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Les communautés de petits vertébrés du dernier Interglaciaire sont rares en Europe du Nord-Ouest. Le site de Waziers, qui bénéficie d’un cadre chrono-stratigraphique solide, permet d’enrichir nos connaissances sur les dynamiques fauniques et climatiques dans le Nord de la France. Le cortège de petits vertébrés est composé de restes d’oiseaux, de rongeurs, d’herpétofaune et de poissons. Les niveaux de l’US-4, antérieurs à l’Eemien, sont caractérisés par la présence de Lasiopodomys gregalis (Campagnol des hauteurs) et Lagurus lagurus (Lemming des steppes) qui sont associés à des environnements froids et ouverts. L’US-5, qui correspond à l’Eemien, est caractérisée par une diversité élevée d’espèces d’Anatidae et par la présence de Microtus arvalis/agrestis (Campagnol des champs/agreste), de Clethrionomys glareolus (Campagnol roussâtre), d’Emys orbicularis (Cistude d’Europe) ainsi que de repré- sentants des genres Salamandra (Salamandre) et Rana (groupe des grenouilles rousses). Ces différents taxons renvoient l’image d’un environnement de zone humide avec un climat potentiellement plus chaud que l’actuel. L’origine des restes de petits vertébrés de Waziers apparait mixte, avec une action au moins partielle de rapaces et/ou de carnivores pour une partie de l’assemblage (notam- ment amphibiens et oiseaux) et possiblement des individus morts naturellement in situ. Small vertebrate communities from the Last Interglacial are rare in Northwestern Europe. The Waziers site, which has a solid chrono-stratigraphic framework, allows us to enrich our knowledge of faunal and climatic dynamics in Northern France. The small vertebrate assemblage is composed of bird remains, rodents, herpetofauna and fish. The levels of SU 4, which predate the Eemian, are characterised by the presence of Lasiopodomys gregalis (Narrow-headed vole) and Lagurus lagurus (Steppe Lemming) which are associated to cold and open environments. SU 5, which corresponds to the Eemian, is characterised by a diversity of Anatidae species, by the presence of Microtus arvalis/agrestis (Short-tailed field/common vole), Clethrionomys glareolus (Bank vole), Emys orbicularis (European pond terrapin) as well as the presence of the genera Salamandra and Rana. These different taxa give the image of a wetland environment with a potentially warmer climate than the present one. The origin of the small vertebrate remains from Waziers appears to be diverse, with with at least partial action of raptors and/or carnivores for part of the assemblage (notably amphibians and birds) and possibly individuals that died naturally in situ.

L'anesthésie générale est associée à une altération significative de la thermorégulation normale. L'augmentation de température cutanée avec pré-réchauffement réduit la redistribution durant l'anesthésie. Les principaux objectifs étaient: 1) étudier l'efficacité de stratégies de pré-réchauffement pendant l'anesthésie; 2) comparer l'efficacité du réchauffement actif au réchauffement passif et 3) évaluer l'efficacité du pré-réchauffement pour prévenir l'hypothermie après prémédication intramusculaire. Dans une étude prospective, croisée de 17 rats adultes, trois stratégies de préchauffage ont été évaluées : PW1% (augmentation température de 1%), PW40 (augmentation à 40°C) et NW (pas de réchauffement). Le pré-réchauffement a efficacement retardé l'atteinte du seuil d’hypothermie (7.1 minutes pour le groupe NW vs 12.4 minutes et 19.3 minutes pour PW1% et PW40, respectivement). Ces temps étaient significativement différents entre groupes: PW1% vs PW40 (p = 0.0044 (95% CI -12 à -2.2), PW40 vs NW (p < 0.0001 (95%CI 8.1 à 16.0) et PW1% vs NW (p = 0.003, 95%CI 1.8 à 8.7). Dans une étude prospective, randomisée, croisée et expérimentale sur 8 rats, le réchauffement actif (coussin chauffant) a été comparé au réchauffement passif (couverture) après pré-réchauffement (augmentation température centrale de 1%). La température a été maintenue plus adéquatement dans le groupe actif pendant (P = 0,008 [95%CI 3,2 à 20,4]) et après l'anesthésie (P = 0,002 [95%CI 4,2 à 17,7]). Dans une étude prospective, randomisée, croisée, une sédation intramusculaire (kétamine-midazolam-hydromorphone) a été administrée à 8 rats suivi d’une période de 14 minutes en cage non chauffée ou boîte chauffée. Une période d’anesthésie de 30 minutes avec soutien thermique a suivi. Au début du réveil, les rats chauffés avaient une température plus élevée (2/8 rats hypothermiques