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En production porcine, la réduction de l’adiposité des carcasses au profit de la teneur en maigre obtenue par l’amélioration génétique et l’évolution des conditions d’élevage, a entraîné l’apparition de défauts de qualité des tissus adipeux. La qualité de ces tissus ne peut guère être améliorée par les technologies de transformation, elle dépend des caractéristiques des tissus à l’abattage, celles-ci étant déterminées par les conditions d’élevage des animaux en interaction avec leur type génétique. Les composantes nutritionnelle, organoleptique et technologique de la qualité des tissus adipeux sont fonction de leur composition chimique : teneurs en lipides et en eau, importance de la trame conjonctive, et de la nature des acides gras constitutifs des lipides. Ainsi, tout facteur intrinsèque ou extrinsèque à l’animal entraînant une variation de composition du tissu adipeux modifie en conséquence la qualité de ce tissu. La composition du tissu adipeux varie selon la localisation anatomique, l’adiposité globale de la carcasse et le type sexuel. Parmi les facteurs d’élevage, l’alimentation, en particulier la nature des acides gras ingérés, la supplémentation du régime alimentaire en vitamine E ou en minéraux, l’administration de promoteurs de croissance (hormone de croissance, béta-agonistes) ainsi que la température d’élevage influencent les propriétés de la fraction adipeuse de la carcasse. Les effets des facteurs d’élevage sur les caractéristiques des tissus adipeux du porc et leurs relations avec la qualité sont relativement bien établis. La maîtrise de la qualité des tissus adipeux est donc maintenant accessible, et ne dépend plus que de l’importance relative accordée à la qualité dans les coûts de production, au sein de la filière porcine., In pig production, genetic selection and rearing conditions have greatly improved body composition towards a higher lean meat content and a lower fat deposition. However, a degradation of adipose tissue quality has been observed. Because fat tissue quality can hardly be improved by technological processing, it depends strongly on adipose tissue characteristics at slaughter, which are influenced by rearing and genetic factors. Nutritional, sensory and technological fat qualities are determined by tissue chemical composition:lipid and water contents, characteristics of connective tissue, and fatty acid composition, Therefore, any intrinsic or extrinsic factor that alters the composition of adipose tissues influences fat quality, Thus, anatomical location, carcass fatness, sex, feeding level, fatty acid composition of the diet, supplementation with vitamin E or minerals, growth promotants (pST, beta-agonists), and environmental temperature have been shown to influence fatty tissue traits. Effects of rearing factors on composition and quality of pig adipose tissue are now well established, Thus, control of pig fat quality is now attainable, and depends mainly on the relative importance given to quality in the overall cost of pig production.

Le porc est la principale viande consommée en France et dans le monde, sous forme d’une multitude de produits frais ou transformés. La grande diversité des produits aux caractéristiques intrinsèques particulières, associée aux attentes qualitatives spécifiques des différents acteurs de la filière, rend très complexe la notion de qualité de la viande porcine. Celle-ci inclut différentes composantes dont l’importance varie selon les acteurs et les produits considérés : valeur commerciale des carcasses ou des pièces de découpe, aptitude à la transformation en produits cuits ou secs, caractéristiques nutritionnelles et sensorielles, impact des conditions d’élevage sur le bien-être des animaux et l’environnement. Le développement d’outils de prédiction de la qualité de la viande et les démarches d’intégration des composantes qualitatives relatives aux produits et aux systèmes de production contribueront à mieux répondre aux attentes diverses des acteurs de la filière et à garantir la durabilité de la production., Pork is the first meat consumed in France and worldwide, either as fresh meat or various processed products. The wide variety of pork products exhibiting particular intrinsic characteristics together with the specific demands of the different actors of pork chains, make the notion of pork quality very complex. This includes many components whose importance depends on the chain actors and products considered: commercial value of carcasses or primary cuts, ability for processing into cooked or cured products, nutritional or sensory properties, impact of rearing conditions on animal welfare or the environment. The development of tools to predict pork quality and of approaches integrating quality components of products and production systems will contribute to fulfill the various demands of the chain actors and ensure the sustainability of pig production.

International audience; Feed intake and its daily pattern are regulated both at a short and a long term by several control pathways, including energy balance regulation. This trial aimed to determine the effect of dietary fibre (DB) (mix of wheat, soy and sugar beet pulp fibres) and aleurone supplementation and their interaction on energy and nitrogen balances in growing pigs with ad libitum access to feed. Forty pigs (BW: 35 kg) were fed diets differing by fibre concentration (NDF concentration: 10% or 14% DM) and aleurone supplementation (0, 2 or 4 g/kg) during 3 weeks. Pigs were housed individually in a respiration chamber during the last week to record feeding behaviour and measure energy and nitrogen balances (n = 36). Glucose oxidation was studied on the 6th day with an injection of [U-13C] glucose and measurement of 13CO2 production. There was no significant interaction between DB inclusion and aleurone supplementation on any variables characterizing feeding behaviour. Pigs had less but longer meals with high level of DB, with an increased interval between two meals without effect on daily feed intake. The meal frequency significantly decreased when aleurone supplementation increased. Total tract apparent digestibility coefficient of DM, organic matter, ash, nitrogen and gross energy decreased when pigs received high DB level. Dietary fibre level increased significantly faecal excreted nitrogen. Aleurone supplementation decreased nitrogen retention. Free access to the feed induced a great individual variability not only in feed intake level (from 784 to 2290 g/day) but also in feeding behaviour (from 5.5 to 21.5 meals per day). This variability can be linked with the importance of underlying feed intake regulation pathways and difference in energy balance and metabolism efficiency. Several profiles of metabolism efficiency can be discriminate, thanks to a clustering based on feeding behaviour and pre-prandial concentrations of metabolites and hormones. In conclusion, DB inclusion decreased meal frequency, increased average meal size, decreased total tract apparent faecal digestibility coefficient of nitrogen and gross energy. Supplementation of aleurone decreased average daily feed intake with a reduction of the meal number per day, without modification of average meal size. Aleurone supplementation decreased nitrogen retention and nutrient deposition. Independently of experimental diets, the high individual variability permitted discriminating different profiles with different metabolic strategies. Efficient pigs with a high energy retention as protein and lipid seem to be able to adapt their metabolism according to energy sources.

This paper deals with the location, origins, and early development of clusters and industrial districts in the agribusiness sector. It considers the case of the meat processing industry in the second half of the 19th century in Catalonia, a prosperous southern-European region in the period when this industry emerged. By constructing an index of potential locations at the municipal level, the paper discusses whether, and to what extent, deterministic factors explain the genesis of pigmeat processing clusters. The paper concludes that although these latter factors need primary consideration, contingency, particularly human agency, may also play a non-negligible role. As an illustration, this study pays particular attention to the cluster of Vic, which developed around this middle-sized town in central Catalonia. It became a leading meat cluster in early 20th-century Spain, even though it was not better suited to this industry than other Catalan localities where meat companies had also emerged.

National audience; Hepatitis E is a zoonotic disease that is widespread in pigs and potentially severe in humans. Transmission between pigs occurs via the faecal-oral route, either by direct contact or via the environment. In addition, the main factor of propagation between farms is the transport of live animals. The pig production chain consists of many interconnected actors who form a complex network in space and time. This study aimed to test control scenarios at a national scale by considering the many transmission routes and movements of live animals. Pig movements from 2017-2020 provided by the French national pig traceability database (BDporc) were analysed.Exponential random-graph models were fitted for three subsets defined by the type of animals transported (sows, piglets or growing pigs) to estimate probabilities of contact between farms. The results were validated using cross validation of goodness-of-fit analysis and maps. The estimated contact probabilities and general characteristics of farms were used to build a demographic model that simulated pig movements at three levels − between pens, between production sectors and between farms − according to a deterministic schedule, but with random destinations weighted by the contact probabilities. Finally, the simulated dynamics were used to feed a multi-level stochastic epidemiological model that simulated within- and between-farm transmission. The prevalence of hepatitis E virus -positive pigs shipped to the slaughterhouse was estimated for different control scenarios to evaluate the effectiveness of biosecurity measures implemented at the farm level.; L'hépatite E est une zoonose très répandue chez les porcs et potentiellement grave chez l'homme. La transmission entre porcs se fait par voie fécale-orale, par contact direct ou via l'environnement. Le principal facteur de propagation entre exploitations est le transport d'animaux vivants. La chaîne de production porcine est constituée de nombreux acteurs interconnectés, formant un réseau complexe structuré dans l'espace et le temps. Cette étude vise à tester des scénarios de contrôle à l'échelle nationale en prenant en compte les différentes voies de transmission ainsi que les mouvements d’animaux vivants. Les mouvements de porcs de 2017 à 2020 fournis par la base de données nationale française de traçabilité des porcs (BDporc) ont été analysés. Des modèles de graphes aléatoires exponentiels ont été ajustés pour trois sous-ensembles définis par le type d'animaux transportés (truies, porcelets et porcs en croissance) afin d’évaluer les probabilités de contact entre élevages. Les résultats ont été validés par la validation croisée d’une analyse de la qualité de l'ajustement des modèles et de cartes. Les probabilités de contact estimées ainsi que les caractéristiques générales des systèmes d'élevage en bandes ont permis de construire un modèle démographique simulant les mouvements de porcs à trois niveaux : entre cases, entre secteurs de production et entre élevages selon une horloge déterministe, mais avec des destinations aléatoires pondérées par les probabilités de contact. Enfin, la dynamique simulée a permis d’alimenter un modèle épidémiologique stochastique multi-niveaux simulant la transmission intra- et inter-cases. La prévalence des porcs positifs au virus de l’hépatite E transportés à l'abattoir a été estimée pour différents scénarios de contrôle afin d'évaluer, à terme, l'efficacité de mesures de biosécurité mises en place en élevage.

