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26 results on '"roy pascale"'

1. Power of three multitrait methods for QTL detection in crossbred populations

Author

Le Roy Pascale and Gilbert Hélène

Subjects
multitrait, QTL, sib families, simulations, Animal culture, SF1-1100, Genetics, QH426-470
Abstract

Abstract The multitrait detections of QTL applied to a mixture of full- and half-sib families require specific strategies. Indeed, the number of parameters estimated by the multivariate methods is excessive compared with the size of the population. Thus, only multitrait methods based on a univariate analysis of a linear combination (LC) of the traits can be extensively performed. We compared three strategies to obtain the LC of the traits. Two linear transformations were performed on the overall population. The last one was performed within each half-sib family. Their powers were compared on simulated data depending on the frequency of the two QTL alleles in each of the grand parental populations of an intercross design. The transformations from the whole population did not lead to a large loss of power even though the frequency of the QTL alleles was similar in the two grand parental populations. In these cases, applying the within-sire family transformation improved the detection when the number of progeny per sire was greater than 100.

Published
2004
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2. Comparison of three multitrait methods for QTL detection

Author

Le Roy Pascale and Gilbert Hélène

Subjects
multitrait, QTL, sib families, simulations, Animal culture, SF1-1100, Genetics, QH426-470
Abstract

Abstract A comparison of power and accuracy of estimation of position and QTL effects of three multitrait methods and one single trait method for QTL detection was carried out on simulated data, taking into account the mixture of full and half-sib families. One multitrait method was based on a multivariate function as the penetrance function (MV). The two other multitrait methods were based on univariate analysis of linear combination(s) (LC) of the traits. One was obtained by a principal component analysis (PCA) performed on the phenotypic data. The second was based on a discriminate analysis (DA). It calculates a LC of the traits at each position, maximising the ratio between the genetic and the residual variabilities due to the putative QTL. Due to its number of parameters, MV was less powerful and accurate than the other methods. In general, DA better detected QTL, but it had lower accuracy for the QTL effect estimation when the detection power was low, due to higher bias than the other methods. In this case, PCA was better. Otherwise, PCA was slightly less powerful and accurate than DA. Compared to the single trait method, power can be improved by 30% to 100% with multitrait methods.

Published
2003
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3. Étude du déséquilibre de liaison dans des lignées de poules de types génétiques 'ponte' et 'chair'

Author

Hérault, Frédéric, Varenne, Amandine, Burlot, Thierry, Recoquillay, Julien, Macé, Camille, Fagnoul, Frédéric, Picard Druet, David, Herry, Florian, Allais, Sophie, Le Roy, Pascale, Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] (PEGASE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Novogen, Hubbard SAS, Partenaires INRAE, NOVOGEN, Groupe Grimaud, Hubbard, and AGROCAMPUS OUEST-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)

Subjects
volaille, [SDV.GEN]Life Sciences [q-bio]/Genetics, [SDV.GEN.GA]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Animal genetics, cartographie fine, qtl, [SDV]Life Sciences [q-bio], [INFO]Computer Science [cs], poule, évaluation génomique, génotype, déséquilibre de liaison
Abstract

