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En regiones tropicales, las razas bovinas Gyr y Gu-zerat, pertenecientes a la subespecie Bos indicus, son las más exploradas en la industria lechera, entre otras razones, porque están más adaptadas al clima tropical. Gyr y Guzerat son razas cebuinas comunes en Brasil, y son utilizadas para generar las razas sintéticas Gyrolando (5/8 Holstein: 3/8 Gyr) y Guzolando (5/8 Holstein: 3/8 Guzerat), en orden a combinar una buena producción y tolerancia al calor y los parásitos en el trópico. Programas de mejoramiento para las características de importancia económica en cebú lechero, han sido introducidos recientemente en Brasil, basados en el uso de reproductores genéticamente superiores de los diferentes rebaños. El principal objetivo de QTL (loci de características cuantitativas) y genes candidatos, es encontrar genes y marcadores que puedan ser implementados en programas de mejoramiento a través de la selección asistida por marcadores (MAS). En cebuinos lecheros, la selección asistida por marcadores puede ser usada para preseleccionar toros candidatos jóvenes para pruebas de progenie, incrementando así, el diferencial de selección, reducción del intervalo generacional e incrementando el mérito genético In tropical regions, Gyr and Guzerat breeds (Bos indicus) are most explored for dairy industry and are much more adapted to climate. Gyr and Guzerat are Zebu breeds very common in Brazil and they are being used to generate Bos taurus x Bos indicus crosses in order to combine good production, heat and parasite tolerance on the tropics. Breeding programs for the main economically important traits of Zebu dairy cattle have been recently introduced in Brazil and is based on the use of genetically superior sires in the herds. A major objective of QTL (Quantitative Trait Loci) and candidate genes is to find genes and markers that can be implemented in breeding programs across marker assisted selection (MAS). In Zebu dairy cattle MAS could be used to pre-select young candidate bulls to progeny testing, thus increasing selection differentials, shortening generation interval and increasing genetic gain

Tradicionalmente los programas de mejora del melocotón (Prunus persica (L.) Batsch) se centraron fundamentalmente en la obtención de genotipos elite de alta productividad, resistentes a plagas y patógenos, adaptados a diferentes zonas agroecológicas y que produzcan frutos de gran tamaño y buen aspecto. Como resultado, muchos de estos programas han obtenido cultivares de excelentes características agronómicas. No obstante, el mejoramiento selectivo hacia caracteres agronómicos puede ir en detrimento de la calidad organoléptica del fruto como fue demostrado en el caso de fresa y tomate donde algunos aromas se perdieron en el proceso de mejora (Klee and Giovannoni, 2011; Olbricht et al., 2008). En melocotón, la disminución de la calidad del fruto ha sido percibida por los consumidores y además es la mayor causa de insatisfacción de los mismos (Bruhn et al., 1991). Un probable consecuencia de esto puede ser el bajo consumo de melocotón en comparación con otras frutas como el plátano y la manzana (Crisosto, 2006). Estudios pioneros han establecido que el aroma es uno de los atributos principales por los cuales los consumidores juzgan la calidad del melocotón (Bruhn, 1995). El aroma está definido íntegramente por los compuestos volátiles orgánicos (VOCs) los cuales también contribuyen al sabor del fruto en combinación con azucares y ácidos orgánicos. Los volátiles del melocotón han sido estudiados con anterioridad, describiéndose un poco más de 100 compuestos incluyendo: lactonas, esteres, terpenos, aldehídos, ácidos carboxílicos y alcoholes entre otros [(Aubert and Milhet, 2007) y referencias incluidas]. La identificación de regiones génicas y genes candidatos para el control de los aromas del fruto resulta un punto fundamental para su posterior implementación en programas de mejora con el fin de obtener melocotones de mayor calidad. En este sentido nos propusimos la identificación de QTLs (del inglés ``Quantitative trait loci'') y genes candidatos involucrados en la producción de los compuestos volátiles del melocotón. El desarrollo reciente de un conjunto técnicas analíticas de mayor potencia permitió el advenimiento de una nueva plataforma tecnológica, la metabolómica, que contempla el análisis global de los metabolitos de un organismo permitiendo abordar la evaluación de calidad de una forma más exhaustiva. Dentro de ellas, la tecnología HS-SPME-GC-MS (del inglés ``Head Space-Solid Phase Microextraction-Gas Chromatography-Mass Spectroscopy'') es actualmente el método de elección para el análisis de volátiles debido a su alta sensibilidad, reproducibilidad y robustez (Tikunov et al., 2005). Además el análisis en conjunto de los datos derivados de la metabolómica con otras tecnologías de alto rendimiento para el análisis de expresión de genes, como lo son los microarrays, ha permitido el descubrimiento de genes implicados la producción de diversos metabolitos en Arabidopsis y tomate (Mounet et al., 2009; Saito and Matsuda, 2010; Carrera et al. 2012). En una primera instancia nos propusimos el desarrollo de una plataforma de alto rendimiento basada en HS-SPME-GC-MS para la identificación y cuantificación de compuestos volátiles en fruto de melocotón. Se ensayarán diferentes protocolos para la extracción de los compuestos volátiles con el fin de identificar el más adecuado (es decir el más sensible manteniendo la reproducibilidad y con una robustez satisfactoria). Una vez desarrollado un protocolo adecuado se analizará en paralelo la evolución de los compuestos volátiles y la expresión de genes mediante microarrays durante la maduración de diferentes genotipos de melocotón con el objetivo de identificar patrones comunes de co-regulación entre metabolitos y genes durante el desarrollo del fruto. Por último, se propuso la identificación de regiones génicas implicadas en la producción de volátiles mediante análisis de QTLs., Sanchez, G. (2013). Cartografiado de QTL y genes candidatos asociados a metabolitos determinantes de la calidad de fruto en melocotón [Tesis doctoral no publicada]. Universitat Politècnica de València. doi:10.4995/Thesis/10251/34511., Alfresco

Tesis para obtener el grado de Doctor en Ciencias Veterinarias, área Genética, de la Universidad de Buenos Aires, en 2015 Las razas bovinas Holando y Jersey son dos de las razas productoras de leche más importantes a nivel mundial y las principales en nuestro país. El objetivo del trabajo de tesis fue realizar un análisis exploratorio que permitiera identificar variantes alélicas asociadas a la producción de leche en un rodeo comercial con vacas Holando y cruzas Holando x Jersey. El material utilizado consistió en una base de datos de controles lecheros y registros de pedigrí de 1.859 bovinos pertenecientes a 25 familias de medias hermanas paternas de 16 tambos de la cuenca lechera central de la Argentina. A través de un abordaje con genes candidatos, todos los animales se genotipificaron para 56 SNPs de genes seleccionados por estar relacionados con características productivas y calidad de leche en bovinos mediante el sistema SNPlex®. Por otra parte, en 821 animales, se determinaron los genotipos de 12.460 SNPs incluidos en un microarreglo de mediana densidad y localizados en las regiones cromosómicas que contenían los genes candidatos seleccionados previamente. Con la información genotípica y los valores de cría (EBV) para producción de leche acumulada a 305 días durante la primera lactancia, estimados a través de un modelo lineal mixto, se realizó un análisis de asociación mediante la estrategia FASTA-GC del paquete GenABEL de R. Luego de realizar los respectivos controles de calidad de los genotipos, 10.227 SNPs se utilizaron en el análisis de asociación. Este análisis permitió la detección de 12 SNPs asociados al EBV para producción de leche en los BTAs 1, 20, 23 y 24. Por su cercanía a estos SNPs y por estar relacionados con la producción o composición de la leche, se secuenciaron regiones específicas de los genes PRMT2, BTN1A1 y S100B en 34 vacas con EBVs extremos. Con las secuencias obtenidas se exploró la presencia de polimorfismos que pudieran contribuir a las diferencias observadas en los valores de EBV para producción de leche de la población bajo estudio. Para las regiones PRMT2, BTN1A1_A y BTN1A1_B se obtuvo el 7%, el 22% y el 24% de los SNPs reportados, respectivamente, mientras que en S100B no se halló ningún SNP. Nueve de los SNPs del gen BTN1A1 generan mutaciones con cambio de sentido. Algunos de los SNPs hallados muestran diferencias apreciables de frecuencias alélicas en animales con diferentes fenotipos (bajo y alto EBV para producción de leche). Este análisis ha revelado tendencias que sería interesante estudiar en una población más numerosa, especialmente para el caso de SNPs en exones que dan lugar a un cambio en la estructura proteica que pueda afectar directamente la producción y las características composicionales de la leche. Los resultados obtenidos son de interés para la caracterización genotípica de los bovinos de Argentina de raza Holando y cruzas Holando x Jersey por cuanto la población analizada es representativa de la genética utilizada actualmente en la actividad tambera y podría constituir parte de una población de referencia para la utilización de la metodología de Selección Genómica en mejoramiento de bovinos para leche del país. Holstein and Jersey cattle breeds are two of the most important dairy breeds and the majors in our country. The aim of this study was to conduct an exploratory analysis that could identify allelic variants associated with milk production on a commercial herd with Holstein and Holstein x Jersey crossbred cows. The material used consisted in a database containing information about dairy production and pedigree records of 1,859 animals belonging to 25 half-sib families from 16 dairy farms located in the central dairy area of Argentina. Through a candidate gene approach, 1,859 animals were genotyped for 56 SNPs in selected genes, using the SNPlex® system. Those genes were selected for being related to productivity and milk quality in cattle. Moreover, in 821 animals, 12,460 SNPs genotypes included in a medium-density microarray and located in chromosomal regions containing the candidate genes selected previously, were determined. With the genotypic data and estimated breeding values (EBV) for first-lactation 305-days milk yield, estimated through a linear mixed model, an association analysis was performed using the FASTA-GC strategy of GenABEL package in R. After performing the respective genotypes quality controls, 10,227 SNPs were used in the association analysis. This analysis allowed the detection of 12 SNPs associated with EBVs for milk yield in BTAs 1, 20, 23 and 24. Due to its proximity to these SNPs and for being related to milk production or composition, specific regions of PRMT2, BTN1A1 and S100B genes were sequenced in 34 cows with extreme EBVs. The obtained sequences were used to explore the presence of polymorphisms that could contribute to the observed differences in the studied population EBVs for milk yield. For PRMT2, BTN1A1_A and BTN1A1_B regions, the 7%, 22% and 24% of the SNPs previously reported were obtained, respectively, while in S100B none SNP was found. Nine of BTN1A1 gene SNPs generate missense mutations. Some of the SNPs found showed significant differences in allele frequencies in animals with opposite phenotypes (lower and higher EBV values for milk yield). This analysis has revealed trends that would be interesting to study in a larger population, especially in the case of SNPs in coding regions that result in a change in the protein structure that may affect milk yield and compositional characteristics. The results obtained are of interest for the genotypic characterization of Argentinean Holstein and Holstein x Jersey cattle, because the studied population is representative of the genetic currently used in the dairy industry and could form part of a reference population to use the Genomic Selection methodology in dairy breeding cattle programs in the country. Instituto de Genética Fil: Raschia, Maria Agustina. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Genética; Argentina

