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A Area de Protecao Ambiental do Banhado Grande (APABG), unidade de conservacao de uso sustentavel do Rio Grande do Sul (RS), abriga areas umidas importantes a dinâmica da Bacia Hidrografica do Rio Gravatai (BHRG) e a prestacao de servicos ecossistemicos. Realizou-se um diagnostico, interpretando-se resultados de analises de amostragens (janeiro/2011 a janeiro/2013) nos tres pontos da rede de monitoramento do rio Gravatai no interior da APABG. Avaliaram-se os parâmetros de qualidade hidrica: demanda bioquimica de oxigenio, nitrogenio amoniacal, turbidez e Escherichia coli . Detectaram-se valores indicativos de graves perturbacoes, afetando abastecimentos publico, industrial e agricola. Nitrogenio e turbidez indicaram os resultados mais preocupantes, o primeiro em janeiro de 2011 e 2012 e o ultimo em janeiro e novembro de 2012, quando foi decretada situacao de emergencia na BHRG. Manejo inadequado do sistema de cultivo de arroz pre-germinado, agravado por estiagens e uso de fertilizantes, foi apontado como o responsavel. O estudo demonstrou a importância do atendimento as condicionantes de licenciamento e do monitoramento para a manutencao da qualidade ambiental em areas protegidas.