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1. A brief account is given of the historical aspect of dysentery, with regard to the clinical picture, diagnosis and treatment of the disease. 2. The comparative pathology of amoebic and bacillary dysentery is based on the author's personal examination of over twenty cadavera, and several hundreds of stools. The value of cytology in diagnosis is discuss:ed, and the conclusion is arrived at that differentiation between the two great types of dysentery is possible by simple stool examination. It is not claimed that this is a final means of proof, but that, during the stress of war conditions it should be employed as an adjunct... [page missing]

Dans le contexte biogéographique particulier des Antilles, qui comporte de nombreuses espèces de diatomées tropicales inconnues en métropole, aucune méthode de bio-indication diatomique pré-existante ne s’est avérée fiable pour diagnostiquer l’état écologique des cours d’eau. Afin de pouvoir mettre en ½uvre la DCE, qui doit aussi s’appliquer dans les DOM français, les services gestionnaires de Martinique et de Guadeloupe (Offices de l’Eau, DEALs) appuyés par l’ONEMA ont lancé en 2009 un premier programme de recherche-transfert de 3 à 4 ans destiné à repérer et identifier les flores diatomiques de chaque Île, à étudier leur écologie et à mettre en place un nouvel indice diatomique spécifique utilisable ensuite pour diagnostiquer l’état écologique dans le cadre des réseaux de surveillance de routine. Ce programme initial, pris en charge par le consortium ASCONIT-IRSTEA, a abouti à une première version d’IDA (Indice Diatomique des Antilles) restituée via un rapport final (Version Finale du 14-10-2013). Suite au constat de quelques défauts de jeunesse et à la réalisation de campagnes complémentaires d’échantillonnage en 2012 et 2013, il a été prospecté en tout, au cours de 8 campagnes saisonnières de prélèvement, un total de 130 stations réparties de façon presque égale sur les deux îles. Ces campagnes ont visé à la réalisation d’échantillonnages et mesures de terrain permettant de recueillir, de façon couplée, plus d’une trentaine de descripteurs abiotiques (dont il a pu être tiré un référentiel complet portant sur 25 descripteurs physico-chimiques, utilisé ensuite pour les analyses de données), ainsi que des prélèvements biologiques de biofilms représentatifs de l’état des stations. Parmi eux, 607 relevés complets ont été pleinement exploitables. Au total, 512 taxons diatomiques différents ont pu être identifiés et dénombrés au niveau spécifique, et ont donc été pris en compte dans les comptages. Une analyse exploratoire réalisée à partir d’une technique neuronale non supervisée (SOM), réalisée et commentée dans le premier rapport, a permis de dégager une typologie des assemblages naturels et de ceux structurés par les principaux types d’altérations rencontrés aux Antilles qui a à nouveau servi pour soutenir certains aspects de la présente démarche (autoécologie des taxons, biotypologie, regroupements d’HERs en ensembles naturels de plus grande taille …). Des techniques multivariées classiques (ACP, ACC) ont permis d’expliciter la structuration des gradients abiotiques présents et leur correspondance avec la distribution des espèces et la composition des assemblages. L’IDA-2 (Indice Diatomique des Antilles, version 2) a été construit sur un gradient composite d’anthropisation intégratif de 10 variables abiotiques significativement influencées par les pressions humaines. Un gradient composite multi-métrique d’anthropisation (GCMA) a été divisé en 5 classes de qualité abiotique ensuite utilisées pour décliner les profils écologiques des espèces constitutives. Après seuillage sur l’occurrence et les abondances relatives, 186 taxons ont été suffisamment occurrents et abondants pour qu’il soit possible de leur calculer un profil de qualité écologique. 8 d’entre eux étant mis de côté pour cause d’écologie haline (entrées littorales sur certaines stations aval), 178 taxons participent au final au calcul de l’indice. 131 taxons qualifiés de «Taxons +» sont des espèces d’eau douce dont la présence ne porte pas spécialement de message relatif à l’altération anthropique. 47 taxons porteurs d’un message gradé d’alerte ont été repérés. L’interprétation de leurs profils a été raffinée par rapport à la démarche IDA-1 et a permis de les répartir en 25 «Taxons-» (écologie centrée sur des altérations anthropiques moyennes) et 22 «Taxons2- » (indicateurs d’altération anthropique forte), qui exercent un poids différent dans la diminution des notes d’indice. Sur le plan du zonage des conditions naturelles, deux grands ensembles regroupés ont été repérés pour décliner une stratégie d’EQRs servant de base à l’évaluation d’état écologique : une zone aux eaux peu minéralisées commune aux parties volcaniques des 2 îles (Zone « Volcan »), et une zone à hydrochimie naturelle fortement minéralisée regroupant la zone des Mornes et la Plaine du Lamentin en Martinique (Zone « Plaine »). Après plusieurs tests, un système d’évaluation au relevé individuel a été calé et validé par expertise. Plusieurs principes d’agrégation temporelle de l’état écologique au site ont ensuite été testés. Celui qui donnerait les résultats les plus consistants sur le plan du classement écologique, introduisant des dérogations ménagées conditionnelles de 25% de profondeur de classe au principe européen dit de « One Out-All Out », n’est pas le système qui a été ensuite retenu pour application future au niveau national (cf nouvel Arrêté « Evaluation » à paraître prochainement). Il faudra donc adapter les grilles proposées dans cet Arrêté, convenables au relevé, pour rendre leur utilisation compatible avec l’évaluation agrégée des sites basée sur la moyenne de 3 relevés individuels annuels. L’IDA-1, qui n’avait pas encore de caractère officiel, ayant été rendu rapidement caduc par l’élaboration du nouvel indice IDA-2, qui a résolu les quelques problèmes de jeunesse rencontrés, on convient à partir de maintenant de simplifier la terminologie en renommant cette dernière version tout simplement IDA (Indice Diatomique des Antilles).