vs 6/8 rats non chauffés (P < 0.0001)), General anesthesia is associated with a significant alteration of normal thermoregulation. Increasing skin temperature with pre-warming reduces heat redistribution during anesthesia. The main objectives were: 1) to study the effectiveness of prewarming strategies during anesthesia; 2) to compare the effectiveness of active versus passive warming; and 3) to evaluate the effectiveness of prewarming in preventing hypothermia after intramuscular premedication. In a prospective, crossover study of 17 adult rats, three prewarming strategies were evaluated: PW1% (1% temperature increase), PW40 (increase to 40°C), and NW (no warming). Pre-warming effectively delayed reaching hypothermia threshold (7.1 minutes for the NW group, compared to 12.4 minutes and 19.3 minutes for the PW1% and PW40 groups, respectively). These times were significantly different between groups: PW1% vs PW40 (p = 0.0044 (95%CI -12 to -2.2), PW40 vs NW (p < 0.0001 (95%CI 8.1 to 16.0) and PW1% vs NW (p = 0.003, 95%CI 1.8 to 8.7). In a prospective, randomized, crossover, experimental study of 8 rats, active warming (heating pad) was compared with passive warming (blanket) after pre-warming (1% core temperature increase). Temperature was more adequately maintained in the active group during (P = 0.008 [95%CI 3.2 to 20.4]) and after anesthesia (P = 0.002 [95%CI 4.2 to 17.7]). In a prospective, randomized, crossover study, intramuscular sedation (ketamine-midazolam-hydromorphone) was administered to 8 rats followed by a 14-minute period in an unheated cage or heated box. A 30-minute period of anesthesia with thermal support followed. At the onset of awakening, heated rats had a higher temperature (2/8 hypothermic rats vs 6/8 unheated rats (P < 0.0001))

Understanding developmental mechanisms in evolution is crucial to apprehend the diversification of organismal forms. In mammals, changes occur during all development phases (prenatal and postnatal). Postnatal growth plays an essential role in the acquisition of the adult shape. During this period, the craniofacial complex undergoes many changes in functional constraint forcing the different tissue to accommodate while adjusting, along the growth and at the adult stage, to a certain level of functional performance. These different developmental interactions respond to several influencing factors such as molecular, genetic and cellular processes but also the environment. The latter will play on these interactions, but in different ways between the prenatal and postnatal phases, as gestational environment and environment at birth are different. For testing the interactions between the developing organism and its environment and the potential evolutionary consequences, Rodentia is a good example of broad diversity in all aspects (wide variety of forms, in diets, behavior and ecology) and thus a study group of choice. It is a very diverse and disparate mammal order, in which changes can be observed on a large scale. In addition, it includes model organisms that can be easily reared in laboratory following a precise experimental configuration to test the effects of diverse sources of variation. The craniofacial complex is a highly integrated structure, architecturally complex, as it is composed of many skeletal elements, and functionally, as it is involved in various tasks essential to the organism. At the same time, and somewhat paradoxically, this unit is highly scalable and presents a great diversity of forms. The basis of craniofacial shape variation and its control are as much, related to the additive effects of genes as to their epigenetic and context-specific interactions during development. These epigenetic interactions during growth will respond to mechanical and other stimuli between the ossification centers, the tissues and organs making up the head. In particular, these interactions control the spatialization and intensity of bone remodeling in response to other tissue strain. They will thus compensate and coordinate the growth of the different tissues and organs in order to acquire and/or maintain certain functions, such as the occlusion between the upper and lower jaws. These epigenetic interactions are thus essential to the normal development of the skeleton in general and the skull in particular. By responding to changes in forces and movements, they will be a potential driver of microevolutionary changes (and thus macroevolutionary changes) at the morphological level favoring adaptive