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201 results on '"Yvinec, Romain"'

51. Ovarian follicle morphogenesis

Author

Yvinec, Romain, Dynamiques de populations multi-échelles pour des systèmes physiologiques (MUSCA), Inria Saclay - Ile de France, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Physiologie de la reproduction et des comportements [Nouzilly] (PRC), Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Université de Tours (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Université de Tours (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Mathématiques et Informatique Appliquées du Génome à l'Environnement [Jouy-En-Josas] (MaIAGE), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Physiologie de la reproduction et des comportements [Nouzilly] (PRC), Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Université de Tours (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Mathématiques et Informatique Appliquées du Génome à l'Environnement [Jouy-En-Josas] (MaIAGE), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Inria Saclay - Ile de France, Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Université de Tours-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Université de Tours-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Université de Tours-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur] (IFCE)-Université de Tours (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur] (IFCE)-Université de Tours (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Mathématiques et Informatique Appliquées du Génome à l'Environnement [Jouy-En-Josas] (MaIAGE), Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur] (IFCE)-Université de Tours (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), and Yvinec, Romain

Subjects
[MATH.MATH-PR]Mathematics [math]/Probability [math.PR], [MATH.MATH-PR] Mathematics [math]/Probability [math.PR], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2020

52. Modeling GPCR-induced biased signalingTowards a system biology definition of drugs selectivity

Author

Yvinec, Romain, Yvinec, Romain, Dynamiques de populations multi-échelles pour des systèmes physiologiques (MUSCA), Mathématiques et Informatique Appliquées du Génome à l'Environnement [Jouy-En-Josas] (MaIAGE), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Inria Saclay - Ile de France, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Physiologie de la reproduction et des comportements [Nouzilly] (PRC), Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Université de Tours-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Université de Tours-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Physiologie de la reproduction et des comportements [Nouzilly] (PRC), Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Université de Tours-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Inria Saclay - Ile de France, Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur] (IFCE)-Université de Tours (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur] (IFCE)-Université de Tours (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Mathématiques et Informatique Appliquées du Génome à l'Environnement [Jouy-En-Josas] (MaIAGE), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur] (IFCE)-Université de Tours (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Université de Tours (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Université de Tours (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Mathématiques et Informatique Appliquées du Génome à l'Environnement [Jouy-En-Josas] (MaIAGE), and Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Université de Tours (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)

Subjects
[MATH.MATH-PR]Mathematics [math]/Probability [math.PR], [MATH.MATH-PR] Mathematics [math]/Probability [math.PR], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2020

53. Modeling (some aspects of ) the female reproductive system

Author

Yvinec, Romain, Yvinec, Romain, Physiologie de la reproduction et des comportements [Nouzilly] (PRC), Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Université de Tours (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Dynamiques de populations multi-échelles pour des systèmes physiologiques (MUSCA), Inria Saclay - Ile de France, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Physiologie de la reproduction et des comportements [Nouzilly] (PRC), Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Université de Tours (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Université de Tours (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Mathématiques et Informatique Appliquées du Génome à l'Environnement [Jouy-En-Josas] (MaIAGE), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur] (IFCE)-Université de Tours (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur] (IFCE)-Université de Tours (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur] (IFCE)-Université de Tours (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Mathématiques et Informatique Appliquées du Génome à l'Environnement [Jouy-En-Josas] (MaIAGE), Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Université de Tours-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Mathématiques et Informatique Appliquées du Génome à l'Environnement [Jouy-En-Josas] (MaIAGE), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Inria Saclay - Ile de France, Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Université de Tours-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Université de Tours-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), and Laboratoire Amiénois de Mathématique Fondamentale et Appliquée

Subjects
[MATH.MATH-PR]Mathematics [math]/Probability [math.PR], [MATH.MATH-PR] Mathematics [math]/Probability [math.PR], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience; In this presentation, I will review modeling and data analysis for the female reproductive system, putting emphasis of the intrinsic multiscale nature of this system.At the anatomical level, model efforts have been put to model the temporal fluctuations of the main key players of the reproductive neuro-endocrine system, based on delayed or stochastic differential equations.At the tissular and cellular level, I will present several population dynamical models applied to ovarian follicles development in mammals. The ovarian follicles are the basic anatomical and functional units of the ovaries. One ovarian follicle consists of a population of somatic cells sheltering the germ cell. Deterministic and stochastic structured population dynamics are thus natural object to describe the growth of the somatic cell population inside an ovarian follicle, thereby giving tools to understand the dynamics of follicle growth and maturation.Then, I will present a multiscale model describing the evolution of the population of follicles within the ovaries, focusing on the interactions between follicles all along the reproductive life. This model is a first step and is intended to be further enriched taking into account both dynamics at the anatomical and intra-cellular level. We performed a model reduction based on a separation of time scale, and show qualitative adequacy with biological data of our reduced model.

