Search

Bu çalışmada farklı çiftliklerde tüberkülin deri testinde pozitif bulunan 2 yaş üzeri ineklerden oluşan 30 adet tüberkülozlu sığırda (çalışmanın deney grubu) Mycobacterium bovis etkeninin varlığının periferik kanda saptanabilmesinde kullanılabilecek, alternatif bir tanı yöntemi denemesi ve rutin histopatoloji, immunohistokimya (İHK), Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PZR) farklı tanı yöntemlerinin karşılaştırılması amaçlanmıştır. Deney ve kontrol grubuna ait hayvanların kesimi sonrası kan ve doku örnekleri alınarak, taze dokularda PZR, formaldehitte tespit edilmiş dokulardan hazırlanan parafin blok kesitlerinde ise Hematoksilen-Eozin (HE), Ziehl-Neelsen (ZN) ve İHK yöntemi ile boyama uygulanmıştır. Santrifüje edilen kanların 'buffy coat'; lökosit katmanında PZR ve bu katmandan hazırlanan frotilere immunositokimya (İSK) uygulanmıştır. Deney grubundaki hayvanların 27'sinde öncelikli olarak akciğer ve mediastinal lenf düğümlerinde, ilave olarak plöra ve karaciğerde kazeifiye-kalsifiye olmuş tipik tüberkül yapısı gözlenmiştir. Organlarında makroskobik lezyon (nodül, tüberkül) gözlenmeyen 4 hayvandan ikisinde spesifik olmayan lenfadenopati gözlenmiştir. Tipik makroskobik lezyon (tüberkül) gösteren olgularda ve ek olarak lenfadenopati gözlenen 2 olgudan bir tanesinde histopatolojik muayenede tipik tüberkül granulomu yapısı gözlenmiştir. Histopatolojik incelemeleri takiben yapılan ZN boyamalarda 20 olgu tüberkülozla uyumlu bulunmuştur. Deney grubundaki hayvanların akciğer, mediastinal lenf düğümü ve karaciğer dokularında yapılan İHK boyamalarında 30 hayvanının 25 tanesinde; lökosit katmanından yapılan İSK boyamalarının ise 3 tanesinde pozitif etken boyanmasına rastlanmıştır. Tespit edilmeden aynı dokularda gerçekleştirilen PZR'de 18 hayvana ait dokuda; lökosit katmanı PZR'sinde ise 14 tanesinde pozitiviteye rastlanmıştır. İHK incelemelerinde pozitif boyanmış etkenlere, nekroz alanlarını çevreleyen bağ dokuda serbest şekilde; makrofajların, dev hücrelerinin, nadiren lenfositlerin ve fibrositlerin sitoplazmalarında rastlanmıştır. İSK incelemelerinde ise pozitif reaksiyon mononükleer lökosit sitoplazmalarında görülmüştür. Kontrol grubunda ise İSK'da 10, ,dokuda PZR'de1, kanda yapılan PZR'da 2 hayvanda pozitif reaksiyon saptanmış diğer yöntemlerde herhangi bir pozitiviteye rastlanmamıştır.Sonuç olarak çalışmamızda Mycobacterium bovis etkenine ait moleküllerin periferik kandaki varlığı ve bu molekülleri saptamaya yönelik yöntemlerin kanda sığır tüberkülozunun tanısında kullanılabileceği gösterilmiştir. Klasik olarak ZN boyama ile yapılacak tüberküloz tanısının her zaman hassasiyet göstermediği ve teşhiste diğer yöntemlere ihtiyaç olduğu gözlemlenmiştir. Bu nedenle destekleyici diğer tanı yöntemi veya yöntemlerinin kullanılmasında fayda olacağı açıktır. Kullanılan yöntemlerden İHK'nın, etkili sonuç verdiği, kandan yapılan testlerde ise PZR'nin İSK'ya kıyasla daha etkili olduğu gözlenmiştir. Tüberküloz hastalığının kesin teşhisinde kullanılan tekniklerin birinin diğerine üstünlüğünden ziyade birbirini tamamlayıcılığından ve bir arada kullanıldığında teşhisin hem daha hızlı hem de daha güvenilir olduğundan bahsetmek daha yerinde olacaktır. Çalışmanın temel hedefini oluşturan, erken tanıya ve PPD ile ön tanının doğrulanmasına imkan sağlayacak 'etkenin kan-lökosit katmanındaki tesbit edilebilirliği uygulamasının, hangi safhalarda, ne derece tercih edilebileceğini net olarak ortaya koyabilmek, yöntemi rutin kullanıma sunabilmek için ileri çalışmalar gerekmektedir. In this study it was aimed to provide an alternative method applicable to peripheral blood and compare various methods for diagnosing bovine tuberculosis by sampling from 30 cows older than 2 years, from various farms and found to be positive in intradermal tuberculin test. Following the slaughter of animals in experiment and control group, blood and tissue samples were collected. Polymerase chain reaction (PCR) was applied to the fresh tissue samples and Hematoxyline&Eosin (HE), Ziehl-Neelsen (ZN) and immunohistochemistry (IHC) was applied to the formalin fixed, paraffin embedded tissues. The buffy-coat extracted from the blood by centrifugation was further processed with PCR and the buffy-coat smears with Immunocytochemistry (ICC) method. In 27 of the experiment group classical tubercle lesion was observed. In the 4 animals which did not show characteristic macroscopic lesion, nonspecific lymphadenopathy was observed. In animals showing typical macroscopic lesion and additionally in one of the two lymphadenopathic cows, routine HE examination revealed typical granuloma structure. In examination of ZN stained slides, 20 animals of the experiment group was found to be consistent with tuberculosis. In the lungs, mediastinal lymphnodes and liver of the experiment group, 25 animals revealed positive staining against M.bovis in IHC and 3 animals in ICC. Tissues of 18 animals and buffy-coat of 14 animals were found to be PCR positive for mycobacteria. Positive staining in IHC was observed surrounding the necrosis in the connective tissue and intracytoplasmically in macrophages, giant-cells, rarely in lymphocytes and fibrocytes. Positive staining in ICC is observed intracytoplasmically in mononuclear leukocytes. Of the control group (n: 30); 10 in ICC and in PCR examination of the buffy coat 2 animals and of the tissue 1 animal were found to be positive. Other tests of the control group revealed negative results.As a conclusion, this study has shown the possibility of detecting the molecules of the agent in peripheral blood and diagnostic feature of the blood in bovine tuberculosis. As a usual practice, use of ZN staining for the diagnosis of bovine tuberculosis is found to lack sensitivity and the need for supportive diagnostic tests is considered to be necessary. It was shown that IHC in tissue and PCR in blood samples was the most effective method to diagnose the disease. For the quick and accurate diagnosis of bovine tuberculosis, rather than the superiority of diagnostic methods it is more suitable to talk about the complementarity of these methods. Further studies are urgent to have precise information about the utility of the method based on the theory of detecting agent components in buffy-coat. 66

Amaç: Bu çalışmada Samsun bölgesinden temin edilen yumurta ve yumurta ürünlerinde Salmonella spp. varlığının tespiti, elde edilen izolatların antibiyotik dirençlilik profillerinin ve minimum inhibitör konsatrasyon (MIK) değerlerinin belirlenmesi amaçlanmıştır.Materyal ve Metot: Ekim 2017- Mayıs 2019 tarihleri arasında Samsun ilinden temin edilen 100 adet yumurta (35 köy yumurtası, 35 konvansiyonel yumurta ve 30 organik yumurta) ve 100 adet yumurta ürünü (30 yumurta tozu, 70 pastörize sıvı yumurta) olmak üzere toplam 200 numune materyal olarak kullanıldı. Salmonella spp.'nin izolasyon ve identifikasyonu ISO 6579 tarafından önerilen metoda göre yapıldı. Elde edilen izolatlarda Salmonella spp.'nin doğrulanması oriC gen varlığı yönünden PCR ile belirlendi. Salmonella spp. izolatlarının çeşitli antibiyotiklere karşı dirençlilikleri ve minimum inhibitör konsantrasyon (MIK) değerleri VITEK 2 AST-GN38 kartları ve VITEK 2 Compact sistem kullanılarak tespit edildi.Bulgular: Çalışma sonunda incelenen 100 yumurta örneğinin 2'sinin (%2), 100 yumurta ürünü örneğinin de 1'inin (%1) Salmonella spp. ile kontamine olduğu tespit edildi. Elde edilen Salmonella spp. izolatları 163 bp'de bant vererek oriC geni pozitif bulundu. Antibiyotik dirençlilik testleri sonucunda, Salmonella spp. pozitif bulunan 11 izolatın 11'i amikasin, 11'i enrofloksasin, 11'i gentamisin, 11'i tobramisin, 11'i sefaleksin, 9'u nitrofurantoin, 7'si tetrasiklin, 6'sı ampisilin, 6'sı piperasilin ve 6'sı sefpodoksin ve 1'i imipeneme dirençli bulundu. Elde edilen tüm izolatların en az bir antibiyotiğe karşı direnç gösterdiği tespit edildi.Sonuç: Elde edilen bulgular sonucunda yumurta ve ürünlerinde Salmonella spp. tespit edilmesi halk sağlığı açısından önemli bir problem olarak değerlendirilmiştir.Bu nedenle yumurta ve ürünlerine çıplak elle dokunulmaması, pastörizasyon derecelerine kadar ısı işlemi uygulandıktan sonra tüketilmesi önerilmektedir.Anahtar Kelimeler: oriC; PCR; Salmonella spp.; VITEK Aim: The aim of this study was to determine the presence of Salmonella spp. in eggs and egg products obtained from Samsun province, and to determine antibiotic resistance profiles and minimum inhibitory concentration (MIC) values of obtained isolates.Material and Method: Between October 2017 and May 2019, a total of 200 sample including 100 eggs (35 village eggs, 35 traditional eggs and 30 organic eggs) and 100 egg products (30 egg powders, 70 pasteurized liquid eggs) obtained from Samsun were used as material. The isolation and identification Salmonella spp. was done according to the method proposed by ISO 6579. Verification of the isolates was determined by PCR with the presence of oriC gene. Resistance of Salmonella spp. isolates to various antibiotics and minimum inhibitory concentrations were determined by using VITEK 2 Compact system with VITEK 2 AST-GN38 cards.Results: At the end of the study, two of 100 eggs (2%) and one of 100 egg products (1%) were found to be contaminated with Salmonella spp. with PCR. As a result of antibiotic resistance tests of the 11 Salmonella strains, 11 isolates were resistant to amikacin, enrofloxacin, gentamicin, tobramycin, cephalexin, 9 isolates were resistant to nitrofurantoin, 7 isolates were resistant to tetracycline, 6 isolates were resistant to ampicillin, piperacillin, cefpodoxime and one isolate was resistant to imipenem. All isolates were found to be resistant to at least one antibiotic. Conclusion: In conclusion, detection of Salmonella spp. in eggs and its products was considered as an important problem for public health. Therefore, it is recommended that eggs and egg products should not be touched with bare hands and should be consumed after heating up to pasteurization degrees.Keywords: oriC; PCR; Salmonella spp.; VITEK 90

Koyunlar ülkemizin coğrafi konumundan dolayı mevsime bağlı poliöstrik hayvanlardır. Koyunlarda, çiftleşme sezonu içinde gebe kalmadıkları sürece 17-20 günde bir ovulasyon şekillenir. İdeal bir sürü yönetiminde, çiftleştirilmiş ya da tohumlanmış koyunların gebelikleri 17 gün içinde tespit edilerek, gebe kalmamış olanların bir sonraki östrus siklusunda gebe bırakılması önemlidir. Bu yüzden gebelik teşhisinin çiftleşmeden sonraki 17 gün içinde yapılması üretim planlaması açısından büyük önem arz etmektedir. Bu sebeple, koyunlarda, kanda gebelikle ilişkili glikoprotein (Pregnancy Associated Glycoprotein, PAG) konsantrasyonlarının radyoimmunoassay (RIA) yöntemiyle ölçülerek gebelik teşhisinin mümkün olan en kısa sürede yapılması amaçlanmıştır.Bu tezde PAG konsantrasyonları, serum örneklerinden RIA yöntemi ile doku örneklerinden real-time PCR yöntemi ile ölçüldü. Materyal olarak Türkiye' de Bursa ili Nilüfer ilçesine bağlı Görükle mahallesinde bulunan bir (40⁰ 23' N, 28⁰ 85' E) özel koyun çiftliğinden, T.C. Gıda Tarım ve Orman Bakanlığı'na bağlı Bursa İl Tarım ve Orman Müdürlüğü kayıtları esas alınarak 2-4 yaş aralığındaki multipar özellikte olan ve en son 4 ay önce doğum yapmış koyunlar kullanıldı. Kan örnekleri için 20 koyun (Gebe:10, Gebe olmayan:10, n=20), doku örnekleri içinde 12 adet koyun (n=12) kullanıldı. Örneklerin toplanması için gerekli olan koyunların östrus senkronizasyonuna 2017 yılı mayıs ayında başlandı. Koyunlarda erken dönemde gebelik teşhisi için 6 farklı RIA yöntemi test edildi. Bu amaçla koyunlar çiftleştirildikten sonra 0., 10., 15., 16., 17., 18., 19. ve 20. günlerde kan örnekleri alınarak kan serumunda ovPAG konsantrasyonu RIA-497, RIA-706, RIA-780, RIA-860, RIA-srPool ve RIA-wbPool yöntemleriyle ölçüldü. Koyunlarda gebelik teşhisi için RIA-860 ve RIA-wbPool yöntemleri ilk defa bu tez çalışmasında test edildi. Ayrıca uterus dokusunda ovPAG ekspresyonunu ortaya koymak için real-time PCR ölçümü yapıldı. Doku örnekleri çiftleştirmeyi takiben 0., 14., 20. ve 30. günlerde toplandı. Ortalama PAG konsantrasyonları, RIA-780'de 17. günden, RIA-706'da 18 günden, RIA-srPool ve RIA-wbPool'da 19. günden itibaren arttığı görüldü (P

Marek hastalığı evcil kanatlıların, periferal sinirlerinde demyelinizasyon, mononüklear infiltrasyonlarla kendini gösteren lenfoproliferatif ve oldukça kontagiyöz bir hastalığıdır. Marek, tüm kümes tavukçuluğu yapan ülkelerde bulunmaktadır. Marek hastalığı virüsü, 1960'lı yılların sonunda ilk başarılı aşı geliştirilen onkojenik virüstür. Günümüzde kullanılan aşılar canlı üç viral suştan türetilen aşılardır: HVT FC126 suşu, GaHV-3 SB-1 suşu ve GaHV-2 CVI988/Rispens suşudur. CVI988/Rispens aşısı MHV-1'in doğal olarak zayıflatılmış bir suşudur ve CVI988 /Rispens aşısı Marek hastalığının virülan suşlarından kolaylıkla ayırt edilemez. MHV aşı suşları, kalıcı enfeksiyon ve yaşam boyu bağışıklık kazandırarak tümörlere ve mortaliteye karşı etkili koruma sağlamasıyla birlikte, aşı bazı virülan virüslerle enfeksiyonu engelleyemez. Dolayısıyla tavuklar hem aşı hem de virülan MHV-1 suşlarıyla potansiyel olarak enfekte olabilirler. Bu tez çalışmasında referans suşlarla ve ticari/ev tipi kanatlı işletmelerinden toplanan organlarla valide edilen eş zamanlı, virülan MHV-1, CVI988, HVT ve tavuk DNA'sının özgül ve duyarlı tespitinin yapılabildiği bir çoklu-qPCR yöntemi geliştirildi. Bu yöntemle çoklu qPCR analizlerinde MHV-1 pozitif bulunan hayvanların bezli mide ve N. ischiadicus'larından Marek hastalığının tespiti için hispatolojik inceleme yapılmış ve her iki yönteme ait sonuçlar paralellik göstermiştir. Çoklu-qPCR yönteminin kullanım kolaylığı, güvenirliliği, teknik olarak basit, full otomasyon, spesifik, hassas, hızlı olmasından dolayı teşhiste daha fazla avantaj sağlayacağı düşünülmektedir. Marek disease is a multifoproliferative and highly contagious disease of domestic poultry, demyelination of peripheral nerves, manifested by mononuclear infiltrations. Marek is in all of the countries that are engaged in cluster culture. Marek's disease virus is the first successful vaccine developed oncogenic virus in the late 1960s. Vaccines currently used are vaccines derived from live three viral strains: HVT FC126 strain, GaHV-3 SB-1 strain and GaHV-2 CVI988/Rispens strain. The CVI988/Rispens vaccine is a naturally attenuated strain of MHV-1 and the CVI988/Rispens vaccine cannot be easily distinguished from virulent strains of Marek's disease. The vaccine cannot prevent infection with certain virulent viruses, as MHV vaccine strains provide effective infection and lifelong immunization and effective protection against tumors and mortality. Thus, chickens may be potentially infected with both vaccine and virulent MHV-1 strains. In this thesis, a multiple qPCR method was developed in which specific and sensitive detection of simultaneous, virulent MHV-1, CVI988, HVT and chicken DNA was validated with reference strains and organs from commercial-household poultry enterprises. In this study, histopathological examination was performed for the detection of Marek's disease from proventrıculus and N. ischiadicus of animals with MHV-1 positivity in multiple qPCR analyzes. It is thought that multiple qPCR method will provide more advantages in diagnosis because of its ease of use, reliability, technically simple, full automation, specific, sensitive and fast. 0

Amaç: Bu araştırma, Samsun bölgesinde Kasım 2017 - Haziran 2019 tarihleri arasında, yerel mezbahalarda ve kurban kesim yerlerinde kesilen koyun ve sığırlarda Gongylonema pulchrum'un yayılışı ve moleküler karakterizasyonunun belirlenmesi amacıyla yapılmıştır. Materyal ve Metot: Çalışmada 52'si dişi (%13,6), 328'si (%86,4) erkek olmak üzere 380 sığır, 254'ü dişi (%30), 594'ü (%70) erkek olmak üzere 848 adet koyun özofagusu muayene edilmiştir. Sığırların 358'i genç, 22'si yaşlı, koyunların ise 816'sı genç, 32'si yaşlıydı. Kesim sonrası alınan özofaguslar plastik torbalar ile laboratuvara getirildi, makas yardımı ile açıldıktan sonra ışık altında ve büyüteç yardımı ile incelendi. Enfekte özofaguslardaki parazitler göz pensi ile çıkartılıp % 70'lik etil alkole konuldu. Morfolojik olarak incelenen parazitler 3 parçaya ayrıldı, ön ve arka kısımlar morfolojik, orta kısımları ise moleküler teşhis amacıyla kullanıldı. Moleküler teşhis için Bp CoxI-F1 ve Bp CoxI-R1 primerleri kullanılarak parazitin COI gen bölgesi çoğaltıldı.Bulgular: İncelenen 380 sığırdan sadece yaşlı (4 yaş üstü) iki hayvanda parazite rastlandı, yayılış oranı % 0,53 olarak saptandı. Enfekte hayvanlardan 18 erkek ve dokuz dişi olmak üzere 27 parazit toplandı. Muayene edilen 828 koyununun hiçbirinde parazite rastlanmadı. Morfolojik ve moleküler teşhis sonucu, her iki sığırda saptanan örneklerin tamamı G. pulchrum olarak saptandı ve pozitif bantlar 400 bp'de elde edildi.Sonuç: Çalışma sonucunda Samsun yöresinde koyunlarda G. pulchrum'a rastlanmadı, sığırlarda ise yayılış oranı çok düşük bulundu. Bunun olası nedenleri; kapalı sistemde beslenen ve meraya çıkarılmayan hayvanların arakonak yeme olasılığının zayıf olması, gençlerde ise merada geçirilen sürenin kısa olmasından dolayı arakonakla karşılaşma olasılığın düşük olması veya alınan parazitlerin henüz gelişmemiş olması olarak tahmin edildi. Yaşlı sığırlarda, düşük oranda olsa bile, parazitin varlığı çevrenin bulaşması açısından risk oluşturacağı için, yaşlı hayvanlarda belirli aralıklarla parazitin takip edilmesinde yarar bulunmaktadır.Anahtar Kelimeler: Gongylonema pulchrum; Koyun; Sığır; PCR; Samsun Aim: This study was carried out between November-2017 and June-2019 to determine distribution and molecular characterization of Gongylonema pulchrum in cattle and sheep slaughtered in local abattoir and slaughtering areas during the feast of sacriface.Material and Method: In this study, esophagi collected from 380 cattle, 52 (13,6%) of which were female and 328 (86%) of which were male and 848 esophagi from sheep, 254 (30 %) of which were female and 594 (70 %) of which were male were examined. While 358 of 380 cattle were young and 22 were old, and 816 of 848 sheep were young and the rest were old. After slaughtering, the esophagi collected and put into a plastic bag and tranferred to laboratory. In the laboratoy, all the parasites were cut open via a scissors and all of materials were examined using a loupe under the light source. Parasites on infected esophagi were taken out using an eye tweezers and placed in 70% ethyl alcohol. Following the primary morphological examination all the esophagi cut into 3 parts, anterior and posterior parts were used for morphologic identification and mid part was used for molecular identification. COI region of mitochondrial DNA of G. pulchrum were amplified by a primer pair of Bp CoxI-F1 and Bp CoxI-R1. Results: Only two cattle (older than four years) were infected with the parasite and infection rate was 0.53%. A total of 27 parasites were identified, 18 were male and nine were female. None of the 828 sheep were infected. All of the samples collected from two infected cattle were identified as G. pulchrum after morphological examinations and molecular confirmation. Positive bands were detected at 400bp. Conclusions: According to this study, G. pulchrum infection was not identified in the sheep and the infection rate was rather low in cattle from Samsun province. This situation could be related to low probability of taking intermediate host by animals raused in intensive animal farming without grazing, the short grazing period in young animals or immature parasites in young animals. The presence of mature parasites in older animals have a risk of environmental contamination so it would be useful to monitor animals for the presence of the parasite, periodically.Keywords: Gongylonema pulchrum; Sheep; Cattle; PCR; Samsun 66

Bu çalışmada, pnömonili sığır akciğerlerinde Mycoplasma (M.) bovis'in gen spesifik primerlerin kullanıldığı Real-Time PCR yöntemi ile araştırılması amaçlandı. Makroskobik olarak pnömoni tanısı koyulan 100 adet sığır akciğer örneğinin 52'sinde Real-Time PCR ile M. bovis identifiye edilirken, 58'inde konvansiyonel bakteriyolojik yöntemler ile çeşitli bakteriyel etkenlerin varlığı tespit edildi. Çalışmada M. bovis'den sonra en yüksek oranda (%25) Escherichia coli tespit edilirken, Pasteurella multocida, Klebsiella pneumoniae, Sphingomonas paucimobilis, Mannheimia haemolytica, Staphylococcus epidermidis ve Staphylococcus spp. örneklerin sırasıyla %13, %7, %7, %4, %1 ve %1'inden izole edildi. Akciğer örneklerinin 42'sinden ise konvansiyonel bakteriyolojik yöntemler ile bakteriyel etken izole edilmedi. Çalışmadan elde edilen bulgular ile M. bovis'in sığırlarda solunum sistemi hastalıklarına neden olan önemli bir etken olduğu belirlenmekle birlikte hastalığın teşhis ve tedavisinde diğer bakteriyel etkenlerin varlığının da göz önünde bulundurulması gerektiği kanatine varıldı.Anahtar Sözcükler: Sığır, Akciğer, Mycoplasma bovis, Real Time-PCR The aim of this study was to investigate Mycoplasma (M.) bovis from bovine lungs with pneumonia by Real-Time PCR. M. bovis was identified in 52 out of 100 bovine lung samples diagnosed with pneumonia macroscopically by Real-Time PCR wherease the presence of various bacterial agents was determined in 58 of the samples by conventional bacteriological methods. In the study, Escherichia coli was detected in the highest rate (25%) after M. bovis while Pasteurella multocida, Klebsiella pneumoniae, Sphingomonas paucimobilis, Mannheimia haemolytica, Staphylococcus epidermidis and Staphylococcus spp. were isolated from 13%, 7%, 7%, 4%, 1% and 1% of the samples, respectively. Also, bacterial agent was not isolated from 42 of lung samples by conventional bacteriological methods. The findings of the study indicated that M. bovis was an important causative agent of respiratory diseases in cattle, and that the presence of other bacterial agents should be considered in the diagnosis and treatment of the disease.Keywords: Bovine, Lung, Mycoplasma bovis, Real Time-PCR 55

Bu çalışmada, güvercinlerde yaygın olarak görülen ve en çok kayıp oluşturan hastalıklardan biri olan çiçek virüsü suşunun izole edilmesi amaçlanmıştır.Bu amaçla klinik muayenede çiçek nodülü olarak değerlendirilen lezyonlar bulunan 4 farklı güvercin kümesinin her birinden 5 hayvan olmak üzere toplam 20 adet güvercinden örnek toplandı. Toplanan doku örneklerinden inokulum hazırlanarak 10 günlük ETY'de CAM'a ekimler yapıldı. Yumurtalar 6-8 gün inkubasyondan sonra CAM üzerinde poklar görüldü ve virüs 2 kez pasaj yapılarak yoğunluğu artırıldı. Çiçek virüsünü doğrulamak amacıyla gerek nodül örneklerinden, gerekese pok bulunan CAM örneklerinden DNA izolasyonu yapılarak P4b geninin varlığı açısından PCR ile test edildi ve 578 bp'lik bantların görülmesi pozitif olarak değerlendirildi.Sonuç olarak güvercinlerde görülen çiçek infeksiyonlarında hastalardan toplanan doku örneklerinden güvercin çiçek virüsü Türkiye'de ilk kez izole edilmiş ve etken moleküler olarak doğrulanmıştır. Daha sonra yapılacak etkili bir koruyucu aşı hazırlanması ve etkenin filogenetik özelliklerinin belirlenebilmesi çalışmaları için virüsün izole edilmiş olmasının önem taşıdığı kanısına varıldı. In this study, it was aimed to isolate pox virus which is commonly seen and cause serious lossess in pigeons. With this purpose, a total of 20 samples from leisons which are evaluated as pox nodules clinically were collected. Samples were from four different pigeon flocks each consisting five samples. Inoculums were prepared from collected tissue samples and inoculated on the chorioallantoic membrane (CAM) of a 9-11 day old fertilised embryonated chicken eggs. After six to eight days after incubation, pocks were produced by the virüs on CAM. Two passages were made in order to increase the titer of the virus. DNAs were extracted from both nodules and CAM samples and isolated DNAs were amplified by PCR primers for specific for P4b gene. The presence of 578 bp amplified DNA band was regarded as positive in PCR. As conclusion, pigen pox virüs from collected pigeon samples were isolated and identified molecularly for the first time in Turkey. It was concluded that the isolation of the virus will be important in regard to for the future vaccination studies and filogenetic analyses of the virus. 46