Tese de Doutoramento em Ciências Veterinárias - Especialidade de Produção Animal A seleção das características da carcaça e da qualidade da carne, que são normalmente avaliadas post-mortem, é complicada, pelo que a utilização de marcadores moleculares pode constituir uma estratégia alternativa no melhoramento genético animal. Neste trabalho utilizaram-se 273 amostras de bovinos de 9 raças/populações provenientes do Brasil (Angus, Holstein, Simental, cruzados Pardo Suíço x Holstein, Montana, cruzados Guzerá x Holstein, Gir, Nelore e Tabapuã) e de 211 amostras de animais das raças Blanc Bleu Belge (BBB), Alentejana e Mertolenga explorados em Portugal, com o objetivo de proceder à sua caracterização genética em 20 SNP’s (CAPN316, CAPN530, CAPN4751, CAPN4753, CAPN5331, CAST257, CAST2959, LEP140, LEP252, LEP305, UASMS1, UASMS2, UASMS3, nt414, nt419, Q204X, E226X, nt821, E291X, C313Y) pertencentes aos genes da calpaína, calpastatina, leptina e miostatina. As frequências genotípicas e alélicas dos SNP’s localizados nos genes codificadores da calpaína (μ-calpaína) e calpastatina mostraram distribuições muito semelhantes às encontradas por outros autores. No gene da Leptina, as diferenças observadas entre os animais provenientes do Brasil e de Portugal, sugere que estes grupos de animais têm influências genéticas distintas (Bos indicus e Bos taurus) e que, possivelmente, possam ter sido sujeitos a processos de seleção diferentes. Na raça Mertolenga o genótipo ++ do SNP nt821 do GDF8 está associado com melhores valores genéticos para a capacidade maternal, capacidade de crescimento e longevidade produtiva, mas com piores valores genéticos para o intervalo entre parto. Os resultados obtidos demonstraram que há um efeito da congelação nas características físicas da carne (cor, força de corte, capacidade de retenção de água e pH). A tenrura da carne é influenciada pelos genótipos dos marcadores CAPN316, CAPN4751, CAST2 e LEP140, com diferenças máximas do valor da FC de 2,35Kgf, 4,96Kgf, 5,24kgF, e 9,04Kgf, respetivamente. O marcador UASMS3 tem influência na percentagem de AGM trans da carne de animais da raça Alentejana, enquanto os marcadores CAPN530 e LEP252 têm influência na percentagem de AGS C16:0 e AGCL n3 da carne de animais da raça Mertolenga. Os resultados obtidos confirmam a utilidade dos marcadores estudados no melhoramento genético e que as raças bovinas Alentejana e Mertolenga têm condições para incorporar marcadores genéticos para a qualidade da carne e da carcaça nos seus programas de seleção ABSTRACT - The selection of the carcass characteristics and meat quality, which are normally evaluated postmortem is complicated, hence the use of molecular markers can provide an alternative strategy in animal breeding. This work was performed using a total sampling of 273 animals from 9 cattle breeds/populations from Brazil (Angus, Holstein, Simental, Pardo Suíço x Holstein crossbreed, Montana, Guzerá x Holstein crossbreed, Gir, Nelore and Tabapuã) and 211 animals from Blanc Bleu Belge (BBB) and to Portuguese - Alentejana and Mertolenga - breeds, in order to assess its genetic characterization in 20 SNP (CAPN316; CAPN530; CAPN4751; CAPN4753; CAPN5331; CAST257; CAST2959; LEP140; LEP252; LEP305; UASMS1; UASMS2; UASMS3; nt414; nt419; Q204X; E226X; nt821; E291X; C313Y) located within the calpain, calpastatin, leptin and myostatin genes. The genotypic and allelic frequencies of SNP's located within the genes coding for calpain (μ-calpain) and calpastatin showed very similar distributions to those found by other authors. In the leptin gene, the differences observed between the animals from Brazil and Portugal, suggested that these groups of animals have distinct genetic influences (Bos indicus and Bos taurus), and possibly may have been subject to different selection processes. In the breed Mertolenga the ++ genotype in SNP nt821 within GDF8 gene is associated with better genetic maternal ability, growth capacity and productive longevity values, but with worse breeding values for calving interval. The results have shown that freezing caused an effect on the physical characteristics of the meat (color, shear force, water holding capacity and pH), but with some differences among breeds. The meat tenderness is influenced by genotypes of markers CAPN316, CAPN4751, CAST2 and LEP140, with maximum differences of the FC value of 2.35 Kgf, 4.96 Kgf, 5.24 kgF and 9,04 Kgf, respectively. The UASMS3 marker influences the percentage of trans AGM of the meat of Alentejana breed, while CAPN530 and LEP252 markers influence the percentage of SFA C16: 0 and n3 LCFA of the Mertolenga meet. The results confirm the usefulness of genetic markers for genetic improvement, and show that breeds Alentejana and Mertolenga may be amenable to incorporate genetic conditions for meat and carcass quality in their programs of selection markers.

Introducción: La diabetes mellitus (DM) tipo 2 es una patología común de origen multifactorial cuyas bases genéticas exactas se desconocen aún; diversos estudios sugieren que los polimorfismos de nucleótido único (SNPs) en el gen CAPN10 (Locus 2q37.3) podrían participar en su desarrollo, incluyendo el polimorfismo de inserción/deleción SNP-19 (2R-3R). Objetivo: Determinar la relación entre el polimorfismo SNP-19 y la presencia de DM tipo 2 en una población de Ciudad Juárez. Métodos: Se seleccionaron 107 individuos: 43 diabéticos tipo 2 (casos) y 64 no diabéticos sin antecedentes heredo-familiares de DM tipo 2 en primer grado (control). Se realizó estudio antropométrico y perfil bioquímico de lípidos, lipoproteínas y glucosa sérica. Se extrajo ADN de linfocitos de sangre periférica y se amplificó mediante la técnica de reacción en cadena de la polimerasa (PCR). Se analizaron los genotipos del polimorfismo SNP-19 del gen CAPN10 por análisis electroforético en geles de agarosa. Se calcularon las frecuencias genotípicas y alélicas y se realizaron pruebas de equilibrio de Hardy-Weinberg (GenAlEx 6.4). Resultados: El análisis mediante la prueba X² identificó diferencias en los genotipos entre casos y control, con una mayor frecuencia del genotipo homocigoto 3R del SNP-19 en el grupo de casos (0.418) respecto al grupo control (0.265). El genotipo 2R/3R presentó relación con valores elevados de peso, índice de masa corporal y perímetros de cintura y cadera; pero solo en el grupo de diabéticos (P=< 0.05). Conclusión: Los resultados de esta investigación sugieren la participación del SNP-19 del gen CAPN10 en el desarrollo de DM tipo 2 en la población estudiada.

Genetics of Schizophrenia: advances in the study of candidate genes. Schizophrenia is one of the most severe mental disorders that affect 1% of the population worldwide. It is clear that both genetic and environmental factors participate in its etiology. Nonetheless, the effort to identify susceptibility genes has been difficult and there are no unequivocal findings until now. Notwithstanding this, during the last couple of years, a group of candidate genes has been identified because of their possible role in the physiopathology or by association and linkage studies. In this article, the role of these genes is summarized as well as the results of the studies conducted in Costa Rica by our group. Rev. Biol. Trop. 52(3): 467-473. Epub 2004 Dic 15. La esquizofrenia es una de las enfermedades mentales severas que afecta a un 1% de la población mundial. Es claro que en su etiología participan factores genéticos y ambientales. Sin embargo, la identificación de genes de susceptibilidad ha sido difícil y no hay resultados inequívocos. A pesar de esto, en los últimos años se han identificado un grupo de genes candidatos por su posible fisiopatología o por estudios de asociación y ligamiento. En este artículo se revisa el papel de estos genes y los resultados de los estudios realizados en Costa Rica por nuestro grupo. Universidad de Costa Rica UCR::Vicerrectoría de Investigación::Unidades de Investigación::Ciencias Básicas::Centro de Investigación en Biología Celular y Molecular (CIBCM)

O alcoolismo é um problema de saúde pública de escala mundial. O abuso e dependência combinados afetam aproximadamente 8% da população brasileira, gerando um grande custo social. O reconhecimento da existência de uma herdabilidade significativa contribuiu para o entendimento do problema como uma doença específica com origem biológica. Os avanços no conhecimento da neurobiologia da dependência permitiram delimitar uma série de genes candidatos para a predisposição. Atualmente, iniciam-se os estudos sobre o papel de polimorfismos genéticos na resposta ao tratamento. A integração de abordagens clínicas, epidemiológicas e de genética molecular pode identificar grupos clínicos mais responsivos a abordagens terapêuticas específicas.Alcoholism is a world scale health problem. Alcohol abuse and dependence combined affect approximately 8% of the Brazilian population, generating a huge social cost. The recognition of a significant heritability contributed to the understanding of this condition as a specific disease of biological origin. Advances in the knowledge of the neurobiology of dependence made possible to delimit a series of candidate genes to the predisposition. Currently, investigations on the role of genetic polymorphisms in the response to treatment start taking place. The integration of clinical, epidemiological and molecular genetic approaches may identify clinical groups more responsive to specific therapeutic approaches.

Financiadora de Estudos e Projetos This thesis has been divided into three chapters for better understanding of the experiments. The first chapter refers to a brief Literature Review, with the main concepts and justifications for this work. The second chapter discusses the strategy of positional and functional candidate genes for traits of feed efficiency in Nelore cattle, and the third chapter presents a genome-wide association study for feed efficiency traits in the same population. Feed efficiency is an important production trait in beef cattle production systems. The aim of this study was to identify genes/QTLs associated with feed efficiency traits in Nelore cattle genotypes using the Illumina BeadChip BovineHD (770K) of 593 Nelore steers. The traits analyzed were: average daily weight gain (ADG), dry matter intake (DMI), feed conversion (FC), feed efficiency (FE), residual feed intake (RFI), efficiency of maintenance (EM), efficiency gain (EG), partial efficiency of growth (PEG) and relative growth rate (RGR). The first strategy discussed in this work, using candidate genes, investigated the association of Neurogenic differentiaton 1 (NEUROD1), Kv channel interacting protein 4 (KCNIP4), and Vascular endothelial growth factor C (VEGFC) genes, with production traits in the same population. Our results are in according to literature that indicate NEUROD1, KCNIP4 and VEGFC as candidate genes for feed efficiency; and this study is the first to suggest the NEUROD1 gene as a candidate for gene backfat thickness, body weigth and metabolic weight in Nelore cattle. In the genome-wide association study some QTL regions identified in this study minimally overlapped with QTL regions previously reported for feed efficiency in Bos Taurus cattle, and harbor genes with biological functions related to metabolic processes, lipid and protein metabolism, energy generation and growth. A comparison with published results indicates that different QTL and genes may be involved in the control of feed efficiency in this population of Nelore cattle. The validation of the results obtained in this work in independent populations may contribute to elucidation of the mechanisms will involved in the variation of feed consumption and specific improvement in Nelore programs. Esta tese foi dividida em três capítulos para melhor compreensão dos experimentos realizados. O primeiro capítulo refere-se a uma breve Revisão de Literatura, com os principais conceitos e justificativas para a realização deste trabalho. O segundo capítulo aborda a estratégia de genes candidatos posicionais e funcionais para características de eficiência alimentar na raça Nelore e o terceiro capítulo apresenta um estudo de associação genômica ampla para características de eficiência alimentar na mesma população. A eficiência alimentar é uma característica produtiva importante em sistemas de produção de bovinos de corte. O objetivo deste estudo foi identificar genes/QTLs associados com características de eficiência alimentar em bovinos da raça Nelore utilizando genótipos do Illumina BovineHD BeadChip (770K). As características analisadas foram: ganho de peso médio diário (GMD), consumo de matéria seca (CMS), conversão alimentar (CA), eficiência alimentar (EA), consumo alimentar residual (CAR), eficiência da mantença (EM), eficiência de ganho (EG), eficiência parcial de crescimento (EPC) e taxa de crescimento relativo (TCR). A primeira estratégia abordada neste trabalho, a de genes candidatos, investigou a associação dos genes Neurogenic differentiaton 1 (NEUROD1), Kv channel interacting protein 4 (KCNIP4), e Vascular endothelial growth factor C (VEGFC), com características produtivas nesta mesma população. Nossos resultados corroboram com resultados da literatura que indicam os genes KCNIP4 e VEGFC como genes candidatos para eficiência alimentar; e este estudo é o primeiro a sugerir o gene NEUROD1 como gene candidato para espessura de gordura subcutânea, peso médio e peso metabólico em bovinos da raça Nelore. No estudo de associação genômica, algumas regiões de QTL identificadas foram sobrepostas minimamente com regiões de QTL relatadas anteriormente para eficiência alimentar em bovinos Bos taurus, e abrigam genes com funções biológicas relacionadas com processos metabólicos, metabolismo lipídico e proteíco, geração de energia e crescimento. A comparação com os resultados publicados indicam que diferentes QTL e genes podem estar envolvidos no controle da eficiência alimentar nesta população de bovinos da raça Nelore. A validação dos resultados obtidos neste trabalho em populações independentes pode contribuir para elucidação dos mecanimos envolvidos na variação do consumo alimentar e para programas de melhoramento específicos para a raça Nelore.