Published
2020

55. Kinetic biased signaling: towards a system biology definition of drugs selectivity

Author

Yvinec, Romain, Yvinec, Romain, Physiologie de la reproduction et des comportements [Nouzilly] (PRC), Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Université de Tours-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Dynamiques de populations multi-échelles pour des systèmes physiologiques (MUSCA), Mathématiques et Informatique Appliquées du Génome à l'Environnement [Jouy-En-Josas] (MaIAGE), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Inria Saclay - Ile de France, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Physiologie de la reproduction et des comportements [Nouzilly] (PRC), Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Université de Tours-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Université de Tours-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur] (IFCE)-Université de Tours (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Inria Saclay - Ile de France, Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur] (IFCE)-Université de Tours (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur] (IFCE)-Université de Tours (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Mathématiques et Informatique Appliquées du Génome à l'Environnement [Jouy-En-Josas] (MaIAGE), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Université de Tours (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), and Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Université de Tours (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Université de Tours (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Mathématiques et Informatique Appliquées du Génome à l'Environnement [Jouy-En-Josas] (MaIAGE)

Subjects
[MATH.MATH-PR]Mathematics [math]/Probability [math.PR], [MATH.MATH-PR] Mathematics [math]/Probability [math.PR], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2020

58. KINETIC BIASED SIGNALING : A SYSTEM BIOLOGY DEFINITION OF DRUGS SELECTIVITY

Author

Depascali, F., Akiliayoub, M., Nataraja, S., Yu, H., Palmer, S., Yvinec, Romain, Reiter, Eric, Physiologie de la reproduction et des comportements [Nouzilly] (PRC), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Université de Tours-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), United Arab Emirates University, TocopheRx Inc, Yvinec, Romain, and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Université de Tours (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Subjects
[MATH.MATH-PR]Mathematics [math]/Probability [math.PR], [MATH.MATH-PR] Mathematics [math]/Probability [math.PR], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2019

59. Modélisation mathématique de processusd’assemblage (protéı̈ques)

Author

Yvinec, Romain, Physiologie de la reproduction et des comportements [Nouzilly] (PRC), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Université de Tours (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Yvinec, Romain, and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Université de Tours-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Subjects
[MATH.MATH-PR]Mathematics [math]/Probability [math.PR], [MATH.MATH-PR] Mathematics [math]/Probability [math.PR], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2019

60. Stochastic population dynamics applied to ovarian follicles development

Author

Yvinec, Romain, Physiologie de la reproduction et des comportements [Nouzilly] (PRC), Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Université de Tours-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Université de Tours (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), and Yvinec, Romain

Subjects
[MATH.MATH-PR]Mathematics [math]/Probability [math.PR], [MATH.MATH-PR] Mathematics [math]/Probability [math.PR], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2019

62. Modeling Ovarian Folliculogenesis: Morphogenesis and Population Dynamics

Author

Bonnet, Celine, Chahour, Keltoum, Clement, Frederique, Postel, Marie, Robin, Frédérique, Yvinec, Romain, Yvinec, Romain, Centre de Mathématiques Appliquées - Ecole Polytechnique (CMAP), École polytechnique (X)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Côte d'Azur (UCA), Dynamiques de populations multi-échelles pour des systèmes physiologiques (MUSCA), Inria Saclay - Ile de France, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Physiologie de la reproduction et des comportements [Nouzilly] (PRC), Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Université de Tours (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Université de Tours (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Mathématiques et Informatique Appliquées du Génome à l'Environnement [Jouy-En-Josas] (MaIAGE), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Laboratoire Jacques-Louis Lions (LJLL (UMR_7598)), Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Paris (UP), Mathematical and Mechanical Modeling with Data Interaction in Simulations for Medicine (M3DISIM), Laboratoire de mécanique des solides (LMS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-MINES ParisTech - École nationale supérieure des mines de Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École polytechnique (X)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-MINES ParisTech - École nationale supérieure des mines de Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École polytechnique (X)-Inria Saclay - Ile de France, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), Physiologie de la reproduction et des comportements [Nouzilly] (PRC), Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Université de Tours (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Université de Tours-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Université de Tours-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Mathématiques et Informatique Appliquées du Génome à l'Environnement [Jouy-En-Josas] (MaIAGE), École polytechnique (X)-MINES ParisTech - École nationale supérieure des mines de Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École polytechnique (X)-MINES ParisTech - École nationale supérieure des mines de Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Saclay - Ile de France, Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Université de Tours-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur] (IFCE)-Université de Tours (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur] (IFCE)-Université de Tours (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Mathématiques et Informatique Appliquées du Génome à l'Environnement [Jouy-En-Josas] (MaIAGE), Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), École polytechnique (X)-Mines Paris - PSL (École nationale supérieure des mines de Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École polytechnique (X)-Mines Paris - PSL (École nationale supérieure des mines de Paris), and Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur] (IFCE)-Université de Tours (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)

Subjects
[MATH.MATH-PR]Mathematics [math]/Probability [math.PR], [MATH.MATH-PR] Mathematics [math]/Probability [math.PR], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2019

