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Rice is considered as a crop sensitive to salinity; however, it is grown mainly in deltaic areas with salt problems all over Europe. European rice breeding programs (France, Greece, Italy, Portugal and Spain) have established an European Rice Genetic Resources Collection (ERGRC) of some 450 accessions, mainly temperate japonica, extensively characterised for agronomic traits and maintained by CIRAD. The main goal of the present study is to identify within this collection, a set of best performing genes and alleles for salinity tolerance, as well as the associated donors and molecular markers for use in breeding programs. In order to obtain the general organisation structure of the ERGRC we assessed its genetic diversity through a Bayesian analysis of genotypic data over 26 SSR loci. A sub-sample of 200 accessions maximizing simultaneously allele number and allelic associations was then extracted for association analysis. The sub-sample was phenotyped for salinity tolerance at an early vegetative stage under controlled conditions, being leaf Na+/K+ ratio the most discriminating trait. Based on literature review, we assembled a list with more than 100 rice candidate genes for salt tolerance, which are involved in signaling, ion homeostasis, stress tolerance, transcription regulation, general metabolism and unknown functions. With this information, we developed a database of rice QTLs and candidate genes for salinity tolerance (http://tropgenedb.cirad.fr/html/rice_QTL.html). We selected 16 of these candidate genes for association analysis. SSR markers were used for the association analysis. A first set of 58 common SSR (www.gramene.org) covering these particular genes was used. In addition, we designed 320 SSR markers covering 100 kb up and downstream each candidate gene. In the end, we selected four of the designed SSR markers, the two closest to the gene and one in each end of the linkage disequilibrium region (100 kb each gene side). Results of association analysis between 16 target areas (using 60 SSR) and a dozen salinity tolerance traits are presented. Methodological constraints stem from the use of multi-allelic markers are discussed. (Texte intégral)

The general objective of the EU-funded EURIGEN project is the characterisation and exploitation of European ricegenetic resources of the temperate rice growing area, to enhance competitiveness of Europe in rice production, andalleviation of biotic and abiotic constraints typical of the Mediterranean area. This goal is achievable by means of theacquisition, evaluation and conservation of existing rice accessions, and identification of new genetic materials targetedat sustainable agricultural systems, making use of the most updated genomic tools. The project has two major targets: i)identification and conservation of genetic resources and ii) identification of valuable sources of new genes and alleles foragronomic and quality traits relevant to breeding programs. The main platform of the project is the classification,maintenance and regeneration of the temperate rice germplasm bank. A panel of 455 rice accessions relevant forbreeding programs in European growing areas were analysed at both phenotypic and genotypic level. A centralisedseed bank of the collection was established and a DNA biorepository organised in bar-coded 96-well plates was createdand made available to the EURIGEN partners. A core collection of 200 rice accessions was selected based uponphylogenetic analyses and phenotyped in the field and controlled conditions for adaptation to biotic and abiotic stressesincluding blast, reduced water availability and salinity. To identify molecular markers associated with the adaptation traitsas well as alleles ensuring the best performance under stress, the 200 accessions were genotyped with 384 SNPs usingthe high-throughput ILLUMINA BeadExpress genotyping platform. The SNPs were selected in candidate genes involvedin stress responses based on literature data and preliminary results from ongoing projects at international level. Theintegration of phenotypic and genotypic data will enable us to carry out association analyses and valorise the existingnatural variation to devise novel strategies of rice improvement in EU countries. The EURIGEN actions pursue thegeneral objectives in accordance with the assessments of the FAO International Treaty on Plant Genetic Resources forFood and Agriculture, and the Council Regulation (EC 870/2004) establishing a Community Programme on theconservation, characterization, collection and utilization of genetic resources in agriculture. (Texte intégral)

Le riz est la culture vivrière principale de Madagascar où une expansion de nouveaux champs irrigués de bas-fonds est presque impossible. Le défi est donc d'intensifier la riziculture de bas-fond et développer de nouveaux systèmes de production à baseriz pour l'écologie de plateau qui avait connu du succès autrefois. Les populations de pyriculariose sont venues à bout de la résistance du premier ensemble de variétés de plateaux homologuées, occasionnant de lourdes pertes, en particulier dans les systèmes de riziculture intensifs. Les conditions froides et humides des hauts plateaux augmentent le risque de stérilité des panicules et favorisent les épidémies de pyriculariose. La nouvelle sélection a donc mis l'accent sur l'élargissement de la base génétique en insistant sur la tolérance à la pyriculariose par l'introduction de matériels génétiques nouveaux et l'investigation plus poussée de la diversité génétique locale. Les variétés locales traditionnelles du Népal comme Jumli Marshi ou Chhomrong Dhan, bien adaptés aux milieux froids et à l'altitude, se sont avérés des donneurs intéressants et ont un bon comportement en conditions de plateau. Un mélange de stratégies de sélection (croisements bi-parentaux, améliorations récurrentes des populations et rétrocroisements assistés par marqueurs pour l'introgression de trois gènes de résistance à la pyriculariose (Pi1, Pi2, Pi33) dans les variétés sensibles F154 et F152) ont été réalisés pour créer de nouvelles variétés adaptées résistantes à la pyriculariose. De nouveaux systèmes culturaux et des stratégies intégrées de gestion des ravageurs pour la riziculture de plateau sont aussi en train d'être étudiés pour une durabilité dans un écosystème aussi extrême et que fragile. Les lignées de plateau développées à Madagascar ont déjà été évaluées avec succès dans les hauts plateaux des Andes en Colombie et Bolivie.(Texte intégral)