Bu çalışmada, 2017-2018 yılları arasında Kars yöresinde mezbaha ve kesimevlerinden temin edilen pnömonili 250 koyun akciğeri ile sağlıklı görünümlü 30 koyun akciğer örneğinde Mikoplazma etkenlerinin kültürel ve moleküler yöntemlerle araştırılması amaçlandı. Kültürel analizi Mycoplasma Agar ve Mycoplasma Broth besiyerlerinde yapılan pnömonili 250 koyun akciğerlerinin 26' sından (%10.4) etken izolasyonu gerçekleştirilirken bunların tümü cins spesifik PCR ile Mycoplasma spp. olarak tanımlandı. Sağlıklı görünümlü koyun akciğerlerinden etken izole edilemedi. 16S rRNA gen bölgesinin amplifikasyonunu hedef alan primerlerin kullanıldığı tür spesifik PCR analizi ile örneklerin 12' si (%46.15) Mycoplasma ovipneumoniae ve 4' ü (%15.38) Mycoplasma arginini olarak identifiye edildi. Örneklerin 2' sinde (%7.69) M. ovipneumoniae ve M. arginini eş zamanlı olarak belirlendi. Mycoplasma spp. olarak tanımlanan 8 (%30.76) izolat ise araştırılan türler (M. ovipneumoniae ve M. arginini) yönünden negatif saptandı. Tanımlanan izolatlardan 22' sinin (%84.61) 16S rRNA geninin kısmi dizi analizi başarılı bir şekilde gerçekleştirildi ve sekans sonrası izolatların 11' i M. ovipneumoniae, 4' ü M. arginini olarak tanımlandı. Tür spesifik PCR ile M. ovipneumoniae ve M. arginini' nin eş zamanlı belirlendiği 2 örnek ise sekansı sonrası M. arginini olarak tanımlandı. Cins spesifik PCR ile Mycoplasma spp. olarak tanımlanan 5 izolat ise sekans analizi sonucu Mycoplasma bovigenitalium olarak identifiye edildi. Sonuç olarak, 16S rRNA gen bölgesinin sekans analizi sonrası 22 izolatın 11' i (%50) M. ovipneumoniae, 6' sı (%27.27) M. arginini ve 5' i (%22.72) M. bovigenitalium olarak identifiye edildi ve sekansı yapılan izolatların herbiri kendilerine özgü erişim numaraları ile NCBI veri bankasına kaydedildi. Tür spesifik PCR yöntemiyle identifiye edilen Mycoplasma türleri ile 16S rRNA gen bölgesinin sekansı sonrası elde edilen türler büyük uyum içerisinde saptandı. 16S rRNA sekans analizine göre 22 Mycoplasma izolatı için komşu birleştirme yöntemi ile oluşturulan dendogram ve evrimsel ilişki sonucu izolatların tamamının Hominis filogenetik grubu içerisinde yer aldığı ve M. ovipneumoniae, M. arginini ve M. bovigenitalium olmak üzere üç temel kümede toplandığı görüldü. Bu kümelere bakıldığında M. arginini ve M. bovigenitalium izolatları iki ayrı filogenetik pozisyon almalarına rağmen birbirlerine olan yakınlıkları, M. ovipneumoniae izolatlarına olan filogenetik yakınlıklarından daha fazladır. Sonuç olarak, Kars yöresinde mezbaha ve kesimevlerinden temin edilen pnömonili koyun akciğerlerinde Mikoplazma prevalansı %10.4 olarak saptandı. Mikoplazma kaynaklı solunum sistemi hastalıklarının koyun yetiştiriciliği temelli ekonominin uygulanabilirlik ve sürdürülebilirliği üzerine olumsuz etkileri düşünüldüğünde bu çalışmada elde edilen Mikoplazma pozitifliği önemli ölçüdedir. Çalışmada, M. ovipneumoniae predominant tür olarak saptandı ve bunu M. arginini ve M. bovigenitalium izledi. Bu veriler koyun pnömonilerinde M. bovigenitalium ile ilgili ilk ulusal ve uluslararası bildirimdir. Koyunlara ait çeşitli enfeksiyöz vakalardan M. bovigenitalium' un artan bildirimleri bu etkenin konak spektrumuna koyunların da eklenmesi gerekliliğini ortaya çıkardı. İzolasyon ve moleküler identifikasyon testlerinin beraber yürütüldüğü bu çalışmada bulgular mikrobiyoloji alanında modern teknolojinin son ürünü olan sekans analizi sonuçları ile büyük uyum gösterdi. Kolay ve ucuz erişim imkanı ve ergonomik oluşu ile dizi analizi yönteminin Mikoplazma etkenlerinin teşhisi ve filogenetik analiz çalışmalarında fayda sağlayacağı ve bu yöntemlerin konvansiyonel yöntemlere kolaylıkla entegre edilebileceği öngörülebilir. In this study, it was aimed to investigate Mycoplasma species by cultural and molecular methods in 250 pneumonic and 30 healthy appearanced sheep lungs obtained from slaughterhouse and butcheries in Kars region between 2017 and 2018. Mycoplasma isolation was achieved in 26 (10.4%) of 250 sheep lungs with pneumonia in Mycoplasma Agar and Mycoplasma Broth media and all isolates were identified as Mycoplasma spp. by genus specific PCR. Mycoplasma spp. could not be isolated from the lungs of healthy-looking sheep. Species-specific PCR analysis using primers targeting the amplification of the 16S rRNA gene region identified 12 (%46.15) of the isolates as Mycoplasma ovipneumoniae and 4 (%15.38) as Mycoplasma arginini. M. ovipneumoniae and M. arginini were determined simultaneously in 2 (7.69%) of the samples. Eight isolates (30.76%) identified as Mycoplasma spp. were found to be negative for the investigated species (M. ovipneumoniae and M. arginini). The partial sequence analysis of the 16S rRNA gene of 22 (84.61%) of the identified isolates was performed successfully and 11 of the isolates were identified as M. ovipneumoniae and 4 as M. arginini. Two samples simultaneously identified as M. ovipneumoniae and M. arginini by species-specific PCR were furthure identified as M. arginini after the sequence analysis. Five isolates, identified as Mycoplasma spp. by genus-specific PCR, were identified as Mycoplasma bovigenitalium as the result of sequence analysis. As a result, after the sequence analysis of the 16S rRNA gene region, 11 (50%) of the 22 isolates were identified as M. ovipneumoniae, 6 (27.27%) as M. arginini and 5 (22.72%) as M. bovigenitalium. Each of the isolates was recorded in the NCBI database with their unique accession numbers. The species obtained after the sequence of the 16S rRNA gene region with Mycoplasma species identified by species-specific PCR are in great agreement. As a result of the dendogram and evolutionary relationship generated by the neighboring joining method for the 22 Mycoplasma isolates by 16S rRNA sequence analysis, all of the isolates were found in the Hominis phylogenetic group and were collected in three main clusters as M. ovipneumoniae, M. arginini and M. bovigenitalium. In these clusters, M. arginini and M. bovigenitalium isolates have two distinct phylogenetic positions, but their proximity to each other is higher than those for M. ovipneumoniae isolates. As a result, the prevalence of Mycoplasma in the pneumonic lungs obtained from slaughterhouse and butcheries in Kars region was found as 10.4%. When considering the material adverse effect of Mycoplasma-induced respiratory system diseases on the feasibility and sustainability of sheep breeding-based economy, the Mycoplasma positivity obtained in this study is not to be underestimated. M. ovipneumoniae was determined as predominant species and followed by M. arginini and M. bovigenitalium. These data are the first national and international reports on M. bovigenitalium in sheep pneumonia. The increased notifications of M. bovigenitalium from various infectious cases of sheep revealed the necessity of adding sheep to the host spectrum of this species. In this study, where isolation and molecular identification tests were carried out together, the findings showed great agreement with the results of sequence analysis which is the final product of modern technology in microbiology. With its ergonomic features and easy and inexpensive accessibility, it can be predicted that the sequence method will be useful in the diagnosis and phylogenetic analysis of Mycoplasma agents and it can be predicted that this method can be easily integrated into conventional techniques. 98

Su sakağısı, atlarda S.equi (S.equi subsp. equi)'nin neden olduğu akut seyirli, bulaşıcı ve irinli lenfadenitisle karakterize bir hastalıktır. Hastalık genellikle genç taylarda görülür ve hastalıkta üst solunum yolu ile ilgili bölgesel lenf nodüllerinde veya ender olarak da generalize formda apseleşme görülür.Hastalık tüm yaşlardaki tektırnaklıları etkiler. Bu çalışma da atlardan kültür yoluyla S. equi izolasyonu ve bu suşların PCR ile moleküler olarak identifikasyonu ve antibiyotik duyarlılık profillerinin saptanması amaçlandı. Bu amaçla 60 attan alınan burun svabı ve trakeal yıkantı sıvısı örnekleri kullanıldı. 60 örneğin kültür yoluyla incelenmesi sonucunda 22'sinden (%36) Streptokok izolasyonu gerçekleştirildi. İzole edilen 22 suşun, 3'ü (%19,1) S. equi, 19'u (%20,6) S. zooepidemicus olarak identifiye edildi. İzole edilen suşların SodA gen bölgesinin amplifikasyonu sonucunda 3 adet S. equi ve 19 adet S. zooepidemicus suşlarının tamamında 230 bp'lik bantlar gözlendi. S. equi etkenlerinin tür düzeyinde identifikasyonu için yapılan, SeeI gen bölgesinin amplifikasyonu sonucunda 520 bp'lik bant görüldü. İzole edilen 22 adet suşun tamamı moleküler olarak olarak doğrulandı. Bu suşların yapılan antibiyogram testi sonucunda Trimetoprim-Sulfametoxazol, Enrofloxacin, Teicoplanin, İmipenem'e, bütün suşlar duyarlı bulundu. Clindamycin, Neomycin, Vancomycin, Gentamicin, Cefoxitin, Penicilin G, Kanamycin, Streptomycin, antibiyotiklerine ise daha az oranda duyarlılık saptandı.Sonuç olarak, S. zooepidemicus'un hastalığın etiyolojisinde rol oynayabileceği ve bu nedenle etkenin göz ardı edilmemesi gerektiği, S. zooepidemicus ve S. equi'nin identifikasyonunda PCR testinin yararlı olduğu görüldü. Antibiyogram testi sonucunda, özellikle aminoglikozidlere karşı bir direncin bulunduğu tespit edildi. Strangles is a contagious and acut disease of horses characterized by suppurative lymphadentis and caused by Streptococcus equi subsp. equi. The disease is usually seen in young foals and there is abscessation in lymph nodes of upper respiratory system and rarely it is in generalized abscessation form. Strangles affects equines of all ages. In this study, it was aimed to isolate S. equifrom horses and perform molecular identification of the agent by PCR. It was also planned to determine antibiotic sensitivity profiles of the isolates. For this purpose, tracheal washings and nasal swabs were collected from 60 horses. At the end of cultural studies, a total of 22 (36%) Streptococci isolation were made. Out of 22 isolated strains tested, 3 (19.1%) and 19 (20.6%) were identified as S.equi and S. zooepidemicus, respectively. All isolates were verified by PCR. Amplification of SodA gen region of isolated strains yielded 230 bp DNA bands in agarose electrophoresis in both 3 S.equi and 19 S.zooepidemicus isolates. For species level molecular identification, amplification of SeeI gen region was made by using specific primers and 520 bp DNA bands were observed in gels under UV light. According to the antibiotic sensitivity test results, all isolates were sensitive to Trimetoprim-Sulfametoxazol, Enrofloxacin, Teicoplanin, Imipenem, sensitivity to Clindamycin, Neomycin, Vancomycin, Gentamicin, Cefoxitin, Penicilin G, Kanamycin, Streptomycin was found relatively less.At the end of the study, it was concluded that S. zooepidemicus could play a role in the disease besides S.equi and therefore, this should be taken for consideration. It was also noted that PCR for molecular identification for S.equi and S.zooepidemicus might be a useful tool. Antibiotic sensitivity test showed that there is a resistance to especially aminoglycosides. 48

Amaç: Tick Borne Ensefalit Virüs (TBEV) infeksiyonu, vektörlerle bulaşan önemli bir zoonotik hastalıktır. Bu çalışmada, geçtiğimiz yıllarda Kene-Kaynaklı insan vakalarının gözlendiği Türkiye'nin Orta Karadeniz bölgesindeki ruminantlardan (sığır, koyun ve keçi) toplanan sert keneler, kan ve serum örnekleri TBEV'e spesifik RNA ve IgG antikorlarının varlığı açısından incelendi.Materyal ve Metot: Orta Karadeniz bölgesinde serbest otlayan 509 koyun (556 havuz), 93 sığır (99 havuz) ve 106 keçiden (124 havuz) 2016 Mart ve Temmuz ayları arasında toplam 2625 kene ve 708 kan örneği toplandı. Ayrıca, aynı bölgede sığır, keçi ve koyundan 460 serum örneği toplanıldı ve serumlar ELISA kullanılarak TBEV antikorlarının varlığı açısından analiz edildi. Toplanan kene ve tam kan örnekleri ise rRT-PCR metodu ile viral nükleik asit varlığı araştırıldı.Bulgular: Dokuz kene türü tespit edildi ve en fazla bulunan kene türleri % 32,4 (850/2625) Rhipicephalus turanicus ve % 27,2 (715/2625) Haemaphysalis sulcata'dır. Kan ve kene örneklerinde TBEV genomik RNA'sı saptanamazken, ELISA ile test edilen 460 sığır, keçi ve koyun kan serum örneklerinin 83'ü (%18,4), TBEV için antikor-pozitif bulundu. TBEV enfeksiyonu için türlere göre serolojik değerlendirmede, TBEV IgG antikoru 198 sığır serumunun 61'inde (% 30,8), 115 keçi serumunun 7'sinde (% 6,1) ve 147 koyun serumunun 15'inde (% 10,2) pozitif bulundu. Şehirler için pozitiflik oranları ise Samsun'da % 12,7, Sivas'da % 35,2 ve Tokat'ta % 13,2 olarak belirlendi.Sonuç: Kan ve kene örneklerinden TBEV RNA'sını tespit edilememesine rağmen, bu çalışmada TBEV antikorlarının varlığı ELISA ile doğrulandı. TBEV'in varlığı ve/veya yaygınlığı ile ilgili farklı kene türlerinin rolü hakkında daha fazla çalışma yapılmasının gerekli olduğu sonucuna varıldı. Bu ülkemizde evcil hayvanlarda TBEV varlığı hakkında yapılan ilk çalışmadır.Anahtar Kelimeler: Keçi; Koyun; rRT PCR; Sığırlar; TBEV; Türkiye Aim: Tick-borne encephalitis virus (TBEV) infection is a important zoonotic disease transported by vectors. In this study, the hard ticks, blood and serum samples collected from ruminants (cattle, sheep and goat) in middle Black Sea region of Turkey where Tick-Borne human cases were observed in the past years were surveyed for the presence of RNA and specific IgG antibodies from TBE virus (TBEV). Material and Method: A total of 2625 ticks and 708 whole blood samples were collected between March and July of 2016 and 2017 from 509 sheep (556 pools), 93 cattle (99 pools) and 106 goat (124 pools) grazing in the middle Black Sea region. In addition, a total of 460 serum samples were collected from cattle, goat and sheep in the same region and the sera were analysed for the presence of antibodies to TBEV using ELISA. The presence of viral nucleic acid was investigated from collected tick and whole blood samples by rRT PCRResults: Nine tick species were identified and the most abundant were Haemaphysalis sulcata 32.4% (850/2625) and Rhipicephalus turanicus 27.2% (715/2625). No TBEV genomic RNA was found in blood and tick samples. However, 83 of 460 cattle, goat and sheep blood serum samples tested were antibody-positive for TBEV by ELISA. Serological examination of serum samples for anti- TBEV infection revealed that TBEV IgG antibody was present in 61 of 198 (30.8%), 7 of 115 (6.1%) and 15 of 147 (10.2%) cattle, goat and sheep, respectively. Positivity rates for the provinces varied and were as follows: Samsun 12.7%, Sivas 35.2% and Tokat 13.2%.Conclusion: While we did not detect TBEV RNA in blood and tick species, the presence of TBEV antibodies was confirmed by ELISA surveyed in this study, continued efforts may reveal more information about the role of different tick species in TBEV maintenance and/or dissemination in the region. This is the first study on TBEV in domestic animals in TurkeyKeywords: Cattle; Goat; rRT PCR; Sheep; TBEV; Turkey 46

Bu tez çalışması ile Canine Monositik Ehrlichiosis'li köpeklerdefarklı evrelere ait kalpte oluşabilecek muhtemel hasar NT-pro BNP düzeyleri ile araştırıldı. Araştırmanın hayvan materyalini oluşturmak üzere Aydın Adnan Menderes Üniversitesi Veteriner Fakültesi Küçük Hayvan Kliniklerine ve Aydın ile İzmir illerindeki özel veteriner kliniklerine iştahsızlık, kilo kaybı, yüksek ateş, generalize lenadenopati, splenomegali, kas zafiyeti, deride ekimoz ve peteşi, epistaksis, bacaklarda ödem, dispne veya poliartiritis şikayetleri ile getirilen farklı ırk (4'er Terrier ve Golden Retriever, 3'er Rottweiler ve Airdale terrier, 2 Siberian Husky 1'er Türk Çoban Köpeği, Labrador retriever, Alman Çoban köpeği, Pointer ile 2 melez, yaş (2-7) ve her iki cinsiyetten 10 erkek, 12 dişi) 23 köpek araştırma kapsamında değerlendirmeye alındı. Yukarıda bahsi geçen klinik bulguların yanı sıra trombositopeni olan/olmayan 200'e yakın köpek tanı ve ayırıcı tanı amacıyla klinik muayene ve laboratuar testleri aracılığıyla muayene edildi. E.canis ile enfekte olduğu saptanan köpeklerin vektörlerle nakledilen ve kardiyak hasara yol açabilen Ehrlichia canis/E.ewingii, Anaplasma phagocytophilum, Borrellia burgdorferri ve Dirofilaria immitis ile koenfekte olup olmadıkları hızlı test kiti (SNAP 4Dx plus, Idexx USA) ile araştırılarak yalnızca E.canis (daha sonradan PCR analizi ile antijen belirlendiği üzere) ile enfekte köpekler, serolojik, klinik ve laboratuvar bulgular temelinde önerilen evreleme dikkate alınarak 3 farklı grupta (her grupta n=7) değerlendirildi. Buna göre; I. grup [akut E.canis infeksiyonu; antikor negatif ancak belirlenebilecek düzeyde DNA [PZR pozitif]], II. grup [E.canis' e maruz kalma (belirlenebilecek düzeyde DNA [PZR negatif] ancak E.canis seroaktif)], III. Grup [aktif infeksiyon (PZR pozitif ve E.canis seroaktif) ve IV. grup sağlıklı kontrol grubu [hiç E.canis' e maruz kalmamış köpekler (PZR negatif antikor negatif)] olmak üzere hastalıkla ilişkili 3 ayrı sınıflandırmaya tabi tutuldu. Sağlıklı kontrol grubu (IV.grup), kliniğe aşı veya sağlık kontrolü amacıyla getirilen, klinik ve laboratuvar değerlendirilmelerinde herhangi bir anormallik saptanmayan her iki cinsiyetten ve CME'li gruplarına benzer yaş aralığındaki köpeklerden (n=7) teşkil edildi. Vena cephalica antebrachii'den 0,5'er ml kan EDTA'sız tüplere aktarılarak, santrifüje edildi. Müteakip Wondfo Finecare Flörosan İmmunoassay cihazı ile NT-pro BNP düzeyleri belirlendi. Kontrol grubu olguların tamamında NT-pro BNP düzeyleri 18 pg/mL değerinden düşük olarak tespit edildi. NT-pro BNP düzeyleri, Canine Monositik Ehrlichiosis'li Akut enfekte olgularda 43,08 ± 25,08, Aktif enfekte olgularda 27,29 ± 8,13, Maruz kalan olgularda 20,81 ± 2,81 ve kontrol grubunda 18 ± 0 pg/mL olarak tespit edildi. Gerçekleştirilen bu tez çalışması ile hastalığın farklı evrelerinde kardiyovasküler yanıta ilişkin klinikopatolojinin daha detaylı şekilde anlaşılabileceği, yine köpeklerde kardiyak tutulumlu vektör aracılıklı hastalıkların NT-pro BNP analizleri ile olan ilişkisinin belirlenmesiyle sağaltım protokollerinin değişebileceği, yüksek bütçeli araştırma projelerinin yapılması halinde artış gözlenen vakalarda NT-pro BNP düzeylerinin muhtemel miyokardiyal hasarın habercisi olarak kullanılması veya prognostik biyobelirteç olma yolundaki öneminin araştırılabileceği ve insan hekimliği (aynı hastalık etkenine ait olgular ) alanına da katkı sağlayacağı düşünüldü. In the present study, probable cardiac to those of injury different stages in Canine Monocytic Ehrlichiosis dogs was investigated with NT-pro BNP levels. Animal material of animal this research, involved dogs with anorexia, weight loss, high fever, generalized lenfadenopathy, splenomegaly, muscle weakness, ecchymosis and petechiae in the skin, epistaxis, edema in the legs, dyspnea or polyarthritis to those of different breeds (4 Terrier and 4 Golden Retriever, 3 Rottweiler and Airdale terrier, 2 Siberian Husky, 1Turkish Shepherd Dog, 1 Labrador retriever, 1 German Shepherd dog and 1 Pointer with 2 crossbred age of 2 to 7, from both sexes (10 male 12 female) were included in the study. In addition to the aforementioned clinical findings, nearly 200 dogs with and without trombocytopenia were examined by clinical examination and laboratory tests for diagnosis and differential diagnosis. Dogs infected with E.canis were analyzed with a test kit for Ehrlichia canis/E.ewingii, Anaplasma phagocytophilum, Borrellia burgdorferri and Dirofilaria immitis that were transmitted with vectors and may cause cardiac damage, and only E.canis-infected dogs were evaluated in 3 different groups (n=7 in each group) considering the staging suggested on the basis of serological, clinical and laboratory findings. In context; group I [ acute E.canis infection; antibody negative but detectable level of DNA [PCR positive]], group II [Exposure to E.canis (detectable DNA [PCR negative] but E.canis seroactive)], group III [active infection (PZR positive and E.canis seroactive)] and group IV [Dogs never exposed to E.canis (PCR negative antibody negative)] including the healthy control group were subjected to 3 different classification related to the disease. The healthy control group (IV.group), consisted of similar age range dogs (n=7) of both sexes and CME groups who were referred to the clinic for vaccination or health status, without any abnormality in clinical and laboratory evaluations. 0,5 ml of blood from the Vena cephalica antebrachii was transferred to tubes EDTA-free and centrifuged. Following NT-pro BNP levels determined by Wondfo Finecare Fluorescent Immunoassay device. NT-pro BNP levels were detected lower than 18 pg/mL value for all control group cases. NT-pro BNP levels were detected as 43,08 ± 25,08 in acute infected cases with Canine Monocytic Ehrlichiosis, 27,29 ± 8,13 in active infection, 20,81 ± 2,81 in exposed cases and 18 ± 0 pg/mL in control group. With this study, the clinicopathology of cardiovascular response in different stages of the disease might be understood more detail in dogs and again the relationship of cardiac involvement diseases in dogs with NT-pro BNP analysis, it was thought that it might used biomarker of myocardial damage or investigate the importance the latter parameter as a prognostic biomarker and it was thought to contribute to the field of human medicine (the same disease agent cases). 68

