the selected markers. Considerado o atual estado de degradação das florestas nativas, vem aumentando a preocupação em torno da proteção do meio ambiente e da produção sustentável, de maneira a não interferir na ocorrência natural dos recursos florestais e contribuir para a recomposição da biodiversidade. Em decorrência disso, são necessários estudos que permitam conhecer melhor as características das espécies arbóreas nativas, para obtenção de mudas de boa qualidade, com condições de resistir a condições adversas, sobreviver e crescer em um nível compatível com o economicamente esperado. Handroanthus chrysotrichus (Mart. ex DC.) J. Mattos, conhecida popularmente como ipê-amarelo, é uma espécie nativa pertencente à família Bignoniaceae, que tem importância econômica, ecológica e ornamental pelas características que possui. Entretanto, suas sementes podem perder a viabilidade durante o período de armazenamento. Frente ao exposto, o presente trabalho teve como objetivo contribuir com informações relacionadas à propagação vegetativa e à diversidade molecular em um povoamento florestal especialmente implantado para a produção de sementes de H. chrysotrichus. Para a rizogênese em brotações via miniestaquia, foram utilizadas miniestacas, de 8 cm, isoladas de brotações de minicepas de origem seminal. Foi avaliada a formação de raízes após as miniestacas serem submetidas à imersão em solução contendo 0, 1.000, 2.000 ou 4.000 mg L-1 de AIB, após testar diferentes tipos de substratos, miniestacas apicais e caulinares e diferentes estações do ano, em dois anos consecutivos. A produtividade do minijardim clonal foi avaliada em dois anos consecutivos. A aclimatização das mudas ocorreu em casa de vegetação por 30 dias e, posteriormente as plantas foram levadas a campo, efetuando-se uma avaliação inicial após 30 dias. A rizogênese nas miniestacas foi satisfatória com a utilização de até 2.000 mg L-1 de AIB, sendo suficiente o período de 60 dias para que ocorra a formação de raízes. Melhores resultados foram obtidos na presença do substrato vermiculita e com miniestacas apicais. A primavera e o verão foram as estações com maior porcentagem de enraizamento das brotações. No primeiro ano de avaliação, a maior produtividade das minicepas ocorreu no verão enquanto no ano 2 foi na primavera. Após 30 dias de aclimatização, 100% das miniestacas sobreviveram e, posteriormente, após 30 dias em condições de campo, foi observada uma sobrevivência de 65% das plantas. Na análise da diversidade genética do povoamento experimental de H. chrysotrichus foi analisada a transferibilidade de quatro locos microssatélites, desenvolvidos para Tabebuia roseo-alba, em 13 indivíduos selecionados como árvores porta sementes. Os resultados do presente estudo revelaram a existência de variabilidade genética no povoamento estudado, demonstrando sucesso na transferibilidade dos marcadores selecionados.

Tese de mestrado, Biologia da Conservação, Universidade de Lisboa, Faculdade de Ciências, 2019 Submitted by Teresa Boa (tdboa@fc.ul.pt) on 2020-02-06T14:28:32Z No. of bitstreams: 1 ulfc125749_tm_João_Resende.pdf: 3007305 bytes, checksum: ef09d79e71bf9946b4a777d804c61fae (MD5) Made available in DSpace on 2020-02-06T14:28:44Z (GMT). No. of bitstreams: 1 ulfc125749_tm_João_Resende.pdf: 3007305 bytes, checksum: ef09d79e71bf9946b4a777d804c61fae (MD5) Previous issue date: 2019

Dissertação de mestrado em Ecologia, Habitat destruction and bushmeat hunting are promoting world-wide fragmentation and demographic contractions of primate populations, of which insular populations are thought to be particularly susceptible to extinction because of a presumably reduced genetic diversity and evolutionary potential. The Bijagós archipelago (BA), located off the coast of Guinea-Bissau (GB) in West Africa, sustain high levels of biodiversity of worldwide-recognised importance. The primate species occurring at BA – the Western lesser spot-nosed guenon (Cercopithecus petaurista buettikoferi), mona monkey (Cercopithecus campbelli) and, the green monkey (Chlorocebus sabaeus) – are at the fringe of distribution and may have a high conservation value. Insular populations of C. p. buettikoferi are presumably the last populations in GB but have never been genetically surveyed across different islands. In this work, I aimed at updating the occurrence of the three primates species in BA, investigate their most likely mainland origin and evaluate their extinction vulnerability by estimating genetic diversity, population substructure and demographic history. Non-invasive DNA sampling was conducted in seven islands of BA and five different protected areas in the mainland. Fragments of mitochondrial DNA (cytochrome b gene and, mitochondrial control region) and ten autosomal microsatellite loci were used as genetic markers. C. p. buettikoferi’s and C. campbelli‘s occurrence in sampled islands seems to remain unaltered from the most recent but twenty-years-old surveys carried out in BA. However, Chl. sabaeus seems to be currently absent from Galinha, Canhabaque, Uno, Uracane and Caravela. For the primates occurring at both BA and mainland, insular populations were genetically less diverse, particularly C. campbelli. The surrounding areas of the Geba Channel (Quinara administrative region) were suggested as the probable source of insular populations. The genetic diversity of insular C. p. buettikoferi was not exceedingly low for both genetic markers at sampled islands. The population seems to be strongly structured by island, but evidence for migration between islands and admixture between genetic clusters were found. Naturally occurring gene flow between islands is improbable considering socio-ecological features of the species, and human-induced translocation of individuals may be a more likely explanation. The present work was the most complete genetic assessment of the three guenon species occurring at BA to date. It highlighted the importance of human communities in shaping past and current genetic dynamics of these insular populations by presumably promoting translocations to and within BA while also suggesting that primate populations may be negatively impacted if environmental damaging anthropogenic activities increase in the future., A destruição de habitat e a caça para consumo humano estão a promover, à escala global, a fragmentação e declínios demográficos das populações de primatas. Pensa-se que as populações de insulares são particularmente suscetíveis à extinção devido à ocorrência de níveis de diversidade genética e potencial evolutivo naturalmente baixos. O arquipélago dos Bijagós (AB) localiza-se na costa da Guiné-Bissau (GB), na África Ocidental. As espécies de primatas que ocorrem no AB – o macaco petaurista (Cercopithecus petaurista buettikoferi), o macaco mona (Cercopithecus mona) e o macaco verde (Chlorocebus sabaeus) – encontram-se no limiar da sua distribuição, podendo possuir elevada importância de conservação. As populações insulares de C. p. buettikoferi são presumivelmente as últimas populações da GB, contudo, nunca foram analisadas geneticamente nas diversas ilhas onde ocorrem. Neste trabalho, os meus principais objetivos foram atualizar a ocorrência das três espécies de primatas no AB, investigar a sua origem continental mais provável e avaliar a sua vulnerabilidade à extinção, estimando a sua diversidade genética, subestrutura populacional e história demográfica. Foram obtidas amostras não-invasivas de DNA em sete ilhas do AB e em cinco áreas protegidas no continente. Como marcadores genéticos, foram utilizados fragmentos do DNA mitocondrial (gene citocromo b e da região de controlo mitocondrial) e dez loci de microssatélites autossómicos. A ocorrência de C. p. buettikoferi e de C. campbelli nas ilhas amostradas parece ter permanecido inalterada relativamente aos últimos censos conduzidos no AB que datam de há mais de 20 anos. Contudo, Chl. sabaeus aparenta ter desaparecido das ilhas de Galinha, Canhabaque, Uno, Uracane e Caravela. Nos primatas que ocorrem quer no AB, quer no continente, as populações insulares foram aquelas que continham os níveis mais baixos de diversidade genética, particularmente C. campbelli. As áreas envolventes ao Canal de Geba (região administrativa de Quinara) foram sugeridas como a origem mais provável das populações insulares. As populações insulares de C. p. buettikoferi não se encontravam especialmente depauperadas de diversidade genética em ambos os marcadores utilizados. Esta população aparenta estar fortemente estruturada por ilha, todavia, foram encontrados indícios de migração entre ilhas e mistura entre clusters genéticos. A ocorrência natural de fluxo genético entre ilhas é improvável considerando as características sociobiológicas da espécie. Assim sendo, translocações promovidas por humanos parecem ser uma explicação mais plausível. Até há data, este trabalho constitui o censo genético mais completo das três espécies de primatas que ocorrem no AB. Aqui, destaca-se a ação das comunidades humanas na possível promoção de translocações de primatas para e, entre as ilhas do AB e na consequente modelação das dinâmicas genéticas, passadas e presentes, destas populações insulares. Adicionalmente, sugere-se que as populações de primatas no AB poderão sofrer impactos negativos se a degradação ambiental promovida pelas atividades antropogénicas aumentar no futuro., This project was funded by Fundação para a Ciência e Tecnologia (FCT), Portugal, through the do project: PRIMATOMICS (PTDC/IVC-ANT/3058/2014), The Born Free Foundation, Chester Zoo Conservation Fund, Primate Conservation Incorporated, CAROSI, Cápsulas do Norte, Camarc, JA-Rolhas e Cápsulas.

Made available in DSpace on 2019-05-01T00:48:51Z (GMT). No. of bitstreams: 1 TESEElisSimon.pdf: 1877366 bytes, checksum: 869080ab18e3f1bcd398c9eaeb66ff8f (MD5) Previous issue date: 2019 Tese (Doutorado) - Programa de pós-Graduação em Sistemas de produção Agrícola Familiar. Universidade Federal de Pelotas, Pelotas. Orientador: Sérgio Delmar dos Anjos e Silva; Co-Orientador: Luís Antônio Veríssimo Corrêa.

Dissertação de mestrado integrado em Engenharia Eletrónica Industrial e Computadores, On the aerospace industry, the CubeSat satellites aim to be miniaturized, low-power, inexpensive versions of flagship satellite missions like GRACE (Gravity Recovery and Climate Experiment [1]). GRACE missions have been instrumental in understanding the extent and consequences of the ongoing climatic changes. Nevertheless, for that type of missions to be implemented using CubeSats, geodetic grade level accelerometers with small size and low fabrication costs are required. In the past few years, novel approaches for the realization of high-performance accelerometers have been presented, including some pull-in-based techniques [2]. Reported noise levels as low as 3 μg/√𝐻𝑧, during open-loop operation have been achieved, far from the required levels for geodetic grade level accelerometers (, Na indústria aeroespacial, os satélites CubeSat pretendem ser versões miniaturizadas, de baixo consumo e custo, de missões satélites como a GRACE (Gravity Recovery e Climate Experiment [1]). As missões GRACE foram fundamentais para entender a extensão e as consequências das mudanças climáticas. No entanto, para que este tipo de missões possam ser implementadas usando CubeSats, são necessários acelerómetros de grau geodésico, de pequenas dimensões e baixo custo de fabricação. Nos últimos anos, foram apresentadas novas abordagens para a realização de acelerómetros de alto desempenho, incluindo algumas técnicas baseadas no efeito de pull-in [2]. Encontram-se reportados níveis de ruído perto dos 3 μg/√𝐻𝑧 durante operação em malha aberta, longe dos níveis requeridos para acelerómetros de performance geodésica (

Resumo O objetivo deste trabalho foi caracterizar geneticamente e avaliar a estrutura populacional de galinhas crioulas Canela-Preta de três plantéis pertencentes aos municípios de Teresina, Oeiras e Queimada Nova, no Estado do Piauí. Utilizaram-se 12 marcadores microssatélites e amostras de DNA de 118 galinhas. Após a extração do DNA, os marcadores microssatélites foram amplificados por meio da técnica de reação em cadeia da polimerase (PCR). Efetuaram-se análises estatísticas da estimativa de heterozigosidades observada e esperada, análise de variância molecular, análise de componentes principais, estatística F de Wright e análise de estrutura populacional com base em análise bayesiana. As análises de diferenciação genética (Amova) sugerem baixa diferenciação entre os núcleos avaliados, o que indica se tratar geneticamente de um único grupo. Os resultados da estatística F indicaram tendência de endogamia dos plantéis estudados. O gráfico de dispersão e análise bayesiana, usado para mostrar a estrutura das aves Canela-Preta, sugeriu a existência de quatro grupos genéticos e revela que há fluxo gênico entre os plantéis analisados. Os marcadores moleculares microssatélites avaliados apresentam-se polimórficos, o que mostra alta variação nas amostras e revela sua eficiência no estudo de caracterização. Os resultados são indicativos de que as galinhas Canela-Preta estão geneticamente estruturadas. Abstract The objective of this work was to genetically characterize and evaluate the population structure of Canela-Preta creole chicken of three breeding stocks belonging to the municipalities of Teresina, Oeiras and Queimada Nova, in the state of Piauí, Brazil. Twelve microsatellite markers and DNA samples from 118 chickens were used. After DNA extraction, the microsatellite markers were amplified by polymerase chain reaction (PCR). Statistical analyses of the observed and expected heterozygosity estimates, analysis of molecular variance, principal components analysis, Wright's F-statistics, and analysis of population structure based on Bayesian analysis were performed. The analyses of genetic differentiation (using Amova) suggested low differentiation between the evaluated nucleuses, indicating this group as genetically unique. The results of the F-statistics indicated endogamy trend of the breeding stocks studied. Scatter plot and Bayesian analysis, used to show the structure of Canela-Preta birds, suggested the existence of four genetic groups and revealed that there is gene flow between the breeding stocks analysed. The evaluated microsatellite molecular markers showed to be polymorphic, which shows high variation in the samples and reveals their effectiveness in the study of characterization. The results indicate that Canela-Preta chickens are genetically structured.

As vinhas antigas dos Acores sao constituidas essencialmente por 3 castas: ‘Verdelho’, ‘Arinto dos Acores’ e ‘Terrantez do Pico’. Estas castas apresentam grande singularidade no contexto viticola nacional, nao sendo conhecida a sua presenca em vinhas antigas do territorio continental portugues. Apesar de ao longo do tempo varias hipoteses terem sido colocadas quanto a origem destas castas, esta continua insuficientemente clarificada. No presente trabalho propoe-se que a hibridacao de castas nas vinhas acorianas esteja na origem das castas ‘Terrantez do Pico’ e ‘Arinto dos Acores’, com o ‘Bastardo’ como provavel progenitor da primeira e o ‘Verdelho’ como possivel progenitor de ambas. Discute-se ainda a origem da casta ‘Verdelho’ e a sua ligacao com diversas castas do Noroeste da Peninsula Iberica.

