Search

Genel olarak, biyoaktif bileşiklerin çoğu, belirgin bir antioksidan kapasiteye sahiptir. Prebiyotikler gıdalardaki bakteri ve mantarlar gibi faydalı mikroorganizmaların büyümesini veya aktivitesini indükleyen bileşiklerdir. Probiyotikler, kalın bağırsağı kolonize etmeyi amaçlayan canlı bakterilerdir. Sinbiyotik terimi, prebiyotiklerin ve probiyotiklerin sinerjik kombinasyonlarını tanımlamak için kullanılır. DNA metilasyonu gibi epigenetik mekanizmaların, gen ekspresyonunu düzenlediği gösterilmiştir. Bazı aday genlerin DNA metilasyonu dokularda ölçüldüğü zaman, biyoaktif maddelerin epigenetik etkisi hakkında bilgi verici olabilir. Biyoaktif bileşiklerin karaciğerdeki DNA metilasyon seviyeleri üzerindeki rolü günümüzde bilinmemektedir. Bu çalışmada, biyoaktif maddelerin in ovo stimülasyondan sonra önemli bir metabolik organ olan karaciğerde yol açtığı epigenetik değişiklikleri (KLHL6 ve SYK genlerin metilasyonu üzerine) incelemeyi amaçladık. Bu çalışmada, 20 Ross ve 20 Green-legged Partridgelike cinsi tavuğun karaciğer örneklerinden olmak üzere toplamda 40 numune kullanıldı. Fenol / kloroform yöntemi kullanılarak DNA izolasyonu yapıldı. Prebiyotik (galaktooligosakarit), probiyotik (Lactococcus lactis subsp. Cremoris), sinbiyotiklerin (probiyotik ve prebiyotik kombinasyonu) SYK ve KLHL6 genlerinin metilasyon seviyeleri üzerinde etkisi incelendi. Metilasyon profilleri Metilasyon spesifik qPCR yöntemi kullanılarak analiz edildi. Prebiyotik, probiyotik ve sinbiyotiklerin embriyonik gelişimin 12. gününde in ovo uygulamasıyla enjekde edilmesinin, Ross ve Greenlegged-Partridgelike cinsi tavukların karaciğerlerinde immün ile ilişkili genlerin (KLHL6 ve SYK genleri) metilasyon seviyelerine artışa neden olduğu tespit edildi. Biyoaktif maddelerin etkilerinin altında yatan moleküler mekanizmanın anlaşılması, antibiyotiklere karşı doğal alternatifler bulmak için yararlı bir yaklaşım olabilir. In general, most of the bioactive compounds have a marked antioxidant capacity. Prebiotics are compounds in food that induce the growth or activity of beneficial microorganisms such as bacteria and fungi. Probiotics are live bacteria which are intended to colonize the large intestine. The term synbiotic is used to describe synergistic combinations of prebiotics and probiotics. Epigenetic mechanisms such as DNA methylation have been shown to regulate gene expression. When DNA methylation of some candidate genes is measured in tissues, it can be informative about the epigenetic effect of bioactive substances. The role of bioactive compounds on DNA methylation levels in the liver is currently unknown. The aim of this study was to investigate the effect of bioactive substances (prebiotics, probiotics alone or combined into synbiotics) on DNA methylation profile of SYK and KLHL6. It was hypothesized that bioactive compounds can modulate the epigenetic changes of the host in liver.DNA was extracted from 20 Ross liver samples and 20 Green-legged Partridge liver samples using phenol/chloroform method. The effects of prebiotic (galactooligosaccharide), probiotic (Lactococcus lactis subsp. cremoris), synbiotics (probiotic and prebiotic combination) on the methylation levels of SYK and KLHL6 genes were examined. DNA methylation ratios determined by Quantitative Methylation Specific PCR. In ovo injection of prebiotics, probiotics and synbiotics on the 12th day of embryonic development caused increased levels of methylation of immune-related genes in the liver of Ross and Greenlegged-Partridgelike chickens. If the methylation profile of KLHL6 and SYK genes in the liver is evaluated as biomarker, we think that it can give information about its effect on immune pathways. Understanding the molecular mechanism underlying the effects of bioactive substances may be a useful approach to finding natural alternatives to antibiotics. 70