Une analyse des recherches en génétique et amélioration des plantes (GAP), de la génomique à la production de semences, conduites au Cirad a été entreprise dans la perspective -1- de renforcer leur intégration et leur polarisation vers l'impact et -2- d'adapter leur contour aux priorités scientifiques de l'établissement et aux défis de production de connaissances, d'innovation au service du développement et de la production - gestion de biens publics. Le cadre d'analyse retenu est un continuum de domaines thématiques allant de la connaissance et gestion de l'agrobiodiversité (DT1) à la création-diffusion variétale (DT3), en passant par la connaissance des bases biologiques des caractères d'intérêt agronomique (DT2). Les recherches en GAP conduites par le Cirad sur une vingtaine d'espèces ou de groupes d'espèces végétales sont caractérisées en termes de : ressources humaines mobilisées, importance du partenariat, types de partenaires, relais identifiés pour l'utilisation/valorisation des produits de la recherche, importance des autres équipes (hors Cirad) conduisant des recherches similaires, position du Cirad par rapport aux autres équipes en termes d'excellence et/ou d'originalité des recherches, ainsi qu'en termes de production scientifique et technique. De même, pour chaque espèce végétale, le positionnement des recherches en GAP par rapport aux missions et priorités du Cirad, ainsi que leurs atouts pour contribuer à la réalisation de ces missions, sont documentés [...].

La diversité génétique de riz traditionnels de Madagascar a été étudiée sur la base de 39 caractères morpho-physiologiques et 19 isozymes. La comparaison avec les riz asiatiques et africains révèle l'existence de nouveaux types variétaux non compris dans les schémas de classification existants. Ces types sont pour la pluspart des cultivars de bas fonds cultivés dans la région de plateau entre 1000 et 1500 m. D'un point de vue morphophysiologique, ils sont au croisement des types indica et japonica tropicaux pour les caractères principaux, bien qu'ils soient les plus grands. Les données isozymiques montrent une diversité génétique globale limitée et une structure bipolaire marquée, similaire à la structure classique indica-japonica avec cependant une prédomonance particulière de l'allèle 2 au locus-1, formant des types multilocus rares ou absents en Asie. Les associations classiques entre quelques isozymes et quelques caractères morphologiques n'existent presque pas. L'introduction des riz d'Asie à Madagascar a été accompagné d'un effet fondateur important et suivi d'une recombinaison intensive entre sous-espèces. L'adaptation à de nouvelles zone écologiques s'est produite sans désorganisation importante des complexes de sous espèces de gènes co-adaptés

The genetic architecture of rice root system has been extensively studied by teams interested in improving drought resistance of rice. Many papers have been published in the last 10 years on QTL detection for root parameters in several populations. These combined data could be extremely helpful for candidate gene identification or QTL cloning provided an easy access to the whole data is possible. Our objective was to store the relevant data in an easy to query database and synthetize these results in a way useful for geneticists interested in rice root system through a metaQTL analysis. We extracted from 24 papers all relevant information on QTLs controlling root parameters. A database of 689 QTLs for 29 traits detected in 12 populations was constituted. The physical position on the pseudochromosomes of the markers flanking the QTLs was determined. For this purpose, Gramene data or sequence information were used when available. Otherwise, as in the case of AFLPs, the nearest marker with a known sequence was used. An overview of the number of QTLs in segments of 5 Mb covering the whole genome is presented. Areas with a large density of QTLs for any given traits were further explored through a meta-QTL analysis approach using the software package BioMercator. The method allowed us to determine the likely number of true QTLs in these areas using an Akaike information criterion, and estimate their position . The consensus QTL confidence interval was generally reduced. Existing bioinformatics tools such as OrygenesDB (http://orygenesdb.cirad.fr/) can be used to list the genes underlying consensus QTL confidence intervals. The QTL basic information will be soon available to the scientific community in Tropgene database. (http://tropgenedb.cirad.fr/). Complex queries on the experimental conditions in which QTL were detected will be possible. Beside root data, the database includes similar data on other drought avoidance or drought tolerance trait.