Björn Usadel and colleagues report the genome sequence of the wild tomato species Solanum pennellii. The authors identify genes important for stress tolerance, metabolism and fruit maturation and suggest that transposable elements have had an important role in the evolution of the S. penellii stress response. Supplementary information The online version of this article (doi:10.1038/ng.3046) contains supplementary material, which is available to authorized users., Solanum pennellii is a wild tomato species endemic to Andean regions in South America, where it has evolved to thrive in arid habitats. Because of its extreme stress tolerance and unusual morphology, it is an important donor of germplasm for the cultivated tomato Solanum lycopersicum1. Introgression lines (ILs) in which large genomic regions of S. lycopersicum are replaced with the corresponding segments from S. pennellii can show remarkably superior agronomic performance2. Here we describe a high-quality genome assembly of the parents of the IL population. By anchoring the S. pennellii genome to the genetic map, we define candidate genes for stress tolerance and provide evidence that transposable elements had a role in the evolution of these traits. Our work paves a path toward further tomato improvement and for deciphering the mechanisms underlying the myriad other agronomic traits that can be improved with S. pennellii germplasm. Supplementary information The online version of this article (doi:10.1038/ng.3046) contains supplementary material, which is available to authorized users.

ilustraciones, gráficas, tablas The main objective of this research was to find molecular markers associated to quantitative resistance to late blight in group Phureja potatoes. The methodology used was association mapping, this methodology was used for the first time in genetic studies for complex traits in Colombia in this research. Here we phenotype 181 Colombia Core Collection (CCC) accessions of group Phureja germoplasm in the field for late blight resistance. Phenotypic data were associated with genotypic data from two sources, one novel candidate genes and the other single nucleotide polymorphism (SNP) distributed along the potato genome. Association was done using the mixed model approach. As a result we found two novel candidate genes and three SNP associated with quantitative resistance against late blight in the group Phureja accessions. El objetivo principal de esta investigación fue identificar marcadores moleculares asociados a la resistencia a gota en papa Criolla (Solanum Tuberosum grupo Phureja). La metodología utilizada fue mapeo de asociación, metodología implementada por primera vez para el estudio de la genética de caracteres complejos en plantas en Colombia. En este trabajo se evaluó la resistencia en campo de 181 accesiones de la colección central Colombia a de papa (CCC), todos pertenecientes al grupo Phureja. Posteriormente esta información fenotípica se asoció con la caracterización genotípica divida en dos grupos, uno de genes candidatos y otro marcadores de polimorfismos de una única base (SNP, single nucleotide polymorphism) distribuidos en el genoma de papa. Esta asociación se realizó mediante el uso de un modelo estadístico mixto. Lo cual dio como resultado dos genes candidatos y tres SNP asociados con la resistencia cuantitativa a gota en las accesiones del grupo Phureja, que pueden ser candidatos para diseño de marcadores simples para uso en selección asistida por marcadores moleculares. (Texto tomado de la fuente). Doctorado Doctor en Ciencias Agrarias Genética y fitomejoramiento Ciencias Agronómicas

Impulsivity refers to acting without forethought. It can be detrimental to daily social functioning and interaction, and is significantly implicated in several clinical conditions, e.g. violence and addiction. Evidence for the neural underpinnings of impulsivity from both healthy and clinical populations, integrated with the findings from genetic studies on the same topic, lend important insight into a neurobehavioral model of impulsivity. In this review, disinhibition and impulsive decision-making in the impulsivity construct are covered. Recent behavioral and imaging-genetic studies on the topic will also be reviewed and discussed. Findings from neuroimaging studies, clinical studies, and genetic studies converge to provide a better understanding of individual differences on the continuum. Future research efforts should continue to focus on the association approach to identify relevant neural-behavioral correlations in order for elucidating the impact from genes through neural to behavioral phenotypes. These potential findings, when being incorporated with physiological and immunological measures, would not only hasten understanding of impulsivity, but guide interventions development for ameliorating maladaptive social/psychological functioning disorders underpinned by it. La impulsividad se refiere al actuar sin prudencia. Puede ser perjudicial para el funcionamiento y la interacción social, y está significativamente implicada en varias condiciones clínicas, como por ejemplo la violencia y la adicción. Evidencia para el apuntalamiento neuronal de la impulsividad de tanto la población sana como la clínica, integrada con los hallazgos de los estudios genéticos en el mismo tema, dan conocimiento importante dentro de un modelo neuro-conductual de la impulsividad. En esta revisión, la desinhibición y la decisión-acto impulsivo en el constructo de la impulsividad son abordados. Estudios conductuales y de imagen genética sobre el tema serán también revisados y discutidos. Hallazgos en estudios de neuro-imagen, estudios clínicos y estudios genéticos convergen para producir un mejor entendimiento de las diferencias individuales en el continuo. Los esfuerzos de la investigación futura deberían continuar apuntando al enfoque de asociación para identificar correlaciones neuro-conductuales relevantes parar elucidar el impacto de los genes a través de fenotipos desde neurales hasta conductuales. Estos descubrimientos potenciales, cuando son incorporados con medidas psicológicas e inmunológicas, no estarían sólo impulsando el entendimiento de la impulsividad, sino que también guían las intervenciones de desarrollo para mejorar desordenes de funcionamiento social/psicológico inadaptado apuntalados por esta.

The effects of water deficit on the gene CaM6PR expression, encoding mannose -6- phosphate reductase, were evaluated in coffee trees in the formation phase of coffee cultivars IAPAR59 ( Villa Sarchi x Timor hybrid HT832 / 2) and RUBI MG 1192 (Mundo Novo x Catuaí ) of Coffea arabica, respectively regarded as tolerant and sensitive to water stress. The cultivars were planted in December 2007 in the experimental field of Embrapa Cerrados - DF ( CPAC ) and culturedfor two years (2008 and 2009 ) with (I) and without ( NI ) irrigation. For each year two assessments were carried out (P1, not stressed, during the rainy season and P2 , dry season ). For both cultivars, the CaM6PR gene expression measured inleaves through quantitative PCR, showed a strong increase in the dry season for non-irrigated plants when compared with irrigated plants. In addition, the expression of this gene was always greater in IAPAR59 than in RUBI MG 1192. Also, therewas an increased expression of this gene in 2008 when compared to 2009. This difference could be a direct consequence of drought stress levels received by plants, since drought conditions in 2008 were more severe than in 2009. Thus, in this work, we propose the use of the CaM6PR gene as a molecular marker to evaluate the stress level of the coffee plants submitted to water deficit. Os efeitos do déficit hídrico sobre a expressão do gene CaM6PR, codificando a manose-6-fosfato redutase,foram avaliados em cafeeiros em fase de formação das cultivares IAPAR59 (Villa Sarchi x hibrido de Timor HT832/2) eRUBI MG 1192 (Mundo Novo x Catuaí) de Coffea arabica, consideradas respectivamente como tolerante e sensível ao estresse hídrico. As cultivares foram plantadas em dezembro de 2007 no campo experimental da Embrapa Cerrados – DF(CPAC) e cultivadas durante dois anos (2008 e 2009) com (I) e sem (NI) irrigação. Para cada ano, foram realizadas duas avaliações (P1, não estressado, durante a estação chuvosa e P2, estação seca). Para as duas cultivares, a expressão do gene CaM6PR foi medido em folhas por meio da técnica de PCR quantitativa, apresentou um forte aumento na estação seca para as plantas não irrigadas em comparação com as plantas irrigadas. Além disso, a expressão desse gene sempre foi maior no IAPAR59 que no RUBI MG 1192. Também, observou-se uma maior expressão desse gene no ano de 2008,quando comparada ao ano de 2009. Essa diferença poderia ser uma consequência direta dos níveis de estresse hídrico recebidos pelas plantas, já que as condições da seca em 2008 foram mais severas do que no ano de 2009. Assim,nesse trabalho, propõe-se o uso do gene CaM6PR como marcador molecular, para avaliar o nível de estresse das plantas cafeeiras submetidas ao déficit hídrico.

RESUMO: Os efeitos do déficit hídrico sobre a expressão do gene CaM6PR, codificando a manose-6-fosfato redutase, foram avaliados em cafeeiros em fase de formação das cultivares IAPAR59 (Villa Sarchi x hibrido de Timor HT832/2) e RUBI MG 1192 (Mundo Novo x Catuaí) de Coffea arabica, consideradas respectivamente como tolerante e sensível ao estresse hídrico. As cultivares foram plantadas em dezembro de 2007 no campo experimental da Embrapa Cerrados ? DF (CPAC) e cultivadas durante dois anos (2008 e 2009) com (I) e sem (NI) irrigação. Para cada ano, foram realizadas duas avaliações (P1, não estressado, durante a estação chuvosa e P2, estação seca). Para as duas cultivares, a expressão do gene CaM6PR foi medido em folhas por meio da técnica de PCR quantitativa, apresentou um forte aumento na estação seca para as plantas não irrigadas em comparação com as plantas irrigadas. Além disso, a expressão desse gene sempre foi maior no IAPAR59 que no RUBI MG 1192. Também, observou-se uma maior expressão desse gene no ano de 2008, quando comparada ao ano de 2009. Essa diferença poderia ser uma consequência direta dos níveis de estresse hídrico recebidos pelas plantas, já que as condições da seca em 2008 foram mais severas do que no ano de 2009. Assim,nesse trabalho, propõe-se o uso do gene CaM6PR como marcador molecular, para avaliar o nível de estresse das plantas cafeeiras submetidas ao déficit hídrico.

Dissertação de Mestrado em Biologia Humana e Ambiente apresentada à Faculdade de Ciências de Universidade de Lisboa, 2012. Dissertação defendida e aprovada em 12 de Dezembro de 2012. Trabalho de investigação realizado no Departamento de Promoção da Saúde e Prevenção de Doenças não Transmissíveis, do Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge, IP, Grupo de Neurogenética e Saúde Mental (Setembro 2011 – Setembro 2012). Astrid Moura Vicente: Departamento de Promoção da Saúde e Prevenção de Doenças não Transmissíveis do Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge, IP. O Acidente Vascular Cerebral (AVC) é um evento neurológico agudo resultante de uma doença cardiovascular, no qual a afluência de sangue ao cérebro se vê comprometida, seja por um bloqueio ou por uma ruptura num vaso sanguíneo cerebral. Esta doença representa uma das principais causas de morte e morbilidade em todo o mundo, pelo que o estudo das componentes ambientais e genéticas nela envolvidas se torna fundamental para a implementação de planos de prevenção que visem minimizar as suas consequências. Com vista a contribuir para o desenvolvimento do estudo das variantes genéticas implicadas quer na susceptibilidade, quer na recuperação após um AVC, os objectivos deste estudo foram os de, por um lado, estudar a relevância do Single Nucleotide Polymorphism (SNP) rs1229984 do gene ADH1B sobre o risco de AVC e, por outro, identificar novos polimorfismos envolvidos no processo de recuperação. Recorrendo a um TaqMan® Drug Metabolism Genotyping Assay foi feita uma análise comparativa de dois grupos de indivíduos, um grupo saudável (controlos) e outro de doentes que sofreram AVC (casos) e verificou-se que o SNP rs1229984 do gene ADH1B, implicado no metabolismo do álcool, está, de facto, envolvido na susceptibilidade ao AVC. Porém, a mediação desta relação pelo consumo de álcool não se verificou, pelo que se sugere a replicação do estudo. Tendo por base um rastreio genómico previamente efectuado através de um Genome Wide Association Study (GWAS) em pooled samples, cujo objectivo era a identificação de genes envolvidos na recuperação após um AVC, realizou-se um novo estudo acerca da recuperação após um AVC, como mesmo objectivo. Seleccionaram-se diversos SNPs segundo critérios bem definidos (e distintos do primeiro estudo), para genotipagem individual, através de ferramentas como Sequenom iPLEX e TaqMan® Pre-Designed SNP Genotyping Assays e Restriction Fragment Lenght Polymorphism (RFLP), em grupos de indivíduos com recuperação desigual três meses após um AVC. Este estudo permitiu identificar um novo gene candidato envolvido na recuperação, o CDKAL1 e confirmar o potencial envolvimento do gene BBS9 no mesmo processo, o qual já tinha sido identificado anteriormente como gene associado à recuperação. Foi também possível aferir alguns aspectos relacionados com a interpretação dos resultados de um GWAS em pooled samples, nomeadamente acerca da importância das réplicas da formação dos pools e das réplicas de alelotipagem e acerca da necessidade de validação dos resultados por genotipagem individual. Tendo em conta a identificação de genes candidatos para a recuperação após um AVC, sugere-se que sejam desenvolvidos trabalhos futuros, nomeadamente estudos funcionais, no sentido de compreender as vias através das quais os referidos genes actuarão sobre o processo de recuperação após um AVC. Estudos de replicação em outras populações são também aconselhados, para validação das conclusões tiradas neste estudo. [eng] Pre-Designed SNP Genotyping Assays e Restriction Fragment Lenght Polymorphism (RFLP), em grupos de indivíduos com recuperação desigual três meses após um AVC. Este estudo permitiu identificar um novo gene candidato envolvido na recuperação, o CDKAL1 e confirmar o potencial envolvimento do gene BBS9 no mesmo processo, o qual já tinha sido identificado anteriormente como gene associado à recuperação. Foi também possível aferir alguns aspectos relacionados com a interpretação dos resultados de um GWAS em pooled samples, nomeadamente acerca da importância das réplicas da formação dos pools e das réplicas de alelotipagem e acerca da necessidade de validação dos resultados por genotipagem individual. Tendo em conta a identificação de genes candidatos para a recuperação após um AVC, sugere-se que sejam desenvolvidos trabalhos futuros, nomeadamente estudos funcionais, no sentido de compreender as vias através das quais os referidos genes actuarão sobre o processo de recuperação após um AVC. Estudos de replicação em outras populações são também aconselhados, para validação das conclusões tiradas neste estudo. Stroke is an acute neurological event resulting from a cardiovascular disease in which the blood supply to the brain gets compromised either by a blockage or a rupture in a cerebral blood vessel. This disease is a significant cause of death and disability worldwide, thus the study of genetic and environmental variants involved in stroke susceptibility and outcome becomes essential to allow the implementation of effective prevention plans aiming to minimize its consequences. To contribute to the study of genetic variants involved in stroke susceptibility or stroke recovery, the main objectives of this study were to determine the relevance of the ADH1B gene in stroke risk and to identify new genetic variants involved in stroke recovery. Using a TaqMan® Drug Metabolism Genotyping Assay we compared genotypes at the rs1229984 within ADH1B gene in a group of healthy individuals with a group of stroke patients and found that ADH1B gene, which is involved in alcohol metabolism, is associated with stroke susceptibility. We progressed with the analysis of a previous Genome Wide Association Study (GWAS) for stroke recovery in pooled samples. Several most relevant Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs) were selected according to well defined criteria and were individually genotyped in groups of individuals with good and poor outcome at three months evaluation. Genotyping was performed using Sequenom iPLEX, TaqMan® Pre- Designed SNP Genotyping Assays and Restriction Fragment Lenght Polymorphism (RFLP). This study allowed the identification of a new candidate gene involved in stroke recovery, CDKAL1, and also allowed to confirm the involvement of a previously identified candidate gene BBS9 in the same process. It was also possible to assess some aspects related to the interpretation of the results of a GWAS in pooled samples that are important for the wider use of this technology in genomic studies. Given the identification of candidate genes, we suggest the development of future studies, including functional studies in order to understand which pathways of recovery the candidate genes affect. Replication in other populations is also suggested as a mean of validating the conclusions drawn in this study.