Le projet de recherche AquaVIT vise à accompagner l’évolution des modalités de gestiondes grands lacs aquitains, confrontés à des enjeux environnementaux liés à lacolonisation par les plantes aquatiques invasives. Ces plantes exotiques à caractèreenvahissant peuvent occuper une place importante au sein des écosystèmes lacustres et,par la même occasion, entraver de nombreux usages des lacs, notamment la pratiqued’activités de loisirs. En Nouvelle-Aquitaine, ces macrophytes invasifs font l’objet d’uneattention de la part des gestionnaires, élus et scientifiques depuis maintenant plus detrente ans. Néanmoins, un certain nombre d’interrogations demeurent. Les plantesprésentent encore des dynamiques de colonisation importantes dans de nombreux plansd’eau et les opérations de gestion visant à les réguler sont menées localement. Le projetde recherche AquaVIT s’intéresse particulièrement aux questions suivantes :- Les plantes invasives constituent-elles un élément perturbateur du bon fonctionnement écologique lacustre ?- Comment "faire avec" les plantes au quotidien ?- Comment "faire ensemble" ?Le projet AquaVIT affiche une ambition pluridisciplinaire forte, qui associe, dès saconception, les sciences humaines et sociales d’une part, et les sciences biogéochimiqueset écologiques d’autre part. Ce projet propose une alternative à la vision quantitative etmesurable, strictement centrée sur la plante (i.e distribution et biomasse des plantes), versune approche plus qualitative, orientée sur les relations entre la plante et sonenvironnement, celui-ci étant considéré d’un point de vue écosystémique et social.Appropriée par chacune des disciplines, cette posture a donné lieu à des approchesempiriques diverses et spécifiques. Dans le projet AquaVIT ont été déployées, entreautres, des enquêtes (qualitatives et quantitatives) auprès des acteurs, des études sociohistoriques basées sur des analyses de documents, mais aussi des prélèvements etmesures biologiques et physico-chimiques in situ, ainsi que des expérimentations enlaboratoire. Le croisement de ces regards et de ces méthodes constitue une des richessesdu projet. Les résultats obtenus invitent à s’éloigner d’une représentation univoque desconséquences potentielles de la présence d’herbiers denses de plantes aquatiquesinvasives, tout comme à contextualiser la problématique socio-environnementale de leurgestion. Ceci peut être illustré par le fait que les processus écologiques etbiogéochimiques à l’œuvre dans les herbiers sont étroitement liés aux conditionshydrodynamiques locales, ou encore que les représentations et les attitudes à leur sujetdépendent pour partie des usages et des pratiques de terrain. Dans certaines conditions,une telle « contextualisation » de la problématique a favorisé l’émergence d’innovationsorganisationnelles, se traduisant, par exemple, par des dispositifs à caractère participatif.En dépit des motivations et des intentions à s’engager, dont témoignent les usagers desplans d’eau, les soutiens (humains, techniques et financiers) des pouvoirs publics, restentessentiels. Sur un plan spatial, ces innovations peinent toutefois à dépasser l’échelle dessites, de sorte que la mise en relation entre plusieurs secteurs, que l’on est parfois enmesure d’attendre compte tenu de la dynamique des plantes et des processus, reposeencore très largement sur les réseaux sociotechniques des gestionnaires traditionnels desmilieux, et peu sur les utilisateurs finaux.