Kanatlı klamidiozis'i obligat hücre içi bakteri olan Chlamydophila psittaci'nin neden olduğu sistemik, bulaşıcı, ölümlere sebep olabilen, zoonotik bir hastalıktır. Enfeksiyon yaygın olarak güvercinler, papağanlar, kanaryalar ve tavuk, hindi, ördek gibi ticari amaçla yetiştirilen kanatlılar olmak üzere 470'in üzerinde kanatlı türünde görülmektedir. İnsanların yabani ve evcil kuşlarla uzun yıllar geçirmesi, insanlarda enfeksiyonun görülmesine zemin hazırlamaktadır. Bulaşma kuşlar arasında solunum ya da fekal-oral yolla olmaktadır. İnsanlarda ise solunum veya doğrudan temas yolu ile olmaktadır. Bu çalışmada Hatay ilinde kafes kuşlarında klamidiosiz enfeksiyonlarına neden olan Chlamydophila psittaci'nin sekans saçılımının Real Time PCR ile belirlenmesi amaçlanmıştır. Bu amaçla 50 farklı kafesten dışkı örnekleri toplandı. Laboratuvara getirilen ve içerisinde 10 gram dışkı örneği bulunan falkon tüplere 10 ml steril PBS eklenerek vorteks aracılığı ile iyice karıştırıldı ve dışkının sıvı içerisinde çözünmesi sağlandı. Bu işlemin ardından, falkon tüpler 5 dakika beklenerek kaba partiküllerin tüpün dibinde çökmesi beklendi ve üstteki sıvıdan 1 ml alınarak steril tüplere aktarıldı. Bu üst sıvı DNA ektraksiyonu amacıyla kullanıldı. Yapılan analizler neticesinde 50 örneğin 2'sinde (%4) C. psittaci yönünden pozitiflik saptandı.Yapılan analizler sonucunda, bu çalışmadan elde edilen veriler hem bölgemiz açısından riskleri ortaya çıkarmak için hem akademik literatüre katkı hemde yetiştiricileri bilgilendirmek için önemli veriler sağlamıştır. The avian chlamydiosis, is a systemic, contagious, fatal and a zoonotic disease caused by obligat intracellular Chlamydophila psittaci. It has been determined in almost over 470 avian species, including pcittacine birds, pigeons, parrots, canaries and commercially grown poultry chickens, turkeys, ducks. This is a fact that people have a close relationship both with wild and pet birds and this has paved the way for infection in humans. The enfection is transmitted by respiratory and fecal-oral route between birds. Transmission of infection to humans occurs through inhalation or direct contact. In this study, it was aimed to determine C. psittaci which causes chlamydosis infections in cage birds in Hatay province. For this purpose, fecal samples were taken from 50 different cages. Ten ml of sterile PBS was added to the falcon tubes containing 10 gr fecal sample and vortexed and the feces dissolutioned in liquid. Then, the coarse particles were allowed to settle for 5 minutes at the bottom of the phalanx tubes and 1 ml of the supernatant was transferred to sterile tubes. This supernatant was used for DNA extraction. As a result of the analyzes, 2 (4%) of 50 samples were positive for C. psittaci.In recent years, efforts to protect public health have gained importance both in the world and in our country, and our findings are an important resource. As a result of the analyzes, the data obtained from this study had both contributed to the academic literature in order to reveal risks for our region and provide important data to inform the growers. 53

Bu tez çalışmasında Bursa ve komşu illerde bulunan sığırlarda solunum sistemi enfeksiyonlarına neden olan önemli viral patojenlerden bovine respiratorik sinsityal virus (BRSV), bovine parainfluenza virus-3 (BPIV-3), bovine viral diarrhea virus (BVDV) ve bovine herpesvirus-1 (BoHV-1) etkenlerinin konvansiyonel virolojik yöntemler ve moleküler yöntemler aracılığıyla tespit edilmesi, genetik karakterizasyonunun yapılması ve saha izolatlarının elde edilmesi hedeflenmiştir. Bu amaçla solunum sistemi bulguları gösteren sığırlarda 133 nazal svab ve 60 akciğer doku örneği olmak üzere toplam 193 örnek değerlendirildi. Tüm örnekler MDBK hücre hattında virus izolasyonuna tâbi tutuldu. Ayrıca örneklere BRSV varlığını tespit etmek için nested RT-PCR; BPIV-3 için hemadsorbsiyon testi ve RT-PCR; BVDV için immunoperoksidaz testi, antijen-ELISA ve RT-PCR; BoHV-1 için antijen-ELISA ve PCR yöntemleri uygulandı. Virus izolasyonu çalışmalarında 1 BPIV-3 (ET-81) ve 2 non-sitopatojen BVDV saha izolatı (DO-48 ve ET-94) elde edildi. Antijen-ELISA testleri sonucunda 10 örnek BVDV antijen pozitif olarak saptanırken; BoHV-1 antijeni tespit edilemedi. RT-PCR ve PCR aracılığıyla hayvanların %6,74'ünde (13/193) solunum sistemi enfeksiyonu saptanırken, BRSV, BPIV-3, BVDV ve BoHV-1 prevalansı sırasıyla %2,59 (5/193); %0,52 (1/193); %2,59 (5/193) ve %1,04 (2/193) olarak tespit edildi. Elde edilen PCR ürünlerinin dizi analizleri ve sonrasında filogenetik analizleri yapıldı. Bunun sonucunda DO-7, ET-63 ve ET-124 kodlu dizinlerin BRSV'nin F gen bölgesine göre birbirleriyle yakın ilişkili olduğu; ET-81 kodlu dizinin HN proteini gen bölgesine göre BPIV-3c genotipinde; DO-48, ET-64 ve ET-94 kodlu dizinlerin 5'UTR gen bölgesine göre sırasıyla BVDV-1f, BVDV-1a ve BVDV-1l alt gruplarında; ET-121 kodlu dizinin ise gC gen gölgesine göre BoHV-1.1 alt grubunda yer aldığı belirlendi. Örneklerde çoklu enfeksiyon tespit edilemedi. The aim of this PhD thesis is to determine the presence of bovine respiratory syncytial virus (BRSV), bovine parainfluenza virus type 3 (BPIV-3), bovine viral diarrhea virus (BVDV) and bovine herpesvirus type 1 (BoHV-1), which are important viral pathogens of bovine respiratory disease. For that purpose, conventional virologic methods and molecular methods were employed. A total of 193 samples (133 nasal swabs and 60 lung tissue samples) from the cattle showing respiratory system findings were examined in Bursa and neighboring provinces. For virus isolation, all the samples were inoculated onto MDBK cell culture for 3 blind passages. In addition, the samples were tested by nested RT-PCR for BRSV; hemadsorption test and RT-PCR for BPIV-3; immunoperoxidase monolayer assay, antigen-ELISA and RT-PCR for BVDV; antigen-ELISA and PCR methods for BoHV-1.During virus isolation, 1 BPIV-3 (ET-81) and 2 non-cytopathogenic BVDV (DO-48 and ET-94) isolates were obtained. By antigen-ELISA tests, 10 samples were found to be positive for BVDV antigen, while there was no positive sample for BoHV-1 antigens. By RT-PCR and PCR, the prevalence of BRSV, BPIV-3, BVDV and BoHV-1 was determined as 2,59% (5/193); 0,52% (1/193); 2,59% (5/193) and 1,04% (2/193), respectively. 6,74% (13/193) of the animals tested were found to have respiratory infection caused by these viruses. Sequence analysis was performed on PCR products from selected samples. According to phylogenetic analyses, DO-7, ET-63 and ET-124 sequences were closely related to each other according to the F gene region of BRSV. ET-81 was found in the genotype of BPIV-3c according to HN protein gene region. DO-48, ET-64 and ET-94 sequences that were identified as BVDV-1 and 5′UTR-based analysis demonstrated the existence of BVDV-1f, BVDV-1a, and BVDV-1l subgenotypes, respectively. ET-121 sequence was found to take part in BoHV-1.1 subgroup according to gC gene region. No multiple infections could able to be detected in the samples. 103

Bu çalışmada; farklı illerde (Ankara, Denizli, Burdur, Erzurum, İzmir, Tokat, Hatay) yerleşik sığır yetiştiriciliği işletmelerinde bulunan, solunum ya da sindirim sistemi enfeksiyonu klinik bulgularını gösteren 119 buzağı/erişkin sığırdan sağlanan tanı materyalleri (41 gaita ve 78 nazal akıntı) BCoV varlığı yönünden sorgulanmış; ardından saptanan yerel BCoV'ların (n=11) S glikoproteini kodlayan genin kısmi analizi (S1 gen bölgesi) / tüm analizi yapılmıştır. Elde edilen nükleik asit ve amino asit dizinleri, klinik materyalin türü ve yerel viruslarda saptanan mutasyonlar incelenerek, S genin farklı sistemlere tropizm oluşumundaki olası önemi üzerine değerlendirmeler yapılmıştır.N gen bölgesine yönelik RT-Nested PCR yöntemi ile test edilen örneklerden, 35'i (9 gaita ve 26 nazal akıntı) BCoV yönünden pozitif bulunmuştur. Bu yerel virusların (n=35) tüm S gen bölgesinin elde edilmesini hedefleyen RT-PCR'lar sonrasında, 11 örnek için yerel BCoV kısmi/tüm S gen bölgesi dizinleri elde edilmiştir. Bu dizinlerm Türkiye'de daha önce bildirilen dizinler, farklı ülkelerde saptanan BCoV suşları ve referans viruslar (enterik orijinli Mebus ve solunum sistemi orijinli LSU) ile karşılaştırmalı olarak incelenmiştir.Sonuç olarak bu çalışmada buzağı ishallerdeki önemi iyi bilinen BCoV'ların solunum sistemi enfeksiyonlarına da önemli oranla katılımının olduğu, yerel suşların pek çok farklı amino asit değişimi göstermelerine karşın önemli ölçüde birbirine benzer olduğu, nasal akıntı yada gaita orijinli bazı yerel viruslarda ısrarcı değişimlerin varlığı tespit edildi. Farklı sistemlere tropizm yönünden yerel BCoV S gen bölgesi amino asit dizinleri incelendiğinde, literatürde daha önce tropizm ile ilişkilendirilen bazı değişimlerin bir kısmının yerel viruslarda da bulunduğu görüldü. Bu çalışmada Türkiye'de BCoV S gen bölgesinin tüm gen analizinin bildirildiği ilk çalışmadır. In this study; diagnostic materials collected from the breeding establishments located in different provinces (Ankara, Denizli, Burdur, Erzurum, Izmir, Tokat, Hatay). 119 calves and adult cattle were sampled (41 feces and 78 nasal discharge) which presents clinical findings of respiratory or digestive tract infection for the BCoV existence. After detection of the local BCoVs (n=11), partial analysis (S1 gene region) / whole analysis of the gene encoding the S glycoprotein. With the obtained nucleic acid and amino acid sequences, the type of clinical material and mutations detected in local viruses were examined and evaluations were made on the possible importance of S gene in the formation of tropism in different systems.Samples tested for the N gene region by RT-Nested PCR method, 35 (9 feces and 26 nasal discharge) were positive for BCoV. After RT-PCRs aimed to acquire the whole S gene region of these local viruses (n=35), partial / whole S gene region sequences were obtained for 11 samples. These sequences investigated and compared with the previously reported BCoV strains in Turkey and different countries and reference viruses (enteric origin Mebus and respiratory system origin LSU).In conclusion, it was determined that BCoVs, which are well known for their importance in calf diarrhea, also had a significant contribution to respiratory system infections, although local strains showed many different amino acid changes those are significantly similar to each other, and there were persistent changes in some local viruses of nasal discharge or feces origin. When the local BCoV S gene region amino acid sequences were examined in terms of tropism in different systems, some of the previously reported tropism-related changes were found in local viruses. This study is the very first for the BCoV whole S gene analyzes reported in Turkey. 103

Flavobacterium genusuna ait türlerin balıklarda oluşturduğu salgınlar önemli ekonomik kayıplara neden olmaktadır. Bu türlerden en fazla bilinenleri Flavobacterium psychrophilum, F. columnare ve F. branchiophilum'dur. Son yıllarda birçok yeni Flavobacterium türünün de balıklardan izole edildiği bildirilmiştir. Bu araştırmada gökkuşağı alabalığı (Oncorhynchus mykiss), Anadolu/dağ alabalığı (Salmo trutta macrostigma), Çoruh alabalığı (Salmo coruhensis), kaynak alabalığı (Salvelinus fontinalis) ve Karadeniz alabalığından (Salmo trutta labrax) izole edilmiş 109 Flavobacterium spp. izolatının dizi analizi ile identifikasyonu, PCR-RFLP profiline göre genotiplendirilmesi, antimikrobiyal direnç durumunun belirlenmesi amaçlanmıştır. Flavobacterium türlerinin identifikasyonu 16S rRNA bölgesinin dizi analiziyle, PCR-RFLP analizi ise 16S rRNA, gyrA, gyrB gen bölgeleri kullanılarak yapılmıştır. Ayrıca Flavobacterium türlerinin amoksisilin, oksitetrasiklin, oksalinik asit, sulfamethoksazol/trimetoprim, enrofloksasin, eritromisin ve florfenikol antimikrobiyallerine karşı dirençliliği fenotipik (disk difüzyon, minimum inhibitör konsantrasyonları) ve genotipik (floR, tetA, tetB, tetC, tetE, tetH, tetM, tetL, sul1, sul2 sul3, qnrA, qnrB ve qnrS) olarak belirlenmiştir.Dizi analizi sonucunda 27 farklı Flavobacterium türü identifiye edilmiştir. Bu türlerden 26'sı ülkemizde ilk kez izole edilmiştir. F. antarticum, F. terrigena, F. granuli, F. frigoris, F. saccharophilum, F. xueshanense ve F. cutihirudinis türleri ise balıklarda ilk defa tespit edilmiştir. F. psychrophilum izolatları genotipik olarak homojen bir yapı göstermiş ve amoksisilin, florfenikole karşı duyarlı, enrofloksasin ile oksalinik asite ise duyarlılığının azalmılş olduğu belirlenmiştir. F. branchiarum, F. branchiicola, F. collinsii, F. frigoris ve F. psychrophilum türlerinde floR ve F. branchiarum, F. branchiicola, F. collinsii, F. oncorhynchi, F. plurextorum, F. psychrophilum, F. spartansii, F. terrigena ve F. tiangeerense türlerinde ise sul2 direnç geni bu çalışmada ilk defa tespit edilmiştir.Anahtar Kelimeler; Flavobacterium spp., Antimikrobiyal Direnç, RFLP Outbreaks in fish species due to the Flavobacterium genus cause significant economic losses. The best known of these species are Flavobacterium psychrophilum, F. columnare and F. branchiophilum, but in recent years, it has been reported that many new Flavobacterium species have also been isolated from fishes. The present study focused on three main goals: 1) to identify the isolate by sequence analysis, 2) to detect genotypes by their PCR-RFLP profiles and 3) to determine the antimicrobial resistance status of 109 Flavobacterium spp. that were isolated from rainbow trout (Oncorhynchus mykiss), Anatolian/mountain trout (Salmo trutta macrostigma), çoruh trout (Salmo coruhensis), brook trout (Salvelinus fontinalis) and black sea trout (Salmo trutta labrax).Each Flavobacterium species was identified by sequence analysis of the 16S rRNA region and by PCR-RFLP analysis using the 16S rRNA, gyrA and gyrB gene regions. Resistance of the Flavobacterium species to amoxicillin, oxytetracycline, oxalinic acid, sulfamethoxazole/trimethoprim, enrofloxacin, erythromycin and florfenicol antimicrobials was determined phenotypically (disk diffusion, minimum inhibitor concentrations) and genotypically (floR, tetA, tetB, tetC, sul1, sul2 sul3, qnrA, qnrB and qnrS).As a result of the sequence analysis, 27 different Flavobacterium species were identified. Twenty-six of these species were isolated for the first time in Turkey. F. antarcticum, F. terrigena, F. granuli, F. frigoris, F. saccharophilum, F. xueshanense and F. cutihirudinis species were the first Flavobacterium species detected in fish. F. psychrophilum isolates showed a genotypically homogeneous structure, and it was determined that the isolates were susceptible to amoxicillin and florfenicol, while enrofloxacin and oxalinic acid susceptibility was decreased in this species. Also in this study, the floR antimicrobial resistance gene in the F. branchiarum, F. branchiicola, F. collinsii, F. frigoris and F. psychrophilum species as well as the sul2 resistance gene in the F. branchiarum, F. branchiicola, F. collinsii, F. oncorhynchi, F. plurextorum, F. psychrophilum, F. spartansii F. terrigena and F. tiangeerense species were detected for the first time.Keywords; Flavobacterium spp., Antimicrobial Resistance, RFLP 133

Araştırma, sığır karkasının farklı kas bölgeleri arasındaki gen ifadesi ve kalite farklılıklarının tespiti amacı ile yapılmıştır. Çalışmada, aynı yaş ve cinsiyette 15 Angus sığırı kullanılmış ve tüketime sunulan tüm karkas bölgelerini temsilen 12 farklı kas bölgesinden örneklem gerçekleştirilmiştir. Alınan örnekler; moleküler düzeyde qPCR analizleri gerçekleştirilerek ANK1, CAPN1, CAST, HSPB1 (HSP27), HSPA1A (HSP70) gen ifadeleri yönünden, gıda analizleri için gevreklik, pişirme kaybı, su tutma kapasitesi, renk (L, a, b), pH-sıcaklık değerleri yönünden ve histolojik analizler için sarkomer uzunluğu açısından incelemeye alınmıştır.ANK1 geninin, yüksek kaliteye sahip kaslarda düşük kaliteye sahip kaslara kıyasla daha fazla ifade olduğu görülmüş ve diğer tüm genlerden daha belirgin bir farklılık gösterdiği tespit edilmiştir. CAPN1 geninin de ise yüksek kaliteye sahip kaslardan düşük kaliteye sahip kaslara doğru bir azalma trendi olduğu gözlemlenmiştir. CAST, HSPB1 ve HSPA1A genlerinin yüksek ve düşük kaliteli kaslar arasında anlamlı bir farklılık göstermediği ortaya konmuştur. Gıda analizlerinde ise değerlendirmeye en uygun sonuçların gevreklik analizi olduğu görülmüştür.Bu araştırma ile ANK1 ve CAPN1 genlerinin et kalitesinin belirlenmesinde önemli bir belirteç olabileceği, CAST, HSPB1 ve HSPA1A genlerinin ise et kalitesinin belirlenmesinde belirteç olarak kullanılmasının uygun olmadığı sonucuna varılmıştır. Bununla birlikte aynı hayvanın farklı karkas bölgelerinde yapılabilecek çalışmalarda m. longissimus thoracis ve m. extensor digitorum kaslarının karşılaştırmalı olarak kullanılmasının diğer kas bölgelerinin kullanılmasına kıyasla daha doğru sonuçlar verebileceği ortaya konmuştur. The research was carried out with the aim of detecting the expression of genes and quality differences between different muscle groups of the bovine carcass.In the present study, 15 Angus were used in the same age and gender, and 12 different muscle groups were sampled to represent all the carcass parts that were offered for consumption. Following that qPCR analysis was performed for ANK1, CAPN1, CAST, HSPB1 (HSP27), HSPA1A (HSP70) genes and tenderness, cooking loss, water holding capacity, color (L, a, b), pH, temprature, sarcomer lenght analysis performed for meat quality traits.Our findings reveal that ANK1 gene expression was found higher in high quality muscles comparing with low quality muscles. Also that gene shows better relation with meat quality as against the other meat quality related genes. Furthermore, the trend of CAPN1 gene expression decrease from high quality muscles to low quality muscles which indicate that the gene could be relatable with meat quality. Nevertheless CAST, HSPB1 and HSPA1A genes do not represent any significant difference between high and low quality muscles. Additionally, in meat quality analysis, it has been seen that the most appropriate outcome come up from the tenderness results.Collectively, ANK1 and CAPN1 genes are important biomarkers for determining the meat quality and CAST, HSPB1, HSPA1A genes may not be suitable biomarkers for the determination quality of meat. Besides that our results also indicate that comparative use of m. longissimus thoracis and m. extensor digitorum muscles may give more accurate results than using other muscle groups in comparative studies. 107

Amaç: Bu araştırmada ilk kez ülkemiz karasularında avlanan ve yetiştirilen levreklerin (Dicentrarchus labrax) solungaçlarını enfekte eden diplectanid türlerin (Monogenea, Diplectanidae) moleküler identifikasyonu ve filogenetik ilişkilerinin belirlenmesi amaçlanmıştır.Materyal ve Metot: Karadeniz ve Ege Denizi'nde avlanan ve yetiştirilen toplam 40 adet levreğin parazitolojik muayenesi yapıldı. Levreklerin solungaçlarından izole edilen diplectanidlerin morfolojik identifikasyonu yapıldı. Morfolojik olarak teşhis edilen izolatların (GZP-1-5) moleküler identifikasyonları ve karakterizasyonu için 28S ribozomal RNA (rRNA) ile 18S rRNA-ITS-1 gen bölgeleri spesifik primerler ile çoğaltıldı. PZR analizleri sonrasında diplectanid türe ait izolatların aynı primerler ile DNA dizi analizleri yapıldı. Elde edilen sekansların filogenetik ağaçı Maximum Likelihood metodu ile oluşturuldu. Bulgular: Parazitolojik incelemeler sonucunda levreklerin solungaçlarında Diplectanum aequans (Wagener, 1857) türü teşhis edildi. Türkiye karasularında yetiştirilen ve avlanan levreklerde D. aequans'in enfeksiyon oranı %100, enfeksiyon yoğunluğu 15,10 olarak tespit edildi. GZP-1 izolatının (MH400167) 18S rRNA-ITS-1 gen bölgesinin Fransa (AJ276439) ve İtalya'dan (AM943816) izole edilen D. aequans türü ile %100 identik olduğu saptandı. Bununla birlikte 28S rRNA gen bölgesi yönünden GZP-1 izolatı (MH400186) ile diğer Diplectanum türleri arasında genetik uzaklık % 21,2-30 olarak saptandı. Sonuç: Bu tez çalışması ile dünyada ilk kez D. aequans türüne ait GZP-1 izolatının 28S rRNA gen bölgesi moleküler olarak karakterize edilerek MH400186 erişim numarası ile Genbank veri tabanına kayıt edildi. Aynı zamanda ülkemize ait GZP-1 izolatının 18S rRNA-ITS-1 gen bölgesinin moleküler karakterizasyonu ilk kez yapılarak MH400167 erişim numarası ile Genbank veri kaydı yapıldı. Aim: It is aimed to molecularly identify and determine the phylogenetic relations of diplectanid species (Monogenea, Diplectanidae) that infects the gills of the sea bass' (Dicentrarchus labrax) that captured and reared in our territorial waters for the first time within the present study. Materials and Methods: At a total of 40 sea bass that captured and reared in the Black and Aegean Sea were parasitologically examined. Molecular identification was carried out the diplectanids that isolated from the gills of the sea bass. 28S ribosomal RNA (rRNA) and 18S rRNA-ITS-1 gene regions were amplified with the specific primers for molecular identification and characterization of the morphologically identified isolates (GZP-1-5). DNA sequencing was made with the same primers of the isolates belong to diplectanid species after PCR analyzes. Phylogenetic tree was conducted by the Maximum Likelihood method of the obtained sequence analyzes.Results: Diplectanum aequans (Wagener, 1857) species were identified within the parasitological examinations of sea bass' gills. The prevalence of the D. aequans as 100%, and intensity as 15.10 were detected in the sea bass that reared and captured in the Turkish territorial waters. The 18S rRNA-ITS-1 gene region of the GZP-1 isolate (MH400167) was found 100% identical with the French (AJ276439) and Italian (AM943816) isolates collected from D. aequans species. Moreover, pairwise distance of the GZP-1 isolate (MH400186) from the other Diplectanum species for the 28S rRNA gene region detected as 21.2-30%.Conclusion: Within this thesis research the 28S rRNA gene region of the GZP-1 isolate belongs to the D. aequans species was molecularly characterized for the first time in the World and submitted to the GenBank with an MH400167 accession number. At the same time, the 18S rRNA-ITS-1 gene region of the GZP-1 isolate that belong to our country were molecularly characterized for the first time and submitted to the GenBank with an MH400167 accession number. 53

İnfertiliteye neden olan bakteriyel etkenlerin belirlenmesi, bu etkenlerin neden olduğu genital sistem enfeksiyonlarının önlenmesinde, kontrol edilmesinde ve yeni tedavi yöntemlerinin belirlenmesinde önemli rol oynamaktadır.Bu çalışmada, sürü yönetim programına sahip, hayvan kayıtlarının düzenli tutulduğu ve en az 100 adet inek bulunan, 33 adet süt inekçiliği işletmesi kullanıldı. Bu işletmelerde yapılan anket çalışması ile işletme bilgileri (1), işletme reprodüktif performans verileri (2), östrus saptanmasının değerlendirilmesine ilişkin veriler (3), kızgınlık tespiti programına ilişkin veriler (4), reprodüktif sağlık parametrelerine ilişkin veriler toplandı (5). İşletmelerde 5430 inek tarandı ve sonrasında hiçbir klinik bulgu tespit edilemeyen repeat breeder hayvanlardan spekülüm yardımı ile transport svabları kullanılarak 132 adet direkt vaginal svab alındı. Bakteriyel infertilite etkeni olan Campylobacter fetus subsp. venerealis, Histophilus somni, Mycoplasma sp. ve Ureaplasma sp.'nin çeviren ineklerde varlığı ve sıklığının belirlenmesi amacıyla Multipleks PCR yöntemi kullanıldı. 132 örnekten 122 örnek pozitif (% 92,42), 10 örnekte ise kullanılan primerlere ait hiçbir etkene rastlanamayarak negatif (% 7,58) olarak tespit edildi. Pozitif olarak tespit edilen örneklerden 13'ü Campylobacter fetus subsp. venerealis (% 9,85), 34'ü Histophilus somni (% 25,75), 62'si Mycoplasma sp. (% 46,97), 65'i Ureaplasma diversum ( % 49,24) olarak belirlendi.Anahtar Sözcükler: Campylobacter, Histophilus, İnfertilite, Mycoplasma, Repeat Breeder, Ureaplasma The identification of bacterial agents causing infertility plays an important role in the prevention, control and identification of new treatment methods for genital system infections caused by these agents.In this study, thirty three enterprises which includes at least 100 cows and using herd management program with regular records were used. A survey was conducted to collect (1) operational data, (2) operational reproductive performance data, (3) data on the assessment of estrus detection, (4) data on oestrus detection program, and (5) data on reproductive health parameters. A total of 5430 cows were examined in these enterprises and 132 vaginal swabs were taken from repeat breeder animals which had no clinical signs afterwards by using transport swabs with the help of speculum. Multiplex PCR method was used to determine the presence and incidence of Campylobacter fetus subsp. venerealis, Histophilus somni, Mycoplasma sp. Ureaplasma sp. which causes infertility in repeat breeder cows. 122 samples were positive (92.42%) in 132 samples, and none (7,58%) were found in any of the 10 samples. 13 of them were Campylobacter fetus subsp. venerealis (9,85%), 34 of them were Histophilus somni (25,75%), 62 of them were Mycoplasma sp. (46.97%), and 65 were Ureaplasma diversum (49.24%).Keywords: Campylobacter, Histophilus, Infertility, Mycoplasma, Repeat Breeder, Ureaplasma. 59

