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Résumé: L'étude du microbiote digestif a connu un regain d'intérêt avec l'avènement des techniques moléculaires, en particulier la métagénomique. La culturomics (culture microbienne à haut débit avec identification des colonies par Maldi-TOF) a démontré sa complémentarité avec la métagénomique pour une étude exhaustive du microbiote. Les principales études de métagénomique ont révélé une augmentation de la biodiversité, avec en particulier une augmentation des Spirochaetes et des Prevotella chez les sujets d'origine africaine par rapport aux sujets occidentaux. Les études portant sur la malnutrition ont démontré une réduction de l'ensemble des bactéries et en particulier des bactéries anaérobies et des archées méthanogènes. Sur les 1162 bactéries isolées par étude de culturomics, 476 ont été isolées seulement de prélèvements d'origine autre que d'Afrique, 445 ont été isolées en commun et 241 bactéries n'ont été isolées qu'à partir de prélèvements d'origine africaine dont 68 nouvelles espèces. La poursuite d'études du microbiote africain par culturomics et métagénomique permettra d'élucider s'il existe une spécificité de certaines bactéries et si elles peuvent avoir un rôle dans certaines pathologies telles que la malnutrition. The interest in studying gut microbiota has been rekindled with the advent of molecular techniques, in particular, metagenomics. Culturomics (high throughput microbial culture with identification of the colonies by Maldi-TOF) has demonstrated its complementarity with metagenomics for comprehensive study of the microbiota. The main metagenomic studies have revealed an increase in biodiversity, with in particular an increase of Spirochaetes and Prevotella in subjects of African origin compared with Western subjects. Studies on malnutrition have shown a reduction of all bacteria and in particular of anaerobic bacteria and methanogenic archaea. Of the 1,162 bacteria isolated by culturomics studies, 476 were isolated only from non-African samples, 445 were isolated in African and non-African groups, and 241 bacteria were isolated from samples of African origin including 68 new species. Further studies of African microbiota by culturomics and metagenomics will make it possible to assess whether some bacteria have particular specificities and if these might play a role in certain pathologies such as malnutrition. [ABSTRACT FROM AUTHOR]

We report here the main characteristics of ‘ Gorbachella massiliensis ’ GD7 T gen. nov., sp. nov., ‘ Fenollaria timonensis ’ GD5 T sp. nov., ‘ Intestinimonas timonensis ’ GD4 T sp. nov., and ‘ Collinsella ihuae ’ sp. nov. GD8 T isolated from one fresh stool of a French volunteer. We used a bacterial culturomics approach combined with taxono-genomics. [ABSTRACT FROM AUTHOR]

Culturomics coupled with taxonogenomics is currently used to isolate and characterize new bacteria. Here we describe the features and complete genome sequence of Gabonia massiliensis strain GM3, an anaerobic Gram negative, non-spore-forming and catalase-positive bacillus isolated from a stool specimen of a healthy Gabonese male youth. Belonging to a new genus called Gabonia, it exhibits a genome of 4 261 752 bp including 37.9% GC content and 3,288 predicted genes. [ABSTRACT FROM AUTHOR]

Taxonogenomics coupled with culturomics leads to descriptions of new bacteria. Thanks to this strategy, we report the main characteristics of “ Peptoniphilus phoceensis ” strain SIT15, a new bacterium isolated from a stool sample of a 1-year-old healthy Senegalese boy. [ABSTRACT FROM AUTHOR]