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Pneumocystis tem sido isolado de uma grande variedade de hospedeiros mamíferos, incluindo humanos, animais domésticos e selvagens. Tem se demonstrado que o genoma do Pneumocystis de um hospedeiro difere marcadamente do de outros, assim como há variação no cromossomo e na seqüência de DNA dentro de uma única espécie de hospedeiro. Sabendo que a informação da ocorrência e natureza da infecção em animais silvestres ainda é limitada, o objetivo do trabalho foi detectar, por Nested-PCR, a presença de Pneumocystis sp. em pulmões de diferentes espécies de morcegos de dois estados do Brasil. Estes mamíferos voadores foram capturados em cavernas, áreas florestadas, de campo e urbanas pelo Programa de Controle da Raiva do Mato Grosso (região Centro-Oeste) e do Instituto de Pesquisas Veterinárias Desidério Finamor (RS) e Instituto Sauver no Rio Grande do Sul (região Sul). Os DNAs foram extraídos de 102 pulmões e realizado Nested-PCR utilizando os primers pAZ102H-pAZ102E e pAZ102X/R1- pAZY/R1 para amplificação do gene mtLSU-rRNA, e pAZ102 10F-RI - pAZ102 10R-RI e pAZ102 13-RI - pAZ14- RI para amplificação do gene mtSSU-rRNA. As espécies mais freqüentes foram Tadarida brasiliensis (25), Desmodus rotundus (20) e Nyctinomops laticaudatus (19). Pneumocystis foi detectado com maior prevalência nas Nyctinomops laticaudatus (26,3% = 5/19), Tadarida brasiliensis (24% = 6/25) e Desmodus rotundus (20% = 4/20). Além destas espécies, Pneumocystis foi também detectado nos pulmões de Molossus molossus (1/11, 9,1%), Artibeus fimbriatus (1/ 1, 100%), Sturnira lilium (1/3, 33%), Myotis levis (2/3, 66,7%) e Diphylla ecaudata (1/2, 50%). Os produtos de PCR indicaram a presença de Pneumocystis (21.56%) em amostras obtidas de 8 das 16 espécies classificadas para ambos os estados (cinco morcegos não foram classificados). Este é o primeiro registro de detecção de Pneumocystis em morcegos no Brasil. Pneumocystis has been isolated from a wide range of unrelated mammalian hosts, including humans, domestic and wild animals. It has been demonstrated that the genome of Pneumocystis of one host differs markedly from that of other hosts. Also, variation in the chromosome and DNA sequence of Pneumocystis within a single host species has been observed. Since information about the occurrence and nature of infections in wild animals is still limited, the objective of this work was to detect the presence of Pneumocystis sp. in lungs of bats from two states from Brazil by Nested-PCR amplification. The bats, captured in caves and in urban areas, were obtained from the Program of Rabies Control of two States in Brazil, Mato Grosso and Rio Grande do Sul, located in the Mid-Western and Southern regions of the country, respectively. DNAs were extracted from 102 lung tissues and screened for Pneumocystis by nested PCR at the mtLSU rRNA gene and small subunit of mitochondrial ribosomal RNA (mtSSU rRNA). Gene amplification was performed using the mtLSU rRNA, the primer set pAZ102H - pAZ102E and pAZ102X - pAZY, and the mtSSU rRNA primer set pAZ102 10FRI - pAZ102 10R-RI and pAZ102 13RI - pAZ102 14RI. The most frequent bats were Tadarida brasiliensis (25), Desmodus rotundus (20), and Nyctinomops laticaudatus(19). Pneumocystis was more prevalent in the species Nyctinomops laticaudatus (26.3%=5/19),Tadarida brasiliensis (24% = 6/25), and Desmodus rotundus (20% = 4/20). Besides these species, Pneumocystis also was detected in lungs from Molossus molossus(1/11 9.1%), Artibeus fimbriatus (1/1, 100%), Sturnira lilium (1/3, 33.3%), Myotis levis(2/3, 66.7%) and Diphylla ecaudata (1/2,50%). PCR products which could indicate the presence of Pneumocystis(21.56%) were identified in DNA samples obtained from 8 out of 16 classified species from both states(5 bats were not identified). This is the first report of detection of Pneumocy in bats from Brazil.