International audience

As part of the obligation to implement the WFD in the French overseas territories, a Research and Development Program, aimed at setting up a new diatom index dedicated to the French West Indies watercourses ecological status assessment, has been initiated and financed by the Water Offices of Martinique and Guadeloupe, with the assistance of the Environment Ministry Services of Martinique and Guadeloupe, as well as the AFB (ex-ONEMA). The initial program, followed by a complementary program aimed at better describing certain specific biogeographical aspects previously poorly covered, was implemented by the Asconit - Irstea partnership consortium from 2009 to the end of 2014, which also contributed a share of self-financing. The work resulted in the development of a first version of IDA (Indice Diatomique Antilles) in 2013, which was replaced the following year by a new version (IDA2) supported by data from the complementary program and better adapted to certain local specificities. This new version of IDA served as a basis for the publication of the Evaluation Decree of 27-07-2015 which, among other regulatory aspects, formalized the new diatom-based assessment system for the West-Indian rivers. Various complementary achievements have supported the effective operational transfer of this new method, namely: 1) the online access to a simplified script for calculating the regionalized ecological status derived from IDA2 under software R, accompanied by its user's manual; 2) editing of an IDA methodological guide; 3) the production of an IDA taxonomic guide including 186 taxon sheets which summarize, for each of the species contributing to the calculation of this index, the different types of information (morphological, taxonomic bibliography, chorological and auto-ecological) available at the end of the program. However, out of a total of 547 different taxa that could be identified as such and counted in West-Indian inventories at the end of this research program, nearly 2/3, still too lowly present for calculation of their ecological preferences and their index profile, were not ultimately included in the IDA taxonomic guide. However, despite their relative rarity, it is important to identify them correctly in local assemblages. Indeed, under condition of sufficient information on their ecology by then, they can participate in the foundation of future versions of this index. It is therefore with the aim of summarizing, valuing and making public all this knowledge accumulated on the diatoms of the West-Indian rivers, that the elaboration of the present work has been decided. That flora, which constitutes a 6-volume-reference book for the West Indian diatom species, will be of great help to the future contributors who will have to determine the diatoms within the framework of the surveillance networks. Indeed, in addition to taxa probably endemic to the West Indies, which do not seem to have been described in the classical taxonomic bibliography (taxon name under number), this flora recapitulates in French, in a single and accessible book, a taxonomic information at the worldwide level, previously fragmented in a large number of scientific articles and books often published in the native language of the country of origin, some of these references being furthermore difficult to access. Finally, this flora contains information on the 186 IDA index taxa, but also on the other taxa found at lower numbers, but identified at the specie level on the stations of the surveillance network and the complementary networks put in place, as well as on certain special situations found in Martinique and Guadeloupe (hydrothermal springs, downstream of sewage plants, "Biological Reservoirs" inventory sites, downstream sites of watercourses under coastal haline influence, etc…). Last, the study of some samples taken in Dominica revealed a great convergence of local diatomic communities with the flora of the French West Indies, but to date, some taxa found here have not yet been observed in Guadeloupe or Martinique. They have been integrated into this flora in dedicated boards.; Dans le cadre de l'obligation de mise en application de la DCE dans les DOM, un programme de Recherche-Développement visant à mettre en place un indice diatomique pour l'évaluation d'état des cours d'eau des Antilles Françaises a été initié et financé par les Offices de l'Eau de Martinique et de Guadeloupe, avec le concours des DEAL de Martinique et de Guadeloupe, ainsi que de l'AFB (ex-ONEMA). La réalisation du programme initial, puis d'un programme complémentaire visant à mieux renseigner certains aspects biogéographiques spécifiques antérieurement mal couverts, a été prise en charge par le consortium partenarial Asconit - Irstea de 2009 à fin 2014, qui a aussi apporté une part d'autofinancement. Courant 2013, les travaux ont débouché sur la mise au point d'une première version d'IDA (Indice Diatomique des Antilles), qui a été remplacée dès l'année suivante par une nouvelle version (IDA2) confortée par les données du programme complémentaire et mieux adaptée à certaines particularités du contexte local. Cette nouvelle version d'IDA a servi de base à la publication de l'Arrêté Evaluation du 27-07-2015 qui, entre autres aspects réglementaires, a officialisé le nouveau dispositif d'évaluation diatomique des cours d'eau des Antilles. Diverses réalisations complémentaires sont venues appuyer le transfert opérationnel effectif de cette nouvelle méthode, à savoir : 1) la mise en ligne d'un script simplifié de calcul de l'état écologique régionalisé à partir de l'IDA2 sous logiciel R, accompagné de sa notice-utilisateur ; 2) l'édition d'un guide méthodologique IDA ; 3) la production d'un guide taxonomique IDA notamment constitué de 186 fiches-taxons qui récapitulent, pour chacune des espèces contributives au calcul de cet indice, les différents types d'informations (morphologiques, de bibliographie taxonomique, chorologiques et auto-écologiques) disponibles à l'issue du programme. Cependant, sur un total de 547 taxons différents ayant pu être identifiés en tant que tels et recensés dans les inventaires Antillais à l'issue de ce programme de recherche, près des 2/3, encore trop peu présents en occurrence et/ou en effectifs cumulés pour se voir calculer des préférences écologiques et un profil indiciel, n'ont pas été inclus au final dans le guide taxonomique IDA. Cependant, malgré leur relative rareté, il est important de les identifier correctement dans les assemblages locaux. En effet, sous réserve d'acquisition d'une information suffisante sur leur écologie d'ici là, ils pourront participer à l'assise des futures versions de cet indice. C'est donc dans le but de récapituler, de valoriser et de rendre publique toute cette connaissance accumulée sur les diatomées des cours d'eau des Antilles, que l'élaboration du présent ouvrage a été décidée. Cette flore en 6 volumes, qui constitue un recueil de référence pour déterminer la flore des cours d'eau des Antilles françaises, sera d'une aide précieuse aux futurs intervenants amenés à déterminer les diatomées dans le cadre des réseaux de surveillance. En effet, outre des taxons probablement endémiques aux Antilles qui ne semblent pas encore avoir été décrits dans la bibliographie taxonomique classique (taxons sous numéro), cette flore en Français récapitule dans un ouvrage unique et accessible une information taxonomique de portée mondiale, auparavant parcellisée dans un grand nombre d'articles scientifiques, d'ouvrages souvent été édités dans la langue du pays d'origine, certaines de ces références pouvant de plus se révéler difficiles d'accès. Au final, cette flore contient les informations sur les 186 taxons indiciels de l'IDA, mais aussi sur tous les autres taxons reconnus en tant que tels au niveau spécifique et trouvés à plus faibles effectifs sur les stations du réseau de surveillance et des réseaux complémentaires mis en place, ainsi que sur certaines situations spéciales de Martinique et de Guadeloupe (sources hydrothermales, stations à l'aval de STEPs, sites de l'étude d'inventaire « Réservoirs Biologiques », sites aval de cours d'eau subissant un certain niveau d'influence haline littorale etc…). Enfin, l'étude de quelques échantillons prélevés à la Dominique a révélé une grande convergence des communautés diatomiques locales avec la flore des Antilles françaises, mais quelques taxons qui y ont été trouvés n'ont encore été observés ni en Guadeloupe, ni en Martinique à ce jour. Ils ont donc été intégrés à cette flore dans des planches dédiées.