63. Stochastic model of nucleationBecker-Döring Model

Author

Yvinec, Romain, Bernard, Samuel, Chou, Tom, Deschamps, Julien, D'Orsogna, Maria R., Hingant, Erwan, Pujo-Menjouet, Laurent, Yvinec, Romain, Physiologie de la reproduction et des comportements [Nouzilly] (PRC), Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Université de Tours (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), and Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Université de Tours-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)

Subjects
[MATH.MATH-PR]Mathematics [math]/Probability [math.PR], [MATH.MATH-PR] Mathematics [math]/Probability [math.PR], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2019

64. Dynamique de populations cellulaires structures : morphogenèse des follicules ovariens

Author

Yvinec, Romain, Yvinec, Romain, Physiologie de la reproduction et des comportements [Nouzilly] (PRC), Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Université de Tours-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), and Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Université de Tours (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)

Subjects
[MATH.MATH-PR]Mathematics [math]/Probability [math.PR], [MATH.MATH-PR] Mathematics [math]/Probability [math.PR], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2019

68. From Becker-Döring to Lifshitz-Slyozov: deriving the non-local boundary condition of a non-linear transport equation

Author

Yvinec Romain, Deschamps Julien, and Hingant Erwan

Subjects
Information technology, T58.5-58.64
Abstract

We investigate the connection between two classical models of phase transition phenomena, the (discrete size, Markov chain or infinite set of ODE) Becker-Döring equations and the (continuous size, PDE) Lifshitz-Slyozov equation. Contrary to previous studies, we use a weak topology that includes the boundary of the state space, allowing us to rigorously derive a boundary value for the Lifshitz-Slyozov model. This boundary condition depends on a particular scaling and is the result of a separation of time scales.

Published
2015
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69. Modeling (some aspects of) the female reproductive system : Gonadotropin and follicular dynamics

Author

Clement, Frederique, Monniaux, Danielle, Postel, Marie, Robin, Frédérique, Yvinec, Romain, Mathematical and Mechanical Modeling with Data Interaction in Simulations for Medicine (M3DISIM), Laboratoire de mécanique des solides (LMS), École polytechnique (X)-Mines Paris - PSL (École nationale supérieure des mines de Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École polytechnique (X)-Mines Paris - PSL (École nationale supérieure des mines de Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Saclay - Ile de France, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), Physiologie de la reproduction et des comportements [Nouzilly] (PRC), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur] (IFCE)-Université de Tours (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 - UFR de Médecine Pierre et Marie Curie (UPMC), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), École polytechnique (X)-MINES ParisTech - École nationale supérieure des mines de Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École polytechnique (X)-MINES ParisTech - École nationale supérieure des mines de Paris, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Université de Tours-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Yvinec, Romain, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-MINES ParisTech - École nationale supérieure des mines de Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École polytechnique (X)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-MINES ParisTech - École nationale supérieure des mines de Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-École polytechnique (X)-Inria Saclay - Ile de France, and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Université de Tours (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Subjects
[MATH.MATH-PR]Mathematics [math]/Probability [math.PR], [MATH.MATH-PR] Mathematics [math]/Probability [math.PR], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2018

70. Using dynamical reaction network to infer drugs selectivity in pharmacology

Author

Yvinec, Romain, Yvinec, Romain, Physiologie de la reproduction et des comportements [Nouzilly] (PRC), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Université de Tours-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Université de Tours (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Subjects
[MATH.MATH-PR]Mathematics [math]/Probability [math.PR], [MATH.MATH-PR] Mathematics [math]/Probability [math.PR], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2018

72. Citation: Biased Signaling and Allosteric Modulation at the FSHR

Author

Landomiel, Flavie, De Pascali, Francesco, Raynaud, Pauline, Yvinec, Romain, Pellissier, Lucie, Bozon, Véronique, Bruneau, Gilles, Crepieux, Pascale, Poupon, Anne, Reiter, Eric, Physiologie de la reproduction et des comportements [Nouzilly] (PRC), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Tours-Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Université de Tours-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Subjects
reproduction, endocrine system, GPCR, bias, β-arrestin, trafficking, G protein, [SDV.BC.BC]Life Sciences [q-bio]/Cellular Biology/Subcellular Processes [q-bio.SC], follicle-stimulating hormone, signaling
Abstract

International audience; Knowledge on G protein-coupled receptor (GPCRs) structure and mechanism of activation has profoundly evolved over the past years. The way drugs targeting this family of receptors are discovered and used has also changed. Ligands appear to bind a growing number of GPCRs in a competitive or allosteric manner to elicit balanced signaling or biased signaling (i.e., differential efficacy in activating or inhibiting selective signaling pathway(s) compared to the reference ligand). These novel concepts and developments transform our understanding of the follicle-stimulating hormone (FSH) receptor (FSHR) biology and the way it could be pharmacologically modulated in the future. The FSHR is expressed in somatic cells of the gonads and plays a major role in reproduction. When compared to classical GPCRs, the FSHR exhibits intrinsic peculiarities, such as a very large NH2-terminal extracellular domain that binds a naturally heterogeneous, large heterodimeric glycoprotein, namely FSH. Once activated, the FSHR couples to Gαs and, in some instances, to other Gα subunits. G protein-coupled receptor kinases and β-arrestins are also recruited to this receptor and account for its desensitization, trafficking, and intracellular signaling. Different classes of pharmacological tools capable of biasing FSHR signaling have been reported and open promising prospects both in basic research and for therapeutic applications. Here we provide an updated review of the most salient peculiarities of FSHR signaling and its selective modulation.