La insuficiencia ovárica prematura se caracteriza por amenorrea primaria o secundaria, hipoestrogenismo y niveles elevados de FSH (hormona folículo estimulante), que afecta a 1 de cada 100 mujeres menores de 40 años. Su etiología es multifactorial. Sólo en algunas pacientes se puede establecer una causa en particular, entre ellas: metabólicas, ambientales, autoinmunes, genéticas y iatrogénicas; siendo idiopáticos alrededor del 90% de los casos. Dentro de las causas genéticas se pueden considerar las alteraciones del cromosoma X y mutaciones en genes candidatos que regulan el desarrollo folicular. El tratamiento debe ser multidisciplinario, enfocado particularmente a la terapia de reemplazo hormonal y prevención de complicaciones. El asesoramiento genético es importante para que se tomen decisiones oportunas, sobre todo en aquellas pacientes que aún tienen la posibilidad de lograr un embarazo. Premature ovarian insufficiency is characterized by primary or secondary amenorrhea, hypoestrogenism and elevated levels of FSH (follicle stimulating hormone), which affects 1 in 100 women under 40 years. Its etiology is multifactorial, however, only in some patients can be set a particular cause, including: metabolic, environmental, autoimmune, genetic and iatrogenic, being idiopathic more than 90% of the cases. Some of the genetic causes that can be seen are the X chromosome alterations and mutations in candidate genes that regulate follicular development. Treatment should be multidisciplinary, focusing particularly on hormone replacement therapy and prevention of complications of early menopause. Genetic counseling is important for to make timely decisions, particularly in those patients who still have a chance to get a pregnancy.

Este trabajo aborda la descripción estructural de los genes candidatos de la Apolipoproteína D (APOD), Low density lipoprotein receptor-related protein 12 (LRP12) y Tribbles 1 (TRIB1) porcinos, la identificación de polimorfismos y estudio de asociación con caracteres relacionados con el metabolismo lipídico en una población de cerdos Duroc.

Induced systemic resistance (ISR) is a mechanism by which plants enhance defenses against any stress condition. ISR and growth promotion are enhanced when tomato (Solanum lycopersicum) is inoculated with several strains of Trichoderma ssp. This study aims to genetically map tomato candidate genes involved in ISR and growth promotion induced by the Colombian native isolate Trichoderma koningiopsis Th003. Forty-nine candidate genes previously identified on tomato plants treated with Th003 and T. hamatum T382 strains were evaluated for polymorphisms and 16 of them were integrated on the highly saturated genetic linkage map named “TOMATO EXPEN 2000”. The location of six unigenes was similar to the location of resistance gene analogs (RGAs), defense related ESTs and resistance QTLs previously reported, suggesting new possible candidates for these quantitative trait loci (QTL) regions. The candidate gene-markers may be used for future ISR or growth promotion assisted selection in tomato. La resistencia sistémica inducida (ISR) es un mecanismo mediante el cual las plantas aumentan sus defensas frente a cualquier condición de estrés. El objetivo de este trabajo fue localizar en el mapa genético de tomate, genes candidatos involucrados en ISR y promoción de crecimiento inducidos por la cepa colombiana nativa Th003 de Trichoderma koningiopsis. Se realizó una búsqueda de polimorfismos en cuarenta y nueve genes candidatos previamente identificados en plantas de tomate inoculadas con Th003 y la cepa T382 de T. hamatum. Diez y seis de estos genes candidatos fueron integrados en el mapa genético de tomate altamente saturado, llamado “TOMATO EXPEN 2000”. La ubicación de seis unigenes fue similar a la localización de genes análogos de resistencia (RGAs), ESTs relacionados con defensa y QTLs de resistencia previamente identificados, sugiriendo posibles nuevos candidatos para estas regiones de QTLs. Los genes candidatos o marcadores pueden ser usados en futuros programas de selección asistida relacionados con ISR o promoción de crecimiento en tomate.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:07Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011-02-18Bitstream added on 2014-06-13T18:54:03Z : No. of bitstreams: 1 arneiro_lcm_me_jabo.pdf: 935977 bytes, checksum: a8cbfbbed53f54f73a608f20e432bfe4 (MD5) Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) Em mamíferos, incluindo os eqüinos (Equus caballus), o gene protein kinase, AMP-activated, gamma 3 non-catalytic subunit (PRKAG3) encontra-se relacionado ao desempenho muscular, os genes cysteine-rich secretory protein 1 (CRISP1) e spermatogenesis associated 1 (SPATA1) à fertilidade de machos e os genes 5-hydroxytryptamine (serotonin) receptor 1A (HTR1A) e solute carrier family 6 (neurotransmitter transporter, serotonin), member 4 (SLC6A4) ao temperamento. Os objetivos deste trabalho foram a padronização de metodologia alternativa de genotipagem por PCR-RFLP dos SNPs AY_376689:c.773C>T, AJ_315378:c.110A>G e AB_264325:c.771G>C dos genes eqüinos PRKAG3, CRISP1 e HTR1A, respectivamente, bem como a caracterização em cavalos da raça brasileira Mangalarga destes e de outros polimorfismos, o AAWR_02017454:g.121684T>C do gene SPATA1 e o AB_098561:c.1470G>A do gene SLC6A4, a fim de promover o embasamento necessário para futuras pesquisas visando associação entre marcadores de DNA e características de interesse na raça. Foram utilizados 151 animais Mangalarga, de ambos os sexos e de idades variadas, representativos da população do Estado de São Paulo. O método de PCR-RFLP mostrou-se adequado para a genotipagem dos SNPs AY_376689:c.773C>T do PRKAG3, AJ_315378:c.110A>G do CRISP1 e AB_264325:c.771G>C do HTR1A. Entretanto, os polimorfismos do PRKAG3 e CRISP1 provavelmente não ocorrem na Mangalarga, impossibilitando estudos de associação com os marcadores. As estimativas dos parâmetros genético-populacionais obtidas para o polimorfismo AAWR_02017454:g.121684T>C do gene SPATA1 na amostra estudada demonstraram a possibilidade de realização de pesquisas visando a sua associação com fertilidade de machos. As mesmas estimativas obtidas para os polimorfismos AB_264325:c.771G>C do HTR1A e o AB_098561:c.1470G>A do SLC6A4 desencorajam a realização de pesquisas visando suas associações à características relacionadas ao temperamento In mammals, including the equine (Equus caballus), the protein kinase, AMP-activated, gamma 3 non-catalytic subunit (PRKAG3) gene is related to muscular development, the cysteine-rich secretory protein 1 (CRISP1) and spermatogenesis associated 1 (SPATA1) genes are related to male fertility and the 5-hydroxytryptamine (serotonin) receptor 1A (HTR1A) and solute carrier family 6 (neurotransmitter transporter, serotonin), member 4 (SLC6A4) genes are related to temperament. The aims of the present study were to propose an alternative genotyping method for the AY_376689:c.773C>T, AJ_315378:c.110A>G and AB_264325:c.771G>C SNPs of the equine PRKAG3, CRISP1 and HTR1A genes, respectively, as well as the characterization in Mangalarga Brazilian breed horses of these and other polymorphisms, the AAWR_02017454:g.121684T>C of the SPATA1 gene and the AB_098561:c.1470G>A of the SLC6A4 gene, in order to provide the necessary basis for future research towards associating the DNA markers and traits of interest in this breed. For this, 151 Mangalarga animals were used, from both sexes and random ages, representing the São Paulo state population. The PCR-RFLP methodology was found to be adequate for the genotyping of the SNPs AY_376689:c.773C>T of the PRKAG3, AJ_315378:c.110A>G of the CRISP1 and AB_264325:c.771G>C of the HTR1A. Nevertheless, the PRKAG3 and CRISP1 polymorphisms probably do not occur in Mangalarga, making it impossible the association studies with these markers. The estimative of the population genetic parameters obtained for the AAWR_02017454:g.121684T>C polimorphism of the SPATA1 gene in the sample studied showed the possibility of carrying out research towards its association with male fertility. On the other hand, the same estimatives obtained for the polymorphisms AB_264325:c.771G>C of the HTR1A and AB_098561:c.1470G>A of the SLC6A4 discourage research towards their association to traits related to temperament

The main purpose of the present study was to identify for candidate genes related to ovulation in swines. To do so, it was investigated in ovarian follicular cells through quantitative real-time PCR the differential expression of the following genes: steroidogenic acute regulator (STAR), GATA-binding protein 4 (GATA), prostaglandin F2α (PGF2α), progesterone receptor (P4R), follicle-stimulating hormone receptor (FSHR), and cytochrome P450 aromatase (CYP19). These genes encode hormone receptors (FSHR and P4R), hormone (PGF2α), steroidogenic proteins (STAR and CYP19) and transcription factor (GATA). Folicular cells were collected from sows with high and low number of piglets/litters during the follicular phase of the estrus cycle. There was difference in transcript abundance among low and high prolific sows for the STAR, GATA, PGF2α, P4R and CYP19 genes. For the FSHR gene, the fold change was not considered to be significantly different. Because in the present study only the transcript level of the above mentioned genes was analyzed, no inference can be made regarded to protein translation or activity. Therefore, gene sequence trials and other functional studies will be necessary to complement the present results, allowing a better understanding on biological complexity of these genes and their use as markers for prolificity in swines. O objetivo neste trabalho foi identificar genes candidatos relacionados à ovulação em suínos. Para tanto, investigou-se a expressão diferencial dos genes STAR (steroidogenic acute regulator), GATA (GATA-binding protein 4), PGF2α (prostaglandin F2α), P4R (progesterone receptor), FSHR (follicle-stimulating hormone receptor) e CYP19 (cytochrome P450 aromatase) em células foliculares ovarianas por meio de reação em cadeia da polimerase em tempo real (qRT-PCR) quantitativo em tempo real. Esses genes codificam para receptores hormonais (FSHR e P4R) hormônio (PGF2α), proteínas esteroidogênicas (STAR e CYP19) e fator de transcrição (GATA). As células foliculares foram coletadas durante a fase folicular do ciclo estral de porcas com alto e baixo número de leitões/leitegada. Houve diferença na abundância de transcritos entre porcas com alta e baixa prolificidade para os genes STAR, GATA, PGF2α, P4R and CYP19. Para o gene do FSHR, a alteração na abundância dos transcritos não foi significativamente diferente. Considerando que foi analisado somente o nível de transcrição desses genes mencionados, não se pode fazer inferências com relação à tradução ou atividade proteica. Portanto, ensaios de sequenciamento gênico e outras análises funcionais serão necessários para complementar esses achados e possibilitar melhor entendimento da complexidade biológica desses genes e seu uso como marcadores para prolificidade em suínos.