La structure du déséquilibre de liaison (DL) au sein des populations en sélection impacte fortement la précision obtenue lors des études de cartographie de QTL ou lors de l’évaluation génomique des reproducteurs. Chez les oiseaux, la structure hétérogène du génome nécessite de décrire précisément le DL pour optimiser la sélection. L’utilisation des puces SNP haute densité pour le génotypage des populations de volailles est une opportunité pour approfondir notre connaissance de la structure du DL de ces populations. L’objectif de cette étude est d’acquérir une connaissance haute résolution de la structure du DL au sein de populations de poules de types ponte et chair. Nous avons analysé les génotypes (puce 600 K Affymetrix® Axiom® HD SNP) de 1541 animaux issus de 3 populations. L’étendue et le niveau du DL ont été estimés par le r2 moyen à distance physique donnée entre SNP. Cette étude met en évidence des différences importantes de structure du DL entre lignées et entre chromosomes. L’étendue et le niveau du DL sont plus importants dans les lignées de type ponte ou pour les macro-chromosomes et le chromosome Z. Ce niveau important de DL peut faciliter la détection de QTL sur ces chromosomes, mais peut également compliquer la localisation fine de polymorphismes causaux. A l’inverse, le faible niveau de DL observé sur les micro-chromosomes nécessite l’utilisation d’une forte densité de SNP pour détecter une association avec un phénotype, mais devrait permettre la cartographie fine d’un polymorphisme causal. Ces différences sont à prendre en considération pour définir une stratégie de génotypage économique et efficace pour la cartographie fine de QTL ou l’évaluation génomique., Knowledge of the linkage disequilibrium (LD) pattern is useful in animal genetic studies as it underlies mapping studies and genomic selection. This is all the more important in birds given the heterogeneous structure of the avian karyotype. Recently, the availability of the high density 600 K Affymetrix® Axiom® HD SNP genotyping array allowed to assess an in-depth knowledge of the LD pattern in chicken genome. The aim of the present study was to assess a higher resolution of the LD pattern in chicken genome in layer and broiler lines. In this study, we analyzed genotypes of 1541 animals from layers and broiler commercial populations to characterize their LD pattern. LD was measured by the average r2 value at a given physical distance between SNP. LD extended over a larger region for layer lines than for broiler line. Most differences between lines appeared at small interval distances (< 0.5Mb). LD extent and decay differed considerably between chromosomes categories. Average r2 values were higher for Z chromosome than for macro, intermediates and microchromosomes. The extent of useful LD observed for autosomal chromosomes was at least ten-fold longer for layer lines than for broiler. Finally, this study shed light on high LD for Z chromosome. The differences in LD pattern observed between chromosomes and chicken lines should be taken into account to define an economically efficient genotyping strategy.

Published
2019

4. Statistical properties of interval mapping methods on quantitative trait loci location: impact on QTL/eQTL analyses

Author

Wang Xiaoqiang, Gilbert Hélène, Moreno Carole, Filangi Olivier, Elsen Jean-Michel, and Le Roy Pascale

Subjects
QTL, linkage analysis, QTL location, bias, Genetics, QH426-470
Abstract

Abstract Background Quantitative trait loci (QTL) detection on a huge amount of phenotypes, like eQTL detection on transcriptomic data, can be dramatically impaired by the statistical properties of interval mapping methods. One of these major outcomes is the high number of QTL detected at marker locations. The present study aims at identifying and specifying the sources of this bias, in particular in the case of analysis of data issued from outbred populations. Analytical developments were carried out in a backcross situation in order to specify the bias and to propose an algorithm to control it. The outbred population context was studied through simulated data sets in a wide range of situations. The likelihood ratio test was firstly analyzed under the "one QTL" hypothesis in a backcross population. Designs of sib families were then simulated and analyzed using the QTL Map software. On the basis of the theoretical results in backcross, parameters such as the population size, the density of the genetic map, the QTL effect and the true location of the QTL, were taken into account under the "no QTL" and the "one QTL" hypotheses. A combination of two non parametric tests - the Kolmogorov-Smirnov test and the Mann-Whitney-Wilcoxon test - was used in order to identify the parameters that affected the bias and to specify how much they influenced the estimation of QTL location. Results A theoretical expression of the bias of the estimated QTL location was obtained for a backcross type population. We demonstrated a common source of bias under the "no QTL" and the "one QTL" hypotheses and qualified the possible influence of several parameters. Simulation studies confirmed that the bias exists in outbred populations under both the hypotheses of "no QTL" and "one QTL" on a linkage group. The QTL location was systematically closer to marker locations than expected, particularly in the case of low QTL effect, small population size or low density of markers, i.e. designs with low power. Practical recommendations for experimental designs for QTL detection in outbred populations are given on the basis of this bias quantification. Furthermore, an original algorithm is proposed to adjust the location of a QTL, obtained with interval mapping, which co located with a marker. Conclusions Therefore, one should be attentive when one QTL is mapped at the location of one marker, especially under low power conditions.