directions of variation and generating new functional covariations between traits. Despite this central role, the importance of these interactions in the expression of inter-specific differences and in the longer term in the dynamics of clades remains poorly understood. Analysis of the tempo of adult disparity acquisition during ontogeny is a key element in understanding the differential filling of the shape space by clades. This project aimed I) at studying the establishment of craniofacial disparity in rodents during development on a macroevolutionary scale and then on a finer taxonomic scale; and II) at estimating the importance of the epigenetic processes during this postnatal growth., La compréhension des mécanismes de développement dans l’évolution est cruciale pour appréhender la diversification des organismes. Chez les mammifères, des changements se produisent tout au long du développement (prénatal et postnatal). La croissance postnatale joue un rôle essentiel dans l’acquisition de la forme adulte. Durant cette période, le complexe craniofacial subit de nombreux changements de contraintes fonctionnelles obligeant les différents tissus à s’adapter tout en s’ajustant, tout au long de la croissance et au stade adulte, à un certain niveau de performance fonctionnelle. Ces différentes interactions développementales répondent à plusieurs facteurs forçants tels que les processus moléculaires, génétiques et cellulaires mais aussi l’environnement. Ce dernier va jouer sur ces interactions, mais de manière différente entre les phases prénatale et postnatale, car l’environnement gestationnel et l’environnement à la naissance sont différents. Pour tester les interactions entre l’organisme en développement et son environnement et les conséquences potentielles sur l’évolution, les Rodentia constituent un bon exemple de grande diversité à tous égards (grande variété de formes, de régimes alimentaires, de comportements et d’écologie) et donc un groupe d’étude de choix. Il s’agit d’un ordre de mammifères très diversifié et disparate, dans lequel des changements peuvent être observés à grande échelle. En outre, ce groupe comprend plusieurs organismes modèles qui peuvent être facilement élevés en laboratoire, afin de tester les effets de diverses sources de variation grâce à des protocoles expérimentaux précis. Le complexe craniofacial est une structure hautement intégrée, complexe sur le plan architectural, car il est composé de nombreux éléments squelettiques, et sur le plan fonctionnel, car il participe à diverses tâches essentielles pour l’organisme. En même temps, et de façon quelque peu paradoxale, cet ensemble est très évolvable et présente une grande diversité de formes. La base de la variation de la forme craniofaciale et son contrôle sont autant liés aux effets additifs des gènes qu’à leurs interactions épigénétiques et contextuelles au cours du développement. Ces interactions épigénétiques pendant la croissance vont répondre aux stimuli mécaniques et autres, entre les centres d’ossification, les tissus et les organes qui composent la tête. En particulier, ces interactions contrôlent la spatialisation et l’intensité du remodelage osseux en réponse aux contraintes subies par les autres tissus. Elles vont ainsi compenser et coordonner la croissance des différents tissus et organes afin d’acquérir et/ou de maintenir certaines fonctions, comme l’occlusion entre les mâchoires supérieure et inférieure. Ces interactions épigénétiques sont donc essentielles au développement normal du squelette en général et du crâne en particulier. En répondant aux changements de forces et de mouvements, elles seront un moteur potentiel de changements microévolutifs (et donc macroévolutifs) au niveau morphologique favorisant des directions adaptatives de variation et générant de nouvelles covariations fonctionnelles entre les traits. Malgré ce rôle central, l’importance de ces interactions dans l’expression des différences interspécifiques et à plus long terme dans la dynamique des clades reste mal comprise. L’analyse du rythme d’acquisition de la disparité chez l’adulte au cours de l’ontogenèse est un élément clé pour comprendre le remplissage différentiel de l’espace des formes par les clades. Ce projet a visé à étudier I) la mise en place de la disparité craniofaciale chez les rongeurs au cours du développement à échelle macroévolutive, puis à une échelle taxonomique plus fine ; et II) d’évaluer l’importance des processus épigénétiques lors de cette croissance postnatale.