In lake ecosystems, biological taxa are usually studied either through trophic relationships (without considering environmental factors) or distinctly for each taxonomical group. In the last case, studying the response of communities to environmental abiotic factors is usually the main objective and biotic interactions are therefore rarely considered. This is the objective of the present study which aims to investigate, synchronously, the response of different biological taxa in the Lacanau's lake (South-West of France) to abiotic and biotic factors. More precisely, the effect of season, spatial variation, physico-chemical parameters and physical factors (e.g. wind, slope) on macrophytes, phytoplankton, epiphytic diatoms and micro-meiofauna communities and biomass will be tested. The aim is also to construct global models of the ecosystem to determine the relative effect of environmental factors and biotic relationships. At the same time, another goal is to investigate, for the first time, epiphytic micro-meiofauna taxa living in Lacanau's lake. We thus studied 6 stations located around the littoral shoreline that were sampled during the four temperate seasons. Permanent plots (24 per station) were installed to study macrophyte composition and phytoplankton biomass. Water samples were taken (3 per station) and water composition was analyzed through more than 20 parameters. Five macrophytes species were also sampled in each station to measure the composition and biomass of the epiphytic flora and fauna. Results revealed a strong seasonal variation of water composition. Taxa did not exhibit a synchronic response through time and, within taxa group, we often evidenced different variation of diversity and biomass with time. Microscopic organisms appeared to be strongly dependent of seasonal variation but it was almost impossible to separate the influence of physico-chemical parameters from those of seasonal succession. Weak influence of physico-chemical parameters on macrophytes communities was found (except for biomass) but these communities strongly depends on hydrodynamical and hydromorphological conditions. Physical factors also appeared to strongly impact phytoplankton diversity and biomass. Nature and architecture of plant host was found to greatly influence the biomass and diversity of diatoms and micro-meiofauna epiphytic communities. Considering biotic relationships, competition processes with macrophytes species seems to structure phytoplankton communities and the micro-meiofauna biomass and diversity appeared to be controlled by epiphytic diatoms. All these processes were correctly modeled in final models which allowed to test the relative influence of chemical, physical and biological factors. This fundamental study bring better knowledge on processes patterning biological communities in the Lacanau's lake and also contribute to a better understanding of the whole functioning of this lacustrine ecosystem. Some scientific and management perspectives were drawn from these results, but supplementary studies are still needed to better understand mechanisms patterning these biological communities.; Dans les écosystèmes lacustres, les différents maillons biologiques sont souvent étudiés via le réseau trophique de l'écosystème ou alors de manière complètement indépendante. La réponse des communautés aux différents facteurs abiotiques est alors le principal objectif de ces études mais les interactions biotiques sont très rarement considérés dans l'analyse des assemblages d'espèces. C'est l'objectif de cette étude qui vise à étudier de manière synchrone différents taxons biologiques au sein du lac de Lacanau. Plus précisément, l'influence de la saison, de la variabilité spatiale, de la physico-chimie de l'eau et des facteurs physiques (e.g. vent, pente) sera testé sur les communautés de macrophytes, de phytoplancton, de diatomées épiphytes et sur la micro-méiofaune épiphyte. L'objectif est également de construire des modèles d'interaction entre ces différentes communautés biologiques et les paramètres environnementaux mesurés. Parallèlement, un autre objectif est aussi de dresser pour la première fois la liste des taxons de la micro-méiofaune présent dans le lac de Lacanau. Nous avons pour ceci étudié 6 stations réparties autour du lac de Lacanau que nous avons échantillonnées pendant les 4 saisons. Des quadrats fixes (24 par stations) ont été placés pour quantifier la composition en macrophytes et la biomasse phytoplanctonique. Des prélèvements d'eaux (3 par stations) ont également été prélevés sur chaque station pour mesurer la composition de plus de 20 paramètres physico-chimiques. Cinq espèces de macrophytes ont également été prélevées sur chaque station afin de quantifier la composition et la biomasse de la flore et de la faune épiphyte. Les résultats ont montré une forte variation saisonnière de la composition physico-chimique de l'eau. Les différents taxons ne montrent pas une réponse synchrone au cours du temps, et au sein de chaque groupe taxonomique, la réponse de la diversité et de la biomasse est elle aussi rarement similaire au cours du temps. Les organismes microscopiques se révèlent être fortement dépendant des variations saisonnières mais il est difficile déconvoluer la part lié aux paramètres physico-chimiques de celle lié à la successions saisonnière. Les macrophytes apparaissent en revanche être peu influencés par les paramètres physico-chimiques/saison (à l'exception de leur biomasse) mais dépendent surtout des conditions hydrodynamiques et hydromorphologiques. Les facteurs physiques se révèlent également être particulièrement structurants pour la diversité et la biomasse phytoplanctonique. La nature et l'architecture de la plante hôte semble aussi jouer un rôle majeur sur la diversité et la biomasse de la faune et de la flore épiphyte. Des processus de compétition avec les macrophytes semblent structurer la communauté phytoplanctonique et la micro-méiofaune apparait être particulièrement dépendante des fluctuations de la micro-flore épiphyte. L'ensemble de ces processus semblent correctement modélisés dans les modèles globaux qui permettent de synthétiser et de mieux tester l'influence relative des facteurs chimiques saisonniers, physiques et biologiques. Cette étude, essentiellement fondamentale, apporte des connaissances nouvelles sur le fonctionnement des communautés biologiques au sein du lac de Lacanau et permet de mieux comprendre son fonctionnement et son organisation. Elle offre cependant quelques perspectives de gestion mais nécessite aussi des études complémentaires pour mieux comprendre les principaux mécanismes structurant les communautés biologiques.

International audience; The Biological Diatom Index (BDI) is a standardized method routinely used in France for the surveillance of watercourse quality. This index is based on a list of 209 key species showing different pollution sensitivities. The pollution sensitivity, or ecological profile', is determined through the species presence probability values along a seven quality classes gradient. In a sample, the presence and abundance of species from this list are used to calculate the BDI score. Recently, water managers pointed out several weaknesses of this index: (a) the BDI fails to correctly assess water quality in acidobiontic and brackish conditions, and (b) pollution sensitivity and tolerance of several key species used to calculate the index need to be improved. This paper presents and discusses the new version of the BDI, called BDI-2006. 2802 samples were used to create this new index (samples collected on all French river types during the last thirty years), where 1063 diatom species were identified. For each sample, the community was described with species relative abundance, and relevant physico-chemical parameters were collected: pH, conductivity, dissolved oxygen, biological oxygen demand, ammonium, orthophosphates and nitrates. Eight hundreds and thirty eight key species were finally kept, including species typical of acidic and brackish waters, tropical taxa and abnormal forms of many widespread taxa (as evidence of toxicological impacts). The physico-chemical and the biological datasets were explored with classical analysis (Principal Component Analysis) and neural networks (Self-Organizing Maps), combined to draw the new key species ecological profiles. Comparing to the initial version of the BDI, several species profiles (Nitzschia paleacea for example) were clearly enhanced. This new version was adopted by the French standardisation authority (AFNOR) in October 2007.

A total of 118 benthic diatom taxa were recorded during a survey in 2007 of the Kebir-East wadi, north-eastern Algeria. Fourteen samples were collected at seven sampling stations in winter and summer. The majority of diatom taxa comprised cosmopolitan species widely distributed along the hydrosystem. Canonical correspondence analysis, used to examine spatial patterns of diatom communities in relation to environmental gradients, was statistically highly significant (p < 0.001). The first axis accounted for 45% and the second for 22% of the total variance. Seasonal and physicochemical gradients were clearly defined and indicated the water quality. A cluster analysis was then carried out to represent the different groups of the sampled stations sharing the same flora. Agglomerative cluster analysis grouped the sampled sites into seven clusters according to the community data. For clusters gathering more than one single sample, typical diatom taxa were determined with an indicator species analysis. The reliability of the biological diatom index BDI 2007 was tested under our environmental conditions and it was concluded that, considering the very particular geochemical context of this wadi, a specific diatom index should be developed. Keywords: BDI 2007, canonical correspondence analysis, cluster analysis, environmental gradients, IndVal analysisAfrican Journal of Aquatic Science 2012, 37(1): 59–69

