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National audience; Genomic evaluation of French maternal lines, set up in 2016, has helped increase genetic progress, especially for reproductive traits. However, computational problems have emerged for genomic evaluation of certain production traits for which phenotyping capacity is limited. This particularly concerns genotyped candidates on breeding farms that have no phenotypes and only a few phenotyped relatives. This data structure seems to pose convergence problems for predicting genomic breeding values. To check this hypothesis, we simulated such a situation, based on a set of actual phenotype data measured for all farm candidates and genotypes. The simulation consisted of deleting phenotypes of the animals measured on-farm in order to reproduce the data structure encountered for the traits recorded at the FGPorc/INRAE test station in Le Rheu. Phenotypes were then progressively added in different scenarios to identify whether prediction accuracy improved and to estimate the number of phenotypes required. The simulations showed that the unbalanced structure between genotypes and phenotypes was responsible for the computational problems that led to low accuracy of genomic predictions. Phenotyping 12% of all pigs phenotyped at 100 kg each year made it possible to solve the computational problems observed and to recover 61% of the maximum expected accuracy. In conclusion, these results highlight the importance of collecting large-scale phenotypes in the context of genomic selection schemes. Further studies will be conducted to study the impact of genotyping animals measured at the station.

National audience; Measuring feed intake is a key for accurate selection of feed efficiency. However, recording feed efficiency is expensive and depends on multiple components, including production level, activity, behaviour, responses to stress and digestion. The relative importance of these components is partly driven by the production system, especially diet and housing. This paper summarizes results obtained in the Feed-a-Gene project for new measures for feed efficiency in pigs, with a focus on how they can be used for sustainable breeding schemes. Measures related to pig activity (including feeding behaviour), measures to quantify welfare (injuries and inter-individual interactions) and stress level, and measures of individual digestibility were evaluated. The genetic impact of other animals in the pen (indirect genetic effects, IGE) on individual performance was also considered as a potential approach to better estimate individual breeding values. Some of the most promising measures (feeding activity, pig interactions, digestibility, IGE) had moderate to high heritabilities (from 0.18-0.70). Gains in genetic progress achievable when including these measures in breeding schemes were evaluated analytically to identify the best procedures to implement on-farm; Les mesures de l’ingéré sont les clés d’une sélection précise de l’efficacité alimentaire. Elles sont cependant coûteuses. De plus, ces performances dépendent de nombreuses composantes, telles que le niveau de production, l’activité et le comportement des animaux, leur aptitude à répondre à des stress, et leur capacité à digérer l’aliment. L’importance relative de ces composantes dépend du système de production, en particulier de la séquence alimentaire et des conditions de logement des animaux. Cette communication propose de résumer les résultats obtenus dans le projet Feed-a-Gene sur l’évaluation de nouvelles mesures pour la sélection de l’efficacité alimentaire, en se concentrant sur les mesures les moins coûteuses qui peuvent contribuer à une plus grande durabilité de la production. Des mesures liées à l’activité des porcs, dont le comportement alimentaire, des indicateurs de bien-être (comptage des lésions et qualification des interactions entre animaux) et de stress, et des mesures d’efficacité digestive ont été évaluées. L’impact de l’effet génétique des autres individus de la loge (effets génétiques indirects) sur les performances individuelles a aussi été testé comme levier pour obtenir des valeurs génétiques plus précises. Les mesures les plus prometteuses (comportement alimentaire, interactions entre porcs, efficacité digestive, effets génétiques indirects) avaient des héritabilités comprises entre 0,18 et 0,70. Les gains de progrès génétique possibles par l’utilisation de telles mesures dans les schémas de sélection ont été évalués analytiquement pour identifier les meilleurs enregistrements à déployer en ferme

International audience; Feeding diets with increased dietary fibre content from alternative by-products, which are less digestible for pigs, is a solution usedto decrease the impact of increased feed costs on pig production. This study aimed to determine the impact of an alternative diet with increased fibre content (F) on pig digestibility and to estimate genetic parameters of digestibility. A total of 654 Large White pigs were fed a conventional diet (CO), and 588 of their full-sibs were fed a F diet. For each pig, digestibility coefficients (DC) of energy, organic matter, and nitrogen were predicted from faeces samples analysed with near infrared spectrometry. Individual daily feed intake (DFI), residual feed intake (RFI), average daily gain (ADG), feed conversion ratio (FCR), lean meat percentage (LMP), carcass yield (CY) and meat quality traits (MQT) were recorded for each pig. The three DC were significantly lower for pigs fed the F diet than pigs fed the CO diet (-6 to -7%). The three DC were moderately to highly heritable (from 0.38±0.12 to 0.40±0.12 and from0.54±0.15 to 0.56±0.15 for the CO and the F diet, respectively). The three DC were favourably correlated with FCR, DFI and RFI, but unfavourably with ADG and MQT. To conclude, digestibility could be a useful trait to include in breeding schemes to improve selection decisions about feed efficiency. However, it would have to be selected along with ADG and MQT to avoid adverse genetic trends on the latter traits.; L’utilisation de régimes avec des teneurs accrues en fibres provenant d’aliments alternatifs, moins digestibles pour les porcs, est une solution utilisée pour limiter l’impact du coût de l’aliment en production porcine. L’étude a pour objectif de déterminer l’impact d’une teneur accrue en fibres (F) dans l’aliment sur la digestibilité chezle porc en croissanceet d’estimer les paramètres génétiques de celle-ci. Un total de 654 porcs Large White a été nourri avec un régime conventionnel (CO) et 588 de leurs pleins-frères avec un régime F. Pour chaque porc, les coefficients d’utilisation digestive (CUD) de l’énergie, de la matière organique et de l’azote ont étéprédits à partir d’échantillons de fèces analysés par spectrométrie dans le proche infrarouge. La consommation moyenne journalière (CMJ) et résiduelle (CMJR), le gain moyen quotidien (GMQ), l’indice de consommation (IC), le taux de muscle des pièces (TMP), le rendement en carcasse (RDT) et des caractères de qualité de la viande (CQV) ont été enregistrés sur chaque animal. Les trois CUD étaient significativement plus faibles pour les porcs nourris avec le régime F que les porcs nourris avec le régime CO (-6 à -7 %). Les trois CUD étaient modérément à fortement héritables (de 0,38±0,12 à 0,40±0,12 et de 0,54±0,15 à 0,56±0,15, respectivement, dans les régimes CO et F). Les trois CUD étaient favorablement corrélés à l’IC, la CMJ et la CMJR, mais défavorablement corrélés avec le GMQ et les CQV. Pour conclure, la digestibilité serait un caractère intéressant à ajouter dans les schémas de sélection afin d’affiner les décisions de sélection concernant l’efficacité alimentaire. Cependant, les corrélations génétiques défavorables avec le GMQ et les CQV notamment devront être prises en compte.