İntrauterin başlangıçlı sendromik boy kısalığı olan çocuklarda klinik bulguların irdelenmesi ve 11p15 bölgesinin metilasyon analiziGiriş: Boy uzaması çocuk gelişiminin temel göstergesidir. İntrauterin dönemden itibaren genetik ve epigenetik düzenlemelere kontrol edilmektedir. 11p15 bölgesinin metilasyon değişikliği, boy uzaması ile ilişkisi iyi tanımlanmış bir epigenetik düzenlenmedir. 11p15 bölgesinin hipometilasyonu Silver Russell Sendromu'nun (SRS) etyolojisinin %60'ını oluşturur. Bazı sendromik kısalıklarda da bu bölgenin hipometilasyou gösterilmiştir.Amaç: SRS ve SRS benzer intrauterin başlangıçlı sendromik ve sendromik olmayan izole idiopatik boy kısalığı olan hastalarda 11p15 bölgesinin metilasyon düzeyindeki değişikliği araştırmak ve genotip- fenotip ilişkisi kurmaktır.Gereç ve Yöntemler: İntrauterin başlangıçlı boy kısalığı olan 49 sendromik ve 16 intrauterin başlangıçlı izole idiyopatik boy kısalığı olan hasta çalışma grubunu oluşturdu. Hastalar demografik, fenotipik ve laboratuvar özellikleri yönünden değerlendirildi. 11p15 bölgesinin metilasyon düzeyi MS-MLPA yöntemiyle analiz edildi.Bulgular: Silver Russell Sendromu(SRS) tanılı 14 olgunun 11p15 bölgesinde hipometilasyon gösterildi (5 hastada borderline). Diğer grupların metilasyon analizi normaldi. Çalışma grubundaki tüm olgular arasında %12,3 hiperkalsiüri ve %9,23 insülin direnci saptandı. Sonuçlar: SRS hastalarında saptanan yüksek oranda 11p15 hipometilasyonu ; hasta seçiminin ve sınıflandırılmasının iyi yapılmasına bağlı olabileceği gibi hasta sayısının azlığına bağlı da olabilir. Borderline hipometilasyon klasik SRS kliniğinden ziyade hemihipotrofi ile bildirilmiştir. Hemihipotrofisi olan boy kısalıklı olgularda yeni bir metilasyon çalışması planlandı. İntrauterin büyüme geriliğiyle doğan çocukların artmış hiperkalsiüri ve insülin direnci gibi ortak metabolik sorunlar açısından takibi önerilir.Anahtar Kelimeler: İntrauterin Başlangıçlı Boy Kısalığı Sendromları, Boy Uzaması, 11p15 bölgesi, Metilasyon. Examination of the clinical findings in children with syndromic intrauterine onset short stature and methylation analysis of 11p15 region.Introduction: Height growth is the main indicator of healthy development. Methylation changes of 11p15 region is a well-defined epigenetic regulation for height growth. Hypomethylation of the 11p15 region is responsible for 60% of Silver Rusell Syndrome's (SRS) etiology and has been shown in some rare syndromes, also.Aim: To evaluate the methylation levels of 11p15 region in SRS, SRS-like syndromic and non-syndromic patiens. And to establish the relations between genotype and phenotype.Materials and Method: Intrauterine onset short statured 49 syndromic patients and 16 idiopathic intrauterine short statured patients examined in our study group.Demographic, examinational and laboratuary data were evaluated for patient groups. Methylation levels of 11p15 region was analyzed with MS-MLPA method.. Results: Hypomethylation of 11p15 region were shown in all 14 cases with SRS (5 borderline hypomethylated). Analyses of other groups were normal. Among the patients in our study group hypercalciuria and insulin resistance were 12.3% and 9.23%, respectively. Conclusion: The cause of high hypomethylation results in our SRS patients was interpreted as good clinical evaluation and typing of patients and/or fewness of the patients. Borderline hypomethylation is reported with hemihypotrophy rather than classic SRS features. A new study was planned to evaluate the methylation of 11p15 region in short statured patients with hemihypotrophy. Children born with intrauterine growth retardation should be followed for common metabolic problems. Key Words: Intrauterine onset Growth Restriction Syndromes, Heigth growth, 11p15, Methylation. 104

Oral skuamöz hücreli karsinom (OSCC), alkol ve tütün kullanımı, coğrafi bölge, kötü ağız hijyeni gibi faktörlerin insidans ve mortalite oranlarını etkilediği oral kavite karsinomunun en sık görülen türüdür. Prof. Dr. Semra Demokan ve arkadaşlarının tamamladığı TÜBİTAK-SBAG-114S497 nolu projesinde OSCC hastalarına ait tümör ve eşlenik normal dokularda tespit edilen ekspresyon ve metilasyon array sonuçlarının biyoinformatik analizine göre Glycophorin C (GYPC) geninin CpG adacıklarının metillenmiş olduğu ve bu duruma bağlı olarak ekspresyon düzeylerinde azalma olduğu tespit edilmiştir. GYPC geni, eritrositler tarafından taşınan ve membrana