Introduced rodents cause major effects on insular local flora and fauna. The presence of black rats (Rattus rattus) on Berlenga Island can be a threat to endemic and native species, especially for plants. Understanding the trophic position of black rats is essential for management efforts and conservation actions. With this purpose, we studied the feeding preferences and food selection of black rats during winter and spring, when food resources are higher. Diet was accessed by analyzing the stomach and intestinal contents of 23 black rats, and plant availability estimated through sampling 561 plots of 2×2m. Black rats diet is mainly composed of plants (94.1%), with 13 species identified. The remaining 5.9% was composed by invertebrates, with 7 distinct groups. All preyed plants were native, but no endemic species were found in stomach contents. Seeds were the main food item, possibly affecting the plant community by both its predation and dispersion. Evidences of bird predation were found. Remains of feathers were present in ~ 22% of the analyzed stomachs. We verified that black rats are not entirely generalists but intermediate selective consumers, and the high availability of a food source is not the only factor for prey selection., Les rongeurs introduits ont un impact fort sur la faune et la flore locales insulaires. La présence de rats noirs (Rattus rattus) sur l’île de Berlenga peut constituer une menace pour les espèces endémiques et indigènes, en particulier pour la flore. Comprendre la position trophique des rats noirs est essentiel pour engager les efforts de gestion et les actions de conservation des écosystèmes. Dans ce but, nous avons étudié leurs préférences et la sélection de proies par les rats noirs en hiver et au printemps, lorsque les ressources alimentaires sont les plus abondantes. Le régime alimentaire a été étudié en analysant les contenus stomacaux et intestinaux de 23 rats noirs. La détermination de la disponibilité floristique via l’étude de 561 parcelles de 2 × 2 m a également été réalisée. Le régime des rats noirs est principalement composé de plantes (94,1 % / 13 espèces identifiées). Les 5,9 % restants sont composés d’invertébrés de 7 groupes distincts. La totalité des plantes consommées sont indigènes, mais aucune espèce endémique n’a été retrouvée dans les contenus stomacaux. Les graines constituent la majeure partie du bol alimentaire. Cette diète spécifique peut affecter la flore dans son ensemble, à la fois par prédation et dispersion. Des preuves de prédation d’oiseaux ont été trouvées. Des restes de plumes sont présents dans 22 % des estomacs analysés. L’étude montre que les rats noirs ne sont pas totalement des généralistes mais des consommateurs intermédiaires sélectifs et que la grande disponibilité d’une source d’alimentation n’est pas le seul facteur de sélection des proies., Nascimento Tania, Oliveira Nuno, Fagundes Ana Isabel, Tejada-Baena Carlos, Luís Antonio. Diet selection of introduced black ratsRattus rattus L. in relation to plant availability on Berlenga Island, Portugal / Préférence alimentaire des rats noirs introduits Rattus rattus L. en relation avec la disponibilité de la flore sur l’île de Berlenga, Portugal. In: Ecologia mediterranea, tome 45 n°1, 2019. pp. 15-29.

In most tetrapods, the nasal cavity houses a bony or a cartilaginous system (i.e. turbinals or turbinates) supporting epithelium and sensory organs involved in either olfaction or heat and moisture conservation. Among extant tetrapods, mammals have on average, the largest turbinals to skull length ratio. Despite some studies in primates, Carnivora, bats, lagomorphs as well asrodents, our understanding of the selective pressures affecting turbinals remains imprecise.This PhD aims to unravel the evolutionary processes responsible for the large anatomical and morphological variations of turbinals among mammals. In the course of our work we acquired an extensive dataset of three-dimensional micro-computed tomography scans (micro-CT) in rodents and other small terrestrial mammals. We were then able to statistically test hypotheses linking turbinal morphology to ecology (e.g. diet or ecotype) and evolutionary patterns such asconvergence or evolutionary trade-off (e.g. conflict for space in the nasal cavity between different organs).The present dissertation provides a non-exhaustive review of the olfaction. In the light of our works, we discussed the methodological and conceptual limits of the field. Indeed, olfaction is a complex function relying on multifactorial processes, under various selective pressures. Olfaction may be tackled by resorting to different approaches (e.g. morphology, histology, genomics) and anatomical proxies (e.g. turbinals, olfactory bulb, vomeronasal organ). In thiscontext, our ongoing projects try to refine current functional hypotheses in studying covariation in olfactory-related organs using different anatomical proxies, immunohistochemistry, and transcriptomic.; La plupart des tétrapodes actuels, possède dans leur cavité nasale, des rouleaux osseux que l'on appelle les turbines (= turbinaux). Parmi eux, les mammifères ont en moyenne les turbines les plus développées et, qui sont généralement divisées en deux catégories : les turbines respiratoires et olfactives. Les turbines respiratoires participent à la conservation de la chaleur et de l'humidité alors que les turbines olfactives interviennent dans les processus