En general, la qualitat de la carn està fortament influenciada per la composició dels àcids grassos (AG) i el greix intramuscular, que depèn en gran mesura de la ingesta de greix a la dieta dels porcs, però també està influenciada per variants genètiques . En aquesta tesi doctoral, dilucidem els efectes dels lípids de la dieta, en termes de la proporció d'àcids grassos poliinsaturats (AGP) omega-6 (n-6)/omega-3 (n-3), sobre la qualitat de la carn porcina i la integració de tecnologies OMICAS com la genòmica, la transcriptòmica i la proteòmica. Amb l'objectiu d'entendre com l'associació entre les ràtios n-6/n-3 AGP, l'expressió del transcriptoma porcí i els processos biològics relacionats amb el metabolisme dels AGP, fem RNA-Seq i microRNA-Seq en mostres de múscul longissimus dorsi de 20 porcs Ibèrics x Duroc amb valors extrems de la relació dels AGP n-6/n-3 i identifiquem ARN missatgers (ARNm) i microARNs (miARNs) expressats diferencialment. Les nostres troballes van destacar gens d'ARNm, miARNs i vies enriquides que estaven relacionats amb el metabolisme dels lípids, el creixement cel·lular i la inflamació, d'acord amb les diferències en la proporció d'AGP n-6/n-3 del múscul. A més, es van descobrir xarxes reguladores rellevants de miARN a ARNm (per exemple, mir-15b a ARRDC3; mir-7142-3p a METTL21C), i es van relacionar amb la lipòlisi, l'obesitat, la miogènesi i el catabolisme proteic. També es va determinar com les dietes per a truges amb proporcions altes o baixes d'AGP n-6/n-3, de 13:1 (SOY) i 4:1 (LIN), van influir en el rendiment reproductiu de les truges, en el rendiment del creixement dels garrins pre-estetats i en la deposició de greix, incloent-hi les proteïnes i els gens codificadors de proteïnes mitjançant l'anàlisi proteòmica. A les truges, LIN va reduir els garrins nascuts morts i la mortalitat predestete. Tot i que el pes dels garrins i el guany de pes van variar entre les proporcions d'AGP n-6/n-3, el pes al deslletament i el guany de pes global no es van veure afectats per les intervencions dietètiques. L'anàlisi proteòmica comparativa entre SOY i LIN, va revelar 4 i 11 proteïnes sobreabundants en els teixits muscular i adipós, respectivament. A més, el paper proinflamatori dels AGP n-6 pot estar associat a la sobreabundància observada d'haptoglobina, una proteïna de fase aguda, ia l'estimulació de gens codificadors de proteïnes i proteïnes rellevants per a la resposta immune innata i la resposta inflamatòria aguda. Utilitzant la mateixa població, apliquem l'enfocament d'anàlisi de divisió d'exó-intró (EISA) per donar compte dels canvis posttranscripcionals, impulsats per la repressió funcional putativa de miRNA, en resposta als valors extrems de la relació d'AGP n -6/n-3 al múscul longissimus dorsi en garrins mascles i femelles. L'EISA va revelar 11 i 97 gens d'ARNm dins del 5% de les puntuacions negatives del PTc amb una reducció de la regió exònica d'almenys 1,5 vegades als garrins SOY-mascle (SOY-M) i LIN-mascle (LIN) -M), respectivament. A més, els miARNs regulats a l'alça detectats albergaven llocs d'unió al 72,73% (SOY-M) i al 61,86% (LIN-M) d'aquests gens regulats a la baixa de forma posttranscripcional. No obstant això, els senyals generals de PTc a les femelles no van ser tan forts i clars com els mascles. També descobrim gens que estan predominantment associats a la modulació de les respostes immunitàries i el metabolisme dels lípids, que poden estar relacionats amb les propietats pro i antiinflamatòries dels AGP n-6 i n-3, respectivament. El nostre ús d'EISA ens va permetre identificar xarxes reguladores que van complementar les anàlisis tradicionals d'expressió diferencial i ens va proporcionar una comprensió més completa dels canvis. En general, la calidad de la carne está fuertemente influenciada por la composición de los ácidos grasos (AG) y la grasa intramuscular, que depende en gran medida de la ingesta de grasa en la dieta de los cerdos, pero también esta influenciada por variantes genéticas. En esta tesis doctoral, dilucidamos los efectos de los lípidos de la dieta, en términos de la proporción de ácidos grasos poliinsaturados (AGP) omega-6 (n-6)/omega-3 (n-3), sobre la calidad de la carne porcina y la integración de tecnologías OMICAS como la genómica, la transcriptómica y la proteómica. Para comprender la asociación entre los ratios n-6/n-3 AGP, la expresión del transcriptoma porcino y los procesos biológicos relacionados con el metabolismo de los AGP, realizamos RNA-Seq y microRNA-Seq en muestras de músculo longissimus dorsi de 20 cerdos Ibéricos x Duroc con valores extremos de la relación de los AGP n-6/n-3 e identificamos ARN mensajeros (ARNm) y microARNs (miARNs) expresados diferencialmente. Nuestros hallazgos destacaron genes de ARNm, miARNs y vías enriquecidas que estaban relacionados con el metabolismo de los lípidos, el crecimiento celular y la inflamación, de acuerdo con las diferencias en la proporción de AGP n-6/n-3 del músculo. Además, se descubrieron redes reguladoras relevantes de miARN a ARNm (por ejemplo, mir-15b a ARRDC3; mir-7142-3p a METTL21C), y se relacionaron con la lipólisis, la obesidad, la miogénesis y el catabolismo proteico. También se determinó cómo las dietas para cerdas con proporciones altas o bajas de AGP n-6/n-3, de 13:1 (SOY) y 4:1 (LIN), influyeron en el rendimiento reproductivo de las cerdas, en el rendimiento del crecimiento de los lechones predestetados y en la deposición de grasa, incluyendo las proteínas y los genes codificadores de proteínas mediante el análisis proteómico. En las cerdas, LIN redujo los lechones nacidos muertos y la mortalidad predestete. Aunque el peso de los lechones y la ganancia de peso variaron entre las proporciones de AGP n-6/n-3, el peso al destete y la ganancia de peso global no se vieron afectados por las intervenciones dietéticas. El análisis proteómico comparativo entre SOY y LIN, reveló 4 y 11 proteínas sobreabundantes en los tejidos muscular y adiposo, respectivamente. Además, el papel proinflamatorio de los AGP n-6 puede estar asociado a la sobreabundancia observada de haptoglobina, una proteína de fase aguda, y a la estimulación de genes codificadores de proteínas y proteínas relevantes para la respuesta inmune innata y la respuesta inflamatoria aguda. Utilizando la misma población, aplicamos el enfoque de análisis de división de exón-intrón (EISA) para dar cuenta de los cambios post-transcripcionales, en respuesta a los valores extremos de la relación de AGP n-6/n-3 en el músculo longissimus dorsi en lechones machos y hembras. El EISA reveló 11 y 97 genes de ARNm dentro del 5% de las puntuaciones negativas del PTc con una reducción de la región exónica de al menos 1,5 veces en los lechones SOY-macho (SOY-M) y LIN-macho (LIN-M), respectivamente. Además, los miARNs regulados al alza detectados albergaban sitios de unión en el 72,73% (SOY-M) y en el 61,86% (LIN-M) de estos genes regulados a la baja de forma post-transcripcional. Sin embargo, las señales generales de PTc en las hembras no fueron tan fuertes y claras como las de los machos. También descubrimos genes que están predominantemente asociados en la modulación de las respuestas inmunitarias y el metabolismo de los lípidos, que pueden estar relacionados con las propiedades pro y antiinflamatorias de los AGP n-6 y n-3, respectivamente. Nuestro uso de EISA nos permitió identificar redes reguladoras que complementaron los análisis tradicionales de expresión diferencial, proporcionándonos una comprensión más completa de los cambios metabólicos del músculo en respuesta a la concentración de AGP. In general, meat quality is heavily influenced by fatty acid (FA) composition and intramuscular fat, which is mostly dependent on the dietary fat intake of pigs, but it is also affected by genetic variants. In this PhD thesis, we elucidated the effects of dietary lipids, in terms of omega-6 (n-6)/omega-3 (n-3) polyunsaturated fatty acid (PUFA) ratio, on porcine meat quality and the integration of OMICS technologies such as genomics, transcriptomics, and proteomics. With the aim of understanding the association between n-6/n-3 PUFA ratios, porcine transcriptome expression, and biological processes related to PUFA metabolism, we performed RNA-Seq and microRNA-Seq on longissimus dorsi muscle samples from 20 Iberian x Duroc pigs with extreme values for n-6/n-3 FA ratio and identified differentially expressed messenger RNAs (mRNAs) and microRNAs (miRNAs). Our findings highlighted mRNA genes, miRNAs and enriched pathways that were related to lipid metabolism, cell growth and inflammation, according to differences in muscle n-6/n-3 PUFA ratio. Relevant miRNA-to-mRNA regulatory networks were also uncovered (i.e., mir-15b to ARRDC3; mir-7142-3p to METTL21C), and linked to lipolysis, obesity, myogenesis, and protein catabolism. We also determined on how sow diets with high or low n-6/n-3 PUFA ratios of 13:1 (SOY) and 4:1 (LIN), influenced the reproductive performance of sows, growth performance of pre-weaned piglets, and fat deposition, including proteins and protein-coding genes using proteomics analysis. In sows, LIN decreased dead-born piglets and pre-weaning mortality. Although piglet weight and weight gain varied in between n-6/n-3 PUFA ratios, weaning weight and overall weight gain were not affected by dietary interventions. Proteomic analysis revealed 4 and 11 overabundant proteins in muscle and adipose tissues, respectively, in SOY compared to LIN. Additionally, the pro-inflammatory role of n-6 PUFAs may be associated to the observed overabundance of haptoglobin, an acute-phase protein, and the stimulation of protein-coding genes and proteins relevant to the innate immune response and acute inflammatory response. Using the same population, we applied the use of exon-intron split analysis (EISA) approach to account for post-transcriptional changes, driven by putative functional miRNA repression, in response to extreme values of n-6/n-3 PUFA ratio in longissimus dorsi muscle in male and female piglets. EISA revealed 11 and 97 mRNA genes within the top 5% negative PTc scores with at least 1.5-fold exonic region reduction in SOY-male (SOY-M) and LIN-male (LIN-M) piglets, respectively. Furthermore, the detected upregulated miRNAs harbored binding sites on 72.73% (SOY-M) and 61.86% (LIN-M) of these post-transcriptionally downregulated genes. Moreover, the overall PTc signals in females were not as strong and clear as those from the males. In addition, we discovered genes that are predominantly associated in the modulation of immune responses and lipid-related metabolism, which may be related to the pro- and anti-inflammatory properties of n-6 and n-3 PUFAs, respectively. Our use of EISA enabled us to identify regulatory networks that complemented traditional analyses of differential expression, providing us a more comprehensive understanding of muscle metabolic changes in response to PUFA concentration.