Les variétés traditionnelles sont importantes pour les paysans et pour les chercheurs; il faut donc éviter de les perdre. Pourtant, la culture des variétés améliorées peut provoquer la perte des variétés traditionnelles, c'est le cas dans beaucoup de pays comme en Chine ou en Inde. Es-ce que c'est le cas en Guinée? Les variétés NERICA améliorées par I'ADRAO, introduites et diffusées récemment en Guinée ont-elles provoqué la perte de variétés traditionnelles ? Pour répondre à ces questions, une enquête a été conduite sur la période 1996-2001, auprès de 1679 paysans vivant dans 79 villages de la Guinée. II a été demandé à ces paysans de donner les noms des variétés qu'ils connaissent et qu'ils cultivent ainsi que certaines de leurs caractéristiques. Après l'analyse, des informations obtenues, il a été constaté que chaque paysan cultive plusieurs variétés, qu'il y a beaucoup de variétés dans chaque village mais quelques-unes seulement sont cultivées par beaucoup de paysans. Les variétés traditionnelles sont beaucoup plus nombreuses que les variétés améliorées. Enfin, la culture des variétés NERICA n'a pas provoqué l'abandon des variétés traditionnelles parce que les caractéristiques des deux types de variétés sont complémentaires et les paysans cultivent les deux. Les variétés traditionnelles se conservent donc bien dans les villages de la Guinée. Mais des risques de perdre perte existent, en particulier lorsqu'il n'est plus possible de cultiver du riz chaque année du fait de manque de terre.

Rice related research at the "Centre de cooperation internationale en recherche agronomique pour le développement" (Cirad) involves 3 Departments of the Institution: the Annual Crop department (Rice, sorghum, roots and tubers, sugar cane and cotton...) and 2 operational departments organized around Social sciences for rural development (Production systems, farmer's organization, public policies...) and Bio-physical sciences (genetics, plant pathology, modeling...). In the framework of the actual organization of Cirad, rice related research is involved in 13 Research Units and counts with 52 scientists. Rice scientists are working world-wide in developing countries in Africa, Madagascar, Asia and Latin America, in partnership with National & International institutions, NGOs and the private sector. Joint research units are set-up with NARES and based overseas. Also, scientists of partner institutions are hosted in France. The project portfolio in partnership focus on targeted problems for the development: delivering of new improved varieties showing yield stability and potential, and grain quality, but also adequate cropping practices. Within Cirad, rice research is based on network activities between different scientific disciplines and units in France and in targeted developing countries. The challenges for the coming years are to make better known the methodological achievements to a larger number of potential users, for example in rice synthetic population breeding, hybrids and blast resistance and to make rice research at Cirad pivotal for potential partners (NARES, others IARCs, the private sector and global initiatives like the Generation Challenge Program).

The new resources developed are already used in many fine mapping projects. This integrative genetic map provides a common representation framework and is a potential tool for gene positional cloning, marker-assisted selection and in silico QTL/genes co-localisation. It can also be used for comparative genomic studies by using anchor probes as bridge points to test local synteny and candidate genes of other cereals. The next step will be the integration of markers from other major rice genetic maps (Nipponbare x Kasalath) to enlarge the compilation to other genes and QTLs.

Water use efficiency is an important target for breeders in drought prone environments in order to save water resources. However direct evaluation of this trait is difficult. Carbon isotope discrimination (CID) has been proposed for several years as an index of water-use efficiency at the leaf level. The genetic dissection of this trait and other relevant parameters for water-use efficiency has been initiated in rice, within a NSF program; through a QTL analysis and fine mapping strategy. We report here QTL results on two segregating populations from the cross IR64xAzucena for carbon isotope discrimination, leaf morphological parameters, gas exchange data, stomatal conductance and leaf ABA concentrations, in greenhouse experiments. Globally, CID was correlated negatively with leaf width and plant height, and positively with leaf curling. Three significant QTLs have been identified for CID, two of them being antagonists on chromosome 4, and one other located on chromosome 5. The near-centromeric region of chromosome 4 presents a cluster of QTLs for CID, photosynthesis rate and stomatal conductance, supporting the involvement of carbon assimilation and stomatal conductance in the genetic variation of carbon isotope discrimination at this particular locus. However, the two other QTLs (on chromosome 4 long arm and on chromosome 5) may be rather related to structural variation in plants. Our data are compared with results obtained on other crosses and across cereals. Perspectives for a genomic analysis of water-use efficiency are presented.

The highlands and high elevation areas of the inter-tropical regions of Asia, Africa and Latin America where rice is often the staple crop and food, are often characterised by a poor and fragile environment. Rapid demographic growth has broken the balance between the productivity of the traditional agricultural systems and the nutritional and cash-income needs of the population having to face food security. The high plateaux of Madagascar are a typical example of this situation. Rice is the staple food in this densely populated area. Farmers traditionally grow irrigated or rainfed lowland rice wherever possible, with admirable developments in inland valleys and terraces on hillsides. But as early as the end of the 1970s, the population has had to face the challenges of a growing demand for rice, the stagnation of rice yields in irrigated lowlands, and the scarcity of new lowland areas which could be devoted to rice cultivation. In other respects, because of the lack of suitable varieties, they couldn't grow upland rice on their vast upland stretches. Indeed, upland rice growing was limited to altitudes lower than 1,200 m. In the mid-1980s, CIRAD and FOFIFA launched a research program for the highlands with the aim of pushing forward the frontier of upland rice growing areas in high elevation areas of the tropics. This program was then consolidated with research on cropping practices that ensure the sustainability of upland rice based cropping systems. The program started in the high plateaux of Madagascar, and soon became a cross-continent collaborative research project - Andean area of Colombia and high altitude area of tropical China. Its results have opened up new prospects for some of the poorest farmers of the inter-tropical areas. Thanks to the creation of a new generation of upland rice variety, cold tolerant, of a short duration and of adapted eating qualities, it is now possible to cultivate upland rice as high as 1,800m above sea level. Rice cropping systems based on direct seeding on permanent plant cover without soil tillage were tested. The results are promising. As the new varieties proposed match the farmers¿ real needs, adoption is spectacularly fast in Madagascar as well as in the Colombian Andean areas. The global challenges of rice production the world shall face in the coming years are not very different from the ones already faced by the population of the high plateaux of Madagascar: a growing demand for rice while the dominant irrigated model of rice production is running out of steam. In this context, upland rice, thanks to quasi-unlimited cultivation areas and to the improved and sustainable cropping systems now available, offers promising prospects, complementary with the irrigated rice cropping system.