Published
2012
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5. Detection of QTL influencing egg production in layers receiving various diets

Author

Romé, Hélène, Varenne, A., Herault, Frédéric, Chapuis, Herve, Alleno, C., Dehais, Patrice, Vignal, Alain, Brulot, T., Le Roy, Pascale, Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Elevage [Rennes] (PEGASE), AGROCAMPUS OUEST-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Novogen, Recherches Avicoles (SRA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Syndicats des sélectionneurs avicoles et aquacoles français (SYSAAF), Zootests, Laboratoire de Génétique Cellulaire (LGC), Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Unité de Recherches Avicoles (URA), Syndicat des Sélectionneurs Avicoles et Aquacoles Français (SYSAAF), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, and World's Poultry Science Association (WPSA). INT.

Subjects
évolution génétique, alimentation animale, qtl, génotypage, [SDV]Life Sciences [q-bio], oeuf, génomique fonctionnelle, food and beverages, poule pondeuse
Abstract

Session 1: Genomics and contemporary resources and methodologies; Egg production in layers is affected by quantitative trait loci (QTL) and by environmental factors, such as the diet composition. The aim of the research was to identify QTL involved in egg production and to estimate interaction effects between QTL and diet. A population of 440 sires was genotyped using a high-density SNP Affimetrix chip (600K). A total of 31,539 crossbred daughters were phenotyped in 3 hatches in collective cages of 12 hens. One half of the birds were fed on a high energy diet (2881 Kcal) and the other half on a low energy diet (2455 Kcal). Egg number per cage was recorded every day from 18 to 75 weeks of age and eggs were collected at two ages, at 50 and 70 weeks, for quality measurements. Two “phenotypes”, one per diet, were calculated for each sire as the mean of his daughters’ phenotypes. Several methods were used to search for QTL involved in egg production and quality traits. The QTL stability according to diet was variable. These results highlight the importance of taking into account genetic x environment interactions in the genetic evaluation of layers.

Published
2013

6. Integrating QTL controlling fatness, lipid metabolites and gene expressions to genetically dissect the adiposity complex trait in a meat chicken cross

Author

Blum, Yuna, Demeure, Olivier, Désert, Colette, Guillou, Hervé, Bertrand-Michel, J, Filangi, Olivier, Le Roy, Pascale, Causeur, David, Lagarrigue, Sandrine, Génétique Animale (GARen), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Ecole Nationale Supérieure Agronomique de Rennes, AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Toxicologie Intégrative & Métabolisme (ToxAlim-TIM), ToxAlim (ToxAlim), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INPT - EI Purpan), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), and Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)

Subjects
QTL, chicken, [SDV]Life Sciences [q-bio], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2011

7. Microsatellite mapping of quantitative trait loci affecting meat quality, stress hormones and production traits in Duroc3Large White F2 pigs

Author

Sanchez, Marie Pierre, Iannuccelli, Nathalie, Basso, Benjamin, Foury, Aline, Billon, Yvon, Gandemer, Gilles, Gilbert, Hélène, Mormède, Pierre, Bidanel, Jean Pierre, Larzul, Catherine, Riquet, Juliette, Milan, Denis, Le Roy, Pascale, Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Laboratoire de Génétique Cellulaire (LGC), Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité de Psychoneuroimmunologie, Nutrition et Génétique (PsyNuGen), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2, Génétique Expérimentale en Productions Animales (GEPA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Services généraux de centre, Génétique Animale (GARen), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST-Ecole Nationale Supérieure Agronomique de Rennes-IFR140, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Services déconcentrés d'appui à la recherche Nouvelle-Aquitaine-Bordeaux (SDAR Nouvelle-Aquitaine-Bordeaux), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Ecole Nationale Supérieure Agronomique de Rennes, and IFR140-Ecole Nationale Supérieure Agronomique de Rennes-AGROCAMPUS OUEST-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)

Subjects
pig, qtl, meat quality, production, stress hormone, [SDV.SA.SPA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences/Animal production studies, food and beverages, Science des productions animales, Animal production studies
Abstract