Bovine coronavirus (BCoV) solunum ve barsak sistemini etkileyen pnömoenterik bir karakter göstermektedir. Bu virus hem gaita hem de nazal sekresyonlarla saçılmakla beraber akciğerleri de etkileyebilmektedir. Ancak tüm Dünyada ve Ülkemizde solunum yollarını etkileyen BCoV'lar ile ilgili çalışmalar oldukça sınırlıdır. Bu araştırmada, solunum yolu BCoV enfeksiyonlarının bölgemizdeki durumunu ortaya koymak ve bu enfeksiyonlarda virus saçılımı, serolojik durum ve klinik belirtiler arasındaki ilişkilerin değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Solunum yolu klinik belirtileri gösteren farklı cinsiyetlere sahip 0 ile 2 yaş arasındaki toplam 92 hayvandan burun svabı örnekleri elde edildi. Svap örnekleri spesifik primerler kullanılarak RT-PCR analizine tabi tutuldu. Buna ilaveten aynı hayvanlardan serum örnekleri toplandı ve serumlar BCoV antikorları yönünden indirekt-ELISA yöntemi kullanılarak incelendi. Sonuç olarak 10 örnek (% 10.87) BCoV yönünden RT-PCR yöntemi ile pozitif olarak belirlendi. İndirekt ELISA testi ile gerçekleştirilen serolojik çalışmada ise antikor pozitif hayvan oranı tüm hayvanlar arasında % 93.48 iken burun akıntıları ile BCoV saçılımı gösterdiği belirlenen hayvanlarda % 90 (9/10) olarak saptandı. Sonuç olarak bu bulgular, ülkemizde solunum yolu enfeksiyonlarına neden olan viral etkenler arasında BCoV'ların da göz önünde tutulması, BCoV izolasyonlarının gerçekleştirilmesine yönelik daha fazla araştırmanın yapılması ve izole edilen virusların antijenik ve genetik özelliklerinin ayrıntılı olarak araştırılması gerekliliğini ortaya koymuştur. Bununla beraber Türkiye'deki enterik ve respiratorik coronaviruslar arasındaki farklılıları belirleyecek çalışmaların hedeflenmesi de önemli bir unsurdur. Bovine coronavirus (BCoV) is a pneumoenteric virus that infects respiratory tract and intestine. It is shed in both feces and nasal secretions and also infects the lung. However, the number of studies on respiratory tract BCoV infections is limited in the world and our country. The aim of this research was to detect the situation in respiratoric BCoV infections and the evaluation of viral sheeding, serologic stuation and clinical signs. A total of 92 nasal swab samples were obtained from 0-2 years-old cattle having different sex with respiratory symptoms. The collected swab samples were subjected to RT-PCR analysis using specific primers. In addition, serum samples were collected from same animals and BCoV antibodies examined by antibody-detection ELISA. Finally, ten (10.87%) samples were detected as positive for BCoV by RT-PCR. The seroconversion rate was 93.48% (86/92) in animals by ELISA and 90% (9/10) in animals shedding BCoV in the nasal swabs. In conclusion, these findings suggest that BCoV should be considered among respiratory infections in our country and further studies needed to isolate BCoVs and to investigate their antigenic and genetic properties. However the differences between enteric and respiratoric coronaviruses should be determined in Turkey. 87

Kistik Ekinokokkozis (KE), Echinococcus granulosus'un larval formu tarafından meydana getirilen, dünya çapında yaygın bir helmint hastalığıdır. Antijen B (AgB), E. granulosus larvasının bir ekskret-sekret ürünü olup, bu antijen parazitin larval formu tarafından bol miktarda salgılanmakta ve KE'nin serolojik teşhisi amacıyla antijen kaynağı olarak kullanılmaktadır. AgB, bir multigen ailesi tarafından kodlanmakta olup, konakçı immun sisteminden kaçma ile ilgili görevlerinin de olduğu ileri sürülmektedir. Bu tezin amacı; sığır ve koyunlardan elde edilen E. granulosus'un farklı izolatları arasında genetik farklılığı belirlemek ve AgB1 genindeki polimorfizmi DNA dizi analiziyle tespit ederek ELISA ve Western Blot testini kullanarak serolojik yanıtla olan ilişkisini araştırmaktır. Bu amaçla; Elazığ ve Erzincan illerindeki mezbanelerde kesim sonrası, her bir ilden 30 sığır ve 30 koyundan hidatik kistlere ait germinal membranlar ve bu hayvanlara ait kan serum örnekleri toplanmıştır. Total genomik DNA izolasyonundan sonra genetik karakterizasyon amacıyla tüm izolatların 12S rRNA geni PZR metoduyla çoğaltılmış, band elde edilemeyen örneklerin mt-CO1 gen bölgesi DNA sekans analiziyle incelenmiştir. Daha sonra gDNA'lar AgB1 spesifik primerler kullanılarak PZR ile çoğaltılmış ve DNA dizi analiziyle genetik varyasyon araştırılmıştır. Son aşamada bütün serum örnekleri kısmi pürifiye kist sıvısı antijeni kullanılarak ELISA ve Western Blot testleri ile analiz edilmiştir. Sonuç olarak; toplam 120 izolatın 114 (%95)'ünün 12S rRNA-PZR, 6 izolatın da mt-CO1-PZR ve takiben yapılan DNA dizi analizi neticesinde E. granulosus sensu stricto olduğu belirlenmiştir. Takiben yapılan DNA dizi analiziyle 120 örneğin 13 (%10.8)'ünde AgB1 geninde nükleotid değişimleri belirlenmiştir. Bu çalışma ile DNA dizi analizi kullanılarak AgB1 geninde polimorfizm tespit edilen 13 hidatik kistli örneğin 9 (%69.2)'u ELISA ile 6 (%46.1)'sı da WB ile pozitif bulunmuştur. Öte yandan AgB1 geninde herhangi bir polimorfizm saptanmayan 107 örneğin 80 (%74,7)'i ELISA ile 75 (%70,9)'i de WB ile pozitif bulunmuştur.Sonuç olarak E. granulosus sensu stricto'nun AgB1 geninde değişik oranlarda varyasyon belirlenmiş ve bunun serolojik yanıt üzerinde kısmi etkisinin olduğu tespit edilmiştir. Cystic Echinococcosis (CE) is a worldwide common of helminth disease caused by the larval form of Echinococcus granulosus. Antigen B (AgB) is an excretory-secretory product of E. granulosus larvae, which is secreted in abundance by the larval form of parasite and is used as antigen source for the serological diagnosis of CE. AgB is encoded by a multigen family, and it is suggested that there are also tasks related to escape from the host immunity system. The aim of this thesis is to determine the genetic difference between the different isolates of E. granulosus obtained from cattle and sheep and to detect the polymorphism in AgB1 gene by DNA sequence analysis and to investigate the relationship with serological response using ELISA and Western Blot test. For this purpose, the germinal membranes of hydatic cysts belong to 30 cattle and 30 sheep of each from Elazığ and Erzincan provinces and blood serum samples of these animals were collected. After the isolation of total genomic DNA, 12S rRNA of all isolates was amplified by the PCR method for genetic characterization, and mt-CO1 gene region of the samples which can not obtain bands was analyzed by DNA sequence analysis. Subsequently, gDNAs were amplified with PCR using AgB1 specific primers and genetic variation was investigated by sequence analysis. At the last step, all sera samples were analyzed by ELISA and Western Blot tests using partially purified cyst fluid antigen. As a result 114 (95%) of the total 120 isolates were identified as 12S rRNA-PZR, 6 isolates were identified as mt-COl-PCR and DNA sequencing that all of them were E. granulosus sensu stricto. Following DNA sequencing, nucleotide changes in the AgB1 gene were determined in 13 (10.8%) of the 120 samples. In this study, 9 (69.2%) of the 13 hydatid cysts with polymorphism in the AgB1 gene using DNA sequencing were found to be positive with ELISA and 6 (46.1%) by WB. On the other hand, 80 (74.7%) of the 107 cases with no polymorphism in the AgB1 gene were found positive by ELISA and 75 (70.9%) with WB. As a conclusion, variation was found in the AgB1 gene of E. granulosus sensu stricto at various ratios and it was determined that it had a partial effect on the serological response. 155

Batı Akdeniz illeri (Burdur, Isparta ve Antalya)'nde CDV'ye özgü klinik semptom gösteren, aşılanmamış, 1 yaş altı, 50 adet köpekten örnekleme yapıldı. Bu amaçla hayvanlardan kan, idrar, rektal sürüntü, nasal ve oküler akıntı örnekleri toplandı. Örnekler serolojik, moleküler ve virolojik yöntemlerle incelendi. Çalışmada en fazla pozitiflik tüm testlerde 0-3 aylık hayvanlarda belirlendi. ELISA (IgM-IgG) ve virus izolasyonunda dişilerde , viral genom tespitine yönelik yapılan testte erkeklerde daha fazla pozitiflik belirlendi. Kan serum örneklerinde CDV'ye özgü IgM ve IgG antikor varlığına yönelik yapılan analizlerin virus izolasyon sonuçlarıyla kıyaslanması sonucu hem erken konvalesan dönemde hem de geç konvalesan dönemde etken izolasyonunun yapılabileceği ortaya kondu. Ayrıca CDV'ye özgü IgM ve IgG antikorlarının her ikisinin birden pozitif olup viral nükleik asidin tespit edilmediği durumlarda, virus izolasyonunun yapılabileceği saptandı. Toplamda 250 örnekte viral genom RNA varlığı One Step Real Time RT-PCR tekniğiyle araştırıldı. Bu metot ile en fazla pozitiflik (% 93.75) rektal sürüntü örneklerinde tespit edildi. Pozitif rektal sürüntü örneklerinin temin edildiği hayvanlarda öncelikle sindirim ve merkezi sinir sistemi semptomları gözlendi. Virus izolasyonu için tüm örnekler MDCK hücre kültürlerine ekildi. Bu metot ile de en fazla pozitiflik (% 93.75) rektal sürüntü örneklerinde tespit edildi. Pozitif rektal sürüntü örneklerinin temin edildiği hayvanlarda öncelikle solunum, sindirim ve merkezi sinir sistemi semptomları gözlendi. Tüm örneklerin meydana getirdiği CPE'ler üç derecede incelenerek; ileri(+++) seviye CPE meydana getiren örneklerin rektal sürüntü ve idrar örnekleri olduğu, düşük(+) seviye CPE meydana getiren örneklerin lökosit örnekleri olduğu belirlendi. Bu çalışmada, CDV enfeksiyon teşhisinde kullanılan testler arası korelasyonlar istatistiki açıdan önemli bulundu. Batı Akdeniz Bölgesi'nde aşılanmamış ve CDV enfeksiyonuna ait klinik semptom gösteren köpeklerden alınan farklı örneklerden 105 (%42) adet CDV genomu tespit edildi. Ayrıca çalışmada 39 (%78) köpekten alınan muhtelif örneklerden virus izolasyonu yapıldı. In Western Mediterranean provinces (Burdur, Isparta and Antalya) the samples of 50 unvaccinated dogs under 1 year age which show CDV-spesific clinical symptoms were taken. For this purpose, blood, urine, rectal swab, nasal and ocular discharge specimens obtained from these dogs were collected. Specimens were examined by serological, molecular and virological methods. In this sudy, the highest positivity in all tests was detected in one-three month animals. More positivity was detected In ELISA (IgM-IgG) and virus isolation for females, and viral genom detection test for male dogs. By analysis presence of CDV spesific IgM and IgG in blood serum samples with isolation results showed that virus isolation can be done in both early and late convalescence period. In a total of 250 samples, the presence of viral genomic RNA was investigated by One Step Real Time RT-PCR method. With this method, the highest positivity (93.75%) was detected in rectal swab specimens. In animals where positive rectal swab specimens were obtained primarliy symptoms of digestion and central nervous system were observed. All samples for virus isolation were seeded into MDCK cell cultures. With this method, the highest positivity (93.75%) was also detected in rectal swab specimens. In animals where obtained primarily respiratory, digestive and central nervous system symptoms were observed. The CPEs of all samples used in the study were examined at three rates after the seeding of the MDCK cell cultures. It was determined that the samples which showed high level(+++) CPE were rectal swabs and urine specimens while the leukocyte samples which showed low level(+) CPE. By this method, the highest positivity (%62) was detected in RS samples.Mixed symptoms were also observed in animals with the most positive RS samples, as well as primarily digestive system symptoms. In this study correlations between tests which are used in diagnosis of CDV infection were significant in terms of statistic. 105 (42%) CDV genomes were detected in different samples from unvaccinated and symptomatic dogs of the CDV infection in the Western Mediterranean Region. In addition, virus was isolated from 39 (78%) dogs. 94

YÖK Tez ID: 509227 Kanser günümüzde yaygınlaşan, uzun ve zorlu bir tedavi süreci olan hastalıklardır. Kanserin sebeplerine dair birçok araştırma ve çalışma yapılmasına rağmen birçok kanser türünün sebebi tam anlamı ile açıklanamamıştır. Bu tezde, Ankara Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Hematoloji Onkoloji Eğitim ve Araştırma hastanesinde lösemi ve lenfoma tanısı kesinleşen hasta gruplarından tedavi öncesi ve sonrası örneklerinde, Epstein Barr virüs (EBV), Kaposi Sarkoma ilişkili herpesvirüs (KSHV), Parvovirüs B19 (HPV-19) ve İnsan T-hücre Lenfotropik virüsü tip 1 (HTLV-I) virüslerinin varlığı araştırıldı. Teze, dokuz hasta B cell lenfoma, altı hasta T cell lenfoma, sekiz hasta Hodgkin lenfoma, on hasta lösemi ve lenfoma hastalığından relaps olan gruplardan; olmak üzere toplam 33 hasta alındı. Aynı hasta grupları için Ankara Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Hematoloji Onkoloji Eğitim ve Araştırma Hastanesi onkoloji servisinde tanı alan ve immunsüpresyon tedavisine başlandıktan sonraki 33. gün örnekleri çalışmaya dahil edilerek toplam 65 adet tam kan örneği incelendi. Bu tezde kullanılan örneklerde HTLV-1, Kaposi Sarkoma ve Parvovirüs B19 etkenleri negatif olarak sonuç verirken, 7 hastada (%10.76) EBV genomu tespit edildi. EBV pozitifliği belirlenen hastalar akut lenfoblastik lösemi ve Hodgkin lenfoma tanısı almış hastalardı. Toplam 7 EBV pozitif hastanın 5 tanesi tedavi öncesi örneklerinde, 2 tanesi ise tedavi sonrası örneklerinde pozitif sonuç verdi. Sonuç olarak, tez çalışmasına aldığımız lösemi ve lenfoma tanılı 33 hastaya ait periferik kan örneklerinde HTLV-1, Kaposi sarkoma ve Parvovirüs B19 viral etmeni tespit edilmezken 7 hasta örneğinde EBV Real time PZR /PZR ile tespit edildi ve amplikonlar sekans analizi ile teyit edildi. Bu tezde elde edilen izolatların sekans ve filogenetik analizleri sonucunda, birbirleri ile yakınlık dereceleri belirlendi. Cancer is a disease that is becoming widespread today and that has a long and difficult treatment process. Despite many researches and studies on the causes of cancer, many cancers have not been fully explained. In present thesis, presence of Epstein-Barr virus (EBV), Kaposi's sarcoma associated herpesvirus (KSHV), parvovirus B19 (HPV B19) and human T-cell lymphotropic virus type 1 (HTLV-1) has investigated in pre-treatment and post-treatment (day 33) blood samples taken from patients confirmed with leukemia and lymphoma at the Ankara Children's Health and Disease Hematology Oncology Training and Research Hospital. Total of 33 patients, consist of nine patients with B cell lymphoma, six patients with T cell lymphoma, eight patients with Hodgkin lymphoma, ten patients with relapsed from leukemia and lymphoma disease, were included. Total of 65 whole blood samples were included that were recently diagnosed in the Ankara Children's Health and Diseases Hematology Oncology Training and Research Hospital. In this thesis, HTLV-1, KSHV and Parvovirus B19 were detected as negative in patient samples, whereas EBV was positive in seven patients (10.76%). EBV was detected as positive in patients with acute lymphoblastic leukemia and Hodgkin lymphoma. Five out of seven EBV-positive samples were pre-treatment and two out of seven were from the post-treatment specimens. As a result, HTLV-1, KSHV and Parvovirus B19 could not be detected in the peripheral blood samples whereas EBV was detected in seven patients samples by using Real Time PCR /PCR and amplicons confirmed by sequence analyzing. Sequence and phylogenetic analysis from EBV-positive patients revealed that the isolates obtained from thesis were close to each other.

Batı Nil Virusu (BNV) insanlar, atlar, kuşlar ve çeşitli vahşi hayvanlarda ensefalit vakası ile seyreden, salgınlara sebep olabilen, artopodlarla bulaşan ve Flaviviridae ailesine mensup zoonoz bir virustur. BNV'nin doğal vektörü Culex ve Aedes cinsi sivrisinekler olup, bu artropodlar ile yabani kuşlar arasında önemli bir bulaşma zincirine sahip olan BNV'nin enfeksiyon spektrumunda at, insan, köpek, koyun gibi memeli hayvanlar ile tavuk gibi evcil kanatlı hayvanlar da bulunmaktadır.Bu tez çalışmasında Şanlıurfa ili ve çevresinde yerleşik damızlık atlarda Batı Nil virusu enfeksiyonunun serolojik (ELISA ve PRNT) ve virolojik (Real Time RT-PCR) olarak araştırılması hedeflenmiştir. Bu amaçla Şanlıurfa ili ve çevre ilçelerindeki 10 merkezden ve daha önce bulunduğu yerden ayrılmamış toplam 277 damızlık attan alınan kan serum örnekleri kullanıldı. Örnekler öncelikle ELISA testine tabi tutularak antikor yanıt varlığı açısından değerlendirildi. Örneklerden 42 adedi (% 15.1) seropozitif, 16 adedi (%5,7) şüpheli olarak değerlendirildi. Mevcut seropozitif ve şüpheli örnekler PRNT'ye tabi tutuldular. Söz konusu 42 örnekten 11 adedi (26.1)'nin spesifik Batı Nil virüs antikoru taşıdığı tespit edildi. Şüpheli örneklerin hiçbirinde PRNT seropozitifliğine rastlanmadı. Örneklenen 277 damızlık atın 11 adedinde (% 3,9) spesifik Batı Nil virüs antikoru saptandı. ELISA testi ile seropozitif olarak tespit edilen 42 örnek ile 16 adet şüpheli örneğin hiçbirisinde Real Time Revers Transkriptaz-Polimeraz Zincir Reaksiyonu (rtRT-PCR) ile viral RNA saptanamamıştır. The West Nile Virus (BNV) is a zoonotic virus that is transmitted to humans, horses, birds and various wild animals through encephalitis, caused by outbreaks, transmitted by arthropods, and belonging to the Flaviviridae family. The natural vectors of BNV are Culex and Aedes mosquitoes, which have an important chain of infection between these arthropods and wild birds. In the spectrum of infection, mammals such as horse, human, dog, sheep and domestic poultry such as chickens are also present.In this thesis study, it was aimed to investigate serologic (ELISA and PRNT) and virological (Real Time RT-PCR) of West Nile virus infection in breeding horses built in and around Şanlıurfa province. For this purpose, serum samples were taken from 10 centers in Şanlıurfa province and neighboring provinces and 277 breeder attitudes which were not separated from their previous sites. The samples were first assessed for antibody response by ELISA test. Of the samples, 42 (15.1%) were seropositive and 16 (5.7%) were suspected. Existing seropositive and suspected samples were subjected to PRNT. Of the 42 samples, 11 (26.1) were found to carry the specific West Nile virus antibody. No seropositivity of PRNT was found in any of the suspicious specimens. Specified West Nile virus antibodies were detected in 11 (27%) of the 277 breeding stocks (3.9%). With 42 samples seropositive by ELISA test, no viral RNA was detected by Real Time Revers Transcriptase-Polymerase Chain Reaction (rtRT-PCR) in any of the 16 suspected samples. 65

Günümüzde, mikrosatellit belirteçler evcil hayvan pedigri kontrolünde ve populasyon genetiği çalışmalarında yaygın olarak kullanılmaktadır. Herhangi bir genetik bir belirtecin birey tanımlamasında kullanılabilmesi için ilgili populasyonda uygunluğunun ispatlanması gerekmektedir. Bu çalışmanın amacı; Türkiye'de yetiştirilen bazı koyun ırklarında kullanılabilecek en uygun mikrosatellit belirteçler ile multipleks PZR protokolü oluşturmak ve rutin analizlerde kullanılabilecek ebeveyn tayini test panelinin geliştirilmesidir.Çalışma kapsamında Türkiye'nin farklı bölgelerinde yetiştiriciliği yapılan Bafra, Kıvırcık, Kangal Akkaraman, İvesi ve Karacabey Merinosu koyun ırklarının her birinden 50'şer adet, toplam 250 adet kan örneğinden DNA izolasyonu yapılmıştır. DNA örneklerinin kalite kontrolleri spektrofotometri ve agaroz jel elektroforez ile yapılmıştır. Toplam 12 adet mikrosatellit (OarFCB20, INRA063, OarFCB304, INRA006, MAF65, MAF214, McM42, D5S2, OarCP49, , McM527, INRA172 ve OarAE129) cinsiyet tayini için AMEL belirteci baz uzunluklarına göre gruplandırılmış ve Applied Biosystems'in standart boya setlerine uygun florasan işaretli boyalar ile boyanmışlardır. Primerlerin optimum çalışma değerleri gradient PZR ile belirlendikten sonra multipleks çalışma denemeleri yapılmıştır. İki ayrı multipleks PZR sistemi Applied Biosystems 3130 Genetik Analizörü kullanılarak fragman analizi yapılmıştır. Genel popülasyon parametreleri ve dışlama olasılığı istatistiksel olarak hesaplanmıştır Çalışmaya konu olan populasyonlarda toplam 212 farklı allel elde edilirken, ortalama gözlenen ve beklenen heterozigotluk değerleri sırasıyla 0.706 ve 0.747 olarak hesaplanmıştır. Bireylerin benzerlik olasılığı değerleri 0.047 ve 0.000 arasında bulunmuştur. Bilinen her iki ebeveyn kullanılarak hesaplanan dışlama olasılığı değerleri çalışmada kullanılan tüm ırklarda 0.999 olarak bulunurken, bilinen ebeveynlerden yalnızca biri kullanılarak yapılan hesaplamada dışlama olasılığı 0.989'dan büyük olarak elde edilmiştir. Bu veriler ile koyun ırklarının genetik yapısı ortaya konulmuş ve mikrosatellit test panelinin ebeveyn tayininde güvenilir bir şekilde kullanılabileceği sonucuna varılmıştır. Nowadays, microsatellites are widely used in animal DNA paternity testing and population genetic studies. In order to be able to use any genetic marker in the definition of an individual, appropriateness in the relevant population must be proven. The purpose of this study is to develop a multiplex PCR protocol and a panel for using routine parentage testing of some sheep breeds reared in Turkey.Working within the scope, a total 250 blood samples (fifty for each breed) were collected from Bafra, Ivesi (Awassi), Kangal Akkaraman, Kivircik and Karacabey Merino sheep breed reared in different regions of Turkey. Genomic DNAs were isolated and qualities were checked by spectrophotometry and agarose gel electrophoresis. A total of 12 microsatellites (OarFCB20, INRA063, OarFCB304, INRA006, MAF65, MAF214, McM42, D5S2, OARCP49, AMEL, McM527, INRA172 and OarAE129) and AMEL for sex identification were grouped according to their base pair lengths and labelled with fluorescent dyes suitable for Applied Biosystems. Optimum PCR conditions were determined by gradient PZR. Two separate multiplex PZR systems were developed for fragment analysis using the Applied Biosystems 3130 Genetic Analyzer. General population parameters and probability of exclusion were statistically calculated.While a total of different 212 alleles were obtained in populations, the average observed and expected heterozygosity values were calculated as 0.706 and 0.747, respectively. Probability of identity for individuals were found between 0.047 and 0.000. The probability of exclusion values were calculated as 0.999 in all breeds when both parents were known. However, probability of exclusion values were greater than 0.989 using only one known parent.As a result of these analyzes, phylogenetic structure of these sheep breeds were investigated. It is concluded that this microsatellite test panel could be used in parentage testing of these sheep breeds. 111