2. PROJECT: P1.4 Creating Low Management Plant Types for Resource-Poor Farmers in Rainfed Ecosystems. The Project goal is to develop "New rice plant types well adapted to low-input upland, hydromorphic and rainfed lowland ecosystems, through interspecific crossing to combine component traits from O. sativa for higher grain yield and enhanced stress-resistance traits from O. glaberrima and indigenous wild species". Because no Logical framework exists, the project documents do not allow a clear identification of the project outlines, outputs and activities. On the basis of the milestones, the EC monitoring team has decided to focus its analysis on five outputs. Output 1: Determination of mechanisms and genetic bases of low management plant type in O. glaberrima. Output 2: Determination of the mechanisms and genetic bases of resistance / tolerance of O. glaberrima to major biotic and abiotic stresses: weed competitiveness, blast, RYMV, AfRGM, drought, acidity, nitrogen and/or phosphorous deficiency, iron toxicity. Output 3: Marker assisted selection method for resistance / tolerance to major biotic and abiotic stresses. Output 4: Improved lines with high yield potential and resistance / tolerance to major stresses for upland and hydromorphic ecosystems. Output 5: Improved lines with high yield potential, and resistance / tolerance to major stresses for rainfed lowland ecosystem. The project is part of WARDA's Program 1, Rainfed rice which is composed of 6 projects. The outputs 4 and 5 of P1.4 are also displayed in two other projects in Program 1. These projects are P1.1 "Sustainable Intensification of Lowland Rice-Based Systems" and P1.2 "Stabilization of Upland Rice-Based Systems under Shortened Fallow". These projects provide the uptake pathways for the results of the project P1.4 which is not directly connected to NARS. The uptake pathway with NARSs is ensured through the ROCARIZ (Réseau Ouest et Centre African du Riz) network.

PROJECT: N°7, Genetic Enhancement for Improving Productivity and Human Health in Fragile Environments. The Project purpose is to "develop superior germplasm that will improve productivity and nutrition, and reduce farmers' risks in diverse fragile environments". "Fragile" is defined as rainfed, or non-irrigated. The Project has six outputs. Outputs 1-4 concern breeding for four specific rice environments: shallow to medium rainfed lowlands, flood-prone and infertile (salinity-affected soils) lowlands, drought-prone uplands, and "water-scarce tropical environment". Outputs 5 (breeding for micronutrient-enriched rice) cut across these five rice ecosystems. Output six (mechanism for promoting superior germplasm) focuses on farmer participation in the whole breeding programme. The Project is part of IRRI's Program 3, Improving livelihood and productivity for fragile environments. Other projects in this program include Project 8, (natural resources and crop management in fragile environments) and Project 9 (Consortium for Unfavorable Rainfed Environments) which provides uptake pathways for genetic research by linking IRRI with national research and extension systems (NARES).

Programmes for the genetic improvement of rice populations through recurrent selection have made little use of molecular markers, even though they could be very helpful in answering some methodological questions. This paper describes major types of molecular markers, and briefly reviews techniques for their use, comparing their respective advantages and drawbacks. Molecular markers can be used in genetic improvement programmes for studying genetic diversity, mapping or marker-assisted selection. Detailed examples are given of the possible uses of markers in a recurrent selection programme for rice, including (1) improved selection of parents constituting the population-their genetic diversity would be maximized; (2) optimising the number of recombination cycles by assessing the evolution of deviation in the panmixia in populations of successive cycles; (3) assessing the effect of population improvement on genetic diversity by comparing the various cycles of recurrent selection or known patterns of diversity; (4) helping to confirm the location of the male sterility gene used for intercrossing and assessing the extent and nature of linkage drag accompanying its use; and (5) detecting quantitative trait loci (QTLs) and manipulating the alleles at these QTLs through marker-assisted selection.