O objetivo deste estudo foi avaliar o sistema de fecundação e a distribuição da variabilidade molecular entre e dentro de três grupos de progênies de polinização aberta de Euterpe oleracea, além de realizar um teste de paternidade para identificação dos genitores masculinos e promover a certificação genética das plântulas bífolioladas. Para tal, foram utilizados seis loci microssatélites em 306 amostras. Os grupos de progênies são resultado de um sistema misto de fecundação, com ausência de cruzamentos entre aparentados, sendo alógamos (tm e ts = 1,0), com correlação de autofecundação (rt) igual a 0,110. Foram constatados diferentes graus de parentescos (rp), entre 15,5 a 26,1% de irmãos completos. A paternidade foi atribuída para 51% e 24% das amostras, com 80 e 95% de confiança respectivamente. Foram identificados 22 doadores de pólen e uma autofecundação, verificou-se que o morfotipo bífoliolado não é garantia de cruzamento intraespecifico, já que quatro progênies foram identificadas como híbridos interespecíficos. Foram detectados em média 7 a 12,3 alelos por locus e uma heterozigosidade média observada entre 0,382 a 0,898 e a esperada entre 0,354 a 0,693. O índice de fixação foi entre -0,053 a -0,319. A variação entre os grupos foi de 5%, sendo 95% dentro deles. Os resultados indicam boas perspectivas para realização de trabalhos futuros relacionados à predição de ganhos genéticos a partir da seleção entre e dentro dos grupos de progênies., The objectives of this study were to analyze the mating system and the distribution of molecular variability among and within three groups of open pollinated progenies of Euterpe oleracea, in addition to performing a paternity test to identify the male parents and to further the genetic certification of the bifoliolate seedlings. With this purpose, we applied six microsatellite loci markers to 306 samples. The progeny groups are the result of a mixed breeding system, with no crosses between relatives, with allogamy (tm and ts = 1), and self-fertilization correlation (rt) of 0.110. Different degrees of kinship were found (rp), with complete siblings between 15.5 a 26,1%. Paternity was assigned to 51% and 24% of the samples with 80 % and 95% confidence, respectively. Twenty-two pollen donors and one self-fertilization were identified. We also found that the bifoliolate morphotype does not assure the occurrence of intraspecific crosses, since four progenies were identified as interspecific hybrids. A mean from 7 a 12.3 to alleles per locus was detected. The average heterozygosity was observed between 0.382 and 0.898 and the expected heterozygosity between 0.354 and 0.693. The fixation index was estimated between -0.053 and - 0.319. The variation between groups was 5% and within groups was 95%. The results indicate good prospects for future work related to the prediction of genetic gains from the selection among and within the progeny groups., Facultad de Ciencias Agrarias y Forestales

Passeriformes é a maior ordem da classe Aves, possuindo uma enorme diversidade com mais de 5000 espécies. Dentro desta ordem está presente a família Hirundinidae, da qual as andorinhas pertencem, aves cosmopolitas que possuem características morfológicas substancialmente homogêneas. Apesar da riqueza de espécies da família Hirudinidae, pouco se sabe sobre a organização genômica de seus membros. Assim, o objetivo deste estudo foi analisar o complemento cromossômico das espécies - Progne tapera, Progne chalybea e Pygochelidon cyanoleuca. As análises foram realizadas através de coloração com Giemsa, bandeamento C, Ag-NOR, Hibridização in situ fluorescente (FISH) com onze sequências de microssatélites e dois conjuntos de sondas de cromossomos inteiros (Gallus gallus e Zenaida auriculata). As três espécies analisadas apresentaram 76 cromossomos com morfologias muito semelhantes, apresentando diferenças apenas entre 5º, 6º e 7º pares de cromossomos da espécie P. cyanoleuca. Foram identificados dois pares cromossômicos portadores de regiões organizadoras de nucléolo (NORs), o que caracteriza uma condição apomórfica para essas espécies. O padrão de bandeamento C foi o mesmo encontrado na maioria das aves, áreas de heterocromatina distribuídas principalmente nas regiões centroméricas e no cromossomo W. A organização dos microssatélites foi semelhante nas duas espécies de Progne, no entanto P. cyanoleuca apresentou um padrão distinto. Com exceção de (CG)15, todos os outros 10 microssatélites produziram sinais de hibridização. As sequências de DNA repetitivo foram encontradas nas regiões centroméricas, pericentroméricas e teloméricas dos macrocromossomos, contendo e dois blocos intersticiais no cromossomo W. A maioria dos microcromossomos apresentaram sinais teloméricos. O cromossomo Z apresentou um sinal de hibridização em P. tapera e nenhum nas demais espécies. Em contraste, o cromossomo W exibiu acumulações de distintas sequências de microssatélites. O cromossomo W das andorinhas possui um tamanho elevado quando comparado à maioria dos Passeriformes. Quantidades tão significativas de sequências repetitivas podem explicar o aumento do tamanho dos cromossomos observados. Em suma, esses dados indicam o importante papel que sequências de microssatélites podem desempenhar na diferenciação de cromossomos sexuais. Em relação à pintura cromossômica comparativa, observou-se um mesmo padrão de hibridização para as duas espécies de Progne, das quais demonstraram-se muito semelhantes ao cariótipo de G. gallus, exceto pela fissão cêntrica no primeiro par, como observada em outros Passeriformes. Embora P. cyanoleuca tenha demonstrado a mesma fissão no primeiro par do ancestral (GGA1), a mesma também apresenta uma fusão de um microcromossomo no sétimo par, evidenciando um rearranjo cromossômico extra para esta espécie. A partir das análises sobre a organização cromossômica de P. tapera, P. chalybea e P. cyanoleuca foi possível observar algumas das mudanças cromossômicas que ocorreram durante a evolução cariotípica dessas espécies, das quais evidenciaram a proximidade entre as espécies P. tapera e P. chalybea. Passeriformes is the largest order among the class Aves, comprising a huge diversity with more than 5000 species. Within this order is present the Hirundinidae family, of which the swallows belong, cosmopolitan birds that have substantially homogenous morphological characteristics. Despite the richness of species of Hirudinidae family, little is known about the genome organization of their members. Hence, the aim of this study was to analyze the chromosomal complement of species - Progne tapera, Progne chalybea and Pygochelidon cyanoleuca. The analyses were performed using Giemsa staining, C-banding, Ag-NOR, Fluorescent in situ hybridization (FISH) of eleven microsatellite sequences and two sets of probes (Gallus gallus e Zenaida auriculata). The three species analyzed showed 76 chromosomes with very similar morphologies, presenting differences only in the 5th, 6th and 7th chromosome pairs of P. cyanoleuca. Two chromosomal pairs bearing nucleolar organizer regions (NORs) were identified, showing an apomorphic condition for these species. The pattern of C-banding was the same found in most birds, areas of heterochromatin distributed mainly in the centromeric regions and W chromosome. Microsatellite sequences organization was similar in both species of Progne, while P. cyanoleuca presented a distinct pattern. Except for (CG) 15, all other 10 sequences produced hybridization signals. Repetitive DNA sequences were found in centromeric, pericentromeric, telomeric regions of the macrochromosomes and two interstitial blocks on the W chromosome. Most of the microchromosomes presented telomeric signals. The Z chromosome presented one hybridization signal in P. tapera and none in the other species. In contrast, W chromosome displayed the accumulation of distinct microsatellite sequences. The swallow W chromosome is larger when compared to most Passeriformes. Such high amounts of repetitive sequences may explain the observed chromosome size enlargement. In sum, these data indicate the significant role that microsatellite sequences may play in sex chromosome differentiation. Concerning comparative chromosome painting, it was observed the same hybridization pattern for the two Progne species, which was very similar to the G. gallus karyotype, except for the centric fission in the first pair, as found in other Passeriformes. Although P. cyanoleuca had demonstrated the same fission in the first pair of the ancestral syntenic (GGA1), it also contains a fusion with a microchromosome in the seventh pair, evidencing an extra chromosomal rearrangement for this species. From the analysis on the chromosomal organization of P. tapera, P. chalybea and P. cyanoleuca, it was possible to observe some of the chromosomal changes that occurred during the karyotype evolution of these species, which showed the proximity between the species P. tapera and P. chalybea.

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) Orchid bees (Apidae, Euglossini) are important Neotropical pollinators. Two main features characterize these species: the tongue, which reaches at least half the body length, enabling the search for food resources in general, and the habit on the part of males of collecting aromatic compounds from various plant sources, which is a behavior that is unclearly associated with reproduction. Euglossa cordata is commonly found in cities and has primitive social behavior. Its nests are generally small and often reactivated in relationships between mothers and daughters, sisters or even unrelated females. Although Eg. cordata has been widely studied with regard to ecological and sociogenetic aspects, few studies have investigated how its occupation of the different environments occurs or its patterns of distribution over larger areas, especially with the use of more than one type of molecular marker. The 229 specimens analyzed were from 13 different Brazilian states distributed among the five major geographical regions (central, northeastern, northern, southeastern and southern Brazil). Genetic analysis were performed to verify the suggested sex-biased dispersal pattern, as well as determine population structuring and genetic diversity through the analysis of the mitochondrial 16S gene fragment and 15 microsatellite loci. The 20 characterized haplotypes showed considerable haplotype diversity and low nucleotide diversity. The results of the mitochondrial marker analysis also indicate certain genetic heterogeneity among populations, whereas the microsatellite loci indicate greater homogeneity among populations, which is explained by the relationship between dispersal and occupation of the environments by each of the sexes. The occurrence of gene flow, the presumed high number of individuals, the absence of diploid males and the great allelic diversity found suggest a health population. In addition, this work recovered a discussion about the difficulty of amplification of the mitochondrial genes COI and CytB for this species. The data also point to the existence of distinct population groups associated with the coastal and inland regions of the country, suggesting two dispersal routes, which underscores the need for further studies on the species, involving, for example, phylogeographic analysis. As “Abelhas das Orquídeas” (Apidae, Euglossini) são importantes polinizadoras neotropicais, denominação justificada, entre outras coisas, por duas características de suas espécies: a glossa, que ultrapassa ao menos metade do tamanho corpóreo, permitindo a busca de recursos alimentares de forma generalista, e o hábito de coleta de compostos aromáticos em variadas fontes vegetais realizado pelos machos e associado, de forma não totalmente esclarecida, à reprodução. Euglossa cordata é uma espécie muito comum em cidades, que apresenta comportamento primitivamente social e cujos ninhos, em geral pequenos, são frequentemente reativados em relações entre mães e filhas, irmãs ou, ainda, fêmeas não aparentadas. Embora muito estudada em seus aspectos ecológicos e sociogenéticos, poucos são os trabalhos que investigam a forma como se deu a ocupação dos ambientes tão diversos em que se encontra, bem como os padrões observados de distribuição ao longo de áreas mais extensas, especialmente com a utilização de mais de um tipo de marcador molecular. Os 229 espécimes analisados nesse trabalho foram oriundos de 13 estados brasileiros distribuídos em cinco regiões geográficas (Centro Oeste, Nordeste, Norte, Sudeste e Sul), e as análises genéticas foram realizadas a fim de verificar o sugerido padrão de dispersão sexo-assimétrico, examinar sua estrutura populacional e sua diversidade genética, a partir da utilização de fragmento do gene mitocondrial 16S e de 15 locos microssatélites. Os 20 haplótipos caracterizados mostraram considerável diversidade haplotípica e baixa diversidade nucleotídica. Além disso, os resultados obtidos com o marcador mitocondrial assinalam certa heterogeneidade genética entre as populações, ao passo que os locos microssatélites indicam maior homogeneidade entre as mesmas, padrão explicado pela relação entre dispersão e ocupação dos ambientes por cada um dos sexos. A ocorrência de fluxo gênico, o presumível elevado número de indivíduos, a ausência de machos diplóides e a grande diversidade alélica encontrados sugerem boa saúde populacional. O trabalho também recuperou uma discussão sobre a dificuldade de utilização dos genes mitocondriais COI e CytB para essa espécie. Os dados apontam, ainda, para a existência de grupos populacionais distintos associados às regiões litorâneas e do interior do país, sugerindo duas rotas de dispersão, o que ressalta a necessidade da continuação dos estudos com a espécie, abordando, por exemplo, análises filogeográficas. CAPES: Código de Financiamento 001

RESUMO A cultura do tabaco tem enfrentado crescentes problemas com doenças nas lavouras do sul do Brasil nos últimos anos. Dentre elas, o mofo branco, causada por Sclerotinia sclerotiorum, tem se destacado. O perfil genético do patógeno ou de seus níveis de agressividade, assim como de resistência em genótipos de tabaco, são ainda escassos. Assim, avaliou-se o perfil genético de 33 isolados de S. sclerotiorum de diferentes municípios dos estados do Rio Grande do Sul, Santa Catarina, Paraná e São Paulo, e da agressividade de 10 isolados em cinco genótipos de tabaco. A agressividade foi testada em casa de vegetação, inoculando-se micélio do fungo em hastes de plantas de tabaco mediante perfuração com palito de dente estéril. O perfil genético dos 33 isolados foi avaliado pela técnica de microssatélites. Isolados do fungo e genótipos de tabaco apresentaram diferentes perfis de agressividade e resistência, respectivamente. Foram detectados 114 alelos com média de 11 alelos por locus e clones não foram observados. Alguns marcadores apresentaram alelo nulo em alguns genótipos, em especial o marcador 99, o qual foi nulo em 14 isolados. Alelos exclusivos foram observados para 61% dos isolados. A análise da informação do conteúdo de polimorfismo (PIC) foi altamente informativa para todos os marcadores. Os isolados provenientes de diferentes Estados do Sul do Brasil não formaram grupos distintos, indicando que o local não foi um fator determinante da variabilidade. A análise de Cluster indicou que as populações menores, originárias do Paraná e Rio Grande do Sul não diferem geneticamente da população maior de Santa Catarina. ABSTRACT Tobacco has faced rising problems due to diseases in Southern Brazil in recent years. Among the main diseases, the white mold caused by Sclerotinia sclerotiorum has significant impact. Information about the genetic profile of the pathogen, its level of aggressiveness, as well as the resistance of tobacco genotypes is still scarce. Therefore, in this study, we evaluated the genetic profile of 33 isolates of S. sclerotiorum from different places in the states of Rio Grande do Sul, Santa Catarina, Paraná and São Paulo, and the aggressiveness of 10 isolates in five tobacco genotypes. Aggressiveness was tested by inoculating fungus celium on stalks of tobacco plants in a greenhouse. The genetic profile of the 33 isolates was assessed by microsatellite technique. Fungus isolates and tobacco genotypes showed different profiles of aggressiveness and resistance, respectively. A total of 114 alleles were detected with an average of 11 alleles per locus and no clones were observed. Some markers showed null allele in some genotypes, particularly marker 99, which was null in 14 isolates. Unique alleles were found for 61% of the isolates. The analysis of polymorphism information content (PIC) was highly informative for all markers. Isolates from different States of Southern Brazil did not form distinct groups, indicating that the origin site was not a determining factor of variability. The Cluster analysis indicated that smaller populations from Paraná and Rio Grande do Sul do not differ genetically from the larger population from Santa Catarina.

