Amanda Maestre, Eric Elguero, Dionicia Gamboa, Sedigheh Zakeri, Albina Wide, Céline Arnathau, Patrick Besnard, Paul N. Newton, Oscar Noya, Jean Akiana, Christine Chevillon, Thibaut Jombart, François Renaud, Eric M. Leroy, Agnès Aubouy, Francois Balloux, Franck Prugnolle, Lise Musset, Eric Legrand, C. Rogier, Hervé Bogreau, Didier Fontenille, Tim J. Anderson, Jacques Le Mire, Bernard Carme, Pierre Carnevale, Mayfong Mayxay, Benjamin Ollomo, Vincent Veron, Erhan Yalcindag, Patrick Durand, Dieudonné Nkoghe, Umberto D'Alessandro, Didier Menard, Francisco J. Ayala, Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Health, Emergence, Adaptation and Transmission (MIVEGEC-HEAT), Processus Écologiques et Évolutifs au sein des Communautés (PEEC), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Service Epidémiologie Moléculaire et Parasitaire, Département de la Médecine Préventive et des Essais Cliniques-Laboratoire National de Santé Publique, Department of Genetics, Texas Biomedical Research Institute, Pharmacochimie et Biologie pour le Développement (PHARMA-DEV), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut de Chimie de Toulouse (ICT-FR 2599), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut de Chimie du CNRS (INC), Medical Research Council Centre for Outbreak Analysis and Modelling, Imperial College London-Faculty of Medicine-Department of Infectious Disease Epidemiology, Malaria Control Program, Société Nationale de Métallurgie (Sonamet), Unité de Recherche sur les Maladies Infectieuses et Tropicales Emergentes (URMITE), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-IFR48, INSB-INSB-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Department of Parasitology, Institute of Tropical Medicine [Antwerp] (ITM), Instituto de Medicina Tropical 'Alexander von Humboldt' (IMT AvH), Universidad Peruana Cayetano Heredia (UPCH), Zoonoses virales et MTN (MIVEGEC-VIROZ), Biologie des infections virales: Emergence, DIFfusion, Impact, Contrôle, Elimination (EDIFICE), Centre International de Recherches Médicales de Franceville (CIRMF), Emergence des Pathologies Virales (EPV), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Grupo Salud y Comunidad, Facultad de Medicina-Universidad de Antioquia = University of Antioquia [Medellín, Colombia], Wellcome Trust-Mahosot Hospital-Oxford Tropical Medicine Research Collaboration, Mahosot Hospital-Microbiology Laboratory, Institut Pasteur du Cambodge, Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Institut Pasteur de la Guyane, Centro para Estudios Sobre Malaria [Venezuela], Instituto de Altos Estudios en Salud Dr. Arnoldo Gabaldón, Instituto de Medicina Tropical [Caracas, Venezuela} (IMT), Universidad Central de Venezuela (UCV), Centre d'Investigation Clinique Antilles-Guyane (CIC - Antilles Guyane), CHU de Fort de France-Centre Hospitalier Andrée Rosemon [Cayenne, Guyane Française]-CHU Pointe-à-Pitre/Abymes [Guadeloupe] -Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université des Antilles et de la Guyane (UAG), Institut Pasteur d'Iran, Evolution of host-microbe communities (MIVEGEC-EVCO), Department of Ecology and Evolutionary Biology, University of California, This study was funded by Agence Nationale de Recherche Grant MGANE 07 SEST 012 (Programme Sante-Environnement et Sante-Travail-Malaria Genetic Adaptation to a New Environment), Centre National de la Recherche Scientifique, Institut de Recherche pour le Développement, Centre Régional des Oeuvres Universitaires et Scolaires, Ministère des Affaires Etrangères, and Institut Kurde de Paris. D.G. is supported by DGCD (Framework Agreement 03, 2008-2010, Project 910000) and US Public Health Service grants, National Institutes of Health/National Institute of Allergy and Infectious Diseases Grant R01 AI067727, and International Centers of Excellence for Malaria Research Grant 1U19AI089681-01., Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut de Chimie de Toulouse (ICT), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT), Institut des sciences biologiques (INSB-CNRS)-Institut des sciences biologiques (INSB-CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Universidad de Antioquia = University of Antioquia [Medellín, Colombia]-Facultad de Medicina, Laboratoire de Parasitologie [Cayenne, Guyane française], Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP), Centre National de Référence du Paludisme [Cayenne, Guyane française] (CNR - laboratoire associé), Université des Antilles et de la Guyane (UAG)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-CHU Pointe-à-Pitre/Abymes [Guadeloupe] -CHU de Fort de France-Centre Hospitalier Andrée Rosemon [Cayenne, Guyane Française], and University of California (UC)