entegre olabilen GPC ile GPD proteinlerini kodlayarak, kırmızı kan hücrelerinde zar stabilitesini sağlar. Kanser gelişiminde DNA hipermetilasyonu gen ifadesini baskılaması sonucu karsinogenezde önemli bir rol oynamaktadır. Çalışmamızda GYPC genindeki metilasyon durumunun OSCC'de erken tanı ve prognozda kullanılabilecek bir biyobelirteç olabilme potansiyeli araştırıldı. OSCC tanısı konulan 50 hasta ve 10 sağlıklı bireyin doku ve serum örneklerinin metilasyon ve ekspresyon durumunu incelemek için sırasıyla QMSP ve QRT-PCR yöntemi kullanıldı. Elde edilen bulgular ile klinik parametreler karşılaştırılarak istatistik analizi değerlendirildi. `GYPC geninde, hastaların tümör dokusunun %48'inde (24/50) metilasyon gözlenirken; %50' inde (25/50) tümör dokusunda eşlenik normal dokuya göre ekspresyon seviyesinde azalma gözlendi. Tümör dokusunda metilasyon gözlenen 24 hastanın %52'sinde (13/25) metilasyona bağlı ekspresyon seviyesinde azalış gözlendi. GYPC geninin ekspresyon azalışı ile metastaz (p=0,006), tümör dokusunda metilasyon gözlenen hastalar ile lenf nodu tutulumu (p=0,011) ve metastaz (p=0,044) arasında istatistiksel anlamlılık bulunmuştur. Buna ek olarak metilasyona bağlı ekspresyon azalışı durumu ile sigara (p=0,019), alkol tüketimi (p=0,031) ve metastaz (p=0,019) arasında istatistiksel anlamlılık gözlenmiştir.Anahtar Kelimeler: metilasyon, gen ekspresyonu, epigenetik biyobelirteç, oral skuamöz hücreli karsinom, GYPC geniBu çalışma, İstanbul Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri Birimi tarafından desteklenmiştir. Proje No: TYL-2018-32628 Oral squamous cell carcinoma (OSCC) is the most common type of oral cancer and the ethiological factors such as alcohol and tobacco comsumption, geographical region, poor oral hygiene affect the incidence and mortality rates of this disease. In the TUBITAK-SBAG-114S497 project completed by Semra Demokan et al., According to bioinformatics analysis of methylation and expression array results, cpg islets of the Glycophorin (GYPC) gene were methylated and expression levels were decreased in tumor and conjugated normal tissues of OSCC patients. GYPC encodes the GPC and GPD proteins that can be integrated into the membrane in erythrocytes and provides membrane stability of red blood cells. DNA hypermethylation plays an important role in erythrocytes and carcinogenesis as a result of suppressing gene expression in cancer development.In this study, we investigated the potential of methylation status in the GYPC gene as a biomarker for early diagnosis and prognosis in OSCC. In our study, tissue and serum samples of 50 patients diagnosed with OSCC and 10 healthy individuals were examined in order to investigate methylation and expression status by QMSP and QRT-PCR methods, respectively. Methylation and expression levels of GYPC gene was observed 48% (24/50) of the patients, separately. Methylation-based expression decrease observed in 12 of 24 patients who had methylation in tumor tissue. Statistically significant difference was found between GYPC expression decrease with metastasis (p=0,006) and methylation with lymph node involvement (p=0.011) and metastasis (p=0,044). In addition, significant differences found with methylation-based expression levels and smoking (p=0,019), metastasis (p=0,019), alcohol consumption (p=0,031). Key Words: methylation, gene expression, epigenetic biomarker, oral squamous cell carcinoma, GYPC geneThe present work was supported by the Research Fund of Istanbul University. Project No. TYL-2018-32628 97