Submitted by Felipe Aoki Goncalves (felipe.aoki.goncalves@gmail.com) on 2018-07-21T23:15:39Z No. of bitstreams: 1 Dissertacao_FelipeAokiGoncalves.pdf: 4019040 bytes, checksum: f74776a8e1e4eb45c987837446b58d50 (MD5) Rejected by Adriana Aparecida Puerta null (dripuerta@rc.unesp.br), reason: Prezado Felipe, O documento enviado para a coleção Campus Unesp Rio Claro foi recusado pelo(s) seguinte(s) motivo(s): - As datas da capa e da página de rosto estão diferentes (uma está fevereiro e outra abril/2018) - Na capa, excluir o texto "Dissertação apresentada..." - Na página de rosto falta o cabeçalho da universidade - No Resumo e no Abstract faltam as palavras-chave e Keywords. Em caso de dúvidas entre em contato pelo email repositoriounesp@reitoria.unesp.br. Agradecemos a compreensão e aguardamos o envio do novo arquivo. Atenciosamente, Biblioteca Campus Rio Claro Repositório Institucional UNESP https://repositorio.unesp.br on 2018-07-23T13:48:49Z (GMT) Submitted by Felipe Aoki Goncalves (felipe.aoki.goncalves@gmail.com) on 2018-07-27T00:34:47Z No. of bitstreams: 1 Dissertacao_final.pdf: 4850341 bytes, checksum: d57d8babaceaadcbca57c2bb4fd7152e (MD5) Rejected by Adriana Aparecida Puerta null (dripuerta@rc.unesp.br), reason: Prezado Felipe, O documento enviado para a coleção Campus Unesp Rio Claro foi recusado pelo(s) seguinte(s) motivo(s): - Erro de grafia/digitação no título da capa e na página de rosto. O termo "Tillandsia aeranthos (Lois.)" está sem a letra D. Observe que o arquivo digital deve estar idêntico ao trabalho impresso. Agradecemos a compreensão e aguardamos o envio do novo arquivo. Atenciosamente, Biblioteca Campus Rio Claro Repositório Institucional UNESP https://repositorio.unesp.br on 2018-07-27T16:27:13Z (GMT) Submitted by Felipe Aoki Goncalves (felipe.aoki.goncalves@gmail.com) on 2018-07-28T08:53:03Z No. of bitstreams: 1 Dissertacao_final.pdf: 4851233 bytes, checksum: 00282da22e9621485fa889dc2eeab49a (MD5) Approved for entry into archive by Ana Paula Santulo Custódio de Medeiros null (asantulo@rc.unesp.br) on 2018-07-30T12:01:24Z (GMT) No. of bitstreams: 1 gonçalves_fa_me_rcla.pdf: 4841253 bytes, checksum: 6c28e380988306df3a38620b31ae18da (MD5) Made available in DSpace on 2018-07-30T12:01:24Z (GMT). No. of bitstreams: 1 gonçalves_fa_me_rcla.pdf: 4841253 bytes, checksum: 6c28e380988306df3a38620b31ae18da (MD5) Previous issue date: 2018-05-17 Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) O continente sul-americano é o mais biodiverso da Terra, sendo palco da interação de complexos processos climáticos e geológicos que moldaram sua biota de forma muito heterogênea. Um crescente numero de estudos estudos de filogeografia de especies Sul Americanos tem auxiliado no entendimento das respostas evolutivas envolvidas em tal diversificação. A família Bromeliaceae é caracterizada por extensa radiação adaptativa, apresenta heterogeneidade de estratégias reprodutivas e padrões distintos de fluxo gênico e estrutura genética. Tillandsia aeranthos (Lois.) L.B. Smith é uma bromeliácea epífita que habita matas ciliares por toda região dos Pampas. Sua ocorrência em densas populações ao longo de ambientes geograficamente distintos a torna um bom modelo para a estudos sobre a influência de fatores geoclimáticos e ecológicos no padrão de distribuição da variabilidade genética e decorrentes processos de especiação ou manutenção da integridade da espécie. Esta dissertação foi dividida em dois manuscritos a fim de fornecer dados e análises úteis para a compreensão da evolução desta espécie neotropical. No Capítulo 1 foi realizada a amplificação heteróloga em Tillandsia aeranthos e Tillandsia recurvata de marcadores microssatélites nucleares previamente desenvolvidos para outras espécies de Bromeliaceae. Conjuntos de sete e seis marcadores apresentaram índices satisfatórios de polimorfismos em T. aeranthos e T. recurvata, respectivamente. A análise dos dados em duas populações de 20 indivíduos de cada espécie apresentou resultados compatíveis com sistemas reprodutivos distintos de cada espécie: fecundação cruzada predominante em T. aeranthos e auto-fecundação predominante em T. recurvata. No Capítulo 2 investigamos os padrões de variabilidade e estrutura genética e sistema reprodutivo de Tillandsia aeranthos ao longo da distribuição geográfica da espécie. Um total de 203 indivíduos de 13 localidades foi analisado a partir de sete marcadores microssatélites nucleares; 12 indivíduos tiveram 13 regiões universais plastidiais sequenciadas; e 74 indivíduos com 543 flores foram submetidos a experimentos de polinização manual. Os dados de microssatélites nucleares apontam altos níveis de diversidade genética em T. aeranthos (HE=0,806; HO=0,745) apesar de todas as regiões plastidiais sequenciadas terem sido monomórficas, sem diferenciação haplotípica. Foi observada também baixa diferenciação populacional (FST=0,031) sem correlação significativa entre as distâncias genéticas e geográficas das populações (isolamento-por-distância). Sinais moderados de eventos recentes de gargalo genético foram detectados em somente quatro das 13 populações, indicando que a maior parte das populações apresentou estabilidade demográfica durante o último máximo glacial. Os experimentos de manipulação polínica evidenciaram auto-incompatibilidade total em T. aeranthos. Em conclusão, os resultados demonstram altos níveis de diversidade genética e estabilidade demográfica na espécie, com fluxo gênico ocorrendo sem barreiras geográficas evidentes dentro da área de ocorrência de Tillandsia aeranthos. South America is the most biodiverse subcontinent of the planet, bearing interactions between complex geoclimatic processes that heterogeneously molded its biota. An increasing number of Phylographic studies in South American species have helped us to understand the evolutionary responses that gradually formed such great biodiversity. Bromeliaceae is a family of herbaceous plants characterized by extreme adaptive radiation, its species present a wide range of reproductive strategies and distinct patterns of gene flow and genetic structure. Tillandsia aeranhos (Lois.) L.B. Smith is an epiphyte that inhabits mainly riparian forests of the Pampas biome. It occurs in dense populations across distinct habitats and topographic profiles, which makes it a good model species in studies about the influence of geo-climatic and ecologic factors over patterns of genetic variability and structure, as well as subsequent evolutionary processes of speciation or species cohesion maintenance. This dissertation presents two manuscripts aiming to provide data and analysis that will allow a better comprehension of T. aeranthos evolutionary history. In Chapter 1, we performed cross-amplifications of several nuclear microsatellite loci developed for other bromeliad species in Tillandsia aeranthos and T. recurvata. Sets of seven and six markers amplified satisfactorily and were polymorphic in T. aeanthos an T. recurvata respectively. The following analysis were carried in two populations of 20 individuals for each species and results were in accordance to opposite breeding sytems of each species: predominant cross-pollination in T. aeranthos and predominant self-pollination in T. recurvata. In Chapter 2, we investigated patterns of genetic diversity, phylogeographic structure and breeding system in T. aeranthos across most of its geographic distribution. Altogether, 203 individuals were analyzed from seven microsatellite markers; 12 individuals were analyzed from 13 chloroplast regions; and controlled pollinatin experiments were carried in 74 individuals bearing 543 flowers. Nuclear microsatellite data suggests very high levels of genetic diversity (HE=0,806; HO=0,74). Contrastingly, all chloroplast regions were monomorphic, with no haplotype differentiation. Genetic structure was very low (FST=0,031)) and isolation-by-distance hypothesis was refuted. Moderated signs of recent bottleneck events were detected in four out of 13 populations, suggesting that most populations were demographically stable since the last glacial maximum. Controlled pollination experiments showed complete self-incompatibility in T. aeranthos. In conclusion, our results sow high levels of genetic diversity and demographic stability in the species, with gene flow occurring freely without evidence of geographic barriers across the species geographic distribution. FAPESP: 2016/03777-4 FAPESP: 2014/15586-6

Recentemente a citogenética de aves tem apresentado grandes avanços com o advento de técnicas moleculares como a hibridização in situ fluorescente (FISH). As aves possuem características evolutivas interessantes, principalmente pelo seu tamanho de genoma reduzido e cariótipo em formato bimodal. A ordem Caprimulgiformes é uma das menos conhecidas do ponto de vista citogenético. Nesse trabalho duas espécies de famílias distintas foram analisadas Nyctibius griseus (Nyctibiidae) e Hydropsalis torquata (Caprimulgidae), com 2n= 86 e 74 cromossomos respectivamente. A citogenética clássica contribuiu para a identificação das regiões ricas em heterocromatina constitutiva, com o uso de bandeamento CBG nas duas espécies, apresentando grande acúmulo no cromossomo W em ambas e em alguns pares de microcromossomos de N. griseus. O bandeamento GTG estabeleceu o padrão de bandas positivas e negativas de N. griseus, reiterando as diferenças dos cromossomos Z e W desta espécie, um peculiar elemento deste cariótipo, que apresenta características diferentes de outras aves e até mesmo de H. torquata sendo homomórfico ao cromossomo Z. Utilizando técnicas moleculares de hibridização com sondas de sequências rDNA 18S foram encontrados sinais positivos em apenas um par de microcromossomos na mesma região onde também foi hibridizada a sonda (CGG)10 em ambas espécies. Dentre as seguintes sequências repetitivas (CA)15, (CAA)10, (CAC)10, (CAG)10, (CAT)10, (CGG)10, (GA)15, (GAA)10, (GAG)10, (GC)15 e (TA)15, somente (CA)15 e (TA)15 não hibridizaram no cromossomo W de N. griseus, em contraste, o W de H. torquata não apresentou nenhum sinal de hibridização. Em relação aos cromossomos autossômicos, H. torquata exibiu sinais de hibridização de quatro sequências repetitivas (CA)15, (CAC)10, (CGG)10, e (TA)15, todas em cromossomos autossômicos, ao passo que, em N. griseus somente as sequências (CA)15, (CAC)10 e (CGG)10, hibridizaram, sendo todas elas em microcromossomos. Esses dados indicam que, no decorrer da história evolutiva desse grupo o genoma de H. torquata acumulou menos sequências microssatélites que o genoma de N. griseus diferenciando essas duas linhagens na ordem Caprimulgiformes. Por fim é possível inferir que o cromossomo W de N. griseus reagiu a pressões evolutivas utilizando mecanismos singulares que permitiram a obtenção de características que o difere do W de outras aves neognatas. Estes resultados revelam a importância deste tipo de sequência na evolução e diferenciação do cromossomo sexual W. Recently, the avian cytogenetics has presented great advances with the advent of molecular techniques such as fluorescence in situ hybridization (FISH). Birds have interesting evolutionary characteristics, mainly due to their reduced genome size and bimodal karyotype. The order Caprimulgiformes is one of less known from the cytogenetic point of view. In this work two species of distinct families were analyzed Nyctibius griseus (Nyctibiidae) and Hydropsalis torquata (Caprimulgidae), with 2n = 86 and 74 chromosomes respectively. Classical cytogenetics contributed to the identification of the regions rich in constitutive heterochromatin with CBG banding in this two species, presenting large accumulation in the W chromosome in both and in some pairs of N. griseus microchromosomes. The GTG banding established the pattern of positive and negative bands in N. griseus, reiterating the differences of the Z and W chromosomes from this species, a peculiar element in its karyotype, which presents different characteristics from other birds and even from H. torquata being homomorphic to Z chromosome. Using is situ hybridization with 18S rDNA sequences probes, positive signals were found in only one pair of microchromosomes in the same region where the (CGG)10 probe was also hybridized, thus both species present the same condition. Among the repetitive sequences (CA)15, (CAA)10, (CAC)10, (CAG)10, (CAT)10, (CGG)10, (GA)15, (GAA)10, (GAG)10, (GC)15 and (TA)15, only (CA)15 and (TA)15 did not hibridize in the W chromosome of N. griseus, in contrast, the W of H. torquata has not present any signal of hibridization. Regarding to autosomal chromosomes, H. torquata showed signals of hybridization of four repetitive sequences (CA)15, (CAC)10, (CGG)10, and (TA)15, all on autosomal macrochromosomes, whereas in N. griseus only sequences (CA)15, (CAC)10 and (CGG)10 hybridized, all of them in microchromosomes. These data indicate that during the evolutionary history of this group H. torquata genome accumulated less microsatellites sequences than the N. griseus genome, differentiating these two lineages in the order Caprimulgiformes. In conclusion, it is possible to infer that W chromosome of N. griseus reacted to evolutionary pressures using unique mechanisms wich allowed to obtain distinguishing features from the W of other neognathae birds. These results reveal the importance of this kind of sequence in the evolution and differentiation of the W sex chromosome.