Pasteurellaceae ailesinin bir üyesi olan Gallibacterium anatis, yumurta veriminde düşüşe, hayvan refahında azalmaya ve mortalitenin artmasına sebep olmaktadır. Bu çalışmada, yumurtacı tavuklarda ekonomik kayıplara sebep olan G. anatis'in, konvansiyonel ve moleküler teknikler kullanılarak teşhisinin yapılması amaçlandı. Bu çalışmada solunum sistemi enfeksiyonu ile birlikte yumurta veriminde düşüş gözlenen yumurtacı tavuk işletmelerindeki toplam 200 adet ölü tavuğa ait doku ve organ (kalp, karaciğer, akciğer, dalak, trake) G. anatis yönünden incelendi. G. anatis teşhisi koloni morfolojisi, şeker fermentasyon testleri ve hemolitik özelliklerini temel alan konvansiyonel ve 16S rRNA- 23S rRNA spesifik primerleri kullanılarak uygulanan moleküler yöntemler ile gerçekleştirildi. İncelenen örneklerden 20 (%10) G. anatis izole ve identifiye edildi. İzolatlar konvansiyonel polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) ile doğrulandı. Direkt doku ve organlara yapılan PZR sonucunda örneklerin 11 (%2,2)'inde pozitiflik elde edildi. Sonuç olarak, Türkiye'de G. anatis varlığı ilk kez bu çalışma ile ortaya konuldu. Kanatlı hayvanlarda solunum yolu infeksiyonu ile seyreden yumurta verim kayıplarında G. anatis'in rolünün olabileceği ve bu durumun kanatlı klinisyenlerine ve mikrobiyologlara yol gösterici olabileceği düşünüldü.Bu araştırma Burdur Mehmet Akif Ersoy Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Koordinatörlüğü tarafından 0468-YL-17 proje numarası ile desteklenmiştir.Anahtar Kelimeler: Gallibacterium anatis, İzolasyon ve İdentifikasyon, PZR, Yumurtacı tavuk Gallibacterium anatis, a member of the Pasteurellaceae family, leads to decrease in egg-production and animal welfare and increase in mortality. In this study, it was aimed to diagnose G. anatis which caused economic losses in laying hens by using conventional and molecular techniques. In this study, G. anatis was examined from a total of 200 dead chicken tissues (heart, liver, lung, spleen and trachea) in laying hen farms that observed a decrease in egg production with respiratory system infection. Conventional methods based on colony morphology, sugar fermentation tests and hemolytic properties and molecular conformation using 16S rRNA-23S rRNA specific primers were performed to identify of G. anatis. G. anatis was isolated in 20 (10%) of examined samples and isolates were confirmed by conventional PCR. Total of 11 (2.2%) positivity was obtained as isolates were result of polymerase chain reaction (PCR) performed on the direct tissues and organs. As a result, the presence of G. anatis was detected for the first time in Turkey by this study. It was thought that G. anatis may have a role in egg production losses due to respiratory tract infection in poultry and this situation may be a guide for poultry clinicians and microbiologists.This research was supported by Burdur Mehmet Akif Ersoy University Scientific Research Projects Coordination Unit with 0468-YL-17 project number.Keywords: Gallibacterium anatis, Isolation and Identification, Layers, PCR 70

Salmonelloz gerek insan gerekse birçok hayvan türünde görülebilmektedir. Ülkemizde çiftlik hayvanlarında ve özellikle de kanatlı yetiştirciliğinde çok fazla araştırma olmakla birlikte son yıllarda şehir hayatının büyük bir parçası olmuş eşlikçi hayvanlardaki çalışmalar daha sınırlıdır. Bu çalışmada kedilerde Salmonella türlerinin varlığının bakteriyolojik ve moleküler yöntemler (PCR) ile araştırılması amaçlanmıştır.Bu amaçla, İstanbul'un farklı birçok ilçesinde, evlerde beslenen ya da sokakta serbest yaşayan, sağlıklı ve diareli kedilerden olmak üzere toplam 300 adet kediden rektal svab toplanmıştır. Bakteriyolojik incelemeler için, svab örneklerinin ön zenginleştirme aşamasını takiben selektif besiyerlerine ekimleri yapılmıştır. Şüpheli koloniler saflaştırıldıktan sonra konvansiyonel yöntemler ile identifikasyonları yapılmıştır. Tüm svab örnekleri aynı zamanda PCR ile de Salmonella spp. spesifik gen bölgelerinin varlığı yönünden incelenmiştir. Bakteriyolojik incelemeler sonucunda hiçbir örnekten Salmonella spp. izole edilmemiştir. PCR sonucunda bir örnekte pozitiflik saptanmıştır.Zoonoz özellikteki bir hastalık etkeni olması gerçeği de göz önünde bulundurulduğunda elde edilen bu sonuçlar oldukça umut vericidir. Bu bulgular ışığında örneklemenin yapıldığı dönemde kedilerde Salmonella saçıcılığının önemli bir risk oluşturmadığı görülmektedir. Ancak klinik olarak sağlıklı, evde beslenen bir kedide etken DNA'sının saptanmış olması da, her zaman için hijyenik kurallara dikkat edilmesi gerekliliğini göstermektedir. Anahtar kelimeler: Kedi, Salmonella spp., Kültür, PCRBu çalışma, İstanbul Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Birimi tarafından desteklenmiştir. Proje No: 29877 Salmonellosis can be seen in human and many species of animals. In Turkey, there are various studies on farm animals and especially poultry. However, studies on companion animals are limited in spite of their increasing importance in city life. The current study, was aimed to investigate the presence of Salmonella species in cats by bacteriological and molecular methods such as PCR.For this purpose, 300 rectal swab samples were collected from cats, living at home or outside, clinically healthy or with diarrhe. After pre-enrichment of samples, inoculations were performed onto selective medium for bacteriological examination. Selected colonies were purified and then identified by conventional methods. All swab samples were investigated for the presence of specific gene region of Salmonella spp. by PCR.. After bacteriological examinations, Salmonella spp. was not isolated any of the samples. However, one positive result was detected by PCR.Isolation rates are not very high when studies around the world are analyzed. In our country, there is no study conducted on cats. Considering zoonotic disease agent, obtained results are very promising. It was seen that Salmonella transmission does not cause a significant risk according to these findings at the time of simpling. However, detecting agent DNA in a clinically healthy, home cat shows the importance of hygienic rules.Key words: Cat, Salmonella spp., Culture, PCRThis work was supported by Scientific Research Project Coordination Unit of Istanbul University. Project number : 29877 85

Bu tez çalışması kapsamında, Kars ili ve çevresinde lokal olarak yetiştiriciliği yapılan ve 29173 sayılı 12 Kasım 2014 tarihli Resmi gazetede yerli bir sığır ırkı olarak tescillenen Zavot sığır ırkının ırk içi ve ırklar arası genetik çeşitliliğin ve filogenetik ilişkinin ortaya konulması amaçlanmıştır.Çalışmada, halk elinde yetiştiriciliği yapılan, klinik yönden herhangi bir sağlık sorunu olmayan, akraba olmayan, 49 baş Zavot (ZAV), 40 baş Doğu Anadolu Kırmızısı (DAK), 40 baş Simental (SİM), 40 baş İsviçre Esmeri (ESM) ve 40 baş Holştayn (HOLS) olmak üzere toplam 209 baş sığır kullanılmıştır. Bu sığırlardan toplanan kan örneklerinden, standart fenol-kloroform yöntemi kullanılarak DNA izolasyonları yapılmış ve elde edilen DNA örnekleri, sığır spesifik 19 mikrosatellit markör kullanılarak multipleks PZR ile yükseltgenmiştir. Yükseltgenen PZR ürünlerine kapiller elektroforez işlemi uygulanmıştır. PZR ürünleri ayrıştırılarak ve her mikrosatellit markörü için genotipler belirlenmiştir. Bu çalışmada elde edilen genotipler farklı paket programları (GenAlEx6, FSTAT, Bottleneck 1.2.02, Genetix 4.05, Arlequin 3.1, Cervus 3.0.7, Structure 2.3.4, Population 1.2.32, TreeView) kullanılarak analiz edilmiş ve genetik parametreler (toplam allel sayıları, özgün alleller, allel frekansları, beklenen ve gözlenen heterozigotluk değerleri, Hardy-Weinberg Dengesine (HWE) uygunluk değerleri, populasyonlara atanma değerleri, populasyonlar arası genetik kimliklendirme ve genetik uzaklık matriksi, ortalama FIT, FST ve FIS değerleri, populasyonlar arası FST değerleri, populasyonlar arası genetik farklılıkların FIS değerleri, populasyonların yok olma tehlikesi geçirip geçirmedikleri, Faktoriyel Benzerlik Analizleri (FCA), AMOVA ve Mantel testi, PIC değerleri, genetik yapı testi, filogenetik ağaçlar hesaplanmıştır. Çalışmada toplam 274 farklı allel tespit edilmiş olup, ortalama allel sayısı 10,29, ortalama etkin allel sayısı ise 5,38 olarak belirlenmiştir. En fazla allel sayısı DAK populasyonunda (20 allel), en az allel sayısı ise ZAV ve HOLS populasyonlarında (3'er allel) tespit edilmiştir. Ayrıca toplam 51 özgün allel tespit edilmiştir. Populasyon bazında ortalama beklenen heterozigotluk (He) değeri 0,748-0,782 ve ortalama gözlenen heterozigotluk (Ho) değeri 0,556-0,638 olarak belirlenmiştir. Popusyonlar arası genetik uzaklık matriksine göre en yüksek genetik uzaklık ZAV-HOL (0,358) ve en düşük genetik uzaklık ise DAK-SİM (0,081) populasyonları arasında saptanmıştır. Filogenetik ağaç sonucuna göre HOLS ve ESM ile ZAV ve DAK populasyonlarının aynı kökte yer almasına rağmen zamanla birbirlerinden ayrıldıkları ve SİM populasyonunun ise diğer populasyonlardan tamamen ayrı bir kökte yer aldığı belirlenmiştir. Assignment test sonucuna göre çalışmadaki toplam 209 bireyden 65 birey farklı populasyonlara atanmıştır. Tüm markörlere ait ortalama FIT, FST, FIS değerleri sırasıyla 0,275, 0,048 ve 0,248 olarak bulunmuştur. Populasyonların ikili karşılaştırılmasında en yüksek FST değeri (0,072) ZAV-HOLS populasyonları arasında, en düşük FST değeri (0,009) ise DAK-SİM populasyonları arasında görülmüştür. Yapılan bottleneck analizi sonucunda çalışılan populasyonların değerleri arasında önemli farklılık olmadığından (ZAV 0,445, DAK 0,414, SİM 0,767, HOLS 0,325, ESM 0,067) ve normal L dağılımı gösterdiğinden dolayı incelenen yerli ırkların yok olma tehlikesi geçirmedikleri belirlenmiştir. Çalışılan populasyonlardaki bireylere ait FCA grafiği incelendiğinde her populasyonun ayrı bir yerde yerleşim gösterdiği fakat özellikle ZAV, DAK ve ESM populasyonlarında bir karışım olduğu gözlenmiştir. Çalışmada ortalama PIC değerleri en düşük (0,44) BM2113 marköründe, en yüksek (0,92) ise TGLA53 marköründe olduğu belirlenmiştir. BM2113 markörü hariç diğer markörlerde ortalama PIC değerleri 0,50'den büyük olduğu için yüksek oranda bilgi verici oldukları görülmüştür. Structure analizi sonucunda populasyonları en iyi ayıran K değerinin 3 olduğu tespit edilmiştir. Sonuç olarak; Kars ve yöresinde lokal olarak yetiştiriciliği yapılan ZAV sığır ırkının köken aldığı iddia edilen ESM ve SİM ırklarından tamamen ayrıldığı belirlenmiştir. Bölgeye özgü olan yerli ırkların kültür ırklarıyla kontrolsüz melezlenerek genetik yapılarının bozulmasından dolayı bu ırkların korunması ve saf sürülerinin oluşturulması yönündeki çalışmaların arttırılması Türkiye sığırcılığının geleceği için yararlı olacaktır. Within the scope of this thesis, it was aimed to reveal the genetic diversity and phylogenetic relation between intra- and inter-breed of Zavot cattle breed which is raised locally in and around Kars province and registered as local bovine in 29173 numbered Official gazette dated November 12, 2014.In this study, a total of 209 head of non-relative cattle were used without any clinical health problems, including 49 head of Zavot (ZAV), 40 head of Eastern Anatolian Red (EAR), 40 head of Simmental (SIM), 40 head of Brown Swiss (BS) and 40 head of Holstein (HOLS). From the blood samples collected from these cattle, using the standard phenol-chloroform method, DNA isolations were made, and the DNA samples obtained were amplified by multiplex PCR using bovine specific 19 microsatellite markers. Capillary electrophoresis process was applied to the oxidized PCR products. The PCR products were separated and genotypes were determined for each microsatellite locus. The genotypes obtained were analysed using different packet programs (GenAlEx6, FSTAT, Bottleneck 1.2.02, Genetix 4.05, Arlequin 3.1, Cervus 3.0.7, Structure 2.3.4, Population 1.2.32, TreeView) and genetic parameters (total number of alleles, specific alleles, allele frequencies, expected and observed heterozygosity values, Hardy-Weinberg Equilibrium (HWE), assignment to populations values, genetic identification between populations and genetic distance matrix, average FIT, FST and FIS values, FST values between populations, the FIS values of the genetic differences between populations, whether populations are at risk of extinction, factorial correspondence analysis (FCA), AMOVA and Mantel test, PIC values, structure test, phylogenetic trees) were calculated.A total of 274 different alleles were identified in this study, with an average number of alleles of 10.29 and an average number of effective alleles of 5.38. The highest number of alleles was found in the EAR population (20 alleles) and the least number of alleles in the ZAV and HOLS populations (3 alleles). In addition, a total of 51 private alleles were detected. Based on the population, the average expected heterozygosity (He) value was determined as 0.748-0.782, and the average observed heterozygosity (Ho) value as 0.556-0.638. According to the population genetic distance matrix, the highest genetic distance was found between ZAV-HOLS (0.358) populations and the lowest genetic distance was detected between EAR-SIM (0.081) populations. According to the phylogenetic tree result, although HOLS-BS and ZAV-EAR populations were located at the same roots, they were separated from each other over time, and the SIM population was found completely different root from other populations. According to the assignment test result, 65 individuals in total 209 individuals were assigned to different populations. The average FIT, FST and FIS values of all markers were found to be 0.275, 0.048 and 0.248, respectively. In the binary comparison of populations, the highest FST value (0.072) was found among ZAV-HOLS populations and the lowest FST value (0.009) was found among EAR-SIM populations. It has been determined that the populations do not undergo the danger of extinction as a result of the bottleneck analysis, because there is no significant difference between the values of the populations that are studied (ZAV 0.445, EAR 0.414, SIM 0.767, HOLS 0.325, BS 0.067) and show normal L distribution.When the FCA graph of the individuals in the populations was examined, it was observed that each population showed a settlement in a separate place, but it was a mixture especially in ZAV, EAR and BS populations. The average PIC values in the study were found to be lowest (0.44) in the BM2113 marker and the highest (0.92) in the TGLA53 marker. Markers other than the BM2113 were found to be highly informative because the average PIC values were greater than 0.50. As a result of the structure analysis, it was determined that the K value which best separated the populations is 3.In conclusion, it was determined that the ZAV cattle breed which was breeding in Kars and its region was completely separated from the BS and SIM breeds which were claimed that they contributed to the formation of the ZAV cattle. Because of the fact that the native breeds, which are the symbol of the region, are making uncontrolled crossbreeding with culture breeds, increasement of studies towards the protection of these breeds and the establishment of pure herds will be useful for the future of cattle in Turkey. 126

Bu tez çalışmasında, Şubat 2016 – Ocak 2017 tarihleri arasında iki farklı kanatlı mezbahasından toplanan 120 piliç boyun derisi örneğinden Listeri monocytogenes, 60 mezbaha atık suyu örneğinden ise L. monocytogenes'e litik bakteriyofaj izolasyonu yapılarak, izolatların karakterizasyonlarının yapılması ve en geniş spektrumda litik etki gösteren fajlardan oluşan bir kokteyl ile piliç butlarında L. monocytogenes'in biyokontrolünün araştırılması amaçlanmıştır.Analiz edilen piliç boyun derisi örneklerinin 20'sinden (% 16,7) 31 şüpheli L. monocytogenes kolonisi izole edilerek, izolatlar PCR ile doğrulanmıştır. Multipleks PCR ile yapılan serotiplendirmede izolatların tamamının 1/2a (3a) olduğu tespit edilmiştir. Real Time RT-PCR analizi ile tüm izolatlarda L. monocytogenes'in başlıca virülens genlerinden olan hlyA, actA, inlA, inlB, inlC, inlJ, plcA, plcB, fbpA ve fri genleri tespit edilmiş ve virülens faktörlerinin yüksek düzeyde eksprese edildiği izolatlar genetik potansiyel açısından yüksek virülent olarak tanımlanmıştır. İzolatların DNA parmak izi analizi ve aralarındaki klonal ilişki ERIC-PCR ile belirlenmiş olup, 7 farklı DNA profiline sahip oldukları saptanmıştır. Çalışmada, toplanan 60 mezbaha atık suyu örneğinden L. monocytogenes'e litik etkili 5 listeriyofaj izole edilmiştir. Faj DNA'ları Cla1 ve Sac1 restriksiyon enzimleriyle muamele edilerek aynı DNA profiline sahip oldukları belirlenmiştir. Bu analizler göz önüne alınarak M117, M119 ve M135 kodlu fajlar kokteyl oluşturmak amacıyla seçilmiş ve piliç butlarında L. monocytogenes'in biyokontrolü amacıyla kullanılmıştır. Faj kokteylinin piliç butlarına uygulanmasıyla 4°C muhafazada inkübasyonun 3. saatinde L. monocytogenes sayısında 3,30 log kob/ml'a varan bir redüksiyon sağlanmıştır. Sonuç olarak bu tez çalışmasında, piliç etlerinin L. monocytogenes açısından potansiyel bir risk kaynağı olabileceğinin ortaya konmasının yanı sıra, çalışmada elde edilen 3 fajdan oluşan kokteylin kanatlı mezbahalarında son yıkama ya da soğutma aşamasında piliç karkasları veya parça etlerindeki L. monocytogenes'lerin dekontaminasyonunda uygulanabilir olduğu belirlenmiştir. In this thesis study, it was aimed to isolate L. monocytogenes from 120 chicken neck samples and to isolate lytic bacteriophages from 60 slaughterhouse wastewater from two different poultry slaughterhouses between February 2016 and January 2017, to characterize the isolates and to investigate the biocontrol of L. monocytogenes in broiler chicken legs with a cocktail consisting of phages that showed the broadest lytic activities. Thirty-one suspected L. monocytogenes colonies were isolated from 20 (16,7 %) chicken neck samples and the isolates were confirmed by PCR. By multiplex PCR, it has been determined that all of the isolates were belonged to serotype 1/2a (3a). Real-time RT-PCR analysis revealed that all the isolates were harbored the major virulence genes of L. monocytogenes (hlyA, actA, inlA, inlB, inlC, inlJ, plcA, plcB, fbpA ve fri) and the isolates which expressed the virulence factors highly were identified as genetic potentially high virulent. DNA fingerprint analysis of the isolates and their clonal relationships were determined by ERIC-PCR and were found to have 7 different DNA profiles. In the study, 5 listeriophages with lytic effect on L. monocytogenes were isolated from 60 slaughterhouse wastewater samples. Phage DNAs were treated with Cla1 and Sac1 restriction enzymes and were found to have the same DNA profiles. Taking these analyzes into consideration, phages encoded as M117, M119 and M135 were selected for the cocktail and used for biocontrol of L. monocytogenes in chicken legs. The application of the phage cocktail on chicken legs achieved a reduction up to 3,30 log cfu/ml in L. monocytogenes count at 3 hours of incubation at 4°C. In conclusion, this study suggests that chicken meat can be a potential risk source for L. monocytogenes, and on the other hand the use of the cocktail which consisted 3 phages obtained from this study can be applicable in chicken slaughter process at final wash or at cooling stage for chicken carcasses, as well as in decontamination of chicken meat parts. 153

Amaç: Viral Hemorajik Septisemi Virusu (Piscine novirhabdovirus), deniz ve tatlı su balıklarında enfeksiyonlara neden olan virustur. Bu çalışmada; Türkiye'de tatlı suda (Gökkuşağı alabalığı) ve denizde (Kalkan balığı) yaşayan balıklardan izole edilen Bolu/06 ile TR-WS13G adlı iki VHSV izolatının farklı fenotiplerinin gökkuşağı alabalıklarındaki (Oncorhynchus mykiss) klinik bulgular, mortalite oranı ve patojenitesi üzerine etkisinin belirlenmesi amaçlanmıştır.Materyal ve Metot: Bu çalışmada; Bolu/06 ve TR-WS13G VHSV izolatları plak saflaştırma yöntemiyle saflaştırıldı. Test sonunda her iki izolata ait dar ve geniş plak oluşturan 4 farklı saflaştırılmış izolat 60-100 g ağırlığındaki gökkuşağı alabalıklarına intraperitonal olarak verilerek deneysel enfeksiyon oluşturuldu. Deneysel enfeksiyon sırasında ölen veya deneme sonucunda öldürülen balıklarda realtime PCR metodu ile VHSV viral nükleik asit varlığı ve miktarı araştırıldı.Bulgular:Deneysel enfeksiyon sonucunda mortalite oranı; kontrol grubunda %3,33, Bolu/06 dar plak izolat grubunda % 43,3, Bolu/06 geniş plak izolat grubunda %20, TR-WS13G dar plak izolat grubunda %33,3, TR-WS13G geniş plak izolat grubunda %14,8 olarak tespit edildi. rRT PCR testi sonucunda ölen/öldürülen balık örneklerinde 7,33x104-1,67x102/µl arasında viral kopya sayısı tespit edildi. Balık organ örneklerinde en yoğun CT değeri 28,35 olarak kaydedildi. Hastalığın açık klinik belirtileri enfekte edilme sonucu ölen balıkların tamamında gözlemlendi.Sonuç: Fenotipik karakter olarak geniş ve dar plak oluşturan hem tatlı su izolatı Bolu/06 hem de deniz izolatı TR-WS13G'nin dar plak çapına sahip izolatlarının geniş plak oluşturan izolatlarından daha yüksek mortaliteye neden olduğu, gökkuşağı alabalıklarından izole edilen tatlı su izolatı Bolu/06'nın kalkan balığından izole edilen deniz izolatı TR-WS13G'den daha patojen olduğu ortaya konulmuştur. Bu sonuçla; fenotipik karakterin virulans üzerinde önemli düzeyde etkili olduğu gösterilmiştir. Anahtar Kelimeler: Plak Test; rRT PCR; Viral Hemorajik Septisemi Virusu; Gökkuşağı alabalığı Aim: Viral Hemorrhagic Septicemia Virus (Piscine novirhabdovirus) is a virus that causes infection in various marine and freshwater fish. It was aimed to determine the effect of different phenotypes of two VHSV isolates, Bolu/06 and TR-WS13G, isolated from fish living in freshwater (rainbow trout) and sea (turbot) in Turkey, on clinical findings, mortality rate and pathogenicity in Rainbow trout (Oncorhynchus mykiss).Material and Method: In this study, Bolu/06 and TR-WS13G VHSV isolates were purified by plaque purification method. At the end of the test, 4 different purified isolates, which form wide-narrow plaques of both isolates, were given intraperitoneally to rainbow trout weighing 60-100 g and experimental infection was performed. VHSV viral nucleic acid presence and quantity were investigated by realtime PCR method in dead or killed fish during experimental infection.Results: Mortality rate due to experimental infection were detected as; %3.33 for control group; %43.3 for Bolu/06 narrow isolates group, %20 for Bolu/06 wide isolates group, %33.3 for TR-SW-13 narrow isolates group; and %14.8 for TR-SW-13 wide isolates group. The number of viral copies in the fish samples (dead/killed) were found to be 7.33x104-1.67x102/μl by rRT-PCR. The most intensive CT value in the fish organ samples was recorded as 28.35. The clinical symptoms of the disease were observed in all of the fish that died as a result of infection.Conclusion: The phenotypic character of the wide narrow- plaque forming isolates freshwater isolation Bolu / 06 and marine isolation TR-WS13G, have a higher mortality rate than wide plaque-forming isolates of narrow-plate isolates. Freshwater isolation from rainbow trout isolation Bolu/06 more pathogenic than turbot isolated from marine isolate TR-WS13G. This result showed phenotypic character has been shown to be significantly effective on virulence.Keywords: Plaque Test; rRT PCR; Viral Hemorrhagic Septicemia Virus; Rainbow Trout 51