Published
2019

73. Stochastic nonlinear model for somatic cell population dynamics during ovarian follicle activation

Author

Cl��ment, Fr��d��rique, Robin, Fr��d��rique, and Yvinec, Romain

Subjects
FOS: Biological sciences, Cell Behavior (q-bio.CB), Probability (math.PR), FOS: Mathematics
Abstract

In mammals, female germ cells are sheltered within somatic structures called ovarian follicles, which remain in a quiescent state until they get activated, all along reproductive life. We investigate the sequence of somatic cell events occurring just after follicle activation, starting by the awakening of precursor somatic cells, and their transformation into proliferative cells. We introduce a nonlinear stochastic model accounting for the joint dynamics of the two cell types, and allowing us to investigate the potential impact of a feedback from proliferative cells onto precursor cells. To tackle the key issue of whether cell proliferation is concomitant or posterior to cell awakening, we assess both the time needed for all precursor cells to awake, and the corresponding increase in the total cell number with respect to the initial cell number. Using the probabilistic theory of first passage times, we design a numerical scheme based on a rigorous Finite State Projection and coupling techniques to compute the mean extinction time and the cell number at extinction time. We find that the feedback term clearly lowers the number of proliferative cells at the extinction time. We calibrate the model parameters using an exact likelihood approach. We carry out a comprehensive comparison between the initial model and a series of submodels, which helps to select the critical cell events taking place during activation, and suggests that awakening is prominent over proliferation., Accepted in Journal of Mathematical Biology

Published
2019
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74. First passage times in homogeneous nucleation: Dependence on the total number of particles.

Author

Yvinec, Romain, Bernard, Samuel, Hingant, Erwan, and Pujo-Menjouet, Laurent

Subjects
*HOMOGENEOUS nucleation, *MOLECULAR physics, *STOCHASTIC processes, *MOLECULAR self-assembly, *FINITE volume method, *CLUSTER theory (Nuclear physics), *FRAGMENTATION reactions
Abstract

Motivated by nucleation and molecular aggregation in physical, chemical, and biological settings, we present an extension to a thorough analysis of the stochastic self-assembly of a fixed number of identical particles in a finite volume. We study the statistics of times required for maximal clusters to be completed, starting from a pure-monomeric particle configuration. For finite volumes, we extend previous analytical approaches to the case of arbitrary size-dependent aggregation and fragmentation kinetic rates. For larger volumes, we develop a scaling framework to study the first assembly time behavior as a function of the total quantity of particles. We find that the mean time to first completion of a maximum-sized cluster may have a surprisingly weak dependence on the total number of particles. We highlight how higher statistics (variance, distribution) of the first passage time may nevertheless help to infer key parameters, such as the size of the maximum cluster. Finally, we present a framework to quantify formation of macroscopic sized clusters, which are (asymptotically) very unlikely and occur as a large deviation phenomenon from the mean-field limit. We argue that this framework is suitable to describe phase transition phenomena, as inherent infrequent stochastic processes, in contrast to classical nucleation theory. [ABSTRACT FROM AUTHOR]

Published
2016
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75. Multiscale population dynamics in reproductive biology: singular perturbation reduction in deterministic and stochastic models.

Author

Calvez, Vincent, Grandmont, Céline, Lochërbach, Eva, Poignard, Clair, Ribot, Magali, Vauchelet, Nicolas, Bonnet, Celine, Chahour, Keltoum, Clément, Frédérique, Postel, Marie, and Yvinec, Romain

Subjects
OVARIAN follicle, DIFFERENTIAL equations, TIMESCALE number, SINGULAR perturbations
Abstract

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Published
2020
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76. Bursting in gene expression model

Author

Yvinec, Romain, Mackey, Michael C., Tyran-Kamińska, Marta, Zhuge, Changjiing, Lei, Jinzhi, Physiologie de la reproduction et des comportements [Nouzilly] (PRC), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Université de Tours-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), McGill University = Université McGill [Montréal, Canada], Silesian University of Technology, Tsinghua University [Beijing] (THU), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Université de Tours (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Subjects
[MATH.MATH-PR]Mathematics [math]/Probability [math.PR], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2018