To reduce genotyping costs for genomic selection, a Low-Density SNP (LD) chip, designed in 2016, is now used routinely. This panel is composed of approximately 1 100 equidistant SNPs. The relevance of this chip has been studied in French populations of the Landrace, Large White and Pietrain pig breeds. The quality of imputation was estimated by the correlation between actual and imputed genotypes and error rates. The impact of imputation on the genomic evaluations was estimated by the correlation between the genomic values obtained for the candidates with imputed genotypes, and those obtained with the high-density genotypes. Average error rates of imputation estimated on all the chromosomes were 0.03, 0.11 and 0.14 for Landrace, Large White and Pietrain, respectively. The estimated correlations between actual and imputed genotypes were relatively high at 0.93, 0.92 and 0.88 forLandrace, Large White and Pietrain populations, respectively. Correlations between genomic breeding values predicted with high-density genomic data or imputed genomic data from the LD SNP panel ranged from 0.89-0.97 for Large White and Landrace populations for reproductive traits. They were higher than those obtained for the Pietrain population (0.80 and 0.97 for production traits, r espectively). In conclusion, despite the limited number of SNPs on the low-density panel used in this study, the imputation accuracy is sufficient to use the imputed genotypes in the genomic evaluations. In practice, genotyping candidates with a LD chip isa solution for selecting future breeding pigs at lower cost

National audience

National audience; L’amélioration de l’efficacité alimentaire des porcs est un objectif de sélection prioritaire car l’alimentation représente environ deux-tiers du coût de production (66% en 2014 selon IFIP, 2015). Le travail de sélection est actuellement réalisé sur la base d’un aliment riche en énergie et facilement digestible, alors que les aliments utilisés en élevage sont généralement moins digestibles, du fait de l’utilisation croissante de coproduits. Une étude conduite à l'Inra (Saint-Gilles) en 2012 suggère un déterminisme génétique de l’aptitude à digérer les nutriments et l’énergie d’un régime fibreux ouvrant la possibilité de sélectionner spécifiquement ce caractère afin d’améliorer l’efficacité alimentaire dans ce nouveau contexte (Noblet et al., 2013). Cependant, l’absence de méthodes rapides pour caractériser la capacité digestive des animaux ne permet pas de développer des stratégies de sélection adaptées à ces évolutions du contexte alimentaire de la production porcine. L’objectif de ce projet est donc de mettre au point une méthode de phénotypage à haut-débit de l’efficacité digestive des porcs s’appuyant sur la spectrométrie dans le proche infrarouge (SPIR). Cette méthode doit permettre, à terme, d’évaluer la variabilité de l’efficacité digestive entre animaux en élevage, et de proposer des stratégies de sélection adaptées à ce nouveau contexte de ressources alimentaires. Pour cela, nous envisageons d’évaluer, d’une part, la méthode de prétraitement des échantillons avant analyse (lyophilisation, séchage en étuve ou pas de prétraitement), et d’autre part, la fiabilité d’un marqueur indigestible mesurable par SPIR qui permettrait de s’affranchir de la collecte totale des fèces, au profit d’une collecte ponctuelle. Deux régimes différant par leur teneur en fibres (4 ou 8 % de cellulose brute) ont été formulés afin de créer une variabilité d’utilisation digestive. Les marqueurs utilisés sont le polyéthylène glycol (PEG, VWR), l’huile de silicone (Thermo Ficher Scientific), et une résine plastique (polyvinyle de fluorure, Arkema SA) qui sont mesurables par la SPIR. Au total, 48 porcs ont été placés en cages à digestibilité en 2 lots de 40 kg et 70 kg de poids vif. Chaque porc a reçu l’un des 4 régimes avec 2 semaines d’adaptation et 1 semaine de mesure précise de la quantité d’aliment ingéré et de collecte des fèces. Les fèces de la collecte totale et ponctuelle partielle ont été aliquotées séparément pour des analyses par SPIR sur produit frais et sur produit lyophilisé et pour des analyses de laboratoire sur produit lyophilisé (azote, matière organique, matière grasse, fibres, et énergie). Les premiers résultats montrent que les marqueurs choisis ne modifient ni la digestibilité de la matière sèche ni la production de fèces de l’animal.