de détection des odeurs. Malgré quelques études chez les primates, Carnivora, chauves-souris, lagomorphes ainsi que chez les rongeurs, notre compréhension globale des pressions de sélection affectant les turbines reste incomplète. Cette thèse avait pour objectif de caractériser les facteurs évolutifs expliquant la grande diversité anatomique, morphologique mais également de taille et de complexité des turbines. A l’aide d’une technologie d’imagerie non destructive, la tomographie à rayons X (= micro-CT), nous avons généré un jeu de données sans précédent sur les turbines de rongeurs et les petits mammifères terrestres. Ainsi, nous avons pu tester statistiquement des hypothèses évolutives en lien avec l'écologie (p. ex. régime alimentaire ou milieu de vie), la convergence (= acquisition indépendante d’un caractère dans des lignées non directement apparentées) ou les compromis évolutifs (p. ex. conflits entre deux structures anatomiques pour l’espace dans la cavité nasale).Ce manuscrit de thèse, tente de réaliser une révision non exhaustive sur l’état du domaine de l’étude de l’olfaction et aborde brièvement la question de la conservation et de l’humidité. A la lumière de nos travaux, nous discutons des limites méthodologiques et conceptuelles de ces domaines d’étude ainsi que les difficultés liées à l’étude de l’olfaction. En effet, l’olfaction peut être abordée par différentes approches méthodologiques (p. ex. morphologie, histologie, génomique) et via différents proxies anatomiques (p. ex. turbines, bulbe olfactif, organe voméronasal). Dans ce contexte, nous avons entrepris des travaux intégratifs allant de l’étude de différents organes olfactifs à l’immuno-histochimie et en passant par la transcriptomique.

Western Asia is the westernmost subregion of Asia and constitute an important enclave of passage between Africa, Asia and Europe. In this region, during the last decade, the small vertebrate studies are increasing, mainly for their interest as a useful tool for palaeoenvironmental and palaeoclimatic reconstructions, however most of them propose preliminary taxa list, due to the lack of osteological referential and the limited knowledge of molar characters.Taking into account this background, the main objective of this PhD thesis is to reconstruct the past environmental and climatic conditions using rodents assemblages in western Asia, focusing in the archaeological sites of Azokh 1 Cave and Kaldar Cave. In parallel to this work, barn owl pellets from Birecik region have been analyzed in order to obtain a better knowledge of rodent species. The correct identification of rodents was the main aim of this work, for that we used the literature and references collection. However, for some genus, as Ellobius, it was not enough that is the reason because we applied the Geometric Morphometric method analyzing the morphological and morphometric characters.Then, a preliminary taphonomic study and also the Habitat weighting and the Bioclimatic model have been applied to the fossil rodent assemblage. Last both, in order to test the potential of these methods for the environmental and climatic reconstructions. Showing that our results validated both methodologies for further archaeological studies in this region.Besides, the palaeoclimatic and paleoenvironmental results obtained from Azokh 1 Middle to Late Pleistocene layers, indicate that climate was relatively warm-temperate and an environment mainly composed of shrubland and steppe. No major changes have been observed between the studied layers, indicating favourable conditions for human populations.Moreover, palaeoecological analysis performed in Kaldar Cave revealed lower temperatures and lower precipitation than present-day conditions for the Late Pleistocene, indicating that hominin population lived in an environment mainly composed of dry steppes with patches of forested areas.Summarizing, the different methodologies used allow us to improve the taxonomic identifications, identify the predators at the origins of the assemblages and to recover important paleoenvironmental and palaeoclimatic information in western Asia, especially in the Zagros mountains of Iran and the Caucasus region. Also, regarding the paleobiogeography of our rodent identified species, which are mainly composed by taxa of Asiatic origin, indicating that probably the Zagros and Caucasus mountains acted as a barrier for small mammals coming from Africa., Au Quaternaire, l'Asie occidentale constitue une importante zone de passage entre l'Afrique, l'Asie et l'Europe. Afin de reconstruire les conditions paleoenvironnementales de cette région, nous avons étudié les rongeurs pléistocènes des sites archéologiques d'Azokh 1 (montagnes du Caucase) et de Kaldar (montagnes du Zagros) ainsi que des pelotes modernes de chouette effraie de Birecik (bord sud du Zagros). Nous avons défini des caractères crânio-dentaires diagnostiques des espèces à partir de la littérature et de collections de référence. Pour certains genres, comme Ellobius, nous avons dû préciser les caractères dentaires à l’aide d’une analyse de Morphométrie géométrique. La synthèse des données taxonomiques, taphonomiques et des reconstitutions environnementales montre que les faunes de rongeurs de cette période sont principalement composées de taxons d'origine asiatique et que les chaînes du Zagros et du Caucase sont une barrière pour les petits mammifères provenant d'Afrique.