77. The Becker-Döring process: law of large numbers and non-equilibrium potential

Author

Hingant, Erwan, Yvinec, Romain, Departamento de Matemática, Universidad del Bio Bio [Concepción] (UBB), Physiologie de la reproduction et des comportements [Nouzilly] (PRC), and Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Tours-Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)

Subjects
[SDV]Life Sciences [q-bio], non-equilibrium potential, law of large numbers, entropy, infinite-dimensional reaction network, becker-döring
Abstract

In this note, we prove alaw of large numbersfor an infinite chemical reactionnetwork for phase transition problems called the stochastic Becker-Döring process.Under a general condition on the rate constants we show the convergence in lawand pathwise convergence of the process towards the deterministic Becker-Döringequations. Moreover, we prove that the non-equilibrium potential, associated to thestationary distribution of the stochastic Becker-Döring process, approaches the rela-tive entropy of the deterministic limit model. Thus, the phase transition phenomenathat occurs in the infinite dimensional deterministic modelis also present in the finitestochastic model.In this note, we prove alaw of large numbersfor an infinite chemical reactionnetwork for phase transition problems called the stochastic Becker-Döring process.Under a general condition on the rate constants we show the convergence in lawand pathwise convergence of the process towards the deterministic Becker-Döringequations. Moreover, we prove that the non-equilibrium potential, associated to thestationary distribution of the stochastic Becker-Döring process, approaches the rela-tive entropy of the deterministic limit model. Thus, the phase transition phenomenathat occurs in the infinite dimensional deterministic modelis also present in the finitestochastic model.

Published
2018

78. Workflow description to dynamically model ��-arrestin signaling networks

Author

Yvinec, Romain, Ayoub, Mohammed Akli, De Pascali, Francesco, Cr��pieux, Pascale, Reiter, Eric, and Poupon, Anne

Subjects
Molecular Networks (q-bio.MN), FOS: Biological sciences
Abstract

Dynamic models of signaling networks allow the formulation of hypotheses on the topology and kinetic rate laws characterizing a given molecular network, in-depth exploration and confrontation with kinetic biological data. Despite its standardization, dynamic modeling of signaling networks still requires successive technical steps that need to be carefully performed. Here, we detail these steps by going through the mathematical and statistical framework. We explain how it can be applied to the understanding of ��-arrestin-dependent signaling networks. We illustrate our methodology through the modeling of ��-arrestin recruitment kinetics at the Follicle Stimulating Hormone (FSH) receptor supported by in-house Bioluminescence Resonance Energy Transfer (BRET) data., in press

Published
2018
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79. The Becker-Döring process: law of large numbers and non-equilibrium potential

Author

Yvinec, Romain and Hingant, Erwan

Subjects
becker-döring, infinite-dimensional reaction network, law of large numbers, non-equilibrium potential, entropy
Abstract

In this note, we prove alaw of large numbersfor an infinite chemical reactionnetwork for phase transition problems called the stochastic Becker-Döring process.Under a general condition on the rate constants we show the convergence in lawand pathwise convergence of the process towards the deterministic Becker-Döringequations. Moreover, we prove that the non-equilibrium potential, associated to thestationary distribution of the stochastic Becker-Döring process, approaches the rela-tive entropy of the deterministic limit model. Thus, the phase transition phenomenathat occurs in the infinite dimensional deterministic modelis also present in the finitestochastic model.In this note, we prove alaw of large numbersfor an infinite chemical reactionnetwork for phase transition problems called the stochastic Becker-Döring process.Under a general condition on the rate constants we show the convergence in lawand pathwise convergence of the process towards the deterministic Becker-Döringequations. Moreover, we prove that the non-equilibrium potential, associated to thestationary distribution of the stochastic Becker-Döring process, approaches the rela-tive entropy of the deterministic limit model. Thus, the phase transition phenomenathat occurs in the infinite dimensional deterministic modelis also present in the finitestochastic model.

Published
2018

80. Coupling of recognition and effect in GPRC signaling computational modelling approaches

Author

Reiter, Eric, Yvinec, Romain, Crépieux, Pascale, Poupon, Anne, Physiologie de la reproduction et des comportements [Nouzilly] (PRC), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Université de Tours-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Robert D. Wells, Judith S. Bond, Judith Klinman, Bettie Sue Siler Masters, Ellis Bell, and Laurie S. Kaguni

Subjects
[SDV.OT]Life Sciences [q-bio]/Other [q-bio.OT]
Published
2018

81. Biased Signaling and Allosteric Modulation at the FSHR

Author

Landomiel, Flavie, primary, De Pascali, Francesco, additional, Raynaud, Pauline, additional, Jean-Alphonse, Frédéric, additional, Yvinec, Romain, additional, Pellissier, Lucie P., additional, Bozon, Véronique, additional, Bruneau, Gilles, additional, Crépieux, Pascale, additional, Poupon, Anne, additional, and Reiter, Eric, additional