Amaç: Romatoid artrit (RA) çok sayıda genetik ve epigenetik faktörün etkili olduğu kronik bir inflamatuvar hastalıktır. Bu çalışma, RA hastalarında interlökin-16 (IL-16) ve matriks metalloproteinaz-3 (MMP-3) genlerinin promotör metilasyon durumlarının ve bu genleri hedeflemesi muhtemel mikro-RNA'lardan olan hsa-miR-93-5p ile hsa-miR-4668-5p'nin ekspresyon düzeylerinin RA ile ilişkisini tespit etmek amacıyla yapıldı.Materyal ve Metot: RA teşhisi konulmuş 49 hasta ve 38 sağlıklı kontrol ile çalışma grubu oluşturuldu. Gönüllü bireylere ait periferal kan numunelerinden DNA izolasyonu ile elde edilen genomik DNA'lardaki IL-16 ve MMP-3 genlerinin promotör metilasyon profilleri, metilasyon spesifik PZR metodu ile analiz edildi. Toplam 41 RA hastasında hsa-miR-93-5p ve hsa-miR-4668-5p'nin ifade düzeylerini belirlemek için kantitatif real-time PZR metodu kullanıldı.Bulgular: RA hastalarında metilasyon sıklığı; MMP-3 geni için %75.5 (37/49) ve IL-16geni için %93.9 (46/49)'du. Kontrol grubunda metilasyon sıklığı; hem MMP-3, hem de IL-16 geni için %97.4 (37/38)'di. Hasta ve kontrol grubuna ait DNA örneklerinin MMP-3 promotör bölge metilasyonları karşılaştırıldığında, metilasyon sıklıkları açısından anlamlı fark bulundu (p=0.004). Ancak, IL-16promotör metilasyon sıklıkları açısından bir fark bulunmadı (p>0.05). RA grubunda hem hsa-miR-93-5p, hem de hsa-miR-4668-5p'nin ekspresyon düzeylerinde kontrole göre anlamlı fark bulundu (p 0.05). In the RA group, expression levels of both hsa-miR-93-5p and hsa-miR-4668-5p were significantly different compared to the control group (p

İnsanlarda kronik sigara içiciliğinin bırakılması sonucunda oluşan nikotin yoksunluğu (NY) sırasında davranışsal fonksiyonların normal dışı seyrettiği sağlık problemleri görülebilmektedir. Bu olgu deney hayvanları üzerinde gerçekleştirilen araştırmalarda da bazı boyutlarıyla teyit edilmiştir. Literatürdeki deneysel çalışmalardan elde edilen davranışsal, hücresel ve moleküler düzeydeki bilgiler konunun halen önemli deneysel sorulara gebe olduğunu ortaya koymaktadır.Çalışmamızda erkek C57BL6 farelere 12 gün boyunca günde 6 mg/kg dozunda nikotin subkutan enjeksiyonla verilmiş, en son nikotin uygulamasından 24 saat sonra yoksunluk modeli oluşturulduğu kabul edilmiştir. NY grubu farelere denk yaş ve ağırlıkta Sham grubu farelere ise aynı zaman ve şekilde serum fizyolojik enjeksiyonu uygulanmıştır. Sham grubuna kıyasla NY grubu farelerde; enjeksiyon günlerindeki vücut ağırlığı değişimleri; açık alan (ATT) ve yükseltilmiş artı labirent testleriyle (YALT) lokomotor aktivite ve anksiyete/anksiyolite durumları; akım sitometrik analizler ile hipokampus (HP) dokusunda aktif nöron oranı ve RT-PCR ile HP'da DNA metilasyon/demetilasyon ve nöral farklılaşma/aktifleşme ile ilişkili genlerinin ekspresyon seviyeleri değerlendirilmiştir.Sham grubuna kıyasla NY grubunda vücut ağırlığı, ATT ve YALT parametreleri, akım sitometrik analizle aktif nöron oranı ve ekspresyonu belirlenen genlerin çoğunluğu açısından anlamlı bir farklılık görülmemiştir (p>0,05). Fakat akım sitometrik olarak saflaştırılan aktif nöronların tüm olgun nöronlara oranı ayrıca Tet2 ve Arc genlerinin ekspresyon düzeylerinin, Sham grubuna kıyasla anlamlı düzeyde artmış olduğu tespit edilmiştir.Yoksunluk oluşturduğumuzu kabul ettiğimiz hayvanlarda naif kontrollere kıyasla vücut ağırlığı, lokomotor kabiliyet, anksiyete/anksiyolite durumlarında anlamlı farklılık bulunmaması, çok yönlü sonuçlar içeren NY literatürüyle kısmen örtüşmektedir. Ayrıca, yoksunluk neticesinde HP'da aktif nöron oranının ve aktifleşen nöronlarda verimli biçimde eksprese olduğu bilinen Arc geni ekspresyonun artması literatürle büyük ölçüde tutarlılık göstermektedir. DNA metilasyon/ demetilasyon dinamiklerinin NY sırasında durumunu ortaya koyan bir araştırma görülmemiş: DNA metilasyonunu katalizleyen DNMT1/3a enzimlerini kodlayan gen ekspresyonlarının oluşturduğumuz yoksunluktan etkilenmediği, DNA demetilasyonunu oluşturan Tet1/2/3 enzimlerinden ise yalnızca Tet2'nin ekspresyonunun kontrollere kıyasla anlamlı artış gösterdiği literatürde yeni bilgilerdir. Anahtar Kelimeler: Nikotin Yoksunluğu, Anksiyete/Anksiyolite, DNA metilasyon/demetilasyon Dinamikleri, Epigenetik Health problems can be seen when behovioral functions are abnormally observed during nicotine withdrawal (NY) as a result of chronic cessation in humans. This phenomenon has also been confirmed in some studies on experimental animals. Behavioral, cellular and molecular level information obtained from experimental studies in the literature reveals that the subject is still conceived of important experimental questions.In our study, male C57BL6 mice were given a subcutaneous injection of nicotine at a dose of 6mg/kg daily for 12 days, and the