The generation of genetically modified animals has made possible to achieve great scientific advances in several fields. In 2006 we set up a Technological Unit at Institut Pasteur of Montevideo capable of conducting our own research program and provide researchers of Uruguay and the region with genetically modified mouse models. In 2014, we implemented the CRISPR/ Cas9 system, which allowed us to broaden the scope of our activity and develop other projects involving mice and sheep, thus positioning this laboratory as a reference technological platform in South America. The legislation on Genetically Modified Organisms (GMOs) in several South American countries only considers modifications involving the addition of exogenous DNA, while legislation for genome editing involves a more appropriate regulation for this technology. This situation provides a regional advantage favoring the rapid development of genetically edited models including large animal species., La création d'animaux génétiquement modifiés a permis de réaliser de grandes avancées scientifiques dans des domaines variés. En 2006 nous avons mis en place à l'Institut Pasteur de Montevideo une Unité Technologique capable de conduire un programme de recherche propre et de fournir aux chercheurs d’Uruguay et de la région des modèles de souris génétiquement modifiés. En 2014, nous avons mis en oeuvre le système CRISPR/-Cas9, ce qui nous a permis d'élargir le cadre de notre activité et de développer d'autres projets impliquant la souris et le mouton, nous positionnant ainsi comme plateforme technologique de référence en Amérique du Sud. La législation relative aux Organismes Génétiquement Modifiés (OGMs) dans plusieurs pays d’Amérique du Sud ne prend en compte que les modifications comportant l'addition d'ADN exogène et en exclut donc l’édition génomique. Cette situation procure un avantage régional favorisant le développement rapide de modèles génétiquement éditées y compris dans des espèces animales de rentes., Crispo Martina, Menchaca Alejo, Schlapp Geraldine, Meikle María Noel. Génération d’animaux génétiquement modifiés en Amérique du Sud. In: Bulletin de l'Académie Vétérinaire de France tome 174, 2021. pp. 199-204.