Submitted by João De Deus Vidal Júnior (jd.vidal27@gmail.com) on 2018-05-09T20:11:53Z No. of bitstreams: 1 Tese_Rauvolfia_fevereiro.docx: 18767443 bytes, checksum: fc0f2b02da8b3988cbb195215ad93e3c (MD5) Rejected by Sulamita Selma C Colnago null (sulamita@btu.unesp.br), reason: Solicitamos que realize uma nova submissão seguindo as orientações abaixo: Problema 1: Seu arquivo está em Word. O arquivo deve estar obrigatoriamente em formato PDF para submissão no Repositório. Assim que efetuar essa correção, submeta o arquivo em PDF novamente. Agradecemos a compreensão. on 2018-05-11T17:00:35Z (GMT) Submitted by João De Deus Vidal Júnior (jd.vidal27@gmail.com) on 2018-05-11T18:26:13Z No. of bitstreams: 1 Tese_JVidal.pdf: 12476337 bytes, checksum: b4bd90a360a05a2358c8c188653a9128 (MD5) Approved for entry into archive by Sulamita Selma C Colnago null (sulamita@btu.unesp.br) on 2018-05-11T19:39:40Z (GMT) No. of bitstreams: 1 vidaljr_jd_dr_bot.pdf: 12476337 bytes, checksum: b4bd90a360a05a2358c8c188653a9128 (MD5) Made available in DSpace on 2018-05-11T19:39:40Z (GMT). No. of bitstreams: 1 vidaljr_jd_dr_bot.pdf: 12476337 bytes, checksum: b4bd90a360a05a2358c8c188653a9128 (MD5) Previous issue date: 2018-03-06 Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) Neste estudo, nós desenvolvemos marcadores moleculares e aplicamos abordagens integrativas em filogeografia e ecologia para investigar e descrever a história biogeográfica das chapadas da região oeste do Cerrado brasileiro. Utilizando como modelo duas espécies do gênero Rauvolfia L. (Apocynaceae, Rauvolfioideae), Rauvolfia weddelliana Müll.Arg. e Rauvolfia gracilis I.Koch & Kin.-Gouv., típicas destes ambientes, nós desenvolvemos um conjunto de marcadores nucleares microssatélites e sequenciamos espaçadores de cloroplasto, com os quais estimamos métricas de diversidade genética e estruturação populacional. A partir destes dados, nós reconstruímos relações filogenéticas entre as linhagens, estimamos tempos de divergência e realizamos simulações demográficas e modelos de distribuição, com o intuito de testar possíveis cenários biogeográficos. Em sequência, nós desenvolvemos modelos de distribuição potencial em escala de comunidade e análises espaciais, para estimar o impacto relativo das flutuações climáticas do Pleistoceno sobre o endemismo no Cerrado, quando comparadas a outros processos. Os resultados estão apresentados em três capítulos. No primeiro, intitulado “Development and cross-validation of microsatellite markers for Rauvolfia weddelliana Müll.Arg. (Apocynaceae) species complex”, nós descrevemos o desenvolvimento de uma biblioteca de microssatélites específica para R. weddelliana e testamos sua transferabilidade para a espécie R. gracilis. Nós isolamos dez marcadores transferíveis, com alto conteúdo de polimorfismos que podem agora ser aplicados em estudos genéticos para o grupo, e também demonstramos a diploidia das espécies através do padrão de bandas de cada lócus. No segundo capítulo, intitulado “Phylogeography and paleodistribution of Rauvolfia weddelliana Müll.Arg. and Rauvolfia gracilis I.Koch & Kin.-Gouv. (Apocynaceae)”, nós aplicamos estes marcadores em conjunto com espaçadores de cloroplasto para testar, através de análises demográficas e modelos de nicho, os impactos das flutuações climáticas nas populações de R. weddelliana e R. gracilis. Nossas análises recuperaram duas linhagens com origem anterior ao Pleistoceno, coincidindo com o soerguimento do Planalto Central Brasileiro, que sofreram retração interglacial durante o Pleistoceno. Apesar de nossos modelos de distribuição terem apresentado resultado contrário a retração interglacial, eles recuperaram a mesma divergência norte-sul, também anterior ao último eventos de glaciação. Estes resultados sugerem que as savanas dos planaltos do oeste do Cerrado provavelmente configuram refúgios interglaciais. No terceiro capítulo, nós testamos este padrão, descrevendo a estabilidade relativa de chapadas e vales e modelando as distribuições potenciais de espécies típicas destes ambientes. Este trabalho contribui para a discussão sobre os impactos do clima do Pleistoceno e dos processos geológicos do Mioceno na diversificação do complexo domínio dos Cerrados. In this study, we developed molecular markers and applied integrative approaches in phylogeography and ecology to investigate and describe the biogeographic history of the plateaus of the west region of the Cerrado in Brazil. Using as models two species of the genus Rauvolfia L. (Apocynaceae, Rauvolfioideae), Rauvolfia weddelliana Müll.Arg. and Rauvolfia gracilis I.Koch & Kin.-Gouv., typical from these habits, we developed a set of nuclear microsatellite markers and sequenced chloroplast spacers, which we used to estimate metrics of genetic diversity and population structure. From this data, we reconstructed phylogenetic relationships between lineages, estimated divergence times and conducted demographic simulations and distribution models, intending to test possible biogeographic scenarios. In sequence, we also developed community wise models of potential distribution and conducted spatial analysis to estimate the relative impact of climatic shifts of the Pleistocene on the endemism of the Cerrado, when compared to other processes. Our results are presented in three chapters. In the first, entitled “Development and cross-validation of microsatellite markers for Rauvolfia weddelliana Müll.Arg. (Apocynaceae) species complex”, we describe the development of a specific microsatellite library to R. weddelliana and tested its transferability to the species R. gracilis . We isolated ten transferable markers with high polymorphism content that may now be applied to genetics studies on the group, and also demonstrated the diploidy for these species though the patterns of bands for each locus. In the second chapter, entitled “Phylogeography and paleodistribution of Rauvolfia weddelliana Müll.Arg. and Rauvolfia gracilis I.Koch & Kin.-Gouv. (Apocynaceae)”, we applied these markers, along with sequences of chloroplast spacers to test, with demographic analysis and niche models, the impacts of the climatic fluctuations on the populations of R. weddelliana and R. gracilis . Our analysis recovered two lineages with origin prior to Pleistocene, coinciding with the Brazilian Central Plateau uplift. These lineages underwent interglacial retractions along the Pleistocene. Despite distribution models presented results that are contrary to the interglacial retraction, they recovered the same north-south divergence, also predating the Last Glacial Maximum. These results suggest that the savannas in the plateaus of the western Cerrado are potentially configuring interglacial refugia. In the third chapter, we tested this pattern, by describing the relative stability of plateaus and valleys and modelling the potential distributions of species typical from these environments. This study contributes to the discussions about the impacts of the Pleistocene climate and the geological processes of the Miocene on the diversification the complex Cerrado domain.

Submitted by RONALD RIBEIRO ALVES null (ronald.ribeiro@yahoo.com.br) on 2018-03-12T13:16:31Z No. of bitstreams: 1 tese ronald final.pdf: 952977 bytes, checksum: 4f649e858c5e7fa3f41f94db33fd43fa (MD5) Approved for entry into archive by ROSANGELA APARECIDA LOBO null (rosangelalobo@btu.unesp.br) on 2018-03-14T13:23:31Z (GMT) No. of bitstreams: 1 alves_rr_dr_bot.pdf: 952977 bytes, checksum: 4f649e858c5e7fa3f41f94db33fd43fa (MD5) Made available in DSpace on 2018-03-14T13:23:31Z (GMT). No. of bitstreams: 1 alves_rr_dr_bot.pdf: 952977 bytes, checksum: 4f649e858c5e7fa3f41f94db33fd43fa (MD5) Previous issue date: 2018-03-02 Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) Os processos migratórios realizados por diferentes espécies animais com finalidades tróficas ou reprodutivas tem despertado grande interesse por parte dos pesquisadores há várias décadas. Entre as espécies de grande importância nestes ambientes, Salminus brasiliensis (Cuvier, 1816) se caracteriza como um peixe migrador de ampla distribuição em território brasileiro, principalmente na bacia do Prata, constituída pelos rios Paraná, Paraguai e Uruguai, onde pode atingir grande tamanho. Assim, estudos que visam proporcionar melhores condições de manejo e sua conservação são muito importantes. Neste contexto, as alterações antropogênicas que afetam a espécie S. brasiliensis e a falta de informação que dificultam estratégias eficazes de manejo e conservação, o presente estudo teve como objetivo investigar a variabilidade genética e a estrutura genética das populações migratórias e residentes de S. brasiliensis da bacia do Rio Mogi Guaçu, a partir de amostragem realizada no período de 2008, 2009, 2010 e 2015, tendo como ferramenta a aplicação de técnicas de genética molecular. Os resultados obtidos indicaram altos níveis de variabilidade genética em todos os grupos amostrados, sendo que a heterozigosidade observada (Ho) variou de 0,59 a 0,67 e a heterozigosidade esperada (He) variou de 0,70 a 0,74. A Análise da Variância Molecular (AMOVA) revelou baixa estruturação genética em todos os grupos (FST = 0,0072), nas quais a maior fonte de variabilidade genética foi verificada entre os indivíduos (85,98%). No entanto, a análise de FST em pares mostrou diferenças sutis na variabilidade genética, uma vez que foi verificada uma variação de FST = 0,025; p

Dipteryx alata é uma árvore neotropical amplamente distribuída em todo o Cerrado brasileiro. Popularmente conhecida como baru, é uma das espécies do Cerrado mais promissoras para a domesticação e cultivo, em função do seu amplo potencial de uso. O objetivo geral do trabalho foi conhecer o sistema reprodutivo e a dinâmica do fluxo gênico via pólen em condições in situ e ex situ e verificar a influência da paisagem na estrutura genética intrapopulacional. Para alcançar estes objetivos foram desenvolvidos novos marcadores microssatélites para a espécie, utilizando tecnologias de sequenciamento de alto desempenho. Dentre os marcadores desenvolvidos para espécie foram selecionados os dez mais polimórficos para serem utilizados neste trabalho. A avaliação do sistema reprodutivo e da dispersão de pólen foi realizada em uma coleção de germoplasma (ex situ) localizada na Universidade Federal de Goiás e em uma população natural (in situ) no município de Orizona-GO, Brasil. A população natural também foi utilizada para avaliar a influência da paisagem na estrutura genética intrapopulacional em árvores adultas e juvenis. As condições in situ e ex situ apresentaram alta taxa de fecundação cruzada (tm = 0,815 e tm = 0,934), respectivamente, confirmando que as espécies de D. alata apresentaram um sistema misto de reprodução predominantemente alógamo. O número de sementes que compartilhavam os mesmos doadores de pólen foi alto, indicando um baixo número de doadores de pólen por árvore em ambas as condições. Isso pode estar relacionado à proximidade entre grupos de árvores, considerando que há menos polinização cruzada entre grupos de árvores mais distantes. Outro fator que pode ter influenciado a polinização cruzada a longas distâncias é a paisagem heterogênea devido à fragmentação do habitat. Os resultados indicam a presença de estrutura genética espacial (SGS) positiva e significativa em ambos os estágios de vida (adultos e juvenis) sendo o valor de Sp maior nos juvenis. As análises de agrupamento bayesiano mostraram a formação de dois grupos, tanto em adultos quanto em juvenis. Os indivíduos juvenis apresentaram maior interferência das composições da paisagem. Assim a inclusão das características da paisagem trouxe um ganho de explicação para o padrão de estrutura genética intrapopulacional na espécie D. alata. Estes resultados são importantes para subsidiar estratégias mais eficientes de conservação da espécie. Dipteryx alata is a Neotropical tree widely distributed throughout the Brazilian Cerrado. Popularly known as baru, it is one of the most promising Cerrado species for domestication and cultivation due to its wide potential use. The general goal of this work was to assess reproductive system and pollen-mediated gene flow patterns of in situ and ex situ conditions and to evaluate how landscape may influence intrapopulation genetic structure. New microsatellite markers were developed using high performance sequencing technologies, then the ten most polymorphic were selected and used in this work. The evaluation of the reproductive system and pollen dispersal was carried out in a germplasm collection (ex situ) located at the Universidade Federal de Goiás and in one natural population (in situ) in Orizona-GO, central Brazil. The natural population was also used to evaluate landscape influence on intrapopulation genetic structure in adult and juvenile trees. In situ and ex situ conditions showed a high cross fertilization rate (tm = 0.815 and tm = 0.934), respectively, confirming that the D. alata presents a mixed-mating system, predominantly allogamous. The number of seeds sharing the same pollen donors was high, indicating a low number of pollen donors per tree under both conditions. This may be related to the proximity between groups of trees, considering that there is less cross-pollination between groups of more distant trees. Another factor that may have influenced cross-pollination over long distances is the heterogeneous landscape due to habitat fragmentation. The results indicate the presence of a positive and significant spatial genetic structure (SGS) in both stages of life (adults and juveniles) with the highest Sp value in juveniles. Bayesian cluster analysis showed the formation of two groups in both adults and juveniles. Juvenile individuals presented greater interference from landscape compositions. Thus, the inclusion of the landscape features brought an explanation gain to the pattern of intrapopulation genetic structure in the D. alata species. These results are important to support more efficient conservation strategies for this species. Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Goiás

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico A Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais Os peixes compreendem mais da metade de todos os vertebrados viventes e a região Neotropical é considerada a mais rica para este grupo. Brycon é um gênero de peixes da ordem dos Characiformes, com exemplares distribuídos desde o sul do México até o Rio de La Plata, na Argentina. Sete espécies do gênero estão classificadas como ameaçadas de acordo com a última portaria do Ministério do Meio Ambiente que dispõe sobre Peixes e Invertebrados Aquáticos Ameaçados, entre elas B. nattereri. Com exemplares de médio porte, habitam ambientes lóticos e rochosos; se alimentam preferencialmente de material alóctone, como frutos, sementes e pequenos invertebrados. Assim como para grande parte das espécies ameaçadas do gênero, entre as principais causas do declínio populacional bestão a degradação e destruição de hábitat aliadas à pesca indiscriminada. Dessa forma, se tornam essenciais estudos genéticos que avaliem as condições em que se encontram populações remanescentes, uma vez que a diversidade genética e nível de estruturação populacional têm influência direta na resposta e sobrevivência das populações à pressões ambientais. Muitos marcadores moleculares estão hoje disponíveis para estudos desse tipo, entre eles os microssatélites, marcadores nucleares co-dominantes e que apresentam alto polimorfismo alélico, e os genes e regiões controladoras como citocromo oxidase I e D-Loop, respectivamente. Assim, este trabalho teve como objetivo avaliar diversidade genética e estrutura de três populações remanescentes de B. nattereri, duas de ocorrência nas bacias hidrográficas dos rios Paraná (Ribeirão de Fora e Córrego do Salto) e uma São Francisco (Córrego da Espinha) na região do Alto Paranaíba, MG. Para isso, foram extraídos DNA de fígado e nadadeira de indivíduos das três populações e realizados testes de transferibilidade de loci microssatélites e amplificação dos genes mitocondriais. Nas análises de microssatélites, as três populações apresentaram baixa diversidade alélica e excesso de heterozigotos nos testes de equilíbrio de Hardy-Weinberg e cálculos de heterozigosidade observada e esperada. Excesso de heterozigotos também foi observado nas análises do software Botlleneck, confirmando a ocorrência de gargalo nas três populações analisadas. Apesar disso, os valores de Fst não evidenciaram estrutura genética entre as mesmas, e isso foi confirmado pela análise bayesiana de clusters no software Structure com K=3. Entretanto, na mesma análise de agrupamento com K=2, é possível observar leve organização dos indivíduos em dois grupos, correspondentes às bacias dos rios Paraná e São Francisco. Nos dendrogramas gerados pelas sequencias do gene mitocondrial da citocromo oxidase I e da região D-Loop também é possível observar o agrupamento de indivíduos pertencentes à mesma bacia e a diversidade e distâncias genéticas intra-populacionais também foram baixos. Os resultados que demonstram baixa diversidade e ocorrência de gargalo correspondem ao esperado para a maioria das espécies ameaçadas. Apesar de não terem sido encontradas evidências de endogamia, se faz necessário o monitoramento dessas populações ao longo do tempo. Para a recuperação dos níveis de diversidade, é essencial que sejam evitadas as principais pressões como pesca e degradação dos locais de ocorrência. The fishes comprise more than half of all living vertebrates and the Neotropical region is considered of major distribution for this group. Brycon is a fish genus in the order Characiformes, with specimens distributed from southern Mexico to the La Plata River in Argentina. Seven species in this genus are classified in threatened situation according to the last port of the Ministry of the Environment that deals with Threatened Fish and Aquatic Invertebrates, among them B. nattereri. Formed by medium-sized specimens, they inhabit lotic and rocky environments; they feed preferentially on allochthonous material, such as fruits, seeds and small invertebrates. As for most of the endangered species of the genus, the main causes of population decline are degradation and destruction of habitats allied to indiscriminate fishing activities. Thus, genetic studies that evaluate the conditions in which remaining populations are located, since genetic diversity is fundamental to population structure, has direct influence on population response and survival at environmental pressures. Many molecular markers are now available for such studies, including microsatellites, co-dominant nuclear markers known to have high allelic polymorphism, and control genes and regions such as cytochrome oxidase I and D-Loop, respectively. This work aimed to evaluate the genetic diversity and structure of three remaining populations of B. nattereri, two of them occurring in the Paraná River basins (Fora Creek and Salto Stream) and one in São Francisco basin (Espinha Stream) on the region of Alto Paranaíba, Minas Gerais state. For this, we used extracted DNA of liver and fin from the three populations and we tested for microsatellite loci transfer and amplification of mitochondrial genes. In microsatellite analyzes, three populations showed low allelic diversity and excess heterozygotes in the Hardy-Weinberg equilibrium tests and calculations of observed and expected heterozygosity. Excess heterozygotes were also observed in Botlleneck software, confirming the occurrence of bottleneck on the three populations. In spite of this, the Fst values did not show genetic structure among them as part of it, and was confirmed by Bayesian analysis of clusters without K=3. However, if is not the cluster analysis with K=2, it is possible to observe the organization of individuals in two groups, corresponding to the basins of the Paraná and São Francisco rivers. The dendrograms generated by the mitochondrial gene sequences of cytochrome oxidase I and the D-Loop region are also in position of grouping of users belonging to the same basin and the diversity and intra-population genetic distances were also low. The results that demonstrate low diversity and bottleneck occurrence correspond to that expected for most threats. Although no evidence of inbreeding has been found, it is necessary to monitor the populations over time. For a recovery of the levels of diversity, it is essential that major pressures such as fishing and degradation of places of occurrence be mitigated.