QTLs for rice yellow mottle virus resistance were mapped in a doubled-haploid population of rice, IR64/Azucena. Resistance was under polygenic control and 15 QTLs were detected on seven chromosomal fragments. For all the resistance QTLs detected, the favorable allele was provided by the resistant parent Azucena. Using different resistance parameters and two environments, three genomic fragments involved in resistance were pointed out. These segments were also involved in plant architecture and development. Significant correlations were observed between resistance and tillering ability. A resistance QTL involved in leaf virus content mapped on chromosome 12 (QTL12) was found to be independent of plant morphology. A search of interactions between this QTL and the rest of the genome and between this QTL and morphological traits segregating in the population showed that a complementary epistasis between QTL12 and a QTL located on chromosome 7 (QTL7) was the major genetic factor controlling the virus content. Marker-assisted selection was performed to introgress the resistance allele of QTLI2 and QTL7 from Azucena into IR64. After three cycles of marker-assisted backcrosses, the proportion of the recipient genome in the selected plant was close to 95% for the 10 noncarrier chromosomes, and the length of the donor chromosome segment surrounding the two QTLs was less than 20 cM. Evaluation of the level of resistance in BC1F3 and BC2F3 lines confirmed the relevance of the complementary epistasis genetic model proposed.

Irrésistiblement, le riz et la riziculture font penser à l'eau, à l'Asie, à un paysage de rizières, à des paysans industrieux. Dans l'enfance du riz surtout, les rizières ont un charme étrange, qui naît des mille nuances de la jeune plante dans les transparences et les mouvances de l'eau, du ciel, de la lumière. Dans son adolescence, lorsqu'il a grandi, conquis toute la rizière, le vert devient la couleur de la plaine, un vert multiple, intense, vivant, plein de promesses. À sa maturité, le voici d'or ou d'ambre jaune, blond ou mordoré, ondoyant sous le vent, plus docile encore à sa caresse que le blé. Ce livre, à travers un panorama de cent soixante illustrations, est un hommage rendu à cette plante vitale pour toutes les populations du monde. Trente pour cent de la nourriture consommée vient du riz. Les auteurs nous racontent son histoire, sa vie quotidienne et ses enjeux pour demain. Ils nous emmènent en Inde, au Vietnam, en Chine, et aussi en Guinée, au Sénégal, à Madagascar et au Brésil, dans la plupart des pays rizicoles de notre planète.

Molecular markers have become an essential tool for genetic analysis. Marker-aided selection (MAS) has demonstrated its efficiency for introgression of major genes. However, most agronomically important traits like tolerance or resistance to biotic and abiotic constraints are quantitative. Quantitative traits loci (QTLs) can be mapped on the genome using statistical procedures and many mapping results are now available. Few results, however, are available for utilisation of this information for introgression of QTLs. Two separate studies were conducted with the aim of introgressing QTLs using markeraided selection, evaluating the selected progenies and assessing the efficiency of marker-aided selection. In both cases, the population used for QTL detection was the reference DH population derived from the cross between IR64 and Azucena. The interesting alleles were coming from the Azucena parent and IR64 was used as the recurrent parent in three cycles of marker-assisted backcrosses. Several QTLs were manipulated at once. The first study, conducted in the Philippines, was directed toward the introgression of alleles for root depth, in order to improve water-use efficiency. The second study conducted in Mali and in France, was directed toward the improvement of partial resistance to rice yellow mottle virus, an increasingly important disease in Africa. The genotype of the BC3F2 progenies was determined to assess the presence of Azucena alleles at the QTLs and the return to the recurrent parent. The phenotypic evaluation of the BC3F3 families showed that the introgressed QTLs were expressed in the new genetic background. It showed also the importance of initial QTL analysis methods. The comparison of our experimental process of MAS with the recommendations of analytic and simulation studies pointed out the methodological flexibility of MAS for QTLs. These were to our knowledge the first examples of markeraided selection for QTLs in rice. This was done on a model cross following QTL detection. For future work, advanced backcross methods may be a way to perform at the same time QTL detection and introgression in an agronomically interesting background.

Les expériences présentées ont des objectifs variables qui vont du renforcement ou de l'appréhension des stratégies des agriculteurs à la connaissance du matériel génétique et à sa diffusion. Leur analyse fait également ressortir la grande variabilité des conditions de partenariat tant par les acteurs concernés et leur statut que par leur engagement dans les dispositifs présentés. Les agriculteurs peuvent être considérés comme des objets d'étude ou comme de simples exécutants délocalisés mais aussi comme de véritables partenaires moteurs. La fondation d'un partenariat solide relève d'un contexte général favorisant, avec en particulier des chercheurs et des agriculteurs disposés à se faire mutuellement confiance. Dans les dispositifs présentés, les paysans associés ont acquis certaines compétences mais ils ont surtout eu accès à du matériel génétique nouveau. De leur côté, les chercheurs ont enrichi leur connaissance des besoins des agriculteurs, modifié les objectifs de leurs programmes d'amélioration et mieux construits ces programmes pour en tenir compte. Les améliorations suggérées portent généralement sur la formalisation des relations de partenariat entre la recherche et les acteurs, sur l'explicitation des mécanismes de diffusion des innovations, sur la caractérisation des environnements de sélection et sur un rapprochement plus systématique avec les sciences humaines.