National audience; La présente communication s’inscrit en relation avec la fiche-action AQUAREF B contractée entre l’ONEMA et Irstea. L’action présentée vise à cerner et à formaliser l’évaluation de l’incertitude liée à l’indice diatomique IBD 2007. Cette action s’intéresse en premier lieu à l’incertitude existante sur la notation d’un relevé diatomique avec l’IBD, mais va aussi concerner au final l’incertitude associée à l’évaluation triennale d’Etat Ecologique des cours d’eau de France au même site à partir du maillon des diatomées benthiques. Elle s’appuie d’une part sur une étude spécifique de terrain portant sur 2 campagnes annuelles de prélèvements (2013 et 2014) réalisées par 3 types d’opérateurs différents (Irstea, des DREALs, des Bureaux d’étude) au même site, permettant d’évaluer globalement l’effet-opérateur dans des conditions comparables, et d’autre part sur la variabilité naturelle de notation de sites peu altérés disponibles dans la base de données Pandore. Dans le cadre de l’étude de terrain, 65 sites ont ainsi été prélevés dont, en fonction de quelques problèmes rencontrés, 45 avaient au moins 3 relevés comparables et 16 avaient 2 relevés comparables. Des différences sensibles de composition spécifique, en espèces comptées dans le relevé et en effectifs par espèce, sont relevées, sans évidence de problèmes manifestes de détermination divergente. Cette variabilité des relevés au même site à la même date, mais aussi de la composition des lames venant d’un même pilulier, avait déjà été remarquée, une raison tenant probablement à une répartition des espèces par patchs en fonction des conditions micro-locales et à leur variation sur un même faciès d’une même station. Cependant, du fait d’homologies inter-espèces existantes au niveau de l’écologie de l’altération, la méthode IBD confirme une relative robustesse. Les résultats d’étape sont présentés, illustrant que le diagnostic inter- opérateur aboutit de façon très dominante au même classement d’état (47%), ou à une appréciation avec une classe de qualité d’écart (44%). Sur moins de 9% des relevés, où il a le plus souvent été diagnostiqué un problème spécifique (échantillonnages non prélevés exactement au même site, écart de conditions hydrologiques etc…), les résultats ont pu donner 2 classes de qualité d’écart sans que la variabilité de la méthode soit principalement en cause. L’étape en cours consiste à affecter à chaque évaluation de qualité un écart-type et une probabilité de se situer dans une classe donnée car, au-delà de la classe de qualité définie part 2 ou 3 opérateurs, l’incertitude de classement d’état est beaucoup plus forte lorsqu’on tombe à proximité de la limite entre 2 classes qu’au milieu d’une classe. Les résultats consolidés de cette étude, s’appuyant sur les probabilités d’appartenance à une classe de qualité ou une autre, seront rendus dans le rapport final d’étude fin 2016-début 2017. Une autre orientation du travail a été de vérifier le niveau de variabilité « aléatoire » des notes d’IBD en sites vérifiés comme relativement stables du point de vue de leurs conditions physico-chimiques, afin de formaliser une meilleure idée de la marge de variation naturelle de l’IBD et de son écart-type. Cette étude a nécessité un lourd travail de post-traitement sur les données abiotiques, qui vient de se terminer. Les premiers résultats sur les sites à chroniques de relevés suffisamment suivies montrent une variabilité interannuelle gaussienne avec dans la plupart des cas une appartenance à la même classe ou un écart 2 à 2 de 2 points, et une nette minorité de situations avec des écarts plus importants. Ces valeurs et leur distribution paraissent cohérentes, et il convient de rajouter ici qu’il ne s’agit pas d’une variabilité de résultat liée uniquement à la variabilité de la méthode, mais aussi à une certaine variation inter-annuelle des conditions et forçages in situ.