Tinnitus is an auditory phantom sensation (crackling, humming, whistling) experienced in absence of an external stimulus. This disorder is present in more than 10% (12-30%) of the adult population worldwide. The prevalence of tinnitus shows a worrying growth curve. The new lifestyles of developed and emerging countries (exposure to noise, urbanization, etc.) accelerate this trend and turn it a major public health problem. Over the recent years magnetic resonance possibilities has been more and more explored with various MRI (Magnetic Resonance Imaging) technics utilization. MRI methods can use contrast agents as Manganese Chloride (MEMRI) or Sodium (23Na MRI). These two contrast agents enable to obtain quantitative data concerning neuronal functioning.First, we developed an innovative quantitative method based on the transverse relaxation rates (R2). The aim of this tool is to detect precisely the accumulation of paramagnetic ion Mn2+ accumulated in active neurons through voltage-gated calcium channels. The direct measure of the NMR signal in specific regions of the brain allows to determine the percentage change of R2 between auditory areas of interest versus nonauditory regions. We observed higher Mn2+ uptake in the inferior colliculus and the cochlear nucleus on the ipsilateral and contralateral side with salicylate induced tinnitus group. Then, we compared the ∆R2/R2 quantification with some other standard MEMRI analysis methods, namely the signal-to-noise ratio (SNR) and the signal intensity ratio (SIR). The ∆R2/R2 method is the only technique showing statistically significant results in inferior colliculus and cochlear nuclei bilaterally.Second, we developed a new MRI method based on sodium ion (23Na MRI). Sodium plays an important role in metabolism and therefore is of great place in clinical applications (tumors, stroke, multiples sclerosis and muscular disease). Preliminary results revealed a potential increase in the volume of extracellular space in the inferior colliculus in tinnitus animal model. However, this increase in extracellular space does not appear to be specific to the auditory system in presence of sodium salicylate.; Les acouphènes sont caractérisés comme étant des sons "parasites" (crépitement, bourdonnement, sifflement) provoqués en absence de stimulus externes. Ce trouble est présent dans plus de 10% (12 à 30%) de la population adulte dans le monde. La prévalence des acouphènes montre une courbe de croissance inquiétante. Les nouveaux modes de vie des pays développés et émergents (exposition au bruit, urbanisation, ect) accélèrent cette tendance et en fait un problème de santé publique majeur. La détermination de marqueurs physiologiques des acouphènes chez l'homme et chez l'animal reste un défi pour la communauté scientifique. L’objectif principal pour les chercheurs étudiant les acouphènes est de pouvoir fournir une mesure objective afin de quantifier les caractéristiques acoustiques/perceptives des acouphènes. Au cours des dernières années, les possibilités apportées par la résonance magnétique sont de plus en plus exploitées avec l’utilisation d’une variété de techniques IRM (Imagerie par Résonance Magnétique). De plus, des améliorations techniques et méthodologiques innovantes chez l’animal ont été apportées, notamment par l'utilisation de nouveaux agents de contraste à base de chlorure de manganèse (MEMRI) ou le sodium (23NaMRI).Dans cette étude, nous avons développé une méthode d’analyse quantitative innovante basée sur le taux de relaxation transverse (R2). Le but de cette méthode est de détecter précisément l'accumulation d'ions paramagnétiques Mn2+ accumulés dans les neurones actifs principalement au travers des canaux calciques voltage-dépendants. La mesure directe du signal RMN dans des régions spécifiques du cerveau permet de déterminer le pourcentage de changement de R2 entre les zones auditives d'intérêt par rapport aux régions non auditives. Nous avons démontré une absorption de Mn2+ nettement plus élevée dans le colliculus inférieur et le noyau cochléaire du côté ipsilatéral et controlatéral chez le groupe de rat traité au salicylate de sodium. Nous avons ensuite comparé la méthode ∆R2/R2 aux méthodes d’analyse MEMRI « standards », à savoir le rapport signal sur bruit (SNR) et le rapport d'intensité du signal (SIR). La méthode de ∆R2/R2 est la seule technique à avoir révélé des résultats statistiquement significatifs dans les colliculus inférieurs et les noyaux cochléaires de manière bilatérale.Puis, dans un second temps, nous avons développé une méthode d’analyse basée sur l’ion sodium (23Na IRM) sur un modèle animal induisant des acoupènes. Le sodium joue un rôle important dans le métabolisme et occupe donc une place importante dans les applications cliniques (tumeurs, accidents vasculaires cérébraux, et certaines maladies neurodégénératives). Les résultats préliminaires obtenus ont montré une potentielle augmentation du volume de l’espace extracellulaire dans les colliculus inférieurs chez le rat, en présence d’acouphènes. Néanmoins, cette augmentation du volume extracellulaire ne semble pas spécifique au système auditif en présence de salicylate de sodium.

