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Le présent travail a comparé la diversité génétique d'un procaryote, #Escherichia coli$ et d'un microorganisme eucaryote #Trypanosoma cruzi$, protozoaire parasite agent de la maladie de Chagas. L'étude a confirmé que les populations d'#Escherichia coli$ présentent un fort déséquilibre de liaison, non imputable à la distance géographique. Ceci constitue un argument indirect classique pour une structure clonale, et confirme les hypothèses précédemment proposées par d'autres auteurs. La comparaison directe a montré que les populations d'#E. coli$ apparaissent cependant moins structurées que celles de #T. cruzi$, comme le suggère la dispariton du déséquilibre de liaison quand on considère chaque groupe isolément, ou quand on élimine les génotypes répétés de l'analyse. L'analyse phylogénétique d'#E. coli$ recoupe dans ses grandes lignes celle présentée par d'autres auteurs. Il est à noter que la distance de migration séparant les électromorphes est constamment moindre chez #E. coli$ que chez #T. cruzi$, ce qui suggère des niveaux de divergence phylogénétique inférieurs. D'une manière générale, l'approche comparative directe conduit à minimiser les similitudes évolutives entre #E. coli$ et #T. cruzi$ suggérées par l'analyse des seules données de la littérature. Le présent travail doit être considéré comme préliminaire, et devra être complété par des analyses plus poussées reposant sur des techniques davantage perfectionnées. (Résumé d'auteur)

Trypanosoma cruzi$ natural populations have been shown to be highly heterogeneous and subdivided into a number of genetically distant clonal lineages. We have selected 21 highly resolutive primers, out of 120 tested, to analyse 50 stocks representative of the major genetic subdivisions of the parasite. Stocks were isolated from diverse hosts and from different geographic areas. Other trypanosomatids, including #Leishmania$ and #T. congolense$, were analysed in parallel in order to directly compare their genetic diversity with #T. cruzi$. The results show the marked genetic structuration of #T. cruzi$ in a few distinct genetic groups, confirming previous MLEE and RAPD data. These groups are interpreted as clonal lineages. RAPD markers specific for each group are numerous and will be used to develop probes for specific diagnostic purposes. The huge genetic heterogeneity of #T. cruzi$ is confirmed by the divergence between lineages of this parasite which is similar to that observed between species, and even species complexes, within the #Leishmania$ genus. The phylogenetic relationships between the #T. cruzi$ groups were investigated by multivariate and phylogenetic analysis. The monophyly of each group appears robust, but the hierarchical relationships between groups are problematic. Moreover, some groups display features that could be interpreted as the result of a hybridization event between strains of two other groups. These findings suggest the possibility of an evolutionary process involving both occasional recombination leading to new genotypes and clonal evolution of successful lineages. (Résumé d'auteur)

L'analyse de 57 souches de #Trypanosoma cruzi$ par amplification de l'ADN par amorces aléatoires (Random Amplification of Polymorphic DNA=RAPD), et la comparaison des résultats avec des données isoenzymatiques obtenues indépendamment, ont permis de confirmer la valeur de cette nouvelle méthode comme outil épidémiologique et phylogénique. Cette étude, basée sur un marquage génétique très résolutif, a montré une variabilité génotypique non négligeable au sein des souches appartenant à un "clonet" (ensemble de génotypes clonaux apparaissant comme identiques pour une série de marqueurs donnée) antérieurement décrit. Dans le cadre d'un débat récemment ouvert, du fait d'un manque de puissance des tests statistiques dû à une variabilité génétique insuffisante, les présentes données ne permettent pas de dire si ce "clonet" est effectivement composé de génotypes clonaux, ou s'il correspond au contraire à une espèce cryptique sexuée. Cependant, la méthodologie nécessaire pour reprendre la question a été dégagée. (Résumé d'auteur)

Isoenzyme analysis of Chilean and Paraguayan stocks of #Trypanosoma cruzi$, the agent of Chagas' disease, was performed at 19 variable genetic loci. The results were interpreted in terms of evolutionary and population genetics. As previously shown for this parasite in other geographic areas, a basically clonal population structure was evidended, by both strong departures from Hardy-Weinberg expectations and high linkage disequilibrium. The isoenzyme variants of #Trypanosama cruzi$ (or zymodemes) behave as natural clones, stable in space and time, and should be considered as the relevant taxonomic unit for medical studies. Two main clusters of clones were evidenced, separated by high genetic distances. Comparison between clonal populations in sylvatic and domestic transmission cycles of the disease in Chile strongly suggested that these two cycles are at least partly separated from one another. For comparison purposes with the isoenzyme results, two molecular techniques were performed, namely DNA-probe analysis of the kinetoplast DNA (an extranuclear genome) and Arbitrarily Primed Polymerase Chain Reaction (AP-PCR). The results of these two methods corroborated the isoenzyme data, and AP-PCR appeared as a new and promising tool for #Trypanosoma cruzi$ strain identification. (Résumé d'auteur)

A methodological approach is proposed to select rapidly DNA sequences characterized by a well defined specificity and potentially interesting to be used as diagnostic probes or as taxonomic and phylogenetic markers. A fragment amplified from a diversified sample of #Trypanosoma cruzi$ stocks by the RAPD (random amplified polymorphic DNA) method with the A8 primer, previously found to be monomorphic in all stocks, was separated in 2 fragments using polyacrylamide electrophoresis. RFLP (restriction fragment length polymorphism) analysis of the 750-bp fragment common to all stocks revealed some sequence heterogeneity within the #T. cruzi$ species, whereas hybridization experiments showed a high homology between fragments amplified from different #T. cruzi$ stocks. These results suggest that sequence analysis will allow the design of internal primers to be used as probes to target specific taxonomic levels (clone, family of related clones, or species) and for diagnosis. (Résumé d'auteur)