In the specific biogeographical context of the french Caribbean, which includes many species of tropical diatoms unknown in continental France, no pre-existing diatom-based method of bio-indication is proven reliable for the diagnosis of ecological status in rivers. In order to implement the WFD, which should also apply to the French overseas departments, Martinique and Guadeloupe hydrosystem management services (Water Offices , DEALs) supported by ONEMA launched in 2009 a research - transfer program of 3 to 4 years in the aim to : 1) track and identify diatom flora of each island; 2) study their ecology ;3) implement a specific diatomic index that can then be used to diagnose the ecological status in the context of routine monitoring networks. This program taken in charge by the ASCONIT - IRSTEA consortium prospected a total of 110 stations on the two islands during five seasonal sampling campaigns, and performed 483 biofilm samples representative of each site, linked with more than thirty abiotic descriptors (including 27 physico-chemical parameters) at the same date. Among them, 475 complete surveys were fully exploited . 470 different diatom taxa have been identified and taken into account. An exploratory analysis using a neural unsupervised technique (SOM) identified a bio-typology made of natural assemblages on the one hand, and those organized by the main types of alterations encountered in the Caribbean on the other one. Classical multivariate techniques (PCA, CCA…) were used to explain the structure of abiotic gradients contained in the dataset and their correspondence with the species distribution and assemblage composition. IDA (Indice Diatomique des Antilles) was built on an “anthropogenic composite integrative gradient” made of nine abiotic variables significantly influenced by human pressures. After locating the broad natural variation on the natural reference sites, the composite gradient of human impact has been divided into five abiotic quality classes and then used to decline ecological profiles of the constitutive species. After thresholding species on the base of their occurrence and relative abundance, 179 taxa were judged as sufficiently distributed to wear a calculation of environmental quality profile and to be involved in the calculation of the index. 49 of them are considered as “Alert Taxa” and contribute to the decrease of the index notes. As part of this final report, which incorporated the methodological changes discussed at the final steering committee of the initial study, two large natural ensembles were identified to set-up two grids based on Equivallent Quality Ratios, used as a basis for the evaluation of the Ecological Status: 1) a common little mineralized volcanic zone regrouping the volcanic portions of the two islands, on which the NINC species is considered as an alert taxon; and 2) a zone of highly mineralized plains corresponding to the “zone des Mornes” of Martinique, which does not take into account NINC as an “Alert Taxon”. The evaluation system tested here gives relatively satisfactory overall results, but seems to be perfectible on some particular sites. It will be consolidated at a later stage with the acquisition of additional data acquired on targeted sites, which will aim in particular to better identify the ecological profile of NINC and the final modalities of its mobilization in the calculation of the IDA.; Dans le contexte biogéographique particulier des Antilles, qui comporte de nombreuses espèces de diatomées tropicales inconnues en métropole, aucune méthode de bio-indication diatomique pré-existante ne s’est avérée fiable pour le diagnostic d’état écologique des cours d’eau. Afin de pouvoir mettre en ½uvre la DCE, qui doit aussi s’appliquer dans les DOM français, les services gestionnaires de Martinique et de Guadeloupe (Offices de l’Eau, DEALs) appuyés par l’ONEMA ont lancé en 2009 un programme de recherche-transfert de 3 à 4 ans destiné à repérer et identifier les flores diatomiques de chaque Île, à étudier leur écologie et à mettre en place un indice diatomique spécifique utilisable ensuite pour diagnostiquer l’état écologique dans le cadre des réseaux de surveillance de routine. Ce programme réalisé par le consortium ASCONIT-IRSTEA a permis de prospecter, au cours de 5 campagnes saisonnières de prélèvement, un total de 110 stations réparties sur les deux îles et d’effectuer 483 échantillonnages permettant de recueillir de façon couplée plus d’une trentaine de descripteurs abiotiques (dont 27 descripteurs physico-chimiques) et des échantillonnages de biofilms diatomiques représentatifs de l’état des stations. Parmi eux, 475 relevés complets ont été pleinement exploitables. 470 taxons diatomiques différents ont pu être recensés et être pris en compte dans les comptages. Une analyse exploratoire réalisée à partir d’une technique neuronale non supervisée (SOM) a permis de dégager une typologie des assemblages naturels et de ceux structurés par les principaux types d’altérations rencontrés aux Antilles. Des techniques multivariées classiques (ACP, ACC) ont permis d’expliciter la structuration des gradients abiotiques présents et leur correspondance avec la distribution des espèces et la composition des assemblages. L’IDA (Indice Diatomique des Antilles) a été bâti sur un gradient composite d’anthropisation intégratif de 9 variables abiotiques significativement influencées par les pressions humaines. Après repérage de l’étendue du domaine de variation naturelle des sites de référence, le gradient composite d’anthropisation a été divisé en 5 classes de qualité abiotique ensuite utilisées pour décliner les profils écologiques des espèces constitutives. Après seuillage sur l’occurrence et les abondances relatives, 179 taxons ont été suffisamment occurrents et abondants pour qu’il soit possible de leur calculer un profil de qualité écologique et de les faire participer au calcul de l’indice. 49 d’entre eux sont considérés comme taxons d’alerte et contribuent à la diminution des notes d’indice. Dans le cadre du présent rapport final, qui a intégré les inflexions méthodologiques discutées lors du comité de pilotage final de l’étude initiale, deux grands ensembles naturels ont été repérés pour décliner une stratégie d’EQRs servant de base à l’évaluation d’état écologique : une zone volcanique peu minéralisée commune aux parties volcaniques des 2 îles, sur laquelle l’espèce NINC est considérée comme taxon d’alerte, et une zone de plaines très minéralisées concernant uniquement la zone des Mornes de Martinique qui ne prend pas en compte NINC comme taxon d’alerte. Le système d’évaluation testé ici donne des résultats relativement satisfaisants sur le plan global, mais semble perfectible sur certains sites particuliers. Il sera consolidé ultérieurement avec l’acquisition de données complémentaires acquises sur des sites ciblés, qui viseront notamment à mieux cerner le profil écologique de NINC et les modalités définitives de sa mobilisation dans le calcul de l’IDA.

This work is in line with the development of a multi-metric index for the assessment of the ecological status of water bodies with respect to the phytoplankton compartment in water. Thus, it is linked to the IPLAC index. In the end, it aims to complete its evaluation with so-called diagnostic metrics to account for other pressures and elements of biodiversity. For this we used a large-scale morpho-functional approach (national territory) of phytoplankton communities, based on the definition and use of 84 morpho-functional traits of phytoplankton, covering all taxonomic groups, as a descriptor of communities. In aquatic ecosystems, relationships and interactions between phytoplankton communities and environmental variables are often quite complex. So, different statistical and numerical tools such as Random Forest (RF) in regression and classification mode, Partial Dependent Plots (PDPs) have been tested to take into account this complexity. RF methods have shown that depth of waterbody and altitude are important factors. This led to the creation, by the K-means method, of four typological groups, based on these criteria, to subtract the effect. Subsequently, various tests of direct correlations, on each of the typological groups, were carried out but results are rather disappointing. In a second step, RF models in regression mode then classification mode were used. However, their uses drive us away from the DCE compatibility because they have not allowed us to derive relationships and metrics relating to a trait or combination of exploitable traits. Lastly, an approach using PDPs has been implemented. Of the 84 constructed traits, 21 are highlighted by the result analyses with direct or indirect links to physico-chemical water parameters. These include traits: life form (solitary, filamentous), motility, presence of protuberances, pseudo-vacuoles or the presence of Chlorophyceae or Euglenophyceae. The dissolved organic carbon, the total suspended solids, the nitrates or the transparency measured by Secchi disk are the physicochemical parameters that have relations with morpho-functional traits. The use of PDPs allows knowing the variation direction of the existing relationship between the trait and the physicochemical parameters. On the other hand, threshold values do not depend on the created typological groups. This work should allow the definition of new trait-based diagnostic metrics for DOC and nitrate gradients. This will refine the understanding of the impact of anthropogenic pressures on lake ecosystems.; Le présent travail s'insère dans la continuité des développements d'un indice multi-métrique pour l'évaluation de l'état écologique des plans d'eau en ce qui concerne le compartiment phytoplancton en plan d'eau. Il est ainsi en lien avec l'indice IPLAC. Il vise à terme à compléter son évaluation par des métriques dites de diagnostic permettant de rendre compte d'autres pressions et des éléments de biodiversité. Pour cela nous avons employé une approche morpho-fonctionnelle à large échelle (territoire national) des communautés phytoplanctoniques, basée sur la définition et l'utilisation de 84 traits morpho-fonctionnels du phytoplancton, couvrant l'ensemble des groupes taxonomiques, comme descripteur des communautés. Dans les écosystèmes aquatiques, les relations et interactions entre les communautés phytoplanctoniques et les variables environnementales étant souvent assez complexes, différents outils statistiques et numériques tel que le Random Forest (RF) en mode régression et classification, les partial Dependent Plots (PDP) ont été testés pour appréhender cette complexité. Les méthodes de RF ont montré que la profondeur du plan d'eau et l'altitude étaient des facteurs importants. Cela a conduit à la création, par la méthode des K-means, de quatre groupes typologiques, fonction de ces critères, pour en soustraire l'effet. Par la suite, divers tests de corrélations directes, sur chacun des groupes typologiques, ont été exécutés mais il en ressort des résultats plutôt décevants. Dans un second temps, des modèles RF en mode régression puis classification ont été utilisés. Cependant leurs utilisations nous éloignent de la DCE compatibilité car elles n'ont pas permis de dériver des relations et des métriques portant sur un trait ou combinaison de traits exploitables. Dans un dernier temps, une approche exploitant les PDP a été mise en oeuvre. Sur les 84 traits construits, 21 ressortent des analyses avec des liens directs ou indirects avec des paramètres physico-chimiques des eaux. Il s'agit notamment des trais : forme de vie (solitaire, filamenteuse), motilité, présence de protubérances, de pseudo-vacuoles ou encore de la présence de Chlorophyceae ou d'Euglenophyceae. Le carbone organique dissous, les matières en suspensions, les nitrates ou encore la transparence mesurée au disque de Secchi sont les paramètres physico-chimiques qui présentent des relations avec des traits morpho-fonctionnels. L'utilisation des PDP permet de connaitre le sens de variation de la relation existante entre le trait et le paramètres physico-chimiques. En revanche, les valeurs de seuils ne dépendent pas des groupes typologiques créés. Ce travail devrait permettre la définition de nouvelles métriques de diagnostic basées sur certains traits pour les gradients de COD et de nitrates. Cela permettra d'affiner la compréhension de l'impact des pressions anthropiques sur les écosystèmes lacustres.

