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Las plantas albergan una gran diversidad de microorganismos, como hongos, bacterias, etc., que interactúan con ella y tienen una funcionalidad que va desde la patogenicidad, hasta la protección de la misma. Se ha estudiado parte de esta diversidad microbiana a nivel de la filosfera en plantas de Oryza sativa (L) “arroz”; mediante microbiología molecular se ha caracterizado siete especies bacterianas entre las cuales sobresalieron especies Uncultured, es decir no cultivadas, además de Bacillus amyloliquefafaciens, Enterobacter asburiae, Klebsiella pneumoniae y Pantoea sp., todas ellas con un alto porcentaje de identidad; asimismo, mediante metagenómica dirigida se caracterizó trecientos ochenta y cinco especies bacterianas, de las que sobresalen pertenecen a los generos Bacillus, Rhizobium, Pseudomonas, Mycobacterium, Nocardioides, Clostridium, Methylobacterium y Pantoea. Las faamilias que más destacan son Enterobacteriaceae, Rhizobiaceae, Microbacteriaceae, Bacillaceae, Flavobacteriaceae, Pseudomonadaceae, Nocardiaceae, Mycobacteriaceae, Clostridiaceae y Methylobacteriaceae; no se encontró Burkholderia glumae.