Amaç: İnfeksiyoz Pankreatik Nekrozis Virüsü (IPNV; Birnaviridae, Aquabirnavirus) balıklarda İnfeksiyoz Pankreatik Nekrozis (IPN) hastalığını oluşturmaktadır. IPN hastalığı ülkemizde kültürü yapılan gökkuşağı alabalıkları ve kuluçkahanelerinde oldukça yaygın olarak görülmektedir. Bu çalışmada; Türkiye'de gökkuşağı alabalığı çiftliklerinden ve denizde yaşayan kalkan balıklarından izole edilen IPNV suşlarının moleküler karakterizasyonu ve genogruplarının belirlenmesi ile genomik farklılıkların patojenite üzerine etkilerinin olup olmadığının araştırılması amaçlanmıştır.Materyal ve Metot: IPNV izolatları RTG-2 hücre kültürlerinde üretildi ve hücre lizatlarından virüsün VP1, VP2, VP3, VP4 ve VP5 genleri tam uzunlukta amplifiye edildi. Genlerin sekansları yapıldı. IPNV Almus, Hah-4, Hatay07 ve Uşak05 izolatları ile 0,48 gram ağırlıktaki gökkuşağı alabalıklarında immersiyon yöntemi ile deneysel enfeksiyon oluşturuldu. Deneysel enfeksiyon sırasında ölen ve öldürülen balıklarda realtime PCR metodu ile IPNV viral nükleik asit varlığı ve miktarı araştırıldı. Bulgular: İncelenen izolatlarda filogenetik analizler ile % 93,5 ile % 99,8 oranında genetik benzerlik saptandı. Deneysel enfeksiyon sonucunda mortalite oranı; kontrol grubunda % 1,53, Hah-4 ve Hatay07 izolatlarında % 1,42 Almus izolatında % 2,85 olarak gerçekleşti. Uşak05 izolatında ise ölüm gerçekleşmedi. rRT PCR testi sonucunda ölen/öldürülen balık örneklerinde 1,213x106-1,961x102/µl arasında viral kopya sayısı tespit edildi. Balık organ örneklerinde en yoğun CT değeri 21,75 olarak kaydedildi. Hastalığa spesfik klinik belirti veya işaret enfekte edilen, ölen ve öldürülen balıklarda gözlemlenmedi.Sonuç: Türkiye izolatlarının A2 serotipi ve genogrup 5 içinde olduğu, avirülent oldukları ve gökkuşağı alabalığı frylarında persiste enfeksiyon oluşturudukları belirlendi. Filogenetik analiz sonuçlarına göre Fransa, İspanya ve İran suşları ile yakın ilişkili oldukları görüldü.Anahtar Kelimeler: İPNV; Moleküler karakterizasyon; Patojenite denemeleri; RT-PCR; Aim: Infectious pancreatic necrosis virus (IPNV; Birnaviridae, Aquabirnavirus) is a virus that causes Infectious pancreatic necrosis disease (IPN) in fish. IPN spread quite in cultured rainbow trout farm and hatchery in our country. In this study, establishment of molecular characterization and identification of genogroups with isolated IPNV strains from rainbow trout farm and sea turbot. It was aimed to investigate the effects of genomic differences on pathogenicity. Material and Method: IPNV isolates were propogated in RTG-2 cell line and VP1, VP2, VP3, VP4 and VP5 genes were fully amplified from cell lysates. Sequences were made of the genes and with the isolates that Almus, Hah-4, Hatay07 and Usak05. Experimental infection were established at 0.48 g rainbow trout fry by immersion method. At the dying or killed fish during the experimental infection amount of IPNV viral nucleic acit was investigated by realtime PCR method.Results: Examined isolates were found genetically similar to between 93.5 – 99.8 % in phylogenetic analyses. Mortality rates were detected us in the observed 1.53 %, Hah-4 and Hatay07 1.42 % and Almus 2.85 %. There was no mortality from isolate Usak05. The number of viral copies in the fish samples (dead/killed) were found to be 1.213x106 - 1.961x102/µl by rRT-PCR. The highest CT value in the fish organ samples was recorded as 27.75. Specific clinical symtoms or signs of the disease were not observed in all of the fish.Conclusion: As a result of genetic analysis Turkey isolates were classified in genogroup 5 and serogroup A2 and we determined as avirulent in rainbow trout fry. It is seems to that they are related and close relationship to France, Spain and Iran IPNV isolatesKeywords: IPNV; Molecular characterization; Pathogenicity assays; RT-PCR 121

Kanatlı Klamidiyozis'i; evcil ve yabani kuşlarda görülebilen, oldukça bulaşıcı, sistemik karakterde, zoonoz bir hastalıktır. Hastalık etkeni Chlamydia psittaci'dir. Etken; zoonoz bir karakter taşıdığı için, halk sağlığı yönüyle de önem arz eder. Gerçekleştirilen bu tez çalışması ile Ankara ve ilçelerinde aile yetiştiriciliği tarzında yetiştirilen kuşhanelerden toplanan 100 adet evcil güvercin dışkı örneğinde PCR ile C. psittaci etkeni varlığının (ompA geni) 2 farklı mevsimde araştırılması ve ompA geninin dizi analizi ile genotiplerinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Çalışma sonucunda bu 100 örnekten 6 örnekte (%6) C. psittaci ompA geni pozitif olarak bulunmuştur. Bu pozitif örneklerin 2'si Bala (1'i Aralık-Mart/kış, 1'i Haziran-Ağustos/yaz dönemi numunesi), 2'si Haymana (1'i Aralık-Mart/kış, 1'i Haziran-Ağustos/yaz dönemi numunesi), 2'si Gölbaşı (1'i Aralık-Mart/kış, 1'i Haziran-Ağustos/yaz dönemi numunesi) ilçelerinden olmak üzere aynı kuşhanelerden farklı mevsimlerde izole edilmiştir. Ayrıca izole edilen örneklerin Dünya veri bankası ile yapılan sekans analizleri karşılaştırıldığında; bütün izolatların % 100 genotip B, % 99 oranında da genotip E ile uyumlu olduğu görülmüştür. Avian Chlamydiosis, is a highly contagious, systemic zoonotic disease occuring in domestic animals and wild birds; where Chlamydia psittaci is the main agent. As this agent has a zoonotic character, it is also important for public health perspective. With this thesis study, it was aimed to investigate the presence of C. psittaci, from 100 domestic pigeon fecal samples collected from family breeding structured aviaries in Ankara and around regionds in 2 different seasons, were determined using PCR (ompA gene) and determine genotypes by sequence analysis of ompA gene. In the result of study, C. psittaci ompA was found to be positive in 6 samples (6%) of these 100 samples. Among these positive samples, 2 were from Bala (1 sample from December- March/winter, 1 sample from June-August/summer), 2 from Haymana (1 sample from December- March/winter, 1 sample from June-August/summer) and 2 were from Gölbaşı (1 sample from December- March/winter, 1 sample from June-August/summer); where the same agent was isolated in the same aviaries in different seasons. In addition when the sequence analysis of the isolated samples with the World database is compared; all isolates were found to be 100% genotype B and 99% genotype E. 60

Amaç: Bu çalışmanın amacı yedi önemli arı virusuna karşı rutin teşhis laboratuvarlarında daha hızlı sonuç elde etmek için multipleks RT-PCR (mRT-PCR) testinin geliştirilmesi ve bu testi kullanarak Ege Bölgesinde bu yedi virus kaynaklı arı viral hastalıklarının tespit edilmesidir.Materyal ve Metot: Bu çalışmanın ilk aşamasında İsrail akut arı felci virusu (IAPV), Deforme kanat virusu (DWV), Sacbrood virusu (SBV), Akut arı felci virusu (ABPV), Siyah kraliçe hücre virusu (BQCV), Kaşmir arı virusu (KBV) ve Kronik arı felci virusu (CBPV) teşhisinde kullanılacak mRT-PCR metodu modifiye edilerek optimizasyonu gerçekleştirildi. İkinci aşamada Ege Bölgesi' nin yedi ilindeki arı işletmelerinden çok aşamalı metot kullanılarak toplanan örnekler yedi virusa karşı geliştirilen mRT-PCR ile test edildi ve pozitif bulunan numunelerin dizi ve filogenetik ağaç analizleri yapıldı.Bulgular: Optimize edilen mRT-PCR metodu için log10 tabanlı seri dilüsyonlarda virus kopya sayısı 2500 kopya/µL olarak tespit edildi. Ege Bölgesinde örnekleme yapılan işletmelerde viral etkenlerin prevalansları DWV % 25.2, BQCV % 20.7, ABPV % 3.6, SBV % 2.7 ve CBPV % 1.8 olarak belirlendi. KBV ve IAPV ise tespit edilmedi. Filogenetik analiz sonucunda bazı genetik benzerlikler ve farklıların oluştuğu gözlemlendi.Sonuç: Multipleks RT-PCR' ın yedi etkeni eş zamanlı olarak tespit etmesi ile ekonomik kazanç ve zaman kazandırdığı, aynı zamanda testin duyarlılığının yüksek olduğu ve rutin analizlerde de bu testin kullanılabileceği sonucuna varıldı. Geliştirilen bu test metodu ile Ege Bölgesi'nde 7 viral etkenin prevalansı belirlendi ve tespit edilen izolatların filogenetik analizi yapılarak akrabalık dereceleri incelendi.Anahtar Kelimeler: mRT-PCR; Bal arısı virusları; Prevalans; Filogenetik Objective: The aim of this study was to develop a multiplex RT-PCR (mRT-PCR) test to obtain faster results in routine diagnostic laboratories for seven important bee viruses and to determine these seven viral virus diseases in Aegean Region using this test.Material and Method: In the first stage of this study, the multiplex RT-PCR method was modified and optimised to develop a fast diagnosis method for IAPV, DWV, SBV, ABPV, BQCV, KBV and CBPV. In second stage, the samples collected from apiaries in the seven provinces of the Aegean Region by choosing the Multi-Step Sampling Method were tested by using multiplex RT-PCR and sequencing and phylogenetic tree analysis of the positive samples were performed.Results:Virus copy numbers were detected to be 2500 copy/ µl when log10 serial dilutions were performed for the optimized mRT- PCR method. The prevalence rates of viral agents were found to be DWV (25.2%), BQCV (20.7%), ABPV (3.6%), SBV (2.7%) and CBPV (1.8%) in the Aegean Region. KBV and IAPV were not detected. Some genetic similarities and differences were observed at the end of phylogenetic analysis.Conclusion: It is concluded that multiplex RT-PCR test can be used in routine analysis because this method has a high level of sensitivity and achieves economic gain and time due to detecting seven agents simultaneously. The prevalence of 7 viral agents was determined with this test method in Aegean Region and phylogenetic analysis was performed to determine the origin and relatedness of obtained isolates.Key Words: mRT-PCR; Honey bee viruses; Prevalence; Phylogeny. 110

Kanatlı hayvanların infeksiyöz bronşitis (IB) hastalığı tavukçuluk sektöründe önemli ekonomik kayıplara neden olan, her yaş grubundaki tavukları etkileyen, hızlı yayılan viral bir hastalıktır. İnfeksiyon sonucu görülen kilo kaybı, yumurtacı ve damızlıklarda yumurta veriminde düşüş, yumurta kalitesinin bozulması ve mortalite gibi nedenlerle birlikte tavuklarda boşaltım ve reprodüktif sistem bozuklukları sebebiyle önemli ekonomik kayıplar şekillenmektedir. Son yıllarda varyant IBV suşlarının saptanması ve yayılması nedeniyle birçok ülkede IBV'nin kontrolünde ve tanısında sorunlar yaşanmaktadır.Bu tez çalışmasında, IBV'nin izolasyonu, moleküler yöntemle saptanması, genetik olarak değişken ve immun yanıtta önemli bölgenin (S1) sekans analizi yapılarak ülkemizdeki varyant IB viruslarının ortaya konulması, varyant virusların broilerlerde görülme sıklığının belirlenmesi, aşılı hayvanlarda IBV'ye karşı oluşan antikor yanıtının araştırılması amaçlandı. Bu amaçlara yönelik olarak, Marmara, Ege ve Batı Karadeniz'de lokalize olmuş tavuk çiftlikleri ziyaret edildi. IB belirtileri gösteren her yaş civciv-tavuklardan örnekler alındı. Moleküler saptama amacıyla real-time RT-PCR ile incelendikten sonra, pozitif bulunan örneklerden embriyolu tavuk yumurtasında virus izolasyonu yapıldı. S1 geninin filogenetik analizleri yapılarak soyağacı oluşturuldu. Broilerlerde IBV antikor yanıtı ELISA ile ölçüldü.Çalışmada real-time RT-PCR incelemelerinde 180 tavuktan alınan örneklerin 165 (%91,66)'inde IBV saptandı. İnfeksiyöz bronşitis virusunun yüksek değişkenliğe sahip S1 geni hedeflenerek yapılan filogenetik analizler sonucunda örneklerin GI-1, GI-13 ve GI-23 genogruplarında bulundukları görüldü. Yapılan ELISA çalışması sonucunda ise 144 serumun 141'inde seropozitiflik saptandı.Sonuç olarak, real-time RT-PCR ile IBV hızlı bir şekilde saptanabilmektedir. Ayrıca Israil variant-2 virusu izole edildi. Filogenetik çalışmaların bulgularına göre, Türkiye'de mevcut Israil varyant-2 (GI-23)'nin baskınlığını sürdürdüğü ve S1 geninde az bir düzeyde farklılık olduğu saptanmıştır. Gelecek yıllarda Türkiye'de IBV varyantlarının ve aşı suşlarının takibinin yapılmasında yarar vardır. The infectious bronchitis (IB) of poultry is a rapidly spreading viral disease that causes important economic losses in the poultry industry and it affects different age groups of chickens. Symptoms like weight loss, decrease in egg yield in egg layers and breeders, deterioration of egg quality and mortality, as well as urinary and reproductive system disorders in chickens as a result of the infection, causes significant economic losses. Due to the detection and spreading of new variant IBV strains in recent years, problems in control and diagnosis of IBV have been experienced in many countries.The aim of this PhD thesis was isolation of IBV, detection with molecular methods, determination of the variant IB viruses in our country by sequencing the S1 gene which is genetically variable and important for the immune response, determination of the prevalence of these variant viruses and investigation of antibody response to IBV in broilers. According to this aim, farms were visited which localized in Marmara, Aegean and Black Sea regions. Samples were taken from chick and chickens of all ages which shows IB symptoms. These samples were analyzed with real-time RT-PCR and after that virus isolation studies were performed in embryonated eggs from RT-PCR positive samples. Sequence analyses were performed in the S1 gene of IBV. Phylogenetic analysis were made based on the sequencing data and phylogenetic tree was generated. Antibody response to IBV was measured in sampled broilers.In this study, IBV was detected in 165 (91,66%) of the 180 chicken samples with real-time RT-PCR. Phylogenetic analysis of IBV S1 gene sequences have shown that, the infectious bronchitis viruses detected in this study were found to be in GI-1, GI-13 and GI-23 genogroup. According to the results of the ELISA, seroconversion was detected in 141 of 144 sera.In conclusion, IBV can be detected rapidly by real-time RT-PCR and Israeli variant-2 strain was isolated from the clinical samples. The current Israeli variant-2 IBV strain (G-23) have been found to be circulating in broilers as well as Mass and variant-1 strains and slight S1 gene variation was detected. In future, it is important to monitor the IBV variants and vaccine strains in Turkey. 112

Kasaplık sığırlara ait karkas ve dışkı örneklerinin Salmonella spp. varlığı ve serotip dağılımının belirlenmesi amacı ile yapılan çalışmada, 2013-2014 yılları arasında Bursa'da faaliyet gösteren 1 özel kombina ve 1 belediye mezbahasında kesilen 100 adet sığırdan karkas ve dışkı örnekleri olmak üzere toplam 200 örnek, sırasıyla ISO 6579:2002 metodu ve ISO 6579/A1:2007 metodu ile Salmonella spp. spesifik r-PCR kullanılarak incelendi. Ayrıca izole edilen salmonellalar White-Kauffmann-Le Minor Şeması'na göre klasik serotiplendirme ile serotiplendirildi.İzolasyon ve identifikasyon sonucunda analiz edilen 100 karkas örneğinin 2'sinin (%2) ve 100 dışkı örneğinin 2'sinin (%2) Salmonella spp. ile kontamine olduğu tespit edildi. Elde edilen 39 izolata doğrulama amacı ile yapılan ISO identifikasyonu ve Salmonella spp. spesifik r-PCR testi sonrasında, 28 karkas izolatının 7'si ISO ile 10'u r-PCR ile, 11 dışkı izolatının ise her iki yöntem ile de 2'si Salmonella spp. pozitif olarak bulundu. ISO ile r-PCR arasındaki yüksek relatif doğruluk (%92,30), duyarlılık (%100) ve özgünlük (%90), iki test arasındaki uyumun neredeyse mükemmel olduğunu (κ=0,81) gösterdi. İzolatların geleneksel serotiplendirilmesi ile karkas örneklerinde S. Typhimurium (%100) ve dışkı örneklerinde S. Enteritidis (%50) ile S. Albany (%50) serovarları belirlendi. Çalışma sonucunda, ülkemizde sığırlarda da S. Enteritidis'in belirlenmiş olması ile kırmızı et ve et ürünlerinin bu serovarın varlığına bağlı olarak halk sağlığı açısından önemi vurgulandı. Ayrıca S. Typhimurium'un diğer ülkeler ile paralel olarak karkaslardaki varlığının yanı sıra S. Albany'nin dışkıdan ilk defa izole edilmesinin de epidemiyolojik yönden önem taşıdığı ortaya konuldu.Anahtar Sözcükler. Salmonella, sığır, karkas, dışkı, prevalans, serotip, PCR In this study, a total of 200 samples, collected between 2013-2014, comprised of carcass and feces samples from 100 cattle slaughtered in 1 private slaughterhouse and 1 municipality abattoir, were investigated to determine Salmonella spp. by ISO 6579:2002 method and ISO 6579/A1:2007 method, respectively, and by Salmonella spp. specific r-PCR. Additionally, Salmonella isolates were serotyped according to the White-Kauffmann-Le Minor Scheme using conventional serotyping.Isolation and identification results indicate that 2 out of 100 carcass (2%) and 2 out of 100 feces samples (2%) were contaminated with Salmonella spp. Confirmation of 39 isolates by ISO identification and Salmonella spp. specific r-PCR indicate that 7 and 10 out of 28 carcass isolates were positive by ISO and r-PCR, respectively; while 2 out of 11 feces isolates were positive by both methods. High relative accuracy (92,30%), sensitivity (100%) and specificity (90%) between ISO and r-PCR indicated almost perfect agreement (κ = 0,81) between two methods. Conventional serotyping of Salmonella isolates revealed both carcass isolates as S. Typhimurium (%100), while one S. Enteritidis (50%) and one S. Albany (50%) serotype for 2 feces isolates.As a result, detection of S. Enteritidis in cattle indicates its importance in red meat and meat products from public health standpoint. Presence of S. Typhimurium on carcasses parallel to the findings in other countries as well as isolation of S. Albany for the first time from feces are all of epidemiological importance.Key Words. Salmonella, cattle, carcass, feces, prevalence, serotype, PCR 93

Gastrik Helikobakter türleri insanlar ve çeşitli hayvanların gastrointestinal sisteminden izole edilen ve özellikle insan midesinde çeşitli yangısal değişikliklere sebep olabilen Gram negatif ve helikal görünümlü bakterilerdir. Bu tez çalışmasında Kars Yöresi'nde yaşayan sokak kedilerinden alınan salya ve dental plak örneklerinden Gastrik Helikobakterlerin kültürel yöntemler ve PCR ile araştırılması amaç edinilmiştir. Bu amaçla 100 sokak kedisinden alınan 100 salya ve 100 dental plak örneği değerlendirilmiştir. Kültürel yoklamalar sonucunda salya örneklerinin 10 (%10)'undan, dental plak örneklerinin 5 (%5)'inden Helicobacter spp. izolasyon ve identifikasyonu gerçekleştirilmiştir. İzolatların tümü PCR ile H. heilmannii olarak tespit edilmiştir. Salya ve dental plak örnekleri alınan 100 sokak kedisinin 65 (%65)'inde cins spesifik PCR ile Helicobacter spp. tespiti yapılmıştır. Cins spesifik PCR ile pozitif bulunan 50 salya örneğinin 19 (%38)'u, 20 dental plak örneğinin 10 (%50)'u üreaz B genini hedef alan primerler kullanılarak yapılan tür spesifik PCR sonucu Helicobacter heilmannii olarak tespit edilirken, Helicobacter pylori ve Helicobacter felis belirlenememiştir. Sonuç olarak, mevcut çalışmada sokak kedilerinin salya ve dental plak örneklerinde Gastrik Helikobakter türlerinin belirli oranlarda izole edilmesi ve PCR ile belirlenmesi araştırmalarda noninvazif yolla ve kolay elde edilen örneklerin de tanı amacıyla kullanılabileceğini, bu hayvanların çeşitli sekret ve ekskretleriyle etkenlerin insanlara bulaşmasında rol oynayabileceğini düşündürmektedir. Gastric Helicobacters are Gram negative and helical shaped bacteria that isolated from gastrointestinal systems of humans and various animals and particularly can cause various inflammatory differences in stomach of human. In this study it was aimed that investigation of Gastric Helicobacters from saliva and dental plaque samples taken from stray cats that live in Kars district by cultural methods and PCR. For this purpose 100 saliva and 100 dental plaque samples taken from 100 stray cats were evaluated. At the result of cultural examinations Helicobacter spp. Was isolated and identified from 10 (10%) saliva and 5 (5%) dental plaque samples. All of the isolates were identified as Helicobacter heilmannii. Helicobacter spp. was determined by genus-specific PCR in 65 (65%) of 100 stray cats from which were collected saliva and dental plaque samples. While 19 (38%) of 50 saliva samples and 10 (50%) of 20 dental plaque samples determined as positive by genus-specific PCR were typing as Helicobacter heilmannii by species-specific PCR using of primers that target urease B gene, Helicobacter pylori and Helicobacter felis couldn't be determined. In conclusion, in this study, isolation of Gastric Helicobacter species at certain rates in saliva and dental plaque samples of stray cats and their determination by PCR bring to mind that samples obtained easily and by non-invasive way can be used for diagnostic purposes in researches as well, may play a role in transmission of agents by various secretions and excreta of these animals. 103

Sunulan bu çalışmada, adiponektin geninde bulunan, yağ mekanizması ve buna bağlı olarak et verimi üzerine etkili olduğu düşünülen g.1454A>G polimorfizmi yönünden Kayseri ilinde yetiştirilen Simental ve İsviçre Esmeri ırkı sığırların genotiplerinin PCR-RFLP yöntemi ile araştırılması hedeflenmiştir.Yapılan çalışmada 83 baş erkek Simental ve 91 baş erkek İsviçre Esmeri PCR-RFLP yöntemi ile genotiplemiştir. Bu amaçla yapılan PCR işlemi sonunda 977 bç büyüklüğünde PCR ürünü elde edilmiştir. Elde edilen PCR ürünleri PasI restriksiyon enzimi ile kesilmiş, kesim işlemi sonunda yapılan agaroz jel elektroforezi ile incelenen örneklerin genotipleri belirlenmiştir. PCR ürünlerinin PasI enzimi ile kesimi sonucunda AA genotipindeki bireylerde 977 bç'lik tek bant, AG genotipindeki bireylerde 977, 531 ve 446 bç'lik üç bant, GG genotipindeki bireylerde ise 531 ve 446 bç'lik iki bandın görülmesi beklenmiştir.Elde edilen verilere göre Simental ırkının g.1454A>G polimorfizmi yönünden monomorfik ve incelenen tüm örneklerin GG genotipli olduğu sonucuna ulaşılmıştır. İsviçre Esmeri ırkına ait incelenen örneklerde ise bu polimorfizm yönünden en yayğın genotipin GG genotipi (0.93) olduğu tespit edilmiştir. Elde edilen sonuçlar her iki popülasyonun da Hardy-Weinberg dengesinden saptığı sonucunu ortaya koymuştur. Anahtar Kelimeler: Adiponektin, Tek Nükleotid Polimorfizmi, PCR-RFLP The aim of the presented study is to research of adiponectin (1454 A>G) gene polymorphism, the existence of a polymorphism which thought to be effective on fat mechanism and accordingly meat production in locally grown Simmental and Brown Swiss cattle breeds in Kayseri by PCR-RFLP method.In the study, the objective is to determine adiponectin g.1454A>G SNP in locally grown Simmental (83 male) and Brown Swiss (91 male) cattle breeds in Kayseri by PCR-RFLP method. The PCR has obtained as adiponectin g.1454A>G 977 bp fragments. At the end of PCR process which was performed for this reason, PCR products were cut by the PasI restrictive enzyme, cut products were exposed to agarose gel electrophoresis and visualized under a UV-transilluminator. After the PCR products cut by PasI enzyme, it was expected to observe 977 bp single band in AA genotype, 977, 531 and 446 bp three band in AG genotype and 531 and 446 bp two band.According to the obtained data, it was concluded that all the samples were monomorphic and examined in terms of g.1454A> G polymorphism of the Simental race were GG genotypes. It was determined that the most common genotypes were the GG genotype (0.93) in the case of Brown Swiss breed in terms of this polymorphism. The results have proved that both populations are deviated from Hardy-Weinberg equilibrium. Keywords: Adiponectin, Single Nucleoti4de Polymorphism, PCR-RFLP 46

Türkiye'de gökkuşağı alabalığı (Oncorhynchus mykiss) işletmelerinde İnkefsiyöz Pankreatik Nekroz Virüsü (IPNV) yaygın iken Viral Hemorajik Septisemi Virüsü (VHSV) 2006'da tespit edilmiş ancak İnfeksiyöz Hematopoietik Nekroz Virüs (IHNV) varlığı bildirilmemiştir. Bu çalışmada Türkiye'nin 6 farklı bölgesinde IPNV, VHSV, IHNV varlığı ve IPNV izolatlarının VP2 ve VP5 gen bölgelerinin filogenetik gruplandırması yapılarak virülensleri incelenmiştir. Virüs izolasyonu BF-2 ve EPC hücre kültürleri kullanılarak, identifikasyonu ise ELISA (Enzyme Linked Immuno Assay) ve RT-PCR (Ters Transkriptaz-Polimeraz Zincir Reaksiyonu) ile yapılmıştır. IPNV suşlarının genogrupları ve virülens motiflerini belirlemek için dizi analizi yapılmıştır. IPNV suşlarının immun gen uyarımlarının belirlenmesi amacıyla ise TO (Atlantik somon ön böbrek hücre hattı) hücre kültürü kullanılmış ve bu hücre kültüründeki IFN, Mx ve Viperin gen miktarları RT-qPCR (Eş Zamanlı Ters Transkriptaz-Polimeraz Zincir Reaksiyonu) ile ölçülmüştür. Çalışmada VHSV ve IHNV tespit edilemezken IPNV'nin tüm bölgelerde yaygın ve prevalansının %27,14 olduğu saptanmıştır. VP2 gen bölgesinin sekans ve filogenetik analiz sonuçları Türkiye'den izole edilen IPNV suşlarının genogrup 5'te (serotip Sp-A2) yer aldığını ve amino asit dizilimine göre tüm suşların P217T221 motifini barındırdığını göstermiştir. VP5 gen bölgesi nükleotit ve amino asit dizi analiz sonuçları suşların birbirlerine %97-100 benzer olduğunu ortaya koymuştur. VP2 ve VP5 gen bölgelerinin filogenetik analiz sonuçları ile suşların coğrafi kökenleri arasında herhangi bir ilişki saptanamamıştır. Hücre kültüründe yapılan immun yanıt çalışmalarında suşların IFN, Mx ve Viperin genlerini uyardığı tespit edilirken suşlar arasında immun yanıt uyarımlarının anlamlı sonuçlar vermediği tespit edilmiştir. Infectious Pancreatic Necrosis Virus (IPNV) in rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) farms in Turkey is prevalent while in VHSV (Viral Hemorrhagic Septicemia Virus) has been reported in 2006, but IHNV (Infectious Hematopoietic Necrosis Virus) are detected yet. In this study, presence of IPNV, VHSV, IHNV and phylogenetic analysis of VP2 and VP5 genes and virulence of IPNV in six different regions of Turkey were examined. Virus isolation was performed using BF-2 and EPC cell cultures, and identification was performed by ELISA and RT-PCR. Sequence analysis was performed to determine the genogroups and virulence motifs of IPNV strains. TO cell culture was used in order to determine the induction of immune genes and IFN, Mx and Viperin genes was measured by RT-qPCR. In all of Prevalance of IPNV was found 27.14% while VHSV and IHNV were not detected. IPNV VP2 gene region was sequenced for analysis of phylogenetic examinationand IPNV starins of were belomged to genogroup 5 (serotype Sp-A2) and the amino acid sequence showed all strains had P217T221 amino acid motif. The VP5 gene region nucleotide and amino acid sequence analysis results showed that the strains were 97-100% similar to each other. The phylogenetic analysis results of VP2 and VP5 gene regions did not reveal any relationship between the strains and their geographical origins. However IFN, Mx and Viperin immune genes were induced by IPNV stains, there were no significant results. 113