Depuis 1989, le Syndicat Mixte Géolandes met en oeuvre une intervention mécanique annuelle de moisson de lagarosiphon (Lagarosiphon major) sur une superficie de l’ordre de 40 hectares de l'étang Blanc (Landes). Les volumes de plantes récoltées ces dernières années montrent une diminution notable alors que les superficies moissonnées restent du même ordre. Cette évolution a conduit Géolandes à mettre en place une étude destinée à expliquer les processus en cause dans cette apparente régression de la colonisation. L'examen complet des données obtenues dans le cadre du présent programme permet de tirer des enseignements partiels sur les relations entre les conditions environnementales à l'échelle des stations étudiées, le développement de lagarosiphon et les modalités de moisson.

Après une présentation des besoins en matière d'évaluation de la qualité des milieux aquatiques continentaux, ce document présente l'état de l'art sur le développement des bioindicateurs tels qu'il a été présenté lors du séminaire organisé par l'Onema les 19 et 20 avril 2011 à Paris. Il s'agit donc d'une synthèse des journées "DCE et bioindication"

International audience; Les impacts sur les diatomées périphytiques du broutage par la macrofaune aquatique sont de plus en plus étudiés ; en revanche les interactions complexes ayant lieu au sein du biofilm entre microflore et micro-méiofaune restent inexplorées. Or, certains des organismes composant la micro-méiofaune (organismes de 2 OEm-2 mm) sont également brouteurs de microalgues, et la pression de prédation peut provoquer une sélection d'espèces (selon leurs dimensions, leurs formes de croissance, etc.) susceptible de modifier la communauté, et par conséquent l'évaluation de la qualité du milieu par les indices diatomiques. Nous avons réalisé un suivi sur 4 cours d'eau du Sud-Ouest de la France, visant quantifier et caractériser la microflore et la micro-méiofaune périphytiques. En termes quantitatifs (nombre d'individus quantifiés dans les biofilms), la micro-méiofaune est généralement dominante, et relativement diversifiée. Nos résultats indiquent que les conditions environnementales (par exemple le type de contamination présent, ciblant l'un ou l'autre des compartiments) structurent fortement les communautés auto- et hétérotrophes, et influencent leurs interactions. Par ailleurs, en utilisant des taux de broutage issus de la littérature, on peut estimer que la quantité de diatomées potentiellement consommée par les protozoaires et les petits métazoaires (rotifères, nématodes) excède de plusieurs ordres de grandeur la quantité de diatomées réellement quantifiée.

National audience; L'indice biologique diatomées (IBD) est un indice de qualité d'eau des rivières. Normalisé en 2000 puis révisé en 2007, il est basé sur le recueil et l'observation des fl ores de diatomées benthiques. Son calcul repose sur la prise en compte de la présence, de l'abondance et de la sensibilité d'espèces clés. Historiquement, cet indice a été mis au point dans le but de diagnostiquer des pollutions dues à des enrichissements trophiques. Il détecte bien l'impact sur le milieu de rejets riches en dérivés de l'azote et/ou en matière organique. Si aujourd'hui cet indice prend bien en compte les spécificités géomorphologiques régionales, il ne répond en revanche pas correctement aux pollutions toxiques (pesticides, métaux lourds notamment).

International audience; Ecological communities consist of a large number of species. Most species are rare or have low abundance, and only a few are abundant and/or frequent. In quantitative community analysis, abundant species are commonly used to interpret patterns of habitat disturbance or ecosystem degradation. Rare species cause many difficulties in quantitative analysis by introducing noises and bulking datasets, which is worsened by the fact that large datasets suffer from difficulties of data handling. In this study we propose a method to reduce the size of large datasets by selecting the most ecologically representative species using a self-organizing map (SOM) and structuring index (SI). As an example, we used diatom community data sampled at 836 sites with 941 species throughout the French hydrosystem. Out of the 941 species, 353 were selected. The selected dataset was effectively classified according to the similarities of community assemblages in the SOM map. Compared to the SOM map generated with the original dataset, the community pattern gave a very similar representation of ecological conditions of the sampling sites, displaying clear gradients of environmental factors between different clusters. Our results showed that this computational technique can be applied to preprocessing data in multivariate analysis. It could be useful for ecosystem assessment and management, helping to reduce both the list of species for identification and the size of datasets to be processed for diagnosing the ecological status of water courses.