L’objectif de ce travail exploratoire financé dans le cadre des CI PHASE était de valider l’hypothèse d’un impact du stress thermique anténatal sur le comportement, les performances et les capacités d’adaptation des porcs. Un total de 24 truies (primipares et multipares) réparties en 2 lots de 12 animaux a été utilisé. Du 6ème au 109ème jour de gestation, le lot expérimental a été soumis à un challenge thermique chronique cyclique (variation nycthémérale de 28 à 34°C ; lot GHS) et le lot témoin a été élevé dans des conditions thermoneutres (18 à 24°C ; lot GTN). Le déroulement de la mise bas et la maturité des porcelets nouveau-nés ne sont pas influencés par le traitement thermique des truies en gestation. En lactation, une température rectale plus élevée dans le lot GHS suggère que le stress thermique en gestation perturbe sur le long terme la thermorégulation des truies en particulier chez les primipares. Nos résultats indiquent que la fréquence des problèmes sanitaires immédiatement après le sevrage est plus faible chez les porcelets GTN mais que la réactivité de l’axe corticotrope à 65 j d’âge est plus forte chez les porcelets GHS. A partir de 10 semaines d’âge, 24 femelles du lot GTN et 24 femelles du lot GHS ont été sélectionnées et dans chaque lot, la moitié des animaux a été maintenue dans des conditions thermoneutres (18-24°C ; lots GTN-TN et GHS-TN) et l'autre moitié a été soumise à un stress thermique (28-34°C ; lots GTN-HS et GHS-HS). Indépendamment du traitement pendant la période anténatale, le stress thermique en phase de croissance a des effets négatifs sur la vitesse de croissance. Sur l'ensemble de la croissance, les interactions entre le traitement thermique en gestation et en phase de croissance sur le gain de poids ou l'indice de consommation ne sont pas significatives. Le stress thermique prénatal tend à réduire le poids vif à 20 semaines (-8 kg en moyenne), à augmenter les températures rectale et cutanée et la concentration de cortisol salivaire comparativement aux porcs issus des lots GTN. A l'abattage, les porcs des lots GHS sont plus gras et cet effet est accentué pour le lot GHS-HS. Dans notre étude, le stress thermique en période prénatale a très peu d’effets sur les propriétés musculaires et la qualité de viande. En revanche, les indicateurs de qualité de la viande sont influencés par la température d'élevage en phase de croissance. Le stress thermique post-natal influence les propriétés métaboliques musculaires et les indicateurs de qualité de viande, notamment dans les muscles de la longe et du jambon, à métabolisme majoritairement glycolytique : le pH ultime est augmenté, la perte en eau pendant la maturation réduite et en conséquence l’indice de qualité de viande (jambon) est amélioré, comparé aux porcs élevés à la thermoneutralité. Enfin, nos travaux indiquent que l’environnement thermique prénatal impacte la composition du microbiote mesurée en fin d’engraissement en particulier sur les animaux GHS-HS.

In four countries (Italy, Finland, France, United Kingdom), interviews were carried out with eleven key-informants working within the supply chain of low-input or organic production of poultry meat, eggs and pork meat (farmers, vets, companies producing progeny, feed producers, health inspectors in slaughter houses or egg packing company's experts, NGOs). The objective was to understand the major issues in welfare in such productions according to on-field people., Dans 4 pays (Italie, Finlande, France, Royaume uni), des interviews ont été menés auprès d'experts clés travaillant dans des productions à bas-intrants ou en agriculture biologique dans les domaines de production de porcs, de poulets et d'oeufs (fermiers, vétérinaires, entreprises de sélection, producteurs d'aliment, inspecteurs d'abattoir ou firmes de production d'oeufs, ONG). L'objectif de ces interview était de comprendre les principaux problèmes de bien-être animal dans ces productions à partir de personnes de terrain.

To optimize the efficiency of agricultural biogas units, 54 samples of pig slurry and manure were collected, and their methane potential (MP) was evaluated. They were characterized by the type of floor in the piggery, the physiological stage of animals, the management and the freshness of slurry and manure. The MP of the slurry of gestating sows, fattening pigs and piglets was 4, 13 and 28 Nm 3 CH 4 /t raw material, respectively. Many factors can explain this large difference, but the main one could be the water content, which also greatly affected the MP of slurry. The MP was 67 ± 3, 52 ± 13 et 41 ± 8 Nm 3 CH 4 /t raw material for accumulated solid manure of piglets, fattening pigs and gestating sows, respectively, but less differences were observed when expressed on an organic-matter basis (245, 197 and 230 Nm 3 CH 4 /t OM respectively). The MP of the faeces of fattening pigs was twice as high as that of the solid fraction of decanted-centrifuged slurry (71 ± 10 vs 37 ± 0.2 Nm 3 CH 4 /t raw material, respectively). The MP of slurry decreased as its duration of storage increased, for example, by 57% when stored for 4-5 months (MP expressed on an organic-matter basis). The MP of manure also decreased as its duration of storage increased, for example, by 16-41% depending on its type when stored for 2-3 months., La méthanisation constitue un levier d’action pour réduire lesémissions de GES des effluents d’élevage (MTES, 2019). Toutefois, le dimensionnement des installations nécessite de bien connaitre leur Potentiel Méthanogène (PM). Les instituts techniques animaux (Ifip, Idele, Itavi) ont collecté plus de 160 échantillons de déjections porcines, bovines et avicoles, de nature très contrastée. Ces effluents ont fait l’objet d’une analyse chimique et d’une détermination de leur PM par INRAE Transfert Environnement de Narbonne. Dans ce poster, seuls seront présentés les PM des 54 échantillons d’effluents porcins.

El rendiment productiu i l'eficiència alimentària són crucials per la sostenibilitat de la producció porcina. El període de creixement-finalització representa més del 65% del cost total de producció, sent el període més costós en la producció porcina. Per tant, petites millores en aquesta etapa resulten en un augment dels guanys pels productors de porcs. En aquesta tesi doctoral, s'han realitzat diversos estudis sobre diferents estratègies nutricionals i de maneig per millorar el rendiment productiu i l'eficiència alimentària en porcs de creixement-finalització. El Capítol 3 va investigar l'efecte del pes viu al naixement i al deslletament en el rendiment productiu dels porcs, i identificar valors de tall per al pes viu al naixement i al deslletament, per tal de reconèixer els porcs de creixement lent en etapes inicials del cicle productiu. Els porcs que van néixer i van ser deslletats petits van tenir un baix rendiment productiu, però la mateixa eficiència alimentària que els altres porcs més pesats. El Capítol 4 va comparar el rendiment dels porcs de creixement lent i ràpid, en base a augmentar els nivells de lisina digestible (SID Lys) / aminoàcids (AA) en dietes isoenergètiques. L'eficiència alimentària dels porcs de creixement lent, va millorar quan es van augmentar els nivells de SID Lys/AA de 0,92 a 1,45%, però no va millora la dels porcs de creixement ràpid. Els requeriments dels nutrients poden variar segons la velocitat de creixement a la mateixa edat, i els porcs de creixement lent poden requerir de nivells més alts de SID AA en la dieta per poder aconseguir una millora en el rendiment productiu. El Capítol 5 va investigar l'efecte de la densitat per corral (DC) i la barreja sobre el rendiment productiu i les lesions corporals, en corrals de 10 a 14 porcs amb una menjadora amb un sistema d'alimentació humit-sec i un sol espai. Barrejar els porcs va tenir un efecte en el rendiment productiu, mentre que la DC no el va afectar. L'alt número de lesions corporals en les DC inferiors va indicar que una DC igual o inferior a 0,78 m2/porc és perjudicial per al benestar dels porcs, malgrat seguir la legislació de la UE. El Capítol 6 va estudiar l'efecte de la DC, la barreja i l'alimentació per fases (AF) en el rendiment productiu de porcs allotjats en el mateix tipus de corral que en el Capítol 5. Barrejar i reduir la relació SID Lys/Energia Neta de 0,95 a 0,82 g/MJ a les 15-16 setmanes d'edat, té un impacte més marcat en el rendiment productiu que una reducció de la DC de 0,96 a 0,78 m2/porc. El Capítol 7 va investigar els perfils metabòlits sanguinis, i els dels àcids grassos volàtils (AGV) fecals, per avaluar ineficiències alimentàries segons el contingut de proteïna, AA i energia de la dieta en porcs de creixement i finalització. Els canvis en la dieta i l'edat dels porcs va afectar els perfils d'AGV fecals i dels metabòlits sanguinis. El nitrogen ureic sèric és el millor indicador relacionat amb l'eficiència proteica, el qual augmenta quan els porcs en creixement i finalització són alimentats amb dietes altes en proteïna no balancejades per AA. També, els àcids grassos de cadena ramificada van augmentar en els porcs en creixement alimentats amb dietes altes en proteïna, però no va demostrar la mateixa consistència que el nitrogen ureic sèric. El Capítol 8 va avaluar l'ús de l'espectroscòpia d'infraroig proper (NIRS) per predir els components químics de les femtes i els coeficients de digestibilitat total aparent dels nutrients, en la granja. Els resultats obtinguts van ser similars utilitzant femtes liofilitzades, però sense moldre, fet que facilita l'ús del NIRS. El rendimiento productivo y la eficiencia alimenticia son cruciales para la sostenibilidad de la producción porcina. El período de crecimiento-finalización representa más del 65% del coste total de producción, siendo el período más costoso en la producción porcina. Por lo tanto, pequeñas mejoras en esta etapa resultan en un aumento de las ganancias de los productores de cerdos. En la presente tesis doctoral, se han realizado varios estudios sobre diferentes estrategias nutricionales y de manejo para mejorar el rendimiento productivo y la eficiencia alimenticia en cerdos de crecimiento y finalización. El Capítulo 3 investigó el efecto del peso vivo al nacimiento y al destete en el rendimiento productivo de los cerdos, e identificó valores de corte para el peso vivo al nacer y al destete con tal de reconocer los cerdos de crecimiento lento en etapas tempranas del ciclo productivo. Los cerdos que nacieron y fueron destetados pequeños mostraron un bajo rendimiento productivo, pero tuvieron la misma eficiencia alimenticia que los otros cerdos más pesados. El Capítulo 4 comparó el rendimiento de los cerdos de crecimiento lento y rápido, en base a aumentar los niveles de lisina digestible (SID Lys) / aminoácidos (AA) en dietas isoenergéticas. La eficiencia alimenticia de los cerdos de crecimiento lento mejoró aumentado los niveles de SID Lys/AA de 0,92 a 1,45%, pero no mejoró en los cerdos de crecimiento rápido. Los requerimientos de nutrientes pueden variar dependiendo de la velocidad de crecimiento a la misma edad, y los cerdos de crecimiento lento pueden requerir niveles más altos de SID AA en la dieta para mejorar su desempeño productivo. El Capítulo 5 investigó el efecto de la densidad por corral (DC) y la mezcla sobre el rendimiento productivo y las lesiones corporales, en corrales de 10-14 cerdos con un comedero húmedo-seco de un solo espacio. La mezcla de cerdos tuvo un efecto considerable en el rendimiento productivo, mientras que la DC no lo afectó. Sin embargo, el alto número de lesiones corporales en DC inferiores indicó que una DC igual o inferior a 0,78 m2/cerdo es perjudicial para el bienestar de los cerdos, a pesar de seguir la legislación de la UE. El Capítulo 6 estudió el efecto de la DC, la mezcla y la alimentación por fases (AF) sobre el rendimiento productivo en corrales de 10-14 cerdos con un solo espacio de comedero húmedo-seco. Mezclar y reducir la relación SID Lys/Energía Neta de 0,95 a 0,82 g/MJ a las 15-16 semanas de edad, tiene un impacto más marcado en el rendimiento productivo que una reducción de la DC de 0,96 a 0,78 m2/cerdo. El Capítulo 7 investigó los perfiles de los metabolitos sanguíneos y de los ácidos grasos volátiles (AGV) fecales, para evaluar ineficiencias alimenticias en base a cambios en el contenido de energía, proteína y AA de la dieta en cerdos. Los cambios en la dieta y la edad de los cerdos afectaron los perfiles de AGV fecales y de metabolitos sanguíneos. El nitrógeno ureico sérico es el mejor indicador relacionado con la eficiencia proteica que aumenta en cerdos en crecimiento y finalización cuando son alimentados mediante dietas con niveles altos en proteína y no balanceadas en AA. Los ácidos grasos de cadena ramificada aumentaron en los cerdos en crecimiento alimentados con dietas altas en proteína, pero sin demostraron la misma consistencia. El Capítulo 8 evaluó el uso de la espectroscopia de infrarrojo cercano (NIRS) para predecir los componentes químicos de las heces y los coeficientes de digestibilidad total aparente de los nutrientes en granja. Los resultados obtenidos fueron similares utilizando heces liofilizadas, pero sin moler, facilitando el uso del NIRS. Productive performance and feed efficiency are crucial for sustainability in pig production. The grower-finisher period accounts for over 65% of the total cost of production and it is the most expensive period in pig production. Thus, minor improvements in this stage result in important increases in profit for farmers. In the current thesis, several studies were conducted to improve our knowledge on different management and nutritional strategies to improve the productive performance and feed efficiency in grower-finisher pigs. Slow growing pigs within a batch may be one of the most important factors affecting pig production and they cause increases in body weight (BW) variability within the batch of pigs. In Chapter 3, we investigated the effect of birth and weaning BW on key performance indicators of grower-finisher pigs, and determined the cut-off values for birth and weaning BW to identify slow growing pigs early in life. Pigs born and weaned small showed a poor productive performance up to slaughter, but were as feed efficient as their heavier counterparts. Chapter 4 compared the response in performance of slow and fast growing pigs to an increase of dietary standardized ileal digestible (SID) lysine (Lys) / amino acid (AA) levels in isoenergetic diets. Slow growing pigs' feed efficiency was improved when dietary SID AA levels were increased from 0.92 up to 1.45% SID Lys/AA. The latter was not observed in fast growing pigs. Nutrient requirements may vary depending on growth rate at the same age, and slow growing pigs may require higher dietary SID AA levels than fast growing pigs to present a better productive performance. Chapters 5 and 6 focused on common management strategies, such as space allowance (SA), mixing and phase feeding (PF), to understand and optimize the productive performance and feed efficiency of the whole batch. Chapter 5 investigated the effect of SA and mixing on productive performance and body lesions in grower-finisher pigs, housed in pens of 10-14 pigs with a single space wet-dry feeder. Mixing appeared to have considerable effect on growth performance, while SA did not affect performance. Nevertheless, high number of body lesions in the lower SA indicated that SA equal or below 0.78 m2/pig are detrimental to the welfare of pigs despite following the EU legislation. Chapter 6 studied the effect of SA, mixing and PF on productive performance in grower-finisher pigs, housed in pens of 10-14 pigs with a single space wet-dry feeder. Mixing and reducing SID Lys:Net Energy ratio from 0.95 to 0.82 g/MJ at 15-16 weeks of age, have a more marked impact on productive performance than a reduction in SA from 0.96 to 0.78 m2/pig. Chapter 7 and 8 studied fast analysis methods to assess feed efficiency at farm level to optimise diet formulation and productive performance of grower-finisher pigs. Chapter 7 studied blood serum metabolite and faecal volatile fatty acid (VFA) profiles to assess feed inefficiencies in protein, AA and energy dietary content. Dietary changes and the pigs' age affected both blood metabolite and faecal VFA profiles. The main findings from this chapter were that serum urea nitrogen is the best indicator related to protein efficiency, increasing in growing and finishing pigs fed high protein diets with unbalances in AA profiles. Branched-chain fatty acids also increased in growing pigs fed high protein diets, but did not show the same consistency as urea. Chapter 8 evaluated the potential use of near infrared reflectance spectroscopy (NIRS) to predict faeces chemical components and apparent total tract digestibility (ATTD) coefficients of nutrients at farm level. The results obtained were similar using freeze-dried faeces but without grounding them, which facilitates NIRS applicability.

