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National audience

Cassava is the most important vegetatively propagated food staple crop in Africa. Even if its vegetative propagation through stem cuttings has many advantages, it also represents its Achilles heel. Pathogens are passed from one generation to the next and can easily accumulate, threatening cassava production. Two viral diseases are currently considered to be the greatest global threat to cassava production in Africa. Faced with the gravity of this situation, 43 scientists from African national and regional institutions and international agricultural research centres met in Saint-Pierre, La Réunion Island from 10 to 13 June 2014, to contribute to the surveillance and control of cassava diseases and pests that threaten the food security and livelihoods of millions Africans. The main action was to consolidate and develop a global alliance against cassava diseases in Africa and a strategic action plan with several international initiatives for the coming years. Firstly, the establishment of a Pan-African Cassava Surveillance Network (PACSUN) with an interactive website and an International Cassava Transit Site (ICTS) in La Réunion. Secondly, the development of diagnostic technologies to better identifying viruses, bacteria and vectors, and a comprehensive educational and training plan to support all these activities. (Texte intégral)

In 2014 and 2015, leaf samples from field-grown pepper (Capsicum annuum L. and C. chinense Jacq.) plants showing different kinds of viral symptoms were collected in Ivory Coast. Samples were dehydrated onto calcium chloride before RNA extraction (Tri Reagent, Molecular Research Center, USA). Two-step RT-PCRs were performed as de- scribed by Knierim et al. (2010) with polyvalent primers for poleroviruses targeting part of the RNA-dependent RNA polymerase, coat protein and movement protein genes. Am- plicons of the expected size (ca. 1,100 bp) were obtained from four of 20 analyzed C. chinense samples originating from Arrah and Bongouanou (South-East Ivory Coast). The source plants exhibited leaf yellowing and rolling as well as stunting. PCR products were sequenced directly (GenBank accession Nos KT825996 to KT825999). Sequence analysis with the BLASTN software showed 97 to 98% nucleotide identity with Pepper vein yellows virus (PeVYV) isolates from Mali as closest sequences (Knierim et al., 2013). These se- quences were aligned with additional ones available in Gen- Bank using ClustalW, leading to a 964-nucleotide alignment. Phylogenetic trees obtained with MEGA6 were consistent between neighbor-joining, maximum-likelihood and maxi- mum parsimony methods and showed that the sequences from Ivory Coast isolates clustered with two pepper isolates collected in 2009 in Mali (accession Nos JX427535 and JX427536) in a separate clade (92% bootstrap value). Pepper veinal mottle virus (genus Potyvirus) and Cucumber mosaic virus (genus Cucumovirus) are the two most widespread pep- per viruses in Ivory Coast but PeVYV is an additional threat to pepper production in this area.

International audience; no abstract

La connaissance de la structuration génétique des populations pathogènes est un prérequis primordial pour le développement de stratégies de lutte efficaces et durables, et nécessite de disposer d'outils de génotypage adéquats. L'analyse du polymorphisme des motifs minisatellites (ou VNTR) appliquée en multilocus (MLVA) est une méthode de choix en épidémiologie médicale, mais encore peu développée sur les bactéries phytopathogènes. Nous avons voulu montrer l'intérêt du développement de schémas MLVA chez Ralstonia solanacearum, dans le cas d'étude des populations de Côte d'Ivoire. Le flétrissement bactérien causé par Ralstonia solanacearum est une contrainte majeure en cultures maraichères dans toute l'Afrique de l'Ouest et particulièrement en Côte d'Ivoire, particulièrement sur tomate, aubergine et piment. Les populations sont majoritairement de phylotype I. Vingt-sept loci minisatellites, identifiés à partir de 6 génomes séquencés de Ralstonia solanacearum, ont été préalablement criblés sur une collection mondiale de 337 souches des 4 phylotypes. Ce criblage a permis de mettre en évidence le caractère phylotype-spécifique de plusieurs loci. La suite de l'étude a été focalisée sur la collection de 168 souches ivoiriennes. En tenant compte des 13 loci spécifiques des phylotype I et III, 57 haplotypes sont distingués, dont certains sont répandus dans différentes localités. Huit complexes clonaux et 4 singletons ont été identifiés ; les réseaux d'haplotypes que nous avons reconstruit semblent cibler plusieurs sources possibles de dissémination d'inoculum, notamment dans le Sud.. Six complexes clonaux s'établissent dans différentes zones agro-écologiques de Côte D'Ivoire. Les niveaux de diversité et de recombinaison, la structuration géographique des populations, les mesures d'isolement par la distance, seront discutés au regard de leurs contextes agro-climatiques, ainsi que des profils de virulence sur Solanacées identifiés par ailleurs.

En zone tropicale, la riziculture (oryza sativa L) de bas-fond avec ou sans maîtrise de l'eau, est souvent confrontée au problème de toxicité ferreuse. Cette contrainte édaphique est couramment observée dans les bas-fonds ouest-africains. C'est un trouble nutritionnel associé à de fortes concentrations de fer dans la solution du sol. Les conditions réductrices que l'on rencontre couramment dans les sols de bas-fond engorgés d'eau sont précurseurs de la toxicité ferreuse par la solubilisation dans la solution du sol de la quasi-totalité du fer sous forme ferreux (Fe2+). Ce fer ferreux (Fe2+) absorbé en abondance par la plante se concentre dans les feuilles, entraînant une décoloration des limbes, une réduction du tallage, de la taille des plants, et provoque une baisse importante des rendements. Une étude a été réalisée afin de déterminer l'effet de la toxicité ferreuse sur le rendement et les composantes du rendement du riz. Quatre variétés de riz (BKE189, CG14, CK4 et TOX3069), à sensibilité différente à la toxicité ferreuse, ont été cultivées en champ à Bouaké (site non toxique) et à Korhogo (site affecté par la toxicité ferreuse). Les résultats de l'étude montrent que la toxicité ferreuse entraînerait chez les variétés sensibles une perturbation de la distribution des synthétisants produits dans les feuilles, ce qui aurait pour conséquence un mauvais remplissage des grains lors de la formation de ceux-ci, d'où des grains plus légers à la récolte.