Submitted by Silvelise Pupin null (silvelise.pupin@gmail.com) on 2018-02-26T14:04:43Z No. of bitstreams: 1 Tese_SilvelisePupin_VersãoFinal.pdf: 4478878 bytes, checksum: e608d55d4107cfa94a50f52defea2fad (MD5) Approved for entry into archive by Cristina Alexandra de Godoy null (cristina@adm.feis.unesp.br) on 2018-02-26T14:25:50Z (GMT) No. of bitstreams: 1 pupin_s_dr_ilha.pdf: 4478878 bytes, checksum: e608d55d4107cfa94a50f52defea2fad (MD5) Made available in DSpace on 2018-02-26T14:25:50Z (GMT). No. of bitstreams: 1 pupin_s_dr_ilha.pdf: 4478878 bytes, checksum: e608d55d4107cfa94a50f52defea2fad (MD5) Previous issue date: 2018-02-02 Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) O êxito dos programas de melhoramento florestal requer que a predição do progresso genético seja proporcional ao progresso genético real. Para isso, é possível unir a genética quantitativa com ferramentas moleculares, que permitem estimar parâmetros com maior acuidade para seleção. O objetivo foi verificar a diversidade genética, o sistema de reprodução e as relações de parentesco em populações de polinização aberta de Eucalyptus urophylla, para selecionar cruzamentos e genitores. Para tanto, foram utilizados dois Pomares de Sementes por Mudas (PSM) e uma amostra de indivíduos adultos em um teste de progênies (PCPN). Para compor um teste de progênies de segunda geração (TP2G) foram coletadas sementes em 23 árvores matrizes em um dos PSM. As populações estão localizadas na Fazenda de Ensino, Pesquisa e Extensão, em Selvíria-MS. Os indivíduos do TP2G (722) e os adultos (467) foram genotipados com 12 marcadores microssatélites (SSR) e os locos avaliados para verificar se são marcadores genéticos. Os caracteres silviculturais foram mensurados nos PSM e no TP2G. Os marcadores SSR formaram um conjunto consistente de marcadores genéticos. A diversidade genética das populações foi elevada e a redução foi pequena entre as gerações. O índice de fixação foi significativo para todas as populações e maior nos descendentes, a indicar a presença de endogamia. A taxa de cruzamento indicou que a reprodução ocorreu predominantemente por cruzamentos (0,964). Houve cruzamentos entre parentes, correlacionados e autofecundação. Em função disso, a endogamia nas progênies foi superior a população parental e a principal razão foi o cruzamento entre parentes, o que resultou em maior endogamia. Além disso, as relações de parentesco foram superiores no TP2G. Houve fluxo de pólen entre as populações e o número de doadores de pólen foi elevado pela análise de paternidade, que permitiu determinar o provável candidato a pai de 713 indivíduos do TP2G. Com isso foi possível estudar o teste de progênies de polinização aberta como um teste de irmãos completos, permitindo estimar as capacidades gerais e específicas de combinação. Para o diâmetro a altura do peito o ganho genético baseado no valor genotípico do cruzamento foi elevado (> 20%), assim como a seleção clonal, que indicou ganhos consideráveis (> 65%). Assim, é possível dar continuidade ao Programa de Melhoramento, indicando cruzamentos e genótipos promissores de E. urophylla. The success of forest breeding programs requires that the prediction of genetic progress be proportionate to actual genetic progress. For this, it is possible to join the quantitative genetics with molecular tools, which allow to estimate parameters with greater acuity for selection. The main was to verify the genetic diversity, mating system and kinship relationships in open pollinated populations of Eucalyptus urophylla, to select crosses and parents. In order to do, two seedlings seed orchards (SSO) and an adult sample of individuals were used in a progeny test (PCPN). To compose a second generation progenies test (2GPT) seeds were collected in 23 mother trees in one of the SSO. The populations are located in the Fazenda de Ensino, Pesquisa e Extensão, in Selvíria-MS. The individuals from 2GTP (722) and adults (467) were genotyped with 12 microsatellite markers (SSR) and the loci evaluated for genetic markers. Silvicultural traits were measured in the SSO and 2GPT. SSR markers formed a consistent set of genetic markers. The genetic diversity of the populations was high and the reduction was small between generations. The fixation index was significant for all populations and higher in the offspring, indicating the presence of inbreeding. The multilocus estimate of outcrossing rate indicated that reproduction occurred predominantly by crosses (0.964). There were crosses between relatives, crosses correlated and self-fertilization. As a result, inbreeding in the progenies was higher than in the parental population and the main reason was cross between relatives. In addition, kinship relations were higher in 2GPT. There was pollen flow among the populations and the number of pollen donors was higher by paternity analysis, which allowed to determine the probable candidate father of 713 individuals of the 2GPT. Thus, it was possible to study the open pollinated progeny test as a full sib test, allowing the estimation of general and specific combining abilities. For the diameter at breast height, the genetic gain based on the genotypic value of the cross was high (> 20%), as well as the clonal selection, which indicated considerable gains (> 65%). Thus, it is possible to continue the Breeding Program, indicating promising crosses and genotypes of E. urophylla. FAPESP: 2014/03407-7

Mestrado em Ecologia Aplicada Submitted by Manuel Jesus (albertojesus@ua.pt) on 2018-03-19T15:21:09Z No. of bitstreams: 1 InesGregorio_AppliedEcologyMSc_2017.pdf: 2045330 bytes, checksum: aaaa34a1a58044798ed2f91527f3a55b (MD5) Made available in DSpace on 2018-03-19T15:21:09Z (GMT). No. of bitstreams: 1 InesGregorio_AppliedEcologyMSc_2017.pdf: 2045330 bytes, checksum: aaaa34a1a58044798ed2f91527f3a55b (MD5) Previous issue date: 2017-12-22

Mestrado em Ecologia Aplicada Ao longo de vários séculos, a distribuição geográfica do urso pardo na Península Ibérica tem vindo a diminuir, estando de momento limitada ao norte de Espanha. A população de urso pardo da Cantábria é uma das mais pequenas da Europa e está dividida em duas subpopulações (Ocidental e Oriental), com conectividade limitada entre ambas. Para além disso, a perseguição, por parte das populações humanas, apresenta sérias ameaças à sobrevivência da população de urso pardo na Cantábria. Tendo em consideração a situação atual da população Cantábrica, é essencial ter uma imagem muito clara dos padrões genéticos da população. Foram usados três tipos de marcadores genéticos (ADN mitocondrial, microssatélites nucleares autossómicos e marcadores sexuais) para inferir a origem, estrutura e diversidade genética e fluxo genético da população. Os resultados aqui apresentados sugerem que a população Cantábrica está dividida em duas linhagens matrilineares distintas e que não é monofilética relativamente a outras populações europeias. Esta diferenciação, num eixo oriental-ocidental, poderá estar relacionada com eventos de colonização da cordilheira Cantábrica anteriores e contemporâneos ao último máximo glaciar. A população está estruturada em duas subpopulações com grande diferenciação genética entre as duas. Os resultados mostram fortes evidências de migração de ursos entre as duas subpopulações. Nomeadamente, encontramos evidências da existência de fluxo genético assimétrico e de maior fluxo recente de migrantes da subpopulação Oriental para a Ocidental. Contudo, os resultados sugerem uma maior introgressão recente em sentido contrário. Este estudo ajuda a clarificar as origens da população e fornece novo conhecimento sobre a condição genética e os padrões de migração e fluxo genético da população de urso pardo. Os resultados aqui apresentados irão ajudar na definição e implementação de novas estratégias de conservação relevantes para a subsistência de uma população de urso pardo viável na Cordilheira Cantábrica. Over the centuries, the brown bear geographical distribution in the Iberian Peninsula has been decreasing, being currently limited to the North of Spain. The Cantabrian brown bear population is one of the smallest populations in Europe as is fragmented in two subpopulations (Western and Eastern), with limited connection between them. Additionally, human persecution represents serious threats to the survival of brown bear in Cantabria. Considering the current status of the Cantabrian population, it is essential to have a clear picture of the genetic patterns of the population. We used three molecular markers (mitochondrial DNA, autossomal and sex linked microsatellites) to assess the genetic origins, structure, diversity and gene flow of the Cantabrian brown bear population. Our results suggest that the Cantabrian population is divided in two distinct matrilineal lineages and is not monophyletic relative to other European populations. This differentiation, in an east-west axis might be related with colonization events of the Cantabrian mountains prior and contemporary to the last glacial maximum. The population is structured in two subpopulations with great genetic differentiation between them. The results also show strong evidences of migration between both subpopulations. Namely, we found evidence of asymmetrical gene flow and greater migrant flow from the Eastern to the Western subpopulation. However, results also suggest greater genetic admixture in the opposite way. This study reveals the origins and provides new insights on the genetic condition and migration patterns of the brown bear population. The results here presented will help in the definition of conservation strategies relevant for the maintenance of a viable brown bear population in the Cantabrian mountains.

Made available in DSpace on 2018-11-26T16:16:58Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-01-01. Added 1 bitstream(s) on 2019-10-09T18:25:39Z : No. of bitstreams: 1 S1415-47572015000300338.pdf: 1342078 bytes, checksum: 665099dc2e21b1b8750ea6ed59a6c4e4 (MD5) Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) The complete mitochondrial genome of the brown brocket deer Mazama gouazoubira and a set of polymorphic microsatellite markers were identified by 454-pyrosequencing. De novo genome assembly recovered 98% of the mitochondrial genome with a mean coverage of 9-fold. The mitogenome consisted of 16,356 base pairs that included 13 protein-coding genes, two ribosomal subunit genes, 22 transfer RNAs and the control region, as found in other deer. The genetic divergence between the mitogenome described here and a previously published report was similar to 0.5%, with the control region and ND5 gene showing the highest intraspecific variation. Seven polymorphic loci were characterized using 15 unrelated individuals; there was moderate genetic variation across most loci (mean of 5.6 alleles/locus, mean expected heterozygosity = 0.70), with only one locus deviating significantly from Hardy-Weinberg equilibrium, probably because of null alleles. Marker independence was confirmed with tests for linkage disequilibrium. The genetic variation of the mitogenome and characterization of microsatellite markers will provide useful tools for assessing the phylogeography and population genetic patterns in M. gouazoubira, particularly in the context of habitat fragmentation in South America. Univ Brasilia, Dept Genet & Morfol, Inst Ciencias Biol, BR-70910900 Brasilia, DF, Brazil Univ Estadual Paulista, Dept Zootecnia, Nucleo Pesquisa & Conservacao Cervideos, Jaboticabal, SP, Brazil Univ Estadual Paulista, Dept Zootecnia, Nucleo Pesquisa & Conservacao Cervideos, Jaboticabal, SP, Brazil FAPESP: 2010/50748-3 CNPq: 305419/2014-5

In this work, 25,806 potentially amplifiable microsatellite loci (PAL) were identified in pejerrey, (Odontesthes humensis), with 21% of dinucleotide, 22% trinucleotide, 37% tetranucleotide, 13% pentanucleotide and 7% hexanucleotide. Of the total loci, 167 were classified as "Best PAL", more likely to be variables in populations. The results show that with a small coverage of the genome it was possible to identify a large number of microsatellite loci.

The objective of this work was to evaluate the genetic diversity of nine maize races (Zea mays ssp. mays) from Northwestern Mexico and one population of teosinte of the Balsas race (Zea mays ssp. parviglumis). A total of 649 alleles were identified, with an average of 20.9 alleles per locus using 31 microsatellite loci; 84.3% of them were polymorphic loci with a 0.49 expected heterozygosity. Graphic representation of principal coordinate analysis (PCoA) showed broad variation and population distribution. The highest probabilistic value obtained with the ΔK criterion confirmed the existence of five population groups clustered by the Bayesian model. This grouping coincided with the population distribution observed in the PCoA graph. Maize races examined retain broad genetic diversity among and within the evaluated populations. Resumo: O objetivo deste trabalho foi avaliar a diversidade genética de nove raças de milho (Zea mays ssp. mays) do Noroeste do México e uma população de teosinto da raça Balsas (Zea mays ssp. parviglumis). Foram identificados 649 alelos, uma média de 20,9 alelos por locus, utilizando 31 loci microssatélites. Desses, 84,3% eram polimórficos e apresentaram heterozigosidade esperada de 0,49. A representação gráfica da análise de fatores principais (PCoA) mostrou ampla variação e distribuição populacional. O maior valor probabilístico obtido com o critério ΔK confirmou a existência dos cinco grupos populacionais agrupados com o modelo bayesiano. Esse agrupamento coincide com a distribuição populacional observada no gráfico PCoA. As raças de milho examinadas apresentam ampla diversidade genética entre e dentro das populações avaliadas.