France is committed to reducing its emissions of fine particulate matter less than 2.5 microns in size (PM2.5) by 57% by 2030 compared to 2005 emissions. Compliance with the commitments is based on the annual inventory published by Citepa, which calculates the contribution of pig farming by multiplying the number of pigs by the emission factor published by the European Monitoring and Evaluation Programme (EMEP, 2019). This article first reviews the evolution of EMEP’s emission factors since 2006 as well as the emission factors currently available in the literature. They are analysed based on the available information and the most influential parameters. Emission factors in the literature show wide variability due to the diversity of housing characteristics and measurement methods used. Most of them available in the literature concern finishing pigs, but it is often difficult to characterize their rearing conditions (e.g. type of floor, feed) due to a lack of information. In parallel, EMEP’s emission factors have been drastically decreased since 2006. The article then compares five scenarios of particulate matter emissions to the 2019 inventory. These scenarios were developed using EMEP’s emission factors, but also average factors established in the literature, including French-specific one. The analysis shows the utility of establishing and using emission factors representative of national production conditions., La France s’est engagée d’ici 2030 à réduire de 57 % ses émissions de particules en suspension d’un diamètre inférieur à 2,5 microns (PM2,5) par rapport aux émissions de 2005. Le respect des engagements repose sur les inventaires annuels du Citepa, qui définit la contribution des différents secteurs d’activité, dont l’élevage porcin, en se basant sur les effectifs et les facteurs d’émission publiés par le programme de surveillance et d’évaluation des pollutions atmosphériques (EMEP, 2019). La première partie de l’article a pour objet de faire le point sur l’évolution des facteurs d’émission des particules de l’EMEP mais aussi de ceux actuellement disponibles dans la littérature en vue d’en faire l’analyse au regard des informations disponibles et des paramètres d’influence. Les facteurs de la littérature présentent une grande variabilité du fait de la diversité des modalités d’élevage et des méthodes de mesures appliquées. La majorité d’entre eux concerne le stade engraissement et il est souvent difficile de caractériser les modalités d’élevage (type de sol, alimentation…) du fait de l’absence d’informations. En parallèle, les valeurs des facteurs de l’EMEP ont été drastiquement revues à la baisse depuis 2006. Dans une deuxième partie, cinq scénarios de calculs des émissions de particules de l’élevage porcin sont comparés en intégrant les différents facteurs d’émission de l’EMEP ainsi que ceux de la littérature incluant des valeurs nationales. L’analyse de ces simulations par rapport à l’inventaire 2019 montre l’intérêt d’acquérir et d’utiliser les facteurs d’émission représentatifs des conditions nationales de production.

Raw full-fat soybeans of three varieties (Bahia, Isidor and Ecudor) were used at levels ranging from 2.5 to 12.5 % to prepare fattening diets averaging 0.8, 1.5, 2.5, 3.3 and 3.5 trypsin inhibitor units (TIU)/mg in Exp.1, and 0.9, 1.7, 2.2, 2.4, 4.0 and 4.8 TIU/mg in Exp.2. In Exp.3, pigs were fed 0.7 or 2.8 TIU/mg during the growing period and for the finishing period were either fed the same diet or switched to a different diet to assess the back-effect of the initial feed. For Exp.1 and 2, a total of 310 females and barrows were housed in six pens of five pigs each per treatment in Exp.1, and four or six pens of five pigs each per treatment in Exp.2. In Exp.3, 32 barrows were used in individual pens. For all trials, individual faecal scoring was similar among treatments. Average daily feed intake (ADFI) was affected by diets in Exp.2 for the early-growing and growing periods (P < 0.05), as well as average daily gain (ADG) and feed conversion ratio (FCR) for the early-growing period in trial 1, and the early-growing and growing periods in Exp. 2 (P < 0.01). Each TIU resulted in a 32 g decrease in ADG (RSD = 48) and a 0.05 point increase in FCR (RSD = 0.08). For finishing stage, performance did not differ among treatments. Carcass yield was decreased for 3.3 and 3.5 TIU/mg in Exp.1. In Exp.3, the 2.8 TIU feed decreased ADFI and ADG, and increased FCR in the early-growing period but the differences were not significant for the growing period. For finishing period, pigs fed 0.7 then 2.8 TIU/mg diets had lower ADFI and ADG (P < 0.05), while their FCR was higher (P < 0.05). Pigs of both treatments given 2.8 ITU/mg for the finishing period had lower carcass yield (P = 0.08) and higher pancreas weight (P < 0.05). A maximum limit of 2.0 TIU of anti-trypsin factors per mg of feed is proposed for growing and finishing pigs., Quel seuil d'incorporation sans effets des facteurs anti-trypsiques du soja pour l'alimentation du porc en engraissement ? Plusieurs variétés de graines de soja (Bahia, Isidor et Ecudor) sont incorporées crues à des taux allant de 2,5 à 12,5%, pour préparer des aliments d'engraissement contenant respectivement 0,8, 1,5, 2,1, 3,3 et 3,5 unités d'inhibiteur de trypsine (TIU) /mg dans l'essai 1, et 0,9, 1,7, 2,2, 2,4, 4,0 et 4,8 TIU/mg dans l'essai 2. Dans l'essai 3, les animaux reçoivent des aliments à 0,7 ou 2,8 TIU/mg en période de croissance, puis en finition reçoivent les mêmes aliments, ou bien changent d'aliment afin d'évaluer l'arrière-effet de l'aliment précédent. Pour les essais 1 et 2, 310 femelles et mâles castrés sont utilisés à raison de six cases de cinq porcs par traitement dans l'essai 1, puis quatre ou six cases de cinq porcs par traitement dans l'essai 2. Dans l'essai 3, 32 porcs mâles castrés sont utilisés en loge individuelle. Pour tous les essais, les scores individuels de consistance des fèces ne diffèrent pas selon le traitement. La consommation d'aliment (CMJ) est affectée par les aliments lors de l'essai 2 pour les périodes nourrain puis croissance (P < 0,05), ainsi que le gain moyen quotidien (GMQ) et l'indice de consommation (IC) pour la période nourrain dans l'essai 1, et les périodes nourrain et croissance dans l'essai 2 (P < 0,01). Chaque TIU entraine une baisse de 32 g du GMQ (ETR = 48) et une hausse de 0,05 point d'IC (ETR = 0,08). En finition, les performances ne diffèrent pas entre régimes. Le rendement de carcasse est diminué à 3,3 et 3,5 TIU/mg dans l'essai 1. Pour l'essai 3, l'aliment à 2,8 TIU/mg diminue la CMJ et le GMQ, et augmente l'IC en période nourrain mais les différences ne sont pas significatives en croissance. En finition, la CMJ et le GMQ des porcs recevant successivement les régimes à 0,7 puis à 2,8 TIU/mg sont moins élevés (P < 0,05), alors que leur IC est plus élevé (P < 0,05). Les porcs des deux groupes recevant 2,8 TIU/mg en finition ont un rendement carcasse diminué (P = 0,08) et un poids de pancréas plus élevé (P < 0,05). Une teneur limite maximale de 2,0 TIU de facteurs anti-trypsiques par mg d'aliment est proposée pour le porc en engraissement.

