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Coastal wetlands are characterized by high biodiversity, which is one of the main criteria considered when establishing protection policies or when proposing adequate management actions. In this study, the crustacean and aquatic insect composition of the Empord`a wetlands is described. These two faunal groups contribute highly to the total biodiversity in these wetlands but are seldom considered when managing natural areas. A selection (84 sampling points) of all water body types present in the Empord`a wetlands were sampled monthly (surber and dip net with a 250 μm mesh). Sampling was carried out during 3 surveys (1991-92, 1996-97 and 1999-2000). A rich fauna of 125 crustacean and 295 aquatic insect taxa was identified. We characterized each water body type using the most abundant species and the relative species richness of the taxonomic groups. A classification of the water body types, according to similarity between inventories, groups the brackish and hyperhaline systems in one cluster and the various freshwater systems in another one. Among freshwater systems, lotic waters and freshwater wetlands have a high similarity, whereas rice fields and freshwater springs have a low similarity Los humedales costeros se caracterizan por una alta biodiversidad, que es uno de los principales criterios considerados alestablecer políticas de protección o al proponer acciones de gestión adecuada. En este estudio se describe la composición de crustáceos e insectos acuáticos de los aiguamolls del Empordà. Estos dos grupos faunísticos contribuyen de forma importante al total de la biodiversidad en los humedales, pero raramente se tienen en consideración al gestionar las áreas naturales. Se muestreó mensualmente una selección (84 puntos de muestreo) de todas las tipologías de masas de agua presentes en los aiguamolls de l’Empordà mediante redes surber y salabres de poro de malla de 250 μm. El muestreo se llevó a cabo durante tres campañas (1991-92, 1996-97 y 1999-2000). Se identificó una riqueza faunística de 125 taxones de crustáceos y 295 taxones de insectos acuáticos. Cada tipología de masa de agua se caracterizó utilizando las especies más abundantes y la riqueza específica de los grupos faunísticos. La clasificación de las tipologías de masas de agua, según la similaridad entre inventarios faunísticos, agrupó los sistemas salobres y hiperhalinos en un grupo. Entre los sistemas de agua dulce, los sistemas lóticos y los humedales de agua dulce presentaron una alta similaridad, mientras que los arrozales y las surgencias de agua dulce mostraron una baja similaridad