deprivation model was accepted to be established 24 hours after the last nicotine administration. NY group mice were given saline injections at the same time and in the same age and weight as Sham group mice. NY group mice compared to sham group; body weight changes on the days of injection; locomotor activity and anxiety/anxiolitic states with open area (ATT) and elevated plus maze test (YALT); flow cytometric analyzes and expression levels of genes associated with DNA methylation/ demethylation and neural differentiation/activation in HP by RT-PCR and the ratio of active neurons in the hippocampus (HP) tissue.There was no significant difference in body weight, ATT and YALT parameters, flow cytometric analysis, active neuron ratio, and the majority of genes whose expression was determined in NY group compared to sham group (p>0,05). However, it was observed that the ratio of flow cytometricly purified active neurons vs. all mature neurons and the expression levels of Tet2 and Arc genes were significantly increased compared to Sham group.The absence of significant differences in body weight, locomotor ability, anxiety/anxiolity status compared to naïve control in the animals that accepted to be deprived were partially in agreement with the NY literature with multifaceted outcomes. In addition, the increment in the active neuron ratio in HP as a result of withdrawal and the increase in the expression of Arc gene that widely known to be abundantly expressed in active neurons, are most partially concordant with the literature. Yet, no research reveals the state of DNA methylation/demethylation dynamics in NY; but newly generated in this study that the expression of genes encoding DNMT1/3a enzymes that catalyze DNA methylation is not affected by nicotin deprivation model, plus among the three DNA demetylation catalyzers that analyzed (Tet1/2/3), only Tet2 exhibited a marked alternation, an increment in NY hippocampi as compared to the counterparts. Keywords: Nicotine deprivation, Anxiety/Anxiolite, DNA methylation/demethylation dynamics, Epigenetics 76

Tüm şiddetli ve şüpheli ölümlerde, ölüm zaman ve nedenini belirlemek için bir otopsiye ihtiyaç duyulmaktadır. Önceki araştırmacılar, postmortem biyokimya ve moleküler biyoloji, ölüm prosedüründe yer alan hücrelerin ve organların morfolojik ve fonksiyonel değişiklikleriyle kurulamayan genel patofizyolojik değişiklikleri incelemek için kullanmıştır. Bu çalışmada, ölüm zamanının tayininde global DNA metilasyonunun etkinliğini değerlendirmek amacıyla 2 ila 27 saat arasında değişen postmortem aralıklarla ATK'dan aldığımız 21 insan kas doku örneğinden Quick-DNA ™ Miniprep Plus Kit (Katalog No. D4068 & D4069) ile izole edilen DNA kullanılmıştır. DNA metilasyonun miktarı tayininde öncelikle elde edilen DNA örneklerin 5-mC DNA ELISA Kiti (Katalog No. D5325 & D5326) ile modifiye edilmiştir. Sonuçlarımız, postmortem insan kas doku örneklerinde zamana bağlı olarak postmortem ilk 27 saatte global DNA metilasyonunun stabil olduğunu göstermektedir. Sonuçlara göre ölüm zaman tayininde ilk 27 saatte global DNA metilasyonu etkinliği ve PMA arasında anlamlı bir korelasyon bulunmamıştır. Bu nedenle, postmortem insan kas dokularındaki araştırmasında global DNA metilasyonun incelemek konusunda daha fazla çalışma ile desteklemesine ihtiyaç bulunmaktadır. All violent and suspicious deaths require an autopsy to determine the time and possible cause of death. Previous researchers use postmortem biochemistry and molecular biology to examine the general pathophysiological changes involved in the death procedure that cannot be established by morphological and functional changes of cells and organs. In this study however, we used DNA isolated from 21 human psoas muscle tissue samples obtained from ATK subjected to postmortem intervals ranging from 2 to 27 hours by using Quick-DNA ™ Miniprep Plus Kit (Catalog No. D4068 & D4069). In determining the amount of global DNA methylation, the DNA samples obtained were first modified with 5-mC DNA ELISA Kit (Katalog No. D5325 & D5326) according to the manufacturer's recommendations. Our results indicated that global DNA methylation are stable in the first 27 hours in postmortem human psoas muscle tissue samples. According to the results, there was no significant correlation between global DNA methylation effect and PMI in the first 27 hours time-dependent postmortem. For this reason therefore, there is need for further comprehensive research on global DNA methylation in post mortem human muscle tissues in determining time of death. 86