An F2 cross between Duroc and Large White pigs was carried out in order to detect quantitative trait loci (QTL) for 11 meat quality traits (L*, a* and b* Minolta coordinates and water-holding capacity (WHC) of two ham muscles, ultimate pH of two ham and one loin muscles), 13 production traits (birth weight, average daily gain during post-weaning and fattening periods, carcass fat depths at three locations, estimated lean meat content, carcass length and weights of five carcass cuts) and three stress hormone-level traits (cortisol, adrenaline and noradrenaline). Animals from the three generations of the experimental design (including 456 F2 pigs) were genotyped for 91 microsatellite markers covering all the autosomes. A total of 56 QTL were detected: 49 reached the chromosome-wide level (suggestive QTL with a maximal probability of 0.05) and seven were significant at the genome-wide level (with a probability varying from 631024 to 331023). Twenty suggestive QTL were identified for ultimate pH, colour measurements and WHC on chromosome (SSC) 5, 6, 7, 8, 9, 11, 13, 14, 15 and 17. For production traits, 33 QTL were detected on all autosomes except SSC6, 8 and 9. Seven of these QTL, located on SSC2, 3, 10, 13, 16 and 17, exceeded the genome-wide significance threshold. Finally, three QTL were identified for levels of stress hormones: a QTL for cortisol level on SSC7 in the cortisol-binding globulin gene region, a QTL for adrenaline level on SSC10 and a QTL for noradrenaline level on SSC13. Among all the detected QTL, seven are described for the first time: a QTL for ultimate pH measurement on SSC5, two QTL affecting birth weight on SSC2 and 10, two QTL for growth rate on SSC15 (during fattening) and 17 (during post-weaning) and two QTL affecting the adrenaline and noradrenaline levels. For each QTL, only one to five of the six F1 sires were found to be heterozygous. It means that all QTL are segregating in at least one of the founder populations used in this study. These results suggest that both meat quality and production traits can be improved in purebred Duroc and Large White pigs through markerassisted selection. It is of particular interest for meat quality traits, which are difficult to include in classical selection programmes.

Published
2011
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8. The repercussions of statistical properties of interval mapping methods on eQTL detection

Author

Wang, Xiaoqiang, Elsen, Jean Michel, Gilbert, Hélène, Moreno-Romieux, Carole, Filangi, Olivier, Le Roy, Pascale, Génétique Animale (GARen), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Ecole Nationale Supérieure Agronomique de Rennes, Station d'Amélioration Génétique des Animaux (SAGA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST-Ecole Nationale Supérieure Agronomique de Rennes-IFR140, AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), and IFR140-Ecole Nationale Supérieure Agronomique de Rennes-AGROCAMPUS OUEST-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)

Subjects
INTERVAL MAPPING, MARKERS, QTL, TRANSCRIPTOMIC, [SDV]Life Sciences [q-bio], DETECTION
Abstract

absent

Published
2009

9. Utilisation du transcriptome pour préciser la localisation d'un QTL responsable de la variabilité d'engraissement chez le poulet de chair

Author

Le Mignon, Guillaume, Pitel, Frédérique, Désert, Colette, Leroux, Sophie, Demeure, Olivier, Guernec, Gregory, Douaire, Madeleine, Le Roy, Pascale, Lagarrigue, Sandrine, Génétique Animale (GARen), IFR140-Ecole Nationale Supérieure Agronomique de Rennes-AGROCAMPUS OUEST-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), ITAVI, Laboratoire de Génétique Cellulaire (LGC), Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Génétique et Horticulture (GenHort), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Station commune de Recherches en Ichtyophysiologie, Biodiversité et Environnement (SCRIBE), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-IFR140, ProdInra, Migration, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Ecole Nationale Supérieure Agronomique de Rennes, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), and Martel, Céline

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV.GEN.GA]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Animal genetics, POULET, CHICKENS, QTL, [SDV]Life Sciences [q-bio], ADIPOSITY, TRANSCRIPTOMICS, [SDV.GEN.GA] Life Sciences [q-bio]/Genetics/Animal genetics, TRANSCRIPTOME, ADIPOSITE, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

Alors que de nombreux QTL pour différents caractères ont été cartographiés dans les espèces d'élevage, l'identification des mutations causales reste encore laborieuse. Nous proposons dans cette étude de combiner analyse de liaison et données transcriptomiques pour cartographier plus finement une région QTL de l'engraissement chez le poulet de chair préalablement détecté sur le chromosome 5. Trois stratégies ont été utilisées. Ces trois stratégies permettent d'affiner l'intervalle de localisation de ce QTL initialement de 160-191 cM (7Mb) à 182-185 cM (0,6Mb) en accord avec l'intervalle de localisation de 165-184 cM préalablement détecté dans un dispositif F2 de plus de 1200 individus. Le nombre de gènes candidats localisés dans cet intervalle est maintenant réduit de 118 à 19 gènes. Nos résultats démontrent la faisabilité et l'intérêt de la stratégie de génomique génétique chez les animaux d'élevage.

