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Objetivos: Estimar la prevalencia de sífilis y VIH e identificar los comportamientos de riesgo asociados en personas privadas de libertad (PPL). Materiales y métodos: Estudio transversal realizado durante el año 1999 en 22 establecimientos penitenciarios peruanos. Se realizó RPR para la detección de sífilis (datos ligados) y ELISA para tamizaje de VIH (datos no ligados), confirmándose con IFI o Western Blot. Se realizó una encuesta estructurada y se analizaron los datos mediante los programas SPSS 9,0 y AMOS 4. Resultados: Participaron 6963 PPL. La prevalencia de VIH fue 1,1% y de sífilis 4,1%. Los comportamientos de riesgo asociados a VIH más significativos fueron: consumo de drogas (OR:2,7), infecciones de transmisión sexual (OR: 2,3), relaciones sexuales entre hombres (OR: 2,2), uso de cocaína (OR: 2,1), úlcera genital (OR: 2,1), haber sido encarcelado previamente (OR: 2) y tener tatuajes (OR: 1,99). Mientras los asociados a sífilis fueron: tener relaciones sexuales entre hombres OR: (2,8), infecciones de transmisión sexual (OR: 2,4), úlcera genital (OR:1,8), haber tenido relaciones sexuales con trabajadora sexual (OR: 1,5) y tener más de dos parejas sexuales (OR: 1,5). Utilizando un modelo de ecuaciones estructurales se asoció VIH con el reporte de tener tatuaje, más de dos parejas sexuales, más de un encarcelamiento previo y úlcera genital. Conclusiones: Se encontraron importantes valores de prevalencia de VIH y sífilis en este grupo de personas, siendo necesario continuar realizando estudios similares que nos permitan conocer las tendencias (vigilancia de segunda generación) y conocer el impacto de posibles intervenciones.