L'histoire de l'emprise agricole sur les terres de bas-fond au Mali-Sud est abordée à travers une étude de cas. Elle montre une importante évolution des régimes hydriques et des systèmes de production au cours des 50 dernières années. II est possible de proposer un schéma général d'évolution de ces systèmes avec des étapes et des indicateurs clairement identifiables. Espace communautaire au début du siècle puis géré par les chefs de famille pour produire du riz, les bas-fonds ont été confiés aux femmes et aux chefs de ménage lorsque le développement de la culture du coton sur les versants a permis de subvenir aux besoins monétaires familiaux. Aujourd'hui, avec la diversification et l'intensification des cultures de basfond, la complémentarité entre les systèmes de production en bas-fond et sur les versants s'accroît et on assiste à un regain d'intérêt des chefs d'exploitation pour les bas-fonds ainsi qu'à un retour à une gestion communautaire. La diversité régionale et la variabilité locale des systèmes de production, révélées par des enquêtes diagnostics, sont très importantes et très structurées. Les déterminants de la diversité régionale sont à la fois d'ordre physique et d'ordre socio-économique. L'intensification et la diversification des cultures sont en voie de généralisation. Sur le plan local, le choix des systèmes de production est lié avant tout aux contraintes physiques très variables le long de l'axe d'écoulement du bas-fond. L'importance des populations concernées et la richesse du potentiel productif des bas-fonds font de leur exploitation un enjeu socio-économique majeur. La mise en valeur croissante des versants constitue une menace pour la durabilité de ce potentiel productif

La riziculture de bas-fond représente plus de 38 % des superficies rizicoles en Afrique de l'Ouest et près de 14 % au Mali. Les marges de progrès dans l'amélioration de la productivité de cette riziculture sont importantes. Outre les mesures d'ordre agronomique et socio-économique, l'intensification durable de cette riziculture passe par la mise au point d'une gamme variétale à base génétique plus large, prenant en compte la double préoccupation d'augmentation et de stabilité des rendements. Pour atteindre cet objectif, la stratégie retenue par l'équipe conjointe Ier-Cirad consiste en l'exploitation des complémentarités entre les groupes indica et japonica tropical et en une sélection multicaractère qui assure la stabilité des rendements par une large adaptabilité. Trois méthodes de sélection sont mises en oeuvre. La sélection généalogique a été appliquée à plus de 300 croisements. La spécificité du schéma généalogique mis en oeuvre réside dans l'évaluation précoce de l'adaptation à différents régimes hydriques. Les premières lignées fixées sont aujourd'hui en cours d'évaluation multilocale à l'échelle Ouest-africaine. Parallèlement, l'utilisation de la technique d'haplodiploïdisation a permis des progrès rapides dans la connaissance de la variabilité et du déterminisme génétiques de la résistance au virus de la panachure jaune (RYMV). Des pools génétiques à base large, inédits, ont été créés. Une amélioration significative de la résistance à la submersion au stade plantule est obtenue par sélection récurrente. L'amélioration de l'efficacité de la sélection passe par une approche pluridisciplinaire permettant, d'une part, la mise au point de méthodes de criblage plus fines, d'autre part, une meilleure prise en compte de la perception paysanne des variétés de riz

Les tubercules, en particulier la patate douce et la pomme de terre, occupent une place importante dans les bas-fonds de la région de Sikasso. L'analyse des pratiques culturales et de la finalité socio-économique de ces cultures révèle des enjeux importants en termes d'occupation optimale des terres de bas-fond, d'utilisation de la main-d'oeuvre familiale et d'attribution des revenus monétaires pour chaque catégorie d'actifs au sein de l'exploitation. La patate douce, cultivée en hivernage dans les zones hautes du bas-fond, peut couvrir plus de 25 % des superficies. Culture masculine, sa plantation est assez exigeante en main-d'oeuvre et s'effectue en milieu d'hivernage. Peu exigeante en investissement monétaire, et bon complément alimentaire, elle est très souvent un appoint de revenu important. Les dates de récolte semblent être la principale source de variation des rendements dont la moyenne s'établit autour de 10 t/ha. La pomme de terre est, elle, cultivée en saison sèche dans les zones moyennes et basses du bas-fond. Culture de rente, masculine, très exigeante en investissements humain et monétaire, elle est conduite essentiellement en champ commun sous la responsabilité du chef d'exploitation. L'achat de semences, importées d'Europe, constitue le plus important poste de dépenses monétaires. Les principaux facteurs de variation des rendements semblent être l'origine des semences et la date de plantation. L'accès permanent à des semences de qualité et la réduction du coût des semences constituent des enjeux importants du développement de cette culture. Des tentatives de mise au point de méthodes de production locale de semences sont en cours