Dünyada ve ülkemizde ekonomik kayıplara neden olan buzağı ishallerinin en önemli etkenlerinden sığır coronavirusu (BCoV) ve sığır rotavirusu (BRV), en güvenilir tanı yöntemlerinden olan Reverse Transcriptase Polymerase Chain Reaction (RT-PCR) ile varlığı tespit edilerek, bu yöntem ile sahada klinisyen veteriner hekimlerimizin kullandığı ticari Rota-Corona Hızlı Tanı kitlerinin duyarlılıkları karşılaştırılmıştır.Bu çalışmada; Konya ve Afyon çevresindeki sığır çiftliklerindeki ishalli buzağılardan toplanmış 96 adet dışkı örneği, BRV ve BCoV bakımından, önce Bovid-5 Ag hızlı tanı kiti ile incelenmiş sonra RT-PCR testi uygulanmıştır. Her bir dışkı örneğinden viral Ribo Nükleik Asit (RNA) izole edilmiştir, elde edilen RNA'dan Reverse Transcription System kiti kullanılarak Complementer Deoksiribo Nükleik Asit (cDNA) sentez edilmiştir. Daha sonra cDNA ürünü, PCR protokollerine uygun şekilde termocyle cihazında amplifikasyona tabi tutulmuş, elde edilen PCR ürünleri de elektroforezde incelenerek sonuçlar değerlendirmeye alınmıştır.Çalışma sonucunda; hızlı tanı kitiyle 96 dışkı örneğinin 15'inde BRV, 1'inde BCoV pozitifliği, RT-PCR tekniği ile 18 örnekte BRV, 13 örnekte BCoV pozitifliği saptanmıştır. Ayrıca RT-PCR ile incelemede 4 örnekte hem BRV hem de BCoV pozitifliği bulunmuştur.Hızlı tanı kitinin RT-PCR ile sensitivite ve spesifitesi bakımından karşılaştırılmasında; BRV'un sensitivitesi %83 - spesifitesi %100, BCoV'nin ise sensitivitesi %7,6 - spesifitesi %100 olarak tespit edilmiş olup sensitivite bakımından düşük sonuçlar elde edilmiştir. Enterik enfeksiyonlarda hastalığın seyri boyunca saçılan virus miktarındaki değişikliklere bağlı olarak hızlı tanı kitinin düşük düzeydeki virus partiküllerini saptayamaması, sensitivitenin düşük çıkmasına neden olmuştur.Bu çalışmada; çiftliklerdeki buzağı ishal vakalarında BRV ve BCoV'nin tanısında klinisyen veteriner hekimler tarafından kullanılan hızlı tanı kitlerinin duyarlığının tespiti ve Konya-Afyon çevresindeki çiftliklerde buzağı ishallerindeki BRV ve BCoV dağılımının araştırılması yapılmıştır. Bu araştırma sonucunda; veteriner hekimler tarafından, sahada hastalığın pratik ve hızlı teşhisinde hızlı tanı kitinin kullanılmasının faydalı olabileceği, fakat enfeksiyonun ileriki dönemlerinde virus sayısının azalmasıyla testin duyarlılığının düşmesinden dolayı sonuçların dikkatli yorumlanması gerektiği ortaya çıkmıştır. Enfeksiyonların tanısında kullanılan hızlı tanı kitlerinin sonuçlarının teyit edilmesi ve değerlendirilmesinde, RT-PCR gibi daha duyarlı ve teknik testlerin kullanılması koruma ve kontrole yönelik doğru çözümler üretilmesini mümkün kılacaktır.Anahtar Sözcükler: BCoV, BRV, Buzağı ishali, Hızlı Tanı Kiti, RT-PCR. BRV and BcoV, which are the most important causes of calf diarrhea that causing economic loss in the world and in our country, were identified by Reverse Transcriptase Polymerase Chain Reaction RT-PCR which is one of the most reliable diagnostic methods and then the sensitivity of this method was compared with the sensitivity of commercial Rota-Corona Rapid Diagnostic Kit used by our clinician veterinarians.In this study; 96 feces samples which were collected from calves with diarrhea around Konya and Afyon, were firstly examined with Bovid-5 Rapid Diagnosis Kit in terms of BRV and BCoV, and then RT-PCR test was applied. Viral Ribo Nücleic Acid (RNA) was isolated from each feces samples, Complementer Deoxyribose Nucleic Acid (cDNA) was synthesized from the obtained RNA by using the Reverse Transcription System Kit. The cDNA product was amplified in thermocycler according to PCR protocols, the obtained PCR products were examined by electrophoresis and the results were evaluated.As a result of study; by using Rapid Diagnosis kit, BRV positivity in 15 samples, BCoV positivity in 1 sample, and by using RT-PCR, BRV positivity in 18 samples, BCoV positivity in 13 samples of 96 feces sampleswere determined. Also, by using RT-PCT test, in 4 samples both BRV positivity and BCoV positivity was found.As a result of comparing the Rapid Diagnosis kit with RT-PCR in terms of sensitivity and specificity; the sensitivity and specificity of BRV were detected as 83% and 100%, respectively, and the sensitivity and specificity of BcoV were detected as 7.6% and 100%, respectively, low results were obtained in terms of sensitivity. Because of the Rapid Diagnosis kit couldn't detect low level virus particles depending on the changes in amount of scattered virus during the disease course in enteric infections, sensitivity was found low.In this study; determination of the sensitivity of Rapid Diagnosis kit used by clinician veterinarians and the distrubition of BRV and BCoV in calve diarrhea events in farms around Konya-Afyon was investigated. As a result of this research; in the practical and rapid diagnosis of the disease the using of the Rapid Diagnosis kit by clinician veterinarians may be useful, but the results must be interpreted with caution because of the sensitivity decreases due to the reduction in the number of viruses in the later stages of the infection. In confirming and evaluating of the results of Rapid Diagnosis kit using for the diagnosis of infections, the using of more sensitive and technical tests such as RT-PCR make it possible to produce correct solutions for safe and control.Anahtar Sözcükler: BCoV, BRV, Calf diarrrhea, Rapid Diagnosis Kit, RT-PCRT- 118

Bu tez çalışmasında, Sazlıdere baraj gölünden Nisan 2014 ve Mart 2015 tarihleri arasında, her ay tek bir gün olmak üzere örnekler toplandı. İnceleme örnekleri, balık yüzeyinden sıvap örnekleri (n=48), iç organlar (n=46) ve göl suyu (n=60) olmak üzere üç grupta toplandı. İnceleme örnekleri Furunculosis Agar ve Coomassie Brilliant Blue ilaveli Triptik Soy Agar (C-TSA)'a ekildi ve tipik A. salmonicida türleri için 25°C' de 72 saat inkübe edildi. Atipik A.salmonicida türleri için 4 gün daha inkübasyona devam edildi. İnkübasyon süreleri sonunda şüpheli koloniler saflaştırıldı ve A. salmonicida yönünden biyokimyasal testler yapılarak incelendi. Deri yüzeylerinden alınan 48 sıvap örneğinden yapılan ekimler sonucunda 65 şüpheli koloni saptandı. Yapılan biyokimyasal testler sonucunda 1 adet sıvap örneğinde Aeromonas spp. saptandı ancak A. salmonicida izole edilemedi. İç organların bakteriyolojik incelemesinde, 35 balığın sadece karaciğerinden ekim yapılırken, 11 balığın hem karaciğerinden hem de dalağından ekim yapıldı. İç organlardan 22 şüpheli koloni izole edildi. Yapılan biyokimyasal testler sonucunda A. salmonicida izole edilemedi. Toplam 60 su örneği incelendi ve yapılan ekimler sonucunda 95 şüpheli koloni saptandı. Yapılan biyokimyasal testler sonucunda A. salmonicida izole edilemedi. Bakteriyolojk incelemelerle eş zamanlı olarak tüm inceleme örnekleri vapA spesifik gen bölgesi varlığı yönünden Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PZR) ile incelendi. Bakteriyolojik incelemeler sonucunda inceleme örneklerinden A. salmonicida izole edilmedi. PZR sonucunda 60 su örneğinin 3 (%5)'ünde pozitiflik saptanırken, iç organlar ve sıvap örneklerinde A. salmonicida spesifik DNA sı saptanmadı. In this study, the samples were collected from Sazlıdere Lake, mountly and in same day between April 2014-March 2015. Research samples divided into three groups including, swabs materials from fish surface (n=48), viscera (n=48) and lake water (n=60). The samples inoculated to the Furunculosis Agar and C-TSA (Tryptik Soy Agar including Coomassie Brilliant Blue) and incubated at 25°C for 72 hours. For atypical A. salmonicida species, incubation time was extended for more four days. After the incubation, presumptive colonies isolated and were examined with biochemical tests to detect A. salmonicida. 65 presumptive colonies isolated from 48 fish surfaces. As a result of biochemical tests, one of swab sample was detected as Aeromonas spp., but A. salmonicida didn't detected. For bacteriogical examination of viscera, both the liver and spleen of 11 fish were sampled, but only 35 fish were sampled from the liver. 22 presumptive colonies isolated from the viscera. As a result of biochemical tests, A. salmonicida didn't detected. 95 presumptive colonies isolated from 60 water samples and as a result of biochemical tests, A. salmonicida didn't detected. Simultaneously with bacteriological examination, all of the samples were examined for the presence of vapA gene with Polimerase Chain Reaction (PCR). As a result of bacteriological examination, A. salmonicida didn't isolated from the samples. As a result of PCR, 3 samples of 60 water samples (5%) were found positive, but from the viscera and swab samples A. salmonicida's spesific DNA didn't detected. 70

Bu araştırma, PPR'ye karşı daha önce aşılama yapılmamış koyun ve keçi populasyonlarında enfeksiyonun seroprevalansının araştırılması ve seçilmiş bazı bölgelerde PPR'dan şüpheli küçük ruminantlardan elde edilen örneklerde PPR virus varlığının araştırılması sonucu enfeksiyonun ülkemizdeki son zamanlardaki durumunun ortaya konulması amacıyla gerçekleştirildi. Serolojik araştırma için farklı sürülerden tesadüfi örnekleme tekniği ile toplam 268 adet serum örneği elde edildi. PPRV antijeninin varlığı ve hücre kültürlerinde virus izolasyonu amacıyla enfeksiyondan şüpheli hayvanlardan 19 lenf yumrusu, 25 dalak, 41 akciğer, 36 lökosit, 5 dudak, 5 svap ve 3 dil dokusu örneklerinden oluşan toplam 134 materyal kullanıldı. Bu örnekler PPRV'nin N proteinini kodlayan gene spesifik primerler kullanılarak real-time RT-PCR testine tabi tutuldu. Araştırmada virus izolasyonu amacıyla Vero hücre kültürü kullanıldı. C-ELISA kullanılarak gerçekleştirilen serolojik çalışmada PPRV'ye spesifik antikor oranı, örneklenen koyun populasyonları için %50,31, keçi populasyonları için %27,52 oranında olmak üzere toplam %41,04 olarak belirlendi. Altmış dört hayvandan elde edilen toplam 134 doku ve lökosit örneğinin 44 adedinde (%32,83) PPRV antijeni saptandı. Virus izolasyon çalışmalarında ise 64 hayvandan (keçi, oğlak, koyun ve kuzu) 134 örnek Vero hücre kültürlerinde 3 kez pasajlandı ve 28 örnekten (%20,89) virus izolasyonu yapıldı. Sonuç olarak C-ELISA, real-time RT-PCR ve hücre kültüründe virus izolasyonu yöntemleri kullanılarak elde edilen veriler doğrultusunda, günümüzde devam eden aşılama ve kontrol programlarına rağmen Türkiye'deki koyun ve keçi populasyonlarında enfeksiyonun gözlenebildiği ortaya konuldu. Bu nedenle PPR enfeksiyonlarının kontrol ve mücadelesi amacıyla bu virusla akraba kabul edilen sığır vebası enfeksiyonunun dünya üzerinden tamamen eradikasyonu sırasında edinilen deneyimlerin esas alındığı daha katı stratejilerin geliştirilmesi gerektiği sonucuna varıldı., In this study, it was aimed to investigate the seroprevalence of PPR in non-vaccinated sheep and goats and to determine recent circulation of PPR virus in field samples from PPR-suspected small ruminants in some selected regions of Turkey. A total of 268 serum samples were obtained from animals by random sampling for serological examination. A total of 134 materials, comprising 19 lymph nodules, 25 spleens, 41 lung, 36 leukocyte, 5 lip, 5 swap samples and 3 tongue samples were collected from the suspected animals (sheep, lamb, goat and goat kid) in terms of the presence of PPRV antigen and virus isolation on cell culture. The collected samples were analyzed by real-time RT-PCR using specific primers that amplify the gene coding for N protein of PPRV. Vero cell line was used for isolation of virus. PPRV specific antibody was detected 41,04% (110/268) in total (50,31% for sheep population and 27,52% for goat population) by C-ELISA. Among 134 tissue and leukocyte samples from 64 animals, 44 (32,83%) were detected as positive for PPRV. In the virus isolation studies, 134 materials which were obtained from 64 animals (goat, goat kid, sheep, and lamb), were passaged 3 times in Vero cell line, and after that virus isolation was realized from 28 (20,89%) samples. As a result of this study used C-ELISA, real-time RT-PCR and Vero cell line for virus isolation, PPRV infections still present in spite of vaccination and control programs in sheep and goat populations in Turkey. For this reason, it should be developed more solid strategies for the control of PPR infections that builds upon the lessons learned from rinderpest eradication in the world., Bu araştırma Selçuk Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Koordinatörlüğü tarafından 13202018 proje numarası ile desteklenmiştir.

Bu çalışma, Samsun yöresinde salma tip (free-range) tavuk yetiştiriciliği yapılan çeşitli işletmelerdeki tavuklarda coccidiosis'e yol açan Eimeria türlerinin moleküler prevalansını ortaya koymak amacıyla planlanmıştır. Bu amaçla Eylül 2015 ve Mart 2016 tarihleri arasında, salma tip tavukçuluk işletmeciliği yapılan ve her biri yaklaşık 15000 adet Hubbard Isa Red Ja ırkı tavuk barındıran 11 kümesten tekniğine uygun olarak toplam 390 adet dışkı örneği toplanmıştır. Dışkı örnekleri laboratuvarda Eimeria ookistleri yönünden incelenmiş ve pozitif örneklerde gram dışkıdaki ookist sayısı (OPG) belirlenmiştir. Eimeria ookistleri ile pozitif belirlenen örneklere ait genomik DNA izolatları Eimeria türlerinin identifikasyonu için Real Time PCR analizlerine tabii tutulmuştur. İncelemesi yapılan dışkı örneklerinin 240'ı (%61,5) Eimeria ookistleri yönünden pozitif bulunmuştur. Eimeria ookistleri ile pozitif belirlenen 240 örneğin OPG değerlerinin 100,00 ile 300000,00 arasında değiştiği belirlenmiştir. Real Time PCR analiz sonuçlarına göre en yaygın tür %95,8 ile E. tenella olarak belirlenmiş bunu sırasıyla %83,3 ile E. maxima, %58,3 ile E. acervulina ve %4,1 ile E. praecox izlemiştir. Ayrıca incelemeye alınan 390 dışkı örneğinin 200'ü (%51,2) miks enfekte belirlenirken bu oran sadece pozitif örnekler baz alındığında %83,3 olarak hesaplanmıştır. Sonuç olarak bu çalışma ile Samsun yöresindeki salma tip tavukçuluk işletmelerinde coccidiosis'e yol açan Eimeria türleri belirlenerek moleküler prevalansı ortaya konmuştur. Anahtar kelimeler: Tavuk, Coccidiosis, Real Time PCR, Moleküler prevalans, Salma tip, Samsun This study was conducted to determine the molecular prevalence of Eimeria species that cause coccidiosis in free-range chicken farms in Samsun district of Black Sea region in Turkey. For this aim, between September 2015 and March 2016, a total of 390 fecal samples were collected from 11 different free-range chicken farms that contain approximately 15000 Hubbard Isa Red Ja chickens. The collected fecal samples were investigated in terms of Eimeria ookists at the laboratory and the oocystes per gram of feces (OPG) were calculated in the positive samples. Real Time PCR analyses of the the samples were carried out on the genomic DNA isolates from the Eimeria oocytes positive samples in order to identification of Eimeria species. Two hundered forty (61.5%) out of examined fecal samples were found to be positive with Eimeria ooycstes. The OPG values of Eimeria oocytes positive fecal samples were determined between 100.00 and 300000.00. According to the results of Real Time PCR analyses, E. tenella was found to be the most prevalent species with the ratio of 95.8% and this was followed by E. maxima, E. acervulina and E. praecox with the ratios of 83.3%, 58.3%, 4.1%, respectively. Mix infections were determined in 200 (51.2%) of the 390 fecal samples and 83.3% of positive samples. In conclusion, the molecular prevalence of Eimeria species that cause coccidiosis in the free-range chicken farms in Samsun district were displayed with this study. Key words: Chicken, Coccidiosis, Real Time PCR, Molecular prevalence, Free-range, Samsun 84

Leptospiroz; Leptospira cinsine ait patojen spiroketlerin neden olduğu bir hastalıktır. Patojen leptospiralar insanları da içeren geniş bir konak spektrumuna sahiptir. Taşıyıcılık bütün dünyada, özellikle subtropikal ve tropikal bölgelerde domuz, inek, at gibi çiftlik hayvanlarında ve köpeklerde yaygındır. Atlarda leptospirozun tanısı, sadece klinik hastalığı olan hayvanlarda infeksiyon saptanması ile ilgili değildir. Aynı zamanda klinik olmayan Leptospira spp. taşıyıcılarını saptamak, hastalığın yayılmasını engellemek ve epidemiyolojik çalışmalar için önemlidir. Bu nedenlerle çalışmada Marmara bölgesinde yetiştirilen ve bakılan 170 attan alınan idrar örneklerinde etkenin varlığı leptospiral DNA'nın PCR'la amplifikasyonu ile ortaya konulmuştur. Ayrıca atlara ait demografik veriler toplanarak taşıyıcı hayvanlar ve bulaşmayla ilgili risk faktörleri araştırılmıştır.Sonuç olarak, atlarda leptospiroz prevalansı idrardan gerçekleştirilen real time PCR ile %15,29 olarak saptanmıştır. Yaş ile Leptospiroz arasında doğru bir bağlantı varlığı saptansa da bu durum istatistiksel olarak anlamsız bulunmuştur. Klinik semptom gösteren sağlıksız atlarda Leptospira spp. saptanma oranı sağlıklı atlara göre yüksek bulunmuştur. Bu durum klinisyenlerin septomlar açısından dikkatli olmalarını ve bu hastalarda Leptospirozu akılda bulundurmaları gerekliliğini ortaya koymaktadır. Duyarlı sağlıklı hayvanlara ve çevreye bulaşma ve saçılmada risk faktörleri olarak değerlendirilen sulak alan varlığı, grup halde bakım ya da diğer hayvan türleri ile temas varlığı istatistiksel olarak anlamlı bulunmuştur. Ülkemizde Leptospira ile ilgili değerli çalışmalar daha çok büyükbaş hayvanlar üzerine yapılmıştır (Özgür ve İkiz 2004, Kenar ve Özdemir 2013, Gümüşsoy, Özdemir ve ark. 2009, Şahin, Aydın ve ark. 2002, Paksoy 2015). Köpekler üzerine yapılmış çalışmalar da mevcuttur (Özdemir 1999, Aslantaş, Özdemir, Kılıç 2005, Özgür ve Akgül 2015). Atlar ile ilgili araştırmaların eksikliği bu çalışmanın önemini artırmaktadır.Anahtar Kelimeler : Leptospira sp., at, idrar, real-time PCR, teşhisBu çalışma, İstanbul Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Birimi tarafından desteklenmiştir. Proje No: 20646 Leptospirosis is a disease caused by member of the genus Leptospira. Pathogenic leptospiras have a broad host spectrum, including humans. Carriers are common all over the world, particularly in subtropical and tropical regions, especially in pigs, cows, horses, and dogs. The diagnosis of leptospirosis in horses is important because of identify carriers, prevent the spread of the disease, and epidemiological studies. For these reasons, the presence of the agent in the urine specimens collected from horses that was grown in the Marmara region and taken from the observed horses was demonstrated by PCR amplification of leptospiral DNA. In addition, risk factors related to the carrier status of the animals were investigated. Consequently, the leptospirosis prevalence in horse's urine was determined as 15.29% by real time PCR. Although, the presence of a linear correlation has been found between age and Leptospirosis, it was found statistically insignificant in this case. The rate of detection of leptospires in unhealthy horses with clinical symptoms was found to be higher than in healthy horses. This suggests that clinicians need to be cautious about the symptoms and keep Leptospirosis in mind in these cases. The presence of wetland areas, taken care of together with other horses or contact with other animal species was found statistically significant, as risk factors for transmission and spreading to susceptible healthy animals and the environment.Key Words: Leptospira sp., urine, horse, diagnosis, real-time PCRThe present work was supported by the Research Fund of Istanbul University. Project No. 20646 52

Amaç: Bu çalışmada, Samsun ve Ordu illerinde yetiştirilen sığırlardan toplanan Ixodesricinus türü kenelerde Lyme hastalığı etkeni Borrelia burgdorferi sensu lato kompleksitürlerinin 16S rDNA ve flaB genlerine dayalı PZR yöntemi ile belirlenmesi hedeflendi.Materyal ve Metot: Çalışmada, Samsun ve Ordu illerinde yetiştirilen sığırlara tutunankeneler toplandı ve tanımlandı. I. ricinus türü kenelerin genomik DNA'ları elde edildi. KeneDNA'larında 16S rDNA ve flaB genleri PZR yöntemiyle çoğaltıldı. Borrelia burgdorferisensu lato kompleksi dahilinde, B. burgdorferi, B. afzelii ve B. garinii türleri referanssuşlarına ait DNA'lar pozitif kontrol olarak kullanıldı. PZR koşulları optimize edildi ve PZRürünlerini saptama limiti belirlendi. DNA örneklerinin PZR ürünlerine ait bantlar yatayelektroforezde referans suşlar ve DNA marker'ler ile karşılaştırmalı olarak tanımlandı.Sonuçları doğrulamak amacıyla, flaB geni pozitif bulunan PZR ürünlerine dizi analiziyaptırıldı.Bulgular: Bu çalışmada toplanan 369 kenenin 289'unun (%78) I. ricinus türüne ait olduğusaptandı. Kene DNA örneklerinin flaB ve 16S rDNA genlerini hedefleyen PZR ile analizlerisonucunda, Borrelia referans suşlarıyla karşılaştırmalı olarak yatay elektroforezde sırasıyla150 bç ve 1360 bç civarında bant oluşturan örnekler pozitif olarak değerlendirildi. I. ricinustürü kenelerde Borrelia prevalansı flaB geni ile %17,24, 16S rDNA ile %15,51 oranlarındasaptandı. flaB genine ait DNA dizi analizi sonuçları homoloji yönünden karşılaştırıldı veyalnızca B. burgdorferi sensu lato'ya ait türlerle %87-95 oranında benzerlik gösterdiğibelirlendi.Sonuç: Samsun ve Ordu illerinde yaygın olduğu saptanan I. ricinus türü kenelerde B.burgdorferi sensu lato varlığı, flaB ve 16S rDNA genlerine dayalı PZR ile belirlendi. Bubölgede, Ixodes cinsi kenelerin Lyme hastalığı etkenini taşıdıklarının belirlenmesi, halksağlığı ve hayvan sağlığı yönünden önemli bir risk faktörünü oluşturmaktadır.Anahtar Kelimeler: Borrelia; Lyme; Ixodes; flaB; 16S rDNA; PZR Aim: The aim of this study was to determine the Borrelia species within Borrelia burgdorferisensu lato complex, causative agent of Lyme disease, from Ixodes ricinus ticks collected fromcattle in various parts of Samsun and Ordu provinces.Material and Method: In this study, ticks were collected from cattle reared in Samsun andOrdu and the tick species were identified. Genomic DNA from I. ricinus were obtained. 16SrDNA and flaB genes from tick DNA's were amplified using PCR. DNA's from referencestrains of B. burgdorferi, B. afzelii and B. garinii were used as positive control. PCR wasoptimized and limit of detection in PCR was detected. Electrophoresis bands that belong toPCR products of the sample DNA's were identified in comparison with the reference DNA'sand the DNA Ladders. DNA sequencing was done for flaB gene-based PCR products so as toconfirm the results.Results: 289 out of 369 ticks (78%) collected in this study were identified as I. ricinus. As aresult of flaB and16S rDNA based PCR analysis of tick DNA samples, the samples with thesizes of 150 bp and 1360 bp electrophoresis bands respectively were determined as positive incomparison with Borrelia reference strains. Borrelia prevalence in I. ricinus ticks based onflaB and 16S rDNA genes were detected as 17,24 % and 15,51% respectively. Homologycomparison of DNA sequences for flaB gene was done and high similarity with only B.burgdorferi sensu lato species was determined.Conclusion: B. burgdorferi sensu lato was detected in I. ricinus ticks that are prevalent inSamsun and Ordu by using PCR targeting flaB and 16S rDNA genes. Determination of thecausative agent of Lyme disease in Ixodes species in this region is an important risk factor forhuman and animal health.Keywords: Borrelia; Ixodes; Lyme; flaB; 16S rDNA; PCR 59