Economic assessment of feed restriction or amino-acid deficiency during the pig fattening period The profitability of pig farms is influenced greatly by feed efficiency and carcass grading. The aim of this study was to assess the economic impact of two feeding strategies during the fattening period, compared to that of a control (T), which was ad libitum feeding with no amino-acid deficiency. The first strategy was ad libitum feeding with a three-phase sequence limited in amino acids (CA). The second strategy was restricted feeding at 85% of the ad libitum without amino-acid deficiency (RA). Each of the three feeding strategies was applied to 48 gilts and 48 barrows. Technical performances were estimated using a general linear model. Then, the feed conversion ratio (FCR) was standardized to the range of 30-120 kg. The lean meat percentage (LMP) was standardized to 120 kg. These criteria were input into a simulator (GT-DIRECT, "Calculate" module) to assess the economic feeding margin of each strategy. Two extreme economic contexts were considered using two assumptions for fattening feed price (HIGH and LOW). The CA margin was lower than that of T, by € 3.4 and € 5.6 per pig produced for the LOW and HIGH feed price contexts, respectively. The predominant effect was that of feed price, which penalized feed cost due to an FCR higher by 0.18 units. The RA margin was also lower than that of T, by € 0.7 and € 2.8 per pig produced for the LOW and HIGH feed price contexts, respectively. The higher FCR (+0.17 kg/kg) induced an increase in feed cost which was compensated only partially by the increase in output due to the better LMP ratio (+1.5 percentage point). Thus, meeting amino-acid needs and mastering feed restriction remain essential., La rentabilité des élevages de porcs est très dépendante de l’efficacité alimentaire des animaux et du classement des carcasses, impactant leur rémunération. Un des objectifs du projet SCANALI (2018-2021) est de quantifier l’impact de plusieurs stratégies alimentaires sur les performances technico-économiques des porcs. Cette étude vise à évaluer l’incidence d’un rationnement alimentaire ou d’une carence en acides aminés pendant la phase d’engraissement sur le résultat économique de l’élevage.

El procés de colonització microbiana de l’intestí després del naixement juga un paper important en el desenvolupament del sistema immunològic neonatal dels mamífers amb implicacions durant tota la seva vida. La microbiota intestinal protegeix contra la col·lonització per patògens mitjançant la competència i la interacció bacteriana. A més, la disrupció de la comunitat microbiana saludable durant el període neonatal pot conduir al creixement excessiu de patobionts autòctons i l’inducció d’un estat proinflamatori. S’ha demostrat que l’estrés, la dieta, les pràctiques de maneig i els compostos antimicrobians durant el període de vida primerenca poden induir un impacte durador en l’establiment de la microbiota intestinal, la susceptibilitat a les malalties i el creixement dels garrins. Això és especialment rellevant en la producció porcina, ja que l’entorn microbià de cada granja és diferent i afecta l’estat de salut animal i el seu resultat productiu. La present tesis doctoral pretèn centrar-se en aquells esdeveniments primerencs que ocorren en els primers dies de vida dels garrins que podrien determinar canvis significatius en el comportament dels animals en les següents etapes de vida i explorar aplicacions específiques en la pràctica comercial dirigida a millorar la salut i la productivitat dels porcs i reduir l’ús d’antibiòtics. El proceso de colonización microbiana del intestino después del nacimiento juega un papel importante en el desarrollo del sistema inmunológico neonatal de los mamíferos con implicaciones durante toda su vida. La microbiota intestinal protege contra la colonización por patógenos mediante la competencia e interacción bacteriana. Además, la disrupción de la comunidad microbiana saludable durante el período neonatal puede conducir al crecimiento excesivo de patobiontes autóctonos y la inducción de un estado proinflamatorio. Se ha demostrado que el estrés, la dieta, las prácticas de manejo y los compuestos antimicrobianos durante el período de vida temprana pueden inducir un impacto duradero en el establecimiento de la microbiota intestinal, la susceptibilidad a las enfermedades y el crecimiento de los cerdos. Esto es especialmente relevante en la producción porcina, ya que el entorno microbiano de cada granja es diferente y afecta al estado de salud animal y el resultado productivo. La presente tesis doctoral pretende centrarse en aquellos eventos tempranos que ocurren en los primeros días de vida de los lechones que podrían determinar cambios significativos en el comportamiento de los animales en las siguientes etapas de vida y explorar aplicaciones específicas en la práctica comercial dirigida a mejorar la salud y la productividad de los cerdos y reducir el uso de antibióticos. The process of microbial colonization of the gut after birth plays an important role in the development of the neonatal immune system of mammals with implications during their whole life. The intestinal microbiota protects against colonization by pathogens by bacterial competition and interaction. Moreover, the disruption of the healthy microbial community during the neonatal period may lead to the overgrowth of indigenous pathobionts and the induction of pro-inflammatory status. It has been shown that stress, diet, management practices, and antimicrobial compounds during the early-life period may induce a long-lasting impact on the establishment of gut microbiota, disease susceptibility, and growth performances of offspring pigs. This is especially relevant in swine production with each farm microbial environment being different and possibly impacting animal health status and the productive outcome. The present doctoral thesis aims to focus on those early events that occur in the first days of life of the piglets that could determine significant changes in the performance of the animals in the following stages of life and to explore specific applications in the commercial practice addressed to improve the health and productivity of pigs and to reduce the use of antibiotics. Universitat Autònoma de Barcelona. Programa de Doctorat en Producció Animal

Improving phosphorus use is one of the major issues for the sustainability of the swine industry. The objectives of this PhD thesis were 1) to develop a new mechanistic model to predict the phosphorus and calcium requirements in growing pigs, and 2) to investigate nutritional strategies for a more efficient use of phosphorus. In order to develop the prediction model, a trial was first carried out to update the knowledge on the dynamic changes of the chemical composition of soft tissues during pig growth. In the proposed model, phosphorus and calcium deposition in bone is considered to be independent of protein deposition, or soft tissue deposition. Sensitivity analysis of the model shows that the potential for calcium deposition in bone has the greatest influence on the variability of calcium and phosphorus requirements, followed by protein deposition for phosphorus requirement at 30 and 60 kg of body weight. Regarding the research of nutritional strategies, a trial was first set up to test the effect of a dietary phosphorus and calcium depletion-repletion sequence on the efficiency of use of these minerals in growing pigs. A second trial was carried out to evaluate the effect of a phosphate-free diet with the addition of microbial phytase. Phosphorus utilisation efficiency was improved in both strategies. However, the zootechnical performance decreased slightly at the beginning of growth in the second trial, which is probably due to an excess of soluble calcium. The strategies proposed in this thesis provide very relevant ways to reduce phosphorus supplies and to decrease phosphorus excretion. The new model introduced in this thesis, combined with new strategies to improve phosphorus use, would allow to reduce inorganic phosphate supply to pigs, and to reduce phosphorus excretion without decreasing growth performances or bone health of animals. The effects could be even greater when applied with precision feeding systems., L'amélioration de l'utilisation du phosphore est un des enjeux majeurs de durabilité de la filière porcine. Les objectifs de cette thèse de doctorat sont 1) de développer un nouveau modèle mécaniste de prédiction des besoins en phosphore et calcium chez le porc en croissance et 2) de rechercher des stratégies nutritionnelles permettant une utilisation du phosphore plus efficiente. Afin de développer le modèle de prédiction, un essai a d'abord été réalisé pour actualiser les connaissances sur l'évolution dynamique de la composition chimique en phosphore et calcium des tissus mous au cours de la croissance du porc. Dans le modèle proposé, le dépôt de phosphore et de calcium dans les os est considéré comme indépendant du dépôt protéique, ou du dépôt de tissus mous. Son analyse de sensibilité montre que le potentiel de dépôt de calcium dans les os est le facteur qui influe le plus sur la variabilité des besoins en calcium et phosphore, suivi du dépôt protéique pour le besoin en phosphore à 30 et 60 kg de poids vif. Concernant la recherche de stratégies nutritionnelles, un essai a été mis en place pour tester l'effet d'une séquence de déplétion et de réplétion des apports en phosphore et calcium sur l'efficience d'utilisation de ces minéraux chez les porcs en croissance. Un second essai a été réalisé pour évaluer l'effet d'une alimentation sans phosphate avec ajout de phytase microbienne. L'efficience d'utilisation du phosphore a été améliorée avec ces deux stratégies. Néanmoins, les performances zootechniques ont été légèrement diminuées en début de croissance (second essai), ce qui est probablement dû à un excès de calcium soluble. Les stratégies proposées dans cette thèse ouvrent des voies très pertinentes pour réduire les apports et diminuer les rejets en phosphore. Le nouveau modèle introduit dans cette thèse, associé à de nouvelles stratégies d'amélioration de l'utilisation du phosphore, permettrait de diminuer les intrants en phosphate minéral pour l'alimentation des porcs et de réduire les excrétions en phosphore sans diminuer les performances de croissance ou la santé osseuse des animaux. Les effets pourraient être encore plus important lors de l'application de ces solutions avec des systèmes d'alimentation de précision.