Published
2019
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83. Multiscale modeling of the morphogenesis of ovarian follicles: a cell-dynamics based approach

Author

Clément, Frédérique, Robin, Frédérique, Yvinec, Romain, Multiscale dYnamiCs in neuroENdocrine AxEs (Mycenae), Inria de Paris, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), Physiologie de la reproduction et des comportements [Nouzilly] (PRC), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Tours-Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), ProdInra, Archive Ouverte, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Université de Tours-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université François Rabelais (Tours). Tours, FRA. Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), FRA., Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Université de Tours (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur] (IFCE)-Université de Tours (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Subjects
[SDV.OT]Life Sciences [q-bio]/Other [q-bio.OT], ovarian follicle, modèle mathématique, endocrine system diseases, dynamique cellulaire, [SDV.OT] Life Sciences [q-bio]/Other [q-bio.OT], [INFO.INFO-BI]Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM], morphogénèse cellulaire, mathematical model, follicule ovarien, [INFO.INFO-BI] Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM]
Abstract

National audience; Multiscale modeling of the morphogenesis of ovarian follicles: a cell-dynamics based approach. 2. Journées du GdR 3606 Repro

Published
2017

84. The translatome of the FSH receptor reveals tha several FSH-responsive signaling effectors are co-translated in primary rat Sertoli cells

Author

Trefier, Aurélie, Yvinec, Romain, Bourquard, Thomas, Léon-Huaman, Kelly, Musnier, Astrid, Boulo, Thomas, Morales, Julia, Langonné, Nathalie, Guillou, Florian, Reiter, Eric, Poupon, Anne, Crepieux, Pascale, Physiologie de la reproduction et des comportements [Nouzilly] (PRC), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Tours-Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), UMR 8227, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Sorbonne Universités, Université Pierre et Marie Curie (Paris 6), INRA PHASE Department, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Université de Tours (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Biologie Intégrative des Modèles Marins (LBI2M), Station biologique de Roscoff [Roscoff] (SBR), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Sorbonne Université (SU), Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC), Université François Rabelais (Tours). Tours, FRA. Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), FRA., Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur] (IFCE)-Université de Tours (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), ProdInra, Archive Ouverte, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Université de Tours-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Station biologique de Roscoff [Roscoff] (SBR), and Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Subjects
endocrine system, [SDV.OT]Life Sciences [q-bio]/Other [q-bio.OT], fsh receptor, [SDV.OT] Life Sciences [q-bio]/Other [q-bio.OT], récepteur hormonal, translatome, G protein coupled receptor, récepteur couplé aux protéines G, [SDV.BDLR]Life Sciences [q-bio]/Reproductive Biology, récepteur fsh, GPCR, signalisation, FSH, cellule de sertoli, hormonal receptor, [SDV.BDLR] Life Sciences [q-bio]/Reproductive Biology, hormones, hormone substitutes, and hormone antagonists
Abstract

The translatome of the FSH receptor reveals tha several FSH-responsive signaling effectors are co-translated in primary rat Sertoli cells. 2. Journées du GdR 3606 Repro

Published
2017

85. Analysis and calibration of a linear model for structured cell populations with unidirectional motion : Application to the morphogenesis of ovarian follicles

Author

Cl��ment, Fr��d��rique, Robin, Fr��d��rique, and Yvinec, Romain

Subjects
FOS: Biological sciences, Probability (math.PR), Populations and Evolution (q-bio.PE), FOS: Mathematics, Quantitative Biology::Cell Behavior, Analysis of PDEs (math.AP)
Abstract

We analyze a multi-type age dependent model for cell populations subject to unidirectional motion, in both a stochastic and deterministic framework. Cells are distributed into successive layers; they may divide and move irreversibly from one layer to the next. We adapt results on the large-time convergence of PDE systems and branching processes to our context, where the Perron-Frobenius or Krein-Rutman theorem can not be applied. We derive explicit analytical formulas for the asymptotic cell number moments, and the stable age distribution. We illustrate these results numerically and we apply them to the study of the morphodynamics of ovarian follicles. We prove the structural parameter identifiability of our model in the case of age independent division rates. Using a set of experimental biological data, we estimate the model parameters to fit the changes in the cell numbers in each layer during the early stages of follicle development.