Fungicides and Biological Products Activities towards Fungi Causing Diseases on Banana and Vegetable in Cote d'Ivoire

Liste alphabétique des taxons cités: 6 p. thèse soutenue le 2008/11/29 Diplôme : Dr. d'Université

International audience; La caractérisation phylogénétique de 5 isolats de Cladosporium de Côte d'Ivoire a été faite après extraction d'ADN suivie d'une PCR avec les amorces ITS 1 et ITS 4. Des critères morphométriques ont été recherchés in vitro sur 7 substrats en mesurant les dimensions des conidies et conidiophores. Les résultats de l'analyse morphométrique ont identifié trois isolats (Cl2, Cl3, Cl5) comme Cladosporium musae et deux isolats proches de Cladosporium tenuissimum (C11) et Cladosporium cladosporioides (C14). Les conidies de Cladosporium musae mesurent 6-13 µm x 2-3,5 µm sur certains substrats avec des conidiophores courts (10-12 µm x 2,5-3,5 µm). Sur d'autres substrats, comme le milieu SMA les conidiophores atteignent 500-1000 µm de longueur avoisinant ceux des bananeraies. Ces conidiophores érigés ont été uniquement observés chez Cl2, Cl3, Cl5. Ainsi, pour une caractérisation moléculaire, le milieu sélectif SMA permettra de regrouper les espèces de Cladosporium avant l'analyse intraspécifique d'isolats d'origines différentes

National audience; Deightoniella torulosa est un champignon fréquemment associé aux attaques des cercosporioses sur les principaux cultivars de bananier en Côte-d'Ivoire. Les symptômes qu'il induit sont mal connus et les attaques occasionnées en plantation sont négligées. Le champignon a été isolé et son pouvoir pathogène a été mis en évidence sur des fragments de feuilles et des feuilles entières de différents cultivars de bananiers en utilisant différentes concentrations de spores : à 104, 5.104 et 105 spores / ml. Des coupes histologiques ont été aussi réalisées. Les résultats ont mis en évidence l'activité parasitaire du champignon sur les fragments de feuilles et sur les feuilles entières. La période d'incubation est de 3 à 5 jours. La germination des spores débute en moins d'une heure et atteint 95 à 100 % au bout de 4 heures. L'évolution des symptômes varie en fonction des cultivars. L'ampleur des attaques s'est révélée importante lorsque les concentrations de spores sont élevées. Le champignon provoque des attaques sévères pour des concentrations de 105 spores / ml. Ainsi, Deightoniella torulosa induit seul des attaques, colonise les tissus du limbe foliaire et contribue à la sénescence prématurée des feuilles de bananiers.

Des résultats expérimentaux obtenus dans la zone centre de Côte d'Ivoire, pendant deux années successives, ont mis en évidence des effets positifs de techniques d'intensification (fertilisation minérale-labour) sur la production des parties végétatives du maïs, mais nettement négatifs sur la production de grains. Sur un essai voisin réalisé la même année mais semé plus tôt, on obtient au contraire un effet positif de ces deux techniques, aussi bien sur les tiges que sur les graines. La caracterisation des modalités de l'alimentation hydrique au cours du cycle a permis d'expliquer ces résultats dûs a des conditions de sécheresse subies à la floraison du maïs. Une analyse fréquentielle des termes du bilan hydrique du maïs, portant sur une longue période (30 dernières années) à Bouaké, localisé représentative du climat de la région centre Côte d'Ivoire, fait ressortir un risque climatique d'une année sur six (17 %) susceptible d'entraîner des effets négatifs de l'intensification de la culture du maïs. Il est ainsi possible de relativiser la portée des résultats cités et de raisonner le risque que prend l'agriculteur en adoptant ces techniques dans la zone. On discute enfin de l'intérêt plus général de la démarche adoptée pour comprendre et valoriser des résultats expérimentaux dans les zones à risque climatique élevé

On sait qu'un peu partout le maïs tolère mal le manque d'eau, notamment en culture intensifiée. Les auteurs, évaluant les termes du bilan hydrique à Bouaké (Côte d'Ivoire), font état de résultats expérimentaux (avec pour facteurs : engrais et travail du sol) qui n'expliquent pas toujours la variabilité de la production courante. Un des critères mis en oeuvre est le taux de satisfaction des besoins en eau (TSBE). En pratique, certains agriculteurs refusent de prendre le moindre risque et gardent leur routine. Les auteurs concluent, entre autres remarques, qu'il sera judicieux de recommander aux cultivateurs attentifs une intensification modérée, en ce qui concerne la fertilisation et les façons culturales

Dans le centre de la Côte d'Ivoire la consommation hydrique du maïs est équivalente dans les différents traitements. Il n'y a pas d'effet favorable sur l'économie de l'eau, des tiges de cotonnier mulchées. Le paillage du sol influence peu le bilan hydrique d'une succession maïs-cotonnier. Le labour a un effet favorable important sur le rendement en maïs, faible sur celui du cotonnier