La durabilité de la filière porcine est fortement affectée par la volatilité du coût des matières premières, ce qui entraîne une hétérogénéité croissante des ressources alimentaires utilisées en élevage. Dans ce contexte, l’objectif principal de cette thèse était de caractériser la variabilité génétique de l’efficacité digestive chez le porc en croissance en fonction de son alimentation, nouveau levier de sélection possible pour consolider l’amélioration de l’efficacité alimentaire. Le projet s’appuie sur un dispositif dédié, constitué de 1663 porcs Large White, dont 880 nourris avec un régime conventionnel (CO) (blé, orge) et 783 de leurs pleins-frères nourris avec un régime alternatif, riche en fibres (F) (son de blé, coques de soja, pulpe de betterave). Des développements méthodologiques préalables ont permis de prédire l'efficacité digestive individuelle sur la base d'un échantillon de fèces analysé par spectrométrie dans le proche infrarouge. Ainsi, les coefficients d’utilisation digestive (CUD) individuels de l’énergie, de la matière organique et de l’azote ont été prédits. Les performances d’efficacité alimentaire, de composition du microbiote intestinal (issu de séquençage partiel du gène de l’ARNr 16S), partenaire majeur de la digestion, et les génotypes (puce 70K) étaient par ailleurs disponibles pour tous les animaux. Dans un premier temps, la variabilité génétique de l’efficacité digestive a été estimée pour la première fois chez le porc en croissance : les trois CUD étaient modérément héritables pour les porcs nourris avec le régime CO (~0,25) et fortement avec le régime F (~0,55). L’efficacité digestive peut donc alors être intéressante pour améliorer l’efficacité alimentaire, car héritable et favorablement corrélée à ce caractère du point de vue génétique (44 %), part qui était supérieure à celle expliquée par la génétique de l’hôte (

Background: Nutritional requirements of heavy immunocastrated pigs (IM) and thus the appropriate feeding strategies have not been determined. Methods: The effects of a reduced net energy (NE) diet, achieved by including up to 10% dietary fiber were studied in 41 IM pigs fed ad libitum with an extended period between immunization and slaughter (i.e. 8 weeks). Traits assessed included growth performance (before and after immunization at 112 days of age), fat deposition, intestinal skatole and indole production, intestinal morphology, and cell proliferation. Results: From 84 days of age, IM pigs were fed diets with low, medium, or high NE content (LNE, MNE, and HNE diets; with 8.5, 9.3, and 10.0 MJ NE/kg). There was no effect (P > 0.10) of feed NE concentration on average daily gain or the ratio of BW gain to NE intake in any of the periods studied. However, in the period from 143 to 170 days of age, there was a tendency for a higher NE intake (P = 0.08) in pigs fed the HNE diet along with higher (P < 0.01) backfat gain. Dietary treatment affected carcass composition as lower backfat thickness (P = 0.01) and lower area of fat over the longissimus muscle (P = 0.05) were observed in LNE and MNE pigs. In addition, higher lean meat content (P = 0.04) was observed in LNE pigs. Reducing the NE of the diet with fiber addition resulted in lower indole production in the ascending colon (P < 0.01), and higher skatole production (P < 0.01) in the cecum. Greater villi area, width, height and perimeter, crypt depth, and thickness of the intestinal mucosa in the jejunum, ileum, ascending colon, and descending colon were found for the LNE group (P < 0.01) than for the HNE group, while the MNE group was intermediate. Cell proliferation was not affected by dietary treatment (P > 0.05). Conclusion: The present results show that despite improved absorptive capacity (indicated by histomorphological changes in the intestinal mucosa), a reduction in dietary NE concentration reduces lipid deposition, without affecting performance or energy efficiency in IM pigs.

Introduction:Streptococcus suis (S. suis) is a human zoonotic pathogen of occupational origin, with infection acquired through contact with live pigs or pig meat. Pig farming is one of Catalonia's biggest industries and as a result this region of Spain has one of the highest density pig populations per km2. The aim of our study was to describe the infections caused by S. suis occurring in that area over a 9-year period.Materials and Methods: A retrospective, multi-center study was carried out by searching records from 15 hospitals in Catalonia for the period between 2010 and 2019.Results: Over the study period altogether nine cases of S. suis infection were identified in five hospitals, with five of these cases occurring in the 2018–2019 period. The mean age of patients was 48 ± 8.9 years and all of them were males. Five patients (55.6%) worked in pig farms. The most frequent manifestation of infection was meningitis (5 cases; 55.6%) followed by septic arthritis (3 cases; 33.3%). None of the patients died at 30 days; nonetheless, 4 developed hearing loss as a long-term complication.Conclusion: The most commonly identified S. suis infection was meningitis. Over 50% of the episodes occurred in the last 2 years and have affected pig farm workers. Further surveillance is needed in order to know its prevalence.

L’utilisation du croisement en production animale permet de combiner chez un même individu les aptitudes complémentaires de races différentes. Utilisé dans le contexte de la création d’une lignée synthétique, il permet de produire des animaux originaux afin de répondre aux besoins de la filière. Dans un objectif de renouvellement de son verrat terminal pour la production de porcs charcutiers, l’entreprise de sélection porcine Nucleus a débuté en 2017 la création d’une nouvelle lignée paternelle, issue d’un croisement trois voies impliquant les races Piétrain, Large White et Duroc. La problématique principale de cette thèse explore l’utilisation des données génomiques pour la gestion des premières générations de cette lignée, dans un objectif de maximiser la diversité génétique avant de démarrer la sélection. Nous avons proposé des outils d’exploitation des données génomiques afin d’obtenir des indicateurs synthétiques de la diversité génétique pour le choix des reproducteurs basés sur les fréquences alléliques et les origines raciales des segments chromosomiques. Puis pour les accouplements, étant donné la persistance de "runs of homozygosity", nous avons proposé des plans d’accouplement permettant de les limiter chez les descendants. Une approche par simulation a permis d’évaluer l’efficacité des stratégies de maximisation de la diversité par rapport à un démarrage de la sélection dès la première génération de la lignée ou à une gestion aléatoire de la population. Nous avons également suggéré un démarrage de la sélection à partir de la cinquième génération post-croisement, compromis raisonnable entre le maintien de la diversité et la nécessité de générer rapidement du progrès génétique. Une analyse exploratoire des paramètres génétiques de caractères pondéraux, de composition de la carcasse et de qualité de la viande a également été conduite afin de préparer le futur programme de sélection.

Tools are required for quick and easy preliminary evaluation of functional feeds efficiency on fisheries. The analysis of skin mucus biomarkers is a recent alternative approach providing a faster feed-back from the laboratory which is characterized by being less invasive, more rapid and with reduced costs. The effect of replacing fishmeal and fish protein hydrolysates by means of two porcine by-products, the porcine spray-dried plasma (SDPP) and pig protein hydrolysate (PPH), in compound diets (50.4% crude protein, 16.2% crude protein, 22.1 MJ/kg feed) was evaluated in juvenile meagre (Argyrosomus regius) during a two-months period. To determine the impact of these dietary replacements, growth and food performance were measured together with digestive enzymes activities and filet proximal composition. Additionally, skin mucus was collected and characterized by determining main mucus biomarkers (protein, glucose, lactate, cortisol, and antioxidant capacity) and its antibacterial properties, measured by the quick in vitro co-culture challenges. In comparison to the control group, the inclusion of PPH and SDPP, in meagre diets reduced growth (7.4–8.8% in body weight), increased feed conversion ratios (9.0–10.0%), results that were attributed to a reduction in feed intake values (24.2–33.0%) (P < 0.05). Porcine blood by-products did not modify the activity of gastric and pancreatic digestive enzymes as well as those involved in nutrient absorption (alkaline phosphatase) nor liver oxidative stress condition (P > 0.05). In contrast, a reduction in fillet lipid content associated to an increase in fillet protein levels were found in fish fed SDPP and PPH diets (P < 0.05). As compared to the control diet, the dietary replacement did not alter the levels of the skin mucus biomarkers related to stress (cortisol and antioxidant capacity) or nutritional status (soluble protein, glucose and lactate) (P > 0.05). Interestingly, regardless of the worst performance in somatic growth, meagre fed diets containing both tested porcine by-products showed a significantly improved antibacterial capacity of their skin mucus. This enhancement was more prominent for fish fed with the PPH diet, which may be attributed to a higher content of immunomodulatory bioactive compounds in PPH. Further research will be necessary to provide insights on how the inclusion of SDPP and PPH, at the expense of dietary fishmeal and fish protein hydrolysates, affects feed intake and growth performance in meagre. However, the use of skin mucus biomarkers has been demonstrated to be an excellent methodology for a preliminary characterization of the functional feeds, in particular for their prophylactic properties by the study of mucus antibacterial activity. info:eu-repo/semantics/acceptedVersion