Since its emergence in the 1980s, genomics has revolutionised many areas of the study of life. In particular, by providing vast data sets, it has enabled researchers to choose the molecular markers best suited to answer their biological question. During my thesis work, I studied the properties of two large groups of genes for comparative genomic analyses: orthologous genes (originating from a speciation event) and paralogous genes (sequences duplicated following a chromosomal event in a species). By constructing and analysing data sets at the rodent order scale, I have contributed to improving our knowledge of the relationships of rodents species related to mice, squirrels and chinchillas. In addition, I have applied myself to showing the impact of different molecular evolutionary characteristics of markers (e.g. evolutionary rates and nucleotide content) on phylogenetic reconstruction analyses. Finally, the study of the large family of olfactory receptor genes (about 1000 genes per species) has made it possible to demonstrate adaptations to the different lifestyles and diets found in these animals. In particular, burrowing species such as the different clades of mole rats (Bathyergidae and Spalacidae families) present a specific signature, found in a convergent manner in taxa that are phylogenetically distant.; Depuis son émergence dans les années 1980, la génomique a révolutionné de nombreux domaines de l'étude du vivant. En fournissant de vastes jeux de données, elle a notamment donné la possibilité aux chercheurs de choisir les marqueurs moléculaires les plus adaptés pour répondre à leur question biologique. Au cours de mes travaux de thèse, j’ai étudié les propriétés de deux grands groupes de gènes pour les analyses de génomique comparative : les gènes orthologues (descendant d’un évènement de spéciation) et les gènes paralogues (séquences dupliquées à la suite d’un évènement chromosomique chez une espèce). En construisant et analysant des jeux de données à l’échelle de l’ordre des rongeurs, j’ai contribué à améliorer notre connaissance des liens de parenté entre les différents groupes d’espèces apparentées aux souris, aux écureuils et aux chinchillas. De plus, je me suis appliqué à montrer l’impact des différentes caractéristiques d’évolution moléculaire des marqueurs (vitesses d’évolution et contenu en nucléotides par exemple) sur les analyses de reconstruction phylogénétique. Enfin, l’étude de la grande famille de gènes des récepteurs olfactifs (environ 1000 gènes par espèce) a permis de démontrer des adaptations aux différents styles de vie et régimes alimentaires trouvés chez ces animaux. En particulier, les espèces fouisseuses comme les différents clades de rats- taupes appartenant aux familles Bathyeridae et Spalacidae présentent une signature spécifique, retrouvée de manière convergente chez des taxons pourtant éloignés phylogénétiquement.

International audience; Among mammals, rodents play a key role in the emergence of viral diseases. In French Guiana, with 36 rodent species recorded in various ecosystems (pristine forests, savannas, anthropized environments), some natural habitats today encounter anthropogenic perturbations that induce changes in community structure and population dynamics. These modifications are sometimes associated with the circulation and emergence of viral pathogens. For 10 years, investigations on the circulation of two rodent-borne viruses, Hantavirus and Mammarenavirus, are underway in rodent populations as well as in humans for hantavirus. These investigations identified viruses from both genera in their potential reservoirs and allow describing the most favourable habitats for the reservoirs of hantavirus where the risk of viral emergence may be higher. We suggest to investigate how anthropic perturbations in rodent communities can drive the emergence of viruses that are currently confined to a small scale and search for evidence of infection in the human population.; Les rongeurs sont décrits comme des réservoirs privilégiés de nom-breuses zoonoses. Du fait de leur forte abondance, de leur dynamique et, pour plusieurs espèces, de leur capacité à coexister avec les populations humaines, les rongeurs jouent un rôle clé dans le maintien et la transmission de pathogènes. En Guyane, 36 espèces de rongeurs ont été recensées et sont présentes aussi bien en forêt primaire et secondaire qu'en savane et en zones urbaines. Certaines populations de rongeurs font face, aujourd'hui, à des perturbations de leurs habitats, du fait des pressions anthropiques. Ces perturbations engendrent des change-ments dans la dynamique des populations et des communautés pouvant avoir un impact sur la circulation et l'émergence des pathogènes. Nous avons récemment identifié des virus appartenant à deux familles virales, Bunyaviridae et Arenavi-dae, dans leurs réservoirs potentiels ainsi que des hantavirus (Bunyaviridae) chez l'homme. De plus, la caractérisation des habitats les plus favorables des espèces réservoirs d'hantavirus a permis de mettre en évidence les zones à plus fort risque d'émergence. Le rôle des communautés de rongeurs doit maintenant être étudié afin de mieux appréhender les mécanismes d'émergence en milieu amazonien.