Made available in DSpace on 2018-12-11T17:35:02Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2017-10-01. Added 1 bitstream(s) on 2021-07-15T15:04:25Z : No. of bitstreams: 1 S1415-47572017000500774.pdf: 977503 bytes, checksum: 1dc9207855ab8173e7b740255fa226cb (MD5) Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) The pampas deer (Ozotoceros bezoarticus) is close to being classified as globally threatened’, with the largest population occurring in the Brazilian Pantanal. Since capture is stressful to these animals, non-invasive sampling methods such as the use of feces can provide reliable sources of DNA. The aim of this study was to use fecal samples to evaluate the genetic variability of the Brazilian Pantanal population of pampas deer. Six heterologous microsatellite markers were used to screen 142 stool specimens. Seventy-four deer were identified, of which 50 adults were used to determine the genetic characteristics of the population. The Pantanal population showed high genetic diversity (mean number of alleles per locus = 11.5, expected heterozygosity = 0.75). This is the first investigation to characterize a South American deer species using fecal DNA and demonstrates the usefulness and efficiency of this approach, as well as the feasibility of obtaining information that could not have been easily obtained by traditional DNA sampling. Our findings suggest that management strategies for this species may be much more effective if applied now when the population still shows high genetic variability. Núcleo de Pesquisa e Conservação de Cervídeos Departamento de Zootecnia Universidade Estadual Paulista “Júlio de Mesquita Filho” (UNESP) Departamento de Genética e Morfologia Instituto de Ciências Biológicas Universidade de Brasília Centro de Pesquisas Agropecuárias do Pantanal (CPAP), Embrapa Núcleo de Pesquisa e Conservação de Cervídeos Departamento de Zootecnia Universidade Estadual Paulista “Júlio de Mesquita Filho” (UNESP) FAPESP: 2009/04253-5

This study aimed to evaluate the genetic dissimilarity among sweet potato genotypes using morphological and molecular descriptors. The experiment was conducted in the Olericulture Sector at Federal University of Jequitinhonha and Mucuri Valleys (UFVJM) and evaluated 60 sweet potato genotypes. For morphological characterization, 24 descriptors were used. For molecular characterization, 11 microsatellite primers specific for sweet potatoes were used, obtaining 210 polymorphic bands. Morphological and molecular diversity was obtained by dissimilarity matrices based on the coefficient of simple matching and the Jaccard index for morphological and molecular data, respectively. From these matrices, dendrograms were built. There is a large amount of genetic variability among sweet potato genotypes of the germplasm bank at UFVJM based on morphological and molecular characterizations. There was no duplicate suspicion or strong association between morphological and molecular analyses. Divergent accessions have been identified by molecular and morphological analyses, which can be used as parents in breeding programmes to produce progenies with high genetic variability. RESUMO. Objetivou-se avaliar a dissimilaridade genética entre genótipos de batata-doce por meio de descritores morfológicas e moleculares. O experimento foi conduzido no Setor de Olericultura da Universidade Federal dos Vales do Jequitinhonha e Mucuri (UFVJM) avaliando-se 60 genótipos de batata-doce. Na caracterização morfológica, utilizaram-se 24 descritores. Na caracterização molecular, utilizaram-se onze primers microssatélites específicos para batata-doce, obtendo-se 210 bandas polimórficas. A diversidade morfológica e molecular foi obtida por matrizes de dissimilaridade baseando-se no coeficiente de coincidência simples e índice de Jaccard, para dados morfológicos e moleculares, respectivamente. A partir destas matrizes foram construídos dendrogramas. Houve grande variabilidade genética entre os genótipos de batata doce do banco de germoplasma da UFVJM, tanto pela caracterização molecular como morfológica. Não houve suspeita de duplicata nem associação entre a análise molécular e morfológica. Foram identificados acessos divergentes pelas análises moleculares e morfológicas, os quais são indicados como genitores para compor programas de melhoramento a fim de obter progênies com alta variabilidade genética.

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico A espécie Coffea arabica é autógama com base genética estreita e originada no sudoeste da Etiópia. As variedades botânicas de cafeeiros introduzidas no Brasil mais representativas foram a Típica e o Bourbon, as quais deram origem a outras variedades. A variedade Bourbon é a reconhecida internacionalmente por apresentar elevado potencial de bebida. E é, por isso, valorizada nos mercados de cafés especiais. Dessa forma é essencial para programas de melhoramento que essa espécie seja conservada em Bancos de Germoplasma. O Banco Ativo de Germoplasma (BAG) de café da Empresa de Pesquisa Agropecuária de Minas Gerais (Epamig), situado no município de Patrocínio, Minas Gerais, dá suporte aos programas de melhoramento e conta com 1596 acessos de café, destes, 140 foram registradas como Bourbon. O BAG de café da Epamig recebe o apoio do BAG de café da Universidade Federal de Viçosa (UFV), situado na Área Experimental do Fundão, no munícipio de Viçosa. Apesar de apresentarem uma ampla disponibilidade de características, esses bancos ainda não foram devidamente caracterizados, como é o caso do Bourbon, que ainda se tem muitas dúvidas sobre seus acessos, o que dificulta o uso no melhoramento e na comercialização. Para auxiliar a caracterização desses acessos, uma ferramenta útil é a utilização de marcadores moleculares, e os microssatélites são indicados para esse tipo de estudo. Diante disso, objetivou-se avaliar a diversidade genética por meio de marcadores moleculares SSR de acessos de Bourbon, além de variedades antigas e cultivadas, da coleção do BAG de café da Epamig. Esses acessos e variedades antigas e cultivadas foram denominados de populações, totalizado 14. Para as análises de variância molecular (AMOVA), discriminantes e de redes de correlação foram utilizados seis primers microssatélites (SSR), por apresentarem polimorfismo. Com base na AMOVA, observou-se maior variação genética dentro da população (64,88%) do que entre as populações (35,12%). Esses resultados sugerem que pode ter ocorrido polinização cruzada no local de coleta. Quanto à classificação das populações por análise discriminante observou-se que as populações tiveram similaridade com mais de uma população e algumas não tiveram similaridade com sua própria população. As populações caracterizadas pelo BAG como Bourbons foram analisados e, por similaridade, nenhum foi identificado como Bourbon, e sim como Sumatra, Catuaí Amarelo e alguns não foram bem distintos. Além disso, foram comparadas três características morfoagronômicas das quatro populações de possíveis Bourbons com as populações já identificadas como Bourbon Vermelho e Bourbon Amarelo. Observou-se variação para cor de broto nos indivíduos para as três populações caracterizadas como Bourbon Vermelho, e variação de porte na população caracterizada como Bourbon Amarelo. Pelos resultados obtidos, concluiu-se que existe uma maior variabilidade genética dentro das populações, e as quatro com classificação duvidosa de Bourbon apresentam similaridade com outras variedades. Coffea arabica species is an autogamous with a narrow genetic base originating in southwestern Ethiopia. The most representative botanical varieties of coffee trees introduced in Brazil were Tipica and Bourbon, which gave rise to other cultivars. The Bourbon variety is internationally renowned for its high cup quality. Therefore, it is valued in the specialty coffee market. As a result, it is essential for breeding programs that this species be conserved in Germplasm Banks. The Agricultural Germplasm Bank (BAG) of the Agricultural Research Organization of Minas Gerais (EPAMIG), located in the municipality of Patrocínio, Minas Gerais, supports coffee breeding programs and has 1596 coffee accessions, of which 140 (like Bourbon) have been registered. The Epamig coffee BAG receives the support of the BAG of the Universidade Federal de Viçosa (UFV), located in the experimental area of the UFV, no municipality of Viçosa, Minas Gerais. Although they have a wide availability of characteristics, these banks have not yet been adequately characterized, as is the case of the Bourbon group, in which still there are many doubts about their accesses, which makes difficult to use in breeding and marketing. To help characterize these accesses, a useful tool is the use of molecular markers among which microsatellites are indicated for this type of study. The aim of this study was to evaluate the genetic diversity through SSR molecular markers of Bourbon accesses, as well as old and cultivated varieties, from EPAMIG's coffee BAG collection. These ancient and cultivated accesses and varieties were called populations, totaling 14 polymorphisms. For analysis of molecular variance (AMOVA), discriminant and correlation networks, six microsatellite primers (SSR) were used. Based on AMOVA, there was greater genetic variation within the population (64.88%) than among populations (35.12%). These results suggest that cross-pollination may have occurred at the collection site. As for the classification of populations by discriminant analysis, it was observed that the populations had similarity with more than one population and some did not have similarity with their own population. Populations characterized by BAG as Bourbons were analyzed and, by similarity, none were identified as Bourbon, but as Sumatra, Catuaí Amarelo and some were not very distinct. In addition, three morphoagronomic characteristics of the four populations of possible Bourbons were compared to populations already identified as Red Bourbon and Yellow Bourbon. Variation to bud color was observed in the individuals for the three populations characterized as Red Bourbon and variation of size in the population characterized as Yellow Bourbon. From the results obtained, it was concluded that there is a greater genetic variability within the populations and the four with uncertain classification of Bourbon presented similarity with other varieties.

Submitted by JOÃO RICARDO VIEIRA MANECHINI null (jon2502@gmail.com) on 2017-08-17T15:14:39Z No. of bitstreams: 1 Dissertacao_Joao_Ricardo_Vieira_Manechini.pdf: 3399060 bytes, checksum: 952bfa9a183cdacca5c9fd424062ab28 (MD5) Approved for entry into archive by Luiz Galeffi (luizgaleffi@gmail.com) on 2017-08-25T20:25:42Z (GMT) No. of bitstreams: 1 RESSALVA.pdf: 23627 bytes, checksum: a9a607389a139d91bc4e5f09d86dc85a (MD5) Made available in DSpace on 2017-08-25T20:25:42Z (GMT). No. of bitstreams: 1 RESSALVA.pdf: 23627 bytes, checksum: a9a607389a139d91bc4e5f09d86dc85a (MD5) Previous issue date: 2017-06-20 Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) A cana-de-açúcar figura mundialmente como uma importante cultura econômica, com grande participação no suprimento da demanda global por energia e açúcar. Bancos ativos de germoplasma são repositórios in vivo de variabilidade genética para os programas de melhoramento, estando diretamente relacionados ao sucesso do programa. Para uma gestão adequada e eficiente do banco é necessário conhecer a magnitude e distribuição da variabilidade genética dentro e entre os grupos de acessos das respectivas espécies que o compõe bem como identificar os acessos duplicados ou erroneamente identificados. Marcadores moleculares microssatélites são adequados para tal finalidade. O presente trabalho teve como objetivo principal avaliar a estrutura genética de um grupo de 593 genótipos, constituído por germoplasma básico e melhorado, disponíveis no banco de germoplasma do Programa Cana – IAC. Além disso, a magnitude da diferenciação genética entre as principais cultivares brasileiras e o germoplasma básico de cana-de-açúcar também foi investigada. Para tanto, 12 pares de primers SSR de alto poder discriminatório foram utilizados. A análise da estrutura genética separou os genótipos em dois grupos principais, um constituído por germoplasma básico e o outro por genótipos melhorados. A partição da variabilidade genética mostrou que 14,44% (P

A caracterização da quantidade e distribuição da fração de DNA repetitivo em genomas auxilia no entendimento de sua organização cromossômica. As Aves são conhecidas por apresentar uma baixa proporção de DNA repetitivo quando comparada a outras classes de Vertebrados. Entretanto, a ordem Piciformes se destaca por apresentar uma quantidade percentual superior dessas sequências comparado com as outras aves. Com isso, o objetivo deste estudo foi determinar a distribuição de diferentes tipos de sequências repetitivas no genoma de três espécies da família Picidae, Colaptes melanochloros (2n=84), Colaptes campestris (2n=84) e Melanerpes candidus (2n=64), por meio de hibridização in situ fluorescente (FISH) com sondas de rDNA 18S, teloméricas (TTAGGG)n e microssatélites. Os resultados mostraram, nessas três espécies, o cromossomo sexual Z como o maior do complemento, esse fato deve-se ao acúmulo de diferentes sequências de microssatélites. Entretanto o cromossomo W de C. Melanochloros, que é totalmente heterocromático, não apresentou acúmulo destas sequências. Os sítios ribossomais estão organizados em um par de cromossomos com uma constrição secundária e este teve o acúmulo da sequência (CGG)10 nas três espécies. As sondas teloméricas apresentaram marcações nas regiões terminais dos cromossomos e marcações intersticiais em alguns macrocromossomos. As marcações intersticiais indicam fusões entre cromossomos ou acúmulo de sequências repetitivas similares as teloméricas. Com as sondas de microssatélites identificou-se o mesmo padrão de hibridização nas espécies de Colaptes e padrão distinto entre Colaptes e M. candidus. As nossas análises de FISH mostraram várias sequências de microssatélites amplificadas no cromossomo Z nas três espécies analisadas, o que pode explicar o fato deste ser o maior elemento do cariótipo e desta família conter maior quantidade de sequências repetitivas comparadas com outros grupos de aves. Curiosamente, nenhuma das sequências foi encontrada acumulada no cromoss omo W, apesar de desempenharem um papel importante na diferenciação de cromossomos sexuais. Estes resultados evidenciam que, apesar da origem comum proposta para o sistema sexual ZW em aves, esses cromossomos seguiram diferentes trajetórias evolutivas em cada espécie, indicando uma alta plasticidade para a diferenciação cromossômica sexual neste grupo. Este trabalho é o primeiro passo para esclarecer o papel das sequências satélites e microssatélites na diferenciação de cromossomos sexuais. The characterization of the amount and distribution of the repetitive DNA fractions in genomes assists in the understanding of their chromosomal organization. The Birds are characterized by presenting a low proportion of repetitive DNA when compared to other classes of Vertebrates. However, the order Piciformes stands out for having a higher percentage of these sequences compared to other birds. The objective of this study was to determine the distribution of different types of repetitive sequences in the genome of three species of the family Picidae, Colaptes melanochloros (2n = 84), Colaptes campestris (2n = 84) and Melanerpes candidus (2n = 64) by fluorescence in situ hybridization (FISH) with 18S, telomeric (TTAGGG) and microsatellite rDNA probes. The results showed, in these three species, the sexual chromosome Z as the largest of the complement, this fact is due to the accumulation of different sequences of microsatellites. However, the W chromosome of C. melanochloros, which is totally heterochromatic, did not show accumulation of these sequences. The ribosomal sites are organized on a pair of chromosomes with a secondary constriction and this had the accumulation of the sequence (CGG)10 in the three species. The telomeric probes showed markings in the terminal regions of the chromosomes and interstitial markings on some macrochromosomes. Interstitial markings indicate fusions between chromosomes or the accumulation of repetitive sequences similar to the telomeric ones. With the microsatellite probes the same pattern of hybridization was identified in the Colaptes species, distinct pattern between Colaptes and M. candidus. Our FISH analyzes showed several amplified microsatellite sequences on the Z chromosome in the three species analyzed, which may explain the fact that this is the largest element of the karyotype and that its genome contains the largest number of repetitive sequences compared to other groups of Birds. Interestingly, none of the sequences were found to be accumulated on the W chromosome, although they play an important role in the differentiation of sex chromosomes. These results show that, despite the common origin proposed for the ZW sexual system in birds, these chromosomes followed different evolutionary trajectories in each species, indicating a high plasticity for the sexual chromosome differentiation in this group. This work is the first step to clarify the role of satellites and microsatellite sequences in the differentiation of sex chromosomes.