Universidade Federal de Minas Gerais The Canchim has been used in beef cattle as an alternative to production intensification. Canchim (5/8 Charolais + 3/8 Zebu) and MA (offspring of Charolais bulls and 1/2 Canchim + 1/2 Zebu cows) constitute a synthetic beef cattle breed which has a good growth potential and tropical adaptation but suboptimal fat deposition under pasture. Backfat thickness (BF), total fat amount and distribution of fat have a strong impact on carcass and meat quality in beef cattle. For this reason, research has been conducted to increase fat deposition in this breed, including the search for molecular markers to identify animals with high genetic potential for fat deposition. To incorporate molecular genetics into breeding programs in beef cattle, it is essential that the association between molecular markers and production traits is evaluated in the population in which they are to be used. There are reports of many candidate genes and chromosomal segments associated with variation in fat deposition in cattle. The objective of this study was to identify SNPs associated to backfat thickness in Canchim. To achieve this objective we searched for SNPs in development and differentiation enhancing factor 1 and insulin-like growth factor binding protein 3 genes, tested the association of SNPs in the insulin-like growth factor binding protein 3, peroxisome proliferative active receptor gamma coactivator 1A, proteasome 26S subunit ATPase 1, development and differentiation enhancing factor 1, corticotropin releasing hormone and fatty acid binding protein 4 genes with fat thickness in Canchim and MA beef cattle. We also analyzed the existence of genomic regions associated with backfat thickness in these populations using a 54 K chip in extreme phenotypes. From the associated regions we selected the ones of BTA14 to validate the association by analysis of haplotypes in the whole population. The SNPs analyzed in development and differentiation enhancing factor 1 and fatty acid binding protein 4 genes were associated with variation in backfat thickness, wereas no association was found for the SNPs of the insulin-like growth factor binding protein 3, peroxisome proliferative active receptor gamma coactivator 1A, proteasome 26S subunit ATPase 1 and corticotropin releasing hormone genes. Additionally, two chromosomal regions of BTA14 were associated with the trait in this work. A raça Canchim tem sido utilizada na bovinocultura de corte como alternativa de intensificação de produção. Grupos genéticos Canchim (5/8 Charolês + 3/8 Zebu) e MA (descendentes de touros Charoleses e de 1/2 Canchim + 1/2 Zebu) constituem essa raça sintética, que tem bom potencial de crescimento e adaptação tropical, mas deposita pouca gordura quando alimentada à pasto. Espessura de gordura subcutânea, quantidade e distribuição de gordura total têm grande impacto sobre a qualidade da carne e carcaça em gado de corte. Por este motivo, pesquisas têm sido realizadas com o objetivo de aumentar a deposição de gordura nessa raça, incluindo a busca por marcadores moleculares que auxiliem a identificação de animais com maior potencial genético para deposição de gordura. Para que a genética molecular possa ser incorporada nos programas de melhoramento de bovinos de corte, é essencial que a associação entre marcadores moleculares e características de produção seja avaliada na população em que se deseja utilizá-los. Há relatos de muitos genes candidatos e segmentos cromossômicos associados com a variação da deposição de gordura em bovinos. O objetivo desse trabalho foi identificar SNPs associados à deposição de gordura em animais da raça Canchim criados à pasto. Para tanto, foram prospectados SNPs nos genes do fator de aumento de desenvolvimento e de diferenciação 1 e proteína ligante ao fator de crescimento semelhante à insulina 3, verificada a a associação de SNPS presentes nos genes da proteína ligante do fator de crescimento semelhante à insulina 3, coativador de proliferação de peroxissomo ativo por receptor gama 1A, subunidade 26S ATPse do proteassomo, do fator de aumento de desenvolvimento e de diferenciação 1, hormônio liberador de corticotrofina e proteína ligante de ácido graxo 4 com espessura de gordura em animais Canchim e MA. Além disso, a existência de regiões genômicas associadas com espessura de gordura subcutânea foi investigada em populações Canchim e MA usando um chip de 54 K em fenótipos extremos. Dentre as regiões com associação significativa, foram eleitas aquelas presentes no BTA14 para validar a associação por análise de haplótipos na população toda. SNPs nos genes do fator de aumento de desenvolvimento e de diferenciação 1 e da proteína ligante de ácido graxo 4 foram associados à variação de espessura de gordura subcutânea, enquanto que nenhuma associação foi observada para os SNPs dos genes proteína ligante ao fator de crescimento 7 semelhante à insulina 3, coativador de proliferação de peroxissomo ativo por receptor gama 1A, subunidade 26S ATPse do proteassomo e hormônio liberador de corticotrofina. Também foram associadas com a característica avaliada nesse trabalho, duas regiões cromossômicas do BTA14.

Se estudiaron genes candidatos para tamaño de la camada en 300 hembras porcinas Yorkshire-Landrace; ESR, PRLR, RBP4 y FUT1. Las hembras fueron agrupadas en dos niveles de producción (NP): nivel alto (NA) y nivel bajo (NB). Utilizando Ji cuadrado se analizaron las frecuencias génicas y genotípicas. Empleando análisis de varianza con un modelo de efectos mixtos, para lechones nacidos totales (LNT), nacidos vivos (LNV), peso de la camada al nacimiento (PNAC) y destete (PAJ21), lechones destetados (LD) y valor de cría de la progenie de la cerda (BVSP), se compararon las medias con contrastes ortogonales. Las hembras con alta productividad se asociaron con una mayor frecuencia del alelo B del gen ESR (P < 0,05). Las diferencias fueron de 0,4 LNV, 0,3 LD, 2,9 Kg de PAJ21 y 8,6 puntos de BVSP a favor del genotipo AB del gen ESR (P < 0,05) sin considerar el NP, no se detectaron animales homocigotos BB. Las frecuencias génicas y genotípicas del gen PRLR no se relacionaron con el NP (P > 0,05), no hubo diferencias (P > 0,05) entre los genotipos AA, AB y BB sin considerar el NP ni dentro del mismo NP. En el gen RBP4 la frecuencia del alelo A y del genotipo AA fue más alta en hembras con NA (P < 0,05), no se detectaron animales con genotipo BB. Las hembras con genotipos AA tuvieron más 0,5 LNT; 0,5 LNV; 0,6 Kg de PNAC; 2,6 Kg de PAJ21 y 3,2 puntos de BVSP que el genotipo AB (P < 0,05), sin considerar el NP. La frecuencia del alelo G y del genotipo GG del gen FUT1 fue mayor en el nivel de productividad alto (P < 0,05). El genotipo GG fue superior al genotipo AG con más 0,6 LNV; 0,8 Kg de PNAC; 3 Kg de PAJ21 y 3,9 puntos de BVSP (P < 0,05) sin considerar el NP. Candidate genes were studied for litter size in 300 sows Yorkshire-Landrace; ESR, PRLR, RBP4 y FUT1. The sows were grouped in two levels of production (LP): high level (HL) and low level (LL). Using Chi-Square test the alleles and genotypic frequencies were analyzed. Employing analysis of variance with an mixed model effects for the total number born (TNB), number of piglets born alive (NBA), number of piglets alive at weaning (NW), total weight of piglets born (WTNB), total weight of piglets alive at weaning (WNW) and breeding value sow productivity (BVSP). The means were compared by orthogonal contrasts. The sows with high production were associated with a higher frequency of B allele of ESR gene (P < 0.05). The differences were of 0.04 NBA, 0.3 NW, 2.9 WNW kg and 8.6 BVSP points to favor of AB genotype of ESR gene (P < 0.05) without considering the LP and no homozygous BB animal was detected. The alleles and genotypic frequencies of PRLR gene were not related with the LP (P > 0.05), did not have differences (P > 0.05) between the genotypes AA, AB and BB without considering the LP, neither within of same LP. In the RBP4 gene the frequency of A allele and the AA genotype was higher in sows with HL (P < 0.05), no homozygous BB animals were detected. The sows with AA genotype had 0.5 TNB, 0.5 NBA, 0.6 WTNB kg, 2.6 WNW kg and 3.2 BVSP points more than sows with AB genotype (P < 0.05), without considering the LP. The frequency of G allele and GG genotype of FUT1 gene was 648 higher in the HL (P < 0.05). The GG genotype was higher than AG genotype with 0.6 TNB, 0.8 WTNB kg, 3.0 WNW kg and 3.9 BVSP points more (P < 0.05), without considering the LP. 648 - 654 Bimestral

El asma es una enfermedad compleja, asociada a una alta prevalencia de alergia. Ambas, el asma y la alergia, son causadas por complejas interacciones del genoma con el medioambiente. Constituye un desafío investigar las bases de la susceptibilidad genética en asma y atopia, puesto que son múltiples los factores genéticos y medioambientales los que interactúan para modular su heterogénea expresión clínica. La expresión de la enfermedad se hace aún más heterogénea si consideramos aspectos como la gravedad, la evolución natural o la respuesta al tratamiento. Nos propusimos referirnos a los aspectos relacionados con la herencia en el asma, dada la relevancia que tiene la interpretación de esta participación genética en la comprensión de la fisiopatología que subyace en la historia natural del asma, en su gravedad y en la respuesta al tratamiento. Este análisis nos permitirá asumir conductas terapéuticas eficaces desde la misma emergencia del asma.Asthma is a complex disease associated with a high prevalence of allergy. Both, asthma and allergy are caused by complex interactions of the genoma with the environment. It is a challenge to investigate the bases of genetic susceptibility in asthma and atopy, since there are multiple genetic and environmental factors that interact to modulate their heterogeneous clinic expression. The expression of the disease is even more heterogeneous if we consider aspects such as severity, natural evolution or the response to treatment. We proposed to refer to those aspects related to heredity in asthma, taking into account the importance of interpreting this genetic participation in the understanding of the physiopathology underlying in the natural history of asthma, in its severity and in the response to treatment. This analysis will allow us to follow efficient therapeutic conducts from the very emergence of asthma.