On yılı aşkın süredir gerçekleştirilen bilimsel çalışmalar, çevresel kirleticilerin genom ve/veya epigenom düzeyinde değişmelere neden olduğunu göstermiştir. Artan veriler çevresel kirleticilerin epigenetik modifikasyonları değiştirebildiğini göstermiştir. Epigenom düzeyinde meydana gelen değişmelerin başta kanser olmak üzere birçok hastalığın etiyolojisinde tek başına ve/veya başka mekanizmalarla birlikte rol oynayabileceği bilinmektedir. Bu bağlamda, çevresel kirleticilerin epigenetik mekanizmaları değiştirerek/etkileyerek bazı hastalık süreçlerini değiştirebileceği düşünülmektedir. Tez çalışmasında, Uluslararası Kanser Araştırmaları Ajansı (IARC - The International Agency for Research on Cancer) tarafından insanda karsinojen potansiyeli yüksek olarak ilan edilen 2 adet pestisit in vitro koşullarda epigenetik modifikasyonlardan total DNA 5 metilsitozin (5mC) miktarını değiştirip değiştirmediği araştırılmıştır. Bu amaçla, Glyphosate ve Tetrachlorvinphos pestisitlerinin çeşitli konsantrasyonları ile A549 hücreleri in vitro koşullarda muamele edilmiştir. 12 ve 24 saat muamelelerin sonunda izole edilen DNA örnekleri ELISA yöntemine dayalı kit yardımıyla total 5mC miktarı belirlenmiştir. Elde edilen sonuçlara göre Glyphosate ile 12 ve 24 saat muamele sonucunda total 5mC miktarı artmıştır. 24 saatlik muamelede, total 5mC miktarı istatistiksel olarak anlamlı bulunmuştur. Araştırılan konsantrasyonlar, sitotoksik olmayan dozlardır. Diğer taraftan, Tetrachlorvinphos ile muameleden sonra ölçülen total 5mC miktarı negatif kontrole göre artmıştır. Bu artışlar konsantrasyon artışı ile birlikte olup, en yüksek konsantrasyonların neden olduğu 5mC miktarının istatistiksel olarak anlamlı olmadığı görülmüştür. Bu çalışma ile karsinojenik olduğu bildirilen iki pestisitin, DNA metilasyon miktarlarını değiştirdiği belirlenmiştir. Total 5mC miktarı, bu iki pestisit için birer maruziyet biyomarkırı olabileceği gibi karsinojenite için de bir etki mekanizması olabileceği önerilmektedir. Scientific studies performed over a decade showed that environmental pollutants cause changes at the genome and / or epigenome level. Increased data have shown that environmental pollutants can alter epigenetic modifications. It is known that alteration occurring at the epigenome level can play a role in the etiology of many diseases, especially cancer, alone and / or with other mechanisms. In this context, it is thought that environmental pollutants can change some disease processes by changing / affecting the epigenetic mechanisms. In the thesis study, it was investigated whether the amount of total DNA 5 methylcytosine-5mC was changed as epigenetic modifications in response to two pesticides in vitro conditions, which were declared high human carcinogenic potential by the International Agency for Research on Cancer (IARC). For this purpose, A549 cells were treated with various concentrations of Glyphosate and Tetrachlorvinphos pesticides in vitro. At the end of 12 and 24 hour treatments, total 5mC amount of DNA samples were determined by using kit based ELISA method. According to the results obtained, total amount of 5mC was increased as a result of treatment with Glyphosate for 12 and 24 hours. Treatment for 24 hours, total amount of 5mC was found statistically significant. The concentrations investigated are non-cytotoxic doses. On the other hand, the total amount of 5mC measured after treatment with Tetrachlorvinphos was increased relative to the negative control. These increases were accompanied by concentration increases, and the amount of 5mC caused by the highest concentrations was not found to be statistically significant. In this study, two pesticides reported to be carcinogenic changed DNA methylation quantities. The total amount of 5mC is suggested to be an action mechanism for carcinogenicity as well as exposure biomarkers for these two pesticides. 97

