207 [ES] La resistencia a los antimicrobianos es una amenaza global para la salud pública y el medioambiente derivada del uso prolongado y frecuentemente inadecuado de antibióticos en medicina humana y veterinaria. En producción animal se han descrito diversos factores que pueden repercutir en el uso de antibióticos y, en consecuencia, en las resistencias, entre los que destacan el sistema de producción y las medidas de bioseguridad implementadas en la granja. En este sentido, las producciones de cerdo ibérico ecológica y extensiva se basan en sistemas de cría sostenibles y respetuosos con el entorno, constituyendo una excelente oportunidad para evaluar cómo las diferencias sostenidas de las distintas formas de uso de antibióticos repercuten en las resistencias antimicrobianas, no solo en los animales, sino también en el ambiente de la granja. El objetivo general de la presente tesis doctoral es ofrecer una descripción exhaustiva de las resistencias antimicrobianas en la producción porcina española, tanto en granjas intensivas como en las de producción ecológica-extensiva. Los estudios realizados se desarrollan en cuatro capítulos que abordan la evaluación del potencial de los microorganismos centinela en la monitorización de resistencias a los antimicrobianos y la caracterización genómica y metagenómica del resistoma y del mobiloma de las explotaciones porcinas. Las bacterias centinela recuperadas de granjas de producción ecológica-extensiva presentaron de forma sistemática menores resistencias antimicrobianas que aquellas procedentes de explotaciones porcinas intensivas, siendo el uso de antibióticos el factor más influyente. Además, aunque no se observó una relación directa entre el uso de antibióticos y la bioseguridad en las granjas, ciertas medidas, como la aplicación de protocolos de limpieza y desinfección adecuados, tuvieron un impacto aparente en la reducción de resistencias en Escherichia coli y Enterococcus spp. de granjas intensivas. La combinación de la caracterización fenotípica y genotípica de las resistencias antimicrobianas demostró el potencial de Escherichia coli, Enterococcus spp. y Staphylococcus spp. en la monitorización de resistencias en porcino, ya que estas bacterias resultaron ser importantes reservorios de determinantes de resistencia potencialmente movilizables. La vigilancia de las resistencias en Campylobacter coli también se demostró útil, pese a portar un menor número de determinantes de resistencia en su genoma. Por el contrario, los resultados de Salmonella enterica indicaron que no es un buen indicador de resistencia en estas granjas debido a su presencia esporádica en porcino y que su resistencia a los antimicrobianos está condicionada por el serotipo. El estudio genómico de las bacterias centinela demostró que la estructura tanto del resistoma como del mobiloma dependía del taxón, con mayores similitudes entre aquellas bacterias más relacionadas filogenéticamente. Este hecho fue corroborado en el estudio metagenómico, donde se observó que la composición del resistoma estaba primariamente asociada al tipo de muestra debido a cambios en las poblaciones bacterianas predominantes en cada nicho biológico. Por último, tanto el abordaje genómico como el metagenómico revelaron una clara interacción del resistoma y el mobiloma, la cual era más compleja en las granjas intensivas. En conjunto, esta tesis doctoral demuestra que el desarrollo de resistencias a los antimicrobianos está fuertemente ligado a los elementos genéticos móviles y al uso de antimicrobianos. [EN] Antimicrobial resistance is a global threat to public health and the environment derived from the prolonged and often inappropriate use of antimicrobials in human and veterinary medicine. In food-producing animals, several factors have been described that may have an impact on the use of antimicrobials and, consequently, on antimicrobial resistance, among which we can highlight the production system and the biosecurity measures implemented on the farm. In this sense, organic and extensive Iberian pig productions are based on sustainable and eco-friendly farming systems, providing an excellent opportunity to evaluate how sustained differences in the various forms of antimicrobial use impact antimicrobial resistance, not only in the animals, but also in the farm environment. The general objective of this doctoral thesis is to provide an in-depth characterization of antimicrobial resistance in Spanish swine production, both on intensive and organic-extensive farms. The studies carried out are developed in four chapters that address the evaluation of the potential of sentinel microorganisms in the monitoring of antimicrobial resistance and the genomic and metagenomic characterization of the resistome and mobilome of pig farms. Sentinel bacteria recovered from organic-extensive farms consistently showed lower antimicrobial resistance than those from intensive pig herds, with antimicrobial use as the most influential factor. In addition, although no direct relationship was observed between antimicrobial use and on-farm biosecurity, certain measures, such as the application of standardized cleaning and disinfection protocols, had an apparent impact on the reduction of antimicrobial resistance in Escherichia coli and Enterococcus spp. recovered from intensive pig herds. The combination of phenotypic and genotypic characterization of antimicrobial resistance demonstrated the potential of Escherichia coli, Enterococcus spp. and Staphylococcus spp. as sentinel microorganisms for antimicrobial resistance surveillance in swine, as these bacteria emerged as important reservoirs of potentially mobilizable antimicrobial resistance determinants. Likewise, antimicrobial resistance monitoring in Campylobacter coli proved to be useful even though this species harbored a reduced number of antimicrobial resistance determinants in its genome. In contrast, Salmonella enterica was not a good bioindicator due to its sporadic presence in swine production and the serotype-biased antimicrobial resistance. The genomic study of sentinel bacteria evidenced that the structure of both the resistome and mobilome was taxon-dependent, with greater similarities among those bacteria more phylogenetically related. This fact was corroborated in the metagenomic study, in which it was observed that the composition of the resistome was primarily determined by the type of sample due to changes in the predominant bacterial populations in each microecosystem. Finally, both genomic and metagenomic approaches revealed a clear interaction of the resistome and the mobilome, which was more complex on intensive farms. Overall, this doctoral thesis demonstrates that the development of antimicrobial resistance is strongly associated with mobile genetic elements and antimicrobial use.