Las enfermedades cardiovasculares se han consolidado como las principales causas de enfermedad y muerte no violenta en Colombia. La hipertensión arterial es el desorden cardiovascular más frecuente en nuestra nación, con una prevalencia que oscila entre 13% y 23% (1, 2). Por la alta frecuencia en la población adulta, la hipertensión arterial es un factor de riesgo mayor para el desarrollo de enfermedad coronaria así como de enfermedad cerebrovascular y renal. Por más de cincuenta años se han investigado las causas de la hipertensión arterial y se ha descubierto que existen factores ambientales y genéticos que afectan la respuesta de órganos como el riñón o el cerebro y del sistema cardiovascular, que además provocan alteraciones en el control de la presión arterial y la hipertensión crónica. Algunos factores ambientales como exceso de calorías y sal en la dieta, sobrepeso, estrés sicosocial y consumo significativo de alcohol elevan la presión arterial (3), lo cual se ha corroborado en nuestra población (4). Sin embargo, poco se sabe acerca de qué factores genéticos participan en el desarrollo de la hipertensión. En la actualidad, se considera que el componente genético, aun no clarificado, determina un 30% a 50% de los niveles de presión arterial en las poblaciones (5). Para iniciar el estudio genético se tomó una población colombiana de tamaño mediano. De un total de 5.720 personas entre 18 y 65 años, se evaluaron 3.000, de donde se excluyeron individuos con primer grado de consanguinidad (1.998 sujetos). Se obtuvo la curva de distribución de la presión arterial con 1.002 individuos sin parentesco en quienes se estudiaron varios genes candidatos para hipertensión (6-22). Se ha encontrado que genes candidatos como el gen del angiotensinógeno (AGT) regulan la función renal y provocan retención de sal y vasoconstricción sistémica (23, 24). Otros genes están implicados en el trasporte molecular de sodio en el riñón, como el WNK1 y el GNB3 (25-28), o poseen acción en la vasculatura, como el gen del receptor beta 2 adrenérgico (29). Inicialmente, se diseñó un estudio de casos y controles para comparar los percentiles 10 y 90 de la curva de distribución de presión arterial. Se analizaron los haplotipos de las variantes M235T en el exón 2 y dos variantes moleculares de la región promotora del gen AGT (A-6G; A-20C). Se genotipificaron 191 personas con la técnica de reacción en cadena de la polimerasa (ARMS-PCR). Al comparar los diferentes genotipos para A-20C se demostró asociación genética entre la presencia de hipertensión con la variante -20AA del gen AGT (X2 = 4,26; p < 0,05). Posteriormente, se encontró asociación del gen GNB3, que controla el transporte de sodio por los túbulos renales, el cual mostró un efecto genético independiente en presencia de hipertensión en individuos obesos portadores del alelo 825T del gen GNB3. En estos individuos la hipertensión se desarrollaría a través de la expansión del volumen vascular por cambios en la excreción renal de sal. Finalmente, el gen del receptor beta 2 adrenérgico no demostró asociación genética con hipertensión pero tuvo una alta frecuencia en nuestra población, por lo cual se evaluó su efecto hemodinámico. La presencia de homocigocidad en los nucleótidos que determinan el aminoácido en la posición 16 del gen, modifica el estado hemodinámico a través cambios significativos del gasto cardiaco en reposo, bajo estímulo postural en la mesa basculante o bajo el efecto de un agonista del receptor beta 2. Después de nueve años de exploración de las bases genéticas de la hipertensión esencial en Colombia, se demuestra la presencia de subgrupos de individuos con diferencias fenotípicas a partir de ciertos genotipos. Estos resultados marcan nuevas direcciones para entender la fisiopatología de esta condición en nuestra población y son el punto de partida para una mejor caracterización de la hipertensión con fines preventivos y terapéuticos. Cardiovascular diseases are the main causes of disease and non-violent death in Colombia. Arterial hypertension is the most common cardiovascular disorder in our country, with a prevalence oscillating between 13% and 23% (1, 2). Given its high frequency in the adult population, arterial hypertension is a mayor risk for the development of coronary disease, as well as for cerebro-vascular and renal diseases. The causes of arterial hypertension have been investigated for more than fifty years and it has been stated that there are environmental and genetic factors that affect the response of organs such as the kidney, the brain and the cardiovascular system, which in turn provoke alterations in the arterial pressure control and chronic hypertension. Some environmental factors like excessive caloric and salt intake, overweight, psycho-social stress and significant alcohol intake raise the arterial pressure (3), which has been corroborated in our population (4). Nevertheless, little is known regarding the genetic factors implicated in the development of hypertension. Currently, the not yet clarified genetic component determines 30% to 50% of the blood pressure levels in the population (5). In order to initiate the genetic study, a medium size population was chosen. From a total of 5.720 people with ages between 18 and 65 years, 3.000 were evaluated, excluding relatives with first degree of consanguinity (1.998 subjects). A distribution curve of the arterial pressure was obtained with 1.002 non-related individuals in whom many candidate genes for hypertension were studied (6-22). It has been found that candidate genes like the angiotensinogen gene (AGT) regulates kidney function, provokes salt retention and systemic vasoconstriction (23, 24). Other genes are implicated in the molecular sodium transport in the kidney, like the WNK1 and the GNB3 (25, 28), or act in the vasculature as the beta 2 adrenergic receptor gene (29). Initially, a case control study was designed in order to compare the 10 and 90 percentiles from the arterial pressure distribution curve. The haplotypes of the M235T in the exon and two molecular variants of the promoter region of the AGT gene (A-6G; A-20C) were analyzed. 191 people were genotyped by means of the polymerase chain reaction technique (ARMS-PCR). When comparing the different genotypes for A-20C, a genetic association between the presence of hypertension with the -20AA variant of the AGT gene was found (X2; = 4,26; p < 0,05). Later, an association of the GNB3 gene that controls the sodium transport by the renal tubules was found. It showed an independent genetic effect in the presence of hypertension in obese individuals, carriers of the 825T allele of the GNB3 gene. In these individuals hypertension would develop through vascular volume expansion due to changes in the renal salt excretion. Finally, the gene of the beta 2 adrenergic receptor did not show genetic association with hypertension, but had a high frequency in our population; for this reason, its hemodynamic effect was evaluated. The presence of homozygocity in the nucleotides that determine the amino acid in the 16 gene position modifies the hemodynamic state through significant changes in the cardiac output at rest, under postural stimulation in the tilt table or under the effect of an agonist of the beta 2 receptor. After nine years exploring the genetic basis of essential hypertension in Colombia, the presence of subgroups of individuals with phenotypic differences through certain genotypes is demonstrated. Theses results open new ways in order to understand the pathophysiology of this condition in our population and are the start point for a better characterization of hypertension with preventive and therapeutic aims.

Coffee quality, in the present context of overproduction worldwide, has to be considered as a main selection criterion for coffee improvement. After a definition of quality, and an overview of the non genetic factors affecting its variation, this review focuses on the genetic factors involved in the control of coffee quality variation. Regarding the complexity of this trait, the different types of quality are first presented. Then, the great variation within and between coffee species is underlined, mainly for biochemical compounds related to quality (caffeine, sugars, chlorogenic acids, lipids). The ways for breeding quality traits for cultivated species, Coffea arabica and Coffea canephora are discussed, with specific challenges for each species. For C. arabica, maintaining a good quality in F1 intraspecific hybrids, introgressed lines from Timor hybrid, and grafted varieties are the main challenges. For C. canephora, the improvement is mainly based on intraspecific and interspecific hybrids, using the whole genetic variability available within this species. An improvement is obtained for bean size, with significant genetic gains in current breeding programmes. The content in biochemical compounds related to cup quality is another way to improve Robusta quality. Finally, ongoing programmes towards the understanding of the molecular determinism of coffee quality, particularly using coffee ESTs, are presented. No contexto do excedente de produção mundial, a qualidade do café tem sido considerada o principal critério de seleção no melhoramento dessa cultura. Após definir qualidade e fazer considerações sobre os fatores não genéticos afetando sua variação, esta revisão se concentra sobre os fatores genéticos envolvidos no controle da variação da qualidade do café. Em relação à complexidade desta característica, os diferentes tipos de qualidade são apresentados. Então, a grande variação dentro e entre as espécies de café é discutida, principalmente em relação aos caracteres bioquímicos relacionados com qualidade (cafeína, açúcares, ácidos clorogênicos, lipídeos). As maneiras para melhorar estes caracteres relacionados à qualidade nas espécies cultivadas Coffea arabica e Coffea canephora são discutidas, assim como os desafios específicos a cada espécie. Para C. arabica, manutenção da boa qualidade em híbridos interespecíficos F1, linhagens geradas por introgressão a partir do Híbrido do Timor, e enxertia de variedades são os principais desafios. Para C. canephora, o melhoramento é principalmente baseado em híbridos intra e interespecíficos, usando a variabilidade genética disponível nesta espécie. Um avanço é obtido com o tamanho da semente, com significante ganho genético em programas de melhoramento. O conteúdo de compostos bioquímicos relacionados com a qualidade da bebida é uma outra maneira de melhorar a qualidade do café Robusta. Finalmente, são comentados programas em andamento, direcionados para a compreensão do determinismo molecular da qualidade do café, particularmente usando ESTs de café.

Se estudiaron genes candidatos para tamaño de la camada en 300 hembras porcinas Yorkshire-Landrace; ESR, PRLR, RBP4 y FUT1. Las hembras fueron agrupadas en dos niveles de producción (NP): nivel alto (NA) y nivel bajo (NB). Utilizando Ji cuadrado se analizaron las frecuencias génicas y genotípicas. Empleando análisis de varianza con un modelo de efectos mixtos, para lechones nacidos totales (LNT), nacidos vivos (LNV), peso de la camada al nacimiento (PNAC) y destete (PAJ21), lechones destetados (LD) y valor de cría de la progenie de la cerda (BVSP), se compararon las medias con contrastes ortogonales. Las hembras con alta productividad se asociaron con una mayor frecuencia del alelo B del gen ESR (P < 0,05). Las diferencias fueron de 0,4 LNV, 0,3 LD, 2,9 Kg de PAJ21 y 8,6 puntos de BVSP a favor del genotipo AB del gen ESR (P < 0,05) sin considerar el NP, no se detectaron animales homocigotos BB. Las frecuencias génicas y genotípicas del gen PRLR no se relacionaron con el NP (P > 0,05), no hubo diferencias (P > 0,05) entre los genotipos AA, AB y BB sin considerar el NP ni dentro del mismo NP. En el gen RBP4 la frecuencia del alelo A y del genotipo AA fue más alta en hembras con NA (P < 0,05), no se detectaron animales con genotipo BB. Las hembras con genotipos AA tuvieron más 0,5 LNT; 0,5 LNV; 0,6 Kg de PNAC; 2,6 Kg de PAJ21 y 3,2 puntos de BVSP que el genotipo AB (P < 0,05), sin considerar el NP. La frecuencia del alelo G y del genotipo GG del gen FUT1 fue mayor en el nivel de productividad alto (P < 0,05). El genotipo GG fue superior al genotipo AG con más 0,6 LNV; 0,8 Kg de PNAC; 3 Kg de PAJ21 y 3,9 puntos de BVSP (P < 0,05) sin considerar el NP Candidate genes were studied for litter size in 300 sows Yorkshire-Landrace; ESR, PRLR, RBP4 y FUT1. The sows were grouped in two levels of production (LP): high level (HL) and low level (LL). Using Chi-Square test the alleles and genotypic frequencies were analyzed. Employing analysis of variance with an mixed model effects for the total number born (TNB), number of piglets born alive (NBA), number of piglets alive at weaning (NW), total weight of piglets born (WTNB), total weight of piglets alive at weaning (WNW) and breeding value sow productivity (BVSP). The means were compared by orthogonal contrasts. The sows with high production were associated with a higher frequency of B allele of ESR gene (P < 0.05). The differences were of 0.04 NBA, 0.3 NW, 2.9 WNW kg and 8.6 BVSP points to favor of AB genotype of ESR gene (P < 0.05) without considering the LP and no homozygous BB animal was detected. The alleles and genotypic frequencies of PRLR gene were not related with the LP (P > 0.05), did not have differences (P > 0.05) between the genotypes AA, AB and BB without considering the LP, neither within of same LP. In the RBP4 gene the frequency of A allele and the AA genotype was higher in sows with HL (P < 0.05), no homozygous BB animals were detected. The sows with AA genotype had 0.5 TNB, 0.5 NBA, 0.6 WTNB kg, 2.6 WNW kg and 3.2 BVSP points more than sows with AB genotype (P < 0.05), without considering the LP. The frequency of G allele and GG genotype of FUT1 gene was higher in the HL (P < 0.05). The GG genotype was higher than AG genotype with 0.6 TNB, 0.8 WTNB kg, 3.0 WNW kg and 3.9 BVSP points more (P < 0.05), without considering the LP