As raças bovinas locais brasileiras Curraleiro Pé-Duro e Pantaneiro, habitantes do Cerrado, Semi-árido e do Pantanal encontram-se em processo de extinção, correndo o risco de desaparecerem antes que suas características sejam adequadamente estudadas. Objetivou-se realizar a estruturação genealógica de rebanhos das raças Curraleiro Pé-Duro e Pantaneiro, com vistas à conservação de recursos genéticos animais, visando manter a variabilidade genética dentro das raças, evitando-se a endogamia, por meio de propostas de acasalamentos baseadas na genealogia. Foram analisadas amostras de pelos de 1073 bovinos Curraleiro Pé-Duro de dezenove rebanhos e 290 Pantaneiros de quatro rebanhos. Realizou-se a amplificação de 27 microssatélites de DNA por PCR. Foi calculado o número médio de alelos por loco, frequência alélica, heterozigosidade esperada e observada e conteúdo de informação polimórfica. Para cada animal foi emitido parecer do controle de filiação. Observou-se grande variabilidade alélica para as raças, onde o Curraleiro Pé-Duro apresentou média de 8,70 alelos por loco e o Pantaneiro 6,70. Os valores médios de heterozigosidade esperada e observada foram 0,713 e 0,653, respectivamente, para o Curraleiro Pé-Duro e 0,701 e 0,672, para o Pantaneiro. O valor médio de conteúdo de informação polimórfica para o Curraleiro Pé-Duro foi 0,671 e para o Pantaneiro 0,655. A probabilidade de exclusão combinada para as raças foi 0,99992. Os lotes de acasalamentos foram montados na proporção macho:fêmea mínima de 1:13 à máxima de 1:26 para o Curraleiro Pé-Duro e de 1:13 à 1:21 para o Pantaneiro, dependendo do tamanho do rebanho. Os testes de paternidade possibilitaram a elaboração de programas reprodutivos para os rebanhos, com vistas a melhorar a gestão genética destas populações, evitando-se a endogamia. Ambas as raças apresentaram grande variabilidade genética intra-racial, demonstrando que apesar de estarem em extinção possuem rebanhos com muita diversidade genética. The brazilian bovine breeds Curraleiro Pé-Duro and Pantaneiro, inhabitants of Cerrado, Semi-árido and Pantanal are in the process of extinction, at risk of disappearing before their characteristics are adequately studied. The objective was perform the genealogical structure of breeds Curraleiro Pé-Duro and Pantaneiro, with a view to the conservation of animal genetic resources, in order to maintain the genetic variability within breeds, avoiding inbreeding, through proposals from matings based on genealogy. Samples of hair bulb from 1073 Curraleiro Pé-Duro cattle from nineteen herds and 290 Pantaneiros from four herds were analyzed. Amplification of 27 DNA microsatellites was performed by PCR. The average number of alleles per locus, allele frequency, heterozygosity expected and observed and polymorphic information content were calculated. For each animal an opinion of the affiliation control was issued. Large allelic variability was observed for the breeds, where the Curraleiro Pé-Duro presented an average of 8,70 alleles per loco and the Pantaneiro 6,70. The values of expected and observed heterozygosity were 0,713 and 0,653, respectively, for the Curraleiro Pé-Duro and 0,701 and 0,672 for Pantaneiro. The average value of polymorphic information content for the Curraleiro Pé-Duro was 0,671 and for the Pantaneiro 0,655. The probability of combined exclusion for the breeds was 0,99992. The mating lots were set at the minimum male:female ratio of 1:13 to the maximum of 1:26 for the Curraleiro Pé-Duro and 1:13 to 1:21 for the Pantaneiro, depending on the size of the herd. The paternity tests enabled the elaboration of reproductive programs for the herds, aiming to improve the genetic management of these populations, avoiding inbreeding. Both breeds showed great genetic variability inside of breeds, demonstrating that although they are in extinction have herds with a lot of genetic diversity. Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Goiás - FAPEG

Tese de Doutoramento em Genética Molecular Comparativa e Tecnológica A aveleira (Corylus avellana L.), pertencente à família Betulaceae e à ordem Fagales. Esta espécie é originária da Europa e Ásia Ocidental e é cultivada há mais de 5000 anos. Ao longo dos últimos séculos, a maioria das variedades cultivadas foram selecionadas a partir de populações silvestres. Em Portugal, a aveleira encontra-se na região norte e centro. Desde a década de 90 que a sua produção está em declínio, podendo conduzir ao desaparecimento das variedades locais (“landraces”). A avaliacao da diversidade genética de espécies silvestres e populações locais revela-se de grande importância para a sua utilização e para a gestão das coleções existentes. Com o objetivo de avaliar a diversidade genética e conhecer as relações filogenéticas das aveleiras portuguesas e variedades comerciais, procedeu-se ao estudo de 58 genótipos, incluindo variedades locais, silvestres e comerciais, ao nível morfológico, molecular e bioquímico. No Capítulo 1 apresenta-se uma revisão bibliográfica sobre a origem e a domesticação da aveleira, os marcadores moleculares, os alelos de incompatibilidade (alelos S) e a composição nutricional dos frutos. A avaliação da diversidade genética ao nível do DNA cloroplastidial (cpDNA) através de microssatélites (cpSSR), encontra-se no Capítulo 2. Quatro dos dez loci estudados revelaram-se polimórficos. Encontraram-se, no total, onze haplótipos, sendo o haplótipo A o mais frequente, quer nas variedades locais quer nas comerciais. Nos genótipos silvestres detetaram-se quatro haplótipos exclusivos (H, I, J e L). Esta diversidade pode indicar o norte de Portugal como um potencial refúgio durante o último período glaciar. A diversidade genética e as relações filogenéticas, avaliadas através de marcadores inter-microssatélites (ISSRs) e Polimorfismo de Comprimento de Fragmentos Amplificados (AFLPs), apresentam-se no Capítulo 3. Foram obtidos um total de 570 marcadores, dos quais 541 (95,03%) se revelaram polimórficos. Os valores dos índices de similaridade variaram entre 0,239 para as variedades comerciais versus genótipos silvestres, e 0,143 para as variedades locais versus genótipos silvestres. As relações filogenéticas distribuíram as aveleiras por três grupos, mostrando uma clara separação dos genótipos silvestres das variedades locais e comerciais. No Capítulo 4 apresentam-se os resultados da análise com microssatélites (SSRs) nucleares, para a avaliação das relações filogenéticas. O nível de polimorfismo encontrado foi elevado, conforme o indicado pela heterozigocidade média esperada (0,74), pela heterozigocidade média observada (0,71) e pelo conteúdo de informação de polimorfismo (0,78). O dendrograma mostrou uma clara separação dos genótipos silvestres, variedades locais e variedades comerciais. Os resultados reforçam a hipótese de que os genótipos silvestres constituem um ‘hotspot’ de diversidade e fornecem pistas sobre a origem de algumas variedades locais. Os resultados obtidos para a identificação dos alelos S encontram-se no Capítulo 5. Para este estudo foram utilizadas variedades locais de aveleira que foram polinizadas no campo, com pólen de genótipos cujos alelos S são conhecidos. Três variedades locais revelaram ter o alelo S2, duas apresentaram o alelo S5, e quatro, um dos quatro alelos S3, S5, S10, S18. Uma variedade local foi compatível com todos os 17 alelos S testados, e em duas foi possível identificar dois alelos, S5 e S9. A variabilidade fenotípica e a composição nutricional dos frutos apresentam-se no Capítulo 6. Nas variedades locais observou-se o valor médio mais elevado para o peso do fruto, peso do miolo e teor em óleo, tendo as variedades comerciais apresentado os valores médios mais baixos. Os genótipos silvestres revelaram o teor médio mais alto em proteína e os valores médios mais baixos para o teor em aminoácidos essenciais. As variedades comerciais demonstraram os valores médios mais elevados para o teor em aminoácidos essenciais e para os minerais fósforo e ferro. Os valores médios mais altos de potássio, cálcio e boro foram encontrados nas variedades locais, enquanto os genótipos silvestres apresentaram as médias mais elevados em magnésio, zinco, manganésio e sódio. Uma análise baseada em componentes principais e outra hierarquizada permitiram identificar os genótipos mais interessantes (oito variedades locais) relativamente aos caracteres morfológicos e à composição nutricional. No Capítulo 7 apresentam-se as conclusões gerais e as perspetivas futuras Os resultados obtidos neste trabalho podem contribuir para a definição dos melhores polinizadores para o planeamento de novos pomares e desenvolvimento de novas variedades. A diversidade genética encontrada nos genótipos silvestres e nas variedades locais pode fornecer informações relevantes para a conservação da diversidade genética ainda existente. O elevado teor em óleo e o reduzido teor em ácido linoleico podem permitir a seleção de progenitores para programas de melhoramento com o objetivo de aumentar a estabilidade do óleo e o valor nutricional dos frutos. Hazelnut (Corylus avellana L.), belongs to the family Betulaceae and to the order Fagales. This species is native from Europe and Eastern Asia, and is cultivated for more than 5,000 years. During the last centuries, most of the cultivars were selected from local wild populations. Hazelnut is found at north and center of Portugal. Since the 90s, the production of hazelnut has declined, and could allow the lost of landraces. The evaluation of genetic diversity in wild genotypes and local populations is highly important for the use and management of the existent collections. With the aim of evaluating the genetic diversity and understanding the phylogenetic relationships among the Portuguese hazelnut landraces and reference cultivars, it were studied 58 genotypes, including landraces, wild genotypes and reference cultivars, at the morphological, molecular and biochemical levels. In Chapter 1 is presented a review of the origin and domestication of hazelnut, molecular markers, self-incompatibility alleles (S-alleles) and nutritional composition of the fruit. The evaluation of genetic diversity at the cloroplastidial DNA (cpDNA) level by microsatellites (cpSSRs), is presented in Chapter 2. Four out of ten studied loci were polymorphic. In total, 11 haplotypes were detected, and haplotype A was the most frequent in both landraces and reference cultivars. In the wild genotypes were found four exclusive haplotypes (H, I, J and L). This diversity could indicate the North of Portugal as a potential refugium during the last glacial period. The genetic diversity and the phylogenetic relationships, evaluated by inter-simple sequence repeat (ISSR) and amplified fragment length polymorphism (AFLP) markers are presented in Chapter 3. A total of 570 markers was obtained, and 541 (95.03%) revealed to be polymorphic. The similarity indexes ranged from 0.239 for reference cultivars versus wild genotypes, and 0.143 for landraces versus wild genotypes. The phylogenetic relationships distributed the hazelnuts into three groups, showing a clear separation among wild genotypes, landraces and reference cultivars. In Chapter 4 were presented the results achieved with the nuclear microsatellite (SSR) markers for the evaluation of the phylogenetic relationships. The level of polymorphism was high as verified by the mean values of expected heterozygosity (0.74), observed heterozygosity (0.71), and polymorphism information content (0.78). The dendrogram showed a clear separation of the wild genotypes, landraces and reference cultivars. These results reinforce the hypothesis that wild genotypes constitute a hotspot of diversity and provided us clues about the origin of some landraces. The results about the identification of S-alleles are presented in Chapter 5. In this study were used hazelnut landraces that were pollinated in the field with pollens from genotypes with known S-alleles. Three landraces revealed to have the S2 allele, two presented the S5 allele, and four showed one of following alleles S3, S5, S10, or S18. One landrace was compatible with the 17 S-alleles tested, and in two landraces was possible to identify two alleles, S5 and S9. The phenotypic variability and nutritional composition of the fruits are presented in Chapter 6. The landraces showed the highest average for the nut and kernel weight and oil content, while the reference cultivars presented the lowest mean values. The wild genotypes presented the highest amount of protein, and the lowest values in essential amino acids. The reference cultivars demonstrated the highest mean values for essential amino acids and for the minerals phosphorus and iron. The highest average values of potassium, calcium and boron were found in the landraces, whereas the wild genotypes presented the highest averages in magnesium, zinc, manganese, and sodium. An analysis based on the principal components and a dendrogram allowed the identification of the most interesting genotypes (eight landraces) concerning the morphological traits and the nutritional composition. In Chapter 7 are presented the general conclusions and future perspectives. The results obtained in this work, could contribute for the definition of the best pollinators for the planning of new orchards and development of new cultivars. The genetic diversity found on wild genotypes and landraces may provide relevant information for the conservation of the genetic diversity that still remains. The high oil content and the reduced amount of linoleic acid could allow the selection of progenitors for breeding programs with the goal of increasing the kernel oil stability and the nutritional value of the fruits. Fundação para a Ciência e Tecnologia, “Programa Operacional Potencial Humano – POPH”, cofinanciado pelo Fundo Social Europeu (POPH/FSE) e por fundos nacionais (POPH-QREN)

Tese de Doutoramento em Genética Molecular, Comparativa e Tecnológica A Gralha-de-bico-vermelho (Pyrrhocorax pyrrhocorax) tem sofrido uma regressão das suas populações no último século praticamente por toda a sua área de distribuição; tendo mesmo ocorrido a extinção local em muitas regiões onde outrora era comum. A ocorrência desta espécie representa um excelente indicador da qualidade ecológico-ambiental, por ser especializada, alimentando-se sobretudo de insetos ativos no solo, e muito exigente a nível das características dos habitats, muito conotados com a agricultura e pastorícia tradicional. A Península Ibérica é uma das áreas periféricas de distribuição, onde se verifica uma elevada fragmentação das populações potencialmente associada a fatores antropogénicos, não se conhecendo o seu efeito na diversidade genética e dinâmica populacional da espécie. O estudo da estrutura genética das populações de gralha-de-bico-vermelho é de extrema importância considerando a tendência geral de declínio e fragmentação. O desenvolvimento e aplicação de ferramentas de modelação ecológica podem ser fundamentais para propor novas estratégias de gestão e conservação, nomeadamente através da antecipação de futuras consequências ecológicas associadas com alterações antropogénicas no seu habitat. Neste contexto, este trabalho pretende contribuir para a caracterização da diversidade e estrutura genética das populações Ibéricas de Gralha-de-bico-vermelho, assim como analisar e prever a influência de fatores antropogénicos na dinâmica populacional em dois casos de estudo em Portugal (Serra de Aire e Candeeiros e Sagres) via modelação ecológica dinâmico-espacial. A monitorização de 25 núcleos populacionais Ibéricos proporcionou, ao longo dos últimos 30 anos, a recolha de material biológico usado para a genotipagem de 642 indivíduos utilizando marcadores nucleares (microssatélites) e mitocondriais. Em 12 destes núcleos foram anilhadas 8989 aves de forma a monitorizar a dispersão dos indivíduos. Em Portugal as populações de Sagres e da Serra de Aire e Candeeiros foram monitorizadas sazonalmente, acompanhando os bandos nos locais de alimentação, com a caracterização dos habitats preferenciais considerando a sua integração na conceção de um modelo ecológico. Os resultados deste projeto multidisciplinar sugerem uma elevada e inesperada estrutura genética entre as populações Ibéricas, com uma reduzida diversidade genética mais acentuada nas populações periféricas. Considerando a elevada capacidade de dispersão da espécie, a diferenciação genética complexa e extrema observada nestas populações de gralha-de-bico-vermelho é única entre as aves, e apenas comparável a alguns casos reportados para os humanos, primatas selvagens e cetáceos. Este estudo também evidencia uma elevada suscetibilidade da gralha-de-bico-vermelho a alterações antropogénicas (abandono e/ou reconversão da agricultura e pastorícia tradicionais) indicando uma tendência populacional negativa num cenário de abandono em ambas as regiões estudadas. Contudo, quando se simularam medidas de mitigação num cenário de gestão do habitat em áreas importantes de alimentação, verificou-se a minimização do declínio da espécie num contexto generalizado de abandono das práticas tradicionais.Os dados obtidos neste estudo sugerem que a implementação de medidas de gestão/restauração de habitat são prioritárias e urgentes para a conservação das diferentes populações de gralha-de-bico-vermelho, em especial no caso das mais periféricas e fragmentadas. In the last century, the red-billed chough (Pyrrhocorax pyrrhocorax) populations has declined throughout its distribution area, with local extinction in many regions where once was common. The occurrence of this species is an excellent indicator of the ecological and environmental quality because it is a specialized corvid, feeding mainly on active insects in the soil, and very demanding in terms of habitat characteristics, generally connoted with traditional agriculture and pastoralism. Iberian Peninsula is one of the peripheral distribution areas of the species, where there are high levels of population fragmentation potentially associated with anthropogenic factors, being unknown its effect on the genetic diversity and population dynamics. The understanding of chough populations’ genetic structure is of crucial importance given their general declining trends and fragmentation, and the development of predictive ecological modelling tools are of great value to improve management and conservation recommendations, namely by anticipating future ecological consequences associated with anthropogenic habitat changes. In this context, this work aims to contribute to the characterization of the genetic structure and diversity of Iberian chough populations, as well as to analyse and to predict the influence of land use/land cover (LULC) changes on the choughs foraging habitat suitability in two case studies in Portugal (Serra de Aire e Candeeiros and Sagres) using a spatially-dynamic ecological modelling approach (StDM).The monitoring of 25 Iberian chough nuclei over the past 30 years allowed the collection of the biological samples used for genotyping of 642 individuals with nuclear (microsatellites) and mitochondrial markers. A total of 8989 birds of 12 nuclei were ringed in order to monitoring the dispersion patterns. Portuguese populations of Serra de Aire e Candeeiros and Sagres were seasonally monitored, following the flocks in feeding sites, being recorded the preferred habitat characteristics considering its integration in the development of an ecological model. The results of this multidisciplinary project suggest a high and unexpected genetic differentiation between the Iberian chough populations, with a reduced genetic diversity, mainly in the peripheral populations. Considering the high dispersal capacity of the species, the extreme and complex genetic differentiation observed between Iberian choughs is unique among birds, and only comparable to a few cases reported for humans, wild primates and cetaceans. Our study also evidences a high susceptibility of the choughs to anthropogenic changes (abandonment and/or reconversion of traditional agriculture and pastoralism), indicating a negative population trends in an abandonment scenario. However, when mitigation measures were simulated in a habitat management scenario of important foraging areas, it was observed the minimization of species decline in a generalized context of abandonment of traditional practises. Therefore, our findings indicate that the implementation of urgent habitat management/restoration actions is a conservation priority for the chough populations, especially in the most peripheral and fragmented distribution areas. Portuguese Foundation for Science and Technology (FCT) through the POPH/FSE program (Programa Operacional Potencial Humano/Fundo Social Europeu)