Sentetik monomer olarak endüstride polikarbonat plastik ve epoksi reçinesinin üretiminde kullanılan bisfenol A (BPA), endokrin bozucu özelliğinden dolayı özellikle insan sağlığında yüksek risk oluşturmaktadır. Normal koşullarda BPA'nın plastik taşıyıcılardan gıda, içecek ve çevreye salınımı söz konusu olmakta ve bu durum da insanların bu kimyasala maruziyetine yol açmaktadır. Son zamanlarda endokrin etkiler gösteren çevresel kimyasalların gen ifadesindeki değişiklikler üzerindeki rolünün epigenetik mekanizmalar ile ilişkili olabileceği alternatif bir yol olarak ortaya çıkmaktadır. Bu nedenle, epigenetik mekanizmalardan DNA metilasyonunun endokrin bozucu kimyasalların toksisitelerinde önemli bir rol oynayabileceği düşünülmektedir. Tez çalışmasının amacı; sıçan böbrek hücrelerinde (NRK-52E) BPA'nın doza bağlı olarak gelişen toksisitesinde global DNA hipometilasyonu ve bazı genlerin CpG adası promotor hipermetilasyonu ve ekspresyonlarının rolünün araştırılmasıdır. BPA'nın NRK-52E hücreleri üzerine sitotoksik etkisi MTT ve NRU testleriyle araştırılmış olup, 24 saatlik maruziyette IC50 değeri sırasıyla 105 µM ve 88 µM olarak bulunmuştur. DNA metilasyonu analizinde NRK-52E hücreleri doza bağlı toksisiteyi incelemek için 1 nM, 10 nM, 100 nM, 1 µM ve 10 µM konsantrasyonlarda 24 saat ve süreye bağımlı toksisiteyi incelemek için ise 100 nM konsantrasyonda 24, 48, 72, 96 saat ve 6 gün süre ile BPA'ya maruz bırakıldı. Global 5-metilsitozin (5-mC) düzeyi Eliza kitler kullanılarak ölçüldü ve 100 nM konsantrasyonunda 24, 48, 72 ve 96 saat BPA ile maruziyetlerinde azalma gözlendi. BPA ile maruz bırakılmış NRK-52E hücrelerinde bisülfit dönüşümünü takiben metilasyona özgü polimeraz zincir reaksiyonu sonucunda Rassf-1 ve c-myc genlerinin promotör bölgelerinde metilasyonda ve ekspresyonlarında değişiklikler gözlendi. Sonuç olarak, BPA toksisitesinde bir epigenetik mekanizma olarak global ve gene-özgü DNA metilasyonunun rolü olabileceği ortaya çıkmaktadır. Bisphenol A (BPA), as synthetic monomer used in industry in the production of polycarbonate plastic and epoxy resins, has endocrine disruptor properties and high risk on human health. Under normal circumstances, the release of BPA from plastic carrier being concerned and especially new born babies in intensive care units are exposed to high amounts of BPA. It is shown to have estrogenic properties for BPA that transferred to the baby through breast milk, and also during pregnancy the fetus has high risk by trans-placental route. However, more recently, epigenetic-induced alteration in gene expression has emerged as an alternative way in which environmental compounds may exert endocrine effects. Therefore, epigenetic events such as DNA methylation may play an important role in the toxicity of endocrine disrupting chemicals. The aim of this study is to investigate the effects of BPA in global DNA methylation, CpG promoter DNA methylation and gene expressions in rat kidney epithelial cells (NRK-52E). IC50 value of BPA was determined as 105 mM and 88 mM in NRK-52E cells by MTT and NRU test, respectively. For DNA methylation analysis, NRK-52E cells were treated with BPA to investigate dose-dependent toxicity at 1 nM, 10 nM, 100 nM, 1 µM and 10 µM concentrations for 24 hours, and to investigate time-dependent toxicity at 100 nM concentration for 24, 48, 72, 96 hours and 6 days. It was observed that decrease in global DNA methylation at the concentration of 100 nM BPA after 24, 48, 72 and 96 hours by using 5-methylcytosine Elisa kit. It has been observed alterations on CpG island promoter methylation by methylation specific polymerase chain reaction following bisulfite conversion and expression profile of Rassf-1 and c-myc genes after BPA exposure in NRK-52E cells. In conclusion, it has been suggested that global and gene-specific DNA methylation have a role on BPA's toxicity as epigenetic mechanism. 101