Coffee quality, in the present context of overproduction worldwide, has to be considered as a main selection criterion for coffee improvement. After a definition of quality, and an overview of the non genetic factors affecting its variation, this review focuses on the genetic factors involved in the control of coffee quality variation. Regarding the complexity of this trait, the different types of quality are first presented. Then, the great variation within and between coffee species is underlined, mainly for biochemical compounds related to quality (caffeine, sugars, chlorogenic acids, lipids). The ways for breeding quality traits for cultivated species, Coffea arabica and Coffea canephora are discussed, with specific challenges for each species. For C. arabica, maintaining a good quality in F1 intraspecific hybrids, introgressed lines from Timor hybrid, and grafted varieties are the main challenges. For C. canephora, the improvement is mainly based on intraspecific and interspecific hybrids, using the whole genetic variability available within this species. An improvement is obtained for bean size, with significant genetic gains in current breeding programmes. The content in biochemical compounds related to cup quality is another way to improve Robusta quality. Finally, ongoing programmes towards the understanding of the molecular determinism of coffee quality, particularly using coffee ESTs, are presented, Genética da qualidade do café: No contexto do excedente de produção mundial, a qualidade do café tem sido considerada o principal critério de seleção no melhoramento dessa cultura. Após definir qualidade e fazer considerações sobre os fatores não genéticos afetando sua variação, esta revisão se concentra sobre os fatores genéticos envolvidos no controle da variação da qualidade do café. Em relação à complexidade desta característica, os diferentes tipos de qualidade são apresentados. Então, a grande variação dentro e entre as espécies de café é discutida, rincipalmente em relação aos caracteres bioquímicos relacionados com qualidade (cafeína, açúcares, ácidos clorogênicos, lipídeos). As maneiras para melhorar estes caracteres relacionados à qualidade nas espécies cultivadas Coffea arabica e Coffea canephora são discutidas, assim como os desafios específicos a cada espécie. Para C. arabica, manutenção da boa qualidade em híbridos interespecíficos F1, linhagens geradas por introgressão a partir do Híbrido do Timor, e enxertia de variedades são os principais desafios. Para C. canephora, o melhoramento é principalmente baseado em híbridos intra e interespecíficos, usando a variabilidade genética disponível nesta espécie. Um avanço é obtido com o tamanho da semente, com significante ganho genético em programas de melhoramento. O conteúdo de compostos bioquímicos relacionados com a qualidade da bebida é uma outra maneira de melhorar a qualidade do café Robusta. Finalmente, são comentados programas em andamento, direcionados para a compreensão do determinismo molecular da qualidade do café, particularmente usando ESTs de café

La enfermedad hepática alcohólica (EHA) es un proceso complejo y multifactorial, en el que las variaciones génicas podrían explicar las diferencias individuales de los efectos tóxicos del alcohol. Algunos polimorfismos en genes que participan en la fisiopatología de la EHA, afectan positiva o negativamente la transcripción o la actividad de factores profibrogénicos. Se han reportado polimorfismos en genes de receptores que intervienen en la interacción del lipopolisacárido bacteriano con la célula de Kupffer, LPB Y CD14, así como en el factor transcripcional NFkB; moléculas proinflamatorias, TNF- #945;, IL-1, R-IL-1, IL-6e IL-8; factores de crecimiento, TGF- #946; y PDGF; las enzimas metabolizadoras de etanol ADH, ALDH y CYP2E1; y en sistemas eliminadores de sustancias reactivas de oxígeno, como MnSOD. Para dilucidar el papel que juegan las alteraciones génicas en el desarrollo de la EHA, es necesario considerar las interacciones de estas variaciones con variables ambientales y estilo de vida de los individuos.

Registros de pesos ao nascimento, ao desmame e mensais dos 8 aos 19 meses de idade, referentes à animais dos grupos genéticos: ½Canchim-Nelore (CN), ½Angus-Nelore (AN) e ½Simental-Nelore (SN), pertencentes à Embrapa Pecuária Sudeste, São Carlos, SP, foram analisados pela técnica de modelos não-lineares incluindo, no modelo Logístico, os efeitos fixos de grupo de contemporâneos e das classes de genótipos dos genes da kappa-caseína-HinfI (CSN3): AA e AB, do hormônio do crescimento-AluI (GH): LL e LV e da beta-lactoglobulina-HaeIII (LGB): AA, AB e BB, com o objetivo de verificar a influência destes genes sobre a curva de crescimento desses animais. Os resultados sugerem que os parâmetros A e k da função Logística utilizada para descrever o crescimento dos grupos genéticos CN, AN e SN, foram influenciados pelos polimorfismos dos genes CSN3, GH e LGB. As maiores diferenças entre os genótipos para os genes CSN3, GH e LGB foram observadas a partir dos 12-13 meses de idade. O genótipo AA para CSN3 apresentou maior taxa de maturação (k) que o genótipo AB nos grupos genéticos CN, AN e SN. Quanto ao valor assintótico (A), a diferença entre AA e AB foi pequena nos grupos genéticos CN e SN. Para o polimorfismo do GH no grupo genético AN, o genótipo LL apresentou valores de A e k inferiores em relação ao LV, enquanto no grupo genético SN os animais do genótipo LV apresentaram menor valor de A e maior de k em relação ao LL. O mesmo ocorreu para o LGB, em que os genótipos AA e AB apresentaram estimativas do parâmetro k superiores em relação ao genótipo BB no grupo genético AN, enquanto o genótipo AB apresentou estimativa de k inferior em relação ao genótipo BB, no grupo genético SN. Records of the weights at birth, weaning and monthly from 8 to 19 months of age from three genetic groups: ½Canchim-Nellore (CN), ½Angus-Nellore (AN) e ½Simmental-Nellore (SN), born in 1998 and 1999 in Southeast Brazil, were used to fit a Logistic nonlinear model that included the fixed effects of the contemporary group and genotype of the genes kappa-casein-HinfI (CSN3): AA and AB, growth hormone-AluI (GH): LL and LV, and beta-lactoglobulin-HaeIII (LGB): AA, AB and BB, to examine the effect of these markers on the growth curve. The Logistic model used to explain the growth of the CN, AN and SN genetic groups, was influenced by the genotypes of the CSN3, GH e LGB markers. The major differences started at 12-13 months of age. The value of the maturing rate (k) of the AA genotype for CSN3 was superior in relation to AB genotype in the CN, AN and SN genetic groups. However, there was observed small difference in estimate of the asymptotic value (A) for the AA and AB genotypes in CN and SN genetic groups. For the GH polymorphism there were inferior values of the parameters A and k to LL genotype in relation to LV genotype for the AN genetic group, however for the SN genetic group there was inferior value of the parameter A and superior value of the parameter k to LV genotype in relation to LL genotype. The same was observed for the LGB, there were superior values of the parameter k of the AA and AB genotypes in relation to the BB for the AN genetic group, however, there was inferior value of the parameter k of the AB genotype in relation to the BB, for the SN genetic group.

Registros de pesos ao nascimento, ao desmame e mensais dos 8 aos 19 meses de idade referentes à animais dos gruposgenéticos: ½Canchim-Nelore (CN), ½Angus-Nelore (AN) e ½Simental-Nelore (SN), pertencentes à Embrapa Pecuária Sudeste, SãoCarlos, SP, foram analisados pela técnica de modelos não-lineares incluindo, no modelo Logístico, os efeitos fixos de grupo decontemporâneos e das classes de genótipos dos genes da kappa-caseína-HinfI (CSN3): AA e AB, do hormônio do crescimento-AluI (GH):LL e LV e da ?-lactoglobulina-HaeIII (LGB): AA, AB e BB, com o objetivo de verificar a influência destes genes sobre a curva decrescimento destes animais. Os resultados sugerem que, os parâmetros A e k da função Logística utilizada para descrever o crescimentodos grupos genéticos CN, AN e SN, foram influenciados pelos polimorfismos dos genes CSN3, GH e LGB. As maiores diferenças entreos genótipos para os genes CSN3, GH e LGB foram observadas a partir dos 12-13 meses de idade. O genótipo AA para CSN3 apresentoumaior taxa de maturação (k) que o genótipo AB nos grupos genéticos CN, AN e SN. Quanto ao valor assintótico (A), a diferença entreAA e AB, foi pequena nos grupos genéticos CN e SN. Para o polimorfismo do GH no grupo genético AN, o genótipo LL apresentouvalores de A e k inferiores em relação ao LV, enquanto no grupo genético SN os animais do genótipo LV apresentaram menor valor deA e maior de k em relação ao LL. O mesmo ocorreu para o LGB, em que os genótipos AA e AB apresentaram estimativas do parâmetrok superiores em relação ao genótipo BB no grupo genético AN, enquanto o genótipo AB apresentou estimativa de k inferior em relaçãoao genótipo BB, no grupo genético SN.

El presente estudio se desarrolló bajo el marco del proyecto europeo PigQTech cuyoobjetivo es investigar si QTLs de importancia económica en la industria productoraporcina, previamente descritos en cruces de razas divergentes, se encuentransegregando en poblaciones comerciales. En el presente estudio se analizaron dospoblaciones porcinas de tipo comercial Pietrain y Large White, donde fue analizada lapresencia de QTLs, búsqueda y análisis de genes candidatos. La búsqueda de QTLs seefectuó mediante el análisis de la segregación alelica de microsatélites y su relación conlos caracteres productivos medidos. Se analizaron 10 regiones de los cromosomas 1, 2,3, 4, 6, 7, 8, 9, 10, 13, tres de las cuales fueron utilizadas como regiones control (1, 6, 9)por no haber QTLs descritos previamente en ellas. Los resultados muestran segregaciónde QTLs para los cromosomas 2, 3, 4, 7 y para las regiones control 1 y 9 en la poblaciónLarge White, mientras en la población Pietrain se detectaron QTL en los cromosomas 7y 8. En resumen, se observó que los QTLs descritos en cruces de razas divergentes estánpresentes en poblaciones comerciales, sin embargo no segregan por igual entre lasdistintas poblaciones.Adicionalmente se realizó un estudio de asociación de los genes candidatos H-FABP,receptor de leptina (LEPR) y la piruvato carboxilasa (PC). El gen H-FABP reveló laexistencia de asociación entre los distintos genotipos para los caracteres de grasa dorsal,longitud de canal y pH, sin embargo estas asociaciones no se presentan por igual en lasdistintas poblaciones. El análisis de asociación del gen receptor de leptina reveló laexistencia de asociación entre sus distintos genotipos con un menor pH a las 24 horaspostmortem, sin embargo esta asociación se presentó solo en la población Large White.La secuenciación del cDNA del gen de la piruvato carboxilasa reveló una alta similitudnucleotídica con la de otras especies de mamíferos, y que además es polimórfica. Asímismo el mapeo mediante el panel de células somáticas híbridas irradiadas reveló que elgen de la PC está localizado en el cromosoma 2 en el brazo p entre los microsatélites SW2623 (9.8 cM) y el SW256 (19 cM)., The present study was developped under the framework of the European PigQTechproject, whose objective was to investigate the segregation of economically importantQTLs previously described in divergent pig crosses in commercial populations. In thepresent study, we analysed the segregation of QTL and candidate genes in Pietrain andLarge White. The search of QTLs was made by the analysis of the microsatellite allelicsegregation and its influence on the recorded commercial traits. Ten regions onchromosomes 1, 2, 3, 4, 6, 7, 8, 9, 10 and 13 were analysed. As not QTL had beenpreviously described in the regions located in chromosomes 1, 6 and 9, we used thesesegments as control regions. In Large White, results showed segregation of QTLs inchromosomes 2, 3, 4 and 7 as well as in the Ssc1 and Ssc9 control regions. The analysisin Pietrain indicated the presence of QTL in chromosomes 7 and 8. In summary, weobserved that QTLs described in experimental pig crosses are also present incommercial breeds. However these QTLs do not show the same segregation patternamong different populations.Additionally, we carried out an association analysis of the heart fatty acid bindingprotein (H-FABP), leptin receptor (LEPR) and pyruvate carboxylase (PC) candidategenes. The association analysis between H-FABP and the recorded traits, revealed theinfluence of this gene on back fat thickness, carcass length and pH in some of ourpopulations. Influence of LEPR on the pH at 24 hours postmortem was detected inLarge White. The analysis of the nucleotidic sequence of the PC cDNA, revealed both ahigh similarity between other mammal species, and the existence of sequencepolymorphism in our populations. Furthermore, we allocated PC in the short arm ofchromosome 2 (2p), between the markers SW2623 (9.8 cM) and SW256 (19 cM) in anRH panel.