La résistance aux antibiotiques a pris une ampleur considérable du fait de l’utilisation des antibiotiques dans de nombreux domaines. Pour respecter l’approche « OneHealth », il est essentiel d’avoir une image spécifique de chaque situation, afin d’orienter les recommandations et de limiter la dissémination des gènes, des plasmides et des clones. Nos objectifs étaient adaptés à nos populations d’étude (chevaux et porcs) afin d’ajuster les résultats aux besoins des filières. Dans la filière équine, nous avons quantifié les résistances phénotypiques et identifié les gènes de β-lactamases à spectre étendu (BLSE/AmpC) présents dans le microbiome des chevaux sains, et nous avons identifié les facteurs de risque associés à leur portage en France et au Québec. En France, nous avons également caractérisé les mécanismes de dissémination des gènes de BLSE/AmpC. Nous avons mis en évidence qu’en France et au Québec, les E. coli commensaux provenant de fèces de chevaux sains étaient majoritairement non susceptibles à l’ampicilline, l’amoxicilline/acide clavulanique et la streptomycine et que des E. coli multirésistants et porteurs de gènes codant pour des BLSE/AmpC étaient détectés dans respectivement environ 45% et 8% des chevaux. Le blaCTX-M-1 était majoritairement détecté bien qu’en France d’autres BLSE aient été identifiés (blaCTX-M-2 et blaCTX-M-14) ainsi que le gène AmpC blaCMY-2. L’administration d’un traitement médical, le nombre de personnes s’occupant des chevaux, le type d’activité et le fait de participer à un évènement équestre dans les trois derniers mois ont été identifiés comme des facteurs de risque du portage des E. coli multirésistants ou producteurs de gènes BLSE/AmpC, soit en France soit au Québec. En France, le plasmide IncHI1-ST9 était majoritairement associé aux gènes blaCTX-M-1/2 et à l’opéron fos. Pour la filière porcine, nos objectifs étaient de colliger les données de la base de données du laboratoire EcL entre 2008 et 2016, d’évaluer la présence d’un agrégat spatio-temporel pour les isolats ETEC:F4 non susceptibles à l’enrofloxacine et de caractériser ces isolats et les éléments génétiques mobiles qu’ils transportent. En effet, l’enrofloxacine est un antibiotique de haute importance en santé humaine, et doit donc faire l’objet d’une surveillance accrue. Nous avons trouvé que plus de 90% des isolats d’E. coli entérotoxinogènes détectés chez des cas de porcs malades soumis au laboratoire EcL de 2008 à 2016 au Québec, étaient multirésistants. Le virotype LT:STb:F4 prédominait jusqu’en 2014, puis a été dépassé par le virotype LT:STb:STa:F4. Un agrégat spatio-temporel d’isolats LT:STb:STa:F4 non susceptibles à l’enrofloxacine a été détecté entre 04/2015 et 09/2016 au centre de la Montérégie. Nous avons démontré la présence d’un clone ETEC:F4 non susceptible à l’enrofloxacine, à haut risque, qui se dissémine en Amérique du Nord depuis 2013. Les isolats appartenant à ce clone sont ST100, O149:H10. Ils sont multirésistants, et associés à une pathogénicité et une virulence augmentée par rapport aux isolats détectés avant 2000. Ils portent le réplicon IncFII. Les résistances et leur mécanisme de dissémination sont différents selon l’espèce animale. Ces divergences sont fonction de l’usage des antibiotiques, et des échanges possibles avec les différents protagonistes en contact avec les animaux., Antimicrobial resistance has become an essential issue in the last decades because of the extensive use of antimicrobials in numerous sectors. In order to follow the OneHealth approach, it is critical to have a precise picture of each situation, to adjust recommendations and prevent resistance gene dissemination as well as plasmid and clone spread. Our objectives were adapted to the animal populations under study. Therefore, our results were compatible with each sector. In the equine sector, we quantified phenotypic resistance and identified β-lactamase (ESBL/AmpC) genes present in the intestinal microbiome of healthy horses and we identified risk factors associated with their carriage both in France and in Quebec. Then, in France we characterized ESBL/AmpC gene spread mechanisms. We demonstrated that commensal E. coli originating from the feces of healthy horses were mostly non-susceptible to ampicillin, amoxicillin/clavulanic acid and streptomycin. The presence of multidrug resistant E. coli and of E. coli carrying ESBL/AmpC genes was found in around 45% and 8% of horses respectively. The most frequently detected gene was blaCTX-M-1, although blaCTX-M-2 and blaCTX-M-14 were also identified in France. The AmpC gene blaCMY-2 was identified in both localities. Medical treatment, staff number, activity, and participation in an equestrian event within the last three months were identified as risk factors for MDR or ESBL/AmpC E. coli. In France, commensal E. coli from healthy horses most commonly possessed the IncHI1-ST9 plasmid. This plasmid carries blaCTX-M-1/2 genes and the fos operon. For the swine sector in Quebec, our objectives were to gather data provided by the Animal pathogenic and zoonotic E. coli (APZEC) database between 2008 and 2017, to assess the presence of a spatio-temporal cluster for enrofloxacin non-susceptible ETEC:F4 and to characterize these isolates and the mobile genetic elements they carry. Enrofloxacin is an antibiotic classified as highly important in human medicine and as such needs to come under higher scrutiny. For this sector, we demonstrated that more than 90% of enterotoxigenic E. coli (ETEC) isolates from diseased swine submitted to the EcL between 2008 and 2016, were multidrug resistant. The main virotype in 2014 was LT:STb:F4. It was subsequently replaced by the LT:STb:STa:F4 virotype. A spatio-temporal cluster of LT:STb:STa:F4 isolates non-susceptible to enrofloxacin was detected between 04/2015 and 09/2016 in the centre of the Monteregie region. These isolates constituted an ETEC:F4 high risk enrofloxacin non-susceptible clone, which has been spreading in North America since 2013. Isolates belonging to this clone are ST100, O149H10, phylogroup A, and fimH gene negative. These isolates are multidrug resistant and associated with a higher pathogenicity and virulence than isolates detected before 2000. They all carry the incFII replicon. Resistance and mechanisms of dissemination are different according to the animal species being studied. This is likely due to different patterns of antimicrobial use in each industry and possible interactions with different protagonists in contact with the animals. It is essential to understand the situation for each animal species in order to adapt recommendations for efficiently limiting the spread of resistance genes, plasmids and clones.

Les travaux de recherche sur l’alimentation des porcs ont été conduits par l'INRAgrâce au soutien financier de partenaires privés via des collaborations bilatérales avec des firmes services (ou des producteurs et vendeurs d’additifs) ou des collaborations plus larges regroupant une grande partie des acteurs de l’alimentation animale. Les principaux outputs de ces travaux de recherche ont été : (1) des concepts et méthodes de référence pour caractériser la valeur des ressources et les besoins des animaux, (2) des outils d’aide à la décision (OAD) pour faciliter la diffusion et l’appropriation des connaissances auprès des acteurs de la filière au niveau national et international. Les résultats de ces travaux ont été utilisés et diffusés hors de la sphère académique grâce à des activités d’intermédiation (expertises, réunions techniques) réalisées d’abord par les chercheurs eux-mêmes. Les firmes services françaises (notamment celles associées au GERNA ) ont rapidement intégré et adapté les nouveaux concepts d’évaluation des aliments pour que leurs clients bénéficient des progrès réalisés, tant pour l’énergie (énergie digestible vers énergie nette (EN)), que pour l’azote, sur leur marge nette de production. Certaines entreprises privées (Ajinomoto Eurolysine) ont financé la diffusion des résultats (aide à la production d'outils d’aide à la décision) et ont également utilisé leur réseau commercial en France et dans le monde pour aider à leur mise en pratique. Enfin, la diffusion de la connaissance sur l’adéquation entre les besoins et les apports nutritionnels pour limiter les rejets a été en grande partie effectuée grâce aux recommandations successives du CORPEN dans lequel l’INRA a eu un rôle déterminant. Au niveau de la filière porcine française et européenne, les systèmes d’alimentation chez le porc que l’INRA a conçus ont eu des impacts sur les trois piliers de la durabilité. Au niveau économique et social, ils ont permis d’améliorer la rentabilité de différents maillons de la filière (firmes services, producteurs d’aliment, coopératives et groupements d’éleveurs, éleveurs) et de préserver les emplois directs et indirects liés à l’élevage porcin dans le contexte des années 80 où le nombre d’éleveurs était en forte baisse. Ces évolutions ont aussi permis à la France de devenir autosuffisante en viande de porc alors qu’elle était fortement importatrice au début des années 80. Sur le plan environnemental, l'alimentation des animaux a été un levier d'action important qui a permis de réduire de façon très significative les pertes d'azote et de phosphore. Les travaux conduits et l’expertise des chercheurs ont eu un rôle moteur dans les réflexions qui ont mené à l’établissement, l’acceptation et l’évolution de normes environnementales plus strictes. En prenant en compte l’évolution de la production de porc, la réduction des rejets en azote et en phosphore peut-être évaluée à 11% et 46% à l’échelle nationale entre 1984 et 2010. L'étude de ce cas a été réalisée selon la méthode ASIRPA.

Variations in feeding behaviour between animals result from individual variations in their metabolism as affected by diet composition. The study aimed to link the within-day dynamics of voluntary feed intake and those of blood metabolites and insulin in growing pigs havingad libitumaccess to feed and receiving diets differing in dietary fibre levels and aleurone supplementation. A total of forty pigs (body weight: 35 kg) had access to diets providedad libitum, which differed by fibre content (13 or 18 % neutral-detergent fibre) and aleurone supplementation (0, 2 or 4 g/kg). Feeding behaviour was individually recorded for 1 week. The kinetic of plasma metabolites and insulin was followed for 1 h after a voluntary test meal. Dietary fibre level did not affect the daily feed intake but increased meal size and meal duration. Aleurone supplementation (4 g/kg) decreased the daily feed intake and number of meals. Dietary fibre level only decreased insulin concentration measured 15 min after meal beginning. Aleurone supplementation (4 g/kg) decreased glycaemia in the first hour after the meal and insulinaemia 15 min after the meal. Free access to feed led to high variability in pre-prandial metabolites and insulin concentrations, resulting in different test meal size irrespective of diet composition. Animals were then spread over different profiles combining feeding behaviour and fasted status to explain different profiles of regulation of feed intake. Plasma metabolites and insulin kinetics were affected by diet composition but also by animal characteristics. Individual variability should be considered when diet composition is used to modulate feeding behaviour.

International audience; The purpose of this review is to offer a panorama on 10 years of nutrition research using in vivo brain imaging in the pig model. First, we will review some work describing the brain responses to food signals, including basic tastants such as sweet and bitter at both oral and visceral levels, as well as conditioned preferred and aversive flavours. Second, we will have a look at the impact of weight gain and obesity on brain metabolism and functional responses, drawing the parallel with obese human patients. Third, we will evoke the concept of the developmental origins of health and diseases, and how the pig model can shed light on the importance of maternal nutrition during gestation and lactation for the development of the gut–brain axis and adaptation abilities of the progeny to nutritional environments. Finally, three examples of preventive or therapeutic strategies will be introduced: the use of sensory food ingredients or pre-, pro-, and postbiotics to improve metabolic and cognitive functions; the implementation of chronic vagus nerve stimulation to prevent weight gain and glucose metabolism alterations; and the development of bariatric surgery in the pig model for the understanding of its complex mechanisms at the gut–brain level. A critical conclusion will brush the limitations of neurocognitive studies in the pig model and put in perspective the rationale and ethical concerns underlying the use of pig experimentation in nutrition and neurosciences.