Published
2017
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86. Analysis and calibration of a linear model for structured cell populations with unidirectional motion : Application to the morphogenesis of ovarian follicles

Author

Yvinec, Romain, Clément, Frédérique, and Robin, Frédérique

Subjects
structured cell populations, multi-type age dependent branching processes, renewal 16 equations, McKendrick-VonFoerster model, parameter calibration, structural identifiability
Abstract

We analyze a multi-type age dependent model for cell populations subject to uni-6directional motion, in both a stochastic and deterministic framework. Cells are distributed into7successive layers; they may divide and move irreversibly from one layer to the next. We adapt re-8sults on the large-time convergence of PDE systems and branching processes to our context, where9the Perron-Frobenius or Krein-Rutman theorem can not be applied. We derive explicit analytical10formulas for the asymptotic cell number moments, and the stable age distribution. We illustrate11these results numerically and we apply them to the study of the morphodynamics of ovarian folli-12cles. We prove the structural parameter identifiability of our model in the case of age independent13division rates. Using a set of experimental biological data, we estimate the model parameters to fit14the changes in the cell numbers in each layer during the early stages of follicle developmen

Published
2017

87. Stochastic single gene expression model: analytical results on bursting and rate production estimation

Author

Yvinec, Romain, Mackey, Michael C., Tyran-Kamińska, Marta, Zhuge, Changjiing, Lei, Jinzhi, Institut Camille Jordan [Villeurbanne] (ICJ), École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Yvinec, Romain

Subjects
[MATH.MATH-PR]Mathematics [math]/Probability [math.PR], [MATH.MATH-PR] Mathematics [math]/Probability [math.PR], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2015

88. Passage du discret au continu pour un modèle d'agrégation fragmentation

Author

Yvinec, Romain, Deschamps, Julien, Hingant, Erwan, Yvinec, Romain, Physiologie de la reproduction et des comportements [Nouzilly] (PRC), Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Université de Tours-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), and Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Université de Tours (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)

Subjects
[MATH.MATH-PR]Mathematics [math]/Probability [math.PR], [MATH.MATH-PR] Mathematics [math]/Probability [math.PR], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2015

90. Intégration des contraintes spatiales dans la modélisation dynamique d’un système biologique complexe : le réseau de signalisation FSH

Author

Ayoub, Mohammed Akli, Boulo, Thomas, Bourquard, Thomas, Crépieux, Pascale, Guillou, Florian Jean Louis, León, Kelly, Morales, Julia, Musnier, Astrid, Poupon, Anne, Reiter, Eric, Tréfier, Aurélie, Yvinec, Romain, Physiologie de la reproduction et des comportements [Nouzilly] (PRC), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Université de Tours-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de Recherche Agronomique (INRA). UAR Département Physiologie Animale et Systèmes d'Elevage (0558)., Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Université de Tours (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and ProdInra, Migration

Subjects
[SDV.OT]Life Sciences [q-bio]/Other [q-bio.OT], gpcr, cellule de Sertoli, [SDV.OT] Life Sciences [q-bio]/Other [q-bio.OT], fsh, traduction régionalisé, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, modélisation
Abstract

National audience

Published
2016

91. β-arrestin signalling and bias in hormone-responsive GPCRs

Author

Reiter, Eric, primary, Ayoub, Mohammed Akli, additional, Pellissier, Lucie P., additional, Landomiel, Flavie, additional, Musnier, Astrid, additional, Tréfier, Aurélie, additional, Gandia, Jorge, additional, De Pascali, Francesco, additional, Tahir, Shifa, additional, Yvinec, Romain, additional, Bruneau, Gilles, additional, Poupon, Anne, additional, and Crépieux, Pascale, additional

Published
2017
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96. Temps de premier passage pour le modèle de nucléation aléatoire de Becker-Doring

Author

Yvinec, Romain, d'Orsogna, Maria R., Chou, Tom, Pujo-Menjouet, Laurent, Bernard, Samuel, Hingant, Erwan, Liautard, Jean-Pierre, Institut Camille Jordan [Villeurbanne] (ICJ), École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Yvinec, Romain

Subjects
[MATH.MATH-PR]Mathematics [math]/Probability [math.PR], [MATH.MATH-PR] Mathematics [math]/Probability [math.PR], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2013

97. Modèle probabiliste multi-échelle de différentiation cellulaire

Author

Yvinec, Romain, Yvinec, Romain, Institut Camille Jordan [Villeurbanne] (ICJ), École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), and Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Subjects
[MATH.MATH-PR]Mathematics [math]/Probability [math.PR], [MATH.MATH-PR] Mathematics [math]/Probability [math.PR], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2013

98. From a stochastic Becker-Döring model to the Lifschitz-Slyozov equation with boundary value

Author

Yvinec, Romain, Deschamps, Julien, Hingant, Erwan, Physiologie de la reproduction et des comportements [Nouzilly] (PRC), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Tours-Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), DIMA, Universita degli studi di Genova, CI2MA, Universidad de Concepción [Chile], ANR-14-CE25-0003 (JD), FONDECYT Grant no. 3130318 (EH), INRA (RY), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Université de Tours-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Université de Tours (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

Subjects
averaging, measure valued solution, [PHYS.MPHY]Physics [physics]/Mathematical Physics [math-ph], boundary value, lifschitz slyozov equation, limit theorem, stochastic becker doring
Abstract