The macaw palm, Acrocomia aculeata (Jacq.) Lodd. ex Mart., is a Brazilian native species with great potential for biofuel production. The aim of this work was to analyze macaw palm genetic diversity to structure and assist in the definition of sampling strategies for germplasm banks. Forty-six microsatellite markers, from which seven polymorphic markers were used to evaluate 103 macaw palm individuals collected from different Brazilian locations. The polymorphic markers were used to generate a dissimilarity matrix by weighted index. The imaging of genetic variability was realized by 3D projection of matrix dissimilarity. Sixty-seven individuals had their ITS region sequenced and aligned, and the mutations found were used to generate a haplotype network. The average genetic distance identified between individuals was 76.2%, ranging from 3.7 to 100%. Genetic variability structure was not found. ITS region sequencing of the 67 individuals revealed four polymorphic sites, defining four haplotypes. The results of this study suggest that historically, macaw populations were strongly connected, indicating a recent population expansion of the species. The results indicate that macaw genetic variety sampling should focus on effective collection in selected locations. Areas such as Caatinga and Humid Chaco however, could present new sources of genetic variability, and should be studied. RESUMO A macaúba, Acrocomia aculeata (Jacq.) Lodd. ex Mart.), é uma das espécies nativas brasileiras com maior potencial para a produção de biocombustíveis. O objetivo deste trabalho foi analisar a diversidade e estruturação genética de macaúba para auxiliar na definição de estratégias de amostragem para bancos de germoplasma. Quarenta e seis marcadores microssatélites, dos quais sete marcadores polimórficos foram utilizados para avaliar 103 indivíduos de macaúba coletados em diferentes regiões do Brasil. Os marcadores polimórficos foram utilizados para gerar uma matriz de dissimilaridade pelo índice ponderado. A visualização da variabilidade genética foi realizada através de uma projeção 3D da matriz de dissimilaridade. Sessenta e sete destes indivíduos tiveram sua região ITS sequenciada e alinhada, e as mutações encontradas foram utilizadas para gerar uma rede de haplótipos. A distância genética média identificada entre os indivíduos foi de 76,2%, variando de 3,7 a 100%. Não foi encontrada estruturação da variabilidade genética. O sequenciamento da região ITS dos 67 indivíduos revelou quatro sítios polimórficos, definindo quatro haplótipos. Os resultados obtidos neste estudo sugerem que as populações de macaúba estiveram fortemente conectadas historicamente, indicando recente expansão populacional da espécie. Os resultados indicam que a amostragem da variabilidade genética de macaúba deve estar focada em coletas mais robustas em poucos locais, mas áreas como Caatinga e Chaco Úmido podem apresentar novas fontes de variabilidade genética, e devem ser melhor estudadas.

The loss of large areas of Cerrado (Brazilian savanna) in Brazil can lead to reduced biodiversity and to the extinction of species. Therefore, the present study aimed to investigate the genetic fragility of populations of Copaifera langsdorffii Desf exposed to different anthropic conditions in fragments of Cerrado in the state of São Paulo. The study was carried out in two Experimental Stations operated by the Forest Institute (Assis and Itirapina), in one fully protected conservation unit (Pedregulho) and in one private property (Brotas). Analyses were conducted using leaf samples from 353 adult specimens and eight pairs of microsatellite loci. The number of alleles per locus ranged from 13 to 15 in all populations, but the mean number of effective alleles was approximately half this value (7.2 to 9-1). Observed heterozygosity was significant and lower than the expected in all populations. Consequently, all populations deviated from Hardy-Weinberg expected frequencies. Fixation indexes were significant for all populations, with the Pedregulho population having the lowest value (0.189) and Itirapina having the highest (0.283). The analysis of spatial genetic structure detected family structures at distance classes of 20 to 65 m in the populations studied. No clones were detected in the populations. Estimates of effective population size were low, but the area occupied by each population studied was large enough for conservation, medium and long term. Recent reductions or bottlenecks were detected in all four populations. Mean Gst’ (genetic divergence) indicated that most of the variation was within populations. Cluster structure analysis based on the genotypes detected K= 4 clusters with distinct allele frequencies patterns. The genetic differentiation observed among populations is consistent with the hypothesis of genetic and geographic isolation. Therefore, it is essential to adopt conservation strategies that raise the gene flow between fragments. Considerando que a perda de grandes áreas de Cerrado no Brasil pode levar à diminuição da biodiversidade e, mesmo, à extinção de espécies, questiona-se a fragilidade genética de populações de Copaifera langsdorffii Desf. expostas a diferentes condições antrópicas em fragmentos de Cerrado do Estado de São Paulo. Foram consideradas duas áreas em Estações Experimentais do Instituto Florestal (Assis e Itirapina), uma área em unidade de conservação de proteção integral (Pedregulho) e outra área de propriedade particular (Brotas). As análises foram realizadas com amostras foliares de 353 indivíduos adultos e oito pares de locos microssatélites. O número de alelos por loco variou de 13 a 15 em todas as populações, porém o número médio de alelos efetivos foi aproximadamente a metade desse valor (7,2 a 9-1). As estimativas de heterozigosidade observada foram significativas e ficaram abaixo dos valores esperados em todas as populações. Consequentemente, as populações não aderem às frequências esperadas para o Equilíbrio de Hardy-Weinberg. O índice de fixação obteve valores significativos em todas as populações; o menor valor foi da população de Pedregulho (0,189) e o maior, da população de Itirapina (0,283). As análises de estrutura genética espacial indicaram a formação de estrutura familiar entre 20 e 65 m nas populações. Não foi detectada a presença de clones. As estimativas de tamanho efetivo populacional foram baixas, no entanto as populações possuem área mínima viável para conservação no curto e médio prazos. Foram identificadas reduções recentes ou efeito de gargalo nas quatro populações. As análises de divergência genética (Gst’) indicaram que a maior parte da divergência se encontrava dentro das populações. A análise de estrutura de grupos com base nos genótipos resultou em K = quatro grupos, com padrões de frequências alélicas distintas. A diferenciação genética observada entre as populações é consistente com a hipótese de seu isolamento genético e geográfico. Portanto, é imprescindível a adoção de estratégias de conservação que aumentam o fluxo gênico entre os fragmentos.

Machaerium villosum is an important tree species from Southeastern Brazil. We report hereby 10 new microsatellite markers to investigate the structure and genetic diversity of this species. Ninety-seven alleles were detected in 60 specimens from a natural population in Minas Gerais State. High genetic diversity has been found. The mean observed and expected heterozygosities were 0.771 and 0.802, respectively. One locus showed significant Hardy-Weinberg departure and five loci combinations showed significant linkage disequilibrium. These 10 new microsatellite loci will be used to evaluate the genetic diversity of this species in order to understand the fragmentation effects of the Brazilian Atlantic Rain Forest.

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Ecologia, 2016. Os hábitats naturais estão cada vez mais fragmentados e sujeitos a queimadas, derrubada de árvores e presença de gado. Esta redução populacional leva a gargalos genéticos, efeito fundador, deriva genética e redução no fluxo gênico. O Cerrado brasileiro é a mais rica savana do mundo mas já perdeu metade da sua vegetação original. Dentre as espécies endêmicas do Cerrado, encontram-se o araticum (Annona crassiflora Mart.) e cagaita (Eugenia dysenterica DC.). Tais espécies se destacam pelo seu potencial de exploração econômica através do extrativismo de seus frutos. O objetivo dessa tese foi determinar os efeitos da fragmentação e distúrbios antrópicos na diversidade genética, estrutura espacial genética e endogamia em A. crassiflora e E. dysenterica. Para isso coletamos folhas de 30 indivíduos adultos em seis populações de cada espécie. Três populações eram localizadas em áreas grandes e protegidas sem histórico recente de distúrbios e outras três populações em áreas pequenas, isoladas e com sinais de distúrbios antrópicos. Para a diferenciação dos indivíduos utilizamos 10 marcadores SSR já desenvolvidos para araticum e 13 para cagaita desenvolvidos na tese. Com os dados da genotipagem determinamos o polimorfismo, heterozigosidade e estrutura genética espacial. Todas as populações apresentaram alto polimorfismo e diversidade genética. Contudo, não houve diferenças significativas entre as áreas controle e degradadas, além de não ter sido observada uma forte estrutura genética nessas áreas. Populações degradadas podem não ter sido afetadas devido à já alta diversidade genética natural encontrada em todas as populações estudadas ou que ainda há fluxo gênico entre populações degradadas. Além disso, é possível que tenham sido estudadas árvores que existiam antes da redução populacional, refletindo assim uma diversidade genética pré-degradação. Nossos resultados mostram que áreas pequenas e fragmentadas podem manter a diversidade genética in situ de A. crassiflora e E. dysenterica. Natural habitats are increasingly fragmented and subject to burning, cutting trees and cattle. This population reduction leads to genetic bottlenecks, founding effect, genetic drift and reduction in gene flow. The Brazilian Cerrado is the richest savannah in the world but has lost half of its original vegetation. Among the endemic species of the Cerrado, are araticum (Annona crassiflora Mart.) and cagaita (Eugenia dysenterica DC.). Such species stand out for their potential for economic exploitation through the extraction of their fruits. The aim of this thesis was to determine the effects of fragmentation and anthropic disturbances on genetic diversity, genetic spatial structure and inbreeding in A. crassiflora and E. dysenterica. We collected leaves of 30 adult individuals in six populations of each species. Three populations were located in large, protected areas with no recent history of disturbances and three other populations in small, isolated areas with signs of anthropogenic disturbances. For the differentiation of the individuals we used 10 SSR markers already developed for araticum and 13 for cagaita developed in the thesis. With the genotyping data, we determined the polymorphism, heterozygosity and spatial genetic structure. All populations showed high polymorphism and genetic diversity. However, there were no significant differences between the control and degraded areas, nor was there a strong genetic structure in these areas. Degraded populations may not been affected due to the already high natural genetic diversity found in all populations studied or that there is still gene flow among degraded populations. In addition, it is possible that trees that existed prior to population reduction have been studied, thus reflecting a pre-degraded genetic diversity. Our results show that small and fragmented areas can maintain the in situ genetic diversity of A. crassiflora and E. dysenterica.

In recent years, anthropogenic factors such as pollution, overfishing, and construction of hydroelectric plants have significantly impacted natural fish populations. Research focusing on genetically evaluation of these impacts is necessary to objectively target conservation programs. The aim of this study was to evaluate the genetic diversity of Curimba (Prochilodus lineatus), Pacu (Piaractus mesopotamicus), and Piracanjuba (Brycon orbignyanus) populations from the Água Vermelha Reservoir, Rio Grande-SP. Microsatellite loci were amplified, producing 56, 24, and 26 alleles for the populations of the three species, respectively. The number of alleles per locus ranged from three to ten for P. lineatus, two to five for P. mesopotamicus, and two to four for B. orbignyanus. The observed heterozygosity (Ho) was higher in the P. lineatus population (0.547), relative to the P. mesopotamicus and B. orbignyanus populations (0.473 and 0.527, respectively). The mean values of Ho were lower than the average expected heterozygosity (He) in the three species, being corroborated by the positive inbreeding coefficient (Fis). Deviations from the Hardy-Weinberg equilibrium (HWE) were found in five, three, and two loci for P. lineatus, P. mesopotamicus, and B. orbignyanus, respectively. Wilcoxon tests revealed recent bottlenecks in the three species, evidenced by a significant excess of heterozygotes (p < 0.05) detected only in the Infinite Allele Model (IAM). In conclusion, adequate genetic variability was observed in the three populations with the presence of heterozygous deficits. Nos últimos anos, fatores antrópicos como poluição, sobrepesca e construção de hidrelétricas têm impactado significativamente as populações naturais de peixes. Pesquisas que permitam avaliar geneticamente esse impacto são necessárias para orientar objetivamente programas de conservação. O objetivo do presente estudo foi avaliar a diversidade genética de populações de Curimba (Prochilodus lineatus), Pacu (Piaractus mesopotamicus) e Piracanjuba (Brycon orbignyanus) provenientes do reservatório de Água Vermelha, Rio Grande-SP. Foram amplificados loci microssatélites que produziram 56, 24 e 26 alelos para as populações das três espécies, respectivamente. O número de alelos por locus variou de três a dez para P. lineatus, dois a cinco para P. mesopotamicus e dois a quatro para B. orbignianus. A heterozigosidade observada (Ho) foi mais elevada na população de P. lineatus (0,547) em relação às populações de P. mesopotamicus e B. orbignyanus (0,473 e 0,527, respectivamente). A média dos valores de Ho foram inferiores à média de He nas três espécies sendo corroborado pelo Fis positivo observado. Foi encontrado desvio do equilíbrio de Hardy-Weinberg (HWE) em cinco loci para P. lineatus, três loci para P. mesopotamicus e dois em B. orbignyanus. A análise de bottleneck revelou excesso de heterozigotos (p < 0,05) pelo teste de Wilcoxon nas três espécies apenas no modelo Infinite Allele Model (IAM). Foi observada adequada variabilidade genética nas três populações com a presença de déficit de heterozigotos.