L'efficacité de l'alimentation est un caractère économiquement important dans l'industrie porcine puisque le coût des aliments représente plus de 2/3 des coûts de production totaux. Parmi les mesures disponibles pour l'évaluation de l'efficacité alimentaire, la consommation moyenne journalière résiduelle (CMJR) reflète la différence entre la consommation observée et la consommation théorique estimée afin de répondre aux besoins de production et d'entretien. A INRAE depuis plus de 20 ans, une sélection divergente pour une meilleure (CMJR-) et une moindre efficacité alimentaire (CMJR+) a été effectuée sur des porcs Large-White (LW) pendant dix générations. En utilisant ces lignées sélectionnées, l'objectif principal de cette thèse était d'approfondir nos connaissances sur les bases génétiques et biologiques de la CMJR chez les porcs. Dans une première étude, nous avons recherché les régions génomiques affectant la CMJR et des caractères de production corrélés à la CMJR via une analyse d'association. Les données de génotypage ont été acquises à l'aide de puces de SNP de moyenne densité (MD) pour l'ensemble des individus reproducteurs des deux lignées divergentes et 32 individus fondateurs ont été génotypés à l'aide d'une puce haute densité (HD). Grace à des analyses d'imputation nous avons pu reconstruire les génotypes de 570 447 marqueurs de la puce HD pour l'ensemble des reproducteurs. Ces génotypes ont alors été utilisés pour attribuer un génotype moyen à l'ensemble des portées de descendants phénotypés pour les caractères d'intérêt (dont le CMJR). Ainsi des analyses GWAS ont été réalisées à partir d'un dispositif de 2 426 porcs phénotypés pour 24 caractères et disposant après prédiction des génotypes reconstruits à l'aide des informations généalogiques. Ces études ont été réalisées dans chaque lignée indépendamment ou en incluant les deux lignées. Au total, 186 régions QTL ont été identifiées dont 54 régions chromosomiques via l’approche globale, et 37 et 61 régions respectivement détectées à partir de la lignée CMJR- seule et la lignée CMJR+ seule. Parmi celles-ci, seules 15 régions sont partagées entre au moins deux analyses, et une seule est commune aux trois approches GWAS mais présentent des effets pour des caractères différents selon l'analyse. Parmi les 12 régions QTL détectées pour la CMJR, 3 avaient été d'ores et déjà identifiées et publiées dans d'autres études et 9 nouvelles régions génomiques ont été identifiées contenant des gènes candidats potentiels impliquées dans la prolifération cellulaire et les processus de différenciation des tissus gastro-intestinaux ou des voies de signalisation liées au métabolisme des lipides. La détection de régions QTL différentes entre les deux lignées pourrait être dû aux changements de fréquences alléliques au cours de la sélection des lignées. Afin d'affiner la caractérisation des régions QTL dans une seconde étude nous avons exploité un jeu de de données transcriptomiques disponible sur 4 tissus pour un lot d’individus issus de la 8ème génération de sélection. Des études d'enrichissement successives ont été réalisées à l'aide de l'outils GSEA, (1) en confrontant uniquement la liste des gènes différentiellement exprimés (DEG) à la base de données « Molecular Signatures Database » (MSigDB), (2) en recherchant dans cette même base de données les voies métaboliques enrichies en gènes présents dans les régions QTL et (3) en cherchant à combiner les données génétiques et transcriptomiques. Dans le cadre de cette approche nous avons choisi de porter une attention particulière aux DEG localisés en cluster dans le génome et aux régions présentant de fortes évolutions de fréquence à l'issue de la sélection. A terme l’intégration de données fonctionnelles, les plus riches et complètes possibles, doit ainsi permettre d'affiner la recherche de gènes candidats et d'identifier des processus biologiques sousjacents aux lignées divergentes pour l'efficacité alimentaire.

International audience; Despite the low density of pigs in the Massif Central, the pig economy plays an essential role in maintaining slaughter and processing tools, and cultural identity. A recent research and development action makes it possible to describe and understand the forms and conditions for maintaining these barely visible but essential farms. Based on the analysis of recent data from BDPORC, postal and direct surveys, it explains the diversity, specificities and prospects of these predominantly mixed pig-herbivore systems.; Malgré la faible densité de porcs dans le Massif central, la filière porcine y joue un rôle essentiel pour le maintien d'outils d'abattage et de transformation, et son identité culturelle. Une récente action de recherche-développement permet de décrire et comprendre les formes et conditions de maintien de ces élevages peu visibles mais essentiels pour le territoire. Reposant sur l'analyse des données de BDPORC, d'enquêtes postale et directe, elle explicite la diversité, les spécificités et les perspectives de ces systèmes à dominante mixte porcins-herbivores.

The elevated ammonia (NH3) emissions from animal facilities, especially pigs, cattle and poultry, impact the air and water pollution which can lead to environmental problems (such as eutrophication) and conflicts between farmers and their neighbours. Several technologies are employed to manage the increasing of animal manure productions worldwide. Wet wastes can be removed directly by methanization (anaerobic digestion), or composting (aerobic decomposition). The gaseous ammonia emissions can be treated by biofiltration using air scrubbers. However, these techniques are not very effective when the water to be treated contains several forms of nitrogen simultaneously and at high concentrations (up to 1000 mg N. L-1) Hence, the tendency is to use microalgae; photosynthetic organisms with various interesting biochemical characteristics (accumulation of nitrogenous, phosphorus, oligo nutrients, trace and heavy metals) for a wide range of applications including wastewater treatment. Then, these microorganisms can be used in various fields, namely: in human and animal food, in energy production (biofuels), and in the production of molecules with high added value for industrial purposes (pharmaceutical and cosmetic fields).; Les émissions élevées d'ammoniac (NH3) des installations destinées aux animaux, en particulier les porcs, le bétail et la volaille, ont un impact sur la pollution de l'air et de l'eau, ce qui peut entraîner des problèmes environnementaux (tels que l'eutrophisation) et des conflits entre les agriculteurs et leurs voisins. Plusieurs technologies sont utilisées pour gérer l'augmentation des productions d'effluents d'élevage dans le monde. Les déchets humides peuvent être éliminés directement par méthanisation (digestion anaérobie), ou par compostage (décomposition aérobie). Les émissions gazeuses d'ammoniac peuvent être traitées par biofiltration à l'aide d'épurateurs d'air. Cependant, ces techniques ne sont pas très efficaces lorsque l'eau à traiter contient plusieurs formes d'azote simultanément et à des concentrations élevées (jusqu'à 1000 mg N. L-1). C'est pourquoi on a tendance à utiliser des microalgues, organismes photosynthétiques présentant diverses caractéristiques biochimiques intéressantes (accumulation d'azote, de phosphore, d'oligo-éléments, de métaux traces et lourds) pour un large éventail d'applications, y compris le traitement des eaux usées. En outre, ces micro-organismes peuvent être utilisés dans divers domaines, à savoir : dans l'alimentation humaine et animale, dans la production d'énergie (biocarburants), et dans la production de molécules à haute valeur ajoutée à des fins industrielles (pharmaceutiques et cosmétiques).

By 2010, systems set up to monitor the antimicrobial resistance of pathogenic bacteria and antimicrobial usage identified a sustained increase regarding third‐ and fourth‐generation cephalosporin resistance in French pig production. This sector mobilised and collectively committed to responsible action in the following months. This led to a multi‐professional voluntary stewardship programme that was started in 2011. A consensus of veterinary opinion led to the definition of restrictive rules on the prescription of the third‐ and fourth‐generation cephalosporins targeted by the antimicrobial stewardship programme (ASP). All pig sector professionals, including farmers, were informed. Existing monitoring systems for usage and resistance were supplemented by data from the records of veterinarians' cephalosporin deliveries and from individual pig farm surveys investigating antimicrobial usage. The second step, from 2014, entailed regulatory measures that consolidated the programme by setting quantitative reduction objectives and specifying the terms and conditions for prescribing and dispensing a list of critical antimicrobial molecules including cephalosporins. All the data sources confirmed a significant fall of more than 90% in cephalosporin usage in the French pig production sector between 2010 and 2016. Monitoring systems recorded that the resistance of commensal and pathogenic Escherichia coli isolates also tended to decrease over the same period. The stewardship programme proved highly effective in reducing usage and containing resistance, illustrating the efficiency of a well‐defined multi‐professional strategy., This study details success conditions of an antimicrobial stewardship program in animal agriculture. Based on data provided by complementary and independent monitoring tools, success could be assessed on both usage and resistance. Results highlight the strong relationship between cephalosporins usage and resistance in pig production, supporting a containment perspective through usage restriction.

Acupuncture has thousands of years of history and perspective for the treatment of many health problems and disorders. Beneficial effects of acupuncture on obesity have been demonstrated at various levels in animals and clinical trials, with almost no adverse effect, even when combined with local electrical stimulation, i.e., electroacupuncture (EA), a way to potentiate the effects of acupuncture. However, there is still scattered evidence about the impact of EA on brain functions related to the control of eating behavior, and notably on the gut–brain axis mechanisms involved in these putative central modulations. During the past 10 years, we have described a convincing diet-induced obese minipig model, and successfully implemented brain imaging and neurocognitive approaches to challenge mechanistic hypotheses and innovative therapeutic strategies. In the present article, we propose to confront the current literature on the acupuncture and EA effects on the gut–brain axis and obesity with the latest developments in nutrition and neuroscience research using the minipig model. Our aims are to (a) elaborate functional hypotheses on the gut–brain mechanisms underlying EA effects on obesity, and especially on the role of the vagus nerve, and (b) present the rational for testing these hypotheses in the minipig model.

Respiratory co-infections in pigs are more common than infections caused by a single pathogen. First of all, we identified the viral and bacterial porcine co-infections studies and we detailed the possible molecular consequences on the porcine host. The porcine reproductive and respiratory syndrome virus (PRRSV) and the swine Influenza A Virus (swIAV), are major contributors to the porcine respiratory disease complex. SwIAV primarily infects epithelial cells while PRRSV infects cells expressing CD163 such as alveolar macrophages (AM). In order to evaluate the antiviral response of the porcine host and to study the effect of a pre-infection with PRRSV on the replication of swIAV, a series of co-infections and superinfections were carried out on tracheal epithelial cells and precision-cut lung slices. The results showed that PRRSV can interfere with swIAV infection and alter the cellular antiviral response without infecting epithelial cells. This effect of PRRSV appears to be less important following an increase in the delay between viral inoculations. Finally, a series of experiments enabled us to identify the pathogens circulating in pigs from a local slaughterhouse and to assess the effect of the various bacterial and viral infections, on the alveolar macrophages trained immunity and their ability to replicate viruses in case of superinfection. This study contributes to the understanding of porcine immune response to respiratory coinfections for a better management of respiratory diseases in swine.; Les co-infections respiratoires chez le porc sont plus fréquentes que les infections causées par un seul micro-organismes. Dans un premier temps, un recensement des études sur les co-infections respiratoires porcines a permis de mettre à jour les connaissances sur ces co-infections virales et/ou bactériennes et de détailler les probables conséquences moléculaires sur l’hôte porcin. Le virus du syndrome dysgénésique et respiratoire porcin (ou Porcine Reproductive and Respiratory Syndrome Virus, PRRSV) et les virus responsables de l’influenza porcin A (swine Influenza A Virus, swIAV), sont des acteurs majeurs du complexe respiratoire porcin. Le swIAV infecte principalement les cellules épithéliales alors que le PRRSV infecte des cellules exprimant CD163 comme les macrophages alvéolaires (MA). Dans le but d’évaluer la réponse antivirale de l'hôte porcin et d'étudier l'effet d’une pré-infection par le PRRSV sur la réplication du swIAV, une série de co-infections et de surinfections a été effectuée sur des cellules épithéliales trachéales et sur des tranches pulmonaires fines. Les résultats montrent que le PRRSV est capable d'interférer avec l'infection par swIAV et d’altérer la réponse antivirale cellulaire sans infecter les cellules épithéliales. Cet effet du PRRSV parait moins important en augmentant le délai entre les inoculations virales. Finalement, une série d’expérimentations nous a permis d’identifier les agents pathogènes circulant chez des porcs provenant d’un abattoir local et d’évaluer l’effet des différentes infections bactériennes et virales résolues ou pas sur l’immunité entraînée des macrophages alvéolaires et leur capacité à répliquer les virus suite à une surinfection. Ces travaux contribuent à la compréhension de la réponse immune porcine suite aux co-infections respiratoires, pour une meilleure gestion des maladies respiratoire chez le porc.