National audience; La DCE (JOCE, 20 septembre 2000) a rendu obligatoire l’évaluation de l’état écologique des écosystèmes aquatiques des états-membres de l’Union Européenne. Cette Directive a aussi force d’application dans les DOM Français dans les meilleurs délais. Cependant, les méthodes d’évaluation biologique actuellement utilisées en France métropolitaine ne peuvent s’y appliquer en raison d’un fort décalage biogéographique touchant à la fois la composition des communautés biologiques qui y vivent (nombreuses espèces non présentes en France, voire nouvelles pour la science) et les conditions géo-climatiques particulière qui y exercent leur effet et influent fortement sur la sélection des assemblages. Dans ces conditions, divers programmes se sont successivement initiés dans plusieurs DOM, sous financements locaux (Offices de l’Eau, DEALs locales), nationaux (ONEMA, Ministère de l’Outre-mer…) voire Européens (FEDER), en partie co-financés par les organismes chargés de leur mise en ½uvre concrète (notamment par le consortium ASCONIT-IRSTEA pour le maillon des diatomées benthiques des cours d’eau de la Réunion, de Martinique, de Guadeloupe et de Guyane). Ces programmes visent à terme à la création d’indices diatomiques adaptés aux contextes biogéographiques spécifiques de ces DOM et à la conception de systèmes d’évaluation permettant de diagnostiquer l’état écologique de leurs cours d’eau à partir du compartiment phytobenthique. Ils prennent en charge différentes étapes couvrant : l’identification taxonomique ; le comptage des inventaires ; l’investigation de l’auto-écologie des espèces par couplage entre descripteurs abiotiques de la qualité des eaux et inventaires biologiques prélevés aux mêmes sites et aux mêmes dates ; l’élaboration de nouveaux indices diatomiques adaptés au contexte biogéographique local ; l’édition de guides d’identification taxonomique, de guides-utilisateurs servant de référentiel à l’application de la méthode par les futurs intervenants dans le cadre des marchés publics de surveillance. Certains de ces programmes, initiés depuis quelques années, s’approchent actuellement du stade de l’achèvement (Réunion avec la sortie effective du nouvel Indice Diatomique Réunion ou IDR, Antilles avec le nouvel Indice Diatomique des Antilles ou IDA). Les prochaines années nécessiteront encore un effort substantiel de travail sur les documents d’accompagnement destiné à faciliter leur transfert opérationnel. D’autres programme ont connu un démarrage plus tardif et sont actuellement en milieu de réalisation dans un contexte logistique et biogéographique très particulier (Guyane), voire viennent de passer très récemment en phase de réalisation concrète du programme de terrain (Mayotte). La présente communication de synthèse vise à présenter un état d’avancement actualisé de ces différents chantiers en cours.

National audience; Pour favoriser la mise en application de la DCE dans les DOM, des programmes locaux de développement de bio-indicateurs ont été entrepris à partir de 2008 sous la maîtrise d’ouvrage principale des gestionnaires locaux des hydrosystèmes (Offices de l’Eau et DEALs), avec des participations financières complémentaires émanant, selon le cas, du niveau national (Ministère de l’Outre-Mer, ONEMA), de l’Union Européenne (FEDER) et d’une part de financement propre souvent apportée par les équipes participant à la réalisation concrète des programmes. Dans ce cadre, le consortium Asconit-Irstea a pris en charge, entre 2008 et 2013, la réalisation de programmes de mise au point de nouveaux indices diatomiques des cours d’eau à la Réunion et aux Antilles et autofinancé, selon le cas, de 25 à 30 %.du coût total de chacun des projets. Les démarches Réunion et Antilles ont suivi des cheminements méthodologiques relativement parallèles et comparables sur le plan de la démarche biomathématique mise en oeuvre. A partir des données taxonomiques et abiotiques obtenues dans le cadre de 7 à 8 campagnes d’échantillonnage de terrain, des référentiels conséquents, atteignant au final 345 doublets de données exploitables à la Réunion et 607 aux Antilles, ont pu être constitués et faire l’objet de diverses analyses biomathématiques de données. Celles-ci se sont organisées en 5 étapes spécifiques d’investigation : 1) une biotypologie visant, à partir de la composition des assemblages, à repérer leur structuration sous les forçages naturels et sous l’emprise des pressions anthropiques ; 2) Une phase d’analyse exploratoire des données abiotiques (ACP complète ) visant à repérer l’organisation des données et les gradients principaux rencontrés au niveau physico-chimie et chimie de l’eau ; 3) Une analyse canonique des correspondances (ACC complète) visant à repérer la co-structuration des données générales d’environnement et des assemblages floristiques ; 4) une analyse canonique des correspondance restreinte, selon le cas, à 9 ou 10 variables physico-chimiques fortement influencées par les activités anthropiques (ACC restreinte), qui a permis de formaliser un gradient composite multimétrique d’anthropisation (GCMA) assis à la fois sur les données abiotiques et sur la matrice de réponse des assemblages diatomiques ; 5) le calcul du profil de qualité des espèces intervenant dans le calcul des futurs indices diatomiques, après seuillage sur un double critère d’occurrence et d’abondance relative minimale dans au moins un relevé, suivi de la formulation de l’indice. Il a ainsi été mis au point 2 versions successives d’IDR (Réunion) et d’IDA (Antilles) permettant au final de tirer parti de l’ensemble des données devenues mobilisables sur ces DOM à la fin 2013 et de remédier aux défauts de jeunesse diagnostiqués sur leur première version. Ces indices fonctionnent sur un principe général de repérage de taxons d’alerte, qui contribuent à la dégradation de la note d’indice avec un poids différent selon la catégorie à laquelle ils appartiennent. Un système d’évaluation propre à chaque DOM a ensuite été élaboré, conduisant à la proposition d’une grille spécifique d’évaluation, exprimée en EQRs, par grand ensemble naturel de chacun de ces DOM (2 grands ensembles naturels à la Réunion, 2 pour les Antilles regroupées). Ces grilles sont utilisables au relevé et devront faire l’objet d’une adaptation spécifique pour une agrégation temporelle au site. Elles ont été intégrées à un projet de nouvel Arrêté d’Evaluation dont la parution est prévue début 2015.

Starting from mannitol diacetonide, a simple, high yield preparation of the title compounds is described.

A range of analogues of the natural germination stimulant, strigol, for parasitic weeds of the genera Striga and Orobanche, has been prepared. Most of the products contain an α-formyl-γ-lactone (or α-formyl-γ-lactam) grouping attached through an enol-ether linkage to the 5-position of a but-2-enolide. Some have shown sufficiently high activities as to warrant large-scale field trials.