Published
2009

10. QTL detection and estimation of the epistasis extent for chicken production and resistance to disease traits

Author

Demeure, Olivier, Bacciu, Nicola, CARLBORG, O., BOVENHUIS, H., DE KONING, D.J., LE BIHAN-DUVAL, E., Bed'Hom, Bertrand, Pitel, Frederique, D'ABBADIE, F., Le Roy, Pascale, Pinard Van Der Laan, Marie-Hélène, Génétique Animale (GARen), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Ecole Nationale Supérieure Agronomique de Rennes, Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Laboratoire de Génétique Cellulaire (LGC), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), and Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées

Subjects
CHICKENS, EPISTASIS, QTL, [SDV]Life Sciences [q-bio], poulet
Published
2009

11. QTL detection for chicken production and resistance to disease traits

Author

Demeure, Olivier, Bacciu, Nicola, Carlborg, Örjan, Bovenhuis, H., De Koning, D.J., Duval, Elisabeth, Bed'Hom, Bertrand, Pitel, Frederique, D'Abbadie, F., Le Roy, Pascale, Pinard - Van Der Laan, Marie-Hélène, Génétique Animale (GARen), IFR140-Ecole Nationale Supérieure Agronomique de Rennes-AGROCAMPUS OUEST-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Department of Animal Breeding and Genetics, Swedish University of Agricultural Sciences (SLU), Animal Breeding and Genomics Centre, Wageningen University and Research Centre [Wageningen] (WUR), The Roslin Institute, Recherches Avicoles (SRA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Laboratoire de Génétique Cellulaire (LGC), Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Société SASSO, EADGENE, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST-Ecole Nationale Supérieure Agronomique de Rennes-IFR140, and AgroParisTech-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)

Subjects
coccidiose, épistasie, [SDV]Life Sciences [q-bio], qtl, génome, poulet, détection
Abstract

Recently, approaches targeting the whole genome (genome wide selection, GWS) have expanded. However, using an additive model without possible interaction (epistasis) between loci, in particular between the few QTLs which explain a large part of the genetic variance of the traits, would be likely to reduce the efficiency of this strategy. In chickens, coccidiosis susceptibility is an economically important trait which could make the most of GWS. Therefore, we proposed to search for QTLs affecting coccidiosis susceptibility, to test if the selection of this trait could have an impact on production traits and to estimate the extent of the epistasis for all these traits. QTL detection and epistasis estimation are performed on two INRA experimental crosses (900 and 1200 F2 animals phenotyped for coccidiosis susceptibility and composition traits, respectively) genotyped by 1536 SNPs covering most part of the genome. Our aim is to implement these results for MAS or GWS in commercial lines. These lines represent 10 families totalling 1,000 animals which will be genotyped for 384 SNPs targeting the regions identified in the experimental designs. The first results will be presented.

Published
2009

12. QTLMAP, un logiciel pour la détection de QTL dans les populations animales expérimentales

Author

Elsen, J.M., Gilbert, Hélène, Le Roy, Pascale, Moreno, C., Robelin, David, Station de Génétique Quantitative et Appliquée (SGQA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Génétique Animale (GARen), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, and Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Ecole Nationale Supérieure Agronomique de Rennes

Subjects
QTL, [SDV]Life Sciences [q-bio], SOFTWARE
Published
2008

13. QTLMAP, a software for QTL detection in outbred populations

Author

Gilbert, Hélène, Le Roy, Pascale, Moreno, C., Robelin, David, Elsen, J.M., ProdInra, Migration, Station de Génétique Quantitative et Appliquée (SGQA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Génétique Animale (GARen), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Ecole Nationale Supérieure Agronomique de Rennes, Laboratoire de Génétique Cellulaire (LGC), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), and Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], QTL, [SDV]Life Sciences [q-bio], SOFTWARE, OUTBRED POPULATION, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