La riziculture de bas-fond joue un rôle important dans les systèmes de production de la troisième région au Mali-Sud. Jadis pratiquée par les hommes, la culture du riz procure 36 % des revenus monétaires des femmes. Dans le cercle de Bougouni, la riziculture est essentiellement féminine, manuelle et peu productive. L'absence de maîtrise de l'eau en fait une culture à risque, et l'enherbement excessif est une contrainte majeure. Les possibilités d'amélioration de la productivité ont été analysées à travers une expérimentation participative dans trois villages. Dans un premier temps, la perception paysanne des variétés de riz a été étudiée. Cette perception varie suivant la catégorie sociale de la femme et la frange hydrique du bas-fond où se situent les parcelles de riz. Les critères de préférence dominants sont le tallage, le goût, la productivité et la précocité. Dans un deuxième temps, des paquets techniques composés de variétés, de fertilisants et de moyens de lutte chimique contre I'enherbement ont été testés sur les différentes franges hydriques du bas-fond en conditions paysannes. Le paquet technique engrais-herbicide a un effet significatif sur la production, augmentant le rendement de 2 à 3 t/ha. Les rizicultrices semblent autant apprécier les nouvelles variétés pour leur goût et leur tallage, alors que leur rendement n'a pas atteint celui des variétés locales cultivées avec les nouvelles techniques. L'analyse économique montre que la riziculture est une culture très rentable et que les investissements en intrants sont intéressants pour les cultivateurs. Avec un prix au producteur de riz de 150 F Cfa/kg, le taux marginal de rentabilité dépasse le seuil minimal de 50 %, et atteint le seuil recommandé de 100 % à un prix de 200 F Cfa/kg

The genetic basis of resistance to rice yellow mottle virus (RYMV) was studied in a doubled-haploid (DH) population derived from a cross between the very susceptible indica variety 'IR64' and the resistant upland japonica variety Azucena. As a quantitative trait locus (QTL) involved in virus content estimated with an ELISA test has been previously identified on chromosome 12, we performed a wide search for interactions between this QTL and the rest of the genome, and between this QTL and morphological traits segretating in the population. Multiple regression with all identified genetic factors was used to validate the interactions. Significant epistasis accounting for a major part of the total genetic variation was observed. A complementary epistasis between the QTL located on chromosome 12 and a QTL located on chromosome 7 could be the major genetic factor controlling the virus content. Resistance was also affected by a morphology-dependent mechanism since tillering was interfering with the resistance mechanism conditioned by the epistasis between the two QTLs. marker-assisted backcross breeding was developed to introgress the QTLs of chromosome 7 and chromosome 12 in the susceptible 'IR64' genetic background. First results confirmed that if both QTLs do not segregate in a backcross-derived F2 population, then the QTL of chromosome 12 cannot explain differences in virus content. An near-isogenic line (NIL) approach is currently being developed to confirm the proposed genetic model of resistance to RYMV. (Résumé d'auteur)

Au Mali-Sud, la riziculture de bas-fond recouvre des réalités socio-économiques et physiques très variées du point de vue des acteurs, de l'accès à l'information technique et au crédit, de la destination de la production, du degré de maîtrise de l'eau, de la position topographique de la parcelle dans le bas-fond. La mise en valeur optimale de chacune de ces situations rizicoles nécessite des caractéristiques variétales spécifiques. Face à cette situation, l'équipe conjointe Ier-Cirad a mis en oeuvre un programme d'évaluation variétale qui privilégie l'approche toposéquence et l'adaptation aux régimes hydriques. Cinq grands types de régime hydrique ont été retenus en fonction. Pour chacun de ces régimes, un type variétal spécifique a été défini en ce qui concerne l'architecture de la plante, le cycle végétatif, le potentiel de production et la tolérance ou la résistance aux contraintes biotiques et abiotiques. L'évaluation variétale, conduite de manière distincte pour chaque régime hydrique, comporte une phase d'évaluation en station de recherche, de 3 à 5 ans, suivie d'une phase d'évaluation hors station, en parcelle expérimentale puis en grande parcelle paysanne. Les nouvelles variétés proposées allient une bonne productivité et une bonne stabilité de production à des niveaux de tolérance aux maladies souvent supérieurs à ceux des variétés traditionnelles. Pour chaque régime hydrique, la gamme des cycles, des types de plante et des qualités de grain est suffisamment large pour donner satisfaction à toutes les catégories d'utilisateurs. Une première réponse au problème d'extension de la virose de la panachure jaune du riz est apportée avec la variété SIK 131, dotée d'un bon niveau de résistance à cette maladie et d'une large adaptabilité. Une démarche de choix variétal en riziculture de bas-fond, à l'usage des opérateurs de développement, est proposée

IR64 x Azucena DH population was used for mapping QTLs of resistance to Rice Yellow Mottle Virus (RYMV), the most damaging rice pest in irrigated fields of West Africa. Resistance was studied first using a serological test (ELISA) to estimate virus concentration in the plants and second at field level, through symptoms scoring and impact of the disease on morphological traits. Resistance appeared to be under a polygenic determinism. Seven QTLs of resistance have been evidenced on chromosome 1, 2, 4, 8, 9 and 12. For all the QTLs, allele conferring resistance was brought by the resistant parent, Azucena. Three QTLs of resistance were colocalized with some QTLs controlling plant height, tillering ability and cycle duration, noted on healthy plants. Especially, QTL of chromosome 1 was explaining a large part of resistance at field level and in ELISA and was colocalized with the semi-dwarf gene sd-1 coming from the susceptible parent IR64. QTL of chromosome 12 has already been described in this population and in the population IRAT177 x Apura. Mapping of this QTL was refined using a near isogenic approach based on successive backcross on IR64. It was now mapped in a 3 cM confidence interval near the RFLP marker RG869, where no QTL for morphology was detected. A great proportion of phenotypic variation for resistance was assumed by an interaction of the QTL of chromosome 12 and a chromosomal fragment on chromosome 7. NILs for these two QTLs are on the way to introgress partial resistance of upland rice in IR64. (Texte intégral)