Non publié; We deal with the convergence in law of the stochastic Becker-Döring process to the Lifschitz-Slyozov partial differential equation, up to a small scaling parameter. The former is a probabilistic model for the lengthening/shrinking dynamics of a finite number and discrete size clusters, while the latter is seen as its infinite number and continuous size extension. In the Becker-Döring model, the clusters are assumed to increase or decrease their size (number of particles in a cluster) by addition or subtraction of only one single particle at a time (stepwise coagulation and fragmentation) without regarding the space structure. More precisely, in this model, the transitions are assumed to be Markovian and actually related to some random Poisson point measures. The lengthening rates depend on the size, the number of clusters of this size and the number of free particles throught a Law of Mass Action. The fragmentation rates depend on the size and the number of clusters of this size, through a spontaneous shricking (exponential law). The evolution of the configuration of the system is then described thanks to its empirical measure. It starts with a finite number of clusters and particles. So that, the state space of the model is finite (but possibly large) and bounded by the number of particles and clusters of all possible sizes up to the maximal one (given by the total number of particles in the system). Under an appropriate scaling of the rates parameters, the number of monomers and the sizes of clusters, we construct a rescaled measure-valued stochastic process from the empirical measure of the Becker-Döring model. We prove the convergence in law of this process towards a measure solution of the Lifschitz-Slyozov equation. This equation is of transport type with a nonlinear flux coupling the particle variable. The necessity of prescribing a boundary value at the minimal size naturally appears in the case of incoming characteristics. The value of the latter is still an open-debated question for this continuous model. The probabilistic approach of this work allows us to rigorously derive a boundary value as a result of a particular scaling (as opposed to a modeling choice) of the original discrete model. The proof of this result is mainly based on an adiabatic procedure, the boundary condition being the result of a separation of time scale and an averaging of a fast (fluctuating) variable.

Published
2015

99. Boundary value for a nonlinear transport equation emerging from a stochastic coagulation-fragmentation type model

Author

Deschamps, Julien, Hingant, Erwan, and Yvinec, Romain

Abstract

We investigate the connection between two classical modelsof phase transition phenomena, the(discrete size) stochastic Becker-D ̈oring, a continous time Markov chain model, and the (continu-ous size) deterministic Lifshitz-Slyozov model, a nonlinear transport partial differential equation.For general coefficients and initial data, we introduce a scaling parameter and prove that the em-pirical measure associated to the stochastic Becker-D ̈oring system converges in law to the weaksolution of the Lifshitz-Slyozov equation when the parameter goes to 0. Contrary to previousstudies, we use a weak topology that includes the boundary ofthe state space (i.e.the sizex=0)allowing us to rigorously derive a boundary value for the Lifshitz-Slyozov model in the case of in-coming characteristics. The condition reads limx→0(a(x)u(t)−b(x))f(t,x)=αu(t)2wherefis thevolume distribution function, solution of the Lifshitz-Slyozov equation,aandbthe aggregationand fragmentation rates,uthe concentration of free particles andαa nucleation constant emergingfrom the microscopic model. It is the main novelty of this work and it answers to a question thathas been conjectured or suggested by both mathematicians and physicists. We emphasize that thisboundary value depends on a particular scaling (as opposed to a modeling choice) and is the resultof a separation of time scale and an averaging of fast (fluctuating) variables.We investigate the connection between two classical modelsof phase transition phenomena, the(discrete size) stochastic Becker-D ̈oring, a continous time Markov chain model, and the (continu-ous size) deterministic Lifshitz-Slyozov model, a nonlinear transport partial differential equation.For general coefficients and initial data, we introduce a scaling parameter and prove that the em-pirical measure associated to the stochastic Becker-D ̈oring system converges in law to the weaksolution of the Lifshitz-Slyozov equation when the parameter goes to 0. Contrary to previousstudies, we use a weak topology that includes the boundary ofthe state space (i.e.the sizex=0)allowing us to rigorously derive a boundary value for the Lifshitz-Slyozov model in the case of in-coming characteristics. The condition reads limx→0(a(x)u(t)−b(x))f(t,x)=αu(t)2wherefis thevolume distribution function, solution of the Lifshitz-Slyozov equation,aandbthe aggregationand fragmentation rates,uthe concentration of free particles andαa nucleation constant emergingfrom the microscopic model. It is the main novelty of this work and it answers to a question thathas been conjectured or suggested by both mathematicians and physicists. We emphasize that thisboundary value depends on a particular scaling (as opposed to a modeling choice) and is the resultof a separation of time scale and an averaging of fast (fluctuating) variables.

Published
2015

100. Modeles probabiliste de nucléation-polymérisation

Author

Yvinec, Romain, d'Orsogna, Maria R., Chou, Tom, Pujo-Menjouet, Laurent, Bernard, Samuel, Hingant, Erwan, Liautard, J. P., Institut Camille Jordan [Villeurbanne] (ICJ), École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (UJM)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), and Yvinec, Romain

Subjects
[MATH.MATH-PR]Mathematics [math]/Probability [math.PR], [MATH.MATH-PR] Mathematics [math]/Probability [math.PR], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2012

Catalog

Books, media, physical & digital resources
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