International audience

Published
2008

14. A genome-wide scan for novel QTLs of hereditary cutaneous malignant melanoma in the MeLiM swine model

Author

Du, Zhi Qiang, Vincent-Naulleau, Silvia, Gilbert, Hélène, Le Roy, Pascale, Vignoles, Florence, Créchet, Francoise, Shimogiri, T., Yasue, H., Leplat, Jean Jacques, Bouet, Stephan, Gruand, Joseph, Milan, Denis, Horak, Vratiskav, Frelat, Gerard, Geffrotin, Claudine, ProdInra, Migration, Laboratoire de radiobiologie et d'étude du génome (LREG), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Station de Génétique Quantitative et Appliquée (SGQA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Génétique Animale (GARen), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Ecole Nationale Supérieure Agronomique de Rennes, Laboratoire de Génétique Cellulaire (LGC), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Génétique Expérimentale en Productions Animales (GEPA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST-Ecole Nationale Supérieure Agronomique de Rennes, Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), and Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)

Subjects
pig, [SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio], qtl, melanoma, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

"Chantier qualité spécifique "Auteurs Externes" département de Génétique animale : uniquement liaison auteur au référentiel HR-Access "; International audience

Published
2006

15. Mapping male-specific fatness QTL at the distal part of chicken chromosome 5

Author

Abasht, Behnam, Pitel, Frédérique, Le Bihan-Duval, Elisabeth, Leroux, Sophie, Lagarrigue, Sandrine, Le Roy, Pascale, Douaire, Madeleine, ProdInra, Migration, Génétique Animale (GARen), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Ecole Nationale Supérieure Agronomique de Rennes, Laboratoire de Génétique Cellulaire (LGC), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), and Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], CHICKENS, FATNESS, QTL BY SEX INTERACTION, QTL, [SDV]Life Sciences [q-bio], INTERACTION QTL X SEXE
Published
2006

16. Detection of novel quantitative trait loci responsible cutaneous melanoma by genome wide scan in the MELIM swine model

Author

Du, Zhi Qiang, Vincent-Naulleau, Silvia, Gilbert, Hélène, Vignoles, Florence, Créchet, Francoise, Shimogiri, T., Yasue, H., Leplat, Jean Jacques, Bouet, Stephan, Gruand, Joseph, Milan, Denis, Horak, Vratiskav, Frelat, Gerard, Le Roy, Pascale, Geffrotin, Claudine, Laboratoire de radiobiologie et d'étude du génome (LREG), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Station de Génétique Quantitative et Appliquée (SGQA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Laboratoire de Génétique Cellulaire (LGC), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Génétique Expérimentale en Productions Animales (GEPA), Génétique Animale (GARen), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Ecole Nationale Supérieure Agronomique de Rennes, Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST-Ecole Nationale Supérieure Agronomique de Rennes, and ProdInra, Migration

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], pig, qtl, [SDV]Life Sciences [q-bio], melanoma, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

"Chantier qualité spécifique "Auteurs Externes" département de Génétique animale : uniquement liaison auteur au référentiel HR-Access "; International audience

Published
2006

17. Search for predisposing genes in the MeLiM pig model of hereditary cutaneous melanoma

Author

Du, Zhi Qiang, Vincent-Naulleau, Silvia, Gilbert, Hélène, Vignoles, Florence, Créchet, Francoise, Shimogiri, T., Yasue, H., Leplat, Jean Jacques, Bouet, Stephan, Gruand, Joseph, Milan, Denis, Horak, Vratiskav, Frelat, Gerard, Le Roy, Pascale, Geffrotin, Claudine, ProdInra, Migration, Laboratoire de radiobiologie et d'étude du génome (LREG), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Station de Génétique Quantitative et Appliquée (SGQA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Laboratoire de Génétique Cellulaire (LGC), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Génétique Expérimentale en Productions Animales (GEPA), Génétique Animale (GARen), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Ecole Nationale Supérieure Agronomique de Rennes, Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST-Ecole Nationale Supérieure Agronomique de Rennes