Dans la région de Sikasso, la pomme de terre est cultivée en saison sèche dans les bas-fonds. Depuis peu se développe une culture d'hivernage sur les versants. Les circuits de commercialisation et le fonctionnement du marché de la pomme de terre ont été étudiés à travers le suivi des prix et des flux d'arrivage et d'expédition sur le marché de Sikasso, ainsi qu'au moyen d'enquêtes auprès des différents acteurs. On observe une très grande diversité dans les pratiques culturales, dans les coûts de production et dans les revenus. L'essentiel de la production est commercialisé à la récolte. La mise sur le marché se fait à travers un circuit court actif uniquement de février à juin, et un circuit long ayant pour centre le marché de Sikasso et actif toute l'année. Le circuit court permet l'évacuation de près de 15 % de la production vers des centres de consommation en dehors de la région de Sikasso. Près de 85 % de la production est drainée par le marché de Sikasso, où opèrent des grossistes locaux et ceux venant d'autres régions ou de pays voisins, notamment la Côte d'lvoire. Les grossistes traitent directement avec des producteurs individuels, peu organisés. Les transactions sont réalisées au comptant. Les prix aux producteurs sont sujets à de très importantes fluctuations. L'association émergente des producteurs de pomme de terre ne dispose pas de moyens de régulation de l'offre et des prix. En l'absence d'installations de stockage, le marché de Sikasso n'est qu'un lieu de transit. La pomme de terre collectée est très rapidement dirigée soit vers les grands centres de consommation à l'intérieur du pays, soit vers les pays voisins

L'étude réalisée est une caractérisation agroécologique des conditions de mise en valeur des bas-fonds dans la zone Mali-Sud. Les principales données physiques, agronomiques et socio-économiques disponibles et explicatives de la mise en valeur des bas-fonds sont prises en compte. Ces informations sont représentées et spatialisées grâce à un système d'information géographique sous forme de carte ayant pour unité de base le secteur Cmdt. Les principaux critères du milieu physique pris en compte sont le type de substratum géologique, l'importance potentielle des écoulements de surface annuels et les surfaces des zones de basfonds. Les critères socio-économiques et agronomiques considérés concernent la densité de la population, la répartition des centres urbains et des axes de communication, la pression foncière ainsi que les caractéristiques générales des systèmes de production pratiqués et en particulier l'importance du coton. La superposition des différentes couches d'informations a mis en évidence qu'une caractérisation agroécologique " brute " de la problématique de mise en valeur des bas-fonds par secteur Cmdt en reflète l'extrême diversité mais ne constitue pas un outil de planification des politiques de mise en valeur. Pour arriver à un tel résultat, il est proposé de transformer les informations descriptives en indices qualitatifs permettant d'apprécier dans quelle mesure les caractéristiques agroécologiques constituent un contexte favorable à la mise en valeur des bas-fonds. La superposition des différentes couches d'informations transformées confirme les potentialités des bas-fonds dans la zone Mali-Sud. L'étude tend à montrer que, dans neuf des vingt-six secteurs de la zone Mali-Sud, les conditions sont favorables.

L'amélioration variétale participative est une modalité de mise en oeuvre d'un programme de création ou d'évaluation variétale faisant intervenir des agriculteurs à des degrés divers dans le processus de sélection. S'inscrivant dans le cadre plus général du développement local, de recherche participative et d'approche genre, elle vise à 1) favoriser l'utilisation de variétés améliorées par les agricultures restées à l'écart de la révolution verte et 2) promouvoir la biodiversité et la conservation in situ des ressources génétiques. Deux expériences d'amélioration variétale participative considérées parmi les plus élaborées sont décrites. L'une concerne l'évaluation variétale participative du riz pluvial en Inde, l'autre la création variétale participative de riz d'altitude au Népal. Les méthodes mises en oeuvre, les résultats obtenus et les conclusions tirées par les auteurs sont présentés. De même, une méthode pour identifier et hiérarchiser les critères paysans de choix variétal est présentée de manière détaillée à travers le cas du riz de bas-fond au Mali-Sud. La méthode comporte 3 phases : -1- identification et caractérisation participative des variétés locales à travers des descriptions variétales individuelles ouvertes obtenues en assemblée villageoise, -2) détermination des critères de préférence à travers des comparaisons individuelles de variétés par paires et -3) analyse de données de comparaison par paires en vue de hiérarchisation des critères de choix variétal. Dans le cas du riz de bas-fond au Mali-Sud, culture essentiellement féminine et destinée à l'autoconsommation, la productivité et les qualités à la consommation viennent en tête des critères de préférence variétale des rizicultrices. Cette hiérarchie conforte les critères de sélection définis par les chercheurs à travers une démarche analytique