Succédant à la convention de Lomé, l'accord de Cotonou a été signé en juin 2000 entre l'Union européenne et 77 pays acp. Cet accord repose sur deux piliers : l'organisation des relations commerciales entre les deux groupes de pays d'une part, la coopération et l'aide au développement d'autre part. Le nouveau régime commercial vise à mettre en place à partir de 2008 des zones de libre échange sous forme d'accords de partenariats économiques (ape). Cette évolution a pour objet d'introduire la réciprocité dans les concessions commerciales, et de rendre ainsi les arrangements commerciaux compatibles avec les règles de l'omc. Si les soldes commerciaux totaux entre l'ue et la zone acp d'une part, entre l'ue et l'Afrique du sud d'autre part sont approximativement équilibrés, il n'en est pas de même pour le solde commercial agricole, très nettement en faveur des acp comme de l'Afrique du sud. Au cours des années 90, la zone acp a maintenu, voire consolidé, pour ses produits agricoles, sa part de marché dans l'Union européenne. Dans le même temps, les parts de marché acp pour les produits non-agricoles se sont effondrées. La part des produits agricoles dans le total des exportations a donc largement augmenté sur la période pour atteindre plus de 40% en 1999. Les exportations agricoles des pays acp sont assez concentrées : trois régions (l'afrique de l'ouest : uemoa, le sud de l'afrique : sadc et l'afrique de l'est : eac) représentent 60% du total. Cette concentration géographique s'accompagne d'une spécialisation de chacune des régions : le cacao pour l'uemoea, le café pour l'eac, enfin le sucre, le tabac et les produits de la pêche pour la sadec. La structure des exportations agricoles de l'Afrique du sud est radicalement différente de celle des pays acp : les fruits y jouent un rôle totalement dominant (frais, secs et transformés). Les produits agricoles n'ont cependant pas la même importance au sein des exportations européennes à destination de la zone acp (à peine 15%). Les céréales et leurs dérivés d'une part et les produits laitiers (lait en poudre principalement) d'autre part, constituent les deux principaux groupes de produits exportés par l'ue. Les importations agricoles sud-africaines en provenance de l'ue sont limitées et de structures très différentes de celles des pays acp. Les boissons constituent ainsi le principal groupe de produits en provenance de l'ue. La question de la concurrence entre agricultures ue et acp se pose peu en termes de compétition pour accéder à de mêmes marchés tiers, car les produits exportés par les deux blocs sont en grande partie de nature différente. La concurrence entre agricultures des deux blocs se manifeste par la fragilisation de la situation des producteurs agricoles de l'un des blocs par l'activité agricole de l'autre bloc, du fait de la concurrence d'importations sur son propre marché. Les situations de concurrence sont donc avant tout le fait de produits importés ayant un impact négatif sur la production locale ; elles peuvent également survenir dans le cas de mesures de soutien interne concurrençant les exportations du partenaire. L'Accord de Cotonou devrait être en mesure d'atténuer l'exacerbation de la concurrence entre agricultures. L' Accord prévoit en effet un renforcement de la dimension politique des relations entre les deux blocs, qui devrait favoriser la cohérence et la pertinence des stratégies de coopération. Les ape, négociés dans le sens de la préservation des intérêts de chacun, peuvent par conséquent constituer une forme de "sécurisation des débouchés" pour des produits européens "peu concurrents" ou dont la croissance des besoins acp nécessite à la fois le développement des productions acp et un recours maîtrisé aux importations extra-acp. Ils peuvent également contribuer à aider les exportations des pays acp à répondre aux nouveaux cahiers des charges découlant de la mise en place des normes sanitaires, sociales et environnementales.