Subjects
pig, [SDV] Life Sciences [q-bio], [SDV]Life Sciences [q-bio], qtl, melanoma, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

"Chantier qualité spécifique "Auteurs Externes" département de Génétique animale : uniquement liaison auteur au référentiel HR-Access "; National audience

Published
2006

18. Use of the MeLiM swine model to search for novel loci of hereditary cutaneous melanoma

Author

Du, Zhi Qiang, Vincent-Naulleau, Silvia, Le Roy, Pascale, Vignoles, Florence, Créchet, Francoise, Shimogiri, T., Yasue, H., RENARD, Christine, Leplat, Jean Jacques, Bouet, Stephan, Gruand, Joseph, Milan, Denis, Horak, Vratiskav, Chardon, Patrick, Frelat, Gerard, Geffrotin, Claudine, Laboratoire de radiobiologie et d'étude du génome (LREG), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Station de Génétique Quantitative et Appliquée (SGQA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Laboratoire de Génétique Cellulaire (LGC), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT), Génétique Animale et Biologie Intégrative (GABI), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Génétique Expérimentale en Productions Animales (GEPA), ProdInra, Migration, Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), and Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], pig, melanome familial, qtl, [SDV]Life Sciences [q-bio], cancer, familial melanoma, melin, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

"Chantier qualité spécifique "Auteurs Externes" département de Génétique animale : uniquement liaison auteur au référentiel HR-Access "; International audience

Published
2005

19. Quantitative Trait Loci underlying hereditary cutaneous melanoma in the MeLiM swine model

Author

Du, Zhi Qiang, Vincent-Naulleau, Silvia, Le Roy, Pascale, Vignoles, F., Créchet, Francoise, Shimogiri, T., Yasue, H., Milan, Denis, Horak, V., Geffrotin, Claudine, Laboratoire de radiobiologie et d'étude du génome (LREG), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Station de Génétique Quantitative et Appliquée (SGQA), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)

Subjects
MELANOME FAMILIAL, MELIM, QTL, [SDV]Life Sciences [q-bio], PIGS, CANCER, FAMILIAL MELANOMA
Published
2005

20. De la détection de QTL à l'analyse des grandes fonctions : l'exemple du chromosome 7 porcin et de la composition corporelle

Author

Gilbert, Hélène, Le Roy, Pascale, Milan, Denis, Bidanel, Jean Pierre, Station de Génétique Quantitative et Appliquée (SGQA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Laboratoire de Génétique Cellulaire (LGC), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), and Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées

Subjects
FATNESS, QTL, [SDV]Life Sciences [q-bio], PIGS, MULTIVARIATE ANALYSES, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, ANALYSES MULTIVARIEES, LOCUS A EFFETS QUANTITATIFS
Abstract

International audience

Published
2004

21. Interval mapping methods to detect QTL on survival data

Author

MORENO, C.R., Elsen, J.M., Le Roy, Pascale, Ducrocq, Vincent, Station de Génétique Quantitative et Appliquée (SGQA), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)

Subjects
SURVIVAL DATA, INTERVAL MAPPING, DONNEES DE SURVIE, QTL, [SDV]Life Sciences [q-bio], CARTOGRAPHIE PAR INTERVALLE, LOCUS A EFFETS QUANTITATIFS
Published
2004

22. Multitrait methods for QTL detection in crossbred populations

Author

Gilbert, Hélène, Le Roy, Pascale, Station de Génétique Quantitative et Appliquée (SGQA), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)

Subjects
STATISTICAL METHODS, QTL, [SDV]Life Sciences [q-bio], MULTIVARIATE ANALYSIS, ANALYSE MULTICARACTERE, GROWTH
Published
2002

23. Principes et protocoles pour la détection de QTL

Author

Le Roy, Pascale, Station de Génétique Quantitative et Appliquée (SGQA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), and ProdInra, Migration

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], LINKAGE ANALYSIS, QTL, [SDV]Life Sciences [q-bio], ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

National audience

Published
2001

24. Comparison of power of three multitrait methods for QTL detection

Author

Gilbert, Hélène, Le Roy, Pascale, Station de Génétique Quantitative et Appliquée (SGQA), and Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)

