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Este artigo apresenta o estudo davariação isoenzimática em Caesalpinia echinata L.(pau-brasil). Onze sistemas enzimáticos (ACP,DIA, EST, G6PDH, GOT, LAP, MDH, PGI, PRX,SKDH e 6PGDH) codificando dezoito locos (Acp-1,Est-3, Dia-1, G6pdh-1, Got-1, Lap-1, Mdh-1,Mdh-2, Mdh-3, Pgi-1, Pgi-2, Prx-1, Prx-2, Prx-3,Prx-4, Skdh-1, 6pgdh-1 e 6pgdh-2) foraminvestigados. Entre esses locos, Pgi-1 e Got-1foram detectados como monomórficos. Três locos(Mdh-2, G6pdh-1 e 6pgdh-1) não tiveram suaherança analisada devido à ausência de progênies deárvores heterozigotas na amostra. A herançamendeliana simples foi confirmada para dez locos(Acp-1, Dia-1, Est-3, Lap-1, Mdh-1, Mdh-3, Prx-1,Prx-3, Skdh-1 e 6pgdh-2). Três locos (Pgi-2, Prx-2e Prx-4) apresentaram desvios altamentesignificativos (P < 0,01) para a hipótese desegregação regular 1:1. As relações dedesequilíbrios de ligações foram avaliadas em 120pares de locos isoenzimáticos. Seis pares de locosapresentaram ligação: Mdh-3:Dia-1, Mdh-3:Prx-3,6pgdh-1:Pgi-2, 6pgdh-1:Prx-1, 6pgdh-2:Prx-3 ePgi-2:Prx-4.This article presents a study of isozymevariation in Caesalpinia echinata L. (brazilwood).Eleven isozyme systems (ACP, DIA, EST,G6PDH, GOT, LAP, MDH, PGI, PRX, SKDH and6PGDH) codifying eighteen loci (Acp-1, Est-3,Dia-1, G6pdh-1, Got-1, Lap-1, Mdh-1, Mdh-2,Mdh-3, Pgi-1, Pgi-2, Prx-1, Prx-2, Prx-3, Prx-4,Skdh-1, 6pgdh-1 and 6pgdh-2) were investigated.Among these loci, Pgi-1 and Got-1 weremonomorphic. Three loci (Mdh-2, G6pdh-1 and6pgdh-1) were not evaluated for inheritance duethe lack of families from heterozygous mothertrees in the sampling. Mendelian inheritance wasconfirmed for ten allozyme loci (Acp-1, Dia-1,Est-3, Lap-1, Mdh-1, Mdh-3, Prx-1, Prx-3, Skdh-1,and 6pgdh-2). Three loci (Pgi-2, Prx-2 and Prx-4)showed significant deviations (P < 0.01) from expectedsegregation 1:1 hypothesis. Linkage relationshipswere examined for 120 pairs of allozyme loci.Six pairs of loci showed linked: Mdh-3:Dia-1,Mdh-3:Prx-3, 6pgdh-1:Pgi-2, 6pgdh-1:Prx-1,6pgdh-2:Prx-3 and Pgi-2:Prx-4.