Objective For measurement of progress towards the Millennium Development Goal (MDG) 1, reliable data on nutrition indicators of specific countries are essential. Malnutrition is also the main determinant for childhood mortality, which is addressed in MDG 4. Methods In the health and demographic surveillance area of Kossi Province in north-western Burkina Faso, nutritional parameters were compared in two cohorts of young children of the same age range from eight villages. Surveys took place in June and December of the year 1999 and 2009. A multivariate model was used to control for confounding variables. Results For the 1999 study, data were analysed for 179 and 197 children who took part in the June and December survey respectively. In 2009, corresponding data were analysed for 460 and 409 children. Prevalence of underweight was highest in December 1999 (42.6%) and lowest in December 2009 (34.1%). After adjustment for age, sex and village, there was a slight but not always significant improvement in the z-scores of weight-for-age, weight-for-length, length-for-age, and mid-arm circumference over time. Conclusions The findings from this study confirm the still unacceptable high prevalence of malnutrition in young children of rural sub-Saharan Africa (SSA). Progress in the reduction of malnutrition remains slow on this continent making it rather unlikely that the corresponding MDGs will be achieved. Large-scale multi-sectoral community-based interventions are urgently needed for a sustainable improvement of child health in SSA. Objectif: Pour la mesure des progres realises vers l’Objectif du Millenaire pour le Developpement (OMD) 1, des donnees fiables sur les indicateurs de nutrition specifiques des pays sont essentielles. La malnutrition est egalement le principal determinant de la mortalite infantile, qui est aborde dans l’OMD 4. Methodes: Dans la zone de surveillance demographique et de sante de la province de Kossi, dans le nord-ouest du Burkina-Faso, les parametres nutritionnels ont ete compares dans deux cohortes de jeunes enfants de la meme tranche d’âge provenant de huit villages. Les enquetes ont eu lieu en juin et decembre 1999 et 2009. Un modele multivarie a ete utilise pour controler pour les variables confusionnelles. Resultats: Pour l’etude de 1999, les donnees ont ete analysees pour 179 et 197 enfants qui ont participe respectivement a l’enquete de juin et decembre. En 2009, les donnees correspondantes ont ete analysees pour 460 et 409 enfants. La prevalence de l’insuffisance ponderale etait la plus elevee en decembre 1999 (42,6%) et la plus faible en decembre 2009 (34,1%). Apres ajustement pour l’âge, le sexe et le village, il y avait une legere amelioration, mais pas toujours significative dans les z-scores du poids pour l’âge, le poids pour la taille, la taille pour l’âge et le perimetre brachial, au cours le temps. Conclusions: Les resultats de cette etude confirment la prevalence toujours elevee et inacceptable de la malnutrition chez les jeunes enfants des regions rurales de l’Afrique subsaharienne. Les progres realises dans la reduction de la malnutrition restent lents sur ce continent, rendant plutot improbable l’atteinte des OMD correspondants. Des interventions multisectorielles a grande echelle basees sur la communaute sont urgemment necessaires pour une amelioration durable de la sante de l’enfance en Afrique subsaharienne. Objetivo: Para medir el progreso hacia el Objetivo de Desarrollo del Milenio (ODM) 1, es esencial contar con datos fiables sobre los indicadores nutricionales para paises especificos. La desnutricion es tambien el principal determinante de mortalidad infantil, del cual se ocupa el ODM 4. Metodos: En el area de seguimiento sanitario y demografico de la provincia de Kossi, al noroeste de Burkina Faso, se compararon los parametros nutricionales para dos cohortes de ninos pequenos, con el mismo rango de edad, pertenecientes a ocho poblados. Las encuestas se realizaron en Junio y Diciembre de los anos 1999 y 2009. Se utilizo un modelo multivariado para controlar variables de confusion. Resultados: Se analizaron datos del estudio de 1999 de 179 y 197 ninos, que participaron en las encuestas de Junio y Diciembre respectivamente. Para el 2009 se analizaron datos correspondientes a 460 y 409 ninos. La prevalencia de bajo peso era mayor en Diciembre de 1999 (42.6%) y menor en Diciembre del 2009 (34.1%). Despues de ajustar para edad, sexo y poblacion, habia una pequena pero no siempre significativa mejora en los z-scores de peso-por-edad, peso-por-altura, altura-por-edad, y circunferencia del brazo a lo largo del tiempo. Conclusiones: Los hallazgos de este estudio confirman que la desnutricion continua teniendo una prevalencia inaceptablemente alta entre ninos pequenos de zonas rurales del Africa subsahariana. El progreso de reduccion de la desnutricion continua siendo lento en este continente, lo cual hace que sea improbable que los ODM correspondientes puedan ser alcanzados. Se requiere urgentemente realizar intervenciones a gran escala, multisectoriales y basadas en la comunidad, para conseguir una mejora sostenible en la salud infantil en Africa subsahariana.