Bu çalışmada, ruminant atık örneklerinden, bruselloz etkenlerinin tür ve cins düzeyinde hızlı tanımlanmasını sağlayan direkt PCR yöntemlerinin geliştirilmesi ve uygulanabilirliklerinin saptanması amaçlandı. Bu amaçla 166 ruminant atığına ait 137 akciğer, 137 karaciğer ve 52 fetüs mide sıvısı olmak üzere toplam 326 örnek incelendi. İnceleme örneklerine, ilk aşama olarak etken izolasyonu ve identifikasyonu ile kültürden tür spesifik multipleks PCR (m-PCR) uygulandı. Ayrıca, direkt inceleme örneklerine bu çalışmada modifiye edilen ve ismi `Modifiye Mayer-Scholl` olarak adlandırılan PCR ile ufak değişikliklerle düzenlenen cins spesifik Bcsp31 PCR olmak üzere toplam dört farklı yöntem uygulandı ve elde edilen sonuçlar karşılaştırıldı. Bakteriyolojik izolasyon ve identifikasyon, standart yöntem olarak kabul edilerek moleküler yöntemlerin sensitivite ve spesifiteleri hesaplandı. İnceleme örnekleri atık seviyesinde değerlendirildiğinde (n=166), Modifiye Mayer-Scholl m-PCR yöntemi için sensitivite ve spesifite değerleri sırasıyla %94,11 ve %98,76, direkt cins spesifik Bcsp31 PCR için değerler ise sırasıyla %95,29 ve %98,76 olarak tespit edildi. Tüm organ örnekleri dikkate alındığında ise (n=326), Modifiye Mayer-Scholl m-PCR yöntemi için sensitivite ve spesifite değerleri sırasıyla %85,38 ve %98,06 direkt cins spesifik Bcsp31 PCR yöntemi için sırasıyla %83,62 ve %98,06 olarak hesaplandı. Sonuç olarak, çalışmada kullanılan PCR yöntemlerinin sensitivite ve spesifite değerleri atık düzeyinde değerlendirildiğinde, `testlerin tanısal gücü yüksek`, organ düzeyinde değerlendirildiğinde `klinik olarak yararlı` olduğu bulundu. Bu çalışmada yapılan değişikliklerle geliştirilen ve `Modifiye Mayer-Scholl` olarak adlandırılan yöntem ile direkt klinik örneklerden Brucella türlerine ait DNA'ların belirlenerek tür düzeyinde identifikasyonlarının tanısal gücü yüksek düzeyde yapılabileceği ortaya konuldu. In this study, it was aimed to develop direct PCR methods allowing quick identification of Brucella spp. from aborted fetus samples in genus and species level and to determine the applicability of the methods. For this purpose, a total of 326 specimens consisted of 137 lungs, 137 livers and 52 fetal stomach fluid from 166 aborted ruminant fetuses were examined. In first stage, bacterial isolation and identification method (culture) and species specific m-PCR method from cultures were applied to the test samples. Also two different methods, one of them was modified in this study namely Modified Mayer-Scholl m-PCR (method A) and another one was modified with minor changes called genus spesific Bcsp31 PCR (method B) were applied to clinical samples directly. Totally four different methods were applied and their results were compared. Sensitivities and specificities of the molecular methods were calculated by considering culture as gold standard. Sensitivity and specificity for method A according to the number of fetuses were 94.11% and 98.76%, respectively. For B, sensitivity was 95.29% and specificity was 98.76%. Sensitivity and specificity for method A based on the number of organ samples were 85.38% and 98.06%, respectively. For B, sensitivity was 83.62% and specificity was 98.06%. In conclusion, when the sensitivity and specificity results of the PCR methods used in this study are evaluated based on the fetuses, the diagnostic power of the PCR methods was found to be high. When they are evaluated based on the organs, the methods were found to be clinically useful. It has been shown that direct m-PCR method called modified Mayer-Scholl developed in this study could be used at high diagnostic level for species-level identification. 127

Bu çalışmada, Kayseri ilinde tüketime sunulan çiğ süt ve peynirlerde Brucella spp. varlığının konvansiyonel ve moleküler metotlarla araştırılması amaçlandı. Bu amaçla 100 adet çiğ süt, 100 adet taze beyaz peynir ve 100 adet salamura beyaz peyniri olmak üzere toplam 300 örnek Brucella spp. yönünden analiz edildi. İzolasyon için, Farrell yönteminden ( Farrel Broth'da ön zenginleştirmeyi takiben Farrell agara ekim) yararlanıldı. İzolatların identifikasyonu için fenotipik testler ve moleküler metod (AMOS-PCR) kullanıldı.Çalışma sonucunda; analiz edilen 100 süt örneğinin 1'i, 100 taze peynir örneğinin 2'si Brucella spp. yönünden pozitif saptanırken 100 adet salamura peynir örneğinde Brucella spp. tespit edilemedi. Elde edilen izolatların fenotipik identifikasyonu sonucunda süt örneğinden elde edilen 1 izolat, B. abortus biyotip 1, taze peynirden elde edilen 2 izolat B. melitensis biyotip 3 olarak tanımlandı. Ayrıca izolatlar AMOS-PCR ile de tür ve biyotip düzeyinde doğrulandı. Çalışmada, Kayseri şehir merkezindeki çeşitli satış alanlarında tüketime sunulan süt ve peynirlerde elde edilen Brucella spp. izolasyon oranları düşük olmasına rağmen enfeksiyonun şiddeti dikkate alındığında, Brucella türlerini içeren süt ve peynirlerin halk sağlığı açısından potansiyel risk oluşturduğu düşünülmektedir. Anahtar Kelimeler: Peynir, süt, Brucella, AMOS-PCR In this study, it was aimed to investigate the presence of Brucella spp. in cow raw milk and cheese served for consumption in Kayseri province by conventional and molecular methods.For this purpose, A total of 300 samples consist of 100 raw milk, 100 fresh white cheese and 100 pickled white cheese were analyzed for Brucella spp. The Farrell method (following pre-enrichment in Farrell broth, culture was made in Farrell agar) was utilized for the isolation phenotypic tests and molecular method (AMOS-PCR) were used for the identification of isolates.In conclusion, Brucella spp. could not be detected from 100 pickled cheese while 1 of the 100 milk samples and 2 of 100 fresh cheese samples examined were found to be positive for Brucella spp. One isolate from milk and two isolates from fresh cheese were identified as B. abortus biotype 1 and B. melitensis biotype 3 respectively with phenotypic tests. In addition, isolates were also confirmed at the species and biotype level by AMOS-PCR.In this study, although the isolation rate of Brucella spp. obtained from milk and cheese served for consumption in Kayseri city center, is low, considering the severity of infection, milk and cheese that contained Brucella spp. constitute a potential risk for public healthKeywords: Cheese, milk, Brucella, AMOS-PCR 71

Bu çalışmada, KKKAV enfeksiyonlarının endemik olarak görüldüğü, Samsun, Sivas ve Tokat illerinde kesimi yapılan hayvan türlerinde (sığır, koyun ve keçi) hastalığın varlığı ve yaygınlığı hem serolojik hem de virolojik yöntemler kullanılarak araştırıldı. Bu hayvan türlerinin doğadaki virus sirkülasyonunda ve hastalığın insanlara bulaşmasında ne kadar etkin rol alabilecekleri ortaya konulmaya çalışıldı. Kesimi yapılan hayvan türleri arasında viremi olasılığı ile mevsimsel dağılımın belirlenmesi amaçlandı. Ayrıca viremik hayvanlarda viral yük miktarlarının moleküler yöntemlerle belirlenmesi ve son konak olan insanların kesim sırasında maruz kalabilecekleri maksimum viral yük miktarlarının ortaya konulması amacıyla bu çalışma gerçekleştirilmiştir.Bu kapsamda, Samsun, Sivas ve Tokat illerinde faaliyet gösteren ikişer adet mezbaha seçilerek örnekleme yapıldı. Mezbahalar, 1 Eylül 2013-31 Ağustos 2014 arasında düzenli olarak ziyaret edildi ve kesimi yapılan hayvan türlerinden kan örnekleri alındı. Bu süre zarfında toplam 1337 adet serum ve plazma örneği toplandı. KKKAV antikorlarının tespiti amacıyla serum örnekleri ELISA ile test edildi. Sığırlarda seroprevalans oranı %36,21 (340/939), koyunlarda %6,27 (24/383) ve keçilerde ise %6,67 (1/15) olarak tespit edildi. Yapılan istatistiksel analizler sonucunda (Ki-Kare, p

Bu çalışmada, sığır karkaslarından ve etlerinden termofilik Campylobacter spp.'nin izolasyonu ve elde edilen izolatların çeşitli antibakteriyellere duyarlılıklarının belirlenmesi amaçlandı. Bu amaçla, 100 adet sığır karkas yüzey örneği ve farklı şatış birimlerinden (kasap, süpermarket) alınan 100 adet sığır eti örneği (50 adet kıyma ve 50 adet parça et) materyal olarak kullanıldı. Campylobacter spp. izolasyonu için Bolton zenginleştirme besiyeri (Oxoid CM0983) ile Modified charcoal cephoperazone desoxycholate agar (mCCDA)'dan yararlanıldı. Elde edilen izolatların identifikasyonu fenotipik ve moleküler (mPCR) testler ile gerçekleştirildi. İzolatların amoksisilin-klavulonik asit, enrofloksasin, eritromisin, gentamisin, nalidiksik asit streptomisin ve tetrasiklin'e duyarlılıkları ise disk diffuzyon yöntemi ile belirlendi. İncelenen 100 adet sığır eti örneğinin 8 (%8)'i, 100 adet sığır karkas yüzeyinin ise 28 (%28)'i termofilik Campylobacter spp. yönünden pozitif bulundu. Et örneğinden elde edilen izolatların 6'sı C. jejuni ve 2'i C. coli olarak identifiye edildi. Karkas örneğinden izole edilen 32 adet izolatın 26'sı C. jejuni, 3'ü C. coli ve 3'ü de C. lari olarak tanımlandı. Otuziki C. jejuni izolatının 6'sı enrofloksasin, 11'i nalidiksik asit ve 4'ü de tetrasikline dirençli bulundu. Analiz edilen sığır karkaslarının ve etlerinin çeşitli termofilikCampylobacter türleri ile kontamine olması, bu etleri tüketen insanlarda Campylobacter enfeksiyonları açısından bir risk oluşturabileceği düşünülmektedir. Ayrıca çalışmada C. lari'nin de izole edilmesi, farklı kontaminasyon kaynaklarından dolayı mezbaha hijyen kalitesinin arttırılması zorunluluğunu ortaya koymaktadır. Anahtar Kelimeler: Antibakteriyel duyarlılık, Campylobacter spp., mPCR, sığır eti, sığır karkas In this study, the isolation of thermophilic Campylobacter spp. from cattle carcasses and meats and the determination of susceptibility of the isolates to various antibacterials were aimed. For this purpose, 100 beef carcass surface samples and 100 beef samples (50 diced meat and 50 minced meat) taken from different retail units (butcher, supermarket) were used as a material. Bolton Broth (Oxoid CM0983) and Modified charcoal cephoperazone desoxycholate agar (mCCDA) (Oxoid CM739) were used for the isolation of thermophilic Campylobacter spp. Identification of isolates was performed by phenotypic and molecular (mPCR) tests. Antibacterial susceptibility of the isolates to amoxicillin-clavulanic acid, enrofloxacin, erythromycin, gentamicin, streptomycin tetracycline and nalidixic acid was determined by disk diffusion method. Eight (8%) of the 100 beef samples and 28 (28%) of the 100 beef carcass samples were found to be positive for thermophilic Campylobacter spp. six and 2 isolates obtained from beef samples were identified as C. jejuni and C. coli respectively. In addition, twenty six, 3 and 3 of 32 isolates obtained from beef carcass samples were defined as C. jejuni, C.coli, and C. lari respectively. Six, 11 and 4 of 32 C. jejuni isolates were found to be resistant to enrofloxacin, nalidixic acid and tetracycline respectively. It is thought that the contamination of beef carcasses and meats with various species of thermophilic Campylobacters could pose a risk factor for Campylobacter infections in humans. In addition, due to isolation of C. lari in this study reveals that hygiene quality should improve in slaughterhouses. Keywords: Antibacterial sensitivity, beef, beef carcass, Campylobacter spp., mPCR, 79

Amaç: Bu çalışmada mastitis izolatı stafilokok suşlarında vankomisin dirençliliğinin, diğer bazı antibiyotiklere dirençliliğinin ve bazı virülens faktörlerinin fenotipik ve genotipik yöntemlerle araştırılması amaçlanmıştır.Materyal ve metot: Çalışma kapsamında 100 adet stafilokok izolatı incelendi. İzolatlar PCR ile identifiye edildi. Tüm izolatların okzasilin, vankomisin, teikoplanin, trimetoprim-sulfometaksazol, tetrasiklin, penisilin G, sefaperazon ve amoksisilin-klavulonik asite karşı antibiyotik dirençlilikleri Kirby bauer disk difüzyon yöntemi ile belirlendi. Vankomisin dirençli izolatların Minimal İnhibe Edici Konsantrasyonları (MİK)'nın belirlenmesi broth mikro dilüsyon tekniği ile gerçekleştirildi. Vankomisin direnç genotipleri PCR ile belirlendi. Vankomisin dirençli izolatların filogenetik yakınlıkları RAPD-PCR ile araştırıldı. Staphylococcus aureus izolatlarında virülenste rol oynadığı bilinen coa ve spa genlerinin polimorfizmleri PCR ile araştırıldı.Bulgular: İzolatların 73 adeti S. aureus ve 27 adedi de Staphylococcus spp. olarak identifiye edildi. İzolatların 9, 5, 5, 7, 6, 4, 11 ve 17 adedi sırasıyla 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2 ve 1 antibiyotiğe karşı dirençli olduğu belirlendi. Otuzaltı adet izolatın tüm antibiyotiklere duyarlı olduğu saptandı. Staphylococcus spp. izolatlarında vankomisin direnci bulunmazken, 9 adet S.aureus izolatında vankomisin direnci belirlendi. Vankomisin dirençli izolatların 2 adetinin 64 μg/ml ve 7 adetinin de 32 μg/ml oranında vankomisine dirençli olduğu saptandı. İki adet izolatın vanA ve 3 adetinin de vanR genini içerdikleri saptandı. Dört adet izolatta ise incelenen direnç genleri belirlenemedi. Vankomisin dirençli suşların %51-75 oranında benzerlik gösteren 9 adet tekli genotip gösterdikleri belirlendi. S. aureus izolatlarından 48 adeti 9 farklı profilde coa polimorfizmi gösterdi. Otuzbeş izolatın ise coa geni içermediği belirlendi. İncelenen 73 adet izolatın spa geni içerdiği ve 4 farklı profilde oldukları saptandı.Sonuç: Mastitis kökenli stafilokok suşlarında vankomisin direncinin belirlendi ve bu suşları içeren sütlerin ve süt ürünlerinin halk sağlığı yönünden bir risk teşkil ettiği kanısına varıldı. Aim: This study was aimed to determine the vancomycin resistances, antibacterial resistance profiles and some virulence genes pheno- and genotypically among staphylococci from mastitis.Material ve methods: A total of 100 staphylococal isolates which are available in our culture collection were investigated. The isolates were identified by PCR. The antibacterial resistances of the isolates against oxacillin, vancomycin, teicoplanine, trimetophrim-sulfometaxazole, tetracycline, penicilline G, cefaperazone and amoxicillin-clavulanic acide were determined by Kirby Bauer disc diffusion method. The Minimal Inhibitory Concentration (MIC) of vancomycin for phenotypically vancomycin resistant isolates were investigated by broth micro dilution technique. The vancomycin resistance genotypes were determined by PCR. The phylogenetic relation among vancomycin resistant isolates were determined by RAPD-PCR. coa and spa polymorphisms of Staphylococcus aureus isolates were determined by PCR.Results: Seventy-three and 27 of the isolates were identified as S.aureus and Staphylococcus spp., respectively. The 9, 5, 5, 7, 6, 4, 11 and 17 isolates were determined as resistant to 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2 and 1 antibiotics, respectively. Thirty-six isolates were found as sensitive to all antibiotics. Nine S.aureus isolates were found as vancomycin resistant. Among these isolates, the MIC of vancomycin for 2 isolates were 64 μg/ml and for 7 isolates MIC values were 32 μg/ml. Two and 3 of the isolates carried vanA and vanR genes, respectively. Four of the isolates did not carry any investigated van genes. The phylogenetic relations of the vancomycin resistant isolates were calculated as 51-75% and showed 9 unique genotypes. Forty-eight of the isolates showed polymorphism in coa gene and had 9 different coa profiles. All the investigated isolates carried spa gene and showed 4 different profiles.Conclusion: In a study, determining the vancomycine resistant isolates from mastitis isolates of staphylococci were showed that the milks and milk products which carry vancomycine resistant staphylococci possess a risk for public health. 47

Araştırmamızda E. fergusonii etkenlerinin, yetiştiriciliği yapılan sığır populasyonlarında fenotipikve genotipik olarak belirlenmesi ve antibiyotik duyarlılıklarının saptanması amaçlanmıştır.Araştırma materyalini oluşturan hayvanlar sığır yetiştiriciliği yapılan çiftliklerden temin edilmiş,toplam 100 adet ishal şikayeti olan hayvandan rektal svap alınmıştır. Alınan svaplar, soğuk zincirdevakit kaybetmeden Adnan Menderes Üniversitesi Veteriner Fakültesi Mikrobiyoloji AnabilimDalına getirildikten sonra 5 ml Tryptic Soy Broth (TSB) içeren tüplerde 37°C'de 24 saat inkubeedilmiştir. TSB'de yapılan ön inkubasyondan sonra her bir sıvı besiyerinden bir öze dolususüspansiyon alınarak % 4 adonitol ilaveli Simmon Citrate Agara ekimi yapılmış, 37°C'de 24 saatinkube edilmiştir. Üreme gözlenen kolonilerden adonitol pozitif olan koyu sarı ve turuncu kolonilerseçilerek Sorbitol-MacConkey agara ekim yapılmıştır. 37°C'de 24 saat inkube edilen SMAC agardasorbitol fermente etmeyen şeffaf Gram negatif küçük kokobasil koloniler seçilerek saflaştırıldıktansonra biyokimyasal özeliklerinin belirlenmesi için API 20E test kiti ile değerlendirilmiştir. API testisonucunda toplam 49 adet E. coli izole ve identifiye edilmiştir. API 20E identifikasyon testlerisonucu E. coli olarak adlandırılan izolatların kontrol geni olan E. coli uidA ile moleküler olarakdoğrulanmış, ayrıca Efer 13 e Efer YP primerleri ile yapılan moleküler identifikasyon sonucunda,çoklu ilaca dirençli E. fergusonii suşlarının bulunduğu ve bu suşların da uidA geni taşıdığı tespitedilmiştir. API 20E identifikasyon testleri sonucu E. coli olarak adlandırılan izolatların kontrol geniolan E. coli uidA ile moleküler olarak doğrulanmış, ayrıca Efer 13 e Efer YP primerleri ile yapılanmoleküler identifikasyon sonucunda, çoklu ilaca dirençli E. fergusonii suşlarının bulunduğu ve busuşların da uidA geni taşıdığı tespit edilmiştir. Antibiyogram testi sonucunda Saha suşlarına karşıkullanılabilecek etkili antibiyotikler olarak Amoksisilin-Klavulanik Oksitetrasiklin, Florfenikol veSefaperazon belirlenmiştir. In our study, it was aimed to determine phenotypic and genotypic determinants of E. fergusoniiagents in cattle populations cultivated and to determine antibiotic susceptibilities. Animals thatconstitute the research material were obtained from cattle breeding farms and a total of 100 rectalswabs were collected from animals with diarrhea complaints. The swabs were incubated at 37 ° Cfor 24 hours in tubes containing 5 ml of Tryptic Soy Broth (TSB) after being brought to the AdnanMenderes University Veterinary Faculty Department of Microbiology without delay in the coldchain. After preincubation in TSB, a whole volume of suspension from each liquid medium willsuspended and Simon Citrate Agar supplemented with 4% adonitol will incubated for 24 hours at37 ° C. Sorbitol MacConkey agar was inoculated by choosing dark yellow and orange colonieswhich were adonitol positive from the breeding observed colonies. Transparent Gram negativesmall cocobacillus colonies that did not ferment sorbitol to SMAC agar which was incubated at 37 °C for 24 hours and tested by API 20E test kit to determine their biochemical properties. A total of49 E. coli isolates were identified and identified as a result of the API test. As a result of themolecular identification of the isolates named as E. coli uidA, which is the result of theidentification tests of the API 20E, and the molecular identification with Efer 13 e Efer YP primers,it was found that there were multiple strains of E. fergusonii strains and these strains were alsoidentified as uidA gene have been identified. As a result of the molecular identification of theisolates identified as E. coli uidA, which is the result of the identification tests of the API 20E, andthe molecular identification with Efer 13 e Efer YP primers, it was found that there were multiplestrains of E. fergusonii strains and these strains were also identified as uidA gene have beenidentified. As a result of the antibiogram test, Amoxicillin-Clavulanic Oxytetracycline, Florfenicoland Cefoperazone were determined as effective antibiotics against field strains. 67

Bu çalışmada Burdur ilinde evde beslenen diyare semptomu gösteren farklı ırk, cinsiyet ve yaştaki 128 adet köpeğin dışkısında insan NoV GI, GII ve GIV varlığı Real-Time PCR metodu ile araştırıldı. Araştırmada, 128 adet köpek gaita örneğinin 5 (%3.91) adedinde sadece insan NoV GII bulundu. Çalışmada, insan NoV varlığı en fazla Melez ırkı, dişi ve 24 ay ve üzeri köpeklerde belirlendi. İnsan NoV GII tespit edilmiş köpeklerin pet dükkanından, sokak köpeği ve sahipli köpek yavrusu olarak elde edinildiği belirlendi. Köpeklerin barınma koşulları orta düzeyde olduğu gözlendi. Ev yemeği artıkları ve hazır kuru mama ile beslendikleri tespit edildi. Çoğunluğunun tam aşılı olduğu ve gezinti alanlarının bulunduğu görüldü. Enfekte tespit edilmiş hayvanlara bakan sahiplerinin genel olarak köpeklerle olan bakım öncesi ve sonrası el yıkama ve kıyafet değiştirme alışkanlıklarının olmadığı görüldü. Ülkemizde ilk olması özelliği taşıyan bu çalışma ışığında; köpeklerin barınma koşullarının, besin öğelerinin, yaşam alanlarının, çevre ile olan ilişkilerinde temizlik ve hijyen koşullarına azami ölçüde dikkat edilmesi gerekmektedir. Köpek sahiplerinin kişisel hijyenleri, köpekle temaslarda kıyafet değiştirme zorunluluğu, köpek için hazırlanan ortam, bakım ve besleme de gösterilecek hassasiyet, güçlü ve etkili dezenfektanların kullanımı, tuvalet ve kanalizasyondan köpeklerin uzak tutulması ve köpeklere yemek artıklarının verilmemesini tavsiye etmekteyiz. Çalışmada insan NoV GII tespit edilmiş köpeklerde, köpek sahiplerinin orta yaşlı ve yaşlı sınıfında yer aldığı ve çoğunluğunun erkek olduğu, bu evlerde hiç çocuk bulunmadığı belirlendi. Bu köpekler sahipleri tarafından evlat kabul edildiğinden, çok yakın temas kurulması sonucu da köpeklerde görülmeyen NoV GII'nin insanlardan köpeklere bulaşmış olabileceğini tahmin ediyoruz. In this study, we searched the existence of human NoV GI, GII and GIV in the stool of 128 pet dogs in Burdur Province with diarrhoea in various sex, age and breed by using Real-Time PCR method. In the study, human NoV GII was found in only 5 of the 128 dog stool samples (3.91%). It was discovered in the study that human NoV existed most in crossbreed, female and aged 24 months or over dogs. It was determined that these dogs found with human NoV GII were either bought from pet shops or stray dogs or taken as puppy of another pet dog. It was seen that sheltering conditions of these dogs were moderate. It was determined that they were fed with home food residue and dry food. It was also found that most of them were vaccinated and had certain walking sites. It was found that the owners of the animals detected with infection generally did not have the habit of washing their hands or changing their clothes before or after caring their pets. As a conclusion, in the light of this study which is the first study in the country; sheltering conditions, food, habitats, hygiene are of crucial importance for dogs. We strongly advice that dog owners' personal hygiene, the necessity of changing their clothes during their contact with animals, the environment provided for the dog, the sensitivity in caring and feeding, use of strong and effective disinfectant, avoidance dogs from toilets and sewages are crucial issues in dogs care. We also advice that dogs not be fed with food residues.In the study, it was determined that the owners of the dogs with NoV GII are middle aged or elderly people most of whom are male, and that there were no children in their houses. As these dogs are treated like the owner's child, it is assumed that they could be transmitted with NoV GII as a result of close interaction with their owner. 87