Amaç: Bu çalışmamızda astımlı hastalarda e cadherin genindeki promoter bölgesinde metilasyon oranının, sağlıklı kontrol grubundaki hastalarla karşılaştırılması ve epigenetik faktörlerin astıma etkisinin olup olmadığının değerlendirilmesini amaçladık.Gereç ve Yöntem: Celal Bayar Üniversitesi Çocuk Acil servisi veya çocuk solunum allerji polikliniğine başvuran ve daha önce 3 aydan uzun inhale ya da sistemik steroid kullanım öyküsü bulunmayan 5-15 yaş grubu arasındaki astımlı hastalar çalışmaya dahil edilmiştir. 20 atopik astım, 22 non-atopik astım ve 20 kontrol olmak üzere toplam 62 olgu alınmıştır. Hastaların yaş, cinsiyet bilgileri, baba mesleği ile rutin tetkiklerinden, total IgE düzeyleri ve eozinofili durumu kaydedilmiştir. Hastanın rutin tetkikleri sırasında alınan kandan ayrılan 2 cc periferik kandan standart protokol ile DNA izole edilmiştir. ECAD geninin promoter bölge metilasyonunun değerlendirilmesi amacıyla bu DNA örneklerinde metilasyon spesifik PCR (MSP) yapılmıştır. Veriler SPSS-18 istatistik paket programı kullanılarak yorumlanmıştır.Bulgular: Çalışmada değerlendirilen 20 atopik astım, 22 nonatopic astım, 20 kontrol grubu toplam 62 olgu'nun e-cadherin promoter bölge metilasyonuna bakıldı. Çalışmaya dahil edilen bireylerin gruplara göre metilasyon durumları değerlendirildiğinde farklı gruplarda yer alan bireylerin metilasyon durumları arasında istatiksel olarak anlamlı bir farklılık bulunmamıştır (p= 0,734). Farklı çalışma grupları içerisinde yer alan bireylerin metilasyon durumları benzerdir. Sonuç: Yapılan tüm çalışmalar gösteriyor ki epigenetik modifikasyonlar ve E-cadherin astım etyopatogenezinde önemli bir yer tutmaktadır. Bizde bu amaçla epigenetik faktörlerin E-cadherin üzerindeki etkisini araştırmak için astımlı hastalar ve kontrol grubundaki olgularda E-cadherin promoter bölgesindeki metilasyon oranlarına baktık . 62 hastalık çalışma grubunda çalışmaya dahil edilen bireylerin metilasyon durumlarına göre dahil oldukları gruplar değerlendirildiğinde metilasyon durumu farklı olan bireylerin dahil oldukları gruplar arasında istatistiksel olarak anlamlı bir farklılık bulunmamıştır. Aim: Our purpose in this study, ın patients with asthma, which is the promoter of the epithelial barrier of E-cadherin protein molecule to evaluate the methylation r, to understand their role in asthma pathogenesis of epithelial barrier and the consequent epithelial protein is to contribute to the development of current treatment modalities in the treatment of asthma.Material methods: Asthmatic patients between 5-15 years of age will be included in the study and this paitent more than 3 months ago with no history of inhaled or systemic corticosteroids. Patients admitted to Celal Bayar University Hospital Pediatric Emergency Service or Pediatric Clinic will be included in this study. 20 atopic asthma, 20 non-atopic asthma, 10 control group will be a total of 50 cases . Age, gender information, a family history of atopy, routine tests, skin prick tests, pulmonary function tests, total IgE levels will be saved. When Routine blood tests taken during the patient's peripheral blood , 2 cc of peripheral blood to be separated for DNA isolation . The promoter of ECAD gene will be evaluated methylation. İn this DNA sample to be applied methylation specific PCR.Results: 20 atopic asthma, 22 nonatopic asthma, and 20 control groups were evaluated for e-cadherin promoter region methylation in the study. When the methylation status of the subjects included in the study were evaluated according to the groups, no statistically significant difference was found among the individuals in the different groups (p= 0,734). The methylation status of individuals in different study groups is similar.Conclusion: All studies show that epigenetic modifications and E-cadherin have an important role in the etiopathogenesis of asthma.To investigate the effect of epigenetic factors on E-cadherin for this purpose, we looked at the rates of methylation in the E-cadherin promoter region in asthmatic patients and in the control group. There were no statistically significant differences between the groups when the groups included in the study included 62 subjects who were included in the study. 76