Dickson, Laura, Jiolle, Davy, Minard, Guillaume, Moltini-Conclois, Isabelle, Volant, Stevenn, Ghozlane, Amine, Bouchier, Christiane, Ayala, Diego, Paupy, Christophe, Valiente Moro, Claire, Lambrechts, Louis, Interactions Virus-Insectes (IVI), Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Centre international de recherches médicales de Franceville (CIRMF), Organisation Mondiale de la Santé (OMS), Laboratoire d'Ecologie Microbienne - UMR 5557 (LEM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (ENVL)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS), University of Helsinki, Centre de Bioinformatique, Biostatistique et Biologie Intégrative (C3BI), Hub Bioinformatique et Biostatistique - Bioinformatics and Biostatistics HUB, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Pasteur [Paris], Biomics, Centre de Recherche et Innovation Technologique (CITECH), Institut Pasteur [Paris]-Institut Pasteur [Paris], This study was supported by the French government’s Investissement d’Avenir program, Laboratoire d’Excellence Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases (grant ANR-10-LABX-62-IBEID), the French Agence Nationale de la Recherche (MOSQUIBIOTA project, grant ANR-16-CE35-0004), the City of Paris Emergence(s) program in Biomedical Research, and the French Centre National de la Recherche Scientifique, Ecology of Health (ECOSAN) program (grant AFRICAEDES). The Genomics Facility is a member of the 'France Génomique' consortium (grant ANR-10-INBS-09-08). The funders had no role in the study design, data collection and analysis, decision to publish, or preparation of the manuscript., ANR-10-LABX-62-IBEID,IBEID,Laboratoire d'Excellence 'Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases'(2010), ANR-16-CE35-0004,MOSQUIBIOTA,Contribution de la diversité bactérienne intestinale à la capacité vectorielle d'Aedes aegypti(2016), ANR-10-INBS-09-01/10-INBS-0009,France-Génomique,Organisation et montée en puissance d'une Infrastructure Nationale de Génomique(2010), Centre International de Recherches Médicales de Franceville (CIRMF), Diversity, ecology, evolution & Adaptation of arthropod vectors (MIVEGEC-DEEVA), Evolution des Systèmes Vectoriels (ESV), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (ENVL), ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010), ANR-10-INBS-0009,France-Génomique,Organisation et montée en puissance d'une Infrastructure Nationale de Génomique(2010), Interactions Virus-Insectes ( IVI ), Institut Pasteur [Paris]-Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ), Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle ( MIVEGEC ), Université de Montpellier ( UM ) -Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Institut de Recherche pour le Développement ( IRD [France-Sud] ), Centre international de recherches médicales de Franceville ( CIRMF ), Ecologie microbienne ( EM ), Centre National de la Recherche Scientifique ( CNRS ) -Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon ( ENVL ) -Université Claude Bernard Lyon 1 ( UCBL ), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Recherche Agronomique ( INRA ) -VetAgro Sup ( VAS ), University of Helsinki [Helsinki], Centre de Bioinformatique, Biostatistique et Biologie Intégrative ( C3BI ), Institut Pasteur [Paris], Centre d’Innovation et Recherche Technologique ( CITECH ), ANR-10-LABX-62-IBEID,IBEID,Laboratoire d'Excellence 'Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases' ( 2010 ), ANR-16-CE35-0004,MOSQUIBIOTA,Contribution de la diversité bactérienne intestinale à la capacité vectorielle d'Aedes aegypti ( 2016 ), ANR : France Génomique,ANR10-INBS-09-08, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Lyon-Université de Lyon-Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon (ENVL)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Helsingin yliopisto = Helsingfors universitet = University of Helsinki, Institut Pasteur [Paris] (IP)-Institut Pasteur [Paris] (IP), Biosciences, Centre of Excellence in Metapopulation Research, Life-history Evolution Research Group, and Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)