O alcoolismo é um problema de saúde pública de escala mundial. O abuso e dependência combinados afetam aproximadamente 8% da população brasileira, gerando um grande custo social. O reconhecimento da existência de uma herdabilidade significativa contribuiu para o entendimento do problema como uma doença específica com origem biológica. Os avanços no conhecimento da neurobiologia da dependência permitiram delimitar uma série de genes candidatos para a predisposição. Atualmente, iniciam-se os estudos sobre o papel de polimorfismos genéticos na resposta ao tratamento. A integração de abordagens clínicas, epidemiológicas e de genética molecular pode identificar grupos clínicos mais responsivos a abordagens terapêuticas específicas. Alcoholism is a world scale health problem. Alcohol abuse and dependence combined affect approximately 8% of the Brazilian population, generating a huge social cost. The recognition of a significant heritability contributed to the understanding of this condition as a specific disease of biological origin. Advances in the knowledge of the neurobiology of dependence made possible to delimit a series of candidate genes to the predisposition. Currently, investigations on the role of genetic polymorphisms in the response to treatment start taking place. The integration of clinical, epidemiological and molecular genetic approaches may identify clinical groups more responsive to specific therapeutic approaches.

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico Objetivou-se com este trabalho investigar possíveis alterações nas seqüências de nucleotídeos nos genes do hormônio de crescimento (GH) e do fator de crescimento semelhante à insulina -I (IGF-I) em suínos de raças divergentes. O GH é expresso pelos somatótrofos da hipófise anterior e o fígado é a maior fonte do IGF-I. Entre os hormônios diretamente envolvidos no crescimento e na composição corporal dos animais, o GH é o maior fator endócrino regulador do desenvolvimento muscular, e entre os fatores que mediam os efeitos do GH, está o IGF-I, cujas funções integram nutrição e o crescimento muscular dos animais. Devido à importância que desempenham na fisiologia dos animais, os genes que sintetizam esses dois hormônios são considerados candidatos para características de crescimento e composição de carcaça nos suínos. A estratégia usada neste estudo foi o seqüenciamento automático das principais regiões desses genes em raças de suínos, com diferenças quanto à taxa de crescimento e acúmulo de gordura. Foram analisados os seqüenciamentos de três varrões da raça nativa Piau (suíno tipo banha) e de dezoito matrizes comerciais, oriundas de cruzamentos entre as raças Landrace, Large White e Pietrain (suíno tipo carne). Este trabalho foi dividido em dois capítulos, que tratam dos polimorfismos observados nos genes PGH e IGF-I, respectivamente. Foi comparada a seqüência dos dois genes das raças divergentes e às depositadas no GenBank, sob os números M17704 e X64400. As seqüências do gene PGH, obtidas por seqüenciamento, apresentaram deleções, inserções e substituições quando comparadas com a do GenBank. Entre os animais, muitas dessas variações não alteraram o sítio para enzimas de restrição; entretanto, foram observadas algumas variações que mudaram o sítio, diferenciando as duas raças. Algumas variações na região do éxon mudaram os códons de síntese de aminoácidos. Verificou-se também um polimorfismo na região TATA- box do PGH. Os seqüenciamentos da região promotora e dos éxon I e II do gene IGF-I revelaram ser este muito conservado entre todos os animais da população, apresentando apenas duas variações na região 3’ do gene, que podem ser detectáveis por meio de enzimas de restrição, diferenciando os varrões da raça nativa Piau das matrizes comerciais. Observa-se pela análise de fragmentos de DNA do microssatélite localizado na região 5’ do gene IGF-I revelou que é polimórfico e que poderá, como os polimorfismos encontrados nos genes PGH e IGF-I, ser utilizado em investigações futuras, na geração filial F2, como possíveis marcadores para características de produção dos suínos. The present work aimed to investigate possible alterations in the nucleotide sequences of Growth Hormone (GH) and Insuline-Like Growth Factor-I (IGF-I) genes in pigs from divergent breeds. GH is expressed by anterior pituitary somatotrophs and liver is the major IGF-I source. Among the hormones directly involved in animal growth and body composition, GH is the major muscle mass endocrine regulating factor and between the factors regulating GH effect there is IGF-I, whose functions integrate animal nutrition and muscle growth. Since they play an important role in animal physiology, the genes which synthesize both two hormones are considered candidate genes for growth traits and carcass composition in swines. The strategy used in this study was automatic sequencing of major regions of these genes in porcine breeds displaying differences such as the growth rate and fat deposition. The sequencing of three boars of the Piau swine, a local breed in Brazil (high fat) and eighteen commercial line dams from Landrace, Large White and Pietrain (low fat) breeds were analyzed. This work was divided into two chapters which deal with the polymorphisms observed in PGH and IGF-I genes, respectively. Sequence of both genes from these divergent breeds were compared to those in GenBank, reffered as numbers M17704 and X64400. The sequences of PGH gene, achieved by means of sequencing, presented deletions, insertions and substitutions when compared to GenBank sequence. Among sampled animals, many of these variations do not affect restriction enzymes sites; however, it was possible to observe some variations which changed restriction site differentiating the two breeds. Some variations in the exon regions changed amino acid sequence. A polymorphism in TATA-box region of the PGH was also observed. The sequencing of promoter site and exon I and II of IGF-I gene showed that this gene is highly conserved among all the animals of the studied population, displaying only two variations in the 3' site of this gene that can be detectable by means of restriction enzymes, differentiating the Piau breed boars from the commercial dams. The analysis of DNA fragments of the microsatellite located in the 5' of IGF-I gene showed that it is polymorphic and that it will be able, as the polymorphisms found in PGH and IGF-I genes, of being used in future studies, in F2 generation, as possible markers for desirable production traits in pigs.

O alcoolismo é um problema de saúde pública de escala mundial. O abuso e dependência combinados afetam aproximadamente 8% da população brasileira, gerando um grande custo social. O reconhecimento da existência de uma herdabilidade significativa contribuiu para o entendimento do problema como uma doença específica com origem biológica. Os avanços no conhecimento da neurobiologia da dependência permitiram delimitar uma série de genes candidatos para a predisposição. Atualmente, iniciam-se os estudos sobre o papel de polimorfismos genéticos na resposta ao tratamento. A integração de abordagens clínicas, epidemiológicas e de genética molecular pode identificar grupos clínicos mais responsivos a abordagens terapêuticas específicas.

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L'objectiu dels programes de millora genètica del préssec és generar varietats adaptats a les condicions agronòmiques locals i satisfer els requeriments del consumidor. Això últim implica millorar la qualitat del fruit. L'estratègia seguida per molts milloradors es basa en la selección de descendents de creuaments on s’espera segregació per a caràcters fenotípics. Es tracta d’un mètode costós tant en temps com en diners a causa del período de juvenilitad del presseguer (2-3 anys) i també als recursos que suposa el mantener les plàntules en el camp durant el procés d’avaluació i selecció. L'objectiu d'aquesta tesi va ser el desenvolupament de marcadors moleculars per a la seva aplicació en la selecció assistida per marcadors (SAM) de tres caràcters del fruit: baixa acidesa, fruit pla i pell glabra. En els dos primers capítols estudiem el locus del carácter subàcido (D) i el fruit pla (S) i hem realitzat l’anàlisis d’associació en les seves respectives regions genòmiques. Per a ambdós caràcters s'han generat i validat marcadors moleculars (SSRs i SNPs) que poden ser directament aplicats a SAM. L'estudi de l’haplotipus subàcid ens va permetre identificar diversos gens candidats. Aquestes resultats ens suggereix l'existència d'un únic origen de l’al·lel subàcido. L'anàlisi del locus S ens va permetre identificar dues INDELs altament associats amb el fruit pla. Aquests polimorfismes es van observar en regió codificant del gen ppa025511m, concretament en el segon exò del gen. Aquesta associació va ser avaluada en un ampli panell de varietats i en una població obtinguda a partir del creuament de dues parentals de fruits plans. L'anàlisi de la seqüència completa d'aquest gen va permetre la identificació de la supressió d'un fragment de 9Kb que afecta la regió 5’UTR del gen així com al primer exò, a l’intró i a una petita part del segon exò. La funció d'aquest gen va ser validada en un mutant tipus “sport” generat espontàneament en un arbre de la varietat plana ‘UFO4’. Es tracta d'un mutante quimèric mb una mutació que només afecta a les cèl·lules de la segona capa meristemàtica (LII), que genera la polpa del fruit. L'amplificació per PCR de l’INDEL d'aquest gen en la polpa del mutant rodó va revelar un canvi a l’al·lel pla. Malgrat que l‘alelo pla és dominant, els fruits plans han de presentar-lo en hetericigosis per a ser viables. Aquest fet amb la reversió a la forma rodona del mutant d’UFO4 suggereixen que aquest al·lel pot actuar com dominant negatiu. En el tercer capítol seqüenciem el genoma de 5 varietats de préssec i els seus respectius mutantes nectarina. Es van a estimar la variabilitat somática i la mutació causal de la pell glabra. La metodología empleada per al processament de les lectures i la identificació dels petis polimorfismes va generar un excés de falsos polimorfismes, possiblement causats per alineaments erronis de les seqüències repetitives del genoma. Mitjançant l'ús d'un filtrat més restrictiu es va reduir aquest valor. Els valors de diversitat nucleotídica i d’heterozigositat van ser similars als observats per Aranzana et al., (2012) i Verd et al., (2013). L’analisi del locus G va mostrar una menor π i una major Ho. Sota dues possibles hipótesis per a l’estudi l’al·lel causal del caràcter nectarina vam identificar diversos gens candidats amb funcions relacionades amb el desenvolupament de la paret cel·lular. No obstant això cap d'ells va resultar ser PpeMYB25 on recentment s’ha descrit una inserció de 7Kb asssociada al carácter nectarina (Vendramin et al., 2014). La insuficient cobertura de seqüenciació en la regió genómica del locus G pot haver estat la causa de la no identificació d’aquest polimorfisme en les nostres seqüències., The aim of current breeding programs is to provide new fruit varieties adapted to the local agronomic conditions and to satisfy the requirements of the consumers. This last fact implies to improve the fruit quality. The strategy followed by most breeding programs is based on performing controlled crosses to select those individuals showing the target traits. Although this approach has succeed in the production of most of the varieties available today, it is time consuming and costly due the time required to obtain fruits (2-3 years) and the resources needed to keep the seedlings in the field during the evaluation and selection processes. The objective of this thesis was to develop molecular markers useful in marker assisted selection (MAS) for three important agronomical traits in peach fruits: low acidity, flat shape and glabrous skin (nectarine trait). In the first two chapters of this document we have used region-based association analysis to study the architecture of the locus responsible for either sub-acid (D) and flat fruits (S). In both cases the study has provided markers (SSR and SNPs) ready to be applied for MAS in peach breeding programs. The study of the length of the sub-acid haplotype, which is maintained more than 24Kbp long, allowed to hypothesize about a unique origin of this trait and to identify candidate genes. Similarly, the analysis of the S locus allowed the identification of two linked INDELs in the second exon of the gene ppa025511m highly associated with the flat shape of the fruit. The association was tested in a broad panel of varieties and in the offspring of a crossing population between two flat peaches. The sequencing analysis of the whole gene allowed the identification of a big deletion, of about 9Kbp, affecting its 5’ UTR, its first exon and its intron. The function of the gene was validated in a round sport mutant from a flat peach (UFO-4). This mutant was chimeric; the mutation only affected cells of the second layer (LII) of the meristerm, which generates the flesh of the fruit. A PCR amplification of the gene and the use of specific primers for the INDEL revealed a mutation in the flat allele in the flesh of the chimeric mutant, which produced the reversion to the round shape. The obligated heterozygosis of the flat allele and the reversion to the wild shape suggest a dominant negative (DN) mechanism. In the third chapter we sequenced the whole genome of 5 peach varieties and 6 sport nectarines derived from them. We estimated the overall somatic variability and studied the causal mutation from hairy fruit to glabrous. The reads processing and SNP calling revealed an excess of false variants that was especially evident in the analysis of the sport mutants. One of the main causes for the false variants was the misalignments of repetitive regions. The use of more restrictive SNP calling filters reduced the excess of false variants. The nucleotide diversity and heterozygosity of the varieties was similar to the one reported for peach (Aranzana et al., 2012; Verde et al., 2013). The analysis of the variations in the G locus region showed lower and higher Ho. To look for the causal allele for the nectarine trait we postulated two possible causes for the new mutation. These data provided several candidate genes involved in the cell wall development, however none of them was the gene PpeMYB25, where a big insertion of 7Kb in its second exon has recently been described as linked with the trait (Vendramin et al., 2014). This was probably due to an insufficient sequencing coverage in this genomic region.