Subjects
QTL, [SDV]Life Sciences [q-bio], MULTIVARIATE ANALYSIS, ANALYSE MULTICARACTERE
Published
2001

25. Utilisation pratique à court terme de la connaissance du génome dans l'amélioration génétique porcine française

Author

Gueblez, R., Boscher, Marie Yvonne, Le Roy, Pascale, Laboratoire d'Analyse Génétique pour les Espèces Animales (LABOGENA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Station de Génétique Quantitative et Appliquée (SGQA), and ProdInra, Migration

Subjects
[SDV] Life Sciences [q-bio], PARENTAGE TESTING, GENETIC MAPS, QTL, [SDV]Life Sciences [q-bio], PIGS, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS
Abstract

National audience

Published
1999

26. Multidimensionnalité pour la détection de gènes influençant des caractères quantitatifs. Application à l'espèce porcine

Author

Gilbert, Hélène, Station de Génétique Quantitative et Appliquée (SGQA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Institut National Agronomique, Inconnu Inconnu, INAPG (AgroParisTech), and Le Roy Pascale

Subjects
maximum de vraisemblance, QTL, multilocus, QTL DETECTION, MAXIMUM LIKELIHOOD, [SDV]Life Sciences [q-bio], multicaractère, [SDV.BDLR]Life Sciences [q-bio]/Reproductive Biology, PIGS, SIB FAMILIES, familles, FRATRIES, SIMULATIONS
Abstract

Ce travail a pour but de développer des méthodes de détection de locus affectant les caractères quantitatifs, appelés QTL, à partir de l'information disponible sur des caractères corrélés et/ou des positions liées, chez les animaux d'élevage.Les méthodologies ont été dans un premier temps caractérisées pour leurs puissances et leurs précisions d'estimation des paramètres (positions et effets des QTL) à partir de données simulées. Nous avons développé d'une part des méthodes multivariées, extrapolées de techniques décrites pour l'analyse de données issues de croisements entre populations supposées génétiquement fixées, et d'autre part des méthodes synthétiques univariées, développées à l'occasion de ce travail. Ces dernières méthodes permettent de synthétiser l'information due à la présence du (des) QTL déterminant plusieurs caractères dans une unique variable, combinaison linéaire des caractères. Le nombre de paramètres à estimer est ainsi indépendant du nombre de caractères étudiés, permettant de réduire fortement les temps de calcul par rapport aux méthodes multivariées. La stratégie retenue repose sur des techniques d'analyse discriminante. Pour chaque vecteur de positions testé, des groupes de descendants sont créés en fonction de la probabilité que les individus aient reçu l'un ou l'autre haplotype de leur père. Les matrices de (co)variance génétique et résiduelle spécifiques de la présence du (des) QTL peuvent alors être estimées. La transformation linéaire permet de maximiser le rapport de ces deux variabilités.Les méthodes basées sur l'analyse de variables synthétiques permettent en général d'obtenir des résultats équivalents, voire meilleurs, que les stratégies multivariées. Seule l'estimation des effets des QTL et de la corrélation résiduelle entre les caractères reste inaccessible par ces méthodes. Une stratégie itérative basée sur l'analyse de variables synthétiques pour la sélection des caractères et des régions chromosomiques à analyser par les méthodes multivariées est proposée. Par ailleurs, nous avons quantité les apports des méthodologies multidimensionnelles pour la cartographie des QTL par rapport aux méthodes unidimensionnelles. Dans la majorité des cas, la puissance et la précision d'estimation des paramètres sont nettement améliorées. De plus, nous avons pu montrer qu'un QTL pléiotrope peut être discriminé de deux QTL liés, s'ils sont relativement distants.Ces méthodologies ont été appliquées à la détection de QTL déterminant cinq caractères de composition corporelle chez le porc sur le chromosome 7. Deux groupes de QTL déterminant des types de gras différents, le gras interne et le gras externe, ont ainsi été discriminés. Pour chacun de ces groupes, les analyses multiQTL ont permis d'identifier au moins deux régions chromosomiques distinctes déterminant les caractères.

Published
2003

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