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Por su enorme interés en la genética, medicina y farmacología, detectar interacciones entre proteínas (PPI) es una de las áreas de investigación más importantes en el campo de las investigaciones biomédicas. De ahí que revista especial importancia el análisis (semi) automático de textos biomédicos que permita recuperar y mantener descripciones experimentales que justifican la presencia o ausencia tales interaccione. Tal es la finalidad del sistema on-line que se describe en el presente trabajo: dado un texto, se verifica su afinidad al tema sobre PPI, y varias entidades biomédicas son reconocidas y devueltas al usuario. Protein-Protein Interaction (PPI) is one of the most important fields in biomedical research due to its enormous interest in genetics, medicine and pharmacology. Therefore, (semi)-automatic analysis of biomedical texts is critical for recovering and maintaining experimental descriptions which justify the presence or absence of such interactions. In this paper, an automatic, on-line system is described which, given a text, verifies if it corresponds to a PPI article, and recognizes various types of entities associated to this research context. Este trabajo ha sido subvencionado por el proyecto TEXT-ENTERPRISE 2.0 (TIN2009-13391-C04-03) y por el programa “Juan de la Cierva” del Ministerio de Ciencia y Tecnología.

En la literatura aparecen más de tres millones de artículos acerca de las proteínas y sus interacciones (PPI). En este trabajo se expone una arquitectura plausible y algunos experimentos preliminares de nuestro sistema de extracción de información sobre interacciones entre proteínas, PPIEs. Los resultados obtenidos son muy prometedores, por lo que el trabajo merece ulteriores desarrollos. Este estudio ha permitido, además, identificar algunos aspectos a mejorar en el futuro: el reconocimiento de entidades y el almacenaje y búsqueda de datos léxicos (en particular, los vocabularios controlados) y el descubrimiento de conocimiento para el enriquecimiento de ontologías. More than three millions research articles have been written about proteins and Protein-Protein Interactions (PPI). The present work describes a plausible architecture and some preliminary experiments of our Protein-Protein Interaction Information Extraction system, PPIEs. The promising results obtained suggest that the approach deserves further efforts. Some important aspects that need to be improved in the future have been identified: entity recognition; lexical data storage and searching (in particular, controlled vocabularies); knowledge discovery for ontology enrichment. This work has been funded by the projects TIN2006-15265-C06-04 and “Juan de la Cierva” of the Ministry of Education and Science of Spain.