51. Interest of the bc-GenExMiner web tool in oncology
- Author
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Hamza Lasla, Mario Campone, Philippe Juin, Pascal Jézéquel, Agnes Basseville, Fadoua Ben Azzouz, Wilfried Gouraud, Stress Adaptation and Tumor Escape in Breast Cancer (CRCINA-ÉQUIPE 8), Centre de Recherche en Cancérologie et Immunologie Nantes-Angers (CRCINA), Université d'Angers (UA)-Université de Nantes (UN)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre hospitalier universitaire de Nantes (CHU Nantes)-Université d'Angers (UA)-Université de Nantes (UN)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre hospitalier universitaire de Nantes (CHU Nantes), Institut de Cancérologie de l'Ouest [Angers/Nantes] (UNICANCER/ICO), UNICANCER, SIRIC ILIAD [Angers, Nantes], and Bernardo, Elizabeth
- Subjects
Prioritization ,Oncology ,Transcriptomique ,Cancer Research ,medicine.medical_specialty ,Computer science ,[SDV.CAN]Life Sciences [q-bio]/Cancer ,Web tool ,Breast tumor ,03 medical and health sciences ,Breast cancer ,0302 clinical medicine ,Data visualization ,[SDV.CAN] Life Sciences [q-bio]/Cancer ,Internal medicine ,medicine ,Radiology, Nuclear Medicine and imaging ,Statistical analysis ,Web-based tool ,Biomarker discovery ,Transcriptomics ,Cancer du sein ,030304 developmental biology ,Outil web ,0303 health sciences ,business.industry ,Hematology ,General Medicine ,medicine.disease ,Expression génique ,3. Good health ,030220 oncology & carcinogenesis ,Gene expression ,Web resource ,business - Abstract
We are taking advantage of the launch of the latest version (v4.6) of our web-based data mining tool "breast cancer gene-expression miner" (bc-GenExMiner) to take stock of its position within the oncology research landscape and to present an activity report ten years after its establishment (http://bcgenex.ico.unicancer.fr). bc-GenExMiner is an open-access, user-friendly tool for statistical mining on breast tumor transcriptomes, annotated with more than 20 clinicopathologic and molecular characteristics. The database comprises more than 16,000 patients from 64 cohorts - including TCGA, METABRIC and SCAN-B - for whom several thousands of genes have been quantified by microarrays or RNA-seq. Correlation, expression and prognostic analyses are available for targeted, exhaustive or customized explorations of queried genes. bc-GenExMiner facilitates the validation, investigation, and prioritization of discoveries and hypotheses on genes of interest. It allows users to analyse large databases, create data visualizations, and obtain robust statistical analysis, thereby accelerating biomarker discovery. Ten years after its launch, judging by the number of visits, analyses, and scientific citations of bc-GenExMiner, we conclude that this web resource serves its purpose in the international scientific community working in breast cancer research, with a never-ending rise in its use., Nous profitons de l’occasion de la mise en ligne de la dernière version (v.4.6) de l’outil web breast cancer gene-expression miner (bc-GenExMiner) pour rappeler sa place dans le paysage de la recherche en oncologie et réaliser un bilan d’activité, dix ans après sa création (http://bcgenex.ico.unicancer.fr). bc-GenExMiner est un outil web de fouille statistique de données d’expressions géniques issues du criblage du transcriptome de tumeurs du sein annotées par une vingtaine de critères clinicopathologiques et moléculaires. Sa base de données inclut plus de 16 000 patientes issues de 64 cohortes, dont les cohortes METABRIC, SCAN-B et TCGA, pour lesquelles l’expression de plusieurs milliers de gènes a été mesurée par des puces à ADN ou par RNAseq. Il est composé de trois modules : « Corrélation », « Expression » et « Pronostic », qui permettent différentes sortes d’analyses. bc-GenExMiner offre aux chercheurs des possibilités de validation, d’exploration, de hiérarchisation d’hypothèses et de découverte concernant leurs gènes d’intérêt. Il permet de s’autonomiser par rapport à l’analyse de grandes bases de données, la production de figures, d’obtenir des résultats robustes et ainsi de gagner du temps pour la découverte de biomarqueurs. Dix ans après sa mise en ligne, à en juger par le nombre de visites, d’analyses et de citations de bc-GenExMiner dans des articles scientifiques, nous pouvons conclure que cet outil web sert la communauté scientifique internationale engagée dans la recherche sur le cancer du sein, et qu’il est de plus en plus utilisé.
- Published
- 2021